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当前共找到 700 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-05-16 |
Same-Slide Spatial Multi-Omics Integration Reveals Tumor Virus-Linked Spatial Reorganization of the Tumor Microenvironment
2024-Dec-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.20.629650
PMID:39764057
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研究论文 | 提出IN-DEPTH方法，实现同一玻片上的空间多组学整合，揭示肿瘤病毒相关的肿瘤微环境空间重组 | 首次开发了IN-DEPTH方法，实现了同一玻片上单细胞空间蛋白质组学和空间转录组学的迭代捕获，并引入SGCC方法进行多模态空间多组学分析 | 当前方法在多重视图、空间分辨率及分析方法上仍有限制，但IN-DEPTH已在一定程度上克服了这些限制 | 开发可扩展、资源高效的空间多组学方法，用于剖析肿瘤微环境并推动临床相关发现 | 淋巴组织和EBV阳性及EBV阴性弥漫性大B细胞淋巴瘤的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤 | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | SGCC | 空间组学数据 | NA | NA | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | NA | IN-DEPTH方法兼容各种空间平台 |
| 2 | 2026-05-16 |
Reprogramming of cells during embryonic transfating: overcoming a reprogramming block
2024-12-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.203152
PMID:39628450
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研究论文 | 研究海胆胚胎细胞转分化的重编程过程，揭示其分子机制及信号时序对重编程成功的影响 | 通过单细胞RNA测序随时间追踪，首次揭示胚胎细胞转分化的完整重编程序列，并发现Delta信号在Nodal之前表达可恢复色素细胞缺失 | 未提供明确数据量和统计分析，且研究中仅针对海胆特定细胞类型，结论推广性有限 | 阐明胚胎转分化过程中重编程的分子机制及调控因素 | 海胆16细胞期的小裂球（成骨细胞前体）及内胚层、中胚层和色素细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未知（研究中未明确样本量） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 单细胞RNA测序随时间追踪 |
| 3 | 2026-05-12 |
Unsupervised multi-scale clustering of single-cell transcriptomes to identify hierarchical structures of cell subtypes
2024-Dec-23, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5671748/v1
PMID:39764102
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研究论文 | 提出一种无监督多尺度聚类方法用于单细胞转录组数据，以识别细胞亚型的层次结构 | 开发了多尺度聚类（MSC）方法，能够在无监督模式下构建稀疏细胞-细胞相关网络，以多尺度分辨率识别细胞类型和亚型，相比现有方法性能显著提升 | 未明确说明局限性 | 改进单细胞RNA测序数据中细胞聚类方法，以更精细地解析细胞景观的复杂结构 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型和亚型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括模拟数据、银色标准数据、金色标准数据以及真实疾病相关scRNA-seq数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2026-05-10 |
Intervention of Tanshinone IIA on the PGK1-PDHK1 Pathway to Reprogram Macrophage Phenotype After Myocardial Infarction
2024-12, Cardiovascular drugs and therapy
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s10557-023-07520-6
PMID:37991600
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研究论文 | 探讨丹参酮IIA通过PGK1-PDHK1通路调控心肌梗死后巨噬细胞能量代谢及表型转化的作用机制 | 首次揭示丹参酮IIA通过PGK1-PDHK1信号通路调控巨噬细胞能量代谢模式，进而影响其表型极化，为心肌梗死治疗提供新靶点 | 未明确丹参酮IIA对PGK1的直接结合方式及临床转化效果 | 研究丹参酮IIA是否通过调控巨噬细胞能量代谢影响其表型变化，并探索其在心肌梗死治疗中的潜力 | 心肌梗死模型小鼠及巨噬细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序、RNA-seq、RT-PCR、ELISA、免疫荧光 | NA | 基因表达数据、图像 | 未明确样本数量，涉及小鼠心肌梗死模型及巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA-seq、批量RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2026-05-07 |
Global identification of mammalian host and nested gene pairs reveal tissue-specific transcriptional interplay
2024-12-23, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279430.124
PMID:39578100
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研究论文 | 对人类和小鼠宿主/嵌套基因对进行全面鉴定，揭示组织特异性的转录相互作用 | 首次提供小鼠和人类宿主/嵌套基因对的最新目录，发现转录共表达具有组织特异性，并通过单细胞RNA-seq分析证明基因对可在单个细胞中共表达，且同时同地转录可增强宿主基因的转录多样性 | 未明确说明局限性 | 系统鉴定哺乳动物宿主/嵌套基因对，研究其组织特异性转录相互作用 | 人类和小鼠的宿主/嵌套基因对 | 自然语言处理 | 不适用 | RNA-seq, scRNA-seq | 不适用 | 转录组数据, 单细胞转录组数据 | 小鼠和人类多个组织样本 | 不适用 | 单细胞RNA-seq | 不适用 | 不适用 |
| 6 | 2026-05-07 |
Binding profiles for 961 Drosophila and C. elegans transcription factors reveal tissue-specific regulatory relationships
2024-12-23, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279037.124
PMID:39438113
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研究论文 | 系统鉴定了果蝇和线虫中961个转录因子的结合谱，揭示了组织特异性调控关系 | 首次大规模系统鉴定两个主要模式生物中转录因子的体内结合事件，并利用机器学习模型结合ChIP-seq和单细胞RNA-seq数据识别细胞类型特异性调控因子 | 研究主要依赖ChIP-seq技术，可能遗漏部分低丰度或动态结合的转录因子结合位点；单细胞RNA-seq数据覆盖范围有限 | 构建转录因子结合位点目录以解读基因调控关系 | 果蝇和线虫中的转录因子及基因组调控空间 | 数字病理学 | NA | ChIP-seq, 单细胞RNA-seq | 机器学习模型 | 序列数据 | 果蝇中605个转录因子识别360万个结合位点，线虫中356个转录因子识别90万个结合位点 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2026-05-07 |
Interleukin-1β Drives Disease Progression in Arrhythmogenic Cardiomyopathy
2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.11.628020
PMID:39763850
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研究论文 | 通过单核RNA测序和空间转录组学分析，揭示IL-1β在致心律失常性心肌病进展中的关键作用 | 首次利用snRNAseq和空间转录组学联合分析，识别出ACM患者心肌中与疾病相关的纤维化-炎症空间微环境，并验证了抗IL-1β中和抗体的治疗潜力 | 未提及具体限制 | 探索IL-1β在致心律失常性心肌病进展中的作用及其作为治疗靶点的可行性 | ACM患者心肌样本和Dsg2突变小鼠模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | ACM患者和对照捐赠者的心肌样本 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 8 | 2026-05-06 |
Spatial transcriptome profiling identifies DTX3L and BST2 as key biomarkers in esophageal squamous cell carcinoma tumorigenesis
2024-12-18, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-024-01422-4
PMID:39696540
|
研究论文 | 通过空间转录组分析鉴定DTX3L和BST2为食管鳞癌肿瘤发生的关键生物标志物 | 首次利用数字空间分析和单细胞空间转录组技术（CosMx SMI）系统描绘了食管鳞癌从正常组织到癌变的分子和免疫变化全景，并发现DTX3L和BST2作为潜在生物标志物 | 样本量较小（11例DSP患者和4例SMI患者），且局限于早期食管鳞癌（pT1期），可能无法完全代表所有阶段的肿瘤异质性 | 揭示食管鳞癌恶性转化过程中的转录和免疫变化，并鉴定具有临床意义的生物标志物 | 早期食管鳞癌（pT1）患者的组织样本，包括正常组织、低度和高度不典型增生及癌组织 | 数字病理学 | 食管鳞癌 | 数字空间分析（DSP）、单细胞空间转录组学（CosMx SMI）、免疫组化（IHC）、批量RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据、单细胞转录组数据、图像（IHC） | 11例pT1 ESCC患者用于DSP，4例用于SMI，20例用于IHC | NanoString, 10x Genomics | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | CosMx Spatial Molecular Imaging (SMI)系统, 10x Chromium | CosMx SMI用于单细胞空间转录组分析，10x Chromium用于单细胞RNA测序 |
| 9 | 2026-05-06 |
Interactions between polycyclic aromatic hydrocarbons and genetic variants in the cGAS-STING pathway affect the risk of colorectal cancer
2024-12, Archives of toxicology
IF:4.8Q1
DOI:10.1007/s00204-024-03862-8
PMID:39287666
|
研究论文 | 探究多环芳烃与cGAS-STING通路遗传变异对结直肠癌风险的交互作用 | 首次发现cGAS-STING通路中TRAF2基因的rs3750511位点与多环芳烃暴露存在负交互作用，影响结直肠癌风险 | 因果关系需进一步验证，且未涉及其他环境因素或更大样本量的验证 | 研究cGAS-STING通路遗传变异与多环芳烃暴露的交互作用对结直肠癌风险的影响 | 结直肠癌患者和正常对照组织样本及细胞系 | 机器学习 | 结直肠癌 | RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | 未明确说明样本量 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2026-05-03 |
Aging-induced immune microenvironment remodeling fosters melanoma in male mice via γδ17-Neutrophil-CD8 axis
2024-12-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-55164-3
PMID:39738047
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科研论文 | 通过单细胞RNA测序揭示雄性小鼠中衰老诱导的免疫微环境重塑通过γδ17-中性粒细胞-CD8轴促进黑色素瘤转移 | 首次发现衰老通过下调S1pr1驱动γδ17细胞扩增，进而招募促肿瘤中性粒细胞抑制CD8+T细胞功能，形成γδ17-中性粒细胞-CD8轴促进肿瘤转移 | 研究主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性尚需验证 | 探究衰老免疫系统如何促进肿瘤转移的机制 | 年轻与年老雄性小鼠的肺免疫微环境 | 单细胞转录组学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 涉及年轻和年老雄性小鼠的肺组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 11 | 2026-05-01 |
Combined single cell and spatial transcriptome analysis reveals cellular heterogeneity of hedgehog pathway in gastric cancer
2024-12, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-024-00297-0
PMID:39251886
|
研究论文 | 结合单细胞和空间转录组分析揭示胃癌中Hedgehog通路的细胞异质性 | 首次综合运用单细胞测序和空间转录组学深入探讨Hedgehog通路在胃癌中的作用，发现CCND1在成纤维细胞末端发育中起关键作用，并揭示其与肿瘤相关成纤维细胞形成及患者预后和治疗的关联 | 未提供明确的限制信息，但可能包括样本数量有限、验证仅基于bulk转录组数据等潜在局限 | 深入研究Hedgehog通路在胃癌中的作用，寻找潜在治疗靶点 | 胃癌肿瘤组织中的成纤维细胞及CCND1相关的细胞亚群 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序， 空间转录组学， bulk转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据， 空间转录组数据， bulk转录组数据 | 未明确说明样本数量，但涉及胃癌肿瘤组织、单细胞及空间转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq， 空间转录组学 | NA | NA |
| 12 | 2026-05-01 |
Integrating bulk and single-cell transcriptomics to elucidate the role and potential mechanisms of autophagy in aging tissue
2024-Dec, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-024-00996-w
PMID:39414741
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研究论文 | 利用批量与单细胞转录组学结合的方法，揭示自噬在衰老组织中的作用及潜在机制 | 首次系统鉴定了与衰老最相关的组织为血液组织，并通过单细胞分辨率发现经典单核细胞中自噬水平升高与衰老密切相关，同时揭示了缺氧、促炎因子和活性氧在其中的作用 | 未详细说明，但可能涉及样本来源有限（如仅包括正常与急性髓系白血病样本）及机制验证不足 | 识别与衰老过程中自噬相关性最强的组织，并探索自噬在衰老组织微环境中的功能和机制 | 健康组织样本（超过7000个批量RNA-seq）、不同年龄血液单细胞测序数据、急性髓系白血病（AML）批量与单细胞数据 | 自然语言处理 | 急性髓系白血病 | 批量RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 超过7000个正常组织批量RNA-seq样本、不同年龄血液单细胞样本、超过2000个AML批量RNA-seq样本及多组AML单细胞数据 | NA | 批量RNA-seq， 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2026-05-01 |
Non-glycanated ΔDCN isoform in muscle invasive bladder cancer mediates cancer stemness and gemcitabine resistance
2024-Dec, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-024-00998-8
PMID:39466536
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研究论文 | 本研究探讨了非糖基化ΔDCN亚型在肌层浸润性膀胱癌中促进癌症干细胞性和吉西他滨耐药的机制 | 首次在膀胱癌干细胞中鉴定出非糖基化ΔDCN亚型，并阐明其通过细胞质定位差异促进干细胞表型和化疗耐药，与糖基化DCN的抗肿瘤功能形成鲜明对比 | 未具体说明研究局限性 | 探究DCN对膀胱癌干细胞的调控作用及其在肌层浸润性膀胱癌中的潜在机制 | 膀胱癌干细胞（BCSCs）和肌层浸润性膀胱癌（MIBC） | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据、临床病理数据、生存数据 | 从TCGA和GEO获取数据，涉及临床组织样本和膀胱癌细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2026-05-01 |
Exploring tumor microenvironment interactions and apoptosis pathways in NSCLC through spatial transcriptomics and machine learning
2024-Dec, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-024-01025-6
PMID:39699801
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研究论文 | 通过空间转录组学和机器学习探索非小细胞肺癌中肿瘤微环境相互作用与凋亡通路 | 结合单细胞测序、空间转录组学、孟德尔随机化和多种机器学习算法构建预后模型，并验证SLC7A5基因在NSCLC中的功能 | 未提及具体局限性 | 探索程序性细胞死亡在NSCLC中的作用机制及潜在治疗靶点 | 非小细胞肺癌（NSCLC）细胞及其肿瘤微环境 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞测序, 空间转录组学, 孟德尔随机化 | 多种机器学习算法（如LASSO、随机森林等） | 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | NA（未提及具体样本量） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组学 |
| 15 | 2026-04-30 |
Genome-scale modeling identifies dynamic metabolic vulnerabilities during the epithelial to mesenchymal transition
2024-Dec-27, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-07408-7
PMID:39730911
|
研究论文 | 通过基因组规模代谢模型分析上皮-间质转化过程中的动态代谢脆弱性 | 结合时间序列转录组、蛋白质组和单细胞转录组数据，利用基因组规模代谢模型揭示了EMT过程中糖酵解和谷氨酰胺代谢的时序依赖性，并验证了烯醇酶3的亚型特异性依赖 | 未提及 | 阐明上皮-间质转化（EMT）过程中的代谢网络重编程及其动态依赖性 | TGF-β刺激的细胞培养模型中的EMT过程 | 机器学习 | 肺腺癌 | 基因组规模代谢建模 | 基因组规模代谢模型 | 转录组数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据 | 多个公共EMT时间序列转录组、蛋白质组和单细胞转录组数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 16 | 2026-04-30 |
Spatial and temporal expression analysis of BMP signal modifiers, Smoc1 and Smoc2, from postnatal to adult developmental stages in the mouse testis
2024-12, Gene expression patterns : GEP
IF:1.0Q4
DOI:10.1016/j.gep.2024.119383
PMID:39510490
|
research paper | 研究小鼠睾丸从出生后到成年发育阶段中BMP信号调节因子Smoc1和Smoc2的时空表达 | 首次分析了Smoc1和Smoc2在出生后睾丸中的时空表达模式，揭示其在雄性生殖细胞和支持细胞中的差异表达 | 未探讨Smoc1和Smoc2在生殖过程中的具体功能机制 | 阐明Smoc1和Smoc2在小鼠睾丸发育和精子发生中的表达动态 | 小鼠（新生、幼年和成年）的睾丸组织 | machine learning | NA | RNA原位杂交, 免疫荧光, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠睾丸样本，涵盖新生、幼年和成年阶段 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台用于单细胞转录组分析 |
| 17 | 2026-04-30 |
Expression of ABC transporters in the Drosophila testis stem cell niche: Comparison of two approaches
2024-12, Gene expression patterns : GEP
IF:1.0Q4
DOI:10.1016/j.gep.2024.119386
PMID:39638273
|
研究论文 | 研究了果蝇睾丸干细胞微环境中ABC转运蛋白的表达，并比较了两种方法的结果 | 首次在果蝇睾丸这一干细胞微环境模型中系统筛选ABC转运蛋白的表达，并对比增强子/基因陷阱筛选与单细胞测序两种方法的相关性 | 两种方法结果相关性较弱，提示单一技术可能不足以准确反映基因表达 | 探讨ABC转运蛋白在果蝇睾丸干细胞微环境中的表达模式 | 果蝇睾丸干细胞微环境 | 机器学习 | NA | 增强子/基因陷阱筛选、单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 18 | 2026-04-29 |
Cancer-cell derived S100A11 promotes macrophage recruitment in ER+ breast cancer
2024-12-31, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2024.2429186
PMID:39587886
|
研究论文 | 通过分析25个ER+乳腺肿瘤的单细胞RNA测序数据，发现癌细胞分泌的S100A11促进巨噬细胞招募，揭示其在肿瘤微环境中的调控作用 | 首次发现S100A11在巨噬细胞与癌细胞相互作用中的新角色，并验证其作为潜在治疗靶点调控富含巨噬细胞的肿瘤微环境 | NA | 探究雌激素受体阳性乳腺癌中癌细胞与巨噬细胞的相互作用机制，特别是S100A11的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 25个雌激素受体阳性乳腺肿瘤中的癌细胞和巨噬细胞 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 25个雌激素受体阳性乳腺肿瘤样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 19 | 2026-04-29 |
sc-SPLASH provides ultra-efficient reference-free discovery in barcoded single-cell sequencing
2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.24.630263
PMID:39763839
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研究论文 | sc-SPLASH是一种高效的分析流程，能够对条形码化的单细胞RNA测序和空间转录组数据进行无参考基因组的从头发现 | 首次将统计学优先、无参考基因组发现的SPLASH框架扩展到条形码化单细胞RNA测序和空间转录组学数据，并提供了优化的预处理和k-mer计数模块BKC | 未提及明显的局限性 | 开发一种高效的流程，用于在单细胞和空间转录组数据中进行无参考基因组的从头发现，以捕捉传统方法遗漏的转录组多样性 | 人类细胞、海鞘、海绵 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 序列数据（k-mer计数） | 未明确提及样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组学 |
| 20 | 2026-04-29 |
Spatial Transcriptomics Unravel the Tissue Complexity of Oral Pathogenesis
2024-Dec, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345241271934
PMID:39382116
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综述 | 综述了空间转录组学在口腔发病机制研究中的应用，包括工作流程、数据分析方法以及在不同颅面区域疾病研究中的实例 | 综述了空间转录组学在口腔和颅面发育及疾病研究中的最新应用，展示了其在解析组织复杂性方面的独特优势 | 未明确提及，但可能包括空间转录组学技术的成本、分辨率限制以及数据分析的复杂性 | 探讨空间转录组学如何用于研究口腔和颅面区域的发育与发病机制 | 口腔和颅面组织，包括颅骨、腭、唾液腺、舌头、口底、口咽和牙周组织 | 数字病理学 | 口腔疾病、头颈癌、干燥综合征、牙周病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间信息 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |