单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2024-11-09	SHP2-Triggered Endothelial Cell Activation Fuels Estradiol-Independent Endometrial Sterile Inflammation 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202403038 PMID:39234819	研究论文	研究了SHP2在雌激素非依赖性子宫内膜无菌炎症中的作用	首次揭示了SHP2在子宫内膜内皮细胞中的上调促进炎症激活和巨噬细胞迁移，从而维持无菌炎症	研究主要在动物模型中进行，需要进一步在人体中验证	探讨雌激素诱导的无菌炎症如何调节子宫内膜增生	子宫内膜内皮细胞和巨噬细胞	NA	子宫内膜增生	单细胞RNA测序、RNA测序、磷酸化蛋白质组分析	NA	RNA	小鼠模型
502	2024-11-09	Epigenetic Dynamics in Reprogramming to Dopaminergic Neurons for Parkinson's Disease 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202403105 PMID:39279468	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析多巴胺能神经元重编程的轨迹，揭示了重编程过程中的关键调控因子Arid4b	首次揭示了Arid4b在多巴胺能神经元重编程中的关键作用，并通过过表达Arid4b提高了重编程效率	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证	揭示多巴胺能神经元重编程的分子机制，为帕金森病的治疗提供新策略	多巴胺能神经元的重编程过程及其关键调控因子	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	小鼠脑组织样本
503	2024-11-09	Differentiating visceral sensory ganglion organoids from induced pluripotent stem cells 2024-Nov, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02455-8 PMID:39438735	研究论文	本文介绍了从诱导多能干细胞（iPS细胞）生成内脏感觉神经元（VSN）的方法，并探讨了其在神经系统疾病中的应用	本文首次建立了从人类iPS细胞分化出内脏感觉神经节类器官（VSGOs）的协议，并将其应用于阿尔茨海默病的研究	NA	研究内脏感觉神经元在神经系统疾病中的作用	内脏感觉神经元（VSN）和内脏感觉神经节类器官（VSGOs）	NA	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
504	2024-11-08	Stem cell transplantation extends the reproductive life span of naturally aging cynomolgus monkeys 2024-Nov-05, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-024-00726-4 PMID:39496598	研究论文	研究探讨了间充质干细胞移植对自然衰老的食蟹猴卵巢功能的影响	首次证明了人胚胎干细胞衍生的MSC样细胞（M细胞）移植可以显著改善自然衰老卵巢的功能，并成功诞生了健康的幼猴	研究仅在食蟹猴模型中进行，尚未在人类中验证	探讨间充质干细胞移植对自然衰老卵巢功能的影响及其分子机制	自然衰老的食蟹猴卵巢	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了自然衰老的食蟹猴模型
505	2024-11-08	Biallelic null variants in PNPLA8 cause microcephaly by reducing the number of basal radial glia 2024-Nov-04, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awae185 PMID:39082157	研究论文	本文研究了PNPLA8基因的双等位基因缺失变异如何通过减少基底放射状胶质细胞的数量导致小头畸形	首次发现PNPLA8基因的双等位基因缺失变异与小头畸形相关，并通过人诱导多能干细胞生成的大脑类器官模型揭示了其分子机制	样本量较小，且仅限于特定家族，可能影响结果的普遍性	探讨PNPLA8基因变异与神经发育障碍之间的关系及其分子机制	PNPLA8基因、基底放射状胶质细胞、大脑类器官	NA	神经发育障碍	空间转录组学	NA	基因数据	25名受影响的个体，来自20个家庭
506	2024-11-08	Multi-bioinformatics revealed potential biomarkers and repurposed drugs for gastric adenocarcinoma-related gastric intestinal metaplasia 2024-Nov-04, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-024-00455-0 PMID:39496635	研究论文	本研究利用多组学生物信息学方法揭示了胃腺癌相关胃肠化生的潜在生物标志物和重新定位药物	首次综合利用多种生物信息学工具，包括基因表达矩阵、单细胞RNA测序数据分析、信号通路分析等，揭示胃腺癌相关胃肠化生的潜在生物标志物和治疗靶点	研究样本量较小，仅包括16名患者，可能影响结果的普适性	揭示胃腺癌相关胃肠化生的潜在生物标志物和预测潜在的药物重新定位	胃腺癌相关胃肠化生的生物标志物和治疗靶点	生物信息学	胃癌	基因表达矩阵、单细胞RNA测序、信号通路分析、分子对接分析	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据、免疫组化数据	16名胃腺癌相关胃肠化生患者，共64个样本
507	2024-11-08	Immunopathological markers and cell types linked to COVID-19 symptom manifestation 2024-Nov-04, BMC infectious diseases IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12879-024-10139-z PMID:39497098	研究论文	研究分析了与COVID-19症状表现相关的免疫病理学标志物和细胞类型	首次通过血液蛋白因子分析和单细胞RNA测序数据，识别出与COVID-19症状相关的关键蛋白因子和特定细胞类型	研究样本量有限，未来需要进一步验证和扩展研究结果	深入理解COVID-19的免疫病理机制，为开发靶向治疗和预防措施提供依据	COVID-19症状相关的免疫病理学标志物和细胞类型	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	LASSO算法	血液蛋白因子数据	420名个体（包括健康、无症状和有症状患者）和141名个体的单细胞RNA测序数据
508	2024-11-08	Shared and unique patterns of autonomous human endogenous retrovirus loci transcriptomes in CD14 + monocytes from individuals with physical trauma or infection with COVID-19 2024-Nov-04, Retrovirology IF:2.7Q3 DOI:10.1186/s12977-024-00652-z PMID:39497142	研究论文	研究探讨了在物理创伤或COVID-19感染情况下，CD14+单核细胞中人类内源性逆转录病毒（HERV）位点的转录组模式	首次在单细胞RNA测序数据中分析了HERV位点在不同病理条件下的转录组模式，并发现了共享和独特的HERV位点	研究仅限于CD14+单核细胞，未涉及其他免疫细胞类型	探讨HERV在不同病理条件下对先天免疫细胞的调控作用	CD14+单核细胞中的HERV位点转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	21名正常个体和物理创伤或COVID-19感染患者的样本
509	2024-11-08	Cancer-associated fibroblasts shape early myeloid cell response to chemotherapy-induced immunogenic signals in next generation tumor organoid cultures 2024-Nov-04, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009494 PMID:39500527	研究论文	研究了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在化疗诱导的免疫信号下对早期髓系细胞反应的影响，使用下一代肿瘤类器官培养系统	首次在复杂的初级共培养系统中研究了CAFs、肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和类器官之间的相互作用，并评估了化疗和溶瘤病毒治疗对这些细胞的影响	研究主要集中在结直肠癌（CRC），可能不适用于其他类型的癌症	探讨CAFs在化疗诱导的免疫信号下对早期髓系细胞反应的影响，并评估其在肿瘤微环境中的作用	癌症相关成纤维细胞（CAFs）、肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）、结直肠癌细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组学、流式细胞术	NA	细胞	从手术切除中获得的初级类器官和患者匹配的CAF培养物
510	2024-11-08	Combining genetic and single-cell expression data reveals cell types and novel candidate genes for orofacial clefting 2024-11-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-77724-9 PMID:39489835	研究论文	结合遗传数据和单细胞表达数据，揭示了与口腔颌面裂相关的细胞类型和新候选基因	开发了单细胞疾病相关性评分（scDRS）方法，结合基因共表达网络和差异基因表达分析，优先筛选出与口腔颌面裂相关的候选基因	NA	揭示非综合征性唇裂伴/不伴腭裂（nsCL/P）的效应基因和受风险等位基因影响的细胞类型	非综合征性唇裂伴/不伴腭裂（nsCL/P）的遗传风险变异和相关细胞类型	基因组学	先天性畸形	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自未受影响的人类胚胎头部的单细胞RNA测序数据
511	2024-11-08	Single-cell RNA-sequencing reveals a unique landscape of the tumor microenvironment in obesity-associated breast cancer 2024-Nov, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-024-03161-7 PMID:39300255	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了肥胖与非肥胖乳腺癌患者的肿瘤微环境，揭示了肥胖相关乳腺癌的独特分子特征	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了肥胖相关乳腺癌中肿瘤微环境的异质性，并发现了肥胖特异性巨噬细胞通过调节NR1H3和FABP4表达促进肿瘤细胞增殖的机制	研究样本量较小，仅包括6名患者，可能影响结果的普适性	探讨肥胖与乳腺癌之间的分子联系，特别是肥胖如何影响肿瘤微环境	肥胖与非肥胖乳腺癌患者的肿瘤组织	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	6名肥胖与非肥胖乳腺癌患者，共分析了48,033个细胞
512	2024-11-08	Hepatocellular carcinoma-specific epigenetic checkpoints bidirectionally regulate the antitumor immunity of CD4 + T cells 2024-Nov, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-024-01215-0 PMID:39300319	研究论文	研究探讨了肝细胞癌（HCC）中CD4 T细胞的抗肿瘤免疫机制，特别是MATR3作为表观遗传调控因子在Tconv细胞功能和免疫逃避中的作用	首次揭示了MATR3在HCC微环境中双向调节Tconv细胞抗肿瘤免疫的作用，为HCC治疗提供了新的靶点	研究主要集中在体外和体内实验，缺乏临床数据支持	探讨肝细胞癌中CD4 T细胞的抗肿瘤免疫机制	肝细胞癌（HCC）中的CD4 T细胞和表观遗传调控因子MATR3	数字病理学	肝癌	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	具体样本数量未在摘要中提及
513	2024-11-08	Brain single-cell transcriptomics highlights comorbidity-related cell type-specific changes of Parkinson's disease with major depressive disorder after paraquat exposure 2024-Nov-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.117193 PMID:39413649	研究论文	研究使用单细胞RNA测序分析了在百草枯暴露下，帕金森病与重度抑郁症共病相关的细胞类型特异性变化	首次使用单细胞RNA测序揭示了在百草枯暴露模型中帕金森病与重度抑郁症共病的细胞异质性，并识别出与共病相关的主要星形胶质细胞亚型	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现	探讨在百草枯暴露下，帕金森病与重度抑郁症共病的细胞类型特异性变化及其潜在机制	小鼠脑组织中的单细胞RNA测序数据	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠脑组织样本
514	2024-11-07	Inhibition of SUMOylation Induces Adaptive Antitumor Immunity against Pancreatic Cancer through Multiple Effects on the Tumor Microenvironment 2024-Nov-04, Molecular cancer therapeutics IF:5.3Q1 DOI:10.1158/1535-7163.MCT-23-0572 PMID:39150446	研究论文	研究通过抑制SUMOylation诱导胰腺癌的适应性抗肿瘤免疫，并探讨其在肿瘤微环境中的多重效应	首次探讨了SUMOylation抑制在胰腺癌肿瘤微环境中对适应性抗肿瘤免疫的影响	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在临床试验中验证	探索改善胰腺导管腺癌患者预后的新治疗靶点	胰腺导管腺癌及其肿瘤微环境	NA	胰腺癌	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	使用临床相关的小鼠胰腺癌模型进行研究
515	2024-11-07	CRISPR Screening of Transcribed Super-Enhancers Identifies Drivers of Triple-Negative Breast Cancer Progression 2024-Nov-04, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3995 PMID:39186674	研究论文	研究通过CRISPR筛选转录超级增强子，识别三阴性乳腺癌进展的驱动因素	系统分析了三阴性乳腺癌特异性转录增强子的调控机制及其非编码增强子RNA（eRNA）转录本，并使用高吞吐量CRISPR干扰实验结合RNA测序，无偏倚地检测了全基因组的目标基因	NA	探讨eRNA产生的超级增强子如何驱动基因表达网络，从而影响三阴性乳腺癌的生物学特性	三阴性乳腺癌（TNBC）的转录超级增强子及其eRNA转录本	数字病理学	乳腺癌	CRISPR干扰、RNA测序、Hi-C染色质相互作用图谱、单细胞RNA测序、高吞吐量测序	NA	基因组数据、转录组数据	NA
516	2024-11-07	Single-cell sequencing: Current applications in various tuberculosis specimen types 2024-Nov, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13698 PMID:38956399	综述	本文综述了单细胞测序技术在结核病研究中的应用，特别是其在分析不同来源结核病样本中的应用	单细胞测序技术具有高分辨率，能够超越传统技术，揭示与结核病发病机制相关的免疫细胞亚群的组成和比例	NA	探讨单细胞测序技术在结核病研究中的临床应用潜力	结核病样本，主要包括外周血和肺部样本	数字病理学	结核病	单细胞测序	NA	细胞	NA
517	2024-11-07	Combined lineage tracing and scRNA-seq reveal the activation of Sox9+ cells in renal regeneration with PGE2 treatment 2024-Nov, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13679 PMID:38801100	研究论文	研究揭示了PGE2处理下Sox9+细胞在肾再生中的激活机制	首次结合谱系追踪和单细胞RNA测序技术，揭示了PGE2在急性肾损伤后激活Sox9+细胞并促进其分化为近端小管上皮细胞的机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中验证	揭示内源性再生和修复机制，开发针对驻留干细胞谱系的特定疗法	Sox9+干细胞在急性肾损伤后的命运决定机制	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	Sox9谱系追踪小鼠模型中的样本
518	2024-11-07	Macrophages in the infarcted heart acquire a fibrogenic phenotype, expressing matricellular proteins, but do not undergo fibroblast conversion 2024-Nov, Journal of molecular and cellular cardiology IF:4.9Q2 DOI:10.1016/j.yjmcc.2024.07.010 PMID:39089570	研究论文	研究探讨了心肌梗死后巨噬细胞是否转化为成纤维细胞及其对细胞外基质表达的影响	首次通过谱系追踪和单细胞转录组学方法，证明了心肌梗死后的巨噬细胞并未转化为成纤维细胞，但表达多种促纤维化基质蛋白	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类心肌梗死的数据	验证心肌梗死后巨噬细胞是否转化为成纤维细胞，并分析其细胞外基质表达特征	心肌梗死后的巨噬细胞及其细胞外基质表达	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠心肌梗死模型
519	2024-11-07	Immunologic Profiling of CSF in Subarachnoid Neurocysticercosis Reveals Specific Interleukin-10-Producing Cell Populations During Treatment 2024-Nov, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation DOI:10.1212/NXI.0000000000200320 PMID:39475624	研究论文	研究了在治疗期间，蛛网膜下腔神经囊虫病（SANCC）患者脑脊液（CSF）中免疫细胞群体的特征，特别是IL-10产生细胞的分布和作用	首次全面分析了SANCC患者CSF和外周血中IL-10产生细胞的多样性和动态变化	样本量较小，仅包括5名患者，可能影响结果的普遍性	深入理解SANCC的免疫学机制，特别是IL-10在治疗过程中的作用	SANCC患者的脑脊液和外周血中的免疫细胞群体	NA	神经囊虫病	单细胞RNA测序和流式细胞术	NA	细胞	5名SANCC患者，共8份脑脊液样本和4份匹配的外周血样本
520	2024-11-07	Construction of a Prognostic Model for Mitochondria and Macrophage Polarization Correlation in Glioma Based on Single-Cell and Transcriptome Sequencing 2024-Nov, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70083 PMID:39491527	研究论文	本研究通过生物信息学分析构建了一个基于线粒体和巨噬细胞极化相关基因的胶质瘤预后模型	揭示了与胶质瘤预后相关的五个基因（ECI2, MCCC2, OXCT1, SUCLG2, 和 CPT2），为个性化治疗和预后提供了新的见解	NA	探讨线粒体相关基因和巨噬细胞极化相关基因与胶质瘤预后的关系	胶质瘤患者的预后预测	生物信息学	脑肿瘤	单细胞RNA测序和转录组测序	风险模型	基因表达数据	包括TCGA-GBMLGG, mRNA-seq-325, mRNA-seq-693, GSE16011, GSE4290, 和 GSE138794等多个数据集