单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
541	2024-11-08	Identification of the 4CL family in cassava (Manihot esculenta Crantz) and expression pattern analysis of the Me4CL32 gene 2024-Nov-26, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150731 PMID:39423574	研究论文	本文通过生物信息学方法鉴定了木薯基因组中的4CL家族，并分析了Me4CL32基因的表达模式	首次在木薯基因组中鉴定出50个Me4CL基因，并进行了全面的4CL基因家族分析	NA	研究木薯4CL基因家族的功能，以理解植物生长、发育和抗逆机制	木薯4CL基因家族及其在环境压力和激素信号响应中的表达模式	NA	NA	生物信息学分析、qRT-PCR、RNA-seq、单细胞转录组分析	NA	基因组数据、转录组数据	NA
542	2024-11-08	Trem2/Tyrobp Signaling Protects Against Aortic Dissection and Rupture by Inhibiting Macrophage Activation in Mice 2024-Nov-07, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321429 PMID:39508103	研究论文	研究探讨了Trem2/Tyrobp信号通路在抑制小鼠主动脉夹层和破裂中的作用	首次揭示了Trem2/Tyrobp轴在主动脉夹层发展中的新作用	研究主要在动物模型中进行，未来需在人类主动脉夹层中验证	探讨Trem2/Tyrobp信号通路在主动脉夹层中的作用	小鼠主动脉夹层模型	心血管疾病	主动脉夹层	RNA测序、免疫荧光染色、定量实时聚合酶链反应	NA	基因表达数据	包括Tyrobp敲除小鼠、髓系细胞特异性Tyrobp敲除小鼠和Trem2敲除小鼠
543	2024-11-08	Identifying Multiomic Signatures of X-Linked Retinoschisis-Derived Retinal Organoids and Mice Harboring Patient-Specific Mutation Using Spatiotemporal Single-Cell Transcriptomics 2024-Nov-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405818 PMID:39503290	研究论文	本文通过多组学方法研究X连锁视网膜劈裂症（XLRS）的转录组特征，揭示了ER应激/eIF2信号通路在疾病中的作用	首次结合单细胞RNA测序和时空转录组学技术，分析XLRS相关的小鼠模型和患者来源的视网膜类器官，发现并验证了ER应激/eIF2信号通路在XLRS中的关键作用	NA	揭示X连锁视网膜劈裂症的分子机制，寻找潜在的治疗靶点	XLRS相关的小鼠模型和患者来源的视网膜类器官	数字病理学	眼科疾病	单细胞RNA测序、时空转录组学	NA	转录组数据	包括基因工程小鼠（Rs1）和携带相同患者特异性p.R209C突变的患者来源视网膜类器官
544	2024-11-08	Enhancing Single-Cell RNA-seq Data Completeness with a Graph Learning Framework 2024-Nov-06, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3492384 PMID:39504287	研究论文	本文提出了一种基于图学习框架的单细胞RNA测序数据完整性增强方法	开发了VAImpute，一种基于变分图自编码器的插补技术，利用细胞/基因之间的copula相关性学习单细胞RNA测序数据构建的大网络/图的固有分布	NA	提高单细胞RNA测序数据的完整性	单细胞RNA测序数据中的缺失表达值	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	变分图自编码器	单细胞表达矩阵	模拟和真实单细胞RNA测序数据集
545	2024-11-08	Stem cell transplantation extends the reproductive life span of naturally aging cynomolgus monkeys 2024-Nov-05, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-024-00726-4 PMID:39496598	研究论文	研究探讨了间充质干细胞移植对自然衰老的食蟹猴卵巢功能的影响	首次证明了人胚胎干细胞衍生的MSC样细胞（M细胞）移植可以显著改善自然衰老卵巢的功能，并成功诞生了健康的幼猴	研究仅在食蟹猴模型中进行，尚未在人类中验证	探讨间充质干细胞移植对自然衰老卵巢功能的影响及其分子机制	自然衰老的食蟹猴卵巢	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了自然衰老的食蟹猴模型
546	2024-11-08	Biallelic null variants in PNPLA8 cause microcephaly by reducing the number of basal radial glia 2024-Nov-04, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awae185 PMID:39082157	研究论文	本文研究了PNPLA8基因的双等位基因缺失变异如何通过减少基底放射状胶质细胞的数量导致小头畸形	首次发现PNPLA8基因的双等位基因缺失变异与小头畸形相关，并通过人诱导多能干细胞生成的大脑类器官模型揭示了其分子机制	样本量较小，且仅限于特定家族，可能影响结果的普遍性	探讨PNPLA8基因变异与神经发育障碍之间的关系及其分子机制	PNPLA8基因、基底放射状胶质细胞、大脑类器官	NA	神经发育障碍	空间转录组学	NA	基因数据	25名受影响的个体，来自20个家庭
547	2024-11-08	Multi-bioinformatics revealed potential biomarkers and repurposed drugs for gastric adenocarcinoma-related gastric intestinal metaplasia 2024-Nov-04, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-024-00455-0 PMID:39496635	研究论文	本研究利用多组学生物信息学方法揭示了胃腺癌相关胃肠化生的潜在生物标志物和重新定位药物	首次综合利用多种生物信息学工具，包括基因表达矩阵、单细胞RNA测序数据分析、信号通路分析等，揭示胃腺癌相关胃肠化生的潜在生物标志物和治疗靶点	研究样本量较小，仅包括16名患者，可能影响结果的普适性	揭示胃腺癌相关胃肠化生的潜在生物标志物和预测潜在的药物重新定位	胃腺癌相关胃肠化生的生物标志物和治疗靶点	生物信息学	胃癌	基因表达矩阵、单细胞RNA测序、信号通路分析、分子对接分析	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据、免疫组化数据	16名胃腺癌相关胃肠化生患者，共64个样本
548	2024-11-08	Immunopathological markers and cell types linked to COVID-19 symptom manifestation 2024-Nov-04, BMC infectious diseases IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12879-024-10139-z PMID:39497098	研究论文	研究分析了与COVID-19症状表现相关的免疫病理学标志物和细胞类型	首次通过血液蛋白因子分析和单细胞RNA测序数据，识别出与COVID-19症状相关的关键蛋白因子和特定细胞类型	研究样本量有限，未来需要进一步验证和扩展研究结果	深入理解COVID-19的免疫病理机制，为开发靶向治疗和预防措施提供依据	COVID-19症状相关的免疫病理学标志物和细胞类型	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	LASSO算法	血液蛋白因子数据	420名个体（包括健康、无症状和有症状患者）和141名个体的单细胞RNA测序数据
549	2024-11-08	Shared and unique patterns of autonomous human endogenous retrovirus loci transcriptomes in CD14 + monocytes from individuals with physical trauma or infection with COVID-19 2024-Nov-04, Retrovirology IF:2.7Q3 DOI:10.1186/s12977-024-00652-z PMID:39497142	研究论文	研究探讨了在物理创伤或COVID-19感染情况下，CD14+单核细胞中人类内源性逆转录病毒（HERV）位点的转录组模式	首次在单细胞RNA测序数据中分析了HERV位点在不同病理条件下的转录组模式，并发现了共享和独特的HERV位点	研究仅限于CD14+单核细胞，未涉及其他免疫细胞类型	探讨HERV在不同病理条件下对先天免疫细胞的调控作用	CD14+单核细胞中的HERV位点转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	21名正常个体和物理创伤或COVID-19感染患者的样本
550	2024-11-08	Cancer-associated fibroblasts shape early myeloid cell response to chemotherapy-induced immunogenic signals in next generation tumor organoid cultures 2024-Nov-04, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009494 PMID:39500527	研究论文	研究了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在化疗诱导的免疫信号下对早期髓系细胞反应的影响，使用下一代肿瘤类器官培养系统	首次在复杂的初级共培养系统中研究了CAFs、肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和类器官之间的相互作用，并评估了化疗和溶瘤病毒治疗对这些细胞的影响	研究主要集中在结直肠癌（CRC），可能不适用于其他类型的癌症	探讨CAFs在化疗诱导的免疫信号下对早期髓系细胞反应的影响，并评估其在肿瘤微环境中的作用	癌症相关成纤维细胞（CAFs）、肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）、结直肠癌细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组学、流式细胞术	NA	细胞	从手术切除中获得的初级类器官和患者匹配的CAF培养物
551	2024-11-08	Combining genetic and single-cell expression data reveals cell types and novel candidate genes for orofacial clefting 2024-11-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-77724-9 PMID:39489835	研究论文	结合遗传数据和单细胞表达数据，揭示了与口腔颌面裂相关的细胞类型和新候选基因	开发了单细胞疾病相关性评分（scDRS）方法，结合基因共表达网络和差异基因表达分析，优先筛选出与口腔颌面裂相关的候选基因	NA	揭示非综合征性唇裂伴/不伴腭裂（nsCL/P）的效应基因和受风险等位基因影响的细胞类型	非综合征性唇裂伴/不伴腭裂（nsCL/P）的遗传风险变异和相关细胞类型	基因组学	先天性畸形	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自未受影响的人类胚胎头部的单细胞RNA测序数据
552	2024-11-08	Single-cell RNA-sequencing reveals a unique landscape of the tumor microenvironment in obesity-associated breast cancer 2024-Nov, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-024-03161-7 PMID:39300255	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了肥胖与非肥胖乳腺癌患者的肿瘤微环境，揭示了肥胖相关乳腺癌的独特分子特征	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了肥胖相关乳腺癌中肿瘤微环境的异质性，并发现了肥胖特异性巨噬细胞通过调节NR1H3和FABP4表达促进肿瘤细胞增殖的机制	研究样本量较小，仅包括6名患者，可能影响结果的普适性	探讨肥胖与乳腺癌之间的分子联系，特别是肥胖如何影响肿瘤微环境	肥胖与非肥胖乳腺癌患者的肿瘤组织	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	6名肥胖与非肥胖乳腺癌患者，共分析了48,033个细胞
553	2024-11-08	Hepatocellular carcinoma-specific epigenetic checkpoints bidirectionally regulate the antitumor immunity of CD4 + T cells 2024-Nov, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-024-01215-0 PMID:39300319	研究论文	研究探讨了肝细胞癌（HCC）中CD4 T细胞的抗肿瘤免疫机制，特别是MATR3作为表观遗传调控因子在Tconv细胞功能和免疫逃避中的作用	首次揭示了MATR3在HCC微环境中双向调节Tconv细胞抗肿瘤免疫的作用，为HCC治疗提供了新的靶点	研究主要集中在体外和体内实验，缺乏临床数据支持	探讨肝细胞癌中CD4 T细胞的抗肿瘤免疫机制	肝细胞癌（HCC）中的CD4 T细胞和表观遗传调控因子MATR3	数字病理学	肝癌	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	具体样本数量未在摘要中提及
554	2024-11-08	Brain single-cell transcriptomics highlights comorbidity-related cell type-specific changes of Parkinson's disease with major depressive disorder after paraquat exposure 2024-Nov-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.117193 PMID:39413649	研究论文	研究使用单细胞RNA测序分析了在百草枯暴露下，帕金森病与重度抑郁症共病相关的细胞类型特异性变化	首次使用单细胞RNA测序揭示了在百草枯暴露模型中帕金森病与重度抑郁症共病的细胞异质性，并识别出与共病相关的主要星形胶质细胞亚型	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现	探讨在百草枯暴露下，帕金森病与重度抑郁症共病的细胞类型特异性变化及其潜在机制	小鼠脑组织中的单细胞RNA测序数据	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠脑组织样本
555	2024-11-08	Extracellular vesicles from human-induced pluripotent stem cell-derived neural stem cells alleviate proinflammatory cascades within disease-associated microglia in Alzheimer's disease 2024-Nov, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1 DOI:10.1002/jev2.12519 PMID:39499013	研究论文	研究探讨了源自人诱导多能干细胞衍生的神经干细胞的外泌体在阿尔茨海默病模型中对疾病相关小胶质细胞的抗炎作用	首次展示了源自人诱导多能干细胞衍生的神经干细胞的外泌体在阿尔茨海默病模型中抑制神经炎症信号通路的有效性	NA	探索源自人诱导多能干细胞衍生的神经干细胞的外泌体在阿尔茨海默病中的抗炎作用	源自人诱导多能干细胞衍生的神经干细胞的外泌体、阿尔茨海默病模型中的小胶质细胞和星形胶质细胞	NA	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	3个月大的5xFAD小鼠
556	2024-11-07	CD137 Protein Expression Pattern Determines the Functional Role of Galectin-9 in Colorectal Cancer 2024-Nov-06, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mc.23838 PMID:39503215	研究论文	本研究利用单细胞测序技术分析结直肠癌（CRC）数据，开发了一种新的临床预后工具，并探讨了LGALS9基因作为潜在治疗靶点的可能性	本研究首次基于单细胞测序数据开发了CRC预后评分系统（SDRS），并发现LGALS9在CRC中的表达与CD137密切相关，提示LGALS9可能作为治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类CRC样本中验证SDRS的预后价值和LGALS9的治疗潜力	开发新的CRC临床预后工具，并探索LGALS9作为潜在治疗靶点	结直肠癌（CRC）患者的单细胞测序数据和LGALS9基因及其蛋白Galectin-9的功能	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	NA	单细胞数据	小鼠CRC模型和CRC患者的单细胞测序数据
557	2024-11-07	Efficient Predictor for Immunotherapy Efficacy: Detecting Pan-Clones Effector Tumor Antigen Antigen-Specific T Cells in Blood by Nanoparticles Loading Whole Tumor Antigens 2024-Nov-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409913 PMID:39498880	研究论文	研究利用纳米颗粒负载的全肿瘤抗原检测血液中泛克隆效应肿瘤抗原特异性T细胞，以预测免疫治疗效果	开发了一种新的方法，通过纳米颗粒负载的全肿瘤抗原检测血液中的泛克隆效应肿瘤抗原特异性T细胞，以非侵入性方式预测免疫治疗效果	NA	开发一种高效、特异、非侵入性的生物标志物，用于预测免疫治疗在肺癌和其他癌症中的疗效	肺癌患者血液中的效应肿瘤抗原特异性T细胞	数字病理学	肺癌	纳米颗粒技术	NA	血液样本	NA
558	2024-11-07	Sirtuin1 Suppresses Calcium Oxalate Nephropathy via Inhibition of Renal Proximal Tubular Cell Ferroptosis Through PGC-1α-mediated Transcriptional Coactivation 2024-Nov-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202408945 PMID:39498889	研究论文	研究探讨了Sirtuin1通过抑制肾近端小管细胞铁死亡来抑制草酸钙肾病的作用机制	首次揭示了Sirtuin1通过PGC-1α介导的转录共激活作用抑制肾近端小管细胞铁死亡，从而减轻草酸钙晶体引起的肾脏损伤	研究仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证	探讨草酸钙晶体引起的肾脏损伤机制，并寻找潜在的治疗靶点	草酸钙晶体引起的肾病及其相关机制	NA	肾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	小鼠肾脏样本
559	2024-11-07	Enhanced BMP Signaling Alters Human β-Cell Identity and Function 2024-Nov-05, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202400470 PMID:39499224	研究论文	本文研究了增强的BMP信号通路对人类β细胞身份和功能的影响	首次揭示了炎症激活的BMP信号通路对胰腺β细胞的负面影响，并提出BMP信号通路可作为保护β细胞身份和功能的治疗靶点	仅限于体外实验和单细胞转录组分析，缺乏体内实验验证	探讨炎症诱导的β细胞功能障碍与BMP信号通路的关系，寻找潜在的治疗策略	人类胰腺β细胞	NA	糖尿病	单细胞转录组分析，qPCR	NA	基因表达数据	NA
560	2024-11-07	Targeting SLITRK4 Restrains Proliferation and Liver Metastasis in Colorectal Cancer via Regulating PI3K/AKT/NFκB Pathway and Tumor-Associated Macrophage 2024-Nov-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202400367 PMID:39499724	研究论文	研究探讨了SLITRK4在结直肠癌肝转移中的作用及其机制	发现SLITRK4是结直肠癌肝转移中的关键基因，并通过调节PI3K/AKT/NFκB通路和肿瘤相关巨噬细胞影响肿瘤微环境	NA	探索结直肠癌肝转移的新驱动因素及其治疗潜力	结直肠癌患者的原发肿瘤、癌旁组织和肝转移组织	NA	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA