单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-16	Inflammatory Monocytes Increase Prior to Detectable HIV-1 Rebound Viremia 2024-Dec-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.24.630257 PMID:39763863	research paper	研究HIV-1治疗停止后病毒反弹前的免疫反应变化	发现病毒反弹前CD16单核细胞的显著增加及其抗病毒基因表达的变化	未提及样本量是否足够大以支持广泛结论	识别治疗停止后病毒反弹前的早期信号，以延长病毒反弹时间和治愈HIV-1	外周血单个核细胞（PBMCs）和血浆蛋白组	免疫学	HIV-1感染	血浆蛋白质组学和单细胞转录组学	NA	蛋白质组数据和转录组数据	NA
2	2025-07-16	Resolving the design principles that control postnatal vascular growth and scaling 2024-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.10.627758 PMID:39713449	research paper	本文研究了出生后血管生长的设计原则及其与脊椎长度的比例关系	发现了主动脉扩张遵循特定的生物学原则，且与脊椎长度而非体重成比例，揭示了两种独特的动脉细胞增殖波	研究主要关注主动脉，可能不适用于其他血管或组织的生长机制	探索出生后血管生长的设计原则及其调控机制	主动脉及其细胞增殖动态	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序、数学建模	NA	基因表达数据、细胞增殖数据	NA
3	2025-07-12	MatriCom: a scRNA-Seq data mining tool to infer ECM-ECM and cell-ECM communication systems 2024-Dec-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.10.627834 PMID:39763937	研究论文	开发了一个名为MatriCom的网络应用和R包，用于挖掘scRNA-Seq数据并推断ECM组分之间以及不同细胞群与ECM之间的通讯系统	MatriCom基于独特的MatriComDB数据库，包含超过25,000个经过筛选的涉及基质组分的相互作用，覆盖约80%的哺乳动物基质组基因	NA	阐明不同细胞群在ECM-ECM和细胞-ECM相互作用中的作用及其在癌症或纤维化等疾病中的失调	ECM组分和细胞群	生物信息学	癌症或纤维化	scRNA-Seq	NA	scRNA-Seq数据	整合了46个scRNA-Seq数据集
4	2025-07-12	Evaluating the role of IER3+ macrophages in the prognosis of liver fibrosis by bulk and single-cell transcriptional analyses 2024-Dec, ILIVER.. DOI:10.1016/j.iliver.2024.100132 PMID:40635861	研究论文	通过批量RNA测序和单细胞RNA测序分析，评估IER3+巨噬细胞在肝纤维化预后中的作用	建立了一个包含四个基因（IER3、AKR1B10、ADCY1和PGM1）的肝纤维化相关预后模型FMSig，并发现IER3在髓样细胞中高表达，与抗炎和脂质代谢功能相关	研究依赖于公开数据集，可能缺乏临床样本的直接验证	探索肝纤维化的复杂发病机制并识别能预测肝纤维化预后的关键遗传标记	肝纤维化患者和健康对照	数字病理学	肝纤维化	批量RNA测序和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	FMSig（纤维化巨噬细胞相关预后特征）	RNA测序数据	数据集GSE84044、GSE130970和GSE15654
5	2025-07-11	Single-cell analysis with childhood and adult systemic lupus erythematosus 2024-12, Autoimmunity IF:3.3Q3 DOI:10.1080/08916934.2023.2281228 PMID:38347676	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析儿童和成人系统性红斑狼疮(SLE)患者的外周血单个核细胞(PBMCs)组成和转录特征，揭示了两者之间的差异和潜在的治疗靶点	首次在单细胞水平比较儿童和成人SLE患者的PBMC组成和转录特征，并鉴定出潜在的治疗靶点	样本量可能有限，且未进行功能验证实验	探究儿童和成人SLE患者在PBMC组成和转录特征上的差异	儿童和成人SLE患者及健康对照者的PBMCs	单细胞组学	系统性红斑狼疮	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	儿童和成人SLE患者及匹配的健康供体
6	2025-07-10	Neutralization of the autophagy-repressive tissue hormone DBI/ACBP (diazepam binding inhibitor, acyl-CoA binding protein) enhances anticancer immunosurveillance 2024-12, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2024.2411854 PMID:39419485	research paper	该研究探讨了DBI/ACBP（地西泮结合抑制剂，酰基辅酶A结合蛋白）作为自噬抑制因子在癌症免疫监视中的作用	发现DBI/ACBP水平升高是癌症发展的风险因素，并通过基因或抗体介导的抑制延缓癌症发展	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的可行性和效果尚需进一步验证	探索DBI/ACBP在癌症免疫监视中的作用及其作为治疗靶点的潜力	DBI/ACBP蛋白及其在癌症发展中的作用	癌症研究	乳腺癌、非小细胞肺癌、肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	生物标志物数据	癌症易感综合征患者及无已知癌症易感综合征的患者
7	2025-07-08	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	研究论文	本文提出了一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组数据	RASP是一种新颖的空间感知降维方法，计算速度比现有技术快几个数量级，并能灵活整合非转录组协变量	未明确提及具体局限性	开发一种高效的空间转录组数据降维方法，以促进对高分辨率亚细胞空间转录组数据的分析	空间转录组数据	空间转录组学	NA	随机两阶段主成分分析(PCA)	PCA	空间转录组数据	四个公开可用的ST数据集(10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 和10x Xenium)
8	2025-07-08	KMT2D regulates tooth enamel development 2024-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.20.608898 PMID:39411159	研究论文	该研究探讨了KMT2D基因在牙釉质发育中的具体作用	首次通过条件性敲除小鼠模型揭示了KMT2D在成釉细胞分化中的关键调控作用，并鉴定了其直接靶向的8个基因	研究仅在小鼠模型中进行，人类临床相关性需要进一步验证	阐明KMT2D在牙釉质形成过程中的分子机制	KMT2D条件性敲除小鼠模型及其牙釉质发育情况	发育生物学	牙釉质发育不全	条件性基因敲除、micro-CT、扫描电镜、RNA-seq、CUT&RUN-seq、单细胞RNA-seq	条件性基因敲除小鼠模型	基因组数据、转录组数据、影像数据	KMT2D条件性敲除小鼠及其对照组
9	2025-07-05	Transiently increased coordination in gene regulation during cell phenotypic transitions 2024-Dec, PRX life DOI:10.1103/prxlife.2.043009 PMID:40585428	research paper	该研究通过分析单细胞RNA测序数据，探讨了细胞表型转变过程中基因表达簇切换的协调机制	揭示了细胞表型转变过程中基因调控网络社区间相互作用的动态变化模式，并提出了一个普遍原则：在细胞表型转变过程中，社区间相互作用增加以协调全局基因表达重编程	研究仅分析了五种细胞转变过程，可能无法涵盖所有类型的细胞表型转变	探究细胞表型转变过程中基因表达簇切换的协调机制	五种不同的细胞转变过程	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	transition path theory	RNA-seq数据	五种不同的细胞转变过程
10	2025-07-04	Tppp3 is a novel molecule for retinal ganglion cell identification and optic nerve regeneration 2024-12-29, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-024-01917-6 PMID:39734233	研究论文	本文研究了Tppp3在视网膜神经节细胞(RGCs)神经保护和轴突再生中的作用	首次揭示了Tppp3在哺乳动物轴突再生中的作用，并开发了一种新的RGC神经保护和轴突再生治疗策略	研究仅基于啮齿动物模型，尚未在人类中进行验证	探索促进中枢神经系统(CNS)轴突再生的分子调节剂	视网膜神经节细胞(RGCs)和视神经	再生医学	中枢神经系统损伤	单细胞RNA测序，批量RNA测序	视神经挤压(ONC)模型	RNA测序数据	小鼠、猕猴和人类的RGCs
11	2025-07-04	BDNF augmentation reverses cranial radiation therapy-induced cognitive decline and neurodegenerative consequences 2024-12-18, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-024-01906-9 PMID:39696694	研究论文	研究探讨了利鲁唑（RZ）通过增加BDNF水平逆转颅脑放射治疗引起的认知衰退和神经退行性后果的效果	首次在颅脑放射治疗小鼠模型中验证了RZ通过增加BDNF水平改善认知功能的作用机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探索缓解放射治疗引起的认知功能障碍（RICD）的神经保护方法	接受颅脑放射治疗的小鼠模型	神经科学	脑癌	空间转录组学分析、双免疫荧光染色、生化评估	小鼠模型	基因表达数据、行为学数据	接受9 Gy颅脑放射的成年小鼠，分为RT+Vehicle和RT+RZ组
12	2025-07-03	Diverse NKT cells regulate early inflammation and neurological outcomes after cardiac arrest and resuscitation 2024-12-04, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adq5796 PMID:39630883	研究论文	该研究探讨了心脏骤停后神经损伤的免疫调节机制，发现特定的NKT细胞与良好的神经预后相关	首次发现多样NKT细胞（dNKT）在心脏骤停后神经保护中的作用，并验证了硫酸酯脂质治疗可改善神经功能	研究结果主要基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	探索心脏骤停后神经损伤的免疫调节机制及潜在治疗靶点	心脏骤停患者和小鼠模型	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序	小鼠基因敲除模型	临床样本数据和小鼠实验数据	大型OHCA患者队列和实验小鼠
13	2025-07-02	Integrated Mendelian randomization and single-cell RNA-sequencing analyses identified OAS1 as a novel therapeutic target for erectile dysfunction via targeting fibroblasts 2024-Dec-24, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-024-00587-7 PMID:39716299	研究论文	通过整合孟德尔随机化和单细胞RNA测序分析，确定了OAS1作为通过靶向成纤维细胞治疗勃起功能障碍的新治疗靶点	首次整合单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析与表达数量性状位点和蛋白质数量性状位点数据，寻找勃起功能障碍的新治疗靶点	需要进一步的实验和临床研究来验证OAS1在勃起功能障碍病理中的功能作用和治疗相关性	识别勃起功能障碍的新治疗靶点	勃起功能障碍患者	生物医学研究	勃起功能障碍	单细胞RNA测序(scRNA-Seq), 孟德尔随机化(MR), 表达数量性状位点(eQTL), 蛋白质数量性状位点(pQTL)	NA	基因表达数据	NA
14	2025-07-02	MAIT cell plasticity enables functional adaptation that drives antibacterial immune protection 2024-12-06, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adp9841 PMID:39642244	研究论文	本文探讨了黏膜相关不变T细胞（MAIT细胞）的可塑性及其在抗菌免疫保护中的功能适应	定义了MAIT1和MAIT17细胞亚群在体内的可塑性，揭示了MAIT17细胞向MAIT1/17和MAIT1细胞的表型和功能转换	未提及具体样本量或实验设计的局限性	理解MAIT细胞在抗感染中的作用及其在疫苗开发中的潜在应用	MAIT细胞及其亚群（MAIT1和MAIT17细胞）	免疫学	细菌感染	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
15	2025-07-02	Multinucleated giant cells are hallmarks of ovarian aging with unique immune and degradation-associated molecular signatures 2024-Dec-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.03.626649 PMID:39677686	研究论文	本研究通过先进成像技术和转录组分析，揭示了卵巢衰老过程中多核巨细胞（MNGCs）的独特免疫和降解相关分子特征	首次系统描述了卵巢衰老过程中MNGCs的分子特征及其与免疫细胞（如T细胞）的相互作用	MNGCs的大尺寸限制了其通过单细胞RNA测序等技术的分离和分析	探究卵巢衰老过程中MNGCs的功能和分子特征	小鼠和非人灵长类动物的卵巢组织	生殖生物学	卵巢衰老	激光捕获显微切割和转录组分析	NA	图像和转录组数据	跨年龄和跨物种的卵巢组织样本
16	2025-06-29	THBS2 + cancer-associated fibroblasts promote EMT leading to oxaliplatin resistance via COL8A1-mediated PI3K/AKT activation in colorectal cancer 2024-Dec-28, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02180-y PMID:39732719	研究论文	本研究探讨了THBS2+癌症相关成纤维细胞（CAFs）通过COL8A1介导的PI3K/AKT激活促进上皮-间质转化（EMT），从而导致结直肠癌（CRC）对奥沙利铂耐药的作用机制	首次发现THBS2+CAFs通过COL8A1-ITGB1-PI3K/AKT信号通路促进EMT和奥沙利铂耐药，为克服CRC耐药提供了新策略	未提及样本量大小，且研究结果主要基于体外实验，临床转化价值需要进一步验证	探索特定CAFs亚群促进结直肠癌奥沙利铂耐药的分子机制	THBS2+癌症相关成纤维细胞（CAFs）和结直肠癌细胞	肿瘤生物学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学分析	NA	基因表达数据	NA
17	2025-06-27	FABP5+ macrophages contribute to lipid metabolism dysregulation in type A aortic dissection 2024-Dec-25, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113438 PMID:39447410	研究论文	本研究通过多组学方法揭示了FABP5+巨噬细胞在A型主动脉夹层脂质代谢紊乱中的作用	首次系统评估了非免疫细胞与免疫细胞在主动脉夹层中的相互作用及其对代谢的影响，并发现了FABP5+巨噬细胞的新作用	研究结果需要在更大规模的临床样本中进一步验证	阐明A型主动脉夹层中脂质代谢紊乱的机制	A型主动脉夹层患者和小鼠模型	代谢组学	心血管疾病	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 脂质代谢组学	NA	RNA测序数据, 代谢组数据	TAAD患者和小鼠模型（具体数量未说明）
18	2025-06-27	Spatial Proteomics towards cellular Resolution 2024-Dec-25, Expert review of proteomics IF:3.8Q1 DOI:10.1080/14789450.2024.2445809 PMID:39710940	review	本文综述了基于非靶向质谱的空间蛋白质组学工作流程及其在细胞分辨率方向上的最新进展	强调了组织解剖、样本处理、生物信息学和液相色谱-质谱技术在推动空间蛋白质组学向细胞分辨率发展中的最新进展	需要进一步发展数据分析和自动化智能组织解剖技术，以及高通量LC-MS分析	推动空间蛋白质组学向细胞分辨率发展，以更深入地理解组织微环境的分子水平空间组织	组织微环境中的基因表达、遗传变异、蛋白质表达和代谢物/脂质分布	空间生物学	NA	非靶向质谱（MS）、液相色谱-质谱（LC-MS）	NA	蛋白质组数据	NA
19	2025-06-27	Prostate luminal cell plasticity and cancer 2024-Dec-25, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217430 PMID:39730086	综述	本文综述了前列腺癌中细胞可塑性的研究进展及其在治疗抵抗中的作用	总结了利用免疫活性基因工程小鼠模型研究前列腺癌进展中细胞可塑性和克隆动态变化的最新成果	未明确阐述表观遗传改变如何影响肿瘤免疫原性的具体机制	探讨前列腺癌细胞可塑性在疾病发展和治疗抵抗中的作用	前列腺癌细胞可塑性及其与肿瘤微环境和表观遗传调控的关系	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序、遗传谱系追踪	基因工程小鼠模型	NA	NA
20	2025-06-24	Distinct Inflammatory Programs Underlie the Intramuscular Lipid Nanoparticle Response 2024-12-03, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.4c08490 PMID:39563529	research paper	该研究探讨了mRNA/脂质纳米颗粒（LNP）在肌肉组织中的免疫原性，揭示了两种不同的炎症基因表达程序	研究发现mRNA和LNP协同作用，为有效疫苗接种提供必要的先天免疫刺激，并提出了疫苗和治疗药物的设计框架	研究仅评估了9种常见的LNP，可能无法涵盖所有可能的LNP类型	评估mRNA/LNP的佐剂性及其在肌肉组织中的免疫反应	mRNA/脂质纳米颗粒（LNP）及其在肌肉组织中的免疫反应	基因治疗	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	9种化学性质不同的LNP