单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-06-22	Epithelial tubule interconnection driven by HGF-Met signaling in the kidney 2024-Dec-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2416887121 PMID:39705305	研究论文	本研究探讨了HGF-Met信号在肾脏上皮小管相互连接中的作用	首次揭示了HGF通过MAPK信号通路和MMPs促进小管吻合的机制，且这一过程独立于细胞增殖	研究仅在小鼠胚胎肾脏中进行，尚未在人体组织中验证	阐明上皮小管吻合的分子机制	小鼠胚胎肾脏上皮小管	发育生物学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠胚胎肾脏样本
22	2025-06-18	Spatial diversity of in vivo tissue immunity 2024-12-26, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxae051 PMID:39177484	research paper	本文探讨了体内组织免疫的空间多样性及其对器官完整性的影响	利用活体成像和空间转录组学等先进技术揭示了免疫细胞在器官中的空间异质性及其功能	未提及具体的技术限制或研究样本的局限性	研究免疫细胞在组织中的空间分布及其与环境的相互作用，以控制免疫反应和管理炎症性疾病	免疫细胞及其在肝脏、肾脏、肠道和肺等器官中的分布	免疫学	炎症性疾病	活体成像、空间转录组学	NA	图像、转录组数据	NA
23	2025-06-18	Endothelial response to blood-brain barrier disruption in the human brain 2024-Dec-26, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187328 PMID:39724015	研究论文	研究人类脑内皮细胞对血脑屏障破坏的急性反应	首次在人类脑内皮细胞中研究了低强度脉冲超声与微泡（LIPU/MB）诱导的血脑屏障破坏后的转录和超微结构变化	研究样本仅限于复发性胶质母细胞瘤患者，可能不适用于其他神经系统疾病	探讨人类脑内皮细胞对血脑屏障破坏的急性反应机制	复发性胶质母细胞瘤患者的脑内皮细胞	神经科学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、透射电子显微镜、低强度脉冲超声与微泡（LIPU/MB）	NA	基因表达数据、超微结构图像	复发性胶质母细胞瘤患者（具体数量未提及）
24	2025-06-18	Interferon Epsilon Loss Is Elusive 9p21 Link to Immune-Cold Tumors, Resistant to Immune Checkpoint Therapy, and Endogenous CXCL9/10 Induction 2024-Dec-24, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer IF:21.0Q1 DOI:10.1016/j.jtho.2024.12.020 PMID:39725169	research paper	该研究揭示了干扰素ε（IFNϵ）在9p21缺失的免疫冷肿瘤中对免疫检查点疗法（ICT）抵抗的作用及其与CXCL9/10诱导的关联	首次确定IFNϵ是9p21缺失肿瘤中导致免疫逃逸和ICT抵抗的关键IFN-I信号，并揭示了其在CXCL9/10表达调控中的核心作用	研究结果在34种肿瘤类型中仅4种显示出显著的组织特异性模式，可能限制了泛肿瘤应用的普适性	探究9p染色体缺失导致免疫冷肿瘤和ICT抵抗的分子机制	人类肿瘤样本、细胞系及小鼠模型中的9p缺失、IFN-I信号和肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	头颈鳞癌、非鳞状非小细胞肺癌、黑色素瘤、尿路上皮癌、间皮瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、拷贝数变异分析、介导分析	基因工程小鼠模型（ΔS vs ΔL）	基因组数据、转录组数据	36个ICT队列（13项研究报告）及多种肿瘤细胞系
25	2025-06-18	Nanocoding: Lipid Nanoparticle Barcoding for Multiplexed Single-Cell RNA Sequencing 2024-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.16.628827 PMID:39763829	research paper	该论文介绍了一种名为Nanocoding的新技术，利用脂质纳米颗粒（LNPs）进行单细胞RNA测序中的多重标记，以提高标记密度和效率	使用脂质纳米颗粒（LNPs）进行高效标记，解决了现有DNA标记方法在稳定性和标记范围上的限制，显著提高了标记密度和效率	NA	开发一种高效、稳定的单细胞RNA测序多重标记方法，以降低成本并减少批次效应	培养细胞系和组织消化液中的异质细胞	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），脂质纳米颗粒（LNPs）标记	NA	RNA测序数据	培养细胞系、脾脏消化液和肥胖啮齿动物脂肪组织中的异质细胞
26	2025-06-18	Detecting Rhythmic Gene Expression in Single-cell Transcriptomics 2024-12, Journal of biological rhythms IF:2.9Q2 DOI:10.1177/07487304241273182 PMID:39377613	research paper	该研究评估了常用节律检测方法在单细胞RNA测序数据中的可靠性和效率，并提出了结合谐波回归的子采样策略	首次在单细胞RNA测序数据中评估和比较节律检测方法，并提出新的子采样策略	未明确说明所测试数据集的规模和多样性	评估和优化单细胞转录组数据中的节律基因检测方法	单细胞RNA测序数据中的节律基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	谐波回归	单细胞转录组数据	NA
27	2025-06-12	A protocol for time-resolved transcriptomics through metabolic labeling and combinatorial indexing 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103356 PMID:39356643	研究论文	本文介绍了一种通过代谢标记和组合索引进行时间分辨转录组学研究的优化协议	提出了一种自动化友好的代谢标记RNA协议，结合单细胞RNA测序和组合索引技术，用于捕获基因表达的时间动态信息	需要参考Maizels等人的研究以获取完整的协议执行细节	研究基因表达的动态变化	单细胞RNA	转录组学	NA	4-thiouridine (4sU)标记，单细胞RNA测序，组合索引	NA	RNA测序数据	NA
28	2025-06-12	Protocol for mapping T cell activation using single-cell RNA-seq 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103409 PMID:39427308	研究论文	本文提出了一种基于抗CD3/CD28珠刺激和单细胞RNA测序（scRNA-seq）的T细胞激活研究协议	使用抗CD3/CD28珠刺激和scRNA-seq技术研究T细胞激活的详细协议	协议的具体执行细节需参考Li等人的文献	研究T细胞激活的分子机制	人类外周血单个核细胞（PMBCs）和CD4 T细胞	生物医学研究	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
29	2025-06-12	Protocol for isolating specific C. elegans neuron types for bulk and single-cell RNA sequencing 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103439 PMID:39514392	研究论文	本文提出了一种分离特定神经元类型用于批量及单细胞RNA测序的方案	提供了一种针对秀丽隐杆线虫特定神经元类型的分离、RNA提取及单细胞测序准备的详细步骤	方案可能不适用于其他生物体的神经元分离	开发一种分离特定神经元类型用于基因表达分析的方法	秀丽隐杆线虫的神经元	分子生物学	NA	RNA测序（包括批量及单细胞RNA测序）、荧光激活细胞分选（FACS）	NA	RNA序列数据	幼虫和成年秀丽隐杆线虫的特定神经元类型
30	2025-06-12	A protocol for acquiring high-quality single-cell multi-omics data from human peripheral blood 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103430 PMID:39488839	研究论文	本文提出了一种从人类外周血单核细胞（PBMCs）获取高质量单细胞多组学数据的协议	改进了多组学样本处理流程，整合了单细胞测序、全基因组测序以及代谢组和蛋白质组分析	NA	开发一种获取高质量单细胞多组学数据的标准化流程	人类外周血单核细胞（PBMCs）	生物医学	NA	单细胞测序、全基因组测序、代谢组分析、蛋白质组分析	NA	基因组数据、代谢组数据、蛋白质组数据	NA
31	2025-06-12	Protocol for Xenium spatial transcriptomics studies using fixed frozen mouse brain sections 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103420 PMID:39535916	研究论文	本文介绍了一种使用固定冷冻小鼠脑切片进行Xenium空间转录组学研究的协议	证明了固定冷冻薄脑切片与Xenium平台的兼容性，提供了出色的空间解析基因表达成像和定量结果	NA	开发并验证一种适用于Xenium空间转录组学研究的实验协议	固定冷冻小鼠脑切片	空间转录组学	NA	Xenium空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
32	2025-06-12	Protocol for using scCURE to construct an immunotherapy outcome prediction model 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103476 PMID:39661506	研究论文	本文介绍了一种使用scCURE构建免疫治疗结果预测模型的协议	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）在免疫治疗期间识别变化和未变化的细胞（scCURE）来构建预测模型	需要参考Zou等人的完整细节以执行该协议	预测癌症患者的免疫治疗结果	癌症患者	数字病理学	癌症	scRNA-seq, bulk RNA-seq	scCURE	RNA测序数据	NA
33	2025-06-12	Profiling low-mRNA content cells in complex human tissues using BD Rhapsody single-cell analysis 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103475 PMID:39661509	研究论文	本文介绍了一种使用BD Rhapsody单细胞分析平台高效回收低mRNA含量免疫细胞的协议	优化了前列腺、肺和肝组织的组织解离方法，并利用Sample Tag抗体标记细胞，提高了低mRNA含量免疫细胞的回收率	协议的具体执行细节需要参考Salcher等人的文献，可能限制了方法的立即广泛应用	解决单细胞RNA测序中低mRNA含量免疫细胞回收的挑战	前列腺、肺和肝组织中的低mRNA含量免疫细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), BD Rhapsody平台	NA	RNA序列数据	NA
34	2025-06-12	SRSF2 is essential for maintaining pancreatic beta-cell identity and regulating glucose homeostasis in mice 2024-12, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119845 PMID:39265887	研究论文	本文探讨了剪接因子SRSF2在维持胰腺β细胞特性和调节小鼠葡萄糖稳态中的关键作用	首次揭示了SRSF2缺失导致β细胞从适应性阶段转变为适应不良阶段，并详细描述了其对β细胞增殖和功能的影响	研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证	研究SRSF2在胰腺β细胞存活和葡萄糖稳态中的作用	小鼠胰腺β细胞	分子生物学	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	10个月大的SRSF2敲除小鼠
35	2025-06-11	Generation of a fluorescent hESC reporter line (Kle033-A-1) for the isolation of distinct midbrain progenitor cell types 2024-12, Stem cell research IF:0.8Q4 DOI:10.1016/j.scr.2024.103523 PMID:39383604	research paper	该研究通过CRISPR/Cas9技术生成了一种荧光标记的人类胚胎干细胞系，用于分离两种潜在的中脑多巴胺能前体细胞	利用CRISPR/Cas9技术生成荧光标记的hESC报告细胞系，用于分离特定中脑多巴胺能前体细胞	未提及实验结果的验证或应用效果	开发更精确的帕金森病细胞替代治疗策略	人类胚胎干细胞(hESC)及其中脑多巴胺能前体细胞	干细胞研究	帕金森病	CRISPR/Cas9, scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
36	2025-06-07	Single-Cell Analysis of Bone Marrow CD8+ T Cells in Myeloid Neoplasms Reveals Pathways Associated with Disease Progression and Response to Treatment with Azacitidine 2024-12-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0310 PMID:39485042	研究论文	通过单细胞分析骨髓CD8+ T细胞在髓系肿瘤中的作用，揭示了与疾病进展和阿扎胞苷治疗反应相关的通路	发现了CD57+CXCR3+ CD8+ T细胞亚群与阿扎胞苷治疗反应及患者生存率的关系，并揭示了IFN和TGF-β信号通路在治疗反应中的作用	样本量相对较小（104例），且仅针对髓系肿瘤患者	探究CD8+ T细胞在髓系肿瘤进展和治疗反应中的作用	骨髓CD8+ T细胞	数字病理学	髓系肿瘤（包括骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病）	质谱流式细胞术、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据、流式细胞数据	104例治疗前骨髓样本
37	2025-06-07	Tumor Expression of CD83 Reduces Glioma Progression and Is Associated with Reduced Immunosuppression 2024-12-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0281 PMID:39601621	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序揭示了胶质瘤中CD83表达对肿瘤进展和免疫抑制的影响	首次发现胶质瘤细胞表达CD83可抑制肿瘤生长并增强T细胞抗肿瘤反应	尚未验证CD83表达是否能增强免疫治疗效果并改善患者预后	探究胶质瘤细胞CD83表达对肿瘤微环境和免疫治疗的影响	人类和小鼠胶质瘤样本	肿瘤免疫学	胶质瘤	单细胞RNA测序	免疫活性小鼠模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量
38	2025-06-05	Single-Cell Transcriptomic Analysis Identifies Senescent Osteocytes That Trigger Bone Destruction in Breast Cancer Metastasis 2024-12-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0857 PMID:39312185	research paper	该研究通过单细胞转录组分析揭示了乳腺癌骨转移中衰老骨细胞触发骨破坏的机制	首次发现乳腺癌骨转移中骨细胞会提前衰老并表现出独特的衰老相关分泌表型(SASP)，促进骨破坏	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证有限	探究乳腺癌骨转移导致骨破坏的细胞分子机制	乳腺癌骨转移中的骨细胞	digital pathology	breast cancer	单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing)、多重原位杂交(multiplex in situ hybridization)、人工智能辅助分析	NA	基因表达数据	小鼠模型和少量乳腺癌骨转移患者样本
39	2025-06-05	Dynamic Evolution of Fibroblasts Revealed by Single-Cell RNA Sequencing of Human Pancreatic Cancer 2024-12-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0489 PMID:39485038	research paper	通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，研究人类胰腺癌中成纤维细胞的动态演化及其在肿瘤微环境中的作用	结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了胰腺癌中成纤维细胞的分化轨迹及其在恶性转化过程中的细胞间网络	研究主要聚焦于胰腺导管腺癌，其他类型的胰腺癌可能具有不同的微环境特征	探索胰腺癌微环境中基质细胞与癌细胞之间的相互作用，以寻找新的治疗干预点	正常、炎症和恶性胰腺组织中的成纤维细胞	digital pathology	pancreatic cancer	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	NA	RNA sequencing data, spatial transcriptomics data	正常、炎症和恶性胰腺组织样本
40	2025-06-04	Precision targeting of β-catenin induces tumor reprogramming and immunity in hepatocellular cancers 2024-Dec-12, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5494074/v1 PMID:39711542	研究论文	研究探讨了在β-catenin突变的肝细胞癌中，使用新型siRNA脂质纳米颗粒（LNP-CTNNB1）进行精准靶向治疗的效果及其与免疫检查点抑制剂（ICI）的协同作用	首次展示了LNP-CTNNB1在β-catenin突变的肝细胞癌模型中的显著疗效，并通过单细胞和空间转录组学揭示了肿瘤细胞和免疫微环境的重新编程机制	研究主要基于动物模型和小样本患者数据，临床效果尚需大规模临床试验验证	探索β-catenin靶向治疗在肝细胞癌中的疗效及其与免疫治疗的协同作用	β-catenin突变的肝细胞癌模型和患者	肿瘤免疫治疗	肝细胞癌	siRNA脂质纳米颗粒（LNP-CTNNB1）、单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据、临床数据	多个β-catenin突变的免疫活性肝细胞癌模型和部分患者样本