单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-07-22	Cell-specific priors rescue differential gene expression in spatial spot-based technologies 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae621 PMID:39679437	研究论文	本文探讨了空间转录组学(ST)技术在差异表达基因(DEGs)识别中的性能问题，并提出了一种基于细胞类型特异性先验知识的基因选择方案	揭示了传统DEG算法在ST数据中的性能不足，并提出了一种新的基于细胞类型特异性先验知识的基因选择方法，显著提高了DEG的恢复率和可靠性	研究基于计算机模拟的ST数据，可能无法完全反映真实实验数据的复杂性	评估和改进空间转录组学数据中差异表达基因的识别方法	空间转录组学数据，特别是基于spot的平台(如Visium)生成的数据	生物信息学	NA	空间转录组学(ST)，Visium平台	NA	基因表达数据	基于计算机模拟的数据
42	2025-07-22	ETV2 transcriptionally activates Rig1 gene expression and promotes reprogramming of the endothelial lineage 2024-11-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-78115-w PMID:39562637	研究论文	本研究探讨了ETV2通过转录激活Rig1基因表达促进内皮细胞重编程的分子机制	首次揭示了ETV2通过直接激活RIG1来重编程成纤维细胞为内皮细胞的分子机制	研究仅在小鼠胚胎成纤维细胞中进行，尚未在人类细胞中验证	阐明ETV2介导的内皮细胞重编程的分子机制	小鼠胚胎成纤维细胞(MEFs)	细胞重编程	缺血性心脏病	单细胞RNA-seq, ChIP-seq, 电泳迁移率实验, 转录分析	NA	基因表达数据	小鼠胚胎成纤维细胞样本
43	2025-07-22	Chemokine expression profile of an innate granuloma 2024-Nov-14, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.96425 PMID:39541153	研究论文	本文研究了先天免疫系统中趋化因子在肝脏肉芽肿形成过程中的作用	使用空间转录组学技术揭示了趋化因子及其受体在肉芽肿成熟和消退过程中的动态表达变化	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类	阐明趋化因子在指导免疫细胞形成肉芽肿不同层次中的作用	小鼠肝脏中的先天免疫肉芽肿	免疫学	感染性疾病	空间转录组学	小鼠感染模型	基因表达数据	NA
44	2025-07-22	PRMT5/WDR77 Enhances the Proliferation of Squamous Cell Carcinoma via the ΔNp63α-p21 Axis 2024-Nov-11, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16223789 PMID:39594744	研究论文	本研究探讨了PRMT5/WDR77通过ΔNp63α-p21轴促进鳞状细胞癌增殖的机制	首次揭示了PRMT5和WDR77通过ΔNp63α-p21轴协同促进鳞状细胞癌增殖的新机制	研究主要基于TCGA和DepMap数据库及体外实验，临床前模型验证仍需进一步研究	探究PRMT5在鳞状细胞癌中的分子机制及其作为治疗靶点的潜力	鳞状细胞癌（特别是头颈部鳞状细胞癌）	癌症生物学	鳞状细胞癌	单细胞RNA-seq、RT-qPCR、Western blot、MTT实验、流式细胞术	NA	基因表达数据、蛋白质数据、细胞增殖数据	TCGA和DepMap数据库中的患者数据及体外实验模型
45	2025-07-22	scDOT: optimal transport for mapping senescent cells in spatial transcriptomics 2024-Nov-08, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03426-0 PMID:39516853	研究论文	开发了一种名为scDOT的方法，结合空间转录组学和单细胞RNA测序，以提高重建单细胞分辨率空间图谱和识别衰老细胞的能力	scDOT整合了最优传输和表达反卷积技术，学习细胞与位点之间的非线性耦合关系，并推断细胞位置	NA	提高空间转录组学数据的解析能力，识别衰老细胞及其空间组织	衰老细胞及其邻近细胞	空间转录组学	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	最优传输模型	转录组数据	NA
