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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-11-03 |
Localized ablative immunotherapy enhances antitumor immunity by modulating the transcriptome of tumor-infiltrating Gamma delta T cells
2024-Nov-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.217267
PMID:39307410
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析激光消融免疫疗法对肿瘤浸润γδT细胞转录组的调控作用 | 首次揭示LAIT疗法通过调节γδT细胞转录组增强抗肿瘤免疫的机制,发现LAIT独特地增加IL17-producing γδT细胞比例 | 研究仅在小鼠乳腺癌模型中进行,尚未在人体直接验证 | 探究激光消融免疫疗法对肿瘤浸润γδT细胞功能动态的影响 | 小鼠乳腺癌模型中的肿瘤浸润γδT细胞 | 免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 对照组、PTT组、GC组和LAIT组的小鼠肿瘤样本 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 22 | 2025-10-11 |
Vispro improves imaging analysis for Visium spatial transcriptomics
2024-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.07.617088
PMID:39416029
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研究论文 | 开发了针对10x Visium数据的全自动图像处理工具Vispro,用于改善空间转录组学图像分析 | 首个针对Visium数据的端到端全自动图像处理工具,集成了四个关键模块:基准标记检测、基准标记去除与图像修复、组织区域检测和分离组织区域分割 | 仅针对10x Visium平台数据开发,未验证在其他空间转录组技术上的适用性 | 解决空间转录组学图像分析中基准标记和背景区域带来的挑战 | 空间转录组学组织图像 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 23 | 2025-10-07 |
FOXP Genes Regulate Purkinje Cell Diversity in Cerebellar Development and Evolution
2024-Nov-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.07.622485
PMID:39574602
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了FOXP基因在调控小脑浦肯野细胞多样性中的关键作用 | 首次在小鼠胚胎小脑中鉴定出11种浦肯野细胞亚型,并开发了新的无监督方法进行三维空间定位 | 研究主要基于小鼠模型,人类和小鸡样本的比较分析相对有限 | 探究小脑发育过程中浦肯野细胞多样性的分子调控机制 | 小鼠、人类和小鸡的小脑浦肯野细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督学习方法 | 单细胞转录组数据 | 胚胎小鼠小脑浦肯野细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 24 | 2025-10-05 |
Widespread transposable element dysregulation in human aging brains with Alzheimer's disease
2024-Nov, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.14164
PMID:39356058
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研究论文 | 本研究通过多组学数据分析揭示了人类阿尔茨海默病衰老大脑中转座元件的广泛失调,并利用CRISPR干扰实验验证了特定转座元件对炎症基因的调控作用 | 首次在人类阿尔茨海默病衰老大脑中系统鉴定转座元件表达数量性状位点(teQTL),并通过CRISPRi实验验证了神经元特异性转座元件调控机制 | 研究主要基于三个脑组织生物样本库,样本来源和数量可能存在限制 | 探究人类阿尔茨海默病衰老大脑中转座元件失调的遗传调控机制 | 人类阿尔茨海默病患者的脑组织样本和iPSC来源的神经元 | 基因组学 | 阿尔茨海默病 | RNA测序,全基因组测序,CRISPR干扰,xQTL分析 | 数量性状位点分析,共定位分析 | 基因组数据,转录组数据 | 三个大型人类AD脑组织生物样本库的样本 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,全基因组测序 | NA | NA |
| 25 | 2025-10-05 |
Biallelic Loss-of-Function Variants in UBAP1L and Nonsyndromic Retinal Dystrophies
2024-Nov-01, JAMA ophthalmology
IF:7.8Q1
DOI:10.1001/jamaophthalmol.2024.3836
PMID:39325468
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研究论文 | 本研究通过临床和分子特征分析,发现UBAP1L基因的双等位基因功能丧失变异与非综合征性视网膜营养不良相关 | 首次将UBAP1L基因鉴定为新的视网膜营养不良致病基因,并通过小鼠模型和单细胞RNA测序验证其功能 | 样本量较小(仅6名患者),小鼠模型未表现出视网膜退化表型 | 阐明遗传性视网膜营养不良的遗传基础,改善临床诊断和预后 | 6名来自4家三级医院的遗传性视网膜营养不良患者 | 遗传学 | 视网膜营养不良 | 外显子组测序,基因组测序,单细胞RNA测序,小基因检测,基因敲除小鼠模型 | 基因敲除小鼠模型 | 基因组数据,转录组数据,临床评估数据 | 6名患者,来自6个家庭 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 26 | 2025-10-05 |
Single-cell analysis defines LGALS1+ fibroblasts that promote proliferation and migration of intrahepatic cholangiocarcinoma
2024-11-25, Journal of molecular cell biology
IF:5.3Q2
DOI:10.1093/jmcb/mjae023
PMID:38862197
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析肝内胆管癌肿瘤微环境,鉴定出促进肿瘤恶性表型的LGALS1+成纤维细胞亚群 | 首次在肝内胆管癌中鉴定出特异性表达LGALS1的成纤维细胞亚群,并阐明其通过调控CCR2、ADAM15和β-整合素促进肿瘤进展的机制 | 样本量较小(14例患者),需更大规模研究验证 | 探究肝内胆管癌肿瘤异质性及成纤维细胞在肿瘤微环境中的作用 | 14例初治肝内胆管癌患者的肿瘤组织和癌旁正常组织 | 单细胞测序分析 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 14例患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 27 | 2025-10-05 |
Decoding Functional and Developmental Trajectories of Tissue-Resident Uterine Dendritic Cells Through Integrative Omics
2024-Nov-14, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5424920/v1
PMID:39606471
|
研究论文 | 通过整合多组学方法解析子宫驻留树突状细胞的功能和发育轨迹 | 首次系统鉴定人类子宫内膜中子宫树突状细胞的亚型及其发育轨迹,并揭示不同亚型在胚胎植入前后的特异性功能 | 研究样本数量有限,且主要关注早期妊娠阶段 | 阐明子宫树突状细胞的起源、分子特征及其在子宫内膜功能和胚胎植入过程中的作用 | 人类子宫内膜组织中的子宫树突状细胞 | 单细胞生物学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序,CITE-seq | NA | 单细胞转录组数据,表面蛋白表达数据 | 不同月经周期和早期妊娠阶段的子宫组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞多组学 | NA | NA |
| 28 | 2025-10-05 |
Fate (or state) of CA2 neurons in a mineralocorticoid receptor knockout
2024-Nov-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.29.626110
PMID:39651204
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学方法探究盐皮质激素受体敲除后海马CA2区神经元的命运变化 | 首次发现MR敲除导致CA2神经元获得CA1样分子表型,揭示了MR在控制CA2神经元发育状态中的关键作用 | 研究主要关注分子表型变化,对行为功能影响的直接证据不足 | 探究盐皮质激素受体敲除对海马CA2区神经元命运的影响 | 小鼠海马CA2区神经元 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 条件性基因敲除模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 29 | 2025-10-05 |
Substrate Stiffness Dictates Unique Doxorubicin-induced Senescence-associated Secretory Phenotypes and Transcriptomic Signatures in Human Pulmonary Fibroblasts
2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.18.623471
PMID:39605579
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研究论文 | 研究机械张力通过基质刚度调控人肺成纤维细胞衰老相关分泌表型和转录组特征 | 首次揭示基质刚度特异性影响多柔比星诱导的细胞衰老和SASP表型,并发现高刚度驱动的胶原蛋白富集特征 | 研究主要基于体外细胞模型,体内验证相对有限 | 探究机械力刺激对细胞衰老和衰老相关分泌表型的影响机制 | 人原代肺成纤维细胞(IMR-90)和小鼠肺纤维化模型 | 细胞生物学 | 肺纤维化 | 质谱分析、转录组测序、单细胞RNA测序、计算元分析 | NA | 蛋白质组数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 人原代肺成纤维细胞在不同刚度基质上的培养模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 30 | 2025-10-05 |
Addressing the mean-variance relationship in spatially resolved transcriptomics data with spoon
2024-Nov-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.04.621867
PMID:39574747
|
研究论文 | 提出一种名为spoon的统计框架,用于解决空间转录组数据中的均值-方差关系偏差,从而更准确地识别空间可变基因 | 首次在空间转录组数据中证明均值-方差关系的存在,并提出使用经验贝叶斯技术消除这种技术偏差的新方法 | 方法性能仅在模拟和真实空间转录组数据中进行了验证,未在其他类型空间组学数据中测试 | 开发更准确识别空间可变基因的统计方法 | 空间转录组数据中的基因表达模式 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 经验贝叶斯模型 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 31 | 2025-10-05 |
Shear stress is uncoupled from atheroprotective KLK10 in atherosclerotic plaques
2024-11, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
|
研究论文 | 本研究通过比较健康和动脉粥样硬化条件下内皮细胞对生理剪切应力的转录组反应,揭示了动脉粥样硬化斑块中生理剪切应力与保护性因子KLK10的解耦现象 | 首次发现动脉粥样硬化斑块中生理剪切应力与保护性因子KLK10的解耦机制,揭示了疾病状态下内皮细胞对机械力刺激反应能力的改变 | 研究主要基于小鼠模型,需要在人类样本中进一步验证;单细胞RNA测序样本量有限 | 探究动脉粥样硬化条件下内皮细胞对生理剪切应力保护性反应的改变机制 | 小鼠主动脉内皮细胞,包括健康C57BL/6小鼠、轻度病变Apoe-/-正常饮食小鼠和重度病变Apoe-/-高脂饮食小鼠 | 心血管生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,3D光片成像,计算流体动力学 | NA | 单细胞转录组数据,成像数据 | 三组小鼠模型的内皮细胞(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 32 | 2025-10-05 |
Sample multiplexing for retinal single-cell RNA sequencing
2024-Nov-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.111250
PMID:39569377
|
研究论文 | 本研究建立了视网膜单细胞RNA测序的样本多重标记方法,用于分析小鼠视网膜神经节细胞 | 使用胆固醇修饰寡核苷酸进行样本多重标记,能够同时解析样本来源和表型数据 | 研究聚焦于小鼠视网膜神经节细胞,方法在其他细胞类型中的适用性需要进一步验证 | 开发单细胞RNA测序样本多重标记方法以提高稀有细胞群体分析的效率 | 小鼠视网膜神经节细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 微流控单细胞RNA测序平台 |
| 33 | 2025-10-05 |
Cross-species single-cell RNA sequencing reveals divergent phenotypes and activation states of adaptive immunity in human carotid and experimental murine atherosclerosis
2024-11-25, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae154
PMID:39041203
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研究论文 | 通过跨物种单细胞RNA测序比较人类颈动脉和实验性小鼠动脉粥样硬化的免疫细胞组成和激活状态 | 首次通过整合人类和小鼠单细胞RNA测序数据揭示物种间免疫细胞组成的显著差异,挑战标准小鼠模型的转化价值 | 研究主要关注颈动脉粥样硬化,结果可能不适用于其他血管部位;样本数量相对有限 | 比较人类和小鼠动脉粥样硬化中适应性免疫细胞的表型和激活状态差异 | 人类颈动脉粥样硬化斑块和小鼠动脉粥样硬化血管组织中的免疫细胞 | 单细胞生物学 | 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学,多色流式细胞术 | 生物信息学整合分析 | 单细胞转录组数据 | 人类颈动脉斑块样本(验证队列43例患者)+7个小鼠单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 34 | 2025-10-05 |
Regulation of Ptbp1-controlled alternative splicing of pyruvate kinase muscle by liver kinase B1 governs vascular smooth muscle cell plasticity in vivo
2024-11-25, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae187
PMID:39189621
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研究论文 | 本研究揭示了肝激酶B1通过调控Ptbp1依赖的丙酮酸激酶肌肉亚型选择性剪接来控制血管平滑肌细胞可塑性的机制 | 首次发现Lkb1通过调控Ptbp1-PKM选择性剪接轴控制血管平滑肌细胞命运决定,并证明PKM2激活剂可逆转血管病变 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究控制血管平滑肌细胞可塑性的关键分子机制 | 血管平滑肌细胞 | 细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,谱系追踪,基因敲除 | NA | 单细胞RNA测序数据,影像数据 | Lkb1flox/flox;Myh11-Cre/ERT2基因工程小鼠和人类主动脉瘤组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 35 | 2025-10-05 |
Olfr2-positive macrophages originate from monocytes proliferate in situ and present a pro-inflammatory foamy-like phenotype
2024-11-05, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae153
PMID:39229899
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研究论文 | 本研究探讨了表达Olfr2的血管巨噬细胞在动脉粥样硬化中的功能表型和起源 | 首次揭示Olfr2+巨噬细胞来源于单核细胞,具有原位增殖能力并呈现促炎性泡沫样表型 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限 | 研究Olfr2+血管巨噬细胞在动脉粥样硬化中的功能表型和细胞起源 | Apoe-/-小鼠主动脉中的Olfr2+巨噬细胞和单核细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 质谱流式细胞术, 流式细胞术, 过继转移实验 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据 | Apoe-/-小鼠模型,WD喂养12周 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 36 | 2025-10-05 |
NAD + activates renal metabolism and protects from chronic kidney disease in a model of Alport syndrome
2024-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.26.580911
PMID:38464264
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研究论文 | 本研究通过Alport综合征小鼠模型揭示了NAD+补充通过激活肾代谢途径特别是近端小管细胞的脂肪酸氧化来保护慢性肾脏病的机制 | 首次在Alport小鼠模型中应用单核RNA测序和空间转录组学技术,首次报道该模型中转录水平的性别差异,明确了NAD+补充通过近端小管细胞发挥肾脏保护作用的具体机制 | 研究仅限于Alport综合征小鼠模型,尚未在人类或其他慢性肾脏病模型中验证 | 探究NAD+补充保护慢性肾脏病的分子机制和涉及的细胞类型 | Alport综合征小鼠模型 | 代谢研究 | 慢性肾脏病 | bulk RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学, 正交成像技术, 生化检测 | NA | RNA测序数据, 影像数据, 生化数据 | Alport综合征小鼠模型 | NA | bulk RNA-seq, 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 37 | 2025-10-06 |
Single-cell analyses reveal that monocyte gene expression profiles influence HIV-1 reservoir size in acutely treated cohorts
2024-Nov-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.12.623270
PMID:39605411
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析发现单核细胞基因表达谱影响急性治疗队列中HIV-1病毒库大小 | 首次通过无偏倚高通量单细胞RNA测序揭示单核细胞基因表达与HIV-1病毒库大小的负相关关系 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证 | 研究宿主基因表达差异是否调节抑制性ART期间HIV-1病毒库大小 | 急性感染期开始ART治疗的HIV-1感染者外周血单核细胞 | 单细胞基因组学 | 艾滋病 | 单细胞RNA测序,完整前病毒DNA检测 | NA | 单细胞基因表达数据 | 14名主要队列参与者 + 38名独立验证队列参与者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 38 | 2025-10-06 |
Liquid Biopsy for Proliferative Diabetic Retinopathy: Single-Cell Transcriptomics of Human Vitreous Reveals Inflammatory T-Cell Signature
2024 Nov-Dec, Ophthalmology science
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.xops.2024.100539
PMID:39220810
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序分析增生性糖尿病视网膜病变患者玻璃体液,揭示炎症性T细胞特征 | 首次在疾病状态下对人类玻璃体进行单细胞转录组表征,发现PDR玻璃体主要由T细胞组成 | 样本量较小(5例患者6只眼睛),为病例系列研究 | 通过阐明PDR患者玻璃体的单细胞图谱,识别可靶向的细胞类型和相应信号通路 | 接受玻璃体切除术的PDR患者的玻璃体和外周血样本 | 数字病理 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 5例成人患者(6只眼睛)的玻璃体细胞和外周血单核细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | Chromium 10x | 基于液滴的单细胞RNA测序平台 |
| 39 | 2025-10-06 |
PIEZO1 overexpression in hereditary hemorrhagic telangiectasia arteriovenous malformations
2024-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.27.625696
PMID:39651206
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现PIEZO1过表达在遗传性出血性毛细血管扩张症动静脉畸形中的关键作用 | 首次揭示PIEZO1在HHT2疾病中的过表达现象,并证明其抑制可有效减轻动静脉畸形形成 | ALK1突变体中信号改变的全谱仍不完全清楚,患者AVM形成的防治方法尚待开发 | 探究ALK1突变导致动静脉畸形的分子机制并寻找潜在治疗靶点 | 内皮特异性Alk1敲除小鼠视网膜和人HHT病变组织 | 单细胞测序 | 遗传性出血性毛细血管扩张症 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据 | Alk1 KO小鼠和对照组小鼠视网膜内皮细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 40 | 2025-10-06 |
Integration of Imaging-based and Sequencing-based Spatial Omics Mapping on the Same Tissue Section via DBiTplus
2024-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.07.622523
PMID:39605581
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研究论文 | 提出DBiTplus整合多模态空间组学方法,在同一组织切片上结合测序型空间转录组和成像型空间蛋白质分析 | 开发了DBiTplus整合工作流程,首次实现同一组织切片上测序型空间转录组和成像型空间蛋白质的同时分析 | NA | 开发整合多模态空间组学技术,实现单细胞分辨率的空间转录组和蛋白质组联合分析 | 小鼠胚胎、正常人淋巴结、人类淋巴瘤FFPE组织 | 空间组学 | 淋巴瘤 | 空间转录组测序,空间蛋白质成像,微流控技术 | NA | 空间转录组数据,空间蛋白质图像数据 | 小鼠胚胎、正常人淋巴结、人类淋巴瘤FFPE组织样本 | NA | 单细胞空间转录组,空间蛋白质组学,多组学整合 | DBiTplus,CODEX | DBiTplus整合测序型空间转录组和CODEX高重蛋白质成像技术 |