单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2024-11-20	Single-cell expression and immune infiltration analysis of polyamine metabolism in breast cancer 2024-Nov-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01524-w PMID:39549127	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和系统免疫学方法分析了乳腺癌中多胺代谢与免疫浸润的关系	首次结合单细胞RNA测序和系统免疫学方法，探讨了乳腺癌中多胺代谢与免疫微环境的相互作用	研究样本主要来自TCGA和GEO数据库，可能存在数据偏差	探讨乳腺癌中多胺代谢与免疫浸润的关系，为个性化治疗提供新思路	乳腺癌样本中的多胺代谢与免疫细胞浸润	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	机器学习模型	基因表达数据	46个乳腺癌增殖相关共表达模块
382	2024-11-20	Single-cell data revealed the regulatory mechanism of TNK cell heterogeneity in liver metastasis from gastric cancer 2024-Nov-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01528-6 PMID:39549183	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据分析了胃癌肝转移中TNK细胞异质性的调控机制	首次揭示了TNK细胞亚群在胃癌肝转移中的关键作用及其调控机制	NA	分类与胃癌肝转移相关的细胞亚群，并探讨其与其他免疫细胞亚群的相互作用机制	胃癌肝转移中的TNK细胞亚群及其调控机制	数字病理学	胃癌	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	GSE163558数据集中的胃癌患者及其转移组样本
383	2024-11-20	Temporal single-cell RNA sequencing dataset of gastroesophagus development from embryonic to post-natal stages 2024-Nov-16, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-04081-7 PMID:39550363	研究论文	本文介绍了从胚胎到出生后阶段的小鼠胃食管发育的单细胞RNA测序数据集的技术质量	提供了全面的单细胞RNA测序数据集，捕捉了食管、胃和胃食管鳞柱交界处（GE-SCJ）在胚胎、新生儿和成年阶段的转录动态	未提及	研究胃食管交界处的发育和稳态失调，以阐明癌症发病机制	小鼠的食管、胃和胃食管鳞柱交界处（GE-SCJ）	数字病理学	食管腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	多个胚胎、新生儿和成年阶段的小鼠样本
384	2024-11-19	Chrysalis: decoding tissue compartments in spatial transcriptomics with archetypal analysis 2024-Nov-16, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07165-7 PMID:39550461	研究论文	本文介绍了一种名为Chrysalis的计算方法，用于在空间转录组学中通过空间变异基因检测和原型分析快速揭示组织区室，无需外部参考数据	Chrysalis方法无需外部参考数据，通过空间变异基因检测和原型分析快速揭示组织区室，并提供独特的可视化方法	NA	开发一种无需外部参考数据的空间转录组学组织区室解析方法	空间转录组学中的组织区室	生物信息学	NA	空间转录组学	原型分析	基因表达数据	NA
385	2024-11-20	The advance of single cell transcriptome to study kidney immune cells in diabetic kidney disease 2024-Nov-16, BMC nephrology IF:2.2Q2 DOI:10.1186/s12882-024-03853-y PMID:39550562	综述	本文综述了单细胞转录组技术在糖尿病肾病中研究肾脏免疫细胞的应用	单细胞测序技术相比传统方法在解析细胞异质性、并行多组学研究和发现新细胞类型方面具有优势	由于肾脏结构和功能的复杂性和异质性，研究每种细胞类型在肾脏病理生理学中的功能仍具有挑战性	探讨单细胞转录组学在糖尿病肾病领域的应用，并强调通过scRNA-seq分析揭示免疫细胞在糖尿病肾病中的重要作用	糖尿病肾病中的肾脏免疫细胞，包括巨噬细胞、T细胞、B细胞等	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及肾脏活检和尿液样本的多种免疫细胞
386	2024-11-20	Unveiling the role of Pleckstrin-2 in tumor progression and immune modulation: insights from a comprehensive pan-cancer analysis with focus on lung cancer 2024-11-15, Molecular biomedicine IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s43556-024-00225-8 PMID:39546161	研究论文	研究探讨了Pleckstrin-2（PLEK2）在肿瘤进展和免疫调节中的作用，特别是在肺癌中的表现	系统分析了PLEK2在多种癌症中的表达模式、预后相关性和功能影响，并发现PLEK2抑制剂Navitoclax的潜在应用	研究主要基于TCGA、GTEx和Human Protein Atlas的数据，可能存在数据来源的局限性	揭示PLEK2在肿瘤进展和免疫调节中的作用，寻找新的生物标志物和治疗靶点	PLEK2在多种癌症中的表达、预后影响及其在肿瘤微环境中的功能	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	mRNA和蛋白质	使用了来自TCGA、GTEx和Human Protein Atlas的数据，具体样本数量未明确提及
387	2024-11-20	Analysis of single-cell RNA sequencing in human oocytes with diminished ovarian reserve uncovers mitochondrial dysregulation and translation deficiency 2024-Nov-15, Reproductive biology and endocrinology : RB&E IF:4.2Q1 DOI:10.1186/s12958-024-01321-8 PMID:39548561	研究论文	本研究首次利用单细胞RNA测序技术分析了卵巢储备减少（DOR）患者卵母细胞的转录组变化，揭示了线粒体功能失调和翻译缺陷	首次采用单细胞RNA测序技术揭示DOR卵母细胞的转录组变化，并发现PLAG1-IGF2轴的失调可能与DOR卵母细胞质量下降有关	研究仅限于GV阶段的DOR卵母细胞，未涵盖其他发育阶段的卵母细胞	揭示卵巢储备减少患者卵母细胞的特定致病机制	卵巢储备减少患者的卵母细胞	基因组学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	DOR卵母细胞和对照卵母细胞
388	2024-11-20	Single-cell and spatial transcriptomics identify COL6A3 as a prognostic biomarker in undifferentiated pleomorphic sarcoma 2024-Nov-15, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02168-8 PMID:39548577	研究论文	研究通过单细胞和空间转录组学技术，鉴定出COL6A3作为未分化多形性肉瘤的预后生物标志物	首次通过单细胞和空间转录组学技术，在未分化多形性肉瘤中鉴定出COL6A3作为预后生物标志物，并验证了其在预测总体生存和无转移生存中的有效性	研究样本量较小，仅包括5个AFX和PDS活检样本以及1个PDS切除样本	鉴定未分化多形性肉瘤中的预后生物标志物	未分化多形性肉瘤（UPS）及相关肿瘤	数字病理学	软组织肉瘤	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	5个AFX和PDS活检样本，1个PDS切除样本，以及46个和38个独立的UPS肿瘤样本
389	2024-11-20	Lateralized nodose ganglia gene expression implicates cholecystokinin receptors in interoceptive reward signaling 2024-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.01.621506 PMID:39554115	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析左右迷走神经节基因表达差异，探讨胆囊收缩素受体在内脏奖励信号中的作用	首次揭示了迷走神经节中胆囊收缩素A受体在右迷走神经中的特异性表达，可能与内脏奖励信号的不对称编码有关	研究仅限于大鼠和小鼠，尚未在人类中验证	探讨迷走神经节基因表达差异在内脏奖励信号中的作用	大鼠和小鼠的左右迷走神经节	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	大鼠和小鼠的左右迷走神经节样本
390	2024-11-19	Atypical chemokine receptor 1-positive endothelial cells mediate leucocyte infiltration and synergize with secreted frizzled-related protein 2/asporin-positive fibroblasts to promote skin fibrosis in systemic sclerosis 2024-Nov-18, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae286 PMID:39009432	研究论文	研究探讨了系统性硬化症（SSc）和局限性硬皮病（LS）中皮肤纤维化的病理机制，特别是血管内皮细胞损伤与免疫细胞浸润的关系以及不同细胞类型在纤维化皮肤生态系统中的相互作用	首次揭示了非典型趋化因子受体1（ACKR1）在纤维化皮肤组织中高表达促进免疫细胞浸润，并发现SFRP2/ASPN+成纤维细胞协同加剧皮肤纤维化的机制	研究样本量较小，且仅限于SSc和LS患者，可能影响结果的普适性	探索血管内皮细胞损伤与免疫细胞浸润的关系，以及不同细胞类型在纤维化皮肤生态系统中的相互作用	系统性硬化症（SSc）和局限性硬皮病（LS）患者的皮肤纤维化	NA	系统性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA	共62,295个细胞，来自3名健康供体和7名SSc患者以及3名LS患者的皮肤活检样本
391	2024-11-19	Lung Tissue Multilayer Network Analysis Uncovers the Molecular Heterogeneity of Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2024-Nov-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202303-0500OC PMID:38626356	研究论文	本文通过多层网络分析方法，研究了慢性阻塞性肺疾病（COPD）的分子异质性	本文提出了一种新的多层网络分析方法，整合了COPD患者的mRNA、microRNA和甲基化数据，揭示了与临床特征相关的分子机制	本文的样本量相对较小，且仅限于前吸烟者，可能限制了研究结果的普适性	揭示慢性阻塞性肺疾病的分子异质性及其与临床特征的关系	COPD患者的肺组织样本及其mRNA、microRNA和甲基化数据	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病	多层网络分析	机器学习模型	mRNA、microRNA、甲基化数据	135名前吸烟者COPD患者
392	2024-11-19	Identification of PDLIM1 as a glioblastoma stem cell marker driving tumorigenesis and chemoresistance 2024-Nov-15, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-024-02241-7 PMID:39548074	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，鉴定PDLIM1为胶质母细胞瘤干细胞标记物，驱动肿瘤发生和化学抗性	首次鉴定PDLIM1为胶质母细胞瘤干细胞的新标记物，并揭示其在肿瘤发生和化学抗性中的作用	NA	识别新的胶质母细胞瘤干细胞标记物，以改善诊断和靶向治疗	胶质母细胞瘤干细胞及其在肿瘤进展、复发和化学抗性中的作用	NA	脑肿瘤	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和批量RNA测序 (RNA-seq)	NA	RNA	NA
393	2024-11-19	Single cell-spatial transcriptomics and bulk multi-omics analysis of heterogeneity and ecosystems in hepatocellular carcinoma 2024-Nov-15, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00752-1 PMID:39548284	研究论文	本研究通过单细胞空间转录组学和批量多组学分析，揭示了肝细胞癌（HCC）生态系统的异质性和多样性	首次全面分析了HCC细胞在塑造肿瘤生态系统中的核心作用，并揭示了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的代谢紊乱和免疫功能障碍	研究样本量较小，仅包括六个HCC病例和一个非癌性肝脏对照	探讨肝细胞癌的异质性和生态系统构成	肝细胞癌（HCC）及其相关细胞类型	数字病理学	肝癌	单细胞空间转录组学和批量多组学分析	NA	转录组数据	六个HCC病例和一个非癌性肝脏对照
394	2024-11-19	Multi-omics-driven discovery of invasive patterns and treatment strategies in CA19-9 positive intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-Nov-15, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05854-9 PMID:39548460	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了CA19-9阳性肝内胆管癌的分子特征和治疗靶点	首次系统地阐明了CA19-9阳性肝内胆管癌的临床、基因组、转录组和免疫特征，并揭示了与糖酵解相关的细胞群及其促进癌症的机制	NA	支持CA19-9阳性肝内胆管癌的个性化治疗	CA19-9阳性肝内胆管癌	数字病理学	肝内胆管癌	多组学分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	7个临床队列、2个全外显子测序队列、6个RNA测序/微阵列队列、1个蛋白质组队列、20个单细胞RNA测序样本、1个空间转录组样本、52个组织微阵列样本
395	2024-11-19	Efficacy and safety of novel multiple-chain DAP-CAR-T cells targeting mesothelin in ovarian cancer and mesothelioma: a single-arm, open-label and first-in-human study 2024-Nov-15, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01405-5 PMID:39548510	研究论文	研究了针对间皮素的多链DAP-CAR-T细胞在卵巢癌和间皮瘤中的疗效和安全性	开发了多链DAP-CAR-T细胞，通过结合自然杀伤细胞免疫球蛋白样受体截短子和DAP12，显示出比其他自然杀伤细胞激活受体更好的细胞毒性和肿瘤杀伤能力	研究样本量较小，仅涉及8名患者，且结果主要基于体外实验和动物模型	评估多链DAP-CAR-T细胞在治疗卵巢癌和间皮瘤中的安全性和疗效	卵巢癌和间皮瘤患者	免疫治疗	卵巢癌	CAR-T细胞疗法	多链DAP-CAR-T细胞	细胞	8名表达间皮素的卵巢癌和间皮瘤患者
396	2024-11-19	Modulation of SRC by SNTB1 activates the Hippo-YAP pathway during colon adenocarcinoma metastasis 2024-Nov-15, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05548-2 PMID:39548564	研究论文	研究探讨了SNTB1通过调节SRC激活Hippo-YAP通路在结肠腺癌转移中的作用	首次揭示了SNTB1与SRC相互作用激活Hippo-YAP通路，促进结肠腺癌转移的机制	NA	探究结肠腺癌转移的分子机制，寻找新的治疗靶点	结肠腺癌及其转移组织	数字病理学	结肠腺癌	RNA测序	NA	RNA	408名结肠腺癌患者
397	2024-11-19	Multiomics reveals age-dependent metabolic reprogramming of macrophages by wound bed niche secreted signals 2024-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.30.621159 PMID:39553941	研究论文	研究探讨了伤口微环境中分泌信号对巨噬细胞代谢的年龄依赖性重编程	首次揭示了早期伤口巨噬细胞中代谢基因表达定义了不同的细胞群体，并发现这些信号以年龄依赖的方式驱动代谢输入和线粒体代谢	研究主要集中在小鼠模型上，未来需要在人类样本中验证这些发现	探讨伤口微环境中分泌信号如何影响巨噬细胞的代谢，并研究其对炎症和年龄相关疾病的影响	早期伤口中的巨噬细胞及其代谢变化	NA	年龄相关炎症疾病	单细胞RNA测序、单细胞分泌组学	NA	RNA	小鼠早期伤口中的巨噬细胞
398	2024-11-19	Stomatal maturomics: hunting genes regulating guard cell maturation and function formation from single-cell transcriptomes 2024-Nov, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2024.05.004 PMID:38768655	研究论文	研究通过整合分析三个公开的气孔相关单细胞RNA测序数据集，识别出586个在气孔成熟和功能形成过程中特异性上调的基因	首次定义并应用了“maturomics”概念，即组织或器官成熟过程的组学分析，并识别出与气孔成熟和功能形成相关的基因列表	研究主要基于已有的公开数据集，未进行新的实验验证	研究气孔成熟和功能形成过程中基因的调控机制	气孔及其保卫细胞的成熟过程	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三个公开的气孔相关单细胞RNA测序数据集
399	2024-11-19	Insights into left-right asymmetric development of chicken ovary at the single-cell level 2024-Nov, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2024.08.002 PMID:39147128	研究论文	本文通过单细胞转录组测序分析了鸡胚胎发育过程中左右卵巢的基因表达模式，揭示了卵巢不对称发育的分子机制	首次在单细胞水平上揭示了鸡卵巢左右不对称发育的基因表达模式，并识别了特定细胞类型和信号通路在不对称发育中的作用	研究仅限于鸡胚胎发育阶段，未涵盖成年鸡的卵巢发育情况	探讨鸡卵巢左右不对称发育的分子机制	鸡胚胎发育过程中左右卵巢的细胞	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	135,000个细胞，来自鸡胚胎发育的六个不同阶段
400	2024-11-19	NF-κB-activated oncogene inhibition strategy for cancer gene therapy 2024-Nov, Cancer gene therapy IF:4.8Q1 DOI:10.1038/s41417-024-00828-x PMID:39227689	研究论文	本研究开发了一种名为HOPE的新型癌症基因治疗方法，通过激活外源效应基因CRISPR-Cas13a来抑制癌细胞中的癌基因表达	本研究提出了一种新的癌症治疗策略，通过激活CRISPR-Cas13a来抑制癌基因表达，而不是传统的NF-κB抑制方法	NA	开发一种新的癌症基因治疗方法，抑制癌细胞生长并激活免疫系统	癌细胞中的癌基因TERT、PLK1、KRAS和MYC的mRNA表达	基因治疗	结直肠癌	CRISPR-Cas13a	NA	scRNA-seq数据	多种培养细胞和小鼠模型