单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 577 篇文献，本页显示第 261 - 280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2024-12-19 |
A composite scaling network of EfficientNet for improving spatial domain identification performance
2024-11-25, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-07286-z
PMID:39587274
|
研究论文 | 本研究提出了一种基于EfficientNet复合缩放网络的EfNST方法，用于提高空间转录组学中空间域识别的性能 | EfNST方法利用EfficientNet学习多尺度图像特征，相比其他算法在多个数据集上表现出更高的精度和更强的数据扩展性和操作效率 | NA | 提高空间转录组学中空间域识别的精确性 | 空间转录组学中的图像数据和基因表达数据 | 计算机视觉 | NA | EfficientNet | EfficientNet | 图像 | 六个数据集来自三个测序平台 | NA | NA | NA | NA |
| 262 | 2024-12-19 |
Single-Cell Analysis: A Method for In-Depth Phenotyping of Cells Involved in Asthma
2024-Nov-25, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms252312633
PMID:39684345
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研究论文 | 本文探讨了单细胞分析技术在哮喘相关细胞表型研究中的应用 | 利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）深入研究哮喘的病理机制，并发现了多种新的免疫细胞亚型和集群 | 仍存在一些局限性，需要在未来研究中进一步完善 | 深入了解哮喘的病理机制及其相关免疫细胞的功能 | 哮喘相关的免疫细胞，包括树突状细胞、嗜酸性粒细胞、固有淋巴细胞、淋巴细胞、肥大细胞和中性粒细胞 | 数字病理学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 263 | 2024-12-19 |
A novel computational model ITHCS for enhanced prognostic risk stratification in ESCC by correcting for intratumor heterogeneity
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae631
PMID:39690882
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研究论文 | 本文开发了一种名为ITHCS的计算模型，通过校正肿瘤内异质性来提高食管鳞状细胞癌（ESCC）的预后风险分层准确性 | 本文的创新点在于结合多区域bulk和单细胞RNA测序数据，识别出在不同肿瘤区域表达模式一致但在患者间差异显著的基因，并利用多种机器学习算法进行特征选择和模型构建，显著提高了预后模型的准确性和泛化能力 | NA | 提高食管鳞状细胞癌（ESCC）预后风险分层的准确性 | 食管鳞状细胞癌（ESCC）患者的预后风险 | 数字病理学 | 食管癌 | RNA测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 264 | 2024-12-18 |
Targeting Precision in Cancer Immunotherapy: Naturally-Occurring Antigen-Specific TCR Discovery with Single-Cell Sequencing
2024-Nov-30, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16234020
PMID:39682207
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研究论文 | 本文介绍了一种利用单细胞RNA测序技术发现自然发生的抗原特异性TCR的方法，用于癌症免疫治疗中的TCR-T细胞疗法 | 本文提出了一种全面分析自然发生的抗原特异性TCR的方法，能够识别超过100种抗原特异性TCR克隆型，显著提高了抗原特异性T细胞的比例 | NA | 开发一种全面发现和分析自然发生的抗原特异性TCR的方法，用于TCR-T细胞疗法的开发 | 抗原特异性TCR和TCR-T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络（ERGO-II） | RNA | 外周血中的CD8 T淋巴细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 265 | 2024-12-18 |
SIGRN: Inferring Gene Regulatory Network with Soft Introspective Variational Autoencoders
2024-Nov-27, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms252312741
PMID:39684451
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研究论文 | 本文提出了一种名为SIGRN的软内省对抗基因调控网络无监督推断模型，通过引入对抗机制改进变分自编码器模型，以提高基因调控网络推断的准确性 | 提出了SIGRN模型，通过引入对抗机制改进变分自编码器，避免了生成低质量数据的问题，并采用“软”内省对抗模式减少额外神经网络和参数的训练 | 未提及具体局限性 | 提高基因调控网络推断的准确性 | 基因调控网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 变分自编码器 (VAE) | 基因数据 | 未提及具体样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 266 | 2024-12-18 |
Machine Learning Integration with Single-Cell Transcriptome Sequencing Datasets Reveals the Impact of Tumor-Associated Neutrophils on the Immune Microenvironment and Immunotherapy Outcomes in Gastric Cancer
2024-Nov-26, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms252312715
PMID:39684426
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研究论文 | 本研究通过整合机器学习与单细胞转录组测序数据，揭示了肿瘤相关中性粒细胞在胃癌免疫微环境和免疫治疗结果中的影响 | 首次通过大规模单细胞RNA测序数据分析，识别出与免疫检查点抑制剂治疗反应相关的肿瘤相关中性粒细胞亚群，并构建了预测患者生存的风险评分模型 | 研究仅限于胃癌、结直肠癌和肺癌的数据，结果的普适性有待进一步验证 | 探讨肿瘤相关中性粒细胞在胃癌免疫微环境和免疫治疗结果中的作用 | 胃癌、结直肠癌和肺癌中的肿瘤相关中性粒细胞及其对免疫检查点抑制剂的反应 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | 风险评分模型 | 转录组数据 | 超过600,000个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 267 | 2024-12-18 |
Decoding Chemotherapy Resistance of Undifferentiated Pleomorphic Sarcoma at the Single Cell Resolution: A Case Report
2024-Nov-26, Journal of clinical medicine
IF:3.0Q1
DOI:10.3390/jcm13237176
PMID:39685635
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病例报告 | 本研究描述了一例对化疗产生抗性的未分化多形性肉瘤（UPS）的单细胞转录组特征 | 首次描述了对两线化疗产生抗性的UPS的单细胞转录组，展示了肿瘤细胞和肿瘤微环境（TME）亚群中的基因表达，这些可能是个性化癌症治疗的潜在标志物 | 本研究仅基于单一病例，样本量较小，可能无法代表所有UPS病例 | 研究对化疗产生抗性的UPS的细胞组成和转录组特征 | 未分化多形性肉瘤（UPS）的肿瘤细胞和肿瘤微环境（TME） | 数字病理学 | 软组织肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 1例58岁女性患者的UPS样本 | NA | NA | NA | NA |
| 268 | 2024-12-18 |
Flow Cytometry Analyses of Meningioma Immune Cell Composition Using a Short, Optimized Digestion Protocol
2024-Nov-25, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16233942
PMID:39682129
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研究论文 | 本研究优化了一种快速消化脑膜瘤组织以生成单细胞悬液的协议，并通过流式细胞术分析了浸润的免疫细胞组成 | 提出了一个优化的短时间消化协议，能够快速生成可行的单细胞悬液，并揭示了脑膜瘤中浸润的抗原呈递细胞和淋巴细胞 | 研究仅基于两个患者样本，样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 优化脑膜瘤组织的消化协议，并研究浸润的免疫细胞组成，以探索新的非手术治疗选择 | 脑膜瘤组织中的浸润免疫细胞 | NA | 脑膜瘤 | 流式细胞术 | NA | 细胞 | 两个患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 269 | 2024-12-18 |
OVsignGenes: A Gene Expression-Based Neural Network Model Estimated Molecular Subtype of High-Grade Serous Ovarian Carcinoma
2024-Nov-25, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16233951
PMID:39682139
|
研究论文 | 本文开发了一种基于基因表达数据的神经网络模型OVsignGenes，用于预测高级别浆液性卵巢癌的分子亚型 | 本文首次提出了一个基于深度神经网络的模型OVsignGenes，能够抵抗平台效应，并在测试数据集上表现出高准确性 | 本文仅基于已有的基因表达数据进行分析，未涉及其他类型的数据或实验验证 | 开发一种能够准确预测高级别浆液性卵巢癌分子亚型的模型，以支持个性化医疗和靶向治疗的发展 | 高级别浆液性卵巢癌的分子亚型 | 数字病理学 | 卵巢癌 | RNA-seq | 神经网络 | 基因表达数据 | 535个样本，包括60个单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 270 | 2024-12-18 |
scPAS: single-cell phenotype-associated subpopulation identifier
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae655
PMID:39681325
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scPAS的新型生物信息学工具，用于整合批量数据以识别单细胞数据中与表型相关的细胞亚群 | scPAS通过网络正则化的稀疏回归模型量化单细胞数据中每个细胞与表型之间的关联，并通过排列检验估计这些关联的显著性，从而识别与表型相关的细胞亚群 | NA | 开发一种新的工具来识别单细胞数据中与疾病表型相关的细胞亚群 | 单细胞数据中的细胞亚群与疾病表型的关联 | 生物信息学 | 乳腺癌、卵巢癌、动脉粥样硬化 | 单细胞测序分析 | 稀疏回归模型 | 单细胞数据、空间转录组数据 | 模拟数据和来自乳腺癌、卵巢癌、动脉粥样硬化的各种单细胞数据集，以及来自多种癌症的空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 271 | 2024-12-17 |
Inferring single-cell resolution spatial gene expression via fusing spot-based spatial transcriptomics, location, and histology using GCN
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae630
PMID:39656774
|
研究论文 | 提出了一种基于Vision Transformer和图卷积网络的多模态信息融合方法scstGCN，用于推断单细胞分辨率的空间基因表达 | scstGCN通过融合组织学图像、基于spot的空间转录组数据和空间位置信息，实现了单细胞水平的空间基因表达超分辨率推断 | NA | 提高空间转录组技术的分辨率，以更准确地推断基因表达水平 | 不同组织类型的空间转录组数据，包括疾病和健康样本 | 数字病理学 | NA | 空间转录组技术 | 图卷积网络（GCN） | 图像和文本 | 多种组织的ST数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 272 | 2024-10-09 |
Correction to: Single-cell RNA sequencing reveals the important role of Dcaf17 in spermatogenesis of golden hamsters
2024-Nov-11, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioae144
PMID:39376075
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 273 | 2024-12-16 |
Impact of Mitophagy-Related Genes on the Diagnosis and Development of Esophageal Squamous Cell Carcinoma via Single-Cell RNA-seq Analysis and Machine Learning Algorithms
2024-Nov-28, Journal of microbiology and biotechnology
IF:2.5Q3
DOI:10.4014/jmb.2407.07052
PMID:39344350
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研究论文 | 研究探讨了自噬相关基因在食管鳞状细胞癌诊断和预后中的作用，通过单细胞RNA测序和机器学习算法构建预测模型 | 首次通过单细胞RNA测序和机器学习算法构建了基于自噬相关基因的食管鳞状细胞癌预测模型，并验证了PYCARD基因在其中的关键作用 | 研究主要基于基因数据和机器学习模型，未涉及临床试验验证 | 探讨自噬相关基因在食管鳞状细胞癌诊断和预后中的作用，提供新的治疗策略 | 食管鳞状细胞癌及其自噬相关基因 | 机器学习 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 基因数据 | 169个自噬相关基因 | NA | NA | NA | NA |
| 274 | 2024-12-14 |
Single-cell transcriptomics: a new frontier in plant biotechnology research
2024-Nov-25, Plant cell reports
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s00299-024-03383-9
PMID:39585480
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综述 | 本文综述了单细胞转录组技术在植物生物技术研究中的最新进展及其对植物发育理解的深远影响 | 单细胞转录组技术提供了前所未有的细胞分辨率，揭示了复杂的细胞过程和发育途径 | 单细胞转录组技术在植物研究中面临样本准备、细胞分离、数据复杂性和计算分析等挑战 | 探讨单细胞转录组技术在植物生物技术中的应用及其未来发展前景 | 植物细胞的基因表达、发育过程和环境响应 | 植物生物技术 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 275 | 2024-12-14 |
Expression of Anoikis-Related Genes and Potential Biomarkers in Colon Cancer Based on RNA-seq and scRNA-seq
2024-Nov, Applied biochemistry and biotechnology
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s12010-024-04957-9
PMID:38727936
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研究论文 | 本研究整合了结肠癌样本的转录组和单细胞RNA测序数据，评估了患者分层、预后以及不同细胞类型中与失巢凋亡相关基因的表达，并构建了结肠癌风险模型 | 首次通过整合转录组和单细胞RNA测序数据，评估了结肠癌患者分层、预后以及不同细胞类型中与失巢凋亡相关基因的表达，并构建了结肠癌风险模型 | 研究仅基于现有数据集，未进行体外或体内实验验证 | 通过整合转录组和单细胞RNA测序数据，评估结肠癌患者分层、预后以及不同细胞类型中与失巢凋亡相关基因的表达，并构建结肠癌风险模型 | 结肠癌样本的转录组和单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 结肠癌 | RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据，单细胞转录组数据 | 结肠癌样本 | NA | NA | NA | NA |
| 276 | 2024-12-13 |
Mutual information for detecting multi-class biomarkers when integrating multiple bulk or single-cell transcriptomic studies
2024-Nov-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae696
PMID:39563471
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研究论文 | 本文提出了一种基于互信息的统计框架MICA，用于在整合多个bulk或单细胞转录组学研究时检测多类生物标志物 | 本文的创新点在于提出了一种新的统计框架MICA，通过互信息从信息论的角度检测具有一致多类表达模式的生物标志物，适用于多类设计的研究 | 本文的局限性在于主要集中在转录组学数据上，未涵盖其他类型的组学数据 | 本文的研究目的是开发一种新的方法，用于在整合多个转录组学研究时检测多类生物标志物 | 本文的研究对象是多类设计的转录组学研究中的生物标志物 | 生物信息学 | 乳腺癌 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 包括小鼠代谢相关转录组研究的四个组织和三种雌激素治疗表达谱的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 277 | 2024-12-12 |
From fallopian tube epithelium to high-grade serous ovarian cancer: A single-cell resolution review of sex steroid hormone signaling
2024-Nov, Progress in lipid research
IF:14.0Q1
DOI:10.1016/j.plipres.2024.101302
PMID:39396711
|
综述 | 本文探讨了从输卵管上皮到高级别浆液性卵巢癌的性类固醇激素信号传导的分子机制 | 提供了性类固醇受体、类固醇生成和类固醇代谢酶的综合基因表达图谱，揭示了不同细胞群体在卵巢癌发生中的作用 | NA | 探讨高级别浆液性卵巢癌的早期分子机制及其预防和早期检测策略 | 输卵管上皮细胞和高级别浆液性卵巢癌 | NA | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 278 | 2024-12-12 |
scGRN-Entropy: Inferring cell differentiation trajectories using single-cell data and gene regulation network-based transfer entropy
2024-Nov, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012638
PMID:39585902
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研究论文 | 提出了一种新的方法scGRN-Entropy，用于从单细胞RNA测序数据中推断细胞分化轨迹和伪时间 | 通过整合基因调控网络的动态变化，提高了细胞分化轨迹推断的准确性 | NA | 研究细胞分化过程，揭示疾病（如癌症）的内在机制，并推动治疗和精准医学的发展 | 单细胞RNA测序数据中的细胞分化轨迹 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 最小生成树算法 | 基因表达数据 | 八个不同的真实单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 279 | 2024-12-11 |
Key Regulatory Elements of the TGFβ-LRRC15 Axis Predict Disease Progression and Immunotherapy Resistance Across Cancer Types
2024-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.22.624939
PMID:39651139
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研究论文 | 本文研究了TGFβ-LRRC15轴的关键调控元件，揭示其在不同癌症类型中预测疾病进展和免疫治疗抵抗的潜力 | 本文通过结合功能性化合物筛选和单细胞RNA测序，揭示了调控TGFβ增加LRRC15表达的关键基因特征，并验证了这些基因在预测免疫治疗反应中的潜力 | 本文主要基于细胞模型进行验证，尚未在临床试验中验证其效果 | 揭示TGFβ-LRRC15轴的关键调控元件，并探索其在个性化免疫治疗中的应用 | TGFβ-LRRC15轴的关键调控基因及其在癌症进展和免疫治疗抵抗中的作用 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 基因调控网络 | 基因表达数据 | 细胞模型 | NA | NA | NA | NA |
| 280 | 2024-12-11 |
An estrogen receptor signaling transcriptional program linked to immune evasion in human hormone receptor-positive breast cancer
2024-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.23.619172
PMID:39651157
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研究论文 | 本文研究了雌激素受体信号传导程序与激素受体阳性乳腺癌中免疫逃避的关系 | 首次定义并研究了与雌激素受体信号传导（ERS）和免疫信号相关的基因模块，揭示了ERS与T细胞浸润减少的潜在机制 | 研究主要基于批量和单细胞转录组数据，缺乏功能验证实验 | 探讨雌激素受体信号传导在激素受体阳性乳腺癌中免疫逃避的机制 | 激素受体阳性乳腺癌组织和细胞系 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组测序，多重免疫荧光 | NA | 转录组数据，免疫荧光图像 | 来自多个临床来源的乳腺癌组织和人类细胞系 | NA | NA | NA | NA |