单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-05-21	Bacterial single-cell RNA sequencing captures biofilm transcriptional heterogeneity and differential responses to immune pressure 2024-11-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54581-8 PMID:39580490	研究论文	本文介绍了一种优化的细菌单细胞RNA测序方法BaSSSh-seq，用于研究金黄色葡萄球菌在生物膜生长过程中的多样性及免疫细胞暴露后的转录适应	开发了BaSSSh-seq方法，能够在单细胞分辨率下捕捉生物膜转录异质性及对不同免疫压力的差异反应	NA	探索生物膜动态及其对环境信号和免疫压力的适应机制	金黄色葡萄球菌生物膜	微生物学	细菌感染	单细胞RNA测序(BaSSSh-seq)	NA	RNA-seq数据	NA
102	2025-05-21	Single-cell transcriptomics unveils molecular signatures of neuronal vulnerability in a mouse model of prion disease that overlap with Alzheimer's disease 2024-11-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54579-2 PMID:39580485	研究论文	利用单细胞转录组学揭示朊病毒疾病小鼠模型中神经元脆弱性的分子特征，并与阿尔茨海默病有重叠	首次在朊病毒疾病模型中应用单细胞转录组学技术识别脆弱神经元亚群，并发现与阿尔茨海默病共享的脆弱性相关转录本	研究仅使用雌性小鼠模型，未验证其他性别或物种的适用性	探究特定神经元对错误折叠蛋白导致的功能障碍和死亡更敏感的原因	朊病毒感染雌性小鼠的活体神经元	神经科学	神经退行性疾病/朊病毒疾病/阿尔茨海默病	单细胞转录组学	小鼠朊病毒疾病模型	基因表达数据	未明确说明数量的朊病毒感染雌性小鼠神经元样本
103	2025-05-21	Immunotherapy that improves response to chemotherapy in high-grade serous ovarian cancer 2024-11-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54295-x PMID:39578450	研究论文	通过单细胞RNA测序分析高级别浆液性卵巢癌中的肿瘤浸润免疫细胞，发现可增强新辅助化疗反应的潜在靶点	发现并验证了STAB1和FOXP3作为增强化疗反应的潜在靶点，并在小鼠模型中验证了靶向这些分子的治疗效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索提高高级别浆液性卵巢癌对新辅助化疗反应的新方法	高级别浆液性卵巢癌患者和小鼠模型中的肿瘤浸润免疫细胞	肿瘤免疫学	卵巢癌	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	单细胞转录组数据	64,097个患者细胞和69,781个小鼠模型细胞
104	2025-05-21	Lenalidomide-induced pure red cell aplasia is associated with elevated expression of MHC-I molecules on erythrocytes 2024-11-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54571-w PMID:39578482	研究论文	该研究探讨了来那度胺在多发性骨髓瘤治疗中引起的纯红细胞再生障碍性贫血（PRCA）的机制	发现来那度胺通过增加红细胞上MHC-I分子的表达，激活CD8 T细胞，从而抑制红细胞生成	研究仅基于一个病例，需要更多样本验证	探究来那度胺诱导PRCA的分子机制	多发性骨髓瘤患者	血液病学	多发性骨髓瘤	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	1例多发性骨髓瘤患者
105	2025-05-21	A developmental biliary lineage program cooperates with Wnt activation to promote cell proliferation in hepatoblastoma 2024-11-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53802-4 PMID:39567523	研究论文	本研究利用组织学引导和空间转录组学技术，探讨了肝母细胞瘤中发育胆道谱系程序与Wnt激活协同促进细胞增殖的机制	揭示了胚胎胆道转录因子SOX4和生长因子FGF19在肝母细胞瘤增殖异质性中的关键作用，提出了一种非遗传性肿瘤演化机制	研究主要基于体外肿瘤模型，可能无法完全反映体内肿瘤微环境的复杂性	阐明肝母细胞瘤中细胞增殖异质性的分子机制	肝母细胞瘤组织和患者来源的肿瘤类器官	肿瘤生物学	肝母细胞瘤	空间转录组学	肿瘤类器官模型	转录组数据	NA
