单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-04-19	PIEZO-dependent mechanosensing is essential for intestinal stem cell fate decision and maintenance 2024-11-29, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adj7615 PMID:39607940	research paper	本研究探讨了PIEZO机械敏感通道在肠道干细胞（ISC）微环境中的作用及其对干细胞命运决定和维持的影响	揭示了PIEZO通道如何感知细胞外机械刺激以调节ISC功能，阐明了PIEZO激活协调ISC命运决定和维持的机制级联	研究主要基于小鼠模型和体外器官培养系统，可能不完全反映人类ISC的机械传感机制	探究PIEZO机械敏感通道在肠道干细胞微环境中的作用机制	肠道干细胞（ISC）及其微环境	细胞生物学	NA	小鼠遗传学、单细胞RNA测序分析、3D和2D器官培养系统、生物工程基质和拉伸装置	NA	基因表达数据、机械性能测量数据	NA
102	2025-04-18	The neuroendocrine transition in prostate cancer is dynamic and dependent on ASCL1 2024-11, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00838-6 PMID:39394434	research paper	该研究通过建立一种多功能体内平台，探究前列腺癌进展中的神经内分泌谱系转化机制	揭示了ASCL1在前列腺癌神经内分泌转化中的动态作用及其对治疗时机的重要性	研究依赖于小鼠模型，可能无法完全模拟人类前列腺癌的复杂性	探究前列腺癌神经内分泌转化的机制及其对治疗的影响	移植的小鼠前列腺类器官和神经内分泌前列腺癌(NEPC)	癌症研究	前列腺癌	多重免疫荧光和空间转录组学	小鼠前列腺类器官模型	基因表达数据和图像数据	使用具有不同驱动突变的小鼠前列腺类器官
103	2025-04-18	Differential chromatin accessibility and transcriptional dynamics define breast cancer subtypes and their lineages 2024-11, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00773-6 PMID:39478117	research paper	该研究通过多组学技术分析乳腺癌亚型及其起源细胞之间的基因表达和染色质可及性特征	首次在单细胞水平上揭示了乳腺癌亚型特异性转录网络与染色质可及性的关联，并鉴定了关键调控因子	样本量相对有限（61个样本来自37名患者），且未涉及其他癌症类型的比较	阐明乳腺癌不同分子亚型与其起源细胞之间的转录调控网络	乳腺癌患者肿瘤样本及其假定的起源细胞	digital pathology	breast cancer	bulk/single-cell/single-nucleus multi-omics, spatial transcriptomics, multiplex imaging	NA	genomic, transcriptomic, epigenomic	61个样本（来自37名乳腺癌患者）
104	2025-04-16	De novo detection of somatic variants in high-quality long-read single-cell RNA sequencing data 2024-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.06.583775 PMID:38496441	research paper	介绍了一种名为LongSom的计算工作流程，利用高质量的长读单细胞RNA测序数据检测体细胞单核苷酸变异（SNVs）、线粒体变异（mtSNVs）、拷贝数变异（CNAs）和基因融合，以重建肿瘤克隆异质性	LongSom能够在不需要正常样本的情况下检测体细胞变异，并通过体细胞SNVs和融合发现具有不同治疗预测结果的亚克隆	未提及具体限制	研究癌症进化、克隆异质性和治疗抵抗	人类卵巢癌样本	digital pathology	ovarian cancer	long-read single-cell RNA sequencing (LR scRNA-seq)	NA	RNA-seq data	未提及具体样本数量
105	2025-04-13	O-GlcNAcylation of circadian clock protein Bmal1 impairs cognitive function in diabetic mice 2024-Nov, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-024-00263-6 PMID:39375536	research paper	该研究揭示了高血糖通过增加海马神经元中Bmal1的O-GlcNAcylation修饰，进而导致认知功能障碍的分子机制	首次发现高血糖通过O-GlcNAcylation修饰Bmal1影响生物钟基因表达，进而导致线粒体钙超载和神经元损伤	研究仅在糖尿病小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究糖尿病相关认知功能障碍的分子机制	糖尿病小鼠模型中的海马神经元	分子生物学	糖尿病	单细胞RNA测序	动物模型	基因表达数据	糖尿病小鼠模型
106	2025-04-12	Understanding the heterogeneity of natural killer cells at the maternal-fetal interface: implications for pregnancy health and disease 2024-Nov-14, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaae040 PMID:39570646	综述	本文综述了子宫自然杀伤（NK）细胞亚群的分类及其在妊娠健康和疾病中的作用	总结了基于表面标记、功能分子和发育阶段的经典分类方法，以及单细胞RNA测序为基础的聚类方法，并比较了不同妊娠相关疾病中NK细胞亚群的变化	NA	理解母胎界面自然杀伤细胞的异质性及其对妊娠健康和疾病的影响	子宫自然杀伤（NK）细胞亚群	生殖医学	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
107	2025-04-12	Expansion effect of romiplostim on hematopoietic stem and progenitor cells versus thrombopoietin and eltrombopag 2024-Nov, International journal of hematology IF:1.7Q3 DOI:10.1007/s12185-024-03853-6 PMID:39302624	research paper	该研究比较了romiplostim、重组人TPO和eltrombopag对人类CD34+造血干细胞和祖细胞的体外扩增效果，并通过单细胞RNA-seq分析了romiplostim在分子水平上的影响	首次通过单细胞RNA-seq揭示了romiplostim在原始HSPC亚群中诱导的RHOA信号通路相关分子变化，以及与eltrombopag的差异	研究仅进行了体外实验，未验证体内效果	比较不同TPO受体激动剂对造血干细胞和祖细胞的作用机制差异	人类CD34+造血干细胞和祖细胞(HSPCs)	血液学	再生障碍性贫血,特发性血小板减少性紫癜	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	人类CD34+细胞样本
108	2025-04-07	Gene interactions analysis of brain spatial transcriptome for Alzheimer's disease 2024-Nov, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2024.101337 PMID:39281834	研究论文	本研究通过空间转录组学分析阿尔茨海默病（AD）大脑中的基因相互作用，揭示了淀粉样蛋白-β积累过程中的基因关联动态	首次基于空间转录组学识别淀粉样蛋白-β积累过程中的多种基因关联，为从时空依赖的基因相互作用综合分析揭示AD病因提供了新视角	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证部分相对有限	揭示阿尔茨海默病大脑中基因相互作用的时空动态特征	AD小鼠模型和人类大脑样本	空间转录组学	阿尔茨海默病	空间转录组测序、单核RNA-seq	NA	空间转录组数据、单核RNA-seq数据	AD敲除小鼠和野生型小鼠模型、人类单核RNA-seq数据/AlzData数据库
109	2025-04-06	Automatically Detecting Anchor Cells and Clustering for scRNA-Seq Data Using scTSNN 2024-11, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3460761 PMID:39283774	研究论文	提出了一种名为scTSNN的张量共享最近邻锚点聚类方法，用于自动检测单细胞RNA测序数据中的锚点细胞和聚类	利用张量亲和力学习模块挖掘细胞的局部-全局平衡拓扑结构，设计基于密度的共享最近邻测量方法自动检测锚点细胞	在无监督场景下发现scRNA-seq数据的真实细胞类型仍然具有挑战性	提高单细胞RNA测序数据中细胞异质性研究的精度和鲁棒性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	宫颈癌	scRNA-seq	scTSNN	单细胞RNA测序数据	合成数据集和scRNA-seq数据集（包括哺乳动物细胞和宫颈癌肿瘤细胞）
110	2025-04-05	PAGE-based transfer learning from single-cell to bulk sequencing enhances model generalization for sepsis diagnosis 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae661 PMID:39710434	研究论文	本文提出了一种基于单细胞和批量转录组数据融合的scPAGE2方法，用于提高脓毒症诊断模型的泛化能力	升级了scPAGE方法，通过迁移学习将单细胞转录组信息有效转移到批量转录组数据中，构建了性能优越的脓毒症诊断模型	NA	提高脓毒症诊断模型的泛化能力	脓毒症患者的转录组数据	生物信息学	脓毒症	scRNA-seq, FACS, 下一代测序, 微阵列	scPAGE2	转录组数据	7个数据集，涉及3个转录组平台和FACS数据
111	2025-04-05	Metabolic Labeling and Digital Microfluidic Single-Cell Sequencing for Single Bacterial Genotypic-Phenotypic Analysis 2024-11, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) DOI:10.1002/smll.202402177 PMID:39077951	研究论文	本文介绍了一种基于数字微流控的自动化检测方法Digital-GPA，用于单抗生素耐药细菌的全基因组测序，实现基因型和表型分析	开发了Digital-GPA方法，能够高效分离和测序荧光D-氨基酸标记的抗生素耐药细菌，提供高质量的单细胞扩增基因组，识别微小和主要突变	未提及方法的具体操作复杂度和成本，可能限制其在临床中的广泛应用	全面分析抗生素耐药细菌的基因型和表型特征，以更好地理解抗生素耐药性	抗生素耐药细菌	数字病理学	细菌感染	数字微流控技术、全基因组测序、荧光D-氨基酸标记	NA	基因组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及临床样本中的耐药病原体
112	2025-04-04	Single-Cell Transcriptomic Dataset of RPGR-associated Retinitis Pigmentosa Patient-Derived Retinal Organoids 2024-Nov-26, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-04124-z PMID:39592612	研究论文	本研究利用来自正常和RPGR突变的人类诱导多能干细胞(hiPSC)在四个发育阶段(40、90、150和200天)的视网膜类器官(ROs)，通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析了71,096个细胞，探索RPGR相关视网膜变性的机制	首次提供了RPGR相关视网膜色素变性患者来源的视网膜类器官的单细胞转录组数据集，为探索RPGR突变导致光感受器功能障碍的机制提供了数据资源和参考	研究仅针对RPGR相关视网膜色素变性，可能无法推广到其他类型的视网膜疾病	探索RPGR突变导致光感受器功能障碍的机制，支持靶向治疗的开发	来自正常和RPGR突变的人类诱导多能干细胞(hiPSC)的视网膜类器官(ROs)	数字病理学	视网膜色素变性	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	71,096个细胞(33,839个来自对照组，37,257个来自RPGR突变组)
113	2025-04-04	Loss of PADI2 and PADI4 ameliorates sepsis-induced acute lung injury by suppressing NLRP3+ macrophages 2024-Nov-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.181686 PMID:39405117	研究论文	本研究揭示了PADI2和PADI4在脓毒症诱导的急性肺损伤(ALI)中的关键作用及其通过调控NLRP3+巨噬细胞促进炎症消退和组织修复的机制	首次发现PADI2和PADI4双敲除通过抑制NLRP3+促炎巨噬细胞并促进Chil3+髓系细胞向抗炎巨噬细胞分化来改善脓毒症ALI，揭示了PADIs/NLRP3/Ym1通路作为潜在治疗靶点	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探究PADI2和PADI4在脓毒症诱导急性肺损伤中的具体作用机制	铜绿假单胞菌肺炎诱导的脓毒症小鼠模型	免疫学	脓毒症/急性肺损伤	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)，基因敲除实验	基因敲除小鼠模型(Padi2-/- Padi4-/- DKO)	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用基因敲除小鼠模型
114	2025-04-04	A key role of PIEZO2 mechanosensitive ion channel in adipose sensory innervation 2024-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.18.624210 PMID:39605632	研究论文	本文通过器官靶向单细胞RNA测序技术，揭示了机械敏感离子通道PIEZO2在脂肪感觉神经支配中的关键作用	首次发现PIEZO2在脂肪感觉神经支配中的主导作用，为探索非传统机械活性器官（如脂肪组织）中的机械感觉功能开辟了新途径	研究主要基于小鼠模型，人类脂肪组织中PIEZO2的功能尚需进一步验证	阐明脂肪组织中感觉传入神经的分子机制	脂肪组织感觉神经支配的背根神经节（DRG）神经元	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
115	2025-04-03	Characterization of a Novel Pathogenic PLCG2 Variant Leading to APLAID Syndrome Responsive to a TNF Inhibitor 2024-Nov, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.42948 PMID:38965708	研究论文	本研究探讨了一种新型PLCG2变体在APLAID综合征患者中的致病机制	发现了一种新型的PLCG2 p.D993Y变体，并揭示了其通过破坏自身抑制导致功能获得性突变的机制	研究仅基于单个患者的数据，样本量较小	研究APLAID综合征的分子机制	APLAID综合征患者及其PLCG2基因变体	分子生物学	自身炎症性疾病	全外显子测序、单细胞RNA测序、免疫印迹、荧光素酶检测、酶联免疫吸附试验、钙流检测、定量PCR、免疫沉淀	NA	基因测序数据、细胞实验数据	1名APLAID综合征患者
116	2025-04-03	Oncogenic role of PMEPA1 and its association with immune exhaustion and TGF-β activation in HCC 2024-Nov, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101212 PMID:39524206	research paper	本研究探讨了PMEPA1在肝细胞癌（HCC）中的致癌作用及其与免疫耗竭和TGF-β激活的关联	首次证明了PMEPA1在HCC中的致癌作用，并揭示了其与TGF-β激活和免疫耗竭的关联	研究主要基于回顾性数据，且小鼠模型的结果需要在人类中进行进一步验证	探索PMEPA1在HCC中的作用及其与TGF-β信号通路和免疫耗竭的关系	肝细胞癌（HCC）患者和小鼠模型	肿瘤学	肝细胞癌	qPCR, 单细胞RNA测序, 基因表达数据分析	基因工程小鼠模型	基因组数据, 临床病理数据, 单细胞RNA测序数据	1097例HCC肿瘤样本（包括228例发现队列和361例验证队列），54例单细胞水平样本
117	2025-03-30	STMGraph: spatial-context-aware of transcriptomes via a dual-remasked dynamic graph attention model 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae685 PMID:39764614	research paper	提出了一种名为STMGraph的双视图动态深度学习框架，用于空间转录组数据分析，以提高空间域聚类和批次效应校正的准确性和鲁棒性	结合了双掩码机制（MASK-REMASK）和动态图注意力模型（DGAT），通过自监督更新图链接关系，生成更全面的节点表示	未明确提及具体局限性	开发一种通用的空间转录组数据分析工具，以提高空间域聚类和批次效应校正的准确性和鲁棒性	空间转录组数据	digital pathology	NA	spatial transcriptomics (ST)	DGAT (dynamic graph attention model)	spatial transcriptomics data	NA
118	2025-03-27	Spatially resolved analysis of pancreatic cancer identifies therapy-associated remodeling of the tumor microenvironment 2024-Nov, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01890-9 PMID:39227743	研究论文	利用单细胞空间转录组学分析胰腺癌肿瘤微环境在化疗和放疗后的重塑过程	开发了SCOTIA模型，结合空间距离和配体-受体基因表达分析细胞间相互作用，揭示了治疗导致的癌症相关成纤维细胞与恶性细胞间配体-受体相互作用的显著变化	研究主要基于胰腺癌，结果在其他癌症类型中的普适性有待验证	探究胰腺癌肿瘤微环境在治疗后的重塑机制	人类胰腺癌组织	数字病理学	胰腺癌	单细胞空间转录组学	SCOTIA (空间约束最优输运相互作用分析)	空间转录组数据	NA
119	2025-03-27	Base editing screens define the genetic landscape of cancer drug resistance mechanisms 2024-Nov, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01948-8 PMID:39424923	research paper	该研究通过CRISPR碱基编辑突变筛选，前瞻性地识别了四种癌细胞系对十种肿瘤药物的耐药性遗传机制	利用CRISPR碱基编辑技术前瞻性地识别耐药性机制，并通过单细胞转录组学揭示这些变异通过不同机制发挥作用	研究仅基于四种癌细胞系，可能无法全面反映所有癌症类型的耐药性机制	识别癌症药物耐药性的遗传机制，以改善患者分层、治疗组合和药物调度	四种癌细胞系	癌症研究	癌症	CRISPR碱基编辑，单细胞转录组学	NA	基因组数据，转录组数据	四种癌细胞系，32,476种变异
120	2025-03-26	Mapping Plasmodium transitions and interactions in the Anopheles female 2024-Nov-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.12.623125 PMID:39605504	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了疟原虫在按蚊中肠内的发育转变和与蚊虫细胞的相互作用	首次利用单细胞RNA测序技术系统解析了疟原虫在蚊媒中的发育过程，发现了转录因子SIP2对子孢子感染人类肝细胞的关键作用，并揭示了寄生虫与中肠祖细胞的优先相互作用机制	研究仅针对特定时间点和代谢条件下的相互作用，可能无法完全反映自然感染状态下的所有生物学过程	阐明疟原虫在按蚊体内的发育转变机制及寄生虫-蚊媒相互作用	疟原虫(Plasmodium)和按蚊(Anopheles)雌性个体	寄生虫学	疟疾	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，共聚焦显微镜	NA	单细胞转录组数据，显微图像数据	四个时间点和两种代谢条件下的寄生虫和蚊虫细胞样本