单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2024-12-12	Heterogeneity of tertiary lymphoid structures predicts the response to neoadjuvant therapy and immune microenvironment characteristics in triple-negative breast cancer 2024-Dec-10, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02917-y PMID:39658606	研究论文	本研究探讨了三级淋巴结构（TLSs）在三阴性乳腺癌（TNBC）中的异质性及其对新辅助治疗（NAT）反应和免疫微环境特征的影响	首次通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光（mIF）染色和放射组学技术评估了TLSs和肿瘤微环境（TME）在TNBC患者新辅助治疗前后的变化，并开发了预测TLS状态和NAT疗效的影像学生物标志物评分系统	NA	探讨三级淋巴结构在三阴性乳腺癌中的作用及其对新辅助治疗反应的预测价值	三阴性乳腺癌患者的肿瘤微环境和三级淋巴结构	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光（mIF）染色、放射组学技术	NA	图像、基因表达数据	TNBC患者样本
342	2024-12-12	Single-cell RNA sequencing in stroke and traumatic brain injury: Current achievements, challenges, and future perspectives on transcriptomic profiling 2024-Dec-09, Journal of cerebral blood flow and metabolism : official journal of the International Society of Cerebral Blood Flow and Metabolism IF:4.9Q1 DOI:10.1177/0271678X241305914 PMID:39648853	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在卒中和创伤性脑损伤中的应用，讨论了当前的成就、挑战以及未来的发展方向	本文介绍了scRNA-seq技术的最新进展，包括空间转录组学的应用，以及如何结合蛋白质组学、代谢组学或染色质可及性数据进行未来研究	本文未详细讨论scRNA-seq技术在实际应用中的具体限制，如组织解离过程中引起的细胞应激反应	探讨scRNA-seq技术在卒中和创伤性脑损伤中的应用及其未来发展	卒中和急性创伤性脑损伤的单细胞RNA测序	数字病理学	脑损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
343	2024-12-12	SuperSpot: Coarse Graining Spatial Transcriptomics Data into Metaspots 2024-Dec-09, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae734 PMID:39657949	研究论文	本文介绍了一种名为SuperSpot的工作流程，用于将空间转录组数据中的相邻且转录组相似的spot聚合成metaspots	提出了将相邻且转录组相似的spot聚合成metaspots的方法，以减少数据规模和稀疏性，并促进对大规模空间转录组数据的分析	NA	改进空间转录组数据的分析方法，以更好地表征复杂生物组织的表型和解析细胞微环境	空间转录组数据中的spot	生物信息学	NA	空间转录组技术	NA	转录组数据	NA
344	2024-12-12	Advances in integrating single-cell sequencing data to unravel the mechanism of ferroptosis in cancer 2024-Dec-06, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elae025 PMID:38874174	综述	本文综述了单细胞测序技术在铁死亡相关癌症研究中的进展	单细胞测序技术提供了比传统批量测序更精细的细胞和分子特征信息，有助于揭示铁死亡相关的机制和途径	NA	探讨单细胞测序技术在铁死亡相关癌症研究中的应用	铁死亡相关的途径、免疫检查点、生物标志物以及与铁死亡相关的肿瘤细胞簇	数字病理学	癌症	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
345	2024-12-12	A comprehensive survey of dimensionality reduction and clustering methods for single-cell and spatial transcriptomics data 2024-Dec-06, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elae023 PMID:38860675	综述	本文系统总结了用于单细胞和空间转录组数据降维和聚类分析的最广泛认可的算法	提供了对该领域现有工具的全面总结，为开发新工具提供了有价值的见解和思路	NA	总结单细胞和空间转录组数据降维和聚类分析的算法	单细胞转录组和空间转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组学，空间转录组学	NA	转录组数据	NA
346	2024-12-12	Gene regulatory network inference based on novel ensemble method 2024-Dec-06, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elae036 PMID:39324652	研究论文	本研究提出了一种基于13种基本分类方法和灵活神经树（FNT）的集成方法，以提高基因调控网络（GRN）的识别准确性	开发了一种基于基因编程变体和粒子群优化的混合进化算法来搜索最优的FNT模型，并证明了所提出的集成方法在多个数据集上优于多种现有算法	NA	提高基因调控网络的识别准确性	基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	灵活神经树（FNT）	基因数据	三个模拟数据集和三个真实单细胞RNA-seq数据集
347	2024-12-12	A comprehensive review of approaches for spatial domain recognition of spatial transcriptomes 2024-Dec-06, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elae040 PMID:39426802	综述	本文综述了空间转录组学中空间域识别方法的现状和进展	本文探讨了现有方法的优缺点，并为未来工具开发提供了建议和方向	本文未提及具体方法的局限性，而是从整体上讨论了现有方法的局限性	回顾空间域识别研究的现状和进展，探讨现有方法的优缺点，并提供未来工具开发的建议和方向	空间转录组学中的空间域识别方法	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
348	2024-12-12	Single-cell transcriptome profiling of m6A regulator-mediated methylation modification patterns in elderly acute myeloid leukemia patients 2024-12-06, Molecular biomedicine IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s43556-024-00234-7 PMID:39641872	研究论文	本研究探讨了老年急性髓性白血病患者中单细胞转录组中m6A调控因子介导的甲基化修饰模式及其在造血细胞中的具体作用	首次揭示了m6A调控因子在老年急性髓性白血病患者造血细胞中的异常表达及其通过WNT信号通路和氧化磷酸化途径抑制细胞分化的机制，并提供了潜在的治疗靶点	研究主要基于体外实验和细胞系验证，缺乏临床样本的长期随访数据	揭示m6A甲基化修饰在老年急性髓性白血病患者中的病理机制	老年急性髓性白血病患者的造血干细胞、髓系细胞、T细胞和红细胞	数字病理学	血液肿瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组	使用了THP-1和MV411细胞系进行验证，并进行了外部独立单细胞RNA测序数据集的验证
349	2024-12-12	Human pancreatic cancer single cell atlas reveals association of CXCL10+ fibroblasts and basal subtype tumor cells 2024-Dec-05, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2183 PMID:39636224	研究论文	本文构建了人类胰腺癌的单细胞RNA测序图谱，揭示了CXCL10+成纤维细胞与基底亚型肿瘤细胞之间的关联	发现了CXCL10+癌症相关成纤维细胞与基底亚型肿瘤细胞之间的新型富集和空间关联，并提出了未来靶向治疗的可能性	NA	开发基因组资源，以统计严谨的方式识别潜在的新靶点	胰腺导管腺癌（PDAC）患者的肿瘤细胞和成纤维细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNAseq），空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	229名患者的样本，共700,000个细胞
350	2024-12-12	Magnetic soft microrobots for erectile dysfunction therapy 2024-Dec-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2407809121 PMID:39556757	研究论文	本文开发了一种用于治疗勃起功能障碍的磁性软微机器人，通过嵌入磁性纳米颗粒链的超软水凝胶微球实现间充质干细胞的递送，并展示了其在动物模型中的治疗效果	创新的磁性软微机器人设计，结合了超软水凝胶微球和磁性纳米颗粒链，能够有效递送间充质干细胞并清除活性氧，显著提高干细胞在海绵体组织中的保留率和存活率	NA	开发一种新型微机器人技术，用于改善间充质干细胞在勃起功能障碍治疗中的应用效果	磁性软微机器人、间充质干细胞、勃起功能障碍	NA	男性疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	大鼠和比格犬的勃起功能障碍模型
351	2024-12-12	Rescue of cochlear vascular pathology prevents sensory hair cell loss in Norrie disease 2024-Dec-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2322124121 PMID:39585982	研究论文	研究通过条件激活β-catenin在血管内皮细胞中的稳定表达，探讨其在Norrie疾病小鼠模型中对耳蜗血管病理和感觉毛细胞损失的修复作用	首次证明在耳蜗微血管中，β-catenin是norrin结合内皮细胞表面受体后的主要下游细胞内效应因子，并验证了恢复该信号通路足以防止感觉毛细胞死亡和听力损失	研究仅在动物模型中进行，尚未在人类中验证	探讨Norrie疾病中耳蜗病理的修复机制	Norrie疾病小鼠模型的耳蜗血管病理和感觉毛细胞损失	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	小鼠模型和人类耳蜗样本
352	2024-12-12	Single-Cell Meta-Analysis Uncovers the Pancreatic Endothelial Cell Transcriptomic Signature and Reveals a Key Role for NKX2-3 in PLVAP Expression 2024-Dec, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321781 PMID:39445426	研究论文	本研究通过单细胞元分析揭示了胰腺内皮细胞的转录组特征，并发现NKX2-3在PLVAP表达中的关键作用	首次定义了跨物种和发育阶段的胰腺内皮细胞特异性基因特征，并揭示了NKX2-3作为关键转录因子在胰腺内皮细胞中的作用	研究主要依赖于现有的单细胞RNA测序数据，可能存在数据偏倚	揭示胰腺内皮细胞的转录组特征及其在胰腺血管系统中的作用	胰腺内皮细胞及其特异性基因特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了多个单细胞和单核RNA测序数据集，具体样本数量未明确说明
353	2024-12-12	Rhythmic IL-17 production by γδ T cells maintains adipose de novo lipogenesis 2024-Dec, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08131-3 PMID:39478228	研究论文	本文研究了γδ T细胞产生的IL-17在维持脂肪组织从头脂肪生成中的节律性作用	首次揭示了IL-17产生的γδ T细胞依赖分子钟维持脂肪组织稳态，并展示了其在脂肪库中RORγt和IL-17A的强节律性表达	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证这些发现	探讨免疫系统的昼夜节律在免疫稳态中的作用，特别是IL-17在脂肪组织代谢中的作用	γδ T细胞、不变自然杀伤T细胞、黏膜相关不变T细胞以及脂肪组织中的从头脂肪生成	免疫学	代谢性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
354	2024-12-12	Polyclonal-to-monoclonal transition in colorectal precancerous evolution 2024-Dec, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08133-1 PMID:39478225	研究论文	本文使用基于碱基编辑的DNA条形码系统，在肠道肿瘤发生的小鼠模型中全面绘制了单细胞谱系图谱，揭示了结直肠癌前病变的克隆演化过程	首次通过高分辨率单细胞谱系分析，揭示了结直肠息肉的克隆起源和多克隆到单克隆的转变过程，并发现了早期多克隆病变中的细胞间相互作用	研究主要基于小鼠模型和人类样本的批量测序数据，可能无法完全反映人类结直肠癌前病变的复杂性	揭示结直肠癌前病变的起源和演化过程，为早期干预提供理论基础	小鼠肠道肿瘤模型和人类散发性结直肠息肉	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序、全外显子测序、全基因组测序	NA	单细胞数据	260,922个单细胞，来自正常、炎症和肿瘤性肠道组织
355	2024-12-12	Tau Accumulation Induces Microglial State Alterations in Alzheimer's Disease Model Mice 2024-Dec, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0260-24.2024 PMID:39592224	研究论文	本研究通过向人源化tau的敲入小鼠脑内注射来自人类大脑的tau蛋白，生成了一种新的阿尔茨海默病模型小鼠，并探讨了tau积累对小胶质细胞状态的影响	首次通过空间转录组学和单细胞RNA测序数据，展示了tau传播和积累在阿尔茨海默病模型小鼠脑中诱导疾病相关小胶质细胞表型的现象	需要进一步使用单细胞分辨率的空间转录组学来更准确地解释tau病理对小胶质细胞的影响	探讨tau病理与小胶质细胞状态之间的关系	阿尔茨海默病模型小鼠的小胶质细胞状态	NA	阿尔茨海默病	单核RNA测序，空间转录组学	NA	RNA	人源化tau的敲入小鼠
356	2024-12-12	Research trends and hotspots of the applications of single-cell RNA sequencing in cardiovascular diseases: a bibliometric and visualized study 2024-Dec, Annals of medicine and surgery (2012) DOI:10.1097/MS9.0000000000002681 PMID:39649887	研究论文	本研究通过文献计量学和可视化分析，探讨了单细胞RNA测序在心血管疾病中的应用趋势和热点	首次系统地对单细胞RNA测序在心血管疾病中的应用进行了文献计量学和可视化分析	研究仅基于Web of Science Core Collection数据库中的文献，可能存在一定的偏倚	探讨单细胞RNA测序在心血管疾病中的应用现状和发展趋势	单细胞RNA测序在心血管疾病中的应用文献	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	文本	1170篇文献
357	2024-12-12	Gene regulatory networks in abiotic stress responses via single-cell sequencing and spatial technologies: Advances and opportunities 2024-Dec, Current opinion in plant biology IF:8.3Q1 DOI:10.1016/j.pbi.2024.102662 PMID:39541907	研究论文	本文探讨了单细胞测序和空间技术在解析非生物胁迫响应基因调控网络中的进展、挑战和机遇	利用单细胞RNA测序和空间转录组技术，结合染色质可及性分析，揭示了植物细胞在非生物胁迫下的转录组景观和细胞间相互作用	需要进一步整合多组学数据以发现细胞类型特异性的基因调控网络	增强作物植物对气候变化的适应能力	非生物胁迫响应的基因调控网络	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、染色质可及性分析	NA	基因表达数据	NA
358	2024-12-11	Single-cell RNA sequencing reveals S100A8/A9hi neutrophils-induced endothelial cell death and lymphocyte infiltration after ischemic stroke 2024-Dec-31, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151023 PMID:39579533	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了缺血性中风后中性粒细胞、内皮细胞和T细胞的转录变化	揭示了S100A8/A9高表达的中性粒细胞在缺血性中风后诱导内皮细胞死亡和淋巴细胞浸润的作用，并发现S100A8/A9抑制剂paquinimod对神经保护和减少淋巴细胞浸润的潜在治疗作用	NA	探讨缺血性中风后免疫细胞与血脑屏障的相互作用，寻找潜在的治疗策略	中性粒细胞、内皮细胞、T细胞	数字病理学	中风	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
359	2024-12-11	Revealing the roles of IL-7R in abdominal aortic aneurysm through integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq 2024-Dec-31, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151042 PMID:39586133	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了IL-7R在腹主动脉瘤中的作用	首次通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了IL-7R在腹主动脉瘤中的关键作用及其通过JAK/STAT途径促进IFN-γ分泌和SMC表型转换的机制	研究依赖于公共数据库中的数据，缺乏体内实验验证	揭示IL-7R在腹主动脉瘤中的作用机制，寻找潜在的治疗靶点	腹主动脉瘤组织中的IL-7R表达及其对免疫细胞和SMC的影响	心血管疾病	腹主动脉瘤	单细胞RNA测序，批量RNA测序，免疫荧光染色	NA	RNA	三个批量RNA测序数据集和单细胞RNA测序数据
360	2024-12-11	Single-cell transcriptomic profiling of lung fibroblasts in a bleomycin-induced systemic sclerosis mouse model 2024-Dec-31, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151017 PMID:39608052	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了纤维母细胞在肺纤维化中的作用，并鉴定了两种不同的纤维母细胞亚群	首次通过单细胞RNA测序技术在博莱霉素诱导的系统性硬化症小鼠模型中鉴定了两种不同的纤维母细胞亚群，并揭示了它们在肺纤维化中的分子机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中验证这些发现	探讨纤维母细胞在肺纤维化中的作用及其分子机制	博莱霉素诱导的系统性硬化症小鼠模型中的肺纤维母细胞	数字病理学	系统性硬化症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	博莱霉素诱导的系统性硬化症小鼠模型中的肺纤维母细胞