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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 401 | 2024-11-21 |
Enhanced purification of uterine smooth muscle cells from adenomyosis using a novel dual-enzyme digestion method
2024-Nov-07, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2024.11.001
PMID:39521046
|
研究论文 | 研究了一种新的双酶消化方法,用于从子宫腺肌症中高效纯化子宫平滑肌细胞 | 提出了双酶消化方法DM4,相比传统组织粘附方法,能更有效地生成高纯度的成熟平滑肌细胞 | 未提及 | 开发一种高效的方法来收集高纯度的子宫平滑肌细胞,以研究子宫腺肌症的病因和机制 | 子宫平滑肌细胞 | NA | 子宫腺肌症 | 双酶消化 | NA | 单细胞RNA测序 | 未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 402 | 2024-11-21 |
Integration of single-cell and spatial transcriptome sequencing identifies CDKN2A as a senescent biomarker in endothelial cells implicating hepatocellular carcinoma malignancy
2024-Nov-06, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-024-06017-5
PMID:39503880
|
研究论文 | 本研究整合单细胞和空间转录组测序数据,揭示了CDKN2A作为内皮细胞衰老标志物在肝细胞癌恶性进展中的作用 | 首次整合单细胞和空间转录组测序数据,全面阐明肝细胞癌中衰老相关特征,并识别CDKN2A作为独立的预后风险因子 | NA | 全面阐明肝细胞癌中衰老相关特征 | 肝细胞癌中的内皮细胞衰老 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-Seq), 空间转录组RNA测序 (stRNA-Seq), 批量测序 (bulk-Seq) | NA | 转录组数据 | 多个细胞类型和肝细胞癌样本 | NA | NA | NA | NA |
| 403 | 2024-11-21 |
Overcoming Low mRNA Expression in White Matter: A Protocol for RNA Extraction From the Optic Nerve in Large Animals for Transcriptomic Analysis
2024-Nov-04, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.65.13.25
PMID:39540862
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研究论文 | 本文开发了一种从大型动物视神经中提取高质量RNA的协议,用于转录组分析 | 首次发现白质中的mRNA表达水平显著低于灰质,并开发了一种专门用于大型动物视神经的RNA提取协议 | NA | 研究白质异常与中枢神经系统疾病的关系,并开发适用于大型动物视神经的RNA提取方法 | 大型动物视神经中的RNA提取 | 数字病理学 | NA | 原位杂交和单核RNA测序(snRNA-seq) | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 404 | 2024-11-21 |
Annexin A1: a key regulator of T cell function and bone marrow adiposity in aplastic anaemia
2024-Nov, The Journal of physiology
DOI:10.1113/JP286148
PMID:39373986
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研究论文 | 研究探讨了Annexin A1在调节T细胞功能及其在再生障碍性贫血(AA)中骨髓脂肪生成中的作用 | 发现Annexin A1在AA中的显著下调,并揭示了其在疾病进展中的关键作用,为AA治疗提供了新的分子靶点 | NA | 研究Annexin A1在再生障碍性贫血中的作用及其对T细胞功能和骨髓脂肪生成的影响 | 再生障碍性贫血患者的骨髓组织和健康个体的骨髓组织 | NA | 再生障碍性贫血 | 单细胞测序分析 | NA | 组织 | 再生障碍性贫血患者和健康个体的骨髓组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 405 | 2024-11-21 |
Cell type-specific weighting-factors to solve solid organs-specific limitations of single cell RNA-sequencing
2024-Nov, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011436
PMID:39556600
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研究论文 | 本文提出了一种计算方法,通过引入细胞类型特异性权重因子(cWF)来解决单细胞RNA测序(scRNA-seq)在分析复杂实体器官时的问题 | 本文的创新点在于提出了细胞类型特异性权重因子(cWF),并通过计算方法解决了scRNA-seq在分析实体器官时的局限性 | 本文的局限性在于仅针对10种实体器官的76种细胞类型进行了验证,可能不适用于所有器官和细胞类型 | 本文的研究目的是解决单细胞RNA测序在分析复杂实体器官时的局限性 | 本文的研究对象是10种实体器官中的76种细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 10种实体器官中的76种细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 406 | 2024-11-20 |
Storm: Incorporating transient stochastic dynamics to infer the RNA velocity with metabolic labeling information
2024-Nov-18, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012606
PMID:39556617
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研究论文 | 本文提出了一种名为Storm的新方法,通过解决基因表达动力学的随机微分方程,结合代谢标记信息来推断RNA速度 | Storm方法克服了以往利用确定性动力学和稳态假设的不足,能够处理涉及瞬态过程的数据,并揭示时间依赖和细胞状态特异性的转录调控 | NA | 开发一种新的方法来推断RNA速度,并揭示基因表达动力学中的瞬态和随机特性 | RNA速度、基因表达动力学、转录调控 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 随机微分方程 | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 407 | 2024-11-20 |
scCancerExplorer: a comprehensive database for interactively exploring single-cell multi-omics data of human pan-cancer
2024-Nov-18, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae1100
PMID:39558175
|
研究论文 | 开发了一个名为scCancerExplorer的综合数据库,用于交互式探索人类泛癌的单细胞多组学数据 | 填补了缺乏专门用于交互式探索人类泛癌单细胞多组学数据的数据库的空白 | NA | 开发一个用户友好的数据库,促进对单细胞基因组、表观基因组和转录组数据的探索 | 人类泛癌的单细胞基因组、表观基因组和转录组数据 | 数字病理学 | 泛癌 | 单细胞多组学 | NA | 基因组、表观基因组和转录组数据 | 50种癌症类型 | NA | NA | NA | NA |
| 408 | 2024-11-20 |
Single-cell expression and immune infiltration analysis of polyamine metabolism in breast cancer
2024-Nov-16, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01524-w
PMID:39549127
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和系统免疫学方法分析了乳腺癌中多胺代谢与免疫浸润的关系 | 首次结合单细胞RNA测序和系统免疫学方法,探讨了乳腺癌中多胺代谢与免疫微环境的相互作用 | 研究样本主要来自TCGA和GEO数据库,可能存在数据偏差 | 探讨乳腺癌中多胺代谢与免疫浸润的关系,为个性化治疗提供新思路 | 乳腺癌样本中的多胺代谢与免疫细胞浸润 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | 46个乳腺癌增殖相关共表达模块 | NA | NA | NA | NA |
| 409 | 2024-11-20 |
Single-cell data revealed the regulatory mechanism of TNK cell heterogeneity in liver metastasis from gastric cancer
2024-Nov-16, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01528-6
PMID:39549183
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组数据分析了胃癌肝转移中TNK细胞异质性的调控机制 | 首次揭示了TNK细胞亚群在胃癌肝转移中的关键作用及其调控机制 | NA | 分类与胃癌肝转移相关的细胞亚群,并探讨其与其他免疫细胞亚群的相互作用机制 | 胃癌肝转移中的TNK细胞亚群及其调控机制 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | GSE163558数据集中的胃癌患者及其转移组样本 | NA | NA | NA | NA |
| 410 | 2024-11-20 |
Temporal single-cell RNA sequencing dataset of gastroesophagus development from embryonic to post-natal stages
2024-Nov-16, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-04081-7
PMID:39550363
|
研究论文 | 本文介绍了从胚胎到出生后阶段的小鼠胃食管发育的单细胞RNA测序数据集的技术质量 | 提供了全面的单细胞RNA测序数据集,捕捉了食管、胃和胃食管鳞柱交界处(GE-SCJ)在胚胎、新生儿和成年阶段的转录动态 | 未提及 | 研究胃食管交界处的发育和稳态失调,以阐明癌症发病机制 | 小鼠的食管、胃和胃食管鳞柱交界处(GE-SCJ) | 数字病理学 | 食管腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 多个胚胎、新生儿和成年阶段的小鼠样本 | NA | NA | NA | NA |
| 411 | 2024-11-19 |
Chrysalis: decoding tissue compartments in spatial transcriptomics with archetypal analysis
2024-Nov-16, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-07165-7
PMID:39550461
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Chrysalis的计算方法,用于在空间转录组学中通过空间变异基因检测和原型分析快速揭示组织区室,无需外部参考数据 | Chrysalis方法无需外部参考数据,通过空间变异基因检测和原型分析快速揭示组织区室,并提供独特的可视化方法 | NA | 开发一种无需外部参考数据的空间转录组学组织区室解析方法 | 空间转录组学中的组织区室 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 原型分析 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 412 | 2024-11-20 |
The advance of single cell transcriptome to study kidney immune cells in diabetic kidney disease
2024-Nov-16, BMC nephrology
IF:2.2Q2
DOI:10.1186/s12882-024-03853-y
PMID:39550562
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综述 | 本文综述了单细胞转录组技术在糖尿病肾病中研究肾脏免疫细胞的应用 | 单细胞测序技术相比传统方法在解析细胞异质性、并行多组学研究和发现新细胞类型方面具有优势 | 由于肾脏结构和功能的复杂性和异质性,研究每种细胞类型在肾脏病理生理学中的功能仍具有挑战性 | 探讨单细胞转录组学在糖尿病肾病领域的应用,并强调通过scRNA-seq分析揭示免疫细胞在糖尿病肾病中的重要作用 | 糖尿病肾病中的肾脏免疫细胞,包括巨噬细胞、T细胞、B细胞等 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及肾脏活检和尿液样本的多种免疫细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 413 | 2024-11-20 |
Unveiling the role of Pleckstrin-2 in tumor progression and immune modulation: insights from a comprehensive pan-cancer analysis with focus on lung cancer
2024-11-15, Molecular biomedicine
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s43556-024-00225-8
PMID:39546161
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研究论文 | 研究探讨了Pleckstrin-2(PLEK2)在肿瘤进展和免疫调节中的作用,特别是在肺癌中的表现 | 系统分析了PLEK2在多种癌症中的表达模式、预后相关性和功能影响,并发现PLEK2抑制剂Navitoclax的潜在应用 | 研究主要基于TCGA、GTEx和Human Protein Atlas的数据,可能存在数据来源的局限性 | 揭示PLEK2在肿瘤进展和免疫调节中的作用,寻找新的生物标志物和治疗靶点 | PLEK2在多种癌症中的表达、预后影响及其在肿瘤微环境中的功能 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | mRNA和蛋白质 | 使用了来自TCGA、GTEx和Human Protein Atlas的数据,具体样本数量未明确提及 | NA | NA | NA | NA |
| 414 | 2024-11-20 |
Analysis of single-cell RNA sequencing in human oocytes with diminished ovarian reserve uncovers mitochondrial dysregulation and translation deficiency
2024-Nov-15, Reproductive biology and endocrinology : RB&E
IF:4.2Q1
DOI:10.1186/s12958-024-01321-8
PMID:39548561
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研究论文 | 本研究首次利用单细胞RNA测序技术分析了卵巢储备减少(DOR)患者卵母细胞的转录组变化,揭示了线粒体功能失调和翻译缺陷 | 首次采用单细胞RNA测序技术揭示DOR卵母细胞的转录组变化,并发现PLAG1-IGF2轴的失调可能与DOR卵母细胞质量下降有关 | 研究仅限于GV阶段的DOR卵母细胞,未涵盖其他发育阶段的卵母细胞 | 揭示卵巢储备减少患者卵母细胞的特定致病机制 | 卵巢储备减少患者的卵母细胞 | 基因组学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | DOR卵母细胞和对照卵母细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 415 | 2024-11-20 |
Single-cell and spatial transcriptomics identify COL6A3 as a prognostic biomarker in undifferentiated pleomorphic sarcoma
2024-Nov-15, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-024-02168-8
PMID:39548577
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研究论文 | 研究通过单细胞和空间转录组学技术,鉴定出COL6A3作为未分化多形性肉瘤的预后生物标志物 | 首次通过单细胞和空间转录组学技术,在未分化多形性肉瘤中鉴定出COL6A3作为预后生物标志物,并验证了其在预测总体生存和无转移生存中的有效性 | 研究样本量较小,仅包括5个AFX和PDS活检样本以及1个PDS切除样本 | 鉴定未分化多形性肉瘤中的预后生物标志物 | 未分化多形性肉瘤(UPS)及相关肿瘤 | 数字病理学 | 软组织肉瘤 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 5个AFX和PDS活检样本,1个PDS切除样本,以及46个和38个独立的UPS肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 416 | 2024-11-20 |
Lateralized nodose ganglia gene expression implicates cholecystokinin receptors in interoceptive reward signaling
2024-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.01.621506
PMID:39554115
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析左右迷走神经节基因表达差异,探讨胆囊收缩素受体在内脏奖励信号中的作用 | 首次揭示了迷走神经节中胆囊收缩素A受体在右迷走神经中的特异性表达,可能与内脏奖励信号的不对称编码有关 | 研究仅限于大鼠和小鼠,尚未在人类中验证 | 探讨迷走神经节基因表达差异在内脏奖励信号中的作用 | 大鼠和小鼠的左右迷走神经节 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 大鼠和小鼠的左右迷走神经节样本 | NA | NA | NA | NA |
| 417 | 2024-11-19 |
Atypical chemokine receptor 1-positive endothelial cells mediate leucocyte infiltration and synergize with secreted frizzled-related protein 2/asporin-positive fibroblasts to promote skin fibrosis in systemic sclerosis
2024-Nov-18, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljae286
PMID:39009432
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研究论文 | 研究探讨了系统性硬化症(SSc)和局限性硬皮病(LS)中皮肤纤维化的病理机制,特别是血管内皮细胞损伤与免疫细胞浸润的关系以及不同细胞类型在纤维化皮肤生态系统中的相互作用 | 首次揭示了非典型趋化因子受体1(ACKR1)在纤维化皮肤组织中高表达促进免疫细胞浸润,并发现SFRP2/ASPN+成纤维细胞协同加剧皮肤纤维化的机制 | 研究样本量较小,且仅限于SSc和LS患者,可能影响结果的普适性 | 探索血管内皮细胞损伤与免疫细胞浸润的关系,以及不同细胞类型在纤维化皮肤生态系统中的相互作用 | 系统性硬化症(SSc)和局限性硬皮病(LS)患者的皮肤纤维化 | NA | 系统性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 共62,295个细胞,来自3名健康供体和7名SSc患者以及3名LS患者的皮肤活检样本 | NA | NA | NA | NA |
| 418 | 2024-11-19 |
Identification of PDLIM1 as a glioblastoma stem cell marker driving tumorigenesis and chemoresistance
2024-Nov-15, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-024-02241-7
PMID:39548074
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,鉴定PDLIM1为胶质母细胞瘤干细胞标记物,驱动肿瘤发生和化学抗性 | 首次鉴定PDLIM1为胶质母细胞瘤干细胞的新标记物,并揭示其在肿瘤发生和化学抗性中的作用 | NA | 识别新的胶质母细胞瘤干细胞标记物,以改善诊断和靶向治疗 | 胶质母细胞瘤干细胞及其在肿瘤进展、复发和化学抗性中的作用 | NA | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和批量RNA测序 (RNA-seq) | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 419 | 2024-11-19 |
Single cell-spatial transcriptomics and bulk multi-omics analysis of heterogeneity and ecosystems in hepatocellular carcinoma
2024-Nov-15, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-024-00752-1
PMID:39548284
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研究论文 | 本研究通过单细胞空间转录组学和批量多组学分析,揭示了肝细胞癌(HCC)生态系统的异质性和多样性 | 首次全面分析了HCC细胞在塑造肿瘤生态系统中的核心作用,并揭示了肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)的代谢紊乱和免疫功能障碍 | 研究样本量较小,仅包括六个HCC病例和一个非癌性肝脏对照 | 探讨肝细胞癌的异质性和生态系统构成 | 肝细胞癌(HCC)及其相关细胞类型 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞空间转录组学和批量多组学分析 | NA | 转录组数据 | 六个HCC病例和一个非癌性肝脏对照 | NA | NA | NA | NA |
| 420 | 2024-11-19 |
Multi-omics-driven discovery of invasive patterns and treatment strategies in CA19-9 positive intrahepatic cholangiocarcinoma
2024-Nov-15, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05854-9
PMID:39548460
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了CA19-9阳性肝内胆管癌的分子特征和治疗靶点 | 首次系统地阐明了CA19-9阳性肝内胆管癌的临床、基因组、转录组和免疫特征,并揭示了与糖酵解相关的细胞群及其促进癌症的机制 | NA | 支持CA19-9阳性肝内胆管癌的个性化治疗 | CA19-9阳性肝内胆管癌 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 多组学分析 | NA | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据、空间转录组数据 | 7个临床队列、2个全外显子测序队列、6个RNA测序/微阵列队列、1个蛋白质组队列、20个单细胞RNA测序样本、1个空间转录组样本、52个组织微阵列样本 | NA | NA | NA | NA |