单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-12-18	Decoding Chemotherapy Resistance of Undifferentiated Pleomorphic Sarcoma at the Single Cell Resolution: A Case Report 2024-Nov-26, Journal of clinical medicine IF:3.0Q1 DOI:10.3390/jcm13237176 PMID:39685635	病例报告	本研究描述了一例对化疗产生抗性的未分化多形性肉瘤（UPS）的单细胞转录组特征	首次描述了对两线化疗产生抗性的UPS的单细胞转录组，展示了肿瘤细胞和肿瘤微环境（TME）亚群中的基因表达，这些可能是个性化癌症治疗的潜在标志物	本研究仅基于单一病例，样本量较小，可能无法代表所有UPS病例	研究对化疗产生抗性的UPS的细胞组成和转录组特征	未分化多形性肉瘤（UPS）的肿瘤细胞和肿瘤微环境（TME）	数字病理学	软组织肉瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	1例58岁女性患者的UPS样本
22	2024-12-18	Flow Cytometry Analyses of Meningioma Immune Cell Composition Using a Short, Optimized Digestion Protocol 2024-Nov-25, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16233942 PMID:39682129	研究论文	本研究优化了一种快速消化脑膜瘤组织以生成单细胞悬液的协议，并通过流式细胞术分析了浸润的免疫细胞组成	提出了一个优化的短时间消化协议，能够快速生成可行的单细胞悬液，并揭示了脑膜瘤中浸润的抗原呈递细胞和淋巴细胞	研究仅基于两个患者样本，样本量较小，可能影响结果的普遍性	优化脑膜瘤组织的消化协议，并研究浸润的免疫细胞组成，以探索新的非手术治疗选择	脑膜瘤组织中的浸润免疫细胞	NA	脑膜瘤	流式细胞术	NA	细胞	两个患者样本
23	2024-12-18	OVsignGenes: A Gene Expression-Based Neural Network Model Estimated Molecular Subtype of High-Grade Serous Ovarian Carcinoma 2024-Nov-25, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16233951 PMID:39682139	研究论文	本文开发了一种基于基因表达数据的神经网络模型OVsignGenes，用于预测高级别浆液性卵巢癌的分子亚型	本文首次提出了一个基于深度神经网络的模型OVsignGenes，能够抵抗平台效应，并在测试数据集上表现出高准确性	本文仅基于已有的基因表达数据进行分析，未涉及其他类型的数据或实验验证	开发一种能够准确预测高级别浆液性卵巢癌分子亚型的模型，以支持个性化医疗和靶向治疗的发展	高级别浆液性卵巢癌的分子亚型	数字病理学	卵巢癌	RNA-seq	神经网络	基因表达数据	535个样本，包括60个单细胞样本
24	2024-12-18	scPAS: single-cell phenotype-associated subpopulation identifier 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae655 PMID:39681325	研究论文	本文介绍了一种名为scPAS的新型生物信息学工具，用于整合批量数据以识别单细胞数据中与表型相关的细胞亚群	scPAS通过网络正则化的稀疏回归模型量化单细胞数据中每个细胞与表型之间的关联，并通过排列检验估计这些关联的显著性，从而识别与表型相关的细胞亚群	NA	开发一种新的工具来识别单细胞数据中与疾病表型相关的细胞亚群	单细胞数据中的细胞亚群与疾病表型的关联	生物信息学	乳腺癌、卵巢癌、动脉粥样硬化	单细胞测序分析	稀疏回归模型	单细胞数据、空间转录组数据	模拟数据和来自乳腺癌、卵巢癌、动脉粥样硬化的各种单细胞数据集，以及来自多种癌症的空间转录组数据
25	2024-12-18	Integrated single-cell and bulk RNA sequencing analyses identify an immunotherapy nonresponse-related fibroblast signature in gastric cancer 2024-Nov-01, Anti-cancer drugs IF:1.8Q3 DOI:10.1097/CAD.0000000000001651 PMID:39110142	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别出与胃癌免疫治疗无反应相关的成纤维细胞特征	首次构建了与胃癌免疫治疗无反应相关的成纤维细胞基因特征，并验证了其在预测免疫治疗反应中的独立显著风险因素作用	研究依赖于公开数据库的数据，可能存在样本选择偏倚和数据异质性	揭示胃癌免疫治疗无反应的潜在因素，并构建预测免疫治疗反应的成纤维细胞相关基因特征	胃癌患者的成纤维细胞及其与免疫治疗反应的关系	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和RNA测序（RNA-seq）	NA	基因表达数据	使用了来自Gene Expression Omnibus数据库和The Cancer Genome Atlas的胃癌免疫治疗数据
26	2024-12-18	Targeting immune-fibroblast cell communication in heart failure 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08008-5 PMID:39443792	研究论文	本文研究了免疫细胞与成纤维细胞在心力衰竭中的通信机制，并探讨了靶向治疗的可能性	首次揭示了免疫细胞与成纤维细胞在人类心脏疾病中的分子通信机制，并展示了通过靶向炎症信号通路来减少心肌纤维化和改善心脏功能的潜力	研究主要基于体外和体内模型，尚未在临床试验中验证其治疗效果	探讨免疫细胞与成纤维细胞在心力衰竭中的通信机制，并寻找靶向治疗的新方法	健康捐赠者、急性心肌梗死和慢性心力衰竭患者的心脏组织	心血管疾病	心力衰竭	多组学单细胞基因表达、表位定位和染色质可及性分析	NA	基因表达数据	45个健康捐赠者、急性心肌梗死和慢性心力衰竭患者的心脏组织
27	2024-12-17	FastTENET: an accelerated TENET algorithm based on manycore computing in Python 2024-Nov-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae699 PMID:39570606	研究论文	本文提出了一种基于多核计算加速的TENET算法优化版本FastTENET	FastTENET通过数组计算优化了TENET算法，使其在多核处理器（如GPU）上实现加速，性能提升高达973倍	TENET算法在处理大规模数据时计算时间较长	优化TENET算法以加速基因调控网络的重建	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	数据	NA
28	2024-12-17	Inferring single-cell resolution spatial gene expression via fusing spot-based spatial transcriptomics, location, and histology using GCN 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae630 PMID:39656774	研究论文	提出了一种基于Vision Transformer和图卷积网络的多模态信息融合方法scstGCN，用于推断单细胞分辨率的空间基因表达	scstGCN通过融合组织学图像、基于spot的空间转录组数据和空间位置信息，实现了单细胞水平的空间基因表达超分辨率推断	NA	提高空间转录组技术的分辨率，以更准确地推断基因表达水平	不同组织类型的空间转录组数据，包括疾病和健康样本	数字病理学	NA	空间转录组技术	图卷积网络（GCN）	图像和文本	多种组织的ST数据集
29	2024-12-17	Cell-specific priors rescue differential gene expression in spatial spot-based technologies 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae621 PMID:39679437	研究论文	本文探讨了空间转录组学技术中差异基因表达分析的算法性能，并提出了一种基于细胞类型特异性先验知识的基因选择方案	提出了基于细胞类型特异性先验知识的基因选择方案，显著提高了差异基因的恢复率和可靠性	本文主要基于模拟数据进行研究，实际应用中的效果需要进一步验证	评估现有算法在空间转录组数据中识别差异基因的性能，并提出改进方案	空间转录组数据中的差异基因表达	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	模拟数据
30	2024-10-09	Correction to: Single-cell RNA sequencing reveals the important role of Dcaf17 in spermatogenesis of golden hamsters 2024-Nov-11, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioae144 PMID:39376075	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
31	2024-12-16	Impact of Mitophagy-Related Genes on the Diagnosis and Development of Esophageal Squamous Cell Carcinoma via Single-Cell RNA-seq Analysis and Machine Learning Algorithms 2024-Nov-28, Journal of microbiology and biotechnology IF:2.5Q3 DOI:10.4014/jmb.2407.07052 PMID:39344350	研究论文	研究探讨了自噬相关基因在食管鳞状细胞癌诊断和预后中的作用，通过单细胞RNA测序和机器学习算法构建预测模型	首次通过单细胞RNA测序和机器学习算法构建了基于自噬相关基因的食管鳞状细胞癌预测模型，并验证了PYCARD基因在其中的关键作用	研究主要基于基因数据和机器学习模型，未涉及临床试验验证	探讨自噬相关基因在食管鳞状细胞癌诊断和预后中的作用，提供新的治疗策略	食管鳞状细胞癌及其自噬相关基因	机器学习	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	机器学习算法	基因数据	169个自噬相关基因
32	2024-12-16	Unraveling the Heterogeneity of Tumor Immune Microenvironment in Hepatocellular Carcinoma by SingleCell RNA Sequencing and its Implications for Prognosis and Therapeutic Response 2024-Nov-28, The Turkish journal of gastroenterology : the official journal of Turkish Society of Gastroenterology DOI:10.5152/tjg.2024.24118 PMID:39641225	综述	本文综述了通过单细胞RNA测序技术揭示肝细胞癌肿瘤免疫微环境异质性及其对预后和治疗反应的影响	利用单细胞RNA测序技术深入研究肝细胞癌肿瘤免疫微环境的异质性，并探讨其在预后和治疗反应中的作用	对肿瘤免疫微环境异质性在肝细胞癌发展、预后和治疗反应中的具体作用理解有限	揭示肝细胞癌肿瘤免疫微环境的异质性，并评估其对预后和治疗反应的影响	肝细胞癌的肿瘤免疫微环境异质性	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
33	2024-12-16	Single-cell analysis defines LGALS1+ fibroblasts that promote proliferation and migration of intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-Nov-25, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjae023 PMID:38862197	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了14名未经治疗的肝内胆管癌患者的肿瘤和邻近正常组织，揭示了肿瘤内异质性，并发现LGALS1+成纤维细胞在促进肝内胆管癌恶性表型中的作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了LGALS1+成纤维细胞在肝内胆管癌中的特异性作用，并提出了通过阻断LGALS1作为潜在治疗策略的可能性	研究仅在体外和体内模型中验证了LGALS1的沉默效应，尚未进行临床试验验证其治疗效果	探讨肝内胆管癌肿瘤内异质性及其潜在治疗策略	肝内胆管癌患者的肿瘤和邻近正常组织中的单细胞	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	14名未经治疗的肝内胆管癌患者
34	2024-12-14	Single-cell transcriptomics: a new frontier in plant biotechnology research 2024-Nov-25, Plant cell reports IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s00299-024-03383-9 PMID:39585480	综述	本文综述了单细胞转录组技术在植物生物技术研究中的最新进展及其对植物发育理解的深远影响	单细胞转录组技术提供了前所未有的细胞分辨率，揭示了复杂的细胞过程和发育途径	单细胞转录组技术在植物研究中面临样本准备、细胞分离、数据复杂性和计算分析等挑战	探讨单细胞转录组技术在植物生物技术中的应用及其未来发展前景	植物细胞的基因表达、发育过程和环境响应	植物生物技术	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
35	2024-12-14	Monoclonal antibodies that block Roundabout 1 and 2 signaling target pathological ocular neovascularization through myeloid cells 2024-Nov-20, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adn8388 PMID:39565875	研究论文	本文开发了针对ROBO1和ROBO2外膜结构域的人源单克隆抗体，通过抑制SLIT-ROBO信号通路，减少病理性眼新生血管的形成	首次开发了能够抑制ROBO1和ROBO2信号通路的人源单克隆抗体，并验证了其在体内外对病理性眼新生血管的抑制作用	需要进一步验证该抗体在其他眼科疾病模型中的效果及临床应用潜力	开发新的药物工具以抑制SLIT-ROBO信号通路，从而治疗病理性眼新生血管相关疾病	ROBO1和ROBO2受体及其在病理性眼新生血管中的作用	NA	眼科疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	氧诱导视网膜病变（OIR）和激光诱导角膜新生血管（CNV）小鼠模型
36	2024-12-14	Expression of Anoikis-Related Genes and Potential Biomarkers in Colon Cancer Based on RNA-seq and scRNA-seq 2024-Nov, Applied biochemistry and biotechnology IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s12010-024-04957-9 PMID:38727936	研究论文	本研究整合了结肠癌样本的转录组和单细胞RNA测序数据，评估了患者分层、预后以及不同细胞类型中与失巢凋亡相关基因的表达，并构建了结肠癌风险模型	首次通过整合转录组和单细胞RNA测序数据，评估了结肠癌患者分层、预后以及不同细胞类型中与失巢凋亡相关基因的表达，并构建了结肠癌风险模型	研究仅基于现有数据集，未进行体外或体内实验验证	通过整合转录组和单细胞RNA测序数据，评估结肠癌患者分层、预后以及不同细胞类型中与失巢凋亡相关基因的表达，并构建结肠癌风险模型	结肠癌样本的转录组和单细胞RNA测序数据	数字病理学	结肠癌	RNA测序，单细胞RNA测序	NA	转录组数据，单细胞转录组数据	结肠癌样本
37	2024-12-13	Mutual information for detecting multi-class biomarkers when integrating multiple bulk or single-cell transcriptomic studies 2024-Nov-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae696 PMID:39563471	研究论文	本文提出了一种基于互信息的统计框架MICA，用于在整合多个bulk或单细胞转录组学研究时检测多类生物标志物	本文的创新点在于提出了一种新的统计框架MICA，通过互信息从信息论的角度检测具有一致多类表达模式的生物标志物，适用于多类设计的研究	本文的局限性在于主要集中在转录组学数据上，未涵盖其他类型的组学数据	本文的研究目的是开发一种新的方法，用于在整合多个转录组学研究时检测多类生物标志物	本文的研究对象是多类设计的转录组学研究中的生物标志物	生物信息学	乳腺癌	RNA-seq	NA	转录组数据	包括小鼠代谢相关转录组研究的四个组织和三种雌激素治疗表达谱的数据
38	2024-12-13	OneSC: a computational platform for recapitulating cell state transitions 2024-Nov-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae703 PMID:39570626	研究论文	本文介绍了一个名为OneSC的计算平台，用于模拟细胞状态转换	OneSC通过使用由核心转录因子（TFs）调控的随机微分方程系统来模拟细胞状态转换，并优先生成能够忠实再现细胞状态转换和终端细胞状态的布尔网络	NA	开发一个能够模拟细胞状态转换的计算平台，以便在计算机上更快速和经济地进行扰动实验	细胞状态转换和细胞命运决定	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	布尔网络	基因表达数据	使用了一个小鼠髓系祖细胞的单细胞RNA测序数据集
39	2024-12-13	Graft-derived extracellular vesicles transport miRNAs to modulate macrophage polarization after heart transplantation 2024-Nov-23, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons IF:8.9Q1 DOI:10.1016/j.ajt.2024.11.021 PMID:39586401	研究论文	本研究探讨了心脏移植后异种移植模型中免疫细胞相互作用及其通信途径，特别是通过外泌体介导的单核/巨噬细胞亚型之间的动态相互作用	发现了由CD63移植巨噬细胞来源的外泌体携带的miR-363和miR-709可以通过Fcho2/Notch1信号通路诱导受体脾脏中的M1极化	NA	揭示心脏移植后急性排斥反应期间的免疫反应机制，并探索通过靶向外泌体来减轻移植排斥的新策略	心脏移植后的免疫细胞相互作用及其通信途径，特别是单核/巨噬细胞亚型之间的动态相互作用	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用小鼠异种移植模型，分析了心脏移植和脾脏中的CD45免疫细胞
40	2024-12-13	Analysis of human neutrophils from nasal polyps by single-cell RNA sequencing reveals roles of neutrophils in chronic rhinosinusitis 2024-Nov-09, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.10.032 PMID:39522652	研究论文	通过单细胞RNA测序分析鼻息肉中的中性粒细胞，揭示中性粒细胞在慢性鼻窦炎伴鼻息肉中的作用和异质性	开发了一种基于微孔的单细胞RNA测序方法，用于分析鼻息肉组织中的中性粒细胞，并发现了中性粒细胞在鼻息肉组织中的异质性和潜在的致病作用	研究样本量较小，仅包括5个对照鼻窦组织和5个鼻息肉组织，可能影响结果的普适性	揭示中性粒细胞在慢性鼻窦炎伴鼻息肉中的作用和异质性	鼻息肉组织中的中性粒细胞	数字病理学	鼻窦炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	5个对照鼻窦组织，5个鼻息肉组织，以及患者匹配的外周血样本