单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
461	2024-12-06	Dynamic single-cell sequencing unveils the tumor microenvironment evolution of gastric cancer abdominal wall metastases during radiotherapy 2024-Dec, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16308 PMID:39327670	研究论文	研究了放射治疗对胃癌腹壁转移瘤微环境的影响，通过单细胞RNA和T细胞受体测序分析了细胞组成和功能的变化	揭示了放射治疗期间胃癌腹壁转移瘤微环境中细胞组成和功能的动态变化，特别是免疫检查点基因的上调和T淋巴细胞的减少	仅基于一个患者的样本，结果的普适性有限	探讨放射治疗如何重塑胃癌腹壁转移瘤的微环境，以促进抗肿瘤免疫	胃癌腹壁转移瘤的微环境及其在放射治疗期间的动态变化	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序，T细胞受体测序	NA	单细胞RNA数据，T细胞受体数据	一个患者的四个肿瘤样本，分别在基线和放射治疗期间采集
462	2024-12-06	A cross-disease resource of living human microglia identifies disease-enriched subsets and tool compounds recapitulating microglial states 2024-Dec, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01764-7 PMID:39406950	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了来自多种神经疾病和中枢神经系统区域的215,680个活体人小胶质细胞，识别出与疾病相关的亚群和工具化合物	本文首次通过大规模单细胞RNA测序揭示了小胶质细胞在不同神经疾病中的异质性，并验证了化合物在体外重现特定亚型的能力	研究主要集中在体外和模型系统中，尚未在临床环境中验证化合物的效果	揭示小胶质细胞在神经疾病中的异质性，并寻找潜在的治疗靶点	活体人小胶质细胞及其在不同神经疾病中的亚群	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	215,680个活体人小胶质细胞，来自74个捐赠者
463	2024-12-06	Single-cell Sequencing of Circulating Human Plasmablasts during Staphylococcus aureus Bacteremia 2024-Dec-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300858 PMID:39451041	研究论文	研究了金黄色葡萄球菌菌血症患者外周血中的浆母细胞反应，并鉴定了四种针对金黄色葡萄球菌表面的功能性单克隆抗体	通过单细胞转录组基因表达和重链及轻链Ig基因测序，揭示了浆母细胞的高多样性，并发现了四种新的单克隆抗体，其中三种对表皮葡萄球菌具有交叉反应性	NA	研究金黄色葡萄球菌菌血症患者的浆母细胞反应，并鉴定新的治疗性单克隆抗体	金黄色葡萄球菌菌血症患者的外周血浆母细胞	NA	菌血症	单细胞测序	NA	基因表达数据	17名金黄色葡萄球菌菌血症患者
464	2024-12-06	Single-cell sequencing insights into the transcriptional landscape of Parkinson's disease 2024-Dec, Ageing research reviews IF:12.5Q1 DOI:10.1016/j.arr.2024.102553 PMID:39454761	综述	本文综述了单细胞和单核RNA测序技术在帕金森病研究中的应用，探讨了这些技术在揭示疾病细胞异质性和分子特征方面的最新进展	本文介绍了单细胞T细胞受体测序和单细胞B细胞受体测序技术在帕金森病研究中的应用，提供了对免疫组库多样性的新见解	本文主要讨论了单细胞测序技术在帕金森病研究中的应用，但未深入探讨这些技术的局限性	探讨单细胞测序技术在帕金森病研究中的应用，揭示疾病的细胞异质性和分子机制	帕金森病中的退行性神经元、激活的神经胶质细胞和促炎性免疫细胞	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞T细胞受体测序（scTCR-seq）、单细胞B细胞受体测序（scBCR-seq）	NA	RNA	NA
465	2024-12-06	Identifying T-cell clubs by embracing the local harmony between TCR and gene expressions 2024-Dec, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.1038/s44320-024-00070-5 PMID:39496799	研究论文	本文介绍了一种名为TCRclub的新方法，通过整合单细胞RNA测序数据和单细胞TCR测序数据，利用局部和谐性来识别功能相似的T细胞群	TCRclub方法在整合TCR和基因表达数据方面具有创新性，能够识别功能相似的T细胞群	NA	开发一种有效的方法来整合TCR和基因表达数据，以识别功能相似的T细胞群，从而为癌症和传染病开发更有效的免疫治疗策略	T细胞、TCR和基因表达数据	生物信息学	癌症、传染病	单细胞RNA测序、单细胞TCR测序	局部和谐性模型	基因表达数据、TCR数据	298,106个T细胞，涵盖七种不同疾病的数据集
466	2024-12-06	Cutaneous T cell lymphoma atlas reveals malignant TH2 cells supported by a B cell-rich tumor microenvironment 2024-Dec, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-02018-1 PMID:39558094	研究论文	研究通过单细胞和空间转录组学分析皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）患者的皮肤样本，揭示了恶性TH2细胞与B细胞丰富的肿瘤微环境之间的关系	首次揭示了恶性CTCL细胞通过T辅助2（T2）细胞免疫基因程序的共选择，并模拟肿瘤微环境以支持其生存，同时发现了与疾病进展相关的B细胞富集	研究仅限于皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL），未涵盖其他类型的淋巴瘤	揭示皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）中恶性TH2细胞与肿瘤微环境的关系，并寻找潜在的诊断标志物和治疗策略	皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）患者的皮肤样本	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞和空间转录组学分析	NA	转录组数据	三个独立患者队列
467	2024-12-06	Molecular characterization and sub-retinal transplantation of hypoimmunogenic human retinal sheets in a minipig model of severe photoreceptor degeneration 2024-Dec-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.203071 PMID:39633598	研究论文	研究使用低免疫原性的人类视网膜片在小型猪模型中进行亚视网膜移植，以治疗严重的光感受器退化	利用低免疫原性的诱导多能干细胞生成自发极化的视网膜片，并通过单细胞RNA测序分析其发育过程	移植的视网膜片在功能上仍处于不成熟阶段，且研究样本量较小	开发治疗视网膜退行性疾病的新方法	视网膜片及其在光感受器退化模型中的移植效果	数字病理学	视网膜退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及一只移植的小型猪
468	2024-12-05	Artesunate remarkably alleviates interstitial cystitis/bladder pain syndrome in a murine model: Novel molecular signature deciphered by bulk tissue and single-cell transcriptomic analysis 2024-Dec-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202401909R PMID:39620925	研究论文	研究了青蒿琥酯在减轻小鼠间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征中的作用，并通过bulk组织和单细胞转录组分析揭示了新的分子特征	首次使用单细胞RNA测序探索间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征小鼠模型的免疫微环境，并研究青蒿琥酯治疗的可能分子机制	需要进一步研究以确认青蒿琥酯在间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征患者中的效果	探索更有效的间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征治疗方法	小鼠间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征模型	NA	泌尿系统疾病	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	小鼠模型
469	2024-12-05	Transcriptional reprogramming primes CD8+ T cells toward exhaustion in Myalgic encephalomyelitis/chronic fatigue syndrome 2024-Dec-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2415119121 PMID:39621903	研究论文	研究探讨了肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征（ME）中CD8+ T细胞的转录重编程和耗竭状态	首次通过多组学分析揭示了ME中CD8+ T细胞的耗竭状态，并验证了耗竭标志物的表达	研究仅限于特定T细胞亚群和症状诱发后的分析，未涵盖所有免疫细胞类型	研究ME中T细胞失调的基因调控状态，并探讨T细胞耗竭在疾病中的作用	ME患者的CD8+ T细胞及其亚群	免疫学	肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征	单细胞RNA测序、RNA测序、ATAC测序、流式细胞术	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	多个ME患者的T细胞样本
470	2024-12-05	Capture of Totipotency in Mouse Embryonic Stem Cells in the Absence of Pdzk1 2024-Dec-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202408852 PMID:39630006	研究论文	本文研究了在小鼠胚胎干细胞中通过敲除Pdzk1基因来实现全能性的建立	首次通过敲除单个基因Pdzk1在胚胎干细胞中实现全能性，并展示了其在胚胎发育中的全面潜力	NA	研究如何通过基因编辑技术扩展干细胞的分化潜能	小鼠胚胎干细胞的全能性	发育生物学	NA	RNA测序	NA	转录组数据	Pdzk1敲除的胚胎干细胞
471	2024-12-05	Single-cell RNA sequencing reveals a key regulator ZmEREB14 affecting shoot apex development and yield formation in maize 2024-Dec-04, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1 DOI:10.1111/pbi.14537 PMID:39630144	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了玉米顶端分生组织发育和产量形成的关键调控因子ZmEREB14	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了玉米顶端分生组织发育的细胞异质性，并鉴定了关键调控因子ZmEREB14	研究仅限于5天龄的玉米顶端分生组织，未涵盖更长时间段的发育过程	揭示玉米顶端分生组织发育的分子机制及其对产量形成的影响	玉米顶端分生组织及其发育过程中的细胞类型和调控网络	植物生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	约12,700个细胞
472	2024-12-05	Mouse Tail-Skin Dissociation and Preparation of Live Single-Cell Suspension for Downstream Analysis of Melanocytes 2024-Dec-03, Pigment cell & melanoma research IF:3.9Q2 DOI:10.1111/pcmr.13216 PMID:39625901	研究论文	本文开发了一种从鼠尾皮肤中高效分离高质量活单细胞悬液的协议，用于下游的单细胞RNA测序分析	本文提出了一种新的两阶段酶解离步骤，结合碎片去除和活细胞富集，以获得高细胞活力的单细胞悬液	NA	开发一种高效的方法从鼠尾皮肤中分离高质量的活单细胞悬液，用于单细胞RNA测序分析	鼠尾皮肤中的角质形成细胞、黑素细胞和成纤维细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
473	2024-12-05	Tumor-Associated Microglia Secrete Extracellular ATP to Support Glioblastoma Progression 2024-Dec-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0018 PMID:39618248	研究论文	研究揭示了肿瘤相关小胶质细胞通过分泌胞外ATP促进胶质母细胞瘤进展的机制	首次发现肿瘤相关小胶质细胞在胶质母细胞瘤微环境中通过增加ATP合成酶表达和氧化磷酸化活性，分泌胞外ATP，激活P2X7受体，促进肿瘤细胞增殖和侵袭	研究主要基于体外和体内模型，缺乏临床试验验证	探讨肿瘤相关小胶质细胞在胶质母细胞瘤进展中的作用机制	胶质母细胞瘤患者样本、体外和体内模型	数字病理学	脑肿瘤	RNA测序	NA	RNA	胶质母细胞瘤患者样本
474	2024-12-05	ATP2A3 in Primary Aldosteronism: Machine Learning-Based Discovery and Functional Validation 2024-Dec-02, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979) DOI:10.1161/HYPERTENSIONAHA.124.23817 PMID:39618394	研究论文	本文利用机器学习方法在原发性醛固酮增多症中发现了ATP2A3基因，并通过功能验证确认其在醛固酮生成中的关键作用	首次利用机器学习方法识别出ATP2A3作为原发性醛固酮增多症的关键特征基因，并通过多种实验验证了其在醛固酮生成中的调控作用	NA	利用机器学习方法发现原发性醛固酮增多症的新型生物标志物，揭示新的病理生理机制	原发性醛固酮增多症中的醛固酮生成腺瘤（APAs）及其相关基因ATP2A3	机器学习	内分泌疾病	RNA测序	机器学习算法	RNA测序数据	APA组织样本、猪肾上腺、人肾上腺皮质细胞系
475	2024-12-05	Diverse RNA methylation patterns in neutrophils: key drivers in hepatocellular carcinoma 2024-Dec-02, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-024-03756-2 PMID:39621240	研究论文	研究了中性粒细胞在肝细胞癌中的RNA甲基化模式及其对肿瘤微环境的影响	开发了一种新的中性粒细胞RNA甲基化评分系统（NRM），用于评估肿瘤微环境的异质性和临床特征	NA	探讨中性粒细胞在肝细胞癌中的RNA甲基化模式及其对肿瘤微环境的影响	肝细胞癌患者的中性粒细胞及其RNA甲基化模式	NA	肝细胞癌	单细胞测序	LASSO Cox回归	RNA甲基化数据	NA
476	2024-12-05	Dysregulated Treg repair responses lead to chronic rejection after heart transplantation 2024-Dec-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI173593 PMID:39621314	研究论文	研究了心脏移植后慢性排斥反应中调节性T细胞（Tregs）和纤维母细胞之间的相互作用	首次揭示了IL-33在心脏移植慢性排斥反应中的作用，并发现Treg分泌的Areg促进了纤维母细胞的增殖，从而加剧了慢性排斥反应	研究主要基于小鼠模型，临床样本的验证有限	探讨心脏移植后慢性排斥反应的机制	心脏移植后的慢性排斥反应、Tregs、纤维母细胞	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型和临床样本
477	2024-12-05	Inferring disease progressive stages in single-cell transcriptomics using a weakly-supervised deep learning approach 2024-Dec-02, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278812.123 PMID:39622637	研究论文	本文介绍了一种名为scIDST的弱监督深度学习方法，用于推断单细胞转录组学中的疾病进展阶段	提出了一种新的深度学习方法scIDST，能够在弱监督框架下推断单细胞的疾病进展水平，并展示了其在多个独立数据资源中的适用性	NA	旨在解决单细胞转录组学中细胞异质性问题，推断疾病进展阶段	单细胞转录组数据中的疾病进展阶段	机器学习	NA	单细胞/核基因组测序	深度学习	转录组数据	NA
478	2024-12-05	Fibroblast Activation Protein-α Expression in Cancer-Associated Fibroblasts Shows the Poor Survival of Colorectal Cancer via Immune-Mediated Pathways : Implications of FAP in Cancer-Associated Fibroblasts Link Immune Dysregulation to Adverse Survival in Colorectal Cancer 2024-Dec-02, Annals of surgical oncology IF:3.4Q1 DOI:10.1245/s10434-024-16593-y PMID:39623187	研究论文	研究探讨了纤维母细胞激活蛋白-α（FAP）在结直肠癌（CRC）相关成纤维细胞中的表达及其对患者生存和肿瘤免疫微环境的影响	首次揭示了FAP表达与CRC患者生存率降低以及肿瘤浸润淋巴细胞分布减少之间的关联，并发现FAP阳性成纤维细胞中与免疫抑制相关的基因表达上调	研究样本量较小，且仅限于特定医院的数据，可能影响结果的普适性	探讨FAP在CRC相关成纤维细胞中的表达及其对患者生存和肿瘤免疫微环境的影响	结直肠癌患者及其肿瘤相关成纤维细胞和免疫细胞	数字病理学	结直肠癌	免疫组化染色（IHC）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	病理切片和基因表达数据	178名结直肠癌患者和10名未经治疗的CRC患者
479	2024-12-05	Generation and long-term culture of human cerebellar organoids from pluripotent stem cells 2024-Dec-02, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01093-w PMID:39623220	研究论文	本文描述了一种从人类多能干细胞生成和长期培养人小脑类器官（hCerO）的协议	该协议成功复制了胎儿小脑的细胞多样性和一些独特的细胞结构特征，并能长期培养小脑的主要细胞类型	NA	探索小脑发育和疾病	人小脑类器官（hCerO）	发育神经生物学	NA	细胞培养	NA	细胞	NA
480	2024-12-05	Nicotinamide N-methyltransferase negatively regulates metastasis-promoting property of cancer-associated fibroblasts in lung adenocarcinoma 2024-Dec-02, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.12633 PMID:39623600	研究论文	研究探讨了尼古丁胺N-甲基转移酶（NNMT）在肺腺癌（LUAD）中对癌症相关成纤维细胞（CAFs）促转移特性的负调控作用	首次揭示了NNMT在CAFs中的代谢和表观遗传调控功能，扩展了对LUAD转移调控机制的理解	NA	探索LUAD复发和转移的机制，特别是NNMT在其中的作用	肺腺癌（LUAD）中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	肺癌	RNA测序（RNA-seq）、染色质免疫沉淀-PCR（ChIP-PCR）、多重免疫荧光分析	NA	RNA	NA