单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-12-06	A multi-omic atlas of human embryonic skeletal development 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08189-z PMID:39567793	研究论文	本文通过多组学分析，构建了人类胚胎骨骼发育的多组学图谱	首次应用配对的转录组和表观遗传学分析，结合空间转录组学，揭示了人类胚胎关节和颅骨发育的关键调控网络和细胞轨迹	NA	揭示人类胚胎骨骼发育的细胞状态、表观遗传过程和关键调控因子	人类胚胎骨骼发育中的细胞分化和骨骼形成	数字病理学	NA	转录组学、表观遗传学分析、空间转录组学	NA	转录组数据、表观遗传数据、空间转录组数据	约336,000个细胞核液滴
102	2024-12-05	Microarray integrated spatial transcriptomics (MIST) for affordable and robust digital pathology 2024-Nov-30, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-024-00462-1 PMID:39616155	研究论文	提出了一种名为MIST的新型空间转录组学方法，结合了传统的组织微阵列与Visium技术，通过激光切割和3D打印提高载玻片通量，旨在降低成本并提高数字病理学的鲁棒性	MIST方法通过结合组织微阵列与Visium技术，利用激光切割和3D打印技术，显著提高了载玻片通量，降低了成本，并提供了独立复制和定制化的能力	NA	开发一种成本效益高且鲁棒性强的空间转录组学方法，以解决现有方法高成本和样本使用限制的问题	空间转录组学技术及其在数字病理学中的应用	数字病理学	NA	空间转录组学、激光切割、3D打印	NA	转录组数据	NA
103	2024-12-05	SenMayo transcriptomic senescence panel highlights glial cells in the ageing mouse and human retina 2024-Nov-30, npj aging IF:4.1Q2 DOI:10.1038/s41514-024-00187-9 PMID:39616175	研究论文	研究使用SenMayo转录组衰老面板分析了不同年龄小鼠和人类视网膜中的衰老细胞，特别是胶质细胞	首次将SenMayo基因面板应用于视网膜衰老细胞的鉴定，并比较了不同年龄小鼠和人类视网膜胶质细胞的转录组特征	研究主要集中在视网膜胶质细胞，未涵盖其他类型的细胞	鉴定中枢神经系统和视网膜中的衰老细胞，并分析其转录组特征	不同年龄小鼠和人类的视网膜胶质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	不同年龄的小鼠和人类视网膜样本
104	2024-12-05	Single-cell transcriptomics reveals over-activated reactive oxygen species pathway in hepatocytes in the development of hepatocellular carcinoma 2024-11-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-81481-0 PMID:39616235	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了肝细胞中活性氧通路在肝细胞癌发展中的过度激活	首次揭示了肝细胞癌中活性氧通路的异常激活及其与能量代谢相关通路的正相关性，并发现了与预后不良相关的GPX4+肝细胞亚群	研究基于GSE189175数据集，样本量有限，未来需要更大规模的研究验证	探讨活性氧通路在肝细胞癌发展中的作用及其分子机制	肝细胞癌组织及其邻近组织中的肝细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	基于GSE189175数据集，具体样本数量未在摘要中明确提及
105	2024-12-05	Identification of the key targets for sepsis-associated acute kidney injury by RNA sequencing combined with bioinformatics methods 2024-Nov-30, BMC immunology IF:2.9Q3 DOI:10.1186/s12865-024-00673-5 PMID:39616313	研究论文	本研究通过RNA测序结合生物信息学方法，识别脓毒症相关急性肾损伤的关键靶点	首次通过RNA测序和生物信息学分析，确定了CD74和IL32作为脓毒症相关急性肾损伤的早期诊断和预后评估的生物标志物	研究样本量较小，且仅限于脓毒症患者，结果的普适性有待进一步验证	提供脓毒症相关肾损伤的早期识别和预后研究的可靠靶点	脓毒症患者的肾损伤相关基因	生物信息学	脓毒症	RNA测序	NA	RNA	10名健康个体和22名脓毒症患者的外周血样本
106	2024-12-05	CD22 blockade exacerbates neuroinflammation in Neuromyelitis optica spectrum disorder 2024-Nov-30, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03305-2 PMID:39616380	研究论文	研究CD22在视神经脊髓炎谱系障碍（NMOSD）中对神经炎症和中枢神经系统损伤的影响	揭示了CD22作为调控微胶质细胞和Gr-1+髓系细胞在NMOSD中负面效应的关键分子开关的新角色	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨CD22在NMOSD中的作用及其对微胶质细胞活性和神经炎症的影响	CD22在NMOSD中的表达、功能及其对微胶质细胞和髓系细胞的影响	神经科学	神经疾病	单细胞测序、流式细胞术	NA	细胞	人类样本每组5个，小鼠样本每组8个
107	2024-12-05	Eosinophilic Esophagitis Drives Tissue Fibroblast Regenerative Programs Towards Pathologic Dysfunction 2024-Nov-29, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.11.028 PMID:39617290	研究论文	研究探讨了嗜酸性食管炎（EoE）如何驱动组织成纤维细胞再生程序向病理性功能障碍转变	首次揭示了EoE中成纤维细胞的病理性再生和迁移功能障碍，并提出了通过调节CD73活性来恢复成纤维细胞功能的治疗策略	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序，缺乏体内长期疗效的验证	探讨嗜酸性食管炎（EoE）中成纤维细胞的病理性再生和迁移功能障碍的分子机制	嗜酸性食管炎（EoE）患者的食管成纤维细胞	NA	过敏性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），荧光激活细胞分选分析	NA	RNA	涉及EoE患者和健康个体的食管成纤维细胞样本
108	2024-12-05	Exploring the Potential of BEND7 as an Immunomodulatory Biomarker in Sepsis through Integrative Genomic and Transcriptomic Analysis 2024-Nov-29, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002529 PMID:39617402	研究论文	通过综合基因组和转录组分析，探索BEND7作为脓毒症免疫调节生物标志物的潜力	首次将BEND7鉴定为脓毒症中涉及免疫调节的特定血小板基因，并揭示了其在免疫细胞中的相互作用	研究主要基于数据整合和分析，缺乏直接的实验验证	识别脓毒症发病机制中的遗传因素，并探索潜在的治疗靶点	BEND7基因及其在脓毒症中的免疫调节作用	基因组学	脓毒症	全基因组关联研究、表达数量性状位点数据、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	独立数据集用于验证，具体样本数量未明确提及
109	2024-12-05	[Hepatic T cell subtypes and functional analysis among alveolar echinococcosis patients using single-cell RNA sequencing] 2024-Nov-08, Zhongguo xue xi chong bing fang zhi za zhi = Chinese journal of schistosomiasis control DOI:10.16250/j.32.1915.2024172 PMID:39623989	研究论文	研究了泡型包虫病患者肝脏免疫微环境中T细胞亚型及其功能	首次使用单细胞RNA测序技术分析泡型包虫病患者肝脏中T细胞亚型及其功能	样本量较小，仅包括四名患者	探讨泡型包虫病患者肝脏免疫微环境中T细胞亚型及其功能	泡型包虫病患者的肝脏T细胞亚型及其功能	数字病理学	寄生虫病	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	四名泡型包虫病患者，共采集八份肝脏样本
110	2024-12-02	Spatial transcriptomics in focal cortical dysplasia type IIb 2024-Nov-30, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-024-01897-7 PMID:39614299	研究论文	研究了FCD IIb患者新鲜冷冻脑样本中DNs和BCs区域的转录组变化	首次使用空间转录组学技术研究FCD IIb患者脑样本中DNs和BCs区域的转录变化，并揭示了mTOR信号通路、自噬和泛素-蛋白酶体系统在癫痫发作中的潜在作用	样本量较小，仅包括三名患者	探讨FCD IIb患者脑样本中DNs和BCs区域的转录组变化及其在癫痫发作中的作用	FCD IIb患者脑样本中的DNs和BCs区域	数字病理学	癫痫	空间转录组学	NA	转录组数据	三名FCD IIb患者的新鲜冷冻脑样本
111	2024-12-02	Spatio-temporal transcriptomics of chromothriptic SHH-medulloblastoma identifies multiple genetic clones that resist treatment and drive relapse 2024-Nov-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54709-w PMID:39609432	研究论文	本文应用空间转录组学技术分析了13例染色体碎裂型和非染色体碎裂型髓母细胞瘤，揭示了染色体碎裂型髓母细胞瘤中更高的空间肿瘤内异质性	首次通过空间转录组学技术揭示了染色体碎裂型髓母细胞瘤中的多重遗传克隆及其在治疗抵抗和复发中的作用	研究样本量较小，且仅限于特定分子亚组的髓母细胞瘤	探究染色体碎裂型髓母细胞瘤的分子构成及其在治疗抵抗和复发中的作用	染色体碎裂型和非染色体碎裂型髓母细胞瘤	数字病理学	儿童疾病	空间转录组学	NA	转录组数据	13例染色体碎裂型和非染色体碎裂型髓母细胞瘤，11例患者来源的异种移植瘤
112	2024-12-02	CMTM7 shapes the chronic inflammatory and immunosuppressive tumor microenvironment in hepatocellular carcinoma as an M2 macrophage biomarker 2024-Nov-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-75538-3 PMID:39609464	研究论文	研究探讨了CMTM7蛋白在肝细胞癌中的作用及其对慢性炎症和免疫抑制肿瘤微环境的影响	首次揭示了CMTM7作为M2巨噬细胞的分子标记物，并提出了其作为肝细胞癌患者免疫检查点的潜在应用	研究主要基于组织微阵列、测序数据和分析工具，缺乏体内实验验证	探讨CMTM7在肝细胞癌中的作用及其对患者预后的影响	CMTM7蛋白、肝细胞癌、M2巨噬细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序、多重荧光染色	NA	组织微阵列、测序数据	未明确提及具体样本数量
113	2024-12-02	New direction: identification of immunoinflammatory subtypes and potential therapeutic targets for cholangiocarcinoma 2024-Nov-29, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01628-3 PMID:39612077	研究论文	本研究旨在识别胆管癌的免疫炎症亚型并探索潜在的治疗靶点	首次识别出胆管癌的两种免疫亚型（CS1和CS2），并揭示了它们在肿瘤微环境中的不同特征和代谢调控机制	研究主要基于数据库中的转录组和单细胞测序数据，缺乏体内实验验证	识别胆管癌的免疫亚型并探讨其在巨噬细胞功能代谢调控中的作用	胆管癌的免疫亚型及其在肿瘤微环境中的特征	数字病理学	胆管癌	转录组分析、单细胞测序	NA	转录组数据、单细胞数据	多个数据库中的样本
114	2024-12-02	Revealing the molecular links between coronary heart disease and cognitive impairment: the role of aging-related genes and therapeutic potential of stellate ganglion block 2024-Nov-28, Biogerontology IF:4.4Q1 DOI:10.1007/s10522-024-10159-x PMID:39609308	研究论文	研究探讨了冠状动脉疾病与认知障碍之间的分子联系，特别是衰老相关基因和星状神经节阻滞的治疗潜力	首次揭示了FKBP5和DDIT3在冠状动脉疾病和认知障碍中的关键作用，并评估了星状神经节阻滞的治疗潜力	研究主要基于实验动物模型，需要进一步的人体临床试验验证	阐明冠状动脉疾病与认知障碍之间的分子机制，并评估星状神经节阻滞的治疗效果	冠状动脉疾病和认知障碍，特别是衰老相关基因FKBP5和DDIT3	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA	实验使用了大鼠模型，具体样本数量未明确提及
115	2024-12-02	Human single cell RNA-sequencing reveals a targetable CD8+ exhausted T cell population that maintains mouse low-grade glioma growth 2024-Nov-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54569-4 PMID:39609412	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了在人类小儿低级别胶质瘤中CD8+耗竭T细胞的增加，并探讨了其在肿瘤维持中的作用	首次报道了CD8+耗竭T细胞在小儿低级别胶质瘤中的作用，并发现其通过分泌趋化因子和转化生长因子β来维持肿瘤生长	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探讨CD8+耗竭T细胞在低级别胶质瘤中的作用及其潜在的治疗靶点	CD8+耗竭T细胞在小儿低级别胶质瘤中的功能和机制	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个单细胞RNA测序数据集和Nf1-OPG小鼠模型
116	2024-12-02	C/EBPβ-dependent autophagy inhibition hinders NK cell function in cancer 2024-Nov-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54355-2 PMID:39609420	研究论文	研究探讨了C/EBPβ依赖的自噬抑制如何影响癌症中的NK细胞功能	首次揭示了自噬在NK细胞抗肿瘤功能中的核心调节作用，并提出了通过调节自噬来增强基于NK细胞的免疫疗法	NA	探讨癌症如何使NK细胞功能失调，并寻找克服这种抵抗的策略	NK细胞在癌症中的功能和自噬的调节作用	免疫学	前列腺癌	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	基因表达数据	来自人类晚期前列腺癌的肿瘤浸润性和非肿瘤浸润性NK细胞，以及多种癌症模型的小鼠样本
117	2024-12-02	Transcription factors ASCL1 and OLIG2 drive glioblastoma initiation and co-regulate tumor cell types and migration 2024-Nov-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54750-9 PMID:39609428	研究论文	研究了转录因子ASCL1和OLIG2在胶质母细胞瘤（GBM）中的作用，揭示了它们在肿瘤细胞类型和迁移中的共调控机制	首次展示了ASCL1和OLIG2在GBM细胞可塑性和异质性中的组合作用，并揭示了它们在肿瘤细胞类型和迁移中的关键调控作用	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类GBM	探讨ASCL1和OLIG2在胶质母细胞瘤中的作用及其对肿瘤细胞类型和迁移的调控机制	胶质母细胞瘤细胞及其转录因子ASCL1和OLIG2	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠模型中的胶质母细胞瘤细胞
118	2024-12-02	COVID-19 progression and convalescence in common variable immunodeficiency patients show dysregulated adaptive immune responses and persistent type I interferon and inflammasome activation 2024-Nov-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54732-x PMID:39609471	研究论文	研究COVID-19在常见变异免疫缺陷患者中的进展和康复过程中，适应性免疫反应失调以及持续的I型干扰素和炎症小体激活	首次使用单细胞RNA测序和光谱流式细胞术分析COVID-19在常见变异免疫缺陷患者中的免疫反应，揭示了持续的I型干扰素信号和炎症小体激活	研究样本仅限于常见变异免疫缺陷患者，结果可能不适用于其他免疫缺陷患者	探讨COVID-19在常见变异免疫缺陷患者中的免疫反应变化	常见变异免疫缺陷患者的免疫系统	免疫学	免疫缺陷病	单细胞RNA测序、光谱流式细胞术	NA	RNA	外周血样本，包括感染前、感染期间和康复后的样本
119	2024-12-02	CardioAtlas: deciphering the single-cell transcriptome landscape in cardiovascular tissues and diseases 2024-Nov-28, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00696-5 PMID:39609860	研究论文	构建了一个名为CardioAtlas的资源，提供了心血管组织和疾病中单细胞转录组数据的全面分析结果	首次构建了一个全面且精心制作的心血管系统和疾病参考图谱，详细描述了大量人类和小鼠中先前未被识别的细胞群体	NA	揭示心血管组织和疾病中的单细胞转录组景观	心血管系统和疾病中的单细胞转录组数据	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq	NA	转录组数据	27个人类数据集中的1,929,000个细胞和39个小鼠数据集中的1,088,000个细胞
120	2024-12-02	Genetic and therapeutic heterogeneity shape the baseline and longitudinal immune ecosystem of ovarian clear cell carcinoma 2024-Nov-27, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010069 PMID:39608974	研究论文	研究卵巢透明细胞癌的免疫生态系统及其在基因和治疗压力下的动态变化	揭示了ARID1A突变与卵巢透明细胞癌基线免疫激活的关联，并探讨了VEGF抑制剂在重塑肿瘤基质和增强免疫治疗效果中的作用	研究样本量有限，且主要集中在特定基因突变和治疗策略上，可能无法全面反映所有卵巢透明细胞癌的免疫生态系统	探讨卵巢透明细胞癌的免疫反应异质性及其潜在的联合治疗策略	卵巢透明细胞癌患者的肿瘤样本和血清肿瘤标志物	数字病理学	卵巢癌	单细胞mRNA测序、TCR测序、免疫组化、空间转录组学、RNA测序	NA	基因表达数据、图像数据	13名卵巢透明细胞癌患者的肿瘤样本和31份石蜡包埋样本