单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 659 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2024-12-02 |
Genetic and therapeutic heterogeneity shape the baseline and longitudinal immune ecosystem of ovarian clear cell carcinoma
2024-Nov-27, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010069
PMID:39608974
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研究论文 | 研究卵巢透明细胞癌的免疫生态系统及其在基因和治疗压力下的动态变化 | 揭示了ARID1A突变与卵巢透明细胞癌基线免疫激活的关联，并探讨了VEGF抑制剂在重塑肿瘤基质和增强免疫治疗效果中的作用 | 研究样本量有限，且主要集中在特定基因突变和治疗策略上，可能无法全面反映所有卵巢透明细胞癌的免疫生态系统 | 探讨卵巢透明细胞癌的免疫反应异质性及其潜在的联合治疗策略 | 卵巢透明细胞癌患者的肿瘤样本和血清肿瘤标志物 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞mRNA测序、TCR测序、免疫组化、空间转录组学、RNA测序 | NA | 基因表达数据、图像数据 | 13名卵巢透明细胞癌患者的肿瘤样本和31份石蜡包埋样本 |
| 122 | 2024-12-02 |
Single-cell profiling reveals a conserved role for hypoxia-inducible factor signaling during human craniotomy infection
2024-Nov-19, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101790
PMID:39426374
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研究论文 | 研究揭示了在人类颅骨切开术感染中，缺氧诱导因子信号通路的保守作用 | 首次通过单细胞RNA测序分析了颅骨切开术感染中的细胞和分子特征，并验证了缺氧诱导因子信号通路在感染中的重要作用 | 研究为回顾性研究，且仅限于特定的感染病例 | 探讨颅骨切开术感染中的细胞和分子机制，并寻找潜在的治疗靶点 | 人类颅骨切开术感染中的细胞和分子特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 超过2500例颅骨切开术病例 |
| 123 | 2024-12-02 |
The critical role of endoplasmic reticulum stress and the stimulator of interferon genes (STING) pathway in kidney fibrosis
2024-Nov-19, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2024.10.021
PMID:39566842
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研究论文 | 研究了内质网应激和干扰素基因刺激物（STING）通路在肾纤维化中的关键作用 | 首次揭示了STING是肾小管细胞中ER应激和PERK激活的重要上游调节因子 | 研究主要基于小鼠模型和人类肾脏的空间转录组数据，缺乏直接的人体临床试验数据 | 探讨内质网应激和STING通路在肾纤维化中的作用机制 | 慢性肾病患者的肾脏和急性及慢性肾损伤的小鼠模型 | NA | 肾病 | 转录组分析 | NA | 转录组数据 | 包括慢性肾病患者和多种小鼠模型的肾脏样本 |
| 124 | 2024-12-02 |
Germ cell progression through zebrafish spermatogenesis declines with age
2024-Nov-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204319
PMID:39470160
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研究论文 | 研究了斑马鱼随着年龄增长精子发生过程中的细胞和分子变化 | 首次使用单细胞RNA测序生成斑马鱼衰老睾丸的发育图谱，揭示了精子发生随年龄下降的分子机制 | 研究仅限于斑马鱼，可能不适用于其他物种 | 探讨斑马鱼精子发生随年龄下降的分子和细胞机制 | 斑马鱼睾丸中的生殖细胞和免疫细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个年龄段的斑马鱼睾丸样本 |
| 125 | 2024-12-02 |
Early autonomous patterning of the anteroposterior axis in gastruloids
2024-Nov-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.202171
PMID:39552366
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研究论文 | 研究了在小鼠胚胎干细胞（ESCs）形成的gastruloids中，前后轴（AP轴）自主模式的早期动态 | 通过单细胞RNA测序，识别了支持AP极化的T+和T-群体的关键细胞状态转变和分子特征 | 对细胞命运的空间限制和伴随的转录变化的理解仍然有限 | 探讨小鼠gastruloids中AP轴建立的动态过程，特别是在外部Wnt刺激之前 | 小鼠胚胎干细胞形成的gastruloids | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及多个小鼠gastruloids样本 |
