单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2024-11-26	Upregulation of CD244 promotes CD8+ T cell exhaustion in patients with alveolar echinococcosis and a murine model 2024-Nov-23, Parasites & vectors IF:3.0Q1 DOI:10.1186/s13071-024-06573-2 PMID:39578914	研究论文	研究CD244在肺吸虫病患者和鼠模型中促进CD8+ T细胞耗竭的作用	首次揭示了CD244在介导CD8+ T细胞耗竭中的作用，并探讨了其在肺吸虫病恶性进展中的机制	研究主要基于体外和体内模型，缺乏对人类患者的长期随访数据	探讨CD244在肺吸虫病患者中促进CD8+ T细胞耗竭的作用及其机制	肺吸虫病患者的CD8+ T细胞和鼠模型	免疫学	寄生虫病	单细胞RNA测序、免疫组化、免疫荧光、流式细胞术	NA	RNA序列、图像	肺吸虫病患者的肝组织样本和CD244缺陷小鼠
262	2024-11-26	Single-cell sequencing reveals PTX3 involvement in ovarian cancer metastasis 2024-Nov-23, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-024-01558-2 PMID:39580424	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫组化技术，揭示了PTX3在卵巢癌腹膜转移中的作用及其机制	首次证实PTX3在卵巢癌转移病灶中的表达高于原发病灶，并发现PTX3通过激活EMT和NF-κB信号通路促进卵巢癌细胞的转移能力	NA	探讨PTX3在卵巢癌腹膜转移中的作用及其分子机制	卵巢癌细胞、PTX3表达及其功能	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序、免疫组化、免疫荧光、共免疫沉淀	NA	RNA	NA
263	2024-11-26	Single-cell analysis uncovers liver susceptibility to pancreatic cancer metastasis via myeloid cell characterization 2024-Nov-22, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01566-0 PMID:39578286	研究论文	通过单细胞RNA测序分析胰腺癌肝转移的肿瘤免疫微环境特征	发现了与胰腺癌肝转移相关的特定巨噬细胞亚群Mph_SPP1，并揭示了其在调节血管生成和肿瘤侵袭中的作用	研究仅限于单细胞RNA测序数据，未涉及其他类型的实验验证	探究胰腺癌肝转移的肿瘤免疫微环境特征	胰腺癌和结直肠癌的肝转移样本	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括胰腺癌肝转移、结直肠癌肝转移、原发性胰腺癌、原发性结直肠癌以及外周血单核细胞和邻近正常胰腺组织样本
264	2024-11-26	Immunotherapy that improves response to chemotherapy in high-grade serous ovarian cancer 2024-Nov-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54295-x PMID:39578450	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了高级别浆液性卵巢癌中的肿瘤浸润免疫细胞，发现了一些可以增强新辅助化疗反应的潜在靶点	本文首次在高级别浆液性卵巢癌中发现新辅助化疗诱导的stabilin-1和FOXP3表达上调，并通过体外实验和动物模型验证了这些靶点的有效性	本文主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床试验中验证这些靶点的效果	研究如何通过免疫疗法增强高级别浆液性卵巢癌患者对化疗的反应	高级别浆液性卵巢癌中的肿瘤浸润免疫细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	64,097个细胞样本和69,781个细胞样本分别来自患者和同基因小鼠模型
265	2024-11-26	Lenalidomide-induced pure red cell aplasia is associated with elevated expression of MHC-I molecules on erythrocytes 2024-Nov-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54571-w PMID:39578482	研究论文	研究揭示了来那度胺诱导的纯红细胞再生障碍与红细胞上MHC-I分子高表达的关联	首次揭示了来那度胺治疗后红细胞上MHC-I分子异常高表达与纯红细胞再生障碍的关系	研究仅基于单一病例，需要更多病例验证	探讨来那度胺治疗后纯红细胞再生障碍的机制	多发性骨髓瘤患者及其红细胞和T细胞	NA	多发性骨髓瘤	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	单一病例
266	2024-11-26	VGAE-CCI: variational graph autoencoder-based construction of 3D spatial cell-cell communication network 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae619 PMID:39581873	研究论文	提出了一种基于变分图自编码器的深度学习框架VGAE-CCI，用于构建三维空间细胞间通信网络	该方法能够识别跨多层组织的细胞间通信，并适用于具有缺失或部分不完整数据的空间转录组数据	未提及	解决空间转录组数据中的不完整性和系统偏差问题，以及跨多层组织的细胞间通信分析	细胞间通信网络	生物信息学	NA	空间转录组测序 (ST-seq)	变分图自编码器 (VGAE)	空间转录组数据	六个数据集
267	2024-11-26	BioDSNN: a dual-stream neural network with hybrid biological knowledge integration for multi-gene perturbation response prediction 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae617 PMID:39584702	研究论文	本文提出了一种双流神经网络架构BioDSNN，用于预测多基因扰动响应	结合生成模型和生物知识网络，实现了对单细胞RNA-seq数据的双模态深度理解	NA	研究基因扰动对细胞的影响，并提出一种新的计算模型来预测未见过的基因扰动组合	单细胞RNA-seq数据和基因扰动响应	机器学习	NA	生成模型、图网络、掩码变换器	双流神经网络	基因数据	NA
268	2024-11-26	ETV2 transcriptionally activates Rig1 gene expression and promotes reprogramming of the endothelial lineage 2024-11-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-78115-w PMID:39562637	研究论文	研究探讨了ETV2转录因子通过激活Rig1基因表达促进成纤维细胞向内皮细胞重编程的分子机制	首次揭示了ETV2通过直接激活Rig1基因表达来促进成纤维细胞向内皮细胞的重编程	研究主要集中在体外实验，缺乏体内验证	揭示ETV2介导的成纤维细胞向内皮细胞重编程的分子机制	ETV2转录因子和Rig1基因在成纤维细胞重编程中的作用	NA	心血管疾病	ChIP-seq、电泳迁移率变动分析、转录分析	NA	RNA-seq	使用了携带可诱导ETV2表达系统的鼠胚胎成纤维细胞（MEFs）
269	2024-11-26	Tissue factor pathway inhibitor 2 (TFPI2) is a potential serum biomarker for clear cell renal carcinoma 2024-11-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-80248-x PMID:39562727	研究论文	研究评估了组织因子途径抑制剂2（TFPI2）作为透明细胞肾细胞癌（RCC）的潜在血清生物标志物的有效性	TFPI2作为透明细胞肾细胞癌的潜在血清生物标志物，提供了改进检测和预后评估的途径	NA	评估TFPI2作为透明细胞肾细胞癌的生物标志物的有效性	透明细胞肾细胞癌患者的血清样本和健康志愿者的血清样本	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序	NA	血清	肾细胞癌患者和健康志愿者的血清样本
270	2024-11-26	Sample multiplexing for retinal single-cell RNA sequencing 2024-Nov-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111250 PMID:39569377	研究论文	本文介绍了一种用于视网膜单细胞RNA测序的样本多重化方法	本文提出了一种样本多重化方法，通过使用胆固醇修饰的寡核苷酸对每个样本进行唯一序列条形码标记，从而在生物信息学上解析样本来源	本文未详细讨论该方法在其他细胞类型或物种中的适用性	研究目的是开发一种能够在单细胞RNA测序中解析样本来源的方法	研究对象是视网膜神经节细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA	小鼠视网膜样本
271	2024-11-26	Cryptotanshinone alleviates immunosuppression in endometriosis by targeting MDSCs through JAK2/STAT3 pathway 2024-Nov-14, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2024.156227 PMID:39580997	研究论文	研究了Cryptotanshinone通过JAK2/STAT3信号通路减轻子宫内膜异位症中的免疫抑制作用	首次证明了Cryptotanshinone通过抑制MDSC的积累和调节MDSC介导的免疫反应，成为治疗子宫内膜异位症的有前途的天然化合物	NA	探讨Cryptotanshinone通过JAK2/STAT3信号通路调节MDSC的治疗潜力及其对免疫微环境和子宫内膜异位症病变生长的影响	子宫内膜异位症患者及其免疫细胞	NA	子宫内膜异位症	转录组数据分析、单细胞RNA测序、表面等离子体共振、细胞热位移分析、流式细胞术、免疫荧光、Western blot	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	C57BL/6J子宫内膜异位症小鼠模型、体外骨髓来源的MDSC
272	2024-11-26	Actin Dysregulation Induces Neuroendocrine Plasticity and Immune Evasion: A Vulnerability of Small Cell Lung Cancer 2024-Nov-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.15.528365 PMID:36824957	研究论文	研究了CRACD在小细胞肺癌中的作用及其对肿瘤细胞可塑性和免疫逃逸的影响	首次揭示了CRACD通过调节肌动蛋白聚合和EZH2介导的H3K27甲基化，影响小细胞肺癌的肿瘤细胞可塑性和免疫逃逸	研究主要集中在CRACD和EZH2的作用，未全面探讨其他潜在的调控机制	探讨小细胞肺癌中肿瘤细胞可塑性和免疫逃逸的机制	小细胞肺癌细胞及其相关基因和蛋白质	数字病理学	肺癌	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	涉及小细胞肺癌患者肿瘤样本
273	2024-11-26	Cross-tissue organization of myeloid cells in scleroderma and related fibrotic diseases 2024-Nov-01, Current opinion in rheumatology IF:5.2Q1 DOI:10.1097/BOR.0000000000001047 PMID:39171604	综述	本文综述了硬皮病及相关纤维化疾病中髓系细胞在不同组织中的分布情况	通过单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析，提出了一种统一的髓系细胞命名法，并发现了一种新的树突状细胞亚群DC3	scRNA-Seq研究在髓系细胞类型的命名上存在不一致性	探讨硬皮病及相关纤维化疾病中髓系细胞的组织分布和命名统一	硬皮病、特发性肺纤维化、COVID-19肺纤维化、骨髓纤维化及肝、肾、心脏纤维化中的髓系细胞	数字病理学	硬皮病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	涉及多种纤维化疾病的多个组织样本
274	2024-11-26	Single-cell RNA-seq in diabetic foot ulcer wound healing 2024 Nov-Dec, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society IF:3.8Q1 DOI:10.1111/wrr.13218 PMID:39264020	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究糖尿病足溃疡伤口愈合过程中的细胞亚群、基因和分子	首次利用单细胞RNA测序技术深入研究糖尿病足溃疡伤口愈合的分子机制	NA	探索糖尿病足溃疡伤口愈合的机制并寻找潜在的治疗靶点	糖尿病足溃疡伤口愈合过程中的细胞亚群、基因和分子	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
275	2024-11-26	The neuroendocrine transition in prostate cancer is dynamic and dependent on ASCL1 2024-Nov, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00838-6 PMID:39394434	研究论文	本文介绍了一种多功能体内平台，用于研究前列腺癌进展中的神经内分泌谱系转化	本文引入了一种新的体内平台，用于研究前列腺癌中的神经内分泌转化，并揭示了ASCL1在其中的关键作用	该研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类患者中验证其结果	研究前列腺癌中的神经内分泌转化机制及其对治疗结果的影响	前列腺癌中的神经内分泌转化过程及其依赖的ASCL1基因	数字病理学	前列腺癌	多重免疫荧光和空间转录组学	NA	组织样本	涉及小鼠前列腺器官样本和人类相关驱动突变样本
276	2024-11-26	Differential chromatin accessibility and transcriptional dynamics define breast cancer subtypes and their lineages 2024-Nov, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00773-6 PMID:39478117	研究论文	研究通过多组学技术和空间转录组学分析，揭示了乳腺癌亚型及其潜在起源细胞的基因表达和染色质可及性的特征联系	首次在单细胞水平上分析了乳腺癌亚型及其潜在起源细胞的转录和染色质可及性，并识别了定义基底型和腔型乳腺癌谱系的关键基因	研究样本量较小，仅涉及37名患者，可能影响结果的普适性	探讨乳腺癌亚型及其潜在起源细胞的转录网络特征	乳腺癌亚型及其潜在起源细胞的基因表达和染色质可及性	数字病理学	乳腺癌	多组学技术、空间转录组学、多重成像	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	61个样本，来自37名乳腺癌患者
277	2024-11-25	Spatial dissection of tumour microenvironments in gastric cancers reveals the immunosuppressive crosstalk between CCL2+ fibroblasts and STAT3-activated macrophages 2024-Nov-23, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332901 PMID:39580151	研究论文	本文通过空间转录组学分析胃癌肿瘤微环境，揭示了CCL2+成纤维细胞与STAT3激活的巨噬细胞之间的免疫抑制性交叉对话	本文首次通过空间转录组学技术，详细解析了胃癌肿瘤微环境中不同细胞类型的相互作用及其功能影响	本文主要基于九个原发性胃癌样本的空间转录组数据，样本量有限可能影响结果的普适性	研究胃癌肿瘤微环境中细胞间的相互作用及其功能影响	胃癌肿瘤微环境中的恶性细胞、基质细胞和免疫细胞	数字病理学	胃癌	空间转录组学	NA	转录组数据	九个原发性胃癌样本
278	2024-11-25	MCGAE: unraveling tumor invasion through integrated multimodal spatial transcriptomics 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae608 PMID:39576225	研究论文	本文介绍了一种名为MCGAE的多视角对比图自编码器，用于整合多模态空间转录组数据，以揭示肿瘤侵袭区域	MCGAE通过创建多视角表示和整合基因表达、空间邻接矩阵及形态学图像特征，显著提升了多模态数据处理能力	NA	开发一种先进的深度计算框架，用于复杂的空间转录组数据分析	空间转录组数据，特别是结直肠癌肝转移中的肿瘤侵袭区域	生物医学研究	结直肠癌	空间转录组学	多视角对比图自编码器	基因表达数据、空间坐标数据、形态学信息	模拟数据集和真实空间转录组数据集
279	2024-11-25	Roles of cathepsin S expression levels on the prognosis and tumour microenvironment in clear cell renal cell carcinoma 2024-Nov-21, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01547-3 PMID:39570472	研究论文	研究了组织蛋白酶S在透明细胞肾细胞癌中的表达水平及其对预后和肿瘤微环境的影响	首次探讨了组织蛋白酶S在透明细胞肾细胞癌中的潜在作用及其分子功能，并发现其作为预后生物标志物和免疫相关治疗靶点的潜力	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据分析，体外实验验证较少	探讨组织蛋白酶S在透明细胞肾细胞癌中的表达及其对预后和肿瘤微环境的影响	透明细胞肾细胞癌患者的组织样本和相关数据	数字病理学	肾癌	qRT-PCR, IHC	NA	基因表达数据, 免疫细胞浸润数据, 单细胞测序数据	来自TCGA和GEO数据库的多个透明细胞肾细胞癌样本
280	2024-11-25	Peripheral nerve-derived CSF1 induces BMP2 expression in macrophages to promote nerve regeneration and wound healing 2024-Nov-21, NPJ Regenerative medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41536-024-00379-7 PMID:39572537	研究论文	研究揭示了周围神经来源的CSF1通过诱导巨噬细胞中BMP2表达促进神经再生和伤口愈合的机制	首次验证了神经与巨噬细胞之间的相互作用在去神经伤口愈合中的关键作用，并揭示了CSF1诱导BMP2表达的神经免疫调节途径	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人体中验证其有效性和安全性	探讨炎症和修复性巨噬细胞的调控机制及其在伤口愈合中的作用	巨噬细胞、神经元、伤口愈合过程	NA	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	小鼠早期和晚期皮肤伤口样本