单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2024-12-12	Identifying spatially variable genes by projecting to morphologically relevant curves 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.21.624653 PMID:39605709	研究论文	本文提出了一种基于谱图理论的方法，通过投影到与形态学相关的曲线来识别空间变异基因	引入了一种新的坐标系统，更好地反映了组织形态，并开发了一种广义加性模型（GAM）来检测基因在新的坐标系统中的变异表达	NA	改进空间转录组数据分析方法，以更有效地识别空间变异基因	空间转录组数据中的空间变异基因	空间转录组学	NA	空间转录组学	广义加性模型（GAM）	基因表达数据	多个平台（如Slide-seq和MERFISH）的实验数据
222	2024-12-12	From fallopian tube epithelium to high-grade serous ovarian cancer: A single-cell resolution review of sex steroid hormone signaling 2024-Nov, Progress in lipid research IF:14.0Q1 DOI:10.1016/j.plipres.2024.101302 PMID:39396711	综述	本文探讨了从输卵管上皮到高级别浆液性卵巢癌的性类固醇激素信号传导的分子机制	提供了性类固醇受体、类固醇生成和类固醇代谢酶的综合基因表达图谱，揭示了不同细胞群体在卵巢癌发生中的作用	NA	探讨高级别浆液性卵巢癌的早期分子机制及其预防和早期检测策略	输卵管上皮细胞和高级别浆液性卵巢癌	NA	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
223	2024-12-12	scGRN-Entropy: Inferring cell differentiation trajectories using single-cell data and gene regulation network-based transfer entropy 2024-Nov, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012638 PMID:39585902	研究论文	提出了一种新的方法scGRN-Entropy，用于从单细胞RNA测序数据中推断细胞分化轨迹和伪时间	通过整合基因调控网络的动态变化，提高了细胞分化轨迹推断的准确性	NA	研究细胞分化过程，揭示疾病（如癌症）的内在机制，并推动治疗和精准医学的发展	单细胞RNA测序数据中的细胞分化轨迹	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	最小生成树算法	基因表达数据	八个不同的真实单细胞RNA测序数据集
224	2024-12-11	Single cell RNA-sequencing reveals no evidence for meiotic sex chromosome inactivation in the threespine stickleback fish 2024-Nov-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.26.625488 PMID:39651240	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，探讨了三刺鱼中减数分裂性染色体失活（MSCI）现象的存在与否	首次在三刺鱼中发现MSCI现象不存在，并揭示了Y染色体基因在精子发生多个阶段的表达模式与哺乳动物不同	研究仅限于三刺鱼，未涉及其他鱼类物种	探讨三刺鱼中减数分裂性染色体失活现象的存在与否	三刺鱼的X和Y染色体在减数分裂中的基因表达模式	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
225	2024-12-11	PIEZO1 overexpression in hereditary hemorrhagic telangiectasia arteriovenous malformations 2024-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.27.625696 PMID:39651206	研究论文	本文研究了PIEZO1在遗传性出血性毛细血管扩张症（HHT）动静脉畸形（AVM）中的过度表达及其作用	首次揭示了PIEZO1在HHT2中的过度表达及其信号传导对AVM形成的关键作用，并提出了通过阻断PIEZO1来预防AVM的潜在治疗方法	研究主要基于小鼠模型和人类病变样本，尚未在临床试验中验证PIEZO1阻断疗法的有效性	探讨ALK1突变相关的血管疾病机制，并寻找预防AVM形成的新疗法	遗传性出血性毛细血管扩张症（HHT）患者及其动静脉畸形（AVM）	NA	遗传性出血性毛细血管扩张症	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠视网膜的单细胞RNA测序数据及人类HHT病变样本
226	2024-12-11	Key Regulatory Elements of the TGFβ-LRRC15 Axis Predict Disease Progression and Immunotherapy Resistance Across Cancer Types 2024-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.22.624939 PMID:39651139	研究论文	本文研究了TGFβ-LRRC15轴的关键调控元件，揭示其在不同癌症类型中预测疾病进展和免疫治疗抵抗的潜力	本文通过结合功能性化合物筛选和单细胞RNA测序，揭示了调控TGFβ增加LRRC15表达的关键基因特征，并验证了这些基因在预测免疫治疗反应中的潜力	本文主要基于细胞模型进行验证，尚未在临床试验中验证其效果	揭示TGFβ-LRRC15轴的关键调控元件，并探索其在个性化免疫治疗中的应用	TGFβ-LRRC15轴的关键调控基因及其在癌症进展和免疫治疗抵抗中的作用	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	基因调控网络	基因表达数据	细胞模型
227	2024-12-11	An estrogen receptor signaling transcriptional program linked to immune evasion in human hormone receptor-positive breast cancer 2024-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.23.619172 PMID:39651157	研究论文	本文研究了雌激素受体信号传导程序与激素受体阳性乳腺癌中免疫逃避的关系	首次定义并研究了与雌激素受体信号传导（ERS）和免疫信号相关的基因模块，揭示了ERS与T细胞浸润减少的潜在机制	研究主要基于批量和单细胞转录组数据，缺乏功能验证实验	探讨雌激素受体信号传导在激素受体阳性乳腺癌中免疫逃避的机制	激素受体阳性乳腺癌组织和细胞系	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组测序，多重免疫荧光	NA	转录组数据，免疫荧光图像	来自多个临床来源的乳腺癌组织和人类细胞系
228	2024-12-11	Prenatal p25-activated Cdk5 induces pituitary tumorigenesis through MCM2 phosphorylation-mediated cell proliferation 2024-11, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2024.101054 PMID:39366214	研究论文	研究揭示了产前p25激活的Cdk5通过MCM2磷酸化介导的细胞增殖诱导垂体肿瘤发生	首次揭示了Cdk5和Mcm2在垂体腺瘤肿瘤发生中的新作用，并提供了一种新的中间叶来源的垂体腺瘤小鼠模型	NA	探讨Cdk5在垂体肿瘤发生中的作用及其机制	Cdk5、Mcm2以及中间叶来源的垂体肿瘤	NA	垂体肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型和293T细胞系
229	2024-12-10	Decoding Functional and Developmental Trajectories of Tissue-Resident Uterine Dendritic Cells Through Integrative Omics 2024-Nov-14, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5424920/v1 PMID:39606471	研究论文	本文通过综合组学方法解码了组织驻留的子宫树突状细胞的功能和发育轨迹	首次通过单细胞RNA测序和CITE-seq技术，揭示了子宫树突状细胞在不同月经周期和早期妊娠阶段的亚型及其功能角色	研究主要集中在子宫树突状细胞的功能和发育轨迹，未涉及其在疾病中的具体应用	揭示子宫树突状细胞的分子特征及其在人类子宫内膜中的特定作用	子宫树突状细胞及其在不同月经周期和早期妊娠阶段的亚型	NA	NA	单细胞RNA测序、CITE-seq	NA	RNA	涉及不同月经周期和早期妊娠阶段的子宫组织样本
230	2024-12-10	Single-cell spatial transcriptomics of fixed, paraffin-embedded biopsies reveals colitis-associated cell networks 2024-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.11.623014 PMID:39605355	研究论文	本文开发了一种用于分析固定石蜡包埋（FFPE）组织样本的单细胞空间转录组学（iSCST）框架，并应用于炎症性肠病（IBD）患者的临床FFPE黏膜活检样本	本文首次将iSCST技术应用于FFPE组织样本，并展示了其在识别和量化不同细胞亚群及疾病状态中的差异表达基因方面的优势	本文仅分析了57个FFPE黏膜活检样本，样本量相对较小，可能影响结果的普适性	开发一种适用于FFPE组织样本的单细胞空间转录组学框架，并应用于炎症性肠病患者的临床样本分析	炎症性肠病（IBD）患者的FFPE黏膜活检样本	数字病理学	炎症性肠病	单细胞空间转录组学（iSCST）	NA	转录组数据	57个FFPE黏膜活检样本，包括9个非IBD对照组和11个溃疡性结肠炎患者
231	2024-12-10	The Risk Genes S1PR5, CMC1, and ASAH1 as Potential Targets for the Diagnosis, Immunotherapy, and Treatment of Colon Adenocarcinoma by Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Analysis 2024-11-07, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673331144241009082052 PMID:39513308	研究论文	本研究利用单细胞和批量RNA测序数据构建了一个新的免疫细胞功能风险模型，用于预测结肠腺癌的预后和免疫治疗效果	本研究首次提出了S1PR5、CMC1和ASAH1作为结肠腺癌的新型治疗靶点，并通过单细胞和批量RNA测序数据验证了其潜在的临床应用价值	本研究仅在特定的数据集和临床队列中验证了模型的有效性，未来需要在更多独立队列中进行验证	开发新的风险模型以预测结肠腺癌的预后和免疫治疗效果，并发现新的治疗靶点	结肠腺癌患者的预后和免疫治疗效果	数字病理学	结肠腺癌	单细胞RNA测序和批量RNA测序	Lasso回归分析	RNA测序数据	使用了来自Tumour Immune Single Cell Hub数据库的COAD单细胞数据集GSE146771，并在多个独立队列中进行了验证
232	2024-12-09	IFN-γ-induced Th1-Treg polarization in inflamed brains limits exacerbation of experimental autoimmune encephalomyelitis 2024-Nov-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2401692121 PMID:39560646	研究论文	研究探讨了IFN-γ在实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）中诱导Th1-Treg极化的作用	首次揭示了IFN-γ在EAE中诱导Tregs向Th1-Tregs极化的关键作用	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类疾病	探讨IFN-γ在EAE中的作用及其对Tregs极化的影响	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）中的Tregs和IFN-γ	NA	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
233	2024-12-09	Establishment of a conditionally reprogrammed primary eccrine sweat gland culture for evaluation of tissue-specific CFTR function 2024-Nov, Journal of cystic fibrosis : official journal of the European Cystic Fibrosis Society IF:5.4Q1 DOI:10.1016/j.jcf.2024.06.013 PMID:38969603	研究论文	本文建立了一种条件重编程的汗腺原代培养技术，用于评估组织特异性CFTR功能	首次报道了条件重编程和单细胞RNA测序在微解剖汗腺中的应用	NA	研究汗腺中的离子转运功能，评估CFTR调节剂的疗效并探索基因型-表型异质性	汗腺和鼻上皮细胞	数字病理学	囊性纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自非囊性纤维化皮肤捐赠者的汗腺，以及来自两名囊性纤维化患者的鼻上皮细胞和汗腺
234	2024-12-09	Definition of regulatory elements and transcription factors controlling porcine immune cell gene expression at single cell resolution using single nucleus ATAC-seq 2024-Nov, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110944 PMID:39326643	研究论文	研究使用单核ATAC测序技术定义了猪免疫细胞基因表达调控元件和转录因子	首次在单细胞分辨率下研究猪外周血单核细胞的染色质开放景观，并识别了调控元件和转录因子	研究仅限于猪的外周血单核细胞，未涵盖其他细胞类型或物种	揭示猪免疫细胞基因表达的顺式调控机制	猪外周血单核细胞的染色质开放景观和转录因子	基因组学	NA	单核ATAC测序（snATAC-seq）	NA	基因组数据	猪外周血单核细胞
235	2024-12-09	Methionine restriction reduced growth performance and exacerbated lipid deposition in hybrid grouper (Epinephelus fuscoguttatus ♀ × E. lanceolatus ♂) under high-lipid diets by suppressing the lipid degradation pathways with the single-cell RNA-seq analysis 2024-Nov, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110960 PMID:39536957	研究论文	研究了在高脂饮食下，甲硫氨酸限制对杂交石斑鱼（Epinephelus fuscoguttatus ♀ × ♂ E. lanceolatus）肝脏中脂质沉积的影响	通过单细胞RNA测序分析，揭示了甲硫氨酸限制抑制脂质降解途径，导致脂质沉积增加	NA	探讨甲硫氨酸限制对杂交石斑鱼在高脂饮食下生长性能和脂质沉积的影响	杂交石斑鱼（Epinephelus fuscoguttatus ♀ × ♂ E. lanceolatus）的肝脏	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及九种细胞类型
236	2024-12-08	Identification of PANoptosis-based signature for predicting the prognosis and immunotherapy response in AML 2024-Nov-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e40267 PMID:39634422	研究论文	本研究通过筛选PANoptosis相关基因，建立了PANoptosis风险特征，用于预测急性髓系白血病（AML）的预后和免疫治疗反应	首次探索了基于PANoptosis特征在AML中的作用，并验证了其作为独立预后因子的有效性	NA	建立和验证基于PANoptosis的风险特征，以预测AML患者的生存和免疫治疗反应	急性髓系白血病（AML）患者的预后和免疫治疗反应	数字病理学	白血病	LASSO回归分析、Cox回归分析、分子对接、分子动力学模拟	NA	RNA测序数据	使用了TCGA、bulk RNA测序和单细胞测序的数据
237	2024-12-07	Alpha-2-macroglobulin mitigates glucocorticoid-induced osteonecrosis via Keap1/Nrf2 pathway activation 2024-Nov-20, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2024.09.048 PMID:39343183	研究论文	研究探讨了α-2-巨球蛋白通过激活Keap1/Nrf2信号通路减轻糖皮质激素诱导的股骨头坏死的作用	首次揭示了α-2-巨球蛋白在糖皮质激素诱导的股骨头坏死中的作用及其通过Keap1/Nrf2通路减轻症状的机制	研究主要基于动物模型和患者样本的转录组和蛋白质组分析，缺乏更大规模的人体临床试验验证	探讨α-2-巨球蛋白在糖皮质激素诱导的股骨头坏死中的作用及其机制	糖皮质激素诱导的股骨头坏死及其相关生物标志物	NA	股骨头坏死	转录组分析、蛋白质组分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、蛋白质数据	患者样本和糖皮质激素诱导的股骨头坏死大鼠模型
238	2024-12-07	Taurine ameliorates radiation-induced oxidative stress in bone marrow mesenchymal stromal cells and promotes osteogenesis 2024-Nov-20, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2024.10.308 PMID:39486749	研究论文	研究探讨了牛磺酸对辐射诱导的骨髓间充质干细胞氧化应激的影响及其促进成骨的作用	首次揭示了牛磺酸代谢在辐射后下颌骨间充质细胞中的激活，并通过补充牛磺酸显著改善了辐射小鼠的生存率和下颌骨成骨	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类患者中进行验证	探讨牛磺酸在辐射诱导的下颌骨坏死中的作用及其潜在的治疗价值	骨髓间充质干细胞和辐射小鼠	NA	NA	scRNA-Seq 和代谢组学	NA	NA	辐射和未辐射的骨髓间充质干细胞，以及辐射和未辐射的小鼠
239	2024-12-07	[Revealing research progress for immunological characteristics of chronic hepatitis B applying single-cell RNA sequencing technology] 2024-Nov-20, Zhonghua gan zang bing za zhi = Zhonghua ganzangbing zazhi = Chinese journal of hepatology DOI:10.3760/cma.j.cn501113-20240426-00230 PMID:39623582	研究论文	本文总结了单细胞RNA测序技术在慢性乙型肝炎免疫特征研究中的进展	利用单细胞RNA测序技术揭示慢性乙型肝炎中免疫细胞转录组微小变化，为探索免疫发病机制和潜在治疗靶点提供技术支持	NA	探讨慢性乙型肝炎的免疫机制和潜在治疗靶点	慢性乙型肝炎患者的免疫细胞	数字病理学	肝炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
240	2024-12-06	A Roadmap for Selecting and Utilizing Optimal Features in scRNA Sequencing Data Analysis for Stem Cell Research: A Comprehensive Review 2024-Nov-30, International journal of stem cells IF:2.5Q3 DOI:10.15283/ijsc23170 PMID:38531607	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在干细胞研究中的应用，并讨论了选择和利用最佳特征的路线图	本文提供了对scRNA-seq分析工具的详细概述和分类，基于对2,733篇科学出版物的回顾	NA	为使用scRNA-seq研究干细胞的生物信息学家和生物学家提供实用建议	干细胞及其产生的细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	2,733篇科学出版物和1,400种分析工具