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当前共找到 578 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-10-06 |
A New Graph Autoencoder-Based Multi-Level Kernel Subspace Fusion Framework for Single-Cell Type Identification
2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3459960
PMID:39264790
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研究论文 | 提出了一种基于图自编码器的多级核子空间融合框架scGAMF，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别 | 首次将深度特征嵌入和核空间分析统一到单一框架中，通过多级核空间融合策略充分挖掘细胞间深层潜在关系 | 未明确说明方法在特定细胞类型或组织中的适用性限制 | 开发更准确的单细胞聚类方法用于细胞类型识别 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图自编码器(GAE), 谱聚类 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 62 | 2025-10-06 |
Using Multi-Encoder Semi-Implicit Graph Variational Autoencoder to Analyze Single-Cell RNA Sequencing Data
2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3458170
PMID:39255084
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研究论文 | 提出一种基于变分图自编码器和图注意力网络的多编码器半隐式图变分自编码器(MSVGAE)，用于分析单细胞RNA测序数据 | 引入多编码器学习不同尺度特征并控制非信息特征，通过添加不同噪声促进图结构信息和分布不确定性的传播 | NA | 解决单细胞RNA测序数据高维度和高稀疏性分析难题 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分图自编码器,图注意力网络 | 基因表达数据 | 24个模拟数据集和8个真实数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 63 | 2025-10-06 |
Discriminative Domain Adaption Network for Simultaneously Removing Batch Effects and Annotating Cell Types in Single-Cell RNA-Seq
2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3487574
PMID:39471116
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研究论文 | 提出一种判别性域适应网络，用于同时消除单细胞RNA测序中的批次效应和注释细胞类型 | 结合对抗域适应策略、对比损失、类中心语义对齐和自步学习机制，实现全局分布匹配和判别性特征表示 | NA | 开发同时消除批次效应和注释细胞类型的计算方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 判别性域适应网络(D2AN) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 64 | 2025-10-06 |
Joint representation and visualization of derailed cell states with Decipher
2024-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.11.566719
PMID:38014231
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研究论文 | 本文提出了一种名为Decipher的深度生成模型，用于整合单细胞基因组学数据并表征细胞状态从正常到异常的转变 | 开发了能够联合建模和可视化正常与扰动条件下单细胞RNA-seq数据的深度生成模型，揭示共享和破坏的细胞动态 | NA | 开发计算工具以整合跨条件的单细胞基因组学数据并表征异常细胞状态轨迹 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 胰腺炎、急性髓系白血病、胃癌 | 单细胞RNA测序 | 深度生成模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 65 | 2025-10-06 |
Chemokine expression profile of an innate granuloma
2024-Nov-14, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.96425
PMID:39541153
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析先天免疫肉芽肿形成过程中趋化因子的时空表达特征 | 首次利用空间转录组学技术揭示先天免疫肉芽肿形成过程中CC和CXC趋化因子及其受体的动态时空表达谱 | 研究仅基于小鼠感染模型，尚未在人类样本中验证 | 阐明指导免疫细胞形成肉芽肿特殊层次的趋化因子机制 | 小鼠肝脏先天免疫肉芽肿模型 | 空间转录组学 | 感染性疾病 | 空间转录组学 | 小鼠感染模型 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 66 | 2025-10-06 |
Single-cell eQTL mapping in yeast reveals a tradeoff between growth and reproduction
2024-Nov-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.07.570640
PMID:38106186
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研究论文 | 本研究开发了一种单细胞eQTL定位方法，在酵母中揭示了生长与繁殖之间的权衡关系 | 开发了'一锅法'单细胞eQTL定位方法，首次在单细胞水平系统识别eQTL与细胞周期阶段的互作效应 | 研究仅限于酵母模型，尚未在更复杂生物系统中验证 | 探索遗传变异在单细胞水平对基因表达和性状影响的精细机制 | 酵母单细胞 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | eQTL定位模型 | 单细胞基因表达数据 | 超过100,000个单细胞，来自三个杂交组合 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 67 | 2025-10-06 |
Gastroduodenal injury and repair mechanisms
2024-Nov-01, Current opinion in gastroenterology
IF:2.6Q2
DOI:10.1097/MOG.0000000000001049
PMID:38935320
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综述 | 本文综述了胃十二指肠黏膜损伤与修复机制的最新研究进展 | 揭示了成熟上皮细胞或定向干细胞去分化、重编程、增殖和再生黏膜的新机制，以及腺病毒疗法、植物基化合物递送系统和RNA技术在黏膜修复中的应用 | 关于急性浅表性病变的研究在过去一年中较为稀疏 | 探讨胃十二指肠黏膜损伤后的修复机制 | 胃十二指肠黏膜组织 | NA | 胃十二指肠疾病 | 单细胞RNA测序, 腺病毒疗法, 纳米颗粒技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 68 | 2025-10-06 |
Construction of a Prognostic Model for Mitochondria and Macrophage Polarization Correlation in Glioma Based on Single-Cell and Transcriptome Sequencing
2024-11, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.70083
PMID:39491527
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研究论文 | 基于单细胞和转录组测序构建胶质瘤中线粒体与巨噬细胞极化相关性的预后模型 | 首次整合线粒体相关基因和巨噬细胞极化相关基因构建胶质瘤预后模型，并通过单细胞RNA测序在细胞水平验证基因表达 | 研究基于生物信息学分析，需要进一步实验验证 | 探讨线粒体相关基因和巨噬细胞极化相关基因与胶质瘤预后的关系 | 胶质瘤患者数据集和组织样本 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序,转录组测序,WGCNA | 风险模型,列线图 | 基因表达数据 | 多个胶质瘤数据集(TCGA-GBMLGG, mRNA-seq-325, mRNA-seq-693, GSE16011, GSE4290, GSE138794) | NA | 单细胞RNA测序,转录组测序 | NA | NA |
| 69 | 2025-10-06 |
Identification of transcriptional signature change and critical transcription factors involved during the differentiation of mouse trophoblast stem cell into maternal blood vessel associated trophoblast giant cell
2024-11, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111359
PMID:39179089
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研究论文 | 本研究通过RNA测序分析小鼠滋养层干细胞分化为滋养层巨细胞过程中的转录特征变化，并识别关键转录因子 | 首次发现体外分化的滋养层巨细胞与体内母体血管相关滋养层巨细胞亚型的相似性，并鉴定出ZMAT1、EGR1和MITF等关键转录因子 | 研究仅基于小鼠模型，人类胎盘可能存在差异；体外分化系统可能无法完全模拟体内复杂环境 | 探究滋养层干细胞分化为滋养层巨细胞的分子机制及其与胎盘功能的关系 | 小鼠滋养层干细胞和分化的滋养层巨细胞 | 发育生物学 | 胎盘功能相关疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 小鼠滋养层干细胞和分化细胞 | NA | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 70 | 2025-10-06 |
A prognostic biomarker of disulfidptosis constructed by machine learning framework model as potential reporters of pancreatic adenocarcinoma
2024-11, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111371
PMID:39209222
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研究论文 | 通过机器学习框架构建二硫死亡相关预后生物标志物，探索其在胰腺腺癌中的免疫浸润和治疗潜力 | 首次将新发现的细胞死亡方式二硫死亡与胰腺腺癌预后模型结合，并验证MET基因在二硫死亡中的作用机制 | 样本量较小（仅16个单细胞样本），需要更多独立队列验证模型的普适性 | 构建胰腺腺癌的二硫死亡相关预后生物标志物并探索其临床意义 | 胰腺腺癌患者样本和细胞系 | 机器学习 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序，LASSO回归，WGCNA分析，细胞实验 | LASSO回归，机器学习框架模型 | 单细胞RNA测序数据，基因表达数据 | 16个PAAD样本（GSE154778数据集）+ TCGA-PAAD数据库样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 71 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomics of Human Tonsils Reveals Nicotine Enhances HIV-1-Induced NLRP3 Inflammasome and Mitochondrial Activation
2024-11-20, Viruses
DOI:10.3390/v16111797
PMID:39599911
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研究论文 | 通过人类扁桃体单细胞转录组学研究尼古丁增强HIV-1诱导的NLRP3炎症小体和线粒体激活机制 | 首次在人类扁桃体组织模型中揭示HIV-1感染与尼古丁暴露的协同作用机制，重点关注NLRP3炎症小体激活和线粒体功能 | 研究基于体外扁桃体组织模型，可能无法完全反映体内复杂免疫环境 | 探究HIV-1感染与尼古丁暴露对免疫细胞功能的协同影响机制 | 人类扁桃体组织外植体 | 单细胞组学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序，基因集富集分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类扁桃体外植体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 72 | 2025-10-06 |
Exposure to BaA inhibits trophoblast cell invasion and induces miscarriage by regulating the DEC1/ARHGAP5 axis and promoting ubiquitination-mediated degradation of MMP2
2024-11-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.135594
PMID:39191013
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研究论文 | 本研究揭示了苯并[a]蒽通过调控DEC1/ARHGAP5轴和促进MMP2泛素化降解抑制滋养层细胞侵袭导致流产的机制 | 首次发现BaA通过表观遗传调控DEC1表达并鉴定ARHGAP5为DEC1直接靶基因，同时揭示BaA通过AhR激活MID1介导的MMP2泛素化降解新机制 | 研究主要基于细胞和小鼠模型，人类样本验证仍需扩大样本量 | 探究BaA暴露导致复发性流产的分子机制 | 人绒毛外滋养层细胞(EVTs)和小鼠模型 | 生殖毒理学 | 复发性流产 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 甲基化分析 | NA | 基因表达数据, 测序数据 | 人类绒毛组织和原代滋养层细胞，小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 73 | 2025-10-06 |
Transcriptome Assembly at Single-Cell Resolution with Beaver
2024-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.04.621958
PMID:39574665
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研究论文 | 本文提出了一种名为Beaver的单细胞特异性转录本组装工具，用于短读长单细胞RNA测序数据 | 设计了转录本片段图结构，开发了高效的动态规划算法，并整合了两个基于51个精心设计特征的随机森林模型来准确估计候选转录本在单个细胞中表达的可能性 | 仅针对短读长scRNA-seq数据设计，未验证在其他单细胞测序技术上的表现 | 开发能够在单细胞分辨率下准确重建全长转录本的组装方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机森林, 动态规划算法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | Smart-seq3 | Smart-seq3单细胞RNA测序技术 |
| 74 | 2025-10-06 |
OneSC: a computational platform for recapitulating cell state transitions
2024-11-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae703
PMID:39570626
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研究论文 | 本研究开发了一个名为OneSC的计算平台，用于模拟细胞状态转换过程 | 提出了一种基于随机微分方程系统和核心转录因子调控网络的细胞状态转换模拟方法，优先生成能够产生忠实细胞状态转换的布尔网络 | NA | 开发计算模型以在计算机中模拟细胞状态转换过程 | 小鼠骨髓祖细胞及其分化轨迹 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机微分方程系统、布尔网络 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 75 | 2025-10-06 |
Human single cell RNA-sequencing reveals a targetable CD8+ exhausted T cell population that maintains mouse low-grade glioma growth
2024-11-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54569-4
PMID:39609412
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序发现CD8+耗竭T细胞在低级别胶质瘤中维持肿瘤生长的特殊功能 | 首次揭示CD8+耗竭T细胞在低级别胶质瘤中作为肿瘤生长调节因子的新功能，而非传统认知的细胞毒性效应 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限 | 探究低级别胶质瘤中T细胞的功能特性和免疫治疗机制 | 人类和小鼠的低级别胶质瘤组织样本 | 数字病理学 | 脑胶质瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个单细胞RNA测序数据集和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 76 | 2025-10-06 |
Endogenous antigens shape the transcriptome and TCR repertoire in an autoimmune arthritis model
2024-Nov-26, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI174647
PMID:39589811
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示了内源性抗原如何影响自身免疫性关节炎模型中T细胞的转录组和TCR受体库 | 首次在Zap70信号缺陷的自身免疫性关节炎模型中，结合单细胞RNA测序和TCR测序，揭示了内源性逆转录病毒通过超抗原反应破坏外周耐受的新机制 | 研究仅使用SKG小鼠模型，结果在人类疾病中的适用性需要进一步验证 | 探究信号通路缺陷条件下致病性自身反应性CD4+ T细胞的发育和活化机制 | BALB/c-Zap70*W163C (SKG)小鼠中高度致关节炎的初始CD4+ T细胞亚群 | 免疫学 | 自身免疫性关节炎 | bulk RNA-Seq, 单细胞RNA测序, 单细胞T细胞受体测序 | NA | 基因表达数据, TCR序列数据 | SKG小鼠和野生型小鼠的CD4+ T细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞TCR测序 | NA | NA |
| 77 | 2025-10-06 |
Cell-specific priors rescue differential gene expression in spatial spot-based technologies
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae621
PMID:39679437
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研究论文 | 本研究评估了传统差异表达基因分析方法在空间转录组数据中的适用性，并提出了一种基于细胞类型特异性先验知识的改进方案 | 开发了空间转录组数据模拟器验证传统DEG方法的局限性，并提出基于细胞特异性先验的简单基因选择方案，显著提高了DEG识别的准确性 | 研究主要基于计算机模拟数据，需要在实际生物样本中进一步验证方法的有效性 | 评估和改进空间转录组数据中差异表达基因的分析方法 | 空间转录组数据，特别是基于spot的技术平台如Visium产生的数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | 计算机模拟器，基因选择算法 | 基因表达数据，空间位置信息 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | 10x Visium | 基于spot的空间转录组技术平台 |
| 78 | 2025-10-06 |
ETV2 transcriptionally activates Rig1 gene expression and promotes reprogramming of the endothelial lineage
2024-11-19, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-78115-w
PMID:39562637
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研究论文 | 本研究揭示了ETV2通过直接激活Rig1基因表达促进成纤维细胞重编程为内皮细胞的分子机制 | 首次发现ETV2是Rig1基因的直接上游激活因子，并证明RIG1和NFκB1在ETV2介导的内皮细胞重编程中的关键作用 | 研究主要基于小鼠胚胎成纤维细胞，在人类细胞中的适用性需要进一步验证 | 阐明ETV2介导的细胞重编程分子机制 | 小鼠胚胎成纤维细胞(MEFs)和内皮细胞 | 细胞重编程 | 缺血性心脏病 | 单细胞RNA测序, ChIP-seq, 电泳迁移率实验, 转录分析, shRNA敲低 | NA | 基因表达数据, 蛋白质-DNA相互作用数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 79 | 2025-10-06 |
PRMT5/WDR77 Enhances the Proliferation of Squamous Cell Carcinoma via the ΔNp63α-p21 Axis
2024-Nov-11, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16223789
PMID:39594744
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研究论文 | 本研究揭示了PRMT5和WDR77通过ΔNp63α-p21轴协同促进鳞状细胞癌增殖的新机制 | 首次发现PRMT5和WDR77通过稳定ΔNp63α蛋白并抑制p21来协同促进鳞状细胞癌增殖 | 鳞状细胞癌中PRMT5的具体作用机制仍需进一步探索 | 探究PRMT5在鳞状细胞癌增殖中的作用机制 | 鳞状细胞癌患者数据、细胞系和体内小鼠模型 | 癌症生物学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA-seq, RT-qPCR, Western blot, MTT检测, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 细胞增殖数据 | TCGA和DepMap数据库中的鳞状细胞癌患者数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 80 | 2025-10-06 |
scDOT: optimal transport for mapping senescent cells in spatial transcriptomics
2024-Nov-08, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03426-0
PMID:39516853
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研究论文 | 开发了scDOT方法，结合空间转录组学和单细胞RNA测序来重建单细胞分辨率空间图谱并识别衰老细胞 | 整合最优传输和表达反卷积来学习细胞与spots之间的非线性耦合关系，推断细胞位置 | NA | 提高空间转录组数据的分辨率，识别衰老细胞的空间组织 | 衰老细胞及其邻近细胞 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 最优传输模型 | 空间转录组数据，单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |