单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 577 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomics of Human Tonsils Reveals Nicotine Enhances HIV-1-Induced NLRP3 Inflammasome and Mitochondrial Activation
2024-11-20, Viruses
DOI:10.3390/v16111797
PMID:39599911
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研究论文 | 通过人类扁桃体单细胞转录组学研究尼古丁增强HIV-1诱导的NLRP3炎症小体和线粒体激活机制 | 首次在人类扁桃体组织模型中揭示HIV-1感染与尼古丁暴露的协同作用机制，重点关注NLRP3炎症小体激活和线粒体功能 | 研究基于体外扁桃体组织模型，可能无法完全反映体内复杂免疫环境 | 探究HIV-1感染与尼古丁暴露对免疫细胞功能的协同影响机制 | 人类扁桃体组织外植体 | 单细胞组学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序，基因集富集分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类扁桃体外植体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 82 | 2025-10-06 |
Exposure to BaA inhibits trophoblast cell invasion and induces miscarriage by regulating the DEC1/ARHGAP5 axis and promoting ubiquitination-mediated degradation of MMP2
2024-11-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.135594
PMID:39191013
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研究论文 | 本研究揭示了苯并[a]蒽通过调控DEC1/ARHGAP5轴和促进MMP2泛素化降解抑制滋养层细胞侵袭导致流产的机制 | 首次发现BaA通过表观遗传调控DEC1表达并鉴定ARHGAP5为DEC1直接靶基因，同时揭示BaA通过AhR激活MID1介导的MMP2泛素化降解新机制 | 研究主要基于细胞和小鼠模型，人类样本验证仍需扩大样本量 | 探究BaA暴露导致复发性流产的分子机制 | 人绒毛外滋养层细胞(EVTs)和小鼠模型 | 生殖毒理学 | 复发性流产 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 甲基化分析 | NA | 基因表达数据, 测序数据 | 人类绒毛组织和原代滋养层细胞，小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 83 | 2025-10-06 |
Transcriptome Assembly at Single-Cell Resolution with Beaver
2024-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.04.621958
PMID:39574665
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研究论文 | 本文提出了一种名为Beaver的单细胞特异性转录本组装工具，用于短读长单细胞RNA测序数据 | 设计了转录本片段图结构，开发了高效的动态规划算法，并整合了两个基于51个精心设计特征的随机森林模型来准确估计候选转录本在单个细胞中表达的可能性 | 仅针对短读长scRNA-seq数据设计，未验证在其他单细胞测序技术上的表现 | 开发能够在单细胞分辨率下准确重建全长转录本的组装方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机森林, 动态规划算法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | Smart-seq3 | Smart-seq3单细胞RNA测序技术 |
| 84 | 2025-10-06 |
OneSC: a computational platform for recapitulating cell state transitions
2024-11-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae703
PMID:39570626
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研究论文 | 本研究开发了一个名为OneSC的计算平台，用于模拟细胞状态转换过程 | 提出了一种基于随机微分方程系统和核心转录因子调控网络的细胞状态转换模拟方法，优先生成能够产生忠实细胞状态转换的布尔网络 | NA | 开发计算模型以在计算机中模拟细胞状态转换过程 | 小鼠骨髓祖细胞及其分化轨迹 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机微分方程系统、布尔网络 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 85 | 2025-10-06 |
Human single cell RNA-sequencing reveals a targetable CD8+ exhausted T cell population that maintains mouse low-grade glioma growth
2024-11-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54569-4
PMID:39609412
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序发现CD8+耗竭T细胞在低级别胶质瘤中维持肿瘤生长的特殊功能 | 首次揭示CD8+耗竭T细胞在低级别胶质瘤中作为肿瘤生长调节因子的新功能，而非传统认知的细胞毒性效应 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限 | 探究低级别胶质瘤中T细胞的功能特性和免疫治疗机制 | 人类和小鼠的低级别胶质瘤组织样本 | 数字病理学 | 脑胶质瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个单细胞RNA测序数据集和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 86 | 2025-10-06 |
Endogenous antigens shape the transcriptome and TCR repertoire in an autoimmune arthritis model
2024-Nov-26, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI174647
PMID:39589811
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示了内源性抗原如何影响自身免疫性关节炎模型中T细胞的转录组和TCR受体库 | 首次在Zap70信号缺陷的自身免疫性关节炎模型中，结合单细胞RNA测序和TCR测序，揭示了内源性逆转录病毒通过超抗原反应破坏外周耐受的新机制 | 研究仅使用SKG小鼠模型，结果在人类疾病中的适用性需要进一步验证 | 探究信号通路缺陷条件下致病性自身反应性CD4+ T细胞的发育和活化机制 | BALB/c-Zap70*W163C (SKG)小鼠中高度致关节炎的初始CD4+ T细胞亚群 | 免疫学 | 自身免疫性关节炎 | bulk RNA-Seq, 单细胞RNA测序, 单细胞T细胞受体测序 | NA | 基因表达数据, TCR序列数据 | SKG小鼠和野生型小鼠的CD4+ T细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞TCR测序 | NA | NA |
| 87 | 2025-10-06 |
Cell-specific priors rescue differential gene expression in spatial spot-based technologies
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae621
PMID:39679437
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研究论文 | 本研究评估了传统差异表达基因分析方法在空间转录组数据中的适用性，并提出了一种基于细胞类型特异性先验知识的改进方案 | 开发了空间转录组数据模拟器验证传统DEG方法的局限性，并提出基于细胞特异性先验的简单基因选择方案，显著提高了DEG识别的准确性 | 研究主要基于计算机模拟数据，需要在实际生物样本中进一步验证方法的有效性 | 评估和改进空间转录组数据中差异表达基因的分析方法 | 空间转录组数据，特别是基于spot的技术平台如Visium产生的数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | 计算机模拟器，基因选择算法 | 基因表达数据，空间位置信息 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | 10x Visium | 基于spot的空间转录组技术平台 |
| 88 | 2025-10-06 |
ETV2 transcriptionally activates Rig1 gene expression and promotes reprogramming of the endothelial lineage
2024-11-19, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-78115-w
PMID:39562637
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研究论文 | 本研究揭示了ETV2通过直接激活Rig1基因表达促进成纤维细胞重编程为内皮细胞的分子机制 | 首次发现ETV2是Rig1基因的直接上游激活因子，并证明RIG1和NFκB1在ETV2介导的内皮细胞重编程中的关键作用 | 研究主要基于小鼠胚胎成纤维细胞，在人类细胞中的适用性需要进一步验证 | 阐明ETV2介导的细胞重编程分子机制 | 小鼠胚胎成纤维细胞(MEFs)和内皮细胞 | 细胞重编程 | 缺血性心脏病 | 单细胞RNA测序, ChIP-seq, 电泳迁移率实验, 转录分析, shRNA敲低 | NA | 基因表达数据, 蛋白质-DNA相互作用数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 89 | 2025-10-06 |
PRMT5/WDR77 Enhances the Proliferation of Squamous Cell Carcinoma via the ΔNp63α-p21 Axis
2024-Nov-11, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16223789
PMID:39594744
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研究论文 | 本研究揭示了PRMT5和WDR77通过ΔNp63α-p21轴协同促进鳞状细胞癌增殖的新机制 | 首次发现PRMT5和WDR77通过稳定ΔNp63α蛋白并抑制p21来协同促进鳞状细胞癌增殖 | 鳞状细胞癌中PRMT5的具体作用机制仍需进一步探索 | 探究PRMT5在鳞状细胞癌增殖中的作用机制 | 鳞状细胞癌患者数据、细胞系和体内小鼠模型 | 癌症生物学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA-seq, RT-qPCR, Western blot, MTT检测, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 细胞增殖数据 | TCGA和DepMap数据库中的鳞状细胞癌患者数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 90 | 2025-10-06 |
scDOT: optimal transport for mapping senescent cells in spatial transcriptomics
2024-Nov-08, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03426-0
PMID:39516853
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研究论文 | 开发了scDOT方法，结合空间转录组学和单细胞RNA测序来重建单细胞分辨率空间图谱并识别衰老细胞 | 整合最优传输和表达反卷积来学习细胞与spots之间的非线性耦合关系，推断细胞位置 | NA | 提高空间转录组数据的分辨率，识别衰老细胞的空间组织 | 衰老细胞及其邻近细胞 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 最优传输模型 | 空间转录组数据，单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 91 | 2025-10-06 |
