单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2024-11-26	Upregulation of CD244 promotes CD8+ T cell exhaustion in patients with alveolar echinococcosis and a murine model 2024-Nov-23, Parasites & vectors IF:3.0Q1 DOI:10.1186/s13071-024-06573-2 PMID:39578914	研究论文	研究CD244在肺吸虫病患者和鼠模型中促进CD8+ T细胞耗竭的作用	首次揭示了CD244在介导CD8+ T细胞耗竭中的作用，并探讨了其在肺吸虫病恶性进展中的机制	研究主要基于体外和体内模型，缺乏对人类患者的长期随访数据	探讨CD244在肺吸虫病患者中促进CD8+ T细胞耗竭的作用及其机制	肺吸虫病患者的CD8+ T细胞和鼠模型	免疫学	寄生虫病	单细胞RNA测序、免疫组化、免疫荧光、流式细胞术	NA	RNA序列、图像	肺吸虫病患者的肝组织样本和CD244缺陷小鼠
322	2024-11-26	Single-cell sequencing reveals PTX3 involvement in ovarian cancer metastasis 2024-Nov-23, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-024-01558-2 PMID:39580424	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫组化技术，揭示了PTX3在卵巢癌腹膜转移中的作用及其机制	首次证实PTX3在卵巢癌转移病灶中的表达高于原发病灶，并发现PTX3通过激活EMT和NF-κB信号通路促进卵巢癌细胞的转移能力	NA	探讨PTX3在卵巢癌腹膜转移中的作用及其分子机制	卵巢癌细胞、PTX3表达及其功能	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序、免疫组化、免疫荧光、共免疫沉淀	NA	RNA	NA
323	2024-11-26	Single-cell analysis uncovers liver susceptibility to pancreatic cancer metastasis via myeloid cell characterization 2024-Nov-22, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01566-0 PMID:39578286	研究论文	通过单细胞RNA测序分析胰腺癌肝转移的肿瘤免疫微环境特征	发现了与胰腺癌肝转移相关的特定巨噬细胞亚群Mph_SPP1，并揭示了其在调节血管生成和肿瘤侵袭中的作用	研究仅限于单细胞RNA测序数据，未涉及其他类型的实验验证	探究胰腺癌肝转移的肿瘤免疫微环境特征	胰腺癌和结直肠癌的肝转移样本	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括胰腺癌肝转移、结直肠癌肝转移、原发性胰腺癌、原发性结直肠癌以及外周血单核细胞和邻近正常胰腺组织样本
324	2024-11-26	VGAE-CCI: variational graph autoencoder-based construction of 3D spatial cell-cell communication network 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae619 PMID:39581873	研究论文	提出了一种基于变分图自编码器的深度学习框架VGAE-CCI，用于构建三维空间细胞间通信网络	该方法能够识别跨多层组织的细胞间通信，并适用于具有缺失或部分不完整数据的空间转录组数据	未提及	解决空间转录组数据中的不完整性和系统偏差问题，以及跨多层组织的细胞间通信分析	细胞间通信网络	生物信息学	NA	空间转录组测序 (ST-seq)	变分图自编码器 (VGAE)	空间转录组数据	六个数据集
325	2024-11-26	BioDSNN: a dual-stream neural network with hybrid biological knowledge integration for multi-gene perturbation response prediction 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae617 PMID:39584702	研究论文	本文提出了一种双流神经网络架构BioDSNN，用于预测多基因扰动响应	结合生成模型和生物知识网络，实现了对单细胞RNA-seq数据的双模态深度理解	NA	研究基因扰动对细胞的影响，并提出一种新的计算模型来预测未见过的基因扰动组合	单细胞RNA-seq数据和基因扰动响应	机器学习	NA	生成模型、图网络、掩码变换器	双流神经网络	基因数据	NA
326	2024-11-26	Tissue factor pathway inhibitor 2 (TFPI2) is a potential serum biomarker for clear cell renal carcinoma 2024-11-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-80248-x PMID:39562727	研究论文	研究评估了组织因子途径抑制剂2（TFPI2）作为透明细胞肾细胞癌（RCC）的潜在血清生物标志物的有效性	TFPI2作为透明细胞肾细胞癌的潜在血清生物标志物，提供了改进检测和预后评估的途径	NA	评估TFPI2作为透明细胞肾细胞癌的生物标志物的有效性	透明细胞肾细胞癌患者的血清样本和健康志愿者的血清样本	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序	NA	血清	肾细胞癌患者和健康志愿者的血清样本
327	2024-11-26	Sample multiplexing for retinal single-cell RNA sequencing 2024-Nov-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111250 PMID:39569377	研究论文	本文介绍了一种用于视网膜单细胞RNA测序的样本多重化方法	本文提出了一种样本多重化方法，通过使用胆固醇修饰的寡核苷酸对每个样本进行唯一序列条形码标记，从而在生物信息学上解析样本来源	本文未详细讨论该方法在其他细胞类型或物种中的适用性	研究目的是开发一种能够在单细胞RNA测序中解析样本来源的方法	研究对象是视网膜神经节细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA	小鼠视网膜样本
328	2024-11-26	Actin Dysregulation Induces Neuroendocrine Plasticity and Immune Evasion: A Vulnerability of Small Cell Lung Cancer 2024-Nov-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.15.528365 PMID:36824957	研究论文	研究了CRACD在小细胞肺癌中的作用及其对肿瘤细胞可塑性和免疫逃逸的影响	首次揭示了CRACD通过调节肌动蛋白聚合和EZH2介导的H3K27甲基化，影响小细胞肺癌的肿瘤细胞可塑性和免疫逃逸	研究主要集中在CRACD和EZH2的作用，未全面探讨其他潜在的调控机制	探讨小细胞肺癌中肿瘤细胞可塑性和免疫逃逸的机制	小细胞肺癌细胞及其相关基因和蛋白质	数字病理学	肺癌	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	涉及小细胞肺癌患者肿瘤样本
329	2024-11-26	Cross-tissue organization of myeloid cells in scleroderma and related fibrotic diseases 2024-Nov-01, Current opinion in rheumatology IF:5.2Q1 DOI:10.1097/BOR.0000000000001047 PMID:39171604	综述	本文综述了硬皮病及相关纤维化疾病中髓系细胞在不同组织中的分布情况	通过单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析，提出了一种统一的髓系细胞命名法，并发现了一种新的树突状细胞亚群DC3	scRNA-Seq研究在髓系细胞类型的命名上存在不一致性	探讨硬皮病及相关纤维化疾病中髓系细胞的组织分布和命名统一	硬皮病、特发性肺纤维化、COVID-19肺纤维化、骨髓纤维化及肝、肾、心脏纤维化中的髓系细胞	数字病理学	硬皮病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	涉及多种纤维化疾病的多个组织样本
330	2024-11-25	MCGAE: unraveling tumor invasion through integrated multimodal spatial transcriptomics 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae608 PMID:39576225	研究论文	本文介绍了一种名为MCGAE的多视角对比图自编码器，用于整合多模态空间转录组数据，以揭示肿瘤侵袭区域	MCGAE通过创建多视角表示和整合基因表达、空间邻接矩阵及形态学图像特征，显著提升了多模态数据处理能力	NA	开发一种先进的深度计算框架，用于复杂的空间转录组数据分析	空间转录组数据，特别是结直肠癌肝转移中的肿瘤侵袭区域	生物医学研究	结直肠癌	空间转录组学	多视角对比图自编码器	基因表达数据、空间坐标数据、形态学信息	模拟数据集和真实空间转录组数据集
331	2024-11-25	Roles of cathepsin S expression levels on the prognosis and tumour microenvironment in clear cell renal cell carcinoma 2024-Nov-21, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01547-3 PMID:39570472	研究论文	研究了组织蛋白酶S在透明细胞肾细胞癌中的表达水平及其对预后和肿瘤微环境的影响	首次探讨了组织蛋白酶S在透明细胞肾细胞癌中的潜在作用及其分子功能，并发现其作为预后生物标志物和免疫相关治疗靶点的潜力	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据分析，体外实验验证较少	探讨组织蛋白酶S在透明细胞肾细胞癌中的表达及其对预后和肿瘤微环境的影响	透明细胞肾细胞癌患者的组织样本和相关数据	数字病理学	肾癌	qRT-PCR, IHC	NA	基因表达数据, 免疫细胞浸润数据, 单细胞测序数据	来自TCGA和GEO数据库的多个透明细胞肾细胞癌样本
332	2024-11-25	Peripheral nerve-derived CSF1 induces BMP2 expression in macrophages to promote nerve regeneration and wound healing 2024-Nov-21, NPJ Regenerative medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41536-024-00379-7 PMID:39572537	研究论文	研究揭示了周围神经来源的CSF1通过诱导巨噬细胞中BMP2表达促进神经再生和伤口愈合的机制	首次验证了神经与巨噬细胞之间的相互作用在去神经伤口愈合中的关键作用，并揭示了CSF1诱导BMP2表达的神经免疫调节途径	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人体中验证其有效性和安全性	探讨炎症和修复性巨噬细胞的调控机制及其在伤口愈合中的作用	巨噬细胞、神经元、伤口愈合过程	NA	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	小鼠早期和晚期皮肤伤口样本
333	2024-11-25	Single-cell sequencing of full-length transcripts and T-cell receptors with automated high-throughput Smart-seq3 2024-Nov-21, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-11036-0 PMID:39574011	研究论文	开发了一种自动化高通量Smart-seq3工作流程，用于单细胞全长转录本和T细胞受体的测序	提出了自动化高通量Smart-seq3工作流程，显著提高了细胞捕获效率、基因检测灵敏度和T细胞受体重建的准确性	NA	开发和优化单细胞测序技术，以提高数据质量和细胞异质性解析能力	人类初级CD4+ T细胞	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	转录本	人类初级CD4+ T细胞
334	2024-11-25	High content of nuclei-free low-quality cells in reference single-cell atlases: a call for more stringent quality control using nuclear fraction 2024-Nov-21, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-11015-5 PMID:39574015	研究论文	本文探讨了现有单细胞RNA测序数据集中存在的低质量细胞污染问题，并呼吁采用更严格的质控标准	提出了将细胞内含子分数或MALAT1表达纳入质控标准，以提高细胞图谱数据的可靠性	未详细描述具体实施这些质控标准的步骤和方法	揭示现有单细胞RNA测序数据集中的低质量细胞污染问题，并提出改进建议	人类细胞图谱、Tabula Sapiens和Tabula Muris等大型单细胞RNA测序数据集	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	涉及多个组织和器官的数据集
335	2024-11-25	Wnt 3a-Modified Scaffolds Improve Nerve Regeneration by Boosting Schwann Cell Function 2024-Nov-20, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1 DOI:10.1021/acsami.4c15013 PMID:39520323	研究论文	研究通过单细胞测序分析探讨了Wnt信号通路和施万细胞在周围神经再生中的作用，并开发了一种含有Wnt3a蛋白的聚己内酯电纺纤维支架，用于改善大鼠坐骨神经缺损模型的神经修复效果	首次将Wnt3a蛋白整合到聚己内酯电纺纤维支架中，显著提高了神经修复效果和施万细胞的功能	研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人类中验证其有效性	探讨Wnt信号通路和施万细胞在周围神经再生中的作用，并开发新型神经修复支架	施万细胞、Wnt信号通路、周围神经再生	生物医学工程	NA	单细胞测序分析、电纺技术	NA	单细胞数据	大鼠坐骨神经缺损模型
336	2024-11-25	A human embryonic limb cell atlas resolved in space and time 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06806-x PMID:38057666	研究论文	本文详细描述了人类胚胎肢体在空间和时间上的发育过程	首次使用单细胞和空间转录组学技术全面解析人类胚胎肢体发育过程，并发现了新的细胞群体和肌肉发育的两个波次	研究主要集中在胚胎肢体发育，未涉及其他器官或组织的发育	深入了解人类胚胎肢体发育的基因表达调控机制	人类胚胎肢体细胞及其发育过程	发育生物学	NA	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	基因表达数据	多个解剖连续的空间转录组样本和鼠胚胎肢体样本
337	2024-11-24	Macrophage depletion in inflamed rat knees prevents the activation of synovial mesenchymal stem cells by weakening Nampt and Spp1 signaling 2024-Nov-20, Inflammation and regeneration IF:5.0Q1 DOI:10.1186/s41232-024-00361-2 PMID:39563425	研究论文	研究探讨了在炎症状态下，通过清除巨噬细胞来抑制滑膜间充质干细胞的激活	首次揭示了巨噬细胞通过Nampt和Spp1信号通路调控滑膜间充质干细胞的激活	研究仅在急性炎症模型中进行，未探讨慢性炎症情况下的效果	探究巨噬细胞在炎症和组织再生中的作用及其与滑膜间充质干细胞的相互作用	滑膜间充质干细胞和巨噬细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及大鼠膝关节样本，具体数量未明确提及
338	2024-11-24	Pulrodemstat, a selective inhibitor of KDM1A, suppresses head and neck squamous cell carcinoma growth by triggering apoptosis 2024-Nov-20, BMC pharmacology & toxicology IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40360-024-00807-w PMID:39567962	研究论文	研究了一种名为Pulrodemstat的选择性KDM1A抑制剂，通过触发凋亡来抑制头颈鳞状细胞癌的生长	Pulrodemstat在临床试验中显示出比传统化疗药物5-Fu更强的抗肿瘤活性，并且对正常细胞无毒性	NA	寻找更精确和有效的头颈鳞状细胞癌治疗方案	头颈鳞状细胞癌	NA	头颈鳞状细胞癌	高通量筛选、单细胞测序、CCK-8检测、流式细胞术	NA	基因组数据	NA
339	2024-11-24	TNFR2 blockade promotes antitumoral immune response in PDAC by targeting activated Treg and reducing T cell exhaustion 2024-Nov-19, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-008898 PMID:39562007	研究论文	研究通过阻断TNFR2受体来增强胰腺导管腺癌（PDAC）的抗肿瘤免疫反应	提出了一种新的治疗策略，即结合CD40激动剂和TNFR2拮抗剂来治疗PDAC	单独使用TNFR2阻断剂对CD8+ T细胞的激活效果有限，肿瘤生长抑制效果不显著	探讨TNFR2阻断剂在PDAC中的抗肿瘤免疫反应机制	胰腺导管腺癌（PDAC）患者和免疫活性小鼠模型	NA	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞分析数据	24名PDAC患者和免疫活性小鼠模型
340	2024-11-24	Prediction of single-cell RNA expression profiles in live cells by Raman microscopy with Raman2RNA 2024-Nov, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-02082-2 PMID:38200118	研究论文	本文介绍了一种名为Raman2RNA的方法，通过拉曼显微镜图像预测活细胞中的单细胞RNA表达谱	Raman2RNA方法通过无标记的超光谱拉曼显微镜图像和领域翻译技术，实现了对活细胞中单细胞RNA表达谱的非破坏性预测	NA	开发一种非破坏性的方法来预测活细胞中的单细胞RNA表达谱	活细胞中的单细胞RNA表达谱	数字病理学	NA	拉曼显微镜	对抗自编码器	图像	涉及小鼠成纤维细胞和胚胎干细胞的活细胞追踪