单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 582 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2024-12-05 |
Microarray integrated spatial transcriptomics (MIST) for affordable and robust digital pathology
2024-Nov-30, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-024-00462-1
PMID:39616155
|
研究论文 | 提出了一种名为MIST的新型空间转录组学方法，结合了传统的组织微阵列与Visium技术，通过激光切割和3D打印提高载玻片通量，旨在降低成本并提高数字病理学的鲁棒性 | MIST方法通过结合组织微阵列与Visium技术，利用激光切割和3D打印技术，显著提高了载玻片通量，降低了成本，并提供了独立复制和定制化的能力 | NA | 开发一种成本效益高且鲁棒性强的空间转录组学方法，以解决现有方法高成本和样本使用限制的问题 | 空间转录组学技术及其在数字病理学中的应用 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学、激光切割、3D打印 | NA | 转录组数据 | NA |
| 242 | 2024-12-05 |
SenMayo transcriptomic senescence panel highlights glial cells in the ageing mouse and human retina
2024-Nov-30, npj aging
IF:4.1Q2
DOI:10.1038/s41514-024-00187-9
PMID:39616175
|
研究论文 | 研究使用SenMayo转录组衰老面板分析了不同年龄小鼠和人类视网膜中的衰老细胞，特别是胶质细胞 | 首次将SenMayo基因面板应用于视网膜衰老细胞的鉴定，并比较了不同年龄小鼠和人类视网膜胶质细胞的转录组特征 | 研究主要集中在视网膜胶质细胞，未涵盖其他类型的细胞 | 鉴定中枢神经系统和视网膜中的衰老细胞，并分析其转录组特征 | 不同年龄小鼠和人类的视网膜胶质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 不同年龄的小鼠和人类视网膜样本 |
| 243 | 2024-12-05 |
Single-cell transcriptomics reveals over-activated reactive oxygen species pathway in hepatocytes in the development of hepatocellular carcinoma
2024-11-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-81481-0
PMID:39616235
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了肝细胞中活性氧通路在肝细胞癌发展中的过度激活 | 首次揭示了肝细胞癌中活性氧通路的异常激活及其与能量代谢相关通路的正相关性，并发现了与预后不良相关的GPX4+肝细胞亚群 | 研究基于GSE189175数据集，样本量有限，未来需要更大规模的研究验证 | 探讨活性氧通路在肝细胞癌发展中的作用及其分子机制 | 肝细胞癌组织及其邻近组织中的肝细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 基于GSE189175数据集，具体样本数量未在摘要中明确提及 |
| 244 | 2024-12-05 |
Identification of the key targets for sepsis-associated acute kidney injury by RNA sequencing combined with bioinformatics methods
2024-Nov-30, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-024-00673-5
PMID:39616313
|
研究论文 | 本研究通过RNA测序结合生物信息学方法，识别脓毒症相关急性肾损伤的关键靶点 | 首次通过RNA测序和生物信息学分析，确定了CD74和IL32作为脓毒症相关急性肾损伤的早期诊断和预后评估的生物标志物 | 研究样本量较小，且仅限于脓毒症患者，结果的普适性有待进一步验证 | 提供脓毒症相关肾损伤的早期识别和预后研究的可靠靶点 | 脓毒症患者的肾损伤相关基因 | 生物信息学 | 脓毒症 | RNA测序 | NA | RNA | 10名健康个体和22名脓毒症患者的外周血样本 |
| 245 | 2024-12-05 |
CD22 blockade exacerbates neuroinflammation in Neuromyelitis optica spectrum disorder
2024-Nov-30, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-024-03305-2
PMID:39616380
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研究论文 | 研究CD22在视神经脊髓炎谱系障碍（NMOSD）中对神经炎症和中枢神经系统损伤的影响 | 揭示了CD22作为调控微胶质细胞和Gr-1+髓系细胞在NMOSD中负面效应的关键分子开关的新角色 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探讨CD22在NMOSD中的作用及其对微胶质细胞活性和神经炎症的影响 | CD22在NMOSD中的表达、功能及其对微胶质细胞和髓系细胞的影响 | 神经科学 | 神经疾病 | 单细胞测序、流式细胞术 | NA | 细胞 | 人类样本每组5个，小鼠样本每组8个 |
| 246 | 2024-12-05 |
