单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2024-11-22	Multi-omics analysis reveals the role of the autophagy-related gene AGT in chemotherapy resistance in colorectal cancer and the therapeutic potential of its inhibitors 2024-Nov-18, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01545-5 PMID:39557714	研究论文	通过多组学分析探讨自噬相关基因AGT在结直肠癌化疗耐药中的作用及其抑制剂的治疗潜力	首次通过多组学分析揭示了自噬相关基因AGT在结直肠癌化疗耐药中的作用，并评估了其抑制剂的治疗潜力	研究主要基于数据库分析和模拟实验，缺乏体内实验验证	探讨自噬相关基因AGT在结直肠癌化疗耐药中的作用及其抑制剂的治疗潜力	自噬相关基因AGT在结直肠癌中的表达模式、功能及其与化疗耐药的关系	数字病理学	结直肠癌	多组学分析、空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、药物敏感性数据、免疫浸润数据	CRC组织和正常组织的基因表达数据来自GTEx和TCGA数据库，单细胞RNA测序数据来自TISCH数据库
362	2024-11-22	Single-cell RNA-seq analysis of cancer-endothelial cell interactions in primary tumor and peritoneal metastasis from a single patient with colorectal cancer 2024-Nov-18, BJC reports DOI:10.1038/s44276-024-00112-3 PMID:39558013	研究论文	研究分析了单个结直肠癌患者原发肿瘤和腹膜转移灶中单细胞RNA测序数据，揭示了肿瘤内异质性和癌细胞与肿瘤微环境细胞之间的相互作用	首次在单个结直肠癌患者中分析了原发肿瘤和腹膜转移灶中的单细胞转录组，揭示了肿瘤内异质性和癌细胞与内皮细胞的相互作用变化	研究受限于N-of-1设计，需要进一步验证	探索结直肠癌腹膜转移灶中的肿瘤内异质性和癌细胞与肿瘤微环境细胞的相互作用	单个结直肠癌患者的原发肿瘤和腹膜转移灶	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	单个结直肠癌患者的原发肿瘤和腹膜转移灶样本
363	2024-11-22	Exploring human pancreatic organoid modelling through single-cell RNA sequencing analysis 2024-Nov-18, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07193-3 PMID:39558019	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析探索了人类胰腺类器官的建模	首次详细描述了人类胰腺类器官的细胞组成和发育轨迹，并揭示了其复杂的异质性	NA	深入描述人类胰腺类器官的结构和功能，为未来的体外诊断和转化研究提供基础	人类胰腺类器官的细胞组成和发育机制	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
364	2024-11-22	Tumor microenvironment remodeling after neoadjuvant chemoradiotherapy in local advanced rectal cancer revealed by single-cell RNA sequencing 2024-Nov-18, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05747-x PMID:39558398	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了新辅助放化疗后局部晚期直肠癌肿瘤微环境的细胞和分子变化	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析了新辅助放化疗后肿瘤微环境的复杂变化，揭示了不同细胞亚群的相互作用及其对治疗的反应	样本量相对较小，仅包括六个样本，可能影响结果的普适性	深入理解新辅助放化疗对局部晚期直肠癌肿瘤微环境的影响，为提高治疗效果提供理论基础	局部晚期直肠癌患者的肿瘤微环境	数字病理学	直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	32,417个细胞，来自六个样本
365	2024-11-22	DeSide: A unified deep learning approach for cellular deconvolution of tumor microenvironment 2024-Nov-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2407096121 PMID:39514318	研究论文	提出了一种名为DeSide的统一深度学习方法，用于肿瘤微环境的细胞去卷积分析	DeSide通过整合生物学通路和优先评估非癌细胞类型，有效规避了癌细胞基因表达谱高度变异的问题，并引入了独特的采样和过滤技术生成高质量训练集	NA	开发一种高效且成本效益高的方法，用于分析肿瘤微环境的复杂细胞组成	肿瘤微环境中的细胞组成	数字病理学	NA	RNA测序	深度学习	基因表达谱	利用了来自六种癌症类型和185个癌症细胞系的单细胞RNA测序数据，以及来自TCGA的22种癌症类型的批量RNA测序数据
366	2024-11-22	Preclinical lentiviral hematopoietic stem cell gene therapy corrects Pompe disease-related muscle and neurological manifestations 2024-Nov-06, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.09.024 PMID:39295144	研究论文	本文研究了通过慢病毒载体介导的造血干细胞基因疗法治疗庞贝病，并展示了其在小鼠模型中的潜力	提出了通过慢病毒载体介导的造血干细胞基因疗法作为下一代治疗庞贝病的方法	本文仅在预临床小鼠模型中进行了研究，尚未在人体中验证	旨在克服酶替代疗法的局限性，探索新的庞贝病治疗方法	庞贝病及其相关的肌肉和神经系统表现	基因治疗	庞贝病	慢病毒载体介导的基因疗法	NA	RNA测序数据	小鼠模型
367	2024-11-22	Single-cell RNA sequencing reveals anti-tumor potency of CD56+ NK cells and CD8+ T cells in humanized mice via PD-1 and TIGIT co-targeting 2024-Nov-06, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.09.025 PMID:39318093	研究论文	本文介绍了一种改进的人源化小鼠模型，通过单细胞RNA测序揭示了CD56+ NK细胞和CD8+ T细胞在PD-1和TIGIT联合靶向下对肝细胞癌的抗肿瘤潜力	引入了改进的人源化小鼠模型，恢复了NK细胞的重建和浸润，并通过单细胞RNA测序识别潜在的抗肝细胞癌治疗方法	组合疗法后肿瘤转录组的显著变化可能导致进一步的耐药性，需要进一步研究	研究NK细胞和T细胞在肝细胞癌中的抗肿瘤作用，并评估PD-1和TIGIT联合靶向疗法的效果	CD56+ NK细胞、CD8+ T细胞、肝细胞癌	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	人源化小鼠模型中的肝细胞癌患者来源的异种移植模型
368	2024-11-22	Biallelic Loss-of-Function Variants in UBAP1L and Nonsyndromic Retinal Dystrophies 2024-Nov-01, JAMA ophthalmology IF:7.8Q1 DOI:10.1001/jamaophthalmol.2024.3836 PMID:39325468	研究论文	本文对6名携带UBAP1L基因双等位基因致病变异的非综合征性视网膜营养不良患者进行了临床和分子特征分析	发现了UBAP1L基因在非综合征性视网膜营养不良中的致病作用，并提供了功能性证据	样本量较小，仅包括6名患者	提供非综合征性视网膜营养不良患者的临床和分子特征，揭示UBAP1L基因的致病作用	6名携带UBAP1L基因双等位基因致病变异的非综合征性视网膜营养不良患者	遗传学	视网膜营养不良	下一代测序（NGS）、外显子组测序、基因组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、临床数据	6名患者
369	2024-11-21	sc2GWAS: a comprehensive platform linking single cell and GWAS traits of human 2024-Nov-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1008 PMID:39565208	研究论文	开发了一个名为sc2GWAS的平台，用于整合单细胞RNA测序和全基因组关联研究数据，以识别与疾病风险变异相关的细胞群	首次开发了一个综合平台，将单细胞RNA测序数据与全基因组关联研究数据相结合，提供大规模的特征-细胞调控对及其注释和富集分析	NA	揭示驱动疾病发展和进展的细胞特异性机制	与疾病风险变异相关的细胞群	基因组学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），全基因组关联研究（GWAS）	NA	基因组数据	超过630万个单细胞，共15,078,310个候选特征-细胞对
370	2024-11-21	WEST is an ensemble method for spatial transcriptomics analysis 2024-Nov-18, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100886 PMID:39515332	研究论文	本文提出了一种名为WEST的集成方法，用于空间转录组数据分析	WEST方法利用集成技术提高了空间转录组数据分析的性能和鲁棒性	NA	提高空间转录组数据分析的准确性和灵活性	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	集成方法	基因表达数据	合成数据集和真实世界数据集
371	2024-11-21	Integrated single-cell analysis reveals distinct epigenetic-regulated cancer cell states and a heterogeneity-guided core signature in tamoxifen-resistant breast cancer 2024-Nov-18, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01407-3 PMID:39558215	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序，揭示了在乳腺癌内分泌抵抗中不同表观遗传调控的癌细胞状态和异质性引导的核心特征	首次展示了整合单细胞分析在乳腺癌内分泌抵抗中的转录组和染色质可及性的特征	NA	探索乳腺癌内分泌抵抗中的肿瘤异质性	乳腺癌组织中的细胞状态和核心特征	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和单细胞ATAC测序 (scATAC-seq)	NA	单细胞数据	超过80,000个乳腺组织细胞
372	2024-11-21	Uncovering disease-related multicellular pathway modules on large-scale single-cell transcriptomes with scPAFA 2024-Nov-16, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07238-7 PMID:39550507	研究论文	本文介绍了一种名为scPAFA的Python库，用于在大规模单细胞转录组数据中快速计算细胞水平通路活性评分（PAS），并揭示与疾病相关的多细胞通路模块	scPAFA能够在大规模单细胞数据中实现PAS计算的40倍加速，并识别出可靠且可解释的多细胞通路模块，捕捉疾病异质性和转录异常	NA	开发一种高效的工具，用于在大规模单细胞转录组数据中识别与疾病相关的多细胞通路模块	大肠癌和狼疮患者的单细胞转录组数据	生物信息学	大肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	超过120万个细胞
373	2024-11-21	MVCLST: A spatial transcriptome data analysis pipeline for cell type classification based on multi-view comparative learning 2024-Nov-13, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2024.11.001 PMID:39542071	研究论文	提出了一种基于多视角对比学习的空间转录组数据分析管道MVCLST，用于细胞类型分类	MVCLST通过构建基于基因表达谱、细胞坐标和图像特征的两个视角，显著增强了特征提取的有效性，并避免了图像或基因表达数据中错误信息的影响	NA	开发一种有效的计算方法，用于整合空间转录组数据中的基因表达数据、空间位置信息和组织图像，以进行细胞分类	空间转录组数据中的细胞类型分类	生物信息学	NA	空间转录组测序	多视角对比学习	基因表达数据、图像	人类背外侧前额叶皮质数据和老鼠脑组织数据
374	2024-11-21	Enhanced purification of uterine smooth muscle cells from adenomyosis using a novel dual-enzyme digestion method 2024-Nov-07, New biotechnology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.nbt.2024.11.001 PMID:39521046	研究论文	研究了一种新的双酶消化方法，用于从子宫腺肌症中高效纯化子宫平滑肌细胞	提出了双酶消化方法DM4，相比传统组织粘附方法，能更有效地生成高纯度的成熟平滑肌细胞	未提及	开发一种高效的方法来收集高纯度的子宫平滑肌细胞，以研究子宫腺肌症的病因和机制	子宫平滑肌细胞	NA	子宫腺肌症	双酶消化	NA	单细胞RNA测序	未提及
375	2024-11-21	Integration of single-cell and spatial transcriptome sequencing identifies CDKN2A as a senescent biomarker in endothelial cells implicating hepatocellular carcinoma malignancy 2024-Nov-06, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-06017-5 PMID:39503880	研究论文	本研究整合单细胞和空间转录组测序数据，揭示了CDKN2A作为内皮细胞衰老标志物在肝细胞癌恶性进展中的作用	首次整合单细胞和空间转录组测序数据，全面阐明肝细胞癌中衰老相关特征，并识别CDKN2A作为独立的预后风险因子	NA	全面阐明肝细胞癌中衰老相关特征	肝细胞癌中的内皮细胞衰老	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序 (scRNA-Seq), 空间转录组RNA测序 (stRNA-Seq), 批量测序 (bulk-Seq)	NA	转录组数据	多个细胞类型和肝细胞癌样本
376	2024-11-21	Overcoming Low mRNA Expression in White Matter: A Protocol for RNA Extraction From the Optic Nerve in Large Animals for Transcriptomic Analysis 2024-Nov-04, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.65.13.25 PMID:39540862	研究论文	本文开发了一种从大型动物视神经中提取高质量RNA的协议，用于转录组分析	首次发现白质中的mRNA表达水平显著低于灰质，并开发了一种专门用于大型动物视神经的RNA提取协议	NA	研究白质异常与中枢神经系统疾病的关系，并开发适用于大型动物视神经的RNA提取方法	大型动物视神经中的RNA提取	数字病理学	NA	原位杂交和单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA	NA
377	2024-11-21	Annexin A1: a key regulator of T cell function and bone marrow adiposity in aplastic anaemia 2024-Nov, The Journal of physiology DOI:10.1113/JP286148 PMID:39373986	研究论文	研究探讨了Annexin A1在调节T细胞功能及其在再生障碍性贫血（AA）中骨髓脂肪生成中的作用	发现Annexin A1在AA中的显著下调，并揭示了其在疾病进展中的关键作用，为AA治疗提供了新的分子靶点	NA	研究Annexin A1在再生障碍性贫血中的作用及其对T细胞功能和骨髓脂肪生成的影响	再生障碍性贫血患者的骨髓组织和健康个体的骨髓组织	NA	再生障碍性贫血	单细胞测序分析	NA	组织	再生障碍性贫血患者和健康个体的骨髓组织样本
378	2024-11-21	Cell type-specific weighting-factors to solve solid organs-specific limitations of single cell RNA-sequencing 2024-Nov, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011436 PMID:39556600	研究论文	本文提出了一种计算方法，通过引入细胞类型特异性权重因子（cWF）来解决单细胞RNA测序（scRNA-seq）在分析复杂实体器官时的问题	本文的创新点在于提出了细胞类型特异性权重因子（cWF），并通过计算方法解决了scRNA-seq在分析实体器官时的局限性	本文的局限性在于仅针对10种实体器官的76种细胞类型进行了验证，可能不适用于所有器官和细胞类型	本文的研究目的是解决单细胞RNA测序在分析复杂实体器官时的局限性	本文的研究对象是10种实体器官中的76种细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	10种实体器官中的76种细胞类型
379	2024-11-20	Storm: Incorporating transient stochastic dynamics to infer the RNA velocity with metabolic labeling information 2024-Nov-18, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012606 PMID:39556617	研究论文	本文提出了一种名为Storm的新方法，通过解决基因表达动力学的随机微分方程，结合代谢标记信息来推断RNA速度	Storm方法克服了以往利用确定性动力学和稳态假设的不足，能够处理涉及瞬态过程的数据，并揭示时间依赖和细胞状态特异性的转录调控	NA	开发一种新的方法来推断RNA速度，并揭示基因表达动力学中的瞬态和随机特性	RNA速度、基因表达动力学、转录调控	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	随机微分方程	RNA测序数据	NA
380	2024-11-20	scCancerExplorer: a comprehensive database for interactively exploring single-cell multi-omics data of human pan-cancer 2024-Nov-18, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1100 PMID:39558175	研究论文	开发了一个名为scCancerExplorer的综合数据库，用于交互式探索人类泛癌的单细胞多组学数据	填补了缺乏专门用于交互式探索人类泛癌单细胞多组学数据的数据库的空白	NA	开发一个用户友好的数据库，促进对单细胞基因组、表观基因组和转录组数据的探索	人类泛癌的单细胞基因组、表观基因组和转录组数据	数字病理学	泛癌	单细胞多组学	NA	基因组、表观基因组和转录组数据	50种癌症类型