| 126 | 2024-12-02 |
Frizzled5 controls murine intestinal epithelial cell plasticity through organization of chromatin accessibility
2024-Nov-15, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.10.021
PMID:39579769
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研究论文 | 本文研究了Frizzled5（Fzd5）在调控小鼠肠上皮细胞可塑性中的关键作用 | 首次揭示了Frizzled5通过调控染色质可及性来控制肠上皮细胞命运的机制 | NA | 阐明Frizzled5在小鼠肠上皮细胞可塑性中的调控作用 | 小鼠肠上皮细胞及其干细胞和祖细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | NA | 基因表达数据和染色质可及性数据 | 涉及小鼠肠上皮细胞及其干细胞和祖细胞 |
| 127 | 2024-12-02 |
Protocol for Xenium spatial transcriptomics studies using fixed frozen mouse brain sections
2024-Nov-12, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103420
PMID:39535916
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研究论文 | 本文介绍了一种使用固定冷冻小鼠脑切片进行Xenium空间转录组学研究的协议 | 本文展示了固定冷冻薄脑切片与Xenium平台的兼容性，并提供了优秀的成像和空间分辨基因表达定量结果 | NA | 开发一种适用于Xenium空间转录组学研究的固定冷冻小鼠脑切片处理协议 | 固定冷冻小鼠脑切片 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 固定冷冻小鼠脑切片 |
| 128 | 2024-12-02 |
Transcriptome Assembly at Single-Cell Resolution with Beaver
2024-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.04.621958
PMID:39574665
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Beaver的单细胞分辨率转录组装工具，用于短读长单细胞RNA测序数据 | Beaver通过实现转录片段图和高效的动态规划算法，结合随机森林模型，显著提高了单细胞转录组装的精度和准确性 | NA | 开发一种能够在单细胞分辨率下准确重建全长转录本的工具 | 单细胞RNA测序数据中的转录组装 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 随机森林模型 | 转录组数据 | 实验使用了真实和模拟的Smart-seq3 scRNA-seq数据 |
| 129 | 2024-12-01 |
Publisher Correction: Massively parallel single-cell sequencing of diverse microbial populations
2024-Nov-30, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02570-6
PMID:39614113
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 130 | 2024-12-01 |
Single-cell transcriptomic profiling of maize cell heterogeneity and systemic immune responses against Puccinia polysora Underw
2024-Nov-29, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.14519
PMID:39612313
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了玉米对Puccinia polysora感染的细胞异质性和系统性免疫反应 | 首次创建了玉米叶片在真菌攻击下的单细胞图谱，并揭示了不同细胞类型在抗性品种中的调控程序 | NA | 揭示玉米对Puccinia polysora感染的细胞异质性和系统性免疫反应机制 | 玉米叶片细胞在Puccinia polysora感染下的基因表达调控机制 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及六个叶片细胞类型的单细胞RNA测序数据 |
| 131 | 2024-12-01 |
Granzyme K+CD8+ T cells interact with fibroblasts to promote neutrophilic inflammation in nasal polyps
2024-Nov-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54685-1
PMID:39614076