[Hepatic T cell subtypes and functional analysis among alveolar echinococcosis patients using single-cell RNA sequencing]
2024-Nov-08, Zhongguo xue xi chong bing fang zhi za zhi = Chinese journal of schistosomiasis control
DOI:10.16250/j.32.1915.2024172
PMID:39623989
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研究论文 | 研究了泡型包虫病患者肝脏免疫微环境中T细胞亚型及其功能 | 首次使用单细胞RNA测序技术分析泡型包虫病患者肝脏中T细胞亚型及其功能 | 样本量较小，仅包括四名患者 | 探讨泡型包虫病患者肝脏免疫微环境中T细胞亚型及其功能 | 泡型包虫病患者的肝脏T细胞亚型及其功能 | 数字病理学 | 寄生虫病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 四名泡型包虫病患者，共采集八份肝脏样本 |
| 247 | 2024-12-02 |
CMTM7 shapes the chronic inflammatory and immunosuppressive tumor microenvironment in hepatocellular carcinoma as an M2 macrophage biomarker
2024-Nov-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-75538-3
PMID:39609464
|
研究论文 | 研究探讨了CMTM7蛋白在肝细胞癌中的作用及其对慢性炎症和免疫抑制肿瘤微环境的影响 | 首次揭示了CMTM7作为M2巨噬细胞的分子标记物，并提出了其作为肝细胞癌患者免疫检查点的潜在应用 | 研究主要基于组织微阵列、测序数据和分析工具，缺乏体内实验验证 | 探讨CMTM7在肝细胞癌中的作用及其对患者预后的影响 | CMTM7蛋白、肝细胞癌、M2巨噬细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序、多重荧光染色 | NA | 组织微阵列、测序数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 248 | 2024-12-02 |
New direction: identification of immunoinflammatory subtypes and potential therapeutic targets for cholangiocarcinoma
2024-Nov-29, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01628-3
PMID:39612077
|
研究论文 | 本研究旨在识别胆管癌的免疫炎症亚型并探索潜在的治疗靶点 | 首次识别出胆管癌的两种免疫亚型（CS1和CS2），并揭示了它们在肿瘤微环境中的不同特征和代谢调控机制 | 研究主要基于数据库中的转录组和单细胞测序数据，缺乏体内实验验证 | 识别胆管癌的免疫亚型并探讨其在巨噬细胞功能代谢调控中的作用 | 胆管癌的免疫亚型及其在肿瘤微环境中的特征 | 数字病理学 | 胆管癌 | 转录组分析、单细胞测序 | NA | 转录组数据、单细胞数据 | 多个数据库中的样本 |
| 249 | 2024-12-02 |
CardioAtlas: deciphering the single-cell transcriptome landscape in cardiovascular tissues and diseases
2024-Nov-28, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-024-00696-5
PMID:39609860
|
研究论文 | 构建了一个名为CardioAtlas的资源，提供了心血管组织和疾病中单细胞转录组数据的全面分析结果 | 首次构建了一个全面且精心制作的心血管系统和疾病参考图谱，详细描述了大量人类和小鼠中先前未被识别的细胞群体 | NA | 揭示心血管组织和疾病中的单细胞转录组景观 | 心血管系统和疾病中的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 心血管疾病 | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 27个人类数据集中的1,929,000个细胞和39个小鼠数据集中的1,088,000个细胞 |
| 250 | 2024-12-02 |
Genetic and therapeutic heterogeneity shape the baseline and longitudinal immune ecosystem of ovarian clear cell carcinoma
2024-Nov-27, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010069
PMID:39608974
|
研究论文 | 研究卵巢透明细胞癌的免疫生态系统及其在基因和治疗压力下的动态变化 | 揭示了ARID1A突变与卵巢透明细胞癌基线免疫激活的关联，并探讨了VEGF抑制剂在重塑肿瘤基质和增强免疫治疗效果中的作用 | 研究样本量有限，且主要集中在特定基因突变和治疗策略上，可能无法全面反映所有卵巢透明细胞癌的免疫生态系统 | 探讨卵巢透明细胞癌的免疫反应异质性及其潜在的联合治疗策略 | 卵巢透明细胞癌患者的肿瘤样本和血清肿瘤标志物 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞mRNA测序、TCR测序、免疫组化、空间转录组学、RNA测序 | NA | 基因表达数据、图像数据 | 13名卵巢透明细胞癌患者的肿瘤样本和31份石蜡包埋样本 |
| 251 | 2024-12-02 |
Germ cell progression through zebrafish spermatogenesis declines with age
2024-Nov-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204319
PMID:39470160
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研究论文 | 研究了斑马鱼随着年龄增长精子发生过程中的细胞和分子变化 | 首次使用单细胞RNA测序生成斑马鱼衰老睾丸的发育图谱，揭示了精子发生随年龄下降的分子机制 | 研究仅限于斑马鱼，可能不适用于其他物种 | 探讨斑马鱼精子发生随年龄下降的分子和细胞机制 | 斑马鱼睾丸中的生殖细胞和免疫细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个年龄段的斑马鱼睾丸样本 |
| 252 | 2024-12-02 |
Early autonomous patterning of the anteroposterior axis in gastruloids
2024-Nov-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.202171
PMID:39552366
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研究论文 | 研究了在小鼠胚胎干细胞（ESCs）形成的gastruloids中，前后轴（AP轴）自主模式的早期动态 | 通过单细胞RNA测序，识别了支持AP极化的T+和T-群体的关键细胞状态转变和分子特征 | 对细胞命运的空间限制和伴随的转录变化的理解仍然有限 | 探讨小鼠gastruloids中AP轴建立的动态过程，特别是在外部Wnt刺激之前 | 小鼠胚胎干细胞形成的gastruloids | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及多个小鼠gastruloids样本 |
| 253 | 2024-12-02 |
Transcriptome Assembly at Single-Cell Resolution with Beaver
2024-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.04.621958
PMID:39574665
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Beaver的单细胞分辨率转录组装工具，用于短读长单细胞RNA测序数据 | Beaver通过实现转录片段图和高效的动态规划算法，结合随机森林模型，显著提高了单细胞转录组装的精度和准确性 | NA | 开发一种能够在单细胞分辨率下准确重建全长转录本的工具 | 单细胞RNA测序数据中的转录组装 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 随机森林模型 | 转录组数据 | 实验使用了真实和模拟的Smart-seq3 scRNA-seq数据 |
| 254 | 2024-12-01 |
Single-cell multiomics reveals simvastatin inhibits pan-cancer epithelial-mesenchymal transition via the MEK/ERK pathway in XBP1+ mast cells
2024-Nov-28, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-80858-5
PMID:39604504
|
研究论文 | 研究通过单细胞多组学分析，揭示辛伐他汀通过MEK/ERK通路抑制泛癌种上皮-间质转化（EMT）在XBP1+肥大细胞中的作用 | 首次揭示辛伐他汀通过抑制XBP1+肥大细胞中的MEK/ERK信号通路，逆转泛癌种中的EMT过程 | 研究主要基于体外实验验证，缺乏体内实验数据支持 | 探讨肥大细胞在肿瘤微环境中的作用及其在系统治疗中的潜在靶点 | 肥大细胞及其在泛癌种转移中的作用 | 数字病理学 | 泛癌种 | 单细胞测序 | WGCNA和12种机器学习算法 | 单细胞数据 | 泛癌种转移的单细胞测序数据 |
| 255 | 2024-12-01 |
BOP1: A pivotal prognostic biomarker in clear cell renal cell carcinoma uncovered through integrated bulk and single-cell sequencing
2024-Nov-28, Asian journal of surgery
IF:3.5Q1
DOI:10.1016/j.asjsur.2024.10.159
PMID:39613603
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 256 | 2024-12-01 |
Advancing toward a unified eosinophil signature from transcriptional profiling
2024-Nov-27, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiae188
PMID:39213186
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研究论文 | 本文总结了先前在血液和组织中对小鼠和人类嗜酸性粒细胞进行的转录组研究，并讨论了各种方法的优缺点 | 本文提出了一个统一的嗜酸性粒细胞转录特征，并讨论了未来研究的机会和知识空白 | 本文主要总结了现有研究，未提供新的实验数据 | 旨在推进嗜酸性粒细胞生物学研究，并促进跨研究比较 | 小鼠和人类的嗜酸性粒细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、微阵列 | NA | 转录组数据 | 涉及小鼠和人类样本，具体数量未提及 |
| 257 | 2024-12-01 |
Functional profiling of murine glioma models highlights targetable immune evasion phenotypes
2024-Nov-27, Acta neuropathologica
IF:9.3Q1
DOI:10.1007/s00401-024-02831-w
PMID:39592459
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研究论文 | 研究通过功能基因筛选和单细胞转录组学分析，揭示了小鼠胶质瘤模型中的免疫逃逸机制 | 通过CRISPR基因编辑和机器学习方法，识别了三种关键的癌症内在逃逸机制，并发现了与人类胶质母细胞瘤相似的依赖性 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步验证在人类患者中的适用性 | 探讨小鼠胶质瘤模型中的免疫逃逸机制，并寻找潜在的治疗靶点 | 小鼠胶质瘤模型GL261和CT2A，以及人类胶质母细胞瘤 | 数字病理学 | 脑癌 | CRISPR基因编辑、单细胞转录组学、机器学习 | 机器学习 | 基因数据、转录组数据 | 两个小鼠胶质瘤模型（GL261和CT2A），多种免疫细胞（细胞毒性T细胞、自然杀伤细胞、巨噬细胞） |
| 258 | 2024-12-01 |
Sele-targeted siRNA liposome nanoparticles inhibit pathological scars formation via blocking the cross-talk between monocyte and endothelial cells: a preclinical study based on a novel mice scar model
2024-Nov-27, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-024-03003-4
PMID:39593088
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研究论文 | 研究开发了一种新型小鼠瘢痕模型，并通过RNA测序和单细胞测序分析，揭示了机械张力和慢性炎症在病理性瘢痕形成中的关键作用，同时开发了靶向E-选择素（Sele）的siRNA脂质体纳米颗粒（LNPs），有效抑制了瘢痕形成 | 首次开发了一种新型小鼠瘢痕模型（Retroflex Scar Model, RSM），并利用该模型揭示了机械张力和慢性炎症在病理性瘢痕形成中的关键作用，同时开发了靶向E-选择素的siRNA脂质体纳米颗粒（LNPs），为预防病理性瘢痕提供了新的治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证其有效性和安全性 | 探讨病理性瘢痕形成机制，并开发新的治疗策略 | 小鼠瘢痕模型、E-选择素（Sele）、siRNA脂质体纳米颗粒（LNPs） | NA | 创伤和烧伤并发症 | RNA测序、单细胞测序、Western blotting、免疫荧光、共免疫沉淀 | NA | RNA、蛋白质 | 小鼠模型、人类病理性瘢痕（Keloid）样本 |
| 259 | 2024-12-01 |
SLC2A3 promotes head and neck squamous cancer developing through negatively regulating CD8+ T cell in tumor microenvironment
2024-11-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-79417-9
PMID:39604419
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研究论文 | 研究探讨了SLC2A3在头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中的作用及其对肿瘤微环境中CD8+ T细胞的影响 | 首次揭示了SLC2A3在HNSC中的预后意义及其通过抑制CD8+ T细胞促进肿瘤发展的机制 | 研究主要基于TCGA数据库和单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证 | 探讨SLC2A3在头颈部鳞状细胞癌中的预后意义及其对肿瘤微环境中免疫细胞的影响 | SLC2A3基因、CD8+ T细胞、头颈部鳞状细胞癌患者 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序、磁激活细胞分选、流式细胞术、基因集富集分析、Western blot | NA | 基因表达数据、单细胞数据 | 504名头颈部鳞状细胞癌患者 |
| 260 | 2024-12-01 |
Single-cell RNA sequencing reveals multiple immune cell subpopulations promote the formation of abnormal bone microenvironment in osteoporosis
2024-11-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-80993-z
PMID:39604551
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序揭示了多种免疫细胞亚群在骨质疏松症中异常骨微环境形成中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了骨质疏松症中多种免疫细胞亚群及其在异常骨微环境形成中的作用 | 研究仅限于单细胞RNA测序数据分析，缺乏体内实验验证 | 识别促进骨质疏松症发展的免疫细胞亚群，为新疗法的开发提供基础 | 骨质疏松症中的免疫细胞亚群及其在异常骨微环境形成中的作用 | 数字病理学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个样本 |