单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2024-11-24	A computational approach to assessing the prognostic implications of BRAF and RAS mutations in patients with papillary thyroid carcinoma 2024-Nov, Endocrine IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s12020-024-03911-3 PMID:38886331	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨BRAF和RAS突变在甲状腺乳头状癌中的预后价值	揭示了BRAF和RAS突变在甲状腺乳头状癌进展中的重要作用，特别是BRAF V600E突变与侵袭性特征的关联	NA	探讨BRAF和RAS突变在甲状腺乳头状癌中的预后意义	甲状腺乳头状癌患者中的BRAF和RAS突变	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	甲状腺乳头状癌和正常样本
342	2024-11-24	Transcriptomics of Human Brain Tissue in Parkinson's Disease: a Comparison of Bulk and Single-cell RNA Sequencing 2024-Nov, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-024-04124-5 PMID:38578357	综述	本文综述了利用RNA测序技术研究帕金森病（PD）的文献，特别是比较了批量RNA测序和单细胞RNA测序的结果	本文通过整合批量和单细胞RNA测序的结果，展示了这两种技术在揭示神经退行性疾病转录变化方面的互补性	本文主要基于文献综述，未提供新的实验数据	评估批量和单细胞RNA测序技术在研究帕金森病中的兼容性和互补性	帕金森病患者的人脑组织	数字病理学	神经退行性疾病	RNA测序	NA	转录组数据	NA
343	2024-11-24	Advancements in Single-Cell RNA Sequencing Research for Neurological Diseases 2024-Nov, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-024-04126-3 PMID:38564138	综述	本文详细介绍了单细胞RNA测序技术，并总结了其在神经系统疾病研究中的应用	单细胞RNA测序技术不仅识别了多种细胞类型和反应状态，还揭示了细胞特异性基因表达变化、基因调控网络、细胞间通讯和细胞运动轨迹等	NA	探讨单细胞RNA测序技术在神经系统疾病研究中的应用，揭示疾病的具体机制，并为新的治疗策略提供依据	神经系统疾病及其相关细胞	数字病理学	神经系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
344	2024-11-24	Targeting METTL3 as a checkpoint to enhance T cells for tumour immunotherapy 2024-Nov, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70089 PMID:39568154	研究论文	本文研究了通过靶向METTL3增强T细胞功能以提高肿瘤免疫疗法的效果	首次探讨了m6A在调节T细胞功能和增强抗肿瘤免疫中的作用，并发现靶向METTL3可以增强肿瘤细胞的免疫原性和T细胞功能	NA	探索通过靶向METTL3增强T细胞功能以提高肿瘤免疫疗法的效果	METTL3抑制剂STM2457对肿瘤细胞和T细胞功能的影响	肿瘤学	NA	RNA测序 (RNA-seq)，单细胞RNA测序 (scRNA-seq)，CRISPR Cas9	NA	RNA	多种癌细胞系，小鼠黑色素瘤 (B16) 和小鼠结直肠腺癌 (MC38) 模型，人黑色素瘤模型 (A375) 和人T细胞
345	2024-11-23	Deciphering single-cell gene expression variability and its role in drug response 2024-Nov-20, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddae138 PMID:39277847	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，探讨了药物反应中基因表达变异性的作用	本研究将药物反应与药物基因表达变异性的联系扩展到细胞层面，并提出了一种增强药物疗效预测的新方法	NA	探讨基因表达变异性在药物反应中的作用	药物基因在不同细胞类型和组织中的表达变异性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	涉及八种不同人体组织的多种细胞类型
346	2024-11-23	Salmonella dry surface biofilm: morphology, single-cell landscape, and sanitization 2024-Nov-20, Applied and environmental microbiology IF:3.9Q2 DOI:10.1128/aem.01623-24 PMID:39494899	研究论文	研究了Typhimurium干表面生物膜（DSB）的形成及其与湿表面生物膜（WSB）的比较，探讨了DSB的形态、单细胞景观和消毒方法	首次全面研究了DSB的特征及其生存机制，并提出了morin溶解在70%异丙醇中作为有效的干消毒剂	NA	探讨干表面生物膜的形成及其在低水分食品加工环境中的生存机制和消毒方法	Typhimurium干表面生物膜（DSB）和湿表面生物膜（WSB）	NA	NA	共聚焦激光扫描显微镜分析、电子显微镜、微生物组单细胞转录组学	NA	图像	39种黄酮类化合物和70%异丙醇（IPA）的组合效果测试
347	2024-11-23	Construction of molecular subtype and prognostic model for gastric cancer based on nucleus-encoded mitochondrial genes 2024-11-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-78729-0 PMID:39557952	研究论文	本研究基于核编码线粒体基因构建胃癌的分子亚型和预后模型	首次揭示了核编码线粒体基因突变与胃癌患者生存结果之间的关联，并开发了一个评分系统来预测胃癌患者的预后和免疫治疗反应	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，可能存在样本偏倚和数据质量问题	探讨核编码线粒体基因在胃癌中的作用，并开发一个预后模型来预测患者的治疗反应	胃癌患者的核编码线粒体基因表达和临床信息	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的胃癌样本
348	2024-11-23	Integrated analysis of single-cell RNA sequencing and bulk transcriptome data identifies a pyroptosis-associated diagnostic model for Parkinson's disease 2024-11-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-80185-9 PMID:39558055	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，识别出与帕金森病相关的细胞焦亡相关诊断模型	首次通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，构建了基于细胞焦亡相关基因的帕金森病诊断模型	研究主要基于数据分析，缺乏临床验证	开发一种新的帕金森病诊断模型，特别是在疾病的早期阶段	帕金森病患者和健康个体的单细胞RNA测序数据	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	LASSO逻辑回归、支持向量机递归特征消除和随机森林	基因表达数据	帕金森病患者和健康个体的单细胞RNA测序数据
349	2024-11-23	Airway ciliary microenvironment responses in mice with primary ciliary dyskinesia and central pair apparatus defects 2024-11-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-79877-z PMID:39558053	研究论文	研究了小鼠上呼吸道纤毛微环境中上皮细胞对纤毛运动缺陷和黏液纤毛清除功能障碍的响应	首次使用单细胞RNA测序技术研究了上呼吸道上皮细胞对中央对装置基因突变引起的纤毛运动缺陷的响应	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类患者	探讨纤毛运动缺陷对上呼吸道上皮细胞微环境的影响	小鼠上呼吸道上皮细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及Cfap221/Pcdp1、Cfap54和Spef2基因突变的小鼠上呼吸道上皮细胞
350	2024-11-23	Lung Single-Cell Transcriptomics Offers Insights into the Pulmonary Interstitial Toxicity Caused by Silica Nanoparticles 2024-Nov-15, Environment & health (Washington, D.C.) DOI:10.1021/envhealth.4c00052 PMID:39568699	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了二氧化硅纳米颗粒引起的肺间质毒性的细胞特异性反应和细胞间相互作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了二氧化硅纳米颗粒引起的肺间质损伤的细胞特异性反应和分子机制	研究仅限于Wistar大鼠模型，结果的普适性有待进一步验证	阐明二氧化硅纳米颗粒暴露引起的肺损伤中不同细胞群体的相互作用和关键因素	Wistar大鼠的肺部细胞	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	10457个肺部细胞
351	2024-11-23	Molecular diversity and migration of GABAergic neurons in the developing ventral midbrain 2024-Nov-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111239 PMID:39569362	研究论文	研究了发育中的腹侧中脑中GABA能神经元的分子多样性和迁移机制	通过单细胞RNA测序和荧光激活细胞分选技术，首次全面揭示了腹侧中脑中GABA能神经元的亚型及其空间分布和发育机制	研究仅限于小鼠模型，可能不适用于其他物种	探讨腹侧中脑中GABA能神经元的多样性和发育机制	发育中的小鼠腹侧中脑中的GABA能神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)，荧光激活细胞分选 (FACS)	NA	转录组数据	多个GABA能神经元亚型
352	2024-11-23	Single-Cell and Spatial Multi-omics Reveal Interferon Signaling in the Pathogenesis of Perianal Fistulizing Crohn's Disease 2024-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.08.620717 PMID:39574705	研究论文	研究使用单细胞和空间多组学技术揭示了肛周瘘管性克罗恩病发病机制中的干扰素信号	首次通过单细胞RNA测序、质谱流式细胞术和空间转录组学等多组学方法，全面分析了肛周瘘管性克罗恩病中的免疫和非免疫细胞群，并揭示了干扰素信号在疾病发病机制中的关键作用	研究样本量较小，且未涉及长期随访数据	探讨肛周瘘管性克罗恩病的发病机制，并寻找潜在的治疗靶点	肛周瘘管性克罗恩病患者、无肛周疾病的克罗恩病患者和特发性肛周瘘管患者的黏膜细胞	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术、空间转录组学	NA	基因表达数据	共63名患者，包括24名肛周瘘管性克罗恩病患者、10名无肛周疾病的克罗恩病患者和29名特发性肛周瘘管患者
353	2024-11-23	Spatial Transcriptomics Reveals the Temporal Architecture of the Seminiferous Epithelial Cycle and Precise Sertoli-Germ Synchronization 2024-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.28.620681 PMID:39554074	研究论文	本文利用空间转录组学技术研究了小鼠睾丸中精原上皮周期的时间结构和Sertoli细胞与生殖细胞的精确同步	首次通过空间转录组学技术揭示了精原上皮周期中的转录变化模式，并发现Sertoli细胞与生殖细胞发育的周期性转录特征紧密同步	研究仅限于小鼠模型，未涉及其他物种	揭示精原上皮周期中的转录变化及其与生殖细胞和体细胞的关联	小鼠睾丸中的生殖细胞和体细胞	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	216,090个细胞，2,638个基因
354	2024-11-23	Tryptophan 2,3-dioxygenase-positive matrix fibroblasts fuel breast cancer lung metastasis via kynurenine-mediated ferroptosis resistance of metastatic cells and T cell dysfunction 2024-Nov, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.12608 PMID:39221971	研究论文	研究揭示了色氨酸2,3-双加氧酶阳性基质成纤维细胞通过犬尿氨酸介导的铁死亡抵抗和T细胞功能障碍促进乳腺癌肺转移的作用	首次揭示了色氨酸2,3-双加氧酶阳性基质成纤维细胞在乳腺癌肺转移中的关键作用，并提出了针对肺特异性基质细胞代谢的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人体中验证其结果	解析成纤维细胞异质性及其在乳腺癌肺转移形成中的不同作用	乳腺癌肺转移中的成纤维细胞和T细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用小鼠模型进行实验，具体样本数量未在摘要中提及
355	2024-11-23	Blockade of CCR5+ T Cell Accumulation in the Tumor Microenvironment Optimizes Anti-TGF-β/PD-L1 Bispecific Antibody 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202408598 PMID:39303165	研究论文	研究通过scRNA-seq分析肿瘤微环境变化，发现YM101治疗后存在免疫抑制性CCR5 T细胞，并提出使用Maraviroc抑制CCR5 T细胞积累以优化YM101疗效	首次揭示了YM101治疗后肿瘤微环境中CCR5 T细胞的免疫抑制作用，并提出联合使用Maraviroc以增强YM101的抗肿瘤效果	研究主要在肿瘤小鼠模型中进行，尚未在临床试验中验证	探索肿瘤微环境中的免疫抑制因素，优化YM101抗肿瘤效果	肿瘤微环境中的免疫细胞和免疫抑制机制	NA	NA	scRNA-seq	NA	RNA	多只肿瘤小鼠
356	2024-11-23	Spatiotemporal Analysis of Mesenchymal Stem Cells Fate Determination by Inflammatory Niche Following Soft Tissue Injury at a Single-Cell Level 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202310282 PMID:39308190	研究论文	研究探讨了软组织损伤后炎症微环境中间充质干细胞命运的决定机制	通过单细胞RNA测序、空间转录组和谱系追踪分析，揭示了炎症微环境中间充质干细胞向软骨和骨细胞分化的动态过程及其调控机制	NA	探讨创伤诱导的炎症暴露对间充质干细胞命运决定的影响	间充质干细胞及其在炎症微环境中的分化	数字病理学	软组织损伤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
357	2024-11-23	Spatial Isoforms Reveal the Mechanisms of Metastasis 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202402242 PMID:39312471	研究论文	研究食管鳞状细胞癌中淋巴结转移的机制，特别是CD8 T细胞在化疗耐药和转移中的作用	利用空间转录组学和单细胞RNA测序技术，分析了空间异构体在人类实体瘤和淋巴结中的表达和分布模式，并提出了异构体生成动力学对异构体时间异质性的影响	尚未完全阐明CD8 T细胞在化疗耐药和转移患者中的调控机制	揭示食管鳞状细胞癌中淋巴结转移的机制，特别是CD8 T细胞在化疗耐药和转移中的作用	食管鳞状细胞癌中的CD8 T细胞和肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	食管癌	空间转录组学、单细胞RNA测序、T细胞受体测序	NA	转录组数据	涉及人类实体瘤和淋巴结样本
358	2024-11-22	Exploring the Unknown: How Can We Improve Single-cell RNAseq Cell Type Annotations in Non-model Organisms? 2024-Nov-21, Integrative and comparative biology IF:2.2Q1 DOI:10.1093/icb/icae112 PMID:39013613	研究论文	本文探讨了如何改进非模式生物中单细胞RNA测序（scRNAseq）细胞类型注释的方法	提出了利用细胞谱系进化背景进行注释、使用机器学习进行无参考注释以及利用未注释基因作为潜在细胞标记的新方法	未具体讨论这些方法在实际应用中的效果和局限性	改进非模式生物中单细胞RNA测序的细胞类型注释，以发现新的细胞类型并提高注释的准确性	非模式生物中的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	机器学习	基因表达数据	未具体说明样本数量
359	2024-11-22	A cell atlas foundation model for scalable search of similar human cells 2024-Nov-20, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08411-y PMID:39566551	研究论文	开发了一种名为SCimilarity的度量学习框架，用于学习统一的、可解释的细胞表示，以便快速查询数千万个细胞档案	提出了SCimilarity框架，能够跨研究快速查询转录相似的细胞状态	NA	开发一种能够跨人体快速查询相似细胞状态的工具	人类细胞的单细胞RNA测序数据	数字病理学	间质性肺病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	度量学习框架	单细胞RNA测序数据	2340万细胞，来自412项研究
360	2024-11-22	Integrated single-cell analysis reveals heterogeneity and therapeutic insights in osteosarcoma 2024-Nov-18, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01523-x PMID:39556142	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术揭示了骨肉瘤的细胞异质性和转录动力学，并提供了个性化治疗策略的基础	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了骨肉瘤中11种不同的肿瘤细胞亚群及其与疾病进展和转移相关的独特转录特征	NA	深入了解骨肉瘤的分子机制，以改进治疗策略	骨肉瘤肿瘤细胞的异质性和转录动力学	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA