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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2025-10-07 |
InTraSeq: A Multimodal Assay that Uncovers New Single-Cell Biology and Regulatory Mechanisms
2024-Dec-09, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5284652/v1
PMID:39711533
|
研究论文 | 本文介绍了一种新型多模态单细胞测序技术InTraSeq,能够同时测量单个细胞中的mRNA、表面标志物、细胞质蛋白和核蛋白 | 开发了能够同时测量细胞内mRNA和多种蛋白质(包括翻译后修饰和转录因子)的多模态单细胞测序技术 | NA | 开发和应用多模态单细胞测序技术以更全面地研究细胞功能和调控机制 | Th17细胞分化过程中的细胞状态和调控机制 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,多模态单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据 | 超过85,000个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq,多模态单细胞分析 | InTraSeq | 基于寡核苷酸条形码抗体的多模态单细胞测序技术 |
| 242 | 2025-10-07 |
Biophysical model for joint analysis of chromatin and RNA sequencing data
2024-Dec, Physical review. E
DOI:10.1103/PhysRevE.110.064405
PMID:39916216
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研究论文 | 提出一种用于联合分析染色质和RNA测序数据的生物物理模型 | 开发了能够参数化多组学数据的染色质动力学和转录生物物理模型,并评估多组学数据相对于非配准单细胞测序的优势 | 模型主要应用于单细胞ATAC-seq数据,对其他模态数据的整合验证有限 | 开发联合分析染色质可及性和基因表达数据的计算方法 | 单细胞多组学测序数据和非配准单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学测序 | 生物物理模型 | 基因组测序数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 243 | 2025-02-07 |
Application of deep learning models on single-cell RNA sequencing analysis uncovers novel markers of double negative T cells
2024-12-28, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-82406-7
PMID:39732739
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研究论文 | 本研究应用深度学习模型分析单细胞RNA测序数据,揭示了C57BL/6小鼠脾脏双阴性T细胞的新标记物 | 使用深度学习模型scVI捕捉非线性基因表达模式,发现了新的双阴性T细胞亚群标记物,并通过流式细胞术验证 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本的验证较少 | 揭示双阴性T细胞的新标记物及其在自身免疫中的潜在作用 | C57BL/6小鼠和MRL/lpr小鼠的双阴性T细胞 | 生物信息学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | Single Cell Variational Inference (scVI) | 基因表达数据 | C57BL/6小鼠和MRL/lpr小鼠的双阴性T细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 244 | 2025-02-06 |
Dendritic cells type 1 control the formation, maintenance, and function of tertiary lymphoid structures in cancer
2024-Dec-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.27.628014
PMID:39763802
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研究论文 | 本文研究了在癌症中1型树突状细胞(cDC1)对三级淋巴结构(TLS)形成、维持和功能的关键作用 | 揭示了cDC1在肿瘤早期和进展阶段对TLS形成和维持的不同机制,并提出了cDC1靶向治疗作为增强TLS功能和抗肿瘤免疫的潜在策略 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类癌症患者中验证 | 探讨1型树突状细胞在癌症中三级淋巴结构形成和维持中的作用 | 非小细胞肺癌(NSCLC)小鼠模型 | 免疫学 | 肺癌 | 空间转录组学、多重成像 | 小鼠模型 | 图像、转录组数据 | 多种人类肿瘤样本及小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 245 | 2025-10-07 |
Integration of bulk and single-cell RNA-seq reveals prognostic gene signatures in patients with bladder cancer treated with immune checkpoint inhibitors
2024-Dec-21, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03839-7
PMID:39708127
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研究论文 | 本研究通过整合bulk和单细胞RNA-seq数据,开发了膀胱癌免疫检查点抑制剂治疗的预后基因标志物 | 首次结合bulk和单细胞RNA-seq数据识别与膀胱癌免疫治疗预后相关的基因特征,并联合肿瘤突变负荷进行综合预后评估 | 研究依赖于公共数据集,需要进一步的前瞻性验证 | 开发可靠的生物标志物以改善膀胱癌免疫检查点抑制剂治疗的预后分层 | 接受免疫检查点抑制剂治疗的膀胱癌患者 | 生物信息学 | 膀胱癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, CIBERSORT分析 | 基因特征评分模型 | 基因表达数据 | 多个公共数据集(GSE176307, GSE135337)和两个独立验证数据集 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 246 | 2025-10-07 |
Decoding the muscle transcriptome of patients with late-onset Pompe disease reveals markers of disease progression
2024-Dec-03, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awae249
PMID:39045638
|
研究论文 | 本研究通过单核RNA测序和空间转录组学技术,揭示了晚发型庞贝病肌肉转录组特征及疾病进展标志物 | 首次应用单核RNA测序技术研究LOPD患者骨骼肌细胞的转录异质性,并结合空间转录组学技术定位病理改变 | 样本量较小(8例患者和4例对照),需要更大规模研究验证发现 | 揭示晚发型庞贝病肌肉损伤的分子病理生理机制 | 晚发型庞贝病患者的肌肉活检样本和健康对照肌肉样本 | 数字病理学 | 庞贝病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据, 组织学图像 | 8例LOPD患者肌肉活检样本和4例健康对照肌肉样本 | NanoString | 单核RNA测序, 空间转录组学 | GeoMx | 单核RNA测序结合GeoMx空间转录组学平台 |
| 247 | 2025-10-07 |
AnnoGCD: a generalized category discovery framework for automatic cell type annotation
2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqae166
PMID:39660254
|
研究论文 | 提出了一种名为AnnoGCD的计算框架,用于单细胞RNA测序数据的自动细胞类型注释 | 结合广义类别发现和异常检测,能够在半监督设置下同时分类已知细胞类型和发现新细胞类型 | 仅在五个人类单细胞RNA测序数据集和一个小鼠模型图谱上进行了评估 | 开发自动细胞类型注释的计算框架 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 半监督学习,广义类别发现,异常检测 | 单细胞RNA测序数据 | 五个人类数据集和一个小鼠图谱 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 248 | 2025-10-07 |
Exploring transcription modalities from bimodal, single-cell RNA sequencing data
2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqae179
PMID:39703422
|
研究论文 | 本研究提出了一种椭圆参数化方法来分析双模态单细胞RNA测序数据,揭示了四种不同的转录模式 | 首次利用双模态单细胞RNA测序数据的二维形状信息,发现了四种可解释的转录模式 | 仅在细胞周期和结直肠癌两个数据集中进行了验证,需要更多数据集验证普适性 | 探索双模态单细胞RNA测序数据中的转录模式及其生物学意义 | 细胞周期数据集和结直肠癌数据集中的基因表达模式 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 椭圆参数化方法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 249 | 2025-10-07 |
Leveraging deep single-soma RNA sequencing to explore the neural basis of human somatosensation
2024-Dec, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01794-1
PMID:39496796
|
研究论文 | 通过单细胞体深度RNA测序和空间转录组学技术构建人类背根神经节神经元图谱 | 首次在人类DRG神经元中实现单细胞体深度RNA测序,平均检测超过9,000个独特基因,识别出16种神经元类型,并发现可能存在人类特异性神经元类型 | 技术难度导致以往缺乏人类DRG神经元单细胞体转录组数据,研究中可能仍存在某些技术限制 | 探索人类体感系统的神经基础 | 人类背根神经节(DRG)神经元 | 单细胞组学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, RNAscope原位杂交, 分子特征引导的微神经图记录 | NA | RNA测序数据, 空间转录组数据, 电生理记录数据 | 多个个体的人类DRG神经元 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 单细胞体深度RNA测序 |
| 250 | 2025-02-05 |
Development of a deep learning-based 1D convolutional neural network model for cross-species natural killer T cell identification using peripheral blood mononuclear cell single-cell RNA sequencing data
2024-Dec, Veterinary world
IF:1.7Q2
DOI:10.14202/vetworld.2024.2846-2857
PMID:39897371
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于一维卷积神经网络(1DCNN)的模型,用于跨物种识别自然杀伤T细胞(NKT细胞),并利用外周血单核细胞(PBMC)的单细胞RNA测序数据进行验证 | 首次应用1DCNN模型进行跨物种NKT细胞识别,并成功识别了人类、犬类和猪类PBMC中的NKT细胞 | 需要进一步研究验证这些发现,并且模型在其他细胞类型识别中的应用尚未验证 | 开发一种用于跨物种NKT细胞识别的深度学习模型 | 人类、犬类和猪类的外周血单核细胞(PBMC) | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | 1DCNN | RNA测序数据 | 人类、犬类和猪类的PBMC数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 251 | 2025-02-04 |
Combined Autophagy Inhibition and Dendritic Cell Recruitment Induces Antitumor Immunity and Enhances Immune Checkpoint Blockade Sensitivity in Pancreatic Cancer
2024-Dec-16, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0830
PMID:39288081
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研究论文 | 本研究探讨了自噬抑制与树突状细胞招募相结合在胰腺癌中的抗肿瘤免疫效应及其对免疫检查点阻断敏感性的增强作用 | 通过单细胞RNA测序揭示了自噬抑制在癌细胞中诱导树突状细胞激活的机制,并提出了三重疗法(氯喹、Flt3配体和抗LAG3抗体)显著抑制胰腺导管腺癌生长的创新治疗策略 | 自噬抑制在癌细胞中同时诱导了CD8+ T细胞耗竭,这可能限制了其长期疗效 | 研究自噬抑制与树突状细胞激活相结合在胰腺癌中的抗肿瘤免疫效应及其对免疫检查点阻断敏感性的增强作用 | 胰腺导管腺癌(PDAC)小鼠模型和人类PDAC肿瘤样本 | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 252 | 2024-11-15 |
[Molecular pathology of skin fragility]
2024-Dec, Dermatologie (Heidelberg, Germany)
DOI:10.1007/s00105-024-05425-5
PMID:39510987
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综述 | 本文综述了皮肤脆弱性的分子病理学,重点关注皮肤屏障功能的维持及其相关遗传和自身免疫疾病 | 本文结合现代技术如单细胞和空间转录组学以及人工智能算法,推进了人类皮肤的分子图谱研究 | NA | 探讨皮肤脆弱性的分子机制及其相关疾病 | 皮肤屏障功能、遗传和自身免疫疾病、皮肤粘附结构 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学、空间转录组学 | 人工智能算法 | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 253 | 2025-10-07 |
Reduced TRIM expression correlates with anomalous CD4 T cell activation in systemic lupus Erythematosus and its clinical diagnostic potential
2024-12, Immunology letters
IF:3.3Q3
DOI:10.1016/j.imlet.2024.106913
PMID:39233252
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研究论文 | 本研究探讨了TRIM分子在系统性红斑狼疮患者CD4+T细胞中的表达特征及其临床诊断价值 | 首次揭示TRIM表达与CD4+T细胞异常活化的关联,并证明其在SLE临床鉴别诊断中的潜力 | 样本来源包括人和小鼠,但具体样本数量未明确说明 | 阐明TRIM在SLE患者CD4+T细胞中的表达、功能和临床相关性 | 系统性红斑狼疮患者、健康对照者和类风湿关节炎患者的PBMCs及小鼠外周血和脾脏CD4+T细胞 | 免疫学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | SLE患者、健康对照和RA患者的PBMCs样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 254 | 2025-10-07 |
Intratumoural CD8+ CXCR5+ follicular cytotoxic T cells have prognostic value and are associated with CD19+ CD38+ B cells and tertiary lymphoid structures in colorectal cancer
2024-Dec-30, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03887-z
PMID:39739032
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研究论文 | 本研究探讨了结直肠癌中CD8+ CXCR5+滤泡细胞毒性T细胞的预后价值及其与B细胞和三级淋巴结构的关系 | 首次系统比较TFC细胞在MSI-high和MSS结直肠癌中的生物学功能差异,并建立了预后预测模型 | 研究样本量有限,机制研究仍需进一步验证 | 探索TFC细胞在结直肠癌中的特征及其在MSI-high和MSS亚型中的生物学功能差异 | 结直肠癌患者肿瘤组织和外周血样本 | 肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 流式细胞术, 共培养实验 | 预测模型 | 基因表达数据, 单细胞数据 | 临床队列和公共数据集样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 255 | 2025-10-07 |
TNFα has differential effects on the transcriptome profile of selected populations in murine cartilage
2024-Dec, Osteoarthritis and cartilage open
DOI:10.1016/j.ocarto.2024.100528
PMID:39494399
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析TNFα对小鼠软骨细胞转录组的差异影响 | 首次在单细胞分辨率下揭示TNFα对骨骺软骨细胞不同亚群的差异调控作用 | 研究仅使用新生C57BL/6小鼠的骨骺软骨细胞,未验证其他年龄或物种 | 探究TNFα在软骨细胞炎症反应中的作用机制 | 新生C57BL/6小鼠的骨骺软骨细胞 | 单细胞转录组学 | 骨关节炎 | RNA-Seq, scRNA-Seq | NA | 基因表达数据 | 14,239个细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 256 | 2025-10-07 |
Transcriptional Profiling of Testis Development in Pre-Sexually-Mature Hezuo Pig
2024-Dec-29, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47010010
PMID:39852125
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析合作猪青春期前睾丸发育的转录组特征 | 首次在合作猪中应用单细胞RNA测序技术解析睾丸细胞异质性,揭示了Leydig细胞和肌样细胞共同祖细胞来源 | 仅分析了一个月龄的青春期前样本,缺乏发育时间序列数据 | 探究合作猪睾丸发育过程中不同细胞类型的转录变化 | 合作猪睾丸组织 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 14,276个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
| 257 | 2025-10-07 |
SSL5-AnxA5 Fusion Protein Constructed Based on Human Atherosclerotic Plaque scRNA-Seq Data Preventing the Binding of Apoptotic Endothelial Cells, Platelets, and Inflammatory Cells
2024-Dec-24, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13010008
PMID:39857592
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研究论文 | 基于人动脉粥样硬化斑块单细胞测序数据构建SSL5-AnxA5融合蛋白,用于阻止凋亡内皮细胞、血小板和炎症细胞的结合 | 首次基于人动脉粥样硬化斑块单细胞测序数据构建双功能融合蛋白SSL5-AnxA5,能够同时靶向PSGL1和凋亡细胞 | 研究主要基于体外实验,需要进一步的体内验证 | 开发预防斑块破裂后动脉阻塞的新型治疗蛋白 | 人动脉粥样硬化斑块、凋亡内皮细胞、血小板、炎症细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, PCR, Western blot, 流式细胞术, 免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质数据 | 从GEO数据库获取的SAP和ACS患者斑块单细胞测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 258 | 2025-10-07 |
Disruption of immune responses by type 1 diabetes exacerbates SARS-CoV-2 mediated lung injury
2024-Dec-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00250.2024
PMID:39320093
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研究论文 | 本研究探讨1型糖尿病如何通过破坏免疫反应加剧SARS-CoV-2感染引起的肺损伤 | 开发了用于高度固定组织流式细胞分析的新技术,并首次在糖尿病模型中揭示炎症性巨噬细胞特征与COVID-19严重程度的关联 | 研究使用小鼠模型,结果可能不能完全适用于人类;组织分析受生物安全限制 | 评估1型糖尿病对COVID-19肺炎严重程度的影响机制 | 野生型小鼠感染小鼠适应型SARS-CoV-2的糖尿病模型 | 免疫学 | COVID-19肺炎 | 转录组分析,流式细胞术,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | 糖尿病和正常血糖小鼠对照研究 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 259 | 2025-10-07 |
DDO1002, an NRF2-KEAP1 inhibitor, improves hematopoietic stem cell aging and stress response
2024-Dec, Life medicine
DOI:10.1093/lifemedi/lnae043
PMID:39872153
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研究论文 | 本研究探讨NRF2-KEAP1抑制剂DDO1002在改善造血干细胞衰老和应激反应中的作用 | 首次揭示DDO1002通过激活NRF2-ARE通路改善衰老造血干细胞功能并缓解辐射诱导的造血损伤 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床应用效果仍需验证 | 探究DDO1002对造血干细胞衰老和辐射损伤的保护作用 | 造血干细胞(HSCs),特别是衰老小鼠的造血干细胞 | 干细胞生物学 | 造血系统疾病 | 单细胞测序,竞争性移植实验 | NA | 基因表达数据,细胞功能数据 | 衰老小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 260 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the intercellular crosstalk and the regulatory landscape of stromal cells during the whole life of the mouse ovary
2024-Dec, Life medicine
DOI:10.1093/lifemedi/lnae041
PMID:39872151
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示小鼠卵巢整个生命周期中基质细胞的细胞间通讯和调控景观 | 首次整合从胚胎期到老年期的单细胞RNA测序数据,系统描绘卵巢基质细胞的发育轨迹和细胞间通讯网络,并鉴定出CD24阳性间充质祖细胞作为基质细胞起源 | 研究主要基于小鼠模型,人类卵巢中的情况可能需要进一步验证 | 探索卵巢基质细胞的异质性、发育轨迹和细胞间通讯网络 | 小鼠卵巢组织 | 单细胞组学 | 卵巢衰老 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 从胚胎11.5天到12月龄小鼠卵巢样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |