单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2024-12-16	Unraveling the Heterogeneity of Tumor Immune Microenvironment in Hepatocellular Carcinoma by SingleCell RNA Sequencing and its Implications for Prognosis and Therapeutic Response 2024-Nov-28, The Turkish journal of gastroenterology : the official journal of Turkish Society of Gastroenterology DOI:10.5152/tjg.2024.24118 PMID:39641225	综述	本文综述了通过单细胞RNA测序技术揭示肝细胞癌肿瘤免疫微环境异质性及其对预后和治疗反应的影响	利用单细胞RNA测序技术深入研究肝细胞癌肿瘤免疫微环境的异质性，并探讨其在预后和治疗反应中的作用	对肿瘤免疫微环境异质性在肝细胞癌发展、预后和治疗反应中的具体作用理解有限	揭示肝细胞癌肿瘤免疫微环境的异质性，并评估其对预后和治疗反应的影响	肝细胞癌的肿瘤免疫微环境异质性	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
242	2024-12-16	Single-cell analysis defines LGALS1+ fibroblasts that promote proliferation and migration of intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-Nov-25, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjae023 PMID:38862197	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了14名未经治疗的肝内胆管癌患者的肿瘤和邻近正常组织，揭示了肿瘤内异质性，并发现LGALS1+成纤维细胞在促进肝内胆管癌恶性表型中的作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了LGALS1+成纤维细胞在肝内胆管癌中的特异性作用，并提出了通过阻断LGALS1作为潜在治疗策略的可能性	研究仅在体外和体内模型中验证了LGALS1的沉默效应，尚未进行临床试验验证其治疗效果	探讨肝内胆管癌肿瘤内异质性及其潜在治疗策略	肝内胆管癌患者的肿瘤和邻近正常组织中的单细胞	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	14名未经治疗的肝内胆管癌患者
243	2024-12-14	Single-cell transcriptomics: a new frontier in plant biotechnology research 2024-Nov-25, Plant cell reports IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s00299-024-03383-9 PMID:39585480	综述	本文综述了单细胞转录组技术在植物生物技术研究中的最新进展及其对植物发育理解的深远影响	单细胞转录组技术提供了前所未有的细胞分辨率，揭示了复杂的细胞过程和发育途径	单细胞转录组技术在植物研究中面临样本准备、细胞分离、数据复杂性和计算分析等挑战	探讨单细胞转录组技术在植物生物技术中的应用及其未来发展前景	植物细胞的基因表达、发育过程和环境响应	植物生物技术	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
244	2024-12-14	Expression of Anoikis-Related Genes and Potential Biomarkers in Colon Cancer Based on RNA-seq and scRNA-seq 2024-Nov, Applied biochemistry and biotechnology IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s12010-024-04957-9 PMID:38727936	研究论文	本研究整合了结肠癌样本的转录组和单细胞RNA测序数据，评估了患者分层、预后以及不同细胞类型中与失巢凋亡相关基因的表达，并构建了结肠癌风险模型	首次通过整合转录组和单细胞RNA测序数据，评估了结肠癌患者分层、预后以及不同细胞类型中与失巢凋亡相关基因的表达，并构建了结肠癌风险模型	研究仅基于现有数据集，未进行体外或体内实验验证	通过整合转录组和单细胞RNA测序数据，评估结肠癌患者分层、预后以及不同细胞类型中与失巢凋亡相关基因的表达，并构建结肠癌风险模型	结肠癌样本的转录组和单细胞RNA测序数据	数字病理学	结肠癌	RNA测序，单细胞RNA测序	NA	转录组数据，单细胞转录组数据	结肠癌样本
245	2024-12-13	Mutual information for detecting multi-class biomarkers when integrating multiple bulk or single-cell transcriptomic studies 2024-Nov-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae696 PMID:39563471	研究论文	本文提出了一种基于互信息的统计框架MICA，用于在整合多个bulk或单细胞转录组学研究时检测多类生物标志物	本文的创新点在于提出了一种新的统计框架MICA，通过互信息从信息论的角度检测具有一致多类表达模式的生物标志物，适用于多类设计的研究	本文的局限性在于主要集中在转录组学数据上，未涵盖其他类型的组学数据	本文的研究目的是开发一种新的方法，用于在整合多个转录组学研究时检测多类生物标志物	本文的研究对象是多类设计的转录组学研究中的生物标志物	生物信息学	乳腺癌	RNA-seq	NA	转录组数据	包括小鼠代谢相关转录组研究的四个组织和三种雌激素治疗表达谱的数据
