单细胞与空转测序相关文章

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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量
181 2024-12-18
Expanding GABAergic Neuronal Diversity in iPSC-Derived Disease Models
2024-Dec-04, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究开发了一种新的策略,通过过表达转录因子ASCL1和DLX2以及双重SMAD和WNT抑制,将人类多能干细胞高效分化为多种区域特异性的GABA能神经元类型,并利用单细胞测序技术揭示了这些神经元的异质性和命运调控机制 本研究创新性地整合了转录因子过表达和双重SMAD及WNT抑制策略,显著提高了人类多能干细胞向GABA能神经元的分化效率和多样性,并揭示了不同GABA能神经元亚型的基因表达特征及其与神经发育和精神疾病的关联 本研究主要集中在体外模型,尚未在体内验证这些GABA能神经元的功能和病理相关性 开发一种高效且多样化的方法,将人类多能干细胞分化为GABA能神经元,用于神经发育和精神疾病的疾病建模 人类多能干细胞衍生的GABA能神经元及其在神经发育和精神疾病中的作用 神经科学 神经发育障碍 单细胞测序 NA 基因表达数据 多种人类多能干细胞系衍生的GABA能神经元类型
182 2024-12-18
Characterization of an Activated Metabolic Transcriptional Program in Hepatoblastoma Tumor Cells Using scRNA-seq
2024-Dec-04, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了肝母细胞瘤肿瘤细胞中的代谢转录程序,并使用机器学习方法建立了肿瘤表达代谢评分 首次在单细胞水平上验证了肝母细胞瘤肿瘤细胞中激活的代谢转录程序,并识别出一系列具有预测价值的代谢酶 研究仅限于肝母细胞瘤,未探讨其他类型的儿童肝癌 探讨肝母细胞瘤中代谢重编程的分子机制 肝母细胞瘤肿瘤细胞中的代谢酶表达 数字病理学 肝母细胞瘤 单细胞RNA测序 Elasticnet RNA 使用了GSE104766和GSE131329数据集的bulk RNA测序数据,以及GSE180665数据集的单细胞转录组数据
183 2024-12-18
Neutrophils drive sexual dimorphism in experimental periodontitis
2024-Dec-03, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过实验性牙周炎模型探讨了中性粒细胞在性别二态性中的作用 首次揭示了中性粒细胞在性别特异性牙周炎进展中的机制作用 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 通过阐明性别特异性机制来改善牙周疾病的治疗 男性和女性小鼠的牙周炎进展 NA 牙周疾病 流式细胞术,单细胞测序 NA 图像,免疫细胞数据 至少5只小鼠,以及人类牙周炎患者的单细胞测序数据
184 2024-12-18
Tackling the Complexity of Spatial Transcriptomics Data Interpretation with Large Language Models
2024-Dec-03, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究探讨了大型语言模型(LLMs)在空间转录组数据分析和解释中的潜力,特别是在小鼠黑色素瘤肿瘤模型中的应用 本研究展示了LLMs在空间转录组数据分析中的潜力,能够结合高级模式识别与广泛的知识整合,增强数据解释能力 目前的工作流程尚需进一步开发以实现可扩展性 探索LLMs在空间转录组数据解释中的应用,以加速将空间转录组数据转化为生物学见解 小鼠黑色素瘤肿瘤模型的空间转录组数据 数字病理学 黑色素瘤 空间转录组 LLM(大型语言模型) 基因表达数据 小鼠黑色素瘤肿瘤模型
185 2024-12-18
Identification of a Highly Functional Effector CD8 + T Cell Program after Transplantation in Mice and Humans
2024-Dec-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 研究在移植后的小鼠和人类中,CD8+ T细胞在急性排斥反应中的功能和命运 首次发现CD43 1B11信号在移植排斥反应中的作用,并证明CD43 1B11单克隆抗体治疗可以克服大多数小鼠的共刺激阻断诱导的耐受性 研究主要集中在小鼠模型和少数人类样本上,可能无法完全反映人类移植排斥反应的复杂性 探讨CD8+ T细胞在移植排斥反应中的作用及其在急性排斥反应中的命运 小鼠和人类移植后的CD8+ T细胞 NA NA scRNA-seq NA 单细胞RNA测序数据 小鼠和人类样本
186 2024-12-18
Alevin-fry-atac enables rapid and memory frugal mapping of single-cell ATAC-seq data using virtual colors for accurate genomic pseudoalignment
2024-Dec-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种新的伪对齐方案,通过将参考序列划分为“虚拟颜色”来加速单细胞ATAC-seq数据的映射,并开发了工具alevin-fry-atac进行处理 创新点在于提出了基于虚拟颜色的伪对齐方法,能够显著加速单细胞ATAC-seq数据的映射,同时减少内存使用并提高准确性 NA 开发一种快速、内存高效且准确的单细胞ATAC-seq数据映射方法 单细胞ATAC-seq数据 生物信息学 NA 伪对齐 NA 基因组数据 NA
187 2024-12-18
The Immunoregulatory Architecture of the Adult Oral Cavity
2024-Dec-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文首次展示了人类成年口腔和颅面组织的综合图谱,通过单细胞RNA测序和空间图谱技术揭示了口腔免疫调节的细胞和分子结构 首次整合了人类成年口腔和颅面组织的综合图谱,并开发了AstroSuite软件包用于分析细胞邻域和多细胞相互作用模块 研究主要集中在健康状态下的口腔组织,对疾病状态下的变化研究较少 深入理解口腔组织的免疫调节结构,为精准医学提供基础 人类成年口腔和颅面组织的细胞、分子和空间结构 数字病理学 NA 单细胞RNA测序 NA 细胞 约250,000个细胞,来自70个样本,涵盖13个微环境
188 2024-12-18
Transcriptomic Analysis of Air-Liquid Interface Culture in Human Lung Organoids Reveals Regulators of Epithelial Differentiation
2024-Dec-02, Cells IF:5.1Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析了气液界面培养对人类肺类器官上皮细胞分化的影响 首次全面分析了气液界面培养对上皮细胞分化的影响,并揭示了关键的转录调控因子 研究仅限于体外模型,未涉及体内验证 开发体外呼吸模型并识别上皮细胞分化的关键因素 人类肺类器官中的上皮细胞分化 数字病理学 NA 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 未明确具体样本数量
189 2024-12-18
Innovative Insights into Single-Cell Technologies and Multi-Omics Integration in Livestock and Poultry
2024-Dec-02, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
综述 本文综述了单细胞RNA测序(scRNA-seq)与多组学整合技术在畜禽研究中的应用 强调了scRNA-seq与表观组学、蛋白质组学和空间转录组学数据的结合,提供了多维度的分析方法 NA 探讨单细胞技术和多组学整合在畜禽研究中的应用 畜禽中的关键物种,包括家禽、猪和反刍动物 NA NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA RNA NA
190 2024-12-18
The Immunomodulatory Effects of Vitamin D on COVID-19 Induced Glioblastoma Recurrence via the PI3K-AKT Signaling Pathway
2024-Dec-02, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
研究论文 本研究探讨了维生素D通过PI3K-AKT信号通路对COVID-19诱导的胶质母细胞瘤复发的免疫调节作用 本研究通过整合生物信息学方法,揭示了维生素D与COVID-19在胶质母细胞瘤中的分子相互作用,并确定了关键的预后基因 本研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证 探讨COVID-19与胶质母细胞瘤之间的分子相互作用,并研究维生素D的免疫调节作用 COVID-19感染的胶质母细胞瘤患者 NA 脑癌 生物信息学方法,包括富集分析、生存分析和分子对接 NA 基因表达数据 203个共同差异表达基因,6个预后关键基因
191 2024-12-18
Fibroblast growth factor 2 enhances BMSC stemness through ITGA2-dependent PI3K/AKT pathway activation
2024-Dec, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1
研究论文 研究探讨了成纤维细胞生长因子2(FGF2)通过ITGA2依赖的PI3K/AKT通路激活增强骨髓间充质干细胞(BMSC)干性的机制 首次揭示了FGF2通过上调ITGA2表达并通过PI3K/AKT信号通路增强BMSC干性的机制 研究主要在体外实验中进行,尚未在体内环境中验证其效果 探讨增强BMSC干性的策略以提高其在临床治疗中的疗效 骨髓间充质干细胞(BMSC)及其干性维持机制 干细胞生物学 NA 转录组学和单细胞测序 NA 转录组数据 多个BMSC样本
192 2024-12-18
Specialized metabolism in St John's wort
2024-Dec, Current opinion in plant biology IF:8.3Q1
研究论文 本文研究了圣约翰草(Hypericum perforatum L.)的特殊代谢,特别是其标志性生物活性化合物hyperforin和hypericin的生物合成 本文揭示了圣约翰草中多种代谢物的生物合成途径,并发现了新的酶如hyperforin合酶,为药物开发提供了可扩展的生物活性化合物生产方法 NA 研究圣约翰草的特殊代谢及其生物活性化合物的生物合成途径 圣约翰草(Hypericum perforatum L.)及其生物活性化合物hyperforin和hypericin NA NA 单细胞RNA测序 NA RNA NA
193 2024-12-18
Combined single cell and spatial transcriptome analysis reveals cellular heterogeneity of hedgehog pathway in gastric cancer
2024-Dec, Genes and immunity IF:5.0Q2
研究论文 本研究结合单细胞测序数据和空间转录组学,深入探讨了hedgehog通路在胃癌中的作用 首次通过结合单细胞测序和空间转录组学,揭示了hedgehog通路在胃癌中的细胞异质性,并发现了CCND1在肿瘤相关成纤维细胞形成中的重要作用 研究主要基于单细胞和空间转录组数据,缺乏体内实验验证 探讨hedgehog通路在胃癌中的作用,并寻找潜在的治疗靶点 胃癌中的hedgehog通路及相关成纤维细胞 数字病理学 胃癌 单细胞测序,空间转录组学 NA 转录组数据 未明确具体样本数量
194 2024-12-18
Single-cell transcriptomics and tissue metabolomics uncover mechanisms underlying wooden breast disease in broilers
2024-Dec, Poultry science IF:3.8Q1
研究论文 研究通过单细胞转录组学和组织代谢组学揭示了肉鸡木胸病的发病机制 首次综合分析了鸡木胸肌肉的转录组和代谢组,发现了木胸肌肉中独特的巨噬细胞簇(第11簇),并揭示了木胸病发生时细胞间相互作用网络的减弱以及关键差异代谢物的变化 研究主要集中在转录组和代谢组分析,未深入探讨木胸病的具体分子机制 揭示肉鸡木胸病的病理生理机制 肉鸡木胸肌肉的基因表达、细胞间相互作用及代谢物变化 数字病理学 肌肉疾病 单细胞转录组学、代谢组学 NA 转录组数据、代谢组数据 NA
195 2024-12-18
SDC4 protein action and related key genes in nonhealing diabetic foot ulcers based on bioinformatics analysis and machine learning
2024-Dec, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序、转录组分析和机器学习方法,识别了非愈合性糖尿病足溃疡中的关键基因SDC4及其相关基因 首次通过单细胞RNA测序和机器学习方法识别了非愈合性糖尿病足溃疡中的关键基因SDC4,并构建了高精度和稳定性的预测模型 研究仅基于GEO数据库中的数据,未进行体内或体外实验验证 识别非愈合性糖尿病足溃疡中的关键基因,并探讨其分子机制和信号通路变化 非愈合性糖尿病足溃疡中的关键基因及其相关细胞类型 机器学习 糖尿病 单细胞RNA测序、转录组分析、LASSO回归算法 LASSO回归 基因表达数据 使用了GSE165816、GSE134431和GSE143735三个数据集
196 2024-12-18
Sex-specific regulatory architecture of pancreatic islets from subjects with and without type 2 diabetes
2024-Dec, The EMBO journal
研究论文 研究探讨了2型糖尿病患者与非糖尿病患者胰腺胰岛中性别特异性的调控结构差异 结合单细胞RNA测序和单核ATAC测序技术,首次揭示了2型糖尿病患者胰腺胰岛中性别特异性的染色质可及性和基因表达差异,并发现了与糖尿病相关的性别和细胞类型特异性变异 研究样本量较小,且仅限于人类胰腺胰岛,可能无法全面反映所有性别和细胞类型的差异 探讨2型糖尿病患者与非糖尿病患者胰腺胰岛中性别特异性的调控机制 2型糖尿病患者与非糖尿病患者的胰腺胰岛 数字病理学 糖尿病 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单核ATAC测序(snATAC-seq) NA 基因表达数据、染色质可及性数据 52名捐赠者(包括2型糖尿病患者和非糖尿病患者)
197 2024-11-22
Author Correction: Single-cell transcriptomics stratifies organoid models of metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease
2024-Dec, The EMBO journal
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
198 2024-12-18
Exploring T Cell and NK Cell Involvement in Ankylosing Spondylitis Through Single-Cell Sequencing
2024-Dec, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2
研究论文 通过单细胞测序技术探索强直性脊柱炎中T细胞和NK细胞的参与机制 首次通过单细胞测序技术揭示了强直性脊柱炎中T细胞和NK细胞的关键作用,并发现了CD74基因在T细胞中的上调表达以及巨噬细胞迁移抑制因子信号通路在细胞间相互作用中的显著表达 研究样本量较小,仅包括三名强直性脊柱炎患者和三名非患者,可能影响结果的普适性 揭示强直性脊柱炎的复杂免疫机制,为识别新的治疗靶点和创新疗法奠定基础 强直性脊柱炎患者的骨髓细胞样本 数字病理学 强直性脊柱炎 单细胞测序 NA 单细胞测序数据 三名强直性脊柱炎患者和三名非患者的骨髓细胞样本
199 2024-12-18
Cellular and Molecular Basis of Environment-Induced Color Change in a Tree Frog
2024-Dec-01, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1
研究论文 本研究使用单细胞RNA测序技术探讨了树蛙皮肤颜色变化的细胞和分子机制 首次揭示了形态学颜色变化(MCC)在树蛙背景适应中的主导作用,并发现色素细胞的数量比单个细胞的转录活性对颜色变化的影响更大 研究对象仅限于一种树蛙,可能无法完全推广到其他物种 探讨环境诱导下树蛙皮肤颜色变化的细胞和分子机制 树蛙的皮肤色素细胞 NA NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA RNA 未明确说明具体样本数量
200 2024-12-18
Integrated Analysis of Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Reveals HSD3B7 as a Prognostic Biomarker and Potential Therapeutic Target in ccRCC
2024-Dec-01, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,揭示了HSD3B7作为ccRCC的预后生物标志物和潜在治疗靶点 首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据,识别出HSD3B7作为ccRCC的新型生物标志物,并验证了其在肿瘤进展中的作用 研究主要基于公开数据集,可能存在样本偏倚;功能研究仅限于体外和体内实验,缺乏临床验证 识别与ccRCC进展和预后相关的关键生物标志物,并探索其作为治疗靶点的潜力 ccRCC的肿瘤进展和预后生物标志物 数字病理学 肾癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和批量RNA测序(bulk RNA-seq) NA 基因表达数据 单细胞数据来自公开数据集,批量RNA-seq数据来自TCGA的ccRCC样本
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