单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-07-04	TLR8 agonist selgantolimod regulates Kupffer cell differentiation status and impairs HBV entry into hepatocytes via an IL-6-dependent mechanism 2024-Nov-11, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-331396 PMID:38697771	研究论文	研究TLR8激动剂selgantolimod通过IL-6依赖机制调节Kupffer细胞分化状态并抑制HBV进入肝细胞的作用	揭示了selgantolimod通过调节Kupffer细胞转录组和细胞间通讯，间接抑制HBV进入肝细胞的新机制	研究主要基于体外实验和转录组数据分析，需要更多体内实验验证	阐明selgantolimod在肝脏微环境中的免疫调节作用和对HBV感染的抑制机制	Kupffer细胞、肝细胞和HBV病毒	免疫学	慢性乙型肝炎	单细胞RNA-seq、RNA-seq	NA	转录组数据	未明确说明具体样本数量，使用了公开的单细胞RNA-seq数据和实验模型
62	2025-07-03	Monoclonal antibodies that block Roundabout 1 and 2 signaling target pathological ocular neovascularization through myeloid cells 2024-11-20, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adn8388 PMID:39565875	研究论文	研究开发了针对ROBO1和ROBO2的单克隆抗体，用于阻断SLIT-ROBO信号通路，以治疗病理性眼血管新生	首次开发出能够阻断ROBO1和ROBO2信号传导的人源单克隆抗体，并证实其通过调节髓系细胞功能来减轻病理性眼血管新生	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	开发针对病理性眼血管新生的新型治疗策略	ROBO1和ROBO2受体及其信号通路	生物医学	眼科疾病	单克隆抗体开发、单细胞RNA测序	氧诱导视网膜病变(OIR)和激光诱导角膜新生血管(CNV)小鼠模型	基因表达数据、病理学数据	小鼠模型（具体数量未说明）
63	2025-07-02	iGTP: Learning interpretable cellular embedding for inferring biological mechanisms underlying single-cell transcriptomics 2024-Nov-25, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.03.29.24305092 PMID:39649598	research paper	本文提出了一种名为iGTP的新型可解释生成转录程序框架，用于从单细胞转录组数据中推断生物学机制	iGTP框架首次整合了转录程序空间和蛋白质-蛋白质相互作用网络，能够建模不同生物状态间的相互作用	NA	开发可解释的深度学习模型来揭示单细胞转录组数据背后的生物学机制	单细胞转录组数据	bioinformatics	NA	single-cell transcriptomics	Variational AutoEncoder, graph neural network, latent diffusion model	gene expression data	NA
64	2025-07-02	Single-cell transcriptional mapping reveals genetic and non-genetic determinants of aberrant differentiation in AML 2024-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.26.573390 PMID:38234771	研究论文	通过单细胞转录组测序技术，研究急性髓系白血病(AML)中遗传和非遗传因素对异常分化的影响	构建了一个包含263,519个单细胞转录组的人类骨髓造血参考图谱，并利用该图谱分析了超过120万个AML、MPAL和AEL样本的单细胞转录组，揭示了12种AML异常分化的常见模式	正常造血过程的参考图谱不够精确，患者队列样本量较小	研究AML中遗传和非遗传因素对异常分化的影响	急性髓系白血病(AML)、混合表型急性白血病(MPAL)和急性红系白血病(AEL)患者样本	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	263,519个正常造血单细胞转录组和1,200,000个AML、MPAL和AEL样本单细胞转录组
65	2025-06-20	Integration of Machine Learning and Experimental Validation to Identify Anoikis-Related Prognostic Signature for Predicting the Breast Cancer Tumor Microenvironment and Treatment Response 2024-Nov-12, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes15111458 PMID:39596658	research paper	该研究通过整合机器学习和实验验证，识别与失巢凋亡相关的预后标志物，用于预测乳腺癌肿瘤微环境和治疗反应	首次构建了基于失巢凋亡相关基因的预后特征（ANRS），并验证其作为独立预后指标的潜力，同时发现PLK1作为潜在的血液诊断标志物	研究样本量未明确说明，且需要进一步临床验证	探索失巢凋亡相关基因在乳腺癌预后中的作用，并开发预测模型	乳腺癌患者及其肿瘤微环境	digital pathology	breast cancer	RT-PCR, Western blot, ELISA, 单细胞分析, 空间转录组	machine learning	基因表达数据, 临床数据	NA
66	2025-06-18	Addressing the mean-variance relationship in spatially resolved transcriptomics data with spoon 2024-Nov-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.04.621867 PMID:39574747	research paper	该论文提出了一种名为spoon的统计框架，用于解决空间分辨转录组学数据中的均值-方差关系问题，以更准确地识别空间可变基因（SVGs）	首次在空间转录组学数据中证明了均值-方差关系的存在，并提出使用Empirical Bayes技术消除这种偏差的新方法	方法仅在模拟和真实空间转录组学数据中进行了验证，未涉及其他类型的数据	提高空间可变基因（SVGs）识别的准确性	空间分辨转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	Empirical Bayes	空间转录组学数据	模拟和真实空间转录组学数据（具体数量未提及）
67	2025-06-13	OrthologAL: A Shiny application for quality-aware humanization of non-human pre-clinical high-dimensional gene expression data 2024-Nov-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.25.625000 PMID:39651293	research paper	介绍了一个名为OrthologAL的Shiny应用程序，用于将非人类临床前高维基因表达数据高质量地转换为人类同源基因数据	OrthologAL利用BioMart数据库访问Ensembl的不同基因集，无需用户生成代码，即可实现非人类转录组的人类同源基因转换	未明确提及具体限制	促进药理学转录组数据库在临床前研究模型中的应用，并简化非人类转录组的人类同源基因转换	单细胞、单核和空间转录组数据，包括髓母细胞瘤患者来源的异种移植模型以及小鼠和大鼠的脊髓损伤模型	生物信息学	髓母细胞瘤、脊髓损伤	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
68	2025-06-13	Chromosome-contiguous genome for the Haecon-5 strain of Haemonchus contortus reveals marked genetic variability and enables the discovery of essential gene candidates 2024-11, International journal for parasitology IF:3.7Q1 DOI:10.1016/j.ijpara.2024.08.003 PMID:39168434	研究论文	本文报道了澳大利亚Haecon-5株Haemonchus contortus的染色体连续基因组，揭示了显著的遗传变异性并发现了潜在必需基因候选	首次提供了Haecon-5株的高质量染色体连续基因组，并采用跨物种机器学习方法预测了必需单拷贝基因	研究仅针对Haecon-5株，与其他菌株的比较仍需进一步验证	为宿主-寄生虫相互作用、药物发现和群体遗传学研究提供基因组资源	Haemonchus contortus寄生虫的Haecon-5株	基因组学	寄生虫感染	比较基因组分析、机器学习、单细胞RNA-seq	跨物种机器学习模型	基因组序列、转录组数据	1个Haecon-5株基因组（约280 Mb）和19,234个蛋白质编码基因模型
69	2025-06-13	Matrisomics: Beyond the extracellular matrix for unveiling tumor microenvironment 2024-11, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2024.189178 PMID:39241895	research paper	本文探讨了癌症组织中基质组蛋白的多样化模式及其在肿瘤微环境中的作用	利用多种组学方法（包括表观组学、基因组学、转录组学和蛋白质组学）及新技术（如单细胞RNA测序和空间转录组学）研究癌症基质组	癌症基质组的具体机制和临床应用尚未完全阐明	揭示癌症基质组在肿瘤微环境中的调控作用及其临床意义	癌症组织中的基质组蛋白	肿瘤生物学	癌症	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 表观组学, 基因组学, 转录组学, 蛋白质组学	NA	组学数据	NA
70	2025-06-13	Hematopoietic cells emerging from hemogenic endothelium exhibit lineage-specific oxidative stress responses 2024-11, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.107815 PMID:39326495	研究论文	研究人类胚胎发生过程中，血源性内皮细胞（HE）在不同缺氧条件下对造血过程的影响及其对氧化应激的响应	揭示了不同HE来源的血细胞谱系在缺氧条件下的转录变化及氧化应激反应的差异，特别是红细胞对氧化应激的易感性和CD45细胞的抗性机制	研究主要基于单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证	探讨缺氧和氧化应激如何影响血源性内皮细胞衍生的造血谱系	人类胚胎中的血源性内皮细胞及其衍生的血细胞谱系	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
71	2025-06-11	Multi-sample non-negative spatial factorization 2024-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.01.599554 PMID:39005356	research paper	提出了一种名为多样本非负空间因子分解（mNSF）的无对齐框架，用于分析多样本空间转录组数据	扩展了单样本空间因子分解（NSF）至多样本数据集，结合样本特异性空间相关性建模并提取低维数据表示	在空间对齐可行的情况下，性能与基于对齐的方法相当，但在无法进行空间对齐的场景下表现更优	开发一种无需对齐的方法来分析多样本空间转录组数据	多样本空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	mNSF	空间转录组数据	NA
72	2025-06-10	A modified model of PANoptosisto identify prognosis and immunotherapy response in bladder cancer 2024-11, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2024.106672 PMID:39368544	研究论文	本研究通过修改PANoptosis模型，识别膀胱癌的预后和免疫治疗反应	识别了与广泛凋亡相关的五个差异表达基因作为膀胱癌患者预后的预测特征，并构建了风险模型	研究依赖于临床基因组数据库的数据，可能存在数据偏差	研究广泛凋亡相关修饰模式在膀胱癌中的作用机制	膀胱癌患者	数字病理学	膀胱癌	转录组数据分析、单细胞测序分析	PANoptosis模型、最小绝对收缩分析	转录组数据、临床信息	NA
73	2025-06-05	Single-Nucleus and Spatial Transcriptomics Revealing Host Response Differences Triggered by Mutated Virus in Severe Dengue 2024-11-15, Viruses DOI:10.3390/v16111779 PMID:39599894	研究论文	通过单核和空间转录组学揭示突变病毒在严重登革热中引发的宿主反应差异	首次利用单核和空间RNA测序技术分析突变登革热病毒在小鼠模型中的宿主反应差异，并鉴定出NRG/ErbB信号通路的关键作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究突变登革热病毒引发严重症状的分子机制	突变登革热病毒DENV-2 N10及其在小鼠模型中的宿主反应	转录组学	登革热	单核RNA测序、空间RNA测序、计算机分子建模分析	小鼠模型	RNA测序数据	未感染、轻度感染(NGC组)和严重感染(N10组)的小鼠肝脏组织样本
74	2025-06-04	Validation of non-destructive morphology-based selection of cerebral cortical organoids by paired morphological and single-cell RNA-seq analyses 2024-11-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.09.005 PMID:39393360	研究论文	通过配对形态学和单细胞RNA-seq分析验证基于形态学的非破坏性选择方法在脑皮质类器官中的应用	首次展示了非破坏性形态学分析可以准确区分由大脑皮质组织组成的类器官与其他脑组织类器官	未提及样本量是否足够大以覆盖所有可能的形态变异	提高基于类器官的疾病模型和细胞治疗的实验准确性和可靠性	脑皮质类器官	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	图像和RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量
75	2025-06-04	Lineage-specific dynamics of loss of X upregulation during inactive-X reactivation 2024-11-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.10.001 PMID:39486405	research paper	研究探讨了在不同细胞或发育背景下，失活X染色体（Xi）的重新激活是否会导致活性X染色体（Xa）上调的丧失	揭示了Xi重新激活与Xa上调丧失在不同细胞类型中的不同步现象，并建立了X染色体转录协调的数学模型	研究主要基于小鼠模型和特定人类细胞类型，可能不适用于所有生物系统	探索失活X染色体重新激活与活性X染色体上调之间的动态关系	小鼠胚胎上胚层、诱导多能干细胞、生殖细胞、小鼠胚胎外内胚层干细胞和人类B细胞	遗传学	NA	单细胞RNA测序	数学模型	基因表达数据	多种细胞类型（具体数量未明确说明）
76	2025-05-31	Phospholipid Scramblase 1 (PLSCR1) Regulates Interferon-Lambda Receptor 1 (IFN-λR1) and IFN-λ Signaling in Influenza A Virus (IAV) Infection 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.20.624469 PMID:39605457	研究论文	本文研究了磷脂爬行酶1（PLSCR1）在甲型流感病毒（IAV）感染中如何调控干扰素-λ受体1（IFN-λR1）及干扰素-λ信号通路	揭示了PLSCR1通过调节IFN-λ信号通路保护宿主免受IAV感染的新机制，并发现PLSCR1与IFN-λR1在病毒感染后的上皮细胞中存在蛋白-蛋白相互作用	目前仅研究了有限的动物模型，尚未完全探索PLSCR1在不同组织水平的作用及其酶活性的具体机制	阐明PLSCR1在IAV感染中的抗病毒机制及其与IFN-λ信号通路的关系	甲型流感病毒（IAV）感染的小鼠模型及上皮细胞	病毒学	流感	单细胞RNA测序、转录组分析	基因敲除小鼠模型、上皮细胞特异性过表达模型	RNA测序数据、转录组数据	基因敲除小鼠及上皮细胞特异性过表达小鼠
77	2025-05-31	Single-cell transcriptional analysis of murine norovirus infection in a human intestinal cell line 2024-Nov-19, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.01617-24 PMID:39475272	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了鼠诺如病毒在人肠道细胞系中的感染过程及其宿主反应	首次建立了表达鼠诺如病毒受体的人肠道细胞系，并通过单细胞分辨率揭示了病毒感染过程中的宿主基因表达变化	研究使用的是鼠诺如病毒而非人诺如病毒，结果可能不完全适用于人类疾病	探索诺如病毒感染的宿主细胞要求和复制机制	表达鼠CD300lf受体的人肠道细胞系(mCD300lf-hCaco2)和鼠诺如病毒(MNV)	病毒学	急性胃肠炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	NA
78	2025-05-31	PTEN Loss Shapes Macrophage Dynamics in High-Grade Serous Ovarian Carcinoma 2024-Nov-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3890 PMID:39186679	研究论文	该研究探讨了PTEN缺失如何影响高级别浆液性卵巢癌（HGSC）中巨噬细胞的动态变化，并提出了针对HMOX1hi巨噬细胞的潜在治疗策略	研究发现PTEN缺失导致HGSC中特定巨噬细胞亚群（HMOX1hi）的出现，这些巨噬细胞促进肿瘤生长，并可作为治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，人类HGSC样本的验证仍需进一步扩大	探索PTEN缺失对HGSC免疫微环境的影响，并寻找新的治疗靶点	高级别浆液性卵巢癌（HGSC）中的巨噬细胞	肿瘤免疫学	卵巢癌	单细胞RNA测序、流式细胞术	小鼠模型	RNA测序数据、流式细胞数据	小鼠模型和人类HGSC肿瘤样本
79	2025-05-31	SpottedPy quantifies relationships between spatial transcriptomic hotspots and uncovers environmental cues of epithelial-mesenchymal plasticity in breast cancer 2024-Nov-11, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03428-y PMID:39529126	研究论文	介绍了一个名为SpottedPy的Python包，用于识别肿瘤热点并映射癌症生态系统中的空间相互作用	开发了SpottedPy工具，能够量化空间转录组热点之间的关系，并揭示乳腺癌中上皮-间质可塑性的环境线索	未提及具体的技术或数据限制	探索癌症组织内的空间异质性，特别是上皮-间质可塑性在乳腺癌中的作用	乳腺癌组织中的空间转录组数据	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	NA	空间转录组数据	未提及具体样本数量
80	2025-05-31	Safety and reactogenicity of a controlled human infection model of sand fly-transmitted cutaneous leishmaniasis 2024-Nov, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03146-9 PMID:39095597	研究论文	该研究建立了一个由沙蝇传播的皮肤利什曼病的受控人类感染模型（CHIM），以促进疫苗开发	首次提供了人类皮肤利什曼病病变中免疫细胞分布和细胞因子/趋化因子表达的综合图谱，揭示了离散的免疫生态位	由于CL和活检程序的结合，疤痕明显	促进疫苗开发，建立皮肤利什曼病的受控人类感染模型	14名参与者暴露于感染利什曼原虫的沙蝇	传染病学	皮肤利什曼病	免疫组织化学和空间转录组学	受控人类感染模型（CHIM）	临床数据和免疫学数据	14名参与者