单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-12-13	Profiling immune cell tissue niches in the spatial -omics era 2024-Nov-08, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.11.001 PMID:39522655	综述	本文综述了在空间组学时代中，利用多参数空间分析技术对免疫细胞组织微环境进行研究的新进展	提出了一个三步框架来定义和表征免疫微环境，并总结了当前在空间解析方式下分析适应性免疫库和淋巴细胞克隆扩增的方法	文中提到的定义免疫微环境的标准不一致，可能影响研究结果的统一性	探讨空间组学技术在转化免疫学中的应用，特别是如何通过这些技术更好地理解组织免疫景观	免疫细胞及其在组织中的空间分布和功能	NA	NA	空间转录组学	NA	空间数据	NA
42	2024-12-13	Integrative epidemiology and immunotranscriptomics uncover a risk and potential mechanism for cutaneous lymphoma unmasking or progression with dupilumab therapy 2024-Nov-07, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.10.028 PMID:39521279	研究论文	本文通过综合流行病学和免疫转录组学研究，探讨了dupilumab治疗与皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）发病或进展之间的潜在风险和机制	本文首次通过FAERS数据库和RNA测序数据，揭示了dupilumab可能通过阻断IL-13受体导致局部IL-13增加，从而促进CTCL的刺激和进展	研究依赖于FAERS数据库和非实验性方法，存在数据偏倚和因果关系不明确的问题	评估dupilumab与CTCL之间的安全信号，并探讨其潜在机制	dupilumab治疗与皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）的关系及其潜在机制	免疫学	皮肤淋巴瘤	RNA测序	NA	RNA	181,575份dupilumab相关不良事件报告，606份肿瘤相关报告
43	2024-12-12	Multi-omics analyses and machine learning prediction of oviductal responses in the presence of gametes and embryos 2024-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.13.598905 PMID:38915688	研究论文	本文通过多组学分析和机器学习模型预测了在有配子和胚胎存在的情况下输卵管的反应	本文首次利用多组学数据（RNA-seq、scRNA-seq和蛋白质组学）结合基于transformer的机器学习模型，整合转录组学和蛋白质组学数据，预测了影响蛋白质表达的转录因子	本文主要基于小鼠模型进行研究，研究结果在人类输卵管中的适用性需要进一步验证	研究输卵管在配子和胚胎存在下的适应性反应	小鼠输卵管组织	机器学习	NA	RNA-seq, scRNA-seq, 蛋白质组学	transformer	基因表达数据, 蛋白质数据	小鼠输卵管组织样本
44	2024-12-12	Comprehensive single-cell aging atlas of healthy mammary tissues reveals shared epigenomic and transcriptomic signatures of aging and cancer 2024-11-25, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-024-00751-8 PMID:39587369	研究论文	本研究通过单细胞分辨率分析了小鼠乳腺组织的转录组和表观基因组变化，揭示了与衰老和癌症相关的共享分子特征	首次在单细胞水平上全面分析了衰老对乳腺组织转录组和表观基因组的影响，并发现了与人类乳腺癌相关的转录特征	研究仅限于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨衰老如何重塑乳腺组织的转录组和表观基因组程序，并揭示其与癌症的潜在联系	小鼠乳腺组织的单细胞转录组和表观基因组	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	单细胞数据，空间转录组数据	小鼠乳腺组织样本，人类乳腺癌样本
45	2024-12-12	Role of Dual Specificity Phosphatase 1 (DUSP1) in influencing inflammatory pathways in macrophages modulated by Borrelia burgdorferi lipoproteins 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.20.624562 PMID:39605372	研究论文	本文研究了双特异性磷酸酶1（DUSP1）在调节伯氏疏螺旋体脂蛋白诱导的小鼠骨髓来源巨噬细胞（BMDMs）炎症通路中的作用	本文首次通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析，揭示了DUSP1在伯氏疏螺旋体脂蛋白诱导的BMDMs中的调控作用，并发现DUSP1在早期阶段上调，且通过抑制NLRP3介导的促炎信号和促进干扰素刺激基因的表达来调节炎症反应	本文主要集中在小鼠模型上，未来研究需要在其他物种或人体样本中验证这些发现	探讨DUSP1在伯氏疏螺旋体脂蛋白诱导的巨噬细胞炎症反应中的作用，并评估其作为治疗靶点的潜力	小鼠骨髓来源巨噬细胞（BMDMs）和伯氏疏螺旋体脂蛋白	NA	莱姆病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、蛋白质组学分析	NA	RNA、蛋白质	多种浓度伯氏疏螺旋体脂蛋白处理的小鼠骨髓来源巨噬细胞（BMDMs）
46	2024-12-12	A deep neural network to de-noise single-cell RNA sequencing data 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.20.624552 PMID:39605470	研究论文	本文介绍了一种名为ZiPo的深度人工神经网络，用于单细胞RNA测序数据的去噪和库大小预测	ZiPo引入了可调节的零膨胀分布来捕捉测量丢失问题，并创新性地引入了一个尺度不变的损失项，使模型权重稀疏，从而更具生物学解释性	NA	解决单细胞RNA测序数据中的测量丢失问题	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度人工神经网络	RNA测序数据	三个数据集
47	2024-12-12	Identifying spatially variable genes by projecting to morphologically relevant curves 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.21.624653 PMID:39605709	研究论文	本文提出了一种基于谱图理论的方法，通过投影到与形态学相关的曲线来识别空间变异基因	引入了一种新的坐标系统，更好地反映了组织形态，并开发了一种广义加性模型（GAM）来检测基因在新的坐标系统中的变异表达	NA	改进空间转录组数据分析方法，以更有效地识别空间变异基因	空间转录组数据中的空间变异基因	空间转录组学	NA	空间转录组学	广义加性模型（GAM）	基因表达数据	多个平台（如Slide-seq和MERFISH）的实验数据
48	2024-12-12	Understanding the heterogeneity of natural killer cells at the maternal-fetal interface: implications for pregnancy health and disease 2024-Nov-14, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaae040 PMID:39570646	综述	本文综述了母胎界面自然杀伤细胞的异质性及其对妊娠健康和疾病的影响	本文整合了单细胞RNA测序等新技术对NK细胞亚群的分类方法，并总结了不同NK细胞亚群的分化途径及其在妊娠相关疾病中的变化	NA	探讨母胎界面自然杀伤细胞的异质性及其在妊娠健康和疾病中的作用	母胎界面的自然杀伤细胞及其亚群	NA	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
49	2024-12-12	Automatically Detecting Anchor Cells and Clustering for scRNA-Seq Data Using scTSNN 2024-11, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3460761 PMID:39283774	研究论文	本文提出了一种名为scTSNN的方法，用于单细胞RNA测序数据的自动检测锚点细胞和聚类	scTSNN通过张量亲和学习模块挖掘细胞间的局部-全局平衡拓扑结构，并设计基于密度的共享最近邻测量方法自动检测锚点细胞，从而实现非锚点细胞的聚类	NA	解决单细胞RNA测序数据在无监督场景下发现真实细胞类型的挑战	单细胞RNA测序数据中的锚点细胞检测和聚类	生物信息学	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	合成数据集和单细胞RNA测序数据集
50	2024-12-12	From fallopian tube epithelium to high-grade serous ovarian cancer: A single-cell resolution review of sex steroid hormone signaling 2024-Nov, Progress in lipid research IF:14.0Q1 DOI:10.1016/j.plipres.2024.101302 PMID:39396711	综述	本文探讨了从输卵管上皮到高级别浆液性卵巢癌的性类固醇激素信号传导的分子机制	提供了性类固醇受体、类固醇生成和类固醇代谢酶的综合基因表达图谱，揭示了不同细胞群体在卵巢癌发生中的作用	NA	探讨高级别浆液性卵巢癌的早期分子机制及其预防和早期检测策略	输卵管上皮细胞和高级别浆液性卵巢癌	NA	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
51	2024-12-12	scGRN-Entropy: Inferring cell differentiation trajectories using single-cell data and gene regulation network-based transfer entropy 2024-Nov, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012638 PMID:39585902	研究论文	提出了一种新的方法scGRN-Entropy，用于从单细胞RNA测序数据中推断细胞分化轨迹和伪时间	通过整合基因调控网络的动态变化，提高了细胞分化轨迹推断的准确性	NA	研究细胞分化过程，揭示疾病（如癌症）的内在机制，并推动治疗和精准医学的发展	单细胞RNA测序数据中的细胞分化轨迹	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	最小生成树算法	基因表达数据	八个不同的真实单细胞RNA测序数据集
52	2024-12-11	Fate (or state) of CA2 neurons in a mineralocorticoid receptor knockout 2024-Nov-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.29.626110 PMID:39651204	研究论文	研究了矿皮质激素受体（MR）条件性敲除对海马CA2区神经元命运（或状态）的影响	首次通过空间转录组学方法揭示了MR缺失导致CA2神经元获得类似CA1的分子表型	研究仅限于小鼠模型，未探讨MR敲除对人类CA2神经元的影响	探讨MR条件性敲除对CA2神经元命运或状态的影响	海马CA2区神经元及其在MR敲除后的变化	神经科学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	小鼠模型
53	2024-12-11	Single cell RNA-sequencing reveals no evidence for meiotic sex chromosome inactivation in the threespine stickleback fish 2024-Nov-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.26.625488 PMID:39651240	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，探讨了三刺鱼中减数分裂性染色体失活（MSCI）现象的存在与否	首次在三刺鱼中发现MSCI现象不存在，并揭示了Y染色体基因在精子发生多个阶段的表达模式与哺乳动物不同	研究仅限于三刺鱼，未涉及其他鱼类物种	探讨三刺鱼中减数分裂性染色体失活现象的存在与否	三刺鱼的X和Y染色体在减数分裂中的基因表达模式	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
54	2024-12-11	PIEZO1 overexpression in hereditary hemorrhagic telangiectasia arteriovenous malformations 2024-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.27.625696 PMID:39651206	研究论文	本文研究了PIEZO1在遗传性出血性毛细血管扩张症（HHT）动静脉畸形（AVM）中的过度表达及其作用	首次揭示了PIEZO1在HHT2中的过度表达及其信号传导对AVM形成的关键作用，并提出了通过阻断PIEZO1来预防AVM的潜在治疗方法	研究主要基于小鼠模型和人类病变样本，尚未在临床试验中验证PIEZO1阻断疗法的有效性	探讨ALK1突变相关的血管疾病机制，并寻找预防AVM形成的新疗法	遗传性出血性毛细血管扩张症（HHT）患者及其动静脉畸形（AVM）	NA	遗传性出血性毛细血管扩张症	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠视网膜的单细胞RNA测序数据及人类HHT病变样本
55	2024-12-11	Childhood-onset lupus nephritis is characterized by complex interactions between kidney stroma and infiltrating immune cells 2024-Nov-27, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adl1666 PMID:39602512	研究论文	本文利用空间转录组技术生成儿童期狼疮性肾炎（cLN）患者肾脏组织的空间分辨单细胞图谱，揭示了肾脏间质与浸润免疫细胞之间的复杂相互作用	首次通过空间转录组技术解析了cLN患者肾脏组织中免疫细胞的空间分布及其与肾脏间质细胞的相互作用	组织学评分与单个肾小球细胞转录组特征之间的相关性较低	研究儿童期狼疮性肾炎中肾脏间质与浸润免疫细胞之间的相互作用	儿童期狼疮性肾炎患者的肾脏组织	NA	自身免疫性疾病	空间转录组	NA	单细胞转录组数据	8名cLN患者和4名对照个体
56	2024-12-11	Post-ischemic inactivation of HIF Prolyl Hydroxylases in endothelium promotes maladaptive kidney repair by inducing glycolysis 2024-Nov-26, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI176207 PMID:39621585	研究论文	本文研究了缺血性急性肾损伤（AKI）后内皮细胞中缺氧诱导因子脯氨酰羟化酶（PHD）的失活如何通过诱导糖酵解促进不良的肾脏修复	首次揭示了内皮细胞中PHD1、PHD2和PHD3的同时失活通过诱导糖酵解和上调SLC16A3基因编码的乳酸转运蛋白MCT4，促进不良肾脏修复的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行大规模验证	探讨缺血性急性肾损伤后内皮细胞功能障碍的机制，并寻找潜在的治疗靶点	内皮细胞中的PHD1、PHD2和PHD3酶及其在缺血性急性肾损伤后的作用	NA	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠和人类肾脏样本
57	2024-12-11	OrthologAL: A Shiny application for quality-aware humanization of non-human pre-clinical high-dimensional gene expression data 2024-Nov-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.25.625000 PMID:39651293	研究论文	本文介绍了一个名为OrthologAL的Shiny应用程序，用于将非人类临床前高维基因表达数据进行质量控制的人类同源转换	OrthologAL利用BioMart数据库访问Ensembl的不同基因集，无需用户生成代码即可实现服务器间的交互，并能高效转换单细胞、单核和空间转录组数据	NA	开发一个工具，将非人类临床前研究中的基因表达数据转换为人类同源数据，以便利用现有的人类注释数据库进行功能性小分子预测	单细胞、单核和空间转录组数据，来自常见临床前模型，如髓母细胞瘤的患者来源同种异体移植模型以及小鼠和大鼠的脊髓损伤模型	生物信息学	NA	单细胞和空间转录组学	NA	基因表达数据	包括髓母细胞瘤的患者来源同种异体移植模型以及小鼠和大鼠的脊髓损伤模型
58	2024-12-11	iGTP: Learning interpretable cellular embedding for inferring biological mechanisms underlying single-cell transcriptomics 2024-Nov-25, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.03.29.24305092 PMID:39649598	研究论文	本文提出了一种名为iGTP的新型可解释生成转录程序框架，用于推断单细胞转录组学中的生物学机制	iGTP框架结合了转录程序空间和蛋白质-蛋白质相互作用，能够生成具有生物学意义的潜在空间，并在功能富集任务中超越其他深度学习模型和传统生物信息学方法	NA	开发一种能够推断单细胞转录组学中生物学机制的可解释模型	单细胞转录组数据及其生物学机制	机器学习	NA	深度学习模型（如变分自编码器）和图神经网络	变分自编码器（VAE）和图神经网络	单细胞转录组数据	NA
59	2024-12-11	Key Regulatory Elements of the TGFβ-LRRC15 Axis Predict Disease Progression and Immunotherapy Resistance Across Cancer Types 2024-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.22.624939 PMID:39651139	研究论文	本文研究了TGFβ-LRRC15轴的关键调控元件，揭示其在不同癌症类型中预测疾病进展和免疫治疗抵抗的潜力	本文通过结合功能性化合物筛选和单细胞RNA测序，揭示了调控TGFβ增加LRRC15表达的关键基因特征，并验证了这些基因在预测免疫治疗反应中的潜力	本文主要基于细胞模型进行验证，尚未在临床试验中验证其效果	揭示TGFβ-LRRC15轴的关键调控元件，并探索其在个性化免疫治疗中的应用	TGFβ-LRRC15轴的关键调控基因及其在癌症进展和免疫治疗抵抗中的作用	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	基因调控网络	基因表达数据	细胞模型
60	2024-12-11	An estrogen receptor signaling transcriptional program linked to immune evasion in human hormone receptor-positive breast cancer 2024-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.23.619172 PMID:39651157	研究论文	本文研究了雌激素受体信号传导程序与激素受体阳性乳腺癌中免疫逃避的关系	首次定义并研究了与雌激素受体信号传导（ERS）和免疫信号相关的基因模块，揭示了ERS与T细胞浸润减少的潜在机制	研究主要基于批量和单细胞转录组数据，缺乏功能验证实验	探讨雌激素受体信号传导在激素受体阳性乳腺癌中免疫逃避的机制	激素受体阳性乳腺癌组织和细胞系	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组测序，多重免疫荧光	NA	转录组数据，免疫荧光图像	来自多个临床来源的乳腺癌组织和人类细胞系