单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-12-11	CosGeneGate selects multi-functional and credible biomarkers for single-cell analysis 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae626 PMID:39592241	研究论文	本文提出了一种名为CosGeneGate的新模型，用于选择多功能的可信生物标志物，以提高单细胞分析中的标记基因选择效果	CosGeneGate结合了基于细胞类型分类准确性和标记基因特异性表达模式的优势，以选择更具代表性的标记基因	NA	提高单细胞测序分析中标记基因选择的有效性	单细胞测序分析中的标记基因选择	生物信息学	NA	单细胞测序	CosGeneGate	基因表达数据	包括公共数据集和新测序数据集
62	2024-12-11	Phospholipid Scramblase 1 (PLSCR1) Regulates Interferon-Lambda Receptor 1 (IFN-λR1) and IFN-λ Signaling in Influenza A Virus (IAV) Infection 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.20.624469 PMID:39605457	研究论文	研究PLSCR1在流感病毒感染中通过调节IFN-λ信号通路的作用	首次揭示了PLSCR1通过调节IFN-λ受体1（Ifn-λr1）表达和下游ISGs的表达来保护宿主免受流感病毒感染，并通过蛋白-蛋白相互作用调节IFN-λ信号通路	仅在有限的小鼠模型中进行了研究，尚未完全探索PLSCR1在不同组织水平上的作用机制	探讨PLSCR1在流感病毒感染中的抗病毒机制及其对IFN-λ信号通路的调节作用	PLSCR1在流感病毒感染中的作用及其对IFN-λ信号通路的调节	NA	流感	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型，包括Plscr1敲除小鼠和纤毛上皮细胞特异性Plscr1过表达小鼠
63	2024-12-11	Single-cell analyses reveal that monocyte gene expression profiles influence HIV-1 reservoir size in acutely treated cohorts 2024-Nov-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.12.623270 PMID:39605411	研究论文	研究探讨了单核细胞基因表达特征对急性感染期间开始抗逆转录病毒治疗（ART）的HIV-1潜伏库大小的影响	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了单核细胞活动与HIV-1潜伏库大小之间的关联，并验证了这种关联在不同遗传背景和HIV-1亚型感染的独立队列中的存在	研究仅限于急性感染期间开始ART的个体，且样本量相对较小	探讨宿主基因表达差异是否调节HIV-1潜伏库大小	外周血单核细胞（PBMC）中的单核细胞基因表达	数字病理学	HIV感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	14名急性感染期间开始ART的个体和38名不同遗传背景和HIV-1亚型感染的独立队列
64	2024-12-11	MobiChIP: a compatible library construction method of single-cell ChIP-seq based droplets 2024-Nov-08, Molecular omics IF:3.0Q3 DOI:10.1039/d4mo00111g PMID:39513632	研究论文	本文介绍了一种名为MobiChIP的单细胞ChIP-seq文库构建方法，该方法基于现有的测序平台，能够高效捕获来自不同物种和组织的片段，并揭示染色质的调控景观	MobiChIP方法无需定制引物，提供了强大的核小体扩增和灵活的测序能力，并且在识别基因簇的表观遗传抑制方面优于ATAC-seq	NA	开发一种适用于单细胞应用的ChIP-seq文库构建方法，以揭示表观遗传异质性	外周血单核细胞（PBMCs）中的活性（H3K27ac）和抑制性（H3K27me3）组蛋白修饰	表观遗传学	NA	ChIP-seq	NA	基因组数据	来自不同组织或物种的样本
65	2024-12-11	Epitranscriptomic regulation of cardiac fibrosis via YTHDF1-dependent PIEZO2 mRNA m6A modification 2024-Nov-05, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae239 PMID:39498803	研究论文	研究通过YTHDF1依赖的m6A修饰调控Piezo2 mRNA在心脏纤维化中的表观转录组调控机制	首次揭示了YTHDF1通过m6A修饰调控Piezo2表达，进而影响心脏成纤维细胞自噬和纤维化的新型表观转录组机制	实验主要在动物模型中进行，尚未在人体中验证	探讨Piezo家族在心脏纤维化中的分子机制	Piezo2在心脏纤维化中的作用及其调控机制	NA	心血管疾病	RNA测序、单细胞测序、组织学和生化分析	NA	RNA	使用ISO/Ang-II/TAC处理的小鼠模型，以及YTHDF1和Piezo2基因敲除的小鼠
66	2024-12-11	Prenatal p25-activated Cdk5 induces pituitary tumorigenesis through MCM2 phosphorylation-mediated cell proliferation 2024-11, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2024.101054 PMID:39366214	研究论文	研究揭示了产前p25激活的Cdk5通过MCM2磷酸化介导的细胞增殖诱导垂体肿瘤发生	首次揭示了Cdk5和Mcm2在垂体腺瘤肿瘤发生中的新作用，并提供了一种新的中间叶来源的垂体腺瘤小鼠模型	NA	探讨Cdk5在垂体肿瘤发生中的作用及其机制	Cdk5、Mcm2以及中间叶来源的垂体肿瘤	NA	垂体肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型和293T细胞系
67	2024-12-10	Massively parallel flow-cytometry-based screening of hematopoietic lineage cell populations from up to 25 donors simultaneously 2024-Nov-27, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2024.11.014 PMID:39608688	研究论文	本研究开发了一种方法，能够对来自多达25个供体的造血系细胞群体进行高维度和技术一致性的表面标记筛选	本研究提出了一种新的方法，能够在技术一致的情况下对数百万个细胞进行数百个标记的筛选，从而识别和表征稀有群体的变化	NA	开发一种方法，能够对造血系细胞进行高维度和技术一致性的表面标记筛选	造血系细胞的表面标记	数字病理学	NA	流式细胞术	机器学习算法	细胞	多达25个供体的造血系细胞群体
68	2024-12-10	Substrate Stiffness Dictates Unique Doxorubicin-induced Senescence-associated Secretory Phenotypes and Transcriptomic Signatures in Human Pulmonary Fibroblasts 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.18.623471 PMID:39605579	研究论文	研究了基质硬度对人类肺成纤维细胞中多柔比星诱导的衰老相关分泌表型和转录组特征的影响	首次揭示了基质硬度对细胞衰老和衰老相关分泌表型的影响，并识别了高硬度驱动的独特分泌蛋白谱和转录组特征	研究主要集中在体外实验和计算分析，缺乏体内实验验证	探讨基质硬度如何影响细胞衰老及其分泌表型	人类肺成纤维细胞	数字病理学	肺纤维化	质谱分析，单细胞RNA测序	NA	蛋白质，RNA	使用了IMR-90细胞系，并在不同硬度的基质上培养，样本数量未明确提及
69	2024-12-10	Liver X receptor unlinks intestinal regeneration and tumorigenesis 2024-Nov-20, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08247-6 PMID:39567700	研究论文	本文通过挖掘RNA测序数据和使用药理学、转录组学和遗传学工具，发现肝脏X受体（LXR）通路的激活在肠道损伤模型中调节肠道再生和肿瘤发生	首次揭示LXR通路在肠道再生和肿瘤发生之间的平衡作用，并证明LXR激活通过诱导Areg增强再生反应，同时抑制肿瘤生长	研究主要基于小鼠模型和人类结直肠癌样本，需要进一步验证在其他物种和癌症类型中的适用性	探讨LXR通路在肠道再生和肿瘤发生中的作用机制	肝脏X受体（LXR）通路在肠道上皮细胞中的功能及其对再生和肿瘤发生的影响	生物医学	结直肠癌	RNA测序	NA	RNA	两个肠道损伤模型的小鼠样本和人类结直肠癌样本
70	2024-12-10	Decoding Functional and Developmental Trajectories of Tissue-Resident Uterine Dendritic Cells Through Integrative Omics 2024-Nov-14, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5424920/v1 PMID:39606471	研究论文	本文通过综合组学方法解码了组织驻留的子宫树突状细胞的功能和发育轨迹	首次通过单细胞RNA测序和CITE-seq技术，揭示了子宫树突状细胞在不同月经周期和早期妊娠阶段的亚型及其功能角色	研究主要集中在子宫树突状细胞的功能和发育轨迹，未涉及其在疾病中的具体应用	揭示子宫树突状细胞的分子特征及其在人类子宫内膜中的特定作用	子宫树突状细胞及其在不同月经周期和早期妊娠阶段的亚型	NA	NA	单细胞RNA测序、CITE-seq	NA	RNA	涉及不同月经周期和早期妊娠阶段的子宫组织样本
71	2024-12-10	Single-cell spatial transcriptomics of fixed, paraffin-embedded biopsies reveals colitis-associated cell networks 2024-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.11.623014 PMID:39605355	研究论文	本文开发了一种用于分析固定石蜡包埋（FFPE）组织样本的单细胞空间转录组学（iSCST）框架，并应用于炎症性肠病（IBD）患者的临床FFPE黏膜活检样本	本文首次将iSCST技术应用于FFPE组织样本，并展示了其在识别和量化不同细胞亚群及疾病状态中的差异表达基因方面的优势	本文仅分析了57个FFPE黏膜活检样本，样本量相对较小，可能影响结果的普适性	开发一种适用于FFPE组织样本的单细胞空间转录组学框架，并应用于炎症性肠病患者的临床样本分析	炎症性肠病（IBD）患者的FFPE黏膜活检样本	数字病理学	炎症性肠病	单细胞空间转录组学（iSCST）	NA	转录组数据	57个FFPE黏膜活检样本，包括9个非IBD对照组和11个溃疡性结肠炎患者
72	2024-12-10	The Risk Genes S1PR5, CMC1, and ASAH1 as Potential Targets for the Diagnosis, Immunotherapy, and Treatment of Colon Adenocarcinoma by Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Analysis 2024-11-07, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673331144241009082052 PMID:39513308	研究论文	本研究利用单细胞和批量RNA测序数据构建了一个新的免疫细胞功能风险模型，用于预测结肠腺癌的预后和免疫治疗效果	本研究首次提出了S1PR5、CMC1和ASAH1作为结肠腺癌的新型治疗靶点，并通过单细胞和批量RNA测序数据验证了其潜在的临床应用价值	本研究仅在特定的数据集和临床队列中验证了模型的有效性，未来需要在更多独立队列中进行验证	开发新的风险模型以预测结肠腺癌的预后和免疫治疗效果，并发现新的治疗靶点	结肠腺癌患者的预后和免疫治疗效果	数字病理学	结肠腺癌	单细胞RNA测序和批量RNA测序	Lasso回归分析	RNA测序数据	使用了来自Tumour Immune Single Cell Hub数据库的COAD单细胞数据集GSE146771，并在多个独立队列中进行了验证
73	2024-12-09	Central and peripheral kynurenine pathway metabolites in COVID-19: Implications for neurological and immunological responses 2024-Nov-29, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2024.11.031 PMID:39615604	研究论文	研究了COVID-19患者中枢和外周色氨酸代谢途径代谢物及其对神经和免疫反应的影响	首次发现COVID-19患者中枢神经系统中色氨酸代谢物水平升高，并提出阻断外周至中枢色氨酸转运可能是一种保护策略	样本量较小，仅限于瑞典的COVID-19患者和非炎症性神经系统疾病对照组	探讨COVID-19患者中枢和外周色氨酸代谢途径代谢物与神经和免疫反应的关系	COVID-19患者和非炎症性神经系统疾病对照组的中枢和外周色氨酸代谢途径代谢物	NA	COVID-19	超高效液相色谱-串联质谱系统（UPLC-MS/MS）	NA	代谢物水平	53名COVID-19患者和12名非炎症性神经系统疾病对照组
74	2024-12-09	IFN-γ-induced Th1-Treg polarization in inflamed brains limits exacerbation of experimental autoimmune encephalomyelitis 2024-Nov-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2401692121 PMID:39560646	研究论文	研究探讨了IFN-γ在实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）中诱导Th1-Treg极化的作用	首次揭示了IFN-γ在EAE中诱导Tregs向Th1-Tregs极化的关键作用	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类疾病	探讨IFN-γ在EAE中的作用及其对Tregs极化的影响	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）中的Tregs和IFN-γ	NA	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
75	2024-12-09	Single-Cell Analysis Reveals Novel Immune Perturbations in Fibrotic Hypersensitivity Pneumonitis 2024-Nov-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202401-0078OC PMID:38924775	研究论文	通过单细胞RNA测序分析纤维化过敏性肺炎中的免疫异常	揭示了纤维化过敏性肺炎中未被描述的GZM细胞毒性CD4和CD8 T细胞的增加，以及S100A和CCL3/CCL4经典单核细胞的增加	NA	阐明纤维化过敏性肺炎中的免疫异常	纤维化过敏性肺炎、特发性肺纤维化、非纤维化过敏性肺炎和健康对照组的外周血单核细胞和BAL细胞	数字病理学	肺病	单细胞5' RNA测序	NA	RNA	110名患者和对照组的外周血单核细胞，19名患者的BAL细胞
76	2024-12-09	Upregulation of multiple key molecules is correlated with poor prognosis and immune infiltrates in hepatocellular carcinoma by bulk and single-cell RNA-seq 2024-Nov-12, Aging DOI:10.18632/aging.206151 PMID:39537209	研究论文	本研究通过bulk和单细胞RNA测序分析了肝细胞癌中多个关键分子的上调与不良预后及免疫浸润的关系	首次通过单细胞测序详细分析了不同细胞类型中关键基因的表达，并建立了基于关键基因的肝癌预后模型	研究仅基于TCGA数据集，可能存在样本偏倚	构建一个基于多个关键基因的肝细胞癌预后预测模型	肝细胞癌患者的关键基因表达及预后	数字病理学	肝癌	RNA测序	LASSO回归模型	RNA表达数据	TCGA提供的RNA表达和临床数据
77	2024-12-09	Establishment of a conditionally reprogrammed primary eccrine sweat gland culture for evaluation of tissue-specific CFTR function 2024-Nov, Journal of cystic fibrosis : official journal of the European Cystic Fibrosis Society IF:5.4Q1 DOI:10.1016/j.jcf.2024.06.013 PMID:38969603	研究论文	本文建立了一种条件重编程的汗腺原代培养技术，用于评估组织特异性CFTR功能	首次报道了条件重编程和单细胞RNA测序在微解剖汗腺中的应用	NA	研究汗腺中的离子转运功能，评估CFTR调节剂的疗效并探索基因型-表型异质性	汗腺和鼻上皮细胞	数字病理学	囊性纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自非囊性纤维化皮肤捐赠者的汗腺，以及来自两名囊性纤维化患者的鼻上皮细胞和汗腺
78	2024-12-09	Definition of regulatory elements and transcription factors controlling porcine immune cell gene expression at single cell resolution using single nucleus ATAC-seq 2024-Nov, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110944 PMID:39326643	研究论文	研究使用单核ATAC测序技术定义了猪免疫细胞基因表达调控元件和转录因子	首次在单细胞分辨率下研究猪外周血单核细胞的染色质开放景观，并识别了调控元件和转录因子	研究仅限于猪的外周血单核细胞，未涵盖其他细胞类型或物种	揭示猪免疫细胞基因表达的顺式调控机制	猪外周血单核细胞的染色质开放景观和转录因子	基因组学	NA	单核ATAC测序（snATAC-seq）	NA	基因组数据	猪外周血单核细胞
79	2024-12-09	Methionine restriction reduced growth performance and exacerbated lipid deposition in hybrid grouper (Epinephelus fuscoguttatus ♀ × E. lanceolatus ♂) under high-lipid diets by suppressing the lipid degradation pathways with the single-cell RNA-seq analysis 2024-Nov, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110960 PMID:39536957	研究论文	研究了在高脂饮食下，甲硫氨酸限制对杂交石斑鱼（Epinephelus fuscoguttatus ♀ × ♂ E. lanceolatus）肝脏中脂质沉积的影响	通过单细胞RNA测序分析，揭示了甲硫氨酸限制抑制脂质降解途径，导致脂质沉积增加	NA	探讨甲硫氨酸限制对杂交石斑鱼在高脂饮食下生长性能和脂质沉积的影响	杂交石斑鱼（Epinephelus fuscoguttatus ♀ × ♂ E. lanceolatus）的肝脏	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及九种细胞类型
80	2024-12-08	Identification of PANoptosis-based signature for predicting the prognosis and immunotherapy response in AML 2024-Nov-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e40267 PMID:39634422	研究论文	本研究通过筛选PANoptosis相关基因，建立了PANoptosis风险特征，用于预测急性髓系白血病（AML）的预后和免疫治疗反应	首次探索了基于PANoptosis特征在AML中的作用，并验证了其作为独立预后因子的有效性	NA	建立和验证基于PANoptosis的风险特征，以预测AML患者的生存和免疫治疗反应	急性髓系白血病（AML）患者的预后和免疫治疗反应	数字病理学	白血病	LASSO回归分析、Cox回归分析、分子对接、分子动力学模拟	NA	RNA测序数据	使用了TCGA、bulk RNA测序和单细胞测序的数据