单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-03-25	Proinflammatory immune cells disrupt angiogenesis and promote germinal matrix hemorrhage in prenatal human brain 2024-Nov, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01769-2 PMID:39349662	research paper	该研究揭示了产前人类大脑中促炎性免疫细胞如何破坏血管生成并促进生发基质出血的机制	首次展示了小胶质细胞与新生血管的年龄依赖性相互作用，并发现GMH患儿CD45细胞中活化的中性粒细胞和单核细胞通过产生促炎因子破坏血管完整性	研究主要基于小鼠模型和人类样本的体外分析，需要进一步验证这些发现在活体人类大脑中的适用性	探究早产儿生发基质出血(GMH)的发病机制	产前小鼠和人类大脑组织、早产儿CD45免疫细胞	神经发育疾病研究	生发基质出血(GMH)	单细胞转录组学、流式细胞术	NA	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明样本数量，涉及小鼠模型和人类早产儿样本
122	2025-03-23	Neoadjuvant nivolumab or nivolumab plus ipilimumab in early-stage triple-negative breast cancer: a phase 2 adaptive trial 2024-Nov, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03249-3 PMID:39284953	研究论文	本研究探讨了在早期三阴性乳腺癌患者中，使用纳武利尤单抗或纳武利尤单抗联合伊匹木单抗进行新辅助免疫治疗的潜在疗效	研究首次在早期三阴性乳腺癌患者中探索了不联合化疗的免疫检查点抑制剂新辅助治疗的疗效，并通过单细胞RNA测序揭示了与治疗反应相关的免疫细胞特征	样本量较小（每组15例患者），且研究仅针对早期三阴性乳腺癌患者，结果可能不适用于其他类型乳腺癌或晚期患者	评估不联合化疗的免疫检查点抑制剂新辅助治疗在早期三阴性乳腺癌患者中的疗效和安全性	早期三阴性乳腺癌患者	肿瘤免疫治疗	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	临床数据、RNA测序数据	45例患者（3个队列，每组15例）
123	2025-03-22	New Window Into Hepatitis B in Africa: Liver Sampling Combined With Single-Cell Omics Enables Deep and Longitudinal Assessment of Intrahepatic Immunity in Zambia 2024-Nov-15, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1 DOI:10.1093/infdis/jiae054 PMID:38332750	研究论文	本文介绍了在赞比亚卢萨卡进行的肝脏细针穿刺活检（FNAB）研究，结合单细胞组学技术，深入评估了慢性乙型肝炎病毒（HBV）感染患者的肝内免疫情况	首次在非洲地区将肝脏细针穿刺活检与单细胞RNA测序技术结合，用于评估HBV感染患者的肝内免疫反应	样本量相对较小，且仅在一个地区进行，可能无法完全代表整个非洲的HBV感染情况	深入了解非洲地区HBV感染的免疫学特征，为治愈策略提供信息	未接受过治疗的慢性HBV感染成人患者，包括有和无HIV共感染的患者，以及急性HBV感染患者	数字病理学	乙型肝炎	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	117例入组样本和47例纵向随访样本
124	2025-03-19	Single-cell profiling reveals a conserved role for hypoxia-inducible factor signaling during human craniotomy infection 2024-Nov-19, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101790 PMID:39426374	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了人类颅骨切开术感染期间的细胞和分子特征，特别是低氧诱导因子（HIF）信号的作用	首次在人类颅骨切开术感染中识别出粒细胞性髓系来源抑制细胞的主导地位，并通过单细胞转录组分析揭示了HIF信号在感染中的保守作用	研究为回顾性研究，可能受到样本选择和数据的限制	探索人类颅骨切开术感染的细胞和分子特征，寻找潜在的治疗靶点	人类颅骨切开术感染患者和小鼠模型	数字病理学	感染性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	超过2,500例颅骨切开术患者
125	2025-03-16	CosGeneGate selects multi-functional and credible biomarkers for single-cell analysis 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae626 PMID:39592241	研究论文	本文介绍了一种名为CosGeneGate的新模型，用于在单细胞测序分析中选择更具代表性的标记基因	CosGeneGate结合了基于细胞类型分类准确性和标记基因特异性表达模式的优点，选择非冗余且具有细胞类型特异性表达模式的标记基因	未明确提及具体局限性	提高单细胞测序分析中标记基因选择的效率和准确性	单细胞测序数据中的标记基因	生物信息学	NA	单细胞测序	CosGeneGate	单细胞测序数据	公共数据集和新测序数据集
126	2025-03-16	Metastasis of colon cancer requires Dickkopf-2 to generate cancer cells with Paneth cell properties 2024-Nov-13, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97279 PMID:39535280	研究论文	本文研究了结肠癌转移过程中Dickkopf-2（DKK2）在生成具有Paneth细胞特性的癌细胞中的作用	揭示了DKK2在结肠癌转移过程中通过调控HNF4A蛋白水平促进具有Paneth细胞特性的癌细胞生成的新机制	研究主要基于小鼠模型和患者样本，尚未在更大规模的人群中进行验证	探讨结肠癌转移过程中癌细胞获得Paneth细胞特性的分子机制	结肠癌细胞、小鼠模型、患者样本	癌症研究	结肠癌	单细胞RNA测序、转录组分析、染色质免疫共沉淀测序	NA	RNA测序数据、染色质可及性数据	小鼠模型和患者样本
127	2025-03-16	Single-cell, spatial, and fate-mapping analyses uncover niche dependent diversity of cochlear myeloid cells 2024-Nov-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.30.621184 PMID:39554030	研究论文	本文通过单细胞转录组学、命运图谱和联体共生实验，揭示了小鼠耳蜗中五种髓系细胞的存在，包括三种组织驻留巨噬细胞亚群，并探讨了它们在耳蜗不同区域的特定功能	首次揭示了耳蜗中巨噬细胞的基因表达、空间分布、起源和功能的独特异质性，特别是在感觉器官中的巨噬细胞研究方面填补了空白	研究主要集中在小鼠模型上，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探讨耳蜗中髓系细胞的多样性和功能，特别是巨噬细胞在耳蜗微环境中的作用	小鼠耳蜗中的髓系细胞，特别是组织驻留巨噬细胞	单细胞组学	NA	单细胞转录组学、命运图谱、联体共生实验	NA	单细胞RNA测序数据	小鼠耳蜗组织
128	2025-03-16	Spatial transcriptomics reveals organized and distinct immune activation in cutaneous granulomatous disorders 2024-Nov, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.07.021 PMID:39098508	研究论文	本文通过空间转录组学技术研究了非感染性（炎症性）皮肤肉芽肿疾病的免疫激活模式	首次在空间分辨率上揭示了皮肤肉芽肿疾病中免疫激活的空间组织和差异	未明确提及研究的样本量限制或技术局限性	理解皮肤肉芽肿疾病中的空间基因表达特征	皮肤肉芽肿疾病（包括皮肤结节病、环状肉芽肿、脂质坏死性肉芽肿和坏死性黄色肉芽肿）	数字病理学	皮肤疾病	空间转录组学	NA	基因表达数据	未明确提及样本量
129	2025-03-15	Single-Cell Analysis Reveals Novel Immune Perturbations in Fibrotic Hypersensitivity Pneumonitis 2024-Nov-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202401-0078OC PMID:38924775	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了纤维化过敏性肺炎（FHP）中的新型免疫扰动	首次在单细胞分辨率下揭示了FHP中的免疫异常，包括未描述过的GZM细胞毒性CD4和CD8 T细胞的增加，以及S100A和CCL3/CCL4经典单核细胞的增加	样本来源仅限于美国和墨西哥的患者，可能限制了结果的普遍性	阐明FHP中的免疫异常机制	纤维化过敏性肺炎（FHP）患者、特发性肺纤维化（IPF）患者、非纤维化过敏性肺炎患者及健康对照	数字病理学	肺病	单细胞5' RNA测序	Seurat, DoRothEA-VIPER, Monocle3, Velocyto-scVelo-CellRank	RNA测序数据	45名FHP患者、63名IPF患者、4名非纤维化过敏性肺炎患者及36名健康对照，共501,534个外周血单核细胞和88,336个BAL细胞
130	2025-03-14	Bone-marrow macrophage-derived GPNMB protein binds to orphan receptor GPR39 and plays a critical role in cardiac repair 2024-Nov, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00555-4 PMID:39455836	研究论文	本文研究了糖蛋白非转移性黑色素瘤蛋白B（GPNMB）在心肌梗死后的心脏修复中的作用	首次揭示了骨髓来源的巨噬细胞是损伤心脏中GPNMB的主要来源，并发现GPNMB通过GPR39信号通路在心脏修复中发挥关键作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨GPNMB在心肌梗死后的心脏损伤和功能中的作用	人类和小鼠的心脏组织	心血管疾病	心肌梗死	单细胞转录组学	遗传功能缺失模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
131	2025-03-13	Molecular Profiling Defines Three Subtypes of Synovial Sarcoma 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202404510 PMID:39257029	研究论文	本文通过RNA和靶向DNA测序对55名患者的91个肿瘤进行了分析，定义了滑膜肉瘤的三种分子亚型	首次通过分子分析定义了滑膜肉瘤的三种亚型，并揭示了这些亚型与临床预后的关联	样本量相对较小，且未涉及所有可能的滑膜肉瘤亚型	阐明驱动滑膜肉瘤表型多样性的基因组事件	滑膜肉瘤患者及其肿瘤样本	基因组学	滑膜肉瘤	RNA测序、靶向DNA测序、蛋白质组分析、单细胞RNA测序	NA	RNA序列、DNA序列、蛋白质组数据、单细胞RNA序列	55名患者的91个肿瘤样本
132	2025-03-12	Extracellular vesicles from human-induced pluripotent stem cell-derived neural stem cells alleviate proinflammatory cascades within disease-associated microglia in Alzheimer's disease 2024-Nov, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1 DOI:10.1002/jev2.12519 PMID:39499013	研究论文	本研究探讨了人诱导多能干细胞衍生的神经干细胞外泌体在阿尔茨海默病模型中的抗炎作用及其对认知和情绪功能的改善	首次展示了hiPSC-NSC-EVs通过诱导激活的小胶质细胞和反应性星形胶质细胞的转录组变化来抑制神经炎症信号级联反应的效果	研究仅在3个月大的5xFAD小鼠模型中进行，未涉及人类临床试验	探索hiPSC-NSC-EVs作为阿尔茨海默病疾病修饰生物制剂的潜力	3个月大的5xFAD小鼠和培养的人类小胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	3个月大的5xFAD小鼠和培养的人类小胶质细胞
133	2025-03-08	CRISPRi-based screens in iAssembloids to elucidate neuron-glia interactions 2024-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.26.538498 PMID:37163077	研究论文	本文介绍了一种名为iAssembloids的3D共培养系统，用于研究神经元与胶质细胞之间的相互作用及其在健康和疾病中的功能	开发了iAssembloids系统，结合CRISPRi筛选技术，首次在3D环境中揭示了GSK3β抑制NRF2介导的氧化应激反应的机制，并研究了APOE-4在阿尔茨海默病中的作用	未提及具体样本量或实验重复次数，可能影响结果的普适性	研究神经元与胶质细胞之间的相互作用及其在脑健康和疾病中的分子机制	神经元与胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	CRISPRi筛选、单细胞转录组学、免疫组织化学	iAssembloids（诱导多谱系组装体）	单细胞转录组数据、免疫组织化学数据	NA
134	2025-03-06	ETV2 transcriptionally activates Rig1 gene expression and promotes reprogramming of the endothelial lineage 2024-11-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-78115-w PMID:39562637	研究论文	本研究探讨了ETV2-RIG1级联在ETV2介导的细胞重编程中的作用，揭示了ETV2通过直接激活RIG1基因表达促进成纤维细胞向内皮细胞重编程的分子机制	首次揭示了ETV2通过直接激活RIG1基因表达来促进成纤维细胞向内皮细胞重编程的分子机制	研究主要基于小鼠胚胎成纤维细胞，尚未在人类细胞中进行验证	探讨ETV2介导的成纤维细胞向内皮细胞重编程的分子机制	小鼠胚胎成纤维细胞（MEFs）	细胞生物学	缺血性心脏病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）、电泳迁移率变动分析（EMSA）	NA	基因表达数据	小鼠胚胎成纤维细胞（MEFs）
135	2025-03-05	Preparation of Frozen Non-Human Primate Fetal Islets for Combined Single Nuclei RNA-Sequencing and ATAC-Sequencing, and Bulk Metabolomics 2024-Nov-08, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66849 PMID:39584693	研究论文	本研究提出了一种方法，利用快速冷冻的非人灵长类胎儿胰岛组织进行单核RNA测序和ATAC测序，以及批量代谢组学分析	该方法能够避免多批次组织收集中的批次效应，并最大化从不易获得的样本中提取信息	NA	研究目的是开发一种方法，用于大规模多组学实验，如单细胞RNA测序和代谢组学的结合	非人灵长类胎儿胰岛组织	生物信息学	NA	单核RNA测序, ATAC测序, 毛细管电泳-质谱	NA	RNA序列数据, 代谢物数据	两年内收集的非人灵长类胎儿胰岛组织
136	2025-03-05	Enhancing Single-Cell RNA-seq Data Completeness with a Graph Learning Framework 2024-Nov-06, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3492384 PMID:39504287	研究论文	本文提出了一种基于图学习的框架VAImpute，用于增强单细胞RNA测序数据的完整性，通过变分图自编码器技术预测并填补数据中的缺失值	开发了VAImpute，一种基于变分图自编码器的填补技术，利用细胞/基因之间的copula相关性来学习scRNA-seq数据中的固有分布，从而预测并填补缺失值	未提及具体的数据集规模或实验条件的限制	提高单细胞RNA测序数据的完整性，减少由于RNA量低导致的缺失事件	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	变分图自编码器（VAE）	单细胞RNA测序数据	未提及具体样本数量
137	2025-03-05	Genetic variation and molecular profiling of congenital malformations of the female genital tract based on whole-genome sequencing 2024-11, World journal of pediatrics : WJP IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s12519-024-00839-6 PMID:39251565	研究论文	本研究通过全基因组测序分析了590名中国个体的数据，揭示了女性生殖道先天性畸形（CM-FGT）的遗传变异和分子特征	首次在全基因组范围内识别出与CM-FGT相关的7个新发拷贝数变异、12个罕见单核苷酸变异和10个罕见3'UTR突变，并特别强调了ASH1L作为致病基因的重要性	样本主要来自中国人群，可能限制了结果的普遍性	探索女性生殖道先天性畸形的遗传变异和分子机制	590名中国个体，包括95名患者、442名病例对照和53名家族对照	基因组学	女性生殖道先天性畸形	全基因组测序，单细胞测序	NA	基因组数据	590名个体（95名患者，442名病例对照，53名家族对照）
138	2025-03-04	Screening, identification and targeted intervention of necroptotic biomarkers of asthma 2024-11-26, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150674 PMID:39270557	研究论文	本研究旨在识别与坏死性凋亡相关的标志物，评估其在哮喘中的作用，并探索针对坏死性凋亡的潜在治疗药物	首次系统性地识别了与哮喘相关的坏死性凋亡标志物，并探索了其作为治疗靶点的潜力	研究结果需要进一步的临床验证，以确认其在实际治疗中的应用效果	识别与坏死性凋亡相关的标志物，评估其在哮喘中的作用，并探索潜在的治疗药物	哮喘患者与健康对照	生物信息学	哮喘	机器学习算法（LASSO、随机森林、SVM-RFE）、Western blot、qPCR、ROC曲线分析、免疫浸润分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接研究	LASSO、随机森林、SVM-RFE	基因表达数据、临床数据	哮喘患者与健康对照的基因表达数据
139	2025-03-04	Identification of the 4CL family in cassava (Manihot esculenta Crantz) and expression pattern analysis of the Me4CL32 gene 2024-11-26, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150731 PMID:39423574	研究论文	本文通过生物信息学方法鉴定了木薯中的4CL基因家族，并分析了Me4CL32基因的表达模式	首次在木薯基因组中鉴定了50个Me4CL基因，并进行了全面的家族分析，揭示了Me4CL32基因在应对非生物胁迫和激素刺激中的表达变化	研究主要基于生物信息学分析和实验室条件下的基因表达分析，未涉及田间试验验证	研究木薯4CL基因家族的功能及其在植物生长、发育和抗逆性中的作用	木薯（Manihot esculenta Crantz）及其4CL基因家族	植物分子生物学	NA	生物信息学分析、qRT-PCR、RNA-seq转录组分析、单细胞转录组分析	NA	基因组数据、转录组数据	50个Me4CL基因
140	2025-03-02	Brain-wide alterations revealed by spatial transcriptomics and proteomics in COVID-19 infection 2024-Nov, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-024-00730-z PMID:39543407	研究论文	本研究通过空间转录组学和蛋白质组学技术，揭示了COVID-19感染后大脑的广泛改变	结合多种实验和分析方法，首次展示了COVID-19对大脑的广泛影响，包括皮质和皮质下区域，并揭示了与年龄相关神经退行性疾病相似的变化	样本量相对较小（n=42），且仅限于死后大脑样本，可能限制了结果的普遍性	了解COVID-19感染后神经系统症状的病理生理学，以优化治疗和结果	COVID-19患者和具有匹配肺部病理的对照组的死后大脑样本	数字病理	COVID-19	空间转录组学、批量基因表达和蛋白质组学	NA	基因表达数据、蛋白质数据	42个样本（COVID-19患者和对照组）