单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2024-12-13	Oligodendroglial heterogeneity in health, disease, and recovery: deeper insights into myelin dynamics 2024-Dec-07, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00694 PMID:39665821	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了少突胶质细胞谱系的新细胞状态，并提出了新的分类系统，以更好地理解少突胶质细胞在生理和病理条件下的动态变化	提出了少突胶质细胞谱系的五种不同细胞状态分类，并标准化了术语，以便跨研究比较和数据整合	NA	深入理解少突胶质细胞在健康、疾病和恢复过程中的动态变化，并为脱髓鞘疾病的研究提供新的视角	少突胶质细胞谱系的细胞状态及其在不同病理条件下的变化	数字病理学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
322	2024-12-13	Microglial polarization pathways and therapeutic drugs targeting activated microglia in traumatic brain injury 2024-Dec-07, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00810 PMID:39665832	综述	本文综述了创伤性脑损伤中微胶质细胞的极化途径及靶向激活微胶质细胞的治疗药物	本文探讨了通过调节Toll样受体4/核因子-kappa B、丝裂原活化蛋白激酶、Janus激酶/信号转导子和转录激活子、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B、Notch和高迁移率族框1等信号通路来减轻微胶质细胞引发的炎症反应，并介绍了基于这些通路的药物和细胞替代治疗策略	药物和间充质干细胞治疗策略的应用仍面临许多挑战，未来需要进一步研究	探讨创伤性脑损伤中微胶质细胞的极化途径及靶向治疗策略	创伤性脑损伤中的微胶质细胞及其极化途径	NA	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序、转录组分析	NA	NA	NA
323	2024-12-13	A low level of tumor necrosis factor α in tumor microenvironment maintains the self-renewal of glioma stem cells by Vasorin-mediated glycolysis 2024-Dec-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae147 PMID:39093693	研究论文	研究探讨了肿瘤微环境中低水平的肿瘤坏死因子α（TNFα）如何通过Vasorin介导的糖酵解维持胶质瘤干细胞（GSCs）的自我更新	首次揭示了TNFα通过Vasorin介导的糖酵解机制维持GSCs自我更新的作用，并解释了内源性TNFα在胶质母细胞瘤（GBM）治疗中失效的原因	研究主要基于体外和体内模型，尚未在临床试验中验证其有效性	探讨TNFα在肿瘤微环境中对GSCs自我更新的影响及其机制	胶质瘤干细胞（GSCs）和肿瘤微环境中的TNFα	数字病理学	脑癌	空间转录组学、免疫印迹、球体形成实验、极限稀释、基因表达分析、质谱、RNA测序、qRT-RNA、免疫荧光、免疫组织化学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中明确提及
324	2024-12-13	Immune landscape of isocitrate dehydrogenase-stratified primary and recurrent human gliomas 2024-Dec-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae139 PMID:39126294	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和光谱细胞术分析了48个人类胶质瘤的免疫景观，揭示了IDH状态、复发和治疗对免疫微环境的影响	发现了22种与胶质瘤免疫相关的免疫细胞类型，并识别出表达颗粒酶的炎症性小胶质细胞亚群，提供了超越M1/M2范式的巨噬细胞极化框架和GlioTIME-36参考签名	NA	研究IDH状态、复发和治疗对人类胶质瘤免疫微环境的影响	人类胶质瘤的免疫细胞和免疫微环境	数字病理学	脑肿瘤	单细胞转录组学，光谱细胞术	NA	转录组数据	48个人类胶质瘤样本，包含超过200万免疫细胞
325	2024-12-13	Omics based technology application in poultry meat research 2024-Dec-05, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2024.104643 PMID:39662255	研究论文	本文探讨了多组学技术在禽肉研究中的应用，涵盖了基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学和脂质组学等领域	本文通过多组学技术和生物信息学方法，深入研究了禽肉质量问题和其他复杂性状的分子机制	NA	本文旨在探讨多组学技术在禽肉研究中的应用，以提高禽肉产品的质量和组成	本文研究对象包括禽肉质量、复杂性状以及鸡胸肌病等	NA	NA	多组学技术（基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、脂质组学）、质谱分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、代谢组数据、脂质组数据	NA
326	2024-12-13	Deletion of RFX6 impairs iPSC-derived islet organoid development and survival, with no impact on PDX1+/NKX6.1+ progenitors 2024-Dec, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06232-2 PMID:39080045	研究论文	研究RFX6缺失对iPSC衍生的胰岛类器官发育和存活的影响，并探讨其在胰腺发育中的具体作用	首次揭示了RFX6在胰腺发育中的保护作用，并通过RNA-seq分析了RFX6缺失对胰腺内分泌分化、胰岛素分泌和离子转运相关基因的下调作用	研究主要集中在体外模型，未能在体内环境中验证RFX6缺失的影响	探讨RFX6在胰腺发育和糖尿病发病机制中的具体作用	RFX6在胰腺发育中的表达及其对iPSC衍生的胰岛类器官发育和存活的影响	干细胞生物学	糖尿病	CRISPR/Cas9, RNA-seq, 单细胞RNA测序	NA	RNA	多个iPSC系和hESC衍生的胰腺细胞
327	2024-12-13	Characterizing the impacts of dataset imbalance on single-cell data integration 2024-Dec, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-02097-9 PMID:38429430	研究论文	本研究探讨了数据集不平衡对单细胞数据整合的影响，并提出了评估和缓解不平衡影响的工具和指南	引入了新的属性（聚合细胞类型支持和最小细胞类型中心距离）来量化不平衡的影响，并提出了平衡聚类指标和不平衡整合指南	未提及具体的局限性	研究数据集不平衡对单细胞转录组数据整合的下游分析和生物学解释的影响	单细胞转录组数据整合方法在不同样本和条件下的表现	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	2600次整合实验
328	2024-12-13	Single-cell atlas of healthy vocal folds and cellular function in the endothelial-to-mesenchymal transition 2024-Dec, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13723 PMID:39245637	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和免疫染色技术，研究了成年Sprague-Dawley大鼠声带的细胞组成和功能	本文首次识别出与上皮-间充质转化相关的上皮细胞亚群，并揭示了其在病理状态下的功能重要性	研究仅限于成年Sprague-Dawley大鼠的声带，未涉及其他物种或病理条件	揭示声带黏膜的细胞和分子框架，并探讨发育通路在癌症病理状态中的功能重要性	成年Sprague-Dawley大鼠的声带细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	5836个细胞
329	2024-12-13	Single-cell transcriptomics reveal distinctive patterns of fibroblast activation in heart failure with preserved ejection fraction 2024-Dec, Basic research in cardiology IF:7.5Q1 DOI:10.1007/s00395-024-01074-w PMID:39311911	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了早期HFpEF小鼠模型中的间质细胞，揭示了心脏纤维母细胞和巨噬细胞亚群的激活模式，并发现了HFpEF特异性的代谢、低氧和炎症转录因子及通路	首次通过单细胞RNA测序技术全面描述了小鼠HFpEF中分子纤维母细胞激活模式，并鉴定了Angiopoietin-like 4作为关键的机制调节因子	研究主要基于小鼠模型，尚未完全验证这些发现是否适用于人类HFpEF患者	识别HFpEF在不良重塑过程中的疾病特异性特征	HFpEF小鼠模型中的间质细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组	小鼠HFpEF模型和HFrEF模型的纤维母细胞，以及人类心肌样本
330	2024-12-13	Omics in allergy and asthma 2024-Dec, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.09.023 PMID:39384073	综述	本文综述了组学技术在过敏和哮喘研究中的变革性影响，重点介绍了基因组学和转录组学相关的高通量技术的进展	单细胞RNA测序技术的快速普及显著提升了对过敏性疾病分子病理学的理解，高通量基因组测序加速了单基因疾病的发现	微生物组学、蛋白质组学、脂质组学和代谢组学等领域虽然迅速发展，但许多当前的研究结果仍缺乏确凿的证据	探讨组学技术在过敏和哮喘研究中的应用，以期通过整合组学数据深入理解疾病机制，推动精准医学的发展	过敏和哮喘的分子病理学及相关的单基因疾病	NA	过敏和哮喘	单细胞RNA测序、高通量基因组测序	NA	基因组数据、转录组数据	NA
331	2024-12-13	A Single-Cell RNA Sequencing Guided Multienzymatic Hydrogel Design for Self-Regenerative Repair in Diabetic Mandibular Defects 2024-Dec, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202410962 PMID:39436107	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术揭示了糖尿病环境下阻碍巨噬细胞极化的关键因素，并设计了一种多酶水凝胶支架用于糖尿病下颌骨缺损的自修复	通过单细胞RNA测序技术指导设计多酶水凝胶支架，显著提升了糖尿病环境下骨组织工程的自修复能力	NA	探索糖尿病环境下骨组织再生的新方法	糖尿病下颌骨缺损中的巨噬细胞、间充质干细胞和内皮细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
332	2024-12-13	AnnoGCD: a generalized category discovery framework for automatic cell type annotation 2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae166 PMID:39660254	研究论文	提出了一种名为AnnoGCD的计算框架，用于单细胞RNA测序数据的自动细胞类型注释	结合了广义类别发现（GCD）和异常检测（AD）的半监督方法，能够在不平衡数据集中准确分类已知细胞类型并发现新类型	NA	解决在开放世界场景中由于预算限制和信息不完整而难以获得大规模标注数据的问题	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	广义类别发现（GCD）和异常检测（AD）	数据	五个人类scRNA-seq数据集和一个小鼠模型图谱
333	2024-12-12	Spatial transcriptomics identifies RBM39 as a gene associated with Gleason score progression in prostate cancer 2024-Dec-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111351 PMID:39650727	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探讨了前列腺癌不同Gleason评分区域的转录组模式，并鉴定了与Gleason评分进展相关的基因RBM39	首次通过空间转录组学技术揭示了前列腺癌不同Gleason评分区域的转录组模式，并验证了RBM39与Gleason评分进展的相关性	研究主要基于Visium空间转录组学数据，可能无法完全捕捉到肿瘤的异质性	探讨前列腺癌不同Gleason评分区域的转录组模式，并鉴定与Gleason评分进展相关的基因	前列腺癌不同Gleason评分区域的转录组	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学	PCA, Louvain聚类分析, inferCNV, DPT, PAGA	转录组数据	NA
334	2024-12-12	Corneal strain influences keratocyte proliferation and migration through upregulation of ALDH3A1 expression 2024-Dec-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202401392R PMID:39652089	研究论文	本研究探讨了角膜应变对角膜基质细胞增殖和迁移的影响，发现应变通过上调ALDH3A1表达抑制细胞增殖	首次揭示了角膜应变通过上调ALDH3A1表达抑制角膜基质细胞增殖和迁移的机制	研究主要集中在体外实验和动物模型，缺乏人体临床数据	探讨角膜应变对角膜基质细胞行为的影响及其分子机制	角膜基质细胞及其在角膜应变下的增殖和迁移行为	NA	NA	RT-qPCR, 免疫荧光染色, RNA干扰, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据, 细胞行为数据	人类角膜基质细胞, 小鼠角膜损伤模型, 圆锥角膜患者角膜基质细胞
335	2024-12-12	mSphere of Influence: How the single cell contributes to the collective 2024-Dec-11, mSphere IF:3.7Q2 DOI:10.1128/msphere.00431-24 PMID:39660837	评论	本文讨论了单细胞RNA测序技术在微生物生态学中的应用及其对研究细菌单细胞在生态系统水平过程贡献的影响	NA	NA	探讨单细胞RNA测序技术在微生物生态学中的应用	细菌单细胞在生态系统水平过程中的贡献	微生物生态学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
336	2024-12-12	Metabolic reprogramming by mutant GNAS creates an actionable dependency in intraductal papillary mucinous neoplasms of the pancreas 2024-Dec-10, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332412 PMID:39277181	研究论文	本文研究了突变型GNAS在胰腺导管内乳头状粘液性肿瘤（IPMN）中的代谢重编程作用，揭示了其在IPMN发病机制中的基因特征和代谢依赖性	本文首次揭示了突变型GNAS R201C表达导致的G(s)alpha信号传导在胰腺肿瘤细胞中诱导胃型化生基因特征和糖酵解依赖性的机制	本文主要基于小鼠模型和细胞系进行研究，尚未在人类IPMN样本中验证这些发现	揭示突变型GNAS R201C表达对IPMN表型、转录组特征和基因组依赖性的影响	胰腺导管内乳头状粘液性肿瘤（IPMN）及其相关细胞系	数字病理学	胰腺癌	CRISPR/Cas9筛选、RNA测序、空间转录组学	NA	RNA	包括小鼠模型和肿瘤衍生细胞系在内的多种样本
337	2024-12-12	Nuclear translocation of plasma membrane protein ADCY7 potentiates T cell-mediated antitumour immunity in HCC 2024-Dec-10, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332902 PMID:39349007	研究论文	本文研究了ADCY7蛋白在肝细胞癌（HCC）中通过核转位增强T细胞介导的抗肿瘤免疫的作用	首次揭示了ADCY7通过核转位作为转录共激活因子促进CCL5表达，从而增强CD8+ T细胞浸润，抑制HCC进展	NA	探讨HCC中导致免疫逃逸的关键基因，并提出重塑HCC微环境的新治疗策略	肝细胞癌（HCC）中的免疫逃逸机制及ADCY7蛋白的功能	数字病理学	肝细胞癌	CRISPR筛选、单细胞RNA测序、流式细胞术、染色质免疫沉淀、共免疫沉淀	NA	基因组数据、单细胞RNA测序数据	使用HCC小鼠模型进行实验
338	2024-12-12	CXCR4-targeted sensitive magnetic particle imaging for abdominal aortic aneurysm early detection and prognosis evaluation by recognizing total inflammatory cells 2024-Dec-10, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae255 PMID:39658102	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序识别腹主动脉瘤（AAA）中最有效的炎症标志物CXCR4，并开发了靶向CXCR4的磁性纳米颗粒探针，用于多模态成像以实现AAA的早期检测和预后评估	首次开发了靶向CXCR4的磁性纳米颗粒探针，结合磁粒子成像（MPI）和荧光成像（FLI），提供了一种新的AAA预后预测和早期检测方法	研究主要在鼠模型中进行，尚未在人体中验证其有效性和安全性	开发一种新的成像技术，用于腹主动脉瘤的早期检测和预后评估	腹主动脉瘤（AAA）及其相关的免疫细胞和炎症血管细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	图像	使用了GSE155468和GSE166676数据集中的单细胞RNA测序数据，并在鼠模型中进行了验证
339	2024-12-12	RNA isoform diversity in human neurodegenerative diseases 2024-Dec-10, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0296-24.2024 PMID:39658200	研究论文	本文结合10X Genomics短读长单核RNA测序和PacBio长读长单核RNA测序，研究了与神经退行性疾病相关的基因在单细胞水平上的RNA异构体多样性	本文首次在单细胞水平上结合短读长和长读长测序技术，揭示了人类前额叶皮层中与神经退行性疾病相关的基因的RNA异构体多样性，并开发了一种用于检测异构体结构差异的信息学方法	本文仅比较了阿尔茨海默病、路易体痴呆和帕金森病三种神经退行性疾病，且样本量有限	研究人类神经退行性疾病中RNA异构体的多样性及其潜在的疾病特征和治疗靶点	人类前额叶皮层样本中的单核RNA异构体	数字病理学	神经退行性疾病	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA	25名阿尔茨海默病、路易体痴呆或帕金森病患者及年龄匹配的对照组样本，共分析了超过165,000个细胞
340	2024-12-12	Integration of lipidomics with targeted, single cell, and spatial transcriptomics defines an unresolved pro-inflammatory state in colon cancer 2024-Dec-10, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332535 PMID:39658263	研究论文	本文研究了结直肠癌（CRC）中脂质失调与炎症无法消退之间的关系	首次整合脂质组学、单细胞和空间转录组学数据，揭示了CRC中脂质类转换缺陷导致的持续炎症状态	研究样本量有限，且未进行临床治疗验证	探讨结直肠癌中脂质失调是否由炎症无法消退引起	结直肠癌和正常组织的脂质组学和转录组学特征	数字病理学	结直肠癌	液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）、定量逆转录PCR、空间转录组学	NA	基因表达数据	40个结直肠癌和正常配对样本，81个结直肠癌和正常配对样本