单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-23	Mechanistic insights into sevoflurane-induced hippocampal neuronal damage and cognitive dysfunction through the NEAT1/Nrf2 signaling axis in aged rats 2024-Dec-21, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-024-09964-4 PMID:39707048	研究论文	研究揭示了七氟醚通过NEAT1/Nrf2信号轴诱导老年大鼠海马神经元损伤和认知功能障碍的分子机制	首次揭示了NEAT1通过抑制Nrf2信号通路，促进七氟醚诱导的氧化应激和神经元凋亡，从而导致老年大鼠的神经损伤和认知功能障碍	研究仅在老年大鼠模型中进行，结果的普适性和临床应用仍需进一步验证	探讨七氟醚诱导老年大鼠海马神经元损伤和认知功能障碍的分子机制	老年大鼠的海马神经元和认知功能	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	老年大鼠
2	2024-12-23	Integrated machine learning reveals the role of tryptophan metabolism in clear cell renal cell carcinoma and its association with patient prognosis 2024-Dec-21, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-024-00576-w PMID:39707545	研究论文	本研究探讨了色氨酸代谢在透明细胞肾细胞癌中的作用及其与患者预后的关联，并开发了一个基于色氨酸代谢的预测模型	首次开发了基于色氨酸代谢的预测模型，用于评估透明细胞肾细胞癌患者的预后和治疗反应	实验验证仅限于少数基因和组织样本，需要进一步的临床验证	研究色氨酸代谢在透明细胞肾细胞癌中的作用，并开发预测模型以改善患者分层和个性化治疗	透明细胞肾细胞癌患者的预后和治疗反应	机器学习	肾细胞癌	单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、qRT-PCR、Western blot、CCK8实验、transwell实验	机器学习模型	多组学数据	多个数据集和实验样本
3	2024-12-23	An insight into COVID-19 host immunity at single-cell resolution 2024-Dec-21, International reviews of immunology IF:4.3Q2 DOI:10.1080/08830185.2024.2443420 PMID:39707914	综述	本文系统描述了在COVID-19感染和不同疫苗接种情况下，基于单细胞研究的病毒诱导的免疫细胞类型和细胞状态的相对丰度及分子行为的失调	利用单细胞转录组学技术，高分辨率地研究了宿主对SARS-CoV-2感染的免疫反应	NA	探讨COVID-19感染和不同疫苗接种情况下宿主免疫反应的细胞和分子基础	COVID-19感染和不同疫苗接种情况下的免疫细胞类型和细胞状态	NA	COVID-19	单细胞转录组学	NA	转录组	基于过去三到四年发表的单细胞研究
4	2024-12-23	Integration of bulk and single-cell RNA-seq reveals prognostic gene signatures in patients with bladder cancer treated with immune checkpoint inhibitors 2024-Dec-21, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03839-7 PMID:39708127	研究论文	本研究整合了批量和单细胞RNA测序数据，揭示了在接受免疫检查点抑制剂治疗的膀胱癌患者中的预后基因特征	首次整合批量和单细胞RNA测序数据，开发了一个预测膀胱癌预后的基因特征（BC-GS），并通过独立数据集验证了其有效性	研究仅限于膀胱癌患者，且依赖于特定的免疫检查点抑制剂治疗方案	识别可靠的生物标志物，以增强对接受免疫检查点抑制剂治疗的膀胱癌患者治疗结果的预测	接受免疫检查点抑制剂治疗的膀胱癌患者	数字病理学	膀胱癌	RNA测序	NA	基因表达数据	批量RNA表达数据来自GSE176307队列，单细胞测序数据来自GSE135337队列
5	2024-12-23	Further evidence of biallelic NAV3 variants associated with recessive neurodevelopmental disorder with dysmorphism, developmental delay, intellectual disability, and behavioral abnormalities 2024-Dec-21, Human genetics IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s00439-024-02718-6 PMID:39708122	研究论文	本文报告了五个来自三个无关近亲家庭的患者，这些患者携带双等位NAV3基因变异，表现出神经发育障碍、畸形、智力障碍、发育迟缓和行为异常	首次验证了NAV3基因中的双等位截短变异是神经发育障碍的原因，扩展了该基因致病变异的谱系	样本量较小，仅涉及五个患者，且研究仅限于三个家庭	验证NAV3基因中的双等位变异与神经发育障碍的关联	NAV3基因变异与神经发育障碍的关系	NA	神经发育障碍	外显子测序	NA	基因组数据	五个患者
6	2024-12-23	Single-cell transcriptomics reveal the prognostic roles of epithelial and T cells and DNA methylation-based prognostic models in pancreatic cancer 2024-Dec-21, Clinical epigenetics IF:4.8Q1 DOI:10.1186/s13148-024-01800-0 PMID:39709423	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序和DNA甲基化数据，揭示了胰腺癌中上皮细胞和T细胞的预后作用，并构建了基于DNA甲基化的预后模型	首次整合单细胞RNA测序和DNA甲基化数据，构建了基于上皮细胞和T细胞特异性甲基化模式的预后模型	研究主要基于TCGA数据集，可能存在样本偏倚，需要进一步在其他数据集上验证	探讨胰腺癌中不同细胞类型的预后作用，并开发基于DNA甲基化的预后模型	胰腺癌中的上皮细胞和T细胞，以及基于这些细胞的DNA甲基化特征	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序，DNA甲基化	NA	基因组数据，临床数据	使用了TCGA数据集进行验证
7	2024-12-23	Low expression of CCKBR in the acinar cells is associated with insufficient starch hydrolysis in ruminants 2024-Dec-20, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07406-9 PMID:39706905	研究论文	本文研究了成年山羊和新生山羊胰腺外分泌功能的差异，并探讨了CCKBR受体表达与反刍动物淀粉消化能力的关系	首次结合scRNA-seq和蛋白质组学分析，揭示了成年山羊胰腺外分泌功能优于新生山羊，并发现CCKBR受体在腺泡细胞中的低表达与淀粉水解不足有关	研究仅限于山羊，未探讨其他反刍动物的情况	探讨反刍动物淀粉消化能力低下的生理机制，为提高淀粉利用率提供理论依据	成年山羊和新生山羊的胰腺外分泌功能及CCKBR受体表达	NA	NA	scRNA-seq, 蛋白质组学分析	NA	RNA, 蛋白质	成年山羊和新生山羊
8	2024-12-23	Crosstalk between CD180-overexpression macrophages and glioma cells worsens patient survival through malignant phenotype promotion and immunosuppressive regulation 2024-Dec-20, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-024-01029-w PMID:39707188	研究论文	研究探讨了CD180过表达巨噬细胞与胶质瘤细胞之间的相互作用，揭示了其通过促进恶性表型和免疫抑制调控来恶化患者生存的机制	首次揭示了CD180在胶质瘤中的预后作用及其在免疫抑制调控和恶性表型促进中的作用，为胶质瘤的免疫治疗提供了新的靶点	研究主要基于体外实验和数据分析，缺乏体内实验验证	探讨CD180在胶质瘤中的分子机制及其对患者预后的影响	CD180过表达巨噬细胞与胶质瘤细胞的相互作用	数字病理学	脑肿瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNA-seq)	NA	RNA序列数据	使用了三个胶质瘤细胞系进行共培养实验
9	2024-12-23	Single-cell analysis reveals the loss of FABP4-positive proliferating valvular endothelial cells relates to functional mitral regurgitation 2024-Dec-20, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-024-03791-4 PMID:39707349	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了功能性二尖瓣反流患者的二尖瓣组织，揭示了FABP4阳性增殖性瓣膜内皮细胞的减少与功能性二尖瓣反流的关系	首次通过单细胞RNA测序揭示了功能性二尖瓣反流患者中FABP4阳性增殖性瓣膜内皮细胞的减少，并验证了FABP4在促进瓣膜内皮细胞增殖和迁移中的作用	样本量较小，仅包括6名患者，且未探讨FABP4减少的具体机制	深入理解功能性二尖瓣反流的病理机制，并识别二尖瓣组织中各细胞亚型的分子变化	功能性二尖瓣反流患者的二尖瓣组织	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	6名患者（3名功能性二尖瓣反流患者和3名非疾病对照）
10	2024-12-23	Integrating single-cell RNA-Seq and machine learning to dissect tryptophan metabolism in ulcerative colitis 2024-Dec-20, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05934-w PMID:39707393	研究论文	本研究整合单细胞RNA测序和机器学习技术，解析了溃疡性结肠炎中色氨酸代谢的异质性及其关键基因	首次在单细胞水平揭示了溃疡性结肠炎中色氨酸代谢的异质性，并确定了关键基因CTSS、S100A11和TUBB	NA	解析溃疡性结肠炎中色氨酸代谢的调控机制及其关键基因	溃疡性结肠炎中的色氨酸代谢及其相关基因	机器学习	炎症性肠病	单细胞RNA测序	随机森林、Boruta算法、LASSO、SVM-RFE、GBM	RNA	NA
11	2024-12-23	C3+ cancer-associated fibroblasts promote tumor growth and therapeutic resistance in gastric cancer via activation of the NF-κB signaling pathway 2024-Dec-20, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05939-5 PMID:39707456	研究论文	研究探讨了C3+癌症相关成纤维细胞通过激活NF-κB信号通路促进胃癌生长和治疗抵抗的作用	首次揭示了C3+癌症相关成纤维细胞在胃癌中的具体标记物及其通过NF-κB信号通路促进肿瘤进展和治疗抵抗的机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在临床试验中验证其治疗策略的有效性	探讨C3+癌症相关成纤维细胞在胃癌中的作用及其机制，并寻找潜在的治疗靶点	胃癌中的C3+癌症相关成纤维细胞及其对肿瘤微环境的影响	数字病理学	胃癌	单细胞测序、多重免疫荧光染色、RNA干扰	NA	RNA序列、免疫荧光图像	多个独立胃癌患者队列及体外细胞实验
12	2024-12-23	Single-cell multi-omics analysis reveals candidate therapeutic drugs and key transcription factor specifically for the mesenchymal subtype of glioblastoma 2024-Dec-20, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-024-01332-3 PMID:39707474	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、单核转座酶可及染色质测序和批量RNA测序数据，揭示了胶质母细胞瘤间质亚型的核心基因模块、候选治疗药物和关键转录因子	本研究首次通过多组学分析揭示了胶质母细胞瘤间质亚型的核心基因模块、候选治疗药物和关键转录因子，并验证了其在体外和人体样本中的有效性	本研究的局限性在于仅聚焦于胶质母细胞瘤的间质亚型，未涵盖其他亚型，且体外实验结果需进一步在临床试验中验证	研究胶质母细胞瘤间质亚型的详细特征，发现潜在的治疗策略，并提高对GBM患者的精准治疗	胶质母细胞瘤的间质亚型肿瘤细胞	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核转座酶可及染色质测序（snATAC-seq）、批量RNA测序	NA	基因组数据	55,845个来自肿瘤和邻近正常组织的单细胞
13	2024-12-23	A novel risk model consisting of nine platelet-related gene signatures for predicting prognosis, immune features and drug sensitivity in glioma 2024-Dec-20, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-024-00355-7 PMID:39707577	研究论文	本文构建了一个包含九个血小板相关基因特征的风险模型，用于预测胶质瘤的预后、免疫特征和药物敏感性	首次提出基于九个血小板相关基因的预后模型，并发现这些基因与肿瘤微环境密切相关，可能有助于指导胶质瘤的临床治疗和预后	NA	研究血小板相关基因在胶质瘤治疗和预后中的作用	胶质瘤患者的预后、免疫特征和药物敏感性	数字病理学	脑肿瘤	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
14	2024-12-23	Recent advancement in the spatial immuno-oncology 2024-Dec-19, Seminars in cell & developmental biology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.semcdb.2024.12.003 PMID:39705969	综述	本文综述了空间转录组学和空间蛋白质组学在免疫肿瘤学领域的最新进展	介绍了空间组学技术如何改变我们对肿瘤微环境中高阶结构和细胞间相互作用的理解	NA	总结空间组学数据的概念框架，并强调空间免疫肿瘤学的最新知识	空间转录组学和空间蛋白质组学在肿瘤微环境中的应用	数字病理学	肿瘤	空间转录组学，空间蛋白质组学	NA	空间组学数据	NA
15	2024-12-23	Protocol for high-resolution 3D spatial transcriptomics using Open-ST 2024-Dec-19, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103521 PMID:39708325	研究论文	本文介绍了一种使用Open-ST进行高效高分辨率2D/3D空间转录组学的协议	提出了将Illumina流式细胞仪重新用于空间条码捕获区域的方法，并详细描述了生成与组织学数据对齐的2D/3D分子图谱的计算工作流程	NA	开发一种高效高分辨率的2D/3D空间转录组学方法，以更好地理解健康和疾病中的分子机制	任何组织，包括临床样本	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	2D/3D分子图谱	NA
16	2024-12-23	Single-cell RNA seq-derived signatures define response patterns to atezolizumab + bevacizumab in advanced hepatocellular carcinoma 2024-Dec-19, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.12.016 PMID:39709141	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了在晚期肝细胞癌患者中，阿替利珠单抗联合贝伐珠单抗治疗的不同反应模式	首次通过单细胞RNA测序技术定义了阿替利珠单抗联合贝伐珠单抗治疗晚期肝细胞癌的两种不同反应模式，并识别了主要的耐药特征	研究样本量有限，且仅限于晚期肝细胞癌患者，可能无法推广到其他类型的癌症或早期患者	揭示阿替利珠单抗联合贝伐珠单抗治疗晚期肝细胞癌的细胞过程，区分临床获益与耐药的机制	晚期肝细胞癌患者对阿替利珠单抗联合贝伐珠单抗治疗的反应	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	422个RNA测序样本，包括317个接受阿替利珠单抗联合贝伐珠单抗治疗的患者，47个接受阿替利珠单抗治疗的患者，以及58个接受索拉非尼治疗的患者
17	2024-12-23	Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity of myofibroblasts in wound repair 2024-Dec-18, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110982 PMID:39706310	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探索了不同伤口愈合情况下的肌成纤维细胞异质性	首次通过单细胞RNA测序揭示了肌成纤维细胞在伤口修复中的多样性，并发现了在不同伤口愈合情况下肌成纤维细胞的特定亚群及其功能	研究仅限于皮肤溃疡、瘢痕瘤和正常瘢痕的样本，未涵盖所有伤口类型	揭示肌成纤维细胞在伤口修复中的异质性及其对伤口愈合的影响	皮肤溃疡、瘢痕瘤和正常瘢痕中的肌成纤维细胞	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	89,148个细胞
18	2024-12-23	Early downmodulation of tumor glycolysis predicts response to fasting-mimicking diet in triple-negative breast cancer patients 2024-Dec-17, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2024.11.004 PMID:39694040	研究论文	研究探讨了模拟禁食饮食（FMD）在三阴性乳腺癌（TNBC）患者中的抗肿瘤效果及机制	首次展示了FMD联合术前化疗在早期TNBC患者中的显著病理完全缓解率（pCR）和长期临床结果，并通过单细胞RNA测序揭示了肿瘤细胞、骨髓细胞和周细胞中与糖酵解和丙酮酸代谢相关通路的早期下调	研究样本量较小，仅为30名患者，需要更大规模的临床试验来验证结果	探讨模拟禁食饮食在三阴性乳腺癌患者中的抗肿瘤效果及预测因子	早期三阴性乳腺癌患者及其肿瘤细胞、骨髓细胞和周细胞	NA	乳腺癌	RNA测序	NA	RNA	30名早期三阴性乳腺癌患者
19	2024-12-23	Elaiophylin targets EIF4B to suppress the growth of esophageal squamous cell carcinoma via the PI3K/AKT signaling pathway 2024-Dec-16, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217401 PMID:39694222	研究论文	本研究探讨了elaiophylin在食管鳞状细胞癌（ESCC）细胞中的作用，发现其通过抑制EIF4B表达并激活PI3K/AKT信号通路来抑制ESCC细胞的增殖和促进凋亡	首次报道了elaiophylin通过抑制EIF4B表达并激活PI3K/AKT信号通路来抑制食管鳞状细胞癌的增殖和促进凋亡	研究主要集中在体外和体内实验，缺乏临床试验数据支持	探讨elaiophylin在食管鳞状细胞癌中的作用及其机制	食管鳞状细胞癌（ESCC）细胞	NA	食管癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 磷酸化抗体阵列, Gene Ontology, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomics	NA	基因表达数据	体外和体内实验中使用了ESCC细胞
20	2024-12-23	Selenium promotes neural development through the regulation of GPX4 and SEPP1 in an iPSC-derived neuronal model 2024-Dec-15, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2024.123011 PMID:39708777	研究论文	本研究通过iPSC衍生的神经元模型，探讨了硒纳米颗粒（SeNPs@LNT）在不同神经发育阶段对神经元发育的影响	首次揭示了SeNPs@LNT通过调节GPX4和SEPP1在神经前体细胞阶段促进细胞增殖，在神经元阶段促进神经分化，从而加速神经发育	研究主要集中在体外模型，尚未在体内进行验证	探讨硒纳米颗粒在神经发育中的作用及其机制	iPSC衍生的神经元模型及自闭症患者的单细胞RNA-seq数据	NA	自闭症	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	自闭症患者的单细胞RNA-seq数据