Cellular heterogeneity and dynamics of the human uterus in healthy premenopausal women
2024-Nov-05, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2404775121
PMID:39471215
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建健康绝经前女性子宫细胞图谱，揭示细胞异质性和动态变化 | 创建了包含超过16.7万个细胞的正常子宫细胞图谱，提出了包含39种亚型的共识注释系统，并识别了多种潜在祖细胞 | 样本数量有限（5个新样本+15个已发表样本），仅关注健康个体 | 研究人类子宫的细胞异质性和动态变化 | 健康绝经前女性的子宫内膜和肌层细胞 | 单细胞生物学 | 妇科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 5个新个体+15个已发表个体，共超过167,000个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 92 | 2025-10-06 |
Multiomics reveals age-dependent metabolic reprogramming of macrophages by wound bed niche secreted signals
2024-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.30.621159
PMID:39553941
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了伤口床微环境中巨噬细胞代谢重编程的年龄依赖性机制 | 发现早期伤口巨噬细胞代谢基因表达而非经典极化标志物定义其群体特征，并揭示年龄依赖性代谢重编程机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证尚需进一步研究 | 探究组织微环境信号如何调控巨噬细胞代谢及其年龄依赖性变化 | 小鼠早期伤口中的巨噬细胞 | 单细胞组学 | 伤口愈合障碍 | 单细胞RNA测序, 单细胞分泌组学, 单细胞转录组学, 代谢组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 代谢组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 93 | 2025-10-06 |
Tracking Rare Single Donor and Recipient Immune and Leukemia Cells after Allogeneic Hematopoietic Cell Transplantation Using Mitochondrial DNA Mutations
2024-Nov-01, Blood cancer discovery
IF:11.5Q1
DOI:10.1158/2643-3230.BCD-23-0138
PMID:39236287
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研究论文 | 本研究利用线粒体DNA突变追踪异基因造血干细胞移植后供体和受体免疫细胞及白血病细胞的动态变化 | 首次将线粒体DNA突变与单细胞ATAC-seq技术(ASAP-seq)结合，实现0.1%-1%频率水平的供体/受体细胞鉴定和表型分析 | 通量限制，需要未来技术发展来提升监测能力 | 开发移植后白血病复发的单细胞监测方法 | 异基因造血干细胞移植后的供体和受体免疫细胞及白血病细胞 | 单细胞测序 | 白血病 | 线粒体DNA突变分析，ASAP-seq，染色质可及性分析 | NA | 单细胞测序数据，表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq，单细胞多组学 | NA | ASAP-seq（带选择性抗原测序分析的转座酶可及染色质单细胞检测） |
| 94 | 2025-10-06 |
The neuroendocrine transition in prostate cancer is dynamic and dependent on ASCL1
2024-11, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-024-00838-6
PMID:39394434
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研究论文 | 本研究通过建立前列腺癌神经内分泌转化的动态模型，揭示了ASCL1在谱系可塑性中的关键作用 | 开发了能够动态追踪前列腺癌神经内分泌转化的体内平台，首次证明ASCL1是神经内分泌转化的必需因子 | 体内微环境依赖性限制了传统类器官培养的应用，模型仍需进一步验证 | 探究前列腺癌神经内分泌转化的机制和动态过程 | 移植的小鼠前列腺类器官和神经内分泌前列腺癌模型 | 空间转录组学 | 前列腺癌 | 多重免疫荧光，空间转录组学 | NA | 图像，空间转录组数据 | 具有Rb1; Trp53; cMyc或Pten; Trp53; cMyc突变的小鼠前列腺类器官 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 95 | 2025-10-06 |
Egfl6 promotes ovarian cancer progression by enhancing the immunosuppressive functions of tumor-associated myeloid cells
2024-Nov-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI175147
PMID:39312740
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研究论文 | 本研究揭示了Egfl6通过增强肿瘤相关髓系细胞的免疫抑制功能促进卵巢癌进展的机制 | 首次发现Egfl6通过结合β3整合素并激活p38和SYK信号通路，调控髓系细胞的免疫抑制功能 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限 | 探讨Egfl6在卵巢癌免疫抑制微环境形成中的作用机制 | 卵巢癌小鼠模型和人类卵巢癌组织样本 | 肿瘤免疫学 | 卵巢癌 | scRNA-Seq, 免疫组织化学, 动物模型实验 | 同系小鼠肿瘤模型 | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据, 免疫组织化学数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 96 | 2025-10-06 |
