单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
481	2024-12-14	Hierarchical marker genes selection in scRNA-seq analysis 2024-Dec, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012643 PMID:39666603	研究论文	本文提出了一种分层标记基因选择策略，用于改进单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性和可解释性	提出了分层标记基因选择策略，通过分组相似的细胞群并分层选择标记基因，解决了传统one-vs-all策略在区分紧密相关细胞类型时标记基因重叠的问题	未提及	改进单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性和可解释性	单细胞RNA测序数据中的异质细胞群	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	未提及
482	2024-12-15	Deconvolution of cell-type-associated markers predictive of response to neoadjuvant radiotherapy 2024-Dec, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108269 PMID:39520737	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据，对直肠癌术前新辅助放疗前的肿瘤转录组进行去卷积分析，揭示了与放疗反应相关的细胞类型特异性标记物	本研究首次通过去卷积分析揭示了直肠癌放疗抵抗和复发中不同细胞来源的分子标记物，并推断了与放疗反应相关的细胞类型特异性相互作用	本研究仅基于单细胞RNA测序数据进行分析，未考虑其他类型的数据或实验验证	揭示直肠癌放疗抵抗和复发中不同细胞来源的分子标记物及其与放疗反应的关系	直肠癌患者术前新辅助放疗前的肿瘤样本	数字病理学	直肠癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个独立数据集，包括GSE119409、GSE35452和GSE45404
483	2024-12-14	3D printed PGCL@PLA/10CSPL composite scaffolds loaded with fibronectin 1 for intervertebral disc degeneration treatment 2024-Dec-13, Biofabrication IF:8.2Q1 DOI:10.1088/1758-5090/ad998f PMID:39668784	研究论文	本文设计并制造了一种新型3D打印PGCL@PLA/10CSPL复合支架，用于椎间盘退行性疾病的治疗	本文创新性地设计了一种具有良好生物相容性和电活性的PGCL@1PAP/10CSPL支架，并加载了从单细胞转录组数据中识别出的纤维连接蛋白1（FN1），以加速异常髓核退变	NA	研究目的是开发一种新型植入系统，用于椎间盘退行性疾病的治疗	研究对象是椎间盘退行性疾病及其治疗	生物医学工程	椎间盘退行性疾病	3D打印技术	NA	单细胞转录组数据	NA
484	2024-12-14	Paired-Related Homeobox 1-Positive Cells Are Needed for Osseointegration 2024-Dec-11, The International journal of oral & maxillofacial implants DOI:10.11607/jomi.10852 PMID:38498783	研究论文	研究Prrx1阳性细胞在成年牙槽骨中对种植体诱导骨整合过程的贡献及其潜在机制	首次揭示了Prrx1阳性细胞在骨整合过程中的作用，并发现Sema3C在Prrx1阳性细胞驱动的成骨过程中起关键作用	研究仅在啮齿动物模型中进行，尚未在人类中验证	探讨Prrx1阳性细胞在种植体诱导骨整合过程中的作用及其机制	Prrx1阳性细胞在成年牙槽骨中的作用	NA	NA	Cre重组酶诱导的谱系追踪、细胞消融、单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	使用小鼠牙种植体模型进行实验
485	2024-12-14	EEE1F1 could serve as a prognostic biomarker for patients with endometrial cancer: A comprehensive analysis by integrating bulk and single-cell sequencing 2024-Dec-11, Asian journal of surgery IF:3.5Q1 DOI:10.1016/j.asjsur.2024.11.065 PMID:39668036	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
486	2024-12-14	Unraveling pathogenesis and potential biomarkers for autism spectrum disorder associated with HIF1A pathway based on machine learning and experiment validation 2024-Dec-08, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2024.106763 PMID:39657846	研究论文	本文通过机器学习和实验验证，揭示了HIF1A通路在自闭症谱系障碍（ASD）中的病理机制及其潜在的生物标志物	首次通过机器学习识别出与HIF1A通路相关的ASD诊断标志物，并验证了IL-6/JUN/HIF1A通路在ASD发病机制中的作用	研究主要基于小鼠模型，结果的临床应用仍需进一步验证	探讨HIF1A通路在ASD中的病理机制及其潜在的生物标志物	自闭症谱系障碍（ASD）及其相关基因和通路	机器学习	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序、Western Blot、qPCR、免疫荧光	NA	基因表达数据	ASD小鼠模型及微胶质细胞BV-2细胞
487	2024-12-14	Conserved B cell signaling, activation, and differentiation in porcine jejunal and ileal Peyer's patches despite distinct immune landscapes 2024-Dec, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2024.08.005 PMID:39147277	研究论文	研究了猪空肠和回肠Peyer's patches中B细胞的信号传导、激活和分化，尽管存在不同的免疫环境，但发现了保守的B细胞动态	首次通过单细胞和空间转录组学研究猪空肠和回肠Peyer's patches中B细胞的信号传导、激活和分化，并发现尽管存在不同的免疫环境，B细胞动态在肠道位置间是保守的	研究仅限于猪的空肠和回肠Peyer's patches，未涉及其他物种或其他肠道区域	探讨Peyer's patches中B细胞的信号传导、激活和分化，并研究其在不同肠道位置的保守性	猪空肠和回肠Peyer's patches中的B细胞	免疫学	NA	单细胞和空间转录组学	NA	转录组数据	猪空肠和回肠Peyer's patches中的B细胞
488	2024-12-14	GeneCompass: deciphering universal gene regulatory mechanisms with a knowledge-informed cross-species foundation model 2024-Dec, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-024-01034-y PMID:39375485	研究论文	本文构建了一个跨物种的基础模型GeneCompass，用于解析普遍的基因调控机制	GeneCompass通过整合四种先验生物学知识，在自监督学习中增强了基因调控机制的理解，并在多个下游任务中超越了现有模型	NA	解析跨物种的普遍基因调控机制，推动基础生命过程研究和临床应用	人类和小鼠的单细胞转录组数据	机器学习	NA	单细胞测序	基础模型	转录组数据	12000万个人类和小鼠的单细胞转录组数据
489	2024-12-14	SRSF1 Is Crucial for Maintaining Satellite Cell Homeostasis During Skeletal Muscle Growth and Regeneration 2024-Dec, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle DOI:10.1002/jcsm.13607 PMID:39381961	研究论文	本文研究了剪接因子SRSF1在骨骼肌生长和再生过程中对卫星细胞稳态的维持作用	首次揭示了SRSF1在调节Fgfr1op2剪接中的关键作用，以及其对有丝分裂纺锤体组织和细胞衰老的影响	研究主要集中在新生小鼠的横膈膜和C2C12细胞系，可能无法完全代表所有骨骼肌的情况	探讨SRSF1缺失对卫星细胞功能和肌肉再生的影响机制	卫星细胞（SCs）及其在骨骼肌生长和再生中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA测序（RNA-seq）、免疫染色、EdU掺入实验	NA	RNA	新生小鼠横膈膜的单核细胞悬液（KO和对照组）、C2C12肌母细胞和原代肌母细胞
490	2024-12-14	Spatial Transcriptomics Unravel the Tissue Complexity of Oral Pathogenesis 2024-Dec, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241271934 PMID:39382116	综述	本文综述了空间转录组学（ST）在口腔病理学中的应用，展示了其在不同颅面区域疾病发展中的研究进展	空间转录组学结合了全局基因表达和空间信息的分析，提供了传统转录组学方法所缺乏的空间分辨率，能够更好地研究疾病和健康组织状态中细胞区域的复杂相互关系	本文主要为综述性质，未提供具体的研究数据或实验结果	探讨空间转录组学在颅面区域疾病发展中的应用，并展示其在不同组织中的研究进展	颅面区域的组织，包括颅骨、腭、唾液腺、舌头、口腔底、口咽和牙周组织	数字病理学	NA	空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	NA
491	2024-12-14	Electroacupuncture Slows Experimental Myopia Progression by Improving Retinal Mitochondrial Function: A Study Based on Single-Cell RNA Sequencing 2024-Dec, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202400269 PMID:39404059	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序构建了晶状体诱导性近视和电针干预下的视网膜细胞图谱，并探讨了电针改善实验性近视进展的潜在机制	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了电针通过改善视网膜线粒体功能来减缓实验性近视进展的机制	研究仅在豚鼠模型上进行，结果的普适性有待进一步验证	探讨电针干预对实验性近视进展的影响及其潜在机制	晶状体诱导性近视和电针干预下的豚鼠视网膜细胞	NA	近视	单细胞RNA测序	NA	RNA	晶状体诱导性近视和电针干预下的豚鼠视网膜细胞
492	2024-12-14	Insufficient Mechanical Loading Downregulates Piezo1 in Chondrocytes and Impairs Fracture Healing Through ApoE-Induced Senescence 2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202400502 PMID:39418070	研究论文	研究探讨了机械负荷不足对软骨细胞中Piezo1表达的影响及其在骨折愈合中的作用	首次揭示了Piezo1在软骨细胞中的表达下调通过ApoE诱导的衰老影响骨折愈合的机制，并开发了一种可注射的热敏水凝胶来缓解这一问题	研究主要集中在体外实验和动物模型上，尚未在人体中验证其有效性	探讨机械负荷不足如何通过Piezo1和ApoE影响骨折愈合	软骨细胞、骨折愈合过程	NA	骨折	单细胞测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
493	2024-12-14	Quantum Dots-caused Retinal Degeneration in Zebrafish Regulated by Ferroptosis and Mitophagy in Retinal Pigment Epithelial Cells through Inhibiting Spliceosome 2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202406343 PMID:39420512	研究论文	本研究探讨了典型金属量子点（InP/ZnS QDs）对斑马鱼视网膜的影响及其机制	首次揭示了InP/ZnS QDs通过抑制剪接体导致视网膜色素上皮细胞中的铁死亡和线粒体自噬，从而引起视网膜退化	研究仅在斑马鱼模型中进行，可能无法完全反映人类视网膜的反应	阐明典型金属量子点对视网膜的影响及其机制	斑马鱼视网膜及视网膜色素上皮细胞	NA	NA	单细胞RNA测序、CRISPR/Cas9系统	NA	RNA	斑马鱼样本
494	2024-12-14	Pericytes Modulate Third-Generation Tyrosine Kinase Inhibitor Sensitivity in EGFR-Mutated Lung Cancer Cells Through IL32-β5-Integrin Paracrine Signaling 2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405130 PMID:39435643	研究论文	研究探讨了周细胞通过IL32-β5-整合素旁分泌信号调节EGFR突变肺癌细胞对第三代酪氨酸激酶抑制剂敏感性的机制	首次揭示了周细胞通过IL32-β5-整合素旁分泌信号影响EGFR突变肺癌细胞对第三代酪氨酸激酶抑制剂的敏感性	研究主要基于细胞和动物实验，临床证据有限	探讨周细胞如何影响EGFR突变肺癌细胞对第三代酪氨酸激酶抑制剂的敏感性	EGFR突变肺癌细胞和周细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序，多重免疫染色	NA	RNA，蛋白质	来自EGFR突变患者的周细胞和肺癌细胞
495	2024-12-14	Hepatocyte-Targeted Lipid Nanoparticle Delivery of HERC2 Plasmid Controls Drug-Induced Hepatotoxicity by Limiting β-Catenin-Regulated CYP2E1 Expression 2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202401633 PMID:39440550	研究论文	研究探讨了HERC2在药物诱导的肝损伤中的保护作用，通过脂质纳米颗粒递送HERC2质粒，调控CYP2E1表达，减轻肝损伤	首次揭示了HERC2在药物代谢紊乱相关的急性肝损伤中的保护作用，并展示了脂质纳米颗粒递送HERC2质粒的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨HERC2在药物诱导肝损伤中的分子机制及其作为治疗靶点的潜力	HERC2在肝细胞中的表达及其对CYP2E1调控的影响	NA	肝损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA	APAP挑战的小鼠模型
496	2024-12-14	The mRNA expression profile of glycine receptor subunits alpha 1, alpha 2, alpha 4 and beta in female and male mice 2024-Dec, Molecular and cellular neurosciences DOI:10.1016/j.mcn.2024.103976 PMID:39580061	研究论文	研究了成年雌性和雄性小鼠中甘氨酸受体亚基alpha 1、alpha 2、alpha 4和beta的mRNA表达谱	首次详细分析了甘氨酸受体亚基在不同脑区和脊髓中的表达模式，并比较了雌雄小鼠在特定脑区的表达差异	Glra4的表达水平过低，无法通过qRT-PCR检测到	探讨甘氨酸受体亚基在中枢神经系统中的表达模式及其在雌雄小鼠中的差异	甘氨酸受体亚基alpha 1、alpha 2、alpha 4和beta在成年雌性和雄性小鼠中的mRNA表达	NA	NA	单细胞RNA测序、定量实时PCR (qRT-PCR)、RNAscope	NA	mRNA表达数据	成年雌性和雄性小鼠
497	2024-12-14	Investigating intra-tumoural heterogeneity and microenvironment diversity in primary cardiac angiosarcoma through single-cell RNA sequencing 2024-Dec, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70113 PMID:39658531	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了原发性心脏血管肉瘤的肿瘤内异质性和肿瘤微环境多样性	首次通过单细胞RNA测序揭示了原发性心脏血管肉瘤的复杂细胞景观和免疫微环境，并识别了潜在的分子治疗靶点	样本量较小，仅基于四个患者的肿瘤样本进行分析	揭示原发性心脏血管肉瘤的细胞异质性和肿瘤微环境，为开发新型疗法提供分子靶点	原发性心脏血管肉瘤的肿瘤内异质性和肿瘤微环境	数字病理学	心脏肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	四个患者的肿瘤样本和五个正常心脏组织样本
498	2024-12-14	Oxygen, angiogenesis, cancer and immune interplay in breast tumour microenvironment: a computational investigation 2024-Dec, Royal Society open science IF:2.9Q1 DOI:10.1098/rsos.240718 PMID:39665095	研究论文	本研究利用乳腺特异性多瘤病毒中T抗原过表达小鼠模型（MMTV-PyMT）的数据，探讨了乳腺癌微环境中氧气、血管生成、癌症与免疫细胞之间的相互作用	引入了一种基于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据估算乳腺癌微环境中免疫细胞比例的方法，并通过混合遗传算法（HGA）进行参数估计	NA	研究乳腺癌微环境中氧气、血管生成、癌症与免疫细胞之间的复杂动态相互作用	乳腺癌微环境中的内皮细胞、氧气、血管内皮生长因子（VEGF）以及免疫细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	混合遗传算法（HGA）	单细胞RNA测序数据	乳腺特异性多瘤病毒中T抗原过表达小鼠模型（MMTV-PyMT）
499	2024-12-13	CAR-NK cells derived from cord blood originate mainly from CD56-CD7+CD34-HLA-DR-Lin- NK progenitor cells 2024-Dec-12, Molecular therapy. Methods & clinical development DOI:10.1016/j.omtm.2024.101374 PMID:39659759	研究论文	研究探讨了脐血来源的CAR-NK细胞主要来源于CD56-CD7+CD34-HLA-DR-Lin- NK祖细胞	首次确定CAR-NK细胞主要来源于CD56 NK祖细胞，并揭示了CD56CD7CD34HLA-DR Lin细胞是人类脐血来源CAR-NK细胞的主要来源	研究未详细探讨如何增强从这些NK祖细胞中产生NK细胞的质量和数量	探讨CAR-NK细胞在脐血中的起源	脐血来源的CAR-NK细胞及其祖细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	脐血单个核细胞
500	2024-12-13	Cancer-associated fibroblasts promote melanoma progression by inducing immune evasion: A risk prediction study based on single-cell RNA-seq and RNA-Seq data 2024-Dec-11, Asian journal of surgery IF:3.5Q1 DOI:10.1016/j.asjsur.2024.12.007 PMID:39665934	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA