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当前共找到 696 篇文献，本页显示第 421 - 440 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 421 | 2024-12-20 |
Vitamin D binding protein and receptor prevalence in a large population with periodontitis: single nucleotide polymorphism and transcriptomic profiling
2024-Dec-18, BMC oral health
IF:2.6Q1
DOI:10.1186/s12903-024-05227-0
PMID:39695565
|
研究论文 | 本文研究了维生素D结合蛋白（VDBP）和受体（VDR）基因在牙周炎患者中的单核苷酸多态性（SNP）及其转录组表达情况 | 首次通过大规模人群样本和转录组分析，揭示了VDR和VDBP基因的SNP与慢性牙周炎（CP）易感性的关系 | 研究仅分析了部分SNP位点，未涵盖所有可能的相关位点，且样本量有限 | 探讨VDR和VDBP基因的SNP及其转录组表达与慢性牙周炎易感性的关系 | 600名受试者（包括307名慢性牙周炎患者和293名健康对照）的基因组DNA和牙龈组织的转录组数据 | NA | 牙周炎 | 单核苷酸多态性检测（MassARRAY系统），转录组测序 | 回归分析模型 | 基因组数据，转录组数据 | 600名受试者（307名慢性牙周炎患者，293名健康对照） | NA | NA | NA | NA |
| 422 | 2024-12-20 |
Intestinal metaplasia key molecules and UPP1 activation via Helicobacter pylori /NF-kB: drivers of malignant progression in gastric cancer
2024-Dec-18, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-024-03598-6
PMID:39695769
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研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序分析，研究了胃癌发展过程中的分子和细胞动态变化 | 首次构建了详细的单细胞图谱，揭示了胃上皮细胞在肠化生过程中获得类肠干细胞表型的现象，并发现了UPP1作为关键癌基因在胃癌进展中的作用 | 研究仅限于胃窦黏膜活检样本，未涵盖其他部位的胃黏膜 | 揭示胃癌发生过程中分子和细胞的动态变化，探索癌前病变的关键分子 | 胃窦黏膜的单细胞RNA测序数据，涵盖非萎缩性胃炎、慢性萎缩性胃炎、肠化生和早期胃癌等多个阶段 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 26,028个高质量的胃窦黏膜细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 423 | 2024-12-20 |
Spall: accurate and robust unveiling cellular landscapes from spatially resolved transcriptomics data using a decomposition network
2024-Dec-18, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-06003-1
PMID:39695962
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研究论文 | 本文提出了一种名为Spall的新型分解网络，用于从空间转录组数据中准确推断细胞类型比例，并揭示细胞分布模式 | Spall引入了GATv2模块，采用灵活的动态注意力机制来捕捉spots之间的关系，并结合跳跃连接以减少细胞特异性信息的丢失，从而提高了对稀有细胞类型的预测能力 | NA | 解决现有计算方法在细胞分布的空间连续性与细胞特异性特征保留之间的平衡问题 | 空间转录组数据中的细胞分布模式 | 机器学习 | 胰腺导管腺癌 | 空间转录组学 | 分解网络 | 转录组数据 | 多个数据集，包括人类胰腺导管腺癌样本、小鼠大脑皮层和小鼠小脑样本 | NA | NA | NA | NA |
| 424 | 2024-12-20 |
New insights into the role of mitophagy related gene affecting the metastasis of osteosarcoma through scRNA-seq and CRISPR-Cas9 genome editing
2024-Dec-18, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-024-01989-w
PMID:39696352
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和CRISPR-Cas9基因编辑技术，探讨了线粒体自噬相关基因在骨肉瘤转移中的作用 | 首次通过整合单细胞测序和CRISPR-Cas9基因编辑技术，识别出与骨肉瘤转移相关的线粒体自噬关键基因，并构建了预测患者预后的mitophagy_score模型 | 研究主要集中在细胞和动物实验层面，尚未在临床试验中验证这些发现 | 揭示线粒体自噬在骨肉瘤转移过程中的作用，并开发相关的预后模型和治疗策略 | 骨肉瘤细胞中的线粒体自噬相关基因及其在转移中的作用 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR-Cas9基因编辑 | NA | 单细胞RNA测序数据、批量测序数据 | 数百个配体-受体相互作用、细胞生物学实验和动物研究 | NA | NA | NA | NA |
| 425 | 2024-12-20 |
Spatial transcriptome profiling identifies DTX3L and BST2 as key biomarkers in esophageal squamous cell carcinoma tumorigenesis
2024-Dec-18, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-024-01422-4
PMID:39696540
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研究论文 | 本文通过空间转录组学分析，揭示了食管鳞状细胞癌（ESCC）发生过程中的转录和免疫变化，并鉴定了关键的生物标志物DTX3L和BST2 | 首次通过数字空间分析（DSP）和单细胞空间转录组学（SMI）技术，系统性地研究了ESCC从正常组织到癌变的分子和免疫特征，并发现了与ESCC进展相关的关键生物标志物DTX3L和BST2 | 研究样本量较小，且主要集中在早期ESCC（pT1）患者，可能无法完全代表所有ESCC患者的特征 | 揭示食管鳞状细胞癌（ESCC）发生过程中的转录和免疫变化，并鉴定临床上有意义的生物标志物 | 食管鳞状细胞癌（ESCC）的转录和免疫变化，以及相关的生物标志物 | 数字病理学 | 食管癌 | 数字空间分析（DSP）、单细胞空间转录组学（SMI）、免疫组化（IHC）、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 11名早期ESCC（pT1）患者和4名pT1 ESCC患者的单细胞空间转录组数据，以及20名pT1 ESCC患者的免疫组化分析 | NA | NA | NA | NA |
| 426 | 2024-12-20 |
Cell Type Differentiation Using Network Clustering Algorithms
2024-Dec-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.04.626793
PMID:39677670
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研究论文 | 本文研究了使用网络聚类算法在单细胞RNA测序数据中进行细胞类型分类的方法 | 本文引入了Infomap算法，并发现其在单细胞RNA测序数据中对细胞类型的分类效果优于其他方法 | 本文仅使用了PBMC和ROSMAP两个数据集进行验证，可能需要更多数据集来进一步验证方法的普适性 | 开发和比较不同的算法以准确识别单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 图神经网络（scGNN） | 基因表达数据 | 两个独立数据集：PBMC和ROSMAP | NA | NA | NA | NA |
| 427 | 2024-12-20 |
Endoplasmic Reticulum Stress Induces ROS Production and Activates NLRP3 Inflammasome Via the PERK-CHOP Signaling Pathway in Dry Eye Disease
2024-Dec-02, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.65.14.34
PMID:39699913
|
研究论文 | 本研究探讨了内质网（ER）应激在干眼病（DED）发展中的潜在作用 | 首次揭示了内质网应激通过PERK-CHOP信号通路诱导ROS产生并激活NLRP3炎症小体，从而在干眼病中发挥作用 | 研究主要基于小鼠模型和细胞模型，尚未在人类临床试验中验证 | 探讨内质网应激在干眼病发展中的作用及其潜在治疗靶点 | 干眼病小鼠模型和人类角膜上皮细胞 | NA | 干眼病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 包括干眼小鼠模型的角膜组织和人类角膜上皮细胞（HCECs和HCE-2细胞） | NA | NA | NA | NA |
| 428 | 2024-12-20 |
A novel multi-omics approach for identifying key genes in intervertebral disc degeneration
2024-Dec, SLAS technology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.slast.2024.100223
PMID:39528158
|
研究论文 | 本文采用多组学方法结合单细胞RNA测序、差异基因表达分析和孟德尔随机化，研究了椎间盘退变的关键基因 | 首次通过多组学方法结合单细胞RNA测序、差异基因表达分析和孟德尔随机化，揭示了椎间盘退变的遗传基础，并识别出可能调控椎间盘退变的关键基因 | 研究依赖于公开的单细胞数据集，可能存在数据偏倚；基因网络分析和功能富集分析的结果需要进一步实验验证 | 揭示椎间盘退变的遗传基础，并识别可能的调控基因 | 椎间盘退变相关的不同细胞类型及其分子通路 | 数字病理学 | 脊柱疾病 | 单细胞RNA测序、差异基因表达分析、孟德尔随机化 | NA | 基因表达数据 | 1,164个差异表达基因，涉及四种与椎间盘退变相关的重要细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 429 | 2024-12-20 |
Formation of CSE-YAP complex drives FOXD3-mediated transition of neurotoxic astrocytes in Parkinson's disease
2024-Dec, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2024.107507
PMID:39547464
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研究论文 | 本文揭示了胱硫醚γ-裂解酶（CSE）在帕金森病（PD）中通过形成CSE-YAP复合物驱动FOXD3介导的神经毒性星形胶质细胞转变的作用 | 首次揭示了CSE在PD中通过形成CSE-YAP复合物驱动神经毒性星形胶质细胞转变的作用，并发现了FOXD3作为调控星形胶质细胞表型的新型转录因子 | 研究主要基于体外和体内实验，缺乏临床试验验证 | 探讨帕金森病进展中神经毒性星形胶质细胞的分子机制 | 帕金森病中的星形胶质细胞及其分子机制 | NA | 帕金森病 | 单细胞测序，RNA测序，无标记质谱 | NA | 基因表达数据 | 来自PD患者的单细胞测序数据和MPP处理的星形胶质细胞的RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 430 | 2024-12-20 |
Lessons about physiological relevance learned from large-scale meta-analysis of co-expression networks in brain organoids
2024-Dec, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002965
PMID:39693319
|
研究论文 | 本文通过大规模的单细胞RNA测序数据集的整合分析，研究了脑类器官在基因共表达关系上与人类发育中大脑的相似性 | 本文首次通过大规模的单细胞RNA测序数据的元分析，评估了不同脑类器官协议的可靠性 | 本文依赖于公开的单细胞RNA测序数据，可能存在数据质量和代表性的限制 | 研究脑类器官在基因共表达关系上与人类发育中大脑的相似性 | 脑类器官与人类发育中大脑的基因共表达关系 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因共表达网络 | 百万级单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 431 | 2024-12-20 |
Changes in AXL and/or MITF melanoma subpopulations in patients receiving immunotherapy
2024-Dec, Immuno-oncology technology
DOI:10.1016/j.iotech.2024.101009
PMID:39697983
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研究论文 | 本研究分析了接受免疫治疗的黑色素瘤患者中AXL和/或MITF亚群的变化 | 首次通过NanoString基因表达分析、单细胞RNA测序和多重免疫荧光原位杂交技术，研究了AXL+和MITF+黑色素瘤亚群在免疫治疗中的变化 | 研究样本量较小，且免疫治疗对AXL+或MITF+肿瘤细胞丰度的变化与生存率无显著相关性 | 探讨免疫治疗对黑色素瘤患者中AXL+和MITF+亚群的影响 | 接受免疫治疗的黑色素瘤患者中的AXL+和MITF+亚群 | NA | 黑色素瘤 | NanoString基因表达分析、单细胞RNA测序、多重免疫荧光原位杂交 | NA | mRNA、蛋白质 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 432 | 2024-12-19 |
Aging and head and neck cancer insights from single cell and spatial transcriptomic analyses
2024-Dec-18, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01672-z
PMID:39692961
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和空间转录组学分析，深入探讨了衰老相关基因（ARGs）在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的表达及其预后意义 | 本研究首次结合单细胞测序和空间转录组学分析，揭示了ARGs在HNSCC中的表达及其对预后的影响 | 本研究主要基于数据库数据和现有工具进行分析，缺乏实验验证 | 提供新的理论支持并为个性化治疗提供方向 | 头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的衰老相关基因（ARGs） | 数字病理学 | 头颈部癌症 | 单细胞测序、空间转录组学分析 | Cox回归模型 | 基因表达数据 | 使用GSE139324系列数据和TCGA数据库中的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 433 | 2024-12-19 |
An improved bacterial single-cell RNA-seq reveals biofilm heterogeneity
2024-Dec-17, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.97543
PMID:39689163
|
研究论文 | 本研究提出了一种改进的细菌单细胞RNA测序方法RiboD-PETRI，用于探索生物膜异质性 | 引入了一种新的方法RiboD，通过去除核糖体RNA衍生的cDNA，显著提高了mRNA检测率，解决了细菌单细胞RNA测序中rRNA过多的问题 | NA | 解决细菌单细胞RNA测序中rRNA过多的问题，并探索生物膜的异质性 | 细菌单细胞RNA测序和生物膜异质性 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 434 | 2024-12-19 |
Enhancing immuno-oncology investigations through multidimensional decoding of tumor microenvironment with IOBR 2.0
2024-Dec-16, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100910
PMID:39626665
|
研究论文 | 本文介绍了IOBR 2.0工具包，用于通过多组学数据对肿瘤微环境进行多维解码，以增强免疫肿瘤学研究 | IOBR 2.0通过多组学数据整合和单细胞RNA测序数据构建基因特征和参考矩阵，提供了更全面的肿瘤-免疫相互作用分析 | 研究结果仍需在大规模临床队列中进行验证 | 通过多组学数据整合推进肿瘤微环境研究 | 肿瘤微环境及其与免疫疗法的关系 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 435 | 2024-12-19 |
A statistical approach for systematic identification of transition cells from scRNA-seq data
2024-Dec-16, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100913
PMID:39644902
|
研究论文 | 本文提出了一种名为CellTran的统计方法，利用配对基因表达相关性从scRNA-seq数据中识别过渡细胞 | 该方法无需明确解析基因调控网络，即可检测过渡细胞，并揭示其独特的基因表达特征 | NA | 揭示驱动细胞状态转换的分子机制，并增强识别疾病干预治疗靶点的能力 | 从scRNA-seq数据中识别过渡细胞及其基因表达特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 统计方法 | 基因表达数据 | 涉及多种生物学背景的样本，包括组织再生、胚胎发育、癌前病变和疫苗接种后的体液反应 | NA | NA | NA | NA |
| 436 | 2024-12-19 |
Expanding the landscape of antibody discovery
2024-Dec-16, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100936
PMID:39689694
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研究论文 | 本文介绍了一种结合抗体-核糖体-mRNA复合物、抗原细胞表面展示和单细胞RNA测序技术的方法，用于筛选多样化的抗体基因库 | 本文创新性地将抗体-核糖体-mRNA复合物、抗原细胞表面展示和单细胞RNA测序技术结合，成功筛选出多样化的抗体基因库 | NA | 开发一种新的方法用于抗体-抗原配对发现 | 抗体基因库和病毒受体蛋白库 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 437 | 2024-12-19 |
Association of circulating cytokine levels and tissue-infiltrating myeloid cells with achalasia: results from Mendelian randomization and validation through clinical characteristics and single-cell RNA sequencing
2024-12, Journal of gastroenterology
IF:6.9Q1
DOI:10.1007/s00535-024-02155-2
PMID:39377966
|
研究论文 | 本文研究了食管失弛缓症与循环细胞因子水平及组织浸润髓系细胞之间的关系，通过孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序验证了潜在机制 | 首次通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序结合的方法，揭示了食管失弛缓症中特定细胞因子和髓系细胞的作用机制 | 研究样本量较小，且仅基于FinnGen数据库的数据，可能存在地域和人群的局限性 | 探讨食管失弛缓症的免疫失调机制，并寻找潜在的治疗靶点 | 循环细胞因子水平、组织浸润髓系细胞、食管失弛缓症患者 | NA | 食管失弛缓症 | 孟德尔随机化、单细胞RNA测序、酶联免疫吸附测定 | NA | 基因组数据、蛋白质数据、单细胞RNA测序数据 | 47种细胞因子的cis-eQTLs/pQTLs数据，以及来自FinnGen的食管失弛缓症GWAS数据 | NA | NA | NA | NA |
| 438 | 2024-12-19 |
Gastric Cancer Actively Remodels Mechanical Microenvironment to Promote Chemotherapy Resistance via MSCs-Mediated Mitochondrial Transfer
2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202404994
PMID:39392399
|
研究论文 | 本文研究了胃癌通过间充质基质细胞介导的线粒体转移重塑机械微环境以促进化疗耐药的机制 | 首次揭示了胃癌细胞通过间充质基质细胞介导的线粒体转移，利用细胞外基质的机械信号促进化疗耐药的机制 | 研究仅限于体外实验和部分患者的样本分析，需要进一步的临床验证 | 探讨胃癌对奥沙利铂耐药的机制，并寻找可能的干预策略 | 胃癌患者的肿瘤组织和间充质基质细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序 | NA | 组织 | 部分奥沙利铂耐药的胃癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 439 | 2024-12-19 |
Statistical inference with a manifold-constrained RNA velocity model uncovers cell cycle speed modulations
2024-Dec, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02471-8
PMID:39482463
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研究论文 | 本文提出了一种结合速度场和流形估计的贝叶斯RNA速度模型，用于研究细胞周期中的基因调控动态 | 引入了一种新的贝叶斯模型，将速度场和流形估计结合在一个统一的框架中，提供了统计控制，并识别了显式动力系统的参数 | NA | 解决现有RNA速度算法缺乏统计控制和动态一致性的问题，并研究细胞周期中的基因调控动态 | 细胞周期中的基因表达动态 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA速度分析 | 贝叶斯模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 440 | 2024-12-19 |
Molecular Lineages and Spatial Distributions of Subplate Neurons in the Human Fetal Cerebral Cortex
2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202407137
PMID:39495628
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了人类胎儿大脑皮层中子板神经元（SPNs）的分子谱系和空间分布 | 首次通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了人类胎儿大脑皮层中子板神经元的分子起源和发育谱系 | 研究仅涵盖了妊娠10至25周的胎儿大脑皮层，未涉及更早或更晚的发育阶段 | 揭示人类胎儿大脑皮层中子板神经元的分子起源和发育谱系 | 人类胎儿大脑皮层中的子板神经元（SPNs） | NA | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 妊娠10至25周的人类胎儿大脑皮层样本 | NA | NA | NA | NA |