单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 700 篇文献，本页显示第 461 - 480 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 461 | 2024-12-20 |
New insights into the role of mitophagy related gene affecting the metastasis of osteosarcoma through scRNA-seq and CRISPR-Cas9 genome editing
2024-Dec-18, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-024-01989-w
PMID:39696352
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和CRISPR-Cas9基因编辑技术，探讨了线粒体自噬相关基因在骨肉瘤转移中的作用 | 首次通过整合单细胞测序和CRISPR-Cas9基因编辑技术，识别出与骨肉瘤转移相关的线粒体自噬关键基因，并构建了预测患者预后的mitophagy_score模型 | 研究主要集中在细胞和动物实验层面，尚未在临床试验中验证这些发现 | 揭示线粒体自噬在骨肉瘤转移过程中的作用，并开发相关的预后模型和治疗策略 | 骨肉瘤细胞中的线粒体自噬相关基因及其在转移中的作用 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR-Cas9基因编辑 | NA | 单细胞RNA测序数据、批量测序数据 | 数百个配体-受体相互作用、细胞生物学实验和动物研究 | NA | NA | NA | NA |
| 462 | 2024-12-20 |
Cell Type Differentiation Using Network Clustering Algorithms
2024-Dec-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.04.626793
PMID:39677670
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研究论文 | 本文研究了使用网络聚类算法在单细胞RNA测序数据中进行细胞类型分类的方法 | 本文引入了Infomap算法，并发现其在单细胞RNA测序数据中对细胞类型的分类效果优于其他方法 | 本文仅使用了PBMC和ROSMAP两个数据集进行验证，可能需要更多数据集来进一步验证方法的普适性 | 开发和比较不同的算法以准确识别单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 图神经网络（scGNN） | 基因表达数据 | 两个独立数据集：PBMC和ROSMAP | NA | NA | NA | NA |
| 463 | 2024-12-20 |
Endoplasmic Reticulum Stress Induces ROS Production and Activates NLRP3 Inflammasome Via the PERK-CHOP Signaling Pathway in Dry Eye Disease
2024-Dec-02, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.65.14.34
PMID:39699913
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研究论文 | 本研究探讨了内质网（ER）应激在干眼病（DED）发展中的潜在作用 | 首次揭示了内质网应激通过PERK-CHOP信号通路诱导ROS产生并激活NLRP3炎症小体，从而在干眼病中发挥作用 | 研究主要基于小鼠模型和细胞模型，尚未在人类临床试验中验证 | 探讨内质网应激在干眼病发展中的作用及其潜在治疗靶点 | 干眼病小鼠模型和人类角膜上皮细胞 | NA | 干眼病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 包括干眼小鼠模型的角膜组织和人类角膜上皮细胞（HCECs和HCE-2细胞） | NA | NA | NA | NA |
| 464 | 2024-12-20 |
Formation of CSE-YAP complex drives FOXD3-mediated transition of neurotoxic astrocytes in Parkinson's disease
2024-Dec, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2024.107507
PMID:39547464
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研究论文 | 本文揭示了胱硫醚γ-裂解酶（CSE）在帕金森病（PD）中通过形成CSE-YAP复合物驱动FOXD3介导的神经毒性星形胶质细胞转变的作用 | 首次揭示了CSE在PD中通过形成CSE-YAP复合物驱动神经毒性星形胶质细胞转变的作用，并发现了FOXD3作为调控星形胶质细胞表型的新型转录因子 | 研究主要基于体外和体内实验，缺乏临床试验验证 | 探讨帕金森病进展中神经毒性星形胶质细胞的分子机制 | 帕金森病中的星形胶质细胞及其分子机制 | NA | 帕金森病 | 单细胞测序，RNA测序，无标记质谱 | NA | 基因表达数据 | 来自PD患者的单细胞测序数据和MPP处理的星形胶质细胞的RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 465 | 2024-12-20 |
Lessons about physiological relevance learned from large-scale meta-analysis of co-expression networks in brain organoids
2024-Dec, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002965
PMID:39693319
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研究论文 | 本文通过大规模的单细胞RNA测序数据集的整合分析，研究了脑类器官在基因共表达关系上与人类发育中大脑的相似性 | 本文首次通过大规模的单细胞RNA测序数据的元分析，评估了不同脑类器官协议的可靠性 | 本文依赖于公开的单细胞RNA测序数据，可能存在数据质量和代表性的限制 | 研究脑类器官在基因共表达关系上与人类发育中大脑的相似性 | 脑类器官与人类发育中大脑的基因共表达关系 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因共表达网络 | 百万级单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 466 | 2024-12-20 |
Changes in AXL and/or MITF melanoma subpopulations in patients receiving immunotherapy
2024-Dec, Immuno-oncology technology
DOI:10.1016/j.iotech.2024.101009
PMID:39697983
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研究论文 | 本研究分析了接受免疫治疗的黑色素瘤患者中AXL和/或MITF亚群的变化 | 首次通过NanoString基因表达分析、单细胞RNA测序和多重免疫荧光原位杂交技术，研究了AXL+和MITF+黑色素瘤亚群在免疫治疗中的变化 | 研究样本量较小，且免疫治疗对AXL+或MITF+肿瘤细胞丰度的变化与生存率无显著相关性 | 探讨免疫治疗对黑色素瘤患者中AXL+和MITF+亚群的影响 | 接受免疫治疗的黑色素瘤患者中的AXL+和MITF+亚群 | NA | 黑色素瘤 | NanoString基因表达分析、单细胞RNA测序、多重免疫荧光原位杂交 | NA | mRNA、蛋白质 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 467 | 2024-12-19 |
Aging and head and neck cancer insights from single cell and spatial transcriptomic analyses
2024-Dec-18, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01672-z
PMID:39692961
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和空间转录组学分析，深入探讨了衰老相关基因（ARGs）在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的表达及其预后意义 | 本研究首次结合单细胞测序和空间转录组学分析，揭示了ARGs在HNSCC中的表达及其对预后的影响 | 本研究主要基于数据库数据和现有工具进行分析，缺乏实验验证 | 提供新的理论支持并为个性化治疗提供方向 | 头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的衰老相关基因（ARGs） | 数字病理学 | 头颈部癌症 | 单细胞测序、空间转录组学分析 | Cox回归模型 | 基因表达数据 | 使用GSE139324系列数据和TCGA数据库中的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 468 | 2024-12-19 |
An improved bacterial single-cell RNA-seq reveals biofilm heterogeneity
2024-Dec-17, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.97543
PMID:39689163
|
研究论文 | 本研究提出了一种改进的细菌单细胞RNA测序方法RiboD-PETRI，用于探索生物膜异质性 | 引入了一种新的方法RiboD，通过去除核糖体RNA衍生的cDNA，显著提高了mRNA检测率，解决了细菌单细胞RNA测序中rRNA过多的问题 | NA | 解决细菌单细胞RNA测序中rRNA过多的问题，并探索生物膜的异质性 | 细菌单细胞RNA测序和生物膜异质性 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 469 | 2024-12-19 |
Enhancing immuno-oncology investigations through multidimensional decoding of tumor microenvironment with IOBR 2.0
2024-Dec-16, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100910
PMID:39626665
|
研究论文 | 本文介绍了IOBR 2.0工具包，用于通过多组学数据对肿瘤微环境进行多维解码，以增强免疫肿瘤学研究 | IOBR 2.0通过多组学数据整合和单细胞RNA测序数据构建基因特征和参考矩阵，提供了更全面的肿瘤-免疫相互作用分析 | 研究结果仍需在大规模临床队列中进行验证 | 通过多组学数据整合推进肿瘤微环境研究 | 肿瘤微环境及其与免疫疗法的关系 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 470 | 2024-12-19 |
A statistical approach for systematic identification of transition cells from scRNA-seq data
2024-Dec-16, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100913
PMID:39644902
|
研究论文 | 本文提出了一种名为CellTran的统计方法，利用配对基因表达相关性从scRNA-seq数据中识别过渡细胞 | 该方法无需明确解析基因调控网络，即可检测过渡细胞，并揭示其独特的基因表达特征 | NA | 揭示驱动细胞状态转换的分子机制，并增强识别疾病干预治疗靶点的能力 | 从scRNA-seq数据中识别过渡细胞及其基因表达特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 统计方法 | 基因表达数据 | 涉及多种生物学背景的样本，包括组织再生、胚胎发育、癌前病变和疫苗接种后的体液反应 | NA | NA | NA | NA |
| 471 | 2024-12-19 |
Expanding the landscape of antibody discovery
2024-Dec-16, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100936
PMID:39689694
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研究论文 | 本文介绍了一种结合抗体-核糖体-mRNA复合物、抗原细胞表面展示和单细胞RNA测序技术的方法，用于筛选多样化的抗体基因库 | 本文创新性地将抗体-核糖体-mRNA复合物、抗原细胞表面展示和单细胞RNA测序技术结合，成功筛选出多样化的抗体基因库 | NA | 开发一种新的方法用于抗体-抗原配对发现 | 抗体基因库和病毒受体蛋白库 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 472 | 2024-12-19 |
Association of circulating cytokine levels and tissue-infiltrating myeloid cells with achalasia: results from Mendelian randomization and validation through clinical characteristics and single-cell RNA sequencing
2024-12, Journal of gastroenterology
IF:6.9Q1
DOI:10.1007/s00535-024-02155-2
PMID:39377966
|
研究论文 | 本文研究了食管失弛缓症与循环细胞因子水平及组织浸润髓系细胞之间的关系，通过孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序验证了潜在机制 | 首次通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序结合的方法，揭示了食管失弛缓症中特定细胞因子和髓系细胞的作用机制 | 研究样本量较小，且仅基于FinnGen数据库的数据，可能存在地域和人群的局限性 | 探讨食管失弛缓症的免疫失调机制，并寻找潜在的治疗靶点 | 循环细胞因子水平、组织浸润髓系细胞、食管失弛缓症患者 | NA | 食管失弛缓症 | 孟德尔随机化、单细胞RNA测序、酶联免疫吸附测定 | NA | 基因组数据、蛋白质数据、单细胞RNA测序数据 | 47种细胞因子的cis-eQTLs/pQTLs数据，以及来自FinnGen的食管失弛缓症GWAS数据 | NA | NA | NA | NA |
| 473 | 2024-12-19 |
Statistical inference with a manifold-constrained RNA velocity model uncovers cell cycle speed modulations
2024-Dec, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02471-8
PMID:39482463
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研究论文 | 本文提出了一种结合速度场和流形估计的贝叶斯RNA速度模型，用于研究细胞周期中的基因调控动态 | 引入了一种新的贝叶斯模型，将速度场和流形估计结合在一个统一的框架中，提供了统计控制，并识别了显式动力系统的参数 | NA | 解决现有RNA速度算法缺乏统计控制和动态一致性的问题，并研究细胞周期中的基因调控动态 | 细胞周期中的基因表达动态 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA速度分析 | 贝叶斯模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 474 | 2024-12-19 |
IL1RAP Blockade With a Monoclonal Antibody Reduces Cardiac Inflammation and Preserves Heart Function in Viral and Autoimmune Myocarditis
2024-Dec, Circulation. Heart failure
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研究论文 | 本文研究了通过单克隆抗体阻断IL1RAP（IL-1受体辅助蛋白）在病毒性和自身免疫性心肌炎中的治疗效果 | 本文首次提出通过阻断IL1RAP来治疗心肌炎，相较于单独阻断IL-1，这种方法更为高效 | 本文的研究仅在BALB/c小鼠模型中进行，尚未在人类中验证其疗效 | 探索IL1RAP阻断在病毒性和自身免疫性心肌炎中的治疗潜力 | BALB/c小鼠模型中的病毒性和自身免疫性心肌炎 | NA | 心血管疾病 | 空间转录组学（Visium 10× Genomics） | NA | 基因表达数据 | 每组10-11只BALB/c小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 475 | 2024-12-19 |
Ionizing radiation inhibits zebrafish embryo hatching through induction of tissue inhibitors of metalloproteinases (TIMPs) expression
2024-Dec, The FEBS journal
DOI:10.1111/febs.17318
PMID:39547957
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研究论文 | 研究探讨了电离辐射对斑马鱼胚胎孵化过程中组织金属蛋白酶抑制剂（TIMPs）表达的影响 | 首次揭示了电离辐射通过诱导TIMPs表达抑制斑马鱼胚胎孵化的分子机制 | 研究仅在斑马鱼胚胎中进行了实验，未涉及其他物种 | 探究电离辐射对水生生物和人类发育的生物学影响 | 斑马鱼胚胎及其孵化过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 暴露于5 Gy电离辐射的斑马鱼胚胎 | NA | NA | NA | NA |
| 476 | 2024-12-19 |
Probe set selection for targeted spatial transcriptomics
2024-Dec, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02496-z
PMID:39558096
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Spapros的端到端探针集选择管道，用于优化基因集的特异性和细胞内表达变异，以解析空间上不同的细胞群体 | Spapros能够优化基因集的特异性和细胞内表达变异，从而在细胞类型识别和表达变异恢复方面优于其他选择方法 | NA | 开发一种新的方法来选择用于空间转录组学的最佳探针集，以捕捉组织中的空间信号 | 探针集选择方法及其在空间转录组学中的应用 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 成年肺组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 477 | 2024-12-19 |
Meta-analysis of single-cell RNA sequencing co-expression in human neural organoids reveals their high variability in recapitulating primary tissue
2024-Dec, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002912
PMID:39621752
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meta-analysis | 本文通过单细胞RNA测序数据的meta分析，研究了人类神经类器官在重现胎儿/初级组织生物学方面的变异性和复现性 | 提出了一个保留共表达框架，为不同神经类器官提供细胞类型特异性的保真度测量，有助于揭示异质性神经类器官实验中的统一变异轴 | 未明确指出具体的局限性 | 研究人类神经类器官在重现胎儿/初级组织生物学方面的精确性 | 人类初级脑组织和神经类器官的单细胞RNA测序数据 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 初级脑组织包含295万细胞，51个数据集；神经类器官包含159万细胞，173个数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 478 | 2024-12-18 |
Single-cell transcriptomic reveals the peritoneal microenvironmental change in long-term peritoneal dialysis patients with ultrafiltration failure
2024-Dec-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.111383
PMID:39687014
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研究论文 | 研究揭示了长期腹膜透析患者在超滤失败情况下腹膜微环境的变化 | 首次通过单细胞转录组测序揭示了长期腹膜透析患者在超滤失败情况下腹膜微环境中中性粒细胞和巨噬细胞亚群的变化 | 研究样本量较小，可能无法全面代表所有长期腹膜透析患者的微环境变化 | 探讨长期腹膜透析患者在超滤失败情况下腹膜微环境的变化及其机制 | 长期腹膜透析患者的腹膜微环境，包括中性粒细胞、巨噬细胞和间皮细胞 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 479 | 2024-12-18 |
Spatial patterns and MRI-based radiomic prediction of high peritumoral tertiary lymphoid structure density in hepatocellular carcinoma: a multicenter study
2024-Dec-15, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-009879
PMID:39675785
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研究论文 | 本研究探讨了肝细胞癌中高密度肿瘤周围三级淋巴结构（pTLS）的空间模式，并开发了一种基于MRI的放射组学分类器，用于预测pTLS密度 | 本研究首次通过空间转录组学和RNA测序数据识别了pTLS密度的关键调控因子，并开发了一种基于放射组学的非侵入性分类器，用于预测肝细胞癌中的pTLS密度 | 本研究的样本主要来自多中心回顾性数据，未来需要进一步的前瞻性研究来验证结果 | 阐明肝细胞癌中pTLS密度的生物学差异，并开发一种放射组学分类器，用于预测pTLS密度，为临床诊断和治疗提供新见解 | 肝细胞癌患者的肿瘤周围三级淋巴结构（pTLS）密度 | 数字病理学 | 肝癌 | 空间转录组学、RNA测序、放射组学 | 机器学习算法 | 图像、基因表达数据 | 660名接受手术治疗的肝细胞癌患者，包括307名训练集患者、76名时间验证集患者和277名外部验证集患者 | NA | NA | NA | NA |
| 480 | 2024-12-18 |
scVAG: Unified single-cell clustering via variational-autoencoder integration with Graph Attention Autoencoder
2024-Dec-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e40732
PMID:39687165
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研究论文 | 本文提出了一种名为scVAG的深度学习框架，结合变分自编码器（VAE）和图注意力自编码器（GATE），用于增强单细胞聚类分析 | scVAG通过集成VAE和GATE，实现了更灵活的潜在空间编码，并取代了传统的线性主成分分析（PCA），更适合处理单细胞RNA测序数据 | NA | 提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 变分自编码器（VAE）和图注意力自编码器（GATE） | 数据矩阵 | 20个数据集 | NA | NA | NA | NA |