单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-03-01	Single-cell RNA-seq in diabetic foot ulcer wound healing 2024 Nov-Dec, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society IF:3.8Q1 DOI:10.1111/wrr.13218 PMID:39264020	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究糖尿病足溃疡慢性伤口愈合的细胞亚群、基因和分子	通过单细胞RNA测序技术从炎症、血管生成和细胞外基质重塑三个方面探索糖尿病足溃疡的伤口愈合机制	未提及具体样本量或实验设计的局限性	深入了解糖尿病足溃疡伤口愈合的机制并识别潜在的治疗靶点	糖尿病足溃疡慢性伤口相关的细胞亚群、基因和分子	数字病理学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
142	2025-02-27	Meta-atlas of Juvenile and Adult Enteric Neuron scRNA-seq for Dataset Comparisons and Consensus on Transcriptomic Definitions of Enteric Neuron Subtypes 2024-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.31.621315 PMID:39574584	研究论文	本文通过整合多个小鼠单细胞或单核RNA测序数据集，旨在识别新的细胞类型、共享的标记基因，并达成对肠神经元亚型转录组定义的共识	通过数据整合生成肠神经元类型的共识视图，提高了稀有神经元类别的分辨率，为疾病状态下肠神经元的变化提供了新的理解	未来的研究需要将这些深度转录组数据与历史分类系统连接起来	识别新的细胞类型、共享的标记基因，并达成对肠神经元亚型转录组定义的共识	小鼠的肠神经系统	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	多个小鼠单细胞或单核RNA测序数据集
143	2025-02-27	Characterization of an orthotopic mouse transplant model reveals early changes in the tumor microenvironment of lung cancer 2024-Nov, BMB reports IF:2.9Q3 PMID:39044458	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了Lewis肺癌细胞系在小鼠原位移植模型中的早期肿瘤微环境变化	利用单细胞RNA测序技术，首次在Lewis肺癌细胞系中观察到Kras G12C突变细胞的分子动态变化，并揭示了肿瘤微环境中的早期基因表达变化	研究仅限于小鼠模型，可能无法完全反映人类肺癌的复杂性	研究肺癌早期阶段的细胞和分子动态变化	Lewis肺癌细胞系（LLC）及其在小鼠模型中的原位移植	肿瘤生物学	肺癌	单细胞RNA测序	小鼠原位移植模型	RNA测序数据	NA
144	2025-02-21	FastTENET: an accelerated TENET algorithm based on manycore computing in Python 2024-11-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae699 PMID:39570606	研究论文	本文提出了一种基于多核计算的加速版TENET算法，称为FastTENET，用于从单细胞RNA测序数据中重建基因调控网络	FastTENET通过数组计算优化了TENET算法，使其在多核处理器（如GPU）上加速，性能提升高达973倍	尽管FastTENET显著提升了计算速度，但其性能提升依赖于硬件（如GPU）的支持	解决TENET算法在处理大规模单细胞RNA测序数据时计算时间过长的问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	TENET算法	基因表达数据	NA
145	2025-02-21	OneSC: a computational platform for recapitulating cell state transitions 2024-11-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae703 PMID:39570626	研究论文	本文介绍了一个名为OneSC的计算平台，用于模拟细胞状态转换	OneSC平台通过随机微分方程系统和核心转录因子调控网络生成布尔网络，能够准确模拟细胞状态转换和终末细胞状态	NA	开发一个计算平台，用于模拟细胞状态转换，以支持发育生物学、癌症生物学和细胞命运工程的研究	小鼠骨髓祖细胞的单细胞RNA测序数据	计算生物学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	布尔网络	单细胞RNA测序数据	NA
146	2025-02-21	Recruitment of homodimeric proneural factors by conserved CAT-CAT E-boxes drives major epigenetic reconfiguration in cortical neurogenesis 2024-Nov-27, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae950 PMID:39494521	研究论文	本文通过综合分析ChIP-seq、单细胞RNA-seq、ATAC-seq和DNA甲基化数据，揭示了NEUROG2和NEUROD2在神经元分化中间阶段对CAT-CAT E-boxes的结合及其在染色质重塑中的重要作用	首次提出NEUROG2和NEUROD2作为同源二聚体结合CAT-CAT E-boxes，在神经元分化中间阶段发挥最大染色质重塑影响	研究主要基于小鼠皮层发育数据，人类数据未涉及	探究NEUROG2和NEUROD2在不同E-box类型上的协作及其染色质重塑机制	NEUROG2和NEUROD2在发育中的小鼠皮层中的结合位点和染色质状态	表观遗传学	神经精神疾病	ChIP-seq, 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, DNA甲基化测序, HT-SELEX, 结构建模, DNA足迹法	NA	基因组数据, 转录组数据, 表观遗传数据	发育中的小鼠皮层样本
147	2025-02-14	Revealing the molecular links between coronary heart disease and cognitive impairment: the role of aging-related genes and therapeutic potential of stellate ganglion block 2024-Nov-28, Biogerontology IF:4.4Q1 DOI:10.1007/s10522-024-10159-x PMID:39609308	研究论文	本研究揭示了冠状动脉心脏病（CHD）与认知障碍之间的分子联系，并评估了星状神经节阻滞（SGB）的治疗潜力	首次通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出FKBP5和DDIT3这两个关键衰老相关基因在CHD和认知障碍中的上调作用，并展示了SGB通过自主神经调节对这些基因相关通路的调控作用	研究主要基于动物模型，尚未在人类中进行验证	阐明关键衰老相关基因在CHD和认知障碍病理生理学中的作用，并评估SGB的治疗潜力	冠状动脉心脏病（CHD）和认知障碍	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA测序数据	大鼠模型
148	2025-02-12	Leveraging Single-Cell RNA-Seq to Generate Robust Microglia Aging Clocks 2024-Nov-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.05.616811 PMID:39554035	研究论文	本文利用单细胞RNA测序数据开发并比较了生成微胶质细胞衰老时钟的计算方法	通过单细胞RNA测序数据开发微胶质细胞衰老时钟，提供了单细胞水平的衰老过程洞察	研究主要依赖于已有的单细胞RNA测序数据集，可能受限于数据的质量和多样性	开发并比较计算方法来建立稳健的微胶质细胞衰老时钟	微胶质细胞	生物信息学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	无监督、基于频率的特征化方法	RNA测序数据	NA
149	2025-02-09	ITGA5+ synovial fibroblasts orchestrate proinflammatory niche formation by remodelling the local immune microenvironment in rheumatoid arthritis 2024-Nov-01, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2024-225778 PMID:39486872	研究论文	本研究探讨了类风湿性关节炎（RA）中组织驻留滑膜成纤维细胞的表型异质性及其在炎症反应中的作用	发现了一种新型的组织重塑CD45-CD31-PDPN+ITGA5+滑膜成纤维细胞亚群，并揭示了其在RA进展中的调控机制	研究主要依赖于单细胞和空间转录组学技术，可能受限于样本量和技术的分辨率	研究类风湿性关节炎中滑膜成纤维细胞的表型异质性及其在炎症反应中的作用	类风湿性关节炎患者的滑膜组织和滑膜成纤维细胞	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞转录组学、空间转录组学、免疫组化、多重免疫荧光、流式细胞术、细胞共培养、RNA测序	NA	基因表达数据、细胞表型数据	两个队列（PEAC和R4RA）的类风湿性关节炎患者样本
150	2025-02-08	The MRAP2 accessory protein directly interacts with melanocortin-3 receptor to enhance signaling 2024-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.06.622243 PMID:39574659	研究论文	本文研究了MRAP2蛋白如何通过与MC3R受体直接相互作用来增强信号传导，揭示了MRAP2在能量稳态中的关键作用	首次使用单分子下拉技术（SiMPull）确认MC3R和MRAP2在HEK293细胞中的相互作用，并通过荧光漂白步骤分析显示它们以1:1的化学计量比形成异二聚体	研究主要在HEK293细胞中进行，未在更复杂的生物体模型中验证结果	探讨MRAP2如何调节MC3R的功能及其在能量稳态中的作用	MC3R受体和MRAP2蛋白	分子生物学	肥胖症	单分子下拉技术（SiMPull）、荧光漂白步骤分析、单核和空间转录组学	NA	细胞实验数据、转录组数据	HEK293细胞
151	2025-02-08	Single-cell RNA transcriptomics in mice reveals embryonic origin of fibrosis due to maternal obesity 2024-Nov, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105421 PMID:39476533	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了母体肥胖导致后代纤维化的胚胎起源	首次在胚胎水平上揭示了母体肥胖导致后代纤维化的细胞机制，并提出了AMPK作为潜在的治疗靶点	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究母体肥胖对后代纤维化的影响及其机制	C57BL/6J雌性小鼠及其胚胎	单细胞RNA测序	纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA测序数据	C57BL/6J雌性小鼠及其胚胎（E9.5, E11.5, E13.5）
152	2025-02-07	STCGAN: a novel cycle-consistent generative adversarial network for spatial transcriptomics cellular deconvolution 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae670 PMID:39715685	研究论文	本文提出了一种名为STCGAN的新型循环一致性生成对抗网络，用于空间转录组学中的细胞去卷积	STCGAN首次采用循环一致性生成对抗网络（CGAN）在空间转录组数据上进行预训练，确保从ST数据到潜在空间的映射及其反向映射的一致性，从而捕捉复杂的空间基因表达模式并学习鲁棒的潜在表示	尽管STCGAN在模拟和真实数据集上表现出色，但其在更广泛的组织类型和更复杂的组织架构中的适用性仍需进一步验证	提高空间转录组数据中细胞类型去卷积的准确性，以更精确地描绘组织架构	空间转录组数据（ST数据）和单细胞RNA测序数据（scRNA-seq数据）	数字病理学	NA	空间转录组技术	CGAN（循环一致性生成对抗网络）	空间转录组数据和单细胞RNA测序数据	五个模拟和真实数据集
153	2025-02-05	Correction to: STCGAN: a novel cycle-consistent generative adversarial network for spatial transcriptomics cellular deconvolution 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf064 PMID:39902583	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
154	2024-11-15	Correction: Study on the mechanism of heterogeneous tumor-associated macrophages in three subtypes of breast cancer through the integration of single-cell RNA sequencing and in vitro experiments 2024-Nov-08, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-024-10053-2 PMID:39514125	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
155	2025-02-06	ScRNA-seq and bulk RNA-seq identified NUPR1 as novel biomarkers related to CD4 + T cells infiltration for abdominal aortic aneurysm 2024-Nov-07, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-024-10050-5 PMID:39508893	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了与腹主动脉瘤（AAA）中CD4+ T细胞浸润相关的生物标志物，特别是NUPR1基因	首次将NUPR1基因与AAA中CD4+ T细胞浸润联系起来，并验证了其在血管平滑肌细胞中的表达及其对AAA直径的影响	研究主要依赖于GEO数据库的现有数据，且实验验证部分样本量可能有限	识别与AAA中CD4+ T细胞浸润相关的分子标志物，以提高AAA的诊断和治疗策略	腹主动脉瘤（AAA）患者	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq），qPCR，免疫组化，免疫荧光	NA	RNA测序数据	NA
156	2025-02-06	Ly6E on tumor cells impairs anti-tumor T-cell responses: a novel mechanism of tumor-induced immune exclusion 2024-Nov-02, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03851-x PMID:39487896	研究论文	本文研究了肿瘤细胞上的Ly6E如何通过影响肿瘤微环境中的M2巨噬细胞来抑制抗肿瘤T细胞反应	首次揭示了Ly6E通过促进M2巨噬细胞在肿瘤微环境中的积累，导致CD8+ T细胞排斥的免疫调节机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探讨Ly6E在肿瘤微环境中的免疫调节机制及其对癌症免疫治疗的影响	人类乳腺癌组织和肿瘤细胞系，以及小鼠肿瘤模型	肿瘤免疫学	乳腺癌	流式细胞术、批量RNA测序、单细胞RNA测序（ScRNA-seq）	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、细胞表型数据	人类乳腺癌组织样本、肿瘤细胞系、小鼠肿瘤模型
157	2025-02-05	A single-cell atlas of the Culex tarsalis midgut during West Nile virus infection 2024-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.23.603613 PMID:39091762	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了库蚊中肠在西尼罗河病毒感染期间的细胞类型及其对病毒的易感性	首次构建了库蚊中肠的单细胞图谱，并揭示了特定细胞类型对西尼罗河病毒感染的增强或限制作用	未在全中肠水平检测到显著的西尼罗河病毒感染诱导的典型蚊虫抗病毒免疫基因上调	研究库蚊中肠在西尼罗河病毒感染期间的细胞类型及其对病毒的易感性	库蚊中肠细胞	单细胞测序	西尼罗河病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
158	2025-02-05	Graph contrastive learning of subcellular-resolution spatial transcriptomics improves cell type annotation and reveals critical molecular pathways 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf020 PMID:39883515	研究论文	本文介绍了一种名为Focus的半监督图对比学习方法，用于改进基于成像的空间转录组学（iST）中的细胞类型注释，并揭示关键的分子通路	首次明确建模RNA的亚细胞分布和社区结构，以改进细胞类型注释，并在多个空间转录组学平台上显著优于现有算法	当前方法主要依赖于基因表达信息，而忽略了RNA在细胞内的空间分布	改进细胞类型注释并揭示细胞类型特有的亚细胞调控机制	基于成像的空间转录组学（iST）数据	数字病理学	NA	MERFISH, CosMx SMI, Xenium	图对比学习	空间转录组学数据	NA
159	2025-02-02	Beyond the Heartbeat: Single-Cell Omics Redefining Cardiovascular Research 2024-Nov, Current cardiology reports IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s11886-024-02117-3 PMID:39158785	综述	本文探讨了单细胞组学技术在人类心脏不同区域的应用，揭示了细胞多样性、调控网络和疾病机制	强调了单细胞组学技术在心脏研究中的革命性应用，特别是在心脏再生、疾病建模和精准医学方面的潜力	NA	探索单细胞组学技术在心血管研究中的应用，以揭示心脏的细胞组成和分子动态	人类心脏的不同区域	生物信息学	心血管疾病	单细胞转录组学、基因组学、蛋白质组学、表观基因组学、空间转录组学	NA	单细胞组学数据	NA
160	2025-01-31	Deciphering cell states and the cellular ecosystem to improve risk stratification in acute myeloid leukemia 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf028 PMID:39865982	研究论文	本文通过构建急性髓性白血病（AML）单细胞转录组图谱，提出sciNMF工作流程，系统解析细胞异质性，并开发了ACE特征（ACEsig）以预测AML预后	提出了sciNMF工作流程，识别了26种与临床变量、突变和预后相关的白血病和免疫细胞状态，并开发了ACE特征（ACEsig）以预测AML预后	NA	提高急性髓性白血病（AML）的风险分层精度	急性髓性白血病（AML）患者	数字病理学	白血病	单细胞转录组测序	sciNMF	单细胞转录组数据	公共RNA-seq队列