单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 578 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2025-10-06 |
Cellular heterogeneity and dynamics of the human uterus in healthy premenopausal women
2024-Nov-05, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2404775121
PMID:39471215
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建健康绝经前女性子宫细胞图谱，揭示细胞异质性和动态变化 | 创建了包含超过16.7万个细胞的正常子宫细胞图谱，提出了包含39种亚型的共识注释系统，并识别了多种潜在祖细胞 | 样本数量有限（5个新样本+15个已发表样本），仅关注健康个体 | 研究人类子宫的细胞异质性和动态变化 | 健康绝经前女性的子宫内膜和肌层细胞 | 单细胞生物学 | 妇科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 5个新个体+15个已发表个体，共超过167,000个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 82 | 2025-10-06 |
Multiomics reveals age-dependent metabolic reprogramming of macrophages by wound bed niche secreted signals
2024-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.30.621159
PMID:39553941
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了伤口床微环境中巨噬细胞代谢重编程的年龄依赖性机制 | 发现早期伤口巨噬细胞代谢基因表达而非经典极化标志物定义其群体特征，并揭示年龄依赖性代谢重编程机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证尚需进一步研究 | 探究组织微环境信号如何调控巨噬细胞代谢及其年龄依赖性变化 | 小鼠早期伤口中的巨噬细胞 | 单细胞组学 | 伤口愈合障碍 | 单细胞RNA测序, 单细胞分泌组学, 单细胞转录组学, 代谢组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 代谢组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 83 | 2025-10-06 |
Tracking Rare Single Donor and Recipient Immune and Leukemia Cells after Allogeneic Hematopoietic Cell Transplantation Using Mitochondrial DNA Mutations
2024-Nov-01, Blood cancer discovery
IF:11.5Q1
DOI:10.1158/2643-3230.BCD-23-0138
PMID:39236287
|
研究论文 | 本研究利用线粒体DNA突变追踪异基因造血干细胞移植后供体和受体免疫细胞及白血病细胞的动态变化 | 首次将线粒体DNA突变与单细胞ATAC-seq技术(ASAP-seq)结合，实现0.1%-1%频率水平的供体/受体细胞鉴定和表型分析 | 通量限制，需要未来技术发展来提升监测能力 | 开发移植后白血病复发的单细胞监测方法 | 异基因造血干细胞移植后的供体和受体免疫细胞及白血病细胞 | 单细胞测序 | 白血病 | 线粒体DNA突变分析，ASAP-seq，染色质可及性分析 | NA | 单细胞测序数据，表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq，单细胞多组学 | NA | ASAP-seq（带选择性抗原测序分析的转座酶可及染色质单细胞检测） |
| 84 | 2025-10-06 |
The neuroendocrine transition in prostate cancer is dynamic and dependent on ASCL1
2024-11, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-024-00838-6
PMID:39394434
|
研究论文 | 本研究通过建立前列腺癌神经内分泌转化的动态模型，揭示了ASCL1在谱系可塑性中的关键作用 | 开发了能够动态追踪前列腺癌神经内分泌转化的体内平台，首次证明ASCL1是神经内分泌转化的必需因子 | 体内微环境依赖性限制了传统类器官培养的应用，模型仍需进一步验证 | 探究前列腺癌神经内分泌转化的机制和动态过程 | 移植的小鼠前列腺类器官和神经内分泌前列腺癌模型 | 空间转录组学 | 前列腺癌 | 多重免疫荧光，空间转录组学 | NA | 图像，空间转录组数据 | 具有Rb1; Trp53; cMyc或Pten; Trp53; cMyc突变的小鼠前列腺类器官 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 85 | 2025-10-06 |
Egfl6 promotes ovarian cancer progression by enhancing the immunosuppressive functions of tumor-associated myeloid cells
2024-Nov-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI175147
PMID:39312740
|
研究论文 | 本研究揭示了Egfl6通过增强肿瘤相关髓系细胞的免疫抑制功能促进卵巢癌进展的机制 | 首次发现Egfl6通过结合β3整合素并激活p38和SYK信号通路，调控髓系细胞的免疫抑制功能 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限 | 探讨Egfl6在卵巢癌免疫抑制微环境形成中的作用机制 | 卵巢癌小鼠模型和人类卵巢癌组织样本 | 肿瘤免疫学 | 卵巢癌 | scRNA-Seq, 免疫组织化学, 动物模型实验 | 同系小鼠肿瘤模型 | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据, 免疫组织化学数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 86 | 2025-10-06 |
Oncogenic role of PMEPA1 and its association with immune exhaustion and TGF-β activation in HCC
2024-Nov, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101212
PMID:39524206
|
研究论文 | 本研究首次证明PMEPA1在肝细胞癌中的致癌作用及其与TGF-β激活和免疫耗竭的关联 | 首次在体内实验中证实PMEPA1的致癌功能，并揭示其与TGF-β信号协同促进免疫耗竭的新机制 | 研究主要基于回顾性队列数据，需要进一步前瞻性研究验证 | 探索PMEPA1在肝细胞癌中的作用及其与TGF-β信号和免疫耗竭的关系 | 肝细胞癌患者肿瘤样本和基因工程小鼠模型 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | qPCR, 单细胞RNA测序, 基因表达分析 | 基因工程小鼠模型 | 基因组数据, 基因表达数据, 临床病理数据 | 1097例HCC肿瘤样本（包括228例发现队列和361例验证队列），54例单细胞水平样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 87 | 2025-10-06 |
Integrating spatial transcriptomics and snRNA-seq data enhances differential gene expression analysis results of AD-related phenotypes
2024-Nov-18, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.11.18.24317499
PMID:39606364
|
研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学和单核RNA测序数据，增强了阿尔茨海默病相关表型的空间信息细胞类型特异性差异基因表达分析能力 | 首次将空间转录组学与单核RNA测序数据整合，实现了皮质层特异性和细胞类型特异性的差异基因表达分析 | 研究依赖于深度学习工具CelEry推断的空间位置信息，可能存在推断误差 | 提升阿尔茨海默病相关表型的空间信息细胞类型特异性差异基因表达分析效能 | 436例死后大脑的背外侧前额叶皮层组织 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学，单核RNA测序，深度学习 | 线性混合回归模型，CelEry深度学习工具 | 基因表达数据，空间位置数据 | 约150万个细胞，来自436个死后大脑样本 | NA | 空间转录组学，单核RNA测序 | NA | NA |
| 88 | 2025-10-06 |
Characterizing Fibroblast Heterogeneity in Diabetic Wounds Through Single-Cell RNA-Sequencing
2024-Nov-07, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines12112538
PMID:39595104
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在糖尿病伤口成纤维细胞异质性研究中的应用与进展 | 系统总结了单细胞测序技术如何改变成纤维细胞分析策略，并强调通过该技术探索不同成纤维细胞亚群及其谱系的研究机遇 | 作为综述文章，未涉及原始实验数据和研究样本 | 探讨糖尿病伤口愈合机制及成纤维细胞异质性 | 糖尿病伤口中的成纤维细胞 | 单细胞组学 | 糖尿病伤口 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 89 | 2025-10-06 |
Proinflammatory immune cells disrupt angiogenesis and promote germinal matrix hemorrhage in prenatal human brain
2024-Nov, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01769-2
PMID:39349662
|
研究论文 | 本研究揭示了先天免疫细胞在胚胎大脑特定区域血管生成中的作用及其异常激活导致生发基质出血的机制 | 首次发现小胶质细胞与新生血管的年龄依赖性相互作用，并鉴定出GMH患者中激活的中性粒细胞和单核细胞通过产生促炎因子破坏血管完整性 | 主要基于小鼠模型和人类样本的关联分析，因果关系需要进一步验证 | 探究生发基质出血的发病机制和免疫细胞在其中的作用 | 胚胎期小鼠和人类大脑组织、早产儿免疫细胞 | 神经发育生物学 | 生发基质出血 | 单细胞转录组测序,流式细胞术 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | 对照早产儿和GMH患儿的CD45免疫细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 90 | 2025-10-06 |
Collapsible tree: interactive web app to present collapsible hierarchies
2024-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae645
PMID:39460943
|
研究论文 | 开发了一个名为Collapsible Tree的交互式网络应用程序，用于展示可折叠的层次结构数据可视化 | 提出了一个JavaScript框架和交互式网络应用，能够在单一层次图中同时展示细胞状态和基因表达数据，克服了t-SNE和UMAP需要分开展示且无法捕捉层次结构的局限性 | NA | 开发交互式数据可视化工具，用于展示层次结构数据 | 单细胞转录组学数据中的细胞谱系结构和基因表达模式 | 数据可视化 | NA | 单细胞转录组学 | JavaScript框架 | 基因表达数据、层次结构数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 91 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics link gene expression signatures to clinicopathological features of gonadotroph and lactotroph PitNET
2024-Nov-15, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05821-4
PMID:39548496
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学分析揭示促性腺激素细胞和泌乳素细胞垂体神经内分泌肿瘤的基因表达特征与临床病理特征的关联 | 首次在单细胞水平系统比较促性腺激素细胞和泌乳素细胞PitNET的肿瘤微环境差异，发现SPP1+巨噬细胞和增殖性淋巴细胞等新型细胞亚群与肿瘤侵袭性的关联 | 样本量相对有限（7例促性腺激素细胞和3例泌乳素细胞肿瘤），需更大规模验证 | 探究垂体神经内分泌肿瘤微环境细胞组成与肿瘤侵袭行为的关系 | 促性腺激素细胞和泌乳素细胞垂体神经内分泌肿瘤患者 | 单细胞转录组学 | 垂体神经内分泌肿瘤 | 单细胞RNA测序，批量RNA测序，免疫组织化学染色 | 差异表达分析，基因表达程序识别 | 单细胞转录组数据，批量转录组数据，组织切片图像 | 10例单细胞测序样本（7例促性腺激素细胞+3例泌乳素细胞），134例批量RNA-seq验证队列 | NA | 单细胞RNA测序，批量RNA测序 | NA | NA |
| 92 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics in focal cortical dysplasia type IIb
2024-11-30, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-024-01897-7
PMID:39614299
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术探索了局灶性皮质发育不良IIb型中畸形神经元和气球细胞区域的转录组变化 | 首次在FCD IIb患者新鲜冷冻脑样本中应用空间转录组学技术，构建了畸形神经元和气球细胞区域的空间转录图谱 | 样本量较小（仅3例患者），需要更大样本验证研究结果 | 研究FCD IIb病变中关键细胞区域的转录组特征及其在癫痫发生中的作用 | 局灶性皮质发育不良IIb型患者的脑组织样本 | 空间转录组学 | 癫痫 | 空间转录组学，免疫组织化学 | NA | 空间转录组数据，蛋白质表达数据 | 3例FCD IIb患者的新鲜冷冻脑样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 93 | 2025-10-06 |
TLR8 agonist selgantolimod regulates Kupffer cell differentiation status and impairs HBV entry into hepatocytes via an IL-6-dependent mechanism
2024-Nov-11, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2023-331396
PMID:38697771
|
研究论文 | 本研究揭示了TLR8激动剂selgantolimod通过调节Kupffer细胞分化状态和IL-6依赖机制抑制HBV进入肝细胞的作用机制 | 首次发现SLGN通过Kupffer细胞介导的IL-6依赖性机制下调肝细胞NTCP表达并抑制HBV进入 | 研究主要基于体外实验和公共数据库分析，需要进一步体内验证 | 表征SLGN在肝脏微环境中诱导的转录组变化和细胞间通讯事件 | 人类肝脏Kupffer细胞和肝细胞 | 免疫学 | 慢性乙型肝炎 | 单细胞RNA测序, RNA-seq, 细胞因子分析 | NA | 转录组数据, 细胞因子数据 | 使用公共单细胞RNA-seq数据和HBV感染患者转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 94 | 2025-10-06 |
Monoclonal antibodies that block Roundabout 1 and 2 signaling target pathological ocular neovascularization through myeloid cells
2024-11-20, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adn8388
PMID:39565875
|
研究论文 | 开发靶向ROBO1和ROBO2胞外域的单克隆抗体，通过抑制SLIT-ROBO信号通路治疗病理性眼新生血管 | 首次开发能同时阻断ROBO1和ROBO2信号传导的人源单克隆抗体，并证明其通过调节髓系细胞功能抑制眼新生血管 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证疗效和安全性 | 开发靶向SLIT-ROBO信号通路的治疗性抗体，抑制病理性眼新生血管 | ROBO1和ROBO2受体、SLIT配体、髓系细胞（小胶质细胞/巨噬细胞） | 生物医学研究 | 眼血管疾病 | 单细胞RNA测序，基因敲除，抗体开发 | NA | 基因表达数据，成像数据 | 氧诱导视网膜病变和激光诱导角膜新生血管小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 95 | 2025-10-06 |
iGTP: Learning interpretable cellular embedding for inferring biological mechanisms underlying single-cell transcriptomics
2024-Nov-25, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.03.29.24305092
PMID:39649598
|
研究论文 | 提出了一种可解释的生成转录程序框架iGTP，用于从单细胞转录组数据中学习可解释的细胞嵌入表示 | 设计了结合转录程序空间和蛋白质-蛋白质相互作用的新型可解释生成框架，能够建模不同生物状态间的相互作用 | NA | 开发可解释的深度学习方法，从单细胞转录组数据推断潜在的生物学机制 | 单细胞转录组数据中的细胞状态和生物过程 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器, 图神经网络, 潜在扩散模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 96 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptional mapping reveals genetic and non-genetic determinants of aberrant differentiation in AML
2024-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.26.573390
PMID:38234771
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序构建人类骨髓造血参考图谱，并分析AML中遗传和非遗传因素对异常分化的影响 | 构建了包含263,519个单细胞转录组的人类骨髓造血参考图谱，系统绘制了基因型与表型关联，揭示了AML中12种异常分化模式 | 依赖单细胞RNA测序数据，可能受技术偏差影响；样本来源有限 | 研究急性髓系白血病中遗传突变和非遗传因素对造血分化的影响机制 | 318例AML、混合表型急性白血病和急性红系白血病患者的120万个单细胞转录组 | 单细胞基因组学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 263,519个正常骨髓单细胞和120万个白血病单细胞，涵盖318个患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 97 | 2025-10-06 |
Functional profiling of murine glioma models highlights targetable immune evasion phenotypes
2024-11-27, Acta neuropathologica
IF:9.3Q1
DOI:10.1007/s00401-024-02831-w
PMID:39592459
|
研究论文 | 通过功能遗传筛选、单细胞转录组学和机器学习方法，系统性评估小鼠胶质瘤模型作为人类胶质母细胞瘤临床前模型的价值 | 首次通过CRISPR全基因组共培养杀伤筛选鉴定出胶质瘤三种关键免疫逃逸机制，并利用机器学习识别出与临床相关的免疫逃逸基因程序 | 研究基于小鼠模型，虽然部分重现了人类GBM特征，但仍存在物种差异 | 探索胶质瘤免疫逃逸机制并建立临床前模型与人类疾病的桥梁 | 小鼠胶质瘤模型（GL261和CT2A）及人类胶质母细胞瘤 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤 | CRISPR全基因组筛选、单细胞转录组学、机器学习 | 机器学习方法 | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | 两个小鼠胶质瘤模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 98 | 2025-10-06 |
Integration of Machine Learning and Experimental Validation to Identify Anoikis-Related Prognostic Signature for Predicting the Breast Cancer Tumor Microenvironment and Treatment Response
2024-Nov-12, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes15111458
PMID:39596658
|
研究论文 | 通过整合机器学习与实验验证，开发了失巢凋亡相关预后特征用于预测乳腺癌肿瘤微环境和治疗反应 | 首次构建了包含5个失巢凋亡相关基因的预后特征，并系统评估其与肿瘤微环境、药物敏感性和免疫治疗的关系 | 需要更大样本量的前瞻性研究进一步验证预后特征的临床适用性 | 探索失巢凋亡相关基因在乳腺癌预后预测和治疗指导中的价值 | 乳腺癌患者 | 机器学习 | 乳腺癌 | RT-PCR, Western blot, ELISA, 单细胞分析, 空间转录组学 | 多种机器学习方法 | 基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 99 | 2025-10-06 |
OrthologAL: A Shiny application for quality-aware humanization of non-human pre-clinical high-dimensional gene expression data
2024-Nov-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.25.625000
PMID:39651293
|
研究论文 | 开发了一个名为OrthologAL的Shiny应用程序，用于将非临床前高维基因表达数据质量感知地转换为人类同源基因数据 | 利用BioMart数据库访问Ensembl中的不同基因集，无需用户编写代码即可实现非人类转录组向人类同源基因的转换 | NA | 促进药理学转录组学数据库在临床前研究模型中的应用，并促进非人类转录组的人类同源基因转换 | 单细胞、单核和空间转录组数据，包括髓母细胞瘤患者来源原位异种移植模型以及小鼠和大鼠脊髓损伤模型 | 生物信息学 | 髓母细胞瘤, 脊髓损伤 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 100 | 2025-10-06 |
Chromosome-contiguous genome for the Haecon-5 strain of Haemonchus contortus reveals marked genetic variability and enables the discovery of essential gene candidates
2024-11, International journal for parasitology
IF:3.7Q1
DOI:10.1016/j.ijpara.2024.08.003
PMID:39168434
|
研究论文 | 本研究报道了澳大利亚Haemonchus contortus寄生虫Haecon-5菌株的高质量染色体水平基因组，并利用机器学习方法预测了潜在的关键基因 | 首次提供了Haecon-5菌株的染色体连续基因组，揭示了与英国ISE菌株的显著遗传差异，并采用跨物种机器学习方法预测了必需基因 | 研究主要基于计算预测，候选基因的功能验证需要后续实验研究 | 构建高质量基因组资源以支持捻转血矛线虫的基础研究和药物靶点发现 | Haemonchus contortus寄生虫Haecon-5菌株 | 基因组学 | 寄生虫感染 | 基因组测序, 转录组分析, 单细胞RNA-seq, 机器学习 | 机器学习 | 基因组序列, 转录组数据, 表观遗传数据 | 一个特定菌株(Haecon-5)的完整基因组分析 | NA | 单细胞RNA-seq, 基因组测序 | NA | NA |