单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 620 篇文献，本页显示第 421 - 440 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 421 | 2024-12-08 |
Detecting global and local hierarchical structures in cell-cell communication using CrossChat
2024-Dec-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54821-x
PMID:39627184
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研究论文 | 本文开发了一种名为CrossChat的新型计算框架，用于推断和分析细胞间通信中的层次结构 | CrossChat通过多分辨率聚类方法和树检测方法，分别推断全局和局部的细胞间通信层次结构，填补了现有方法在处理层次结构方面的不足 | NA | 研究细胞间通信中的层次结构，以理解其对复杂组织功能的影响 | 细胞间通信的层次结构 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | COVID-19患者和鼠胚胎皮肤的非空间scRNA-seq数据集，以及鼠胚胎和鼠受伤皮肤的立体空间转录组数据集 |
| 422 | 2024-12-08 |
Endothelial Pim3 kinase protects the vascular barrier during lung metastasis
2024-Dec-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54445-1
PMID:39627185
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研究论文 | 研究了内皮细胞在肺转移微环境中对血管屏障的分子调控机制 | 首次揭示了Pim3激酶在肺转移过程中对内皮细胞屏障的保护作用 | 研究主要基于小鼠模型和人类肺部数据集，可能存在种属差异 | 探讨内皮细胞在肺转移中的分子调控机制及其对血管屏障的影响 | 内皮细胞、肺转移微环境、Pim3激酶 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 基因表达数据 | 小鼠肺部内皮细胞样本，人类肺部数据集 |
| 423 | 2024-12-08 |
An adult myogenic cell line of the Japanese fire-bellied newt Cynops pyrrhogaster
2024-12-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-81899-6
PMID:39627485
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研究论文 | 本文从日本红腹蝾螈的成年骨骼肌中建立了一种新的肌源性细胞系CpM01 | 首次在除东美螈以外的蝾螈物种中建立了肌源性细胞系 | NA | 研究肌肉发育、修复和再生 | 日本红腹蝾螈的肌源性细胞 | NA | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 从一只成年日本红腹蝾螈的前臂骨骼肌中提取 |
| 424 | 2024-12-08 |
Cross-species single-cell RNA-seq analysis reveals disparate and conserved cardiac and extracardiac inflammatory responses upon heart injury
2024-Dec-03, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-07315-x
PMID:39627536
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研究论文 | 研究通过跨物种单细胞RNA测序分析，揭示了心脏损伤后心脏和心脏外炎症反应的差异和保守性 | 首次在斑马鱼和小鼠中进行跨物种单细胞RNA测序，比较了心脏损伤后的炎症反应，并发现了不同物种间单核细胞/巨噬细胞的转录簇差异 | 研究仅限于斑马鱼和小鼠，未涉及人类样本，可能影响结果的普适性 | 研究心脏损伤后不同物种间的炎症反应差异，探讨其对再生和纤维化过程的影响 | 斑马鱼和小鼠的心脏损伤模型 | 心血管研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 斑马鱼和小鼠的多个样本 |
| 425 | 2024-12-08 |
Single-cell view and a novel protective macrophage subset in perivascular adipose tissue in T2DM
2024-Dec-03, Cellular & molecular biology letters
IF:9.2Q1
DOI:10.1186/s11658-024-00668-5
PMID:39627688
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研究论文 | 研究探讨了2型糖尿病（T2DM）中血管周围脂肪组织（PVAT）的单细胞景观及其在血管病变中的作用 | 首次揭示了T2DM中PVAT中单细胞水平的显著变化，并发现了一种新的具有保护作用的Pdpn+巨噬细胞亚群 | 研究主要基于大鼠模型，未来需要进一步在人类样本中验证 | 探讨T2DM中PVAT的细胞组成和功能变化及其在血管病变中的机制 | 血管周围脂肪组织（PVAT）中的细胞组成和功能 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 正常和T2DM大鼠的PVAT中的基质血管部分（SVF） |
| 426 | 2024-12-08 |
Ketogenic diet modulates immune cell transcriptional landscape and ameliorates experimental autoimmune uveitis in mice
2024-Dec-03, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-024-03308-z
PMID:39627787
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研究论文 | 研究探讨了生酮饮食对小鼠免疫细胞转录组景观的影响及其在实验性自身免疫性葡萄膜炎中的缓解作用 | 首次系统研究了生酮饮食对免疫微环境的影响，特别是在实验性自身免疫性葡萄膜炎中的作用 | 研究仅限于小鼠模型，结果的临床转化尚需进一步验证 | 探讨生酮饮食对免疫细胞功能和葡萄膜炎的影响 | 小鼠的淋巴结和视网膜免疫细胞 | 免疫学 | 葡萄膜炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和流式细胞术 | NA | RNA | 小鼠的淋巴结和视网膜样本 |
| 427 | 2024-12-08 |
Spatially Informed Graph Structure Learning Extracts Insights from Spatial Transcriptomics
2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202403572
PMID:39382177
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研究论文 | 本文介绍了一种名为STAGUE的创新框架，用于从空间转录组数据中同时学习细胞图结构和低维嵌入 | STAGUE通过图结构学习参数化和优化细胞图邻接矩阵，生成可学习的图视图用于有效的对比学习，从而提高了空间聚类准确性和发现新的细胞间相互作用 | NA | 探索空间转录组数据中的细胞图结构和低维嵌入 | 空间转录组数据中的细胞图结构和细胞间相互作用 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 图结构学习 | 对比学习 | 空间转录组数据 | 86个真实和模拟的空间转录组数据集 |
| 428 | 2024-12-08 |
Single-Cell Analysis of Bone Marrow CD8+ T Cells in Myeloid Neoplasms Reveals Pathways Associated with Disease Progression and Response to Treatment with Azacitidine
2024-Dec-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0310
PMID:39485042
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研究论文 | 本文研究了骨髓中单细胞水平的CD8+ T细胞在骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病患者中的免疫表型，并探讨了与阿扎胞苷治疗反应相关的信号通路 | 通过单细胞RNA测序分析，揭示了干扰素信号通路与治疗反应的关联，以及转化生长因子β信号通路与治疗失败的关联 | NA | 探讨骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病患者中CD8+ T细胞的免疫表型与阿扎胞苷治疗反应的关系 | 骨髓中的CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 429 | 2024-12-08 |
Leveraging deep single-soma RNA sequencing to explore the neural basis of human somatosensation
2024-Dec, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01794-1
PMID:39496796
|
研究论文 | 本研究利用深度单细胞RNA测序技术探索人类体感神经的分子基础 | 首次对单个人类背根神经节（hDRG）神经元进行深度RNA测序，识别出16种神经元类型，并结合空间转录组学和RNAscope原位杂交技术进行验证 | NA | 揭示人类体感神经的分子基础和功能 | 单个人类背根神经节（hDRG）神经元的转录组 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 超过9,000个独特基因的单个hDRG神经元 |
| 430 | 2024-12-08 |
Cell type mapping reveals tissue niches and interactions in subcortical multiple sclerosis lesions
2024-Dec, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01796-z
PMID:39501036
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研究论文 | 研究使用单核和空间转录组学技术，分析了多发性硬化症（MS）亚皮质病灶中的细胞类型及其相互作用 | 首次详细描述了MS病灶中特定组织微环境的细胞类型组成及其在慢性活动性和非活动性阶段的相互作用 | NA | 揭示多发性硬化症病灶中细胞类型的组成及其相互作用 | 多发性硬化症亚皮质病灶及其对照组织 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 单核和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 431 | 2024-12-08 |
Immune responses in checkpoint myocarditis across heart, blood and tumour
2024-Dec, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08105-5
PMID:39506125
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序、T细胞受体测序、显微镜和蛋白质组学分析，探讨了免疫检查点抑制剂相关心肌炎患者心脏、肿瘤和血液中的免疫反应 | 首次通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序，系统分析了免疫检查点抑制剂相关心肌炎患者心脏、肿瘤和血液中的免疫细胞分布和功能变化 | 样本量相对较小，且仅限于免疫检查点抑制剂相关心肌炎患者，研究结果的普适性有待进一步验证 | 探讨免疫检查点抑制剂相关心肌炎的发病机制及其与抗肿瘤免疫的关系 | 免疫检查点抑制剂相关心肌炎患者的心脏、肿瘤和血液样本 | 免疫学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、T细胞受体测序、显微镜、蛋白质组学 | NA | 细胞 | 28名免疫检查点抑制剂相关心肌炎患者和41名未受影响个体的样本 |
| 432 | 2024-12-08 |
A dataset examining technical factors on fixed white blood cell single-cell RNA-seq
2024-Dec, Data in brief
IF:1.0Q3
DOI:10.1016/j.dib.2024.111096
PMID:39633974
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研究论文 | 本文评估了两种商业平台在去红细胞全血细胞上的固定单细胞RNA测序性能 | 引入了固定单细胞RNA测序方法来解决脆弱细胞在测序中的挑战 | 需要进一步校正存储时间和固定细胞数量引入的批次和技术效应 | 评估固定单细胞RNA测序技术在脆弱细胞中的应用效果 | 去红细胞全血细胞，特别是中性粒细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | NA |
| 433 | 2024-12-08 |
Airway-derived emphysema-specific alveolar type II cells exhibit impaired regenerative potential in COPD
2024-Dec, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.02071-2023
PMID:39147413
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研究论文 | 研究探讨了COPD患者中特定亚群的肺泡II型细胞在肺组织再生中的受损潜力 | 发现了COPD患者中一种特定的肺泡II型细胞亚群，并揭示了其在肺组织再生中的功能障碍 | 研究主要基于单细胞RNA测序和细胞定位，缺乏体内实验验证 | 探讨COPD患者肺组织再生受损的潜在驱动因素 | COPD患者中的肺泡II型细胞和气道杯状细胞 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人类和鼠类COPD模型中的肺泡II型细胞亚群 |
| 434 | 2024-12-08 |
Integrating Bulk RNA and Single-Cell RNA Sequencing Identifies and Validates Lactylation-Related Signatures for Intervertebral Disc Degeneration
2024-Dec, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70262
PMID:39636180
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研究论文 | 研究揭示了乳酸化水平升高与椎间盘退变（IVDD）发展之间的复杂关联，并通过多种bulk RNA测序数据分析了相关基因的表达水平，建立了与IVDD相关的基因特征 | 首次系统分析了乳酸化相关基因（LRGs）在椎间盘退变中的作用，并确定了CBX3作为关键基因，以及atosiban acetate作为潜在的治疗候选药物 | NA | 探讨乳酸化在椎间盘退变中的作用及其相关基因特征 | 乳酸化相关基因（LRGs）及其在椎间盘退变中的表达和功能 | 数字病理学 | 椎间盘退变 | RNA测序 | NA | RNA | 多种bulk RNA测序数据 |
| 435 | 2024-12-08 |
Single-cell transcriptomic analysis of glioblastoma reveals pericytes contributing to the blood-brain-tumor barrier and tumor progression
2024-Dec, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.70014
PMID:39640361
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析研究了胶质母细胞瘤中的周细胞，揭示了周细胞在血脑肿瘤屏障中的作用及其与肿瘤进展的关系 | 本文首次鉴定了与血脑肿瘤屏障功能相关的周细胞标记物PTH1R，并揭示了其在胶质母细胞瘤中的表达与预后的关联 | 本文主要基于单细胞RNA测序数据和细胞系实验，缺乏体内实验的直接证据 | 旨在识别与血脑肿瘤屏障相关的周细胞，并研究其在胶质母细胞瘤中的作用 | 胶质母细胞瘤中的周细胞及其在血脑肿瘤屏障中的作用 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个胶质母细胞瘤样本和正常脑组织样本 |
| 436 | 2024-12-08 |
Comprehensive gene set enrichment and variation analyses identify SUV39H1 as a potential prognostic biomarker for glioblastoma immunorelevance
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.11.016
PMID:39640533
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研究论文 | 本研究通过基因集富集分析和变异分析，识别出SUV39H1作为胶质母细胞瘤免疫相关性的潜在预后生物标志物 | 首次揭示了SUV39H1在胶质母细胞瘤中的高表达与不良预后和免疫细胞浸润的相关性，并验证了其作为预后预测和免疫治疗靶点的潜力 | 研究主要基于TCGA数据库的数据，体外实验验证样本量有限 | 探讨SUV39H1在胶质母细胞瘤中的作用及其作为预后生物标志物的潜力 | 胶质母细胞瘤患者样本及其免疫相关性 | 数字病理学 | 脑癌 | 基因集富集分析（GSEA）和基因集变异分析（GSVA） | NA | 转录组数据 | 使用TCGA数据库中的胶质母细胞瘤转录组和临床数据，体外实验涉及U87和U251胶质母细胞瘤细胞系以及CSC1589和TS576胶质母细胞瘤干细胞系 |
| 437 | 2024-12-07 |
Stem cell expressed CXCR4 regulates tissue composition in the vomeronasal organ
2024-Dec-06, Journal of cell science
IF:3.3Q3
DOI:10.1242/jcs.263451
PMID:39639824
|
研究论文 | 研究CXCR4在犁鼻器组织组成中的调控作用 | 首次揭示CXCR4在犁鼻器中对干细胞和基底神经元谱系的调控作用 | NA | 探讨CXCR4在犁鼻器组织组成中的作用 | 犁鼻器中的干细胞和神经元谱系 | NA | NA | 单细胞RNA测序、免疫荧光染色、谱系追踪 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 438 | 2024-12-07 |
The quality of SIV-specific fCD8 T cells limits SIV RNA production in Tfh cells during antiretroviral therapy
2024-Dec-06, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.00812-24
PMID:39641620
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研究论文 | 研究了在抗逆转录病毒治疗期间，SIV特异性fCD8 T细胞对Tfh细胞中SIV RNA产量的限制作用 | 揭示了在抗逆转录病毒治疗期间，SIV特异性fCD8 T细胞与Tfh细胞中SIV RNA产量之间的负相关关系，并发现治疗组和自然控制组中fCD8 T细胞的基因表达模式不同 | 研究仅限于cynomolgus猕猴模型，可能无法完全代表人类HIV感染的情况 | 探讨在抗逆转录病毒治疗期间，SIV特异性fCD8 T细胞对Tfh细胞中SIV RNA产量的影响 | SIV感染的cynomolgus猕猴、Tfh细胞和fCD8 T细胞 | 免疫学 | HIV/SIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 15只cynomolgus猕猴，其中8只为进展者，7只为自然控制者 |
| 439 | 2024-12-07 |
Single-cell RNA-seq reveals diverse molecular signatures associated with Methotrexate resistance in primary central nervous system lymphoma cells
2024-Dec-05, Journal of neuro-oncology
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s11060-024-04893-y
PMID:39636551
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序揭示了与甲氨蝶呤耐药性相关的分子特征 | 利用单细胞测序技术识别了与甲氨蝶呤耐药性相关的关键基因和信号通路 | 研究仅限于培养的PCNSL细胞，未涉及临床样本 | 探索甲氨蝶呤耐药性的分子机制，寻找新的治疗策略 | 原发性中枢神经系统淋巴瘤细胞及其对甲氨蝶呤的耐药性 | 数字病理学 | 中枢神经系统淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及HKBML和TK两个数据集的细胞样本 |
| 440 | 2024-12-07 |
Schwann Cell-Mediated M2-Like Macrophage Polarization in Rhabdomyosarcoma
2024-Dec-05, Oral diseases
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/odi.15214
PMID:39639424
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研究论文 | 研究了头颈部横纹肌肉瘤（RMS）微环境的细胞成分和免疫学特征 | 发现RMS样本中施万细胞浸润与M2样巨噬细胞浸润增加相关，并鉴定了施万细胞与M2样巨噬细胞之间的受体-配体对 | NA | 探讨头颈部横纹肌肉瘤（RMS）微环境的细胞成分和免疫学特征 | 头颈部横纹肌肉瘤（RMS）微环境中的细胞成分和免疫学特征 | 数字病理学 | 横纹肌肉瘤 | 单细胞转录组学、CellChat、CIBERSORT、流式细胞术、免疫组化 | NA | 转录组数据 | NA |