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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-10-06 |
Cellular communication network factor 2 regulates smooth muscle cell transdifferentiation and lipid accumulation in atherosclerosis
2024-12-31, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae215
PMID:39365752
|
研究论文 | 本研究揭示了细胞通讯网络因子2在调控平滑肌细胞转分化和动脉粥样硬化脂质积累中的保护作用 | 首次发现SMC特异性CCN2缺失通过调控内质网应激、内吞作用和脂质积累机制促进动脉粥样硬化发展 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 阐明CCN2在动脉粥样硬化中调控平滑肌细胞可塑性的功能和机制 | 人类和小鼠的血管平滑肌细胞 | 细胞生物学 | 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序 | 可诱导小鼠SMC CCN2缺失模型 | 基因表达数据 | 人类和小鼠动脉粥样硬化样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 22 | 2025-10-05 |
Data-driven discovery of cell-type-directed network-correcting combination therapy for Alzheimer's disease
2024-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.09.627436
PMID:39713353
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研究论文 | 本研究开发了一种基于细胞类型特异性网络的阿尔茨海默病联合疗法发现方法 | 首次将单细胞转录组学、药物扰动数据库和临床记录整合,开发细胞类型特异性多靶点药物发现策略 | 研究主要基于小鼠模型,需要进一步在人类患者中验证 | 开发针对阿尔茨海默病的细胞类型导向联合疗法 | 阿尔茨海默病小鼠模型、神经元和胶质细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据、临床记录 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 23 | 2025-10-05 |
Comparison of imaging-based single-cell resolution spatial transcriptomics profiling platforms using formalin-fixed, paraffin-embedded tumor samples
2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.13.628390
PMID:39763763
|
研究论文 | 使用福尔马林固定石蜡包埋肿瘤样本系统比较三种成像型单细胞空间转录组学平台的性能 | 首次使用严格对照实验系统评估商业空间转录组平台在单细胞分辨率下的表现差异 | 研究仅针对特定肿瘤类型(肺腺癌和胸膜间皮瘤),样本量有限 | 比较不同空间转录组学平台在肿瘤研究中的性能差异 | 福尔马林固定石蜡包埋的肺腺癌和胸膜间皮瘤手术切除样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学, 免疫荧光, RNA测序 | NA | 图像, 转录组数据 | 组织微阵列中的连续5微米切片样本 | CosMx, MERFISH, Xenium | 单细胞空间转录组学, 多重免疫荧光, 数字空间分析 | CosMx, MERFISH, Xenium, GeoMx Digital Spatial Profiler | 单细胞分辨率空间转录组学平台(包括单模态和多模态) |
| 24 | 2025-10-05 |
A specific gene expression program underlies antigen archiving by lymphatic endothelial cells in mammalian lymph nodes
2024-Dec-10, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5493746/v1
PMID:39711554
|
研究论文 | 本研究揭示了淋巴结中淋巴内皮细胞通过特定基因表达程序实现抗原归档的机制 | 首次定义了淋巴内皮细胞抗原归档的独特转录程序,并证明该程序能预测不同疾病状态和物种中的抗原归档能力 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据验证相对有限 | 探究淋巴内皮细胞如何实现持久抗原归档及其独特转录特征 | 淋巴结淋巴内皮细胞和树突状细胞 | 空间转录组学 | 病毒感染(基孔肯雅病毒) | 单细胞测序, 空间转录组学, 机器学习 | 机器学习模型 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 多个时间点的免疫后淋巴结组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 25 | 2025-10-05 |
Linking transcriptome and morphology in bone cells at cellular resolution with generative AI
2024-Dec-31, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/jbmr/zjae151
PMID:39303095
|
观点文章 | 探讨生成式AI在骨细胞转录组与形态学关联分析中的应用前景与挑战 | 首次系统提出将生成式AI应用于骨细胞多模态数据整合分析,实现细胞分辨率下的转录组与形态学关联研究 | 骨单细胞数据集存在技术偏差、重要骨细胞类型缺乏分析、空间信息不足等问题 | 推动生成式AI在骨细胞生物学研究中的应用,揭示细胞水平的复杂生物过程 | 骨细胞 | 计算机视觉,自然语言处理,机器学习 | 骨科疾病 | 单细胞测序,空间转录组学 | 生成式AI | 组织学图像,单细胞分子数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 26 | 2025-10-05 |
An integrated single-nucleus and spatial transcriptomics atlas reveals the molecular landscape of the human hippocampus
2024-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.26.590643
PMID:38712198
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研究论文 | 通过整合单核和空间转录组学数据构建人类海马体分子图谱 | 首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术揭示人类海马体细胞类型的分子特征和空间分布 | 研究样本仅来自10名神经典型成年捐赠者,样本量相对有限 | 解析人类海马体细胞类型的分子特征和空间组织 | 人类前海马体组织 | 空间转录组学 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | 非负矩阵分解(NMF) | 空间转录组数据, 单核RNA测序数据 | 10名成年神经典型捐赠者的相邻组织切片 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 27 | 2024-11-22 |
Author Correction: Single-cell transcriptomics stratifies organoid models of metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease
2024-Dec, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-024-00308-w
PMID:39567832
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 28 | 2025-10-05 |
Epitranscriptomic regulation of cardiac fibrosis via YTHDF1-dependent PIEZO2 mRNA m6A modification
2024-12-31, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae239
PMID:39498803
|
研究论文 | 本研究揭示了YTHDF1通过m6A修饰调控PIEZO2表达的转录后机制在心脏纤维化中的作用 | 首次发现YTHDF1通过识别PIEZO2 mRNA的m6A修饰位点peak_26355调控其翻译,并影响心脏成纤维细胞自噬和纤维化的新表观转录组机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类临床样本中验证 | 探究机械敏感性离子通道Piezo家族在心脏纤维化中的分子机制 | 小鼠心脏成纤维细胞和实验性心脏纤维化模型 | 分子生物学 | 心血管疾病 | RNA-seq,单细胞测序,组织学分析,生化分析 | NA | 基因表达数据,组织学图像,生化数据 | 实验小鼠模型 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 29 | 2025-10-05 |
Fibroblast-specific TGF-β signaling mediates cardiac dysfunction, fibrosis, and hypertrophy in obese diabetic mice
2024-12-14, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae210
PMID:39373248
|
研究论文 | 本研究探讨了成纤维细胞特异性TGF-β信号在肥胖糖尿病小鼠心脏功能障碍、纤维化和肥厚中的关键作用 | 首次在肥胖糖尿病模型中证明成纤维细胞特异性TGF-β/Smad3信号通路是心脏病理变化的核心机制 | 体外实验显示血栓反应蛋白-4对心脏成纤维细胞无显著激活作用,与预期结果存在矛盾 | 研究TGF-β诱导的成纤维细胞活化在糖尿病心肌病发病机制中的作用 | 肥胖db/db糖尿病小鼠模型,特别是成纤维细胞特异性TbR2缺失和Smad3破坏的小鼠 | 心血管疾病研究 | 糖尿病心肌病 | 转录组学研究,单细胞RNA测序,体外实验,Ingenuity通路分析 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,功能评估数据 | db/db小鼠模型及相关基因修饰小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 30 | 2025-10-05 |
Restoring Mitochondrial Quantity and Quality to Reverse Warburg Effect and Drive Tumor Differentiation
2024-Dec-13, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5494402/v1
PMID:39711563
|
研究论文 | 本研究通过联合使用视黄酸和线粒体解偶联剂恢复肿瘤线粒体功能,诱导神经母细胞瘤分化并抑制增殖 | 首次提出通过协同增强线粒体生物合成和呼吸作用来恢复肿瘤线粒体数量和质量,从而逆转Warburg效应并驱动肿瘤分化 | 研究主要聚焦于神经母细胞瘤模型,在其他肿瘤类型中的适用性需要进一步验证 | 探索通过恢复线粒体功能诱导肿瘤分化的治疗策略 | 神经母细胞瘤细胞和原位异种移植模型 | 癌症生物学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,U-C-葡萄糖/谷氨酰胺同位素示踪,线粒体功能分析 | NA | 基因表达数据,代谢数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 31 | 2025-10-05 |
Inflammation and mechanical force-induced bone remodeling
2024-Dec-30, Periodontology 2000
IF:17.5Q1
DOI:10.1111/prd.12619
PMID:39740162
|
综述 | 本文系统探讨炎症和机械力诱导的骨重塑机制,重点关注牙周炎和正畸牙齿移动中的细胞作用 | 整合分析了炎症和机械力双重作用下骨重塑的细胞机制,并探讨了单细胞RNA测序技术带来的新见解 | NA | 深入理解炎症和机械力诱导的骨重塑机制 | 角质形成细胞、白细胞、基质细胞、骨细胞、成骨细胞和破骨细胞等关键细胞类型 | NA | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 32 | 2025-10-05 |
Cellular cartography reveals mouse prostate organization and determinants of castration resistance
2024-Dec-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.27.630532
PMID:39763898
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研究论文 | 通过整合单细胞测序和空间转录组技术构建小鼠前列腺细胞图谱,揭示去势抵抗的细胞机制 | 首次系统整合单细胞RNA测序、单细胞多组学和空间转录组技术,揭示小鼠前列腺叶特异性细胞类型及其在去势抵抗中的作用 | 主要基于小鼠模型,人类前列腺数据的验证仍需进一步研究 | 解析前列腺细胞身份和去势反应的转录、表观遗传及空间基础 | 小鼠前列腺组织及人类前列腺癌数据 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序,单细胞多组学,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,表观遗传数据,空间转录组数据 | 小鼠前列腺组织及人类前列腺癌荟萃分析数据 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞多组学,空间转录组学 | NA | NA |
| 33 | 2025-10-05 |
Diethylhexyl phthalate induces immune dysregulation and is an environmental immune disruptor
2024-12-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136244
PMID:39442302
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯(DEHP)对小鼠免疫系统的破坏作用 | 首次在单细胞水平系统揭示DEHP通过抑制炎症信号和热休克蛋白表达导致免疫失调的机制 | 研究仅使用小鼠模型,未直接验证对人体免疫系统的影响 | 探究DEHP对环境免疫系统的破坏作用及其机制 | 小鼠脾脏组织和外周血免疫细胞 | 免疫毒理学 | 免疫系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠脾脏组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 34 | 2025-10-05 |
Pulmonary surfactant biogenesis blockage mediated polyhexamethylene guanidine disinfectant induced pulmonary fibrosis
2024-12-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136307
PMID:39488979
|
研究论文 | 本研究揭示了聚六亚甲基胍消毒剂通过阻断肺表面活性物质生物合成诱发肺纤维化的机制 | 首次发现PHMG通过破坏自噬流导致AT2细胞内肺表面活性物质生物合成受阻的机制 | NA | 探究PHMG消毒剂吸入暴露诱发肺纤维化的时间效应和分子机制 | 肺泡II型上皮细胞(AT2细胞) | 毒理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 35 | 2025-10-05 |
Model-based dimensionality reduction for single-cell RNA-seq using generalized bilinear models
2024-Dec-31, Biostatistics (Oxford, England)
DOI:10.1093/biostatistics/kxaf024
PMID:40795862
|
研究论文 | 开发了一种基于广义双线性模型的单细胞RNA测序数据降维新方法scGBM | 提出使用泊松双线性模型直接建模计数数据,并引入快速估计算法实现百万级细胞数据集的扩展,同时量化细胞潜在位置的不确定性 | 未明确说明在特定生物场景下的适用性限制 | 解决单细胞RNA测序数据降维中标准方法可能诱导虚假异质性和掩盖真实生物变异性的问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义双线性模型, 泊松双线性模型 | 基因表达计数矩阵 | 百万级细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 36 | 2025-10-06 |
Preclinical Models for Functional Precision Lung Cancer Research
2024-Dec-25, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17010022
PMID:39796653
|
综述 | 本文综述了肺癌精准医学研究中临床前模型的应用与发展 | 系统比较了各类肺癌临床前模型的优劣,并强调了患者来源类器官与多组学技术结合在功能性精准肿瘤学中的新兴价值 | 体内模型成本高、耗时长且劳动密集,限制了其广泛应用 | 推动肺癌精准医疗发展,优化个体化治疗策略 | 肺癌临床前研究模型 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学、单细胞转录组学、蛋白质组学、人工智能 | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 37 | 2025-10-06 |
Single-cell atlases reveal leaf cell-type-specific regulation of metal transporters in the hyperaccumulator Sedum alfredii under cadmium stress
2024-12-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136185
PMID:39418904
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了镉超富集植物东南景天叶片在镉胁迫下金属转运蛋白的细胞类型特异性调控机制 | 首次构建东南景天的全长转录组和叶片单细胞图谱,首次在单细胞水平揭示金属转运蛋白的细胞类型特异性表达模式 | 研究仅针对叶片组织,未涉及其他器官;样本数量相对有限 | 探究镉超富集植物东南景天在镉胁迫下的细胞类型特异性转录调控机制 | 东南景天(Sedum alfredii)叶片细胞 | 植物生物学 | NA | PacBio Iso-Seq全长转录组测序,单细胞RNA测序 | NA | 转录组测序数据,单细胞基因表达数据 | 12,616个高质量单细胞(来自对照和镉处理样本) | PacBio | 全长转录组测序,单细胞RNA测序 | PacBio Iso-Seq | PacBio Iso-Seq技术用于生成全长转录组 |
| 38 | 2025-10-06 |
Integration of Imaging-based and Sequencing-based Spatial Omics Mapping on the Same Tissue Section via DBiTplus
2024-Dec-11, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5398491/v1
PMID:39711562
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研究论文 | 开发了一种整合成像和测序的空间多组学方法DBiTplus,可在同一组织切片上同时进行空间转录组和空间蛋白质分析 | 首次将测序型空间转录组与成像型空间蛋白质分析整合在同一组织切片上,实现单细胞分辨率细胞分型和基因组规模生物学通路研究 | NA | 开发空间多组学技术以更好地理解异质性细胞过程并连接细胞类型与功能 | 小鼠胚胎、正常人淋巴结、人类淋巴瘤FFPE组织 | 空间多组学 | 淋巴瘤 | 空间转录组测序、空间蛋白质成像、微流控技术 | NA | 空间转录组数据、空间蛋白质成像数据 | 小鼠胚胎、正常人淋巴结、人类淋巴瘤FFPE组织样本 | NA | 单细胞空间转录组、空间蛋白质组学 | DBiTplus、CODEX | DBiTplus整合了测序型空间转录组和CODEX高重蛋白质成像技术,通过微流控递送DNA寡核苷酸进行空间条形码标记,利用RNaseH酶选择性降解RNA-DNA杂交体中的RNA,保留完整组织切片用于蛋白质成像 |
| 39 | 2025-10-06 |
Decoding the mosaic of inflammatory bowel disease: Illuminating insights with single-cell RNA technology
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.07.011
PMID:39421242
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综述 | 本文综述单细胞RNA测序技术在炎症性肠病研究中的最新进展与应用 | 系统整合单细胞转录组、蛋白质组、T细胞受体谱和表观遗传分析,提供IBD发病机制的全面视角 | 缺乏纵向研究数据,需要整合多种单细胞和空间转录组技术 | 探索单细胞测序技术在炎症性肠病研究中的应用价值 | 炎症性肠病(包括溃疡性结肠炎和克罗恩病)患者细胞 | 数字病理 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序, 单细胞蛋白质组分析, T细胞受体谱分析, 表观遗传分析 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据, 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 40 | 2025-10-06 |
Spatial proteomics and transcriptomics of the maternal-fetal interface in placenta accreta spectrum
2024-12, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1016/j.trsl.2024.09.004
PMID:39349165
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研究论文 | 本研究通过空间蛋白质组学和转录组学分析植入性胎盘谱系中母胎界面的分子特征 | 首次在植入性胎盘病例中整合空间转录组学和蛋白质组学分析,揭示滋养细胞深层侵袭的分子机制 | 样本量有限,研究结果需要更大规模验证 | 探究植入性胎盘谱系中母胎界面的分子改变机制 | 植入性胎盘患者的母胎界面组织 | 空间组学 | 胎盘疾病 | 免疫组织化学, 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | 空间转录组数据, 空间蛋白质组数据, 组织图像 | 植入性胎盘病例组织样本 | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |