单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-12-21	Flotillin-2 dampens T cell antigen sensitivity and functionality 2024-Dec-20, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182328 PMID:39499901	研究论文	本文研究了膜支架蛋白Flotillin-2对T细胞抗原敏感性和功能的影响	首次报道了Flotillin-2缺失会增加T细胞对抗原的敏感性，增强TCR信号传导和效应功能，并揭示了Flotillin-2通过调节TCR在细胞表面的聚集来调控T细胞功能	研究主要集中在Flotillin-2缺失对T细胞的影响，未探讨其在其他细胞类型中的作用	探讨TCR介导的激活在细胞膜上的调控机制	Flotillin-2对T细胞抗原敏感性和功能的影响	NA	癌症，慢性感染	单细胞RNA测序，超分辨率显微镜	NA	RNA，图像	T细胞特异性Flot2缺陷小鼠，Flot2-null CD4+ T细胞，野生型CD4+ T细胞
22	2024-12-21	A phase 2 pilot study of umbilical cord blood infusion as an adjuvant consolidation therapy in elderly patients with acute myeloid leukemia 2024-Dec-20, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-02065-y PMID:39702351	研究论文	本研究评估了脐带血输注作为老年急性髓性白血病患者辅助巩固治疗的疗效和安全性	首次通过单细胞RNA测序揭示了脐带血具有增强的抗肿瘤和抗衰老特性，并通过激活免疫反应和端粒合成/维持表现出来	本研究为单臂试验，样本量较小，需要进一步的大规模随机对照试验来验证结果	评估脐带血输注作为老年急性髓性白血病患者辅助巩固治疗的疗效和安全性	60岁及以上的急性髓性白血病患者	NA	急性髓性白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA	51名患者
23	2024-12-21	SNRNP70 regulates the splicing of CD55 to promote osteosarcoma progression 2024-Dec-20, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.185269 PMID:39704173	研究论文	研究探讨了SNRNP70在调节CD55剪接以促进骨肉瘤进展中的作用	首次揭示了SNRNP70通过调节CD55的剪接促进骨肉瘤进展的机制，并发现SNRNP70表达的成骨细胞与巨噬细胞通过ADGRE5/CD55信号通路进行交流	研究主要集中在体外和体内实验，缺乏更大规模的临床验证	探讨SNRNP70在骨肉瘤进展中的作用及其机制	SNRNP70、CD55、骨肉瘤细胞及免疫细胞	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括原发性和转移性骨肉瘤样本，具体数量未明确
24	2024-12-21	Multimodal Spatial Profiling Reveals Immune Suppression and Microenvironment Remodeling in Fallopian Tube Precursors to High-Grade Serous Ovarian Carcinoma 2024-Dec-20, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-1366 PMID:39704522	研究论文	本文通过多模态空间分析揭示了从输卵管前体到高级别浆液性卵巢癌的免疫抑制和微环境重塑过程	本文首次整合了高复用成像和空间转录组学技术，分析了不同阶段高级别浆液性卵巢癌发展过程中的人体组织样本，揭示了免疫调节机制和分子变化	本文主要集中在分子层面的分析，未涉及临床试验或治疗效果的验证	探讨从输卵管前体到高级别浆液性卵巢癌发展过程中的分子变化和免疫机制	不同阶段的高级别浆液性卵巢癌组织样本，包括p53特征、浆液性管内上皮癌前病变和侵袭性高级别浆液性卵巢癌	数字病理学	卵巢癌	高复用成像、空间转录组学	NA	图像、基因表达数据	不同阶段的高级别浆液性卵巢癌组织样本
25	2024-12-21	Applications of Nanotechnology for Spatial Omics: Biological Structures and Functions at Nanoscale Resolution 2024-Dec-20, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.4c11505 PMID:39704725	综述	本文综述了纳米技术在空间组学中的应用，重点介绍了其在提高分辨率和通量方面的优势	纳米技术克服了传统工具在空间组学分析中的固有限制，提供了纳米级分辨率的检测方法，并支持多种组学技术的集成	本文主要总结了现有技术和未来挑战，未提供具体实验数据或模型	探讨纳米技术在空间组学中的应用及其对生物结构和功能研究的影响	空间转录组学、蛋白质组学、代谢组学、表观组学和多组学方法	NA	NA	纳米技术、超分辨率显微镜、质谱成像	NA	NA	NA
26	2024-12-21	Metalloprotease inhibitors regulate biliary progenitor cells through sDLK1 in organoid models of liver injury 2024-Dec-19, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI164997 PMID:39699962	研究论文	本文研究了金属蛋白酶抑制剂通过sDLK1调控胆管祖细胞在肝损伤器官模型中的作用	揭示了TIMP/ADAM/NOTCH/DLK1轴在肝祖细胞维持和胆管细胞分化中的作用，并提出了金属蛋白酶抑制剂调控胆管细胞分化和肝祖细胞保存的新机制	NA	研究肝细胞命运调控机制，以推进肝病的细胞治疗	肝祖细胞（LPC）和胆管祖细胞	NA	肝病	RNA-seq	NA	RNA	NA
27	2024-12-21	Predicting lung aging using scRNA-Seq data 2024-Dec-19, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012632 PMID:39700255	研究论文	本文开发了一种名为PolyEN的新回归模型，用于基于单细胞RNA测序数据预测肺部衰老	提出了PolyEN模型，能够学习表达随时间的连续表示，并整合基因以预测年龄，相较于现有方法提高了预测性能	NA	开发一种新的方法来预测基于单细胞RNA测序数据的肺部衰老	非吸烟者和吸烟者的肺部细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-Seq)	回归模型 (PolyEN)	基因表达数据	现有和新的肺部衰老数据
28	2024-12-21	Spatiotemporal Profiling Defines Persistence and Resistance Dynamics During Targeted Treatment of Melanoma 2024-Dec-19, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0690 PMID:39700408	研究论文	本研究通过空间转录组学分析，揭示了黑色素瘤在靶向治疗过程中持久性和抗药性动态变化的时空特征	首次结合空间转录组学和深度学习分析，揭示了黑色素瘤在靶向治疗中的持久状态及其抗药性机制，并识别出潜在的治疗敏感窗口	研究基于患者来源的异种移植模型，结果的外推性可能受限	探讨黑色素瘤在靶向治疗中的持久性和抗药性动态变化，以期发现预防治疗失败的新策略	BRAF突变型黑色素瘤细胞在靶向治疗中的持久状态及其抗药性机制	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组学	深度学习	图像	患者来源的异种移植模型
29	2024-12-21	Correction to: The pathogenesis of endometriosis and adenomyosis: insights from single-cell RNA sequencing 2024-Dec-19, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioae184 PMID:39701072	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
30	2024-12-21	Single-cell RNA sequencing reveals the contribution of smooth muscle cells and endothelial cells to fibrosis in human atrial tissue with atrial fibrillation 2024-Dec-19, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-024-00999-1 PMID:39701940	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了心房颤动患者心房组织中平滑肌细胞和内皮细胞在纤维化中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了心房颤动患者心房组织中的细胞异质性和基因表达变化，揭示了不同细胞类型在疾病过程中的相互作用和信号通路	研究仅限于心房颤动患者的心房组织，未涉及其他组织或疾病状态	探讨心房颤动患者心房组织中细胞异质性和基因表达变化，寻找新的细胞干预靶点	心房颤动患者的心房组织中的平滑肌细胞和内皮细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
31	2024-12-21	FOLR2+ macrophage depletion from intestinal metaplasia to early gastric cancer: single-cell sequencing insight into gastric cancer progression 2024-Dec-19, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03245-y PMID:39702278	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重免疫组化染色，探讨了从肠上皮化生到早期胃癌过程中FOLR2+巨噬细胞的免疫景观及其在胃癌进展中的潜在机制	首次揭示了FOLR2+巨噬细胞在肠上皮化生到早期胃癌进展中的抗肿瘤免疫潜力及其逐渐减少的现象，并阐明了其通过抗原交叉呈递激活CD8+ T细胞的机制	样本量较小，仅包括5例完全肠上皮化生、6例不完全肠上皮化生和4例早期胃癌患者	研究肠上皮化生和早期胃癌的免疫景观及其在胃癌进展中的潜在机制	完全肠上皮化生、不完全肠上皮化生和早期胃癌患者的胃活检样本	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序、多重免疫组化染色、流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据	5例完全肠上皮化生、6例不完全肠上皮化生和4例早期胃癌患者
32	2024-12-21	SNAI1 promotes epithelial-mesenchymal transition and maintains cancer stem cell-like properties in thymic epithelial tumors through the PIK3R2/p-EphA2 Axis 2024-Dec-19, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03243-0 PMID:39702326	研究论文	本研究探讨了SNAI1在胸腺上皮肿瘤中的致癌作用及其通过PIK3R2/p-EphA2轴维持癌症干细胞样特性的机制	首次揭示了SNAI1通过PIK3R2/p-EphA2轴促进上皮-间质转化并维持癌症干细胞样特性的机制	研究主要基于体外和体内实验，需要进一步的临床验证	探讨胸腺上皮肿瘤中的致癌基因及其潜在治疗靶点	胸腺上皮肿瘤及其癌症干细胞样特性	数字病理学	胸腺癌	单细胞RNA测序、CUT&Tag、RNA测序、染色质免疫沉淀、CUT&RUN、荧光素酶报告基因分析、共免疫沉淀、质谱分析、磷酸化蛋白质组学	NA	基因表达数据	使用了来自TCGA数据库的数据以及体外和体内实验样本
33	2024-12-21	Single cell transcriptomics reveals the cellular heterogeneity of keloids and the mechanism of their aggressiveness 2024-Dec-19, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07311-1 PMID:39702490	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了瘢痕疙瘩的细胞异质性及其侵袭性机制	首次通过单细胞RNA测序技术比较了同一患者中瘢痕疙瘩与非侵袭性病理瘢痕的细胞异质性，发现了机械响应性成纤维细胞亚群在瘢痕疙瘩侵袭性中的关键作用	研究样本仅来自同一患者，可能限制了结果的普适性	探讨瘢痕疙瘩的侵袭性机制	瘢痕疙瘩和非侵袭性病理瘢痕的细胞异质性	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	同一患者的瘢痕疙瘩和非侵袭性病理瘢痕样本
34	2024-12-21	Adipocyte-derived CXCL10 in obesity promotes the migration and invasion of ovarian cancer cells 2024-Dec-19, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-024-01568-0 PMID:39702497	研究论文	本文研究了肥胖诱导的脂肪细胞来源的CXCL10在卵巢癌细胞迁移和侵袭中的作用	首次揭示了肥胖通过脂肪细胞来源的CXCL10促进卵巢癌细胞迁移和侵袭的机制	研究仅基于体外实验和单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证	探讨肥胖与卵巢癌迁移和侵袭之间的关系	卵巢癌细胞和肥胖相关的脂肪组织	NA	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	24个常见上调基因
35	2024-12-21	Analysis of immune cell activation in patients with diabetes foot ulcer from the perspective of single cell 2024-Dec-19, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-024-02179-7 PMID:39702546	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析了糖尿病足溃疡患者的免疫细胞激活情况	首次构建了糖尿病和糖尿病足溃疡组织的单细胞生态图谱，并探索了潜在的中药药物靶点基因相互作用网络	研究仅基于单细胞RNA测序数据，未涉及临床试验验证	揭示糖尿病足溃疡的细胞学机制并探索潜在的治疗靶点	糖尿病足溃疡患者的免疫细胞和相关基因	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
36	2024-12-21	Single-cell dissection of multifocal bladder cancer reveals malignant and immune cells variation between primary and recurrent tumor lesions 2024-Dec-19, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07343-7 PMID:39702554	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了多灶性膀胱癌患者的原发性和复发性肿瘤病变，揭示了恶性细胞和免疫细胞在不同病变间的变异	首次揭示了复发性多灶性膀胱癌中恶性细胞的区域转录相似性和细胞间通讯的一致性，并发现了IL4I1酶在复发性肿瘤中的表达偏好及其对肿瘤进展的影响	研究样本量较小，仅包括五名患者，可能影响结果的普适性	探讨多灶性膀胱癌中原发性和复发性肿瘤病变的异质性	多灶性膀胱癌患者的原发性和复发性肿瘤病变	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	五名多灶性膀胱癌患者，包括三例原发性肿瘤和两例复发性肿瘤
37	2024-12-21	Efficacy of CTLA-4 checkpoint therapy is dependent on IL-21 signaling to mediate cytotoxic reprogramming of PD-1+CD8+ T cells 2024-Dec-19, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-02027-0 PMID:39702858	研究论文	本文研究了CTLA-4免疫检查点疗法的疗效依赖于IL-21信号传导，以介导PD-1+CD8+ T细胞的细胞毒性重编程	本文首次揭示了IL-21信号传导在CTLA-4免疫检查点疗法中的关键作用，并展示了与PD-1单药治疗的主要信号差异	本文主要基于B16F10黑色素瘤模型进行研究，其结果在其他肿瘤类型中的适用性尚需进一步验证	探讨CTLA-4和PD-1联合治疗在晚期黑色素瘤患者中的作用机制	晚期黑色素瘤患者的PD-1+CD8+ T细胞	免疫学	黑色素瘤	单细胞转录组分析和T细胞受体谱分析	NA	转录组数据	来自晚期黑色素瘤患者的PD-1CD8 T细胞
38	2024-12-21	Protocol for directly selecting cell type marker genes for single-cell clustering analyses by Festem 2024-Dec-18, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103514 PMID:39700012	研究论文	本文介绍了一种使用Festem方法直接选择细胞类型标记基因进行单细胞RNA测序数据聚类分析的协议	Festem方法通过期望最大化测试实现特征选择，能够直接选择细胞类型标记基因，简化了单细胞RNA测序数据的下游分析流程	NA	提供一种使用Festem方法进行单细胞RNA测序数据分析的详细协议	单细胞RNA测序数据中的细胞类型标记基因选择和聚类分析	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	期望最大化测试	RNA测序数据	NA
39	2024-12-21	The role of CD101 and Tim3 in the immune microenvironment of gastric cancer and their potential as prognostic biomarkers 2024-Dec-18, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113835 PMID:39700955	研究论文	本研究探讨了CD101和Tim3在胃癌免疫微环境中的作用及其作为预后生物标志物的潜力	本研究通过多组学方法识别了与胃癌患者总体生存显著相关的140个基因，并构建了一个基于14个预后基因的风险评分模型，揭示了免疫微环境的变化对患者预后的影响	本研究主要基于基因表达数据，未涉及临床试验验证，未来需要进一步的实验验证和临床研究	揭示胃癌的分子机制，发现新的生物标志物和治疗策略	CD101- Tim3+ CD8+ T细胞和CD101+ Tim3+ CD8+ T细胞在胃癌中的差异表达基因	数字病理学	胃癌	转录组测序、单细胞RNA测序、细胞通讯分析、富集分析	风险评分模型	基因表达数据	NA
40	2024-12-21	Resident synovial macrophages in synovial fluid: Implications for immunoregulation 2024-Dec-17, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2024.110422 PMID:39701169	研究论文	研究探讨了滑液中的驻留滑膜巨噬细胞（RSMs）在免疫调节中的作用及其与滑膜屏障完整性的关系	首次使用体外培养模型验证了RSMs在滑液中的存在及其在炎症性关节炎中的促纤维化和促破骨作用	尚未明确滑膜屏障破坏后RSMs是否持续或引发滑液中的慢性炎症	研究RSMs在滑液中的存在及其与滑膜屏障完整性和关节结构损伤的关系	驻留滑膜巨噬细胞（RSMs）及其在滑液中的作用	NA	关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	组织	使用人滑膜组织创建了体外培养模型