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当前共找到 577 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2025-01-07 |
The network structural entropy for single-cell RNA sequencing data during skin aging
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae698
PMID:39757115
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据分析皮肤老化过程中的基因网络，引入网络结构熵来量化老化过程中基因网络的复杂性 | 引入网络结构熵来量化老化过程中基因网络的复杂性，并发现老化细胞中的整体网络结构熵增加 | 未提及具体局限性 | 理解老化过程中细胞功能变化的分子机制 | 单细胞RNA测序数据中的基因网络 | 生物信息学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | 随机游走模型 | 基因表达数据 | 超过15,000个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 242 | 2025-01-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the changes of the pulmonary immune environment in rat after Siegesbeckia orientalis L. treatment
2024-Nov, Journal of pharmaceutical analysis
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.jpha.2024.101035
PMID:39759974
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了东方泽兰治疗后大鼠肺部免疫环境的变化 | 使用单细胞RNA测序技术详细分析东方泽兰治疗对大鼠肺部免疫环境的影响 | NA | 研究东方泽兰治疗对大鼠肺部免疫环境的影响 | 大鼠肺部免疫环境 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 243 | 2025-01-06 |
Online-adjusted evolutionary biclustering algorithm to identify significant modules in gene expression data
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae681
PMID:39749664
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研究论文 | 本文提出了一种新的基于进化的双聚类算法OAEVOB，用于高效处理大规模基因表达数据 | OAEVOB算法引入了在线调整功能，通过更新突变概率和交叉参数来有效识别显著基因群组 | 现有算法未解决对不同基因表达数据源的泛化问题 | 开发一种可靠的创新方法，用于深入分析生物数据并确保基于准确信息做出决策 | 基因表达数据 | 机器学习 | 癌症 | DNA微阵列、RNA测序、单细胞RNA测序 | 进化算法 | 基因表达数据 | 六个来自不同测序数据源的基因表达数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 244 | 2025-01-06 |
BACT: nonparametric Bayesian cell typing for single-cell spatial transcriptomics data
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae689
PMID:39751646
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研究论文 | 本文提出了一种非参数贝叶斯模型BACT，用于单细胞空间转录组数据的细胞类型分析 | BACT模型无需预先指定细胞类型数量，能够自动从数据中学习细胞类型数量，并利用非参数Potts先验引入邻近细胞的空间依赖性 | NA | 解决现有细胞空间聚类方法需要预先指定细胞类型数量的问题 | 单细胞空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞空间转录组技术 | 非参数贝叶斯模型 | 基因表达数据和空间坐标数据 | 三个单细胞空间转录组数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 245 | 2025-01-06 |
scRNA-seq profiling of human granulocytes reveals expansion of developmentally flexible neutrophil precursors with mixed neutrophil and eosinophil properties in asthma
2024-Nov-04, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiae120
PMID:38814679
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，研究了人类粒细胞在哮喘炎症中的发育灵活性，揭示了未成熟的中性粒细胞在严重哮喘炎症中的扩张及其表达中性粒细胞和嗜酸性粒细胞标记物的现象 | 首次在人类粒细胞中证实了造血灵活性，并揭示了哮喘炎症中未成熟中性粒细胞向嗜酸性粒细胞表型分化的机制 | 研究主要集中于哮喘患者，未涉及其他疾病状态下的粒细胞行为 | 探讨人类粒细胞在哮喘炎症中的发育灵活性及其在嗜酸性粒细胞发育和过敏性疾病中的重要性 | 人类骨髓和循环中的中性粒细胞和嗜酸性粒细胞 | 生物信息学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 未明确提及样本数量，但涉及人类骨髓和循环中的中性粒细胞和嗜酸性粒细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 246 | 2024-12-31 |
Differential Response to Cisplatin between Co-cultured Cells and Pure Cultured Cells Based on Single-cell RNA Sequencing of Three-dimensional-cultured Breast Cancer Cells
2024-Nov-29, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/j.fbl2912406
PMID:39735986
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了三维培养的乳腺癌细胞在共培养和纯培养条件下对顺铂的不同反应 | 首次使用单细胞RNA测序技术分析三维共培养的乳腺癌细胞对顺铂的反应，揭示了共培养模型与纯培养模型在药物反应上的差异 | 研究仅针对MCF-7细胞，未涉及其他类型的乳腺癌细胞，且实验时间较短，可能无法完全反映长期药物反应 | 开发一种实验方法，用于直接共培养三维乳腺癌细胞，并研究其对顺铂的反应 | MCF-7细胞、人乳腺成纤维细胞和人脐静脉内皮细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 三维细胞共培养模型 | RNA测序数据 | 四组细胞培养：未处理的MCF-7细胞组、MCF-7细胞加顺铂组、未处理的共培养组、共培养加顺铂组 | NA | NA | NA | NA |
| 247 | 2024-12-25 |
CPARI: a novel approach combining cell partitioning with absolute and relative imputation to address dropout in single-cell RNA-seq data
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae668
PMID:39715686
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研究论文 | 本文提出了一种名为CPARI的新方法，结合细胞分区与绝对和相对插值技术来解决单细胞RNA测序数据中的dropout问题 | CPARI通过结合细胞分区与绝对和相对插值方法，能够有效区分真实的生物零值和dropout零值，并提高插值的准确性 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中的dropout问题 | 单细胞RNA测序数据中的dropout零值 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 基因表达数据 | 模拟和真实单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 248 | 2024-12-25 |
Temporal genomic analysis of homogeneous tumor models reveals key regulators of immune evasion in melanoma
2024-Nov-20, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-1422
PMID:39715301
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研究论文 | 本文分析了低肿瘤内异质性（ITH）的鼠源肿瘤模型中免疫逃逸的机制，并识别出Mif作为关键的免疫逃逸调控因子 | 首次在低ITH的肿瘤模型中系统分析了免疫逃逸机制，并通过CRISPR敲除筛选识别出Mif作为关键调控因子 | 研究主要基于鼠源肿瘤模型，结果在人类肿瘤中的适用性需要进一步验证 | 揭示低ITH肿瘤模型中免疫逃逸的关键调控因子 | 鼠源低ITH肿瘤模型及黑色素瘤患者数据 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序，CRISPR敲除 | NA | 基因表达数据 | 鼠源肿瘤模型中的单细胞克隆及黑色素瘤患者数据 | NA | NA | NA | NA |
| 249 | 2024-12-25 |
Reprogramming macrophages to treat liver diseases
2024-Nov-12, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001160
PMID:39716928
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综述 | 本文综述了通过重编程巨噬细胞治疗肝脏疾病的潜在靶点和纳米级治疗策略 | 本文结合最新的单细胞和空间转录组学研究，揭示了巨噬细胞在肝脏疾病中的异质性和多方面作用，并探讨了针对巨噬细胞的靶向治疗策略 | 本文主要为综述性文章，未提供具体的实验数据或临床试验结果 | 探讨通过重编程巨噬细胞治疗肝脏疾病的潜在靶点和治疗策略 | 肝脏疾病中的巨噬细胞及其在炎症、损伤和纤维化中的作用 | NA | 肝脏疾病 | 单细胞和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 250 | 2024-12-25 |
Unlocking the Complexity: Exploration of Acute Lymphoblastic Leukemia at the Single Cell Level
2024-11, Molecular diagnosis & therapy
IF:4.1Q1
DOI:10.1007/s40291-024-00739-5
PMID:39190087
|
综述 | 本文综述了单细胞测序技术在急性淋巴细胞白血病（ALL）研究中的应用，探讨了其在揭示ALL分子复杂性、异质性及其与微环境相互作用方面的优势和局限性 | 本文介绍了单细胞测序技术的最新进展，从分析数百个细胞发展到同时分析数千个细胞，使得研究肿瘤异质性成为可能 | 本文主要讨论了单细胞测序技术在ALL研究中的局限性，包括技术复杂性和数据分析的挑战 | 探讨单细胞测序技术在急性淋巴细胞白血病（ALL）研究中的应用 | 急性淋巴细胞白血病（ALL）的分子复杂性、异质性及其与微环境的相互作用 | 数字病理学 | 血液肿瘤 | 单细胞测序 | NA | DNA、RNA、表观遗传修饰、细胞内和细胞表面蛋白 | 数千个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 251 | 2024-12-24 |
stHGC: a self-supervised graph representation learning for spatial domain recognition with hybrid graph and spatial regularization
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae666
PMID:39710435
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研究论文 | 提出了一种名为stHGC的自监督图表示学习框架，用于空间域识别，结合了混合图和空间正则化 | 创新点在于提出了stHGC框架，通过混合邻居图和自监督图表示学习方法，有效整合了空间位置和基因表达信息，并引入了空间正则化约束以保留空间邻居的结构信息 | 未提及具体的局限性 | 旨在解决空间转录组学中有效整合空间位置和基因表达信息的挑战，以准确识别空间域 | 研究对象是空间转录组数据中的空间域识别 | 空间转录组学 | NA | 自监督图表示学习 | 图注意力机制 | 空间转录组数据 | 未提及具体的样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 252 | 2024-12-23 |
scRGCL: a cell type annotation method for single-cell RNA-seq data using residual graph convolutional neural network with contrastive learning
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae662
PMID:39708840
|
研究论文 | 提出了一种基于残差图卷积神经网络和对比学习的单细胞RNA测序数据细胞类型注释方法scRGCL | scRGCL通过残差图卷积神经网络提取复杂的高阶特征，利用对比学习学习有意义的细胞间差异特征，并通过权重冻结避免过拟合 | 现有的深度学习方法未能充分利用细胞间的差异特征，缺乏灵活性以整合高阶特征，且低维基因特征可能导致神经网络过拟合 | 开发一种新的深度学习模型，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型注释 | 单细胞RNA测序数据的细胞类型注释 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 残差图卷积神经网络 | 基因表达数据 | 8个单细胞基准数据集，包括7个人类数据集和1个小鼠数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 253 | 2024-12-21 |
GAADE: identification spatially variable genes based on adaptive graph attention network
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae669
PMID:39701602
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研究论文 | 本文提出了一种基于自适应图注意力网络的GAADE方法，用于识别空间变异基因 | GAADE通过堆叠编码器/解码器层并集成自注意力机制，能够自适应地学习空间域结构，从而更准确地识别空间变异基因 | 本文未提及具体的技术局限性 | 旨在改进现有空间转录组数据分析方法，更准确地识别与特定细胞类型相关的空间变异基因 | 空间转录组数据中的空间变异基因 | 生物信息学 | NA | 空间转录组测序技术 | 图注意力网络 | 空间转录组数据 | 涉及四个不同物种、区域和组织的空间转录组数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 254 | 2024-12-20 |
Identification of the CD8+ T-cell exhaustion signature of hepatocellular carcinoma for the prediction of prognosis and immune microenvironment by integrated analysis of bulk- and single-cell RNA sequencing data
2024-Nov-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-24-650
PMID:39697729
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研究论文 | 本研究通过整合bulk和单细胞RNA测序数据，构建了肝细胞癌的CD8+ T细胞耗竭特征，用于预测患者的预后和免疫微环境 | 首次通过整合bulk和单细胞RNA测序数据，构建了CD8+ T细胞耗竭特征，为评估肝细胞癌患者的预后和免疫微环境提供了新方法 | 研究结果需要在更多独立数据集和临床试验中进一步验证 | 构建基于CD8+ T细胞耗竭特征的模型，用于预测肝细胞癌患者的预后和免疫微环境 | 肝细胞癌患者的CD8+ T细胞耗竭特征 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和高通量RNA测序（RNA-seq） | Cox回归分析模型 | RNA测序数据 | 来自TCGA、GEO和ICGC数据库的肝细胞癌患者RNA-seq数据，以及来自GSE149614的10× scRNA数据 | NA | NA | NA | NA |
| 255 | 2024-12-20 |
Multi-omics decipher the immune microenvironment and unveil therapeutic strategies for postoperative ovarian cancer patients
2024-Nov-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-24-656
PMID:39697734
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研究论文 | 本研究通过多组学数据分析，揭示了卵巢癌术后患者的免疫微环境特征，并提出了新的治疗策略 | 本研究首次利用12种程序性细胞死亡模式构建了新的分类和预后模型，并建立了基于8基因签名的程序性细胞死亡指数（PCDI），用于预测卵巢癌术后患者的预后和药物敏感性 | 本研究的样本量相对较小，且依赖于公开数据库的数据，可能存在数据偏倚 | 探讨程序性细胞死亡模式在卵巢癌术后患者预后和药物敏感性预测中的应用 | 卵巢癌术后患者的免疫微环境和治疗反应 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 转录组学、基因组学、单细胞转录组学 | 机器学习算法 | 基因表达数据、临床信息 | 使用了来自TCGA和GEO数据库的多个数据集，包括批量转录组、基因组和临床信息，以及单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 256 | 2024-12-20 |
Elucidating the molecular and immune interplay between head and neck squamous cell carcinoma and diffuse large B-cell lymphoma through bioinformatics and machine learning
2024-Nov-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-24-1064
PMID:39697749
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研究论文 | 本研究通过生物信息学和机器学习方法，探讨了头颈部鳞状细胞癌与弥漫性大B细胞淋巴瘤之间的分子和免疫相互作用 | 本研究首次通过生物信息学和机器学习方法，识别出头颈部鳞状细胞癌和弥漫性大B细胞淋巴瘤之间的共享生物标志物和潜在治疗靶点 | 本研究主要基于现有数据库的数据进行分析，未来需要进一步的实验验证 | 阐明头颈部鳞状细胞癌与弥漫性大B细胞淋巴瘤之间的分子和免疫相互作用 | 头颈部鳞状细胞癌和弥漫性大B细胞淋巴瘤 | 生物信息学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 机器学习 | NA | 基因表达数据 | 2040个差异表达基因和1983个模块相关基因 | NA | NA | NA | NA |
| 257 | 2024-12-20 |
Integrative multi-omics and machine learning approach reveals tumor microenvironment-associated prognostic biomarkers in ovarian cancer
2024-Nov-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-24-539
PMID:39697754
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研究论文 | 本研究利用多组学整合和机器学习方法，揭示了卵巢癌肿瘤微环境相关的预后生物标志物 | 首次系统性地解码了卵巢癌肿瘤微环境相关的基因特征，并开发了包含免疫细胞标志物的预后模型，展示了其在个性化治疗中的潜力 | NA | 揭示卵巢癌肿瘤微环境相关的预后生物标志物，为个性化治疗提供依据 | 卵巢癌肿瘤微环境及其相关的预后生物标志物 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | LASSO回归 | 基因表达数据 | 来自Gene Expression Omnibus（GSE184880）和The Cancer Genome Atlas（TCGA）的卵巢癌和正常组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 258 | 2024-12-20 |
Depletion of intrinsic renal macrophages with moderate-to-high expression of CD163, MRC1, PTH2R, PDE4D, and CUBN in regulating podocyte injury in diabetic nephropathy: a single-cell RNA sequencing analysis
2024-Nov-30, Translational andrology and urology
IF:1.9Q3
DOI:10.21037/tau-24-569
PMID:39698573
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了糖尿病肾病中肾巨噬细胞的极化及其对足细胞损伤的影响 | 首次揭示了在糖尿病肾病中，表达CD163、MRC1、PTH2R、PDE4D和CUBN的肾巨噬细胞亚群的耗竭与足细胞损伤的关系 | 研究仅基于单核RNA测序数据，未进行体内实验验证 | 探讨糖尿病肾病中肾巨噬细胞的极化及其对足细胞损伤的影响 | 糖尿病肾病患者的肾巨噬细胞及其与足细胞的相互作用 | NA | 糖尿病肾病 | 单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 糖尿病肾病和对照组的肾脏样本 | NA | NA | NA | NA |
| 259 | 2024-12-20 |
Transcriptome and Temporal Transcriptome Analyses in Single Cells
2024-Nov-29, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms252312845
PMID:39684556
|
综述 | 本文综述了单细胞转录组分析技术的发展，特别是结合RNA代谢标记的单细胞RNA测序技术，探讨了其在生物学过程中的应用 | 本文介绍了RNA代谢标记与单细胞RNA测序技术的结合，能够对单个细胞中的时间转录组进行分析，提供了对RNA动力学和细胞命运决定等动态生物过程的新见解 | NA | 探讨单细胞转录组分析技术的发展及其在生物医学研究中的应用 | 单细胞转录组和时间转录组 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 260 | 2024-12-20 |
scDCA: deciphering the dominant cell communication assembly of downstream functional events from single-cell RNA-seq data
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae663
PMID:39694816
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研究论文 | 提出了一种基于深度学习的方法scDCA，用于从单细胞RNA-seq数据中解析对特定功能事件有重要影响的细胞通信组合 | 首次提出了一种基于多视图图卷积网络和注意力机制的深度学习方法，用于量化细胞类型对特定功能过程的贡献 | 目前仅在肾细胞癌样本中进行了验证，未来需要在更多疾病和样本中进行验证 | 开发一种新的计算方法，用于解析细胞通信对特定功能事件的影响，以促进癌症治疗 | 单细胞RNA-seq数据中的细胞通信及其对下游功能事件的影响 | 机器学习 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA-seq | 多视图图卷积网络 | 基因表达数据 | 肾细胞癌样本 | NA | NA | NA | NA |