单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-06-04	Lineage-specific dynamics of loss of X upregulation during inactive-X reactivation 2024-11-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.10.001 PMID:39486405	research paper	研究探讨了在不同细胞或发育背景下，失活X染色体（Xi）的重新激活是否会导致活性X染色体（Xa）上调的丧失	揭示了Xi重新激活与Xa上调丧失在不同细胞类型中的不同步现象，并建立了X染色体转录协调的数学模型	研究主要基于小鼠模型和特定人类细胞类型，可能不适用于所有生物系统	探索失活X染色体重新激活与活性X染色体上调之间的动态关系	小鼠胚胎上胚层、诱导多能干细胞、生殖细胞、小鼠胚胎外内胚层干细胞和人类B细胞	遗传学	NA	单细胞RNA测序	数学模型	基因表达数据	多种细胞类型（具体数量未明确说明）
22	2025-05-31	Phospholipid Scramblase 1 (PLSCR1) Regulates Interferon-Lambda Receptor 1 (IFN-λR1) and IFN-λ Signaling in Influenza A Virus (IAV) Infection 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.20.624469 PMID:39605457	研究论文	本文研究了磷脂爬行酶1（PLSCR1）在甲型流感病毒（IAV）感染中如何调控干扰素-λ受体1（IFN-λR1）及干扰素-λ信号通路	揭示了PLSCR1通过调节IFN-λ信号通路保护宿主免受IAV感染的新机制，并发现PLSCR1与IFN-λR1在病毒感染后的上皮细胞中存在蛋白-蛋白相互作用	目前仅研究了有限的动物模型，尚未完全探索PLSCR1在不同组织水平的作用及其酶活性的具体机制	阐明PLSCR1在IAV感染中的抗病毒机制及其与IFN-λ信号通路的关系	甲型流感病毒（IAV）感染的小鼠模型及上皮细胞	病毒学	流感	单细胞RNA测序、转录组分析	基因敲除小鼠模型、上皮细胞特异性过表达模型	RNA测序数据、转录组数据	基因敲除小鼠及上皮细胞特异性过表达小鼠
23	2025-05-31	Single-cell transcriptional analysis of murine norovirus infection in a human intestinal cell line 2024-Nov-19, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.01617-24 PMID:39475272	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了鼠诺如病毒在人肠道细胞系中的感染过程及其宿主反应	首次建立了表达鼠诺如病毒受体的人肠道细胞系，并通过单细胞分辨率揭示了病毒感染过程中的宿主基因表达变化	研究使用的是鼠诺如病毒而非人诺如病毒，结果可能不完全适用于人类疾病	探索诺如病毒感染的宿主细胞要求和复制机制	表达鼠CD300lf受体的人肠道细胞系(mCD300lf-hCaco2)和鼠诺如病毒(MNV)	病毒学	急性胃肠炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	NA
24	2025-05-31	PTEN Loss Shapes Macrophage Dynamics in High-Grade Serous Ovarian Carcinoma 2024-Nov-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3890 PMID:39186679	研究论文	该研究探讨了PTEN缺失如何影响高级别浆液性卵巢癌（HGSC）中巨噬细胞的动态变化，并提出了针对HMOX1hi巨噬细胞的潜在治疗策略	研究发现PTEN缺失导致HGSC中特定巨噬细胞亚群（HMOX1hi）的出现，这些巨噬细胞促进肿瘤生长，并可作为治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，人类HGSC样本的验证仍需进一步扩大	探索PTEN缺失对HGSC免疫微环境的影响，并寻找新的治疗靶点	高级别浆液性卵巢癌（HGSC）中的巨噬细胞	肿瘤免疫学	卵巢癌	单细胞RNA测序、流式细胞术	小鼠模型	RNA测序数据、流式细胞数据	小鼠模型和人类HGSC肿瘤样本
25	2025-05-31	SpottedPy quantifies relationships between spatial transcriptomic hotspots and uncovers environmental cues of epithelial-mesenchymal plasticity in breast cancer 2024-Nov-11, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03428-y PMID:39529126	研究论文	介绍了一个名为SpottedPy的Python包，用于识别肿瘤热点并映射癌症生态系统中的空间相互作用	开发了SpottedPy工具，能够量化空间转录组热点之间的关系，并揭示乳腺癌中上皮-间质可塑性的环境线索	未提及具体的技术或数据限制	探索癌症组织内的空间异质性，特别是上皮-间质可塑性在乳腺癌中的作用	乳腺癌组织中的空间转录组数据	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	NA	空间转录组数据	未提及具体样本数量
26	2025-05-31	Safety and reactogenicity of a controlled human infection model of sand fly-transmitted cutaneous leishmaniasis 2024-Nov, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03146-9 PMID:39095597	研究论文	该研究建立了一个由沙蝇传播的皮肤利什曼病的受控人类感染模型（CHIM），以促进疫苗开发	首次提供了人类皮肤利什曼病病变中免疫细胞分布和细胞因子/趋化因子表达的综合图谱，揭示了离散的免疫生态位	由于CL和活检程序的结合，疤痕明显	促进疫苗开发，建立皮肤利什曼病的受控人类感染模型	14名参与者暴露于感染利什曼原虫的沙蝇	传染病学	皮肤利什曼病	免疫组织化学和空间转录组学	受控人类感染模型（CHIM）	临床数据和免疫学数据	14名参与者
27	2025-05-31	Shear stress is uncoupled from atheroprotective KLK10 in atherosclerotic plaques 2024-Nov, Atherosclerosis IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.atherosclerosis.2024.118622 PMID:39413592	research paper	该研究探讨了生理剪切应力在健康与动脉粥样硬化动脉中对内皮细胞的保护作用差异，并发现KLK10在动脉粥样硬化斑块中与生理剪切应力的解耦现象	揭示了动脉粥样硬化条件下生理剪切应力与保护性分子KLK10的解耦机制，为理解心血管高风险个体中动脉粥样硬化的进展提供了新视角	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究生理剪切应力在健康与动脉粥样硬化动脉中对内皮细胞保护作用的差异	健康小鼠、轻度病变小鼠和高度病变小鼠的内皮细胞	心血管疾病	心血管疾病	3D光片成像、计算流体动力学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、图像数据	健康（C57BL/6）小鼠、轻度病变（Apoe-/-正常饮食）小鼠和高度病变（Apoe-/-高脂饮食）小鼠的内皮细胞
28	2024-10-25	Spatial Transcriptomics: A New Frontier in Atherosclerosis Research? 2024-Nov, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321652 PMID:39441914	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
29	2025-05-31	Single-cell transcriptomics unveils skin cell specific antifungal immune responses and IL-1Ra- IL-1R immune evasion strategies of emerging fungal pathogen Candida auris 2024-Nov, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012699 PMID:39536069	研究论文	通过单细胞转录组学揭示了皮肤细胞对新兴真菌病原体耳念珠菌的特异性抗真菌免疫反应及IL-1Ra-IL-1R免疫逃逸策略	首次使用单细胞转录组学技术全面分析了耳念珠菌皮肤感染期间的免疫和非免疫细胞的转录组特征，并揭示了耳念珠菌通过上调IL-1RN基因表达和利用细胞壁甘露聚糖外层逃逸宿主防御的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类皮肤组织中得到验证	探究耳念珠菌皮肤感染的宿主免疫反应和病原体免疫逃逸机制	耳念珠菌感染的鼠皮肤组织	免疫学	真菌感染	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
30	2025-05-31	Single-cell integration reveals metaplasia in inflammatory gut diseases 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07571-1 PMID:39567783	research paper	该研究通过整合25个单细胞RNA测序数据集，构建了一个包含约110万细胞和136种精细细胞状态的健康胃肠道参考图谱，并锚定了12种胃肠道疾病数据集，揭示了炎症性肠道疾病中上皮细胞的化生现象	开发了新的自动化质量控制方法（scAutoQC），构建了迄今为止最大的健康胃肠道单细胞参考图谱，并发现了炎症性肠道疾病中干细胞来源的上皮细胞化生现象	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能缺乏蛋白质水平和功能验证数据	研究健康与疾病状态下胃肠道的细胞组成及其变化	健康对照和胃肠道疾病患者的胃肠道组织细胞	基因组学	胃肠道疾病（包括胃肠道癌症、乳糜泻、溃疡性结肠炎和克罗恩病）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	385个样本（来自189名健康对照）和12种胃肠道疾病数据集，总计约160万个细胞
31	2025-05-31	A spatial human thymus cell atlas mapped to a continuous tissue axis 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07944-6 PMID:39567784	research paper	该研究通过建立胸腺的定量形态学框架，结合多模态单细胞图谱、空间转录组学和高分辨率多重成像数据，绘制了人类胸腺细胞的空间图谱，揭示了T细胞发育过程中的微解剖学基础	建立了胸腺的定量形态学框架（Cortico-Medullary Axis），并应用该框架揭示了胎儿发育早期胸腺细胞的空间分布和发育轨迹	研究主要关注胎儿发育早期和出生前阶段的胸腺，未涉及成人胸腺或胸腺退化后的情况	理解T淋巴细胞发育的微解剖学基础	人类胸腺细胞，特别是T细胞和胸腺上皮细胞	digital pathology	NA	空间转录组学，高分辨率多重成像，单细胞图谱	NA	空间转录组数据，成像数据，单细胞数据	胎儿发育早期和出生前阶段的胸腺样本
32	2025-05-31	A multi-omic atlas of human embryonic skeletal development 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08189-z PMID:39567793	研究论文	该研究通过多组学方法构建了人类胚胎骨骼发育的多组学图谱，揭示了骨骼和关节形成的细胞状态、表观遗传过程及关键调控因子	结合转录组和表观遗传数据建模，揭示了肢体和颅骨成骨祖细胞的区域特异性轨迹，并开发了新工具ISS-Patcher和SNP2Cell	研究仅覆盖了受孕后5至11周的胚胎发育阶段	探索人类胚胎骨骼发育的细胞命运决定机制	人类胚胎骨骼和关节发育	发育生物学	骨关节炎、颅缝早闭	空间转录组学、多组学分析	NA	转录组数据、表观遗传数据	约336,000个核液滴
33	2025-05-31	Multi-site Ultrasound-guided Fine Needle Aspiration to Study Cells and Soluble Factors From Human Lymph Nodes 2024-Nov, Current protocols DOI:10.1002/cpz1.70063 PMID:39579041	研究论文	本文描述了超声引导下细针穿刺（FNA）技术在采集人类淋巴结样本中的应用	提出了一种微创技术，用于采集与神经免疫疾病和基本淋巴功能相关的免疫细胞和无细胞材料	NA	研究人类淋巴结中的免疫细胞和无细胞材料，以了解其在免疫反应中的作用	人类头颈部颈部淋巴结	医学研究	神经免疫疾病	超声引导下细针穿刺（FNA）、流式细胞术、单细胞转录组测序（RNA-seq）、蛋白质组学	NA	细胞样本、无细胞上清液	NA
34	2025-05-29	Integrating spatial transcriptomics and snRNA-seq data enhances differential gene expression analysis results of AD-related phenotypes 2024-Nov-18, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.11.18.24317499 PMID:39606364	research paper	该研究通过整合空间转录组学（ST）和单核RNA测序（snRNA-seq）数据，增强了阿尔茨海默病（AD）相关表型的空间信息细胞类型特异性差异基因表达（DGE）分析的能力	结合ST和snRNA-seq数据，利用深度学习工具CelEry推断细胞的空间位置，并进行皮层层特异性（CLS）和细胞类型特异性（CTS）DGE分析，发现了传统CTS DGE分析无法检测到的AD相关基因和通路	研究依赖于推断的空间位置信息，可能存在一定的误差，且样本量虽大但仍局限于特定脑区（DLPFC）	增强AD相关表型的空间信息细胞类型特异性差异基因表达分析能力	阿尔茨海默病（AD）相关的β-淀粉样蛋白、缠结密度和认知衰退表型	生物信息学	阿尔茨海默病	空间转录组学（ST）、单核RNA测序（snRNA-seq）、深度学习	线性混合回归模型	基因表达数据	436个死后大脑的DLPFC组织样本，约150万细胞
35	2025-05-29	HiDDEN: a machine learning method for detection of disease-relevant populations in case-control single-cell transcriptomics data 2024-11-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53666-8 PMID:39487129	研究论文	提出了一种名为HiDDEN的机器学习方法，用于在病例对照单细胞转录组数据中检测与疾病相关的细胞群体	HiDDEN方法能够精确地反映每个细胞的扰动状态，解决了传统方法在受影响细胞子集较小或扰动强度较弱时无法准确识别的问题	论文未明确提及具体局限性	开发一种计算方法，用于在单细胞RNA-seq研究中准确识别受疾病影响的细胞子集及其标记物	病例对照单细胞转录组数据	机器学习	多发性骨髓瘤前体条件、脱髓鞘疾病	单细胞RNA-seq	NA	单细胞转录组数据	模拟数据集、人类多发性骨髓瘤前体条件数据集、小鼠脱髓鞘模型数据集
36	2025-05-29	A New Graph Autoencoder-Based Multi-Level Kernel Subspace Fusion Framework for Single-Cell Type Identification 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3459960 PMID:39264790	研究论文	提出了一种基于图自动编码器的多级核子空间融合框架scGAMF，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别	scGAMF框架首次将深度特征嵌入和核空间分析统一到一个框架中，通过多级核空间融合策略充分挖掘细胞间的深层潜在关系	未明确说明方法在超大规模数据集上的计算效率问题	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的聚类准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图自动编码器(GAEs)	基因表达数据	未明确说明具体样本量，仅提到在真实数据集上进行了广泛验证
37	2025-05-29	Prostaglandin E2-EP2/EP4 signaling induces immunosuppression in human cancer by impairing bioenergetics and ribosome biogenesis in immune cells 2024-11-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53706-3 PMID:39487111	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了前列腺素E2（PGE2）通过EP2/EP4信号通路在人类肿瘤微环境中诱导免疫抑制的机制	揭示了PGE2-EP2/EP4信号通过下调c-Myc和PGC-1，进而影响氧化磷酸化、糖酵解和核糖体蛋白合成，从而损害免疫细胞的功能和抗肿瘤活性的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的直接证据有限	探究前列腺素E2在肿瘤微环境中的免疫抑制作用及其分子机制	肿瘤浸润的免疫细胞（包括CD8 T细胞和巨噬细胞）	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	人类癌症样本和雌性小鼠的同基因肿瘤模型
38	2025-05-29	Using Multi-Encoder Semi-Implicit Graph Variational Autoencoder to Analyze Single-Cell RNA Sequencing Data 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3458170 PMID:39255084	研究论文	提出了一种基于变分图自编码器和图注意力网络的新框架MSVGAE，用于分析单细胞RNA测序数据	引入多编码器学习不同尺度的特征并控制非信息特征，通过添加不同噪声促进图结构信息和分布不确定性的传播	NA	更好地分析高维度、高稀疏性的单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	变分图自编码器(MSVGAE), 图注意力网络	基因表达数据	24个模拟数据集和8个真实数据集
39	2025-05-28	Controlling human stem cell-derived islet composition using magnetic sorting 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.19.624394 PMID:39605713	research paper	该研究开发了一种使用磁激活细胞分选（MACS）技术富集干细胞衍生胰岛（SC-islets）中CD49a标记的β细胞的方法，以提高其治疗1型糖尿病的潜力	首次利用MACS技术对SC-islets进行CD49a标记的β细胞富集，显著提升了β细胞比例和功能	研究仅针对CD49a标记进行富集，可能忽略了其他潜在的重要细胞标记	提高干细胞衍生胰岛中β细胞的比例和功能，以改善1型糖尿病的细胞替代治疗	人类多能干细胞（hPSCs）衍生的胰岛细胞	干细胞研究	1型糖尿病	磁激活细胞分选（MACS）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据、免疫染色图像	人类多能干细胞衍生的胰岛细胞样本
40	2025-05-26	Olfr2-positive macrophages originate from monocytes proliferate in situ and present a pro-inflammatory foamy-like phenotype 2024-Nov-05, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae153 PMID:39229899	研究论文	本研究探讨了表达嗅觉受体2（Olfr2）的血管巨噬细胞在动脉粥样硬化中的功能表型和起源	首次揭示了Olfr2+巨噬细胞来源于单核细胞，并在疾病早期阶段积累，具有增殖和促炎潜能	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究Olfr2+血管巨噬细胞在动脉粥样硬化中的作用机制	Olfr2+巨噬细胞及其前体单核细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术、RNA-seq、流式细胞术	Apoe-/-小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	CD45.1Apoe-/-Olfr2+/+和CD45.2Apoe-/-Olfr2-/-小鼠