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研究论文 | 研究了鼻息肉中GZMK+CD8+ T细胞与成纤维细胞的相互作用，揭示了其促进中性粒细胞炎症的机制 | 首次发现GZMK+CD8+ T细胞通过表达CXCR4与CXCL12分泌的成纤维细胞相互作用，诱导后者产生中性粒细胞趋化因子，从而促进中性粒细胞炎症 | 研究仅限于鼻息肉和相关炎症疾病，未探讨其他疾病中的潜在作用 | 探讨鼻息肉中中性粒细胞炎症的机制 | GZMK+CD8+ T细胞与成纤维细胞的相互作用 | 免疫学 | 鼻窦炎 | 单细胞分析、空间转录组学、T细胞受体测序 | NA | 细胞 | 未明确提及具体样本数量 |
| 132 | 2024-12-01 |
Integrative mapping of human CD8+ T cells in inflammation and cancer
2024-Nov-29, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02530-0
PMID:39614111
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研究论文 | 介绍了一种基于深度学习的模型scAtlasVAE，用于整合大规模单细胞RNA测序数据和跨图谱比较，构建了广泛的人类CD8+ T细胞图谱 | 提出了scAtlasVAE模型，能够整合大规模单细胞RNA测序数据，并成功建立了不同细胞亚型之间的联系，揭示了其表型和功能转变 | NA | 全面理解人类CD8+ T细胞在炎症和癌症中的克隆景观和动态变化 | 人类CD8+ T细胞在炎症和癌症中的表型多样性 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | VAE | RNA测序数据 | 1,151,678个细胞，来自68项研究的961个样本，涵盖42种疾病条件 |
| 133 | 2024-12-01 |
Human CD8+ T cell map with single-cell transcriptome and TCR information
2024-Nov-29, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02529-7
PMID:39614112
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 134 | 2024-12-01 |
Single-cell multiomics reveals simvastatin inhibits pan-cancer epithelial-mesenchymal transition via the MEK/ERK pathway in XBP1+ mast cells
2024-Nov-28, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-80858-5
PMID:39604504
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研究论文 | 研究通过单细胞多组学分析，揭示辛伐他汀通过MEK/ERK通路抑制泛癌种上皮-间质转化（EMT）在XBP1+肥大细胞中的作用 | 首次揭示辛伐他汀通过抑制XBP1+肥大细胞中的MEK/ERK信号通路，逆转泛癌种中的EMT过程 | 研究主要基于体外实验验证，缺乏体内实验数据支持 | 探讨肥大细胞在肿瘤微环境中的作用及其在系统治疗中的潜在靶点 | 肥大细胞及其在泛癌种转移中的作用 | 数字病理学 | 泛癌种 | 单细胞测序 | WGCNA和12种机器学习算法 | 单细胞数据 | 泛癌种转移的单细胞测序数据 |
| 135 | 2024-12-01 |
Elevated serum and urinary secreted protein acidic and rich in cysteine levels are novel biomarkers of kidney fibrosis severity
2024-Nov-28, Archives of medical research
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.arcmed.2024.103125
PMID:39612526
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研究论文 | 研究探讨了血清和尿液中SPARC水平作为肾纤维化严重程度的新型生物标志物的诊断价值 | 首次发现血清和尿液中SPARC水平与肾纤维化严重程度相关，并验证了其在非侵入性诊断中的潜力 | 研究样本量有限，且仅限于慢性肾病患者，未来需在更大样本和不同疾病阶段进行验证 | 探索SPARC在血清和尿液中作为肾纤维化生物标志物的诊断价值 | 慢性肾病患者的肾纤维化程度 | NA | 慢性肾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 674名慢性肾病患者 |
| 136 | 2024-12-01 |
BOP1: A pivotal prognostic biomarker in clear cell renal cell carcinoma uncovered through integrated bulk and single-cell sequencing
2024-Nov-28, Asian journal of surgery
IF:3.5Q1
DOI:10.1016/j.asjsur.2024.10.159
PMID:39613603
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 137 | 2024-12-01 |
Advancing toward a unified eosinophil signature from transcriptional profiling
2024-Nov-27, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiae188
PMID:39213186
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研究论文 | 本文总结了先前在血液和组织中对小鼠和人类嗜酸性粒细胞进行的转录组研究，并讨论了各种方法的优缺点 | 本文提出了一个统一的嗜酸性粒细胞转录特征，并讨论了未来研究的机会和知识空白 | 本文主要总结了现有研究，未提供新的实验数据 | 旨在推进嗜酸性粒细胞生物学研究，并促进跨研究比较 | 小鼠和人类的嗜酸性粒细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、微阵列 | NA | 转录组数据 | 涉及小鼠和人类样本，具体数量未提及 |
| 138 | 2024-12-01 |
Recruitment of homodimeric proneural factors by conserved CAT-CAT E-boxes drives major epigenetic reconfiguration in cortical neurogenesis
2024-Nov-27, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae950
PMID:39494521
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研究论文 | 研究探讨了在皮质神经发生过程中，同源二聚体前神经因子通过保守的CAT-CAT E-box驱动主要表观遗传重构的机制 | 首次全面分析了NEUROG2和NEUROD2在神经发生中间阶段的染色质重塑机制，并揭示了CAT-CAT E-box在DNA去甲基化和进化约束中的重要作用 | 研究主要基于小鼠皮质数据，未来需在其他物种和不同神经发育阶段进行验证 | 探讨前神经因子在皮质神经发生中的表观遗传调控机制 | NEUROG2和NEUROD2前神经因子及其在神经发生中的作用 | 表观遗传学 | 神经精神疾病 | 染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）、单细胞RNA测序（RNA-seq）、ATAC-seq、DNA甲基化测序 | NA | 基因组数据 | 小鼠皮质发育过程中的多个时间点样本 |
| 139 | 2024-12-01 |
Functional profiling of murine glioma models highlights targetable immune evasion phenotypes
2024-Nov-27, Acta neuropathologica
IF:9.3Q1
DOI:10.1007/s00401-024-02831-w
PMID:39592459
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研究论文 | 研究通过功能基因筛选和单细胞转录组学分析，揭示了小鼠胶质瘤模型中的免疫逃逸机制 | 通过CRISPR基因编辑和机器学习方法，识别了三种关键的癌症内在逃逸机制，并发现了与人类胶质母细胞瘤相似的依赖性 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步验证在人类患者中的适用性 | 探讨小鼠胶质瘤模型中的免疫逃逸机制，并寻找潜在的治疗靶点 | 小鼠胶质瘤模型GL261和CT2A，以及人类胶质母细胞瘤 | 数字病理学 | 脑癌 | CRISPR基因编辑、单细胞转录组学、机器学习 | 机器学习 | 基因数据、转录组数据 | 两个小鼠胶质瘤模型（GL261和CT2A），多种免疫细胞（细胞毒性T细胞、自然杀伤细胞、巨噬细胞） |
| 140 | 2024-12-01 |
Sele-targeted siRNA liposome nanoparticles inhibit pathological scars formation via blocking the cross-talk between monocyte and endothelial cells: a preclinical study based on a novel mice scar model
2024-Nov-27, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-024-03003-4
PMID:39593088
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研究论文 | 研究开发了一种新型小鼠瘢痕模型，并通过RNA测序和单细胞测序分析，揭示了机械张力和慢性炎症在病理性瘢痕形成中的关键作用，同时开发了靶向E-选择素（Sele）的siRNA脂质体纳米颗粒（LNPs），有效抑制了瘢痕形成 | 首次开发了一种新型小鼠瘢痕模型（Retroflex Scar Model, RSM），并利用该模型揭示了机械张力和慢性炎症在病理性瘢痕形成中的关键作用，同时开发了靶向E-选择素的siRNA脂质体纳米颗粒（LNPs），为预防病理性瘢痕提供了新的治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证其有效性和安全性 | 探讨病理性瘢痕形成机制，并开发新的治疗策略 | 小鼠瘢痕模型、E-选择素（Sele）、siRNA脂质体纳米颗粒（LNPs） | NA | 创伤和烧伤并发症 | RNA测序、单细胞测序、Western blotting、免疫荧光、共免疫沉淀 | NA | RNA、蛋白质 | 小鼠模型、人类病理性瘢痕（Keloid）样本 |