46	2025-07-22	Preparation of Frozen Non-Human Primate Fetal Islets for Combined Single Nuclei RNA-Sequencing and ATAC-Sequencing, and Bulk Metabolomics 2024-Nov-08, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66849 PMID:39584693	研究论文	本研究提出了一种利用冷冻非人灵长类胎儿胰岛组织进行单核RNA测序、ATAC测序和批量代谢组学分析的方法	开发了一种同时进行单核RNA测序、ATAC测序和代谢组学分析的方法，解决了多组学实验中的批次效应问题	方法依赖于冷冻保存的样本质量，且样本获取不易	开发多组学整合分析方法以研究细胞身份建立中代谢物的作用	非人灵长类胎儿胰岛组织	基因组学	NA	单核RNA测序(snRNA-seq)、ATAC测序、毛细管电泳-质谱(CE-MS)	NA	基因组数据、代谢组数据	两年间收集的冷冻非人灵长类胎儿胰岛样本
47	2025-07-22	Cellular heterogeneity and dynamics of the human uterus in healthy premenopausal women 2024-Nov-05, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2404775121 PMID:39471215	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，构建了健康绝经前女性子宫的细胞图谱，揭示了子宫细胞异质性和动态变化	首次构建了包含超过16.7万个细胞的正常子宫细胞图谱，提出了39种子细胞亚型的共识注释系统，并鉴定了多种潜在祖细胞	样本量相对有限（5个新样本+15个已发表样本），且仅针对健康绝经前女性	揭示健康绝经前女性子宫的细胞异质性和动态变化	健康绝经前女性的子宫内膜和肌层细胞	单细胞组学	妇科疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	20个个体（5个新样本+15个已发表样本），超过16.7万个细胞
48	2025-07-22	Multiomics reveals age-dependent metabolic reprogramming of macrophages by wound bed niche secreted signals 2024-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.30.621159 PMID:39553941	研究论文	该研究通过多组学方法揭示了伤口床微环境分泌信号对巨噬细胞代谢的年龄依赖性重编程	首次发现早期伤口巨噬细胞的代谢基因表达而非经典炎症或消退极化标志物定义了其不同群体，并揭示了年龄依赖性代谢重编程机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证尚待进行	探究组织微环境中控制巨噬细胞代谢的信号分子及其年龄依赖性调控机制	小鼠早期伤口中的巨噬细胞	免疫代谢	炎症性疾病/慢性伤口	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞分泌组学、转录组学	NA	单细胞转录组数据、代谢组数据	未明确提及具体样本量（小鼠伤口巨噬细胞）
49	2025-07-22	Tracking Rare Single Donor and Recipient Immune and Leukemia Cells after Allogeneic Hematopoietic Cell Transplantation Using Mitochondrial DNA Mutations 2024-Nov-01, Blood cancer discovery IF:11.5Q1 DOI:10.1158/2643-3230.BCD-23-0138 PMID:39236287	研究论文	本研究利用线粒体DNA突变追踪异基因造血干细胞移植后供体和受体的免疫及白血病细胞，以监测治疗反应相关的关键细胞群体	首次结合线粒体DNA突变与单细胞测序技术（ASAP-seq），实现0.1%-1%频率下供受体细胞及其表型的同步检测，并整合表观遗传特征解析白血病细胞表型	当前测序通量限制临床应用，需未来技术升级以实现规模化移植后监测	开发基于单细胞水平的移植后白血病复发监测方法	异基因造血干细胞移植后的供受体嵌合细胞及白血病克隆	单细胞基因组学	白血病	ASAP-seq（单细胞染色质可及性测序）、线粒体DNA突变分析	NA	单细胞多组学数据（DNA突变、表观遗传、表面标记）	未明确样本量，检测灵敏度达0.1%-1%细胞频率
50	2025-07-22	The neuroendocrine transition in prostate cancer is dynamic and dependent on ASCL1 2024-11, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00838-6 PMID:39394434	研究论文	该研究介绍了一个多功能体内平台，用于探究前列腺癌进展中的神经内分泌谱系转化	揭示了ASCL1在前列腺癌神经内分泌转化中的动态作用，并提供了一个研究谱系可塑性的新平台	该模型依赖于小鼠移植实验，可能无法完全模拟人类疾病的所有方面	探究前列腺癌进展中神经内分泌转化的机制	移植的小鼠前列腺类器官和神经内分泌前列腺癌(NEPC)	癌症研究	前列腺癌	多重免疫荧光和空间转录组学	小鼠前列腺类器官移植模型	分子和细胞数据	使用特定基因突变(Rb1; Trp53; cMyc或Pten; Trp53; cMyc)的小鼠前列腺类器官
51	2025-07-22	Egfl6 promotes ovarian cancer progression by enhancing the immunosuppressive functions of tumor-associated myeloid cells 2024-Nov-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI175147 PMID:39312740	研究论文	本研究揭示了Egfl6通过增强肿瘤相关髓系细胞的免疫抑制功能促进卵巢癌进展的机制	首次发现Egfl6通过结合β3整合素并激活p38和SYK信号通路，作为髓系细胞迁移的趋化因子并促进其向免疫抑制状态分化	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩大	探究Egfl6在卵巢癌免疫抑制微环境中的作用机制	卵巢癌相关髓系细胞（TAMs和MDSCs）	肿瘤免疫学	卵巢癌	scRNA-Seq	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据	小鼠模型和人类卵巢癌组织样本
52	2025-07-22	Oncogenic role of PMEPA1 and its association with immune exhaustion and TGF-β activation in HCC 2024-Nov, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101212 PMID:39524206	研究论文	本文探讨了PMEPA1在肝细胞癌（HCC）中的致癌作用及其与免疫耗竭和TGF-β激活的关联	首次证明了PMEPA1在HCC中的致癌作用，并揭示了其与TGF-β激活和免疫耗竭的关联	研究主要基于回顾性数据，且小鼠模型的结果需要进一步验证	探索PMEPA1在肝细胞癌中的作用及其与TGF-β信号通路和免疫耗竭的关系	肝细胞癌患者和小鼠模型	肿瘤学	肝细胞癌	qPCR、单细胞RNA测序、基因表达数据分析	基因工程小鼠模型	基因组数据、临床病理数据、单细胞RNA测序数据	1097例HCC肿瘤样本（包括228例发现队列和361例验证队列），54例单细胞水平样本
53	2025-07-21	Integrating spatial transcriptomics and snRNA-seq data enhances differential gene expression analysis results of AD-related phenotypes 2024-Nov-18, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.11.18.24317499 PMID:39606364	研究论文	本研究整合空间转录组学和单核RNA测序数据，增强了对阿尔茨海默病相关表型的空间信息和细胞类型特异性差异基因表达分析能力	结合空间转录组学和单核RNA测序数据，提高了对阿尔茨海默病相关表型的空间信息和细胞类型特异性差异基因表达分析的检测能力	样本来源仅限于死后大脑组织，可能无法完全反映活体情况	增强对阿尔茨海默病相关表型的空间信息和细胞类型特异性差异基因表达分析	阿尔茨海默病相关表型（β-淀粉样蛋白、缠结密度和认知衰退）	生物信息学	阿尔茨海默病	空间转录组学(ST)、单核RNA测序(snRNA-seq)	深度学习工具CelEry、线性混合回归模型	基因表达数据	436个死后大脑组织的背外侧前额叶皮层(DLPFC)组织样本
54	2025-07-21	Characterizing Fibroblast Heterogeneity in Diabetic Wounds Through Single-Cell RNA-Sequencing 2024-Nov-07, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12112538 PMID:39595104	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNAseq）在糖尿病伤口愈合研究中的应用，特别是成纤维细胞的异质性分析	利用单细胞RNA测序技术探索糖尿病伤口中成纤维细胞的异质性，为改善伤口愈合提供新的治疗靶点	未提及具体实验数据或样本量，可能缺乏实证研究支持	研究糖尿病伤口愈合的机制，特别是成纤维细胞的作用	糖尿病伤口中的成纤维细胞	数字病理学	糖尿病	scRNAseq	NA	RNA测序数据	NA
55	2025-07-21	Proinflammatory immune cells disrupt angiogenesis and promote germinal matrix hemorrhage in prenatal human brain 2024-Nov, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01769-2 PMID:39349662	research paper	该研究揭示了产前小鼠和人类大脑中小胶质细胞与新生血管的年龄依赖性相互作用，以及这些细胞在促进血管网络形成中的作用，同时发现GMH患儿中的CD45细胞通过产生促炎因子破坏血管完整性	首次揭示了小胶质细胞在特定脑区血管生成中的作用，并阐明了GMH患儿中免疫细胞通过促炎因子导致血管破裂的机制	研究主要基于小鼠模型和人类样本的体外分析，需要进一步在人类体内验证这些发现	探究早产儿生发基质出血(GMH)的发病机制	产前小鼠和人类大脑组织、早产儿CD45免疫细胞	神经发育生物学	早产儿生发基质出血	单细胞转录组学、流式细胞术	小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明样本数量，涉及小鼠和人类早产儿样本
56	2025-07-20	Sample multiplexing for retinal single-cell RNA sequencing 2024-Nov-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111250 PMID:39569377	research paper	本文介绍了一种用于视网膜单细胞RNA测序的样本多重标记方法，以提高稀有细胞群体的表征效率	开发了一种使用胆固醇修饰寡核苷酸进行样本多重标记的scRNA-seq流程，能够解析样本来源并与表型数据结合	方法主要应用于小鼠视网膜神经节细胞，尚未在其他细胞类型或物种中验证	解决稀有细胞群体在单细胞RNA测序中的表征挑战	小鼠视网膜神经节细胞	digital pathology	NA	scRNA-seq, 样本多重标记技术	NA	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多个视网膜样本
57	2025-07-20	Collapsible tree: interactive web app to present collapsible hierarchies 2024-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae645 PMID:39460943	research paper	介绍了一个名为Collapsible Tree的JavaScript框架和交互式网络应用，用于展示可折叠的层次结构	提出了一个能够同时展示细胞状态和基因表达的交互式层次图，克服了t-SNE和UMAP需要分开展示的局限性	未提及具体的技术限制或性能瓶颈	开发一个直观的数据可视化工具，用于展示层次树结构	单细胞转录组学数据	数据可视化	NA	JavaScript框架	NA	基因表达数据	NA
58	2025-07-16	Fate (or state) of CA2 neurons in a mineralocorticoid receptor knockout 2024-Nov-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.29.626110 PMID:39651204	研究论文	本研究探讨了矿物皮质激素受体（MR）条件性敲除对海马CA2区神经元命运（或状态）的影响	使用空间转录组学方法揭示MR敲除导致CA2神经元获得CA1样分子表型	研究仅关注分子表型和细胞形态变化，未涉及行为学层面的验证	理解MR在控制CA2神经元细胞和突触特性中的作用	小鼠海马CA2区神经元	神经科学	NA	空间转录组学	条件性基因敲除模型	分子表达数据	未明确说明样本量（使用基因工程小鼠模型）
59	2025-07-05	Single-cell transcriptomics link gene expression signatures to clinicopathological features of gonadotroph and lactotroph PitNET 2024-Nov-15, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05821-4 PMID:39548496	研究论文	该研究通过单细胞转录组学分析，揭示了促性腺激素和催乳素垂体神经内分泌肿瘤（PitNET）中基因表达特征与临床病理特征的联系	首次在PitNET中系统比较了促性腺激素和催乳素亚型的肿瘤微环境差异，并发现了与肿瘤侵袭性相关的淋巴细胞亚群	样本量相对较小（7例促性腺激素和3例催乳素PitNET），且主要关注两种亚型	探究PitNET肿瘤微环境与肿瘤侵袭性行为的关系	促性腺激素和催乳素垂体神经内分泌肿瘤	数字病理学	垂体神经内分泌肿瘤	单细胞RNA测序，bulk RNA-seq，免疫组化	NA	基因表达数据，组织切片图像	10例单细胞测序样本（7例促性腺激素+3例催乳素），134例bulk RNA-seq样本
60	2025-07-04	Spatial transcriptomics in focal cortical dysplasia type IIb 2024-11-30, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-024-01897-7 PMID:39614299	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，探究了局灶性皮质发育不良IIb型（FCD IIb）中异常神经元和气球细胞区域的转录变化	首次在FCD IIb中构建了异常神经元和气球细胞区域的转录组空间图谱，揭示了这些区域在mTOR信号通路、自噬和炎症反应中的潜在作用	样本量较小（仅3例患者），可能影响结果的普遍性	探究FCD IIb中异常神经元和气球细胞区域的分子特征及其在癫痫发生中的作用	局灶性皮质发育不良IIb型患者的脑组织样本	数字病理学	癫痫	空间转录组学	NA	转录组数据	3例FCD IIb患者的新鲜冷冻脑组织样本