246	2024-12-12	Identifying spatially variable genes by projecting to morphologically relevant curves 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.21.624653 PMID:39605709	研究论文	本文提出了一种基于谱图理论的方法，通过投影到与形态学相关的曲线来识别空间变异基因	引入了一种新的坐标系统，更好地反映了组织形态，并开发了一种广义加性模型（GAM）来检测基因在新的坐标系统中的变异表达	NA	改进空间转录组数据分析方法，以更有效地识别空间变异基因	空间转录组数据中的空间变异基因	空间转录组学	NA	空间转录组学	广义加性模型（GAM）	基因表达数据	多个平台（如Slide-seq和MERFISH）的实验数据
247	2024-12-12	From fallopian tube epithelium to high-grade serous ovarian cancer: A single-cell resolution review of sex steroid hormone signaling 2024-Nov, Progress in lipid research IF:14.0Q1 DOI:10.1016/j.plipres.2024.101302 PMID:39396711	综述	本文探讨了从输卵管上皮到高级别浆液性卵巢癌的性类固醇激素信号传导的分子机制	提供了性类固醇受体、类固醇生成和类固醇代谢酶的综合基因表达图谱，揭示了不同细胞群体在卵巢癌发生中的作用	NA	探讨高级别浆液性卵巢癌的早期分子机制及其预防和早期检测策略	输卵管上皮细胞和高级别浆液性卵巢癌	NA	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
248	2024-12-12	scGRN-Entropy: Inferring cell differentiation trajectories using single-cell data and gene regulation network-based transfer entropy 2024-Nov, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012638 PMID:39585902	研究论文	提出了一种新的方法scGRN-Entropy，用于从单细胞RNA测序数据中推断细胞分化轨迹和伪时间	通过整合基因调控网络的动态变化，提高了细胞分化轨迹推断的准确性	NA	研究细胞分化过程，揭示疾病（如癌症）的内在机制，并推动治疗和精准医学的发展	单细胞RNA测序数据中的细胞分化轨迹	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	最小生成树算法	基因表达数据	八个不同的真实单细胞RNA测序数据集
249	2024-12-11	Single cell RNA-sequencing reveals no evidence for meiotic sex chromosome inactivation in the threespine stickleback fish 2024-Nov-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.26.625488 PMID:39651240	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，探讨了三刺鱼中减数分裂性染色体失活（MSCI）现象的存在与否	首次在三刺鱼中发现MSCI现象不存在，并揭示了Y染色体基因在精子发生多个阶段的表达模式与哺乳动物不同	研究仅限于三刺鱼，未涉及其他鱼类物种	探讨三刺鱼中减数分裂性染色体失活现象的存在与否	三刺鱼的X和Y染色体在减数分裂中的基因表达模式	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
250	2024-12-11	Key Regulatory Elements of the TGFβ-LRRC15 Axis Predict Disease Progression and Immunotherapy Resistance Across Cancer Types 2024-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.22.624939 PMID:39651139	研究论文	本文研究了TGFβ-LRRC15轴的关键调控元件，揭示其在不同癌症类型中预测疾病进展和免疫治疗抵抗的潜力	本文通过结合功能性化合物筛选和单细胞RNA测序，揭示了调控TGFβ增加LRRC15表达的关键基因特征，并验证了这些基因在预测免疫治疗反应中的潜力	本文主要基于细胞模型进行验证，尚未在临床试验中验证其效果	揭示TGFβ-LRRC15轴的关键调控元件，并探索其在个性化免疫治疗中的应用	TGFβ-LRRC15轴的关键调控基因及其在癌症进展和免疫治疗抵抗中的作用	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	基因调控网络	基因表达数据	细胞模型
251	2024-12-11	An estrogen receptor signaling transcriptional program linked to immune evasion in human hormone receptor-positive breast cancer 2024-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.23.619172 PMID:39651157	研究论文	本文研究了雌激素受体信号传导程序与激素受体阳性乳腺癌中免疫逃避的关系	首次定义并研究了与雌激素受体信号传导（ERS）和免疫信号相关的基因模块，揭示了ERS与T细胞浸润减少的潜在机制	研究主要基于批量和单细胞转录组数据，缺乏功能验证实验	探讨雌激素受体信号传导在激素受体阳性乳腺癌中免疫逃避的机制	激素受体阳性乳腺癌组织和细胞系	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组测序，多重免疫荧光	NA	转录组数据，免疫荧光图像	来自多个临床来源的乳腺癌组织和人类细胞系
252	2024-12-11	Prenatal p25-activated Cdk5 induces pituitary tumorigenesis through MCM2 phosphorylation-mediated cell proliferation 2024-11, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2024.101054 PMID:39366214	研究论文	研究揭示了产前p25激活的Cdk5通过MCM2磷酸化介导的细胞增殖诱导垂体肿瘤发生	首次揭示了Cdk5和Mcm2在垂体腺瘤肿瘤发生中的新作用，并提供了一种新的中间叶来源的垂体腺瘤小鼠模型	NA	探讨Cdk5在垂体肿瘤发生中的作用及其机制	Cdk5、Mcm2以及中间叶来源的垂体肿瘤	NA	垂体肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型和293T细胞系
253	2024-12-10	Decoding Functional and Developmental Trajectories of Tissue-Resident Uterine Dendritic Cells Through Integrative Omics 2024-Nov-14, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5424920/v1 PMID:39606471	研究论文	本文通过综合组学方法解码了组织驻留的子宫树突状细胞的功能和发育轨迹	首次通过单细胞RNA测序和CITE-seq技术，揭示了子宫树突状细胞在不同月经周期和早期妊娠阶段的亚型及其功能角色	研究主要集中在子宫树突状细胞的功能和发育轨迹，未涉及其在疾病中的具体应用	揭示子宫树突状细胞的分子特征及其在人类子宫内膜中的特定作用	子宫树突状细胞及其在不同月经周期和早期妊娠阶段的亚型	NA	NA	单细胞RNA测序、CITE-seq	NA	RNA	涉及不同月经周期和早期妊娠阶段的子宫组织样本
254	2024-12-10	Single-cell spatial transcriptomics of fixed, paraffin-embedded biopsies reveals colitis-associated cell networks 2024-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.11.623014 PMID:39605355	研究论文	本文开发了一种用于分析固定石蜡包埋（FFPE）组织样本的单细胞空间转录组学（iSCST）框架，并应用于炎症性肠病（IBD）患者的临床FFPE黏膜活检样本	本文首次将iSCST技术应用于FFPE组织样本，并展示了其在识别和量化不同细胞亚群及疾病状态中的差异表达基因方面的优势	本文仅分析了57个FFPE黏膜活检样本，样本量相对较小，可能影响结果的普适性	开发一种适用于FFPE组织样本的单细胞空间转录组学框架，并应用于炎症性肠病患者的临床样本分析	炎症性肠病（IBD）患者的FFPE黏膜活检样本	数字病理学	炎症性肠病	单细胞空间转录组学（iSCST）	NA	转录组数据	57个FFPE黏膜活检样本，包括9个非IBD对照组和11个溃疡性结肠炎患者
255	2024-12-10	The Risk Genes S1PR5, CMC1, and ASAH1 as Potential Targets for the Diagnosis, Immunotherapy, and Treatment of Colon Adenocarcinoma by Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Analysis 2024-11-07, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673331144241009082052 PMID:39513308	研究论文	本研究利用单细胞和批量RNA测序数据构建了一个新的免疫细胞功能风险模型，用于预测结肠腺癌的预后和免疫治疗效果	本研究首次提出了S1PR5、CMC1和ASAH1作为结肠腺癌的新型治疗靶点，并通过单细胞和批量RNA测序数据验证了其潜在的临床应用价值	本研究仅在特定的数据集和临床队列中验证了模型的有效性，未来需要在更多独立队列中进行验证	开发新的风险模型以预测结肠腺癌的预后和免疫治疗效果，并发现新的治疗靶点	结肠腺癌患者的预后和免疫治疗效果	数字病理学	结肠腺癌	单细胞RNA测序和批量RNA测序	Lasso回归分析	RNA测序数据	使用了来自Tumour Immune Single Cell Hub数据库的COAD单细胞数据集GSE146771，并在多个独立队列中进行了验证
256	2024-12-09	IFN-γ-induced Th1-Treg polarization in inflamed brains limits exacerbation of experimental autoimmune encephalomyelitis 2024-Nov-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2401692121 PMID:39560646	研究论文	研究探讨了IFN-γ在实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）中诱导Th1-Treg极化的作用	首次揭示了IFN-γ在EAE中诱导Tregs向Th1-Tregs极化的关键作用	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类疾病	探讨IFN-γ在EAE中的作用及其对Tregs极化的影响	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）中的Tregs和IFN-γ	NA	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
257	2024-12-09	Establishment of a conditionally reprogrammed primary eccrine sweat gland culture for evaluation of tissue-specific CFTR function 2024-Nov, Journal of cystic fibrosis : official journal of the European Cystic Fibrosis Society IF:5.4Q1 DOI:10.1016/j.jcf.2024.06.013 PMID:38969603	研究论文	本文建立了一种条件重编程的汗腺原代培养技术，用于评估组织特异性CFTR功能	首次报道了条件重编程和单细胞RNA测序在微解剖汗腺中的应用	NA	研究汗腺中的离子转运功能，评估CFTR调节剂的疗效并探索基因型-表型异质性	汗腺和鼻上皮细胞	数字病理学	囊性纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自非囊性纤维化皮肤捐赠者的汗腺，以及来自两名囊性纤维化患者的鼻上皮细胞和汗腺
258	2024-12-09	Definition of regulatory elements and transcription factors controlling porcine immune cell gene expression at single cell resolution using single nucleus ATAC-seq 2024-Nov, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110944 PMID:39326643	研究论文	研究使用单核ATAC测序技术定义了猪免疫细胞基因表达调控元件和转录因子	首次在单细胞分辨率下研究猪外周血单核细胞的染色质开放景观，并识别了调控元件和转录因子	研究仅限于猪的外周血单核细胞，未涵盖其他细胞类型或物种	揭示猪免疫细胞基因表达的顺式调控机制	猪外周血单核细胞的染色质开放景观和转录因子	基因组学	NA	单核ATAC测序（snATAC-seq）	NA	基因组数据	猪外周血单核细胞
259	2024-12-09	Methionine restriction reduced growth performance and exacerbated lipid deposition in hybrid grouper (Epinephelus fuscoguttatus ♀ × E. lanceolatus ♂) under high-lipid diets by suppressing the lipid degradation pathways with the single-cell RNA-seq analysis 2024-Nov, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110960 PMID:39536957	研究论文	研究了在高脂饮食下，甲硫氨酸限制对杂交石斑鱼（Epinephelus fuscoguttatus ♀ × ♂ E. lanceolatus）肝脏中脂质沉积的影响	通过单细胞RNA测序分析，揭示了甲硫氨酸限制抑制脂质降解途径，导致脂质沉积增加	NA	探讨甲硫氨酸限制对杂交石斑鱼在高脂饮食下生长性能和脂质沉积的影响	杂交石斑鱼（Epinephelus fuscoguttatus ♀ × ♂ E. lanceolatus）的肝脏	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及九种细胞类型
260	2024-12-08	Identification of PANoptosis-based signature for predicting the prognosis and immunotherapy response in AML 2024-Nov-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e40267 PMID:39634422	研究论文	本研究通过筛选PANoptosis相关基因，建立了PANoptosis风险特征，用于预测急性髓系白血病（AML）的预后和免疫治疗反应	首次探索了基于PANoptosis特征在AML中的作用，并验证了其作为独立预后因子的有效性	NA	建立和验证基于PANoptosis的风险特征，以预测AML患者的生存和免疫治疗反应	急性髓系白血病（AML）患者的预后和免疫治疗反应	数字病理学	白血病	LASSO回归分析、Cox回归分析、分子对接、分子动力学模拟	NA	RNA测序数据	使用了TCGA、bulk RNA测序和单细胞测序的数据