单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-05-03	BIOTIC: a Bayesian framework to integrate single-cell multi-omics for transcription factor activity inference and improve identity characterization of cells 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf013 PMID:39833103	研究论文	介绍了一种名为BIOTIC的贝叶斯框架，用于整合单细胞多组学数据以推断转录因子活性并改善细胞身份表征	BIOTIC是首个基于生物机制的框架，利用单细胞多组学数据建模基因表达过程，并通过变分推断定义转录因子的调控活性	未明确提及具体局限性，但模型结构可适应更多生物因素的加入，暗示当前版本可能未涵盖所有相关因素	在基因调控水平上推断转录因子活性并阐明细胞身份状态，以更深入理解转录因子与基因表达之间的复杂相互作用	单细胞多组学数据，转录因子活性，细胞身份表征	生物信息学	NA	单细胞多组学测序，单细胞转录组测序	贝叶斯模型，变分推断	单细胞多组学数据	NA
82	2025-05-03	FIND-seq: high-throughput nucleic acid cytometry for rare single-cell transcriptomics 2024-Nov, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01021-y PMID:39039320	research paper	介绍了一种名为FIND-seq的高通量核酸细胞计数技术，用于罕见单细胞转录组学研究	开发了基于RNA或DNA标记的核酸细胞计数平台FIND-seq，能够分离罕见细胞并进行转录组分析	需要具备微流体、光学和分子生物学知识	提供实验方法以访问细胞图谱中发现的细胞亚群，以及那些无法通过其他方法分离的细胞	罕见细胞，包括感染病原体的细胞、具有特定DNA突变或独特转录或剪接特征的细胞	digital pathology	HIV	FIND-seq, 单细胞转录组测序	NA	RNA或DNA序列数据	NA
83	2025-05-03	Tracking Rare Single Donor and Recipient Immune and Leukemia Cells after Allogeneic Hematopoietic Cell Transplantation Using Mitochondrial DNA Mutations 2024-Nov-01, Blood cancer discovery IF:11.5Q1 DOI:10.1158/2643-3230.BCD-23-0138 PMID:39236287	研究论文	该研究利用线粒体DNA突变追踪异基因造血干细胞移植后供体和受体的免疫及白血病细胞，为移植后监测提供了新方法	首次将线粒体DNA突变与单细胞表型分析相结合，实现0.1%-1%频率的供受体细胞同步追踪和表型鉴定	当前通量限制需要未来单细胞测序技术的进一步发展	开发移植后白血病复发监测的新方法	异基因造血干细胞移植后的供受体细胞及白血病细胞	单细胞测序技术	白血病	ASAP-seq（单细胞染色质可及性测序）	NA	单细胞多组学数据（DNA突变+表观遗传+表面标记）	未明确样本量（聚焦技术验证）
84	2025-05-02	Supervised analysis of alternative polyadenylation from single-cell and spatial transcriptomics data with spvAPA 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae720 PMID:39799000	research paper	提出了一种名为spvAPA的监督分析框架，专门用于从单细胞和空间转录组数据中分析选择性多聚腺苷酸化(APA)	spvAPA框架整合了基因表达和APA模态，设计了基于加权最近邻的迭代插补方法来恢复缺失的APA特征，并采用基于稀疏偏最小二乘判别分析的监督特征选择方法识别区分细胞类型或空间形态的APA特征	未明确提及具体局限性	开发专门用于APA分析的监督分析框架，以发现传统基因表达分析中不可见的细胞亚群	单细胞和空间转录组数据中的选择性多聚腺苷酸化(APA)	生物信息学	NA	单细胞转录组测序、空间转录组测序	稀疏偏最小二乘判别分析	基因表达数据、APA数据	九个单细胞和空间转录组数据集
85	2025-05-02	Integrating scRNA-seq and scATAC-seq with inter-type attention heterogeneous graph neural networks 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae711 PMID:39800872	研究论文	本文提出了一种名为scMI的异构图嵌入方法，用于整合单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据，通过跨模态关系学习将细胞和模态特征编码到共享潜在空间	设计了跨类型注意力机制，有效捕捉基因和峰之间的长程跨模态相互作用，不依赖motif数据库	未明确说明方法在特定细胞类型或组织中的适用性限制	开发单细胞多组学数据整合方法以提高下游任务性能	单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	异构图神经网络	单细胞多组学数据	未明确说明具体样本量
86	2025-05-02	Deep learning in integrating spatial transcriptomics with other modalities 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae719 PMID:39800876	综述	本文系统回顾了深度学习在整合空间转录组学与其他模态数据中的应用	首次全面综述了深度学习在整合空间转录组学与其他模态数据中的方法与应用	未提及具体方法的性能比较或实验验证	促进开发更全面的多模态信息计算方法	空间转录组学数据与其他模态数据的整合方法	生物信息学	NA	空间转录组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、深度学习	深度学习(DL)	空间转录组学数据、组织学图像、染色质图像、scRNA-seq数据	NA
87	2025-05-02	CellMsg: graph convolutional networks for ligand-receptor-mediated cell-cell communication analysis 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae716 PMID:39800874	研究论文	提出了一种名为CellMsg的计算框架，用于基于图卷积网络分析配体-受体介导的细胞间通讯	结合多模态特征和图卷积网络识别高置信度配体-受体相互作用，并采用三点估计法评估通讯强度	未提及具体样本量限制或数据类型的局限性	开发计算工具以解析细胞间通讯，特别是在肿瘤组织中的作用	配体-受体相互作用及细胞间通讯	生物信息学	黑色素瘤	单细胞RNA测序，分子对接	图卷积网络(GCN)	单细胞RNA-seq数据	NA
88	2025-05-02	Spatial Transcriptomics of IPMN Reveals Divergent Indolent and Malignant Lineages 2024-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.29.620810 PMID:39554015	research paper	该研究通过空间转录组学技术揭示了胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）中惰性和恶性谱系的差异	利用数字空间RNA分析（DSP-RNA）技术，首次定义了IPMN的三种转录组状态，并与胰腺导管腺癌（PDAC）的风险相关联	样本量较小（仅10个IPMN标本），可能影响结果的普遍性	提高IPMN风险分类的准确性，改善患者管理策略	胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）	digital pathology	pancreatic cancer	digital spatial RNA profiling (DSP-RNA), Illumina sequencing	NA	RNA-seq数据	10个IPMN标本
89	2025-05-01	Cellular heterogeneity and dynamics of the human uterus in healthy premenopausal women 2024-Nov-05, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2404775121 PMID:39471215	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，构建了健康绝经前女性子宫的细胞图谱，揭示了子宫细胞的异质性和动态变化	首次构建了包含超过167K细胞的正常子宫细胞图谱，提出了39种子类型的共识注释系统，并鉴定了多种潜在祖细胞	样本量相对较小（5个新样本+15个已发表样本），且仅针对健康绝经前女性	研究健康绝经前女性子宫的细胞异质性和动态变化	人类子宫（子宫内膜和肌层）细胞	单细胞生物学	妇科疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	20名健康绝经前女性（5个新样本+15个已发表样本）的50,000多个子宫细胞
90	2025-04-27	Interleukin-1β modulates lymphoid differentiation of Flt3-positive multipotent progenitors after transplantation 2024-11-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114890 PMID:39425929	research paper	研究揭示了IL-1β在促进B淋巴细胞生成中的新功能及其对多能祖细胞（MPPs）命运动态的潜在调控作用	发现了IL-1β在促进B淋巴细胞生成中的新功能，并揭示了其对MPPs细胞命运动态的调控机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类模型中验证	探究移植后多能祖细胞（MPPs）分化的调控机制	表达Flt3基因的小鼠多能祖细胞（MPPs）	免疫学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）、谱系追踪、克隆分析	NA	RNA-seq数据	小鼠多能祖细胞（MPPs）
91	2025-04-27	Spatial, transcriptomic, and epigenomic analyses link dorsal horn neurons to chronic pain genetic predisposition 2024-11-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114876 PMID:39453813	研究论文	该研究通过多物种方法探讨慢性疼痛遗传变异对背角神经元调控基因组学的影响	整合猕猴、人类和小鼠的单核RNA测序数据，构建跨物种保守的神经元亚型图谱，并利用空间转录组学确定神经元亚型的精确层位	未明确说明样本量是否足够大以覆盖所有相关神经元亚型	解析慢性疼痛遗传易感性背后的背角神经元调控机制	背角神经元	基因组学	慢性疼痛	单核RNA测序(snRNA-seq)、空间转录组学、开放染色质分析	NA	转录组数据、表观基因组数据	猕猴、人类和小鼠的神经元样本（具体数量未明确说明）
92	2025-04-27	IL-2-inducible T cell kinase deficiency sustains chimeric antigen receptor T cell therapy against tumor cells 2024-Nov-26, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI178558 PMID:39589809	研究论文	本文探讨了IL-2诱导性T细胞激酶（ITK）缺陷对CAR-T细胞疗法抗肿瘤效果的增强作用	首次揭示了ITK在CAR信号传导中的作用，并通过CRISPR-Cas9技术成功构建ITK缺陷的CD19-CAR-T细胞，显著改善了CAR-T细胞的持久性和抗肿瘤效果	研究仅针对CD19-CAR-T细胞，未验证在其他CAR-T细胞中的普适性	提高CAR-T细胞疗法的治疗效果，解决CAR-T细胞衰竭和持久性不足的问题	CD19-CAR-T细胞	免疫治疗	白血病	CRISPR-Cas9基因编辑、RNA测序（bulk和单细胞）	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
93	2025-04-27	Endogenous antigens shape the transcriptome and TCR repertoire in an autoimmune arthritis model 2024-Nov-26, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI174647 PMID:39589811	research paper	该研究通过RNA测序和T细胞受体测序技术，探讨了自身免疫性关节炎模型中内源性抗原如何影响转录组和TCR库	揭示了Zap70信号通路缺陷如何导致自身反应性CD4+ T细胞的激活和持续存在，并发现内源性逆转录病毒通过破坏外周耐受促进自身免疫性关节炎的发展	研究仅限于SKG小鼠模型，结果是否适用于人类自身免疫性疾病尚需验证	探究自身免疫性关节炎中致病性自身反应性CD4+ T细胞的发育机制	BALB/c-Zap70*W163C (SKG)小鼠的初始CD4+ T细胞	免疫学	自身免疫性关节炎	bulk RNA-Seq, scRNA-Seq, scTCR-Seq	NA	RNA测序数据, T细胞受体序列数据	SKG小鼠和野生型小鼠的CD4+ T细胞
94	2025-04-27	The peripheral Atf3 + neuronal population is responsible for nerve regeneration at the early stage of nerve injury revealed by single-cell RNA sequencing 2024-Nov-13, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2024169 PMID:39539109	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了早期神经损伤阶段外周Atf3+神经元群体在神经再生中的作用	发现了一种新的CCI诱导的神经元群体(CIP)，该群体高表达再生相关基因，并与卫星胶质细胞(SGCs)有密切的细胞间通讯	研究仅关注了早期神经损伤阶段(损伤后3天)的转录组变化，未涵盖整个再生过程	探究体感神经元在神经再生过程中的转录组变化及其分子机制	小鼠背根神经节(DRG)细胞	神经科学	神经损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫组织化学	NA	单细胞转录组数据	慢性压迫性损伤(CCI)后3天的小鼠DRG细胞
95	2025-04-26	Defective ribosome assembly impairs leukemia progression in a murine model of acute myeloid leukemia 2024-11-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114864 PMID:39412990	研究论文	本研究探讨了核糖体组装在白血病细胞功能中的作用，并揭示了其在急性髓系白血病（AML）治疗中的潜在价值	揭示了核糖体组装缺陷如何通过影响蛋白质合成速率和转录因子调控来抑制AML进展，并证明了其在p53缺陷型AML中的抗白血病效果	研究主要基于小鼠模型和患者数据集，尚未进行临床试验验证	探索核糖体组装在AML发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力	混合谱系白血病重排AML中的未成熟白血病细胞	癌症研究	急性髓系白血病	单细胞RNA测序、蛋白质组学分析	小鼠AML模型	基因表达数据、蛋白质组数据	患者数据集和实验小鼠模型
96	2025-04-26	Polyclonal regeneration of mouse bone marrow endothelial cells after irradiative conditioning 2024-11-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114779 PMID:39489938	研究论文	研究小鼠骨髓内皮细胞（BM-ECs）在辐射条件后的多克隆再生机制	揭示了BM-ECs在辐射后再生过程中的异质性变化，开发了单细胞体外克隆形成实验，并利用Rainbow小鼠和基于机器学习的模型证明BM-ECs的再生主要是多克隆驱动的	研究主要基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究骨髓内皮细胞在辐射条件后的再生机制	小鼠骨髓内皮细胞（BM-ECs）	细胞生物学	造血干细胞移植相关疾病	单细胞RNA测序、成像技术、流式细胞术、机器学习模型	机器学习模型	单细胞RNA测序数据、图像数据、流式细胞数据	使用Rainbow小鼠模型进行实验
97	2025-04-26	Discriminative Domain Adaption Network for Simultaneously Removing Batch Effects and Annotating Cell Types in Single-Cell RNA-Seq 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3487574 PMID:39471116	研究论文	提出了一种名为D2AN的判别性域适应网络，用于同时消除单细胞RNA测序中的批次效应并进行细胞类型注释	结合对抗域适应策略、对比损失和自步学习机制，实现了全局分布匹配和判别性特征表示，优于现有方法	未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求	解决单细胞RNA测序分析中的批次效应问题并提高细胞类型注释准确性	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	判别性域适应网络(D2AN)	基因表达数据	多个真实数据集（未提及具体数量）
98	2025-04-24	Analyzing Large-Scale Single-Cell RNA-Seq Data Using Coreset 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3418078 PMID:38913513	研究论文	本文提出了一种名为scCoreset的数据摘要框架，用于从大规模稀疏单细胞RNA-seq数据中提取小加权细胞子集，以促进下游数据分析任务	scCoreset框架能够从大规模单细胞RNA-seq数据中提取小加权子集，使下游分析任务在子集上运行的结果与原始数据结果相似，显著提高了分析效率	未明确提及具体限制，但可能涉及对特定类型单细胞数据的适用性或子集提取的优化程度	解决大规模单细胞RNA-seq数据的计算和分析挑战	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	scCoreset框架	单细胞RNA-seq数据	多种单细胞数据集（未明确提及具体数量）
99	2025-04-24	SCRN: Single-Cell Gene Regulatory Network Identification in Alzheimer's Disease 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3424400 PMID:38976461	research paper	本文提出了一种基于图学习的单细胞基因调控网络识别方法SCRN，用于研究阿尔茨海默病(AD)的基因调控机制	提出了一种基于图神经网络和γ衰减启发式链接预测的SCRN方法，能够利用局部闭合子图识别可靠的基因调控网络	仅基于三个公认的AD基因(APOE、CX3CR1和P2RY12)构建调控网络，可能未能涵盖所有相关基因	研究阿尔茨海默病的潜在基因调控机制，发现相关生物标志物和治疗靶点	阿尔茨海默病患者和正常样本的单细胞RNA测序数据	生物信息学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, UMAP降维分析	图神经网络(GNN)	单细胞RNA测序数据	未明确说明样本数量，包含AD和正常样本
100	2025-04-23	FaStaNMF: A Fast and Stable Non-Negative Matrix Factorization for Gene Expression 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2023.3296979 PMID:37467096	研究论文	介绍了一种名为FaStaNMF的快速稳定非负矩阵分解方法，用于基因表达数据的解卷积分析	FaStaNMF在保证NMF结果全局稳定性的同时，兼顾了准确性和速度，解决了传统NMF方法无法保证全局唯一解的问题	未明确说明方法在更复杂数据集上的表现或计算资源需求	开发一种快速稳定的非负矩阵分解方法用于基因表达数据的解卷积分析	基因表达数据（特别是混合细胞类型的样本）	生物信息学	NA	非负矩阵分解（NMF）	FaStaNMF（基于NMF的改进方法）	基因表达数据	四个已知真实值的数据集（基于公开数据或RNAGinesis模拟生成）