单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-10-25	Spatial Transcriptomics: A New Frontier in Atherosclerosis Research? 2024-Nov, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321652 PMID:39441914	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
82	2025-05-31	Single-cell transcriptomics unveils skin cell specific antifungal immune responses and IL-1Ra- IL-1R immune evasion strategies of emerging fungal pathogen Candida auris 2024-Nov, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012699 PMID:39536069	研究论文	通过单细胞转录组学揭示了皮肤细胞对新兴真菌病原体耳念珠菌的特异性抗真菌免疫反应及IL-1Ra-IL-1R免疫逃逸策略	首次使用单细胞转录组学技术全面分析了耳念珠菌皮肤感染期间的免疫和非免疫细胞的转录组特征，并揭示了耳念珠菌通过上调IL-1RN基因表达和利用细胞壁甘露聚糖外层逃逸宿主防御的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类皮肤组织中得到验证	探究耳念珠菌皮肤感染的宿主免疫反应和病原体免疫逃逸机制	耳念珠菌感染的鼠皮肤组织	免疫学	真菌感染	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
83	2025-05-31	Single-cell integration reveals metaplasia in inflammatory gut diseases 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07571-1 PMID:39567783	research paper	该研究通过整合25个单细胞RNA测序数据集，构建了一个包含约110万细胞和136种精细细胞状态的健康胃肠道参考图谱，并锚定了12种胃肠道疾病数据集，揭示了炎症性肠道疾病中上皮细胞的化生现象	开发了新的自动化质量控制方法（scAutoQC），构建了迄今为止最大的健康胃肠道单细胞参考图谱，并发现了炎症性肠道疾病中干细胞来源的上皮细胞化生现象	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能缺乏蛋白质水平和功能验证数据	研究健康与疾病状态下胃肠道的细胞组成及其变化	健康对照和胃肠道疾病患者的胃肠道组织细胞	基因组学	胃肠道疾病（包括胃肠道癌症、乳糜泻、溃疡性结肠炎和克罗恩病）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	385个样本（来自189名健康对照）和12种胃肠道疾病数据集，总计约160万个细胞
84	2025-05-31	A spatial human thymus cell atlas mapped to a continuous tissue axis 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07944-6 PMID:39567784	research paper	该研究通过建立胸腺的定量形态学框架，结合多模态单细胞图谱、空间转录组学和高分辨率多重成像数据，绘制了人类胸腺细胞的空间图谱，揭示了T细胞发育过程中的微解剖学基础	建立了胸腺的定量形态学框架（Cortico-Medullary Axis），并应用该框架揭示了胎儿发育早期胸腺细胞的空间分布和发育轨迹	研究主要关注胎儿发育早期和出生前阶段的胸腺，未涉及成人胸腺或胸腺退化后的情况	理解T淋巴细胞发育的微解剖学基础	人类胸腺细胞，特别是T细胞和胸腺上皮细胞	digital pathology	NA	空间转录组学，高分辨率多重成像，单细胞图谱	NA	空间转录组数据，成像数据，单细胞数据	胎儿发育早期和出生前阶段的胸腺样本
85	2025-05-31	A multi-omic atlas of human embryonic skeletal development 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08189-z PMID:39567793	研究论文	该研究通过多组学方法构建了人类胚胎骨骼发育的多组学图谱，揭示了骨骼和关节形成的细胞状态、表观遗传过程及关键调控因子	结合转录组和表观遗传数据建模，揭示了肢体和颅骨成骨祖细胞的区域特异性轨迹，并开发了新工具ISS-Patcher和SNP2Cell	研究仅覆盖了受孕后5至11周的胚胎发育阶段	探索人类胚胎骨骼发育的细胞命运决定机制	人类胚胎骨骼和关节发育	发育生物学	骨关节炎、颅缝早闭	空间转录组学、多组学分析	NA	转录组数据、表观遗传数据	约336,000个核液滴
86	2025-05-31	Multi-site Ultrasound-guided Fine Needle Aspiration to Study Cells and Soluble Factors From Human Lymph Nodes 2024-Nov, Current protocols DOI:10.1002/cpz1.70063 PMID:39579041	研究论文	本文描述了超声引导下细针穿刺（FNA）技术在采集人类淋巴结样本中的应用	提出了一种微创技术，用于采集与神经免疫疾病和基本淋巴功能相关的免疫细胞和无细胞材料	NA	研究人类淋巴结中的免疫细胞和无细胞材料，以了解其在免疫反应中的作用	人类头颈部颈部淋巴结	医学研究	神经免疫疾病	超声引导下细针穿刺（FNA）、流式细胞术、单细胞转录组测序（RNA-seq）、蛋白质组学	NA	细胞样本、无细胞上清液	NA
87	2025-05-29	HiDDEN: a machine learning method for detection of disease-relevant populations in case-control single-cell transcriptomics data 2024-11-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53666-8 PMID:39487129	研究论文	提出了一种名为HiDDEN的机器学习方法，用于在病例对照单细胞转录组数据中检测与疾病相关的细胞群体	HiDDEN方法能够精确地反映每个细胞的扰动状态，解决了传统方法在受影响细胞子集较小或扰动强度较弱时无法准确识别的问题	论文未明确提及具体局限性	开发一种计算方法，用于在单细胞RNA-seq研究中准确识别受疾病影响的细胞子集及其标记物	病例对照单细胞转录组数据	机器学习	多发性骨髓瘤前体条件、脱髓鞘疾病	单细胞RNA-seq	NA	单细胞转录组数据	模拟数据集、人类多发性骨髓瘤前体条件数据集、小鼠脱髓鞘模型数据集
88	2025-05-29	Prostaglandin E2-EP2/EP4 signaling induces immunosuppression in human cancer by impairing bioenergetics and ribosome biogenesis in immune cells 2024-11-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53706-3 PMID:39487111	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了前列腺素E2（PGE2）通过EP2/EP4信号通路在人类肿瘤微环境中诱导免疫抑制的机制	揭示了PGE2-EP2/EP4信号通过下调c-Myc和PGC-1，进而影响氧化磷酸化、糖酵解和核糖体蛋白合成，从而损害免疫细胞的功能和抗肿瘤活性的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的直接证据有限	探究前列腺素E2在肿瘤微环境中的免疫抑制作用及其分子机制	肿瘤浸润的免疫细胞（包括CD8 T细胞和巨噬细胞）	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	人类癌症样本和雌性小鼠的同基因肿瘤模型
89	2025-05-28	Controlling human stem cell-derived islet composition using magnetic sorting 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.19.624394 PMID:39605713	research paper	该研究开发了一种使用磁激活细胞分选（MACS）技术富集干细胞衍生胰岛（SC-islets）中CD49a标记的β细胞的方法，以提高其治疗1型糖尿病的潜力	首次利用MACS技术对SC-islets进行CD49a标记的β细胞富集，显著提升了β细胞比例和功能	研究仅针对CD49a标记进行富集，可能忽略了其他潜在的重要细胞标记	提高干细胞衍生胰岛中β细胞的比例和功能，以改善1型糖尿病的细胞替代治疗	人类多能干细胞（hPSCs）衍生的胰岛细胞	干细胞研究	1型糖尿病	磁激活细胞分选（MACS）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据、免疫染色图像	人类多能干细胞衍生的胰岛细胞样本
90	2025-05-23	The IL-1β inhibitor canakinumab in previously treated lower-risk myelodysplastic syndromes: a phase 2 clinical trial 2024-11-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54290-2 PMID:39537648	研究论文	本文报道了一项关于IL-1β抑制剂canakinumab在先前治疗过的低风险骨髓增生异常综合征（MDS）患者中的二期临床试验结果	首次在低风险MDS患者中评估了IL-1β抑制剂canakinumab的安全性和疗效，并通过单细胞RNA测序分析了其作用机制	研究样本量较小（25例患者），且为非随机单臂试验设计	评估靶向IL-1β信号通路是否能挽救MDS患者的无效红细胞生成	先前治疗过的低风险MDS患者	临床医学	骨髓增生异常综合征	单细胞RNA测序	NA	临床数据和RNA测序数据	25例MDS患者（中位年龄74岁，60%男性）
91	2025-05-23	Reconstructing the regulatory programs underlying the phenotypic plasticity of neural cancers 2024-11-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53954-3 PMID:39516198	研究论文	本文提出了一种名为'single-cell regulatory-driven clustering' (scregclust)的方法，用于从单细胞RNA测序数据中重建细胞调控程序	开发了scregclust算法，能高效地将目标基因划分为模块，并预测关键转录因子和激酶，计算时间短	对神经癌症细胞状态调控的理解仍有限	研究神经癌症的表型可塑性调控程序	成人和儿童脑癌	生物信息学	神经癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	scregclust算法	单细胞RNA测序数据	15种肿瘤类型的数据
92	2025-05-23	Uncovering functional lncRNAs by scRNA-seq with ELATUS 2024-11-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54005-7 PMID:39521797	研究论文	本文介绍了一种名为ELATUS的计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中增强功能性长链非编码RNA（lncRNA）的检测	开发了ELATUS框架，结合伪对齐工具Kallisto和选择性功能过滤，提高了lncRNA在单细胞水平上的检测准确性和一致性	依赖于参考注释的准确性，对于注释不准确的lncRNA可能仍有局限性	提高单细胞RNA测序数据中功能性lncRNA的检测能力	长链非编码RNA（lncRNA）	生物信息学	乳腺癌	scRNA-seq, ATAC-seq	ELATUS（基于Kallisto的计算框架）	单细胞RNA测序数据	NA
93	2025-05-22	Divergent WNT signaling and drug sensitivity profiles within hepatoblastoma tumors and organoids 2024-11-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52757-w PMID:39567475	研究论文	该研究通过单细胞RNA-seq/ATAC-seq、空间转录组学和高通量药物分析，揭示了肝母细胞瘤的分子异质性和药物敏感性	发现了肝母细胞瘤中两种不同的肿瘤上皮特征（胎儿型和胚胎型），并揭示了它们对WNT信号的不同反应模式以及对不同靶向药物的敏感性	NA	表征肝母细胞瘤的分子异质性并识别新的靶向治疗方法	肝母细胞瘤和肿瘤来源的类器官	癌症研究	肝母细胞瘤	单细胞RNA-seq/ATAC-seq, 空间转录组学, 高通量药物分析	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
94	2025-05-22	Molecular profiles, sources and lineage restrictions of stem cells in an annelid regeneration model 2024-11-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54041-3 PMID:39557833	研究论文	通过结合单细胞RNA测序和嵌合转基因技术，研究了海洋环节动物Platynereis dumerilii在后部再生过程中的细胞特征和谱系限制	揭示了细胞类型特异性损伤反应、位置身份因子的重新表达以及多个细胞群中干细胞特征的再现，并发现了一种新的嵌合转基因策略	研究仅针对海洋环节动物Platynereis dumerilii，可能不适用于其他动物门类	探讨动物再生能力的分子和细胞机制	海洋环节动物Platynereis dumerilii	再生生物学	NA	单细胞RNA测序、嵌合转基因技术	NA	RNA测序数据	NA
95	2025-05-22	Single cell and spatial transcriptomics highlight the interaction of club-like cells with immunosuppressive myeloid cells in prostate cancer 2024-11-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54364-1 PMID:39550375	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学数据，揭示了前列腺癌治疗过程中肿瘤微环境的转录组景观，并识别了club-like细胞作为与免疫抑制性髓系细胞相互作用的关键上皮细胞亚型	首次全面描绘了前列腺癌治疗时间线上多个时间点的肿瘤微环境转录组景观，并发现club-like细胞与免疫抑制性髓系细胞的相互作用及其在前列腺癌治疗抵抗中的作用	研究样本量相对有限（120例患者），且未深入探讨club-like细胞与PMN-MDSC相互作用的分子机制	探索前列腺癌治疗抵抗的机制，特别是肿瘤微环境在其中的作用	前列腺癌患者的肿瘤微环境，特别是club-like细胞和免疫抑制性髓系细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学	NA	转录组数据	120例前列腺癌患者
96	2025-05-22	GPRC5A promotes lung colonization of esophageal squamous cell carcinoma 2024-11-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54251-9 PMID:39550386	research paper	该研究探讨了GPRC5A在食管鳞状细胞癌（ESCC）早期扩散和肺转移中的作用及其机制	发现GPRC5A通过WWP1/LATS1/YAP1信号通路促进ESCC的早期扩散和肺转移，并提出了针对该通路的治疗策略	研究样本量有限（148例ESCC患者），且机制研究主要在体外和动物模型中进行	探究ESCC早期扩散细胞（DCCs）在肺中定植和转移的分子机制	食管鳞状细胞癌（ESCC）的早期扩散细胞和肺转移灶	癌症生物学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	148例ESCC患者
97	2025-05-22	Defective germinal center selection results in persistence of self-reactive B cells from the primary to the secondary repertoire in Primary Antiphospholipid Syndrome 2024-11-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54228-8 PMID:39548093	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、B细胞受体（BCR）谱分析、CITEseq分析和单细胞永生化技术，探讨了原发性抗磷脂综合征（PAPS）中自身反应性B细胞的起源	揭示了抗磷脂特异性B细胞在PAPS患者中的存在、多反应性及其从天然库中衍生的特性，并发现这些细胞在PAPS患者中未被清除，持续存在于记忆和长寿命浆细胞阶段	研究样本仅限于三重阳性PAPS患者，可能无法代表所有PAPS患者的情况	阐明PAPS中自身反应性B细胞的生存机制，并探索潜在的治疗靶点	PAPS患者的周围血液和骨髓中的B细胞	免疫学	原发性抗磷脂综合征	单细胞RNA测序、BCR谱分析、CITEseq分析、单细胞永生化	NA	单细胞RNA测序数据、BCR序列数据	三重阳性PAPS患者的周围血液和骨髓样本
98	2025-05-22	Multi-omics with dynamic network biomarker algorithm prefigures organ-specific metastasis of lung adenocarcinoma 2024-11-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53849-3 PMID:39543109	研究论文	本研究通过动态网络生物标志物算法和多组学数据，预测肺腺癌的器官特异性转移	利用动态网络生物标志物算法和单细胞RNA测序数据，定位癌细胞转移前状态及其基因特征，并构建神经网络模型预测癌细胞转移轨迹	研究仅基于两个临床队列，样本量可能有限	早期检测肺腺癌转移，提高患者生存率	肺腺癌患者及其转移病灶	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、液相色谱-质谱联用技术	神经网络	基因表达数据、血清蛋白质组数据	两个临床队列，涵盖四种主要类型的肺腺癌远处转移
99	2025-05-22	Dyna-vivo-seq unveils cellular RNA dynamics during acute kidney injury via in vivo metabolic RNA labeling-based scRNA-seq 2024-11-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54202-4 PMID:39543112	研究论文	介绍了一种名为Dyna-vivo-seq的策略，用于在体内单细胞水平上实现时间分辨的动态转录分析	Dyna-vivo-seq通过在体内标记新RNA和旧RNA，提供了研究基因表达动态的新方法，能够揭示细胞异质性	目前仅在小鼠模型中进行验证，尚未在其他生物体或人类中应用	研究急性肾损伤期间的细胞RNA动态变化	雌性小鼠的近端小管细胞	基因组学	急性肾损伤	代谢RNA标记的单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	雌性小鼠的近端小管细胞样本
100	2025-05-21	Spatial transcriptomics reveals substantial heterogeneity in triple-negative breast cancer with potential clinical implications 2024-11-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54145-w PMID:39592577	研究论文	利用空间转录组学技术研究三阴性乳腺癌（TNBC）的肿瘤组织结构和细胞组成，揭示其高度异质性及潜在的临床意义	首次通过空间转录组学全面解析TNBC肿瘤微环境的空间组织特征，并发现与疾病预后和免疫治疗反应相关的基因特征及九种空间原型	样本量相对有限（92例患者），且空间转录组学技术本身可能存在分辨率限制	探索三阴性乳腺癌的肿瘤空间异质性及其临床相关性	92例三阴性乳腺癌患者的肿瘤组织样本	数字病理学	三阴性乳腺癌	空间转录组学	逐步聚类分析	空间转录组数据	92例患者肿瘤样本