单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-01-05	Basic Science and Pathogenesis 2024-Dec, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.085234 PMID:39751805	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究阿尔茨海默病（AD）中的细胞特异性脆弱性与病理学之间的关系，特别是在中颞回（MTG）区域	首次在中颞回（MTG）区域结合单细胞RNA测序和细胞质蛋白保留技术，揭示了pTau积累与细胞类型特异性脆弱性之间的分子变化关系	研究样本量较小（9名捐赠者），且仅针对特定病理阶段（Braak IV-VI期）的AD患者	研究阿尔茨海默病早期发病机制中细胞脆弱性与病理学之间的关系	阿尔茨海默病患者的中颞回（MTG）脑组织	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	9名捐赠者的125,505个细胞
262	2025-01-04	[Research progress of single-cell RNA sequencing in the immune microenvironment of spinal cord injury] 2024-Dec, Xi bao yu fen zi mian yi xue za zhi = Chinese journal of cellular and molecular immunology PMID:39750053	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在脊髓损伤免疫微环境中的研究进展	利用单细胞RNA测序技术揭示脊髓损伤后局部免疫微环境中的细胞异质性和复杂的细胞间相互作用	NA	探讨单细胞RNA测序技术在脊髓损伤免疫微环境中的应用，以更全面地理解脊髓损伤的病理生理过程	脊髓损伤后的局部免疫微环境	数字病理学	脊髓损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
263	2025-01-03	Cellular communication network factor 2 regulates smooth muscle cell transdifferentiation and lipid accumulation in atherosclerosis 2024-Dec-31, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae215 PMID:39365752	研究论文	本文探讨了细胞通讯网络因子2（CCN2）在动脉粥样硬化中调节平滑肌细胞转分化和脂质积累的功能和机制	揭示了CCN2在平滑肌细胞转分化中的保护作用，并阐明了其通过调节内质网应激、内吞作用和脂质积累来影响动脉粥样硬化进展的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩展	阐明CCN2在动脉粥样硬化中调节平滑肌细胞可塑性的功能和机制	人类和小鼠的动脉粥样硬化模型	细胞生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序	小鼠平滑肌细胞CCN2敲除模型	基因表达数据	人类和小鼠的动脉粥样硬化样本
264	2025-01-03	Genetically Engineered Mouse Models for Alzheimer Disease and Frontotemporal Dementia: New Insights from Single-Cell and Spatial Transcriptomics 2024-Dec-19, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.11.006 PMID:39743215	研究论文	本文探讨了阿尔茨海默病和额颞叶痴呆的基因工程小鼠模型，并基于单细胞转录组学、多组学和空间转录组学研究总结了主要发现	结合最新的单细胞转录组学、多组学和空间转录组学技术，提供了对阿尔茨海默病和额颞叶痴呆小鼠模型的新见解	没有模型是完美的，这些模型仍存在局限性	研究阿尔茨海默病和额颞叶痴呆的病因及潜在治疗方法	基因工程小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病, 额颞叶痴呆	单细胞转录组学, 多组学, 空间转录组学	基因工程小鼠模型	转录组数据	NA
265	2025-01-03	Intervention of Tanshinone IIA on the PGK1-PDHK1 Pathway to Reprogram Macrophage Phenotype After Myocardial Infarction 2024-Dec, Cardiovascular drugs and therapy IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s10557-023-07520-6 PMID:37991600	研究论文	本研究探讨了丹参酮IIA通过调节巨噬细胞的能量代谢和表型变化来改善心肌梗死的机制	首次提出丹参酮IIA通过PGK1-PDHK1信号通路调节巨噬细胞能量代谢和表型变化的机制	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	探讨丹参酮IIA在心肌梗死治疗中的药理作用及其机制	心肌梗死模型中的巨噬细胞	心血管疾病	心肌梗死	RT-PCR, ELISA, 免疫荧光, JC-1, 钙离子浓度检测, 活性氧检测, 线粒体电子显微镜分析, 单细胞转录组数据挖掘, 细胞转录组测序, 分子对接技术	心肌梗死模型	基因表达数据, 蛋白质表达数据, 细胞表型数据	心肌梗死模型中的巨噬细胞
266	2025-01-02	Epitranscriptomic regulation of cardiac fibrosis via YTHDF1-dependent PIEZO2 mRNA m6A modification 2024-Dec-31, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae239 PMID:39498803	研究论文	本文探讨了YTHDF1依赖的PIEZO2 mRNA m6A修饰在心脏纤维化中的表观转录调控机制	揭示了YTHDF1通过m6A依赖的调控机制识别PIEZO2并控制心脏成纤维细胞自噬和纤维化的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究心脏纤维化的分子机制，特别是Piezo家族机械敏感离子通道的作用	小鼠心脏成纤维细胞和心脏组织	分子生物学	心血管疾病	RNA-seq, 单细胞测序, 组织学和生化分析	NA	RNA序列数据, 单细胞数据	小鼠模型
267	2025-01-02	CHST4 associates with high-abundance immune infiltration in hormone receptor-positive breast cancer 2024-Dec-31, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae190 PMID:39213175	研究论文	本文研究了CHST4在激素受体阳性乳腺癌（HR+ BRCA）中与高丰度免疫浸润的关联	首次发现CHST4在HR+ BRCA中异常下调，并与淋巴结转移相关，揭示了CHST4在增强免疫细胞浸润中的潜在作用	研究主要基于预测和实验验证，尚未进行大规模的临床验证	探讨CHST4在HR+ BRCA中调控免疫浸润的机制	激素受体阳性乳腺癌（HR+ BRCA）	数字病理学	乳腺癌	免疫组织化学染色、单细胞测序	NA	单细胞测序数据、免疫组织化学数据	NA
268	2025-01-02	Inflammation and mechanical force-induced bone remodeling 2024-Dec-30, Periodontology 2000 IF:17.5Q1 DOI:10.1111/prd.12619 PMID:39740162	综述	本文详细探讨了炎症和机械力诱导的骨重塑过程，特别是牙周炎和正畸牙齿移动中的骨重塑机制	通过单细胞RNA测序技术，揭示了不同细胞类型在炎症和机械力诱导的骨重塑中的角色和相互作用	未明确提及具体的研究限制	研究炎症和机械力如何影响骨重塑，特别是在牙周炎和正畸牙齿移动中的机制	牙周炎和正畸牙齿移动中的骨重塑过程	NA	牙周炎	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
269	2025-01-02	Comprehensive analysis of heterogeneity and cell-cell interactions in Crohn's disease reveals novel location-specific insights 2024-Dec-26, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.12.042 PMID:39732334	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了克罗恩病中结肠和回肠的异质性，并发现了一种新的上皮细胞亚群DUOX2-epi	发现了表达高水平DUOX2和DUOXA2的上皮细胞亚群DUOX2-epi，并揭示了其在结肠和回肠中通过不同机制触发炎症反应	研究仅限于未接受过治疗的克罗恩病患者，未涵盖其他治疗阶段的患者	理解克罗恩病中不同肠段的发病机制和治疗反应的多样性	克罗恩病患者的结肠和回肠	数字病理学	克罗恩病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但研究对象为未接受过治疗的克罗恩病患者
270	2025-01-02	Score matching for differential abundance testing of compositional high-throughput sequencing data 2024-Dec-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.05.627006 PMID:39713439	研究论文	本文提出了一种扩展的a-b幂交互模型，用于处理包含协变量信息的稀疏组合计数数据，并结合差异丰度测试方法cosmoDA，以减少相关特征导致的假阳性检测	扩展了a-b幂交互模型以包含协变量信息，并提出了新的差异丰度测试方法cosmoDA，显著降低了相关特征的假发现率	未明确提及具体局限性	开发一种能够准确表征异质群体中协变量依赖关系的模型，并减少差异丰度测试中的假阳性检测	稀疏组合计数数据，特别是单细胞RNA测序和扩增子测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序，扩增子测序	a-b幂交互模型	计数数据	模拟数据和真实数据
271	2025-01-02	Neutrophils drive sexual dimorphism in experimental periodontitis 2024-Dec-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.27.625678 PMID:39677749	研究论文	本研究旨在通过阐明性别特异性的牙周病进展机制，改善牙周病的治疗	揭示了中性粒细胞在牙周病性别二态性中的机制作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证有限	改善牙周病的治疗	C57BL/6j小鼠和人类牙周病患者	NA	牙周病	流式细胞术、单细胞测序	NA	实验数据、临床数据	≥5只小鼠
272	2025-01-01	Metabolic Analysis of Tumor Cells Within Ameloblastoma at the Single-Cell Level 2024-Dec-31, Oral diseases IF:2.9Q1 DOI:10.1111/odi.15239 PMID:39737843	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了成釉细胞瘤肿瘤细胞的代谢异质性	首次在单细胞分辨率下揭示了成釉细胞瘤肿瘤细胞的代谢异质性，并确定了氧化磷酸化和糖酵解在代谢中的关键作用	样本量较小，仅来自三名捐赠者	表征成釉细胞瘤肿瘤细胞在单细胞分辨率下的代谢异质性	成釉细胞瘤肿瘤细胞	数字病理学	成釉细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	17,284个细胞，来自三名成釉细胞瘤捐赠者
273	2025-01-01	Interpretable machine learning-driven biomarker identification and validation for Alzheimer's disease 2024-12-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-80401-6 PMID:39730451	研究论文	本研究结合生物信息学方法和可解释的机器学习，识别并验证了阿尔茨海默病的可靠生物标志物	引入了交互式SHAP面板用于精确决策，并通过可解释的机器学习诊断模型提供了新的生物标志物识别见解，特别是MYH9作为潜在的新生物标志物	RHOQ在AD细胞模型和人脑组织样本中的mRNA表达模式相反，其作用仍需进一步探索	提高阿尔茨海默病的早期检测和诊断准确性，改善干预效果	阿尔茨海默病	机器学习	阿尔茨海默病	差异表达基因分析、加权基因共表达网络分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络构建、单细胞转录组分析	机器学习算法、SHAP	基因表达数据	GEO数据库中的AD数据集
274	2025-01-01	Prognostic model based on tumor stemness genes for triple-negative breast cancer 2024-12-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-81503-x PMID:39730613	研究论文	本研究基于单细胞RNA测序数据，从肿瘤干细胞性的角度分析三阴性乳腺癌，并开发了一个基于7个肿瘤干细胞相关基因的预后模型	首次从肿瘤干细胞性的角度对三阴性乳腺癌进行分析，并开发了一个基于特定亚型标记基因的预后模型	研究结果需要进一步在更大规模的临床样本中进行验证	开发一个基于肿瘤干细胞相关基因的三阴性乳腺癌预后模型	三阴性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq	预后模型	基因表达数据	NA
275	2025-01-01	Single-cell RNA sequencing of peripheral blood links cell-type-specific regulation of splicing to autoimmune and inflammatory diseases 2024-Dec, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02019-8 PMID:39627432	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了外周血中细胞类型特异性剪接调控与自身免疫和炎症疾病的关系	首次在亚洲免疫多样性图谱中，揭示了细胞类型特异性、性别偏向性和祖先偏向性的剪接差异，并发现了与自身免疫和炎症疾病遗传性相关的cis-sQTL效应	研究样本主要来自健康捐赠者，未涉及疾病患者，可能限制了结果的广泛适用性	探讨剪接调控在复杂疾病中的作用，特别是在不同遗传背景下的细胞类型特异性差异	474名健康捐赠者的约100万个外周血单核细胞	生物信息学	自身免疫和炎症疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	474名健康捐赠者的约100万个外周血单核细胞
276	2024-12-31	Tumor-derived CCL15 regulates RNA m6A methylation in cancer-associated fibroblasts to promote hepatocellular carcinoma growth 2024-Dec-27, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217420 PMID:39734010	研究论文	本文揭示了CCL15在肝细胞癌（HCC）进展中的关键作用，通过调节癌症相关成纤维细胞（CAFs）中的RNA m6A甲基化促进HCC生长	首次发现CCL15通过STAT3通路诱导CAFs中FTO的表达，进而调控CEBPA mRNA的m6A甲基化，揭示了CCL15在HCC细胞与CAFs之间的新型调控轴	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床患者中进行验证	探讨CCL15在HCC生长中的具体作用和机制	肝细胞癌（HCC）细胞和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	癌症生物学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、免疫荧光、共培养实验、类器官模型、异种移植模型、m6A测序、RNA测序	NA	RNA测序数据、免疫荧光图像	NA
277	2024-12-31	Targeting UBE2T suppresses breast cancer stemness through CBX6-mediated transcriptional repression of SOX2 and NANOG 2024-Dec-21, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217409 PMID:39716485	研究论文	本文揭示了UBE2T通过CBX6介导的转录抑制调控乳腺癌干细胞（BCSC）干性的机制，并提出了潜在的治疗策略	首次发现UBE2T通过TRIM25介导的CBX6泛素化降解调控SOX2和NANOG的转录，从而影响BCSC干性	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	研究UBE2T在乳腺癌干细胞干性调控中的作用及其潜在治疗策略	乳腺癌干细胞（BCSCs）	癌症生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），干性指数分析	NA	基因表达数据	NA
278	2024-12-31	Imaging spatial transcriptomics reveals molecular patterns of vulnerability to pathology in a transgenic α-synucleinopathy model 2024-Dec-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.31.606032 PMID:39372781	研究论文	本文利用成像空间转录组学技术，研究了转基因α-突触核蛋白病模型中分子模式对病理的脆弱性	首次结合成像空间转录组学和免疫荧光技术，在同一组织切片中识别出易受α-突触核蛋白磷酸化病理影响的神经元亚型，并揭示了其转录基础	研究仅限于转基因小鼠模型，可能无法完全反映人类疾病情况	探讨帕金森病和路易体痴呆中α-突触核蛋白病理的分子机制	转基因人α-突触核蛋白过表达小鼠的皮质和海马神经元	数字病理学	帕金森病	成像空间转录组学（IST）、免疫荧光	转基因小鼠模型	图像、转录组数据	NA
279	2024-12-31	Data-driven discovery of cell-type-directed network-correcting combination therapy for Alzheimer's disease 2024-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.09.627436 PMID:39713353	研究论文	本文提出了一种基于人类数据和真实世界证据的细胞类型特异性多靶点药物发现策略，用于阿尔茨海默病的治疗	创新点在于结合单细胞转录组学、药物扰动数据库和临床记录，发现了针对神经元和胶质细胞的潜在联合疗法	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	开发针对阿尔茨海默病的细胞类型导向的联合疗法	阿尔茨海默病小鼠模型	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学	NA	转录组数据、临床记录	阿尔茨海默病小鼠模型
280	2024-12-31	Integration of Imaging-based and Sequencing-based Spatial Omics Mapping on the Same Tissue Section via DBiTplus 2024-Dec-11, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5398491/v1 PMID:39711562	研究论文	本文介绍了一种名为DBiTplus的多模态空间组学方法，结合了基于测序的空间转录组学和基于图像的空间蛋白质分析，以在同一组织切片上实现单细胞分辨率的细胞分型和基因组尺度的生物通路研究	DBiTplus方法首次在同一组织切片上整合了测序和成像技术，实现了单细胞分辨率的空间转录组和蛋白质组分析	在应用DBiTplus方法时，小鼠胚胎的蛋白质标记物有限，可能影响分析的全面性	研究目的是通过整合空间转录组学和蛋白质组学，深入理解异质性细胞过程并连接细胞类型与功能	研究对象包括小鼠胚胎、正常人类淋巴结和人类淋巴瘤FFPE组织	数字病理学	淋巴瘤	DBiT-seq, CODEX	NA	图像, 测序数据	小鼠胚胎、正常人类淋巴结和人类淋巴瘤FFPE组织