单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-08-06	Single-cell transcriptomic and spatial analysis reveal the immunosuppressive microenvironment in relapsed/refractory angioimmunoblastic T-cell lymphoma 2024-12-18, Blood cancer journal IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41408-024-01199-0 PMID:39695118	研究论文	通过单细胞转录组和空间分析揭示复发/难治性血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤中的免疫抑制微环境	首次使用单细胞RNA测序和成像质谱流式细胞术比较了复发/难治性AITL与新诊断AITL的细胞组成和空间结构，揭示了YY1转录激活驱动的恶性Tfh细胞增殖与患者不良预后的显著关联，以及B细胞在免疫逃逸中的作用	研究样本数量未明确说明，可能影响结果的普遍性	探究复发/难治性血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤的免疫抑制微环境特征	复发/难治性血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤（RR-AITL）和新诊断AITL（ND-AITL）患者样本	数字病理学	淋巴瘤	scRNA-seq, IMC	NA	单细胞转录组数据, 空间成像数据	未明确说明
22	2025-08-04	A low level of tumor necrosis factor α in tumor microenvironment maintains the self-renewal of glioma stem cells by Vasorin-mediated glycolysis 2024-Dec-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae147 PMID:39093693	研究论文	本研究探讨了肿瘤微环境中低水平TNFα通过Vasorin介导的糖酵解维持胶质瘤干细胞自我更新的机制	揭示了低水平TNFα通过VASN介导的糖酵解促进胶质瘤干细胞自我更新的新机制，为GBM治疗提供了新靶点	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果需要进一步验证	探索TNFα在胶质瘤微环境中对胶质瘤干细胞自我更新的调控作用	胶质瘤干细胞(GSCs)和肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤(GBM)	空间转录组学、免疫印迹、RNA测序、单细胞RNA测序、质谱分析	体外和体内模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明具体样本数量
23	2025-08-03	Airway-derived emphysema-specific alveolar type II cells exhibit impaired regenerative potential in COPD 2024-Dec, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.02071-2023 PMID:39147413	research paper	该研究发现了COPD中肺气肿特异性肺泡II型细胞亚群，并揭示了其再生潜能受损的现象	首次识别出肺气肿特异性ATII细胞亚群（asATII细胞），并证明其与健康对照相比形成肺泡类器官的能力显著降低	研究主要基于单细胞RNA测序和类器官实验，尚未开展体内功能验证研究	探究COPD中肺组织再生障碍的细胞机制	人类和小鼠的肺泡II型细胞（ATII）及气道club细胞	呼吸病学	COPD（慢性阻塞性肺疾病）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、谱系标记、肺泡类器官培养	小鼠COPD模型	基因表达数据、组织定位数据	未明确说明样本数量（涉及人类和小鼠样本）
24	2025-07-28	SNRPB2 in the pan-cancer landscape: A bioinformatics exploration and validation in hepatocellular carcinoma 2024-12, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111445 PMID:39366532	研究论文	本文通过生物信息学分析和实验验证，探讨了SNRPB2在泛癌景观中的作用，特别是在肝细胞癌中的表达及其对癌细胞增殖和迁移的影响	首次全面评估SNRPB2在多种癌症类型中的表达模式及其与预后的关联，并通过实验验证了SNRPB2在肝细胞癌中的功能	需要进一步探索SNRPB2的潜在机制和临床治疗潜力	研究SNRPB2在癌症发生发展中的作用及其作为预后生物标志物和免疫治疗候选的潜力	SNRPB2基因及其在多种癌症类型中的表达和功能	生物信息学	肝细胞癌	基因表达分析、基因组和表观基因组分析、基因集富集分析(GSEA)、免疫细胞浸润评估、单细胞测序	NA	基因表达数据、基因组数据、表观基因组数据	来自TCGA、CPTAC和GEO等多个公共数据库的数据
