单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-08-07	Spatially resolved analysis of pancreatic cancer identifies therapy-associated remodeling of the tumor microenvironment 2024-Nov, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01890-9 PMID:39227743	研究论文	利用单细胞空间转录组学解析胰腺癌肿瘤微环境在化疗和放疗后的重塑过程	开发了SCOTIA模型，结合空间距离和配体-受体基因表达分析细胞间相互作用，揭示了治疗相关的肿瘤微环境重塑	研究结果需要更多独立数据集验证，且实验主要基于体外模型	探究胰腺癌治疗过程中肿瘤微环境的重塑机制	人类胰腺癌组织	数字病理学	胰腺癌	单细胞空间转录组学	SCOTIA（空间约束最优运输交互分析）	空间转录组数据	NA
22	2025-08-06	Analyzing Large-Scale Single-Cell RNA-Seq Data Using Coreset 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3418078 PMID:38913513	研究论文	本文提出了一种名为scCoreset的数据摘要框架，用于从大规模单细胞RNA-seq数据中提取小型加权细胞子集，以促进下游数据分析任务	提出scCoreset框架，能够在保持分析结果相似性的前提下，显著提高单细胞RNA-seq数据分析的效率	未提及该方法在处理特定类型细胞或复杂生物问题时的适用性限制	解决大规模单细胞RNA-seq数据的计算和分析挑战	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	scCoreset框架	单细胞RNA-seq数据	未明确提及具体样本量，但涉及大规模数据集
23	2025-08-06	FaStaNMF: A Fast and Stable Non-Negative Matrix Factorization for Gene Expression 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2023.3296979 PMID:37467096	研究论文	提出了一种快速稳定的非负矩阵分解方法FaStaNMF，用于基因表达数据的解卷积分析	在保证NMF结果全局稳定性的同时兼顾准确性和速度，解决了传统NMF方法无法保证全局唯一解的问题	方法性能仅在四个已知真实值的数据集上进行了验证	开发一种快速稳定的基因表达数据解卷积方法	混合细胞类型的基因表达数据	生物信息学	NA	非负矩阵分解(NMF)	FaStaNMF	基因表达数据	四个基于公开数据或RNAGinesis模拟生成的数据集
24	2025-08-06	SCRN: Single-Cell Gene Regulatory Network Identification in Alzheimer's Disease 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3424400 PMID:38976461	研究论文	本文提出了一种基于图学习的单细胞基因调控网络识别方法SCRN，用于研究阿尔茨海默病的基因调控机制	提出了一种新的基于图神经网络和γ衰减启发式链接预测的单细胞基因调控网络识别方法SCRN	研究仅基于三个已知的AD基因构建调控网络，可能未涵盖所有相关基因	研究阿尔茨海默病的基因调控机制，寻找潜在的生物标志物和治疗靶点	阿尔茨海默病患者和正常人的单细胞RNA测序数据	生物信息学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, UMAP降维分析	图神经网络	单细胞RNA测序数据	NA
25	2025-08-06	A New Graph Autoencoder-Based Multi-Level Kernel Subspace Fusion Framework for Single-Cell Type Identification 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3459960 PMID:39264790	研究论文	提出了一种基于图自动编码器的多级核子空间融合框架scGAMF，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别	scGAMF通过整合深度特征嵌入和核空间分析，学习准确的聚类亲和矩阵，并设计多级核空间融合策略以充分挖掘细胞间的深层潜在关系	未明确提及具体局限性	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的聚类准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图自动编码器(GAEs)	基因表达数据	未明确提及具体样本量
26	2025-08-06	Using Multi-Encoder Semi-Implicit Graph Variational Autoencoder to Analyze Single-Cell RNA Sequencing Data 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3458170 PMID:39255084	研究论文	提出了一种基于变分图自编码器和图注意力网络的新框架MSVGAE，用于分析单细胞RNA测序数据	引入多编码器学习不同尺度的特征并控制非信息性特征，添加不同噪声以促进图结构信息和分布不确定性的传播	未提及具体在真实生物场景中的应用效果验证	解决单细胞RNA测序数据高维度、高稀疏性的分析挑战	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	变分图自编码器(MSVGAE), 图注意力网络	基因表达数据	24个模拟数据集和8个真实数据集
27	2025-08-06	Discriminative Domain Adaption Network for Simultaneously Removing Batch Effects and Annotating Cell Types in Single-Cell RNA-Seq 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3487574 PMID:39471116	研究论文	本文提出了一种名为D2AN的判别性域适应网络，用于同时消除单细胞RNA测序中的批次效应并进行细胞类型注释	通过对抗性域适应策略捕获全局低维嵌入，结合对比损失和语义对齐，以及基于域间损失的自适应学习机制，提高了模型的鲁棒性	未提及具体的数据集规模或模型在不同类型细胞上的泛化能力	解决单细胞RNA测序分析中的批次效应问题并实现细胞类型注释	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	判别性域适应网络(D2AN)	RNA测序数据	多个真实数据集（未提及具体数量）
28	2025-07-26	Identification of transcriptional signature change and critical transcription factors involved during the differentiation of mouse trophoblast stem cell into maternal blood vessel associated trophoblast giant cell 2024-11, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111359 PMID:39179089	研究论文	本研究通过RNA测序技术，探索了小鼠滋养层干细胞分化为母体血管相关滋养层巨细胞的转录特征变化及关键转录因子	首次比较了体外分化的滋养层巨细胞与体内不同亚型的转录组特征，并鉴定了ZMAT1、EGR1和MITF等关键转录因子在分化过程中的作用	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类仍需进一步验证	探索滋养层干细胞分化的分子机制及其与胎盘功能的关系	小鼠滋养层干细胞及其分化产物滋养层巨细胞	发育生物学	胎盘功能异常相关疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	转录组数据	NA
29	2025-07-26	A prognostic biomarker of disulfidptosis constructed by machine learning framework model as potential reporters of pancreatic adenocarcinoma 2024-11, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111371 PMID:39209222	研究论文	本研究通过机器学习框架模型构建了一种预测胰腺腺癌（PAAD）预后的生物标志物，探索了双硫死亡（disulfidptosis）与PAAD的关联及其在免疫浸润和药物敏感性中的作用	首次在PAAD中系统研究了双硫死亡的遗传和机制层面，并构建了基于双硫死亡的预后模型，同时验证了基因MET在双硫死亡中的关键作用	样本量较小（仅16个PAAD样本），且研究结果需要更大规模的临床验证	探索双硫死亡在PAAD中的作用机制及其作为预后标志物的潜力	胰腺腺癌（PAAD）患者样本和PAAD细胞系	机器学习	胰腺癌	scRNA-seq, LASSO回归, WGCNA	LASSO回归模型	单细胞RNA测序数据	16个PAAD样本（来自GSE154778数据集）和TCGA-PAAD数据库数据
30	2025-07-24	Single-Cell Transcriptomics of Human Tonsils Reveals Nicotine Enhances HIV-1-Induced NLRP3 Inflammasome and Mitochondrial Activation 2024-11-20, Viruses DOI:10.3390/v16111797 PMID:39599911	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了尼古丁如何增强HIV-1诱导的NLRP3炎症小体和线粒体激活	首次在人类扁桃体组织中揭示了HIV-1感染与尼古丁暴露的协同作用机制	研究仅使用扁桃体组织样本，未涉及其他免疫组织	探究HIV-1感染与尼古丁对免疫细胞功能的协同影响	人类扁桃体组织	免疫学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	人类扁桃体组织样本
31	2025-07-24	Exposure to BaA inhibits trophoblast cell invasion and induces miscarriage by regulating the DEC1/ARHGAP5 axis and promoting ubiquitination-mediated degradation of MMP2 2024-11-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.135594 PMID:39191013	研究论文	本研究探讨了苯并[a]蒽（BaA）通过调控DEC1/ARHGAP5轴和促进MMP2的泛素化降解抑制滋养层细胞侵袭并导致流产的机制	首次发现BaA通过调控DEC1/ARHGAP5轴和MID1/MMP2通路导致流产的分子机制	研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型，人类样本的临床验证仍需进一步研究	阐明BaA导致流产的分子机制	人类绒毛外滋养层细胞（EVTs）和小鼠模型	生殖毒理学	流产	RNA-seq、单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	人类绒毛组织样本和原代EVTs细胞
32	2025-07-23	PIEZO1 overexpression in hereditary hemorrhagic telangiectasia arteriovenous malformations 2024-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.27.625696 PMID:39651206	研究论文	本研究探讨了PIEZO1在遗传性出血性毛细血管扩张症（HHT）动静脉畸形（AVMs）中的过度表达及其作用机制	首次发现PIEZO1在HHT2中的过度表达及其通过VEGFR2/AKT、ERK5-p62-KLF4等信号通路促进AVM形成的机制，并验证了PIEZO1抑制对AVM形成的缓解作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限，且PIEZO1抑制治疗的长期效果和安全性尚未评估	揭示HHT2中AVM形成的分子机制并探索潜在治疗靶点	ALK1敲除小鼠模型及人类HHT病变组织	血管生物学	遗传性出血性毛细血管扩张症	单细胞RNA测序、遗传学与药理学抑制实验	Alk1敲除小鼠模型	RNA测序数据、组织学数据	未明确提及具体样本数量，涉及小鼠模型和人类病变组织
33	2025-07-23	Transcriptome Assembly at Single-Cell Resolution with Beaver 2024-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.04.621958 PMID:39574665	研究论文	本文介绍了一种名为Beaver的单细胞RNA测序数据转录组组装工具，旨在解决单细胞分辨率下全长转录本准确重建的挑战	Beaver通过实施转录片段图和高效的动态规划算法，结合两个随机森林模型，显著提高了转录本组装的精确度	研究主要针对短读长scRNA-seq数据，可能不适用于长读长数据	开发一种能够准确重建单细胞分辨率下全长转录本的组装工具	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	随机森林	RNA测序数据	使用真实和模拟的Smart-seq3 scRNA-seq数据进行实验
34	2025-07-23	Joint representation and visualization of derailed cell states with Decipher 2024-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.11.566719 PMID:38014231	research paper	介绍了一种名为Decipher的深度生成模型，用于表征异常细胞状态轨迹并整合单细胞基因组学数据	Decipher能够联合建模和可视化正常和扰动单细胞RNA-seq数据中的基因表达和细胞状态，揭示共享和破坏的动态变化	未明确提及具体局限性	开发计算工具以整合跨条件的单细胞基因组学数据并表征从正常到异常细胞状态的转变	单细胞RNA-seq数据中的基因表达和细胞状态	生物信息学	胰腺炎、急性髓系白血病、胃癌	单细胞RNA-seq	深度生成模型	基因表达数据	NA
35	2025-07-23	Widespread transposable element dysregulation in human aging brains with Alzheimer's disease 2024-Nov, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.14164 PMID:39356058	研究论文	研究人类阿尔茨海默病(AD)衰老大脑中转座元件(TE)的广泛失调及其与神经炎症的关联	首次在人类AD衰老大脑中系统鉴定TE表达数量性状位点(teQTL)，并通过CRISPRi实验验证特定TE对C1QTNF4基因表达的神经元特异性调控作用	研究主要基于死后脑组织样本，可能无法完全反映活体状态下的TE动态变化	阐明TE失调在AD发病机制中的作用	人类AD患者衰老大脑组织及iPSC来源的神经元	基因组学	阿尔茨海默病	RNA测序(RNA-seq)、全基因组测序(WGS)、CRISPR干扰(CRISPRi)	iPSC来源的神经元模型	基因组数据、转录组数据	来自三个人类AD脑组织库的大规模样本(具体数量未明确说明)
36	2025-07-23	Differential chromatin accessibility and transcriptional dynamics define breast cancer subtypes and their lineages 2024-11, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00773-6 PMID:39478117	研究论文	通过多组学技术分析乳腺癌亚型及其起源细胞的染色质可及性和转录动态特征	首次在单细胞水平上结合转录组和染色质可及性分析，揭示了乳腺癌亚型及其起源细胞的特征性基因表达和染色质可及性联系	样本量相对较小（61个样本来自37名患者），可能影响结果的普遍性	探究乳腺癌不同分子亚型及其起源细胞的转录网络特征	乳腺癌患者组织样本（61个样本来自37名患者）	癌症基因组学	乳腺癌	单细胞多组学技术、空间转录组学、多重成像技术	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	61个样本来自37名乳腺癌患者
37	2025-07-22	OneSC: a computational platform for recapitulating cell state transitions 2024-11-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae703 PMID:39570626	research paper	介绍了一个名为OneSC的计算平台，用于模拟细胞状态转换	OneSC平台通过随机微分方程系统模拟细胞状态转换，优先生成布尔网络，能够忠实模拟细胞状态转换和终端细胞状态	NA	开发一个计算平台，用于模拟细胞状态转换，以支持发育生物学、癌症生物学和细胞命运工程的研究	小鼠骨髓祖细胞单细胞RNA测序数据集	computational biology	NA	scRNA-seq	布尔网络	单细胞RNA测序数据	NA
38	2025-07-22	Human single cell RNA-sequencing reveals a targetable CD8+ exhausted T cell population that maintains mouse low-grade glioma growth 2024-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54569-4 PMID:39609412	研究论文	通过人类单细胞RNA测序发现一种可靶向的CD8+耗竭T细胞群，该细胞群维持小鼠低级别胶质瘤的生长	揭示了CD8+耗竭T细胞在低级别胶质瘤维持中的新功能，并证明免疫检查点抑制治疗通过抑制细胞因子介导的机制而非T细胞介导的细胞毒性来减缓肿瘤增殖	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证可能有限	探究低级别胶质瘤中CD8+耗竭T细胞的作用及其潜在治疗靶点	人类和小鼠的低级别胶质瘤组织	肿瘤免疫学	低级别胶质瘤	单细胞RNA测序	Nf1-OPG小鼠模型	RNA测序数据	多个单细胞RNA测序数据集和小鼠模型
39	2025-07-22	Childhood-onset lupus nephritis is characterized by complex interactions between kidney stroma and infiltrating immune cells 2024-11-27, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adl1666 PMID:39602512	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，构建了儿童期狼疮性肾炎（cLN）肾脏组织的单细胞分辨率空间图谱，揭示了肾脏基质与浸润免疫细胞之间的复杂相互作用	首次在单细胞分辨率下结合空间信息解析cLN肾脏组织的细胞互作网络，发现了免疫细胞在特定区域的定位模式以及基因表达的空间依赖性	样本量较小（8名cLN患者和4名对照），且未发现组织学评分与肾小球细胞转录特征之间的显著相关性	探究儿童期狼疮性肾炎的免疫发病机制	儿童期狼疮性肾炎患者的肾脏组织	数字病理学	狼疮性肾炎	空间转录组学	NA	空间转录组数据	8名cLN患者和4名对照个体的肾脏组织样本
40	2025-07-22	Endogenous antigens shape the transcriptome and TCR repertoire in an autoimmune arthritis model 2024-Nov-26, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI174647 PMID:39589811	研究论文	本研究通过RNA测序和T细胞受体测序技术，探讨了自身免疫性关节炎模型中内源性抗原如何影响转录组和TCR库	揭示了Zap70信号通路缺陷如何导致自身反应性CD4+ T细胞的激活和持续存在，并发现内源性逆转录病毒通过破坏外周耐受促进自身免疫性关节炎的发展	研究仅在小鼠模型中进行，结果是否适用于人类自身免疫性疾病尚需验证	探究自身反应性CD4+ T细胞的发育机制及其在自身免疫性关节炎中的作用	BALB/c-Zap70*W163C (SKG)小鼠的naive CD4+ T细胞	免疫学	自身免疫性关节炎	bulk RNA-Seq, scRNA-Seq, scTCR-Seq	NA	基因表达数据, TCR序列数据	SKG小鼠的CD4+ T细胞