单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-03-16	CosGeneGate selects multi-functional and credible biomarkers for single-cell analysis 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae626 PMID:39592241	研究论文	本文介绍了一种名为CosGeneGate的新模型，用于在单细胞测序分析中选择更具代表性的标记基因	CosGeneGate结合了基于细胞类型分类准确性和标记基因特异性表达模式的优点，选择非冗余且具有细胞类型特异性表达模式的标记基因	未明确提及具体局限性	提高单细胞测序分析中标记基因选择的效率和准确性	单细胞测序数据中的标记基因	生物信息学	NA	单细胞测序	CosGeneGate	单细胞测序数据	公共数据集和新测序数据集
162	2025-03-16	Metastasis of colon cancer requires Dickkopf-2 to generate cancer cells with Paneth cell properties 2024-Nov-13, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97279 PMID:39535280	研究论文	本文研究了结肠癌转移过程中Dickkopf-2（DKK2）在生成具有Paneth细胞特性的癌细胞中的作用	揭示了DKK2在结肠癌转移过程中通过调控HNF4A蛋白水平促进具有Paneth细胞特性的癌细胞生成的新机制	研究主要基于小鼠模型和患者样本，尚未在更大规模的人群中进行验证	探讨结肠癌转移过程中癌细胞获得Paneth细胞特性的分子机制	结肠癌细胞、小鼠模型、患者样本	癌症研究	结肠癌	单细胞RNA测序、转录组分析、染色质免疫共沉淀测序	NA	RNA测序数据、染色质可及性数据	小鼠模型和患者样本
163	2025-03-16	Single-cell, spatial, and fate-mapping analyses uncover niche dependent diversity of cochlear myeloid cells 2024-Nov-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.30.621184 PMID:39554030	研究论文	本文通过单细胞转录组学、命运图谱和联体共生实验，揭示了小鼠耳蜗中五种髓系细胞的存在，包括三种组织驻留巨噬细胞亚群，并探讨了它们在耳蜗不同区域的特定功能	首次揭示了耳蜗中巨噬细胞的基因表达、空间分布、起源和功能的独特异质性，特别是在感觉器官中的巨噬细胞研究方面填补了空白	研究主要集中在小鼠模型上，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探讨耳蜗中髓系细胞的多样性和功能，特别是巨噬细胞在耳蜗微环境中的作用	小鼠耳蜗中的髓系细胞，特别是组织驻留巨噬细胞	单细胞组学	NA	单细胞转录组学、命运图谱、联体共生实验	NA	单细胞RNA测序数据	小鼠耳蜗组织
164	2025-03-16	Spatial transcriptomics reveals organized and distinct immune activation in cutaneous granulomatous disorders 2024-Nov, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.07.021 PMID:39098508	研究论文	本文通过空间转录组学技术研究了非感染性（炎症性）皮肤肉芽肿疾病的免疫激活模式	首次在空间分辨率上揭示了皮肤肉芽肿疾病中免疫激活的空间组织和差异	未明确提及研究的样本量限制或技术局限性	理解皮肤肉芽肿疾病中的空间基因表达特征	皮肤肉芽肿疾病（包括皮肤结节病、环状肉芽肿、脂质坏死性肉芽肿和坏死性黄色肉芽肿）	数字病理学	皮肤疾病	空间转录组学	NA	基因表达数据	未明确提及样本量
165	2025-03-15	Single-Cell Analysis Reveals Novel Immune Perturbations in Fibrotic Hypersensitivity Pneumonitis 2024-Nov-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202401-0078OC PMID:38924775	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了纤维化过敏性肺炎（FHP）中的新型免疫扰动	首次在单细胞分辨率下揭示了FHP中的免疫异常，包括未描述过的GZM细胞毒性CD4和CD8 T细胞的增加，以及S100A和CCL3/CCL4经典单核细胞的增加	样本来源仅限于美国和墨西哥的患者，可能限制了结果的普遍性	阐明FHP中的免疫异常机制	纤维化过敏性肺炎（FHP）患者、特发性肺纤维化（IPF）患者、非纤维化过敏性肺炎患者及健康对照	数字病理学	肺病	单细胞5' RNA测序	Seurat, DoRothEA-VIPER, Monocle3, Velocyto-scVelo-CellRank	RNA测序数据	45名FHP患者、63名IPF患者、4名非纤维化过敏性肺炎患者及36名健康对照，共501,534个外周血单核细胞和88,336个BAL细胞
166	2025-03-14	Bone-marrow macrophage-derived GPNMB protein binds to orphan receptor GPR39 and plays a critical role in cardiac repair 2024-Nov, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00555-4 PMID:39455836	研究论文	本文研究了糖蛋白非转移性黑色素瘤蛋白B（GPNMB）在心肌梗死后的心脏修复中的作用	首次揭示了骨髓来源的巨噬细胞是损伤心脏中GPNMB的主要来源，并发现GPNMB通过GPR39信号通路在心脏修复中发挥关键作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨GPNMB在心肌梗死后的心脏损伤和功能中的作用	人类和小鼠的心脏组织	心血管疾病	心肌梗死	单细胞转录组学	遗传功能缺失模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
167	2025-03-13	Molecular Profiling Defines Three Subtypes of Synovial Sarcoma 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202404510 PMID:39257029	研究论文	本文通过RNA和靶向DNA测序对55名患者的91个肿瘤进行了分析，定义了滑膜肉瘤的三种分子亚型	首次通过分子分析定义了滑膜肉瘤的三种亚型，并揭示了这些亚型与临床预后的关联	样本量相对较小，且未涉及所有可能的滑膜肉瘤亚型	阐明驱动滑膜肉瘤表型多样性的基因组事件	滑膜肉瘤患者及其肿瘤样本	基因组学	滑膜肉瘤	RNA测序、靶向DNA测序、蛋白质组分析、单细胞RNA测序	NA	RNA序列、DNA序列、蛋白质组数据、单细胞RNA序列	55名患者的91个肿瘤样本
168	2025-03-12	Extracellular vesicles from human-induced pluripotent stem cell-derived neural stem cells alleviate proinflammatory cascades within disease-associated microglia in Alzheimer's disease 2024-Nov, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1 DOI:10.1002/jev2.12519 PMID:39499013	研究论文	本研究探讨了人诱导多能干细胞衍生的神经干细胞外泌体在阿尔茨海默病模型中的抗炎作用及其对认知和情绪功能的改善	首次展示了hiPSC-NSC-EVs通过诱导激活的小胶质细胞和反应性星形胶质细胞的转录组变化来抑制神经炎症信号级联反应的效果	研究仅在3个月大的5xFAD小鼠模型中进行，未涉及人类临床试验	探索hiPSC-NSC-EVs作为阿尔茨海默病疾病修饰生物制剂的潜力	3个月大的5xFAD小鼠和培养的人类小胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	3个月大的5xFAD小鼠和培养的人类小胶质细胞
169	2025-03-08	CRISPRi-based screens in iAssembloids to elucidate neuron-glia interactions 2024-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.26.538498 PMID:37163077	研究论文	本文介绍了一种名为iAssembloids的3D共培养系统，用于研究神经元与胶质细胞之间的相互作用及其在健康和疾病中的功能	开发了iAssembloids系统，结合CRISPRi筛选技术，首次在3D环境中揭示了GSK3β抑制NRF2介导的氧化应激反应的机制，并研究了APOE-4在阿尔茨海默病中的作用	未提及具体样本量或实验重复次数，可能影响结果的普适性	研究神经元与胶质细胞之间的相互作用及其在脑健康和疾病中的分子机制	神经元与胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	CRISPRi筛选、单细胞转录组学、免疫组织化学	iAssembloids（诱导多谱系组装体）	单细胞转录组数据、免疫组织化学数据	NA
170	2025-03-05	Genetic variation and molecular profiling of congenital malformations of the female genital tract based on whole-genome sequencing 2024-11, World journal of pediatrics : WJP IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s12519-024-00839-6 PMID:39251565	研究论文	本研究通过全基因组测序分析了590名中国个体的数据，揭示了女性生殖道先天性畸形（CM-FGT）的遗传变异和分子特征	首次在全基因组范围内识别出与CM-FGT相关的7个新发拷贝数变异、12个罕见单核苷酸变异和10个罕见3'UTR突变，并特别强调了ASH1L作为致病基因的重要性	样本主要来自中国人群，可能限制了结果的普遍性	探索女性生殖道先天性畸形的遗传变异和分子机制	590名中国个体，包括95名患者、442名病例对照和53名家族对照	基因组学	女性生殖道先天性畸形	全基因组测序，单细胞测序	NA	基因组数据	590名个体（95名患者，442名病例对照，53名家族对照）
171	2025-03-04	Screening, identification and targeted intervention of necroptotic biomarkers of asthma 2024-11-26, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150674 PMID:39270557	研究论文	本研究旨在识别与坏死性凋亡相关的标志物，评估其在哮喘中的作用，并探索针对坏死性凋亡的潜在治疗药物	首次系统性地识别了与哮喘相关的坏死性凋亡标志物，并探索了其作为治疗靶点的潜力	研究结果需要进一步的临床验证，以确认其在实际治疗中的应用效果	识别与坏死性凋亡相关的标志物，评估其在哮喘中的作用，并探索潜在的治疗药物	哮喘患者与健康对照	生物信息学	哮喘	机器学习算法（LASSO、随机森林、SVM-RFE）、Western blot、qPCR、ROC曲线分析、免疫浸润分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接研究	LASSO、随机森林、SVM-RFE	基因表达数据、临床数据	哮喘患者与健康对照的基因表达数据
172	2025-03-04	Identification of the 4CL family in cassava (Manihot esculenta Crantz) and expression pattern analysis of the Me4CL32 gene 2024-11-26, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150731 PMID:39423574	研究论文	本文通过生物信息学方法鉴定了木薯中的4CL基因家族，并分析了Me4CL32基因的表达模式	首次在木薯基因组中鉴定了50个Me4CL基因，并进行了全面的家族分析，揭示了Me4CL32基因在应对非生物胁迫和激素刺激中的表达变化	研究主要基于生物信息学分析和实验室条件下的基因表达分析，未涉及田间试验验证	研究木薯4CL基因家族的功能及其在植物生长、发育和抗逆性中的作用	木薯（Manihot esculenta Crantz）及其4CL基因家族	植物分子生物学	NA	生物信息学分析、qRT-PCR、RNA-seq转录组分析、单细胞转录组分析	NA	基因组数据、转录组数据	50个Me4CL基因
173	2025-03-02	Brain-wide alterations revealed by spatial transcriptomics and proteomics in COVID-19 infection 2024-Nov, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-024-00730-z PMID:39543407	研究论文	本研究通过空间转录组学和蛋白质组学技术，揭示了COVID-19感染后大脑的广泛改变	结合多种实验和分析方法，首次展示了COVID-19对大脑的广泛影响，包括皮质和皮质下区域，并揭示了与年龄相关神经退行性疾病相似的变化	样本量相对较小（n=42），且仅限于死后大脑样本，可能限制了结果的普遍性	了解COVID-19感染后神经系统症状的病理生理学，以优化治疗和结果	COVID-19患者和具有匹配肺部病理的对照组的死后大脑样本	数字病理	COVID-19	空间转录组学、批量基因表达和蛋白质组学	NA	基因表达数据、蛋白质数据	42个样本（COVID-19患者和对照组）
174	2025-03-01	Single-cell RNA-seq in diabetic foot ulcer wound healing 2024 Nov-Dec, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society IF:3.8Q1 DOI:10.1111/wrr.13218 PMID:39264020	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究糖尿病足溃疡慢性伤口愈合的细胞亚群、基因和分子	通过单细胞RNA测序技术从炎症、血管生成和细胞外基质重塑三个方面探索糖尿病足溃疡的伤口愈合机制	未提及具体样本量或实验设计的局限性	深入了解糖尿病足溃疡伤口愈合的机制并识别潜在的治疗靶点	糖尿病足溃疡慢性伤口相关的细胞亚群、基因和分子	数字病理学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
175	2025-02-27	Meta-atlas of Juvenile and Adult Enteric Neuron scRNA-seq for Dataset Comparisons and Consensus on Transcriptomic Definitions of Enteric Neuron Subtypes 2024-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.31.621315 PMID:39574584	研究论文	本文通过整合多个小鼠单细胞或单核RNA测序数据集，旨在识别新的细胞类型、共享的标记基因，并达成对肠神经元亚型转录组定义的共识	通过数据整合生成肠神经元类型的共识视图，提高了稀有神经元类别的分辨率，为疾病状态下肠神经元的变化提供了新的理解	未来的研究需要将这些深度转录组数据与历史分类系统连接起来	识别新的细胞类型、共享的标记基因，并达成对肠神经元亚型转录组定义的共识	小鼠的肠神经系统	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	多个小鼠单细胞或单核RNA测序数据集
176	2025-02-27	Characterization of an orthotopic mouse transplant model reveals early changes in the tumor microenvironment of lung cancer 2024-Nov, BMB reports IF:2.9Q3 PMID:39044458	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了Lewis肺癌细胞系在小鼠原位移植模型中的早期肿瘤微环境变化	利用单细胞RNA测序技术，首次在Lewis肺癌细胞系中观察到Kras G12C突变细胞的分子动态变化，并揭示了肿瘤微环境中的早期基因表达变化	研究仅限于小鼠模型，可能无法完全反映人类肺癌的复杂性	研究肺癌早期阶段的细胞和分子动态变化	Lewis肺癌细胞系（LLC）及其在小鼠模型中的原位移植	肿瘤生物学	肺癌	单细胞RNA测序	小鼠原位移植模型	RNA测序数据	NA
177	2025-02-21	FastTENET: an accelerated TENET algorithm based on manycore computing in Python 2024-11-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae699 PMID:39570606	研究论文	本文提出了一种基于多核计算的加速版TENET算法，称为FastTENET，用于从单细胞RNA测序数据中重建基因调控网络	FastTENET通过数组计算优化了TENET算法，使其在多核处理器（如GPU）上加速，性能提升高达973倍	尽管FastTENET显著提升了计算速度，但其性能提升依赖于硬件（如GPU）的支持	解决TENET算法在处理大规模单细胞RNA测序数据时计算时间过长的问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	TENET算法	基因表达数据	NA
178	2025-02-21	Recruitment of homodimeric proneural factors by conserved CAT-CAT E-boxes drives major epigenetic reconfiguration in cortical neurogenesis 2024-Nov-27, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae950 PMID:39494521	研究论文	本文通过综合分析ChIP-seq、单细胞RNA-seq、ATAC-seq和DNA甲基化数据，揭示了NEUROG2和NEUROD2在神经元分化中间阶段对CAT-CAT E-boxes的结合及其在染色质重塑中的重要作用	首次提出NEUROG2和NEUROD2作为同源二聚体结合CAT-CAT E-boxes，在神经元分化中间阶段发挥最大染色质重塑影响	研究主要基于小鼠皮层发育数据，人类数据未涉及	探究NEUROG2和NEUROD2在不同E-box类型上的协作及其染色质重塑机制	NEUROG2和NEUROD2在发育中的小鼠皮层中的结合位点和染色质状态	表观遗传学	神经精神疾病	ChIP-seq, 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, DNA甲基化测序, HT-SELEX, 结构建模, DNA足迹法	NA	基因组数据, 转录组数据, 表观遗传数据	发育中的小鼠皮层样本
179	2025-02-14	Revealing the molecular links between coronary heart disease and cognitive impairment: the role of aging-related genes and therapeutic potential of stellate ganglion block 2024-Nov-28, Biogerontology IF:4.4Q1 DOI:10.1007/s10522-024-10159-x PMID:39609308	研究论文	本研究揭示了冠状动脉心脏病（CHD）与认知障碍之间的分子联系，并评估了星状神经节阻滞（SGB）的治疗潜力	首次通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出FKBP5和DDIT3这两个关键衰老相关基因在CHD和认知障碍中的上调作用，并展示了SGB通过自主神经调节对这些基因相关通路的调控作用	研究主要基于动物模型，尚未在人类中进行验证	阐明关键衰老相关基因在CHD和认知障碍病理生理学中的作用，并评估SGB的治疗潜力	冠状动脉心脏病（CHD）和认知障碍	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA测序数据	大鼠模型
180	2025-02-12	Leveraging Single-Cell RNA-Seq to Generate Robust Microglia Aging Clocks 2024-Nov-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.05.616811 PMID:39554035	研究论文	本文利用单细胞RNA测序数据开发并比较了生成微胶质细胞衰老时钟的计算方法	通过单细胞RNA测序数据开发微胶质细胞衰老时钟，提供了单细胞水平的衰老过程洞察	研究主要依赖于已有的单细胞RNA测序数据集，可能受限于数据的质量和多样性	开发并比较计算方法来建立稳健的微胶质细胞衰老时钟	微胶质细胞	生物信息学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	无监督、基于频率的特征化方法	RNA测序数据	NA