单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2024-11-23	Integrated analysis of single-cell RNA sequencing and bulk transcriptome data identifies a pyroptosis-associated diagnostic model for Parkinson's disease 2024-11-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-80185-9 PMID:39558055	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，识别出与帕金森病相关的细胞焦亡相关诊断模型	首次通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，构建了基于细胞焦亡相关基因的帕金森病诊断模型	研究主要基于数据分析，缺乏临床验证	开发一种新的帕金森病诊断模型，特别是在疾病的早期阶段	帕金森病患者和健康个体的单细胞RNA测序数据	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	LASSO逻辑回归、支持向量机递归特征消除和随机森林	基因表达数据	帕金森病患者和健康个体的单细胞RNA测序数据
362	2024-11-23	Airway ciliary microenvironment responses in mice with primary ciliary dyskinesia and central pair apparatus defects 2024-11-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-79877-z PMID:39558053	研究论文	研究了小鼠上呼吸道纤毛微环境中上皮细胞对纤毛运动缺陷和黏液纤毛清除功能障碍的响应	首次使用单细胞RNA测序技术研究了上呼吸道上皮细胞对中央对装置基因突变引起的纤毛运动缺陷的响应	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类患者	探讨纤毛运动缺陷对上呼吸道上皮细胞微环境的影响	小鼠上呼吸道上皮细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及Cfap221/Pcdp1、Cfap54和Spef2基因突变的小鼠上呼吸道上皮细胞
363	2024-11-23	Lung Single-Cell Transcriptomics Offers Insights into the Pulmonary Interstitial Toxicity Caused by Silica Nanoparticles 2024-Nov-15, Environment & health (Washington, D.C.) DOI:10.1021/envhealth.4c00052 PMID:39568699	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了二氧化硅纳米颗粒引起的肺间质毒性的细胞特异性反应和细胞间相互作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了二氧化硅纳米颗粒引起的肺间质损伤的细胞特异性反应和分子机制	研究仅限于Wistar大鼠模型，结果的普适性有待进一步验证	阐明二氧化硅纳米颗粒暴露引起的肺损伤中不同细胞群体的相互作用和关键因素	Wistar大鼠的肺部细胞	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	10457个肺部细胞
364	2024-11-23	Molecular diversity and migration of GABAergic neurons in the developing ventral midbrain 2024-Nov-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111239 PMID:39569362	研究论文	研究了发育中的腹侧中脑中GABA能神经元的分子多样性和迁移机制	通过单细胞RNA测序和荧光激活细胞分选技术，首次全面揭示了腹侧中脑中GABA能神经元的亚型及其空间分布和发育机制	研究仅限于小鼠模型，可能不适用于其他物种	探讨腹侧中脑中GABA能神经元的多样性和发育机制	发育中的小鼠腹侧中脑中的GABA能神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)，荧光激活细胞分选 (FACS)	NA	转录组数据	多个GABA能神经元亚型
365	2024-11-23	Single-Cell and Spatial Multi-omics Reveal Interferon Signaling in the Pathogenesis of Perianal Fistulizing Crohn's Disease 2024-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.08.620717 PMID:39574705	研究论文	研究使用单细胞和空间多组学技术揭示了肛周瘘管性克罗恩病发病机制中的干扰素信号	首次通过单细胞RNA测序、质谱流式细胞术和空间转录组学等多组学方法，全面分析了肛周瘘管性克罗恩病中的免疫和非免疫细胞群，并揭示了干扰素信号在疾病发病机制中的关键作用	研究样本量较小，且未涉及长期随访数据	探讨肛周瘘管性克罗恩病的发病机制，并寻找潜在的治疗靶点	肛周瘘管性克罗恩病患者、无肛周疾病的克罗恩病患者和特发性肛周瘘管患者的黏膜细胞	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术、空间转录组学	NA	基因表达数据	共63名患者，包括24名肛周瘘管性克罗恩病患者、10名无肛周疾病的克罗恩病患者和29名特发性肛周瘘管患者
366	2024-11-23	Spatial Transcriptomics Reveals the Temporal Architecture of the Seminiferous Epithelial Cycle and Precise Sertoli-Germ Synchronization 2024-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.28.620681 PMID:39554074	研究论文	本文利用空间转录组学技术研究了小鼠睾丸中精原上皮周期的时间结构和Sertoli细胞与生殖细胞的精确同步	首次通过空间转录组学技术揭示了精原上皮周期中的转录变化模式，并发现Sertoli细胞与生殖细胞发育的周期性转录特征紧密同步	研究仅限于小鼠模型，未涉及其他物种	揭示精原上皮周期中的转录变化及其与生殖细胞和体细胞的关联	小鼠睾丸中的生殖细胞和体细胞	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	216,090个细胞，2,638个基因
367	2024-11-23	Tryptophan 2,3-dioxygenase-positive matrix fibroblasts fuel breast cancer lung metastasis via kynurenine-mediated ferroptosis resistance of metastatic cells and T cell dysfunction 2024-Nov, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.12608 PMID:39221971	研究论文	研究揭示了色氨酸2,3-双加氧酶阳性基质成纤维细胞通过犬尿氨酸介导的铁死亡抵抗和T细胞功能障碍促进乳腺癌肺转移的作用	首次揭示了色氨酸2,3-双加氧酶阳性基质成纤维细胞在乳腺癌肺转移中的关键作用，并提出了针对肺特异性基质细胞代谢的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人体中验证其结果	解析成纤维细胞异质性及其在乳腺癌肺转移形成中的不同作用	乳腺癌肺转移中的成纤维细胞和T细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用小鼠模型进行实验，具体样本数量未在摘要中提及
368	2024-11-23	Blockade of CCR5+ T Cell Accumulation in the Tumor Microenvironment Optimizes Anti-TGF-β/PD-L1 Bispecific Antibody 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202408598 PMID:39303165	研究论文	研究通过scRNA-seq分析肿瘤微环境变化，发现YM101治疗后存在免疫抑制性CCR5 T细胞，并提出使用Maraviroc抑制CCR5 T细胞积累以优化YM101疗效	首次揭示了YM101治疗后肿瘤微环境中CCR5 T细胞的免疫抑制作用，并提出联合使用Maraviroc以增强YM101的抗肿瘤效果	研究主要在肿瘤小鼠模型中进行，尚未在临床试验中验证	探索肿瘤微环境中的免疫抑制因素，优化YM101抗肿瘤效果	肿瘤微环境中的免疫细胞和免疫抑制机制	NA	NA	scRNA-seq	NA	RNA	多只肿瘤小鼠
369	2024-11-23	Spatiotemporal Analysis of Mesenchymal Stem Cells Fate Determination by Inflammatory Niche Following Soft Tissue Injury at a Single-Cell Level 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202310282 PMID:39308190	研究论文	研究探讨了软组织损伤后炎症微环境中间充质干细胞命运的决定机制	通过单细胞RNA测序、空间转录组和谱系追踪分析，揭示了炎症微环境中间充质干细胞向软骨和骨细胞分化的动态过程及其调控机制	NA	探讨创伤诱导的炎症暴露对间充质干细胞命运决定的影响	间充质干细胞及其在炎症微环境中的分化	数字病理学	软组织损伤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
370	2024-11-23	Spatial Isoforms Reveal the Mechanisms of Metastasis 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202402242 PMID:39312471	研究论文	研究食管鳞状细胞癌中淋巴结转移的机制，特别是CD8 T细胞在化疗耐药和转移中的作用	利用空间转录组学和单细胞RNA测序技术，分析了空间异构体在人类实体瘤和淋巴结中的表达和分布模式，并提出了异构体生成动力学对异构体时间异质性的影响	尚未完全阐明CD8 T细胞在化疗耐药和转移患者中的调控机制	揭示食管鳞状细胞癌中淋巴结转移的机制，特别是CD8 T细胞在化疗耐药和转移中的作用	食管鳞状细胞癌中的CD8 T细胞和肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	食管癌	空间转录组学、单细胞RNA测序、T细胞受体测序	NA	转录组数据	涉及人类实体瘤和淋巴结样本
371	2024-11-22	Exploring the Unknown: How Can We Improve Single-cell RNAseq Cell Type Annotations in Non-model Organisms? 2024-Nov-21, Integrative and comparative biology IF:2.2Q1 DOI:10.1093/icb/icae112 PMID:39013613	研究论文	本文探讨了如何改进非模式生物中单细胞RNA测序（scRNAseq）细胞类型注释的方法	提出了利用细胞谱系进化背景进行注释、使用机器学习进行无参考注释以及利用未注释基因作为潜在细胞标记的新方法	未具体讨论这些方法在实际应用中的效果和局限性	改进非模式生物中单细胞RNA测序的细胞类型注释，以发现新的细胞类型并提高注释的准确性	非模式生物中的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	机器学习	基因表达数据	未具体说明样本数量
372	2024-11-22	A cell atlas foundation model for scalable search of similar human cells 2024-Nov-20, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08411-y PMID:39566551	研究论文	开发了一种名为SCimilarity的度量学习框架，用于学习统一的、可解释的细胞表示，以便快速查询数千万个细胞档案	提出了SCimilarity框架，能够跨研究快速查询转录相似的细胞状态	NA	开发一种能够跨人体快速查询相似细胞状态的工具	人类细胞的单细胞RNA测序数据	数字病理学	间质性肺病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	度量学习框架	单细胞RNA测序数据	2340万细胞，来自412项研究
373	2024-11-22	Integrated single-cell analysis reveals heterogeneity and therapeutic insights in osteosarcoma 2024-Nov-18, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01523-x PMID:39556142	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术揭示了骨肉瘤的细胞异质性和转录动力学，并提供了个性化治疗策略的基础	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了骨肉瘤中11种不同的肿瘤细胞亚群及其与疾病进展和转移相关的独特转录特征	NA	深入了解骨肉瘤的分子机制，以改进治疗策略	骨肉瘤肿瘤细胞的异质性和转录动力学	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
374	2024-11-22	Multi-omics analysis reveals the role of the autophagy-related gene AGT in chemotherapy resistance in colorectal cancer and the therapeutic potential of its inhibitors 2024-Nov-18, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01545-5 PMID:39557714	研究论文	通过多组学分析探讨自噬相关基因AGT在结直肠癌化疗耐药中的作用及其抑制剂的治疗潜力	首次通过多组学分析揭示了自噬相关基因AGT在结直肠癌化疗耐药中的作用，并评估了其抑制剂的治疗潜力	研究主要基于数据库分析和模拟实验，缺乏体内实验验证	探讨自噬相关基因AGT在结直肠癌化疗耐药中的作用及其抑制剂的治疗潜力	自噬相关基因AGT在结直肠癌中的表达模式、功能及其与化疗耐药的关系	数字病理学	结直肠癌	多组学分析、空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、药物敏感性数据、免疫浸润数据	CRC组织和正常组织的基因表达数据来自GTEx和TCGA数据库，单细胞RNA测序数据来自TISCH数据库
375	2024-11-22	Single-cell RNA-seq analysis of cancer-endothelial cell interactions in primary tumor and peritoneal metastasis from a single patient with colorectal cancer 2024-Nov-18, BJC reports DOI:10.1038/s44276-024-00112-3 PMID:39558013	研究论文	研究分析了单个结直肠癌患者原发肿瘤和腹膜转移灶中单细胞RNA测序数据，揭示了肿瘤内异质性和癌细胞与肿瘤微环境细胞之间的相互作用	首次在单个结直肠癌患者中分析了原发肿瘤和腹膜转移灶中的单细胞转录组，揭示了肿瘤内异质性和癌细胞与内皮细胞的相互作用变化	研究受限于N-of-1设计，需要进一步验证	探索结直肠癌腹膜转移灶中的肿瘤内异质性和癌细胞与肿瘤微环境细胞的相互作用	单个结直肠癌患者的原发肿瘤和腹膜转移灶	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	单个结直肠癌患者的原发肿瘤和腹膜转移灶样本
376	2024-11-22	Exploring human pancreatic organoid modelling through single-cell RNA sequencing analysis 2024-Nov-18, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07193-3 PMID:39558019	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析探索了人类胰腺类器官的建模	首次详细描述了人类胰腺类器官的细胞组成和发育轨迹，并揭示了其复杂的异质性	NA	深入描述人类胰腺类器官的结构和功能，为未来的体外诊断和转化研究提供基础	人类胰腺类器官的细胞组成和发育机制	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
377	2024-11-22	Tumor microenvironment remodeling after neoadjuvant chemoradiotherapy in local advanced rectal cancer revealed by single-cell RNA sequencing 2024-Nov-18, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05747-x PMID:39558398	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了新辅助放化疗后局部晚期直肠癌肿瘤微环境的细胞和分子变化	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析了新辅助放化疗后肿瘤微环境的复杂变化，揭示了不同细胞亚群的相互作用及其对治疗的反应	样本量相对较小，仅包括六个样本，可能影响结果的普适性	深入理解新辅助放化疗对局部晚期直肠癌肿瘤微环境的影响，为提高治疗效果提供理论基础	局部晚期直肠癌患者的肿瘤微环境	数字病理学	直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	32,417个细胞，来自六个样本
378	2024-11-22	DeSide: A unified deep learning approach for cellular deconvolution of tumor microenvironment 2024-Nov-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2407096121 PMID:39514318	研究论文	提出了一种名为DeSide的统一深度学习方法，用于肿瘤微环境的细胞去卷积分析	DeSide通过整合生物学通路和优先评估非癌细胞类型，有效规避了癌细胞基因表达谱高度变异的问题，并引入了独特的采样和过滤技术生成高质量训练集	NA	开发一种高效且成本效益高的方法，用于分析肿瘤微环境的复杂细胞组成	肿瘤微环境中的细胞组成	数字病理学	NA	RNA测序	深度学习	基因表达谱	利用了来自六种癌症类型和185个癌症细胞系的单细胞RNA测序数据，以及来自TCGA的22种癌症类型的批量RNA测序数据
379	2024-11-22	Preclinical lentiviral hematopoietic stem cell gene therapy corrects Pompe disease-related muscle and neurological manifestations 2024-Nov-06, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.09.024 PMID:39295144	研究论文	本文研究了通过慢病毒载体介导的造血干细胞基因疗法治疗庞贝病，并展示了其在小鼠模型中的潜力	提出了通过慢病毒载体介导的造血干细胞基因疗法作为下一代治疗庞贝病的方法	本文仅在预临床小鼠模型中进行了研究，尚未在人体中验证	旨在克服酶替代疗法的局限性，探索新的庞贝病治疗方法	庞贝病及其相关的肌肉和神经系统表现	基因治疗	庞贝病	慢病毒载体介导的基因疗法	NA	RNA测序数据	小鼠模型
380	2024-11-22	Single-cell RNA sequencing reveals anti-tumor potency of CD56+ NK cells and CD8+ T cells in humanized mice via PD-1 and TIGIT co-targeting 2024-Nov-06, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.09.025 PMID:39318093	研究论文	本文介绍了一种改进的人源化小鼠模型，通过单细胞RNA测序揭示了CD56+ NK细胞和CD8+ T细胞在PD-1和TIGIT联合靶向下对肝细胞癌的抗肿瘤潜力	引入了改进的人源化小鼠模型，恢复了NK细胞的重建和浸润，并通过单细胞RNA测序识别潜在的抗肝细胞癌治疗方法	组合疗法后肿瘤转录组的显著变化可能导致进一步的耐药性，需要进一步研究	研究NK细胞和T细胞在肝细胞癌中的抗肿瘤作用，并评估PD-1和TIGIT联合靶向疗法的效果	CD56+ NK细胞、CD8+ T细胞、肝细胞癌	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	人源化小鼠模型中的肝细胞癌患者来源的异种移植模型