Oncogenic role of PMEPA1 and its association with immune exhaustion and TGF-β activation in HCC
2024-Nov, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101212
PMID:39524206
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研究论文 | 本研究首次证明PMEPA1在肝细胞癌中的致癌作用及其与TGF-β激活和免疫耗竭的关联 | 首次在体内实验中证实PMEPA1的致癌功能，并揭示其与TGF-β信号协同促进免疫耗竭的新机制 | 研究主要基于回顾性队列数据，需要进一步前瞻性研究验证 | 探索PMEPA1在肝细胞癌中的作用及其与TGF-β信号和免疫耗竭的关系 | 肝细胞癌患者肿瘤样本和基因工程小鼠模型 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | qPCR, 单细胞RNA测序, 基因表达分析 | 基因工程小鼠模型 | 基因组数据, 基因表达数据, 临床病理数据 | 1097例HCC肿瘤样本（包括228例发现队列和361例验证队列），54例单细胞水平样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 97 | 2025-10-06 |
Integrating spatial transcriptomics and snRNA-seq data enhances differential gene expression analysis results of AD-related phenotypes
2024-Nov-18, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.11.18.24317499
PMID:39606364
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研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学和单核RNA测序数据，增强了阿尔茨海默病相关表型的空间信息细胞类型特异性差异基因表达分析能力 | 首次将空间转录组学与单核RNA测序数据整合，实现了皮质层特异性和细胞类型特异性的差异基因表达分析 | 研究依赖于深度学习工具CelEry推断的空间位置信息，可能存在推断误差 | 提升阿尔茨海默病相关表型的空间信息细胞类型特异性差异基因表达分析效能 | 436例死后大脑的背外侧前额叶皮层组织 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学，单核RNA测序，深度学习 | 线性混合回归模型，CelEry深度学习工具 | 基因表达数据，空间位置数据 | 约150万个细胞，来自436个死后大脑样本 | NA | 空间转录组学，单核RNA测序 | NA | NA |
| 98 | 2025-10-06 |
Characterizing Fibroblast Heterogeneity in Diabetic Wounds Through Single-Cell RNA-Sequencing
2024-Nov-07, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines12112538
PMID:39595104
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在糖尿病伤口成纤维细胞异质性研究中的应用与进展 | 系统总结了单细胞测序技术如何改变成纤维细胞分析策略，并强调通过该技术探索不同成纤维细胞亚群及其谱系的研究机遇 | 作为综述文章，未涉及原始实验数据和研究样本 | 探讨糖尿病伤口愈合机制及成纤维细胞异质性 | 糖尿病伤口中的成纤维细胞 | 单细胞组学 | 糖尿病伤口 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 99 | 2025-10-06 |
Proinflammatory immune cells disrupt angiogenesis and promote germinal matrix hemorrhage in prenatal human brain
2024-Nov, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01769-2
PMID:39349662
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研究论文 | 本研究揭示了先天免疫细胞在胚胎大脑特定区域血管生成中的作用及其异常激活导致生发基质出血的机制 | 首次发现小胶质细胞与新生血管的年龄依赖性相互作用，并鉴定出GMH患者中激活的中性粒细胞和单核细胞通过产生促炎因子破坏血管完整性 | 主要基于小鼠模型和人类样本的关联分析，因果关系需要进一步验证 | 探究生发基质出血的发病机制和免疫细胞在其中的作用 | 胚胎期小鼠和人类大脑组织、早产儿免疫细胞 | 神经发育生物学 | 生发基质出血 | 单细胞转录组测序,流式细胞术 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | 对照早产儿和GMH患儿的CD45免疫细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 100 | 2025-10-06 |
Collapsible tree: interactive web app to present collapsible hierarchies
2024-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae645
PMID:39460943
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研究论文 | 开发了一个名为Collapsible Tree的交互式网络应用程序，用于展示可折叠的层次结构数据可视化 | 提出了一个JavaScript框架和交互式网络应用，能够在单一层次图中同时展示细胞状态和基因表达数据，克服了t-SNE和UMAP需要分开展示且无法捕捉层次结构的局限性 | NA | 开发交互式数据可视化工具，用于展示层次结构数据 | 单细胞转录组学数据中的细胞谱系结构和基因表达模式 | 数据可视化 | NA | 单细胞转录组学 | JavaScript框架 | 基因表达数据、层次结构数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |