单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2025-01-01	Interpretable machine learning-driven biomarker identification and validation for Alzheimer's disease 2024-12-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-80401-6 PMID:39730451	研究论文	本研究结合生物信息学方法和可解释的机器学习，识别并验证了阿尔茨海默病的可靠生物标志物	引入了交互式SHAP面板用于精确决策，并通过可解释的机器学习诊断模型提供了新的生物标志物识别见解，特别是MYH9作为潜在的新生物标志物	RHOQ在AD细胞模型和人脑组织样本中的mRNA表达模式相反，其作用仍需进一步探索	提高阿尔茨海默病的早期检测和诊断准确性，改善干预效果	阿尔茨海默病	机器学习	阿尔茨海默病	差异表达基因分析、加权基因共表达网络分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络构建、单细胞转录组分析	机器学习算法、SHAP	基因表达数据	GEO数据库中的AD数据集
302	2025-01-01	Prognostic model based on tumor stemness genes for triple-negative breast cancer 2024-12-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-81503-x PMID:39730613	研究论文	本研究基于单细胞RNA测序数据，从肿瘤干细胞性的角度分析三阴性乳腺癌，并开发了一个基于7个肿瘤干细胞相关基因的预后模型	首次从肿瘤干细胞性的角度对三阴性乳腺癌进行分析，并开发了一个基于特定亚型标记基因的预后模型	研究结果需要进一步在更大规模的临床样本中进行验证	开发一个基于肿瘤干细胞相关基因的三阴性乳腺癌预后模型	三阴性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq	预后模型	基因表达数据	NA
303	2025-01-01	Single-cell RNA sequencing of peripheral blood links cell-type-specific regulation of splicing to autoimmune and inflammatory diseases 2024-Dec, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02019-8 PMID:39627432	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了外周血中细胞类型特异性剪接调控与自身免疫和炎症疾病的关系	首次在亚洲免疫多样性图谱中，揭示了细胞类型特异性、性别偏向性和祖先偏向性的剪接差异，并发现了与自身免疫和炎症疾病遗传性相关的cis-sQTL效应	研究样本主要来自健康捐赠者，未涉及疾病患者，可能限制了结果的广泛适用性	探讨剪接调控在复杂疾病中的作用，特别是在不同遗传背景下的细胞类型特异性差异	474名健康捐赠者的约100万个外周血单核细胞	生物信息学	自身免疫和炎症疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	474名健康捐赠者的约100万个外周血单核细胞
304	2024-12-31	Tumor-derived CCL15 regulates RNA m6A methylation in cancer-associated fibroblasts to promote hepatocellular carcinoma growth 2024-Dec-27, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217420 PMID:39734010	研究论文	本文揭示了CCL15在肝细胞癌（HCC）进展中的关键作用，通过调节癌症相关成纤维细胞（CAFs）中的RNA m6A甲基化促进HCC生长	首次发现CCL15通过STAT3通路诱导CAFs中FTO的表达，进而调控CEBPA mRNA的m6A甲基化，揭示了CCL15在HCC细胞与CAFs之间的新型调控轴	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床患者中进行验证	探讨CCL15在HCC生长中的具体作用和机制	肝细胞癌（HCC）细胞和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	癌症生物学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、免疫荧光、共培养实验、类器官模型、异种移植模型、m6A测序、RNA测序	NA	RNA测序数据、免疫荧光图像	NA
305	2024-12-31	Targeting UBE2T suppresses breast cancer stemness through CBX6-mediated transcriptional repression of SOX2 and NANOG 2024-Dec-21, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217409 PMID:39716485	研究论文	本文揭示了UBE2T通过CBX6介导的转录抑制调控乳腺癌干细胞（BCSC）干性的机制，并提出了潜在的治疗策略	首次发现UBE2T通过TRIM25介导的CBX6泛素化降解调控SOX2和NANOG的转录，从而影响BCSC干性	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	研究UBE2T在乳腺癌干细胞干性调控中的作用及其潜在治疗策略	乳腺癌干细胞（BCSCs）	癌症生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），干性指数分析	NA	基因表达数据	NA
306	2024-12-31	Imaging spatial transcriptomics reveals molecular patterns of vulnerability to pathology in a transgenic α-synucleinopathy model 2024-Dec-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.31.606032 PMID:39372781	研究论文	本文利用成像空间转录组学技术，研究了转基因α-突触核蛋白病模型中分子模式对病理的脆弱性	首次结合成像空间转录组学和免疫荧光技术，在同一组织切片中识别出易受α-突触核蛋白磷酸化病理影响的神经元亚型，并揭示了其转录基础	研究仅限于转基因小鼠模型，可能无法完全反映人类疾病情况	探讨帕金森病和路易体痴呆中α-突触核蛋白病理的分子机制	转基因人α-突触核蛋白过表达小鼠的皮质和海马神经元	数字病理学	帕金森病	成像空间转录组学（IST）、免疫荧光	转基因小鼠模型	图像、转录组数据	NA
307	2024-12-31	A specific gene expression program underlies antigen archiving by lymphatic endothelial cells in mammalian lymph nodes 2024-Dec-10, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5493746/v1 PMID:39711554	研究论文	本文研究了淋巴结中淋巴管内皮细胞（LEC）如何实现持久抗原存档及其独特的转录程序	通过单细胞测序和空间转录组学，确定了LEC亚群和树突状细胞在免疫后多个时间点的抗原水平，并发现了一种独特的转录程序，可以预测不同疾病状态和生物体中的抗原存档能力	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步扩展	探究LEC如何实现持久抗原存档及其独特的转录程序	淋巴结中的淋巴管内皮细胞（LEC）和树突状细胞	生物信息学	NA	单细胞测序，空间转录组学	机器学习	基因表达数据	小鼠和人类独立数据集
308	2024-12-31	Single-cell RNA sequencing offers opportunities to explore the depth of physiology, adaptation, and biochemistry in non-model organisms exposed to pollution 2024-Dec, Comparative biochemistry and physiology. Part D, Genomics & proteomics DOI:10.1016/j.cbd.2024.101339 PMID:39393164	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在非模式生物污染暴露研究中的应用	强调了单细胞RNA测序技术在揭示非模式生物对环境污染反应的分子机制中的潜力	主要基于已发表文献的分析，缺乏新的实验数据	探讨单细胞RNA测序技术在非模式生物污染暴露研究中的应用	非模式生物	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	NA
309	2024-12-30	scRNA + BCR-seq identifies proportions and characteristics of dual BCR B cells in the peritoneal cavity of mice and peripheral blood of healthy human donors across different ages 2024-Dec-28, Immunity & ageing : I & A IF:5.2Q1 DOI:10.1186/s12979-024-00493-6 PMID:39732722	研究论文	本研究利用scRNA-seq和scBCR-seq技术，探讨了小鼠腹膜和健康志愿者外周血中双受体B细胞的存在及其与年龄的关系	首次揭示了老年小鼠和健康志愿者中双受体B细胞的比例和特性，并发现这些细胞在老年个体中显著增加	研究样本主要来自小鼠和健康志愿者，未涉及疾病状态下的双受体B细胞	探讨双受体B细胞在不同年龄个体中的存在及其特性	小鼠腹膜和健康志愿者外周血中的B细胞	免疫学	NA	scRNA-seq, scBCR-seq	NA	单细胞RNA测序数据, B细胞受体测序数据	小鼠和不同年龄的健康志愿者
310	2024-12-30	TIM3 on natural killer cells regulates antibody-dependent cellular cytotoxicity in HER2-positive gastric cancer 2024-Dec-24, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217412 PMID:39722406	研究论文	本研究探讨了TIM3在自然杀伤细胞（NK细胞）上对HER2阳性胃癌（GC）中抗体依赖性细胞毒性（ADCC）的调节作用	首次揭示了TIM3在NK细胞中的表达与CD16的相关性，并提出了抗TIM3抗体与曲妥珠单抗联合治疗HER2阳性胃癌的新策略	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证其效果	研究HER2阳性胃癌中NK细胞的免疫检查点分子与曲妥珠单抗诱导的ADCC之间的关系	HER2阳性胃癌患者和HER2转染的胃癌细胞	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和免疫组织化学	小鼠HER2阳性胃癌模型	基因表达数据和免疫组化数据	HER2阳性胃癌患者和小鼠模型
311	2024-12-30	Single-cell transcriptome profiling identifies the activation of type I interferon signaling in ossified posterior longitudinal ligament 2024-Dec, Frontiers of medicine IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11684-024-1075-5 PMID:39441507	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了I型干扰素信号在OPLL患者骨化韧带中的激活，并探讨了其在骨化过程中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了I型干扰素信号在OPLL骨化过程中的激活，并验证了其在体外促进成骨分化的作用	研究主要基于体外实验，尚未在体内模型中验证I型干扰素信号阻断对OPLL的预防效果	探讨OPLL的分子机制及潜在预防干预措施	OPLL患者的骨化韧带	数字病理学	脊柱疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	OPLL患者的骨化韧带样本
312	2024-12-30	Immunological face of megakaryocytes 2024-Dec, Frontiers of medicine IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11684-024-1087-1 PMID:39542989	综述	本文综述了巨核细胞（MKs）在免疫系统中的新兴角色及其在生理和病理环境中的功能	揭示了巨核细胞作为独特免疫细胞的多样化能力，并发现了具有免疫调节功能的‘免疫巨核细胞’亚群	需要进一步研究确定巨核细胞的免疫功能是由整个巨核细胞群体还是特定亚群执行	探讨巨核细胞在免疫系统中的功能及其在生理和病理环境中的作用	巨核细胞及其免疫功能	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
313	2024-12-29	Unveiling chemotherapy-induced immune landscape remodeling and metabolic reprogramming in lung adenocarcinoma by scRNA-sequencing 2024-Dec-27, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.95988 PMID:39729352	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了化疗对肺腺癌免疫景观和代谢重编程的影响	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析化疗对肺腺癌免疫细胞和代谢的影响，并识别了两种巨噬细胞亚型	样本量较小，仅涉及9名患者，可能影响结果的普遍性	探讨化疗和免疫治疗对肺腺癌患者的影响，特别是免疫景观和代谢重编程	肺腺癌患者的肿瘤样本	数字病理学	肺癌	scRNA-seq, 流式细胞术, 免疫荧光, Seahorse检测, 肿瘤异种移植模型	NA	单细胞RNA测序数据	9名肺腺癌患者的83,622个细胞
314	2024-12-29	Itaconate facilitates viral infection via alkylating GDI2 and retaining Rab GTPase on the membrane 2024-Dec-27, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-02077-8 PMID:39730330	研究论文	本文探讨了代谢物衣康酸通过烷基化GDI2并保留Rab GTPase在膜上，从而促进病毒感染的作用机制	揭示了衣康酸通过烷基化GDI2并影响Rab GTPase的分布来促进病毒感染的新机制	研究主要集中于VSV和IAV病毒，未涵盖其他病毒类型	研究衣康酸在病毒感染中的作用及其分子机制	巨噬细胞、上皮细胞、中性粒细胞	分子生物学	病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
315	2024-12-29	Organoids as a model system for researching human neuroendocrine tumor of the breast 2024-Dec-27, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03621-w PMID:39731167	研究论文	本文首次建立了乳腺神经内分泌肿瘤（NETB）的类器官模型，并用于组织学染色、药物筛选和单细胞RNA测序	首次建立NETB的类器官模型，为临床研究提供了坚实的基础	样本量较小，仅基于一名中国女性患者的样本	研究乳腺神经内分泌肿瘤的发病机制和有效治疗方法	乳腺神经内分泌肿瘤（NETB）	数字病理学	乳腺癌	组织学染色、药物筛选、单细胞RNA测序	类器官模型	组织样本、RNA测序数据	一名中国女性患者的样本
316	2024-12-29	Long-term in vitro expansion of a human fetal pancreas stem cell that generates all three pancreatic cell lineages 2024-Dec-26, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.10.044 PMID:39626658	研究论文	本文报道了从8-17周胎儿胰腺样本中衍生出18种人类胎儿胰腺类器官（hfPO）系，并发现其中4种能够在优化培养条件下长期扩展并生成胰腺的三种细胞谱系	首次报道了能够长期体外扩展并生成胰腺三种细胞谱系的人类胎儿三能干细胞/祖细胞	研究仅限于胎儿胰腺样本，未涉及成体胰腺或其他器官	研究人类胎儿胰腺干细胞的长期体外扩展及其多向分化能力	人类胎儿胰腺样本	干细胞研究	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	18种人类胎儿胰腺类器官（hfPO）系
317	2024-12-29	snRNA-seq of long-preserved FFPE samples from colorectal liver metastasis lesions with diverse prognoses 2024-Dec-26, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-04323-8 PMID:39725704	研究论文	本研究利用snRandom-seq技术对长期保存的FFPE样本进行单核RNA测序，以探索结直肠癌肝转移患者不同预后的潜在影响因素	首次在长期保存的FFPE样本中成功应用单核RNA测序技术，揭示了结直肠癌肝转移患者不同预后之间的异质性	样本数量有限（18例），且所有样本均为长期保存的FFPE样本，可能存在RNA降解问题	探索结直肠癌肝转移患者不同预后的潜在影响因素	18例具有不同预后的结直肠癌肝转移患者的多个病灶样本	数字病理学	结直肠癌	snRNA-seq, snRandom-seq	NA	RNA测序数据	18例结直肠癌肝转移患者的82,285个细胞
318	2024-12-29	Differential contributions of fetal mononuclear phagocytes to Zika virus neuroinvasion versus neuroprotection during congenital infection 2024-Dec-26, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.10.028 PMID:39532096	研究论文	本文探讨了胎儿单核吞噬细胞在先天性寨卡病毒感染中对神经侵袭与神经保护的不同贡献	首次揭示了胎儿单核细胞/巨噬细胞类型和小胶质细胞在寨卡病毒传播与清除中的不同功能角色，并通过单细胞RNA测序鉴定了与保护性和有害性贡献相关的转录谱	研究主要基于小鼠模型和人类脑类器官，可能无法完全反映人类胎儿在先天性感染中的复杂免疫反应	研究胎儿免疫细胞在先天性寨卡病毒感染中的功能差异	胎儿单核吞噬细胞、小胶质细胞、寨卡病毒	免疫学	寨卡病毒感染	单细胞RNA测序	小鼠模型、人类脑类器官	RNA测序数据	NA
319	2024-12-29	Insulin-like growth factor binding protein 7 identified in aged dental pulp by single-cell RNA sequencing 2024-Dec-12, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.12.018 PMID:39674503	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了年轻和老年牙髓组织的异质性，并鉴定了老年牙髓的新标记物IGFBP7	首次使用单细胞RNA测序技术系统分析了年轻和老年牙髓组织的异质性，并发现了IGFBP7在老年牙髓中的显著上调	需要进一步的研究来阐明IGFBP7影响牙髓衰老的确切机制	探索年轻和老年牙髓组织的异质性，并寻找老年牙髓的新标记物及其机制	年轻和老年牙髓组织	数字病理学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	8个牙髓样本，共32,012个细胞
320	2024-12-29	An adult myogenic cell line of the Japanese fire-bellied newt Cynops pyrrhogaster 2024-12-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-81899-6 PMID:39627485	研究论文	本研究建立了日本红腹蝾螈的成体肌源性细胞系CpM01，用于研究肌肉发育、修复和再生	首次在日本红腹蝾螈中建立了成体肌源性细胞系CpM01，并对其进行了详细表征	研究仅限于日本红腹蝾螈，未涉及其他蝾螈物种	研究成体蝾螈肌肉再生机制	日本红腹蝾螈的成体肌源性细胞	细胞生物学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	日本红腹蝾螈的成体肌源性细胞系CpM01