单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2024-12-01	scRNA-Seq reveals age-dependent microglial evolution as a determinant of immune response following spinal cord injury 2024-Dec, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2024.111116 PMID:39515654	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了不同年龄组脊髓损伤后小胶质细胞的亚型及其功能差异	首次揭示了年龄依赖性的小胶质细胞演变在脊髓损伤后免疫反应中的作用	研究主要基于小鼠模型，结果的临床转化需进一步验证	识别特定的小胶质细胞亚型，并研究其在不同年龄组脊髓损伤恢复中的反应和功能差异	小胶质细胞及其在脊髓损伤后的亚型和功能	数字病理学	神经系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	多个数据集整合，具体样本数量未明确提及
502	2024-11-30	ROS-Induced Gingival Fibroblast Senescence: Implications in Exacerbating Inflammatory Responses in Periodontal Disease 2024-Dec, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-024-02014-5 PMID:38630168	研究论文	研究探讨了细胞衰老在牙周疾病发病机制中的作用及其机制	首次揭示了氧化应激诱导的细胞衰老在牙周疾病中加剧炎症反应的作用	研究仅限于体外实验，缺乏体内验证	探讨细胞衰老在牙周疾病中的作用及其机制	牙龈成纤维细胞和内皮细胞	NA	牙周疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	健康和炎症牙龈组织中的牙龈成纤维细胞
503	2024-11-30	Spatial Transcriptomics Reveals the Transcriptomic Signatures in a Mouse Model of Pediatric Metabolic Dysfunction-Associated Steatohepatitis 2024-Dec, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.08.008 PMID:39222909	研究论文	本研究开发了一种小鼠模型来模拟儿童代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH），并使用空间转录组技术分析了其肝脏转录组特征	首次开发了模拟儿童MASH的小鼠模型，并利用空间转录组技术揭示了与疾病相关的转录组特征	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证结果	研究儿童代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）的发病机制	小鼠模型的肝脏转录组特征	NA	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎	空间转录组技术	NA	转录组数据	C57BL/6J小鼠，共8周龄
504	2024-11-30	Droplet-based single-cell sequencing: Strategies and applications 2024-Dec, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2024.108454 PMID:39271031	综述	本文综述了基于液滴微流控技术的单细胞测序策略及其在基因组学、表观基因组学、转录组学和蛋白质组学分析中的应用	液滴微流控技术显著提高了单细胞研究的通量、成本效益和自动化水平	讨论了基于液滴的单细胞测序在基础研究和商业应用中的挑战和未来展望	全面阐述液滴微流控辅助的单细胞组学方法	液滴微流控技术在单细胞测序中的策略和应用	NA	NA	液滴微流控技术	NA	NA	NA
505	2024-11-30	Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq revealed key genes for bone metastasis and chemoresistance in prostate cancer 2024-Dec, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-024-01575-x PMID:39395905	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了前列腺癌骨转移和化疗耐药性的关键基因	首次整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出与前列腺癌进展、骨转移和化疗耐药性相关的关键基因LDHA	研究主要基于TCGA数据库和细胞实验，缺乏临床样本验证	探讨前列腺癌进展、骨转移和化疗耐药性的分子机制	前列腺癌的进展、骨转移和化疗耐药性	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序、RT-qPCR	lasso回归模型	基因表达数据	7928个与肿瘤进展和转移相关的基因，7个与前列腺癌预后相关的基因
506	2024-11-30	Immune checkpoint expression on tumor-infiltrating lymphocytes (TIL) is dependent on HPV status in oropharyngeal carcinoma (OPSCC) - A single-cell RNA sequencing analysis 2024-Dec, Oral oncology IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.oraloncology.2024.107107 PMID:39549431	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了人乳头瘤病毒（HPV）状态对口咽鳞状细胞癌（OPSCC）中肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）免疫检查点分子表达的影响	本研究首次揭示了HPV状态与OPSCC中免疫检查点分子表达的复杂相互作用，并提出了基于HPV状态和免疫特征的个性化治疗策略	本研究的样本量较小，且仅限于OPSCC病例，未来需要更大规模的研究来验证结果	研究HPV状态对OPSCC中免疫检查点分子表达的影响，以确定可能补充抗PD1抗体的其他免疫检查点分子靶点	口咽鳞状细胞癌（OPSCC）中的肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）和外周血单核细胞（PBMC）	数字病理学	口咽癌	单细胞RNA测序	Seurat管道	RNA测序数据	51例OPSCC病例和TCGA HNSCC数据集
507	2024-11-29	Genes and Pathways Underpinning Klinefelter Syndrome at Bulk and Single-Cell Levels 2024-Dec, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-024-10689-6 PMID:38374521	研究论文	研究探讨了Klinefelter综合征（KS）在批量和单细胞水平上的关键基因和通路	首次在单细胞水平上评估了KS患者不同细胞类型之间的细胞间通讯，并发现了关键基因和通路	研究依赖于现有的公开数据集，可能存在数据质量和样本多样性的限制	揭示Klinefelter综合征的发病机制中的关键基因和通路	Klinefelter综合征患者的批量和单细胞转录组数据	基因组学	生殖系统疾病	转录组分析	NA	基因表达数据	使用了三个批量和一个单细胞转录组数据集，包括KS和对照样本
508	2024-11-29	Identifying an AML Prognostic Model Using 10 Marker Genes from Single-Cell Transcriptome and Bulk Transcriptome Analysis 2024-Dec, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-024-10678-9 PMID:38347290	研究论文	研究探讨了FANC核心复合物在骨髓衰竭中的作用，并通过单细胞和批量转录组分析确定了与核仁稳态相关的基因，开发了一种预测急性髓系白血病（AML）预后的模型	通过单细胞和批量转录组分析，揭示了FA患者与健康个体在细胞间通信上的显著差异，并开发了一种具有高预测精度的AML预后模型	NA	探讨FANC核心复合物在骨髓衰竭中的作用，并开发AML预后模型	FA患者的造血干细胞和AML预后	数字病理学	血液疾病	单细胞转录组测序和批量转录组分析	预后模型	转录组数据	FA患者和健康个体的造血干细胞
509	2024-11-29	m6A Modification of Profilin-1 in Vascular Smooth Muscle Cells Drives Phenotype Switching and Neointimal Hyperplasia via Activation of the p-ANXA2/STAT3 Pathway 2024-Dec, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321399 PMID:39508106	研究论文	研究探讨了PFN1在血管平滑肌细胞中的m6A修饰如何通过激活p-ANXA2/STAT3通路驱动表型转换和新内膜增生	首次揭示了PFN1的m6A修饰在血管平滑肌细胞中的重要作用，并阐明了其通过激活p-ANXA2/STAT3通路促进表型转换和新内膜增生的机制	NA	探讨PFN1在血管平滑肌细胞中的作用及其在支架内再狭窄中的机制	血管平滑肌细胞、支架内再狭窄患者及多种实验模型	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括狭窄的大鼠颈动脉、支架植入的猪冠状动脉、支架内再狭窄患者、PFN1SMC-IKO小鼠和PFN1过表达小鼠等多种样本
510	2024-11-27	FOS+ B cells: Key mediators of immunotherapy resistance in diverse cancer types 2024-Dec-19, Molecular therapy. Oncology DOI:10.1016/j.omton.2024.200895 PMID:39583007	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析免疫治疗患者，探讨了FOS B细胞在多种癌症类型中作为免疫治疗抵抗关键介质的作用	发现了FOS B细胞与免疫治疗抵抗的关联，并揭示了其潜在机制，为预测治疗反应提供了新的生物标志物	NA	探讨FOS B细胞在免疫治疗抵抗中的作用及其潜在机制	FOS B细胞在多种癌症类型中的作用	NA	多种癌症类型	单细胞RNA测序、空间转录组分析、免疫荧光分析	NA	RNA测序数据	25名免疫治疗患者和1,253例多癌症免疫治疗转录组分析
511	2024-11-27	Analysis of population heterogeneity in CHO cells by genome-wide DNA methylation analysis and by multi-modal single-cell sequencing 2024-Dec-10, Journal of biotechnology IF:4.1Q2 DOI:10.1016/j.jbiotec.2024.10.012 PMID:39488254	研究论文	通过全基因组DNA甲基化分析和多模态单细胞测序分析CHO细胞的群体异质性	首次通过全基因组亚硫酸氢盐测序建立了CHO细胞的单碱基甲基化图谱，并揭示了DNA甲基化模式在CHO进化中的集群现象	研究仅限于CHO细胞系，未涉及其他细胞类型	探讨CHO细胞的非遗传机制，特别是DNA甲基化在细胞异质性中的作用	CHO细胞的DNA甲基化和单细胞测序数据	数字病理学	NA	全基因组亚硫酸氢盐测序和多模态单细胞测序	NA	DNA甲基化数据和单细胞测序数据	8个独立的CHO细胞系和3个独立培养的9833个细胞核
512	2024-11-27	Neutralization of the autophagy-repressive tissue hormone DBI/ACBP (diazepam binding inhibitor, acyl-CoA binding protein) enhances anticancer immunosurveillance 2024-Dec, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2024.2411854 PMID:39419485	研究论文	研究探讨了组织激素DBI/ACBP对自噬的抑制作用及其在癌症免疫监视中的影响	首次发现DBI/ACBP的中和可以增强抗癌免疫监视，并改善化疗免疫疗法的效果	研究主要基于小鼠实验和临床观察，需要进一步的临床试验验证	探讨DBI/ACBP在癌症发展中的作用及其对免疫疗法的影响	DBI/ACBP、癌症患者、小鼠模型	癌症研究	NA	单细胞RNA测序	NA	基因数据	包括癌症患者和小鼠模型
513	2024-11-26	Unraveling immune cell heterogeneity in autoimmune arthritis: insights from single-cell RNA sequencing 2024-Dec, Immunological medicine IF:2.7Q2 DOI:10.1080/25785826.2024.2388343 PMID:39120105	综述	本文综述了单细胞RNA测序在自身免疫性关节炎（包括类风湿性关节炎和脊柱关节炎）发病机制和临床应用中的关键发现和进展	单细胞RNA测序揭示了炎症部位成纤维细胞和免疫细胞亚群的异质性，提供了对疾病机制和治疗反应差异的见解	成本和样本量限制是当前面临的挑战，但合作努力和利用公共数据库有望克服这些障碍	探讨单细胞RNA测序在自身免疫性关节炎中的应用，揭示细胞异质性并推动精准医学	类风湿性关节炎和脊柱关节炎中的成纤维细胞和免疫细胞亚群	数字病理学	关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本量未在摘要中提及
514	2024-11-26	Integrative analysis of bulk and single-cell RNA sequencing reveals sphingolipid metabolism and immune landscape in clear cell renal cell carcinoma 2024-Dec, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24319 PMID:39230203	研究论文	本研究利用批量和单细胞RNA测序数据，全面分析了透明细胞肾细胞癌中的鞘脂代谢和免疫微环境	开发了一种风险评分模型，用于增强透明细胞肾细胞癌患者的预后预测	依赖于公共来源的观察数据，主要关注RNA测序数据，未涵盖蛋白质表达、翻译后修饰和全面代谢谱等关键方面	揭示透明细胞肾细胞癌中鞘脂代谢和肿瘤微环境的复杂性	透明细胞肾细胞癌样本	数字病理学	肾细胞癌	RNA测序	风险评分模型	RNA数据	来自公共数据库的透明细胞肾细胞癌样本
515	2024-11-26	Ischemia-reperfusion responses in human lung transplants at the single-cell resolution 2024-Dec, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons IF:8.9Q1 DOI:10.1016/j.ajt.2024.08.019 PMID:39197591	研究论文	研究了人类肺移植中缺血-再灌注反应在单细胞分辨率下的表现	首次在单细胞分辨率下分析了人类肺移植中的缺血-再灌注反应，揭示了不同细胞类型的炎症反应差异	样本量较小，仅包括6例肺移植病例	加速肺移植中肺损伤治疗的发展	人类肺移植中的缺血-再灌注反应	数字病理学	肺移植	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	6例肺移植病例的供体肺活检样本
516	2024-11-26	The contribution of the sphingosine 1-phosphate signaling pathway to chronic kidney diseases: recent findings and new perspectives 2024-Dec, Pflugers Archiv : European journal of physiology DOI:10.1007/s00424-024-03029-5 PMID:39384640	综述	本文深入分析了鞘氨醇-1-磷酸（S1P）信号通路在慢性肾脏疾病（CKD）发病机制和肾纤维化中的关键作用	强调了S1P信号通路作为CKD治疗策略的潜在靶点，并探讨了新兴技术如空间转录组学在S1P研究中的应用	NA	探讨S1P信号通路在慢性肾脏疾病中的作用及其作为治疗靶点的潜力	S1P信号通路在不同类型慢性肾脏疾病中的作用，包括糖尿病肾病、狼疮性肾炎、局灶节段性肾小球硬化、法布里病和IgA肾病	NA	慢性肾脏疾病	空间转录组学	NA	NA	NA
517	2024-11-25	Integrative analysis of anoikis-related genes prognostic signature with immunotherapy and identification of CDKN3 as a key oncogene in lung adenocarcinoma 2024-Dec-25, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113282 PMID:39383787	研究论文	研究分析了与失巢凋亡相关的基因在肺腺癌中的表达模式和预后意义，并鉴定了CDKN3作为关键的致癌基因	构建了基于失巢凋亡相关基因的风险评分模型，并验证了其在免疫治疗和临床应用中的有效性	NA	研究失巢凋亡相关基因在肺腺癌中的预后价值及其与免疫治疗的关系	肺腺癌患者的失巢凋亡相关基因表达及其预后意义	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	LASSO Cox回归	基因表达数据	使用了TCGA-LUAD数据库和GEO数据集，以及临床样本
518	2024-11-25	OSCC-derived EVs educate fibroblasts and remodel collagen landscape 2024-Dec, Matrix biology : journal of the International Society for Matrix Biology IF:4.5Q2 DOI:10.1016/j.matbio.2024.10.004 PMID:39393503	研究论文	研究探讨了口腔鳞状细胞癌（OSCC）来源的细胞外囊泡（EVs）如何通过调节癌症相关肌成纤维细胞（mCAFs）和相关胶原蛋白来重塑肿瘤微环境	首次揭示了OSCC来源的EVs在调控纤维母细胞向mCAFs分化以及特定胶原蛋白类型富集中的重要作用	NA	探讨OSCC来源的EVs在肿瘤微环境重塑中的作用机制	OSCC来源的EVs、纤维母细胞、mCAFs、胶原蛋白	数字病理学	口腔癌	单细胞测序、免疫荧光染色、蛋白质组分析	NA	单细胞测序数据、免疫荧光图像、蛋白质组数据	OSCC组织样本
519	2024-11-23	Atlas of Metastatic Gastric Cancer Links Ferroptosis to Disease Progression and Immunotherapy Response 2024-Dec, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2024.07.038 PMID:39097198	研究论文	研究通过单细胞转录组和免疫分析，揭示了胃腺癌转移过程中铁死亡与疾病进展及免疫治疗反应的关系	首次大规模分析了胃腺癌转移的单细胞数据，揭示了铁死亡在疾病进展中的作用，并提出了联合CAR-T细胞疗法的新治疗策略	研究主要集中在治疗前患者的样本，未来需进一步验证在治疗后患者中的效果	深入理解胃腺癌转移的肿瘤和免疫生物学机制，开发创新有效的治疗方法	胃腺癌转移的肿瘤细胞及其微环境	数字病理学	胃癌	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	68对治疗前原发性和转移性肿瘤样本
520	2024-11-23	Mucosal Single-Cell Profiling of Crohn's-Like Disease of the Pouch Reveals Unique Pathogenesis and Therapeutic Targets 2024-Dec, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2024.07.025 PMID:39084267	研究论文	研究了克罗恩样袋病（CDP）的黏膜单细胞分析，揭示了其独特的病理机制和治疗靶点	首次通过单细胞RNA测序和质谱流式细胞术分析了CDP的黏膜细胞，揭示了其独特的免疫细胞特征和细胞内信号通路	样本量较小，且仅限于特定患者群体	探讨克罗恩样袋病（CDP）的病理生理机制，并寻找潜在的治疗靶点	克罗恩样袋病（CDP）患者的黏膜细胞	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术、免疫组化	NA	细胞	50名接受回肠储袋-肛门吻合术的患者