单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 702 篇文献，本页显示第 321 - 340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2024-12-25 |
Uncovering the molecular networks of ferroptosis in the pathogenesis of type 2 diabetes and its complications: a multi-omics investigation
2024-Dec-23, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-024-01045-w
PMID:39716081
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研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示铁死亡在2型糖尿病及其并发症发病机制中的分子网络 | 首次通过多组学分析揭示铁死亡相关基因在2型糖尿病及其并发症中的作用，并验证了影像基因组学在非侵入性诊断中的潜力 | 研究依赖于现有数据集，可能存在样本偏倚和数据异质性 | 揭示铁死亡在2型糖尿病及其并发症中的作用，并探索非侵入性诊断的可能性 | 2型糖尿病及其并发症，包括糖尿病肾病、糖尿病心肌病和非酒精性脂肪肝病 | NA | 糖尿病 | 多组学分析、孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、蛋白质丰度数据、影像基因组数据 | 包括发现队列、验证队列和影像基因组队列的多个数据集 |
| 322 | 2024-12-25 |
Single-cell transcriptome analysis reveals reciprocal epithelial and endothelial cell evolution in ovarian cancer
2024-Dec-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.111417
PMID:39717089
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了卵巢癌中上皮细胞和内皮细胞的相互进化关系 | 首次揭示了输卵管上皮细胞向卵巢癌上皮细胞的潜在发展趋势，并发现了与肿瘤血管生成相关的内皮细胞亚型 | 研究仅限于卵巢癌中的上皮细胞和内皮细胞，未涉及其他细胞类型 | 探讨卵巢癌发展过程中上皮细胞和内皮细胞的相互作用 | 卵巢癌中的上皮细胞和内皮细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组 | 87,847个上皮细胞和11,696个内皮细胞 |
| 323 | 2024-12-25 |
Current transcriptome database and biomarker discovery for immunotherapy by immune checkpoint blockade
2024-Dec-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.09.627506
PMID:39713380
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综述 | 本文综述了免疫检查点阻断（ICB）疗法的当前转录组数据库和生物标志物发现，重点讨论了肿瘤基因组、肿瘤微环境和肿瘤-宿主相互作用的生物标志物，并介绍了IOhub平台用于基准分析当前生物标志物 | 介绍了IOhub平台，该平台整合了36个bulk和10个单细胞转录组数据集，用于生物标志物的基准分析 | NA | 探讨免疫检查点阻断疗法的生物标志物发现和当前转录组数据库 | 肿瘤基因组、肿瘤微环境和肿瘤-宿主相互作用的生物标志物 | 数字病理学 | 癌症 | 转录组学 | NA | 转录组数据 | 36个bulk和10个单细胞转录组数据集 |
| 324 | 2024-12-25 |
Rates of evolution differ between cell types identified by single-cell RNAseq in threespine stickleback
2024-Dec-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.06.627160
PMID:39713298
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研究论文 | 本文结合单细胞RNA测序（scRNAseq）和进化基因组学，研究了不同细胞类型在进化过程中的基因差异性 | 首次将单细胞RNA测序技术与进化基因组数据结合，揭示了免疫细胞类型的基因进化速度特别快 | 研究仅限于三刺鱼，结果的普适性有待进一步验证 | 探讨不同细胞类型在进化过程中的基因差异性 | 三刺鱼的不同细胞类型及其特征基因的进化速度 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 基因数据 | 多个三刺鱼种群和物种的基因数据 |
| 325 | 2024-12-25 |
Inference and analysis of cell-cell communication of non-myeloid circulating cells in late sepsis based on single-cell RNA-seq
2024-Dec, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/syb2.12109
PMID:39578684
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了晚期脓毒症中非髓系循环细胞间的细胞间通讯 | 揭示了脓毒症患者中细胞间相互作用的数量和强度增加，并发现了几条显著改变的信号通路，特别是传统树突状细胞和浆细胞样树突状细胞中的通路 | NA | 深入理解晚期脓毒症中免疫功能障碍的潜在机制 | 晚期脓毒症中淋巴系来源的白细胞间的细胞间通讯 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 326 | 2024-12-25 |
Identification of CCR7 and CBX6 as key biomarkers in abdominal aortic aneurysm: Insights from multi-omics data and machine learning analysis
2024-Dec, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/syb2.12106
PMID:39602349
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研究论文 | 本研究利用多组学数据和机器学习技术，识别了腹主动脉瘤中的关键生物标志物CCR7和CBX6，并揭示了其免疫机制 | 首次通过多组学数据和机器学习技术识别了腹主动脉瘤中的关键生物标志物CCR7和CBX6，并揭示了它们与免疫细胞浸润的相关性 | 研究主要基于数据分析，缺乏实验验证 | 识别腹主动脉瘤的关键生物标志物并揭示其免疫机制 | 腹主动脉瘤中的关键生物标志物和免疫机制 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 327 | 2024-12-25 |
Cell- and tissue-specific glycosylation pathways informed by single-cell transcriptomics
2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqae169
PMID:39703423
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析了人类组织和细胞类型的糖基化相关基因表达，揭示了细胞和组织特异性糖基化途径 | 首次在糖科学领域应用单细胞转录组学，揭示了糖基化基因和途径的表达层次结构，并展示了细胞和组织特异性糖基化模式 | 研究依赖于Tabula Sapiens数据集，可能无法涵盖所有人类细胞类型和组织 | 探讨单细胞水平上糖基化相关基因的表达模式及其在不同组织和细胞类型中的特异性 | 人类组织和细胞类型的糖基化相关基因表达 | 生物学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | Tabula Sapiens数据集中的人类组织和细胞类型 |
| 328 | 2024-12-25 |
Deep clustering representation of spatially resolved transcriptomics data using multi-view variational graph auto-encoders with consensus clustering
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.11.041
PMID:39717398
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研究论文 | 提出了一种名为STMVGAE的新工具，结合多视图变分图自编码器和共识聚类框架，用于空间转录组数据的深度聚类表示 | STMVGAE通过结合多视图变分图自编码器和共识聚类框架，有效整合了基因表达数据、组织学图像和空间坐标数据，显著提高了聚类精度和稳定性 | NA | 开发一种新的工具，用于准确识别空间转录组数据中的空间域，以支持下游分析 | 空间转录组数据中的空间域识别 | 数字病理学 | NA | 变分图自编码器（VGAE） | 卷积神经网络（CNN） | 图像和基因表达数据 | 五个真实数据集 |
| 329 | 2024-12-24 |
Chondroitin sulfate proteoglycan 4 increases invasion of recessive dystrophic epidermolysis bullosa-associated cutaneous squamous cell carcinoma by modifying transforming growth factor-β signalling
2024-Dec-23, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljae295
PMID:39018437
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研究论文 | 研究评估了硫酸软骨素蛋白聚糖4（CSPG4）在隐性营养不良性大疱性表皮松解症相关皮肤鳞状细胞癌（RDEB cSCC）中的表达和功能，发现CSPG4通过调节转化生长因子-β信号传导增强肿瘤的侵袭性 | 首次揭示了CSPG4在RDEB cSCC中的表达及其通过SMAD3磷酸化增强膜近端TGF-β信号传导的机制 | 研究主要基于体外实验和已发表的单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证 | 评估CSPG4在RDEB cSCC中的表达和功能，探索其作为治疗靶点的潜力 | 隐性营养不良性大疱性表皮松解症相关皮肤鳞状细胞癌（RDEB cSCC）细胞系 | NA | 皮肤鳞状细胞癌 | 免疫组织化学、单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 细胞 | 多个RDEB cSCC细胞系及RDEB cSCC和非RDEB cSCC肿瘤样本 |
| 330 | 2024-12-24 |
scEGOT: single-cell trajectory inference framework based on entropic Gaussian mixture optimal transport
2024-Dec-23, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05988-z
PMID:39710672
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scEGOT的单细胞轨迹推断框架，基于熵高斯混合最优传输理论，用于推断细胞分化轨迹 | scEGOT框架具有高解释性和低计算成本，能够应用于单细胞RNA-seq数据并扩展到其他单细胞数据类型如scATAC-seq | NA | 研究细胞分化机制并推断细胞分化轨迹 | 人类原始生殖细胞样细胞（PGCLC）诱导系统 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 生成模型 | 单细胞数据 | NA |
| 331 | 2024-12-24 |
Elevation of ANXA1 associated with potential protective mechanism against ferroptosis and immune cell infiltration in age-related macular degeneration
2024-Dec-23, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-024-02163-1
PMID:39710756
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研究论文 | 本研究探讨了铁死亡相关基因及其与免疫细胞浸润在年龄相关性黄斑变性（AMD）中的作用 | 本研究首次揭示了ANXA1在AMD中通过抑制铁死亡和调节免疫细胞浸润发挥潜在保护作用 | 本研究主要基于数据集分析和细胞模型验证，未来需要进一步在临床样本中验证ANXA1的作用 | 探讨铁死亡相关基因及其与免疫细胞浸润在AMD中的作用机制 | 年龄相关性黄斑变性（AMD）患者及正常对照的基因表达和免疫细胞浸润情况 | 数字病理学 | 老年性疾病 | RT-qPCR, 免疫荧光, CIBERSORT | NA | 基因表达数据, 单细胞数据 | 来自Gene Expression Omnibus的数据集, 细胞模型和小鼠模型 |
| 332 | 2024-12-24 |
A novel human pluripotent stem cell gene activation system identifies IGFBP2 as a mediator in the production of haematopoietic progenitors in vitro
2024-Dec-23, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.94884
PMID:39714446
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研究论文 | 开发了一种新的可诱导CRISPR介导的激活策略（iCRISPRa），用于驱动多个人类多能干细胞中内源性转录因子的表达，以促进体外造血祖细胞的分化 | 首次使用iCRISPRa系统激活内源性转录因子，并发现IGFBP2在造血祖细胞发育中的关键作用 | 研究主要集中在体外实验，尚未验证该系统在体内环境中的有效性 | 探索从诱导多能干细胞（iPSCs）中生成功能性细胞的方法，并研究造血祖细胞分化的机制 | 人类多能干细胞（iPSCs）及其向造血祖细胞的分化过程 | 干细胞生物学 | NA | CRISPR, 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | RNA | 九个候选转录因子 |
| 333 | 2024-12-24 |
Programmed cell death pathways in lung adenocarcinoma: illuminating tumor drug resistance and therapeutic opportunities through single-cell analysis
2024-Dec-23, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01736-0
PMID:39714518
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了程序性细胞死亡途径在肺腺癌中的作用，揭示了肿瘤异质性、免疫浸润和预后的关系 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了程序性细胞死亡途径在肺腺癌中的作用，并发现了铁死亡和焦亡与良好生存结果的显著关联 | 研究仅限于肺腺癌，且样本量未在摘要中明确提及 | 探讨程序性细胞死亡途径在肺腺癌中的作用，揭示肿瘤药物抵抗和治疗机会的机制 | 肺腺癌中的程序性细胞死亡途径，包括凋亡、坏死、焦亡和铁死亡 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 334 | 2024-12-24 |
Exploring the role of Disulfidptosis in glioma progression: insights into tumor heterogeneity and therapeutic potential through single-cell RNA sequencing
2024-Dec-23, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01685-8
PMID:39714742
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研究论文 | 本研究探讨了Disulfidptosis在胶质瘤进展中的作用，通过单细胞RNA测序揭示肿瘤异质性和治疗潜力 | 首次研究了Disulfidptosis在胶质瘤中的作用，并利用单细胞RNA测序技术揭示了肿瘤异质性和潜在的治疗靶点 | 研究仅基于单细胞RNA测序数据，未进行体内或体外实验验证 | 探讨Disulfidptosis在胶质瘤进展中的作用，并寻找新的治疗靶点 | 胶质瘤细胞及其对Disulfidptosis的响应 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自胶质瘤患者的单细胞RNA测序数据 |
| 335 | 2024-12-24 |
Combination of spatial transcriptomics analysis and retrospective study reveals liver infection of SARS-COV-2 is associated with clinical outcomes of COVID-19
2024-Dec-21, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105517
PMID:39709771
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研究论文 | 本研究结合空间转录组分析和回顾性研究，揭示了SARS-CoV-2感染肝脏与COVID-19临床结果的关联 | 首次通过空间转录组分析和免疫组化技术，揭示了SARS-CoV-2在肝脏中的感染机制及其对临床结果的影响 | 样本量较小，仅基于6名患者的肝脏组织进行分析，且回顾性研究的样本量也有限 | 探讨SARS-CoV-2感染肝脏的机制及其对COVID-19患者临床结果的影响 | COVID-19患者的肝脏组织和临床数据 | 数字病理学 | COVID-19 | 免疫组化（IHC）、10x Genomics Visium CytAssist空间基因分析、TCR CDR3序列分析 | NA | 组织、基因表达数据、临床数据 | 6名COVID-19患者的肝脏组织，650名住院COVID-19患者的临床数据 |
| 336 | 2024-12-24 |
Dynamics of liver cancer cellular taxa revealed through single-cell RNA sequencing: Advances and challenges
2024-Dec-15, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.217394
PMID:39689824
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综述 | 本文综述了通过单细胞RNA测序技术揭示肝癌细胞动态的研究进展和挑战 | 单细胞RNA测序技术揭示了肝癌异质性和肿瘤微环境的关键分子驱动因素和表型景观 | 本文主要讨论了当前研究的挑战和局限性 | 探讨肝癌细胞动态的研究进展和挑战，推动个性化治疗的发展 | 肝癌的细胞动态、肿瘤微环境及其分子驱动因素 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 337 | 2024-12-24 |
Integrative Protocol for Generation of iPSC-Derived 3D Human Hepatic Organoids
2024-Dec-06, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/67070
PMID:39714036
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研究论文 | 本文描述了一种利用人诱导多能干细胞（hiPSCs）生成3D人肝类器官（HHOs）的优化方法 | 提出了一个从hiPSC生成HHOs的直接3D协议，模拟人类胚胎发育阶段，并优化了细胞解离策略以进行单细胞RNA测序 | NA | 开发一种稳定生成肝细胞培养物的方法，以用于肝脏研究 | 人诱导多能干细胞（hiPSCs）生成的3D人肝类器官（HHOs） | NA | NA | 免疫荧光、定量RT-PCR、单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 338 | 2024-12-24 |
Expanding GABAergic Neuronal Diversity in iPSC-Derived Disease Models
2024-Dec-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.03.626438
PMID:39677822
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研究论文 | 本研究开发了一种新策略，通过过表达转录因子ASCL1和DLX2并结合双SMAD和WNT抑制，高效驱动人类多能干细胞分化为多种区域特异性的GABA能神经元类型 | 本研究创新性地整合了转录因子过表达与信号通路抑制，成功分化出多样化的GABA能神经元，并揭示了其命运调控机制 | 传统方法在神经分化、培养周期和PSC系间变异性方面存在挑战 | 开发一种新策略以克服传统方法的局限性，并研究GABA能神经元在神经发育和精神疾病中的作用 | 人类多能干细胞衍生的GABA能神经元及其在疾病模型中的应用 | 神经科学 | 神经发育障碍 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 多种区域特异性的GABA能神经元类型 |
| 339 | 2024-12-24 |
PRDM16 determines specification of ventricular cardiomyocytes by suppressing alternative cell fates
2024-Dec, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202402719
PMID:39304345
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研究论文 | 本文研究了转录因子PRDM16在心脏发育早期阶段的作用，特别是其对心室心肌细胞特化的影响 | 首次证明了PRDM16在心肌细胞中通过抑制其他细胞命运来决定心室心肌细胞的特化 | NA | 探讨PRDM16在心脏发育中的作用及其对心室心肌细胞特化的影响 | PRDM16在心脏发育中的功能及其对心室心肌细胞特化的调控机制 | NA | 心血管疾病 | RNA+ATAC单细胞测序 | NA | RNA数据 | NA |
| 340 | 2024-12-24 |
IGF2BP2 Shapes the Tumor Microenvironment by Regulating Monocyte and Macrophage Recruitment in Bladder Cancer
2024-Dec, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.70506
PMID:39711402
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研究论文 | 本研究探讨了IGF2BP2在膀胱癌肿瘤微环境中的作用，特别是其对单核细胞和巨噬细胞招募的影响 | 首次揭示了IGF2BP2作为m6A阅读子在调节膀胱癌肿瘤微环境中对巨噬细胞招募和极化的关键作用 | 研究主要基于公共数据库的数据分析和体外实验，缺乏体内实验验证 | 探讨IGF2BP2在膀胱癌肿瘤微环境中的作用及其对免疫治疗效果的影响 | IGF2BP2在膀胱癌中的表达及其对肿瘤微环境的影响 | 数字病理学 | 膀胱癌 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 来自公共数据库的转录组和单细胞RNA-seq数据 |