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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2025-10-06 |
Single-cell integration reveals metaplasia in inflammatory gut diseases
2024-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07571-1
PMID:39567783
|
研究论文 | 通过整合25个单细胞RNA测序数据集构建了包含160万个细胞的胃肠道细胞图谱,揭示了炎症性肠道疾病中上皮细胞化生的新机制 | 开发了自动化质量控制方法scAutoQC,构建了首个跨越整个健康胃肠道的大规模单细胞参考图谱,发现了肠道炎症疾病中干细胞来源的上皮细胞化生现象 | 研究主要基于已有数据集整合,可能受原始数据质量和批次效应影响 | 系统解析胃肠道在健康和疾病状态下的细胞组成和状态变化 | 人类胃肠道组织和细胞 | 单细胞基因组学 | 炎症性肠道疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 385个样本来自189名健康对照,总计约160万个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 142 | 2025-10-06 |
A spatial human thymus cell atlas mapped to a continuous tissue axis
2024-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07944-6
PMID:39567784
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研究论文 | 通过建立胸腺皮质-髓质轴形态学框架,绘制了人类胸腺空间细胞图谱并解析T细胞发育过程 | 建立了定量形态学框架(皮质-髓质轴)并应用于多模态单细胞数据,首次在胎儿发育早期系统描绘胸腺空间组织结构 | 研究主要聚焦于产前和早期产后阶段,未涵盖胸腺完全发育成熟后的完整过程 | 解析人类胸腺微解剖结构及其在T细胞发育过程中的作用机制 | 人类胎儿和早期产后胸腺组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学, 高分辨率多重成像, 单细胞多组学分析 | NA | 空间转录组数据, 单细胞多组学数据, 成像数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 143 | 2025-10-06 |
A multi-omic atlas of human embryonic skeletal development
2024-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08189-z
PMID:39567793
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研究论文 | 构建了人类胚胎骨骼发育的多组学图谱,揭示了骨骼形成过程中的细胞状态和调控机制 | 首次通过配对转录组和表观遗传分析结合空间转录组学,建立了人类胚胎骨骼发育的多组学图谱,并开发了ISS-Patcher和SNP2Cell两种新工具 | 研究时间窗口仅限于受孕后5-11周,样本数量有限 | 解析人类胚胎骨骼发育过程中的细胞命运决定机制 | 人类胚胎骨骼组织 | 发育生物学 | 骨骼发育疾病 | 单细胞多组学测序, 空间转录组学 | 轨迹分析, 调控网络分析 | 单细胞转录组数据, 表观遗传数据, 空间转录组数据 | 约336,000个细胞核 | NA | 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 144 | 2025-10-06 |
Multi-site Ultrasound-guided Fine Needle Aspiration to Study Cells and Soluble Factors From Human Lymph Nodes
2024-Nov, Current protocols
DOI:10.1002/cpz1.70063
PMID:39579041
|
研究论文 | 介绍应用超声引导细针穿刺技术从人类淋巴结采集样本的方法 | 采用多部位超声引导细针穿刺技术同时获取淋巴结免疫细胞和无细胞材料 | NA | 开发人类淋巴结采样技术以研究免疫反应和神经免疫疾病 | 人类头颈部宫颈淋巴结 | 数字病理学 | 神经免疫疾病 | 超声引导细针穿刺, 单细胞转录组测序, 流式细胞术, 蛋白质组学 | NA | 细胞样本, 无细胞上清液 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 145 | 2025-10-06 |
A human embryonic limb cell atlas resolved in space and time
2024-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06806-x
PMID:38057666
|
研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学构建人类胚胎肢体发育的时空细胞图谱 | 首次在人类胚胎肢体发育中鉴定出多个新细胞群体,发现肌肉发育的两个不同阶段波次,并揭示关键转录抑制因子MSC | 研究主要基于转录组数据,功能验证实验相对有限 | 深入解析人类胚胎肢体发育的细胞多样性和时空动态变化 | 人类和小鼠胚胎肢体组织 | 空间转录组学 | 先天性肢体畸形 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 多个人类胚胎肢体样本和小鼠胚胎肢体样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Visium | 使用VisiumStitcher整合多个解剖连续的空间转录组样本 |
| 146 | 2025-10-06 |
Prostaglandin E2-EP2/EP4 signaling induces immunosuppression in human cancer by impairing bioenergetics and ribosome biogenesis in immune cells
2024-11-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53706-3
PMID:39487111
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了前列腺素E2通过EP2/EP4受体信号通路损害肿瘤浸润免疫细胞的生物能量和核糖体生物合成,导致免疫抑制的机制 | 首次在人类癌症中系统阐明PGE2-EP2/EP4信号通路通过下调c-Myc和PGC-1,损害免疫细胞的氧化磷酸化、糖酵解和核糖体蛋白合成,从而抑制抗肿瘤免疫的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型和单细胞测序数据,需要在更多人类癌症类型中验证;机制研究尚未完全揭示所有下游信号通路 | 探究前列腺素E2在肿瘤微环境中诱导免疫抑制的具体分子机制 | 人类癌症和雌性小鼠同系肿瘤中浸润的免疫细胞,包括CD8 T细胞和巨噬细胞 | 免疫学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类癌症和雌性小鼠肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 147 | 2025-10-06 |
Controlling human stem cell-derived islet composition using magnetic sorting
2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.19.624394
PMID:39605713
|
研究论文 | 本研究开发了一种通过磁性分选控制干细胞来源胰岛细胞组成的方法 | 首次使用基于CD49a标记的磁性激活细胞分选技术来富集功能性β细胞 | 未提及研究的局限性 | 改善干细胞来源胰岛的细胞组成和功能,用于1型糖尿病治疗 | 人类多能干细胞来源的胰岛细胞 | 细胞生物学 | 1型糖尿病 | 磁性激活细胞分选, 单细胞RNA测序, 免疫染色 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 148 | 2025-10-06 |
Reconstructing the regulatory programs underlying the phenotypic plasticity of neural cancers
2024-11-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53954-3
PMID:39516198
|
研究论文 | 开发了一种名为scregclust的计算方法,用于从单细胞RNA测序数据重建细胞调控程序 | 提出单细胞调控驱动聚类方法,能高效划分基因模块并预测关键转录因子和激酶 | 对细胞状态调控机制的理解仍有限 | 研究神经系统癌症的表型可塑性调控程序 | 成人和儿童脑癌肿瘤样本及发育组织 | 生物信息学 | 神经系统癌症 | 单细胞RNA测序 | scregclust算法 | 单细胞RNA测序数据 | 15种肿瘤类型的数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 149 | 2025-10-06 |
Uncovering functional lncRNAs by scRNA-seq with ELATUS
2024-11-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54005-7
PMID:39521797
|
研究论文 | 开发名为ELATUS的计算框架,通过单细胞RNA测序数据增强功能性长链非编码RNA的检测能力 | 结合伪比对工具Kallisto和选择性功能过滤,创建专门针对lncRNAs的单细胞RNA测序分析流程,在参考注释不准确的情况下表现更优 | 未提及具体样本数量和研究规模,主要关注方法学比较 | 开发优化单细胞RNA测序数据分析方法,提高功能性长链非编码RNA的检测准确性 | 长链非编码RNA(lncRNAs)在单细胞水平的表达分析 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),单细胞多组学测序(single-cell multiome),ATAC-seq | 计算框架ELATUS,基于Kallisto伪比对工具 | 单细胞转录组数据,表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,单细胞多组学测序 | NA | NA |
| 150 | 2025-10-06 |
Divergent WNT signaling and drug sensitivity profiles within hepatoblastoma tumors and organoids
2024-11-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52757-w
PMID:39567475
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了肝母细胞瘤的分子异质性和药物敏感性特征 | 首次在肝母细胞瘤中识别出两种具有不同WNT信号模式的肿瘤上皮亚型,并发现它们对特定靶向药物的敏感性差异 | 研究样本量有限,需要更大规模的验证研究 | 表征肝母细胞瘤的分子异质性并识别新的靶向治疗策略 | 肝母细胞瘤组织和肿瘤来源的类器官 | 数字病理学 | 肝母细胞瘤 | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学, 高通量药物筛选 | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 空间转录组数据, 药物反应数据 | 肝母细胞瘤组织和肿瘤类器官样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 151 | 2025-10-06 |
Molecular profiles, sources and lineage restrictions of stem cells in an annelid regeneration model
2024-11-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54041-3
PMID:39557833
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和嵌合转基因技术研究海洋环节动物后部再生过程中的细胞谱系和分子机制 | 首次结合单细胞RNA测序和新型嵌合转基因技术揭示环节动物再生过程中多种细胞群重新出现干细胞特征 | 研究仅限于海洋环节动物模型,结论在其他动物门类的普适性仍需验证 | 探索动物再生能力的分子和细胞机制 | 海洋环节动物Platynereis dumerilii的后部再生过程 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 嵌合转基因技术 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 152 | 2025-10-06 |
Single cell and spatial transcriptomics highlight the interaction of club-like cells with immunosuppressive myeloid cells in prostate cancer
2024-11-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54364-1
PMID:39550375
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学揭示了前列腺癌中club-like细胞与免疫抑制性髓系细胞的相互作用机制 | 首次在前列腺癌中发现club-like细胞作为上皮细胞亚型在肿瘤微环境中的关键作用,并揭示其与髓源性抑制细胞的关联 | 研究样本量相对有限,机制研究仍需进一步功能验证 | 探索前列腺癌治疗抵抗的肿瘤微环境机制 | 前列腺癌患者肿瘤微环境中的细胞亚群 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 转录组数据,空间定位数据 | 120名患者 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 153 | 2025-10-06 |
GPRC5A promotes lung colonization of esophageal squamous cell carcinoma
2024-11-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54251-9
PMID:39550386
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现GPRC5A通过调控YAP1信号通路促进食管鳞癌肺转移 | 首次揭示早期播散癌细胞具有滋养层样'肿瘤植入'表型,并发现GPRC5A/WWP1/LATS1/YAP1这一新的转移调控通路 | 机制研究仍需进一步验证,临床样本量有限 | 探索食管鳞癌肺转移的分子机制 | 食管鳞癌细胞和148例ESCC患者 | 癌症生物学 | 食管鳞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 148例ESCC患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 154 | 2025-10-06 |
Defective germinal center selection results in persistence of self-reactive B cells from the primary to the secondary repertoire in Primary Antiphospholipid Syndrome
2024-11-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54228-8
PMID:39548093
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研究论文 | 通过单细胞多组学技术解析原发性抗磷脂综合征中自身反应性B细胞的起源和存活机制 | 首次在人类PAPS中系统追踪自身反应性B细胞从初始到记忆和长寿命浆细胞阶段的全过程,揭示其通过缺陷的生发中心选择而持续存在 | 样本来源仅限于外周血和骨髓,未涉及其他淋巴器官;研究人群为三重阳性PAPS患者,结果可能不适用于所有PAPS亚型 | 阐明原发性抗磷脂综合征中自身反应性B细胞的起源和存活机制 | 原发性抗磷脂综合征患者的B细胞 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序, B细胞受体谱分析, CITEseq, 单细胞永生化 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据, BCR序列数据 | 三重阳性PAPS患者的外周血和骨髓样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 155 | 2025-10-06 |
Multi-omics with dynamic network biomarker algorithm prefigures organ-specific metastasis of lung adenocarcinoma
2024-11-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53849-3
PMID:39543109
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研究论文 | 本研究通过动态网络生物标志物算法和多组学数据预测肺腺癌器官特异性转移 | 首次结合动态网络生物标志物算法、单细胞RNA测序和血清蛋白质组学数据定位肺腺癌转移前状态 | 研究仅基于两个临床队列,需要更大样本验证 | 早期检测肺腺癌器官特异性转移 | 肺腺癌患者原发性病灶和血清样本 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 液相色谱-质谱联用 | 神经网络 | 单细胞RNA测序数据, 质谱数据 | 两个临床队列,包含四种主要肺腺癌远处转移类型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 156 | 2025-10-06 |
Dyna-vivo-seq unveils cellular RNA dynamics during acute kidney injury via in vivo metabolic RNA labeling-based scRNA-seq
2024-11-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54202-4
PMID:39543112
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研究论文 | 本研究开发了一种名为Dyna-vivo-seq的新策略,通过体内代谢RNA标记的单细胞RNA测序技术揭示急性肾损伤过程中的细胞RNA动态变化 | 首次实现了在活体动物中进行基于代谢RNA标记的时间分辨动态转录分析,突破了该技术仅限于体外模型的限制 | 研究仅在雌性小鼠中进行,未涉及其他性别或物种 | 开发能够在活体生物单细胞水平表征动态转录组的方法 | 雌性小鼠急性肾损伤模型中的近端肾小管细胞 | 单细胞基因组学 | 急性肾损伤 | 代谢RNA标记,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 157 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics reveals substantial heterogeneity in triple-negative breast cancer with potential clinical implications
2024-11-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54145-w
PMID:39592577
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术揭示三阴性乳腺癌的肿瘤异质性及其临床意义 | 首次系统性地描绘TNBC的空间组织结构,识别出9种空间原型,并发现与免疫治疗反应相关的基因特征 | 样本量相对有限(92例患者),需要在更大队列中进一步验证 | 探索三阴性乳腺癌的肿瘤空间结构和微环境特征 | 92例三阴性乳腺癌患者样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 逐步聚类分析 | 空间转录组数据、组织形态学数据 | 92例TNBC患者 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 158 | 2025-10-06 |
Bacterial single-cell RNA sequencing captures biofilm transcriptional heterogeneity and differential responses to immune pressure
2024-11-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54581-8
PMID:39580490
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研究论文 | 本研究开发了一种优化的细菌单细胞RNA测序方法BaSSSh-seq,用于分析金黄色葡萄球菌生物膜生长过程中的转录异质性及免疫细胞暴露后的转录适应 | 开发了首个针对细菌的单细胞RNA测序方法BaSSSh-seq,能够在单细胞分辨率下探索生物膜动态和免疫压力响应 | 方法目前主要应用于金黄色葡萄球菌,在其他细菌物种中的适用性有待验证 | 研究细菌生物膜的转录异质性及其对免疫压力的差异响应 | 金黄色葡萄球菌生物膜 | 单细胞测序技术 | 细菌感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | BaSSSh-seq(细菌单细胞RNA测序方法) |
| 159 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics unveils molecular signatures of neuronal vulnerability in a mouse model of prion disease that overlap with Alzheimer's disease
2024-11-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54579-2
PMID:39580485
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学揭示了朊病毒病小鼠模型中神经元易损性的分子特征及其与阿尔茨海默病的重叠 | 首次通过单细胞转录组学系统识别朊病毒易损神经元亚群,并发现与阿尔茨海默病共享的易损性相关转录本 | 研究仅使用雌性小鼠模型,未涉及其他性别或更广泛的神经退行性疾病模型 | 探究特定神经元对错误折叠蛋白所致功能障碍和死亡更敏感的分子机制 | 朊病毒感染雌性小鼠的活体神经元 | 单细胞组学 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 朊病毒感染雌性小鼠的神经元样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 160 | 2025-10-06 |
Immunotherapy that improves response to chemotherapy in high-grade serous ovarian cancer
2024-11-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54295-x
PMID:39578450
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析高级别浆液性卵巢癌中肿瘤浸润免疫细胞,发现可增强新辅助化疗反应的潜在靶点 | 首次在高级别浆液性卵巢癌中通过单细胞RNA测序鉴定出STAB1和FOXP3作为化疗增敏的免疫治疗靶点,并开发了相应的靶向治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证 | 探索提高高级别浆液性卵巢癌对新辅助化疗反应的免疫治疗策略 | 高级别浆液性卵巢癌患者和小鼠模型的肿瘤浸润免疫细胞 | 单细胞测序分析 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, 体外抑制实验, 反义寡核苷酸技术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据 | 患者样本64,097个细胞,小鼠模型69,781个细胞,使用三种不同的HGSOC同系小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |