单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 699 篇文献，本页显示第 461 - 480 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 461 | 2024-12-19 |
Statistical inference with a manifold-constrained RNA velocity model uncovers cell cycle speed modulations
2024-Dec, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02471-8
PMID:39482463
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研究论文 | 本文提出了一种结合速度场和流形估计的贝叶斯RNA速度模型，用于研究细胞周期中的基因调控动态 | 引入了一种新的贝叶斯模型，将速度场和流形估计结合在一个统一的框架中，提供了统计控制，并识别了显式动力系统的参数 | NA | 解决现有RNA速度算法缺乏统计控制和动态一致性的问题，并研究细胞周期中的基因调控动态 | 细胞周期中的基因表达动态 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA速度分析 | 贝叶斯模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 462 | 2024-12-19 |
IL1RAP Blockade With a Monoclonal Antibody Reduces Cardiac Inflammation and Preserves Heart Function in Viral and Autoimmune Myocarditis
2024-Dec, Circulation. Heart failure
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研究论文 | 本文研究了通过单克隆抗体阻断IL1RAP（IL-1受体辅助蛋白）在病毒性和自身免疫性心肌炎中的治疗效果 | 本文首次提出通过阻断IL1RAP来治疗心肌炎，相较于单独阻断IL-1，这种方法更为高效 | 本文的研究仅在BALB/c小鼠模型中进行，尚未在人类中验证其疗效 | 探索IL1RAP阻断在病毒性和自身免疫性心肌炎中的治疗潜力 | BALB/c小鼠模型中的病毒性和自身免疫性心肌炎 | NA | 心血管疾病 | 空间转录组学（Visium 10× Genomics） | NA | 基因表达数据 | 每组10-11只BALB/c小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 463 | 2024-12-19 |
Ionizing radiation inhibits zebrafish embryo hatching through induction of tissue inhibitors of metalloproteinases (TIMPs) expression
2024-Dec, The FEBS journal
DOI:10.1111/febs.17318
PMID:39547957
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研究论文 | 研究探讨了电离辐射对斑马鱼胚胎孵化过程中组织金属蛋白酶抑制剂（TIMPs）表达的影响 | 首次揭示了电离辐射通过诱导TIMPs表达抑制斑马鱼胚胎孵化的分子机制 | 研究仅在斑马鱼胚胎中进行了实验，未涉及其他物种 | 探究电离辐射对水生生物和人类发育的生物学影响 | 斑马鱼胚胎及其孵化过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 暴露于5 Gy电离辐射的斑马鱼胚胎 | NA | NA | NA | NA |
| 464 | 2024-12-19 |
Probe set selection for targeted spatial transcriptomics
2024-Dec, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02496-z
PMID:39558096
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Spapros的端到端探针集选择管道，用于优化基因集的特异性和细胞内表达变异，以解析空间上不同的细胞群体 | Spapros能够优化基因集的特异性和细胞内表达变异，从而在细胞类型识别和表达变异恢复方面优于其他选择方法 | NA | 开发一种新的方法来选择用于空间转录组学的最佳探针集，以捕捉组织中的空间信号 | 探针集选择方法及其在空间转录组学中的应用 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 成年肺组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 465 | 2024-12-19 |
Meta-analysis of single-cell RNA sequencing co-expression in human neural organoids reveals their high variability in recapitulating primary tissue
2024-Dec, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002912
PMID:39621752
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meta-analysis | 本文通过单细胞RNA测序数据的meta分析，研究了人类神经类器官在重现胎儿/初级组织生物学方面的变异性和复现性 | 提出了一个保留共表达框架，为不同神经类器官提供细胞类型特异性的保真度测量，有助于揭示异质性神经类器官实验中的统一变异轴 | 未明确指出具体的局限性 | 研究人类神经类器官在重现胎儿/初级组织生物学方面的精确性 | 人类初级脑组织和神经类器官的单细胞RNA测序数据 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 初级脑组织包含295万细胞，51个数据集；神经类器官包含159万细胞，173个数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 466 | 2024-12-18 |
Single-cell transcriptomic reveals the peritoneal microenvironmental change in long-term peritoneal dialysis patients with ultrafiltration failure
2024-Dec-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.111383
PMID:39687014
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研究论文 | 研究揭示了长期腹膜透析患者在超滤失败情况下腹膜微环境的变化 | 首次通过单细胞转录组测序揭示了长期腹膜透析患者在超滤失败情况下腹膜微环境中中性粒细胞和巨噬细胞亚群的变化 | 研究样本量较小，可能无法全面代表所有长期腹膜透析患者的微环境变化 | 探讨长期腹膜透析患者在超滤失败情况下腹膜微环境的变化及其机制 | 长期腹膜透析患者的腹膜微环境，包括中性粒细胞、巨噬细胞和间皮细胞 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 467 | 2024-12-18 |
Spatial patterns and MRI-based radiomic prediction of high peritumoral tertiary lymphoid structure density in hepatocellular carcinoma: a multicenter study
2024-Dec-15, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-009879
PMID:39675785
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研究论文 | 本研究探讨了肝细胞癌中高密度肿瘤周围三级淋巴结构（pTLS）的空间模式，并开发了一种基于MRI的放射组学分类器，用于预测pTLS密度 | 本研究首次通过空间转录组学和RNA测序数据识别了pTLS密度的关键调控因子，并开发了一种基于放射组学的非侵入性分类器，用于预测肝细胞癌中的pTLS密度 | 本研究的样本主要来自多中心回顾性数据，未来需要进一步的前瞻性研究来验证结果 | 阐明肝细胞癌中pTLS密度的生物学差异，并开发一种放射组学分类器，用于预测pTLS密度，为临床诊断和治疗提供新见解 | 肝细胞癌患者的肿瘤周围三级淋巴结构（pTLS）密度 | 数字病理学 | 肝癌 | 空间转录组学、RNA测序、放射组学 | 机器学习算法 | 图像、基因表达数据 | 660名接受手术治疗的肝细胞癌患者，包括307名训练集患者、76名时间验证集患者和277名外部验证集患者 | NA | NA | NA | NA |
| 468 | 2024-12-18 |
scVAG: Unified single-cell clustering via variational-autoencoder integration with Graph Attention Autoencoder
2024-Dec-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e40732
PMID:39687165
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研究论文 | 本文提出了一种名为scVAG的深度学习框架，结合变分自编码器（VAE）和图注意力自编码器（GATE），用于增强单细胞聚类分析 | scVAG通过集成VAE和GATE，实现了更灵活的潜在空间编码，并取代了传统的线性主成分分析（PCA），更适合处理单细胞RNA测序数据 | NA | 提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 变分自编码器（VAE）和图注意力自编码器（GATE） | 数据矩阵 | 20个数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 469 | 2024-12-18 |
Single-Cell RNA Sequencing of PBMCs Identified Junction Plakoglobin (JUP) as Stratification Biomarker for Endometriosis
2024-Dec-05, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms252313071
PMID:39684780
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术构建了子宫内膜异位症患者外周血单核细胞的单细胞图谱，并发现Junction Plakoglobin (JUP)作为诊断和分层标志物的潜力 | 首次构建了子宫内膜异位症患者外周血单核细胞的单细胞图谱，并发现JUP在子宫内膜异位症和卵巢癌患者血清中的显著升高，增强了诊断的特异性 | 敏感性较低，仅为19% | 识别子宫内膜异位症患者外周血单核细胞的独特特征，并开发非侵入性早期诊断工具 | 子宫内膜异位症患者的外周血单核细胞和JUP作为诊断标志物 | 数字病理学 | 妇科疾病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 107,964个细胞和199名患者（包括20名卵巢癌患者） | NA | NA | NA | NA |
| 470 | 2024-12-18 |
Characterization of an Activated Metabolic Transcriptional Program in Hepatoblastoma Tumor Cells Using scRNA-seq
2024-Dec-04, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms252313044
PMID:39684755
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了肝母细胞瘤肿瘤细胞中的代谢转录程序，并使用机器学习方法建立了肿瘤表达代谢评分 | 首次在单细胞水平上验证了肝母细胞瘤肿瘤细胞中激活的代谢转录程序，并识别出一系列具有预测价值的代谢酶 | 研究仅限于肝母细胞瘤，未探讨其他类型的儿童肝癌 | 探讨肝母细胞瘤中代谢重编程的分子机制 | 肝母细胞瘤肿瘤细胞中的代谢酶表达 | 数字病理学 | 肝母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | Elasticnet | RNA | 使用了GSE104766和GSE131329数据集的bulk RNA测序数据，以及GSE180665数据集的单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 471 | 2024-12-18 |
Tackling the Complexity of Spatial Transcriptomics Data Interpretation with Large Language Models
2024-Dec-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.28.625773
PMID:39677817
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研究论文 | 本研究探讨了大型语言模型（LLMs）在空间转录组数据分析和解释中的潜力，特别是在小鼠黑色素瘤肿瘤模型中的应用 | 本研究展示了LLMs在空间转录组数据分析中的潜力，能够结合高级模式识别与广泛的知识整合，增强数据解释能力 | 目前的工作流程尚需进一步开发以实现可扩展性 | 探索LLMs在空间转录组数据解释中的应用，以加速将空间转录组数据转化为生物学见解 | 小鼠黑色素瘤肿瘤模型的空间转录组数据 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 空间转录组 | LLM（大型语言模型） | 基因表达数据 | 小鼠黑色素瘤肿瘤模型 | NA | NA | NA | NA |
| 472 | 2024-12-18 |
Identification of a Highly Functional Effector CD8 + T Cell Program after Transplantation in Mice and Humans
2024-Dec-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.26.625263
PMID:39677722
|
研究论文 | 研究在移植后的小鼠和人类中，CD8+ T细胞在急性排斥反应中的功能和命运 | 首次发现CD43 1B11信号在移植排斥反应中的作用，并证明CD43 1B11单克隆抗体治疗可以克服大多数小鼠的共刺激阻断诱导的耐受性 | 研究主要集中在小鼠模型和少数人类样本上，可能无法完全反映人类移植排斥反应的复杂性 | 探讨CD8+ T细胞在移植排斥反应中的作用及其在急性排斥反应中的命运 | 小鼠和人类移植后的CD8+ T细胞 | NA | NA | scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠和人类样本 | NA | NA | NA | NA |
| 473 | 2024-12-18 |
The Immunoregulatory Architecture of the Adult Oral Cavity
2024-Dec-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.01.626279
PMID:39677739
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研究论文 | 本文首次展示了人类成年口腔和颅面组织的综合图谱，通过单细胞RNA测序和空间图谱技术揭示了口腔免疫调节的细胞和分子结构 | 首次整合了人类成年口腔和颅面组织的综合图谱，并开发了AstroSuite软件包用于分析细胞邻域和多细胞相互作用模块 | 研究主要集中在健康状态下的口腔组织，对疾病状态下的变化研究较少 | 深入理解口腔组织的免疫调节结构，为精准医学提供基础 | 人类成年口腔和颅面组织的细胞、分子和空间结构 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 约250,000个细胞，来自70个样本，涵盖13个微环境 | NA | NA | NA | NA |
| 474 | 2024-12-18 |
Innovative Insights into Single-Cell Technologies and Multi-Omics Integration in Livestock and Poultry
2024-Dec-02, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms252312940
PMID:39684651
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）与多组学整合技术在畜禽研究中的应用 | 强调了scRNA-seq与表观组学、蛋白质组学和空间转录组学数据的结合，提供了多维度的分析方法 | NA | 探讨单细胞技术和多组学整合在畜禽研究中的应用 | 畜禽中的关键物种，包括家禽、猪和反刍动物 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 475 | 2024-12-18 |
The Immunomodulatory Effects of Vitamin D on COVID-19 Induced Glioblastoma Recurrence via the PI3K-AKT Signaling Pathway
2024-Dec-02, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms252312952
PMID:39684661
|
研究论文 | 本研究探讨了维生素D通过PI3K-AKT信号通路对COVID-19诱导的胶质母细胞瘤复发的免疫调节作用 | 本研究通过整合生物信息学方法，揭示了维生素D与COVID-19在胶质母细胞瘤中的分子相互作用，并确定了关键的预后基因 | 本研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证 | 探讨COVID-19与胶质母细胞瘤之间的分子相互作用，并研究维生素D的免疫调节作用 | COVID-19感染的胶质母细胞瘤患者 | NA | 脑癌 | 生物信息学方法，包括富集分析、生存分析和分子对接 | NA | 基因表达数据 | 203个共同差异表达基因，6个预后关键基因 | NA | NA | NA | NA |
| 476 | 2024-12-18 |
Specialized metabolism in St John's wort
2024-Dec, Current opinion in plant biology
IF:8.3Q1
DOI:10.1016/j.pbi.2024.102625
PMID:39236592
|
研究论文 | 本文研究了圣约翰草（Hypericum perforatum L.）的特殊代谢，特别是其标志性生物活性化合物hyperforin和hypericin的生物合成 | 本文揭示了圣约翰草中多种代谢物的生物合成途径，并发现了新的酶如hyperforin合酶，为药物开发提供了可扩展的生物活性化合物生产方法 | NA | 研究圣约翰草的特殊代谢及其生物活性化合物的生物合成途径 | 圣约翰草（Hypericum perforatum L.）及其生物活性化合物hyperforin和hypericin | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 477 | 2024-12-18 |
Combined single cell and spatial transcriptome analysis reveals cellular heterogeneity of hedgehog pathway in gastric cancer
2024-Dec, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-024-00297-0
PMID:39251886
|
研究论文 | 本研究结合单细胞测序数据和空间转录组学，深入探讨了hedgehog通路在胃癌中的作用 | 首次通过结合单细胞测序和空间转录组学，揭示了hedgehog通路在胃癌中的细胞异质性，并发现了CCND1在肿瘤相关成纤维细胞形成中的重要作用 | 研究主要基于单细胞和空间转录组数据，缺乏体内实验验证 | 探讨hedgehog通路在胃癌中的作用，并寻找潜在的治疗靶点 | 胃癌中的hedgehog通路及相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序，空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 未明确具体样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 478 | 2024-12-18 |
Single-cell transcriptomics and tissue metabolomics uncover mechanisms underlying wooden breast disease in broilers
2024-Dec, Poultry science
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.psj.2024.104433
PMID:39489032
|
研究论文 | 研究通过单细胞转录组学和组织代谢组学揭示了肉鸡木胸病的发病机制 | 首次综合分析了鸡木胸肌肉的转录组和代谢组，发现了木胸肌肉中独特的巨噬细胞簇（第11簇），并揭示了木胸病发生时细胞间相互作用网络的减弱以及关键差异代谢物的变化 | 研究主要集中在转录组和代谢组分析，未深入探讨木胸病的具体分子机制 | 揭示肉鸡木胸病的病理生理机制 | 肉鸡木胸肌肉的基因表达、细胞间相互作用及代谢物变化 | 数字病理学 | 肌肉疾病 | 单细胞转录组学、代谢组学 | NA | 转录组数据、代谢组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 479 | 2024-12-18 |
SDC4 protein action and related key genes in nonhealing diabetic foot ulcers based on bioinformatics analysis and machine learning
2024-Dec, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.137789
PMID:39557273
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、转录组分析和机器学习方法，识别了非愈合性糖尿病足溃疡中的关键基因SDC4及其相关基因 | 首次通过单细胞RNA测序和机器学习方法识别了非愈合性糖尿病足溃疡中的关键基因SDC4，并构建了高精度和稳定性的预测模型 | 研究仅基于GEO数据库中的数据，未进行体内或体外实验验证 | 识别非愈合性糖尿病足溃疡中的关键基因，并探讨其分子机制和信号通路变化 | 非愈合性糖尿病足溃疡中的关键基因及其相关细胞类型 | 机器学习 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序、转录组分析、LASSO回归算法 | LASSO回归 | 基因表达数据 | 使用了GSE165816、GSE134431和GSE143735三个数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 480 | 2024-12-18 |
Exploring T Cell and NK Cell Involvement in Ankylosing Spondylitis Through Single-Cell Sequencing
2024-Dec, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70206
PMID:39680481
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研究论文 | 通过单细胞测序技术探索强直性脊柱炎中T细胞和NK细胞的参与机制 | 首次通过单细胞测序技术揭示了强直性脊柱炎中T细胞和NK细胞的关键作用，并发现了CD74基因在T细胞中的上调表达以及巨噬细胞迁移抑制因子信号通路在细胞间相互作用中的显著表达 | 研究样本量较小，仅包括三名强直性脊柱炎患者和三名非患者，可能影响结果的普适性 | 揭示强直性脊柱炎的复杂免疫机制，为识别新的治疗靶点和创新疗法奠定基础 | 强直性脊柱炎患者的骨髓细胞样本 | 数字病理学 | 强直性脊柱炎 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 三名强直性脊柱炎患者和三名非患者的骨髓细胞样本 | NA | NA | NA | NA |