单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
521	2024-11-23	CVGAE: A Self-Supervised Generative Method for Gene Regulatory Network Inference Using Single-Cell RNA Sequencing Data 2024-Dec, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-024-00633-y PMID:38778003	研究论文	提出了一种基于单细胞RNA测序数据的自我监督生成方法CVGAE用于基因调控网络推断	使用图神经网络进行归纳表示学习，将基因表达数据和观测拓扑结构合并到低维向量空间中，并采用多层GraphSAGE作为编码器和改进的解码器来克服网络稀疏性问题	NA	改进基因调控网络推断的准确性和模型泛化能力	单细胞RNA测序数据中的基因调控网络	机器学习	NA	单细胞RNA测序	图神经网络	基因表达数据	多个包含四个相关真实网络的单细胞数据集
522	2024-11-23	Luteinizing Hormone Receptor Mutation (LHRN316S) Causes Abnormal Follicular Development Revealed by Follicle Single-Cell Analysis and CRISPR/Cas9 2024-Dec, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-024-00646-7 PMID:39150470	研究论文	通过单细胞RNA测序和CRISPR/Cas9技术研究黄体生成素受体突变对卵泡发育的影响	首次通过单细胞RNA测序揭示了黄体生成素受体突变对卵泡发育的影响，并利用CRISPR/Cas9技术构建了LHR小鼠模型	研究主要集中在体外实验和小鼠模型，需要进一步的人体研究来验证结果	探讨黄体生成素受体突变对卵泡发育的影响及其在女性不孕治疗中的潜在应用	卵泡中的卵母细胞、卵丘颗粒细胞和壁颗粒细胞	NA	女性不孕	单细胞RNA测序、CRISPR/Cas9	NA	RNA	14只LHR雌性小鼠和ICR野生型雄性小鼠交配
523	2024-11-22	Optimizing CAR-T cell Culture: Differential effects of IL-2, IL-12, and IL-21 on CAR-T cells 2024-Dec, Cytokine IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cyto.2024.156758 PMID:39299100	研究论文	研究不同细胞因子（IL-2、IL-12和IL-21）对CAR-T细胞培养的影响	首次通过单细胞RNA测序分析不同细胞因子对CAR-T细胞生物过程的影响	研究仅限于体外实验，未涉及临床应用	优化CAR-T细胞培养条件，寻找最有效的细胞因子	CAR-T细胞在不同细胞因子处理下的生物学过程	生物技术	血液恶性肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多种CAR-T细胞组在不同处理下的样本
524	2024-11-20	Machine learning based analysis of single-cell data reveals evidence of subject-specific single-cell gene expression profiles in acute myeloid leukaemia patients and healthy controls 2024-Dec, Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms DOI:10.1016/j.bbagrm.2024.195062 PMID:39366464	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据和机器学习方法，分析了急性髓系白血病（AML）患者和健康对照者的单细胞基因表达谱	发现AML患者和健康对照者的基因表达谱可以在个体水平上以高准确率（>70%）进行分类，表明存在个体特异性的单细胞转录组学特征	NA	探索急性髓系白血病患者和健康对照者的单细胞基因表达谱的个体特异性	急性髓系白血病患者和健康对照者的单细胞基因表达谱	机器学习	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	公开可用的单细胞RNA测序数据
525	2024-11-20	Local Controlled Delivery of IL-4 Decreases Inflammatory Bone Loss in a Murine Model of Periodontal Disease 2024-Dec-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2400332 PMID:39465979	研究论文	研究通过局部控制释放IL-4来减少牙周疾病小鼠模型中的炎症性骨损失	使用生物可降解聚合物载体局部持续释放IL-4，以靶向口腔内的巨噬细胞，减少炎症性骨损失并促进骨再生	研究仅在牙周疾病小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	评估使用控制药物释放策略靶向口腔内巨噬细胞的可行性	牙周疾病小鼠模型中的巨噬细胞	NA	牙周疾病	单细胞RNA测序技术	NA	RNA	小鼠样本
526	2024-11-20	Landscape of multiple tissues' gene expression pattern associated with severe sepsis: Genetic insights from Mendelian randomization and trans-omics analysis 2024-Dec-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2024.123181 PMID:39471899	研究论文	研究了与严重脓毒症相关的多组织基因表达模式，并使用孟德尔随机化和跨组学分析方法揭示了ST7L作为泛组织风险因子的作用	首次揭示了ST7L作为泛组织风险因子在严重脓毒症中的作用，并通过跨组学分析验证了其在树突状细胞中的表达和功能	研究主要基于基因表达数据和跨组学分析，缺乏对临床治疗的直接指导	揭示与严重脓毒症相关的多组织基因表达模式，并识别潜在的治疗靶点	严重脓毒症患者的基因表达模式和跨组织风险因子	基因组学	脓毒症	孟德尔随机化、全基因组关联研究、表达数量性状位点分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	26个队列中的12种组织类型
527	2024-11-20	Integrated analysis of multi-omics data for the discovery of biomarkers and therapeutic targets for juvenile idiopathic arthritis 2024-Dec, Journal of translational autoimmunity IF:4.7Q2 DOI:10.1016/j.jtauto.2024.100256 PMID:39554251	研究论文	本研究通过多组学数据的综合分析，发现了青少年特发性关节炎的生物标志物和治疗靶点	首次使用两样本孟德尔随机化分析方法，揭示了血浆蛋白与青少年特发性关节炎之间的因果关系	研究仅限于血浆蛋白的分析，未涉及其他可能的生物标志物	识别和开发青少年特发性关节炎的新药物靶点和生物标志物，以提高治疗效果	青少年特发性关节炎及其相关血浆蛋白	生物信息学	风湿性疾病	两样本孟德尔随机化分析、共定位分析、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq	NA	蛋白质组学、转录组学	未具体说明样本数量
528	2024-11-19	Single-cell profiling of the peripheral blood immune landscape during mid- and late-stage pregnancy 2024-Dec-01, Physiological genomics IF:2.5Q2 DOI:10.1152/physiolgenomics.00041.2024 PMID:39555960	研究论文	研究了中期和晚期妊娠妇女外周血单核细胞（PBMC）的免疫谱，揭示了妊娠不同阶段的免疫细胞亚型和分子特性的显著差异	首次详细描述了中期和晚期妊娠妇女外周血免疫谱的变化，发现了一种罕见的T细胞亚型“XIST+ T细胞”，并揭示了其在妊娠期间的免疫调节作用	样本量较小，仅包括三名中期和晚期妊娠妇女，可能影响结果的普适性	确定中期和晚期妊娠妇女外周血单核细胞的免疫谱，为研究妊娠相关疾病提供基础	中期和晚期妊娠妇女的外周血单核细胞	免疫学	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和流式细胞术	NA	单细胞RNA数据	三名中期妊娠妇女和三名晚期妊娠妇女的外周血样本
529	2024-11-18	Characterization of CD8+ virtual memory T cells in IL-4 knockout mice using single-cell RNA sequencing 2024-Dec-17, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150950 PMID:39515094	研究论文	研究了IL-4敲除小鼠中CD8+虚拟记忆T细胞的单细胞RNA测序特征	首次详细描述了IL-4敲除小鼠中CD8+虚拟记忆T细胞的基因表达特征及其在缺乏IL-4情况下的变化	研究仅限于IL-4敲除小鼠，未探讨其他免疫调节因子对CD8+虚拟记忆T细胞的影响	探讨IL-4对CD8+虚拟记忆T细胞在周围组织中扩展的微小影响	IL-4敲除C57BL/6小鼠的CD8+虚拟记忆T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	Seurat分析	基因表达数据	来自野生型和IL-4敲除小鼠的CD8脾细胞
530	2024-11-18	Discovering explainable biomarkers for breast cancer anti-PD1 response via network Shapley value analysis 2024-Dec, Computer methods and programs in biomedicine IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.cmpb.2024.108481 PMID:39488042	研究论文	本文提出了一种基于合作博弈理论的新型特征选择方法，用于识别乳腺癌免疫治疗反应的解释性生物标志物	本文创新性地将Shapley值分析应用于基因调控网络，以量化特征重要性，并通过网络扩展原则和节点邻接性来增强特征选择的可解释性	NA	旨在识别预测乳腺癌免疫治疗反应的生物标志物	乳腺癌患者的免疫治疗反应	机器学习	乳腺癌	Shapley值分析	NA	单细胞RNA测序数据	NA
