单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2024-11-29	Understanding isoform expression by pairing long-read sequencing with single-cell and spatial transcriptomics 2024-Nov-20, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279640.124 PMID:39567235	综述	本文综述了单细胞和空间长读长测序技术的发展及其在理解RNA异构体表达中的应用	结合长读长测序与单细胞和空间转录组学技术，以更好地表征异构体表达	这些技术在实施和数据解释方面存在挑战，且我们对RNA异构体生物学角色的理解仍然有限	探讨长读长测序技术在单细胞和空间转录组学中的应用，以及其在理解RNA异构体在发育和病理中的作用	RNA异构体的表达及其在生物学中的作用	NA	NA	长读长测序	NA	转录组数据	NA
302	2024-11-29	Identification of Spatial Specific Lipid Metabolic Signatures in Long-Standing Diabetic Kidney Disease 2024-Nov-20, Metabolites IF:3.4Q2 DOI:10.3390/metabo14110641 PMID:39590877	研究论文	研究通过整合单细胞RNA测序和空间多组学数据，分析了长期糖尿病肾病中的脂质代谢特征	首次在长期糖尿病肾病样本中识别出两种受损细胞类型（iTAL和iPT），并发现其脂质代谢和生物合成活动的变化	研究主要基于Kidney Precision Medicine Project的数据，样本量和多样性可能有限	探讨长期糖尿病肾病中的脂质代谢特征及其与细胞损伤的关系	长期糖尿病肾病样本中的脂质代谢和细胞损伤	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序、空间多组学	NA	RNA测序数据、空间代谢组学数据	长期糖尿病肾病样本，具体数量未明确提及
303	2024-11-29	Vispro improves imaging analysis for Visium spatial transcriptomics 2024-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.07.617088 PMID:39416029	研究论文	本文介绍了一种名为Vispro的端到端自动化图像处理工具，专门用于10x Visium空间转录组数据的图像分析	Vispro通过集成四个关键模块（基准标记检测、基准标记移除和图像恢复、组织区域检测以及不连续组织区域分割），解决了空间转录组数据中图像分析的挑战	NA	开发一种能够提高10x Visium空间转录组数据图像分析质量的工具	10x Visium空间转录组数据的图像	数字病理学	NA	图像处理	NA	图像	NA
304	2024-11-29	Lactylation Modification as a Promoter of Bladder Cancer: Insights from Multi-Omics Analysis 2024-Nov-13, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb46110766 PMID:39590360	研究论文	本文通过多组学分析探讨了乳酸化修饰在膀胱癌中的作用，并构建了一个基于乳酸化修饰的预后模型	首次构建了基于乳酸化修饰的膀胱癌预后模型，并验证了其在临床预后预测和治疗指导中的潜力	需要进一步的临床验证和更大样本量的研究来确认模型的普适性和稳定性	探讨乳酸化修饰在膀胱癌中的作用，并构建一个有效的预后模型	膀胱癌患者的乳酸化修饰相关基因和预后	数字病理学	膀胱癌	多组学分析	Lasso算法	基因表达数据	来自GEO数据库和TCGA数据库的多个膀胱癌样本
305	2024-11-29	Characterizing Fibroblast Heterogeneity in Diabetic Wounds Through Single-Cell RNA-Sequencing 2024-Nov-07, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12112538 PMID:39595104	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNAseq）在糖尿病伤口愈合研究中的应用，特别是纤维母细胞分析的创新	介绍了单细胞测序技术在纤维母细胞分析中的创新应用，并探讨了其在糖尿病伤口愈合研究中的潜力	主要为综述性文章，未提供新的实验数据或模型	探讨单细胞RNA测序技术在糖尿病伤口愈合研究中的应用，特别是纤维母细胞的异质性	糖尿病伤口中的纤维母细胞及其在伤口愈合中的作用	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	NA
306	2024-11-29	From Genomic Exploration to Personalized Treatment: Next-Generation Sequencing in Oncology 2024-Nov-06, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb46110744 PMID:39590338	综述	本文综述了下一代测序（NGS）在肿瘤学中的应用，从基因组探索到个性化治疗	NGS提供了全面的癌症基因组分析，使临床医生和研究人员能够更好地理解癌症的分子基础，并根据基因组改变定制治疗策略	NGS在个性化肿瘤学中的全部潜力需要通过生物信息学分析来实现	探讨NGS技术在个性化肿瘤学中的应用，包括理解肿瘤异质性和识别驱动突变	NGS技术及其在癌症基因组和转录组分析中的应用	数字病理学	NA	下一代测序（NGS）	NA	基因组数据	NA
307	2024-11-29	Deep Learning and Single-Cell Sequencing Analyses Unveiling Key Molecular Features in the Progression of Carotid Atherosclerotic Plaque 2024-Nov, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70220 PMID:39586797	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和高维加权基因共表达网络分析，揭示了颈动脉粥样硬化斑块进展中的关键分子特征	本研究首次识别出在高级斑块中显著增加浸润的单核细胞亚群，并基于此开发了区分早期和高级斑块的机器学习模型	本研究主要基于单细胞RNA测序数据，未来需进一步验证这些发现在临床样本中的适用性	揭示颈动脉粥样硬化斑块进展中的免疫细胞特征和诊断标志物	颈动脉粥样硬化斑块中的免疫细胞和分子特征	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	卷积神经网络	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
308	2024-11-27	Cross-species single-cell RNA sequencing reveals divergent phenotypes and activation states of adaptive immunity in human carotid and experimental murine atherosclerosis 2024-Nov-25, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae154 PMID:39041203	研究论文	通过跨物种单细胞RNA测序揭示人类颈动脉和实验性小鼠动脉粥样硬化中适应性免疫的不同表型和激活状态	首次通过单细胞RNA测序技术比较了人类和小鼠动脉粥样硬化中的免疫细胞组成和激活状态，发现两者存在显著差异	研究仅限于颈动脉样本，未涵盖其他部位的动脉粥样硬化	探讨人类和小鼠动脉粥样硬化中适应性免疫细胞的差异及其对疾病进展的影响	人类颈动脉和小鼠动脉粥样硬化中的免疫细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	43名接受颈动脉内膜切除术的患者和7组小鼠单细胞RNA测序数据集
309	2024-11-27	Regulation of Ptbp1-controlled alternative splicing of pyruvate kinase muscle by liver kinase B1 governs vascular smooth muscle cell plasticity in vivo 2024-Nov-25, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae187 PMID:39189621	研究论文	研究探讨了Lkb1通过调控Ptbp1依赖的PKM选择性剪接，维持血管平滑肌细胞的收缩状态，抑制其可塑性	首次揭示了Lkb1在调控血管平滑肌细胞可塑性和命运中的关键作用，并发现PKM2激活剂TEPP-46可以挽救Lkb1缺失引起的血管平滑肌细胞转化和动脉扩张	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证Lkb1和PKM剪接在血管疾病中的作用	探讨血管平滑肌细胞可塑性的关键调控因子及其在血管疾病发展中的作用	血管平滑肌细胞、Lkb1、Ptbp1、PKM剪接	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序、基于成像的谱系追踪	NA	RNA	使用tamoxifen诱导的Lkb1flox/flox;Myh11-Cre/ERT2小鼠模型，以及人类动脉瘤组织样本
310	2024-11-27	Predicting survival in bladder cancer with a novel apoptotic gene-related prognostic model 2024-Nov-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01575-z PMID:39580765	研究论文	本文建立了一种基于凋亡基因的新型膀胱癌预后模型，并通过多种分析方法验证了其预测生存率和免疫治疗反应的能力	首次基于凋亡基因建立了膀胱癌的预后模型，并验证了其在预测生存率和免疫治疗反应中的有效性	NA	建立并验证一种基于凋亡基因的膀胱癌预后模型，评估其在预测患者生存率和免疫治疗反应中的作用	膀胱癌患者的生存率和免疫治疗反应	数字病理学	膀胱癌	单细胞测序	Cox回归分析	mRNA表达数据	TCGA和GEO数据库中的数据
311	2024-11-27	Exploring new mechanisms in cancer molecular pathways and pathogenic cell transformation: PIP4K2A as a prognostic marker and therapeutic target in cutaneous malignant melanoma 2024-Nov-23, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01555-3 PMID:39579298	研究论文	研究探讨了PIP4K2A基因在皮肤恶性黑色素瘤中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	利用单细胞测序和机器学习技术，研究了PIP4K2A基因在皮肤恶性黑色素瘤中的表达及其对T细胞介导的免疫反应的影响	NA	探讨PIP4K2A基因在皮肤恶性黑色素瘤中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	PIP4K2A基因在皮肤恶性黑色素瘤中的表达及其对T细胞介导的免疫反应的影响	数字病理学	皮肤癌	单细胞转录组测序	机器学习模型	基因表达数据	来自皮肤黑色素瘤患者的样本
312	2024-11-27	Integration of the bulk transcriptome and single-cell transcriptome reveals efferocytosis features in lung adenocarcinoma prognosis and immunotherapy by combining deep learning 2024-Nov-23, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03571-3 PMID:39580462	研究论文	本研究整合了大量转录组和单细胞转录组数据，通过深度学习揭示了肺腺癌预后和免疫治疗中的吞噬作用特征	开发了一种新的与吞噬作用相关的基因预后特征，能够准确预测肺腺癌患者的生存预后和治疗效果	NA	研究吞噬作用在肺腺癌预后和免疫治疗中的作用	肺腺癌患者及其相关基因和免疫微环境	数字病理学	肺癌	深度学习	NA	转录组数据	涉及TCGA、GEO和CTRP数据库中的多个样本
313	2024-11-27	Single-cell RNA sequencing reveals immune microenvironment niche transitions during the invasive and metastatic processes of ground-glass nodules and part-solid nodules in lung adenocarcinoma 2024-Nov-23, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02177-7 PMID:39580469	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了肺腺癌中磨玻璃结节和部分实性结节在侵袭和转移过程中的免疫微环境转变	首次揭示了CXCL9+和TREM2+肿瘤相关巨噬细胞在不同阶段的显著富集变化，并发现GGN-LUAD在侵袭阶段表现出更强的免疫反应	样本量较小，仅包括8例GGN-LUAD和7例PSN-LUAD，可能影响结果的普适性	探索肺腺癌不同放射学表型的异质性及其影响肿瘤演变的关联因素	肺腺癌中的磨玻璃结节和部分实性结节	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	8例GGN-LUAD和7例PSN-LUAD，以及4例邻近正常组织
314	2024-11-27	Regulation of disease-associated microglia in the optic nerve by lipoxin B4 and ocular hypertension 2024-Nov-20, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-024-00775-z PMID:39568070	研究论文	研究了脂氧素B4和眼压对视神经中疾病相关小胶质细胞的调控作用	首次揭示了脂氧素B4在视网膜和视神经中对小胶质细胞的调控作用，并发现其在眼压诱导的神经退行性病变中的神经保护机制	研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步验证在人类中的适用性	探讨脂氧素B4在眼压诱导的神经退行性病变中对小胶质细胞的调控作用	视网膜和视神经中的小胶质细胞	数字病理学	眼科疾病	单细胞RNA测序、RNA测序、qPCR、免疫组化	NA	基因表达数据	小鼠眼模型
315	2024-11-27	TARGET-seq: Linking single-cell transcriptomics of human dopaminergic neurons with their target specificity 2024-Nov-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2410331121 PMID:39541349	研究论文	本文介绍了一种名为TARGET-seq的新方法，用于将人类多巴胺能神经元的单细胞转录组与其目标特异性联系起来	开发了TARGET-seq技术，通过AAV介导的逆行富集转录组来标记投射，从而将多巴胺能神经元的转录组与其在大脑前部的特定目标结构联系起来	NA	探讨不同多巴胺能神经元的分子表达谱与其特定功能或经典分类（如mesolimbic和nigrostriatal）之间的关系	人类多巴胺能神经元的单细胞转录组及其目标特异性	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
316	2024-11-27	Clustering-independent estimation of cell abundances in bulk tissues using single-cell RNA-seq data 2024-Nov-18, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100905 PMID:39561717	研究论文	本文介绍了一种名为ConDecon的聚类无关方法，用于从单细胞RNA测序数据中估计批量组织中的细胞丰度	ConDecon方法在表型分辨率和功能上相对于基于回归的方法有所改进，能够推断单细胞数据集中每个细胞在批量组织中的存在可能性，并应用于神经退行性微胶质炎症途径在儿童室管膜瘤间充质转化中的作用研究	NA	开发一种新的计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断批量组织中的细胞组成	单细胞RNA测序数据和批量组织数据	生物信息学	儿童室管膜瘤	单细胞RNA测序	ConDecon方法	RNA测序数据	NA
317	2024-11-27	Non-coding RNAs in oral cancer: Emerging biomarkers and therapeutic frontier 2024-Nov-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e40096 PMID:39583806	研究论文	本文探讨了非编码RNA在口腔癌中的潜在诊断和治疗作用	结合空间转录组学和空间代谢组学与单细胞RNA测序，深入研究肿瘤微环境，提高诊断和治疗的精准度	NA	探讨非编码RNA作为口腔癌诊断和治疗工具的潜力	口腔癌及其相关非编码RNA	数字病理学	口腔癌	空间转录组学、空间代谢组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
318	2024-11-27	Joint representation and visualization of derailed cell states with Decipher 2024-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.11.566719 PMID:38014231	研究论文	本文介绍了一种名为Decipher的深度生成模型，用于表征偏离正常状态的细胞状态轨迹	Decipher能够联合建模和可视化正常和扰动单细胞RNA-seq数据中的基因表达和细胞状态，揭示共享和破坏的动力学	NA	开发一种有效的计算工具，用于整合跨条件的单细胞基因组数据并表征从正常到异常细胞状态的转变	正常和扰动单细胞RNA-seq数据中的基因表达和细胞状态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	深度生成模型	基因表达数据	NA
319	2024-11-27	A signal-diffusion-based unsupervised contrastive representation learning for spatial transcriptomics analysis 2024-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae663 PMID:39546378	研究论文	提出了一种基于信号扩散的无监督对比表示学习方法（SDUCL），用于空间转录组学分析	设计了一种信号扩散微环境发现算法，通过模拟生物信号扩散过程，有效捕捉和整合细胞微环境中的交互信息	未提及具体局限性	学习细胞/位点的低维潜在嵌入，以解析组织异质性和分析生物功能	空间转录组学数据，包括正常和肿瘤组织	生物信息学	肿瘤	信号扩散	无监督对比学习	基因表达数据、空间信息、图像数据	涉及多个物种的空间转录组学数据集
320	2024-11-27	Identification and analysis of a cell communication prognostic signature for oral squamous cell carcinoma at bulk and single-cell levels 2024-Nov, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70166 PMID:39580787	研究论文	本文通过单细胞和批量测序数据分析，构建了一个新的免疫相关基因预后模型，用于预测口腔鳞状细胞癌患者的预后和免疫治疗反应	首次整合单细胞和批量测序数据，构建了一个免疫相关基因预后模型，并验证了FCRL4对口腔鳞状细胞癌细胞的影响	需要进一步的临床试验来验证模型的实际应用效果	开发一个能够有效预测口腔鳞状细胞癌患者预后和免疫治疗反应的预后模型	口腔鳞状细胞癌的免疫微环境分析和预后模型构建	数字病理学	口腔癌	单细胞测序、批量测序、WGCNA分析、XGBoost	XGBoost	基因表达数据	未明确提及具体样本数量