本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 541 | 2024-12-13 |
Cancer-associated fibroblasts promote melanoma progression by inducing immune evasion: A risk prediction study based on single-cell RNA-seq and RNA-Seq data
2024-Dec-11, Asian journal of surgery
IF:3.5Q1
DOI:10.1016/j.asjsur.2024.12.007
PMID:39665934
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 542 | 2024-12-13 |
Pericancerous cross-presentation to cytotoxic T lymphocytes impairs immunotherapeutic efficacy in hepatocellular carcinoma
2024-Dec-09, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2024.10.012
PMID:39547231
|
研究论文 | 研究揭示了在肝细胞癌中,癌周巨噬细胞通过内质网相关降解机制介导的细胞质途径交叉呈递抗原给CD103细胞毒性T淋巴细胞,导致CD103 CTLs滞留在癌周区域,激活NLRP3炎症小体,促进肝癌进展并抵抗免疫治疗 | 首次揭示了癌周巨噬细胞通过内质网相关降解机制交叉呈递抗原给CD103 CTLs,并阐明了这一过程如何促进肝癌进展和免疫治疗抵抗 | 研究主要集中在单细胞RNA测序和空间转录组学分析,可能需要进一步的实验验证 | 探讨癌周巨噬细胞与细胞毒性T淋巴细胞在肝细胞癌中的相互作用及其对免疫治疗效果的影响 | 肝细胞癌患者的癌周巨噬细胞和CD103细胞毒性T淋巴细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和空间转录组学 | NA | RNA | 肝细胞癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 543 | 2024-12-13 |
Deletion of RFX6 impairs iPSC-derived islet organoid development and survival, with no impact on PDX1+/NKX6.1+ progenitors
2024-Dec, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-024-06232-2
PMID:39080045
|
研究论文 | 研究RFX6缺失对iPSC衍生的胰岛类器官发育和存活的影响,并探讨其在胰腺发育中的具体作用 | 首次揭示了RFX6在胰腺发育中的保护作用,并通过RNA-seq分析了RFX6缺失对胰腺内分泌分化、胰岛素分泌和离子转运相关基因的下调作用 | 研究主要集中在体外模型,未能在体内环境中验证RFX6缺失的影响 | 探讨RFX6在胰腺发育和糖尿病发病机制中的具体作用 | RFX6在胰腺发育中的表达及其对iPSC衍生的胰岛类器官发育和存活的影响 | 干细胞生物学 | 糖尿病 | CRISPR/Cas9, RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个iPSC系和hESC衍生的胰腺细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 544 | 2024-12-13 |
Characterizing the impacts of dataset imbalance on single-cell data integration
2024-Dec, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-02097-9
PMID:38429430
|
研究论文 | 本研究探讨了数据集不平衡对单细胞数据整合的影响,并提出了评估和缓解不平衡影响的工具和指南 | 引入了新的属性(聚合细胞类型支持和最小细胞类型中心距离)来量化不平衡的影响,并提出了平衡聚类指标和不平衡整合指南 | 未提及具体的局限性 | 研究数据集不平衡对单细胞转录组数据整合的下游分析和生物学解释的影响 | 单细胞转录组数据整合方法在不同样本和条件下的表现 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 2600次整合实验 | NA | NA | NA | NA |
| 545 | 2024-12-13 |
Single-cell atlas of healthy vocal folds and cellular function in the endothelial-to-mesenchymal transition
2024-Dec, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13723
PMID:39245637
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和免疫染色技术,研究了成年Sprague-Dawley大鼠声带的细胞组成和功能 | 本文首次识别出与上皮-间充质转化相关的上皮细胞亚群,并揭示了其在病理状态下的功能重要性 | 研究仅限于成年Sprague-Dawley大鼠的声带,未涉及其他物种或病理条件 | 揭示声带黏膜的细胞和分子框架,并探讨发育通路在癌症病理状态中的功能重要性 | 成年Sprague-Dawley大鼠的声带细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 5836个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 546 | 2024-12-13 |
Omics in allergy and asthma
2024-Dec, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2024.09.023
PMID:39384073
|
综述 | 本文综述了组学技术在过敏和哮喘研究中的变革性影响,重点介绍了基因组学和转录组学相关的高通量技术的进展 | 单细胞RNA测序技术的快速普及显著提升了对过敏性疾病分子病理学的理解,高通量基因组测序加速了单基因疾病的发现 | 微生物组学、蛋白质组学、脂质组学和代谢组学等领域虽然迅速发展,但许多当前的研究结果仍缺乏确凿的证据 | 探讨组学技术在过敏和哮喘研究中的应用,以期通过整合组学数据深入理解疾病机制,推动精准医学的发展 | 过敏和哮喘的分子病理学及相关的单基因疾病 | NA | 过敏和哮喘 | 单细胞RNA测序、高通量基因组测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 547 | 2024-12-12 |
Spatial transcriptomics identifies RBM39 as a gene associated with Gleason score progression in prostate cancer
2024-Dec-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.111351
PMID:39650727
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术探讨了前列腺癌不同Gleason评分区域的转录组模式,并鉴定了与Gleason评分进展相关的基因RBM39 | 首次通过空间转录组学技术揭示了前列腺癌不同Gleason评分区域的转录组模式,并验证了RBM39与Gleason评分进展的相关性 | 研究主要基于Visium空间转录组学数据,可能无法完全捕捉到肿瘤的异质性 | 探讨前列腺癌不同Gleason评分区域的转录组模式,并鉴定与Gleason评分进展相关的基因 | 前列腺癌不同Gleason评分区域的转录组 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 空间转录组学 | PCA, Louvain聚类分析, inferCNV, DPT, PAGA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 548 | 2024-12-12 |
Corneal strain influences keratocyte proliferation and migration through upregulation of ALDH3A1 expression
2024-Dec-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202401392R
PMID:39652089
|
研究论文 | 本研究探讨了角膜应变对角膜基质细胞增殖和迁移的影响,发现应变通过上调ALDH3A1表达抑制细胞增殖 | 首次揭示了角膜应变通过上调ALDH3A1表达抑制角膜基质细胞增殖和迁移的机制 | 研究主要集中在体外实验和动物模型,缺乏人体临床数据 | 探讨角膜应变对角膜基质细胞行为的影响及其分子机制 | 角膜基质细胞及其在角膜应变下的增殖和迁移行为 | NA | NA | RT-qPCR, 免疫荧光染色, RNA干扰, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 细胞行为数据 | 人类角膜基质细胞, 小鼠角膜损伤模型, 圆锥角膜患者角膜基质细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 549 | 2024-12-12 |
Nuclear translocation of plasma membrane protein ADCY7 potentiates T cell-mediated antitumour immunity in HCC
2024-Dec-10, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-332902
PMID:39349007
|
研究论文 | 本文研究了ADCY7蛋白在肝细胞癌(HCC)中通过核转位增强T细胞介导的抗肿瘤免疫的作用 | 首次揭示了ADCY7通过核转位作为转录共激活因子促进CCL5表达,从而增强CD8+ T细胞浸润,抑制HCC进展 | NA | 探讨HCC中导致免疫逃逸的关键基因,并提出重塑HCC微环境的新治疗策略 | 肝细胞癌(HCC)中的免疫逃逸机制及ADCY7蛋白的功能 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | CRISPR筛选、单细胞RNA测序、流式细胞术、染色质免疫沉淀、共免疫沉淀 | NA | 基因组数据、单细胞RNA测序数据 | 使用HCC小鼠模型进行实验 | NA | NA | NA | NA |
| 550 | 2024-12-12 |
RNA isoform diversity in human neurodegenerative diseases
2024-Dec-10, eNeuro
IF:2.7Q3
DOI:10.1523/ENEURO.0296-24.2024
PMID:39658200
|
研究论文 | 本文结合10X Genomics短读长单核RNA测序和PacBio长读长单核RNA测序,研究了与神经退行性疾病相关的基因在单细胞水平上的RNA异构体多样性 | 本文首次在单细胞水平上结合短读长和长读长测序技术,揭示了人类前额叶皮层中与神经退行性疾病相关的基因的RNA异构体多样性,并开发了一种用于检测异构体结构差异的信息学方法 | 本文仅比较了阿尔茨海默病、路易体痴呆和帕金森病三种神经退行性疾病,且样本量有限 | 研究人类神经退行性疾病中RNA异构体的多样性及其潜在的疾病特征和治疗靶点 | 人类前额叶皮层样本中的单核RNA异构体 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单核RNA测序(snRNA-seq) | NA | RNA | 25名阿尔茨海默病、路易体痴呆或帕金森病患者及年龄匹配的对照组样本,共分析了超过165,000个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 551 | 2024-12-12 |
A comprehensive review of approaches for spatial domain recognition of spatial transcriptomes
2024-Dec-06, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elae040
PMID:39426802
|
综述 | 本文综述了空间转录组学中空间域识别方法的现状和进展 | 本文探讨了现有方法的优缺点,并为未来工具开发提供了建议和方向 | 本文未提及具体方法的局限性,而是从整体上讨论了现有方法的局限性 | 回顾空间域识别研究的现状和进展,探讨现有方法的优缺点,并提供未来工具开发的建议和方向 | 空间转录组学中的空间域识别方法 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 552 | 2024-12-12 |
Single-cell transcriptome profiling of m6A regulator-mediated methylation modification patterns in elderly acute myeloid leukemia patients
2024-12-06, Molecular biomedicine
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s43556-024-00234-7
PMID:39641872
|
研究论文 | 本研究探讨了老年急性髓性白血病患者中单细胞转录组中m6A调控因子介导的甲基化修饰模式及其在造血细胞中的具体作用 | 首次揭示了m6A调控因子在老年急性髓性白血病患者造血细胞中的异常表达及其通过WNT信号通路和氧化磷酸化途径抑制细胞分化的机制,并提供了潜在的治疗靶点 | 研究主要基于体外实验和细胞系验证,缺乏临床样本的长期随访数据 | 揭示m6A甲基化修饰在老年急性髓性白血病患者中的病理机制 | 老年急性髓性白血病患者的造血干细胞、髓系细胞、T细胞和红细胞 | 数字病理学 | 血液肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 使用了THP-1和MV411细胞系进行验证,并进行了外部独立单细胞RNA测序数据集的验证 | NA | NA | NA | NA |
| 553 | 2024-12-12 |
Single-Cell Meta-Analysis Uncovers the Pancreatic Endothelial Cell Transcriptomic Signature and Reveals a Key Role for NKX2-3 in PLVAP Expression
2024-Dec, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321781
PMID:39445426
|
研究论文 | 本研究通过单细胞元分析揭示了胰腺内皮细胞的转录组特征,并发现NKX2-3在PLVAP表达中的关键作用 | 首次定义了跨物种和发育阶段的胰腺内皮细胞特异性基因特征,并揭示了NKX2-3作为关键转录因子在胰腺内皮细胞中的作用 | 研究主要依赖于现有的单细胞RNA测序数据,可能存在数据偏倚 | 揭示胰腺内皮细胞的转录组特征及其在胰腺血管系统中的作用 | 胰腺内皮细胞及其特异性基因特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了多个单细胞和单核RNA测序数据集,具体样本数量未明确说明 | NA | NA | NA | NA |
| 554 | 2024-12-12 |
Tau Accumulation Induces Microglial State Alterations in Alzheimer's Disease Model Mice
2024-Dec, eNeuro
IF:2.7Q3
DOI:10.1523/ENEURO.0260-24.2024
PMID:39592224
|
研究论文 | 本研究通过向人源化tau的敲入小鼠脑内注射来自人类大脑的tau蛋白,生成了一种新的阿尔茨海默病模型小鼠,并探讨了tau积累对小胶质细胞状态的影响 | 首次通过空间转录组学和单细胞RNA测序数据,展示了tau传播和积累在阿尔茨海默病模型小鼠脑中诱导疾病相关小胶质细胞表型的现象 | 需要进一步使用单细胞分辨率的空间转录组学来更准确地解释tau病理对小胶质细胞的影响 | 探讨tau病理与小胶质细胞状态之间的关系 | 阿尔茨海默病模型小鼠的小胶质细胞状态 | NA | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序,空间转录组学 | NA | RNA | 人源化tau的敲入小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 555 | 2024-12-12 |
Research trends and hotspots of the applications of single-cell RNA sequencing in cardiovascular diseases: a bibliometric and visualized study
2024-Dec, Annals of medicine and surgery (2012)
DOI:10.1097/MS9.0000000000002681
PMID:39649887
|
研究论文 | 本研究通过文献计量学和可视化分析,探讨了单细胞RNA测序在心血管疾病中的应用趋势和热点 | 首次系统地对单细胞RNA测序在心血管疾病中的应用进行了文献计量学和可视化分析 | 研究仅基于Web of Science Core Collection数据库中的文献,可能存在一定的偏倚 | 探讨单细胞RNA测序在心血管疾病中的应用现状和发展趋势 | 单细胞RNA测序在心血管疾病中的应用文献 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 文本 | 1170篇文献 | NA | NA | NA | NA |
| 556 | 2024-12-12 |
Gene regulatory networks in abiotic stress responses via single-cell sequencing and spatial technologies: Advances and opportunities
2024-Dec, Current opinion in plant biology
IF:8.3Q1
DOI:10.1016/j.pbi.2024.102662
PMID:39541907
|
研究论文 | 本文探讨了单细胞测序和空间技术在解析非生物胁迫响应基因调控网络中的进展、挑战和机遇 | 利用单细胞RNA测序和空间转录组技术,结合染色质可及性分析,揭示了植物细胞在非生物胁迫下的转录组景观和细胞间相互作用 | 需要进一步整合多组学数据以发现细胞类型特异性的基因调控网络 | 增强作物植物对气候变化的适应能力 | 非生物胁迫响应的基因调控网络 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学、染色质可及性分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 557 | 2024-12-11 |
Cordycepin enhances the Anticancer efficacy of PD-L1 blockade by modulating the tumor microenvironment of colon cancer
2024-Dec-15, European journal of pharmacology
IF:4.2Q1
DOI:10.1016/j.ejphar.2024.177089
PMID:39489279
|
研究论文 | 研究评估了抗PD-L1抗体与虫草素联合治疗结肠癌的效果及其机制 | 首次探讨了虫草素通过调节肿瘤微环境增强PD-L1阻断的抗肿瘤效果 | NA | 评估抗PD-L1抗体与虫草素联合治疗结肠癌的疗效 | 结肠癌及其肿瘤微环境 | NA | 结肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 558 | 2024-12-11 |
Leukemia inhibitory factor receptor inhibition by EC359 reduces atherosclerotic stenosis grade in Ldlr-/- mice
2024-Dec-15, European journal of pharmacology
IF:4.2Q1
DOI:10.1016/j.ejphar.2024.177121
PMID:39528103
|
研究论文 | 本研究探讨了白血病抑制因子(LIF)受体在动脉粥样硬化发展中的作用,并通过实验验证了LIF受体抑制剂EC359在减少动脉粥样硬化狭窄程度方面的潜力 | 首次深入研究了LIF及其受体在动脉粥样硬化中的作用,并证明了LIF受体抑制剂EC359在减少动脉粥样硬化斑块大小和降低胆固醇水平方面的效果 | 研究仅在Ldlr-/-小鼠模型中进行,结果的普遍性和在人类中的适用性尚需进一步验证 | 探讨LIF受体信号在动脉粥样硬化发展中的作用,并评估LIF受体抑制剂EC359的疗效 | LIF受体在动脉粥样硬化中的作用及EC359对动脉粥样硬化的影响 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 实验涉及30只Ldlr-/-小鼠,分为两组,每组15只 | NA | NA | NA | NA |
| 559 | 2024-12-11 |
Increased spatial coupling of integrin and collagen IV in the immunoresistant clear-cell renal-cell carcinoma tumor microenvironment
2024-Dec-05, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03435-z
PMID:39639369
|
研究论文 | 本文通过空间转录组学研究了透明细胞肾细胞癌(ccRCC)肿瘤微环境中整合素和胶原蛋白IV的空间耦合,以更好地理解免疫治疗耐药性 | 本文首次使用细胞分辨率的空间转录组学技术,分析了免疫治疗前后ccRCC肿瘤微环境中的分子变化,并发现免疫治疗后肿瘤中胶原蛋白IV和整合素αV的表达显著增加 | 本文仅分析了21个肿瘤样本,样本量较小,且未探讨潜在的治疗策略 | 研究透明细胞肾细胞癌肿瘤微环境中免疫治疗耐药性的分子机制 | 透明细胞肾细胞癌(ccRCC)肿瘤及其微环境 | 数字病理学 | 肾癌 | 空间转录组学 | NA | 空间分子图像 | 21个ccRCC肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 560 | 2024-12-11 |
Single-cell transcriptome analysis of the mouse lungs during the injury and recovery periods after lipopolysaccharide administration
2024-Dec, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.]
IF:4.8Q2
DOI:10.1007/s00011-024-01951-z
PMID:39377802
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了小鼠肺部在脂多糖处理后损伤和恢复期的细胞和分子变化 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了脂多糖诱导的急性肺损伤(ALI)期间细胞间相互作用及Dpp4在其中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 探讨急性肺损伤(ALI)期间细胞和分子变化,并寻找有效的治疗靶点 | 小鼠肺部在脂多糖处理后损伤和恢复期的细胞和分子变化 | 数字病理学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 来自损伤(第3天)和恢复(第6天)小鼠的肺泡组织样本 | NA | NA | NA | NA |