单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2024-12-29	Single-cell RNA sequencing reveals transcriptional changes in circulating immune cells from patients with severe asthma induced by biologics 2024-Dec, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01368-y PMID:39672815	研究论文	本文通过单细胞RNA测序揭示了严重嗜酸性粒细胞性哮喘患者在使用生物制剂治疗后循环免疫细胞的转录变化	首次使用单细胞RNA测序技术详细描述了T2靶向生物制剂对血液免疫细胞基因表达的影响，并揭示了NF-κB信号通路的下调	样本量较小，仅包括8名患者，且需要进一步研究以确定与治疗反应和长期结果相关的潜在生物标志物	描述T2靶向生物制剂对血液免疫细胞基因表达的影响	严重嗜酸性粒细胞性哮喘患者的循环免疫细胞	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	8名严重嗜酸性粒细胞性哮喘患者
322	2024-12-29	Bulk and Single-Cell Transcriptome Analyses Unravel Gene Signatures of Mitochondria-Associated Programmed Cell Death in Diabetic Foot Ulcer 2024-Dec, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70319 PMID:39730319	研究论文	本研究通过转录组分析揭示了糖尿病足溃疡中线粒体相关程序性细胞死亡的关键基因和细胞类型	首次在单细胞水平上验证了糖尿病足溃疡中线粒体相关程序性细胞死亡的关键基因和细胞类型，并探索了调控这些基因的转录因子	研究样本量未明确提及，可能限制了结果的普适性	揭示糖尿病足溃疡中线粒体相关程序性细胞死亡的基因特征和关键细胞类型	糖尿病足溃疡患者	数字病理学	糖尿病足溃疡	转录组分析、蛋白质-蛋白质相互作用分析、随机森林分析、实时聚合酶链反应分析	NA	转录组数据、单细胞数据	NA
323	2024-12-28	Three-dimensional single-cell transcriptome imaging of thick tissues 2024-Dec-27, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.90029 PMID:39727221	研究论文	本文提出了一种用于厚组织的三维单细胞转录组成像方法	首次将MERFISH技术应用于厚度达200 µm的厚组织样本，并结合共聚焦显微镜和深度学习提高成像速度和质量	目前仅在小鼠脑组织切片上进行了验证，尚未在其他组织或生物体中广泛应用	开发一种能够在厚组织中进行三维单细胞转录组成像的技术	小鼠脑组织切片	空间基因组学	NA	MERFISH, 共聚焦显微镜, 深度学习	深度学习	图像	厚度达200 µm的小鼠脑组织切片
324	2024-12-28	Exploring the molecular mechanism of estrogen therapy effectiveness after TCRA in IUA patients at single-cell level 2024-Dec-26, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-024-00583-x PMID:39722036	研究论文	本文通过单细胞转录组测序探索了雌激素治疗在TCRA后IUA患者中的分子机制	首次在单细胞水平上建立了对雌激素治疗有反应和无反应患者的子宫内膜单细胞图谱，揭示了不同细胞亚型在治疗反应中的差异	样本量较小，仅包括10个人类子宫内膜样本	探索雌激素治疗在TCRA后IUA患者中疗效差异的分子机制	IUA患者的子宫内膜样本	数字病理学	妇科疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	10个人类子宫内膜样本
325	2024-12-28	Single-cell RNA sequencing reveals the critical role of alternative splicing in cattle testicular spermatagonia 2024-Dec-26, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-024-00579-7 PMID:39726007	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了牛睾丸精原细胞中可变剪接的关键作用	首次在牛睾丸精原细胞中揭示了YY1调控的可变剪接活动及其对剪接体蛋白的靶向作用	样本仅来自五头荷斯坦公牛，可能限制了结果的普适性	研究牛睾丸精原细胞中可变剪接的作用及其在精原细胞发育中的功能	牛睾丸精原细胞	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	来自五头荷斯坦公牛的26,888个睾丸细胞
326	2024-12-28	Integrating single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq to construct a neutrophil prognostic model for predicting prognosis and immune response in oral squamous cell carcinoma 2024-Dec-26, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-024-00712-7 PMID:39726033	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了一个用于预测口腔鳞状细胞癌预后和免疫反应的中性粒细胞预后模型	首次整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建中性粒细胞预后模型，并揭示其在口腔鳞状细胞癌中的关键作用	研究依赖于现有数据集，未进行实验验证，可能影响模型的普适性	构建中性粒细胞预后模型，预测口腔鳞状细胞癌的预后和免疫反应	口腔鳞状细胞癌患者	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq），加权基因共表达网络分析（hdWGCNA）	Lasso-Cox回归模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
327	2024-12-28	SPP1+ macrophages promote head and neck squamous cell carcinoma progression by secreting TNF-α and IL-1β 2024-Dec-26, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03255-w PMID:39726047	研究论文	本研究探讨了SPP1+巨噬细胞在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）恶性进展中的作用及其机制	首次揭示了SPP1+巨噬细胞通过分泌TNF-α和IL-1β促进HNSCC进展的机制，并验证了其作为抗肿瘤治疗潜在靶点的可能性	样本量较小，仅涉及5名HNSCC患者，且未探讨SPP1+巨噬细胞在其他类型癌症中的作用	识别和验证SPP1+巨噬细胞在HNSCC恶性进展中的角色和功能	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者及其肿瘤组织	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-qPCR、多重免疫组化染色、多重免疫荧光染色、Luminex液体悬浮芯片检测	NA	RNA测序数据、免疫组化数据、免疫荧光数据、细胞因子检测数据	5名HNSCC患者的配对肿瘤和正常组织
328	2024-12-28	PKM2-mediated STAT3 phosphorylation promotes acute liver failure via regulating NLRP3-dependent pyroptosis 2024-Dec-25, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07227-w PMID:39722076	研究论文	本文探讨了PKM2通过调节STAT3磷酸化促进急性肝衰竭的机制，特别是通过调控NLRP3依赖的细胞焦亡	揭示了PKM2作为NLRP3的非代谢调节因子，通过核转位与STAT3结合，增强其磷酸化并招募到NLRP3启动子区域，从而增加NLRP3表达的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究PKM2在急性肝衰竭中的作用机制，特别是其通过NLRP3介导的细胞焦亡调控炎症反应的机制	急性肝衰竭小鼠模型及肝脏巨噬细胞	生物医学	急性肝衰竭	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	D-半乳糖胺/LPS诱导的急性肝衰竭小鼠
329	2024-12-28	Comprehensive analysis identifies a lactylation-related signature for predicting prognosis and guiding therapies in colon adenocarcinoma 2024-Dec-24, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2024.149191 PMID:39724993	研究论文	本研究旨在识别与乳酸化相关的基因特征，用于预测结肠腺癌的预后并指导治疗	首次提出与乳酸化相关的3基因特征（SUSD5, FABP4, CALB2），并验证其在多个独立队列中的预测性能	研究主要依赖于公共数据库的多组学数据，缺乏实验验证的广泛性	解决结肠腺癌预后预测中的肿瘤异质性和治疗反应差异问题	结肠腺癌（COAD）患者	生物信息学	结肠癌	LASSO回归分析、Cox风险模型、功能富集分析、免疫浸润分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达谱、临床数据、乳酸化相关基因（LRGs）	四个独立COAD队列（GSE39582, GSE71187, GSE75500, GSE17536）
330	2024-12-28	Driver mutation landscape of acute myeloid leukemia provides insights for neoantigen-based immunotherapy 2024-Dec-24, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217427 PMID:39725148	研究论文	本研究通过DNA和RNA测序，全面分析了急性髓性白血病（AML）的驱动突变及其对患者预后和免疫微环境的影响，为基于新抗原的免疫治疗提供了新的见解	首次全面描绘了AML的新抗原景观，开发了两种表位免疫原性模型，并通过实验验证了30个新抗原的免疫原性	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索AML驱动突变产生的新抗原及其对免疫治疗的影响	304名AML患者及其匹配的DNA和RNA测序数据，以及约2,500例AML病例的整合数据	数字病理学	急性髓性白血病	DNA测序, RNA测序, 单细胞RNA测序, 多参数流式细胞术	表位免疫原性模型	DNA, RNA, 单细胞RNA测序数据	304名AML患者及约2,500例AML病例
331	2024-12-28	Decoding Kidney Pathophysiology: Omics-Driven Approaches in Precision Medicine 2024-Dec-19, Journal of personalized medicine IF:3.0Q1 DOI:10.3390/jpm14121157 PMID:39728069	研究论文	本文探讨了利用多组学技术在精准医学中解码肾脏病理生理学的方法	结合基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学和表观基因组学等多组学技术，识别疾病亚型、分子生物标志物和治疗靶点，推动个性化治疗	数据整合问题、高成本和伦理困境等挑战仍然存在	通过精准医学改善肾脏疾病的诊断、风险评估和个性化治疗	慢性肾脏病（CKD）	精准医学	慢性肾脏病	基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、表观基因组学、单细胞转录组学、空间转录组学	机器学习和因果推理模型	多组学数据	NA
332	2024-12-28	MitoSort: Robust Demultiplexing of Pooled Single-cell Genomic Data Using Endogenous Mitochondrial Variants 2024-Dec-03, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae073 PMID:39404807	研究论文	本文提出了一种名为MitoSort的工具，利用线粒体种系变异对单细胞基因组数据进行样本去复用和交叉基因型双联体检测	MitoSort使用线粒体种系变异作为内源性条形码，解决了现有工具在单细胞测序方法中覆盖核基因组区域不足的局限性	MitoSort的应用依赖于线粒体变异的可靠检测，可能在某些情况下受到限制	开发一种高效且准确的方法，用于单细胞基因组数据中的样本去复用和双联体检测	单细胞基因组数据，特别是单细胞ATAC-seq数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	单细胞基因组数据	八个供体的B细胞
333	2024-12-28	Isolation and Comprehensive Analysis of Cochlear Tissue-Derived Small Extracellular Vesicles 2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202408964 PMID:39497619	研究论文	本研究评估了三种耳蜗组织消化和耳蜗组织来源的小细胞外囊泡（CDsEV）分离方法，并首次提出使用胶原酶D和DNase І结合蔗糖密度梯度离心法作为分离CDsEV的最佳方法	首次提出使用胶原酶D和DNase І结合蔗糖密度梯度离心法作为分离CDsEV的最佳方法，并全面研究了CDsEV的内容物和细胞来源	NA	评估耳蜗组织来源的小细胞外囊泡（CDsEV）的分离方法，并研究其内容物和细胞来源	耳蜗组织来源的小细胞外囊泡（CDsEV）	生物医学	NA	小RNA测序、蛋白质组学、单CDsEV测序、单细胞RNA测序	NA	RNA、蛋白质	NA
334	2024-12-28	Sirtuin1 Suppresses Calcium Oxalate Nephropathy via Inhibition of Renal Proximal Tubular Cell Ferroptosis Through PGC-1α-mediated Transcriptional Coactivation 2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202408945 PMID:39498889	研究论文	本文通过单细胞转录组测序研究了草酸钙晶体诱导的肾小管上皮细胞损伤及其机制	揭示了Sirtuin1通过PGC-1α介导的转录共激活抑制肾小管细胞铁死亡的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨草酸钙晶体诱导的肾损伤机制及其潜在治疗靶点	小鼠肾脏样本中的肾近端小管细胞	生物医学	肾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	小鼠肾脏样本
335	2024-12-28	Neonatal Brain Injury Triggers Niche-Specific Changes to Cellular Biogeography 2024-Dec, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0224-24.2024 PMID:39681473	研究论文	本文通过高分辨率成像空间转录组学技术，构建了新生小鼠脑损伤后的全脑再生反应图谱，揭示了慢性缺氧对早期神经发育的影响	开发了一种新的方法来推断细胞类型空间邻近性的条件相关差异，从而识别细胞结构的特定区域变化	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨新生儿脑损伤后的分子机制，特别是慢性缺氧对神经发育的影响	新生小鼠的脑组织	数字病理学	新生儿脑损伤	高分辨率成像空间转录组学	NA	空间转录组数据	超过800,000个细胞
336	2024-12-28	Comprehensive Analysis of Bulk RNA-Seq and Single-Cell RNA-Seq Data Unveils Sevoflurane-Induced Neurotoxicity Through SLC7A11-Associated Ferroptosis 2024-Dec, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70307 PMID:39724413	研究论文	本研究通过分析bulk RNA-Seq和单细胞RNA-Seq数据，揭示了七氟醚通过SLC7A11相关的铁死亡诱导神经毒性的机制	首次发现七氟醚通过SLC7A11调控星形胶质细胞铁死亡，提供了七氟醚相关神经毒性通路的新见解	研究主要基于小鼠模型和U251星形胶质瘤细胞，尚未在人类样本中验证	探讨七氟醚对认知功能和神经发育的潜在影响，特别是对易感人群如婴儿和老年人的影响	七氟醚暴露的小鼠和U251星形胶质瘤细胞	神经科学	神经毒性	bulk RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq (scRNA-seq)	NA	RNA-Seq数据	七氟醚暴露的小鼠和U251星形胶质瘤细胞
337	2024-12-26	Guided monocyte fate to FRβ/CD163+ S1 macrophage antagonises atopic dermatitis via fibroblastic matrices in mouse hypodermis 2024-Dec-25, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-024-05543-2 PMID:39720957	研究论文	本文通过单细胞转录组学和流式细胞术研究了巨噬细胞在特应性皮炎中的状态变化，揭示了调控单核细胞获得S1身份的机制，并展示了通过外源性层粘连蛋白211促进单核细胞向S1巨噬细胞分化以缓解皮炎的效果	揭示了特应性皮炎中巨噬细胞S1亚型耗竭的机制，并首次展示了通过外源性层粘连蛋白211促进单核细胞向S1巨噬细胞分化以缓解皮炎的新方法	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	研究巨噬细胞在特应性皮炎中的状态变化及其调控机制，探索通过干预巨噬细胞分化缓解皮炎的可能性	小鼠皮肤中的巨噬细胞和单核细胞	免疫学	特应性皮炎	单细胞转录组学、流式细胞术	NA	基因表达数据、细胞表型数据	NA
338	2024-12-26	Single cell profiling of hematopoietic stem cell transplant recipients reveals TGF-β1 and IL-2 confer immunoregulatory functions to NK cells 2024-Dec-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111416 PMID:39720529	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了在造血干细胞移植受者中，TGF-β1和IL-2如何赋予NK细胞免疫调节功能	首次定义了在造血干细胞移植后，CD56NK细胞群体与急性移植物抗宿主病（GVHD）保护之间的关联，并阐明了IL-2和TGF-β1联合作用在促进NK细胞调节表型中的角色	诱导的调节性NK细胞表型不稳定，暴露于不同细胞因子后会失去分泌TGF-β1的能力	研究造血干细胞移植后NK细胞的免疫调节功能	造血干细胞移植受者的NK细胞	免疫学	移植物抗宿主病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	造血干细胞移植受者的NK细胞样本
339	2024-12-26	Myeloperoxidase and Thyrotropin-Releasing Hormone Within Leukaemia Stem Cells Increased Chemosensitivity in Acute Myeloid Leukaemia 2024-Dec, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70306 PMID:39720891	研究论文	本研究探讨了白血病干细胞（LSCs）中的髓过氧化物酶（MPO）和促甲状腺激素释放激素（TRH）在急性髓性白血病（AML）化疗敏感性中的作用	首次在LSCs中识别出MPO和TRH作为AML化疗敏感性的潜在生物标志物，并发现其与患者无复发生存率和总生存率的显著相关性	样本量较小（20名患者），且仅涉及接受'7+3'诱导治疗的患者，可能限制结果的普遍性	识别LSCs中能预测AML化疗敏感性的生物标志物	急性髓性白血病（AML）患者	生物医学研究	白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	20名新诊断的AML患者
340	2024-12-26	Single-Cell RNA-Seq Reveals Injuries in Aortic Dissection and Identifies PDGF Signalling Pathway as a Potential Therapeutic Target 2024-Dec, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70293 PMID:39720896	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了主动脉夹层中的细胞异质性及相关损伤，并识别出PDGF信号通路作为潜在的治疗靶点	首次应用单细胞RNA测序技术全面解析主动脉夹层的细胞异质性，并发现PDGF信号通路在疾病中的关键作用	样本量较小，且未进行长期随访以验证治疗靶点的临床效果	揭示主动脉夹层的细胞异质性及分子机制，探索潜在治疗靶点	主动脉夹层患者及非主动脉夹层供体的主动脉细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	主动脉夹层患者及非主动脉夹层供体的主动脉细胞