单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-05-23	The IL-1β inhibitor canakinumab in previously treated lower-risk myelodysplastic syndromes: a phase 2 clinical trial 2024-11-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54290-2 PMID:39537648	研究论文	本文报道了一项关于IL-1β抑制剂canakinumab在先前治疗过的低风险骨髓增生异常综合征（MDS）患者中的二期临床试验结果	首次在低风险MDS患者中评估了IL-1β抑制剂canakinumab的安全性和疗效，并通过单细胞RNA测序分析了其作用机制	研究样本量较小（25例患者），且为非随机单臂试验设计	评估靶向IL-1β信号通路是否能挽救MDS患者的无效红细胞生成	先前治疗过的低风险MDS患者	临床医学	骨髓增生异常综合征	单细胞RNA测序	NA	临床数据和RNA测序数据	25例MDS患者（中位年龄74岁，60%男性）
42	2025-05-23	Reconstructing the regulatory programs underlying the phenotypic plasticity of neural cancers 2024-11-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53954-3 PMID:39516198	研究论文	本文提出了一种名为'single-cell regulatory-driven clustering' (scregclust)的方法，用于从单细胞RNA测序数据中重建细胞调控程序	开发了scregclust算法，能高效地将目标基因划分为模块，并预测关键转录因子和激酶，计算时间短	对神经癌症细胞状态调控的理解仍有限	研究神经癌症的表型可塑性调控程序	成人和儿童脑癌	生物信息学	神经癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	scregclust算法	单细胞RNA测序数据	15种肿瘤类型的数据
43	2025-05-23	Uncovering functional lncRNAs by scRNA-seq with ELATUS 2024-11-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54005-7 PMID:39521797	研究论文	本文介绍了一种名为ELATUS的计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中增强功能性长链非编码RNA（lncRNA）的检测	开发了ELATUS框架，结合伪对齐工具Kallisto和选择性功能过滤，提高了lncRNA在单细胞水平上的检测准确性和一致性	依赖于参考注释的准确性，对于注释不准确的lncRNA可能仍有局限性	提高单细胞RNA测序数据中功能性lncRNA的检测能力	长链非编码RNA（lncRNA）	生物信息学	乳腺癌	scRNA-seq, ATAC-seq	ELATUS（基于Kallisto的计算框架）	单细胞RNA测序数据	NA
44	2025-05-22	Divergent WNT signaling and drug sensitivity profiles within hepatoblastoma tumors and organoids 2024-11-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52757-w PMID:39567475	研究论文	该研究通过单细胞RNA-seq/ATAC-seq、空间转录组学和高通量药物分析，揭示了肝母细胞瘤的分子异质性和药物敏感性	发现了肝母细胞瘤中两种不同的肿瘤上皮特征（胎儿型和胚胎型），并揭示了它们对WNT信号的不同反应模式以及对不同靶向药物的敏感性	NA	表征肝母细胞瘤的分子异质性并识别新的靶向治疗方法	肝母细胞瘤和肿瘤来源的类器官	癌症研究	肝母细胞瘤	单细胞RNA-seq/ATAC-seq, 空间转录组学, 高通量药物分析	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
45	2025-05-22	Molecular profiles, sources and lineage restrictions of stem cells in an annelid regeneration model 2024-11-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54041-3 PMID:39557833	研究论文	通过结合单细胞RNA测序和嵌合转基因技术，研究了海洋环节动物Platynereis dumerilii在后部再生过程中的细胞特征和谱系限制	揭示了细胞类型特异性损伤反应、位置身份因子的重新表达以及多个细胞群中干细胞特征的再现，并发现了一种新的嵌合转基因策略	研究仅针对海洋环节动物Platynereis dumerilii，可能不适用于其他动物门类	探讨动物再生能力的分子和细胞机制	海洋环节动物Platynereis dumerilii	再生生物学	NA	单细胞RNA测序、嵌合转基因技术	NA	RNA测序数据	NA
46	2025-05-22	Single cell and spatial transcriptomics highlight the interaction of club-like cells with immunosuppressive myeloid cells in prostate cancer 2024-11-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54364-1 PMID:39550375	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学数据，揭示了前列腺癌治疗过程中肿瘤微环境的转录组景观，并识别了club-like细胞作为与免疫抑制性髓系细胞相互作用的关键上皮细胞亚型	首次全面描绘了前列腺癌治疗时间线上多个时间点的肿瘤微环境转录组景观，并发现club-like细胞与免疫抑制性髓系细胞的相互作用及其在前列腺癌治疗抵抗中的作用	研究样本量相对有限（120例患者），且未深入探讨club-like细胞与PMN-MDSC相互作用的分子机制	探索前列腺癌治疗抵抗的机制，特别是肿瘤微环境在其中的作用	前列腺癌患者的肿瘤微环境，特别是club-like细胞和免疫抑制性髓系细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学	NA	转录组数据	120例前列腺癌患者
47	2025-05-22	GPRC5A promotes lung colonization of esophageal squamous cell carcinoma 2024-11-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54251-9 PMID:39550386	research paper	该研究探讨了GPRC5A在食管鳞状细胞癌（ESCC）早期扩散和肺转移中的作用及其机制	发现GPRC5A通过WWP1/LATS1/YAP1信号通路促进ESCC的早期扩散和肺转移，并提出了针对该通路的治疗策略	研究样本量有限（148例ESCC患者），且机制研究主要在体外和动物模型中进行	探究ESCC早期扩散细胞（DCCs）在肺中定植和转移的分子机制	食管鳞状细胞癌（ESCC）的早期扩散细胞和肺转移灶	癌症生物学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	148例ESCC患者
48	2025-05-22	Defective germinal center selection results in persistence of self-reactive B cells from the primary to the secondary repertoire in Primary Antiphospholipid Syndrome 2024-11-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54228-8 PMID:39548093	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、B细胞受体（BCR）谱分析、CITEseq分析和单细胞永生化技术，探讨了原发性抗磷脂综合征（PAPS）中自身反应性B细胞的起源	揭示了抗磷脂特异性B细胞在PAPS患者中的存在、多反应性及其从天然库中衍生的特性，并发现这些细胞在PAPS患者中未被清除，持续存在于记忆和长寿命浆细胞阶段	研究样本仅限于三重阳性PAPS患者，可能无法代表所有PAPS患者的情况	阐明PAPS中自身反应性B细胞的生存机制，并探索潜在的治疗靶点	PAPS患者的周围血液和骨髓中的B细胞	免疫学	原发性抗磷脂综合征	单细胞RNA测序、BCR谱分析、CITEseq分析、单细胞永生化	NA	单细胞RNA测序数据、BCR序列数据	三重阳性PAPS患者的周围血液和骨髓样本
49	2025-05-22	Multi-omics with dynamic network biomarker algorithm prefigures organ-specific metastasis of lung adenocarcinoma 2024-11-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53849-3 PMID:39543109	研究论文	本研究通过动态网络生物标志物算法和多组学数据，预测肺腺癌的器官特异性转移	利用动态网络生物标志物算法和单细胞RNA测序数据，定位癌细胞转移前状态及其基因特征，并构建神经网络模型预测癌细胞转移轨迹	研究仅基于两个临床队列，样本量可能有限	早期检测肺腺癌转移，提高患者生存率	肺腺癌患者及其转移病灶	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、液相色谱-质谱联用技术	神经网络	基因表达数据、血清蛋白质组数据	两个临床队列，涵盖四种主要类型的肺腺癌远处转移
50	2025-05-22	Dyna-vivo-seq unveils cellular RNA dynamics during acute kidney injury via in vivo metabolic RNA labeling-based scRNA-seq 2024-11-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54202-4 PMID:39543112	研究论文	介绍了一种名为Dyna-vivo-seq的策略，用于在体内单细胞水平上实现时间分辨的动态转录分析	Dyna-vivo-seq通过在体内标记新RNA和旧RNA，提供了研究基因表达动态的新方法，能够揭示细胞异质性	目前仅在小鼠模型中进行验证，尚未在其他生物体或人类中应用	研究急性肾损伤期间的细胞RNA动态变化	雌性小鼠的近端小管细胞	基因组学	急性肾损伤	代谢RNA标记的单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	雌性小鼠的近端小管细胞样本
51	2025-05-21	Spatial transcriptomics reveals substantial heterogeneity in triple-negative breast cancer with potential clinical implications 2024-11-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54145-w PMID:39592577	研究论文	利用空间转录组学技术研究三阴性乳腺癌（TNBC）的肿瘤组织结构和细胞组成，揭示其高度异质性及潜在的临床意义	首次通过空间转录组学全面解析TNBC肿瘤微环境的空间组织特征，并发现与疾病预后和免疫治疗反应相关的基因特征及九种空间原型	样本量相对有限（92例患者），且空间转录组学技术本身可能存在分辨率限制	探索三阴性乳腺癌的肿瘤空间异质性及其临床相关性	92例三阴性乳腺癌患者的肿瘤组织样本	数字病理学	三阴性乳腺癌	空间转录组学	逐步聚类分析	空间转录组数据	92例患者肿瘤样本
52	2025-05-21	Bacterial single-cell RNA sequencing captures biofilm transcriptional heterogeneity and differential responses to immune pressure 2024-11-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54581-8 PMID:39580490	研究论文	本文介绍了一种优化的细菌单细胞RNA测序方法BaSSSh-seq，用于研究金黄色葡萄球菌在生物膜生长过程中的多样性及免疫细胞暴露后的转录适应	开发了BaSSSh-seq方法，能够在单细胞分辨率下捕捉生物膜转录异质性及对不同免疫压力的差异反应	NA	探索生物膜动态及其对环境信号和免疫压力的适应机制	金黄色葡萄球菌生物膜	微生物学	细菌感染	单细胞RNA测序(BaSSSh-seq)	NA	RNA-seq数据	NA
53	2025-05-21	Single-cell transcriptomics unveils molecular signatures of neuronal vulnerability in a mouse model of prion disease that overlap with Alzheimer's disease 2024-11-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54579-2 PMID:39580485	研究论文	利用单细胞转录组学揭示朊病毒疾病小鼠模型中神经元脆弱性的分子特征，并与阿尔茨海默病有重叠	首次在朊病毒疾病模型中应用单细胞转录组学技术识别脆弱神经元亚群，并发现与阿尔茨海默病共享的脆弱性相关转录本	研究仅使用雌性小鼠模型，未验证其他性别或物种的适用性	探究特定神经元对错误折叠蛋白导致的功能障碍和死亡更敏感的原因	朊病毒感染雌性小鼠的活体神经元	神经科学	神经退行性疾病/朊病毒疾病/阿尔茨海默病	单细胞转录组学	小鼠朊病毒疾病模型	基因表达数据	未明确说明数量的朊病毒感染雌性小鼠神经元样本
54	2025-05-21	Immunotherapy that improves response to chemotherapy in high-grade serous ovarian cancer 2024-11-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54295-x PMID:39578450	研究论文	通过单细胞RNA测序分析高级别浆液性卵巢癌中的肿瘤浸润免疫细胞，发现可增强新辅助化疗反应的潜在靶点	发现并验证了STAB1和FOXP3作为增强化疗反应的潜在靶点，并在小鼠模型中验证了靶向这些分子的治疗效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索提高高级别浆液性卵巢癌对新辅助化疗反应的新方法	高级别浆液性卵巢癌患者和小鼠模型中的肿瘤浸润免疫细胞	肿瘤免疫学	卵巢癌	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	单细胞转录组数据	64,097个患者细胞和69,781个小鼠模型细胞
55	2025-05-21	Lenalidomide-induced pure red cell aplasia is associated with elevated expression of MHC-I molecules on erythrocytes 2024-11-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54571-w PMID:39578482	研究论文	该研究探讨了来那度胺在多发性骨髓瘤治疗中引起的纯红细胞再生障碍性贫血（PRCA）的机制	发现来那度胺通过增加红细胞上MHC-I分子的表达，激活CD8 T细胞，从而抑制红细胞生成	研究仅基于一个病例，需要更多样本验证	探究来那度胺诱导PRCA的分子机制	多发性骨髓瘤患者	血液病学	多发性骨髓瘤	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	1例多发性骨髓瘤患者
56	2025-05-21	A developmental biliary lineage program cooperates with Wnt activation to promote cell proliferation in hepatoblastoma 2024-11-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53802-4 PMID:39567523	研究论文	本研究利用组织学引导和空间转录组学技术，探讨了肝母细胞瘤中发育胆道谱系程序与Wnt激活协同促进细胞增殖的机制	揭示了胚胎胆道转录因子SOX4和生长因子FGF19在肝母细胞瘤增殖异质性中的关键作用，提出了一种非遗传性肿瘤演化机制	研究主要基于体外肿瘤模型，可能无法完全反映体内肿瘤微环境的复杂性	阐明肝母细胞瘤中细胞增殖异质性的分子机制	肝母细胞瘤组织和患者来源的肿瘤类器官	肿瘤生物学	肝母细胞瘤	空间转录组学	肿瘤类器官模型	转录组数据	NA
57	2025-05-20	Single-cell transcriptome analysis reveals CD34 as a marker of human sinoatrial node pacemaker cardiomyocytes 2024-11-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54337-4 PMID:39604360	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了CD34作为人类窦房结起搏心肌细胞的标志物	首次报道了CD34作为窦房结起搏细胞的表面标志物，并鉴定了三种起搏细胞亚型	研究主要基于胎儿和干细胞来源的窦房结细胞，未涉及成人原代细胞	解析人类窦房结起搏细胞的分子特征并寻找其表面标志物	人类窦房结起搏心肌细胞	单细胞组学	心血管疾病	单细胞/单核RNA测序	NA	单细胞转录组数据	胎儿和干细胞来源的窦房结细胞
58	2025-05-20	Spatially organized tumor-stroma boundary determines the efficacy of immunotherapy in colorectal cancer patients 2024-11-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54710-3 PMID:39592630	研究论文	本研究通过整合空间增强分辨率组学测序、单细胞RNA测序和多路成像分析，揭示了结直肠癌患者肿瘤-间质边界的空间组织和免疫状态与免疫检查点阻断疗法疗效的关系	首次将肿瘤-间质边界的空间组织和免疫状态与免疫检查点阻断疗法的疗效联系起来，并识别了影响治疗反应的关键细胞类型和分子机制	研究样本可能有限，且未涉及其他类型癌症的验证	探究结直肠癌患者对免疫检查点阻断疗法不同反应的肿瘤微环境机制	结直肠癌患者的肿瘤组织和肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	Stereo-seq, 单细胞RNA测序, 多路成像分析	NA	空间组学数据, 单细胞转录组数据, 成像数据	未明确提及具体样本数量，但包括治疗初治和接受ICB治疗的CRC患者样本
59	2025-05-19	Spatio-temporal transcriptomics of chromothriptic SHH-medulloblastoma identifies multiple genetic clones that resist treatment and drive relapse 2024-11-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54709-w PMID:39609432	研究论文	本研究通过空间转录组学分析了13例染色体碎裂与非染色体碎裂的儿童髓母细胞瘤，揭示了染色体碎裂肿瘤的空间瘤内异质性更高，并识别出多个遗传克隆在治疗抵抗和复发中的作用	首次应用空间转录组学技术揭示染色体碎裂髓母细胞瘤的空间瘤内异质性及其与治疗抵抗和复发的关系	样本量较小（13例肿瘤和11例患者来源的异种移植样本）	探究染色体碎裂髓母细胞瘤的分子构成和侵袭性决定因素	儿童髓母细胞瘤（染色体碎裂与非染色体碎裂）	数字病理学	髓母细胞瘤	空间转录组学	NA	转录组数据	13例肿瘤样本（染色体碎裂与非染色体碎裂）和11例患者来源的异种移植样本
60	2025-05-19	Human single cell RNA-sequencing reveals a targetable CD8+ exhausted T cell population that maintains mouse low-grade glioma growth 2024-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54569-4 PMID:39609412	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了CD8+耗竭T细胞在低级别胶质瘤中的新功能，并探索了免疫检查点抑制治疗的效果	发现了CD8+耗竭T细胞在低级别胶质瘤中作为肿瘤生长调节者的新功能，并揭示了免疫检查点抑制治疗通过非细胞毒性机制抑制肿瘤生长的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和验证可能有限	探索CD8+耗竭T细胞在低级别胶质瘤中的作用及免疫检查点抑制治疗的潜在机制	人类和小鼠的低级别胶质瘤样本	digital pathology	low-grade glioma	single-cell RNA sequencing	Nf1-OPG mouse model	RNA-seq data	多个单细胞RNA测序数据集和小鼠模型样本