单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2024-12-13	Pericancerous cross-presentation to cytotoxic T lymphocytes impairs immunotherapeutic efficacy in hepatocellular carcinoma 2024-Dec-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.10.012 PMID:39547231	研究论文	研究揭示了在肝细胞癌中，癌周巨噬细胞通过内质网相关降解机制介导的细胞质途径交叉呈递抗原给CD103细胞毒性T淋巴细胞，导致CD103 CTLs滞留在癌周区域，激活NLRP3炎症小体，促进肝癌进展并抵抗免疫治疗	首次揭示了癌周巨噬细胞通过内质网相关降解机制交叉呈递抗原给CD103 CTLs，并阐明了这一过程如何促进肝癌进展和免疫治疗抵抗	研究主要集中在单细胞RNA测序和空间转录组学分析，可能需要进一步的实验验证	探讨癌周巨噬细胞与细胞毒性T淋巴细胞在肝细胞癌中的相互作用及其对免疫治疗效果的影响	肝细胞癌患者的癌周巨噬细胞和CD103细胞毒性T淋巴细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和空间转录组学	NA	RNA	肝细胞癌患者
502	2024-12-13	A low level of tumor necrosis factor α in tumor microenvironment maintains the self-renewal of glioma stem cells by Vasorin-mediated glycolysis 2024-Dec-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae147 PMID:39093693	研究论文	研究探讨了肿瘤微环境中低水平的肿瘤坏死因子α（TNFα）如何通过Vasorin介导的糖酵解维持胶质瘤干细胞（GSCs）的自我更新	首次揭示了TNFα通过Vasorin介导的糖酵解机制维持GSCs自我更新的作用，并解释了内源性TNFα在胶质母细胞瘤（GBM）治疗中失效的原因	研究主要基于体外和体内模型，尚未在临床试验中验证其有效性	探讨TNFα在肿瘤微环境中对GSCs自我更新的影响及其机制	胶质瘤干细胞（GSCs）和肿瘤微环境中的TNFα	数字病理学	脑癌	空间转录组学、免疫印迹、球体形成实验、极限稀释、基因表达分析、质谱、RNA测序、qRT-RNA、免疫荧光、免疫组织化学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中明确提及
503	2024-12-13	Immune landscape of isocitrate dehydrogenase-stratified primary and recurrent human gliomas 2024-Dec-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae139 PMID:39126294	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和光谱细胞术分析了48个人类胶质瘤的免疫景观，揭示了IDH状态、复发和治疗对免疫微环境的影响	发现了22种与胶质瘤免疫相关的免疫细胞类型，并识别出表达颗粒酶的炎症性小胶质细胞亚群，提供了超越M1/M2范式的巨噬细胞极化框架和GlioTIME-36参考签名	NA	研究IDH状态、复发和治疗对人类胶质瘤免疫微环境的影响	人类胶质瘤的免疫细胞和免疫微环境	数字病理学	脑肿瘤	单细胞转录组学，光谱细胞术	NA	转录组数据	48个人类胶质瘤样本，包含超过200万免疫细胞
504	2024-12-13	Deletion of RFX6 impairs iPSC-derived islet organoid development and survival, with no impact on PDX1+/NKX6.1+ progenitors 2024-Dec, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06232-2 PMID:39080045	研究论文	研究RFX6缺失对iPSC衍生的胰岛类器官发育和存活的影响，并探讨其在胰腺发育中的具体作用	首次揭示了RFX6在胰腺发育中的保护作用，并通过RNA-seq分析了RFX6缺失对胰腺内分泌分化、胰岛素分泌和离子转运相关基因的下调作用	研究主要集中在体外模型，未能在体内环境中验证RFX6缺失的影响	探讨RFX6在胰腺发育和糖尿病发病机制中的具体作用	RFX6在胰腺发育中的表达及其对iPSC衍生的胰岛类器官发育和存活的影响	干细胞生物学	糖尿病	CRISPR/Cas9, RNA-seq, 单细胞RNA测序	NA	RNA	多个iPSC系和hESC衍生的胰腺细胞
505	2024-12-13	Characterizing the impacts of dataset imbalance on single-cell data integration 2024-Dec, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-02097-9 PMID:38429430	研究论文	本研究探讨了数据集不平衡对单细胞数据整合的影响，并提出了评估和缓解不平衡影响的工具和指南	引入了新的属性（聚合细胞类型支持和最小细胞类型中心距离）来量化不平衡的影响，并提出了平衡聚类指标和不平衡整合指南	未提及具体的局限性	研究数据集不平衡对单细胞转录组数据整合的下游分析和生物学解释的影响	单细胞转录组数据整合方法在不同样本和条件下的表现	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	2600次整合实验
506	2024-12-13	Single-cell atlas of healthy vocal folds and cellular function in the endothelial-to-mesenchymal transition 2024-Dec, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13723 PMID:39245637	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和免疫染色技术，研究了成年Sprague-Dawley大鼠声带的细胞组成和功能	本文首次识别出与上皮-间充质转化相关的上皮细胞亚群，并揭示了其在病理状态下的功能重要性	研究仅限于成年Sprague-Dawley大鼠的声带，未涉及其他物种或病理条件	揭示声带黏膜的细胞和分子框架，并探讨发育通路在癌症病理状态中的功能重要性	成年Sprague-Dawley大鼠的声带细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	5836个细胞
507	2024-12-13	Omics in allergy and asthma 2024-Dec, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.09.023 PMID:39384073	综述	本文综述了组学技术在过敏和哮喘研究中的变革性影响，重点介绍了基因组学和转录组学相关的高通量技术的进展	单细胞RNA测序技术的快速普及显著提升了对过敏性疾病分子病理学的理解，高通量基因组测序加速了单基因疾病的发现	微生物组学、蛋白质组学、脂质组学和代谢组学等领域虽然迅速发展，但许多当前的研究结果仍缺乏确凿的证据	探讨组学技术在过敏和哮喘研究中的应用，以期通过整合组学数据深入理解疾病机制，推动精准医学的发展	过敏和哮喘的分子病理学及相关的单基因疾病	NA	过敏和哮喘	单细胞RNA测序、高通量基因组测序	NA	基因组数据、转录组数据	NA
508	2024-12-13	A Single-Cell RNA Sequencing Guided Multienzymatic Hydrogel Design for Self-Regenerative Repair in Diabetic Mandibular Defects 2024-Dec, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202410962 PMID:39436107	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术揭示了糖尿病环境下阻碍巨噬细胞极化的关键因素，并设计了一种多酶水凝胶支架用于糖尿病下颌骨缺损的自修复	通过单细胞RNA测序技术指导设计多酶水凝胶支架，显著提升了糖尿病环境下骨组织工程的自修复能力	NA	探索糖尿病环境下骨组织再生的新方法	糖尿病下颌骨缺损中的巨噬细胞、间充质干细胞和内皮细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
509	2024-12-12	Spatial transcriptomics identifies RBM39 as a gene associated with Gleason score progression in prostate cancer 2024-Dec-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111351 PMID:39650727	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探讨了前列腺癌不同Gleason评分区域的转录组模式，并鉴定了与Gleason评分进展相关的基因RBM39	首次通过空间转录组学技术揭示了前列腺癌不同Gleason评分区域的转录组模式，并验证了RBM39与Gleason评分进展的相关性	研究主要基于Visium空间转录组学数据，可能无法完全捕捉到肿瘤的异质性	探讨前列腺癌不同Gleason评分区域的转录组模式，并鉴定与Gleason评分进展相关的基因	前列腺癌不同Gleason评分区域的转录组	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学	PCA, Louvain聚类分析, inferCNV, DPT, PAGA	转录组数据	NA
510	2024-12-12	Corneal strain influences keratocyte proliferation and migration through upregulation of ALDH3A1 expression 2024-Dec-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202401392R PMID:39652089	研究论文	本研究探讨了角膜应变对角膜基质细胞增殖和迁移的影响，发现应变通过上调ALDH3A1表达抑制细胞增殖	首次揭示了角膜应变通过上调ALDH3A1表达抑制角膜基质细胞增殖和迁移的机制	研究主要集中在体外实验和动物模型，缺乏人体临床数据	探讨角膜应变对角膜基质细胞行为的影响及其分子机制	角膜基质细胞及其在角膜应变下的增殖和迁移行为	NA	NA	RT-qPCR, 免疫荧光染色, RNA干扰, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据, 细胞行为数据	人类角膜基质细胞, 小鼠角膜损伤模型, 圆锥角膜患者角膜基质细胞
511	2024-12-12	Nuclear translocation of plasma membrane protein ADCY7 potentiates T cell-mediated antitumour immunity in HCC 2024-Dec-10, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332902 PMID:39349007	研究论文	本文研究了ADCY7蛋白在肝细胞癌（HCC）中通过核转位增强T细胞介导的抗肿瘤免疫的作用	首次揭示了ADCY7通过核转位作为转录共激活因子促进CCL5表达，从而增强CD8+ T细胞浸润，抑制HCC进展	NA	探讨HCC中导致免疫逃逸的关键基因，并提出重塑HCC微环境的新治疗策略	肝细胞癌（HCC）中的免疫逃逸机制及ADCY7蛋白的功能	数字病理学	肝细胞癌	CRISPR筛选、单细胞RNA测序、流式细胞术、染色质免疫沉淀、共免疫沉淀	NA	基因组数据、单细胞RNA测序数据	使用HCC小鼠模型进行实验
512	2024-12-12	RNA isoform diversity in human neurodegenerative diseases 2024-Dec-10, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0296-24.2024 PMID:39658200	研究论文	本文结合10X Genomics短读长单核RNA测序和PacBio长读长单核RNA测序，研究了与神经退行性疾病相关的基因在单细胞水平上的RNA异构体多样性	本文首次在单细胞水平上结合短读长和长读长测序技术，揭示了人类前额叶皮层中与神经退行性疾病相关的基因的RNA异构体多样性，并开发了一种用于检测异构体结构差异的信息学方法	本文仅比较了阿尔茨海默病、路易体痴呆和帕金森病三种神经退行性疾病，且样本量有限	研究人类神经退行性疾病中RNA异构体的多样性及其潜在的疾病特征和治疗靶点	人类前额叶皮层样本中的单核RNA异构体	数字病理学	神经退行性疾病	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA	25名阿尔茨海默病、路易体痴呆或帕金森病患者及年龄匹配的对照组样本，共分析了超过165,000个细胞
513	2024-12-12	Single-cell RNA sequencing in stroke and traumatic brain injury: Current achievements, challenges, and future perspectives on transcriptomic profiling 2024-Dec-09, Journal of cerebral blood flow and metabolism : official journal of the International Society of Cerebral Blood Flow and Metabolism IF:4.9Q1 DOI:10.1177/0271678X241305914 PMID:39648853	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在卒中和创伤性脑损伤中的应用，讨论了当前的成就、挑战以及未来的发展方向	本文介绍了scRNA-seq技术的最新进展，包括空间转录组学的应用，以及如何结合蛋白质组学、代谢组学或染色质可及性数据进行未来研究	本文未详细讨论scRNA-seq技术在实际应用中的具体限制，如组织解离过程中引起的细胞应激反应	探讨scRNA-seq技术在卒中和创伤性脑损伤中的应用及其未来发展	卒中和急性创伤性脑损伤的单细胞RNA测序	数字病理学	脑损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
514	2024-12-12	Advances in integrating single-cell sequencing data to unravel the mechanism of ferroptosis in cancer 2024-Dec-06, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elae025 PMID:38874174	综述	本文综述了单细胞测序技术在铁死亡相关癌症研究中的进展	单细胞测序技术提供了比传统批量测序更精细的细胞和分子特征信息，有助于揭示铁死亡相关的机制和途径	NA	探讨单细胞测序技术在铁死亡相关癌症研究中的应用	铁死亡相关的途径、免疫检查点、生物标志物以及与铁死亡相关的肿瘤细胞簇	数字病理学	癌症	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
515	2024-12-12	A comprehensive survey of dimensionality reduction and clustering methods for single-cell and spatial transcriptomics data 2024-Dec-06, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elae023 PMID:38860675	综述	本文系统总结了用于单细胞和空间转录组数据降维和聚类分析的最广泛认可的算法	提供了对该领域现有工具的全面总结，为开发新工具提供了有价值的见解和思路	NA	总结单细胞和空间转录组数据降维和聚类分析的算法	单细胞转录组和空间转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组学，空间转录组学	NA	转录组数据	NA
516	2024-12-12	A comprehensive review of approaches for spatial domain recognition of spatial transcriptomes 2024-Dec-06, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elae040 PMID:39426802	综述	本文综述了空间转录组学中空间域识别方法的现状和进展	本文探讨了现有方法的优缺点，并为未来工具开发提供了建议和方向	本文未提及具体方法的局限性，而是从整体上讨论了现有方法的局限性	回顾空间域识别研究的现状和进展，探讨现有方法的优缺点，并提供未来工具开发的建议和方向	空间转录组学中的空间域识别方法	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
517	2024-12-12	Single-cell transcriptome profiling of m6A regulator-mediated methylation modification patterns in elderly acute myeloid leukemia patients 2024-12-06, Molecular biomedicine IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s43556-024-00234-7 PMID:39641872	研究论文	本研究探讨了老年急性髓性白血病患者中单细胞转录组中m6A调控因子介导的甲基化修饰模式及其在造血细胞中的具体作用	首次揭示了m6A调控因子在老年急性髓性白血病患者造血细胞中的异常表达及其通过WNT信号通路和氧化磷酸化途径抑制细胞分化的机制，并提供了潜在的治疗靶点	研究主要基于体外实验和细胞系验证，缺乏临床样本的长期随访数据	揭示m6A甲基化修饰在老年急性髓性白血病患者中的病理机制	老年急性髓性白血病患者的造血干细胞、髓系细胞、T细胞和红细胞	数字病理学	血液肿瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组	使用了THP-1和MV411细胞系进行验证，并进行了外部独立单细胞RNA测序数据集的验证
518	2024-12-12	Rescue of cochlear vascular pathology prevents sensory hair cell loss in Norrie disease 2024-Dec-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2322124121 PMID:39585982	研究论文	研究通过条件激活β-catenin在血管内皮细胞中的稳定表达，探讨其在Norrie疾病小鼠模型中对耳蜗血管病理和感觉毛细胞损失的修复作用	首次证明在耳蜗微血管中，β-catenin是norrin结合内皮细胞表面受体后的主要下游细胞内效应因子，并验证了恢复该信号通路足以防止感觉毛细胞死亡和听力损失	研究仅在动物模型中进行，尚未在人类中验证	探讨Norrie疾病中耳蜗病理的修复机制	Norrie疾病小鼠模型的耳蜗血管病理和感觉毛细胞损失	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	小鼠模型和人类耳蜗样本
519	2024-12-12	Single-Cell Meta-Analysis Uncovers the Pancreatic Endothelial Cell Transcriptomic Signature and Reveals a Key Role for NKX2-3 in PLVAP Expression 2024-Dec, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321781 PMID:39445426	研究论文	本研究通过单细胞元分析揭示了胰腺内皮细胞的转录组特征，并发现NKX2-3在PLVAP表达中的关键作用	首次定义了跨物种和发育阶段的胰腺内皮细胞特异性基因特征，并揭示了NKX2-3作为关键转录因子在胰腺内皮细胞中的作用	研究主要依赖于现有的单细胞RNA测序数据，可能存在数据偏倚	揭示胰腺内皮细胞的转录组特征及其在胰腺血管系统中的作用	胰腺内皮细胞及其特异性基因特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了多个单细胞和单核RNA测序数据集，具体样本数量未明确说明
520	2024-12-12	Rhythmic IL-17 production by γδ T cells maintains adipose de novo lipogenesis 2024-Dec, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08131-3 PMID:39478228	研究论文	本文研究了γδ T细胞产生的IL-17在维持脂肪组织从头脂肪生成中的节律性作用	首次揭示了IL-17产生的γδ T细胞依赖分子钟维持脂肪组织稳态，并展示了其在脂肪库中RORγt和IL-17A的强节律性表达	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证这些发现	探讨免疫系统的昼夜节律在免疫稳态中的作用，特别是IL-17在脂肪组织代谢中的作用	γδ T细胞、不变自然杀伤T细胞、黏膜相关不变T细胞以及脂肪组织中的从头脂肪生成	免疫学	代谢性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型