106	2025-05-20	Single-cell transcriptome analysis reveals CD34 as a marker of human sinoatrial node pacemaker cardiomyocytes 2024-11-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54337-4 PMID:39604360	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了CD34作为人类窦房结起搏心肌细胞的标志物	首次报道了CD34作为窦房结起搏细胞的表面标志物，并鉴定了三种起搏细胞亚型	研究主要基于胎儿和干细胞来源的窦房结细胞，未涉及成人原代细胞	解析人类窦房结起搏细胞的分子特征并寻找其表面标志物	人类窦房结起搏心肌细胞	单细胞组学	心血管疾病	单细胞/单核RNA测序	NA	单细胞转录组数据	胎儿和干细胞来源的窦房结细胞
107	2025-05-20	Spatially organized tumor-stroma boundary determines the efficacy of immunotherapy in colorectal cancer patients 2024-11-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54710-3 PMID:39592630	研究论文	本研究通过整合空间增强分辨率组学测序、单细胞RNA测序和多路成像分析，揭示了结直肠癌患者肿瘤-间质边界的空间组织和免疫状态与免疫检查点阻断疗法疗效的关系	首次将肿瘤-间质边界的空间组织和免疫状态与免疫检查点阻断疗法的疗效联系起来，并识别了影响治疗反应的关键细胞类型和分子机制	研究样本可能有限，且未涉及其他类型癌症的验证	探究结直肠癌患者对免疫检查点阻断疗法不同反应的肿瘤微环境机制	结直肠癌患者的肿瘤组织和肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	Stereo-seq, 单细胞RNA测序, 多路成像分析	NA	空间组学数据, 单细胞转录组数据, 成像数据	未明确提及具体样本数量，但包括治疗初治和接受ICB治疗的CRC患者样本
108	2025-05-19	Spatio-temporal transcriptomics of chromothriptic SHH-medulloblastoma identifies multiple genetic clones that resist treatment and drive relapse 2024-11-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54709-w PMID:39609432	研究论文	本研究通过空间转录组学分析了13例染色体碎裂与非染色体碎裂的儿童髓母细胞瘤，揭示了染色体碎裂肿瘤的空间瘤内异质性更高，并识别出多个遗传克隆在治疗抵抗和复发中的作用	首次应用空间转录组学技术揭示染色体碎裂髓母细胞瘤的空间瘤内异质性及其与治疗抵抗和复发的关系	样本量较小（13例肿瘤和11例患者来源的异种移植样本）	探究染色体碎裂髓母细胞瘤的分子构成和侵袭性决定因素	儿童髓母细胞瘤（染色体碎裂与非染色体碎裂）	数字病理学	髓母细胞瘤	空间转录组学	NA	转录组数据	13例肿瘤样本（染色体碎裂与非染色体碎裂）和11例患者来源的异种移植样本
109	2025-05-19	C/EBPβ-dependent autophagy inhibition hinders NK cell function in cancer 2024-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54355-2 PMID:39609420	研究论文	该研究揭示了自噬在NK细胞抗肿瘤功能中的核心调控作用，并提出了通过调节自噬增强NK细胞免疫疗法的新策略	首次将自噬识别为NK细胞内的一个细胞内检查点，并证明通过基因和药物激活自噬可以改善NK细胞的效应和细胞毒功能	研究主要基于前列腺癌模型和小鼠实验，结果在人类其他癌症类型中的普适性需要进一步验证	探索癌症如何使NK细胞功能失调以及如何克服这种抵抗，以增强基于NK细胞的免疫治疗效果	NK细胞（自然杀伤细胞）及其在肿瘤微环境中的功能变化	免疫肿瘤学	前列腺癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）、流式细胞术	NA	基因表达数据、流式细胞数据	晚期人类前列腺癌患者的肿瘤浸润和非肿瘤NK细胞，以及多种小鼠癌症模型
110	2025-05-19	Transcription factors ASCL1 and OLIG2 drive glioblastoma initiation and co-regulate tumor cell types and migration 2024-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54750-9 PMID:39609428	研究论文	研究探讨了转录因子ASCL1和OLIG2在胶质母细胞瘤（GBM）起始过程中的作用及其对肿瘤细胞类型和迁移的共调控	揭示了ASCL1和OLIG2在GBM形成中的冗余功能及其通过相互结合和调控下游靶基因决定肿瘤细胞类型和迁移程度的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类GBM中的适用性尚需进一步验证	探究ASCL1和OLIG2在GBM起始和肿瘤细胞异质性调控中的作用	胶质母细胞瘤（GBM）细胞和小鼠模型中的SVZ祖细胞	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠GBM模型	基因表达数据	NA
111	2025-05-17	Granzyme K+CD8+ T cells interact with fibroblasts to promote neutrophilic inflammation in nasal polyps 2024-11-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54685-1 PMID:39614076	research paper	该研究揭示了在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中，GZMK+CD8+ T细胞与成纤维细胞的相互作用如何促进中性粒细胞炎症	首次发现GZMK+CD8+ T细胞通过CXCR4/CXCL12轴与成纤维细胞互作，特异性地促进中性粒细胞趋化因子的产生	研究主要聚焦于CRSwNP，其他炎症性疾病中的类似机制需要进一步验证	阐明CRSwNP中中性粒细胞炎症的分子机制	慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者的组织样本	免疫学	慢性鼻窦炎	单细胞分析、空间转录组学、T细胞受体测序	NA	基因表达数据、空间转录组数据	未明确说明样本数量，使用CRSwNP患者组织样本
112	2025-05-17	COVID-19 progression and convalescence in common variable immunodeficiency patients show dysregulated adaptive immune responses and persistent type I interferon and inflammasome activation 2024-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54732-x PMID:39609471	研究论文	研究常见变异型免疫缺陷病（CVID）患者在COVID-19病程和恢复期间的适应性免疫反应失调以及持续的I型干扰素和炎症小体激活	首次使用单细胞RNA测序和光谱流式细胞术分析CVID患者在SARS-CoV-2感染前、期间和恢复后的外周血样本，揭示了持续的I型干扰素特征和适应性免疫改变	研究样本量未明确说明，可能限制结果的普遍性	探究CVID患者长期病毒感染对免疫反应的影响	常见变异型免疫缺陷病（CVID）患者	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq），光谱流式细胞术	NA	外周血样本	NA
113	2025-05-17	A single-cell transcriptomic census of mammalian olfactory epithelium aging 2024-11-18, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.07.020 PMID:39173624	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术对年轻和老年小鼠嗅觉上皮进行了分析，鉴定了与衰老相关的差异表达基因	首次在单细胞分辨率下揭示了嗅觉上皮衰老的细胞和分子框架，并识别了Egr1和Cebpb作为转录网络的核心调控因子	研究仅基于小鼠模型，人类嗅觉上皮衰老的机制可能有所不同	探究哺乳动物嗅觉上皮衰老的细胞和分子机制	年轻和老年小鼠的嗅觉上皮细胞	单细胞转录组学	嗅觉功能障碍	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	年轻和老年小鼠的嗅觉上皮细胞（未明确具体数量）
114	2025-05-17	Long-Term Follow-up of Levonorgestrel Intrauterine Device for Atypical Hyperplasia and Early Endometrial Cancer Reveals Relapse Characterized by Immune Exhaustion 2024-Nov-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-0362 PMID:38922360	研究论文	研究左炔诺孕酮宫内节育器(LIUD)治疗非典型增生(AH)和早期子宫内膜癌(EEC)的长期随访结果，发现复发与免疫耗竭相关	首次使用空间转录组学(Nanostring GeoMX数字空间分析)结合计算机细胞类型反卷积和通路分析，揭示了LIUD治疗后的免疫机制变化	样本量较小(仅5名患者的纵向活检样本)，可能影响结果的普遍性	评估LIUD治疗AH/G1EEC的长期效果并探究复发机制	子宫内膜非典型增生(AH)和1级子宫内膜样腺癌(G1EEC)患者	数字病理学	子宫内膜癌	空间转录组学(Nanostring GeoMX数字空间分析)，计算机细胞类型反卷积	NA	转录组数据，临床随访数据	43名初始响应患者中的41名随访数据，其中5名患者的纵向活检样本
115	2025-05-17	Endoluminal Biopsy for Vein of Galen Malformation 2024-Nov-01, Neurosurgery IF:3.9Q1 DOI:10.1227/neu.0000000000002986 PMID:38747605	研究论文	本研究探讨了使用腔内组织取样（ETS）对Galen静脉畸形（VOGM）进行原位分析的可行性及其在理解VOGM遗传学、发病机制和维护方面的潜在价值	首次应用ETS技术对VOGM病变进行原位分析，结合单细胞RNA测序技术，揭示了VOGM内皮细胞的转录组特征	样本量较小（6名患者），且未进行DNA测序以评估体细胞和第二击突变	开发VOGM的分子遗传学分类方案，并为个性化药物治疗或基因治疗提供依据	Galen静脉畸形（VOGM）患者及其家族成员	数字病理	脑血管疾病	单细胞RNA测序，腔内组织取样（ETS）	NA	RNA测序数据	6名患者，共进行10次ETS操作
116	2025-05-16	Augmenting antitumor efficacy of Th17-derived Th1 cells through IFN-γ-induced type I interferon response network via IRF7 2024-Nov-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2412120121 PMID:39541355	research paper	该研究探讨了Th17来源的Th1细胞通过IFN-γ诱导的I型干扰素反应网络增强抗肿瘤效果的机制	揭示了Th1细胞在肿瘤微环境中的分化轨迹及其通过IFN-γ上调IRF7促进I型干扰素反应网络的机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索CD4 T细胞亚群在癌症免疫治疗中的作用机制	Th17来源的Th1细胞及其抗肿瘤反应	免疫学	实体恶性肿瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
117	2025-05-15	Monocyte Invasion into the Retina Restricts the Regeneration of Neurons from Müller Glia 2024-Nov-13, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0938-24.2024 PMID:39353729	research paper	研究探讨了单核细胞侵入视网膜如何限制Müller胶质细胞再生神经元的能力	揭示了外周免疫系统反应作为中枢神经系统再生障碍的新机制，并发现Osteopontin信号轴在抑制哺乳动物神经发生中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他哺乳动物模型	探索视网膜神经元再生的障碍因素及潜在治疗策略	Müller胶质细胞和单核细胞	神经科学	视网膜疾病	scRNA-seq分析	CCR2敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明，但使用了两种性别的CCR2敲除小鼠
118	2025-05-14	Single-cell eQTL mapping in yeast reveals a tradeoff between growth and reproduction 2024-Nov-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.07.570640 PMID:38106186	研究论文	通过单细胞RNA测序技术在酵母中绘制eQTL图谱，揭示了生长与繁殖之间的权衡关系	开发了一种单细胞RNA测序方法，用于在酵母中绘制eQTL图谱，并揭示了基因变异对基因表达和下游性状的精细影响	研究仅限于酵母，可能无法直接推广到其他生物系统	探究基因变异如何通过影响基因表达进而影响生物性状	酵母单细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞基因表达数据	超过100,000个单细胞，来自三个杂交系
119	2025-05-12	scMitoMut for calling mitochondrial lineage-related mutations in single cells 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf072 PMID:40036721	研究论文	介绍了一个名为scMitoMut的R包，用于在单细胞水平准确识别与线粒体谱系相关的突变	利用基于beta-二项分布的统计方法为每个突变分配质量q值，提高了谱系相关突变检测的敏感性和精确度	未提及具体的局限性	开发一个高效的工具，用于单细胞测序中线粒体DNA突变的检测，以促进细胞谱系追踪	线粒体DNA（mtDNA）	生物信息学	结直肠癌	单细胞DNA测序、scATAC测序、10× Genomics单细胞多组学测序	NA	单细胞测序数据	混合细胞系群体、人类结直肠癌scATAC数据集、血液或脑组织细胞
120	2025-05-11	Multi-omics analyses and machine learning prediction of oviductal responses in the presence of gametes and embryos 2024-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.13.598905 PMID:38915688	研究论文	通过多组学分析和机器学习预测，研究输卵管在配子和胚胎存在下的适应性反应	结合bulk RNA-seq、scRNA-seq和蛋白质组学数据，开发了一种基于transformer的新型机器学习模型，整合转录组学和蛋白质组学数据预测转录因子对蛋白质丰度的影响	研究主要基于小鼠模型，与人类输卵管炎症反应的比较数据有限	阐明输卵管与配子/胚胎之间的适应性相互作用机制	小鼠输卵管组织及输卵管液	生物信息学	NA	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 蛋白质组学	transformer	RNA-seq数据, 蛋白质组数据	不同交配后时间点(0.5/1.5/2.5 dpc)的小鼠远端和近端输卵管组织