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当前共找到 696 篇文献，本页显示第 221 - 240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2025-10-07 |
Systemic immune profiling analysis identifying M2-TAM related genes predicted colon cancer prognosis and chemotherapy responses
2024-Dec-27, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000040979
PMID:39969348
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研究论文 | 本研究通过系统免疫分析鉴定M2-TAM相关基因，用于预测结肠癌预后和化疗反应 | 开发了新的M2样巨噬细胞标记基因，建立了基于7个基因的M2-TAM风险模型，并通过孟德尔随机化验证了免疫检查点与结肠癌的因果关系 | 研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 探索与M2样巨噬细胞相关的新生物标志物，用于结肠癌预后预测和治疗反应评估 | 结肠癌患者 | 生物信息学 | 结肠癌 | 转录组分析，单细胞RNA测序，加权基因共表达网络分析，LASSO回归，Cox回归，孟德尔随机化 | 风险预测模型 | 转录组数据，单细胞RNA测序数据，临床数据 | 来自TCGA和GEO数据库的结肠癌患者数据 | NA | 单细胞RNA测序，bulk RNA测序 | NA | NA |
| 222 | 2025-10-07 |
Failure of metabolic checkpoint control during late-stage granulopoiesis drives neutropenia in reticular dysgenesis
2024-Dec-26, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024024123
PMID:39378586
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析网状发育不全患者样本和CRISPR模型，揭示了线粒体腺苷酸激酶2功能缺失导致中性粒细胞减少症的代谢调控机制 | 首次发现代谢检查点在造血不同阶段的差异调控作用，揭示了AK2缺陷在粒细胞生成晚期导致mTOR信号异常激活和代谢失衡的新机制 | 研究主要基于体外模型和患者样本，缺乏体内功能验证实验 | 探究网状发育不全综合征中代谢检查点调控失常导致中性粒细胞减少的分子机制 | 人类造血干细胞、粒细胞前体细胞、网状发育不全患者样本 | 单细胞生物学 | 免疫缺陷综合征 | 单细胞转录组测序, CRISPR基因编辑 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 网状发育不全患者样本和原代人类造血干细胞CRISPR模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 223 | 2025-10-07 |
NLSDeconv: an efficient cell-type deconvolution method for spatial transcriptomics data
2024-12-26, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae747
PMID:39705170
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研究论文 | 提出了一种基于非负最小二乘的空间转录组学数据细胞类型反卷积方法NLSDeconv | 开发了计算效率优于现有18种反卷积方法的新算法 | NA | 解决空间转录组学数据缺乏单细胞分辨率的问题 | 空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 非负最小二乘法 | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 224 | 2025-10-07 |
Accurate RNA velocity estimation based on multibatch network reveals complex lineage in batch scRNA-seq data
2024-Dec-18, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-024-02085-8
PMID:39696422
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研究论文 | 提出一种名为VeloVGI的新方法，用于在批次单细胞RNA测序数据中准确估计RNA速度并揭示复杂细胞谱系 | 通过结合最优传输和互最近邻方法构建批次数据中的邻居关系，并将图结构整合到编码器中改进速度估计 | 未明确说明方法在更广泛数据集上的适用性和计算效率 | 解决批次效应对RNA速度估计的影响，提高细胞发育轨迹推断的准确性 | 小鼠脊髓和嗅球组织细胞，以及多个公共单细胞RNA测序数据集 | 单细胞生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | VeloVGI（基于图神经网络的编码器模型） | 单细胞RNA测序数据（剪接和未剪接矩阵） | 多个公共数据集，包括小鼠脊髓和嗅球组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 225 | 2025-10-07 |
B-Cell Activation Gene Signature in Blood and Liver of Hepatitis B e Antigen-Positive Patients With Immune Active Chronic Hepatitis B
2024-Dec-16, The Journal of infectious diseases
IF:5.0Q1
DOI:10.1093/infdis/jiae280
PMID:38847286
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研究论文 | 本研究通过分析慢性乙型肝炎患者血液和肝脏中B细胞的基因表达谱，揭示了免疫活跃期患者的B细胞激活特征 | 首次在慢性乙型肝炎患者中同时分析血液和肝脏B细胞的基因表达特征，并通过单细胞RNA测序技术识别了naive和记忆B细胞亚群作为主要特征携带者 | 样本量有限，研究主要关注免疫活跃期患者，未涵盖所有慢性HBV感染阶段 | 探究慢性乙型肝炎患者B细胞的激活状态及其在HBV感染中的免疫反应特征 | 免疫活跃期慢性乙型肝炎患者和健康对照者的血液及肝脏B细胞 | 免疫学 | 乙型肝炎 | RNA测序, 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 流式细胞数据 | 慢性乙型肝炎患者和健康对照者样本 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 流式细胞术 | NA | NA |
| 226 | 2025-10-07 |
Immune responses in checkpoint myocarditis across heart, blood and tumour
2024-Dec, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08105-5
PMID:39506125
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术分析免疫检查点抑制剂引发的心肌炎患者心脏、肿瘤和血液中的免疫反应特征 | 首次在irMyocarditis患者中同时分析心脏、肿瘤和血液的免疫反应，发现心脏扩增的TCR克隆不识别常见心脏自身抗原，且与肿瘤TCR克隆重叠度低 | 样本量相对有限（28例患者），部分机制仍需进一步验证 | 阐明免疫检查点抑制剂相关心肌炎的发病机制及其与抗肿瘤免疫的关系 | 28例免疫检查点抑制剂相关心肌炎患者和41例未受影响个体 | 免疫学 | 心肌炎 | 单细胞RNA测序，T细胞受体测序，显微镜检查，蛋白质组学分析 | NA | 单细胞转录组数据，TCR序列数据，显微镜图像，蛋白质数据 | 28例irMyocarditis患者，41例对照个体，共分析84576个心脏细胞和366066个血液细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 227 | 2025-02-14 |
Reconstruction of gene regulatory networks from single cell transcriptomic data
2024-Dec, Vavilovskii zhurnal genetiki i selektsii
IF:0.9Q3
DOI:10.18699/vjgb-24-104
PMID:39944798
|
综述 | 本文综述了从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据重建基因调控网络（GRNs）的方法和程序 | 本文特别关注了利用其他组学数据（主要是转录因子结合位点和开放染色质图谱）来提高单细胞转录组数据重建GRN的准确性 | 单细胞组学数据的技术和生物学特性需要特定的GRN推断方法 | 理解和研究细胞在发育过程中及响应各种内外刺激时使用的机制 | 基因调控网络（GRNs） | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 228 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomes of dissecting the intra-tumoral heterogeneity of breast cancer microenvironment
2024-Dec-26, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-024-06015-7
PMID:39724260
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示乳腺癌肿瘤微环境的瘤内异质性 | 首次构建包含54,055个细胞的乳腺癌单细胞转录组图谱，识别了恶性上皮细胞的六种共同表达程序和六种亚型特异性表达程序 | 样本量较小（仅4例恶性患者和4例非恶性患者），需要更大规模研究验证 | 研究乳腺癌异质性在单细胞转录组中的形成机制和作用 | 乳腺癌临床标本中的细胞 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解(NMF) | 单细胞转录组数据 | 54,055个高质量细胞，来自4例恶性和4例非恶性患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 229 | 2025-10-07 |
Case study of a neuroendocrine tumor of uncertain origin: single-cell transcriptomics unravels potential primary location
2024-Dec-31, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-024-06071-z
PMID:39738894
|
案例研究 | 通过单细胞转录组学技术确定一例来源不明的神经内分泌肿瘤的原发部位 | 首次将单细胞RNA测序和全外显子组测序结合用于神经内分泌肿瘤的原发部位鉴定 | 仅为一例个案研究，需要更大样本量验证 | 确定非器官局限性神经内分泌肿瘤的原发来源以指导精准诊疗 | 一例位于十二指肠和胰头之间的腹膜后非功能性神经内分泌肿瘤 | 单细胞转录组学 | 神经内分泌肿瘤 | 单细胞RNA测序, 全外显子组测序 | 分子基因特征分类模型 | 单细胞转录组数据, 外显子组数据 | 1例神经内分泌肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 全外显子组测序 | NA | NA |
| 230 | 2025-10-07 |
Identification of psoriasis-associated immune marker G3BP2 through single-cell RNA sequencing and meta analysis
2024-12, Immunology
IF:4.9Q2
DOI:10.1111/imm.13851
PMID:39267394
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和荟萃分析识别与银屑病相关的免疫标志物G3BP2 | 首次结合单细胞RNA测序和荟萃分析方法，在细胞水平阐明银屑病潜在机制并识别关键免疫调控标志基因 | 样本量相对有限（12例患者），机制研究主要基于生物信息学分析 | 探索银屑病发病机制并识别有效治疗靶点 | 银屑病患者皮肤组织样本 | 生物信息学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序, 荟萃分析, WGCNA, LASSO回归, ROC分析 | PCA, tSNE, WGCNA, LASSO | 基因表达数据 | 12例银屑病患者皮肤组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 231 | 2025-10-07 |
InTraSeq: A Multimodal Assay that Uncovers New Single-Cell Biology and Regulatory Mechanisms
2024-Dec-09, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5284652/v1
PMID:39711533
|
研究论文 | 本文介绍了一种新型多模态单细胞测序技术InTraSeq，能够同时测量单个细胞中的mRNA、表面标志物、细胞质蛋白和核蛋白 | 开发了能够同时测量细胞内mRNA和多种蛋白质（包括翻译后修饰和转录因子）的多模态单细胞测序技术 | NA | 开发和应用多模态单细胞测序技术以更全面地研究细胞功能和调控机制 | Th17细胞分化过程中的细胞状态和调控机制 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序，多模态单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据，蛋白质表达数据 | 超过85,000个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq，多模态单细胞分析 | InTraSeq | 基于寡核苷酸条形码抗体的多模态单细胞测序技术 |
| 232 | 2025-10-07 |
Biophysical model for joint analysis of chromatin and RNA sequencing data
2024-Dec, Physical review. E
DOI:10.1103/PhysRevE.110.064405
PMID:39916216
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研究论文 | 提出一种用于联合分析染色质和RNA测序数据的生物物理模型 | 开发了能够参数化多组学数据的染色质动力学和转录生物物理模型，并评估多组学数据相对于非配准单细胞测序的优势 | 模型主要应用于单细胞ATAC-seq数据，对其他模态数据的整合验证有限 | 开发联合分析染色质可及性和基因表达数据的计算方法 | 单细胞多组学测序数据和非配准单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学测序 | 生物物理模型 | 基因组测序数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 233 | 2025-02-07 |
Application of deep learning models on single-cell RNA sequencing analysis uncovers novel markers of double negative T cells
2024-12-28, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-82406-7
PMID:39732739
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研究论文 | 本研究应用深度学习模型分析单细胞RNA测序数据，揭示了C57BL/6小鼠脾脏双阴性T细胞的新标记物 | 使用深度学习模型scVI捕捉非线性基因表达模式，发现了新的双阴性T细胞亚群标记物，并通过流式细胞术验证 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证较少 | 揭示双阴性T细胞的新标记物及其在自身免疫中的潜在作用 | C57BL/6小鼠和MRL/lpr小鼠的双阴性T细胞 | 生物信息学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | Single Cell Variational Inference (scVI) | 基因表达数据 | C57BL/6小鼠和MRL/lpr小鼠的双阴性T细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 234 | 2025-02-06 |
Dendritic cells type 1 control the formation, maintenance, and function of tertiary lymphoid structures in cancer
2024-Dec-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.27.628014
PMID:39763802
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研究论文 | 本文研究了在癌症中1型树突状细胞（cDC1）对三级淋巴结构（TLS）形成、维持和功能的关键作用 | 揭示了cDC1在肿瘤早期和进展阶段对TLS形成和维持的不同机制，并提出了cDC1靶向治疗作为增强TLS功能和抗肿瘤免疫的潜在策略 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类癌症患者中验证 | 探讨1型树突状细胞在癌症中三级淋巴结构形成和维持中的作用 | 非小细胞肺癌（NSCLC）小鼠模型 | 免疫学 | 肺癌 | 空间转录组学、多重成像 | 小鼠模型 | 图像、转录组数据 | 多种人类肿瘤样本及小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 235 | 2025-10-07 |
Integration of bulk and single-cell RNA-seq reveals prognostic gene signatures in patients with bladder cancer treated with immune checkpoint inhibitors
2024-Dec-21, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03839-7
PMID:39708127
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研究论文 | 本研究通过整合bulk和单细胞RNA-seq数据，开发了膀胱癌免疫检查点抑制剂治疗的预后基因标志物 | 首次结合bulk和单细胞RNA-seq数据识别与膀胱癌免疫治疗预后相关的基因特征，并联合肿瘤突变负荷进行综合预后评估 | 研究依赖于公共数据集，需要进一步的前瞻性验证 | 开发可靠的生物标志物以改善膀胱癌免疫检查点抑制剂治疗的预后分层 | 接受免疫检查点抑制剂治疗的膀胱癌患者 | 生物信息学 | 膀胱癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, CIBERSORT分析 | 基因特征评分模型 | 基因表达数据 | 多个公共数据集（GSE176307, GSE135337）和两个独立验证数据集 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 236 | 2025-10-07 |
Decoding the muscle transcriptome of patients with late-onset Pompe disease reveals markers of disease progression
2024-Dec-03, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awae249
PMID:39045638
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研究论文 | 本研究通过单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了晚发型庞贝病肌肉转录组特征及疾病进展标志物 | 首次应用单核RNA测序技术研究LOPD患者骨骼肌细胞的转录异质性，并结合空间转录组学技术定位病理改变 | 样本量较小（8例患者和4例对照），需要更大规模研究验证发现 | 揭示晚发型庞贝病肌肉损伤的分子病理生理机制 | 晚发型庞贝病患者的肌肉活检样本和健康对照肌肉样本 | 数字病理学 | 庞贝病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据, 组织学图像 | 8例LOPD患者肌肉活检样本和4例健康对照肌肉样本 | NanoString | 单核RNA测序, 空间转录组学 | GeoMx | 单核RNA测序结合GeoMx空间转录组学平台 |
| 237 | 2025-10-07 |
AnnoGCD: a generalized category discovery framework for automatic cell type annotation
2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqae166
PMID:39660254
|
研究论文 | 提出了一种名为AnnoGCD的计算框架，用于单细胞RNA测序数据的自动细胞类型注释 | 结合广义类别发现和异常检测，能够在半监督设置下同时分类已知细胞类型和发现新细胞类型 | 仅在五个人类单细胞RNA测序数据集和一个小鼠模型图谱上进行了评估 | 开发自动细胞类型注释的计算框架 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 半监督学习，广义类别发现，异常检测 | 单细胞RNA测序数据 | 五个人类数据集和一个小鼠图谱 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 238 | 2025-10-07 |
Exploring transcription modalities from bimodal, single-cell RNA sequencing data
2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqae179
PMID:39703422
|
研究论文 | 本研究提出了一种椭圆参数化方法来分析双模态单细胞RNA测序数据，揭示了四种不同的转录模式 | 首次利用双模态单细胞RNA测序数据的二维形状信息，发现了四种可解释的转录模式 | 仅在细胞周期和结直肠癌两个数据集中进行了验证，需要更多数据集验证普适性 | 探索双模态单细胞RNA测序数据中的转录模式及其生物学意义 | 细胞周期数据集和结直肠癌数据集中的基因表达模式 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 椭圆参数化方法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 239 | 2025-10-07 |
Leveraging deep single-soma RNA sequencing to explore the neural basis of human somatosensation
2024-Dec, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01794-1
PMID:39496796
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研究论文 | 通过单细胞体深度RNA测序和空间转录组学技术构建人类背根神经节神经元图谱 | 首次在人类DRG神经元中实现单细胞体深度RNA测序，平均检测超过9,000个独特基因，识别出16种神经元类型，并发现可能存在人类特异性神经元类型 | 技术难度导致以往缺乏人类DRG神经元单细胞体转录组数据，研究中可能仍存在某些技术限制 | 探索人类体感系统的神经基础 | 人类背根神经节(DRG)神经元 | 单细胞组学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, RNAscope原位杂交, 分子特征引导的微神经图记录 | NA | RNA测序数据, 空间转录组数据, 电生理记录数据 | 多个个体的人类DRG神经元 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 单细胞体深度RNA测序 |
| 240 | 2025-02-05 |
Development of a deep learning-based 1D convolutional neural network model for cross-species natural killer T cell identification using peripheral blood mononuclear cell single-cell RNA sequencing data
2024-Dec, Veterinary world
IF:1.7Q2
DOI:10.14202/vetworld.2024.2846-2857
PMID:39897371
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研究论文 | 本研究开发了一种基于一维卷积神经网络（1DCNN）的模型，用于跨物种识别自然杀伤T细胞（NKT细胞），并利用外周血单核细胞（PBMC）的单细胞RNA测序数据进行验证 | 首次应用1DCNN模型进行跨物种NKT细胞识别，并成功识别了人类、犬类和猪类PBMC中的NKT细胞 | 需要进一步研究验证这些发现，并且模型在其他细胞类型识别中的应用尚未验证 | 开发一种用于跨物种NKT细胞识别的深度学习模型 | 人类、犬类和猪类的外周血单核细胞（PBMC） | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | 1DCNN | RNA测序数据 | 人类、犬类和猪类的PBMC数据集 | NA | NA | NA | NA |