单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 703 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。

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21	2026-08-21	Brca1 haploinsufficiency promotes early tumor onset and epigenetic alterations in a mouse model of hereditary breast cancer 2024-Dec, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01958-6 PMID:39528827	研究论文	利用新的基因工程小鼠模型，揭示Brca1单倍剂量不足通过表观遗传改变促进遗传性乳腺癌早期发生。	首次证明Brca1杂合状态下的早期肿瘤发生不能完全由经典'二次打击'假说解释，并发现表观遗传预编程在肿瘤加速中的关键作用。	研究基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性有待进一步验证。	阐明Brca1单倍剂量不足促进乳腺癌早期发生的机制。	Brca1杂合小鼠的乳腺上皮细胞及肿瘤细胞。	机器学习, 数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序, ATAC测序	NA	基因组数据, 表观基因组数据	小鼠模型，涉及多个个体，具体数量未提供。	10x Genomics	单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞RNA测序和ATAC测序
22	2026-08-20	PKM2-mediated STAT3 phosphorylation promotes acute liver failure via regulating NLRP3-dependent pyroptosis 2024-12-25, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07227-w PMID:39722076	研究论文	本研究揭示了PKM2通过促进STAT3磷酸化调控NLRP3依赖性细胞焦亡，从而加重急性肝衰竭的机制	首次阐明PKM2通过核转位与STAT3结合，增强其磷酸化并促进NLRP3表达的非代谢功能，在巨噬细胞焦亡和急性肝衰竭中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证有限，且具体分子机制细节未完全阐明	探究PKM2在急性肝衰竭中调控炎症反应的分子机制，特别是对NLRP3介导的焦亡的影响	小鼠肝脏巨噬细胞及D-半乳糖胺/LPS诱导的急性肝衰竭小鼠模型	生物信息学	急性肝衰竭	单细胞转录组测序	CNN	基因表达数据	小鼠模型及巨噬细胞样本	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
23	2026-08-20	Enhancing immuno-oncology investigations through multidimensional decoding of tumor microenvironment with IOBR 2.0 2024-12-16, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100910 PMID:39626665	研究论文	升级并标准化IOBR包至2.0版本，提供六个模块用于基于多组学数据的肿瘤微环境分析，并支持从单细胞RNA测序数据构建基因签名和参考矩阵以进行微环境反卷积	IOBR 2.0提供了从数据预处理到建模的完整分析流程，并支持从单细胞RNA测序数据构建基因签名和参考矩阵，增强了多组学整合能力	文章未明确提及局限性	推进肿瘤微环境研究中的多组学整合，提供标准化的分析工具以增强对肿瘤免疫相互作用的理解	肿瘤微环境	生物信息学	肿瘤	多组学分析，单细胞RNA测序，空间转录组测序	NA	转录组数据，多组学数据，单细胞RNA测序数据，空间转录组数据	NA	NA	单细胞RNA测序，空间转录组测序	NA	NA
24	2026-08-20	A statistical approach for systematic identification of transition cells from scRNA-seq data 2024-12-16, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100913 PMID:39644902	研究论文	提出一种基于配对基因表达相关性的统计方法CellTran，用于从单细胞RNA测序数据中系统识别过渡细胞	无需显式解析基因调控网络，仅利用配对基因表达相关性即可检测过渡细胞，区别于现有工具主要研究表达状态而非调控状态的变化	未明确说明，可能包括对调控网络推断的局限性或对复杂过渡状态的敏感性不足	从scRNA-seq数据中识别过渡细胞，揭示细胞状态转变的分子机制，以增强疾病干预治疗靶点的发现	过渡细胞及其基因表达谱	机器学习	不适用	单细胞RNA测序	统计方法（非深度学习模型）	单细胞转录组数据	不适用（未在标题和摘要中提供具体样本数量）	不适用	单细胞RNA测序	不适用	不适用
25	2026-08-20	Single-cell RNA sequencing algorithms underestimate changes in transcriptional noise compared to single-molecule RNA imaging 2024-12-16, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100933 PMID:39662473	研究论文	该研究利用小分子扰动（IdU）增强转录噪声，并通过比较多种单细胞RNA测序算法与单分子RNA荧光原位杂交技术，评估了scRNA-seq在量化转录噪声变化方面的准确性	首次系统性地将scRNA-seq算法与smFISH技术对比，评估其对转录噪声变化的量化能力，并发现所有算法均系统性低估噪声变化，同时提出IdU可全局增强噪声而不改变平均表达水平	研究仅基于特定的小分子扰动（IdU）和代表性基因panel，可能无法完全反映所有生物学条件下的噪声变化；smFISH仅验证了部分基因，无法覆盖全基因组范围	评估scRNA-seq算法在量化转录噪声变化方面的准确性，并与smFISH进行比较，以确定最佳噪声量化方法	人类和小鼠细胞系中的转录噪声变化，涉及约90%的基因及一组代表性基因	生物信息学，单细胞转录组学	不适用（NA）	单细胞RNA测序，单分子RNA荧光原位杂交	不适用（NA）	基因表达数据（scRNA-seq和smFISH数据）	人类和小鼠数据集，具体样本数未在标题和摘要中提供	不适用（NA）	单细胞RNA测序，单分子RNA荧光原位杂交	不适用（NA）	不适用（NA）
26	2026-08-20	Expanding the landscape of antibody discovery 2024-12-16, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100936 PMID:39689694	评论	本文评论了Wagner等人开发的一种结合抗体-核糖体-mRNA复合物、抗原细胞表面展示和单细胞RNA测序的新方法，用于筛选多样化的抗体基因文库与病毒受体蛋白文库	该方法创新性地将抗体-核糖体-mRNA复合物、抗原细胞表面展示和单细胞RNA测序相结合，实现了配对抗体-抗原的文库对文库筛选，克服了传统筛选技术的挑战	摘要中未提及具体局限性	拓展抗体发现领域，实现高通量配对抗体-抗原筛选	抗体基因文库和病毒受体蛋白文库	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞测序数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
27	2026-08-20	Cell type and dynamic state govern genetic regulation of gene expression in heterogeneous differentiating cultures 2024-12-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100701 PMID:39626676	研究论文	利用异质分化培养体系，结合单细胞RNA测序，研究人类遗传变异在不同细胞类型和动态状态下对基因表达的调控作用。	首次在异质分化培养体系中系统解析29种细胞类型的表达数量性状基因座，揭示分化轨迹上的动态调控效应，并复现已知效应。	未提及具体局限性。	阐明不同细胞类型和动态状态下遗传变异对基因表达的调控机制，加深对疾病相关位点的理解。	53名人类供体的异质分化培养细胞。	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	53名供体，超过900,000个细胞。	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
28	2026-08-20	scTrends: A living review of commercial single-cell and spatial 'omic technologies 2024-12-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100723 PMID:39667347	综述	对商业化的单细胞和空间组学技术进行动态综述，涵盖从基础到新兴的平台，并讨论其在药物研发中的应用	提供实时更新的活体综述，系统比较成熟与新兴商业平台，并强调微流控、组合索引及空间转录组学等关键技术趋势	未提及具体技术限制或比较分析，可能缺乏实验验证	综述单细胞和空间组学技术的商业化趋势及其在生物医学研究和药物开发中的应用	商业化的单细胞和空间组学平台	基因组学	NA	单细胞测序、空间转录组学	NA	文本	NA	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	NA
29	2026-08-20	Chemotherapy induces myeloid-driven spatially confined T cell exhaustion in ovarian cancer 2024-12-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.11.005 PMID:39658541	研究论文	对117例高级别浆液性卵巢癌样本进行空间和分子表征，揭示化疗诱导的髓系驱动的空间性T细胞耗竭及其免疫治疗意义	首次揭示化疗后卵巢癌中髓系细胞网络（Myelonets）促进CD8 T细胞耗竭，并发现NECTIN2-TIGIT相互作用作为免疫检查点阻断的预测标志	未提供明确的局限性信息	理解标准化疗对高级别浆液性卵巢癌抗肿瘤免疫适应性的影响，并探索免疫治疗策略	高级别浆液性卵巢癌（HGSC）患者样本	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	组织样本、单细胞基因表达数据、空间转录组数据	117例高级别浆液性卵巢癌样本	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	NA
30	2026-08-18	Long-term in vitro expansion of a human fetal pancreas stem cell that generates all three pancreatic cell lineages 2024-12-26, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.10.044 PMID:39626658	研究论文	本文报道了从人类胎儿胰腺中衍生出可长期体外扩增并生成所有三种胰腺细胞谱系的干细胞系	首次在体外长期培养人类胎儿胰腺干细胞，并证明其具有三能性，即能生成腺泡、导管和内分泌细胞	仅基于胎儿样本，可能不适用于成人胰腺干细胞研究	探索人类胎儿胰腺干细胞的体外扩增和分化潜力，以促进胰腺再生医学研究	人类胎儿胰腺器官样细胞系	数字病理学	胰腺疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	18个人类胎儿胰腺器官样细胞系，来自8-17周胎龄样本	10x Genomics	单细胞RNA-seq	10x Chromium	10x Chromium 单细胞3'
31	2026-08-18	Differential contributions of fetal mononuclear phagocytes to Zika virus neuroinvasion versus neuroprotection during congenital infection 2024-12-26, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.10.028 PMID:39532096	研究论文	本研究利用小鼠模型和人类脑类器官，揭示了胎儿单核吞噬细胞在寨卡病毒感染中的不同作用：原始巨噬细胞促进病毒传播，单核细胞引起非生产性神经炎症，而小胶质细胞则提供保护，限制感染和神经元死亡	首次区分了胎儿单核吞噬细胞亚群在寨卡病毒先天感染中的相反功能，并通过单细胞RNA测序和人类脑类器官验证了小胶质细胞的保护作用，强调了免疫细胞在胎儿感染结局中的调节潜力	研究主要基于小鼠模型，可能不完全反映人类胎儿感染的全部复杂性，且未深入探讨遗传差异对髓系细胞表型的具体机制	探究胎儿单核吞噬细胞在寨卡病毒先天感染中的功能角色，以理解其传播与保护机制	胎儿单核吞噬细胞（包括原始巨噬细胞、单核细胞和小胶质细胞）	感染免疫学、神经科学、单细胞基因组学	先天性寨卡病毒感染（寨卡病毒综合征）	单细胞RNA测序、小鼠模型、人类脑类器官	NA	单细胞转录组数据、组织影像、类器官数据	小鼠模型（具体数量未提供）和人脑类器官（具体数量未提供）	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	NA
32	2026-08-13	Engineering regional diversity: A morphogen screen for patterned brain organoids 2024-12-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.11.007 PMID:39642861	研究论文	本文介绍了一种将平行形态发生素调节剂筛选与神经类器官单细胞测序相结合的平台，以增强大脑区域化并实现详细细胞注释	创新性地将平行形态发生素调节剂筛选与单细胞测序整合，用于神经类器官的区域化调控	摘要中未提及具体局限	探索形态发生素在干细胞分化中调控神经区域多样性的系统性方法	神经类器官	机器学习	NA	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
33	2026-08-13	A cross-disease resource of living human microglia identifies disease-enriched subsets and tool compounds recapitulating microglial states 2024-Dec, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01764-7 PMID:39406950	研究论文	通过对来自74名捐赠者的215,680个活人小胶质细胞进行单细胞RNA测序，构建了跨疾病的资源，识别出疾病富集的亚型，并验证了能够模拟这些状态的化合物。	首次提供了跨多种神经系统疾病和脑区的活人小胶质细胞单细胞转录组资源，结合RNAscope和MERFISH进行原位验证，并利用数据集作为分类工具发现化合物可模拟小胶质细胞状态。	研究中未提及具体局限性。	理解人类小胶质细胞的异质性，并开发针对其状态或功能的靶向治疗。	来自74名捐赠者的人类小胶质细胞，涉及多种神经系统疾病和中枢神经系统区域。	单细胞测序	神经系统疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	215,680个活人小胶质细胞，来自74名捐赠者	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium Single Cell 3'
34	2026-08-13	Targeting GSDME-mediated macrophage polarization for enhanced antitumor immunity in hepatocellular carcinoma 2024-12, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-024-01231-0 PMID:39496854	研究论文	本研究通过RNA测序分析发现GSDME在抗PD1治疗耐药的肝细胞癌患者中上调，并揭示其通过调控巨噬细胞M2样极化影响抗肿瘤免疫，提出联合使用Eliprodil和抗PD1的治疗策略	首次揭示GSDME在肿瘤相关巨噬细胞中介导的M2样极化及对CD8+T细胞毒性的影响，并发现Eliprodil作为小分子抑制剂能阻断GSDME-PDPK1相互作用，增强抗PD1疗效	研究主要基于少数患者样本和小鼠模型，有待更多临床验证；具体机制细节未完全阐明	探索肝细胞癌抗PD1治疗耐药的机制，寻找提高免疫治疗效果的联合策略	9例接受抗PD-1单药治疗的肝细胞癌患者的肿瘤组织，以及小鼠模型（c-Myc过表达和流体力学尾静脉注射模型）	肿瘤免疫学	肝细胞癌	RNA-seq	NA	转录组数据、单细胞测序数据、流式细胞术数据	9例患者组织样本及小鼠模型	Illumina	RNA-seq, 单细胞测序	Illumina NovaSeq	RNA-seq平台可能为NovaSeq，单细胞测序具体平台未提及
35	2026-08-12	GeneCompass: deciphering universal gene regulatory mechanisms with a knowledge-informed cross-species foundation model 2024-12, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-024-01034-y PMID:39375485	研究论文	本研究构建了基于知识整合的跨物种基础模型GeneCompass，用于破译人类和小鼠的通用基因调控机制	首次整合多类型先验生物学知识于预训练过程，并实现跨物种的单细胞转录组基础模型，在多种下游任务中优于现有模型，并成功预测细胞命运转换关键因子	摘要未明确提及局限性，但可能包括对特定细胞类型或条件的覆盖不足，以及模型泛化性在更多物种中的验证需求	利用人工智能技术破译不同物种间的通用基因调控机制，并加速关键细胞命运调控因子和候选药物靶点的发现	人类和小鼠的单细胞转录组数据，共120百万细胞，预处理后得到101,768,420个单细胞转录组	机器学习和单细胞转录组学	不适用	单细胞RNA测序	基础模型（自监督预训练与微调）	单细胞转录组数据	120百万个单细胞转录组（预处理后101,768,420个）	不适用	单细胞RNA测序	不适用	不适用
36	2026-08-08	Meta-analysis of single-cell RNA sequencing co-expression in human neural organoids reveals their high variability in recapitulating primary tissue 2024-12, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3002912 PMID:39621752	研究论文	通过荟萃分析单细胞RNA测序数据，评估人类神经类器官在重现原代组织生物学方面的可变性	首次采用基因水平共表达保留框架，量化神经类器官对原代组织细胞类型标记物表达和共表达的复现程度，揭示了类器官间生物学保真度的高度变异性	未明确说明局限，但可能受限于荟萃分析中数据集的异质性和类器官培养条件差异	评估人类神经类器官在重现原代脑组织生物学方面的保真度和可重复性	人类神经类器官和原代脑组织（来自第一和第二孕期的脑组织样本）	机器学习	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	原代脑组织2.95百万个细胞，神经类器官1.59百万个细胞	10x Genomics, Illumina, BGI, MGI	单细胞RNA测序	10x Chromium, Illumina NovaSeq, BGI MGISEQ, MGI DNBSEQ	10x Chromium单细胞3'试剂盒、Illumina NovaSeq平台、BGI MGISEQ平台、MGI DNBSEQ平台
37	2026-08-08	Lessons about physiological relevance learned from large-scale meta-analysis of co-expression networks in brain organoids 2024-12, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3002965 PMID:39693319	评论	通过大规模元分析比较脑类器官与人类原代发育脑的共表达网络，评估不同类器官方案的保真度	利用百万级公共单细胞RNA测序数据集进行基因共表达关系分析，首次在如此大规模范围内评估脑类器官协议的生理相关性	依赖于公共数据集的可用性和质量，可能受批次效应和数据异质性影响，未提供新的实验数据	评估不同脑类器官方案在基因共表达网络上对人类原代发育脑的保真度	人脑类器官以及人类原代发育脑组织	计算生物学	神经系统疾病	单细胞RNA测序	共表达网络分析	单细胞转录组数据	百万级规模的公共单细胞RNA测序数据集	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
38	2026-08-06	LINC02257 regulates malignant phenotypes of colorectal cancer via interacting with miR-1273g-3p and YB1 2024-12-18, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-07259-4 PMID:39695079	研究论文	本研究通过多层级生物信息学分析和功能验证，发现LINC02257在结直肠癌中高表达，并通过与miR-1273g-3p和YB1相互作用促进肿瘤恶性表型，提出其作为治疗靶点的潜力	首次通过全基因组关联分析和网络分析识别LINC02257在结直肠癌中的因果作用，并阐明其通过竞争性内源RNA机制和YB1磷酸化促进肿瘤进展的新机制	研究主要基于体外实验，缺乏体内动物模型验证；未涉及LINC02257在其他癌症类型中的表达和功能研究	识别结直肠癌中潜在的因果lncRNAs，并阐明其作用机制，为治疗提供新靶点	结直肠癌组织和细胞系	基因组学，分子生物学	结直肠癌	RNA-seq，单细胞RNA测序，全基因组关联分析	NA	测序数据，基因表达数据	未提供具体样本数量，但包括结直肠癌组织和细胞系	NA	RNA-seq，单细胞RNA-seq	NA	NA
39	2026-08-06	Cycling alpha cells in regenerative drug-treated human pancreatic islets may serve as key beta cell progenitors 2024-12-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101832 PMID:39626675	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析经再生药物处理的人胰岛细胞，发现循环中的α细胞可能是β细胞的重要前体细胞	首次揭示循环α细胞在再生药物处理下可作为β细胞前体，通过转分化机制促进β细胞再生	未明确循环α细胞转分化为β细胞的详细分子机制，且研究仅限于体外实验	阐明DYRK1A抑制剂单独或联合GLP-1或TGF-β抑制剂诱导β细胞再生的精确机制	人胰岛细胞，特别是循环α细胞和β细胞	单细胞生物学	糖尿病	单细胞RNA测序	轨迹分析模型	基因表达数据	人胰岛样本，具体数量未提及	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
40	2026-08-06	Miltefosine reinvigorates exhausted T cells by targeting their bioenergetic state 2024-12-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101869 PMID:39657666	研究论文	该研究通过筛选FDA批准的小分子库，发现米替福新能通过靶向T细胞的生物能量状态，恢复耗竭T细胞和CAR-T细胞的功能，增强其抗肿瘤活性	首次发现米替福新能以PD-1/PD-L1非依赖方式恢复耗竭CAR-T细胞功能，并在PD-1抗体治疗无效的终末耗竭状态下仍有效	摘要中未提及具体局限性	寻找能恢复耗竭T细胞功能的小分子药物，以提升免疫检查点抑制剂和CAR-T细胞免疫疗法的疗效	耗竭状态的CAR-T细胞和T细胞	机器学习	肿瘤	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	NA	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	NA