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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-04-11 |
Targeting immune-fibroblast cell communication in heart failure
2024-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08008-5
PMID:39443792
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研究论文 | 本研究通过多组学单细胞分析揭示了心力衰竭中免疫细胞与成纤维细胞间的通讯机制,并验证了靶向IL-1β信号通路可减轻心肌纤维化并改善心脏功能 | 首次在人类心脏疾病中系统解析免疫-成纤维细胞通讯的分子机制,并发现CCR2巨噬细胞通过IL-1β信号驱动FAP/POSTN成纤维细胞分化的空间特异性机制 | 样本量相对有限(45例),且主要依赖观察性数据和动物模型验证,未涉及长期临床疗效评估 | 探究人类心脏疾病中免疫细胞与成纤维细胞通讯的分子机制,并开发针对心肌纤维化的治疗策略 | 健康供体、急性梗死和慢性心力衰竭的人类心脏组织样本,以及小鼠心脏损伤模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞多组学分析(基因表达、表位定位、染色质可及性)、空间转录组学、遗传谱系追踪 | NA | 单细胞基因表达数据、表位数据、染色质可及性数据、空间转录组数据 | 45例人类心脏样本(包括健康、急性梗死和慢性心力衰竭)及多种小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 22 | 2026-04-09 |
Upregulation of multiple key molecules is correlated with poor prognosis and immune infiltrates in hepatocellular carcinoma by bulk and single-cell RNA-seq
2024-11-12, Aging
DOI:10.18632/aging.206151
PMID:39537209
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研究论文 | 本研究通过bulk和单细胞RNA-seq分析,构建了一个基于多个关键基因的肝细胞癌预后预测模型 | 结合三种R包进行差异分析以提高稳健性,并利用单细胞测序揭示关键基因在免疫细胞中的表达模式 | 研究依赖于公共数据库数据,缺乏外部验证队列,且未进行功能实验验证基因机制 | 构建肝细胞癌的预后预测模型并探索关键基因与免疫浸润的关系 | 肝细胞癌患者样本 | 数字病理学 | 肝癌 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | LASSO回归, Cox分析 | RNA表达数据, 临床数据 | TCGA数据库中的肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 23 | 2026-04-07 |
Preparation of Frozen Non-Human Primate Fetal Islets for Combined Single Nuclei RNA-Sequencing and ATAC-Sequencing, and Bulk Metabolomics
2024-11-08, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/66849
PMID:39584693
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研究论文 | 本研究提出了一种方法,用于从冷冻非人灵长类胎儿胰岛组织中同时进行单核RNA测序、ATAC测序和批量代谢组学分析 | 开发了一种整合单核RNA测序、ATAC测序和批量代谢组学的多组学方法,适用于稀缺样本,并避免了批次效应 | 方法依赖于冷冻组织,可能不适用于新鲜样本,且具体应用限于非人灵长类胎儿胰岛 | 研究代谢在通过表观遗传修饰建立细胞身份中的作用,并开发多组学技术以分析稀缺样本 | 非人灵长类胎儿胰岛组织 | 单细胞多组学 | NA | 单核RNA测序, ATAC测序, 毛细管电泳-质谱 | NA | RNA序列数据, ATAC序列数据, 代谢物数据 | 跨越两年收集的冷冻非人灵长类胎儿胰岛样本 | NA | 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 批量代谢组学 | NA | NA |
| 24 | 2026-04-07 |
Gene regulatory mechanisms of T cell exhaustion in diffuse large B cell lymphoma based on single-cell transcriptome data
2024-11, Leukemia research
IF:2.1Q3
DOI:10.1016/j.leukres.2024.107588
PMID:39307100
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研究论文 | 本研究利用公共单细胞转录组数据,全面分析了弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)中T细胞耗竭的基因调控机制 | 首次在DLBCL中基于单细胞转录组数据系统识别了耗竭T细胞的亚型、基因表达特征及关键基因ID3的上调,并构建了蛋白质-蛋白质相互作用网络以揭示核心调控蛋白 | 研究依赖于公共数据,未进行独立实验验证;样本量有限,可能影响结果的普适性;未深入探讨ID3基因的具体功能机制 | 探究DLBCL中T细胞耗竭的分子机制,以寻找新的治疗靶点 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者及正常扁桃体组织中的T细胞 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA-seq数据 | 未明确具体样本数量,但使用了公共单细胞转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 25 | 2026-04-06 |
CRISPRi-based screens in iAssembloids to elucidate neuron-glia interactions
2024-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.26.538498
PMID:37163077
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研究论文 | 本文开发了一种名为iAssembloids的3D共培养系统,结合CRISPRi筛选技术,用于研究神经元与胶质细胞之间的相互作用机制 | 首次将iAssembloids系统与大规模CRISPRi筛选结合,揭示了在3D共培养环境中GSK3β抑制NRF2介导的氧化应激反应的新机制,这在2D单培养神经元筛选中未被发现 | 研究基于体外3D模型,可能无法完全模拟体内大脑的复杂环境,且样本规模可能有限 | 阐明神经元与胶质细胞在脑健康和疾病中的相互作用机制 | 神经元和胶质细胞(包括星形胶质细胞) | 单细胞组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学、CRISPRi筛选、免疫组织化学 | iAssembloids(诱导多谱系组装体) | 单细胞转录组数据、图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 26 | 2026-04-03 |
Spatial, transcriptomic, and epigenomic analyses link dorsal horn neurons to chronic pain genetic predisposition
2024-11-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114876
PMID:39453813
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研究论文 | 本研究通过整合多物种单细胞转录组和开放染色质数据,揭示了慢性疼痛遗传易感性变异与脊髓背角神经元调控基因组学的关联 | 首次构建跨物种(猕猴、人类、小鼠)的背角神经元亚型统一图谱,并结合空间转录组学与开放染色质分析,将慢性疼痛GWAS变异定位到特定神经元亚型的调控区域 | 研究主要依赖动物模型(猕猴和小鼠)数据,人类样本数据相对有限;未直接验证遗传变异的功能性影响 | 探究慢性疼痛遗传易感性变异是否影响脊髓背角神经元的调控基因组学 | 猕猴、人类和小鼠的脊髓背角神经元 | 空间转录组学与表观基因组学 | 慢性疼痛 | 单核RNA测序(snRNA-seq)、空间转录组学、单核开放染色质测序 | 跨物种整合分析框架 | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、开放染色质数据 | 大规模猕猴单核RNA测序图谱,整合人类和小鼠数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 27 | 2026-03-21 |
Olfr2-positive macrophages originate from monocytes proliferate in situ and present a pro-inflammatory foamy-like phenotype
2024-11-05, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae153
PMID:39229899
|
研究论文 | 本研究探讨了在动脉粥样硬化中表达嗅觉受体2(Olfr2)的血管巨噬细胞的功能表型和起源 | 首次系统研究了Olfr2+巨噬细胞在动脉粥样硬化中的起源、增殖能力和促炎表型,并揭示了其与泡沫样巨噬细胞亚群的关系 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限;单细胞测序数据为二次分析,非原始实验数据 | 探究Olfr2+血管巨噬细胞在动脉粥样硬化中的功能表型、细胞起源及其在疾病进展中的作用 | Apoe-/-小鼠的主动脉巨噬细胞、单核细胞、动脉粥样硬化斑块 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序(bulk RNA-seq)、质谱流式细胞术(CyTOF)、流式细胞术、过继转移实验、BrdU掺入实验 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | Apoe-/-小鼠模型,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 28 | 2026-03-17 |
Multi-sample non-negative spatial factorization
2024-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.01.599554
PMID:39005356
|
研究论文 | 本文提出了一种用于分析多样本空间转录组数据的无对齐框架mNSF,通过模拟和真实数据验证了其有效性 | 将单样本空间因子分解扩展至多样本数据集,无需空间对齐,并整合了样本特异性空间相关性建模 | 未明确提及具体局限性,但暗示在空间对齐可行时性能与基于对齐的方法相当 | 开发一种用于多样本空间转录组数据分析的稳健方法 | 多样本空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 非负空间因子分解 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 29 | 2026-03-13 |
[Revealing research progress for immunological characteristics of chronic hepatitis B applying single-cell RNA sequencing technology]
2024-Nov-20, Zhonghua gan zang bing za zhi = Zhonghua ganzangbing zazhi = Chinese journal of hepatology
|
综述 | 本文综述了应用单细胞RNA测序技术研究慢性乙型肝炎免疫学特征的最新进展 | 系统总结了新兴的单细胞RNA测序技术在揭示慢性乙型肝炎免疫细胞转录组细微变化方面的应用进展 | NA | 探索慢性乙型肝炎的免疫发病机制及潜在治疗靶点 | 慢性乙型肝炎患者的免疫细胞 | 数字病理学 | 慢性乙型肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 30 | 2026-03-13 |
Dynamically visualizing profibrotic maladaptive repair after acute kidney injury by fibroblast activation protein imaging
2024-11, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2024.07.015
PMID:39098582
|
研究论文 | 本文通过成纤维细胞激活蛋白(FAP)成像技术,动态可视化急性肾损伤后的促纤维化适应性不良修复过程 | 首次将FAP特异性PET/CT成像用于非侵入性动态评估急性肾损伤后的适应性不良修复,并预测肾纤维化 | 研究主要基于动物模型和有限患者样本,临床广泛应用前需进一步验证 | 开发非侵入性工具以评估器官损伤后的促纤维化适应性不良修复过程 | 急性肾损伤(AKI)患者和AKI小鼠模型 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序、免疫染色分析、PET/CT扫描 | NA | 图像、序列数据 | 患者活检样本和AKI小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序、PET/CT成像 | NA | NA |
| 31 | 2026-03-10 |
PRMT5/WDR77 Enhances the Proliferation of Squamous Cell Carcinoma via the ΔNp63α-p21 Axis
2024-Nov-11, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16223789
PMID:39594744
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研究论文 | 本研究揭示了PRMT5及其结合伴侣WDR77通过稳定ΔNp63α蛋白并抑制p21,从而促进鳞状细胞癌增殖的新机制 | 首次发现PRMT5与WDR77协同通过ΔNp63α-p21轴促进鳞状细胞癌增殖,为该类癌症提供了新的治疗靶点 | NA | 探究PRMT5在鳞状细胞癌增殖中的作用及其分子机制 | 鳞状细胞癌患者数据、癌细胞系、小鼠模型 | 肿瘤生物学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA-seq, RT-qPCR, Western blot, 流式细胞术, MTT法 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 细胞增殖数据 | 来自TCGA和DepMap的鳞状细胞癌患者数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 32 | 2026-03-10 |
Addressing the mean-variance relationship in spatially resolved transcriptomics data with spoon
2024-Nov-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.04.621867
PMID:39574747
|
研究论文 | 本文提出了一种名为spoon的统计框架,用于解决空间转录组学数据中的均值-方差关系偏差,以更准确地识别空间可变基因 | 首次在空间转录组学数据中证明并处理均值-方差关系偏差,采用经验贝叶斯技术进行校正 | 未在摘要中明确说明,可能涉及方法在特定数据类型或条件下的适用性限制 | 改进空间转录组学数据分析中空间可变基因的识别准确性 | 空间转录组学数据中的基因表达模式 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | 经验贝叶斯统计模型 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 33 | 2026-03-10 |
Distinct Patterns of Smooth Muscle Phenotypic Modulation in Thoracic and Abdominal Aortic Aneurysms
2024-Nov-01, Journal of cardiovascular development and disease
IF:2.4Q2
DOI:10.3390/jcdd11110349
PMID:39590192
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了胸主动脉瘤和腹主动脉瘤中平滑肌细胞表型调制的独特模式 | 首次在单细胞水平上比较了胸主动脉瘤和腹主动脉瘤中平滑肌细胞的转录组差异,并识别出独特的SMCmod细胞群 | 研究主要基于小鼠模型数据,人类样本验证有限,未来需要更多研究来揭示具体的致病通路 | 探究胸主动脉瘤和腹主动脉瘤中平滑肌细胞表型调制的差异及其在疾病发病机制中的作用 | 小鼠和人类的胸主动脉瘤及腹主动脉瘤组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,免疫染色 | NA | RNA测序数据,图像数据 | 来自GEO数据库的小鼠TAA数据集(GSE153534)和AAA数据集(GSE164678, GSE152583)及对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 34 | 2026-03-06 |
Exercise Induced Endothelial Mesenchymal Transition (EndMT) Facilitates Meniscal Fibrocartilage Regeneration
2024-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202403788
PMID:39344749
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研究论文 | 本研究探讨了运动诱导的内皮间质转化(EndMT)在促进半月板纤维软骨再生中的作用,并开发了一种手持式生物打印系统用于术中制造多孔半月板支架 | 首次证明EndMT在半月板再生中的贡献,并开发了结合术后规律运动刺激的多孔支架移植策略,简化了支架制造过程 | 研究基于绵羊模型,临床转化效果需进一步验证,且未详细探讨长期安全性和潜在副作用 | 开发一种有效的半月板再生转化策略,以改善半月板切除后的治疗 | 半月板纤维软骨组织,绵羊模型中的半月板再生过程 | 组织工程与再生医学 | 骨科疾病(半月板损伤) | 单细胞RNA测序,免疫荧光共染色分析 | NA | 基因表达数据,图像数据 | 绵羊模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 35 | 2026-03-05 |
Sample multiplexing for retinal single-cell RNA sequencing
2024-Nov-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.111250
PMID:39569377
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研究论文 | 本文建立了一种用于小鼠视网膜神经节细胞的单细胞RNA测序样本多重标记方法,以解决稀有细胞群体表征的挑战 | 利用胆固醇修饰的寡核苷酸进行样本多重标记,提高了数据精度,并展示了该方法在识别非标记样本中的多重细胞方面的应用 | 未明确说明样本大小或技术适用范围,可能仅限于小鼠视网膜神经节细胞研究 | 开发单细胞RNA测序样本多重标记方法,以高效表征稀有细胞群体并解析样本来源 | 小鼠视网膜神经节细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 36 | 2026-03-04 |
Single-Cell Transcriptomic Dataset of RPGR-associated Retinitis Pigmentosa Patient-Derived Retinal Organoids
2024-11-26, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-04124-z
PMID:39592612
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研究论文 | 本研究利用源自正常和RPGR突变人诱导多能干细胞(hiPSC)的视网膜类器官,通过单细胞RNA测序技术,构建了RPGR相关视网膜色素变性(XLRP)的单细胞转录组数据集,旨在探索疾病机制并为靶向治疗开发提供数据支持 | 首次在RPGR相关XLRP中,利用患者来源的视网膜类器官在四个关键发育时间点(40、90、150、200天)进行大规模单细胞转录组测序,生成了高质量、可靠的细胞类型注释数据集 | 研究主要基于体外类器官模型,可能无法完全模拟体内视网膜的复杂微环境;样本数量相对有限,且仅针对RPGR一种突变类型 | 探索RPGR基因突变导致光感受器功能障碍的分子机制,并为X连锁视网膜色素变性的靶向治疗开发提供数据资源和参考 | 源自正常和RPGR突变人诱导多能干细胞(hiPSC)的视网膜类器官 | 单细胞组学 | 视网膜色素变性 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 71,096个细胞(对照组33,839个,RPGR突变组37,257个),覆盖四个发育时间点(40、90、150、200天) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 37 | 2026-03-04 |
Temporal single-cell RNA sequencing dataset of gastroesophagus development from embryonic to post-natal stages
2024-11-16, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-04081-7
PMID:39550363
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研究论文 | 本文提供了一个小鼠从胚胎到出生后阶段的胃食管发育时间序列单细胞RNA测序数据集,用于研究胃食管鳞柱状交界处的转录动态 | 首次提供了覆盖胃食管发育全过程的全面单细胞RNA测序数据集,整合了外部数据集并通过类器官和动物模型验证,揭示了组织微环境中的发育模式和信号网络 | 数据集仅限于小鼠模型,可能无法完全反映人类胃食管疾病的复杂性,且未直接应用于癌症干预策略的开发 | 研究胃食管鳞柱状交界处的发育动态和稳态失调,以阐明癌症发病机制 | 小鼠的食管、胃和胃食管鳞柱状交界处在胚胎、新生儿和成年阶段的细胞 | 单细胞组学 | 食管腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠从胚胎到成年多个发育阶段的样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 38 | 2026-03-03 |
Single-cell and spatial transcriptomics identify COL6A3 as a prognostic biomarker in undifferentiated pleomorphic sarcoma
2024-Nov-15, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-024-02168-8
PMID:39548577
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研究论文 | 本研究利用单细胞和空间转录组学技术,鉴定COL6A3作为未分化多形性肉瘤的预后生物标志物 | 首次结合单细胞和空间转录组学分析未分化多形性肉瘤及其亚型,发现COL6A3和BGN基因能预测生存和转移,且COL6A3优于现有肉瘤预后基因组合 | 样本量较小(单细胞分析仅5个活检样本和1个切除样本),需在更大队列中验证 | 更好表征未分化多形性肉瘤及其亚型(如非典型纤维黄色瘤和多形性真皮肉瘤),并识别预后生物标志物 | 未分化多形性肉瘤、非典型纤维黄色瘤和多形性真皮肉瘤的肿瘤样本 | 数字病理学 | 软组织肉瘤 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 5个活检样本(AFX和PDS)和1个切除样本(PDS),另加独立队列46个和38个UPS肿瘤 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 39 | 2026-03-02 |
Loss of PADI2 and PADI4 ameliorates sepsis-induced acute lung injury by suppressing NLRP3+ macrophages
2024-Nov-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.181686
PMID:39405117
|
研究论文 | 本研究揭示了PADI2和PADI4缺失通过抑制NLRP3+巨噬细胞,改善脓毒症诱导的急性肺损伤的机制 | 首次发现PADI2和PADI4双敲除通过调控NLRP3/Ym1轴,促进抗炎巨噬细胞分化,为脓毒症治疗提供新靶点 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类临床样本中验证 | 探究PADI2和PADI4在脓毒症诱导急性肺损伤中的具体功能及机制 | 铜绿假单胞菌肺炎诱导的脓毒症小鼠模型 | 单细胞转录组学 | 脓毒症诱导的急性肺损伤 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量,但涉及Padi2-/- Padi4-/-双敲除小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 40 | 2026-03-02 |
Identification of LRP1+CD13+ human periosteal stem cells that require LRP1 for bone repair
2024-Nov-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.173831
PMID:39405183
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术鉴定了人类骨膜中表达LRP1和CD13的骨膜干细胞,并揭示了LRP1在骨修复中的关键调控作用 | 首次在人类骨膜中鉴定出LRP1+CD13+干细胞亚群,并证明LRP1是调控这些干细胞功能和骨修复的关键因子 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本的验证和临床应用潜力仍需进一步探索 | 鉴定人类骨膜干细胞的特异性标记物并探究其在骨修复中的调控机制 | 人类和小鼠的骨膜组织及其中包含的干细胞 | 单细胞测序 | 骨疾病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未明确指定样本数量,涉及人类和小鼠骨膜组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |