单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2024-11-17	Single-cell stimulus-response gene expression trajectories reveal the stimulus specificities of dynamic responses by single macrophages 2024-Nov-07, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2024.09.023 PMID:39413794	研究论文	研究通过单细胞RNA测序技术揭示了单核细胞对不同刺激的动态基因表达响应	首次生成了高分辨率的时间序列单细胞RNA测序数据，并推断出实时单细胞基因表达轨迹，揭示了动态信息在单核细胞刺激响应特异性中的重要作用	NA	研究单核细胞对不同免疫威胁的基因表达动态响应	小鼠单核细胞对六种刺激的基因表达响应	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	小鼠单核细胞
442	2024-11-17	Implication of CCNG1 in radiosensitivity via the Wnt/β-catenin pathway in esophageal squamous cells 2024-11-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-77811-x PMID:39511268	研究论文	研究探讨了CCNG1在食管鳞状细胞中通过Wnt/β-catenin通路影响放射敏感性的机制	首次揭示了CCNG1作为Wnt/β-catenin通路下游效应因子在食管鳞状细胞癌放射敏感性中的关键作用	研究主要基于细胞系实验，未来需在临床样本中验证结果	探讨CCNG1在食管鳞状细胞癌放射敏感性中的作用及其机制	食管鳞状细胞癌及其放射敏感性	NA	食管癌	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因敲除、流式细胞术、凋亡检测、Western blot	NA	RNA	食管鳞状细胞癌样本，放射抵抗性食管鳞状细胞系
443	2024-11-17	GraphPCA: a fast and interpretable dimension reduction algorithm for spatial transcriptomics data 2024-Nov-07, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03429-x PMID:39511664	研究论文	本文开发了一种名为GraphPCA的快速且可解释的降维算法，用于空间转录组数据	GraphPCA结合了图形正则化和主成分分析的优势，提供了一种新的降维方法	NA	解决空间转录组数据高维度和噪声问题，提升下游分析任务的性能	空间转录组数据	数字病理学	NA	图形正则化、主成分分析	NA	空间转录组数据	模拟数据和多分辨率空间转录组数据集
444	2024-11-17	HistoSPACE: Histology-inspired spatial transcriptome prediction and characterization engine 2024-Nov-07, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2024.11.002 PMID:39521362	研究论文	本文开发了一种名为HistoSPACE的模型，用于从组织图像中提取分子信息，并将其与疾病病理联系起来	HistoSPACE模型利用空间转录组数据和组织图像的多样性，通过图像编码器和卷积块的结合，实现了高效的分子信息提取	NA	开发一种能够从组织图像中提取分子信息并将其与疾病病理联系起来的模型	组织图像和空间转录组数据	数字病理学	NA	深度学习	卷积神经网络	图像	NA
445	2024-11-17	Basic Fibroblast Growth Factor Supports the Function of Limbal Niche Cells via the Wnt/β-Catenin Pathway 2024-Nov, Journal of ocular pharmacology and therapeutics : the official journal of the Association for Ocular Pharmacology and Therapeutics IF:1.9Q3 DOI:10.1089/jop.2024.0042 PMID:39083404	研究论文	研究bFGF对角膜缘微环境细胞功能的影响及其机制	首次探讨了bFGF通过Wnt/β-catenin途径支持角膜缘微环境细胞功能的机制	研究仅限于体外实验，缺乏体内验证	探讨bFGF对角膜缘微环境细胞功能的影响及其分子机制	角膜缘微环境细胞（LNC）及其增殖、干细胞标志物表达和β-catenin转录水平	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	不同浓度的bFGF处理组和FGFR抑制剂处理组
446	2024-11-17	Macrophage iron dyshomeostasis promotes aging-related renal fibrosis 2024-Nov, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14275 PMID:39016438	研究论文	研究探讨了巨噬细胞在肾脏衰老中的作用，特别是铁稳态失调和铁死亡信号在促进肾脏纤维化中的作用	揭示了巨噬细胞铁稳态失调和铁死亡信号在肾脏衰老中的关键作用，并提出了Pcbp1作为干预靶点和Rutin作为潜在治疗药物	研究主要基于小鼠模型，结果的临床转化和人类适用性需要进一步验证	探讨巨噬细胞在肾脏衰老中的作用及其机制	C57BL/6J小鼠的肾脏单细胞RNA测序数据	NA	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	从8周到24个月大的C57BL/6J小鼠
447	2024-11-17	Tissue-specific functions of MSCs are linked to homeostatic muscle maintenance and alter with aging 2024-Nov, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14299 PMID:39323233	研究论文	研究探讨了间充质干细胞（MSCs）在不同组织中的特异性功能及其与肌肉维持和衰老的关系	首次通过单细胞RNA测序研究揭示了MSCs在不同组织中的异质性，并探讨了这种异质性在衰老过程中的功能意义	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种	探讨MSCs在不同组织中的特异性功能及其在衰老过程中的变化	小鼠的七种组织中的MSCs及其在衰老过程中的变化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	七种小鼠组织中的MSCs
448	2024-11-17	Pan-Cancer Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals Divergent Expression of Embryonic Proangiogenesis Gene Modules in Tumorigenesis 2024-Nov, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70373 PMID:39526457	研究论文	本研究通过泛癌单细胞转录组分析，揭示了胚胎血管生成基因模块在肿瘤发生中的表达差异	首次通过泛癌单细胞RNA测序分析，发现肿瘤微环境中髓系细胞高表达胚胎血管生成基因模块，表明肿瘤可能利用这些模块促进血管生成和持续生长	研究仅限于七种癌症类型，样本量相对较小，可能影响结果的普适性	探讨胚胎血管生成基因模块在肿瘤发生中的表达及其潜在机制	髓系细胞及其亚群在不同癌症类型中的胚胎血管生成基因模块表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	332名患者，涵盖七种癌症类型
449	2024-11-17	Integrated machine learning developed a prognosis-related gene signature to predict prognosis in oesophageal squamous cell carcinoma 2024-Nov, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70171 PMID:39535375	研究论文	本研究开发了一种基于随机生存森林算法的17基因预后相关基因签名模型，用于预测食管鳞状细胞癌的预后	该模型在训练和验证队列中均表现出优于其他临床病理特征和已发表签名的预后准确性	NA	开发一种新的预测模型，以提高食管鳞状细胞癌的预后预测准确性	食管鳞状细胞癌患者的预后	机器学习	食管癌	随机生存森林算法	随机生存森林	基因表达数据	260名患者
450	2024-11-17	Molecular characterization of human HSPCs with different cell fates in vivo using single-cell transcriptome analysis and lentiviral barcoding technology 2024-Nov, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70085 PMID:39538416	研究论文	本研究开发了一种名为SCALeBa的新技术，通过单细胞转录组分析和慢病毒条形码技术，研究人体HSPCs在体内的分子机制	首次引入SCALeBa技术，结合转录条形码库和算法，同时分析单个细胞的命运及其基因表达谱	NA	研究人体造血干细胞和祖细胞（HSPCs）在体内的异质性及其分子机制	人体造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及其分化相关基因	生物信息学	NA	单细胞转录组分析，慢病毒条形码技术	NA	基因表达数据	NA
451	2024-11-15	Targeted inhibition of CHKα and mTOR in models of pancreatic ductal adenocarcinoma: A novel regimen for metastasis 2024-Nov-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217280 PMID:39343354	研究论文	本文研究了胰腺导管腺癌（PDAC）中CHKα和mTOR的靶向抑制，提出了一种新的抗转移治疗方案	设计了一种新的CHKα抑制剂CHKI-03，并验证了其在多个临床前模型中抑制转移的有效性	NA	探索胰腺导管腺癌转移的机制，并开发新的治疗方案	胰腺导管腺癌的转移机制及CHKα和mTOR的靶向抑制	NA	胰腺癌	单细胞RNA测序和代谢组学分析	NA	RNA	多个临床前模型
452	2024-11-15	Spatial transcriptomics reveals profound subclonal heterogeneity and T-cell dysfunction in extramedullary myeloma 2024-Nov-14, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024024590 PMID:39172759	研究论文	本文应用空间转录组学和单细胞RNA测序技术，分析了多发性骨髓瘤的髓外病变中的三维肿瘤细胞和微环境结构	揭示了髓外病变中的显著亚克隆异质性和T细胞功能障碍，并发现了GPRC5D和TNFRSF17的空间表达差异	样本量较小，仅分析了14个髓外病变活检样本	探讨多发性骨髓瘤髓外病变中的肿瘤细胞和微环境的三维结构及其异质性	多发性骨髓瘤的髓外病变及其微环境	数字病理学	多发性骨髓瘤	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	14个髓外病变活检样本，其中2个样本使用tomo-seq技术，12个样本使用10x Visium技术，3个样本使用单细胞RNA测序技术
453	2024-11-15	Dual decoding of cell types and gene expression in spatial transcriptomics with PANDA 2024-Nov-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae876 PMID:39404057	研究论文	本文介绍了一种名为PANDA的新方法，用于在空间转录组学中同时解码细胞类型比例和细胞类型特异性基因表达	PANDA方法通过整合原型分析和动态学习细胞类型特征，能够捕捉细胞类型内的异质性，并在解卷积过程中动态学习每个斑点的细胞类型特征	NA	旨在改进空间转录组学数据的解卷积方法，以更好地理解复杂生物系统的组织动态	空间转录组学数据中的细胞类型比例和细胞类型特异性基因表达	生物信息学	NA	空间转录组学	原型分析	基因表达数据	包括肿瘤、大脑和发育中的心脏等多种组织的真实空间转录组学数据
454	2024-11-15	UBR7 E3 Ligase Suppresses Interferon-β Mediated Immune Signaling by Targeting Sp110 in Hepatitis B Virus-Induced Hepatocellular Carcinoma 2024-Nov-08, ACS infectious diseases IF:4.0Q1 DOI:10.1021/acsinfecdis.4c00213 PMID:38938101	研究论文	研究报告了UBR7 E3连接酶通过靶向Sp110抑制干扰素-β介导的免疫信号传导，从而促进乙型肝炎病毒（HBV）诱导的肝细胞癌（HCC）的发展	首次揭示了UBR7在非组蛋白蛋白质泛素化中的新功能，并阐明了其在HBV诱导的HCC中的作用机制	NA	探讨UBR7在HBV诱导的肝细胞癌中的作用及其机制	UBR7 E3连接酶及其底物Sp110在HBV感染和HCC中的功能	生物信息学	肝细胞癌	RNA测序	NA	RNA	来自HCC患者的样本
455	2024-11-15	Human vascularized macrophage-islet organoids to model immune-mediated pancreatic β cell pyroptosis upon viral infection 2024-Nov-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.08.007 PMID:39232561	研究论文	研究利用人类多能干细胞衍生的血管化巨噬细胞-胰岛类器官模型，模拟病毒感染下的免疫介导胰腺β细胞焦亡	开发了人类多能干细胞衍生的血管化巨噬细胞-胰岛类器官模型，用于研究免疫细胞介导的宿主损伤	NA	建立模型以研究免疫介导的宿主损伤和病毒暴露下的β细胞损伤机制	人类胰腺β细胞和巨噬细胞在病毒感染下的反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	类器官模型	基因表达数据	涉及COVID-19胰腺尸检样本和暴露于SARS-CoV-2或CVB4病毒的人类胰岛细胞
456	2024-11-15	Alveolar regeneration by airway secretory-cell-derived p63+ progenitors 2024-Nov-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.08.005 PMID:39232560	研究论文	研究报道了在博莱霉素诱导的小鼠肺损伤后，p63阳性祖细胞从气道分泌细胞中出现，并参与肺泡修复和再生	首次揭示了p63阳性祖细胞来源于气道分泌细胞，并在肺损伤后通过不同途径分化为肺泡I型和II型细胞	NA	阐明肺损伤后肺泡修复和再生的机制	p63阳性祖细胞的来源和分化途径	NA	NA	单细胞RNA测序、克隆分析、双重组酶介导的顺序遗传谱系追踪	NA	RNA	小鼠肺组织样本
457	2024-11-15	Macrophage-mediated heart repair and remodeling: A promising therapeutic target for post-myocardial infarction heart failure 2024-Nov, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.31372 PMID:39014935	综述	本文综述了巨噬细胞在心肌梗死后心脏修复和重塑中的作用及其作为治疗靶点的潜力	本文整合了巨噬细胞在心肌梗死后心衰过程中的时空动态、功能、机制和信号传导，并讨论了新兴的生物材料和针对巨噬细胞的治疗剂	NA	揭示心肌梗死后心衰的机制，并探讨巨噬细胞靶向治疗的可能性	巨噬细胞在心肌梗死后心脏修复和重塑中的作用	NA	心血管疾病	单细胞测序	NA	NA	NA
458	2024-11-15	Decoder-seq enhances mRNA capture efficiency in spatial RNA sequencing 2024-Nov, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-02086-y PMID:38228777	研究论文	本文介绍了一种名为Decoder-seq的空间RNA测序技术，该技术结合了树枝状纳米基质和微流控坐标条码，提高了mRNA捕获效率和分辨率	Decoder-seq技术在DNA密度和分辨率方面相比现有方法有显著提升，同时保持了高灵敏度	NA	开发一种高灵敏度和高分辨率的空间RNA测序技术	小鼠嗅球中的低表达嗅觉受体基因、小鼠海马体的空间单细胞图谱、人类肾细胞癌的肿瘤微环境	空间转录组学	肾细胞癌	空间RNA测序	NA	RNA	小鼠嗅球、小鼠海马体、人类肾细胞癌样本
459	2024-11-15	Inhibition of JNK ameliorates rod photoreceptor degeneration in a mouse model of retinitis pigmentosa 2024-Nov, FEBS letters IF:3.0Q3 DOI:10.1002/1873-3468.14978 PMID:39010325	研究论文	研究了JNK抑制对视网膜色素变性小鼠模型中视杆细胞退化的影响	发现JNK信号通路的增强与视网膜色素变性中的视杆细胞退化有关，并通过抑制JNK减轻了微胶质细胞的激活和视杆细胞的退化	NA	探讨视网膜色素变性中视杆细胞退化的分子机制及潜在治疗策略	视网膜色素变性小鼠模型中的视杆细胞和微胶质细胞	NA	视网膜色素变性	单细胞RNA测序	NA	RNA	rd1小鼠模型
460	2024-11-15	Understanding mechanisms of JAK1 inhibition on synovial fibroblasts using combinatorial approaches of bulk and single cell RNAseq analyses 2024-11, Clinical and experimental rheumatology IF:3.4Q2 DOI:10.55563/clinexprheumatol/s705qn PMID:38910570	研究论文	研究使用组合方法分析JAK1抑制剂对类风湿关节炎患者滑膜成纤维细胞的影响	首次通过bulk和单细胞RNA测序分析JAK1抑制剂对滑膜成纤维细胞的影响，揭示了JAK抑制剂不仅抑制炎症通路，还导致成纤维细胞分化为多个异质性细胞群	样本量较小，仅包括6个bulk RNA-seq和4个scRNA-seq供体	研究JAK1抑制剂对类风湿关节炎患者滑膜成纤维细胞的分子效应	类风湿关节炎患者的滑膜成纤维细胞	NA	类风湿关节炎	RNA测序	NA	RNA	6个bulk RNA-seq供体和4个scRNA-seq供体