单细胞与空转测序相关文章

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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
481 2024-12-21
Single-cell dissection of multifocal bladder cancer reveals malignant and immune cells variation between primary and recurrent tumor lesions
2024-Dec-19, Communications biology IF:5.2Q1
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了多灶性膀胱癌患者的原发性和复发性肿瘤病变,揭示了恶性细胞和免疫细胞在不同病变间的变异 首次揭示了复发性多灶性膀胱癌中恶性细胞的区域转录相似性和细胞间通讯的一致性,并发现了IL4I1酶在复发性肿瘤中的表达偏好及其对肿瘤进展的影响 研究样本量较小,仅包括五名患者,可能影响结果的普适性 探讨多灶性膀胱癌中原发性和复发性肿瘤病变的异质性 多灶性膀胱癌患者的原发性和复发性肿瘤病变 数字病理学 膀胱癌 单细胞RNA测序 NA RNA 五名多灶性膀胱癌患者,包括三例原发性肿瘤和两例复发性肿瘤 NA NA NA NA
482 2024-12-21
C3G improves lipid droplet accumulation in the proximal tubules of high-fat diet-induced ORG mice
2024-Dec-13, Pharmacological research IF:9.1Q1
研究论文 本文研究了Cyanidin-3-glucoside(C3G)在高脂饮食诱导的ORG小鼠模型中改善近端小管脂滴积累的作用及其机制 首次揭示了C3G通过调节肠道微生物群和抑制PPARγ/CD36通路来减少ORG小鼠近端小管脂滴积累的作用 研究仅在动物模型中进行,尚未在人体中验证C3G的疗效 探讨C3G在ORG中的治疗效果及其潜在机制 高脂饮食诱导的ORG小鼠模型 NA 肾脏疾病 16S rRNA测序、代谢组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 粪便、血清、肾脏的代谢数据 三组小鼠:正常对照组、ORG组和C3G治疗组 NA NA NA NA
483 2024-12-21
Increased inflammatory signature in myeloid cells of non-small cell lung cancer patients with high clonal hematopoiesis burden
2024-Dec-06, eLife IF:6.4Q1
研究论文 研究探讨了非小细胞肺癌患者中克隆性造血负担与免疫治疗反应及炎症标志物的关系 首次揭示了非小细胞肺癌患者中克隆性造血负担与免疫治疗反应之间的潜在联系,并发现严重克隆性造血组中髓系细胞的炎症途径显著富集 研究样本量有限,且未发现克隆性造血状态对免疫治疗反应的显著影响 探讨非小细胞肺癌患者中克隆性造血负担与免疫治疗反应及炎症标志物的关系 非小细胞肺癌患者的血液样本及免疫治疗反应 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序、全外显子测序 NA RNA 100名转移性非小细胞肺癌患者及63份血液样本,以及180名患者的独立复制队列 NA NA NA NA
484 2024-12-21
A preclinical and phase I clinical study of ex vivo-expanded amyloid beta-specific human regulatory T cells in Alzheimer's disease
2024-Dec, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
研究论文 本文研究了体外扩增的针对β淀粉样蛋白的调节性T细胞在阿尔茨海默病中的安全性和有效性 首次在临床试验中评估了体外扩增的针对β淀粉样蛋白的人类调节性T细胞在阿尔茨海默病中的应用 临床试验中探索性评估的效果未达到统计学显著性,需要进一步研究以确认其临床疗效 探讨体外扩增的针对β淀粉样蛋白的人类调节性T细胞在阿尔茨海默病中的治疗潜力 体外扩增的针对β淀粉样蛋白的人类调节性T细胞及其在阿尔茨海默病模型和临床试验中的应用 NA 阿尔茨海默病 单细胞转录组学 NA 基因表达数据 6名阿尔茨海默病患者和3xTg小鼠模型 NA NA NA NA
485 2024-12-21
Approximate nearest neighbor graph provides fast and efficient embedding with applications for large-scale biological data
2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1
研究论文 本文提出了一种新的降维算法annembed,通过结合t-SNE和UMAP的优点,并使用HNSW图替换K-最近邻图,提高了大规模生物数据处理的效率和速度 创新点包括结合t-SNE和UMAP创建新的降维算法,使用HNSW图替换K-最近邻图,以及通过结合HNSW和局部敏感哈希算法扩展到DNA/RNA序列数据 NA 提高大规模生物数据降维和嵌入的效率和速度 大规模微生物基因组数据库、单细胞RNA测序数据和宏基因组contig(或群体)分箱 生物信息学 NA HNSW, 局部敏感哈希算法 NA DNA/RNA序列数据 数百万到数十亿个数据点 NA NA NA NA
486 2024-12-21
Spatial transcriptomics in breast cancer reveals tumour microenvironment-driven drug responses and clonal therapeutic heterogeneity
2024-Dec, NAR cancer IF:3.4Q2
研究论文 本研究利用乳腺癌患者的空间转录组数据,预测药物敏感性,揭示了肿瘤微环境在治疗反应中的作用 本研究首次通过空间转录组数据揭示了肿瘤微环境对药物反应的影响,并发现了肿瘤内不同位置的亚克隆具有不同的药物反应 本研究仅基于乳腺癌患者的数据,结果的普适性有待进一步验证 探讨肿瘤微环境在乳腺癌治疗反应中的作用,优化治疗策略 乳腺癌患者的肿瘤微环境和药物敏感性 数字病理学 乳腺癌 空间转录组 NA 转录组数据 乳腺癌患者 NA NA NA NA
487 2024-12-20
CCL4L2 participates in tendinopathy progression by promoting macrophage inflammatory responses: a single-cell analysis
2024-Dec-19, Journal of orthopaedic surgery and research IF:2.8Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析CCL4L2在肌腱病进展中的作用,发现CCL4L2通过促进巨噬细胞的炎症反应参与肌腱病的进展 首次通过单细胞RNA测序揭示了CCL4L2在肌腱病中的作用,并验证了其通过激活M1相关炎症信号通路促进巨噬细胞极化和抑制肌腱干细胞分化的机制 研究仅在体外实验中验证了CCL4L2的作用,尚未在体内模型中进行验证 探讨CCL4L2在肌腱病进展中的作用及其机制 肌腱病中的巨噬细胞和肌腱干细胞 数字病理学 肌腱病 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 疾病组和健康组的多个细胞亚群 NA NA NA NA
488 2024-12-20
Single-cell RNA sequencing uncovers heterogenous immune cell responses upon exposure to food additive (E171) titanium dioxide
2024-Dec-19, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1
研究论文 本研究使用单细胞RNA测序技术,揭示了在暴露于食品添加剂二氧化钛(E171 TiO)后,免疫细胞的异质性反应 首次通过单细胞RNA测序技术,详细分析了不同免疫细胞亚群在暴露于E171 TiO后的转录组和免疫反应的异质性 研究仅使用了Sprague-Dawley大鼠作为模型,可能无法完全代表所有物种的免疫反应 探讨食品添加剂E171 TiO对免疫系统的细胞毒性和转录组影响 免疫细胞在暴露于E171 TiO后的异质性反应 数字病理学 NA 单细胞RNA测序 NA RNA 使用了32只Sprague-Dawley大鼠(16只处理组,16只对照组) NA NA NA NA
489 2024-12-20
Zi Shen Wan Fang repaired blood-brain barrier integrity in diabetic cognitive impairment mice via preventing cerebrovascular cells senescence
2024-Dec-19, Chinese medicine IF:5.3Q1
研究论文 本研究探讨了Zi Shen Wan Fang(ZSWF)通过预防脑血管细胞衰老修复糖尿病认知障碍小鼠血脑屏障完整性的机制 首次揭示了ZSWF通过抑制Cdkn1a和衰老相关分泌表型(SASP)基因的表达,预防脑血管细胞衰老,从而修复血脑屏障完整性并改善认知功能 实验仅在动物模型上进行,尚未在人体中验证其有效性和安全性 揭示糖尿病认知障碍小鼠血脑屏障完整性破坏的机制,并阐明ZSWF修复血脑屏障完整性及改善认知功能的机制 糖尿病认知障碍小鼠及其血脑屏障完整性 NA 糖尿病 单细胞RNA测序(scRNA-seq),免疫荧光分析,分子对接 NA 基因表达数据 糖尿病小鼠模型,ZSWF剂量为9.36和18.72 g/kg,持续8周 NA NA NA NA
490 2024-12-20
Statistical analysis supports pervasive RNA subcellular localization and alternative 3' UTR regulation
2024-Dec-19, eLife IF:6.4Q1
研究论文 本文开发了一种名为SPRAWL的统计框架,用于检测小鼠大脑和肝脏中细胞类型特异性的RNA亚细胞定位调控,并研究了3' UTR长度与亚细胞定位之间的相关性 提出了新的统计框架SPRAWL,用于整合多组学单细胞分辨率的基因异构体测量,以优先筛选功能性3' UTR候选者 研究仅限于小鼠大脑和肝脏的数据,尚未在其他物种或组织中验证 研究RNA亚细胞定位及其与3' UTR调控的关系,并开发新的统计方法来分析这些关系 小鼠大脑和肝脏中的RNA亚细胞定位及3' UTR调控 基因组学 NA 空间转录组学技术 统计框架 基因表达数据 小鼠大脑和肝脏的单细胞数据 NA NA NA NA
491 2024-12-20
Adenoviral-vectored neoantigen vaccine augments hyperexpanded CD8+ T cell control of tumor challenge in mice
2024-Dec-18, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1
研究论文 本研究探讨了腺病毒载体的新抗原疫苗在增强小鼠肿瘤免疫控制中的作用 首次评估了腺病毒载体在传递新抗原疫苗中的效用,并展示了其相较于肽疫苗在诱导CD8+ T细胞免疫反应和肿瘤控制方面的优势 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人体中验证其效果 评估腺病毒载体新抗原疫苗在肿瘤免疫控制中的效果 腺病毒载体新抗原疫苗与肽疫苗在肿瘤免疫控制中的比较 免疫学 肿瘤 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和T细胞受体测序(TCR-seq) NA RNA 小鼠模型 NA NA NA NA
492 2024-12-20
Prion protein regulates invasiveness in glioblastoma stem cells
2024-Dec-18, BMC cancer IF:3.4Q2
研究论文 本文研究了朊蛋白(PrPC)在胶质母细胞瘤干细胞中的表达对肿瘤侵袭性的影响 首次揭示了PrPC在胶质母细胞瘤干细胞中的表达对肿瘤迁移、增殖和自我更新等关键肿瘤进展途径的调控作用 研究主要基于体外实验和基因组数据分析,缺乏体内实验验证 探讨PrPC在胶质母细胞瘤干细胞中的表达对肿瘤侵袭性和增殖的影响 胶质母细胞瘤干细胞及其朊蛋白表达 数字病理学 脑肿瘤 CRISPR-Cas9技术、RNA测序、免疫荧光、Western blot、流式细胞术、Transwell实验、生长曲线实验、单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 U87和U251胶质母细胞瘤细胞系,以及来自TCGA和Broad Institute的单细胞数据 NA NA NA NA
493 2024-12-20
Vitamin D binding protein and receptor prevalence in a large population with periodontitis: single nucleotide polymorphism and transcriptomic profiling
2024-Dec-18, BMC oral health IF:2.6Q1
研究论文 本文研究了维生素D结合蛋白(VDBP)和受体(VDR)基因在牙周炎患者中的单核苷酸多态性(SNP)及其转录组表达情况 首次通过大规模人群样本和转录组分析,揭示了VDR和VDBP基因的SNP与慢性牙周炎(CP)易感性的关系 研究仅分析了部分SNP位点,未涵盖所有可能的相关位点,且样本量有限 探讨VDR和VDBP基因的SNP及其转录组表达与慢性牙周炎易感性的关系 600名受试者(包括307名慢性牙周炎患者和293名健康对照)的基因组DNA和牙龈组织的转录组数据 NA 牙周炎 单核苷酸多态性检测(MassARRAY系统),转录组测序 回归分析模型 基因组数据,转录组数据 600名受试者(307名慢性牙周炎患者,293名健康对照) NA NA NA NA
494 2024-12-20
Intestinal metaplasia key molecules and UPP1 activation via Helicobacter pylori /NF-kB: drivers of malignant progression in gastric cancer
2024-Dec-18, Cancer cell international IF:5.3Q1
研究论文 本文通过整合单细胞RNA测序分析,研究了胃癌发展过程中的分子和细胞动态变化 首次构建了详细的单细胞图谱,揭示了胃上皮细胞在肠化生过程中获得类肠干细胞表型的现象,并发现了UPP1作为关键癌基因在胃癌进展中的作用 研究仅限于胃窦黏膜活检样本,未涵盖其他部位的胃黏膜 揭示胃癌发生过程中分子和细胞的动态变化,探索癌前病变的关键分子 胃窦黏膜的单细胞RNA测序数据,涵盖非萎缩性胃炎、慢性萎缩性胃炎、肠化生和早期胃癌等多个阶段 数字病理学 胃癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 26,028个高质量的胃窦黏膜细胞 NA NA NA NA
495 2024-12-20
Spall: accurate and robust unveiling cellular landscapes from spatially resolved transcriptomics data using a decomposition network
2024-Dec-18, BMC bioinformatics IF:2.9Q1
研究论文 本文提出了一种名为Spall的新型分解网络,用于从空间转录组数据中准确推断细胞类型比例,并揭示细胞分布模式 Spall引入了GATv2模块,采用灵活的动态注意力机制来捕捉spots之间的关系,并结合跳跃连接以减少细胞特异性信息的丢失,从而提高了对稀有细胞类型的预测能力 NA 解决现有计算方法在细胞分布的空间连续性与细胞特异性特征保留之间的平衡问题 空间转录组数据中的细胞分布模式 机器学习 胰腺导管腺癌 空间转录组学 分解网络 转录组数据 多个数据集,包括人类胰腺导管腺癌样本、小鼠大脑皮层和小鼠小脑样本 NA NA NA NA
496 2024-12-20
Cell Type Differentiation Using Network Clustering Algorithms
2024-Dec-07, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文研究了使用网络聚类算法在单细胞RNA测序数据中进行细胞类型分类的方法 本文引入了Infomap算法,并发现其在单细胞RNA测序数据中对细胞类型的分类效果优于其他方法 本文仅使用了PBMC和ROSMAP两个数据集进行验证,可能需要更多数据集来进一步验证方法的普适性 开发和比较不同的算法以准确识别单细胞RNA测序数据中的细胞类型 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 生物信息学 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) 图神经网络(scGNN) 基因表达数据 两个独立数据集:PBMC和ROSMAP NA NA NA NA
497 2024-12-20
Formation of CSE-YAP complex drives FOXD3-mediated transition of neurotoxic astrocytes in Parkinson's disease
2024-Dec, Pharmacological research IF:9.1Q1
研究论文 本文揭示了胱硫醚γ-裂解酶(CSE)在帕金森病(PD)中通过形成CSE-YAP复合物驱动FOXD3介导的神经毒性星形胶质细胞转变的作用 首次揭示了CSE在PD中通过形成CSE-YAP复合物驱动神经毒性星形胶质细胞转变的作用,并发现了FOXD3作为调控星形胶质细胞表型的新型转录因子 研究主要基于体外和体内实验,缺乏临床试验验证 探讨帕金森病进展中神经毒性星形胶质细胞的分子机制 帕金森病中的星形胶质细胞及其分子机制 NA 帕金森病 单细胞测序,RNA测序,无标记质谱 NA 基因表达数据 来自PD患者的单细胞测序数据和MPP处理的星形胶质细胞的RNA测序数据 NA NA NA NA
498 2024-12-20
Changes in AXL and/or MITF melanoma subpopulations in patients receiving immunotherapy
2024-Dec, Immuno-oncology technology
研究论文 本研究分析了接受免疫治疗的黑色素瘤患者中AXL和/或MITF亚群的变化 首次通过NanoString基因表达分析、单细胞RNA测序和多重免疫荧光原位杂交技术,研究了AXL+和MITF+黑色素瘤亚群在免疫治疗中的变化 研究样本量较小,且免疫治疗对AXL+或MITF+肿瘤细胞丰度的变化与生存率无显著相关性 探讨免疫治疗对黑色素瘤患者中AXL+和MITF+亚群的影响 接受免疫治疗的黑色素瘤患者中的AXL+和MITF+亚群 NA 黑色素瘤 NanoString基因表达分析、单细胞RNA测序、多重免疫荧光原位杂交 NA mRNA、蛋白质 NA NA NA NA NA
499 2024-12-19
Aging and head and neck cancer insights from single cell and spatial transcriptomic analyses
2024-Dec-18, Discover oncology IF:2.8Q2
研究论文 本研究通过单细胞测序和空间转录组学分析,深入探讨了衰老相关基因(ARGs)在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中的表达及其预后意义 本研究首次结合单细胞测序和空间转录组学分析,揭示了ARGs在HNSCC中的表达及其对预后的影响 本研究主要基于数据库数据和现有工具进行分析,缺乏实验验证 提供新的理论支持并为个性化治疗提供方向 头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中的衰老相关基因(ARGs) 数字病理学 头颈部癌症 单细胞测序、空间转录组学分析 Cox回归模型 基因表达数据 使用GSE139324系列数据和TCGA数据库中的样本 NA NA NA NA
500 2024-12-19
An improved bacterial single-cell RNA-seq reveals biofilm heterogeneity
2024-Dec-17, eLife IF:6.4Q1
研究论文 本研究提出了一种改进的细菌单细胞RNA测序方法RiboD-PETRI,用于探索生物膜异质性 引入了一种新的方法RiboD,通过去除核糖体RNA衍生的cDNA,显著提高了mRNA检测率,解决了细菌单细胞RNA测序中rRNA过多的问题 NA 解决细菌单细胞RNA测序中rRNA过多的问题,并探索生物膜的异质性 细菌单细胞RNA测序和生物膜异质性 基因组学 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA RNA NA NA NA NA NA
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