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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 501 | 2024-12-15 |
Single-cell transcriptomic atlas of taste papilla aging
2024-Dec, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.14308
PMID:39169434
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序揭示了味蕾衰老的分子和细胞特征 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了味蕾衰老过程中差异表达的基因及其功能,并识别了与衰老相关的转录枢纽 | 研究仅限于味蕾细胞,未涉及其他感官细胞或整体衰老机制 | 揭示味蕾衰老的分子和细胞特征 | 味蕾细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 老年和年轻味蕾细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 502 | 2024-12-15 |
Reliable estrogen-related prognostic signature for uterine corpus endometrial carcinoma
2024-Dec, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 本研究探讨了子宫内膜癌中与雌激素相关的关键基因,并构建了预测患者预后的风险评分 | 首次基于8个与雌激素相关的基因构建了预测子宫内膜癌患者预后的风险评分,并验证了其可靠性和临床价值 | 研究仅基于公开数据集,未进行临床试验验证 | 探索子宫内膜癌中与雌激素相关的关键基因,并构建预测患者预后的风险评分 | 子宫内膜癌患者及其与雌激素相关的基因 | 数字病理学 | 妇科肿瘤 | scRNA-seq, bulk RNA, 单因素Cox回归分析, LASSO Cox回归分析, 多因素Cox回归分析, GO, KEGG, GSVA富集分析, CCK8检测 | Cox回归模型 | RNA数据 | 来自GEO, TCGA和Molecular Signature Database的子宫内膜癌scRNA-seq数据和bulk RNA数据 | NA | NA | NA | NA |
| 503 | 2024-12-15 |
Batch effects correction in scRNA-seq based on biological-noise decoupling autoencoder and central-cross loss
2024-Dec, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 本文提出了一种基于生物噪声解耦自动编码器和中心交叉损失的单细胞RNA测序数据批次效应校正模型 | 该模型通过自动编码器重构数据,并使用层次聚类树逐步合并小簇,结合中心交叉损失在嵌入空间中形成更紧凑的聚类,从而在不丢失稀有细胞类型的情况下有效消除批次效应 | NA | 解决现有批次校正方法在降维过程中可能丢失稀有细胞类型的问题 | 单细胞RNA测序数据中的批次效应 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 自动编码器 | 数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 504 | 2024-12-15 |
CopyMix: Mixture model based single-cell clustering and copy number profiling using variational inference
2024-Dec, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 本文提出了一种基于变分推断的混合模型CopyMix,用于单细胞聚类和拷贝数分析,旨在解决现有方法中存在的聚类伪影问题 | CopyMix通过联合推断细胞簇及其拷贝数分布,避免了传统方法中预处理和后处理步骤引入的聚类伪影问题 | NA | 研究肿瘤异质性,通过单细胞测序技术揭示肿瘤细胞亚群的基因组特征 | 单细胞DNA测序数据中的拷贝数变异和细胞聚类 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞DNA测序 | 混合模型 | 拷贝数数据 | 生物数据和模拟数据 | NA | NA | NA | NA |
| 505 | 2024-12-15 |
Choroid Plexus as a Mediator of CNS Inflammation in Multiple Sclerosis
2024-Dec, Multiple sclerosis (Houndmills, Basingstoke, England)
DOI:10.1177/13524585241292974
PMID:39503321
|
综述 | 本文综述了脉络丛在多发性硬化症(MS)中枢神经系统炎症中的作用 | 本文探讨了脉络丛作为免疫反应的调控者,并通过脑脊液传播与MS相关的神经炎症的新观点 | NA | 探讨脉络丛在多发性硬化症中枢神经系统炎症中的作用 | 脉络丛及其在脑脊液中的作用 | NA | 多发性硬化症 | 空间转录组学、蛋白质组学、代谢组学和脂质组学 | NA | 脑脊液样本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 506 | 2024-12-15 |
Consensus prediction of cell type labels in single-cell data with popV
2024-Dec, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-01993-3
PMID:39567746
|
研究论文 | 本文提出了一种名为popV的集成预测模型,用于单细胞数据中的细胞类型标签共识预测,并提供了不确定性评分 | popV通过基于本体的投票机制,实现了细胞类型标签的准确预测和不确定性评估,解决了现有方法在不确定性估计方面的不足 | NA | 提出一种新的方法来改进单细胞数据中细胞类型标签的预测和不确定性评估 | 单细胞数据的细胞类型标签 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 集成模型 | 单细胞数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 507 | 2024-12-15 |
Multi-omic characteristics of longitudinal immune profiling after breakthrough infections caused by Omicron BA.5 sublineages
2024-Dec, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105428
PMID:39536392
|
研究论文 | 本研究通过临床评估、单细胞RNA测序、T细胞受体/B细胞受体测序和抗体质谱分析,监测了Omicron BA.5亚系突破性感染后第一个月内的免疫动态 | 首次揭示了Omicron BA.5亚系突破性感染后个体免疫动态特征,包括免疫激活、抗病毒反应、抗体成熟和类别转换 | 研究样本量较小,可能无法完全代表所有突破性感染患者的免疫动态 | 探讨Omicron BA.5亚系突破性感染后第一个月内的免疫动态变化 | Omicron BA.5亚系突破性感染患者的免疫动态 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序、T细胞受体/B细胞受体测序、抗体质谱分析 | NA | RNA序列、TCR/BCR序列、抗体数据 | 纵向队列中的多个时间点样本 | NA | NA | NA | NA |
| 508 | 2024-12-14 |
Hierarchical marker genes selection in scRNA-seq analysis
2024-Dec, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012643
PMID:39666603
|
研究论文 | 本文提出了一种分层标记基因选择策略,用于改进单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性和可解释性 | 提出了分层标记基因选择策略,通过分组相似的细胞群并分层选择标记基因,解决了传统one-vs-all策略在区分紧密相关细胞类型时标记基因重叠的问题 | 未提及 | 改进单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性和可解释性 | 单细胞RNA测序数据中的异质细胞群 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 509 | 2024-12-15 |
Deconvolution of cell-type-associated markers predictive of response to neoadjuvant radiotherapy
2024-Dec, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据,对直肠癌术前新辅助放疗前的肿瘤转录组进行去卷积分析,揭示了与放疗反应相关的细胞类型特异性标记物 | 本研究首次通过去卷积分析揭示了直肠癌放疗抵抗和复发中不同细胞来源的分子标记物,并推断了与放疗反应相关的细胞类型特异性相互作用 | 本研究仅基于单细胞RNA测序数据进行分析,未考虑其他类型的数据或实验验证 | 揭示直肠癌放疗抵抗和复发中不同细胞来源的分子标记物及其与放疗反应的关系 | 直肠癌患者术前新辅助放疗前的肿瘤样本 | 数字病理学 | 直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个独立数据集,包括GSE119409、GSE35452和GSE45404 | NA | NA | NA | NA |
| 510 | 2024-12-14 |
3D printed PGCL@PLA/10CSPL composite scaffolds loaded with fibronectin 1 for intervertebral disc degeneration treatment
2024-Dec-13, Biofabrication
IF:8.2Q1
DOI:10.1088/1758-5090/ad998f
PMID:39668784
|
研究论文 | 本文设计并制造了一种新型3D打印PGCL@PLA/10CSPL复合支架,用于椎间盘退行性疾病的治疗 | 本文创新性地设计了一种具有良好生物相容性和电活性的PGCL@1PAP/10CSPL支架,并加载了从单细胞转录组数据中识别出的纤维连接蛋白1(FN1),以加速异常髓核退变 | NA | 研究目的是开发一种新型植入系统,用于椎间盘退行性疾病的治疗 | 研究对象是椎间盘退行性疾病及其治疗 | 生物医学工程 | 椎间盘退行性疾病 | 3D打印技术 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 511 | 2024-12-14 |
Paired-Related Homeobox 1-Positive Cells Are Needed for Osseointegration
2024-Dec-11, The International journal of oral & maxillofacial implants
DOI:10.11607/jomi.10852
PMID:38498783
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研究论文 | 研究Prrx1阳性细胞在成年牙槽骨中对种植体诱导骨整合过程的贡献及其潜在机制 | 首次揭示了Prrx1阳性细胞在骨整合过程中的作用,并发现Sema3C在Prrx1阳性细胞驱动的成骨过程中起关键作用 | 研究仅在啮齿动物模型中进行,尚未在人类中验证 | 探讨Prrx1阳性细胞在种植体诱导骨整合过程中的作用及其机制 | Prrx1阳性细胞在成年牙槽骨中的作用 | NA | NA | Cre重组酶诱导的谱系追踪、细胞消融、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 使用小鼠牙种植体模型进行实验 | NA | NA | NA | NA |
| 512 | 2024-12-14 |
EEE1F1 could serve as a prognostic biomarker for patients with endometrial cancer: A comprehensive analysis by integrating bulk and single-cell sequencing
2024-Dec-11, Asian journal of surgery
IF:3.5Q1
DOI:10.1016/j.asjsur.2024.11.065
PMID:39668036
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 513 | 2024-12-14 |
Conserved B cell signaling, activation, and differentiation in porcine jejunal and ileal Peyer's patches despite distinct immune landscapes
2024-Dec, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.mucimm.2024.08.005
PMID:39147277
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研究论文 | 研究了猪空肠和回肠Peyer's patches中B细胞的信号传导、激活和分化,尽管存在不同的免疫环境,但发现了保守的B细胞动态 | 首次通过单细胞和空间转录组学研究猪空肠和回肠Peyer's patches中B细胞的信号传导、激活和分化,并发现尽管存在不同的免疫环境,B细胞动态在肠道位置间是保守的 | 研究仅限于猪的空肠和回肠Peyer's patches,未涉及其他物种或其他肠道区域 | 探讨Peyer's patches中B细胞的信号传导、激活和分化,并研究其在不同肠道位置的保守性 | 猪空肠和回肠Peyer's patches中的B细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 猪空肠和回肠Peyer's patches中的B细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 514 | 2024-12-14 |
GeneCompass: deciphering universal gene regulatory mechanisms with a knowledge-informed cross-species foundation model
2024-Dec, Cell research
IF:28.1Q1
DOI:10.1038/s41422-024-01034-y
PMID:39375485
|
研究论文 | 本文构建了一个跨物种的基础模型GeneCompass,用于解析普遍的基因调控机制 | GeneCompass通过整合四种先验生物学知识,在自监督学习中增强了基因调控机制的理解,并在多个下游任务中超越了现有模型 | NA | 解析跨物种的普遍基因调控机制,推动基础生命过程研究和临床应用 | 人类和小鼠的单细胞转录组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 基础模型 | 转录组数据 | 12000万个人类和小鼠的单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 515 | 2024-12-14 |
SRSF1 Is Crucial for Maintaining Satellite Cell Homeostasis During Skeletal Muscle Growth and Regeneration
2024-Dec, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle
DOI:10.1002/jcsm.13607
PMID:39381961
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研究论文 | 本文研究了剪接因子SRSF1在骨骼肌生长和再生过程中对卫星细胞稳态的维持作用 | 首次揭示了SRSF1在调节Fgfr1op2剪接中的关键作用,以及其对有丝分裂纺锤体组织和细胞衰老的影响 | 研究主要集中在新生小鼠的横膈膜和C2C12细胞系,可能无法完全代表所有骨骼肌的情况 | 探讨SRSF1缺失对卫星细胞功能和肌肉再生的影响机制 | 卫星细胞(SCs)及其在骨骼肌生长和再生中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、RNA测序(RNA-seq)、免疫染色、EdU掺入实验 | NA | RNA | 新生小鼠横膈膜的单核细胞悬液(KO和对照组)、C2C12肌母细胞和原代肌母细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 516 | 2024-12-14 |
The mRNA expression profile of glycine receptor subunits alpha 1, alpha 2, alpha 4 and beta in female and male mice
2024-Dec, Molecular and cellular neurosciences
DOI:10.1016/j.mcn.2024.103976
PMID:39580061
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研究论文 | 研究了成年雌性和雄性小鼠中甘氨酸受体亚基alpha 1、alpha 2、alpha 4和beta的mRNA表达谱 | 首次详细分析了甘氨酸受体亚基在不同脑区和脊髓中的表达模式,并比较了雌雄小鼠在特定脑区的表达差异 | Glra4的表达水平过低,无法通过qRT-PCR检测到 | 探讨甘氨酸受体亚基在中枢神经系统中的表达模式及其在雌雄小鼠中的差异 | 甘氨酸受体亚基alpha 1、alpha 2、alpha 4和beta在成年雌性和雄性小鼠中的mRNA表达 | NA | NA | 单细胞RNA测序、定量实时PCR (qRT-PCR)、RNAscope | NA | mRNA表达数据 | 成年雌性和雄性小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 517 | 2024-12-14 |
Investigating intra-tumoural heterogeneity and microenvironment diversity in primary cardiac angiosarcoma through single-cell RNA sequencing
2024-Dec, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70113
PMID:39658531
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了原发性心脏血管肉瘤的肿瘤内异质性和肿瘤微环境多样性 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了原发性心脏血管肉瘤的复杂细胞景观和免疫微环境,并识别了潜在的分子治疗靶点 | 样本量较小,仅基于四个患者的肿瘤样本进行分析 | 揭示原发性心脏血管肉瘤的细胞异质性和肿瘤微环境,为开发新型疗法提供分子靶点 | 原发性心脏血管肉瘤的肿瘤内异质性和肿瘤微环境 | 数字病理学 | 心脏肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 四个患者的肿瘤样本和五个正常心脏组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 518 | 2024-12-14 |
Oxygen, angiogenesis, cancer and immune interplay in breast tumour microenvironment: a computational investigation
2024-Dec, Royal Society open science
IF:2.9Q1
DOI:10.1098/rsos.240718
PMID:39665095
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研究论文 | 本研究利用乳腺特异性多瘤病毒中T抗原过表达小鼠模型(MMTV-PyMT)的数据,探讨了乳腺癌微环境中氧气、血管生成、癌症与免疫细胞之间的相互作用 | 引入了一种基于单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据估算乳腺癌微环境中免疫细胞比例的方法,并通过混合遗传算法(HGA)进行参数估计 | NA | 研究乳腺癌微环境中氧气、血管生成、癌症与免疫细胞之间的复杂动态相互作用 | 乳腺癌微环境中的内皮细胞、氧气、血管内皮生长因子(VEGF)以及免疫细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 混合遗传算法(HGA) | 单细胞RNA测序数据 | 乳腺特异性多瘤病毒中T抗原过表达小鼠模型(MMTV-PyMT) | NA | NA | NA | NA |
| 519 | 2024-12-13 |
CAR-NK cells derived from cord blood originate mainly from CD56-CD7+CD34-HLA-DR-Lin- NK progenitor cells
2024-Dec-12, Molecular therapy. Methods & clinical development
DOI:10.1016/j.omtm.2024.101374
PMID:39659759
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研究论文 | 研究探讨了脐血来源的CAR-NK细胞主要来源于CD56-CD7+CD34-HLA-DR-Lin- NK祖细胞 | 首次确定CAR-NK细胞主要来源于CD56 NK祖细胞,并揭示了CD56CD7CD34HLA-DR Lin细胞是人类脐血来源CAR-NK细胞的主要来源 | 研究未详细探讨如何增强从这些NK祖细胞中产生NK细胞的质量和数量 | 探讨CAR-NK细胞在脐血中的起源 | 脐血来源的CAR-NK细胞及其祖细胞 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 脐血单个核细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 520 | 2024-12-13 |
Cancer-associated fibroblasts promote melanoma progression by inducing immune evasion: A risk prediction study based on single-cell RNA-seq and RNA-Seq data
2024-Dec-11, Asian journal of surgery
IF:3.5Q1
DOI:10.1016/j.asjsur.2024.12.007
PMID:39665934
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |