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当前共找到 579 篇文献,本页显示第 21 - 40 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
21 2026-06-17
Single-cell spatial transcriptomics of fixed, paraffin-embedded biopsies reveals colitis-associated cell networks
2024-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 针对福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)活检组织的单细胞空间转录组学分析,揭示了溃疡性结肠炎相关细胞网络 开发了适用于存档FFPE临床活检组织的成像型单细胞空间转录组学(iSCST)框架,通过定制290-plex Xenium基因面板实现了高灵敏度和特异性的转录本检测,并识别了炎症相关成纤维细胞与单核细胞组成的结肠炎相关细胞邻域 未明确说明,但可能包括样本量有限、平台特异性偏差及分析流程的通用性需进一步验证 建立稳健的工作流程,利用iSCST技术分析炎症性肠病患者的存档FFPE黏膜活检标本,探索结肠炎相关细胞网络及治疗应答标志物 非IBD对照者(9例)和溃疡性结肠炎患者(11例)的57份FFPE黏膜活检标本 数字病理学 溃疡性结肠炎 成像型单细胞空间转录组学 NA 空间转录组数据 57份FFPE黏膜活检标本,来自9例健康对照和11例溃疡性结肠炎患者 10x Genomics 空间转录组学 Xenium 定制290-plex Xenium基因面板用于FFPE组织分析
22 2026-06-17
Single-cell transcriptomics unveils skin cell specific antifungal immune responses and IL-1Ra- IL-1R immune evasion strategies of emerging fungal pathogen Candida auris
2024-11, PLoS pathogens IF:5.5Q1
research paper 使用单细胞转录组学揭示新兴真菌病原体耳念珠菌的皮肤细胞特异性免疫反应和IL-1Ra-IL-1R免疫逃逸策略 首次通过无偏见的单细胞转录组学描绘耳念珠菌皮肤感染期间免疫和非免疫细胞的转录组图谱,并发现IL-1Ra介导的IL-1R信号免疫逃逸机制 研究基于小鼠模型,其结果可能不完全适用于人类皮肤感染 阐明耳念珠菌皮肤定植的宿主免疫因素及其免疫逃逸机制 耳念珠菌感染的小鼠皮肤组织中的免疫细胞(中性粒细胞、炎症单核细胞、巨噬细胞、树突状细胞、T细胞和NK细胞)和非免疫细胞(成纤维细胞) machine learning 真菌感染 单细胞转录组测序 NA 单细胞转录组数据 未明确说明样本数量 未明确说明 single-cell RNA-seq NA NA
23 2026-06-15
Dual decoding of cell types and gene expression in spatial transcriptomics with PANDA
2024-11-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 提出PANDA方法,同时从空间转录组学数据中解码细胞类型比例和细胞类型特异性基因表达 PANDA方法整合原型分析捕获细胞类型内异质性,并在解卷积过程中动态学习每个点的细胞类型特征,同时推断细胞类型比例和特异性基因表达,克服了现有方法忽略细胞内异质性的局限 NA 开发一种新方法以同时从空间转录组学数据中解码细胞类型比例和细胞类型特异性基因表达,揭示组织内异质性 空间转录组学数据,包括肿瘤、大脑和发育中心脏等多种组织 机器学习和数字病理学 肿瘤和其他疾病 空间转录组学,单细胞RNA测序 概率模型和原型分析 空间转录组学数据 多种组织样本,包括肿瘤、大脑和发育中心脏 NA 空间转录组学,单细胞RNA测序 NA NA
24 2026-05-31
Cancer-Associated Endocrine Cells Participate in Pancreatic Carcinogenesis
2024-11, Gastroenterology IF:25.7Q1
研究论文 通过单细胞转录组、空间转录组和多重免疫组化技术,揭示胰腺导管腺癌中内分泌细胞的改变及其与癌细胞的相互作用机制 首次系统描绘胰腺内分泌细胞在PDAC中的改变,定义并表征癌症相关内分泌细胞,揭示内分泌-外分泌相互作用的旁分泌机制 尚未明确胰腺多肽阳性细胞在临床样本中的预后价值及具体分子机制细节 探究胰腺内分泌细胞在胰腺导管腺癌发生发展中的作用及其与外分泌部分的相互作用机制 胰腺内分泌细胞(包括α细胞、β细胞、胰腺多肽阳性细胞等)与胰腺导管腺癌细胞 数字病理学 胰腺癌 单细胞转录组测序、空间转录组测序、多重免疫组化、原位移植小鼠模型、基因工程小鼠模型 NA 单细胞转录组数据、空间转录组数据、组织切片图像 未提及具体样本数量,涉及原位移植小鼠、KrasLSL-G12DPdx1-Cre小鼠、KrasLSL-G12Dp53LoxPPdx1-CreER小鼠模型 10x Genomics 单细胞RNA测序、空间转录组测序 10x Chromium、10x Visium 10x Chromium Single Cell 3'和10x Visium空间转录组平台
25 2026-05-30
Polyclonal regeneration of mouse bone marrow endothelial cells after irradiative conditioning
2024-11-26, Cell reports IF:7.5Q1
research paper 研究照射预处理后小鼠骨髓内皮细胞的多克隆再生机制 利用单细胞RNA测序、成像、流式细胞术及体外克隆形成实验和Rainbow小鼠模型,首次揭示了骨髓内皮细胞在照射损伤后再生过程中的细胞和克隆机制,特别是其多克隆再生特性 未具体说明研究的局限性 探究照射预处理后骨髓内皮细胞的细胞和克隆再生机制 小鼠骨髓内皮细胞 machine learning NA 单细胞RNA测序, 成像, 流式细胞术, 体外克隆形成实验 机器学习模型 单细胞转录组数据, 图像数据, 流式细胞术数据 使用了Rainbow小鼠模型,具体样本数量未提及 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 单细胞RNA测序平台具体配置未详述
26 2026-05-30
An estrogen receptor signaling transcriptional program linked to immune evasion in human hormone receptor-positive breast cancer
2024-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文探讨了雌激素受体信号转录程序与激素受体阳性乳腺癌免疫逃逸的关联机制 首次通过整合多种转录组学和多重免疫荧光技术,揭示雌激素受体信号基因模块与TNFα/NF-κB及I型干扰素免疫通路负相关,并阐明其通过抑制抗原呈递降低T细胞浸润的机制 未明确列出具体局限性,但可能包括样本量有限或机制验证不足 探究激素受体阳性乳腺癌中T细胞稀疏的驱动机制,特别是雌激素受体信号与免疫逃逸的关系 激素受体阳性乳腺癌组织、细胞系及患者相关样本 数字病理学 乳腺癌 转录组测序、单细胞转录组测序、多重免疫荧光 NA 转录组数据、图像数据 多来源临床乳腺癌组织样本及人类细胞系,具体数量未说明 NA bulk RNA-seq、single-cell RNA-seq NA NA
27 2026-05-30
Mesoscopic structure graphs for interpreting uncertainty in non-linear embeddings
2024-11, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1
研究论文 提出基于节点链接的可视化技术ManiGraph,通过构建动态介观结构图来解读非线性降维中的不确定性 首次通过动态介观结构图重新评估高低维空间之间的邻域保真度,并引入区域自适应的可信度度量 未明确提及,但散点图可视化的过度绘制问题在大规模数据集上仍有挑战 解决概率非线性降维方法中虚假邻域关系导致的误导性可视化问题 高维数据的低维嵌入可视化结果 计算机视觉 结直肠癌 单细胞RNA测序 NA 图像、基因表达数据 单细胞RNA测序数据集及组织病理学-MNIST数据集 NA 单细胞RNA测序 NA NA
28 2026-05-30
Proximogram-A multi-omics network-based framework to capture tissue heterogeneity integrating single-cell omics and spatial profiling
2024-11, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1
研究论文 提出了一种名为Proximogram的基于图的多组学网络框架,整合单细胞组学和空间数据以捕获组织异质性 首次提出Proximogram图表示方法,能够将独立获取的组学数据和空间数据整合到统一框架中,并通过图深度学习模型提高疾病分类性能 未提及具体局限性 开发一种可定制且可扩展的方法,联合利用多模态生物数据以提升疾病诊断能力 来自正常、慢性胰腺炎和胰腺导管腺癌患者的复用免疫荧光图像和单细胞RNA测序数据 机器学习 胰腺癌 单细胞RNA测序 图深度学习模型 图像 两种胰腺疾病患者样本,包括正常、慢性胰腺炎和胰腺导管腺癌 NA 单细胞RNA测序 NA NA
29 2026-05-30
Glycoengineered extracellular vesicles released from antibacterial hydrogel facilitate diabetic wound healing by promoting angiogenesis
2024-Nov, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1
研究论文 研究了一种由明胶甲基丙烯酰、糖工程化细胞外囊泡和聚赖氨酸组成的新型水凝胶敷料,通过促进血管生成来治疗感染的糖尿病伤口 通过糖工程化改造细胞外囊泡表面表达sLeX配体,增强其靶向E-选择素的能力,并结合水凝胶实现持续释放,用于糖尿病伤口治疗 研究局限于小鼠模型,临床转化尚需进一步验证 开发一种新型水凝胶敷料,利用糖工程化细胞外囊泡促进糖尿病伤口愈合 糖尿病伤口、细胞外囊泡、血管生成、E-选择素 数字病理学 糖尿病 单细胞RNA测序、免疫荧光染色、慢病毒转染 NA 单细胞转录组数据、图像 小鼠模型 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 用于单细胞RNA测序的10x Chromium平台
30 2026-05-27
The opposite aging effect to single cell transcriptome profile among cell subsets
2024-11, Biogerontology IF:4.4Q1
研究论文 该研究利用Tabula Muris Senis数据集,揭示了细胞亚群间对衰老效应的相反转录组变化 首次系统性地报告了不同细胞亚群之间衰老效应的相反模式,即衰老在一个细胞亚群中上调基因表达,在另一个亚群中下调表达 信息不足,无法提供 探究不同细胞亚群中衰老对基因表达的相反效应 小鼠的多个细胞亚群 机器学习 NA 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 未明确说明,但使用了Tabula Muris Senis公共数据集 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium NA
31 2026-05-25
CRISPRi-based screens in iAssembloids to elucidate neuron-glia interactions
2024-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 开发iAssembloids三维共培养系统并结合CRISPRi筛选,揭示神经元与胶质细胞相互作用机制 首次在三维类脑体结构中进行大规模CRISPRi筛选,发现GSK3β抑制NRF2介导的氧化应激保护反应的新机制 未提及具体局限性 阐明神经元-胶质细胞相互作用在脑健康与疾病中的分子机制 人类诱导多能干细胞衍生的神经元和胶质细胞 数字病理学 阿尔茨海默病 CRISPRi筛选 na 单细胞转录组数据 未提及具体样本量 10x Genomics 单细胞转录组测序 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒
32 2026-05-24
TLR8 agonist selgantolimod regulates Kupffer cell differentiation status and impairs HBV entry into hepatocytes via an IL-6-dependent mechanism
2024-11-11, Gut IF:23.0Q1
研究论文 研究TLR8激动剂selgantolimod通过IL-6依赖机制调节库普弗细胞分化状态并抑制HBV进入肝细胞的作用 首次揭示selgantolimod通过调节库普弗细胞分化状态间接抑制HBV进入肝细胞的新机制,并发现IL-6在其中起关键作用 未完全阐明库普弗细胞分化调控的分子机制,且未在体内模型中进行验证 阐明selgantolimod在肝脏微环境中诱导的转录组变化和细胞间通讯事件 人类肝脏中的库普弗细胞和肝细胞 自然语言处理 慢性乙型肝炎 单细胞RNA测序、RNA测序 NA 单细胞转录组数据、RNA测序数据 公开单细胞RNA-seq数据及HBV感染患者转录组数据 NA 单细胞RNA测序、批量RNA测序 NA NA
33 2026-05-24
Targeting squalene epoxidase restores anti-PD-1 efficacy in metabolic dysfunction-associated steatohepatitis-induced hepatocellular carcinoma
2024-11-11, Gut IF:23.0Q1
研究论文 本研究揭示角鲨烯环氧酶通过诱导CD8+ T细胞功能障碍和增强髓源性抑制细胞活性,促进代谢功能障碍相关脂肪性肝炎相关肝细胞癌的免疫抑制,并证明靶向SQLE可恢复抗PD-1疗效 首次阐明SQLE在MASH-HCC中通过胆固醇积累导致CD8+ T细胞线粒体功能障碍及MDSC激活的双重免疫抑制机制,并证实靶向SQLE可逆转抗PD-1治疗耐药 未明确SQLE调控胆固醇代谢的具体分子通路;动物模型可能无法完全模拟人类MASH-HCC的异质性 探究角鲨烯环氧酶在MASH-HCC肿瘤免疫微环境中的作用及其对抗PD-1免疫治疗的影响 肝细胞特异性Sqle转基因和敲除小鼠、原位及人源化小鼠模型 数字病理学 肝细胞癌 单细胞RNA测序、流式细胞术 基因敲除/转基因小鼠模型 基因表达数据、细胞表型数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
34 2026-05-24
Spatial Transcriptomics Reveals the Temporal Architecture of the Seminiferous Epithelial Cycle and Precise Sertoli-Germ Synchronization
2024-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 利用空间转录组学技术绘制小鼠精子发生过程中生精上皮周期的转录组图谱,揭示支持细胞与生殖细胞的同步化机制 首次通过空间转录组学RNA SeqFISH+技术精确重构生精上皮周期的时空转录模式,发现支持细胞独立维持周期性转录动态,并鉴定出内在的视黄酸循环和转录因子网络 研究中未提供明确的局限性说明 阐明生精上皮周期中转录组的时空变化及支持细胞与生殖细胞的同步化机制 小鼠睾丸组织中的支持细胞和生殖细胞 空间转录组学 并非专指某种疾病 RNA SeqFISH+空间转录组学 NA 基因表达数据 216090个细胞,2638个基因 NA 空间转录组学 RNA SeqFISH+ RNA SeqFISH+技术用于小鼠睾丸组织的空间基因表达 profiling
35 2025-11-03
Macrophages in the infarcted heart acquire a fibrogenic phenotype, expressing matricellular proteins, but do not undergo fibroblast conversion
2024-11, Journal of molecular and cellular cardiology IF:4.9Q2
研究论文 本研究通过谱系追踪和单细胞转录组学方法,揭示心肌梗死中巨噬细胞不会转化为成纤维细胞,但会表达促纤维化的基质细胞蛋白 首次结合谱系追踪和单细胞RNA测序技术,明确证明心肌梗死中的巨噬细胞不会转分化为成纤维细胞,同时发现其表达多种促纤维化基质蛋白的新功能 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 探究心肌梗死中巨噬细胞是否会发生成纤维细胞转化及其在细胞外基质表达中的作用 心肌梗死小鼠模型中的巨噬细胞和成纤维细胞 单细胞生物学 心血管疾病 谱系追踪,单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 对照组和心肌梗死组小鼠的CSF1R+髓系细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
36 2026-05-23
Understanding the heterogeneity of natural killer cells at the maternal-fetal interface: implications for pregnancy health and disease
2024-11-14, Molecular human reproduction IF:3.6Q1
综述 综述了母胎界面自然杀伤细胞的异质性及其在妊娠健康与疾病中的意义 通过总结基于表面标志物、功能分子、发育阶段的传统分类和单细胞RNA测序聚类方法,全面分析了子宫NK细胞亚群的异质性,并探讨了子宫内膜NK细胞向蜕膜NK细胞分化及不同dNK亚群的分化路径 综述中未提及具体实验验证或定量分析,可能存在文献选择性偏倚 理解母胎界面自然杀伤细胞的异质性,探讨其在妊娠健康与疾病中的作用 子宫自然杀伤细胞亚群,包括基于表面标志物、功能分子、发育阶段的传统分类和单细胞RNA测序聚类方法,以及妊娠相关疾病中NK细胞亚群的变化 机器学习和数字病理学 妊娠相关疾病 单细胞RNA测序 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
37 2026-05-21
Pathogenic mechanisms, diagnostic, and therapeutic potential of microvesicles in diabetes and its complications
2024-11, Archives of biochemistry and biophysics IF:3.8Q1
综述 综述了微囊泡在糖尿病及其并发症(如肾病、视网膜病变、心肌病和神经病变)发病机制中的新兴作用,并探讨其作为生物标志物和治疗工具的潜力 全面分析微囊泡通过携带蛋白质、脂质、mRNA和miRNA调节炎症、氧化应激、免疫反应和组织重塑等关键过程,在糖尿病进展中的作用,并提出其作为药物递送系统的治疗潜力 微囊泡的分离与表征困难,其分子机制理解不足,临床试验验证仍面临挑战,需改进分离纯化方法并借助单细胞RNA测序和蛋白质组学等先进技术 探讨微囊泡在糖尿病及其并发症中的致病机制、诊断和治疗潜力 微囊泡在糖尿病及并发症(肾病、视网膜病变、心肌病、神经病变)中的作用 机器学习 糖尿病 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 NA 文本 NA NA NA NA NA
38 2026-05-16
Early autonomous patterning of the anteroposterior axis in gastruloids
2024-11-15, Development (Cambridge, England)
研究论文 通过单细胞RNA测序研究小鼠类胚体中前后轴早期自主模式形成 首次揭示了类胚体在无外部信号引导下自主建立前后轴极化的早期分子事件,包括T+和T-群体的细胞状态转变和转录特征,并发现该过程对聚集大小变化具有稳健性 尽管类胚体与小鼠胚胎在转录上具有相似性,但初始多能细胞状态差异明显,可能影响早期发育模拟的准确性 解析小鼠类胚体中前后轴建立的早期动态过程,特别是外部Wnt刺激前的细胞命运空间限制和转录变化 小鼠胚胎干细胞聚集形成的类胚体 数字病理学 不适用 单细胞RNA测序 不适用 基因表达数据 多个小鼠类胚体样本,未具体说明数量 不适用 单细胞RNA测序 不适用 不适用
39 2026-05-15
CosGeneGate selects multi-functional and credible biomarkers for single-cell analysis
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 提出CosGeneGate模型,用于单细胞分析中选择多功能且可信的生物标志物 结合细胞类型分类准确性和标志基因特异性表达模式的优点,选择非冗余且具有细胞类型特异性表达模式的标志基因 未明确说明局限性 开发更有效的标志基因选择方法,以改善单细胞测序分析中的细胞类型区分 人类主要细胞类型和组织 单细胞分析 NA 单细胞RNA测序 CosGeneGate 基因表达数据 使用公开数据集和新测序数据集 NA 单细胞RNA测序 NA NA
40 2026-05-08
Definition of regulatory elements and transcription factors controlling porcine immune cell gene expression at single cell resolution using single nucleus ATAC-seq
2024-11, Genomics IF:3.4Q2
研究论文 使用单核ATAC-seq技术解析猪外周血单个核细胞在单细胞分辨率下的调控元件和转录因子 首次通过snATAC-seq全面绘制猪PBMC的开放染色质图谱,揭示了顺式调控元件及其对转录的贡献机制,并预测了控制差异表达基因的转录因子 未提及 揭示猪PBMC基因表达的顺式调控机制和转录因子调控网络 猪外周血单个核细胞 机器学习和深度学习(通过聚类分析、TFBM分析和CCAN构建) NA snATAC-seq NA(文中未明确指定具体模型类型,但涉及聚类分析和调控网络构建) 染色质开放区域测序数据 猪外周血单个核细胞样本,具体数量未说明 未明确说明,但可能涉及Illumina(文库测序常见平台) snATAC-seq NA(未提及具体产品) NA(未提及具体配置细节)
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