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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 381 | 2024-12-23 |
Crosstalk between CD180-overexpression macrophages and glioma cells worsens patient survival through malignant phenotype promotion and immunosuppressive regulation
2024-Dec-20, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-024-01029-w
PMID:39707188
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研究论文 | 研究探讨了CD180过表达巨噬细胞与胶质瘤细胞之间的相互作用,揭示了其通过促进恶性表型和免疫抑制调控来恶化患者生存的机制 | 首次揭示了CD180在胶质瘤中的预后作用及其在免疫抑制调控和恶性表型促进中的作用,为胶质瘤的免疫治疗提供了新的靶点 | 研究主要基于体外实验和数据分析,缺乏体内实验验证 | 探讨CD180在胶质瘤中的分子机制及其对患者预后的影响 | CD180过表达巨噬细胞与胶质瘤细胞的相互作用 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNA-seq) | NA | RNA序列数据 | 使用了三个胶质瘤细胞系进行共培养实验 | NA | NA | NA | NA |
| 382 | 2024-12-23 |
Integrating single-cell RNA-Seq and machine learning to dissect tryptophan metabolism in ulcerative colitis
2024-Dec-20, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05934-w
PMID:39707393
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研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和机器学习技术,解析了溃疡性结肠炎中色氨酸代谢的异质性及其关键基因 | 首次在单细胞水平揭示了溃疡性结肠炎中色氨酸代谢的异质性,并确定了关键基因CTSS、S100A11和TUBB | NA | 解析溃疡性结肠炎中色氨酸代谢的调控机制及其关键基因 | 溃疡性结肠炎中的色氨酸代谢及其相关基因 | 机器学习 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | 随机森林、Boruta算法、LASSO、SVM-RFE、GBM | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 383 | 2024-12-23 |
C3+ cancer-associated fibroblasts promote tumor growth and therapeutic resistance in gastric cancer via activation of the NF-κB signaling pathway
2024-Dec-20, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05939-5
PMID:39707456
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研究论文 | 研究探讨了C3+癌症相关成纤维细胞通过激活NF-κB信号通路促进胃癌生长和治疗抵抗的作用 | 首次揭示了C3+癌症相关成纤维细胞在胃癌中的具体标记物及其通过NF-κB信号通路促进肿瘤进展和治疗抵抗的机制 | 研究主要基于体外实验和小鼠模型,尚未在临床试验中验证其治疗策略的有效性 | 探讨C3+癌症相关成纤维细胞在胃癌中的作用及其机制,并寻找潜在的治疗靶点 | 胃癌中的C3+癌症相关成纤维细胞及其对肿瘤微环境的影响 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序、多重免疫荧光染色、RNA干扰 | NA | RNA序列、免疫荧光图像 | 多个独立胃癌患者队列及体外细胞实验 | NA | NA | NA | NA |
| 384 | 2024-12-23 |
Single-cell multi-omics analysis reveals candidate therapeutic drugs and key transcription factor specifically for the mesenchymal subtype of glioblastoma
2024-Dec-20, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-024-01332-3
PMID:39707474
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、单核转座酶可及染色质测序和批量RNA测序数据,揭示了胶质母细胞瘤间质亚型的核心基因模块、候选治疗药物和关键转录因子 | 本研究首次通过多组学分析揭示了胶质母细胞瘤间质亚型的核心基因模块、候选治疗药物和关键转录因子,并验证了其在体外和人体样本中的有效性 | 本研究的局限性在于仅聚焦于胶质母细胞瘤的间质亚型,未涵盖其他亚型,且体外实验结果需进一步在临床试验中验证 | 研究胶质母细胞瘤间质亚型的详细特征,发现潜在的治疗策略,并提高对GBM患者的精准治疗 | 胶质母细胞瘤的间质亚型肿瘤细胞 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单核转座酶可及染色质测序(snATAC-seq)、批量RNA测序 | NA | 基因组数据 | 55,845个来自肿瘤和邻近正常组织的单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 385 | 2024-12-23 |
A novel risk model consisting of nine platelet-related gene signatures for predicting prognosis, immune features and drug sensitivity in glioma
2024-Dec-20, Hereditas
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s41065-024-00355-7
PMID:39707577
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研究论文 | 本文构建了一个包含九个血小板相关基因特征的风险模型,用于预测胶质瘤的预后、免疫特征和药物敏感性 | 首次提出基于九个血小板相关基因的预后模型,并发现这些基因与肿瘤微环境密切相关,可能有助于指导胶质瘤的临床治疗和预后 | NA | 研究血小板相关基因在胶质瘤治疗和预后中的作用 | 胶质瘤患者的预后、免疫特征和药物敏感性 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 386 | 2024-12-23 |
Elaiophylin targets EIF4B to suppress the growth of esophageal squamous cell carcinoma via the PI3K/AKT signaling pathway
2024-Dec-16, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.217401
PMID:39694222
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研究论文 | 本研究探讨了elaiophylin在食管鳞状细胞癌(ESCC)细胞中的作用,发现其通过抑制EIF4B表达并激活PI3K/AKT信号通路来抑制ESCC细胞的增殖和促进凋亡 | 首次报道了elaiophylin通过抑制EIF4B表达并激活PI3K/AKT信号通路来抑制食管鳞状细胞癌的增殖和促进凋亡 | 研究主要集中在体外和体内实验,缺乏临床试验数据支持 | 探讨elaiophylin在食管鳞状细胞癌中的作用及其机制 | 食管鳞状细胞癌(ESCC)细胞 | NA | 食管癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 磷酸化抗体阵列, Gene Ontology, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomics | NA | 基因表达数据 | 体外和体内实验中使用了ESCC细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 387 | 2024-12-23 |
Epigenetic characterization of adult rhesus monkey spermatogonial stem cells identifies key regulators of stem cell homeostasis
2024-Dec-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae1013
PMID:39535033
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和染色质状态分析,揭示了成年恒河猴精原干细胞(SSCs)的表观遗传特征,并鉴定了调控干细胞稳态的关键因子 | 首次在恒河猴模型中系统地表征了精原干细胞及其前体细胞的表观遗传特征,并揭示了TGF-β信号通路在促进精原干细胞自我更新中的作用 | 研究仅限于恒河猴模型,尚未在人类精原干细胞中验证这些发现 | 揭示精原干细胞稳态调控的表观遗传机制,为优化灵长类精原干细胞体外扩增条件提供线索 | 成年恒河猴的精原干细胞及其前体细胞 | 表观遗传学 | NA | 单细胞RNA测序,染色质状态分析 | NA | RNA序列,染色质状态 | 成年恒河猴的精原干细胞及其前体细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 388 | 2024-12-23 |
Exploring the Prognostic Value of Tumour-Associated Genes in Clear Cell Renal Cell Carcinoma Through Single-Cell RNA Sequencing Insights
2024-Dec, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70297
PMID:39706820
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术探索了透明细胞肾细胞癌中肿瘤相关基因的预后价值,并构建了一个结合Lasso回归和生存支持向量机的预后模型 | 首次通过单细胞RNA测序技术深入研究透明细胞肾细胞癌的复杂性,并构建了一个结合多种机器学习算法的预后模型,揭示了免疫细胞浸润对患者预后的重要影响 | 研究主要基于TCGA、ICGC和微阵列数据集,可能存在数据来源的局限性 | 探索透明细胞肾细胞癌中肿瘤微环境对治疗效果的影响,并识别关键的预后标志物 | 透明细胞肾细胞癌的肿瘤微环境和肿瘤相关基因 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序 | Lasso回归和生存支持向量机 | 基因表达数据 | 多个队列的数据,包括TCGA、ICGC和微阵列数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 389 | 2024-12-22 |
Single-cell profiling of the amphioxus digestive tract reveals conservation of endocrine cells in chordates
2024-Dec-20, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adq0702
PMID:39705360
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了文昌鱼消化道的细胞特征,揭示了脊椎动物消化系统内分泌细胞的保守性 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了文昌鱼消化道中的内分泌样细胞,并发现了与脊椎动物胰岛素样生长因子1(Igf1)相似的文昌鱼Ilp1 | 未提及具体的研究局限性 | 探索脊椎动物消化系统的进化起源及其内分泌细胞的保守性 | 文昌鱼消化道的细胞特征 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 未提及具体样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 390 | 2024-12-22 |
Evaluating predictive patterns of antigen-specific B cells by single-cell transcriptome and antibody repertoire sequencing
2024-Dec-18, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.11.005
PMID:39662471
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组和抗体库测序评估了抗原特异性B细胞的预测模式 | 引入了带有抗原特异性或非特异性标签的单细胞转录组和抗体库测序数据集,并评估了基于基因表达和抗体库特征的不同机器学习模型的性能 | 需要足够的带有抗原特异性标签的训练数据 | 加速抗原特异性B细胞的预测过程 | 抗原特异性B细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组测序,抗体库测序 | 线性和非线性机器学习模型 | 基因表达数据,抗体序列数据 | 来自免疫小鼠的B细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 391 | 2024-12-22 |
Tracking the gene expression programs and clonal relationships that underlie mast, myeloid, and T lineage specification from stem cells
2024-Dec-18, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.11.001
PMID:39615483
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研究论文 | 本文利用多能干细胞分化系统,研究了T细胞谱系分化过程中的转录动力学和细胞命运限制事件 | 首次通过时间分辨的单细胞RNA测序揭示了T细胞谱系分化过程中多能造血程序的下调、90多个谱系相关转录因子的上调以及细胞周期退出的高度协调发展窗口,并发现了YBX1在T细胞谱系分化中的作用 | 研究主要基于体外多能干细胞分化系统,可能与体内环境存在差异 | 揭示T细胞谱系分化过程中的基因表达程序和克隆关系 | T细胞、肥大细胞和髓系细胞的分化过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 392 | 2024-12-22 |
Barcoding Notch signaling in the developing brain
2024-Dec-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.203102
PMID:39575683
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SABER-seq的CRISPR-Cas分子记录器,用于在发育中的大脑中记录Notch信号,并通过单细胞转录组学进行后期解构 | SABER-seq是一种新型的平台,能够快速、可扩展且高分辨率地映射发育过程中的信号活动 | 传统的基于荧光的信号报告器在可扩展性和细胞类型的分子分辨率方面存在局限性 | 开发一种新的技术来记录和分析发育过程中的信号输入 | 在发育中的斑马鱼大脑中记录Notch信号 | NA | NA | CRISPR-Cas, 单细胞转录组学 | NA | 基因组数据 | 斑马鱼大脑中的细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 393 | 2024-12-22 |
Reprogramming of cells during embryonic transfating: overcoming a reprogramming block
2024-Dec-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.203152
PMID:39628450
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研究论文 | 本文研究了海胆胚胎在细胞转分化过程中克服重编程障碍的机制 | 首次揭示了转分化过程中基因调控状态的转变序列,并发现信号时序对色素细胞重编程的影响 | 研究仅限于海胆胚胎,未探讨其他物种或细胞类型的转分化过程 | 探讨胚胎发育中细胞转分化的分子机制 | 海胆胚胎中的微细胞(骨骼细胞前体)和早期内胚层细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 多个海胆胚胎的单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 394 | 2024-12-22 |
RAG-seq: NSR-primed and Transposase Tagmentation-mediated Strand-specific Total RNA Sequencing in Single Cells
2024-Dec-03, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae072
PMID:39388199
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研究论文 | 本文介绍了一种名为RAG-seq的创新性链特异性总RNA测序技术,结合NSR引物和Tn5转座酶介导的标签化,用于单细胞RNA测序 | RAG-seq克服了现有方法在捕获全长转录本和辨别链方向上的局限性,提供了全面的转录本覆盖并保持链方向,这对于准确量化重叠基因和检测反义转录本至关重要 | NA | 开发一种新的单细胞RNA测序技术,以提高对复杂生物背景下转录组分析的准确性和敏感性 | 单细胞中的总RNA | RNA测序 | NA | RAG-seq | NA | RNA | 小鼠卵母细胞和早期胚胎 | NA | NA | NA | NA |
| 395 | 2024-12-22 |
Interpreting single-cell and spatial omics data using deep neural network training dynamics
2024-Dec, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-024-00721-5
PMID:39633094
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研究论文 | 本文开发了一种名为Annotatability的框架,通过监测深度神经网络在注释数据上的训练动态,识别注释错误并表征生物数据结构 | 提出了Annotatability框架,通过分析深度神经网络的训练动态来识别注释错误和中间细胞状态,并开发了一种信号感知图嵌入方法用于下游生物信号分析 | NA | 解决单细胞和空间组学数据解释中的关键挑战,揭示细胞多样性和集体细胞行为 | 单细胞RNA测序和空间组学数据 | 机器学习 | NA | 深度神经网络 | 深度神经网络 | 单细胞RNA测序数据和空间组学数据 | 八个单细胞RNA测序和空间组学数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 396 | 2024-12-21 |
Roles of boron in preventing cadmium uptake by Capsicum annuum root tips: Novel insights from ultrastructural investigation and single-cell RNA sequencing
2024-Dec-20, The Science of the total environment
DOI:10.1016/j.scitotenv.2024.177858
PMID:39631329
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研究论文 | 本文通过超微结构分析和单细胞RNA测序研究了硼对辣椒根尖镉吸收的影响及其分子机制 | 首次通过超微结构分析和单细胞RNA测序揭示了硼通过诱导根尖内皮层木质化来减少镉积累的机制 | 研究仅限于辣椒根尖,未探讨其他植物或组织中的情况 | 探讨硼在减少作物镉积累中的作用及其分子机制 | 辣椒(Capsicum annuum L.)根尖 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 397 | 2024-12-21 |
SNRNP70 regulates the splicing of CD55 to promote osteosarcoma progression
2024-Dec-20, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.185269
PMID:39704173
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研究论文 | 研究探讨了SNRNP70在调节CD55剪接以促进骨肉瘤进展中的作用 | 首次揭示了SNRNP70通过调节CD55的剪接促进骨肉瘤进展的机制,并发现SNRNP70表达的成骨细胞与巨噬细胞通过ADGRE5/CD55信号通路进行交流 | 研究主要集中在体外和体内实验,缺乏更大规模的临床验证 | 探讨SNRNP70在骨肉瘤进展中的作用及其机制 | SNRNP70、CD55、骨肉瘤细胞及免疫细胞 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括原发性和转移性骨肉瘤样本,具体数量未明确 | NA | NA | NA | NA |
| 398 | 2024-12-21 |
Single-cell RNA sequencing reveals the contribution of smooth muscle cells and endothelial cells to fibrosis in human atrial tissue with atrial fibrillation
2024-Dec-19, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-024-00999-1
PMID:39701940
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了心房颤动患者心房组织中平滑肌细胞和内皮细胞在纤维化中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了心房颤动患者心房组织中的细胞异质性和基因表达变化,揭示了不同细胞类型在疾病过程中的相互作用和信号通路 | 研究仅限于心房颤动患者的心房组织,未涉及其他组织或疾病状态 | 探讨心房颤动患者心房组织中细胞异质性和基因表达变化,寻找新的细胞干预靶点 | 心房颤动患者的心房组织中的平滑肌细胞和内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 399 | 2024-12-21 |
FOLR2+ macrophage depletion from intestinal metaplasia to early gastric cancer: single-cell sequencing insight into gastric cancer progression
2024-Dec-19, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-024-03245-y
PMID:39702278
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和多重免疫组化染色,探讨了从肠上皮化生到早期胃癌过程中FOLR2+巨噬细胞的免疫景观及其在胃癌进展中的潜在机制 | 首次揭示了FOLR2+巨噬细胞在肠上皮化生到早期胃癌进展中的抗肿瘤免疫潜力及其逐渐减少的现象,并阐明了其通过抗原交叉呈递激活CD8+ T细胞的机制 | 样本量较小,仅包括5例完全肠上皮化生、6例不完全肠上皮化生和4例早期胃癌患者 | 研究肠上皮化生和早期胃癌的免疫景观及其在胃癌进展中的潜在机制 | 完全肠上皮化生、不完全肠上皮化生和早期胃癌患者的胃活检样本 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序、多重免疫组化染色、流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 5例完全肠上皮化生、6例不完全肠上皮化生和4例早期胃癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 400 | 2024-12-21 |
SNAI1 promotes epithelial-mesenchymal transition and maintains cancer stem cell-like properties in thymic epithelial tumors through the PIK3R2/p-EphA2 Axis
2024-Dec-19, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-024-03243-0
PMID:39702326
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研究论文 | 本研究探讨了SNAI1在胸腺上皮肿瘤中的致癌作用及其通过PIK3R2/p-EphA2轴维持癌症干细胞样特性的机制 | 首次揭示了SNAI1通过PIK3R2/p-EphA2轴促进上皮-间质转化并维持癌症干细胞样特性的机制 | 研究主要基于体外和体内实验,需要进一步的临床验证 | 探讨胸腺上皮肿瘤中的致癌基因及其潜在治疗靶点 | 胸腺上皮肿瘤及其癌症干细胞样特性 | 数字病理学 | 胸腺癌 | 单细胞RNA测序、CUT&Tag、RNA测序、染色质免疫沉淀、CUT&RUN、荧光素酶报告基因分析、共免疫沉淀、质谱分析、磷酸化蛋白质组学 | NA | 基因表达数据 | 使用了来自TCGA数据库的数据以及体外和体内实验样本 | NA | NA | NA | NA |