单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2024-11-29	Identification of Spatial Specific Lipid Metabolic Signatures in Long-Standing Diabetic Kidney Disease 2024-Nov-20, Metabolites IF:3.4Q2 DOI:10.3390/metabo14110641 PMID:39590877	研究论文	研究通过整合单细胞RNA测序和空间多组学数据，分析了长期糖尿病肾病中的脂质代谢特征	首次在长期糖尿病肾病样本中识别出两种受损细胞类型（iTAL和iPT），并发现其脂质代谢和生物合成活动的变化	研究主要基于Kidney Precision Medicine Project的数据，样本量和多样性可能有限	探讨长期糖尿病肾病中的脂质代谢特征及其与细胞损伤的关系	长期糖尿病肾病样本中的脂质代谢和细胞损伤	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序、空间多组学	NA	RNA测序数据、空间代谢组学数据	长期糖尿病肾病样本，具体数量未明确提及
322	2024-11-29	Lactylation Modification as a Promoter of Bladder Cancer: Insights from Multi-Omics Analysis 2024-Nov-13, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb46110766 PMID:39590360	研究论文	本文通过多组学分析探讨了乳酸化修饰在膀胱癌中的作用，并构建了一个基于乳酸化修饰的预后模型	首次构建了基于乳酸化修饰的膀胱癌预后模型，并验证了其在临床预后预测和治疗指导中的潜力	需要进一步的临床验证和更大样本量的研究来确认模型的普适性和稳定性	探讨乳酸化修饰在膀胱癌中的作用，并构建一个有效的预后模型	膀胱癌患者的乳酸化修饰相关基因和预后	数字病理学	膀胱癌	多组学分析	Lasso算法	基因表达数据	来自GEO数据库和TCGA数据库的多个膀胱癌样本
323	2024-11-29	From Genomic Exploration to Personalized Treatment: Next-Generation Sequencing in Oncology 2024-Nov-06, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb46110744 PMID:39590338	综述	本文综述了下一代测序（NGS）在肿瘤学中的应用，从基因组探索到个性化治疗	NGS提供了全面的癌症基因组分析，使临床医生和研究人员能够更好地理解癌症的分子基础，并根据基因组改变定制治疗策略	NGS在个性化肿瘤学中的全部潜力需要通过生物信息学分析来实现	探讨NGS技术在个性化肿瘤学中的应用，包括理解肿瘤异质性和识别驱动突变	NGS技术及其在癌症基因组和转录组分析中的应用	数字病理学	NA	下一代测序（NGS）	NA	基因组数据	NA
324	2024-11-29	Deep Learning and Single-Cell Sequencing Analyses Unveiling Key Molecular Features in the Progression of Carotid Atherosclerotic Plaque 2024-Nov, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70220 PMID:39586797	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和高维加权基因共表达网络分析，揭示了颈动脉粥样硬化斑块进展中的关键分子特征	本研究首次识别出在高级斑块中显著增加浸润的单核细胞亚群，并基于此开发了区分早期和高级斑块的机器学习模型	本研究主要基于单细胞RNA测序数据，未来需进一步验证这些发现在临床样本中的适用性	揭示颈动脉粥样硬化斑块进展中的免疫细胞特征和诊断标志物	颈动脉粥样硬化斑块中的免疫细胞和分子特征	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	卷积神经网络	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
325	2024-11-27	Predicting survival in bladder cancer with a novel apoptotic gene-related prognostic model 2024-Nov-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01575-z PMID:39580765	研究论文	本文建立了一种基于凋亡基因的新型膀胱癌预后模型，并通过多种分析方法验证了其预测生存率和免疫治疗反应的能力	首次基于凋亡基因建立了膀胱癌的预后模型，并验证了其在预测生存率和免疫治疗反应中的有效性	NA	建立并验证一种基于凋亡基因的膀胱癌预后模型，评估其在预测患者生存率和免疫治疗反应中的作用	膀胱癌患者的生存率和免疫治疗反应	数字病理学	膀胱癌	单细胞测序	Cox回归分析	mRNA表达数据	TCGA和GEO数据库中的数据
326	2024-11-27	Exploring new mechanisms in cancer molecular pathways and pathogenic cell transformation: PIP4K2A as a prognostic marker and therapeutic target in cutaneous malignant melanoma 2024-Nov-23, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01555-3 PMID:39579298	研究论文	研究探讨了PIP4K2A基因在皮肤恶性黑色素瘤中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	利用单细胞测序和机器学习技术，研究了PIP4K2A基因在皮肤恶性黑色素瘤中的表达及其对T细胞介导的免疫反应的影响	NA	探讨PIP4K2A基因在皮肤恶性黑色素瘤中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	PIP4K2A基因在皮肤恶性黑色素瘤中的表达及其对T细胞介导的免疫反应的影响	数字病理学	皮肤癌	单细胞转录组测序	机器学习模型	基因表达数据	来自皮肤黑色素瘤患者的样本
327	2024-11-27	Integration of the bulk transcriptome and single-cell transcriptome reveals efferocytosis features in lung adenocarcinoma prognosis and immunotherapy by combining deep learning 2024-Nov-23, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03571-3 PMID:39580462	研究论文	本研究整合了大量转录组和单细胞转录组数据，通过深度学习揭示了肺腺癌预后和免疫治疗中的吞噬作用特征	开发了一种新的与吞噬作用相关的基因预后特征，能够准确预测肺腺癌患者的生存预后和治疗效果	NA	研究吞噬作用在肺腺癌预后和免疫治疗中的作用	肺腺癌患者及其相关基因和免疫微环境	数字病理学	肺癌	深度学习	NA	转录组数据	涉及TCGA、GEO和CTRP数据库中的多个样本
328	2024-11-27	Single-cell RNA sequencing reveals immune microenvironment niche transitions during the invasive and metastatic processes of ground-glass nodules and part-solid nodules in lung adenocarcinoma 2024-Nov-23, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02177-7 PMID:39580469	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了肺腺癌中磨玻璃结节和部分实性结节在侵袭和转移过程中的免疫微环境转变	首次揭示了CXCL9+和TREM2+肿瘤相关巨噬细胞在不同阶段的显著富集变化，并发现GGN-LUAD在侵袭阶段表现出更强的免疫反应	样本量较小，仅包括8例GGN-LUAD和7例PSN-LUAD，可能影响结果的普适性	探索肺腺癌不同放射学表型的异质性及其影响肿瘤演变的关联因素	肺腺癌中的磨玻璃结节和部分实性结节	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	8例GGN-LUAD和7例PSN-LUAD，以及4例邻近正常组织
329	2024-11-27	Regulation of disease-associated microglia in the optic nerve by lipoxin B4 and ocular hypertension 2024-Nov-20, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-024-00775-z PMID:39568070	研究论文	研究了脂氧素B4和眼压对视神经中疾病相关小胶质细胞的调控作用	首次揭示了脂氧素B4在视网膜和视神经中对小胶质细胞的调控作用，并发现其在眼压诱导的神经退行性病变中的神经保护机制	研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步验证在人类中的适用性	探讨脂氧素B4在眼压诱导的神经退行性病变中对小胶质细胞的调控作用	视网膜和视神经中的小胶质细胞	数字病理学	眼科疾病	单细胞RNA测序、RNA测序、qPCR、免疫组化	NA	基因表达数据	小鼠眼模型
330	2024-11-27	TARGET-seq: Linking single-cell transcriptomics of human dopaminergic neurons with their target specificity 2024-Nov-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2410331121 PMID:39541349	研究论文	本文介绍了一种名为TARGET-seq的新方法，用于将人类多巴胺能神经元的单细胞转录组与其目标特异性联系起来	开发了TARGET-seq技术，通过AAV介导的逆行富集转录组来标记投射，从而将多巴胺能神经元的转录组与其在大脑前部的特定目标结构联系起来	NA	探讨不同多巴胺能神经元的分子表达谱与其特定功能或经典分类（如mesolimbic和nigrostriatal）之间的关系	人类多巴胺能神经元的单细胞转录组及其目标特异性	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
331	2024-11-27	Clustering-independent estimation of cell abundances in bulk tissues using single-cell RNA-seq data 2024-Nov-18, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100905 PMID:39561717	研究论文	本文介绍了一种名为ConDecon的聚类无关方法，用于从单细胞RNA测序数据中估计批量组织中的细胞丰度	ConDecon方法在表型分辨率和功能上相对于基于回归的方法有所改进，能够推断单细胞数据集中每个细胞在批量组织中的存在可能性，并应用于神经退行性微胶质炎症途径在儿童室管膜瘤间充质转化中的作用研究	NA	开发一种新的计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断批量组织中的细胞组成	单细胞RNA测序数据和批量组织数据	生物信息学	儿童室管膜瘤	单细胞RNA测序	ConDecon方法	RNA测序数据	NA
332	2024-11-27	Non-coding RNAs in oral cancer: Emerging biomarkers and therapeutic frontier 2024-Nov-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e40096 PMID:39583806	研究论文	本文探讨了非编码RNA在口腔癌中的潜在诊断和治疗作用	结合空间转录组学和空间代谢组学与单细胞RNA测序，深入研究肿瘤微环境，提高诊断和治疗的精准度	NA	探讨非编码RNA作为口腔癌诊断和治疗工具的潜力	口腔癌及其相关非编码RNA	数字病理学	口腔癌	空间转录组学、空间代谢组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
333	2024-11-27	A signal-diffusion-based unsupervised contrastive representation learning for spatial transcriptomics analysis 2024-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae663 PMID:39546378	研究论文	提出了一种基于信号扩散的无监督对比表示学习方法（SDUCL），用于空间转录组学分析	设计了一种信号扩散微环境发现算法，通过模拟生物信号扩散过程，有效捕捉和整合细胞微环境中的交互信息	未提及具体局限性	学习细胞/位点的低维潜在嵌入，以解析组织异质性和分析生物功能	空间转录组学数据，包括正常和肿瘤组织	生物信息学	肿瘤	信号扩散	无监督对比学习	基因表达数据、空间信息、图像数据	涉及多个物种的空间转录组学数据集
334	2024-11-27	Identification and analysis of a cell communication prognostic signature for oral squamous cell carcinoma at bulk and single-cell levels 2024-Nov, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70166 PMID:39580787	研究论文	本文通过单细胞和批量测序数据分析，构建了一个新的免疫相关基因预后模型，用于预测口腔鳞状细胞癌患者的预后和免疫治疗反应	首次整合单细胞和批量测序数据，构建了一个免疫相关基因预后模型，并验证了FCRL4对口腔鳞状细胞癌细胞的影响	需要进一步的临床试验来验证模型的实际应用效果	开发一个能够有效预测口腔鳞状细胞癌患者预后和免疫治疗反应的预后模型	口腔鳞状细胞癌的免疫微环境分析和预后模型构建	数字病理学	口腔癌	单细胞测序、批量测序、WGCNA分析、XGBoost	XGBoost	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
335	2024-11-26	Upregulation of CD244 promotes CD8+ T cell exhaustion in patients with alveolar echinococcosis and a murine model 2024-Nov-23, Parasites & vectors IF:3.0Q1 DOI:10.1186/s13071-024-06573-2 PMID:39578914	研究论文	研究CD244在肺吸虫病患者和鼠模型中促进CD8+ T细胞耗竭的作用	首次揭示了CD244在介导CD8+ T细胞耗竭中的作用，并探讨了其在肺吸虫病恶性进展中的机制	研究主要基于体外和体内模型，缺乏对人类患者的长期随访数据	探讨CD244在肺吸虫病患者中促进CD8+ T细胞耗竭的作用及其机制	肺吸虫病患者的CD8+ T细胞和鼠模型	免疫学	寄生虫病	单细胞RNA测序、免疫组化、免疫荧光、流式细胞术	NA	RNA序列、图像	肺吸虫病患者的肝组织样本和CD244缺陷小鼠
336	2024-11-26	Single-cell sequencing reveals PTX3 involvement in ovarian cancer metastasis 2024-Nov-23, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-024-01558-2 PMID:39580424	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫组化技术，揭示了PTX3在卵巢癌腹膜转移中的作用及其机制	首次证实PTX3在卵巢癌转移病灶中的表达高于原发病灶，并发现PTX3通过激活EMT和NF-κB信号通路促进卵巢癌细胞的转移能力	NA	探讨PTX3在卵巢癌腹膜转移中的作用及其分子机制	卵巢癌细胞、PTX3表达及其功能	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序、免疫组化、免疫荧光、共免疫沉淀	NA	RNA	NA
337	2024-11-26	Single-cell analysis uncovers liver susceptibility to pancreatic cancer metastasis via myeloid cell characterization 2024-Nov-22, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01566-0 PMID:39578286	研究论文	通过单细胞RNA测序分析胰腺癌肝转移的肿瘤免疫微环境特征	发现了与胰腺癌肝转移相关的特定巨噬细胞亚群Mph_SPP1，并揭示了其在调节血管生成和肿瘤侵袭中的作用	研究仅限于单细胞RNA测序数据，未涉及其他类型的实验验证	探究胰腺癌肝转移的肿瘤免疫微环境特征	胰腺癌和结直肠癌的肝转移样本	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括胰腺癌肝转移、结直肠癌肝转移、原发性胰腺癌、原发性结直肠癌以及外周血单核细胞和邻近正常胰腺组织样本
338	2024-11-26	VGAE-CCI: variational graph autoencoder-based construction of 3D spatial cell-cell communication network 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae619 PMID:39581873	研究论文	提出了一种基于变分图自编码器的深度学习框架VGAE-CCI，用于构建三维空间细胞间通信网络	该方法能够识别跨多层组织的细胞间通信，并适用于具有缺失或部分不完整数据的空间转录组数据	未提及	解决空间转录组数据中的不完整性和系统偏差问题，以及跨多层组织的细胞间通信分析	细胞间通信网络	生物信息学	NA	空间转录组测序 (ST-seq)	变分图自编码器 (VGAE)	空间转录组数据	六个数据集
339	2024-11-26	BioDSNN: a dual-stream neural network with hybrid biological knowledge integration for multi-gene perturbation response prediction 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae617 PMID:39584702	研究论文	本文提出了一种双流神经网络架构BioDSNN，用于预测多基因扰动响应	结合生成模型和生物知识网络，实现了对单细胞RNA-seq数据的双模态深度理解	NA	研究基因扰动对细胞的影响，并提出一种新的计算模型来预测未见过的基因扰动组合	单细胞RNA-seq数据和基因扰动响应	机器学习	NA	生成模型、图网络、掩码变换器	双流神经网络	基因数据	NA
340	2024-11-26	Tissue factor pathway inhibitor 2 (TFPI2) is a potential serum biomarker for clear cell renal carcinoma 2024-11-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-80248-x PMID:39562727	研究论文	研究评估了组织因子途径抑制剂2（TFPI2）作为透明细胞肾细胞癌（RCC）的潜在血清生物标志物的有效性	TFPI2作为透明细胞肾细胞癌的潜在血清生物标志物，提供了改进检测和预后评估的途径	NA	评估TFPI2作为透明细胞肾细胞癌的生物标志物的有效性	透明细胞肾细胞癌患者的血清样本和健康志愿者的血清样本	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序	NA	血清	肾细胞癌患者和健康志愿者的血清样本