单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2024-11-08	Immunopathological markers and cell types linked to COVID-19 symptom manifestation 2024-Nov-04, BMC infectious diseases IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12879-024-10139-z PMID:39497098	研究论文	研究分析了与COVID-19症状表现相关的免疫病理学标志物和细胞类型	首次通过血液蛋白因子分析和单细胞RNA测序数据，识别出与COVID-19症状相关的关键蛋白因子和特定细胞类型	研究样本量有限，未来需要进一步验证和扩展研究结果	深入理解COVID-19的免疫病理机制，为开发靶向治疗和预防措施提供依据	COVID-19症状相关的免疫病理学标志物和细胞类型	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	LASSO算法	血液蛋白因子数据	420名个体（包括健康、无症状和有症状患者）和141名个体的单细胞RNA测序数据
502	2024-11-08	Shared and unique patterns of autonomous human endogenous retrovirus loci transcriptomes in CD14 + monocytes from individuals with physical trauma or infection with COVID-19 2024-Nov-04, Retrovirology IF:2.7Q3 DOI:10.1186/s12977-024-00652-z PMID:39497142	研究论文	研究探讨了在物理创伤或COVID-19感染情况下，CD14+单核细胞中人类内源性逆转录病毒（HERV）位点的转录组模式	首次在单细胞RNA测序数据中分析了HERV位点在不同病理条件下的转录组模式，并发现了共享和独特的HERV位点	研究仅限于CD14+单核细胞，未涉及其他免疫细胞类型	探讨HERV在不同病理条件下对先天免疫细胞的调控作用	CD14+单核细胞中的HERV位点转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	21名正常个体和物理创伤或COVID-19感染患者的样本
503	2024-11-08	Cancer-associated fibroblasts shape early myeloid cell response to chemotherapy-induced immunogenic signals in next generation tumor organoid cultures 2024-Nov-04, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009494 PMID:39500527	研究论文	研究了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在化疗诱导的免疫信号下对早期髓系细胞反应的影响，使用下一代肿瘤类器官培养系统	首次在复杂的初级共培养系统中研究了CAFs、肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和类器官之间的相互作用，并评估了化疗和溶瘤病毒治疗对这些细胞的影响	研究主要集中在结直肠癌（CRC），可能不适用于其他类型的癌症	探讨CAFs在化疗诱导的免疫信号下对早期髓系细胞反应的影响，并评估其在肿瘤微环境中的作用	癌症相关成纤维细胞（CAFs）、肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）、结直肠癌细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组学、流式细胞术	NA	细胞	从手术切除中获得的初级类器官和患者匹配的CAF培养物
504	2024-11-08	Combining genetic and single-cell expression data reveals cell types and novel candidate genes for orofacial clefting 2024-11-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-77724-9 PMID:39489835	研究论文	结合遗传数据和单细胞表达数据，揭示了与口腔颌面裂相关的细胞类型和新候选基因	开发了单细胞疾病相关性评分（scDRS）方法，结合基因共表达网络和差异基因表达分析，优先筛选出与口腔颌面裂相关的候选基因	NA	揭示非综合征性唇裂伴/不伴腭裂（nsCL/P）的效应基因和受风险等位基因影响的细胞类型	非综合征性唇裂伴/不伴腭裂（nsCL/P）的遗传风险变异和相关细胞类型	基因组学	先天性畸形	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自未受影响的人类胚胎头部的单细胞RNA测序数据
505	2024-11-08	Single-cell RNA-sequencing reveals a unique landscape of the tumor microenvironment in obesity-associated breast cancer 2024-Nov, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-024-03161-7 PMID:39300255	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了肥胖与非肥胖乳腺癌患者的肿瘤微环境，揭示了肥胖相关乳腺癌的独特分子特征	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了肥胖相关乳腺癌中肿瘤微环境的异质性，并发现了肥胖特异性巨噬细胞通过调节NR1H3和FABP4表达促进肿瘤细胞增殖的机制	研究样本量较小，仅包括6名患者，可能影响结果的普适性	探讨肥胖与乳腺癌之间的分子联系，特别是肥胖如何影响肿瘤微环境	肥胖与非肥胖乳腺癌患者的肿瘤组织	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	6名肥胖与非肥胖乳腺癌患者，共分析了48,033个细胞
506	2024-11-08	Hepatocellular carcinoma-specific epigenetic checkpoints bidirectionally regulate the antitumor immunity of CD4 + T cells 2024-Nov, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-024-01215-0 PMID:39300319	研究论文	研究探讨了肝细胞癌（HCC）中CD4 T细胞的抗肿瘤免疫机制，特别是MATR3作为表观遗传调控因子在Tconv细胞功能和免疫逃避中的作用	首次揭示了MATR3在HCC微环境中双向调节Tconv细胞抗肿瘤免疫的作用，为HCC治疗提供了新的靶点	研究主要集中在体外和体内实验，缺乏临床数据支持	探讨肝细胞癌中CD4 T细胞的抗肿瘤免疫机制	肝细胞癌（HCC）中的CD4 T细胞和表观遗传调控因子MATR3	数字病理学	肝癌	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	具体样本数量未在摘要中提及
507	2024-11-08	Brain single-cell transcriptomics highlights comorbidity-related cell type-specific changes of Parkinson's disease with major depressive disorder after paraquat exposure 2024-Nov-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.117193 PMID:39413649	研究论文	研究使用单细胞RNA测序分析了在百草枯暴露下，帕金森病与重度抑郁症共病相关的细胞类型特异性变化	首次使用单细胞RNA测序揭示了在百草枯暴露模型中帕金森病与重度抑郁症共病的细胞异质性，并识别出与共病相关的主要星形胶质细胞亚型	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现	探讨在百草枯暴露下，帕金森病与重度抑郁症共病的细胞类型特异性变化及其潜在机制	小鼠脑组织中的单细胞RNA测序数据	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠脑组织样本
508	2024-11-07	Inhibition of SUMOylation Induces Adaptive Antitumor Immunity against Pancreatic Cancer through Multiple Effects on the Tumor Microenvironment 2024-Nov-04, Molecular cancer therapeutics IF:5.3Q1 DOI:10.1158/1535-7163.MCT-23-0572 PMID:39150446	研究论文	研究通过抑制SUMOylation诱导胰腺癌的适应性抗肿瘤免疫，并探讨其在肿瘤微环境中的多重效应	首次探讨了SUMOylation抑制在胰腺癌肿瘤微环境中对适应性抗肿瘤免疫的影响	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在临床试验中验证	探索改善胰腺导管腺癌患者预后的新治疗靶点	胰腺导管腺癌及其肿瘤微环境	NA	胰腺癌	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	使用临床相关的小鼠胰腺癌模型进行研究
509	2024-11-07	CRISPR Screening of Transcribed Super-Enhancers Identifies Drivers of Triple-Negative Breast Cancer Progression 2024-Nov-04, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3995 PMID:39186674	研究论文	研究通过CRISPR筛选转录超级增强子，识别三阴性乳腺癌进展的驱动因素	系统分析了三阴性乳腺癌特异性转录增强子的调控机制及其非编码增强子RNA（eRNA）转录本，并使用高吞吐量CRISPR干扰实验结合RNA测序，无偏倚地检测了全基因组的目标基因	NA	探讨eRNA产生的超级增强子如何驱动基因表达网络，从而影响三阴性乳腺癌的生物学特性	三阴性乳腺癌（TNBC）的转录超级增强子及其eRNA转录本	数字病理学	乳腺癌	CRISPR干扰、RNA测序、Hi-C染色质相互作用图谱、单细胞RNA测序、高吞吐量测序	NA	基因组数据、转录组数据	NA
510	2024-11-07	Single-cell sequencing: Current applications in various tuberculosis specimen types 2024-Nov, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13698 PMID:38956399	综述	本文综述了单细胞测序技术在结核病研究中的应用，特别是其在分析不同来源结核病样本中的应用	单细胞测序技术具有高分辨率，能够超越传统技术，揭示与结核病发病机制相关的免疫细胞亚群的组成和比例	NA	探讨单细胞测序技术在结核病研究中的临床应用潜力	结核病样本，主要包括外周血和肺部样本	数字病理学	结核病	单细胞测序	NA	细胞	NA
511	2024-11-07	Combined lineage tracing and scRNA-seq reveal the activation of Sox9+ cells in renal regeneration with PGE2 treatment 2024-Nov, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13679 PMID:38801100	研究论文	研究揭示了PGE2处理下Sox9+细胞在肾再生中的激活机制	首次结合谱系追踪和单细胞RNA测序技术，揭示了PGE2在急性肾损伤后激活Sox9+细胞并促进其分化为近端小管上皮细胞的机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中验证	揭示内源性再生和修复机制，开发针对驻留干细胞谱系的特定疗法	Sox9+干细胞在急性肾损伤后的命运决定机制	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	Sox9谱系追踪小鼠模型中的样本
512	2024-11-07	Macrophages in the infarcted heart acquire a fibrogenic phenotype, expressing matricellular proteins, but do not undergo fibroblast conversion 2024-Nov, Journal of molecular and cellular cardiology IF:4.9Q2 DOI:10.1016/j.yjmcc.2024.07.010 PMID:39089570	研究论文	研究探讨了心肌梗死后巨噬细胞是否转化为成纤维细胞及其对细胞外基质表达的影响	首次通过谱系追踪和单细胞转录组学方法，证明了心肌梗死后的巨噬细胞并未转化为成纤维细胞，但表达多种促纤维化基质蛋白	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类心肌梗死的数据	验证心肌梗死后巨噬细胞是否转化为成纤维细胞，并分析其细胞外基质表达特征	心肌梗死后的巨噬细胞及其细胞外基质表达	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠心肌梗死模型
513	2024-11-07	Immunologic Profiling of CSF in Subarachnoid Neurocysticercosis Reveals Specific Interleukin-10-Producing Cell Populations During Treatment 2024-Nov, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation DOI:10.1212/NXI.0000000000200320 PMID:39475624	研究论文	研究了在治疗期间，蛛网膜下腔神经囊虫病（SANCC）患者脑脊液（CSF）中免疫细胞群体的特征，特别是IL-10产生细胞的分布和作用	首次全面分析了SANCC患者CSF和外周血中IL-10产生细胞的多样性和动态变化	样本量较小，仅包括5名患者，可能影响结果的普遍性	深入理解SANCC的免疫学机制，特别是IL-10在治疗过程中的作用	SANCC患者的脑脊液和外周血中的免疫细胞群体	NA	神经囊虫病	单细胞RNA测序和流式细胞术	NA	细胞	5名SANCC患者，共8份脑脊液样本和4份匹配的外周血样本
514	2024-11-07	Construction of a Prognostic Model for Mitochondria and Macrophage Polarization Correlation in Glioma Based on Single-Cell and Transcriptome Sequencing 2024-Nov, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70083 PMID:39491527	研究论文	本研究通过生物信息学分析构建了一个基于线粒体和巨噬细胞极化相关基因的胶质瘤预后模型	揭示了与胶质瘤预后相关的五个基因（ECI2, MCCC2, OXCT1, SUCLG2, 和 CPT2），为个性化治疗和预后提供了新的见解	NA	探讨线粒体相关基因和巨噬细胞极化相关基因与胶质瘤预后的关系	胶质瘤患者的预后预测	生物信息学	脑肿瘤	单细胞RNA测序和转录组测序	风险模型	基因表达数据	包括TCGA-GBMLGG, mRNA-seq-325, mRNA-seq-693, GSE16011, GSE4290, 和 GSE138794等多个数据集
515	2024-11-06	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Metabolic Stress-Dependent Activation of Cardiac Macrophages in a Model of Dyslipidemia-Induced Diastolic Dysfunction 2024-Nov-05, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.122.062984 PMID:38126199	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了高脂饮食诱导的ApoE敲除小鼠模型中心脏细胞的表达谱，揭示了代谢应激对心脏巨噬细胞的激活作用及其在舒张功能障碍中的作用	首次揭示了代谢应激通过内质网应激途径直接激活心脏巨噬细胞，并提出了钠-葡萄糖共转运蛋白2抑制剂作为治疗HFpEF特定表型的潜在疗法	NA	探讨代谢应激对心脏炎症细胞的影响，特别是巨噬细胞，并评估钠-葡萄糖共转运蛋白2抑制剂的潜在治疗效果	ApoE敲除小鼠模型中的心脏细胞和巨噬细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	ApoE敲除小鼠
516	2024-11-06	Multiple Machine Learning Identifies Key Gene PHLDA1 Suppressing NAFLD Progression 2024-Nov-04, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-024-02164-6 PMID:39496918	研究论文	本研究通过多重机器学习策略识别出关键基因PHLDA1，该基因在非酒精性脂肪肝病（NAFLD）进展中起抑制作用	本研究首次通过多重机器学习策略识别出PHLDA1基因，并验证其在NAFLD进展中的抑制作用	本研究主要基于细胞和小鼠模型进行验证，尚未在人体临床试验中验证PHLDA1的疗效	识别和验证新的NAFLD生物标志物，以促进其预测、预防和个性化治疗	NAFLD相关基因和免疫细胞	机器学习	非酒精性脂肪肝病	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CIBERSORT分析	多种机器学习模型	基因表达数据	三个NAFLD数据集中的23个重叠差异表达基因（DEGs），以及细胞和小鼠NAFLD模型
517	2024-11-06	The study of Alzheimer's disease risk diagnosis based on natural killer cell marker genes in the multi-omics data 2024-Nov-03, Journal of Alzheimer's disease : JAD DOI:10.1177/13872877241295316 PMID:39497294	研究论文	研究基于自然杀伤细胞标记基因的多组学数据进行阿尔茨海默病风险诊断	提出了一种新的特征选择算法ADGCN，并基于17个特征基因构建了诊断模型	NA	识别与阿尔茨海默病相关的特征基因，构建诊断模型并探索其潜在的生物学机制	自然杀伤细胞标记基因	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	ADGCN-XGBoost	多组学数据	NA
518	2024-11-06	Single-cell transcriptomics reveals IRF7 regulation of the tumor microenvironment in isocitrate dehydrogenase wild-type glioma 2024-Nov, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.754 PMID:39492838	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和空间转录组测序分析了IDH突变型和野生型胶质瘤患者的细胞亚群基因表达调控网络，揭示了IRF7在IDH野生型胶质瘤微环境中的调控作用	首次系统地建立了IDH转录活性在胶质瘤中的单细胞水平调控机制，并绘制了相应的细胞图谱	NA	探讨IDH突变型和野生型胶质瘤的基因表达调控网络及其在肿瘤微环境中的作用	IDH突变型和野生型胶质瘤患者的细胞亚群	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序、空间转录组测序	机器学习模型	RNA	IDH突变型和野生型胶质瘤患者
519	2024-11-04	Deciphering craniopharyngioma subtypes: Single-cell analysis of tumor microenvironment and immune networks 2024-Nov-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111068 PMID:39483146	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了颅咽管瘤（包括成釉细胞瘤型和鳞状乳头状型）的肿瘤微环境和免疫网络	首次通过单细胞RNA测序揭示了成釉细胞瘤型和鳞状乳头状型颅咽管瘤的细胞组成、肿瘤组织多样性和细胞间相互作用	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术揭示颅咽管瘤的细胞组成和免疫网络	成釉细胞瘤型和鳞状乳头状型颅咽管瘤	数字病理学	颅咽管瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
520	2024-11-04	Investigation of human aging at the single-cell level 2024-Nov, Ageing research reviews IF:12.5Q1 DOI:10.1016/j.arr.2024.102530 PMID:39395577	综述	本文综述了单细胞测序技术在人类衰老研究中的应用	本文讨论了多种单细胞测序技术在人类衰老研究中的应用，并探讨了多组学层在单细胞中的结合以及与空间转录组学和质谱等先进方法的整合	NA	探讨单细胞测序技术在人类衰老研究中的应用	人类衰老的机制和相关疾病	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组、转录组、表观基因组和蛋白质组数据	NA