单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-01-16	Highlighting roles of autophagy in human diseases: a perspective from single-cell RNA sequencing analyses 2024-Dec, Drug discovery today IF:6.5Q1 DOI:10.1016/j.drudis.2024.104224 PMID:39521332	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在自噬研究中的最新进展，并强调了其在多种疾病分子特征描述中的潜力	利用单细胞RNA测序技术，从单细胞分辨率层面研究自噬在多种生理和病理环境中的作用，为自噬在疾病中的复杂角色提供了新的视角	自噬在癌症和其他疾病中的作用仍然复杂且未完全理解，需要进一步研究	促进对自噬在人类疾病中作用的全面理解，以开发新的治疗方法和药物	自噬在癌症和其他疾病中的作用	自然语言处理	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
242	2025-01-15	CORTADO: Hill Climbing Optimization for Cell-Type Specific Marker Gene Discovery 2024-Dec-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.23.630040 PMID:39763976	研究论文	本文介绍了一种基于爬山优化的计算框架CORTADO，用于高效发现细胞类型特异性标记基因	CORTADO通过优化差异表达、基因表达谱的独特性和稀疏性，确保所选标记基因在保持生物学相关性的同时，唯一代表其所属的细胞群，相比传统方法具有更高的敏感性和特异性	NA	解决标记基因选择中的挑战，提高细胞类型特异性标记基因的发现效率和准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞亚群及其分子标记	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	爬山优化	单细胞RNA测序数据	多个数据集，包括DLPFC 151507数据集、Zeisel小鼠脑数据集和外周血单核细胞数据集
243	2025-01-15	Durable complete response after combined treatment with tumor-infiltrating lymphocytes and oncolytic adenovirus (TILT-123) in a patient with metastatic mucosal melanoma 2024-Dec, Immuno-oncology technology DOI:10.1016/j.iotech.2024.100726 PMID:39801682	研究论文	本文报道了一例转移性黏膜黑色素瘤患者通过联合使用肿瘤浸润淋巴细胞和溶瘤腺病毒（TILT-123）治疗后获得持久完全缓解的案例	首次展示了TILT-123与肿瘤浸润淋巴细胞联合治疗在转移性黏膜黑色素瘤中的成功应用，并揭示了治疗过程中肿瘤和血液中的免疫学变化	仅为一例个案研究，样本量有限，需要更大规模的研究来验证其普遍性和有效性	探讨联合免疫治疗方法在转移性黏膜黑色素瘤中的潜在效果	48岁女性转移性鼻窦黏膜黑色素瘤患者	肿瘤免疫治疗	黑色素瘤	免疫组织化学分析、单细胞测序	NA	临床数据、分子数据	1例患者
244	2025-01-14	Immune cell single-cell RNA sequencing analyses link an age-associated T cell subset to symptomatic benign prostatic hyperplasia 2024-Dec-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.30.629739 PMID:39803459	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了与年龄相关的T细胞亚群在症状性良性前列腺增生（BPH）中的作用	首次将年龄相关的CD8 T细胞亚群（Taa）与BPH症状联系起来，并发现其通过Granzyme K介导的机制促进前列腺炎症	研究主要基于体外实验和相关性分析，缺乏直接的体内机制验证	探讨年龄相关免疫细胞变化在BPH中的作用	人类前列腺组织及BPH患者来源的前列腺成纤维细胞	单细胞RNA测序	前列腺增生	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及人类前列腺组织及BPH患者来源的细胞
245	2025-01-14	Preclinical Models for Functional Precision Lung Cancer Research 2024-Dec-25, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17010022 PMID:39796653	研究论文	本文探讨了肺癌功能精准医学研究中的临床前模型及其技术进展	介绍了患者来源的肺癌类器官（LCOs）作为一种新型体外工具，其在生长和维持方面具有高成功率，并能准确反映原始肿瘤的组织学和基因组学特征	尽管这些体内模型（如PDXs、GEMMs）具有重要价值，但它们成本高、劳动强度大且耗时	推动肺癌的个体化精准治疗，通过临床前模型提高系统治疗的选择准确性	肺癌的临床前模型，包括患者来源的异种移植模型（PDXs）、人源化PDX小鼠模型、同基因小鼠模型、基因工程小鼠模型（GEMMs）和肺癌类器官（LCOs）	数字病理学	肺癌	成像技术、空间和单细胞转录组学、蛋白质组学、人工智能	NA	NA	NA
246	2025-01-14	Same-Slide Spatial Multi-Omics Integration Reveals Tumor Virus-Linked Spatial Reorganization of the Tumor Microenvironment 2024-Dec-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629650 PMID:39764057	研究论文	本文介绍了一种名为IN-DEPTH的空间多组学整合方法，用于在同一张切片上进行高分辨率转录组和蛋白质组的分析，揭示了肿瘤微环境中的空间重组	提出了IN-DEPTH方法，结合k-bandlimited Spectral Graph Cross-Correlation (SGCC)进行空间多组学整合分析，能够在同一张切片上进行单细胞表型和转录组捕获，解决了现有方法在plex、空间分辨率和分析方法的局限性	虽然IN-DEPTH方法在空间分辨率和资源效率上有显著提升，但其在更大规模的组织样本中的应用仍需进一步验证	研究肿瘤微环境中的空间重组及其与肿瘤病毒的关系	EBV阳性和EBV阴性的弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的肿瘤微环境	数字病理学	淋巴瘤	空间转录组学、空间蛋白质组学	k-bandlimited Spectral Graph Cross-Correlation (SGCC)	空间多组学数据	EBV阳性和EBV阴性的DLBCL样本
247	2025-01-14	Mechanistic insights into sevoflurane-induced hippocampal neuronal damage and cognitive dysfunction through the NEAT1/Nrf2 signaling axis in aged rats 2024-12-21, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-024-09964-4 PMID:39707048	研究论文	本研究探讨了七氟醚通过NEAT1/Nrf2信号轴诱导老年大鼠海马神经元损伤和认知功能障碍的分子机制	首次揭示了lncRNA NEAT1通过抑制Nrf2/ARE/HO-1通路相关因子，促进七氟醚诱导的氧化应激和神经元凋亡的分子机制	研究仅限于老年大鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨七氟醚诱导老年大鼠海马神经元损伤和认知功能障碍的分子机制	老年大鼠	神经科学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组评估、TUNEL染色、H&E染色、免疫组化、免疫荧光、流式细胞术	大鼠模型	RNA测序数据、图像数据	老年大鼠
248	2025-01-13	Miltefosine reinvigorates exhausted T cells by targeting their bioenergetic state 2024-Dec-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101869 PMID:39657666	研究论文	本文研究了米替福新如何通过改善T细胞的生物能量状态来恢复耗竭T细胞的功能	发现米替福新能够以不依赖PD-1/PD-L1的方式恢复CAR-T细胞的功能，并在终末耗竭状态下仍有效	研究主要基于体外模型和小鼠肿瘤模型，尚未进行人体临床试验	探索恢复耗竭T细胞功能的新方法，以提高免疫治疗的疗效	耗竭的CAR-T细胞和T细胞	免疫治疗	癌症	单细胞测序分析	CAR-T细胞模型	细胞实验数据	NA
249	2025-01-12	Lactylation-driven TNFR2 expression in regulatory T cells promotes the progression of malignant pleural effusion 2024-Dec-25, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010040 PMID:39721754	研究论文	本研究探讨了乳酸通过组蛋白H3K18乳酸化调控TNFR2在调节性T细胞中的表达及其在恶性胸腔积液（MPE）进展中的作用	揭示了乳酸通过组蛋白H3K18乳酸化调控TNFR2表达的机制，并提出了针对Treg细胞乳酸代谢的MPE治疗新策略	研究主要基于单细胞RNA测序和动物模型，尚未在更大规模的人体临床试验中验证	探究TNFR2在调节性T细胞中的表达调控机制及其在MPE进展中的作用	TNFR2+和TNFR2-调节性T细胞，以及人类和小鼠的恶性胸腔积液	肿瘤免疫学	恶性胸腔积液	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	人类和小鼠的恶性胸腔积液样本
250	2025-01-12	Global identification of mammalian host and nested gene pairs reveal tissue-specific transcriptional interplay 2024-Dec-23, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279430.124 PMID:39578100	研究论文	本文提供了一个关于小鼠和人类中宿主/嵌套基因对的最新目录，揭示了这些基因对在组织特异性转录中的相互作用	首次全面注释了宿主/嵌套基因对的位置及其表达模式，并发现这些基因对的转录共现具有组织特异性，尤其是在睾丸中	研究主要集中在小鼠和人类，未涉及其他哺乳动物	研究宿主/嵌套基因对在哺乳动物基因组中的转录相互作用	小鼠和人类的宿主/嵌套基因对	基因组学	NA	scRNA-seq分析	NA	基因序列数据	小鼠和人类的基因数据
251	2025-01-12	Genomic and the tumor microenvironment heterogeneity in multifocal hepatocellular carcinoma 2024-Dec-12, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001191 PMID:39666875	研究论文	本研究通过全外显子测序和单细胞RNA测序，深入解析了多灶性肝细胞癌（HCC）中肿瘤微环境（TME）的异质性	首次在单细胞分辨率下对多灶性HCC的TME进行全外显子测序和单细胞RNA测序的综合分析，揭示了IM和MO之间TME的显著差异	样本量较小，仅包括7名患者的23个样本，可能限制结果的普遍性	解析多灶性肝细胞癌中肿瘤微环境的异质性，以改善诊断和治疗策略	多灶性肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	全外显子测序，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据，单细胞RNA数据	7名患者的23个样本
252	2025-01-12	Single-Cell Transcriptomics Sheds Light on Tumor Evolution: Perspectives from City of Hope's Clinical Trial Teams 2024-Dec-10, Journal of clinical medicine IF:3.0Q1 DOI:10.3390/jcm13247507 PMID:39768430	研究论文	本文探讨了单细胞转录组学在肿瘤进化研究中的应用，特别是其在临床试验设计中的实施挑战和技术考虑	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，在个体细胞水平上分析肿瘤异质性，从而更深入地理解肿瘤生长、进展和药物反应	实施单细胞方法在临床试验中面临挑战，如获取高质量细胞、技术变异性和需要复杂的计算分析	研究肿瘤异质性如何影响肿瘤进化和治疗反应，以开发更有效的治疗方法并改善患者预后	乳腺癌、脑癌和卵巢癌的肿瘤微环境	数字病理学	乳腺癌、脑癌、卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
253	2025-01-07	Linking transcriptome and morphology in bone cells at cellular resolution with generative AI 2024-Dec-31, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjae151 PMID:39303095	研究论文	本文探讨了生成式AI在骨细胞研究中的应用，特别是在转录组和形态学数据的整合分析方面	利用生成式AI模型在细胞水平上揭示骨细胞的复杂生物学过程，并预测细胞分化动态、分子与形态特征的关联以及细胞对扰动的响应	骨单细胞数据集中的技术偏差、重要骨细胞类型的缺乏以及空间信息的不足	探索生成式AI在骨细胞研究中的潜力，特别是在转录组和形态学数据的整合分析方面	骨细胞	计算机视觉	NA	单细胞测序、空间转录组学	生成式AI	组织学图像、单细胞分子数据、空间转录组数据	NA
254	2025-01-07	Prognostic model based on M2 macrophage-related signatures for predicting outcomes, enhancing risk stratification, and providing therapeutic insights in diffuse large B-cell lymphoma 2024-Dec-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e41007 PMID:39759325	研究论文	本研究提出了一种基于M2巨噬细胞相关基因的预测模型，用于对新诊断的弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者进行风险分层、预后预测和免疫特征评估	利用M2巨噬细胞相关基因构建预测模型，提供新的治疗选择和风险分层方法	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	开发一种预测模型，用于DLBCL患者的风险分层和预后预测	新诊断的DLBCL患者	数字病理学	淋巴瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	Cox回归, LASSO回归	基因表达数据, 临床信息	来自TCGA和GEO数据库的DLBCL患者数据
255	2025-01-06	Multi-omics approach reveals TGF-β signaling-driven senescence in periodontium stem cells 2024-Dec-30, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.12.037 PMID:39743213	研究论文	本研究通过多组学方法揭示了TGF-β信号驱动的牙周膜干细胞衰老机制	首次提供了小鼠颌骨组织的空间转录组图谱，并揭示了DNA甲基化在TGF-β1诱导的牙周膜干细胞衰老中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和人类牙周膜干细胞，可能需要在更广泛的样本中进行验证	阐明TGF-β1在牙周膜干细胞衰老中的作用及其分子机制，以推动对年龄相关牙周疾病的理解和靶向治疗策略的开发	小鼠颌骨组织和人类牙周膜干细胞	生物医学	牙周疾病	空间转录组学、DNA甲基化分析	NA	转录组数据、DNA甲基化数据	小鼠颌骨组织和人类牙周膜干细胞
256	2025-01-05	Spatial transcriptomics reveals unique metabolic profile and key oncogenic regulators of cervical squamous cell carcinoma 2024-Dec-31, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-06011-y PMID:39741285	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析了宫颈鳞状细胞癌（CSCC）肿瘤微环境和代谢特征，揭示了不同肿瘤区域的代谢分布及其与肿瘤分化程度的关系	首次结合空间转录组学（ST）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，详细描绘了CSCC肿瘤边缘和核心区域的空间代谢分布，并发现了APP和TRPS1在肿瘤进展中的关键作用	研究样本量有限，且主要基于FFPE样本，可能影响结果的普适性	深入理解CSCC的肿瘤微环境和代谢特征，探索肿瘤进展的潜在机制	宫颈鳞状细胞癌（CSCC）患者的FFPE肿瘤样本	数字病理学	宫颈癌	空间转录组学（ST）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	CSCC患者的FFPE肿瘤样本
257	2025-01-05	Targeting AURKA with multifunctional nanoparticles in CRPC therapy 2024-Dec-30, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-03070-7 PMID:39734237	研究论文	本研究探讨了ART-T细胞膜包裹的AMS@AD纳米颗粒在光热-化疗-免疫联合治疗中对去势抵抗性前列腺癌（CRPC）的疗效	首次将光热、化疗和免疫治疗结合，使用T细胞膜仿生纳米颗粒靶向AURKA，为CRPC提供了一种新的三重联合治疗方法	研究主要基于体外和动物模型，尚未进行临床试验，实际疗效和安全性仍需进一步验证	评估CM-AMS@AD纳米颗粒在CRPC治疗中的疗效和潜在临床应用	去势抵抗性前列腺癌（CRPC）	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序、动态光散射、透射电子显微镜	NA	基因表达数据、细胞图像	TCGA-PRAD数据集和GEO数据库中的单细胞RNA测序数据
258	2025-01-05	Single-cell RNA sequencing identifies the expression of hemoglobin in chondrocyte cell subpopulations in osteoarthritis 2024-Dec-30, BMC molecular and cell biology IF:2.4Q4 DOI:10.1186/s12860-024-00519-3 PMID:39736555	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了骨关节炎中软骨细胞亚群中血红蛋白的表达特征及其相关通路	首次在软骨细胞中发现血红蛋白的表达，并揭示了其在骨关节炎进展中的潜在机制	研究依赖于公共数据库中的数据，未进行实验验证	探讨骨关节炎中软骨细胞亚群中血红蛋白的表达特征及其相关通路	正常人和骨关节炎患者的软骨细胞	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	从GEO数据库下载的正常人和骨关节炎患者的数据
259	2025-01-05	Single-cell and spatial transcriptomics reveal SPP1-CD44 signaling drives primary resistance to immune checkpoint inhibitors in RCC 2024-Dec-30, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-06018-5 PMID:39736762	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了SPP1-CD44信号在肾细胞癌中对免疫检查点抑制剂原发性耐药的作用机制	首次整合单细胞RNA测序、空间转录组学和临床样本分析，揭示了SPP1-CD44信号在肾细胞癌中对免疫检查点抑制剂原发性耐药的具体机制	研究主要基于实验室数据，尚未进行大规模临床试验验证	揭示肾细胞癌中对免疫检查点抑制剂原发性耐药的肿瘤-免疫相互作用和信号通路	肾细胞癌患者	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 基因集富集分析(GSEA)	细胞-细胞通信网络, 伪时间轨迹	RNA测序数据, 空间转录组数据	未明确提及具体样本数量
260	2025-01-05	Microdissection and Single-Cell Suspension of Neocortical Layers From Ferret Brain for Single-Cell Assays 2024-Dec-20, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5133 PMID:39735300	研究论文	本文描述了一种从活体脑切片中微解剖发育中的大脑皮层各层，并通过酶解和机械解离生成单细胞悬液的方法，适用于高通量单细胞分析	该方法提高了大脑皮层遗传分析的分辨率，并促进了比小鼠更能模拟人类皮层发育的实验室动物模型（如雪貂）的研究	NA	研究大脑皮层发育过程中的遗传复杂性	雪貂大脑的发育中的大脑皮层	生物医学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, TrackerSeq	NA	单细胞数据	胚胎期和早期出生后的雪貂大脑皮层