单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2024-11-20	Deep learning-based models for preimplantation mouse and human embryos based on single-cell RNA sequencing 2024-Nov-14, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02511-3 PMID:39543284	研究论文	本文利用深度学习工具整合和分类多个单细胞RNA测序数据集，定义小鼠和人类胚胎细胞类型、谱系和状态	开发了一种基于深度学习的模型，能够无偏地分类细胞类型，并定义用于识别谱系、细胞类型和状态的基因集	NA	利用深度学习技术整合和分类单细胞RNA测序数据，定义小鼠和人类胚胎细胞类型、谱系和状态	小鼠和人类胚胎细胞类型、谱系和状态	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习模型	RNA测序数据	使用公开数据进行测试，具体样本数量未明确说明
382	2024-11-20	Spatial Transcriptomics of IPMN Reveals Divergent Indolent and Malignant Lineages 2024-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.29.620810 PMID:39554015	研究论文	本文通过数字空间RNA分析技术研究了IPMN的转录组状态，揭示了低风险和高风险表达程序，并探讨了其在胰腺癌风险分层中的应用	首次使用数字空间RNA分析技术对IPMN进行转录组分析，揭示了低风险和高风险表达程序，并提出了改进现有风险分层模型的潜力	NA	研究IPMN的转录组状态，以提高胰腺癌风险分层的准确性	IPMN的转录组状态及其与胰腺癌风险的关系	数字病理学	胰腺癌	数字空间RNA分析技术	NA	RNA	10个IPMN样本
383	2024-11-20	Lateralized nodose ganglia gene expression implicates cholecystokinin receptors in interoceptive reward signaling 2024-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.01.621506 PMID:39554115	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析左右迷走神经节基因表达差异，探讨胆囊收缩素受体在内脏奖励信号中的作用	首次揭示了迷走神经节中胆囊收缩素A受体在右迷走神经中的特异性表达，可能与内脏奖励信号的不对称编码有关	研究仅限于大鼠和小鼠，尚未在人类中验证	探讨迷走神经节基因表达差异在内脏奖励信号中的作用	大鼠和小鼠的左右迷走神经节	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	大鼠和小鼠的左右迷走神经节样本
384	2024-11-19	Atypical chemokine receptor 1-positive endothelial cells mediate leucocyte infiltration and synergize with secreted frizzled-related protein 2/asporin-positive fibroblasts to promote skin fibrosis in systemic sclerosis 2024-Nov-18, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae286 PMID:39009432	研究论文	研究探讨了系统性硬化症（SSc）和局限性硬皮病（LS）中皮肤纤维化的病理机制，特别是血管内皮细胞损伤与免疫细胞浸润的关系以及不同细胞类型在纤维化皮肤生态系统中的相互作用	首次揭示了非典型趋化因子受体1（ACKR1）在纤维化皮肤组织中高表达促进免疫细胞浸润，并发现SFRP2/ASPN+成纤维细胞协同加剧皮肤纤维化的机制	研究样本量较小，且仅限于SSc和LS患者，可能影响结果的普适性	探索血管内皮细胞损伤与免疫细胞浸润的关系，以及不同细胞类型在纤维化皮肤生态系统中的相互作用	系统性硬化症（SSc）和局限性硬皮病（LS）患者的皮肤纤维化	NA	系统性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA	共62,295个细胞，来自3名健康供体和7名SSc患者以及3名LS患者的皮肤活检样本
385	2024-11-19	The role of FOXK2-FBXO32 in breast cancer tumorigenesis: Insights into ribosome-associated pathways 2024-Nov-18, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.15482 PMID:39552461	研究论文	研究FOXK2基因及其下游基因FBXO32在乳腺癌肿瘤发生中的作用，并探讨其在免疫治疗中的潜在应用	首次揭示了FOXK2在多种癌症中的表达与患者预后和免疫反应的关系，并发现其下游基因FBXO32在癌症免疫反应中的作用	需要进一步研究FOXK2及其下游基因FBXO32在癌症中的具体机制以及其在癌症治疗中的潜在优势	寻找新的生物标志物以预测肿瘤免疫治疗的疗效和预后	FOXK2基因及其下游基因FBXO32在癌症中的作用	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序、RNA-seq、ChIP-seq	NA	RNA	来自TCGA数据库的泛癌bulk RNA-seq数据
386	2024-11-19	Mouse Bladder Smooth Muscle Lack the Functional Active NMDAR 2024-Nov-18, Neurourology and urodynamics IF:1.8Q3 DOI:10.1002/nau.25631 PMID:39552551	研究论文	研究探讨了N-甲基-D-天冬氨酸受体（NMDAR）在小鼠膀胱平滑肌（BSM）功能中的作用及其作为治疗过度活跃膀胱的潜在靶点	发现小鼠膀胱平滑肌中缺乏功能性NMDAR，这表明NMDAR抑制在体内治疗过度活跃膀胱的疗效不太可能直接通过影响BSM本身来实现	研究仅限于小鼠和人类组织，未涉及其他物种；实验结果可能受到样本量和实验条件的限制	探讨NMDAR在膀胱平滑肌功能中的作用及其作为治疗过度活跃膀胱的潜在靶点	小鼠和人类的膀胱平滑肌细胞	NA	NA	肌动描记法、钙成像、单细胞RNA测序、免疫荧光染色	NA	RNA序列数据、图像	小鼠和人类组织的膀胱平滑肌细胞
387	2024-11-19	Lung Tissue Multilayer Network Analysis Uncovers the Molecular Heterogeneity of Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2024-Nov-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202303-0500OC PMID:38626356	研究论文	本文通过多层网络分析方法，研究了慢性阻塞性肺疾病（COPD）的分子异质性	本文提出了一种新的多层网络分析方法，整合了COPD患者的mRNA、microRNA和甲基化数据，揭示了与临床特征相关的分子机制	本文的样本量相对较小，且仅限于前吸烟者，可能限制了研究结果的普适性	揭示慢性阻塞性肺疾病的分子异质性及其与临床特征的关系	COPD患者的肺组织样本及其mRNA、microRNA和甲基化数据	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病	多层网络分析	机器学习模型	mRNA、microRNA、甲基化数据	135名前吸烟者COPD患者
388	2024-11-19	Identification of PDLIM1 as a glioblastoma stem cell marker driving tumorigenesis and chemoresistance 2024-Nov-15, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-024-02241-7 PMID:39548074	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，鉴定PDLIM1为胶质母细胞瘤干细胞标记物，驱动肿瘤发生和化学抗性	首次鉴定PDLIM1为胶质母细胞瘤干细胞的新标记物，并揭示其在肿瘤发生和化学抗性中的作用	NA	识别新的胶质母细胞瘤干细胞标记物，以改善诊断和靶向治疗	胶质母细胞瘤干细胞及其在肿瘤进展、复发和化学抗性中的作用	NA	脑肿瘤	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和批量RNA测序 (RNA-seq)	NA	RNA	NA
389	2024-11-19	Defective germinal center selection results in persistence of self-reactive B cells from the primary to the secondary repertoire in Primary Antiphospholipid Syndrome 2024-Nov-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54228-8 PMID:39548093	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、B细胞受体（BCR）谱分析、CITEseq分析和单细胞永生化技术，研究了原发性抗磷脂综合征（PAPS）患者外周血和骨髓中自反应性B细胞的起源	发现抗磷脂（aPL）特异性B细胞存在于幼稚B细胞区室中，具有多反应性，并源自天然B细胞库；此外，这些B细胞在PAPS患者中未被清除，可能由于生发中心选择缺陷而持续存在，并在记忆和长寿浆细胞阶段变得较少多反应性	NA	揭示原发性抗磷脂综合征（PAPS）中自反应性B细胞的存活机制，并提出潜在的治疗靶点	原发性抗磷脂综合征（PAPS）患者的自反应性B细胞	NA	原发性抗磷脂综合征	单细胞RNA测序、B细胞受体（BCR）谱分析、CITEseq分析、单细胞永生化	NA	RNA	NA
390	2024-11-19	Single cell-spatial transcriptomics and bulk multi-omics analysis of heterogeneity and ecosystems in hepatocellular carcinoma 2024-Nov-15, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00752-1 PMID:39548284	研究论文	本研究通过单细胞空间转录组学和批量多组学分析，揭示了肝细胞癌（HCC）生态系统的异质性和多样性	首次全面分析了HCC细胞在塑造肿瘤生态系统中的核心作用，并揭示了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的代谢紊乱和免疫功能障碍	研究样本量较小，仅包括六个HCC病例和一个非癌性肝脏对照	探讨肝细胞癌的异质性和生态系统构成	肝细胞癌（HCC）及其相关细胞类型	数字病理学	肝癌	单细胞空间转录组学和批量多组学分析	NA	转录组数据	六个HCC病例和一个非癌性肝脏对照
391	2024-11-19	Multi-omics-driven discovery of invasive patterns and treatment strategies in CA19-9 positive intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-Nov-15, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05854-9 PMID:39548460	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了CA19-9阳性肝内胆管癌的分子特征和治疗靶点	首次系统地阐明了CA19-9阳性肝内胆管癌的临床、基因组、转录组和免疫特征，并揭示了与糖酵解相关的细胞群及其促进癌症的机制	NA	支持CA19-9阳性肝内胆管癌的个性化治疗	CA19-9阳性肝内胆管癌	数字病理学	肝内胆管癌	多组学分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	7个临床队列、2个全外显子测序队列、6个RNA测序/微阵列队列、1个蛋白质组队列、20个单细胞RNA测序样本、1个空间转录组样本、52个组织微阵列样本
392	2024-11-19	Single-cell transcriptomics link gene expression signatures to clinicopathological features of gonadotroph and lactotroph PitNET 2024-Nov-15, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05821-4 PMID:39548496	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，探讨了垂体神经内分泌肿瘤（PitNET）中生殖细胞和催乳细胞的基因表达特征与临床病理特征之间的关系	本研究首次系统地分析了生殖细胞和催乳细胞PitNET的单细胞转录组数据，揭示了肿瘤微环境细胞与肿瘤侵袭性行为之间的关系	本研究仅基于单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，未涉及其他类型的数据或技术	探讨垂体神经内分泌肿瘤中不同细胞类型的基因表达特征与临床病理特征之间的关系	生殖细胞和催乳细胞垂体神经内分泌肿瘤	数字病理学	垂体肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	7个生殖细胞PitNET和3个催乳细胞PitNET的单细胞RNA测序数据，以及134个PitNET的批量RNA测序数据
393	2024-11-19	Efficacy and safety of novel multiple-chain DAP-CAR-T cells targeting mesothelin in ovarian cancer and mesothelioma: a single-arm, open-label and first-in-human study 2024-Nov-15, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01405-5 PMID:39548510	研究论文	研究了针对间皮素的多链DAP-CAR-T细胞在卵巢癌和间皮瘤中的疗效和安全性	开发了多链DAP-CAR-T细胞，通过结合自然杀伤细胞免疫球蛋白样受体截短子和DAP12，显示出比其他自然杀伤细胞激活受体更好的细胞毒性和肿瘤杀伤能力	研究样本量较小，仅涉及8名患者，且结果主要基于体外实验和动物模型	评估多链DAP-CAR-T细胞在治疗卵巢癌和间皮瘤中的安全性和疗效	卵巢癌和间皮瘤患者	免疫治疗	卵巢癌	CAR-T细胞疗法	多链DAP-CAR-T细胞	细胞	8名表达间皮素的卵巢癌和间皮瘤患者
394	2024-11-19	Modulation of SRC by SNTB1 activates the Hippo-YAP pathway during colon adenocarcinoma metastasis 2024-Nov-15, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05548-2 PMID:39548564	研究论文	研究探讨了SNTB1通过调节SRC激活Hippo-YAP通路在结肠腺癌转移中的作用	首次揭示了SNTB1与SRC相互作用激活Hippo-YAP通路，促进结肠腺癌转移的机制	NA	探究结肠腺癌转移的分子机制，寻找新的治疗靶点	结肠腺癌及其转移组织	数字病理学	结肠腺癌	RNA测序	NA	RNA	408名结肠腺癌患者
395	2024-11-19	Phylogenomic workflow for uncultivable microbial eukaryotes using single-cell RNA sequencing - A case study with planktonic ciliates (Ciliophora, Oligotrichea) 2024-Nov-15, Molecular phylogenetics and evolution IF:3.6Q2 DOI:10.1016/j.ympev.2024.108239 PMID:39551225	研究论文	本文开发了一种基于单细胞RNA测序的系统发育工作流程，用于分析不可培养的微生物真核生物，并以浮游纤毛虫为例进行了验证	本文首次提出了一种基于单细胞RNA测序的系统发育工作流程，能够有效处理复杂基因组和非目标序列的问题	本文仅以浮游纤毛虫为例进行了验证，尚未在其他微生物真核生物中进行广泛应用	开发一种适用于不可培养微生物真核生物的系统发育分析工作流程	浮游纤毛虫（Oligotrichea）的系统发育关系	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	共使用了39个转录组样本，其中11个来自公开数据，28个为新产生的数据
396	2024-11-19	Multiomics reveals age-dependent metabolic reprogramming of macrophages by wound bed niche secreted signals 2024-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.30.621159 PMID:39553941	研究论文	研究探讨了伤口微环境中分泌信号对巨噬细胞代谢的年龄依赖性重编程	首次揭示了早期伤口巨噬细胞中代谢基因表达定义了不同的细胞群体，并发现这些信号以年龄依赖的方式驱动代谢输入和线粒体代谢	研究主要集中在小鼠模型上，未来需要在人类样本中验证这些发现	探讨伤口微环境中分泌信号如何影响巨噬细胞的代谢，并研究其对炎症和年龄相关疾病的影响	早期伤口中的巨噬细胞及其代谢变化	NA	年龄相关炎症疾病	单细胞RNA测序、单细胞分泌组学	NA	RNA	小鼠早期伤口中的巨噬细胞
397	2024-11-19	Single-cell, spatial, and fate-mapping analyses uncover niche dependent diversity of cochlear myeloid cells 2024-Nov-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.30.621184 PMID:39554030	研究论文	本文通过单细胞转录组学、命运图谱和共生实验，揭示了小鼠耳蜗中五种髓系细胞的共存及其在不同耳蜗隔室中的特定功能	首次全面分析了耳蜗中髓系细胞的多样性及其与微环境的相互作用	研究主要集中在小鼠模型上，未来需在人类样本中验证	探讨耳蜗中髓系细胞的多样性及其在不同微环境中的功能	小鼠耳蜗中的髓系细胞	NA	NA	单细胞转录组学、命运图谱、共生实验	NA	基因表达数据	小鼠耳蜗样本
398	2024-11-19	Stomatal maturomics: hunting genes regulating guard cell maturation and function formation from single-cell transcriptomes 2024-Nov, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2024.05.004 PMID:38768655	研究论文	研究通过整合分析三个公开的气孔相关单细胞RNA测序数据集，识别出586个在气孔成熟和功能形成过程中特异性上调的基因	首次定义并应用了“maturomics”概念，即组织或器官成熟过程的组学分析，并识别出与气孔成熟和功能形成相关的基因列表	研究主要基于已有的公开数据集，未进行新的实验验证	研究气孔成熟和功能形成过程中基因的调控机制	气孔及其保卫细胞的成熟过程	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三个公开的气孔相关单细胞RNA测序数据集
399	2024-11-19	Insights into left-right asymmetric development of chicken ovary at the single-cell level 2024-Nov, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2024.08.002 PMID:39147128	研究论文	本文通过单细胞转录组测序分析了鸡胚胎发育过程中左右卵巢的基因表达模式，揭示了卵巢不对称发育的分子机制	首次在单细胞水平上揭示了鸡卵巢左右不对称发育的基因表达模式，并识别了特定细胞类型和信号通路在不对称发育中的作用	研究仅限于鸡胚胎发育阶段，未涵盖成年鸡的卵巢发育情况	探讨鸡卵巢左右不对称发育的分子机制	鸡胚胎发育过程中左右卵巢的细胞	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	135,000个细胞，来自鸡胚胎发育的六个不同阶段
400	2024-11-19	NF-κB-activated oncogene inhibition strategy for cancer gene therapy 2024-Nov, Cancer gene therapy IF:4.8Q1 DOI:10.1038/s41417-024-00828-x PMID:39227689	研究论文	本研究开发了一种名为HOPE的新型癌症基因治疗方法，通过激活外源效应基因CRISPR-Cas13a来抑制癌细胞中的癌基因表达	本研究提出了一种新的癌症治疗策略，通过激活CRISPR-Cas13a来抑制癌基因表达，而不是传统的NF-κB抑制方法	NA	开发一种新的癌症基因治疗方法，抑制癌细胞生长并激活免疫系统	癌细胞中的癌基因TERT、PLK1、KRAS和MYC的mRNA表达	基因治疗	结直肠癌	CRISPR-Cas13a	NA	scRNA-seq数据	多种培养细胞和小鼠模型