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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA transcriptomics in mice reveals embryonic origin of fibrosis due to maternal obesity
2024-Nov, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105421
PMID:39476533
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示母体肥胖通过抑制AMPK信号通路增强胚胎纤维化进程的机制 | 首次在胚胎期发现母体肥胖诱导的纤维化细胞群增加,并证实AMPK信号通路在其中的关键调控作用 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类样本中验证 | 探究母体肥胖导致子代组织纤维化的胚胎起源和分子机制 | C57BL/6J小鼠胚胎体细胞组织(E9.5、E11.5、E13.5时期) | 单细胞组学 | 纤维化疾病 | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 对照组和母体肥胖组小鼠胚胎组织(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 222 | 2025-02-07 |
STCGAN: a novel cycle-consistent generative adversarial network for spatial transcriptomics cellular deconvolution
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae670
PMID:39715685
|
研究论文 | 本文提出了一种名为STCGAN的新型循环一致性生成对抗网络,用于空间转录组学中的细胞去卷积 | STCGAN首次采用循环一致性生成对抗网络(CGAN)在空间转录组数据上进行预训练,确保从ST数据到潜在空间的映射及其反向映射的一致性,从而捕捉复杂的空间基因表达模式并学习鲁棒的潜在表示 | 尽管STCGAN在模拟和真实数据集上表现出色,但其在更广泛的组织类型和更复杂的组织架构中的适用性仍需进一步验证 | 提高空间转录组数据中细胞类型去卷积的准确性,以更精确地描绘组织架构 | 空间转录组数据(ST数据)和单细胞RNA测序数据(scRNA-seq数据) | 数字病理学 | NA | 空间转录组技术 | CGAN(循环一致性生成对抗网络) | 空间转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 五个模拟和真实数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 223 | 2025-02-05 |
Correction to: STCGAN: a novel cycle-consistent generative adversarial network for spatial transcriptomics cellular deconvolution
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf064
PMID:39902583
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 224 | 2024-11-15 |
Correction: Study on the mechanism of heterogeneous tumor-associated macrophages in three subtypes of breast cancer through the integration of single-cell RNA sequencing and in vitro experiments
2024-Nov-08, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-024-10053-2
PMID:39514125
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 225 | 2025-10-07 |
ScRNA-seq and bulk RNA-seq identified NUPR1 as novel biomarkers related to CD4 + T cells infiltration for abdominal aortic aneurysm
2024-Nov-07, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-024-10050-5
PMID:39508893
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和bulk RNA-seq分析识别了与腹主动脉瘤CD4+T细胞浸润相关的生物标志物 | 首次发现NUPR1作为CD4+T细胞浸润相关的新型生物标志物,并验证其在血管平滑肌细胞中的表达和功能 | 研究主要基于GEO数据库数据,需要进一步临床验证 | 识别与腹主动脉瘤CD4+T细胞浸润相关的分子标志物 | 腹主动脉瘤患者样本和血管平滑肌细胞 | 生物信息学 | 腹主动脉瘤 | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, qPCR, 免疫组化, 免疫荧光 | 加权基因共表达网络分析, CIBERSORT | RNA-seq数据, 基因表达数据 | GEO数据库中的腹主动脉瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 226 | 2025-10-07 |
Ly6E on tumor cells impairs anti-tumor T-cell responses: a novel mechanism of tumor-induced immune exclusion
2024-Nov-02, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03851-x
PMID:39487896
|
研究论文 | 本研究揭示了肿瘤细胞表面Ly6E通过促进M2巨噬细胞积累导致CD8+ T细胞排斥的新机制 | 首次发现Ly6E通过调控M2巨噬细胞介导肿瘤免疫排斥的新机制 | 主要基于小鼠模型研究,人类临床验证仍需进一步开展 | 探究Ly6E在肿瘤微环境中调控免疫反应的分子机制 | 人类乳腺癌组织、肿瘤细胞系、小鼠肿瘤模型 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 流式细胞术、bulk RNA测序、单细胞RNA测序 | 基因敲除和过表达小鼠模型 | 基因表达数据、细胞表型数据 | 人类乳腺癌组织、多种肿瘤细胞系、小鼠肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 227 | 2025-10-07 |
A single-cell atlas of the Culex tarsalis midgut during West Nile virus infection
2024-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.23.603613
PMID:39091762
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建了白纹伊蚊中肠细胞图谱,并研究了西尼罗河病毒感染的细胞特异性动态 | 首次在高效传播媒介白纹伊蚊中建立中肠单细胞图谱,揭示了不同细胞类型对病毒感染的差异性易感性 | 未检测到典型蚊虫抗病毒免疫基因在中肠整体水平上的显著上调 | 研究西尼罗河病毒在蚊虫中肠的感染动态和细胞特异性反应 | 白纹伊蚊中肠细胞 | 单细胞组学 | 西尼罗河病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 228 | 2025-10-07 |
Graph contrastive learning of subcellular-resolution spatial transcriptomics improves cell type annotation and reveals critical molecular pathways
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf020
PMID:39883515
|
研究论文 | 提出一种名为Focus的图对比学习方法,利用亚细胞分辨率空间转录组数据改进细胞类型注释 | 首次开发能够显式建模RNA亚细胞分布和社区的半监督图对比学习方法 | NA | 改进细胞类型注释并揭示关键分子通路 | 亚细胞分辨率空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 成像空间转录组技术 | 图对比学习 | 空间转录组数据 | NA | NA | 单分子分辨率空间转录组学 | MERFISH, CosMx SMI, Xenium | 亚细胞分辨率空间转录组平台 |
| 229 | 2025-10-07 |
Beyond the Heartbeat: Single-Cell Omics Redefining Cardiovascular Research
2024-Nov, Current cardiology reports
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s11886-024-02117-3
PMID:39158785
|
综述 | 探讨单细胞组学技术在人类心脏研究中的最新进展及其对心血管疾病研究的革命性影响 | 整合多种单细胞组学技术揭示心脏细胞多样性、调控网络和疾病机制,推动心脏再生和精准医疗发展 | NA | 探索单细胞组学技术在心血管研究中的应用与进展 | 人类心脏各区域组织 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学, 单细胞基因组学, 单细胞蛋白质组学, 单细胞表观基因组学, 空间转录组学 | NA | 单细胞组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 230 | 2025-10-07 |
A prenatal skin atlas reveals immune regulation of human skin morphogenesis
2024-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08002-x
PMID:39415002
|
研究论文 | 本研究构建了人类产前皮肤的多组学参考图谱,揭示了免疫细胞在皮肤形态发生中的关键调控作用 | 首次系统揭示了先天免疫细胞通过与非免疫细胞相互作用调控皮肤形态发生、毛囊形成和无瘢痕伤口愈合的新功能 | 皮肤类器官模型缺乏免疫细胞且内皮细胞异质性和数量显著减少 | 探究先天免疫细胞在人类皮肤形态发生中的功能 | 人类产前皮肤(7-17孕周)、皮肤类器官模型、人胚胎干细胞和诱导多能干细胞 | 空间转录组学 | 皮肤疾病 | 单细胞转录组测序,空间转录组学 | 皮肤类器官模型 | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据 | 7-17孕周人类产前皮肤样本 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 231 | 2025-10-07 |
Construction and Validation of a Novel T/NK-Cell Prognostic Signature for Pancreatic Cancer Based on Single-Cell RNA Sequencing
2024-Nov, Cancer investigation
IF:1.8Q3
DOI:10.1080/07357907.2024.2424328
PMID:39523741
|
研究论文 | 基于单细胞RNA测序构建并验证了胰腺癌的新型T/NK细胞预后标志物 | 首次利用配对的原发性和转移性胰腺癌组织单细胞RNA测序数据,鉴定出T/NK细胞亚群在转移过程中的关键作用,并构建了6基因预后模型 | 样本量较小(仅3例患者),需要更大规模的研究验证模型的普适性 | 开发胰腺癌预后预测模型并探索转移机制 | 胰腺癌患者的原发性和转移性肿瘤组织 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析 | 风险预测模型 | 单细胞RNA测序数据 | 3例胰腺癌患者的配对原发和转移肿瘤组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 232 | 2025-10-07 |
Low-intensity focused ultrasound stimulation promotes stroke recovery via astrocytic HMGB1 and CAMK2N1 in mice
2024-Nov-05, Stroke and vascular neurology
IF:4.4Q1
DOI:10.1136/svn-2023-002614
PMID:38191183
|
研究论文 | 本研究探讨低强度聚焦超声刺激通过星形胶质细胞中的HMGB1和CAMK2N1促进小鼠脑卒中恢复的机制 | 首次揭示LIFUS通过调控星形胶质细胞特定亚群中HMGB1上调和CAMK2N1下调来促进血管生成和突触形成 | 研究仅使用雄性小鼠模型,未涉及性别差异分析 | 探究低强度聚焦超声在缺血性脑卒中中的神经修复机制 | 成年雄性小鼠的缺血性脑卒中模型 | 神经科学 | 缺血性脑卒中 | iTRAQ蛋白质组学分析,scRNA-seq,激光散斑成像,电肌电图,纤维光度记录,荧光原位杂交,Western blot | NA | 蛋白质组数据,单细胞RNA测序数据,影像数据,电生理数据 | 成年雄性小鼠 | NA | 单细胞RNA测序,蛋白质组学 | NA | NA |
| 233 | 2025-10-07 |
Progressive polyadenylation and m6A modification of Ighg1 mRNA maintain IgG1 antibody homeostasis in antibody-secreting cells
2024-11-12, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.10.004
PMID:39476842
|
研究论文 | 本研究揭示了抗体分泌细胞中通过Ighg1 mRNA的渐进式多聚腺苷酸化和m6A修饰维持IgG1抗体稳态的机制 | 首次发现m6A阅读蛋白YTHDF1通过调控Ighg1 mRNA稳定性维持IgG1抗体产生,并证实该机制在系统性红斑狼疮中的病理作用 | 研究主要聚焦于IgG1亚型,其他IgG亚型的调控机制尚未明确 | 探究RNA转录后修饰如何影响抗体分泌细胞中的抗体稳态 | 抗体分泌细胞(ASCs)、IgG重链转录本(Ighg)、m6A阅读蛋白YTHDF1 | 分子生物学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序、基因敲除、免疫荧光 | NA | 基因表达数据、蛋白质定位数据 | 狼疮小鼠模型、系统性红斑狼疮患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 234 | 2025-10-07 |
Overcoming tyrosine kinase inhibitor resistance in lung cancer brain metastasis with CTLA4 blockade
2024-Nov-11, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2024.09.012
PMID:39423817
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了肺癌脑转移中TKI耐药机制,并证明CTLA4阻断可有效克服耐药 | 首次发现TKI治疗通过肿瘤来源的HMGB1上调T细胞CTLA4表达,创建免疫抑制微环境,并证明CTLA4阻断联合TKI在TKI耐药模型中优于PD1阻断 | 研究样本来源于手术获取的LCBM样本,样本量有限,且依赖小鼠模型验证 | 阐明肺癌脑转移中酪氨酸激酶抑制剂耐药机制并探索有效治疗策略 | 肺癌脑转移患者样本和具有TKI敏感或耐药EGFR突变的同源小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 具有不同遗传背景和TKI治疗史的LCBM手术样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 235 | 2025-10-07 |
BIOTIC: a Bayesian framework to integrate single-cell multi-omics for transcription factor activity inference and improve identity characterization of cells
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf013
PMID:39833103
|
研究论文 | 提出一种名为BIOTIC的贝叶斯框架,通过整合单细胞多组学数据推断转录因子活性并改善细胞身份表征 | 开发了首个基于生物机制的贝叶斯模型,通过变分推理整合单细胞多组学数据来推断转录因子活性 | NA | 在基因调控水平推断转录因子活性并阐明细胞身份状态 | 细胞身份表征和基因调控机制 | 生物信息学 | NA | 单细胞多组学测序,单细胞转录组测序 | 贝叶斯模型,变分推理 | 单细胞多组学数据,基因表达数据,染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞多组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 236 | 2025-10-07 |
Longitudinal analysis of genetic and epigenetic changes in human pluripotent stem cells in the landscape of culture-induced abnormality
2024-Nov, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-024-01334-8
PMID:39482531
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研究论文 | 通过综合基因组学分析研究人类多能干细胞在体外培养过程中获得'培养适应性表型'的分子机制 | 首次在等基因hESC模型中系统分析培养诱导异常的表观遗传机制,揭示20q11.21拷贝数增加和表观遗传变化共同驱动培养适应性表型 | 研究基于特定hESC模型,结果可能不适用于所有人类多能干细胞系 | 探索人类多能干细胞在体外培养过程中遗传和表观遗传变化的分子机制 | 人类胚胎干细胞(hESCs)和人类多能干细胞(hPSCs) | 干细胞生物学 | NA | 单细胞转录组测序, 单细胞ATAC-seq, 基因组分析 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 237 | 2025-10-07 |
The Functional Role and Prognostic Significance of TIM-3 Expression on NK Cells in the Diagnostic Bone Marrows in Acute Myeloid Leukemia
2024-Nov-27, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines12122717
PMID:39767624
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研究论文 | 本研究探讨TIM-3在急性髓系白血病患者骨髓NK细胞上的表达功能及预后意义 | 首次系统评估TIM-3在AML患者NK细胞上的功能作用及其与预后的关联 | 样本量有限,TIM-3并非独立预后因素 | 评估TIM-3表达对NK细胞杀伤能力的影响及其在AML中的预后价值 | 急性髓系白血病患者和健康捐赠者的骨髓NK细胞 | 免疫学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序, 多参数流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 流式细胞数据 | 105名新诊断AML成人患者和12名健康捐赠者 | NA | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | NA |
| 238 | 2025-10-07 |
Upregulation of multiple key molecules is correlated with poor prognosis and immune infiltrates in hepatocellular carcinoma by bulk and single-cell RNA-seq
2024-Nov-12, Aging
DOI:10.18632/aging.206151
PMID:39537209
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研究论文 | 本研究通过bulk和单细胞RNA-seq分析,构建了基于关键基因的肝细胞癌预后预测模型 | 首次结合三种差异分析方法和单细胞测序技术鉴定肝细胞癌关键基因,并建立与免疫细胞浸润相关的预后模型 | 研究主要基于TCGA数据库,缺乏外部验证队列 | 构建肝细胞癌预后预测模型并探索关键基因与免疫浸润的关系 | 肝细胞癌患者组织和细胞 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 免疫组织化学 | LASSO回归, Cox回归 | 基因表达数据, 临床数据 | TCGA数据库的肝细胞癌样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 239 | 2025-10-07 |
Deciphering progressive lesion areas in breast cancer spatial transcriptomics via TGR-NMF
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae707
PMID:39780487
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研究论文 | 本研究开发了TGR-NMF方法,用于解析乳腺癌空间转录组数据中的疾病进展相关区域 | 提出了三图正则化非负矩阵分解方法和单元化策略,整合基因表达和空间位置邻域拓扑,能够利用完整的基因表达计数数据并提高可解释性 | 未明确说明样本数量和具体的技术验证细节 | 解析乳腺癌组织异质性,识别与疾病进展相关的空间区域 | 乳腺癌空间转录组数据 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | TGR-NMF(三图正则化非负矩阵分解) | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 240 | 2025-10-07 |
Targeting squalene epoxidase restores anti-PD-1 efficacy in metabolic dysfunction-associated steatohepatitis-induced hepatocellular carcinoma
2024-Nov-11, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2023-331117
PMID:38744443
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研究论文 | 本研究探讨了角鲨烯环氧酶在代谢功能障碍相关脂肪性肝炎诱导的肝细胞癌中通过调节肿瘤免疫微环境影响抗PD-1疗效的机制 | 首次揭示SQLE通过胆固醇积累导致CD8+ T细胞线粒体功能障碍和髓源性抑制细胞活化,从而介导免疫抑制并影响抗PD-1疗效 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证仍需进一步研究 | 探究SQLE在MASH-HCC肿瘤免疫微环境调节中的作用及对抗PD-1疗效的影响 | 肝细胞特异性SQLE转基因和敲除小鼠、原位移植模型和人源化小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | 转基因小鼠模型、敲除小鼠模型 | 基因表达数据、细胞表型数据 | 多种基因工程小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |