单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2024-12-31	A specific gene expression program underlies antigen archiving by lymphatic endothelial cells in mammalian lymph nodes 2024-Dec-10, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5493746/v1 PMID:39711554	研究论文	本文研究了淋巴结中淋巴管内皮细胞（LEC）如何实现持久抗原存档及其独特的转录程序	通过单细胞测序和空间转录组学，确定了LEC亚群和树突状细胞在免疫后多个时间点的抗原水平，并发现了一种独特的转录程序，可以预测不同疾病状态和生物体中的抗原存档能力	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步扩展	探究LEC如何实现持久抗原存档及其独特的转录程序	淋巴结中的淋巴管内皮细胞（LEC）和树突状细胞	生物信息学	NA	单细胞测序，空间转录组学	机器学习	基因表达数据	小鼠和人类独立数据集
282	2024-12-31	Single-cell RNA sequencing offers opportunities to explore the depth of physiology, adaptation, and biochemistry in non-model organisms exposed to pollution 2024-Dec, Comparative biochemistry and physiology. Part D, Genomics & proteomics DOI:10.1016/j.cbd.2024.101339 PMID:39393164	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在非模式生物污染暴露研究中的应用	强调了单细胞RNA测序技术在揭示非模式生物对环境污染反应的分子机制中的潜力	主要基于已发表文献的分析，缺乏新的实验数据	探讨单细胞RNA测序技术在非模式生物污染暴露研究中的应用	非模式生物	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	NA
283	2024-12-31	Airway-derived emphysema-specific alveolar type II cells exhibit impaired regenerative potential in COPD 2024-Dec, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.02071-2023 PMID:39147413	研究论文	本文研究了COPD患者中肺气肿特异性肺泡II型细胞的再生潜力受损现象	发现了一种位于扩大的远端肺泡囊中的肺气肿特异性肺泡II型细胞亚群，称为asATII细胞	未提及具体的研究局限性	探讨COPD患者中肺气肿特异性肺泡II型细胞的再生潜力受损的潜在驱动因素	COPD患者和小鼠模型中的肺泡II型细胞和气道俱乐部细胞	NA	COPD	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未提及具体样本数量
284	2024-12-30	scRNA + BCR-seq identifies proportions and characteristics of dual BCR B cells in the peritoneal cavity of mice and peripheral blood of healthy human donors across different ages 2024-Dec-28, Immunity & ageing : I & A IF:5.2Q1 DOI:10.1186/s12979-024-00493-6 PMID:39732722	研究论文	本研究利用scRNA-seq和scBCR-seq技术，探讨了小鼠腹膜和健康志愿者外周血中双受体B细胞的存在及其与年龄的关系	首次揭示了老年小鼠和健康志愿者中双受体B细胞的比例和特性，并发现这些细胞在老年个体中显著增加	研究样本主要来自小鼠和健康志愿者，未涉及疾病状态下的双受体B细胞	探讨双受体B细胞在不同年龄个体中的存在及其特性	小鼠腹膜和健康志愿者外周血中的B细胞	免疫学	NA	scRNA-seq, scBCR-seq	NA	单细胞RNA测序数据, B细胞受体测序数据	小鼠和不同年龄的健康志愿者
285	2024-12-30	TIM3 on natural killer cells regulates antibody-dependent cellular cytotoxicity in HER2-positive gastric cancer 2024-Dec-24, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217412 PMID:39722406	研究论文	本研究探讨了TIM3在自然杀伤细胞（NK细胞）上对HER2阳性胃癌（GC）中抗体依赖性细胞毒性（ADCC）的调节作用	首次揭示了TIM3在NK细胞中的表达与CD16的相关性，并提出了抗TIM3抗体与曲妥珠单抗联合治疗HER2阳性胃癌的新策略	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证其效果	研究HER2阳性胃癌中NK细胞的免疫检查点分子与曲妥珠单抗诱导的ADCC之间的关系	HER2阳性胃癌患者和HER2转染的胃癌细胞	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和免疫组织化学	小鼠HER2阳性胃癌模型	基因表达数据和免疫组化数据	HER2阳性胃癌患者和小鼠模型
286	2024-12-30	Single-cell transcriptome profiling identifies the activation of type I interferon signaling in ossified posterior longitudinal ligament 2024-Dec, Frontiers of medicine IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11684-024-1075-5 PMID:39441507	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了I型干扰素信号在OPLL患者骨化韧带中的激活，并探讨了其在骨化过程中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了I型干扰素信号在OPLL骨化过程中的激活，并验证了其在体外促进成骨分化的作用	研究主要基于体外实验，尚未在体内模型中验证I型干扰素信号阻断对OPLL的预防效果	探讨OPLL的分子机制及潜在预防干预措施	OPLL患者的骨化韧带	数字病理学	脊柱疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	OPLL患者的骨化韧带样本
287	2024-12-30	Immunological face of megakaryocytes 2024-Dec, Frontiers of medicine IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11684-024-1087-1 PMID:39542989	综述	本文综述了巨核细胞（MKs）在免疫系统中的新兴角色及其在生理和病理环境中的功能	揭示了巨核细胞作为独特免疫细胞的多样化能力，并发现了具有免疫调节功能的‘免疫巨核细胞’亚群	需要进一步研究确定巨核细胞的免疫功能是由整个巨核细胞群体还是特定亚群执行	探讨巨核细胞在免疫系统中的功能及其在生理和病理环境中的作用	巨核细胞及其免疫功能	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
288	2024-12-29	Unveiling chemotherapy-induced immune landscape remodeling and metabolic reprogramming in lung adenocarcinoma by scRNA-sequencing 2024-Dec-27, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.95988 PMID:39729352	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了化疗对肺腺癌免疫景观和代谢重编程的影响	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析化疗对肺腺癌免疫细胞和代谢的影响，并识别了两种巨噬细胞亚型	样本量较小，仅涉及9名患者，可能影响结果的普遍性	探讨化疗和免疫治疗对肺腺癌患者的影响，特别是免疫景观和代谢重编程	肺腺癌患者的肿瘤样本	数字病理学	肺癌	scRNA-seq, 流式细胞术, 免疫荧光, Seahorse检测, 肿瘤异种移植模型	NA	单细胞RNA测序数据	9名肺腺癌患者的83,622个细胞
289	2024-12-29	Itaconate facilitates viral infection via alkylating GDI2 and retaining Rab GTPase on the membrane 2024-Dec-27, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-02077-8 PMID:39730330	研究论文	本文探讨了代谢物衣康酸通过烷基化GDI2并保留Rab GTPase在膜上，从而促进病毒感染的作用机制	揭示了衣康酸通过烷基化GDI2并影响Rab GTPase的分布来促进病毒感染的新机制	研究主要集中于VSV和IAV病毒，未涵盖其他病毒类型	研究衣康酸在病毒感染中的作用及其分子机制	巨噬细胞、上皮细胞、中性粒细胞	分子生物学	病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
290	2024-12-29	Genome-scale modeling identifies dynamic metabolic vulnerabilities during the epithelial to mesenchymal transition 2024-Dec-27, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07408-7 PMID:39730911	研究论文	本文通过基因组尺度代谢模型，研究了上皮间质转化（EMT）过程中的代谢网络重编程	整合了时间序列转录组学、时间序列蛋白质组学和单细胞转录组学数据，揭示了EMT过程中的时间依赖性代谢脆弱性	研究主要基于细胞培养模型，可能无法完全反映体内复杂环境	揭示EMT过程中的代谢网络重编程及其对细胞功能的影响	上皮间质转化（EMT）过程中的细胞代谢	代谢组学	肺癌	基因组尺度代谢建模、CRISPR-Cas9筛选	基因组尺度代谢模型	转录组学数据、蛋白质组学数据、单细胞转录组学数据	NA
291	2024-12-29	Organoids as a model system for researching human neuroendocrine tumor of the breast 2024-Dec-27, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03621-w PMID:39731167	研究论文	本文首次建立了乳腺神经内分泌肿瘤（NETB）的类器官模型，并用于组织学染色、药物筛选和单细胞RNA测序	首次建立NETB的类器官模型，为临床研究提供了坚实的基础	样本量较小，仅基于一名中国女性患者的样本	研究乳腺神经内分泌肿瘤的发病机制和有效治疗方法	乳腺神经内分泌肿瘤（NETB）	数字病理学	乳腺癌	组织学染色、药物筛选、单细胞RNA测序	类器官模型	组织样本、RNA测序数据	一名中国女性患者的样本
292	2024-12-29	Long-term in vitro expansion of a human fetal pancreas stem cell that generates all three pancreatic cell lineages 2024-Dec-26, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.10.044 PMID:39626658	研究论文	本文报道了从8-17周胎儿胰腺样本中衍生出18种人类胎儿胰腺类器官（hfPO）系，并发现其中4种能够在优化培养条件下长期扩展并生成胰腺的三种细胞谱系	首次报道了能够长期体外扩展并生成胰腺三种细胞谱系的人类胎儿三能干细胞/祖细胞	研究仅限于胎儿胰腺样本，未涉及成体胰腺或其他器官	研究人类胎儿胰腺干细胞的长期体外扩展及其多向分化能力	人类胎儿胰腺样本	干细胞研究	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	18种人类胎儿胰腺类器官（hfPO）系
293	2024-12-29	snRNA-seq of long-preserved FFPE samples from colorectal liver metastasis lesions with diverse prognoses 2024-Dec-26, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-04323-8 PMID:39725704	研究论文	本研究利用snRandom-seq技术对长期保存的FFPE样本进行单核RNA测序，以探索结直肠癌肝转移患者不同预后的潜在影响因素	首次在长期保存的FFPE样本中成功应用单核RNA测序技术，揭示了结直肠癌肝转移患者不同预后之间的异质性	样本数量有限（18例），且所有样本均为长期保存的FFPE样本，可能存在RNA降解问题	探索结直肠癌肝转移患者不同预后的潜在影响因素	18例具有不同预后的结直肠癌肝转移患者的多个病灶样本	数字病理学	结直肠癌	snRNA-seq, snRandom-seq	NA	RNA测序数据	18例结直肠癌肝转移患者的82,285个细胞
294	2024-12-29	Differential contributions of fetal mononuclear phagocytes to Zika virus neuroinvasion versus neuroprotection during congenital infection 2024-Dec-26, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.10.028 PMID:39532096	研究论文	本文探讨了胎儿单核吞噬细胞在先天性寨卡病毒感染中对神经侵袭与神经保护的不同贡献	首次揭示了胎儿单核细胞/巨噬细胞类型和小胶质细胞在寨卡病毒传播与清除中的不同功能角色，并通过单细胞RNA测序鉴定了与保护性和有害性贡献相关的转录谱	研究主要基于小鼠模型和人类脑类器官，可能无法完全反映人类胎儿在先天性感染中的复杂免疫反应	研究胎儿免疫细胞在先天性寨卡病毒感染中的功能差异	胎儿单核吞噬细胞、小胶质细胞、寨卡病毒	免疫学	寨卡病毒感染	单细胞RNA测序	小鼠模型、人类脑类器官	RNA测序数据	NA
295	2024-12-29	Insulin-like growth factor binding protein 7 identified in aged dental pulp by single-cell RNA sequencing 2024-Dec-12, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.12.018 PMID:39674503	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了年轻和老年牙髓组织的异质性，并鉴定了老年牙髓的新标记物IGFBP7	首次使用单细胞RNA测序技术系统分析了年轻和老年牙髓组织的异质性，并发现了IGFBP7在老年牙髓中的显著上调	需要进一步的研究来阐明IGFBP7影响牙髓衰老的确切机制	探索年轻和老年牙髓组织的异质性，并寻找老年牙髓的新标记物及其机制	年轻和老年牙髓组织	数字病理学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	8个牙髓样本，共32,012个细胞
296	2024-12-29	An adult myogenic cell line of the Japanese fire-bellied newt Cynops pyrrhogaster 2024-12-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-81899-6 PMID:39627485	研究论文	本研究建立了日本红腹蝾螈的成体肌源性细胞系CpM01，用于研究肌肉发育、修复和再生	首次在日本红腹蝾螈中建立了成体肌源性细胞系CpM01，并对其进行了详细表征	研究仅限于日本红腹蝾螈，未涉及其他蝾螈物种	研究成体蝾螈肌肉再生机制	日本红腹蝾螈的成体肌源性细胞	细胞生物学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	日本红腹蝾螈的成体肌源性细胞系CpM01
297	2024-12-29	Single-cell RNA sequencing reveals transcriptional changes in circulating immune cells from patients with severe asthma induced by biologics 2024-Dec, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01368-y PMID:39672815	研究论文	本文通过单细胞RNA测序揭示了严重嗜酸性粒细胞性哮喘患者在使用生物制剂治疗后循环免疫细胞的转录变化	首次使用单细胞RNA测序技术详细描述了T2靶向生物制剂对血液免疫细胞基因表达的影响，并揭示了NF-κB信号通路的下调	样本量较小，仅包括8名患者，且需要进一步研究以确定与治疗反应和长期结果相关的潜在生物标志物	描述T2靶向生物制剂对血液免疫细胞基因表达的影响	严重嗜酸性粒细胞性哮喘患者的循环免疫细胞	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	8名严重嗜酸性粒细胞性哮喘患者
298	2024-12-29	Bulk and Single-Cell Transcriptome Analyses Unravel Gene Signatures of Mitochondria-Associated Programmed Cell Death in Diabetic Foot Ulcer 2024-Dec, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70319 PMID:39730319	研究论文	本研究通过转录组分析揭示了糖尿病足溃疡中线粒体相关程序性细胞死亡的关键基因和细胞类型	首次在单细胞水平上验证了糖尿病足溃疡中线粒体相关程序性细胞死亡的关键基因和细胞类型，并探索了调控这些基因的转录因子	研究样本量未明确提及，可能限制了结果的普适性	揭示糖尿病足溃疡中线粒体相关程序性细胞死亡的基因特征和关键细胞类型	糖尿病足溃疡患者	数字病理学	糖尿病足溃疡	转录组分析、蛋白质-蛋白质相互作用分析、随机森林分析、实时聚合酶链反应分析	NA	转录组数据、单细胞数据	NA
299	2024-12-28	Three-dimensional single-cell transcriptome imaging of thick tissues 2024-Dec-27, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.90029 PMID:39727221	研究论文	本文提出了一种用于厚组织的三维单细胞转录组成像方法	首次将MERFISH技术应用于厚度达200 µm的厚组织样本，并结合共聚焦显微镜和深度学习提高成像速度和质量	目前仅在小鼠脑组织切片上进行了验证，尚未在其他组织或生物体中广泛应用	开发一种能够在厚组织中进行三维单细胞转录组成像的技术	小鼠脑组织切片	空间基因组学	NA	MERFISH, 共聚焦显微镜, 深度学习	深度学习	图像	厚度达200 µm的小鼠脑组织切片
300	2024-12-28	Exploring the molecular mechanism of estrogen therapy effectiveness after TCRA in IUA patients at single-cell level 2024-Dec-26, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-024-00583-x PMID:39722036	研究论文	本文通过单细胞转录组测序探索了雌激素治疗在TCRA后IUA患者中的分子机制	首次在单细胞水平上建立了对雌激素治疗有反应和无反应患者的子宫内膜单细胞图谱，揭示了不同细胞亚型在治疗反应中的差异	样本量较小，仅包括10个人类子宫内膜样本	探索雌激素治疗在TCRA后IUA患者中疗效差异的分子机制	IUA患者的子宫内膜样本	数字病理学	妇科疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	10个人类子宫内膜样本