531	2024-11-17	RB1 Mutations Induce Smoking-Related Bladder Cancer by Modulating the Cytochrome P450 Pathway 2024-Dec, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24409 PMID:39239764	研究论文	研究探讨了RB1基因突变如何通过调节细胞色素P450途径促进吸烟相关的膀胱癌发生	首次揭示了RB1突变在吸烟相关膀胱癌中的作用机制，并阐明了其通过抑制细胞色素P450途径和调节肿瘤免疫微环境来驱动肿瘤发生	研究主要基于TCGA数据集和细胞实验，缺乏临床样本的验证	探讨吸烟引起的RB1突变与膀胱癌发生之间的关系及其分子机制	RB1基因突变、细胞色素P450途径、膀胱癌细胞	数字病理学	膀胱癌	RT-qPCR	NA	转录组数据	使用了The Cancer Genome Atlas (TCGA) 数据集和细胞实验样本
532	2024-11-17	Identification of psoriasis-associated immune marker G3BP2 through single-cell RNA sequencing and meta analysis 2024-Dec, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13851 PMID:39267394	研究论文	通过单细胞RNA测序和元分析识别与银屑病相关的免疫标记物G3BP2	结合单细胞RNA测序和元分析，揭示银屑病在细胞水平的潜在机制，并识别出具有统计学意义的免疫调节标记基因	研究样本量较小，仅涉及12名银屑病患者	揭示银屑病的发病和进展机制，并寻找有效的治疗靶点	银屑病患者的皮肤组织样本	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	12名银屑病患者的皮肤组织样本
533	2024-11-17	Spatial proteomics and transcriptomics of the maternal-fetal interface in placenta accreta spectrum 2024-Dec, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1016/j.trsl.2024.09.004 PMID:39349165	研究论文	研究探讨了在严重胎盘植入谱（PAS）病例中，母胎界面在胎盘植入（胎盘增厚）情况下的蛋白质组学和转录组学变化	通过系统生物学方法，结合免疫组化、空间转录组学和蛋白质组学，揭示了胎盘植入区域中T细胞和转录因子的空间分布变化，以及与细胞凋亡抑制和细胞粘附相关的蛋白质表达变化	研究主要集中在胎盘植入区域，未涵盖所有PAS病例，且未探讨这些变化对母婴长期健康的影响	探讨胎盘植入谱病例中母胎界面的蛋白质组学和转录组学变化	胎盘植入谱病例中的母胎界面	数字病理学	妊娠相关疾病	免疫组化、空间转录组学、蛋白质组学	NA	蛋白质、基因表达	NA
534	2024-11-17	STGAT: Graph attention networks for deconvolving spatial transcriptomics data 2024-Dec, Computer methods and programs in biomedicine IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.cmpb.2024.108431 PMID:39461117	研究论文	本文提出了一种名为STGAT的图注意力网络方法，用于解卷积空间转录组数据	STGAT通过生成伪空间转录组数据和构建综合图，利用图注意力网络动态分配权重，显著提高了细胞类型组成的预测准确性	NA	提高空间转录组数据分析的分辨率和准确性	空间转录组数据和单细胞RNA测序数据的整合与解卷积	数字病理学	NA	图注意力网络	图注意力网络	空间转录组数据	NA
535	2024-11-17	Integrating transcriptomic data and digital pathology for NRG-based prediction of prognosis and therapy response in gastric cancer 2024-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2024.2426758 PMID:39527470	研究论文	本文研究了非凋亡性细胞死亡相关基因（NRG）在胃癌（GC）中的预后和治疗反应预测作用，并开发了一种基于深度学习的模型	首次将转录组数据与数字病理学结合，构建NRG特征并开发深度学习模型，用于胃癌患者的预后和治疗反应预测	NA	研究非凋亡性细胞死亡相关基因在胃癌中的预后和治疗反应预测作用	胃癌患者的转录组数据和数字病理学图像	数字病理学	胃癌	RNA-seq	ResNet50	图像	NA
536	2024-11-15	Integration of transcriptomics and spatial biology analyses reveals Galactomyces ferment filtrate promotes epidermal interconnectivity via induction of keratinocyte differentiation, proliferation and cellular bioenergetics 2024-Dec, International journal of cosmetic science IF:2.7Q2 DOI:10.1111/ics.12991 PMID:38924095	研究论文	研究评估了Galactomyces Ferment Filtrate（GFF）对表皮分化和氧化应激反应的影响	首次通过转录组学和空间生物学分析揭示了GFF促进表皮细胞间连通性，并通过诱导角质形成细胞分化、增殖和细胞生物能量来实现	NA	评估GFF对表皮分化和氧化应激反应的影响	角质形成细胞和体外皮肤组织	NA	NA	转录组学	NA	转录组数据	多个供体的角质形成细胞和体外皮肤组织
537	2024-11-15	Single-cell integrated transcriptomics reveals the role of keratinocytes in head and neck squamous cell carcinoma 2024-Dec, Journal of applied genetics IF:2.0Q3 DOI:10.1007/s13353-024-00842-7 PMID:38421592	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，全面分析了头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）的细胞水平特征，揭示了角质形成细胞在HNSCC发展中的潜在作用	通过hdWGCNA共表达网络分析，识别了与HNSCC进展相关的基因模块，并构建了一个基于特定基因的预测模型，展示了其在多个数据集中的稳健预测性能	需要进一步研究来验证和扩展这些发现，以最终改善HNSCC患者的治疗效果	理解HNSCC的分子机制，识别预后标志物和治疗靶点，以提高患者治疗效果	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）及其相关细胞类型	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	多个数据集
538	2024-11-15	Prediction of clinical prognosis and drug sensitivity in hepatocellular carcinoma through the combination of multiple cell death pathways 2024-Dec, Cell biology international IF:3.3Q3 DOI:10.1002/cbin.12235 PMID:39192561	研究论文	研究通过结合多种细胞死亡途径预测肝细胞癌的临床预后和药物敏感性	开发了一种基于细胞死亡指数（CDI）的预测模型，结合了多种细胞死亡途径和临床信息，用于预测肝细胞癌的预后和药物敏感性	研究依赖于现有数据集，可能存在数据偏差；模型在不同数据集上的验证结果可能存在差异	开发一种预测肝细胞癌临床预后和药物敏感性的模型	肝细胞癌患者的临床预后和药物敏感性	机器学习	肝癌	机器学习算法	NA	转录组数据、单细胞转录组数据、基因组数据和临床信息	使用了来自TCGA-LIHC、GSE14520、GSE45436和GSE166635数据集的数据
539	2024-11-15	Elucidating ferroptosis mechanisms in heart failure through transcriptomics, single-cell sequencing, and experimental validation 2024-Dec, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111416 PMID:39293745	研究论文	本研究通过转录组学、单细胞测序和实验验证，阐明了铁死亡在心力衰竭中的机制	首次通过转录组学和单细胞测序技术，识别并验证了与心力衰竭相关的铁死亡基因，揭示了这些基因在不同细胞类型中的差异表达模式	研究主要基于公共数据集和实验模型，需要进一步的临床验证	阐明铁死亡在心力衰竭中的机制，并识别潜在的治疗靶点	心力衰竭相关的铁死亡基因及其在不同细胞类型中的表达模式	基因组学	心血管疾病	转录组学、单细胞测序、LASSO回归、SVM-RFE机器学习	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	心力衰竭细胞和小鼠模型
540	2024-11-15	Disruption of immune responses by type 1 diabetes exacerbates SARS-CoV-2 mediated lung injury 2024-Dec-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00250.2024 PMID:39320093	研究论文	研究了1型糖尿病对SARS-CoV-2感染引起的肺损伤的影响	引入了一种新的组织消化技术，用于高度固定组织的流式细胞分析	研究仅限于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	探讨1型糖尿病如何加剧COVID-19肺炎的严重性	1型糖尿病小鼠模型中的SARS-CoV-2感染	NA	糖尿病	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	转录组数据	野生型小鼠感染了适应性SARS-CoV-2