单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 578 篇文献，本页显示第 381 - 400 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 381 | 2024-11-23 |
Spatiotemporal Analysis of Mesenchymal Stem Cells Fate Determination by Inflammatory Niche Following Soft Tissue Injury at a Single-Cell Level
2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202310282
PMID:39308190
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研究论文 | 研究探讨了软组织损伤后炎症微环境中间充质干细胞命运的决定机制 | 通过单细胞RNA测序、空间转录组和谱系追踪分析，揭示了炎症微环境中间充质干细胞向软骨和骨细胞分化的动态过程及其调控机制 | NA | 探讨创伤诱导的炎症暴露对间充质干细胞命运决定的影响 | 间充质干细胞及其在炎症微环境中的分化 | 数字病理学 | 软组织损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 382 | 2024-11-23 |
Spatial Isoforms Reveal the Mechanisms of Metastasis
2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202402242
PMID:39312471
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研究论文 | 研究食管鳞状细胞癌中淋巴结转移的机制，特别是CD8 T细胞在化疗耐药和转移中的作用 | 利用空间转录组学和单细胞RNA测序技术，分析了空间异构体在人类实体瘤和淋巴结中的表达和分布模式，并提出了异构体生成动力学对异构体时间异质性的影响 | 尚未完全阐明CD8 T细胞在化疗耐药和转移患者中的调控机制 | 揭示食管鳞状细胞癌中淋巴结转移的机制，特别是CD8 T细胞在化疗耐药和转移中的作用 | 食管鳞状细胞癌中的CD8 T细胞和肿瘤相关巨噬细胞 | 数字病理学 | 食管癌 | 空间转录组学、单细胞RNA测序、T细胞受体测序 | NA | 转录组数据 | 涉及人类实体瘤和淋巴结样本 | NA | NA | NA | NA |
| 383 | 2024-11-22 |
Exploring the Unknown: How Can We Improve Single-cell RNAseq Cell Type Annotations in Non-model Organisms?
2024-Nov-21, Integrative and comparative biology
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/icb/icae112
PMID:39013613
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研究论文 | 本文探讨了如何改进非模式生物中单细胞RNA测序（scRNAseq）细胞类型注释的方法 | 提出了利用细胞谱系进化背景进行注释、使用机器学习进行无参考注释以及利用未注释基因作为潜在细胞标记的新方法 | 未具体讨论这些方法在实际应用中的效果和局限性 | 改进非模式生物中单细胞RNA测序的细胞类型注释，以发现新的细胞类型并提高注释的准确性 | 非模式生物中的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | 机器学习 | 基因表达数据 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 384 | 2024-11-22 |
A cell atlas foundation model for scalable search of similar human cells
2024-Nov-20, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08411-y
PMID:39566551
|
研究论文 | 开发了一种名为SCimilarity的度量学习框架，用于学习统一的、可解释的细胞表示，以便快速查询数千万个细胞档案 | 提出了SCimilarity框架，能够跨研究快速查询转录相似的细胞状态 | NA | 开发一种能够跨人体快速查询相似细胞状态的工具 | 人类细胞的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 间质性肺病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 度量学习框架 | 单细胞RNA测序数据 | 2340万细胞，来自412项研究 | NA | NA | NA | NA |
| 385 | 2024-11-22 |
Integrated single-cell analysis reveals heterogeneity and therapeutic insights in osteosarcoma
2024-Nov-18, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01523-x
PMID:39556142
|
研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术揭示了骨肉瘤的细胞异质性和转录动力学，并提供了个性化治疗策略的基础 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了骨肉瘤中11种不同的肿瘤细胞亚群及其与疾病进展和转移相关的独特转录特征 | NA | 深入了解骨肉瘤的分子机制，以改进治疗策略 | 骨肉瘤肿瘤细胞的异质性和转录动力学 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 386 | 2024-11-22 |
Multi-omics analysis reveals the role of the autophagy-related gene AGT in chemotherapy resistance in colorectal cancer and the therapeutic potential of its inhibitors
2024-Nov-18, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01545-5
PMID:39557714
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研究论文 | 通过多组学分析探讨自噬相关基因AGT在结直肠癌化疗耐药中的作用及其抑制剂的治疗潜力 | 首次通过多组学分析揭示了自噬相关基因AGT在结直肠癌化疗耐药中的作用，并评估了其抑制剂的治疗潜力 | 研究主要基于数据库分析和模拟实验，缺乏体内实验验证 | 探讨自噬相关基因AGT在结直肠癌化疗耐药中的作用及其抑制剂的治疗潜力 | 自噬相关基因AGT在结直肠癌中的表达模式、功能及其与化疗耐药的关系 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 多组学分析、空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、药物敏感性数据、免疫浸润数据 | CRC组织和正常组织的基因表达数据来自GTEx和TCGA数据库，单细胞RNA测序数据来自TISCH数据库 | NA | NA | NA | NA |
| 387 | 2024-11-22 |
Single-cell RNA-seq analysis of cancer-endothelial cell interactions in primary tumor and peritoneal metastasis from a single patient with colorectal cancer
2024-Nov-18, BJC reports
DOI:10.1038/s44276-024-00112-3
PMID:39558013
|
研究论文 | 研究分析了单个结直肠癌患者原发肿瘤和腹膜转移灶中单细胞RNA测序数据，揭示了肿瘤内异质性和癌细胞与肿瘤微环境细胞之间的相互作用 | 首次在单个结直肠癌患者中分析了原发肿瘤和腹膜转移灶中的单细胞转录组，揭示了肿瘤内异质性和癌细胞与内皮细胞的相互作用变化 | 研究受限于N-of-1设计，需要进一步验证 | 探索结直肠癌腹膜转移灶中的肿瘤内异质性和癌细胞与肿瘤微环境细胞的相互作用 | 单个结直肠癌患者的原发肿瘤和腹膜转移灶 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 单个结直肠癌患者的原发肿瘤和腹膜转移灶样本 | NA | NA | NA | NA |
| 388 | 2024-11-22 |
Exploring human pancreatic organoid modelling through single-cell RNA sequencing analysis
2024-Nov-18, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-07193-3
PMID:39558019
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析探索了人类胰腺类器官的建模 | 首次详细描述了人类胰腺类器官的细胞组成和发育轨迹，并揭示了其复杂的异质性 | NA | 深入描述人类胰腺类器官的结构和功能，为未来的体外诊断和转化研究提供基础 | 人类胰腺类器官的细胞组成和发育机制 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 389 | 2024-11-22 |
Tumor microenvironment remodeling after neoadjuvant chemoradiotherapy in local advanced rectal cancer revealed by single-cell RNA sequencing
2024-Nov-18, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05747-x
PMID:39558398
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了新辅助放化疗后局部晚期直肠癌肿瘤微环境的细胞和分子变化 | 首次通过单细胞RNA测序技术全面分析了新辅助放化疗后肿瘤微环境的复杂变化，揭示了不同细胞亚群的相互作用及其对治疗的反应 | 样本量相对较小，仅包括六个样本，可能影响结果的普适性 | 深入理解新辅助放化疗对局部晚期直肠癌肿瘤微环境的影响，为提高治疗效果提供理论基础 | 局部晚期直肠癌患者的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 32,417个细胞，来自六个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 390 | 2024-11-22 |
DeSide: A unified deep learning approach for cellular deconvolution of tumor microenvironment
2024-Nov-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2407096121
PMID:39514318
|
研究论文 | 提出了一种名为DeSide的统一深度学习方法，用于肿瘤微环境的细胞去卷积分析 | DeSide通过整合生物学通路和优先评估非癌细胞类型，有效规避了癌细胞基因表达谱高度变异的问题，并引入了独特的采样和过滤技术生成高质量训练集 | NA | 开发一种高效且成本效益高的方法，用于分析肿瘤微环境的复杂细胞组成 | 肿瘤微环境中的细胞组成 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | 深度学习 | 基因表达谱 | 利用了来自六种癌症类型和185个癌症细胞系的单细胞RNA测序数据，以及来自TCGA的22种癌症类型的批量RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 391 | 2024-11-22 |
Single-cell RNA sequencing reveals anti-tumor potency of CD56+ NK cells and CD8+ T cells in humanized mice via PD-1 and TIGIT co-targeting
2024-Nov-06, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2024.09.025
PMID:39318093
|
研究论文 | 本文介绍了一种改进的人源化小鼠模型，通过单细胞RNA测序揭示了CD56+ NK细胞和CD8+ T细胞在PD-1和TIGIT联合靶向下对肝细胞癌的抗肿瘤潜力 | 引入了改进的人源化小鼠模型，恢复了NK细胞的重建和浸润，并通过单细胞RNA测序识别潜在的抗肝细胞癌治疗方法 | 组合疗法后肿瘤转录组的显著变化可能导致进一步的耐药性，需要进一步研究 | 研究NK细胞和T细胞在肝细胞癌中的抗肿瘤作用，并评估PD-1和TIGIT联合靶向疗法的效果 | CD56+ NK细胞、CD8+ T细胞、肝细胞癌 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 人源化小鼠模型中的肝细胞癌患者来源的异种移植模型 | NA | NA | NA | NA |
| 392 | 2024-11-21 |
sc2GWAS: a comprehensive platform linking single cell and GWAS traits of human
2024-Nov-20, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae1008
PMID:39565208
|
研究论文 | 开发了一个名为sc2GWAS的平台，用于整合单细胞RNA测序和全基因组关联研究数据，以识别与疾病风险变异相关的细胞群 | 首次开发了一个综合平台，将单细胞RNA测序数据与全基因组关联研究数据相结合，提供大规模的特征-细胞调控对及其注释和富集分析 | NA | 揭示驱动疾病发展和进展的细胞特异性机制 | 与疾病风险变异相关的细胞群 | 基因组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），全基因组关联研究（GWAS） | NA | 基因组数据 | 超过630万个单细胞，共15,078,310个候选特征-细胞对 | NA | NA | NA | NA |
| 393 | 2024-11-21 |
Integrated single-cell analysis reveals distinct epigenetic-regulated cancer cell states and a heterogeneity-guided core signature in tamoxifen-resistant breast cancer
2024-Nov-18, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-024-01407-3
PMID:39558215
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序，揭示了在乳腺癌内分泌抵抗中不同表观遗传调控的癌细胞状态和异质性引导的核心特征 | 首次展示了整合单细胞分析在乳腺癌内分泌抵抗中的转录组和染色质可及性的特征 | NA | 探索乳腺癌内分泌抵抗中的肿瘤异质性 | 乳腺癌组织中的细胞状态和核心特征 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和单细胞ATAC测序 (scATAC-seq) | NA | 单细胞数据 | 超过80,000个乳腺组织细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 394 | 2024-11-21 |
Uncovering disease-related multicellular pathway modules on large-scale single-cell transcriptomes with scPAFA
2024-Nov-16, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-07238-7
PMID:39550507
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scPAFA的Python库，用于在大规模单细胞转录组数据中快速计算细胞水平通路活性评分（PAS），并揭示与疾病相关的多细胞通路模块 | scPAFA能够在大规模单细胞数据中实现PAS计算的40倍加速，并识别出可靠且可解释的多细胞通路模块，捕捉疾病异质性和转录异常 | NA | 开发一种高效的工具，用于在大规模单细胞转录组数据中识别与疾病相关的多细胞通路模块 | 大肠癌和狼疮患者的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 大肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 超过120万个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 395 | 2024-11-21 |
MVCLST: A spatial transcriptome data analysis pipeline for cell type classification based on multi-view comparative learning
2024-Nov-13, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2024.11.001
PMID:39542071
|
研究论文 | 提出了一种基于多视角对比学习的空间转录组数据分析管道MVCLST，用于细胞类型分类 | MVCLST通过构建基于基因表达谱、细胞坐标和图像特征的两个视角，显著增强了特征提取的有效性，并避免了图像或基因表达数据中错误信息的影响 | NA | 开发一种有效的计算方法，用于整合空间转录组数据中的基因表达数据、空间位置信息和组织图像，以进行细胞分类 | 空间转录组数据中的细胞类型分类 | 生物信息学 | NA | 空间转录组测序 | 多视角对比学习 | 基因表达数据、图像 | 人类背外侧前额叶皮质数据和老鼠脑组织数据 | NA | NA | NA | NA |
| 396 | 2024-11-21 |
Enhanced purification of uterine smooth muscle cells from adenomyosis using a novel dual-enzyme digestion method
2024-Nov-07, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2024.11.001
PMID:39521046
|
研究论文 | 研究了一种新的双酶消化方法，用于从子宫腺肌症中高效纯化子宫平滑肌细胞 | 提出了双酶消化方法DM4，相比传统组织粘附方法，能更有效地生成高纯度的成熟平滑肌细胞 | 未提及 | 开发一种高效的方法来收集高纯度的子宫平滑肌细胞，以研究子宫腺肌症的病因和机制 | 子宫平滑肌细胞 | NA | 子宫腺肌症 | 双酶消化 | NA | 单细胞RNA测序 | 未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 397 | 2024-11-21 |
Integration of single-cell and spatial transcriptome sequencing identifies CDKN2A as a senescent biomarker in endothelial cells implicating hepatocellular carcinoma malignancy
2024-Nov-06, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-024-06017-5
PMID:39503880
|
研究论文 | 本研究整合单细胞和空间转录组测序数据，揭示了CDKN2A作为内皮细胞衰老标志物在肝细胞癌恶性进展中的作用 | 首次整合单细胞和空间转录组测序数据，全面阐明肝细胞癌中衰老相关特征，并识别CDKN2A作为独立的预后风险因子 | NA | 全面阐明肝细胞癌中衰老相关特征 | 肝细胞癌中的内皮细胞衰老 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-Seq), 空间转录组RNA测序 (stRNA-Seq), 批量测序 (bulk-Seq) | NA | 转录组数据 | 多个细胞类型和肝细胞癌样本 | NA | NA | NA | NA |
| 398 | 2024-11-21 |
Overcoming Low mRNA Expression in White Matter: A Protocol for RNA Extraction From the Optic Nerve in Large Animals for Transcriptomic Analysis
2024-Nov-04, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.65.13.25
PMID:39540862
|
研究论文 | 本文开发了一种从大型动物视神经中提取高质量RNA的协议，用于转录组分析 | 首次发现白质中的mRNA表达水平显著低于灰质，并开发了一种专门用于大型动物视神经的RNA提取协议 | NA | 研究白质异常与中枢神经系统疾病的关系，并开发适用于大型动物视神经的RNA提取方法 | 大型动物视神经中的RNA提取 | 数字病理学 | NA | 原位杂交和单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 399 | 2024-11-21 |
Annexin A1: a key regulator of T cell function and bone marrow adiposity in aplastic anaemia
2024-Nov, The Journal of physiology
DOI:10.1113/JP286148
PMID:39373986
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研究论文 | 研究探讨了Annexin A1在调节T细胞功能及其在再生障碍性贫血（AA）中骨髓脂肪生成中的作用 | 发现Annexin A1在AA中的显著下调，并揭示了其在疾病进展中的关键作用，为AA治疗提供了新的分子靶点 | NA | 研究Annexin A1在再生障碍性贫血中的作用及其对T细胞功能和骨髓脂肪生成的影响 | 再生障碍性贫血患者的骨髓组织和健康个体的骨髓组织 | NA | 再生障碍性贫血 | 单细胞测序分析 | NA | 组织 | 再生障碍性贫血患者和健康个体的骨髓组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 400 | 2024-11-21 |
Cell type-specific weighting-factors to solve solid organs-specific limitations of single cell RNA-sequencing
2024-Nov, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011436
PMID:39556600
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研究论文 | 本文提出了一种计算方法，通过引入细胞类型特异性权重因子（cWF）来解决单细胞RNA测序（scRNA-seq）在分析复杂实体器官时的问题 | 本文的创新点在于提出了细胞类型特异性权重因子（cWF），并通过计算方法解决了scRNA-seq在分析实体器官时的局限性 | 本文的局限性在于仅针对10种实体器官的76种细胞类型进行了验证，可能不适用于所有器官和细胞类型 | 本文的研究目的是解决单细胞RNA测序在分析复杂实体器官时的局限性 | 本文的研究对象是10种实体器官中的76种细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 10种实体器官中的76种细胞类型 | NA | NA | NA | NA |