单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2024-11-21	Construction and Validation of a Novel T/NK-Cell Prognostic Signature for Pancreatic Cancer Based on Single-Cell RNA Sequencing 2024-Nov, Cancer investigation IF:1.8Q3 DOI:10.1080/07357907.2024.2424328 PMID:39523741	研究论文	本文基于单细胞RNA测序构建并验证了一种新的胰腺癌T/NK细胞预后标志物	首次基于单细胞RNA测序数据构建了胰腺癌T/NK细胞的预后模型，并在外部队列中验证了其稳定性	研究样本量较小，仅包括3名患者的配对原发和转移肿瘤组织	构建并验证一种新的胰腺癌T/NK细胞预后标志物	胰腺癌患者的原发和转移肿瘤组织中的T/NK细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	预后模型	基因表达数据	3名胰腺癌患者的配对原发和转移肿瘤组织
362	2024-11-21	Cell type-specific weighting-factors to solve solid organs-specific limitations of single cell RNA-sequencing 2024-Nov, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011436 PMID:39556600	研究论文	本文提出了一种计算方法，通过引入细胞类型特异性权重因子（cWF）来解决单细胞RNA测序（scRNA-seq）在分析复杂实体器官时的问题	本文的创新点在于提出了细胞类型特异性权重因子（cWF），并通过计算方法解决了scRNA-seq在分析实体器官时的局限性	本文的局限性在于仅针对10种实体器官的76种细胞类型进行了验证，可能不适用于所有器官和细胞类型	本文的研究目的是解决单细胞RNA测序在分析复杂实体器官时的局限性	本文的研究对象是10种实体器官中的76种细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	10种实体器官中的76种细胞类型
363	2024-11-20	All the single cells: Single-cell transcriptomics/epigenomics experimental design and analysis considerations for glial biologists 2024-Nov-19, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24633 PMID:39558887	review	本文为胶质生物学家提供单细胞转录组学和表观组学实验设计与分析的入门指南	本文针对胶质生物学领域，介绍了单细胞'组学实验的设计和分析方法，旨在帮助生物学家更好地理解和解读这些大型数据集	NA	提高胶质生物学家对单细胞RNA-seq数据集的分析和解读能力，确保单细胞'组学实验在胶质生物学领域严谨且可重复地推进	单细胞转录组学和表观组学数据集	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	NA
364	2024-11-20	Storm: Incorporating transient stochastic dynamics to infer the RNA velocity with metabolic labeling information 2024-Nov-18, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012606 PMID:39556617	研究论文	本文提出了一种名为Storm的新方法，通过解决基因表达动力学的随机微分方程，结合代谢标记信息来推断RNA速度	Storm方法克服了以往利用确定性动力学和稳态假设的不足，能够处理涉及瞬态过程的数据，并揭示时间依赖和细胞状态特异性的转录调控	NA	开发一种新的方法来推断RNA速度，并揭示基因表达动力学中的瞬态和随机特性	RNA速度、基因表达动力学、转录调控	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	随机微分方程	RNA测序数据	NA
365	2024-11-20	Deficiency of FABP7 Triggers Premature Neural Differentiation in Idiopathic Normocephalic Autism Organoids 2024-Nov-18, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202406849 PMID:39556706	研究论文	研究探讨了FABP7缺乏在自闭症谱系障碍（ASD）患者脑类器官中引发的神经干细胞过早分化现象	揭示了FABP7/MEK通路在ASD患者神经干细胞异常分化中的作用，并提出了潜在的治疗靶点	NA	探究FABP7缺乏在ASD患者脑类器官中引发的神经干细胞过早分化的分子机制	自闭症谱系障碍（ASD）患者的脑类器官	数字病理学	自闭症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个细胞系和时间序列样本
366	2024-11-20	Integrative transcriptome analysis reveals Serpine2 promotes glomerular mesangial cell proliferation and extracellular matrix accumulation via activating ERK1/2 signalling pathway in diabetic nephropathy 2024-Nov-18, Diabetes, obesity & metabolism DOI:10.1111/dom.16069 PMID:39557806	研究论文	本文通过综合转录组分析揭示了Serpine2通过激活ERK1/2信号通路促进肾小球系膜细胞增殖和细胞外基质积累，从而在糖尿病肾病中发挥重要作用	本文首次揭示了Serpine2在糖尿病肾病中的关键作用及其通过ERK1/2信号通路调控肾小球系膜细胞增殖和细胞外基质积累的机制	本文主要基于动物模型和细胞实验，尚未在人体样本中验证这些发现	探讨糖尿病肾病的发病机制	糖尿病肾病中的肾小球系膜细胞和细胞外基质	数字病理学	糖尿病肾病	转录组分析	NA	转录组数据	使用了db/db小鼠和系膜细胞进行实验
367	2024-11-20	PD-L1 promotes tumor metastasis by regulating the infiltration of FGFBP2(+)Tm cells in colorectal cancer 2024-Nov-18, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-024-03223-w PMID:39558101	研究论文	研究探讨了PD-L1在结直肠癌中通过调节FGFBP2(+)Tm细胞的浸润促进肿瘤转移的作用	首次揭示了PD-L1通过抑制CXCL9和CXCL10的分泌，减少记忆T细胞的浸润，从而促进结直肠癌的转移	研究主要基于小鼠模型和临床样本，缺乏更大规模的人类临床试验验证	探讨PD-L1在结直肠癌中的作用及其对肿瘤转移的影响	PD-L1、FGFBP2(+)记忆T细胞、结直肠癌及其转移	NA	结直肠癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	包括外周血、淋巴结、结肠息肉、原发肿瘤和肝转移样本
368	2024-11-20	Novel integrated multiomics analysis reveals a key role for integrin beta-like 1 in wound scarring 2024-Nov-18, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s44319-024-00322-3 PMID:39558136	研究论文	本文开发了一种新型的高分辨率空间多组学方法，结合空间转录组学和单细胞RNA测序，揭示了整合素β样1在伤口瘢痕形成中的关键作用	本文创新性地开发了一种高分辨率的空间多组学方法，结合空间转录组学和单细胞RNA测序，揭示了细胞间通信和信号传导在修复过程中的新特征	NA	研究伤口修复过程中分子和空间组织的单细胞水平关系，揭示炎症相关瘢痕形成的分子机制	伤口微环境中的纤维母细胞及其在炎症介导的遗传变化后的瘢痕形成作用	数字病理学	NA	空间转录组学，单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用了PU.1小鼠模型和人类及小鼠的初级纤维母细胞
369	2024-11-20	scCancerExplorer: a comprehensive database for interactively exploring single-cell multi-omics data of human pan-cancer 2024-Nov-18, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1100 PMID:39558175	研究论文	开发了一个名为scCancerExplorer的综合数据库，用于交互式探索人类泛癌的单细胞多组学数据	填补了缺乏专门用于交互式探索人类泛癌单细胞多组学数据的数据库的空白	NA	开发一个用户友好的数据库，促进对单细胞基因组、表观基因组和转录组数据的探索	人类泛癌的单细胞基因组、表观基因组和转录组数据	数字病理学	泛癌	单细胞多组学	NA	基因组、表观基因组和转录组数据	50种癌症类型
370	2024-11-20	Single-cell expression and immune infiltration analysis of polyamine metabolism in breast cancer 2024-Nov-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01524-w PMID:39549127	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和系统免疫学方法分析了乳腺癌中多胺代谢与免疫浸润的关系	首次结合单细胞RNA测序和系统免疫学方法，探讨了乳腺癌中多胺代谢与免疫微环境的相互作用	研究样本主要来自TCGA和GEO数据库，可能存在数据偏差	探讨乳腺癌中多胺代谢与免疫浸润的关系，为个性化治疗提供新思路	乳腺癌样本中的多胺代谢与免疫细胞浸润	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	机器学习模型	基因表达数据	46个乳腺癌增殖相关共表达模块
371	2024-11-20	Single-cell data revealed the regulatory mechanism of TNK cell heterogeneity in liver metastasis from gastric cancer 2024-Nov-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01528-6 PMID:39549183	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据分析了胃癌肝转移中TNK细胞异质性的调控机制	首次揭示了TNK细胞亚群在胃癌肝转移中的关键作用及其调控机制	NA	分类与胃癌肝转移相关的细胞亚群，并探讨其与其他免疫细胞亚群的相互作用机制	胃癌肝转移中的TNK细胞亚群及其调控机制	数字病理学	胃癌	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	GSE163558数据集中的胃癌患者及其转移组样本
372	2024-11-20	Temporal single-cell RNA sequencing dataset of gastroesophagus development from embryonic to post-natal stages 2024-Nov-16, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-04081-7 PMID:39550363	研究论文	本文介绍了从胚胎到出生后阶段的小鼠胃食管发育的单细胞RNA测序数据集的技术质量	提供了全面的单细胞RNA测序数据集，捕捉了食管、胃和胃食管鳞柱交界处（GE-SCJ）在胚胎、新生儿和成年阶段的转录动态	未提及	研究胃食管交界处的发育和稳态失调，以阐明癌症发病机制	小鼠的食管、胃和胃食管鳞柱交界处（GE-SCJ）	数字病理学	食管腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	多个胚胎、新生儿和成年阶段的小鼠样本
373	2024-11-20	Single cell and spatial transcriptomics highlight the interaction of club-like cells with immunosuppressive myeloid cells in prostate cancer 2024-Nov-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54364-1 PMID:39550375	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，研究了前列腺癌微环境中俱乐部样细胞与免疫抑制性髓系细胞的相互作用	首次揭示了俱乐部样细胞在前列腺癌微环境中的关键作用，及其与免疫抑制性髓系细胞的关联	研究样本仅限于120名患者，可能无法全面代表所有前列腺癌患者的情况	探讨前列腺癌治疗耐药性的机制及其与肿瘤微环境的关系	前列腺癌中的俱乐部样细胞和免疫抑制性髓系细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	转录组数据	120名前列腺癌患者
374	2024-11-20	GPRC5A promotes lung colonization of esophageal squamous cell carcinoma 2024-Nov-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54251-9 PMID:39550386	研究论文	研究揭示了GPRC5A在食管鳞状细胞癌早期肺转移中的作用及其分子机制	首次通过单细胞RNA测序揭示了食管鳞状细胞癌早期肺转移细胞的滋养层样'肿瘤植入'表型，并发现GPRC5A通过与WWP1相互作用促进LATS1的泛素化和降解，从而激活YAP1信号通路，促进肿瘤的植入和生长	研究样本量较小，仅涉及148例食管鳞状细胞癌患者，可能影响结果的普适性	探讨食管鳞状细胞癌早期肺转移的机制及潜在治疗靶点	食管鳞状细胞癌的早期肺转移细胞及其分子机制	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	148例食管鳞状细胞癌患者
375	2024-11-19	Chrysalis: decoding tissue compartments in spatial transcriptomics with archetypal analysis 2024-Nov-16, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07165-7 PMID:39550461	研究论文	本文介绍了一种名为Chrysalis的计算方法，用于在空间转录组学中通过空间变异基因检测和原型分析快速揭示组织区室，无需外部参考数据	Chrysalis方法无需外部参考数据，通过空间变异基因检测和原型分析快速揭示组织区室，并提供独特的可视化方法	NA	开发一种无需外部参考数据的空间转录组学组织区室解析方法	空间转录组学中的组织区室	生物信息学	NA	空间转录组学	原型分析	基因表达数据	NA
376	2024-11-20	The advance of single cell transcriptome to study kidney immune cells in diabetic kidney disease 2024-Nov-16, BMC nephrology IF:2.2Q2 DOI:10.1186/s12882-024-03853-y PMID:39550562	综述	本文综述了单细胞转录组技术在糖尿病肾病中研究肾脏免疫细胞的应用	单细胞测序技术相比传统方法在解析细胞异质性、并行多组学研究和发现新细胞类型方面具有优势	由于肾脏结构和功能的复杂性和异质性，研究每种细胞类型在肾脏病理生理学中的功能仍具有挑战性	探讨单细胞转录组学在糖尿病肾病领域的应用，并强调通过scRNA-seq分析揭示免疫细胞在糖尿病肾病中的重要作用	糖尿病肾病中的肾脏免疫细胞，包括巨噬细胞、T细胞、B细胞等	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及肾脏活检和尿液样本的多种免疫细胞
377	2024-11-20	New Window Into Hepatitis B in Africa: Liver Sampling Combined With Single-Cell Omics Enables Deep and Longitudinal Assessment of Intrahepatic Immunity in Zambia 2024-Nov-15, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1 DOI:10.1093/infdis/jiae054 PMID:38332750	研究论文	本文在赞比亚卢萨卡的研究队列中引入肝细针穿刺活检（FNAB），结合单细胞组学技术，对未经治疗的慢性乙型肝炎病毒（HBV）感染者进行深入和纵向的肝内免疫评估	本文首次在非洲地区使用肝细针穿刺活检结合单细胞RNA测序技术，对HBV感染者的肝内免疫进行深入和纵向评估	研究样本量较小，且仅限于赞比亚卢萨卡地区	旨在通过肝细针穿刺活检结合单细胞组学技术，深入了解HBV感染者的肝内免疫机制，并为治疗策略提供新见解	未经治疗的慢性HBV感染者，包括HIV合并感染者和急性HBV感染者	数字病理学	乙型肝炎	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA数据	117例初始样本和47例纵向样本（1年随访）
378	2024-11-20	Unveiling the role of Pleckstrin-2 in tumor progression and immune modulation: insights from a comprehensive pan-cancer analysis with focus on lung cancer 2024-11-15, Molecular biomedicine IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s43556-024-00225-8 PMID:39546161	研究论文	研究探讨了Pleckstrin-2（PLEK2）在肿瘤进展和免疫调节中的作用，特别是在肺癌中的表现	系统分析了PLEK2在多种癌症中的表达模式、预后相关性和功能影响，并发现PLEK2抑制剂Navitoclax的潜在应用	研究主要基于TCGA、GTEx和Human Protein Atlas的数据，可能存在数据来源的局限性	揭示PLEK2在肿瘤进展和免疫调节中的作用，寻找新的生物标志物和治疗靶点	PLEK2在多种癌症中的表达、预后影响及其在肿瘤微环境中的功能	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	mRNA和蛋白质	使用了来自TCGA、GTEx和Human Protein Atlas的数据，具体样本数量未明确提及
379	2024-11-20	Analysis of single-cell RNA sequencing in human oocytes with diminished ovarian reserve uncovers mitochondrial dysregulation and translation deficiency 2024-Nov-15, Reproductive biology and endocrinology : RB&E IF:4.2Q1 DOI:10.1186/s12958-024-01321-8 PMID:39548561	研究论文	本研究首次利用单细胞RNA测序技术分析了卵巢储备减少（DOR）患者卵母细胞的转录组变化，揭示了线粒体功能失调和翻译缺陷	首次采用单细胞RNA测序技术揭示DOR卵母细胞的转录组变化，并发现PLAG1-IGF2轴的失调可能与DOR卵母细胞质量下降有关	研究仅限于GV阶段的DOR卵母细胞，未涵盖其他发育阶段的卵母细胞	揭示卵巢储备减少患者卵母细胞的特定致病机制	卵巢储备减少患者的卵母细胞	基因组学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	DOR卵母细胞和对照卵母细胞
380	2024-11-20	Single-cell and spatial transcriptomics identify COL6A3 as a prognostic biomarker in undifferentiated pleomorphic sarcoma 2024-Nov-15, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02168-8 PMID:39548577	研究论文	研究通过单细胞和空间转录组学技术，鉴定出COL6A3作为未分化多形性肉瘤的预后生物标志物	首次通过单细胞和空间转录组学技术，在未分化多形性肉瘤中鉴定出COL6A3作为预后生物标志物，并验证了其在预测总体生存和无转移生存中的有效性	研究样本量较小，仅包括5个AFX和PDS活检样本以及1个PDS切除样本	鉴定未分化多形性肉瘤中的预后生物标志物	未分化多形性肉瘤（UPS）及相关肿瘤	数字病理学	软组织肉瘤	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	5个AFX和PDS活检样本，1个PDS切除样本，以及46个和38个独立的UPS肿瘤样本