单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-01-31	A prenatal skin atlas reveals immune regulation of human skin morphogenesis 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08002-x PMID:39415002	研究论文	本文构建了一个全面的产前人类皮肤多组学参考图谱，揭示了非免疫细胞与免疫细胞之间的相互作用在皮肤形态发生中的关键作用	首次构建了产前人类皮肤的多组学参考图谱，揭示了免疫细胞在皮肤形态发生中的非传统功能	皮肤器官模型缺乏免疫细胞，且内皮细胞异质性和数量显著减少	研究产前人类皮肤的形态发生机制，特别是免疫细胞在其中的作用	产前人类皮肤（7-17周）和皮肤器官模型	生物医学	NA	单细胞转录组学、空间转录组学	皮肤器官模型（SkO）	单细胞和空间转录组数据	产前人类皮肤（7-17周）和皮肤器官模型
162	2025-01-31	Construction and Validation of a Novel T/NK-Cell Prognostic Signature for Pancreatic Cancer Based on Single-Cell RNA Sequencing 2024-Nov, Cancer investigation IF:1.8Q3 DOI:10.1080/07357907.2024.2424328 PMID:39523741	研究论文	本文基于单细胞RNA测序数据，构建并验证了一种新的胰腺癌T/NK细胞预后特征模型	首次利用单细胞RNA测序技术，识别出胰腺癌原发肿瘤与肝转移之间的T/NK细胞亚群差异，并构建了基于6个特定基因的预后模型	样本量较小，仅包括3名胰腺癌患者的配对原发和转移肿瘤组织	研究胰腺癌原发肿瘤与转移肿瘤之间的差异，并构建预后模型	胰腺癌患者的原发和转移肿瘤组织	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	预后模型	RNA测序数据	3名胰腺癌患者的配对原发和转移肿瘤组织
163	2024-11-17	scDOT: optimal transport for mapping senescent cells in spatial transcriptomics 2024-Nov-08, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03426-0 PMID:39516853	研究论文	本文开发了scDOT，结合空间转录组学和单细胞RNA测序，以提高重建单细胞分辨率空间图和识别衰老细胞的能力	scDOT通过整合最优传输和表达解卷积，学习细胞和spots之间的非线性耦合，推断细胞位置	NA	提高空间转录组学数据分辨率，识别衰老细胞及其空间组织	衰老细胞及其在空间转录组学数据中的组织	空间转录组学	NA	最优传输	NA	空间转录组学数据和单细胞RNA测序数据	NA
164	2025-01-28	Microglia and monocyte-derived macrophages drive progression of pediatric high-grade gliomas and are transcriptionally shaped by histone mutations 2024-11-12, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.09.007 PMID:39395421	研究论文	本文研究了儿童高级别胶质瘤（pHGGs）中髓系细胞的作用及其受组蛋白突变影响的转录特征	揭示了髓系细胞在儿童高级别胶质瘤中的肿瘤促进作用，并提出了针对这些细胞的潜在治疗机会	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用仍需进一步验证	探讨髓系细胞在儿童高级别胶质瘤进展中的作用及其受组蛋白突变影响的机制	儿童高级别胶质瘤（pHGGs）和弥漫性中线胶质瘤（DMGs）	肿瘤学	儿童高级别胶质瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、免疫组织化学	小鼠模型	RNA测序数据、流式细胞数据、免疫组织化学数据	小鼠模型和人类pHGG样本
165	2025-01-28	Progressive polyadenylation and m6A modification of Ighg1 mRNA maintain IgG1 antibody homeostasis in antibody-secreting cells 2024-11-12, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.10.004 PMID:39476842	研究论文	本文探讨了mRNA多聚腺苷化和N6-甲基腺苷（m6A）修饰如何维持抗体分泌细胞（ASCs）中IgG1抗体的产生	揭示了m6A修饰和YTHDF1在维持IgG1抗体转录本稳态中的新机制	研究主要基于小鼠模型和系统性红斑狼疮患者，可能不适用于其他疾病或物种	研究RNA转录后修饰对抗体稳态的影响	抗体分泌细胞（ASCs）和IgG1抗体	分子生物学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	系统性红斑狼疮患者和小鼠模型
166	2025-01-28	Overcoming tyrosine kinase inhibitor resistance in lung cancer brain metastasis with CTLA4 blockade 2024-Nov-11, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.09.012 PMID:39423817	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析揭示了肺癌脑转移中酪氨酸激酶抑制剂（TKI）耐药的机制，并探讨了CTLA4阻断在克服TKI耐药中的潜力	研究发现TKI治疗提高了T细胞中免疫检查点CTLA4的表达，揭示了肿瘤源性HMGB1在TKI响应中的免疫调节作用，并展示了CTLA4阻断与TKI联合治疗在TKI耐药模型中的增强效果	研究主要基于小鼠模型和有限的临床样本，需要进一步的大规模临床试验验证	探讨肺癌脑转移中TKI耐药的机制，并寻找克服耐药的治疗策略	肺癌脑转移患者和小鼠模型	癌症研究	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多样遗传背景和TKI治疗历史的肺癌脑转移样本
167	2025-01-22	CH6824025, Potent and Selective Discoidin Domain Receptor 1 Inhibitor, Reduces Kidney Fibrosis in Unilateral Ureteral Obstruction Mice 2024-Nov-19, The Journal of pharmacology and experimental therapeutics IF:3.1Q2 DOI:10.1124/jpet.124.002330 PMID:39379147	研究论文	本研究探讨了新型DDR1抑制剂CH6824025在单侧输尿管梗阻（UUO）小鼠模型中改善肾纤维化的效果	首次开发并验证了CH6824025作为强效选择性DDR1磷酸化抑制剂在肾纤维化治疗中的潜力	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	研究CH6824025对肾纤维化的治疗效果及其机制	单侧输尿管梗阻（UUO）小鼠	生物医学	肾纤维化	10x Visium空间转录组学分析	NA	mRNA表达数据	UUO小鼠模型
168	2025-01-22	Longitudinal analysis of genetic and epigenetic changes in human pluripotent stem cells in the landscape of culture-induced abnormality 2024-Nov, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01334-8 PMID:39482531	研究论文	本文通过对人类胚胎干细胞（hESCs）在体外培养过程中遗传和表观遗传变化的纵向分析，揭示了培养诱导异常的表型获得机制	首次全面分析了hESCs在体外培养过程中遗传和表观遗传的变化，揭示了20q11.21拷贝数增加和表观遗传变化在培养适应表型表达中的必要性	研究主要基于同基因hESC模型，可能无法完全反映不同遗传背景下的变化	探究hESCs在体外培养过程中遗传和表观遗传变化的分子机制	人类胚胎干细胞（hESCs）	干细胞研究	NA	基因组分析、单细胞转录组分析、单细胞ATAC-seq分析	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	NA
169	2025-01-16	The Functional Role and Prognostic Significance of TIM-3 Expression on NK Cells in the Diagnostic Bone Marrows in Acute Myeloid Leukemia 2024-Nov-27, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12122717 PMID:39767624	研究论文	本研究探讨了TIM-3在急性髓性白血病（AML）患者骨髓中自然杀伤（NK）细胞上的功能作用和预后意义	首次系统评估了TIM-3在AML患者NK细胞上的表达与其细胞毒性和杀伤能力的关系，并探讨了其预后意义	TIM-3表达水平与NK细胞杀伤活性无直接关系，且TIM-3高表达并非独立的预后因素	评估TIM-3在AML患者NK细胞上的表达对其细胞毒性和杀伤能力的影响，并探讨其预后意义	AML患者和健康捐赠者的骨髓NK细胞	免疫学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、多参数流式细胞术（MFC）	NA	RNA测序数据、流式细胞术数据	105名新诊断的AML成年患者和7名健康捐赠者
170	2025-01-13	Upregulation of multiple key molecules is correlated with poor prognosis and immune infiltrates in hepatocellular carcinoma by bulk and single-cell RNA-seq 2024-Nov-12, Aging DOI:10.18632/aging.206151 PMID:39537209	研究论文	本研究通过bulk和单细胞RNA-seq分析，揭示了与肝细胞癌（HCC）预后不良和免疫浸润相关的多个关键分子的上调	结合bulk和单细胞RNA-seq数据，构建了一个基于关键基因的HCC预后预测模型，并揭示了这些基因在免疫细胞中的高表达	由于肝癌的高度异质性，预测患者预后仍然具有挑战性	构建一个预测HCC预后的模型	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	LASSO回归模型	RNA表达数据和临床数据	TCGA提供的RNA表达和临床数据
171	2025-01-12	Deciphering progressive lesion areas in breast cancer spatial transcriptomics via TGR-NMF 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae707 PMID:39780487	研究论文	本研究通过开发三图正则化非负矩阵分解（TGR-NMF）方法，旨在解析乳腺癌空间转录组学中与疾病进展相关的空间区域	提出了TGR-NMF方法，通过整合基因表达邻域拓扑和空间位置邻域拓扑，构建了可解释的低维空间转录组数据表示，并揭示了乳腺癌进展的病变区域	NA	解析乳腺癌空间转录组学中与疾病进展相关的空间区域	乳腺癌组织	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	TGR-NMF	基因表达数据	NA
172	2025-01-12	Targeting squalene epoxidase restores anti-PD-1 efficacy in metabolic dysfunction-associated steatohepatitis-induced hepatocellular carcinoma 2024-Nov-11, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-331117 PMID:38744443	研究论文	本研究探讨了角鲨烯环氧化酶（SQLE）在代谢功能障碍相关脂肪性肝炎诱导的肝细胞癌（MASH-HCC）中的作用，特别是其在调节肿瘤免疫微环境中的角色	首次揭示了SQLE通过影响CD8+ T细胞功能和增加免疫抑制性髓源性抑制细胞（MDSCs）来抑制抗肿瘤反应，并证明靶向SQLE可以恢复抗PD-1治疗在MASH-HCC模型中的疗效	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探讨SQLE在MASH-HCC中的免疫调节作用及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞特异性SQLE转基因和敲除小鼠，以及MASH-HCC模型	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，流式细胞术	小鼠模型	基因表达数据，细胞表型数据	未明确提及具体样本数量
173	2025-01-07	The network structural entropy for single-cell RNA sequencing data during skin aging 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae698 PMID:39757115	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析皮肤老化过程中的基因网络，引入网络结构熵来量化老化过程中基因网络的复杂性	引入网络结构熵来量化老化过程中基因网络的复杂性，并发现老化细胞中的整体网络结构熵增加	未提及具体局限性	理解老化过程中细胞功能变化的分子机制	单细胞RNA测序数据中的基因网络	生物信息学	老年疾病	单细胞RNA测序	随机游走模型	基因表达数据	超过15,000个细胞
174	2025-01-07	Single-cell RNA sequencing reveals the changes of the pulmonary immune environment in rat after Siegesbeckia orientalis L. treatment 2024-Nov, Journal of pharmaceutical analysis IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.jpha.2024.101035 PMID:39759974	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了东方泽兰治疗后大鼠肺部免疫环境的变化	使用单细胞RNA测序技术详细分析东方泽兰治疗对大鼠肺部免疫环境的影响	NA	研究东方泽兰治疗对大鼠肺部免疫环境的影响	大鼠肺部免疫环境	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
175	2025-01-06	Highly neurogenic glia from human and mouse myenteric ganglia generate functional neurons following culture and transplantation into the gut 2024-Nov-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114919 PMID:39471175	研究论文	本文描述了从人和小鼠的肌间神经节中分离出高度神经源性的胶质细胞，这些细胞在培养和移植到肠道后能够生成功能性神经元	提出了新的分离方法，能够从肌间神经节中富集高度神经源性的肠神经干细胞，相比传统方法生成更高纯度的神经元	NA	研究肠神经干细胞疗法在神经肠道疾病中的应用潜力	人和小鼠的肌间神经节中的肠胶质细胞	神经科学	神经肠道疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	人和小鼠的肌间神经节样本
176	2025-01-06	Online-adjusted evolutionary biclustering algorithm to identify significant modules in gene expression data 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae681 PMID:39749664	研究论文	本文提出了一种新的基于进化的双聚类算法OAEVOB，用于高效处理大规模基因表达数据	OAEVOB算法引入了在线调整功能，通过更新突变概率和交叉参数来有效识别显著基因群组	现有算法未解决对不同基因表达数据源的泛化问题	开发一种可靠的创新方法，用于深入分析生物数据并确保基于准确信息做出决策	基因表达数据	机器学习	癌症	DNA微阵列、RNA测序、单细胞RNA测序	进化算法	基因表达数据	六个来自不同测序数据源的基因表达数据集
177	2025-01-06	BACT: nonparametric Bayesian cell typing for single-cell spatial transcriptomics data 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae689 PMID:39751646	研究论文	本文提出了一种非参数贝叶斯模型BACT，用于单细胞空间转录组数据的细胞类型分析	BACT模型无需预先指定细胞类型数量，能够自动从数据中学习细胞类型数量，并利用非参数Potts先验引入邻近细胞的空间依赖性	NA	解决现有细胞空间聚类方法需要预先指定细胞类型数量的问题	单细胞空间转录组数据	生物信息学	NA	单细胞空间转录组技术	非参数贝叶斯模型	基因表达数据和空间坐标数据	三个单细胞空间转录组数据集
178	2025-01-06	scRNA-seq profiling of human granulocytes reveals expansion of developmentally flexible neutrophil precursors with mixed neutrophil and eosinophil properties in asthma 2024-Nov-04, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae120 PMID:38814679	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了人类粒细胞在哮喘炎症中的发育灵活性，揭示了未成熟的中性粒细胞在严重哮喘炎症中的扩张及其表达中性粒细胞和嗜酸性粒细胞标记物的现象	首次在人类粒细胞中证实了造血灵活性，并揭示了哮喘炎症中未成熟中性粒细胞向嗜酸性粒细胞表型分化的机制	研究主要集中于哮喘患者，未涉及其他疾病状态下的粒细胞行为	探讨人类粒细胞在哮喘炎症中的发育灵活性及其在嗜酸性粒细胞发育和过敏性疾病中的重要性	人类骨髓和循环中的中性粒细胞和嗜酸性粒细胞	生物信息学	哮喘	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	未明确提及样本数量，但涉及人类骨髓和循环中的中性粒细胞和嗜酸性粒细胞
179	2024-12-31	Differential Response to Cisplatin between Co-cultured Cells and Pure Cultured Cells Based on Single-cell RNA Sequencing of Three-dimensional-cultured Breast Cancer Cells 2024-Nov-29, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/j.fbl2912406 PMID:39735986	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了三维培养的乳腺癌细胞在共培养和纯培养条件下对顺铂的不同反应	首次使用单细胞RNA测序技术分析三维共培养的乳腺癌细胞对顺铂的反应，揭示了共培养模型与纯培养模型在药物反应上的差异	研究仅针对MCF-7细胞，未涉及其他类型的乳腺癌细胞，且实验时间较短，可能无法完全反映长期药物反应	开发一种实验方法，用于直接共培养三维乳腺癌细胞，并研究其对顺铂的反应	MCF-7细胞、人乳腺成纤维细胞和人脐静脉内皮细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	三维细胞共培养模型	RNA测序数据	四组细胞培养：未处理的MCF-7细胞组、MCF-7细胞加顺铂组、未处理的共培养组、共培养加顺铂组
180	2024-12-25	CPARI: a novel approach combining cell partitioning with absolute and relative imputation to address dropout in single-cell RNA-seq data 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae668 PMID:39715686	研究论文	本文提出了一种名为CPARI的新方法，结合细胞分区与绝对和相对插值技术来解决单细胞RNA测序数据中的dropout问题	CPARI通过结合细胞分区与绝对和相对插值方法，能够有效区分真实的生物零值和dropout零值，并提高插值的准确性	NA	解决单细胞RNA测序数据中的dropout问题	单细胞RNA测序数据中的dropout零值	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	自编码器	基因表达数据	模拟和真实单细胞RNA测序数据集