单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2024-11-17	Integrated multiomics analysis identified comprehensive crosstalk between diverse programmed cell death patterns and novel molecular subtypes in Hepatocellular Carcinoma 2024-11-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-78911-4 PMID:39528670	研究论文	本文通过整合多组学分析，揭示了肝细胞癌中多种程序性细胞死亡模式之间的相互作用，并识别出新的分子亚型	开发并验证了一种新的分类器，用于肝细胞癌患者的个性化管理，并提出了程序性细胞死亡指数（PCDI），该指数与患者的病理分级和预后相关	NA	开发和验证一种新的分类器，用于肝细胞癌患者的个性化管理，并研究程序性细胞死亡模式与肝细胞癌进展和预后的关系	肝细胞癌患者的转录组、蛋白质组和单细胞数据	机器学习	肝细胞癌	qPCR, 蛋白质印迹, 免疫组化	Elastic net, Random Forest, XgBoost, Boruta, Nonnegative Matrix Factorization (NMF)	转录组, 蛋白质组, 单细胞数据	四个独立的肝细胞癌队列，以及一个真实世界的肝细胞癌样本集
442	2024-11-17	Comparative transcriptomic analyses of thymocytes using 10x Genomics and Parse scRNA-seq technologies 2024-Nov-11, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10976-x PMID:39528918	研究论文	本文比较了10x Genomics和Parse scRNA-seq技术在胸腺细胞转录组分析中的表现	首次对10x Genomics和Parse scRNA-seq技术在复杂免疫组织中的性能进行了全面比较	研究仅限于小鼠胸腺细胞，未涉及其他细胞类型或组织	评估10x Genomics和Parse scRNA-seq技术在免疫学研究中的适用性	小鼠胸腺细胞	单细胞测序	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	生物和技术重复的小鼠胸腺样本
443	2024-11-17	SpottedPy quantifies relationships between spatial transcriptomic hotspots and uncovers environmental cues of epithelial-mesenchymal plasticity in breast cancer 2024-Nov-11, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03428-y PMID:39529126	研究论文	介绍了一个名为SpottedPy的Python包，用于识别肿瘤热点并映射癌症生态系统内的空间相互作用	提出了SpottedPy工具，能够量化空间转录组热点之间的关系，并揭示乳腺癌中上皮-间质可塑性的环境线索	NA	探索癌症内部异质性，特别是上皮-间质可塑性及其与肿瘤微环境的关系	乳腺癌中的上皮-间质可塑性和肿瘤微环境	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
444	2024-11-17	IAMSAM: image-based analysis of molecular signatures using the Segment Anything Model 2024-Nov-11, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03380-x PMID:39529142	研究论文	介绍了一种基于图像的空间转录组数据分析工具IAMSAM，利用Segment Anything Model进行组织图像分割，并进行下游分析	开发了IAMSAM工具，结合Segment Anything Model进行图像分割，实现了对空间转录组数据的半自动分析	NA	开发一种用户友好的工具，用于分析空间转录组数据中的形态特征	空间转录组数据中的形态特征	计算机视觉	NA	空间转录组技术	Segment Anything Model	图像	NA
445	2024-11-17	Adenine base editors induce off-target structure variations in mouse embryos and primary human T cells 2024-Nov-11, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03434-0 PMID:39529170	研究论文	研究CRISPR/Cas9和腺嘌呤碱基编辑器（ABE）在老鼠胚胎和人类T细胞中引起的脱靶结构变异	首次揭示了ABE在老鼠胚胎和人类T细胞中引起的脱靶结构变异，并比较了不同编辑工具的效果	研究仅限于老鼠胚胎和人类T细胞，未涵盖其他细胞类型	探讨CRISPR/Cas9和碱基编辑器在基因编辑中的安全性	老鼠胚胎和人类T细胞	基因编辑	NA	全基因组测序和单细胞RNA测序	NA	基因组数据和转录组数据	老鼠胚胎和人类T细胞样本
446	2024-11-17	Single cell analysis identified a basal cell transition state associated with the development and progression of bladder cancer 2024-Nov-10, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05841-0 PMID:39523319	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据分析，揭示了膀胱癌发展过程中基底细胞的过渡状态	发现了基底细胞在膀胱癌发展中的过渡状态，并识别了与癌症进展相关的关键转录因子	研究主要基于已有的单细胞数据，未进行新的实验验证	揭示膀胱癌的分子机制并寻找新的治疗方法	膀胱癌中的基底细胞及其过渡状态	数字病理学	膀胱癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	24,930个细胞，包括上皮细胞、基质细胞和免疫细胞
447	2024-11-17	Protective role of aconitate decarboxylase 1 in neuroinflammation-induced dysfunctions of the paraventricular thalamus and sleepiness 2024-Nov-10, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07215-0 PMID:39523388	研究论文	研究探讨了神经炎症引起的睡眠障碍与腹侧室旁核（PVT）功能异常的关系，并发现阿康酸脱羧酶1（Acod1）在其中的保护作用	首次揭示了Acod1在神经炎症引起的睡眠障碍中的保护作用，并验证了其代谢产物伊塔康酸的抗炎和神经保护作用	研究仅在动物模型中进行，尚未在人类中验证	探讨神经炎症引起的睡眠障碍的神经调节机制	腹侧室旁核（PVT）神经元和小胶质细胞	神经科学	神经炎症	电生理记录、RNA测序、免疫荧光染色	NA	电生理数据、基因表达数据	小鼠模型
448	2024-11-17	Reconstructing the regulatory programs underlying the phenotypic plasticity of neural cancers 2024-Nov-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53954-3 PMID:39516198	研究论文	本文介绍了一种名为scregclust的方法，用于从大量单细胞RNA测序数据中重建细胞调控程序，并应用于神经肿瘤的研究	提出了scregclust算法，能够高效地将目标基因划分为模块，并预测关键的转录因子和激酶，显著减少了计算时间	NA	研究神经肿瘤的表型可塑性背后的调控程序，并探索其药理学相关性	成人及儿童脑癌，特别是胶质母细胞瘤	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	涉及15种肿瘤类型的大量单细胞RNA测序数据
449	2024-11-17	Bendamustine-rituximab elicits dual tumoricidal and immunomodulatory responses via cGAS-STING activation in diffuse large B-cell lymphoma 2024-Nov-09, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009212 PMID:39521616	研究论文	研究了苯达莫司汀-利妥昔单抗（BR）治疗弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的机制，发现其通过cGAS-STING通路诱导肿瘤细胞凋亡和免疫调节	揭示了BR治疗通过cGAS-STING通路诱导肿瘤细胞凋亡和免疫调节的双重作用	NA	探讨苯达莫司汀-利妥昔单抗（BR）治疗弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的机制	弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）细胞系和患者样本	NA	淋巴瘤	RNA测序、Western blot、Crispr-cas9、流式细胞术、Transwell实验、共培养实验	NA	RNA	DLBCL细胞系和患者样本
450	2024-11-17	Uncovering functional lncRNAs by scRNA-seq with ELATUS 2024-Nov-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54005-7 PMID:39521797	研究论文	本文通过scRNA-seq技术结合ELATUS计算框架，系统评估了不同预处理方法，并提高了功能性lncRNA的检测准确性	开发了ELATUS计算框架，结合Kallisto伪比对器和选择性功能过滤，显著提高了scRNA-seq数据中功能性lncRNA的检测准确性	ELATUS在处理不准确的参考注释时表现出色，但仍需进一步验证其在其他数据集上的适用性	提高单细胞水平上功能性lncRNA的检测准确性，揭示其在细胞过程和病理中的多重作用	功能性lncRNA及其在单细胞水平上的表达模式	基因组学	乳腺癌	scRNA-seq	ELATUS	RNA	单细胞多组学数据
451	2024-11-17	Single-cell transcriptomic and cross-species comparison analyses reveal distinct molecular changes of porcine testes during puberty 2024-Nov-09, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07163-9 PMID:39521938	研究论文	研究利用单细胞RNA测序技术分析了巴马猪睾丸在不同发育阶段的转录组特征，并与人类和小鼠进行了比较	揭示了猪在出生后不久即开始减数分裂的早期现象，并发现了一种类似于人类0型精原干细胞的猪精原细胞亚型	NA	研究猪睾丸在青春期的分子变化，并探讨其在生殖生物学、农业育种和转化医学中的应用潜力	巴马猪睾丸在胎儿期、婴儿期、青春期和成年期的转录组特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	多个发育阶段的巴马猪睾丸样本
452	2024-11-17	Spatial transcriptomics reveals strong association between SFRP4 and extracellular matrix remodeling in prostate cancer 2024-Nov-08, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07161-x PMID:39511287	研究论文	研究通过空间转录组学和多组学分析揭示了SFRP4与前列腺癌中细胞外基质重塑的强关联	首次通过空间转录组学和多组学分析揭示了SFRP4 mRNA在前列腺癌微环境中的分布及其与细胞外基质成分的共表达，为诊断和治疗提供了新见解	研究中发现SFRP4 mRNA水平与蛋白质水平不一致，这可能影响基于mRNA的诊断准确性	探讨SFRP4在前列腺癌中的生物学机制及其与癌症侵袭性的关系	SFRP4基因表达及其在前列腺癌组织中的空间分布	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学、转录组学、蛋白质组学、DNA甲基组学和组织染色	NA	mRNA、蛋白质、DNA甲基化	相同的前列腺癌组织样本
453	2024-11-17	scGraphformer: unveiling cellular heterogeneity and interactions in scRNA-seq data using a scalable graph transformer network 2024-Nov-08, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07154-w PMID:39511415	研究论文	本文介绍了一种基于transformer的图神经网络模型scGraphformer，用于从单细胞RNA测序数据中揭示细胞异质性和相互作用	scGraphformer通过直接从scRNA-seq数据中学习全面的细胞-细胞关系网络，超越了传统图神经网络依赖预定义图的局限性	NA	旨在改进单细胞RNA测序数据的细胞类型分类，并揭示细胞间的相互作用	单细胞RNA测序数据中的细胞类型和细胞间关系	机器学习	NA	单细胞RNA测序	图神经网络	基因表达数据	多个数据集
454	2024-11-17	Single-cell sequencing reveals cellular heterogeneity of nucleus pulposus in intervertebral disc degeneration 2024-11-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-78675-x PMID:39516278	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了椎间盘退变过程中髓核组织的细胞异质性	首次在单细胞水平上揭示了椎间盘退变过程中髓核组织的细胞和分子变化，并识别了不同细胞群之间的潜在相互作用	研究样本仅来自接受椎间盘切除术的患者，可能存在选择偏倚	深入了解椎间盘退变过程中髓核组织的细胞异质性和分子特征	椎间盘退变患者的髓核组织	数字病理学	脊柱疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	47,610个单细胞
455	2024-11-17	Multi-omics analysis of Prolyl 3-hydroxylase 1 as a prognostic biomarker for immune infiltration in ccRCC 2024-Nov-08, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00748-x PMID:39516330	研究论文	研究探讨了Prolyl 3-hydroxylase 1（P3H1）在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的表达及其对免疫浸润的预后标志物作用	首次系统分析了P3H1在ccRCC中的表达及其与药物敏感性、免疫检查点、免疫细胞浸润的关系，并揭示了P3H1在ceRNA调控网络中的潜在作用	研究主要基于数据库和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨P3H1在ccRCC中的作用及其作为预后标志物的潜力	P3H1在ccRCC中的表达及其与免疫浸润、药物敏感性、免疫检查点、ceRNA调控网络的关系	数字病理学	肾细胞癌	转录组测序、单细胞测序	NA	转录组数据	多个数据库和体外实验样本
456	2024-11-17	scDOT: optimal transport for mapping senescent cells in spatial transcriptomics 2024-Nov-08, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03426-0 PMID:39516853	研究论文	本文开发了scDOT，结合空间转录组学和单细胞RNA测序，以提高重建单细胞分辨率空间图和识别衰老细胞的能力	scDOT通过整合最优传输和表达解卷积，学习细胞和spots之间的非线性耦合，推断细胞位置	NA	提高空间转录组学数据分辨率，识别衰老细胞及其空间组织	衰老细胞及其在空间转录组学数据中的组织	空间转录组学	NA	最优传输	NA	空间转录组学数据和单细胞RNA测序数据	NA
457	2024-11-17	Single-cell stimulus-response gene expression trajectories reveal the stimulus specificities of dynamic responses by single macrophages 2024-Nov-07, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2024.09.023 PMID:39413794	研究论文	研究通过单细胞RNA测序技术揭示了单核细胞对不同刺激的动态基因表达响应	首次生成了高分辨率的时间序列单细胞RNA测序数据，并推断出实时单细胞基因表达轨迹，揭示了动态信息在单核细胞刺激响应特异性中的重要作用	NA	研究单核细胞对不同免疫威胁的基因表达动态响应	小鼠单核细胞对六种刺激的基因表达响应	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	小鼠单核细胞
458	2024-11-17	Implication of CCNG1 in radiosensitivity via the Wnt/β-catenin pathway in esophageal squamous cells 2024-11-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-77811-x PMID:39511268	研究论文	研究探讨了CCNG1在食管鳞状细胞中通过Wnt/β-catenin通路影响放射敏感性的机制	首次揭示了CCNG1作为Wnt/β-catenin通路下游效应因子在食管鳞状细胞癌放射敏感性中的关键作用	研究主要基于细胞系实验，未来需在临床样本中验证结果	探讨CCNG1在食管鳞状细胞癌放射敏感性中的作用及其机制	食管鳞状细胞癌及其放射敏感性	NA	食管癌	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因敲除、流式细胞术、凋亡检测、Western blot	NA	RNA	食管鳞状细胞癌样本，放射抵抗性食管鳞状细胞系
459	2024-11-17	GraphPCA: a fast and interpretable dimension reduction algorithm for spatial transcriptomics data 2024-Nov-07, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03429-x PMID:39511664	研究论文	本文开发了一种名为GraphPCA的快速且可解释的降维算法，用于空间转录组数据	GraphPCA结合了图形正则化和主成分分析的优势，提供了一种新的降维方法	NA	解决空间转录组数据高维度和噪声问题，提升下游分析任务的性能	空间转录组数据	数字病理学	NA	图形正则化、主成分分析	NA	空间转录组数据	模拟数据和多分辨率空间转录组数据集
460	2024-11-17	HistoSPACE: Histology-inspired spatial transcriptome prediction and characterization engine 2024-Nov-07, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2024.11.002 PMID:39521362	研究论文	本文开发了一种名为HistoSPACE的模型，用于从组织图像中提取分子信息，并将其与疾病病理联系起来	HistoSPACE模型利用空间转录组数据和组织图像的多样性，通过图像编码器和卷积块的结合，实现了高效的分子信息提取	NA	开发一种能够从组织图像中提取分子信息并将其与疾病病理联系起来的模型	组织图像和空间转录组数据	数字病理学	NA	深度学习	卷积神经网络	图像	NA