单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2024-11-29	Mapping Plasmodium transitions and interactions in the Anopheles female 2024-Nov-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.12.623125 PMID:39605504	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了疟原虫在按蚊中肠中的发育转变和与宿主细胞的相互作用	首次通过单细胞RNA测序技术，详细分析了疟原虫在按蚊中肠中的发育过程和与宿主细胞的相互作用，并发现了调控卵囊生长和孢子体感染人类肝细胞的关键转录因子SIP2	研究主要集中在疟原虫在按蚊中肠中的发育和相互作用，未涉及其他传播途径和宿主	揭示疟原虫在按蚊中肠中的发育转变和与宿主细胞的相互作用，寻找阻断传播的策略	疟原虫和按蚊中肠细胞	数字病理学	疟疾	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及四个时间点和两种代谢条件的疟原虫和按蚊中肠细胞
222	2024-11-29	Validation of non-destructive morphology-based selection of cerebral cortical organoids by paired morphological and single-cell RNA-seq analyses 2024-Nov-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.09.005 PMID:39393360	研究论文	本文通过形态学和单细胞RNA测序分析验证了非破坏性形态学选择大脑皮层类器官的方法	本文展示了非破坏性形态学分析能够准确区分大脑皮层组织与其他大脑组织的类器官，从而提高实验的准确性和可靠性	NA	验证非破坏性形态学选择大脑皮层类器官的方法	大脑皮层类器官的形态学特征和细胞组成	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	形态学特征和RNA序列数据	NA
223	2024-11-29	Lineage-specific dynamics of loss of X upregulation during inactive-X reactivation 2024-Nov-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.10.001 PMID:39486405	研究论文	研究了在不同细胞和发育背景下，失活X染色体（Xi）的重新激活是否会导致活性X染色体（Xa）上调的丧失	发现Xi的重新激活并不总是与Xa上调的丧失同步，并建立了一个数学模型来描述两个X染色体的转录协调	研究主要集中在小鼠和人类细胞系，未涵盖所有可能的细胞类型和物种	探讨X染色体失活和重新激活过程中Xa上调的动态变化	小鼠胚胎外胚层、诱导多能干细胞、生殖细胞、胚胎外内胚层干细胞和人类B细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	数学模型	RNA	涉及多种细胞类型和发育阶段的小鼠和人类细胞
224	2024-11-29	Integration of Imaging-based and Sequencing-based Spatial Omics Mapping on the Same Tissue Section via DBiTplus 2024-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.07.622523 PMID:39605581	研究论文	本文介绍了一种名为DBiTplus的多模态空间组学方法，结合了基于测序的空间转录组学和基于图像的空间蛋白质分析，以实现单细胞分辨率的细胞类型鉴定和生物通路的基因组规模分析	DBiTplus方法的创新之处在于能够在同一组织切片上同时进行空间转录组和蛋白质组分析，并通过计算管道整合两种不同模态的数据，实现单细胞分辨率的空间转录组图谱	NA	开发一种能够在同一组织切片上同时进行空间转录组和蛋白质组分析的多模态空间组学方法	小鼠胚胎、正常人类淋巴结和人类淋巴瘤FFPE组织	数字病理学	淋巴瘤	DBiT-seq, CODEX	NA	图像, 测序数据	小鼠胚胎、正常人类淋巴结和人类淋巴瘤FFPE组织
225	2024-11-29	Preparation of Frozen Non-Human Primate Fetal Islets for Combined Single Nuclei RNA-Sequencing and ATAC-Sequencing, and Bulk Metabolomics 2024-Nov-08, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66849 PMID:39584693	研究论文	本文介绍了一种用于从冷冻的非人灵长类胎儿胰岛组织中进行单核RNA测序和ATAC测序以及批量代谢组学分析的方法	该方法利用快速冷冻的胰腺胰岛组织进行单核RNA测序和ATAC测序，并保留细胞质部分进行下游毛细管电泳-质谱分析和代谢物定量，适用于多种组织类型，最大化从不易获得的样本中提取的信息量	NA	开发一种避免批次效应的方法，用于大规模多组学实验，如单细胞RNA测序和代谢组学	非人灵长类胎儿胰岛组织	NA	NA	单核RNA测序、ATAC测序、毛细管电泳-质谱	NA	RNA、ATAC、代谢物	两年内收集的非人灵长类胎儿胰岛组织
226	2024-11-29	Characterizing Fibroblast Heterogeneity in Diabetic Wounds Through Single-Cell RNA-Sequencing 2024-Nov-07, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12112538 PMID:39595104	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNAseq）在糖尿病伤口愈合研究中的应用，特别是纤维母细胞分析的创新	介绍了单细胞测序技术在纤维母细胞分析中的创新应用，并探讨了其在糖尿病伤口愈合研究中的潜力	主要为综述性文章，未提供新的实验数据或模型	探讨单细胞RNA测序技术在糖尿病伤口愈合研究中的应用，特别是纤维母细胞的异质性	糖尿病伤口中的纤维母细胞及其在伤口愈合中的作用	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	NA
227	2024-11-29	From Genomic Exploration to Personalized Treatment: Next-Generation Sequencing in Oncology 2024-Nov-06, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb46110744 PMID:39590338	综述	本文综述了下一代测序（NGS）在肿瘤学中的应用，从基因组探索到个性化治疗	NGS提供了全面的癌症基因组分析，使临床医生和研究人员能够更好地理解癌症的分子基础，并根据基因组改变定制治疗策略	NGS在个性化肿瘤学中的全部潜力需要通过生物信息学分析来实现	探讨NGS技术在个性化肿瘤学中的应用，包括理解肿瘤异质性和识别驱动突变	NGS技术及其在癌症基因组和转录组分析中的应用	数字病理学	NA	下一代测序（NGS）	NA	基因组数据	NA
228	2024-11-29	Deep Learning and Single-Cell Sequencing Analyses Unveiling Key Molecular Features in the Progression of Carotid Atherosclerotic Plaque 2024-Nov, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70220 PMID:39586797	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和高维加权基因共表达网络分析，揭示了颈动脉粥样硬化斑块进展中的关键分子特征	本研究首次识别出在高级斑块中显著增加浸润的单核细胞亚群，并基于此开发了区分早期和高级斑块的机器学习模型	本研究主要基于单细胞RNA测序数据，未来需进一步验证这些发现在临床样本中的适用性	揭示颈动脉粥样硬化斑块进展中的免疫细胞特征和诊断标志物	颈动脉粥样硬化斑块中的免疫细胞和分子特征	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	卷积神经网络	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
229	2024-11-28	Tumor expression of CD83 reduces glioma progression and is associated with reduced immunosuppression 2024-Nov-27, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0281 PMID:39601621	研究论文	研究探讨了CD83在胶质瘤细胞中的表达对肿瘤进展和免疫抑制的影响	首次揭示了CD83在胶质瘤细胞中的表达能够抑制肿瘤生长，并增强细胞毒性T细胞和CD8+ T细胞的活性	研究主要基于小鼠模型和人类样本的生物信息学分析，未来需进一步验证CD83表达在临床免疫治疗中的应用	探究CD83在胶质瘤中的表达对肿瘤进展和免疫抑制的影响	胶质瘤细胞和免疫微环境	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类和小鼠的胶质瘤样本
230	2024-11-27	Single-cell transcriptomics reveals evolutionary reconfiguration of embryonic cell fate specification in the sea urchin Heliocidaris erythrogramma 2024-Nov-26, Genome biology and evolution IF:3.2Q2 DOI:10.1093/gbe/evae258 PMID:39587400	研究论文	研究利用单细胞转录组学分析海胆Heliocidaris erythrogramma胚胎发育过程中的细胞命运指定变化	通过比较scRNA-seq发育时间序列，揭示了Heliocidaris erythrogramma和Lytechinus variegatus在胚胎模式形成中的进化变化	需要进一步实验验证候选调控相互作用	揭示物种间胚胎发育机制的进化变化	海胆Heliocidaris erythrogramma和Lytechinus variegatus的胚胎发育	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	Heliocidaris erythrogramma和Lytechinus variegatus的胚胎样本
231	2024-11-27	Tcf21 as a Founder Transcription Factor in Specifying Foxd1 Cells to the Juxtaglomerular Cell Lineage 2024-Nov-26, American journal of physiology. Renal physiology PMID:39589156	研究论文	研究Tcf21在Foxd1+细胞向肾小球旁细胞分化中的作用	首次揭示Tcf21在Foxd1+细胞向肾小球旁细胞分化中的关键作用，并利用单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序分析其表达动态	研究主要集中在小鼠模型上，未涉及人类或其他物种	探讨Tcf21在Foxd1+细胞向肾小球旁细胞分化中的作用及其在肾脏发育中的重要性	Foxd1+细胞和Tcf21在肾脏发育中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞染色质可及性测序（scATAC-seq）	NA	单细胞数据	2,054个细胞
232	2024-11-27	Comparison of CD30L and OX40L Reveals CD30L as a Promising Therapeutic Target in Atopic Dermatitis 2024-Nov-26, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16412 PMID:39589186	研究论文	本文比较了CD30L和OX40L在特应性皮炎中的作用，发现CD30L是一个有前景的治疗靶点	首次探讨了CD30L作为特应性皮炎治疗靶点的潜力，并提供了实验证据支持其有效性	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证其疗效	探讨CD30L在特应性皮炎中的治疗潜力	特应性皮炎患者和小鼠模型	免疫学	特应性皮炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个特应性皮炎患者的皮肤病变样本和小鼠模型
233	2024-11-27	In Silico Integrative scRNA Analysis of Human Colonic Epithelium Indicates Four Tuft Cell Subtypes 2024-Nov-26, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology DOI:10.1152/ajpgi.00182.2024 PMID:39589317	研究论文	本研究整合并分析了来自四个公开数据集的人类单细胞RNA测序数据，揭示了人类结肠中杯状细胞的异质性，并识别出四种杯状细胞亚型	首次识别出四种杯状细胞亚型，并揭示了它们在基因表达和生物功能上的差异	NA	研究人类结肠中杯状细胞的异质性及其在健康和炎症性肠病中的作用	人类结肠中的杯状细胞	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自四个公开数据集的样本
234	2024-11-27	Single-cell transcriptome analysis identifies subclusters and signature with N-glycosylation in endometrial cancer 2024-Nov-26, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-024-03802-z PMID:39589706	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，识别了子宫内膜癌中的亚群及其与N-糖基化相关的特征	本研究首次揭示了N-糖基化相关基因在子宫内膜癌中的预后和免疫治疗反应预测中的作用	本研究仅基于五个患者的单细胞RNA测序数据，样本量较小	阐明N-糖基化相关基因在子宫内膜癌细胞异质性、预后和免疫治疗反应中的作用	子宫内膜癌的细胞亚群及其与N-糖基化相关的特征	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞RNA测序	非负矩阵分解	转录组数据	五个子宫内膜癌患者的单细胞RNA测序数据
235	2024-11-27	Cross-species single-cell RNA sequencing reveals divergent phenotypes and activation states of adaptive immunity in human carotid and experimental murine atherosclerosis 2024-Nov-25, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae154 PMID:39041203	研究论文	通过跨物种单细胞RNA测序揭示人类颈动脉和实验性小鼠动脉粥样硬化中适应性免疫的不同表型和激活状态	首次通过单细胞RNA测序技术比较了人类和小鼠动脉粥样硬化中的免疫细胞组成和激活状态，发现两者存在显著差异	研究仅限于颈动脉样本，未涵盖其他部位的动脉粥样硬化	探讨人类和小鼠动脉粥样硬化中适应性免疫细胞的差异及其对疾病进展的影响	人类颈动脉和小鼠动脉粥样硬化中的免疫细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	43名接受颈动脉内膜切除术的患者和7组小鼠单细胞RNA测序数据集
236	2024-11-27	Regulation of Ptbp1-controlled alternative splicing of pyruvate kinase muscle by liver kinase B1 governs vascular smooth muscle cell plasticity in vivo 2024-Nov-25, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae187 PMID:39189621	研究论文	研究探讨了Lkb1通过调控Ptbp1依赖的PKM选择性剪接，维持血管平滑肌细胞的收缩状态，抑制其可塑性	首次揭示了Lkb1在调控血管平滑肌细胞可塑性和命运中的关键作用，并发现PKM2激活剂TEPP-46可以挽救Lkb1缺失引起的血管平滑肌细胞转化和动脉扩张	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证Lkb1和PKM剪接在血管疾病中的作用	探讨血管平滑肌细胞可塑性的关键调控因子及其在血管疾病发展中的作用	血管平滑肌细胞、Lkb1、Ptbp1、PKM剪接	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序、基于成像的谱系追踪	NA	RNA	使用tamoxifen诱导的Lkb1flox/flox;Myh11-Cre/ERT2小鼠模型，以及人类动脉瘤组织样本
237	2024-11-27	Single-Cell RNA Sequencing to Guide Autologous Preterm Cord Mesenchymal Stromal Cell-Therapy 2024-Nov-25, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202403-0569OC PMID:39586004	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术分析早产儿脐带间充质干细胞的转录组，评估妊娠相关并发症对其治疗潜力的影响	首次探讨了妊娠相关并发症对早产儿脐带间充质干细胞治疗潜力的影响，并使用单细胞RNA测序技术识别具有不同治疗潜力的干细胞	研究仅限于实验模型，尚未在临床环境中验证其治疗效果	评估妊娠相关并发症对早产儿脐带间充质干细胞治疗潜力的影响	早产儿脐带间充质干细胞及其在支气管肺发育不良中的治疗潜力	数字病理学	支气管肺发育不良	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	5名足月捐赠者、16名早产捐赠者和人类新生儿真皮成纤维细胞（HNDFs）
238	2024-11-27	A deconvolution framework that uses single-cell sequencing plus a small benchmark dataset for accurate analysis of cell type ratios in complex tissue samples 2024-Nov-25, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278822.123 PMID:39586714	研究论文	本文提出了一种基于单细胞测序和基准数据集的去卷积框架DeMixSC，用于准确分析复杂组织样本中的细胞类型比例	开发了一种新的加权非负最小二乘框架，用于识别和调整具有高技术差异的基因，并使用匹配的基准数据进行大规模去卷积	依赖于匹配的基准数据集，且仅在特定疾病和组织类型中进行了验证	提高复杂生物样本中去卷积分析的准确性	健康视网膜、卵巢癌组织以及年龄相关性黄斑变性和卵巢癌患者的组织样本	数字病理学	年龄相关性黄斑变性、卵巢癌	单细胞RNA测序	加权非负最小二乘框架	基因表达数据	453名年龄相关性黄斑变性患者和30名卵巢癌患者
239	2024-11-27	Single-Cell RNA-Seq and Histological Analysis Reveals Dynamic Lrig1 Expression During Salivary Gland Development 2024-Nov-25, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.31487 PMID:39587709	研究论文	研究探讨了LRIG1在唾液腺发育中的表达模式和功能	通过单细胞RNA测序和免疫荧光技术，揭示了LRIG1在唾液腺发育中的动态表达和其在不同细胞类型中的定位	主要集中在小鼠唾液腺的研究，未涵盖人类唾液腺发育的所有方面	研究LRIG1在唾液腺发育中的表达模式和功能	小鼠下颌下腺和人类唾液腺细胞系	NA	NA	单细胞RNA测序、qRT-PCR、免疫荧光染色	NA	RNA	不同发育阶段的小鼠下颌下腺样本和人类唾液腺细胞系
240	2024-11-27	H. Pylori-Facilitated TERT/Wnt/β-Catenin Triggers Spasmolytic Polypeptide-Expressing Metaplasia and Oxyntic Atrophy 2024-Nov-25, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202401227 PMID:39587848	研究论文	研究了幽门螺杆菌感染如何通过TERT/Wnt/β-Catenin途径触发胃黏膜的松弛素多肽表达化生和胃底萎缩	揭示了CagA通过破坏TERT与其新型E3连接酶SYVN1的相互作用来增加TERT表达，从而激活TERT/Wnt/β-Catenin途径，促进胃黏膜主细胞的去分化和松弛素多肽表达化生的发生	NA	阐明幽门螺杆菌感染通过TERT/Wnt/β-Catenin途径触发胃黏膜松弛素多肽表达化生和胃底萎缩的机制	幽门螺杆菌感染、TERT蛋白表达、Wnt/β-Catenin信号通路、胃黏膜主细胞	NA	胃癌前期病变	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA