单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-13	Cellular communication network factor 2 regulates smooth muscle cell transdifferentiation and lipid accumulation in atherosclerosis 2024-12-31, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae215 PMID:39365752	研究论文	本研究揭示了细胞通讯网络因子2（CCN2）在动脉粥样硬化中调节平滑肌细胞转分化和脂质积累的保护性作用	首次发现SMC特异性CCN2缺失通过内质网应激、内吞作用和脂质积累机制加剧动脉粥样硬化	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证尚有限	阐明CCN2在动脉粥样硬化中调控平滑肌细胞可塑性的功能及机制	人和小鼠的血管平滑肌细胞（SMC）	心血管疾病	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序（scRNA-seq），诱导性基因敲除模型	NA	基因表达数据	人和小鼠的动脉粥样硬化样本
2	2025-09-13	Epitranscriptomic regulation of cardiac fibrosis via YTHDF1-dependent PIEZO2 mRNA m6A modification 2024-12-31, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae239 PMID:39498803	研究论文	本研究揭示了YTHDF1通过m6A修饰调控PIEZO2 mRNA表达，从而影响心脏纤维化的新机制	首次发现YTHDF1依赖的PIEZO2 mRNA m6A修饰在心脏纤维化中的表观转录组调控作用	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究机械敏感离子通道Piezo家族在心脏纤维化中的分子机制	小鼠模型和心脏成纤维细胞	分子生物学	心血管疾病	RNA-seq, 单细胞测序, 组织学分析, 生化分析	NA	基因表达数据, 组织学数据	使用ISO/Ang-II/TAC处理的小鼠模型和TGF-β1诱导的心脏成纤维细胞
3	2025-09-13	Molecular and spatial analysis of ganglion cells on retinal flatmounts: diversity, topography, and perivascularity 2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.15.628587 PMID:39763751	研究论文	本研究通过结合成像空间转录组学和免疫组化共染色技术，分析视网膜神经节细胞（RGCs）的分子分类、空间分布及其与血管的邻近关系	首次系统性地揭示了45种小鼠RGC类型的二维空间分布模式，并发现特定RGC类型在血管周围富集且具有进化保守性，同时揭示了血管邻近性在神经退行性损伤中的保护作用	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步扩展；空间转录组技术的分辨率可能限制微环境分析的精度	探究视网膜神经节细胞类型的空间分布规律及其与局部微环境（特别是血管）的相互作用	小鼠和人类的视网膜神经节细胞（RGCs）	空间转录组学与神经解剖学	神经退行性疾病	MERFISH（成像空间转录组学）、免疫组化共染色、计算建模	空间数据分析与注册算法	空间转录组数据、免疫荧光图像	覆盖45种分子定义的小鼠RGC类型，其中34种显示非均匀分布，并识别出7种血管周围富集的RGC亚型
4	2025-09-13	Fibroblast-specific TGF-β signaling mediates cardiac dysfunction, fibrosis, and hypertrophy in obese diabetic mice 2024-12-14, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae210 PMID:39373248	研究论文	本研究探讨了成纤维细胞特异性TGF-β信号在肥胖糖尿病小鼠心脏功能障碍、纤维化和肥厚中的关键作用	首次通过成纤维细胞特异性TbR2和Smad3缺失模型，揭示TGF-β/Smad3信号通路在糖尿病心肌病中的核心机制，并发现其通过旁分泌作用影响心肌细胞	体外实验显示血栓孢蛋白-4（TSP-4）对心脏成纤维细胞无显著激活作用，与转录组预测结果存在不一致	阐明TGF-β诱导的成纤维细胞活化在糖尿病心肌病发病机制中的作用	肥胖db/db糖尿病小鼠模型及成纤维细胞特异性基因敲除小鼠	心血管疾病研究	心血管疾病	转录组学分析、scRNA-seq、 ingenuity pathway analysis (IPA)、体外实验	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、功能生理数据	使用瘦型和肥胖db/db小鼠模型进行实验
5	2025-09-13	Restoring Mitochondrial Quantity and Quality to Reverse Warburg Effect and Drive Tumor Differentiation 2024-Dec-13, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5494402/v1 PMID:39711563	研究论文	本研究通过恢复线粒体功能，使用视黄酸和线粒体解偶联剂协同驱动神经母细胞瘤分化并抑制增殖	提出以线粒体为中心的治疗策略，首次证明通过协同增强线粒体生物合成和呼吸作用可逆转Warburg效应并促进肿瘤分化	研究主要基于神经母细胞瘤模型，在其他肿瘤类型中的适用性尚需验证	探索恢复肿瘤中线粒体质量和数量以驱动肿瘤分化的治疗方法	神经母细胞瘤细胞和原位异种移植模型	癌症生物学	神经母细胞瘤	U-C-葡萄糖/谷氨酰胺同位素示踪、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、代谢数据	原位神经母细胞瘤异种移植模型
6	2025-09-11	Inflammation and mechanical force-induced bone remodeling 2024-Dec-30, Periodontology 2000 IF:17.5Q1 DOI:10.1111/prd.12619 PMID:39740162	综述	本文综述了炎症和机械力诱导的骨重塑机制，重点关注牙周炎和正畸牙齿移动中的细胞作用	整合单细胞RNA测序新发现，系统分析不同细胞类型在炎症与机械力协同作用下的骨重塑功能	NA	深入理解炎症和机械力驱动的骨重塑过程及其细胞机制	角质形成细胞、白细胞、基质细胞、骨细胞、成骨细胞和破骨细胞等关键细胞类型	骨生物学	牙周病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
7	2025-09-11	Cellular cartography reveals mouse prostate organization and determinants of castration resistance 2024-Dec-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.27.630532 PMID:39763898	研究论文	通过整合单细胞多组学和空间转录组学技术，构建小鼠前列腺细胞图谱，揭示去势抵抗的细胞机制	首次系统绘制小鼠前列腺各叶的细胞图谱，鉴定出叶特异性管腔上皮细胞类型及其与人类前列腺癌亚型的对应关系	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展	解析前列腺癌去势治疗抵抗的细胞和分子机制	小鼠前列腺组织及人类前列腺癌样本	单细胞生物学	前列腺癌	单细胞RNA测序, 单细胞多组学, 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据, 表观遗传数据, 空间转录组数据	小鼠前列腺组织及人类前列腺癌meta分析数据
8	2025-09-11	Genetically Engineered Mouse Models for Alzheimer Disease and Frontotemporal Dementia: New Insights from Single-Cell and Spatial Transcriptomics 2024-Dec-19, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.11.006 PMID:39743215	综述	本文综述了阿尔茨海默病和额颞叶痴呆的基因工程小鼠模型，并基于单细胞和空间转录组学研究总结了主要发现	整合了最新的单细胞转录组学、多组学和空间转录组学技术对神经退行性疾病模型的新见解	承认没有完美的动物模型存在	研究神经退行性疾病的病因和测试潜在治疗方法	阿尔茨海默病和额颞叶痴呆的基因工程小鼠模型	生物医学研究	阿尔茨海默病和额颞叶痴呆	单细胞转录组学、多组学、空间转录组学	基因工程小鼠模型	转录组数据	NA
9	2025-09-10	Diethylhexyl phthalate induces immune dysregulation and is an environmental immune disruptor 2024-12-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136244 PMID:39442302	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯（DEHP）对小鼠免疫系统的抑制作用及其在脓毒症中的恶化效应	首次在单细胞分辨率层面系统阐述DEHP通过抑制炎症信号和热休克蛋白表达导致免疫失调的机制，并建立其与环境免疫干扰现象的关联	研究局限于小鼠模型，人类免疫系统的直接响应仍需进一步验证	探究DEHP对免疫系统的影响及其作为环境免疫干扰物的潜在危害	小鼠脾脏组织及外周血免疫细胞	免疫毒理学	免疫系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），盲肠结扎穿刺（CLP）模型	NA	基因表达数据	小鼠脾脏组织样本（具体数量未明确说明）
10	2025-09-10	Pulmonary surfactant biogenesis blockage mediated polyhexamethylene guanidine disinfectant induced pulmonary fibrosis 2024-12-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136307 PMID:39488979	研究论文	本研究探讨了聚六亚甲基胍消毒剂通过阻断肺表面活性物质生物合成诱导肺纤维化的机制	首次揭示PHMG通过破坏自噬流导致肺表面活性物质生物合成阻断的具体分子机制	NA	阐明PHMG消毒剂吸入暴露诱导肺纤维化的毒理学机制	肺泡II型上皮细胞(AT2细胞)	毒理学	肺纤维化	scRNA-seq分析	NA	单细胞转录组数据	NA
11	2025-09-09	Model-based dimensionality reduction for single-cell RNA-seq using generalized bilinear models 2024-Dec-31, Biostatistics (Oxford, England) DOI:10.1093/biostatistics/kxaf024 PMID:40795862	研究论文	提出一种基于广义双线性模型的单细胞RNA测序数据降维新方法scGBM	开发了快速估计算法处理大规模数据集，并能量化低维表示中的不确定性	NA	解决单细胞RNA测序数据降维中的虚假异质性问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	Poisson bilinear model	基因表达计数数据	可扩展至数百万个细胞的数据集
12	2025-09-06	An integrated single-nucleus and spatial transcriptomics atlas reveals the molecular landscape of the human hippocampus 2024-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.26.590643 PMID:38712198	研究论文	通过整合单核RNA测序和空间转录组数据，构建了人类海马体的分子图谱	首次结合snRNA-seq和SRT技术，在保留细胞结构组织的同时解析海马体细胞类型的分子特征和空间分布	研究仅基于10名神经典型成年捐赠者的样本，样本量相对有限	揭示人类海马体的细胞类型分子特征和空间组织结构	人类前海马体组织	空间转录组学	NA	单核RNA测序(snRNA-seq), 空间转录组学(SRT), 非负矩阵分解(NMF)	NMF	空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据	10名成年神经典型捐赠者的海马体组织切片
13	2025-09-03	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	研究论文	提出一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组数据	利用随机化两阶段PCA框架，结合稀疏矩阵运算和可配置空间平滑，实现比现有方法快数个数量级的计算速度	NA	开发高效降维方法以解析空间转录组数据中的组织域结构	人类和小鼠组织的空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学技术（10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 10x Xenium）	PCA	空间基因表达数据	四个公开ST数据集（涉及人类和小鼠组织）
14	2025-09-01	Integration of Imaging-based and Sequencing-based Spatial Omics Mapping on the Same Tissue Section via DBiTplus 2024-Dec-11, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5398491/v1 PMID:39711562	研究论文	介绍DBiTplus技术，整合基于测序和成像的空间组学方法在同一组织切片上实现转录组和蛋白质组的空间映射	开发了DBiTplus多模态空间组学方法，首次在同一组织切片上结合测序空间转录组和成像空间蛋白质分析，实现单细胞分辨率细胞分型和基因组尺度通路研究	NA	推进对异质性细胞过程的理解并连接细胞类型与功能	小鼠胚胎、正常人淋巴结、人类淋巴瘤FFPE组织	空间组学	淋巴瘤	空间转录组测序、CODEX高复用蛋白质成像、微流控DNA寡核苷酸递送、RNaseH酶处理	NA	空间转录组数据、蛋白质成像数据	多种组织类型包括小鼠胚胎、人淋巴结和淋巴瘤FFPE样本
15	2025-08-30	Decoding the mosaic of inflammatory bowel disease: Illuminating insights with single-cell RNA technology 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.07.011 PMID:39421242	综述	本文综述单细胞RNA测序技术在炎症性肠病研究中的进展与应用	整合单细胞转录组、蛋白质组、T细胞受体谱和表观遗传分析，提供IBD发病机制的全面视角	缺乏纵向研究数据，多技术整合仍存挑战，微生物单细胞RNA测序潜力待挖掘	增强对炎症性肠病发病机制的理解并推动精准医疗	炎症性肠病（IBD）患者及相关细胞群体	生物医学	炎症性肠病	scRNA-seq, 单细胞蛋白质组学, T细胞受体分析, 表观遗传分析	NA	单细胞转录组数据	NA
16	2025-08-12	Immune landscape of isocitrate dehydrogenase-stratified primary and recurrent human gliomas 2024-Dec-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae139 PMID:39126294	研究论文	该研究通过单细胞转录组学和光谱流式细胞术分析了48个人类胶质瘤的免疫景观，揭示了IDH状态分层下原发性和复发性胶质瘤的免疫特征	发现了表达粒细胞溶解素的新型炎症性小胶质细胞亚群，并提出了超越M1/M2范式的巨噬细胞极化基因组框架及胶质瘤特异性肿瘤免疫微环境参考标记(GlioTIME-36)	样本量相对有限(48例胶质瘤)，且未明确说明不同治疗方式对免疫景观的具体影响	解析IDH分层下人类胶质瘤的免疫微环境特征及其在复发过程中的变化	48例人类原发性和复发性胶质瘤样本	肿瘤免疫学	胶质瘤	单细胞转录组测序(scRNA-seq)，光谱流式细胞术	NA	单细胞转录组数据，流式细胞数据	48例人类胶质瘤样本(包含144,678个单细胞转录组数据和超过200万个免疫细胞的流式数据)
17	2025-08-10	Unraveling plant-microbe symbioses using single-cell and spatial transcriptomics 2024-12, Trends in plant science IF:17.3Q1 DOI:10.1016/j.tplants.2024.06.008 PMID:38991926	综述	本文探讨了单细胞和空间转录组学在植物-微生物共生研究中的应用及其优势	介绍了单细胞和空间转录组学技术在揭示植物-微生物共生关系中的创新应用	当前技术在同时捕获同一细胞内植物和微生物转录本方面仍存在局限	研究植物-微生物共生的分子机制	植物与微生物的共生关系	基因组学	NA	单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
18	2025-08-09	Genome-scale modeling identifies dynamic metabolic vulnerabilities during the epithelial to mesenchymal transition 2024-Dec-27, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07408-7 PMID:39730911	研究论文	通过基因组尺度代谢建模，研究上皮-间质转化(EMT)过程中的动态代谢脆弱性	整合多种组学数据，利用计算模型揭示EMT过程中的时间依赖性和细胞状态特异性代谢依赖关系	研究主要基于细胞培养模型，可能无法完全反映体内复杂情况	探索上皮-间质转化过程中的代谢网络重构	TGF-β刺激的细胞培养模型	计算生物学	肺癌	基因组尺度代谢建模、时间序列转录组学、时间序列蛋白质组学、单细胞转录组学、CRISPR-Cas9筛选	基因组尺度代谢模型	转录组数据、蛋白质组数据	多个细胞培养模型的组学数据集
19	2025-08-09	Associations between cuprotosis-related genes and the spectrum of metabolic dysfunction-associated fatty liver disease: An exploratory study 2024-12, Diabetes, obesity & metabolism DOI:10.1111/dom.15946 PMID:39285685	研究论文	探讨铜死亡相关基因（CRGs）与代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MAFLD）不同阶段（包括肝细胞癌HCC）的关联	首次探索铜死亡相关基因在MAFLD及其进展至HCC过程中的作用机制，发现GLS基因通过铜死亡和T细胞激活促进MAFLD进展	研究样本量相对有限，且主要依赖回顾性数据分析，需要进一步实验验证	揭示铜死亡相关基因在MAFLD疾病谱中的分子机制	MAFLD患者（n=331）、MAFLD相关HCC患者（n=271）及温州PERSONS队列（n=656）	生物医学研究	代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MAFLD）和肝细胞癌（HCC）	RNA测序（bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq）、全基因组关联分析（GWAS）	逻辑回归分析、差异相关性分析	基因表达数据、临床指标数据	总样本量1258例（MAFLD 331例，MAFLD-HCC 271例，验证队列656例）
20	2025-08-09	Mapping the gene space at single-cell resolution with gene signal pattern analysis 2024-Dec, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-024-00734-0 PMID:39706866	research paper	本文提出了一种名为基因信号模式分析（GSPA）的图信号处理方法，用于从单细胞数据中学习丰富的基因表示	GSPA利用细胞-细胞图上的扩散小波字典学习基因表示，能够基于基因在细胞流形上的模式和定位进行表征	NA	解决单细胞测序分析中基因空间映射或嵌入的问题	单细胞测序数据中的基因	computational biology	NA	single-cell sequencing	graph signal processing	single-cell data	NA