单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-05-19	C/EBPβ-dependent autophagy inhibition hinders NK cell function in cancer 2024-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54355-2 PMID:39609420	研究论文	该研究揭示了自噬在NK细胞抗肿瘤功能中的核心调控作用，并提出了通过调节自噬增强NK细胞免疫疗法的新策略	首次将自噬识别为NK细胞内的一个细胞内检查点，并证明通过基因和药物激活自噬可以改善NK细胞的效应和细胞毒功能	研究主要基于前列腺癌模型和小鼠实验，结果在人类其他癌症类型中的普适性需要进一步验证	探索癌症如何使NK细胞功能失调以及如何克服这种抵抗，以增强基于NK细胞的免疫治疗效果	NK细胞（自然杀伤细胞）及其在肿瘤微环境中的功能变化	免疫肿瘤学	前列腺癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）、流式细胞术	NA	基因表达数据、流式细胞数据	晚期人类前列腺癌患者的肿瘤浸润和非肿瘤NK细胞，以及多种小鼠癌症模型
62	2025-05-19	Transcription factors ASCL1 and OLIG2 drive glioblastoma initiation and co-regulate tumor cell types and migration 2024-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54750-9 PMID:39609428	研究论文	研究探讨了转录因子ASCL1和OLIG2在胶质母细胞瘤（GBM）起始过程中的作用及其对肿瘤细胞类型和迁移的共调控	揭示了ASCL1和OLIG2在GBM形成中的冗余功能及其通过相互结合和调控下游靶基因决定肿瘤细胞类型和迁移程度的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类GBM中的适用性尚需进一步验证	探究ASCL1和OLIG2在GBM起始和肿瘤细胞异质性调控中的作用	胶质母细胞瘤（GBM）细胞和小鼠模型中的SVZ祖细胞	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠GBM模型	基因表达数据	NA
63	2025-05-17	Granzyme K+CD8+ T cells interact with fibroblasts to promote neutrophilic inflammation in nasal polyps 2024-11-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54685-1 PMID:39614076	research paper	该研究揭示了在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中，GZMK+CD8+ T细胞与成纤维细胞的相互作用如何促进中性粒细胞炎症	首次发现GZMK+CD8+ T细胞通过CXCR4/CXCL12轴与成纤维细胞互作，特异性地促进中性粒细胞趋化因子的产生	研究主要聚焦于CRSwNP，其他炎症性疾病中的类似机制需要进一步验证	阐明CRSwNP中中性粒细胞炎症的分子机制	慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者的组织样本	免疫学	慢性鼻窦炎	单细胞分析、空间转录组学、T细胞受体测序	NA	基因表达数据、空间转录组数据	未明确说明样本数量，使用CRSwNP患者组织样本
64	2025-05-17	COVID-19 progression and convalescence in common variable immunodeficiency patients show dysregulated adaptive immune responses and persistent type I interferon and inflammasome activation 2024-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54732-x PMID:39609471	研究论文	研究常见变异型免疫缺陷病（CVID）患者在COVID-19病程和恢复期间的适应性免疫反应失调以及持续的I型干扰素和炎症小体激活	首次使用单细胞RNA测序和光谱流式细胞术分析CVID患者在SARS-CoV-2感染前、期间和恢复后的外周血样本，揭示了持续的I型干扰素特征和适应性免疫改变	研究样本量未明确说明，可能限制结果的普遍性	探究CVID患者长期病毒感染对免疫反应的影响	常见变异型免疫缺陷病（CVID）患者	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq），光谱流式细胞术	NA	外周血样本	NA
65	2025-05-17	A single-cell transcriptomic census of mammalian olfactory epithelium aging 2024-11-18, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.07.020 PMID:39173624	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术对年轻和老年小鼠嗅觉上皮进行了分析，鉴定了与衰老相关的差异表达基因	首次在单细胞分辨率下揭示了嗅觉上皮衰老的细胞和分子框架，并识别了Egr1和Cebpb作为转录网络的核心调控因子	研究仅基于小鼠模型，人类嗅觉上皮衰老的机制可能有所不同	探究哺乳动物嗅觉上皮衰老的细胞和分子机制	年轻和老年小鼠的嗅觉上皮细胞	单细胞转录组学	嗅觉功能障碍	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	年轻和老年小鼠的嗅觉上皮细胞（未明确具体数量）
66	2025-05-17	Long-Term Follow-up of Levonorgestrel Intrauterine Device for Atypical Hyperplasia and Early Endometrial Cancer Reveals Relapse Characterized by Immune Exhaustion 2024-Nov-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-0362 PMID:38922360	研究论文	研究左炔诺孕酮宫内节育器(LIUD)治疗非典型增生(AH)和早期子宫内膜癌(EEC)的长期随访结果，发现复发与免疫耗竭相关	首次使用空间转录组学(Nanostring GeoMX数字空间分析)结合计算机细胞类型反卷积和通路分析，揭示了LIUD治疗后的免疫机制变化	样本量较小(仅5名患者的纵向活检样本)，可能影响结果的普遍性	评估LIUD治疗AH/G1EEC的长期效果并探究复发机制	子宫内膜非典型增生(AH)和1级子宫内膜样腺癌(G1EEC)患者	数字病理学	子宫内膜癌	空间转录组学(Nanostring GeoMX数字空间分析)，计算机细胞类型反卷积	NA	转录组数据，临床随访数据	43名初始响应患者中的41名随访数据，其中5名患者的纵向活检样本
67	2025-05-17	Endoluminal Biopsy for Vein of Galen Malformation 2024-Nov-01, Neurosurgery IF:3.9Q1 DOI:10.1227/neu.0000000000002986 PMID:38747605	研究论文	本研究探讨了使用腔内组织取样（ETS）对Galen静脉畸形（VOGM）进行原位分析的可行性及其在理解VOGM遗传学、发病机制和维护方面的潜在价值	首次应用ETS技术对VOGM病变进行原位分析，结合单细胞RNA测序技术，揭示了VOGM内皮细胞的转录组特征	样本量较小（6名患者），且未进行DNA测序以评估体细胞和第二击突变	开发VOGM的分子遗传学分类方案，并为个性化药物治疗或基因治疗提供依据	Galen静脉畸形（VOGM）患者及其家族成员	数字病理	脑血管疾病	单细胞RNA测序，腔内组织取样（ETS）	NA	RNA测序数据	6名患者，共进行10次ETS操作
68	2025-05-16	Augmenting antitumor efficacy of Th17-derived Th1 cells through IFN-γ-induced type I interferon response network via IRF7 2024-Nov-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2412120121 PMID:39541355	research paper	该研究探讨了Th17来源的Th1细胞通过IFN-γ诱导的I型干扰素反应网络增强抗肿瘤效果的机制	揭示了Th1细胞在肿瘤微环境中的分化轨迹及其通过IFN-γ上调IRF7促进I型干扰素反应网络的机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索CD4 T细胞亚群在癌症免疫治疗中的作用机制	Th17来源的Th1细胞及其抗肿瘤反应	免疫学	实体恶性肿瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
69	2025-05-15	Monocyte Invasion into the Retina Restricts the Regeneration of Neurons from Müller Glia 2024-Nov-13, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0938-24.2024 PMID:39353729	research paper	研究探讨了单核细胞侵入视网膜如何限制Müller胶质细胞再生神经元的能力	揭示了外周免疫系统反应作为中枢神经系统再生障碍的新机制，并发现Osteopontin信号轴在抑制哺乳动物神经发生中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他哺乳动物模型	探索视网膜神经元再生的障碍因素及潜在治疗策略	Müller胶质细胞和单核细胞	神经科学	视网膜疾病	scRNA-seq分析	CCR2敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明，但使用了两种性别的CCR2敲除小鼠
70	2025-05-14	Single-cell eQTL mapping in yeast reveals a tradeoff between growth and reproduction 2024-Nov-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.07.570640 PMID:38106186	研究论文	通过单细胞RNA测序技术在酵母中绘制eQTL图谱，揭示了生长与繁殖之间的权衡关系	开发了一种单细胞RNA测序方法，用于在酵母中绘制eQTL图谱，并揭示了基因变异对基因表达和下游性状的精细影响	研究仅限于酵母，可能无法直接推广到其他生物系统	探究基因变异如何通过影响基因表达进而影响生物性状	酵母单细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞基因表达数据	超过100,000个单细胞，来自三个杂交系
71	2025-05-12	scMitoMut for calling mitochondrial lineage-related mutations in single cells 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf072 PMID:40036721	研究论文	介绍了一个名为scMitoMut的R包，用于在单细胞水平准确识别与线粒体谱系相关的突变	利用基于beta-二项分布的统计方法为每个突变分配质量q值，提高了谱系相关突变检测的敏感性和精确度	未提及具体的局限性	开发一个高效的工具，用于单细胞测序中线粒体DNA突变的检测，以促进细胞谱系追踪	线粒体DNA（mtDNA）	生物信息学	结直肠癌	单细胞DNA测序、scATAC测序、10× Genomics单细胞多组学测序	NA	单细胞测序数据	混合细胞系群体、人类结直肠癌scATAC数据集、血液或脑组织细胞
72	2025-05-11	Multi-omics analyses and machine learning prediction of oviductal responses in the presence of gametes and embryos 2024-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.13.598905 PMID:38915688	研究论文	通过多组学分析和机器学习预测，研究输卵管在配子和胚胎存在下的适应性反应	结合bulk RNA-seq、scRNA-seq和蛋白质组学数据，开发了一种基于transformer的新型机器学习模型，整合转录组学和蛋白质组学数据预测转录因子对蛋白质丰度的影响	研究主要基于小鼠模型，与人类输卵管炎症反应的比较数据有限	阐明输卵管与配子/胚胎之间的适应性相互作用机制	小鼠输卵管组织及输卵管液	生物信息学	NA	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 蛋白质组学	transformer	RNA-seq数据, 蛋白质组数据	不同交配后时间点(0.5/1.5/2.5 dpc)的小鼠远端和近端输卵管组织
73	2025-05-10	cfDiffusion: diffusion-based efficient generation of high quality scRNA-seq data with classifier-free guidance 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf071 PMID:39987461	research paper	提出了一种基于扩散模型的新方法cfDiffusion，用于高效生成高质量的单细胞RNA测序数据	结合了Classifier-Free Guidance和高层次特征缓存机制，显著降低了模型开发的训练成本，并提高了生成多属性单细胞数据的表达能力和效率	推理时间仍比scDiffusion长	解决单细胞RNA测序数据模拟中数据分布预定义和多属性细胞模拟的问题	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	diffusion models	gene expression data	多组测序平台的数据集
74	2025-05-10	Lamination-based organoid spatially resolved transcriptomics technique for primary lung and liver organoid characterization 2024-Nov-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2408939121 PMID:39514315	research paper	介绍了一种基于层压的类器官空间转录组学技术（LOSRT），用于原代肺和肝脏类器官的表征	开发了一种新的空间转录组学技术LOSRT，适用于原代组织来源的类器官，解决了标准化组织切片方法不适用的问题	尚未证明该技术在其他类型类器官中的适用性	开发一种自动化、集成的空间转录组学方法，用于原代组织来源类器官的表征	原代小鼠肺和肝脏来源的类器官	digital pathology	NA	spatial transcriptomics, droplet-engineering method	NA	spatial transcriptomic data	原代小鼠肺和肝脏来源的类器官
75	2025-05-08	Deconvolution of spatial transcriptomics data via graph contrastive learning and partial least square regression 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf052 PMID:39924717	研究论文	提出了一种基于图对比学习和偏最小二乘回归的方法CLPLS，用于解卷积空间转录组数据	CLPLS能够整合空间转录组数据和单细胞多组学数据，探索空间表观基因组异质性	未明确提及具体局限性	提高空间转录组数据的解卷积精度，揭示组织内细胞异质性的空间结构	空间转录组数据和单细胞多组学数据	生物信息学	NA	空间转录组测序、单细胞多组学测序	图对比学习、偏最小二乘回归	基因表达数据、染色质可及性数据	模拟数据集和来自不同平台的真实数据集
76	2025-05-07	Cell-type deconvolution for bulk RNA-seq data using single-cell reference: a comparative analysis and recommendation guideline 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf031 PMID:39899596	研究论文	本文通过系统评估九种基于单细胞RNA测序数据的反卷积方法，提出了在不同场景下选择合适方法的推荐指南	首次系统比较了多种基于单细胞RNA测序数据的反卷积方法，并提出了实用推荐指南	研究仅评估了九种方法，可能未涵盖所有现有方法	评估和比较基于单细胞RNA测序数据的反卷积方法在组织细胞类型比例估计中的准确性和鲁棒性	九种反卷积方法和五组单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，流式细胞术	NA	RNA测序数据	五组单细胞RNA测序数据集和真实批量数据
77	2025-05-04	scMMAE: masked cross-attention network for single-cell multimodal omics fusion to enhance unimodal omics 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf010 PMID:39851073	研究论文	提出了一种名为scMMAE的新型框架，通过掩码自编码器和交叉注意力机制融合单细胞多组学数据，以增强单组学分析	scMMAE不仅关注不同组学间的对齐，还捕捉每种组学的独特信息，并将多组学知识迁移到单组学分析中	NA	开发计算方法来整合单细胞多组学数据并提升单组学分析性能	单细胞转录组学和蛋白质组学数据	生物信息学	NA	单细胞多组学分析	掩码自编码器（masked autoencoder）与交叉注意力机制（cross-attention）	单细胞转录组和蛋白质组数据	多个单细胞队列数据（具体数量未明确说明）
78	2025-05-04	Complex hierarchical structures analysis in single-cell data with Poincaré deep manifold transformation 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae687 PMID:39851075	研究论文	提出了一种名为PoincaréDMT的方法，用于在单细胞RNA测序数据中分析复杂的层次结构	通过将高维scRNA-seq数据映射到双曲Poincaré盘，结合图拉普拉斯矩阵和结构模块，实现了全局和局部结构的保留与校正，并整合批次图减轻批次效应	未明确提及具体局限性	解决scRNA-seq数据分析中结构保留不完整和嵌入高失真等问题，有效建模多分支复杂细胞轨迹	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	PoincaréDMT	基因表达数据	模拟和真实scRNA-seq数据集
79	2025-05-03	Explainable deep neural networks for predicting sample phenotypes from single-cell transcriptomics 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae673 PMID:39814561	研究论文	开发了一个名为singleDeep的端到端流程，用于通过训练深度神经网络分析和分类单细胞RNA测序数据，以预测样本表型	提出了singleDeep，一个针对单细胞RNA测序数据优化的新型分类算法，能够提供样本表型的稳健预测和特征描述，并在诊断性能上优于传统机器学习方法和替代单细胞方法	未明确提及具体局限性，但暗示现有单细胞分析方法在可用性方面存在不足	开发适用于单细胞RNA测序数据的分类算法，用于精准医学应用中的样本表型预测	单细胞RNA测序数据	机器学习	系统性红斑狼疮, 阿尔茨海默病, 新冠肺炎	scRNA-Seq	深度神经网络	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及多种疾病条件下的数据集
80	2025-05-03	scGO: interpretable deep neural network for cell status annotation and disease diagnosis 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf018 PMID:39820437	research paper	介绍了一种名为scGO的深度学习框架，用于单细胞RNA测序数据的可解释性细胞状态注释和疾病诊断	scGO利用稀疏神经网络和基因本体论（GO）的内在生物学关系，提高了可解释性并降低了计算成本	未明确提及具体局限性	开发一种可解释的深度学习模型，用于细胞状态注释和疾病诊断	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	deep neural network	RNA sequencing data	多种scRNA-seq数据集