单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
481	2024-11-15	Human vascularized macrophage-islet organoids to model immune-mediated pancreatic β cell pyroptosis upon viral infection 2024-Nov-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.08.007 PMID:39232561	研究论文	研究利用人类多能干细胞衍生的血管化巨噬细胞-胰岛类器官模型，模拟病毒感染下的免疫介导胰腺β细胞焦亡	开发了人类多能干细胞衍生的血管化巨噬细胞-胰岛类器官模型，用于研究免疫细胞介导的宿主损伤	NA	建立模型以研究免疫介导的宿主损伤和病毒暴露下的β细胞损伤机制	人类胰腺β细胞和巨噬细胞在病毒感染下的反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	类器官模型	基因表达数据	涉及COVID-19胰腺尸检样本和暴露于SARS-CoV-2或CVB4病毒的人类胰岛细胞
482	2024-11-15	Alveolar regeneration by airway secretory-cell-derived p63+ progenitors 2024-Nov-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.08.005 PMID:39232560	研究论文	研究报道了在博莱霉素诱导的小鼠肺损伤后，p63阳性祖细胞从气道分泌细胞中出现，并参与肺泡修复和再生	首次揭示了p63阳性祖细胞来源于气道分泌细胞，并在肺损伤后通过不同途径分化为肺泡I型和II型细胞	NA	阐明肺损伤后肺泡修复和再生的机制	p63阳性祖细胞的来源和分化途径	NA	NA	单细胞RNA测序、克隆分析、双重组酶介导的顺序遗传谱系追踪	NA	RNA	小鼠肺组织样本
483	2024-11-15	ScRNA-seq and bulk RNA-seq identified NUPR1 as novel biomarkers related to CD4 + T cells infiltration for abdominal aortic aneurysm 2024-Nov-07, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-024-10050-5 PMID:39508893	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序数据，识别出与腹主动脉瘤（AAA）中CD4+ T细胞浸润相关的NUPR1等新生物标志物	首次通过单细胞RNA测序和批量RNA测序结合，识别出与AAA中CD4+ T细胞浸润相关的NUPR1等新生物标志物，并开发了基于这些基因的诺模图及相关评分	研究主要基于GEO数据库的数据，未进行大规模临床验证	开发与CD4+ T细胞浸润相关的分子特征，以提高腹主动脉瘤的诊断准确性和治疗策略	腹主动脉瘤（AAA）中的CD4+ T细胞浸润及相关生物标志物	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序、批量RNA测序、qPCR、免疫组化	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中明确提及
484	2024-11-15	Convergent and divergent immune aberrations in COVID-19, post-COVID-19-Interstitial Lung Disease and Idiopathic Pulmonary Fibrosis 2024-Nov-07, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00528.2024 PMID:39510135	研究论文	研究COVID-19、后COVID-19间质性肺病和特发性肺纤维化中循环免疫细胞的转录和表型变化	识别了COVID-19中基于50基因特征的三种基因风险谱，并揭示了后COVID-19间质性肺病与特发性肺纤维化之间的基因组差异	样本量相对较小，且未涵盖所有可能的免疫细胞类型	研究COVID-19、后COVID-19间质性肺病和特发性肺纤维化中与死亡风险增加相关的免疫细胞转录和表型变化	COVID-19患者、后COVID-19间质性肺病患者、特发性肺纤维化患者及对照组的血液和外周血单核细胞	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	227名受试者
485	2024-11-15	[Molecular pathology of skin fragility] 2024-Nov-07, Dermatologie (Heidelberg, Germany) DOI:10.1007/s00105-024-05425-5 PMID:39510987	综述	本文综述了皮肤脆弱性的分子病理学，重点关注皮肤屏障功能的维持及其相关遗传和自身免疫疾病	本文结合现代技术如单细胞和空间转录组学以及人工智能算法，推进了人类皮肤的分子图谱研究	NA	探讨皮肤脆弱性的分子机制及其相关疾病	皮肤屏障功能、遗传和自身免疫疾病、皮肤粘附结构	数字病理学	NA	单细胞转录组学、空间转录组学	人工智能算法	转录组数据	NA
486	2024-11-15	Inorganic pyrophosphatase 1: a key player in immune and metabolic reprogramming in ankylosing spondylitis 2024-Nov-07, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-024-00308-0 PMID:39511317	研究论文	研究分析了免疫细胞、代谢物与强直性脊柱炎（AS）事件之间的关系，并通过孟德尔随机化（MR）和单细胞测序等技术，识别了关键基因和代谢差异	通过孟德尔随机化和单细胞测序技术，识别了与强直性脊柱炎相关的关键基因和代谢物，特别是无机焦磷酸酶1（PPA1）在CD8+记忆T细胞中的作用	研究样本量较小，仅涉及三名患者，可能影响结果的普适性	探讨免疫细胞和代谢物在强直性脊柱炎中的作用，并识别关键基因	强直性脊柱炎患者的椎骨骨髓血样中的免疫细胞和代谢物	NA	强直性脊柱炎	孟德尔随机化（MR）、单细胞测序	NA	基因表达数据	三名强直性脊柱炎患者和三名非强直性脊柱炎患者的椎骨骨髓血样
487	2024-11-15	Uncovering Molecular and Genetic Drivers of Dental Caries Via scRNA-seq and Mendelian Randomisation 2024-Nov-06, International dental journal IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.identj.2024.10.005 PMID:39510929	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和孟德尔随机化（MR）方法，揭示了牙釉质龋齿的分子和遗传驱动因素	本研究首次将单细胞RNA测序与孟德尔随机化方法结合，以揭示牙釉质龋齿的分子和遗传因素	未来的研究需要进一步探索这些基因在龋齿进展中的功能角色及其作为早期检测和治疗靶点的潜力	揭示牙釉质龋齿的分子和遗传驱动因素	牙釉质龋齿的分子和遗传因素	NA	口腔疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和孟德尔随机化（MR）	NA	基因表达数据	健康和龋齿影响的牙髓组织样本
488	2024-11-15	scRNA-seq profiling of human granulocytes reveals expansion of developmentally flexible neutrophil precursors with mixed neutrophil and eosinophil properties in asthma 2024-Nov-04, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae120 PMID:38814679	研究论文	研究利用单细胞RNA测序技术分析了哮喘患者中人类粒细胞的发育情况，发现了一种具有中性粒细胞和嗜酸性粒细胞混合特性的未成熟中性粒细胞前体	首次揭示了人类粒细胞在哮喘炎症中表现出发育灵活性，并展示了这种灵活性在嗜酸性粒细胞发育和过敏性疾病中的重要性	研究主要集中在哮喘患者中，未来需要进一步验证这些发现是否适用于其他炎症性疾病	探讨人类粒细胞在哮喘中的发育灵活性及其在炎症反应中的作用	人类骨髓和循环中的中性粒细胞和嗜酸性粒细胞	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序	NA	转录组	不同分化阶段的人类骨髓和循环中的中性粒细胞和嗜酸性粒细胞
489	2024-11-15	Macrophage-mediated heart repair and remodeling: A promising therapeutic target for post-myocardial infarction heart failure 2024-Nov, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.31372 PMID:39014935	综述	本文综述了巨噬细胞在心肌梗死后心脏修复和重塑中的作用及其作为治疗靶点的潜力	本文整合了巨噬细胞在心肌梗死后心衰过程中的时空动态、功能、机制和信号传导，并讨论了新兴的生物材料和针对巨噬细胞的治疗剂	NA	揭示心肌梗死后心衰的机制，并探讨巨噬细胞靶向治疗的可能性	巨噬细胞在心肌梗死后心脏修复和重塑中的作用	NA	心血管疾病	单细胞测序	NA	NA	NA
490	2024-11-15	Decoder-seq enhances mRNA capture efficiency in spatial RNA sequencing 2024-Nov, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-02086-y PMID:38228777	研究论文	本文介绍了一种名为Decoder-seq的空间RNA测序技术，该技术结合了树枝状纳米基质和微流控坐标条码，提高了mRNA捕获效率和分辨率	Decoder-seq技术在DNA密度和分辨率方面相比现有方法有显著提升，同时保持了高灵敏度	NA	开发一种高灵敏度和高分辨率的空间RNA测序技术	小鼠嗅球中的低表达嗅觉受体基因、小鼠海马体的空间单细胞图谱、人类肾细胞癌的肿瘤微环境	空间转录组学	肾细胞癌	空间RNA测序	NA	RNA	小鼠嗅球、小鼠海马体、人类肾细胞癌样本
491	2024-11-15	Metabolic Labeling and Digital Microfluidic Single-Cell Sequencing for Single Bacterial Genotypic-Phenotypic Analysis 2024-Nov, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) DOI:10.1002/smll.202402177 PMID:39077951	研究论文	本文介绍了一种基于数字微流控技术的自动化方法，用于单个抗生素抗性细菌的全基因组测序，实现基因型和表型分析	提出了一种新的数字微流控技术，结合荧光D-氨基酸标记，能够高效分离和测序抗生素抗性细菌，生成高质量的单细胞扩增基因组	NA	旨在通过单细胞分辨率提供抗生素抗性的准确和全面的分子谱，以加速难以培养或生长缓慢的细菌的分析	抗生素抗性细菌的基因型和表型特征	数字病理学	NA	数字微流控技术，全基因组测序	NA	基因组数据	单个抗生素抗性细菌
492	2024-11-15	Inhibition of JNK ameliorates rod photoreceptor degeneration in a mouse model of retinitis pigmentosa 2024-Nov, FEBS letters IF:3.0Q3 DOI:10.1002/1873-3468.14978 PMID:39010325	研究论文	研究了JNK抑制对视网膜色素变性小鼠模型中视杆细胞退化的影响	发现JNK信号通路的增强与视网膜色素变性中的视杆细胞退化有关，并通过抑制JNK减轻了微胶质细胞的激活和视杆细胞的退化	NA	探讨视网膜色素变性中视杆细胞退化的分子机制及潜在治疗策略	视网膜色素变性小鼠模型中的视杆细胞和微胶质细胞	NA	视网膜色素变性	单细胞RNA测序	NA	RNA	rd1小鼠模型
493	2024-11-15	Understanding mechanisms of JAK1 inhibition on synovial fibroblasts using combinatorial approaches of bulk and single cell RNAseq analyses 2024-11, Clinical and experimental rheumatology IF:3.4Q2 DOI:10.55563/clinexprheumatol/s705qn PMID:38910570	研究论文	研究使用组合方法分析JAK1抑制剂对类风湿关节炎患者滑膜成纤维细胞的影响	首次通过bulk和单细胞RNA测序分析JAK1抑制剂对滑膜成纤维细胞的影响，揭示了JAK抑制剂不仅抑制炎症通路，还导致成纤维细胞分化为多个异质性细胞群	样本量较小，仅包括6个bulk RNA-seq和4个scRNA-seq供体	研究JAK1抑制剂对类风湿关节炎患者滑膜成纤维细胞的分子效应	类风湿关节炎患者的滑膜成纤维细胞	NA	类风湿关节炎	RNA测序	NA	RNA	6个bulk RNA-seq供体和4个scRNA-seq供体
494	2024-11-15	Single-cell transcriptional mapping reveals genetic and non-genetic determinants of aberrant differentiation in AML 2024-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.26.573390 PMID:38234771	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，构建了人类骨髓造血系统的参考图谱，并利用该图谱分析了急性髓系白血病（AML）中的异常分化模式	首次构建了包含263,519个单细胞转录组的人类骨髓造血系统参考图谱，并利用该图谱分析了318个AML、MPAL和AEL样本中的异常分化模式	受限于正常造血系统的参考图谱不精确和小样本量的患者队列	研究AML中遗传和非遗传因素对异常分化的影响	急性髓系白血病（AML）、混合表型急性白血病（MPAL）和急性红系白血病（AEL）	数字病理学	血液系统恶性肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	263,519个单细胞转录组和1.2百万个单细胞转录组
495	2024-11-15	A Comprehensive Analysis of LYAR in Colorectal Cancer: Prognostic Marker and Therapeutic Target 2024-Nov, Cancer biotherapy & radiopharmaceuticals DOI:10.1089/cbr.2023.0181 PMID:39159060	研究论文	研究探讨了LYAR在结直肠癌中的生物学机制和临床价值	发现LYAR在结直肠癌组织中显著上调，与不良预后相关，并揭示了其在肿瘤免疫微环境中的作用及作为治疗靶点的潜力	NA	探索LYAR在结直肠癌中的生物学功能及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	LYAR在结直肠癌中的表达、功能及其与临床病理特征和患者预后的关系	数字病理学	结直肠癌	基因集富集分析 (GSEA), 免疫组化, 单细胞RNA测序	NA	mRNA表达数据, 蛋白质表达数据	多个公共数据库和内部免疫组化数据
496	2024-11-15	Chromosome-contiguous genome for the Haecon-5 strain of Haemonchus contortus reveals marked genetic variability and enables the discovery of essential gene candidates 2024-Nov, International journal for parasitology IF:3.7Q1 DOI:10.1016/j.ijpara.2024.08.003 PMID:39168434	研究论文	本文报道了澳大利亚Haecon-5株Haemonchus contortus的染色体连续基因组，并利用该基因组和转录组资源预测了关键基因候选者	首次提供了Haecon-5株的高质量染色体连续基因组，并发现了显著的基因组变异和基因排列差异	需要进一步研究以阐明所识别基因在寄生虫生物学和宿主-寄生虫相互作用中的具体作用	提供Haecon-5株的高质量基因组，以促进宿主-寄生虫相互作用、药物发现和群体遗传学等领域的研究	Haecon-5株Haemonchus contortus的基因组和关键基因候选者	基因组学	寄生虫病	机器学习	NA	基因组数据	Haecon-5株的基因组和转录组数据
497	2024-11-15	Spatially resolved analysis of pancreatic cancer identifies therapy-associated remodeling of the tumor microenvironment 2024-Nov, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01890-9 PMID:39227743	研究论文	研究利用单细胞空间转录组学分析胰腺癌在化疗和放疗后的肿瘤微环境重塑	开发了空间约束的最优传输交互分析（SCOTIA）模型，结合空间距离和配体-受体基因表达，揭示了治疗后肿瘤微环境中细胞间交互的显著变化	NA	研究胰腺癌在化疗和放疗后肿瘤微环境的重塑及其对治疗反应的影响	胰腺癌的肿瘤微环境及其在治疗后的重塑	数字病理学	胰腺癌	单细胞空间转录组学	最优传输模型	基因表达数据	NA
498	2024-11-15	Cross-Species Insights into Trophoblast Invasion During Placentation Governed by Immune-Featured Trophoblast Cells 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407221 PMID:39234818	研究论文	本文通过比较分析大鼠、小鼠和猪的单细胞RNA测序数据，揭示了胎盘发育过程中滋养层细胞侵袭的调控机制，并使用人类子痫前期疾病模型进行了验证	发现了具有免疫特征的滋养层细胞（iTrophoblast），这种细胞仅存在于侵袭性胎盘中，并调控滋养层细胞在胎盘形成过程中的侵袭	NA	揭示胎盘发育过程中滋养层细胞侵袭的调控机制	大鼠、小鼠、猪的胎盘以及人类子痫前期疾病模型	NA	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞立体测序（scStereo-seq）	NA	单细胞RNA数据	大鼠、小鼠和猪的胎盘样本以及人类子痫前期疾病模型
499	2024-11-15	Unveiling osmoregulation and immunological adaptations in Eleutheronema tetradactylum gills through high-throughput single-cell transcriptome sequencing 2024-Nov, Fish & shellfish immunology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.fsi.2024.109878 PMID:39245186	研究论文	通过高吞吐量单细胞转录组测序揭示Eleutheronema tetradactylum鳃中的渗透调节和免疫适应	首次使用高吞吐量单细胞RNA测序技术分析Eleutheronema tetradactylum鳃中的细胞异质性，并首次将离子细胞细分为四个亚群	NA	研究Eleutheronema tetradactylum鳃中的渗透调节和免疫适应机制	Eleutheronema tetradactylum鳃中的细胞类型和基因信息	基因组学	NA	高吞吐量单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	加权基因共表达网络分析 (WGCNA)	转录组数据	Eleutheronema tetradactylum鳃中的16种不同细胞类型
500	2024-11-15	Mesoscopic structure graphs for interpreting uncertainty in non-linear embeddings 2024-Nov, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109105 PMID:39265479	研究论文	本文提出了一种名为ManiGraph的节点链接可视化技术，用于解释非线性降维方法中的不确定性	通过构建动态介观结构图和测量区域适应的可信度，重新思考高维和低维空间之间的邻域保真度	NA	解决基于概率的非线性降维方法在计算过程中可能引入的失真误差和误导性可视化问题	非线性降维方法中的不确定性解释	机器学习	NA	非线性降维方法（如t-SNE和UMAP）	NA	图像	包括3D玩具数据、fashion-MNIST、单细胞RNA测序数据和histopathology-MNIST