25	2025-07-26	Elucidating ferroptosis mechanisms in heart failure through transcriptomics, single-cell sequencing, and experimental validation 2024-12, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111416 PMID:39293745	研究论文	本研究通过转录组学、单细胞测序和实验验证，阐明了铁死亡在心力衰竭中的机制	识别并验证了在心力衰竭中表现出差异表达的与铁死亡相关的基因，特别是SLC39A14和QSOX1，为心力衰竭的靶向治疗提供了新见解	研究结果需要进一步的实验验证以确认这些基因在心力衰竭中的具体作用机制	阐明铁死亡在心力衰竭中的机制	心力衰竭数据集、心力衰竭细胞和小鼠模型	生物信息学	心血管疾病	转录组学、单细胞测序、LASSO回归、SVM-RFE机器学习技术	LASSO回归、SVM-RFE	基因表达数据	127个差异表达的与铁死亡相关的基因（DFRGs），包括83个下调基因和44个上调基因
26	2025-07-26	A cross-disease resource of living human microglia identifies disease-enriched subsets and tool compounds recapitulating microglial states 2024-Dec, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01764-7 PMID:39406950	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了来自74名捐赠者的215,680个活体人类小胶质细胞，揭示了小胶质细胞的异质性及其在不同神经系统疾病中的特异性亚群	发现了小胶质细胞在氧化代谢和杂环代谢之间的核心分化，并鉴定了与抗原呈递、运动性和增殖相关的亚群，同时验证了诱导多能干细胞模型系统能够捕捉体内异质性	研究样本来自已故捐赠者，可能无法完全反映活体小胶质细胞的动态变化	探索人类小胶质细胞的异质性及其在神经系统疾病中的作用，以促进靶向治疗的发展	人类小胶质细胞	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), RNAscope-免疫荧光, MERFISH	NA	单细胞转录组数据, 图像数据	215,680个小胶质细胞来自74名捐赠者
27	2025-07-25	NOVEL ACTIVE PROTEINS FOR SEPSIS PROGNOSIS REVEALED THROUGH ScRNA-seq AND QUANTITATIVE PROTEOMICS 2024-12-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002408 PMID:38888471	研究论文	通过单细胞RNA测序和定量蛋白质组学揭示影响脓毒症预后的关键活性蛋白	首次结合scRNA-seq和定量蛋白质组学技术，识别出与脓毒症预后相关的活性蛋白，并揭示了不同患者群体的通路差异	样本量相对较小（脓毒症患者53例，对照16例），且仅分析了外周血样本	探索影响脓毒症预后的关键活性蛋白及其作用机制	脓毒症患者（NS=26，SV=27）和健康对照（Con=16）的外周血样本	生物医学研究	脓毒症	scRNA-seq, DIA蛋白质组学, Viper算法	NA	单细胞转录组数据, 蛋白质组数据	69例（53例脓毒症患者+16例对照）
28	2025-07-24	Nanocoding: Lipid Nanoparticle Barcoding for Multiplexed Single-Cell RNA Sequencing 2024-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.16.628827 PMID:39763829	研究论文	本文介绍了一种名为Nanocoding的新技术，利用脂质纳米颗粒（LNPs）在单细胞RNA测序（scRNA-seq）中实现高效条形码标记	使用脂质纳米颗粒（LNPs）进行条形码标记，提高了标记密度和稳定性，解决了现有DNA标记方法在异质细胞群体中的局限性	尽管在脂肪组织等复杂样本中表现出高标记率，但在其他组织类型中的表现尚未验证	开发一种高效、稳定的样本多重标记方法，以降低单细胞RNA测序的成本和批次效应	培养细胞系和组织消化物中的异质细胞	单细胞测序技术	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	培养细胞系、脾脏消化物和肥胖啮齿动物脂肪组织中的细胞
29	2025-07-24	Single cell and TCR analysis of immune cells from AAV gene therapy-dosed Duchenne muscular dystrophy patients 2024-Dec-12, Molecular therapy. Methods & clinical development DOI:10.1016/j.omtm.2024.101349 PMID:39524974	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序分析AAV基因治疗杜氏肌营养不良症患者的免疫细胞变化	首次在AAV基因治疗杜氏肌营养不良症患者中应用单细胞RNA测序和TCR测序技术，揭示了治疗后T细胞克隆扩增与人类疱疹病毒感染的相关性	样本量较小（仅5名参与者），且仅观察了外周血单个核细胞的变化	探究AAV基因治疗在杜氏肌营养不良症患者中引发的免疫反应机制	接受AAV基因治疗的杜氏肌营养不良症患者	基因治疗	杜氏肌营养不良症	单细胞RNA测序，TCR测序	NA	单细胞RNA测序数据，TCR序列数据	5名参与者的外周血单个核细胞样本
30	2025-07-24	Diverse NKT cells regulate early inflammation and neurological outcomes after cardiac arrest and resuscitation 2024-12-04, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adq5796 PMID:39630883	研究论文	该研究探讨了多样化NKT细胞在心脏骤停及复苏后早期炎症和神经学结果中的调节作用	首次发现多样化NKT细胞与良好神经学结果相关，并证实磺酸脂特异性dNKT细胞在小鼠模型中具有神经保护作用	研究结果主要基于小鼠模型，临床转化需要进一步验证	探索心脏骤停后神经损伤的免疫调节机制并寻找潜在治疗靶点	院外心脏骤停患者和小鼠模型	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序	小鼠心脏骤停模型	RNA测序数据、临床数据	大规模OHCA患者队列和独立验证队列
31	2025-07-23	Unsupervised multi-scale clustering of single-cell transcriptomes to identify hierarchical structures of cell subtypes 2024-Dec-23, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5671748/v1 PMID:39764102	研究论文	本文提出了一种无监督多尺度聚类方法，用于从单细胞转录组数据中识别细胞亚型的层次结构	开发了一种多尺度聚类（MSC）方法，通过构建稀疏细胞-细胞相关性网络，在无监督的方式下识别多尺度分辨率的细胞类型和亚型	NA	揭示单细胞RNA测序数据中更精细分辨率的细胞结构	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	多尺度聚类（MSC）	基因表达数据	模拟数据、银标准数据、金标准数据以及真实疾病scRNA-seq数据
32	2025-07-23	Impaired myofibroblast proliferation is a central feature of pathologic post-natal alveolar simplification 2024-Dec-11, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.94425 PMID:39660606	研究论文	本文探讨了肌成纤维细胞增殖受损在支气管肺发育不良（BPD）病理肺泡简化中的核心作用	通过单细胞RNA测序和多种小鼠模型，揭示了肌成纤维细胞增殖受损是BPD病理肺泡简化的核心特征，并挑战了TGFβ信号增强在BPD发病机制中的传统观点	研究主要基于小鼠模型，结果在人类BPD中的适用性需要进一步验证	探究BPD发病机制中肌成纤维细胞增殖受损的作用	支气管肺发育不良（BPD）的病理机制	病理生理学	支气管肺发育不良	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	多种小鼠模型（具体数量未提及）
33	2025-07-22	Spatial transcriptomic analysis drives PET imaging of tight junction protein expression in pancreatic cancer theranostics 2024-12-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54761-6 PMID:39737976	研究论文	本研究利用空间转录组学和蛋白质组学技术筛选胰腺导管腺癌（PDAC）的分子靶点，并开发了一种针对claudin-4的肽类分子成像剂	首次将空间转录组学和蛋白质组学应用于PDAC分子靶点的筛选，并开发了针对claudin-4的新型分子成像剂	研究仅基于人类手术样本，未涉及动物模型或临床试验验证	开发胰腺导管腺癌的分子成像靶点和诊断方法	胰腺导管腺癌（PDAC）组织和正常胰腺组织	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学、蛋白质组学、PET成像	NA	转录组数据、蛋白质组数据、PET成像数据	人类手术样本（具体数量未提及）
34	2025-07-22	Pulmonary fibroblast activation during Aspergillus fumigatus infection enhances lung defense via immunomodulation and tissue remodeling 2024-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.19.629499 PMID:39763713	研究论文	本研究探讨了肺成纤维细胞在烟曲霉感染期间的激活如何通过免疫调节和组织重塑增强肺部防御	揭示了肺成纤维细胞在烟曲霉感染中的新型保护作用及其通过免疫调节和增强ECM分泌能力限制肺部损伤的机制	研究未详细探讨成纤维细胞激活的具体分子机制及其在不同免疫状态下的长期影响	探究肺成纤维细胞在烟曲霉感染中的功能响应及其对宿主防御的作用	烟曲霉感染的肺成纤维细胞	免疫学	侵袭性曲霉病	细胞谱系追踪、靶向细胞消融、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	免疫正常和免疫抑制宿主的肺组织样本
35	2025-07-22	BDNF augmentation reverses cranial radiation therapy-induced cognitive decline and neurodegenerative consequences 2024-12-18, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-024-01906-9 PMID:39696694	研究论文	研究探讨了利鲁唑（RZ）通过增加BDNF水平逆转颅脑放疗引起的认知功能下降和神经退行性后果的效果	首次证明RZ通过增加BDNF水平逆转放疗引起的认知功能障碍，并揭示了其神经保护机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体试验中验证	探索减轻颅脑放疗引起的认知功能障碍的治疗方法	接受颅脑放疗的小鼠模型	神经科学	脑癌	空间转录组学、双免疫荧光染色、生化评估	小鼠模型	基因表达数据、行为数据	接受9 Gy颅脑放疗的成年小鼠，部分接受RZ治疗（13 mg/kg，饮用水）6-7周
36	2025-07-22	Chemotherapy induces myeloid-driven spatially confined T cell exhaustion in ovarian cancer 2024-Dec-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.11.005 PMID:39658541	研究论文	本文通过空间和分子特征分析，揭示了化疗后高级别浆液性卵巢癌（HGSC）中免疫细胞状态的动态变化及骨髓细胞驱动的T细胞耗竭机制	发现了化疗诱导的骨髓细胞网络（Myelonets）通过NECTIN2-TIGIT信号通路驱动T细胞耗竭的空间机制，并验证了靶向该通路可增强免疫检查点阻断疗效	样本量相对有限（117例），且仅针对HGSC亚型	阐明化疗后卵巢癌微环境中免疫适应的空间生物学机制	117例化疗前后配对的HGSC组织样本	肿瘤免疫学	卵巢癌（高级别浆液性亚型）	单细胞转录组测序、空间转录组分析	患者来源的功能性免疫肿瘤学平台	单细胞RNA-seq数据、空间转录组数据	117例配对的化疗前后HGSC样本
37	2025-07-22	Postischemic inactivation of HIF prolyl hydroxylases in endothelium promotes maladaptive kidney repair by inducing glycolysis 2024-Dec-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI176207 PMID:39621585	研究论文	本研究揭示了内皮细胞中的氧感应脯氨酰羟化酶（PHD）在缺血性急性肾损伤（AKI）后肾脏修复中的关键作用	发现了内皮PHD1、PHD2和PHD3同时失活而非仅PHD2失活会促进肾脏不良修复，并确定了MCT4抑制剂syrosingopine可恢复适应性修复	研究主要基于小鼠模型，人类肾脏数据仅作为观察性验证	探索缺血性AKI向CKD转变的内皮细胞机制	小鼠和人类肾脏内皮细胞	肾脏病理学	急性肾损伤和慢性肾病	scRNA-Seq分析	PHDTiEC小鼠模型	基因表达数据和病理学数据	小鼠模型和人类肾脏样本
38	2025-07-22	VICTOR: Validation and inspection of cell type annotation through optimal regression 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.08.028 PMID:39296808	研究论文	介绍了一种名为VICTOR的新方法，用于通过最优回归验证和检查单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释	VICTOR采用弹性网络正则化回归与最优阈值来评估细胞注释的置信度，在识别不准确注释方面表现优异	未提及具体局限性	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的可靠性评估	单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	弹性网络正则化回归	单细胞RNA测序数据	多种单细胞数据集（包括平台内、跨平台、跨研究和跨组学设置）
39	2025-07-22	A temporal cortex cell atlas highlights gene expression dynamics during human brain maturation 2024-Dec, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01990-6 PMID:39567748	研究论文	通过单核RNA测序构建了人类大脑颞叶的细胞亚型图谱，揭示了大脑成熟过程中的基因表达动态	首次结合儿科和成人样本，构建了包含75种细胞亚型的联合图谱，并利用空间转录组学验证	仅针对颞叶组织进行研究，未涵盖其他脑区	探索人类大脑成熟过程中的细胞类型特异性基因表达动态	人类颞叶组织样本（包括非洲血统样本）	单细胞转录组学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）、空间转录组学	NA	基因表达数据	包含儿科和成人颞叶组织样本（具体数量未明确说明）
40	2025-07-22	Tumor Expression of CD83 Reduces Glioma Progression and Is Associated with Reduced Immunosuppression 2024-12-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0281 PMID:39601621	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析胶质瘤样本，发现CD83表达与肿瘤生长抑制及免疫微环境改善相关	首次揭示胶质瘤细胞中CD83表达通过调节T细胞功能抑制肿瘤进展的机制	尚未在人体临床试验中验证CD83过表达的治疗效果	探究CD83在胶质瘤免疫抑制微环境中的作用机制	人类和小鼠胶质瘤样本	肿瘤免疫学	胶质瘤	单细胞RNA测序	免疫活性小鼠模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量的人类和小鼠胶质瘤样本