单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
401	2024-11-20	Lateralized nodose ganglia gene expression implicates cholecystokinin receptors in interoceptive reward signaling 2024-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.01.621506 PMID:39554115	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析左右迷走神经节基因表达差异，探讨胆囊收缩素受体在内脏奖励信号中的作用	首次揭示了迷走神经节中胆囊收缩素A受体在右迷走神经中的特异性表达，可能与内脏奖励信号的不对称编码有关	研究仅限于大鼠和小鼠，尚未在人类中验证	探讨迷走神经节基因表达差异在内脏奖励信号中的作用	大鼠和小鼠的左右迷走神经节	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	大鼠和小鼠的左右迷走神经节样本
402	2024-11-19	Atypical chemokine receptor 1-positive endothelial cells mediate leucocyte infiltration and synergize with secreted frizzled-related protein 2/asporin-positive fibroblasts to promote skin fibrosis in systemic sclerosis 2024-Nov-18, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae286 PMID:39009432	研究论文	研究探讨了系统性硬化症（SSc）和局限性硬皮病（LS）中皮肤纤维化的病理机制，特别是血管内皮细胞损伤与免疫细胞浸润的关系以及不同细胞类型在纤维化皮肤生态系统中的相互作用	首次揭示了非典型趋化因子受体1（ACKR1）在纤维化皮肤组织中高表达促进免疫细胞浸润，并发现SFRP2/ASPN+成纤维细胞协同加剧皮肤纤维化的机制	研究样本量较小，且仅限于SSc和LS患者，可能影响结果的普适性	探索血管内皮细胞损伤与免疫细胞浸润的关系，以及不同细胞类型在纤维化皮肤生态系统中的相互作用	系统性硬化症（SSc）和局限性硬皮病（LS）患者的皮肤纤维化	NA	系统性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA	共62,295个细胞，来自3名健康供体和7名SSc患者以及3名LS患者的皮肤活检样本
403	2024-11-19	Lung Tissue Multilayer Network Analysis Uncovers the Molecular Heterogeneity of Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2024-Nov-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202303-0500OC PMID:38626356	研究论文	本文通过多层网络分析方法，研究了慢性阻塞性肺疾病（COPD）的分子异质性	本文提出了一种新的多层网络分析方法，整合了COPD患者的mRNA、microRNA和甲基化数据，揭示了与临床特征相关的分子机制	本文的样本量相对较小，且仅限于前吸烟者，可能限制了研究结果的普适性	揭示慢性阻塞性肺疾病的分子异质性及其与临床特征的关系	COPD患者的肺组织样本及其mRNA、microRNA和甲基化数据	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病	多层网络分析	机器学习模型	mRNA、microRNA、甲基化数据	135名前吸烟者COPD患者
404	2024-11-19	Identification of PDLIM1 as a glioblastoma stem cell marker driving tumorigenesis and chemoresistance 2024-Nov-15, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-024-02241-7 PMID:39548074	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，鉴定PDLIM1为胶质母细胞瘤干细胞标记物，驱动肿瘤发生和化学抗性	首次鉴定PDLIM1为胶质母细胞瘤干细胞的新标记物，并揭示其在肿瘤发生和化学抗性中的作用	NA	识别新的胶质母细胞瘤干细胞标记物，以改善诊断和靶向治疗	胶质母细胞瘤干细胞及其在肿瘤进展、复发和化学抗性中的作用	NA	脑肿瘤	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和批量RNA测序 (RNA-seq)	NA	RNA	NA
405	2024-11-19	Single cell-spatial transcriptomics and bulk multi-omics analysis of heterogeneity and ecosystems in hepatocellular carcinoma 2024-Nov-15, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00752-1 PMID:39548284	研究论文	本研究通过单细胞空间转录组学和批量多组学分析，揭示了肝细胞癌（HCC）生态系统的异质性和多样性	首次全面分析了HCC细胞在塑造肿瘤生态系统中的核心作用，并揭示了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的代谢紊乱和免疫功能障碍	研究样本量较小，仅包括六个HCC病例和一个非癌性肝脏对照	探讨肝细胞癌的异质性和生态系统构成	肝细胞癌（HCC）及其相关细胞类型	数字病理学	肝癌	单细胞空间转录组学和批量多组学分析	NA	转录组数据	六个HCC病例和一个非癌性肝脏对照
406	2024-11-19	Multi-omics-driven discovery of invasive patterns and treatment strategies in CA19-9 positive intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-Nov-15, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05854-9 PMID:39548460	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了CA19-9阳性肝内胆管癌的分子特征和治疗靶点	首次系统地阐明了CA19-9阳性肝内胆管癌的临床、基因组、转录组和免疫特征，并揭示了与糖酵解相关的细胞群及其促进癌症的机制	NA	支持CA19-9阳性肝内胆管癌的个性化治疗	CA19-9阳性肝内胆管癌	数字病理学	肝内胆管癌	多组学分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	7个临床队列、2个全外显子测序队列、6个RNA测序/微阵列队列、1个蛋白质组队列、20个单细胞RNA测序样本、1个空间转录组样本、52个组织微阵列样本
407	2024-11-19	Efficacy and safety of novel multiple-chain DAP-CAR-T cells targeting mesothelin in ovarian cancer and mesothelioma: a single-arm, open-label and first-in-human study 2024-Nov-15, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01405-5 PMID:39548510	研究论文	研究了针对间皮素的多链DAP-CAR-T细胞在卵巢癌和间皮瘤中的疗效和安全性	开发了多链DAP-CAR-T细胞，通过结合自然杀伤细胞免疫球蛋白样受体截短子和DAP12，显示出比其他自然杀伤细胞激活受体更好的细胞毒性和肿瘤杀伤能力	研究样本量较小，仅涉及8名患者，且结果主要基于体外实验和动物模型	评估多链DAP-CAR-T细胞在治疗卵巢癌和间皮瘤中的安全性和疗效	卵巢癌和间皮瘤患者	免疫治疗	卵巢癌	CAR-T细胞疗法	多链DAP-CAR-T细胞	细胞	8名表达间皮素的卵巢癌和间皮瘤患者
408	2024-11-19	Modulation of SRC by SNTB1 activates the Hippo-YAP pathway during colon adenocarcinoma metastasis 2024-Nov-15, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05548-2 PMID:39548564	研究论文	研究探讨了SNTB1通过调节SRC激活Hippo-YAP通路在结肠腺癌转移中的作用	首次揭示了SNTB1与SRC相互作用激活Hippo-YAP通路，促进结肠腺癌转移的机制	NA	探究结肠腺癌转移的分子机制，寻找新的治疗靶点	结肠腺癌及其转移组织	数字病理学	结肠腺癌	RNA测序	NA	RNA	408名结肠腺癌患者
409	2024-11-19	Stomatal maturomics: hunting genes regulating guard cell maturation and function formation from single-cell transcriptomes 2024-Nov, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2024.05.004 PMID:38768655	研究论文	研究通过整合分析三个公开的气孔相关单细胞RNA测序数据集，识别出586个在气孔成熟和功能形成过程中特异性上调的基因	首次定义并应用了“maturomics”概念，即组织或器官成熟过程的组学分析，并识别出与气孔成熟和功能形成相关的基因列表	研究主要基于已有的公开数据集，未进行新的实验验证	研究气孔成熟和功能形成过程中基因的调控机制	气孔及其保卫细胞的成熟过程	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三个公开的气孔相关单细胞RNA测序数据集
410	2024-11-19	Insights into left-right asymmetric development of chicken ovary at the single-cell level 2024-Nov, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2024.08.002 PMID:39147128	研究论文	本文通过单细胞转录组测序分析了鸡胚胎发育过程中左右卵巢的基因表达模式，揭示了卵巢不对称发育的分子机制	首次在单细胞水平上揭示了鸡卵巢左右不对称发育的基因表达模式，并识别了特定细胞类型和信号通路在不对称发育中的作用	研究仅限于鸡胚胎发育阶段，未涵盖成年鸡的卵巢发育情况	探讨鸡卵巢左右不对称发育的分子机制	鸡胚胎发育过程中左右卵巢的细胞	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	135,000个细胞，来自鸡胚胎发育的六个不同阶段
411	2024-11-19	NF-κB-activated oncogene inhibition strategy for cancer gene therapy 2024-Nov, Cancer gene therapy IF:4.8Q1 DOI:10.1038/s41417-024-00828-x PMID:39227689	研究论文	本研究开发了一种名为HOPE的新型癌症基因治疗方法，通过激活外源效应基因CRISPR-Cas13a来抑制癌细胞中的癌基因表达	本研究提出了一种新的癌症治疗策略，通过激活CRISPR-Cas13a来抑制癌基因表达，而不是传统的NF-κB抑制方法	NA	开发一种新的癌症基因治疗方法，抑制癌细胞生长并激活免疫系统	癌细胞中的癌基因TERT、PLK1、KRAS和MYC的mRNA表达	基因治疗	结直肠癌	CRISPR-Cas13a	NA	scRNA-seq数据	多种培养细胞和小鼠模型
412	2024-11-19	From MGUS to multiple myeloma: Unraveling the unknown of precursor states 2024-Nov, Blood reviews IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.blre.2024.101242 PMID:39389906	综述	本文回顾了从单克隆免疫球蛋白病到多发性骨髓瘤的前驱状态的历史、当前定义、风险分层模型的挑战以及新兴技术在预测和改善患者预后中的作用	本文介绍了新兴技术如全基因组测序、肿瘤微环境分析和单细胞RNA测序在分子水平上理解前驱状态的应用	当前的统计模型仅提供平均风险评分，无法在个体层面上预测进展风险	旨在更好地表征单克隆免疫球蛋白病和其他骨髓瘤前驱状态，以提供更精确的个体化风险评估	单克隆免疫球蛋白病和多发性骨髓瘤的前驱状态	NA	多发性骨髓瘤	全基因组测序、肿瘤微环境分析、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
413	2024-11-19	[Current applications and translational prospects of omics technologies in urothelial carcinoma] 2024-Nov-01, Zhonghua wai ke za zhi [Chinese journal of surgery] DOI:10.3760/cma.j.cn112139-20240814-00375 PMID:39394630	研究论文	本文探讨了组学技术在尿路上皮癌诊断和治疗中的应用及转化前景	利用基因组学、转录组学和蛋白质组学揭示了尿路上皮癌的分子机制和生物学特性，单细胞组学和空间转录组学进一步加深了对细胞异质性和肿瘤微环境的理解	NA	探讨组学技术在尿路上皮癌诊断和治疗中的应用及转化前景	尿路上皮癌	NA	泌尿系统肿瘤	组学技术	NA	NA	NA
414	2024-11-19	Comprehensive mapping of somatotroph pituitary neuroendocrine tumour heterogeneity using spatial and single-cell transcriptomics 2024-Nov, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70090 PMID:39548559	研究论文	本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，全面分析了生长激素细胞垂体神经内分泌肿瘤的异质性	首次通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，可视化了正常和肿瘤垂体组织的细胞分布，并揭示了生长激素细胞垂体神经内分泌肿瘤的转录组异质性	NA	研究生长激素细胞垂体神经内分泌肿瘤的驱动基因和机制，以开发新的治疗策略	生长激素细胞垂体神经内分泌肿瘤和正常垂体样本	数字病理学	垂体肿瘤	空间转录组学 (ST) 和单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	生长激素细胞肿瘤和正常垂体样本
415	2024-11-18	YAP1 Inhibition Induces Phenotype Switching of Cancer-Associated Fibroblasts to Tumor Suppressive in Prostate Cancer 2024-Nov-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0932 PMID:39137404	研究论文	研究揭示了YAP1抑制剂在前列腺癌中诱导癌症相关成纤维细胞表型转换的机制	首次揭示了YAP1在调节癌症相关成纤维细胞表型中的作用，并提出了一种通过靶向YAP1来改变成纤维细胞亚型以增强免疫检查点阻断疗法效果的治疗策略	NA	揭示调节癌症相关成纤维细胞可塑性的机制，以增强前列腺癌对免疫检查点阻断疗法的响应	前列腺癌中的癌症相关成纤维细胞及其表型转换	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序、RNA测序、流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据	四个前列腺癌单细胞RNA测序数据集
416	2024-11-18	A Dual-Payload Antibody-Drug Conjugate Targeting CD276/B7-H3 Elicits Cytotoxicity and Immune Activation in Triple-Negative Breast Cancer 2024-Nov-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-4099 PMID:39186778	研究论文	研究开发了一种双载荷抗体药物偶联物（DualADC），用于治疗三阴性乳腺癌（TNBC），通过靶向CD276/B7-H3诱导细胞毒性和免疫激活	首次开发了一种双载荷抗体药物偶联物，结合了传统的细胞毒性载荷和免疫调节的Toll样受体7/8激动剂，有效杀伤多种TNBC亚型并增强肿瘤微环境中的免疫功能	NA	开发一种新的抗体药物偶联物，用于治疗难治性转移性三阴性乳腺癌	三阴性乳腺癌（TNBC）及其肿瘤微环境中的免疫细胞	NA	乳腺癌	抗体药物偶联物（ADC）	NA	RNA测序、多重细胞因子分析、组织学	NA
417	2024-11-18	Identification of feature genes in intestinal epithelial cell types 2024-Nov-15, Cell regeneration (London, England) DOI:10.1186/s13619-024-00208-8 PMID:39542983	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了人和小鼠肠道不同细胞类型的特征基因，并通过免疫荧光染色和CRISPR/Cas9敲除技术探讨了这些基因在调节肠道上皮细胞增殖和分化中的作用	本研究不仅报道了多种肠道上皮细胞类型的新标记物，还阐明了相关基因在决定上皮细胞命运和维持干细胞稳态中的作用	NA	深入探索肠道上皮细胞的代表性标记物和转录因子，以进行全面的细胞命运轨迹分析	人和小鼠的肠道上皮细胞	NA	NA	单细胞RNA测序、免疫荧光染色、CRISPR/Cas9敲除	NA	基因表达数据	人和小鼠的肠道上皮细胞
418	2024-11-18	Insulin-like growth factor 2 drives fibroblast-mediated tumor immunoevasion and confers resistance to immunotherapy 2024-Nov-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI183366 PMID:39545420	研究论文	本文揭示了胰岛素样生长因子2（IGF2）在肿瘤免疫逃逸和免疫治疗耐药中的关键作用	发现IGF2通过促进癌症相关成纤维细胞（CAFs）与T细胞的相互作用，驱动肿瘤免疫逃逸，并增加免疫治疗耐药性	NA	探讨IGF2在肿瘤免疫逃逸和免疫治疗耐药中的作用机制	胰岛素样生长因子2（IGF2）及其在肿瘤免疫逃逸中的作用	NA	NA	空间转录组学和单细胞转录组学	NA	转录组数据	使用IGF2缺陷小鼠模型进行研究
419	2024-11-18	A multimodal zebrafish developmental atlas reveals the state-transition dynamics of late-vertebrate pluripotent axial progenitors 2024-Nov-14, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.09.047 PMID:39454574	研究论文	本文介绍了Zebrahub，一个整合了单细胞测序时间序列数据和光片显微镜重建的斑马鱼胚胎发育动态图谱	Zebrahub提供了高分辨率和深入的分子洞察力，通过在十个发育阶段对单个胚胎进行测序，并重建细胞轨迹，同时包含一个交互式工具来导航复杂的细胞流动和谱系	NA	阐明生物体发育过程，全面理解细胞谱系在空间、时间和分子域中的变化	斑马鱼胚胎发育中的神经-中胚层前体细胞（NMPs）和联合肾-造血干细胞前体细胞的起源	数字病理学	NA	单细胞测序，光片显微镜	NA	单细胞数据	十个发育阶段的单个斑马鱼胚胎
420	2024-11-18	Machine learning-driven discovery of novel therapeutic targets in diabetic foot ulcers 2024-Nov-14, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-024-00955-z PMID:39543487	研究论文	利用机器学习方法识别糖尿病足溃疡（DFU）中的治疗反应基因	首次通过机器学习方法识别出与DFU相关的关键基因SCUBE1和RNF103-CHMP3，并探讨了其在免疫调节和细胞通讯中的作用	研究结果需要在更大规模的队列中进行验证，并探索其在临床治疗中的应用潜力	通过机器学习方法识别糖尿病足溃疡中的潜在治疗靶点	糖尿病足溃疡患者的转录组数据和单细胞转录组数据	机器学习	糖尿病	转录组分析	机器学习算法	转录组数据	糖尿病足溃疡患者和健康对照的转录组数据，以及单细胞转录组数据