单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 578 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2025-10-07 |
Identification of the 4CL family in cassava (Manihot esculenta Crantz) and expression pattern analysis of the Me4CL32 gene
2024-11-26, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150731
PMID:39423574
|
研究论文 | 通过生物信息学方法鉴定木薯4CL基因家族并分析Me4CL32基因的表达模式 | 首次在木薯基因组中系统鉴定50个4CL基因家族成员，并发现与橡胶树存在密切同源关系 | 研究主要基于生物信息学分析和基因表达模式，缺乏功能验证实验 | 研究木薯4CL基因家族的功能及其在植物生长和胁迫响应中的作用 | 木薯(Manihot esculenta Crantz)的4CL基因家族，特别是Me4CL32基因 | 生物信息学 | NA | 生物信息学分析、qRT-PCR、RNA-seq转录组、单细胞转录组、亚细胞定位 | NA | 基因组数据、表达数据 | NA | NA | 单细胞转录组、RNA-seq | NA | NA |
| 202 | 2025-10-07 |
Brain-wide alterations revealed by spatial transcriptomics and proteomics in COVID-19 infection
2024-Nov, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-024-00730-z
PMID:39543407
|
研究论文 | 通过空间转录组学和蛋白质组学分析COVID-19感染后全脑范围的分子改变 | 首次结合多种实验和分析方法揭示COVID-19对全脑范围的影响，发现与年龄相关神经退行性疾病重叠的分子通路改变 | 样本量相对有限（总计42例），仅研究严重急性/亚急性COVID-19病例 | 探究SARS-CoV2感染后神经系统症状的病理生理机制 | COVID-19患者和匹配肺部病理对照的尸检脑组织 | 空间生物学 | COVID-19神经系统并发症 | 空间转录组学, 批量基因表达分析, 蛋白质组学 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据 | 42例尸检脑组织（COVID-19患者和对照） | NA | 空间转录组学, 批量RNA测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 203 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA-seq in diabetic foot ulcer wound healing
2024 Nov-Dec, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society
IF:3.8Q1
DOI:10.1111/wrr.13218
PMID:39264020
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探索糖尿病足溃疡创面愈合的分子机制 | 首次在单细胞水平系统研究糖尿病足溃疡创面愈合过程中的细胞亚群、基因和分子特征 | NA | 深入理解糖尿病足溃疡创面愈合机制并识别潜在治疗靶点 | 糖尿病足溃疡慢性创面相关细胞 | 数字病理学 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 204 | 2025-10-07 |
Multi-omics analyses and machine learning prediction of oviductal responses in the presence of gametes and embryos
2024-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.13.598905
PMID:38915688
|
研究论文 | 通过多组学分析和机器学习预测输卵管对配子和胚胎存在的响应机制 | 开发了基于transformer的机器学习模型整合转录组和蛋白质组数据，首次系统揭示输卵管对配子和胚胎的时空特异性响应 | 小鼠模型与人类输卵管炎症反应存在部分差异，样本采集时间点有限 | 阐明输卵管与配子/胚胎之间的适应性相互作用机制 | 小鼠输卵管组织及输卵管液样本 | 机器学习 | 生殖系统疾病 | RNA-seq, scRNA-seq, 蛋白质组学 | transformer | 转录组数据, 蛋白质组数据 | 小鼠输卵管组织在不同交配后时间点的样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 205 | 2025-10-07 |
cfDiffusion: diffusion-based efficient generation of high quality scRNA-seq data with classifier-free guidance
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf071
PMID:39987461
|
研究论文 | 提出基于扩散模型的高质量单细胞RNA测序数据生成方法cfDiffusion | 结合无分类器引导和高级特征缓存机制，显著降低训练成本并提高多属性单细胞数据生成效率 | 推理时间仍长于scDiffusion方法 | 解决单细胞RNA测序数据模拟中的质量和效率问题 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 扩散模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 206 | 2025-10-07 |
Meta-atlas of Juvenile and Adult Enteric Neuron scRNA-seq for Dataset Comparisons and Consensus on Transcriptomic Definitions of Enteric Neuron Subtypes
2024-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.31.621315
PMID:39574584
|
研究论文 | 通过整合多个小鼠肠道神经系统单细胞RNA测序数据集，构建肠道神经元的元图谱并建立神经元亚型的转录组学共识定义 | 首次系统整合多个独立scRNA-seq数据集，构建肠道神经元的元图谱，实现跨年龄段的共识分类 | 数据集间细胞分离和文库构建方法存在差异，未来需将转录组谱与历史分类系统关联 | 识别新的细胞类型、共享标记基因、数据集差异，并建立肠道神经元亚型的转录组学共识定义 | 小鼠肠道神经系统神经元 | 单细胞转录组学 | 胃肠动力障碍 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单核RNA测序 | 数据整合分析 | 单细胞转录组数据 | 多个独立数据集整合 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 207 | 2025-10-07 |
Characterization of an orthotopic mouse transplant model reveals early changes in the tumor microenvironment of lung cancer
2024-Nov, BMB reports
IF:2.9Q3
PMID:39044458
|
研究论文 | 本研究通过建立原位移植小鼠模型，利用单细胞RNA测序技术揭示了肺癌早期肿瘤微环境的细胞和分子变化 | 首次在携带Kras G12C突变的Lewis肺癌原位移植模型中，通过检测突变Kras转录本识别肿瘤细胞，并系统揭示了早期肿瘤微环境中成纤维细胞、髓系细胞和T/NK细胞的表型变化 | 研究基于小鼠移植模型，可能无法完全模拟人类肺癌的自然发生过程 | 探究肺癌早期阶段的细胞和分子动态变化 | Lewis肺癌细胞系（LLC）和原位移植小鼠模型 | 单细胞组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 208 | 2025-02-21 |
FastTENET: an accelerated TENET algorithm based on manycore computing in Python
2024-11-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae699
PMID:39570606
|
研究论文 | 本文提出了一种基于多核计算的加速版TENET算法，称为FastTENET，用于从单细胞RNA测序数据中重建基因调控网络 | FastTENET通过数组计算优化了TENET算法，使其在多核处理器（如GPU）上加速，性能提升高达973倍 | 尽管FastTENET显著提升了计算速度，但其性能提升依赖于硬件（如GPU）的支持 | 解决TENET算法在处理大规模单细胞RNA测序数据时计算时间过长的问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | TENET算法 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 209 | 2025-10-07 |
Recruitment of homodimeric proneural factors by conserved CAT-CAT E-boxes drives major epigenetic reconfiguration in cortical neurogenesis
2024-Nov-27, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae950
PMID:39494521
|
研究论文 | 通过整合分析揭示神经发生过程中同源二聚体前神经因子通过CAT-CAT E-boxes驱动表观遗传重编程的机制 | 发现NEUROG2和NEUROD2作为同源二聚体优先结合CAT-CAT E-boxes，并在神经元分化中期阶段发挥最大染色质重塑作用 | 研究主要基于小鼠皮层发育数据，人类中的保守性需要进一步验证 | 探究前神经因子在不同E-box类型上的协作机制及其染色质重塑功能 | 小鼠发育中的皮层神经细胞 | 表观遗传学 | 神经精神疾病 | ChIP-seq, 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, DNA甲基化测序, HT-SELEX, DNA足迹分析 | 结构建模 | 基因组学数据，表观基因组数据 | NA | NA | 染色质免疫沉淀测序, 单细胞RNA测序, ATAC测序, DNA甲基化测序 | NA | NA |
| 210 | 2025-10-07 |
Revealing the molecular links between coronary heart disease and cognitive impairment: the role of aging-related genes and therapeutic potential of stellate ganglion block
2024-Nov-28, Biogerontology
IF:4.4Q1
DOI:10.1007/s10522-024-10159-x
PMID:39609308
|
研究论文 | 本研究揭示了衰老相关基因FKBP5和DDIT3在冠心病与认知障碍共病机制中的关键作用，并评估了星状神经节阻滞的治疗潜力 | 首次通过单细胞和bulk RNA测序技术系统阐明FKBP5和DDIT3在冠心病与认知障碍共病机制中的核心作用，并发现星状神经节阻滞通过调节自主神经可同时改善心脏功能和认知能力 | 研究主要基于动物模型，尚未在人类临床试验中得到验证 | 阐明冠心病与认知障碍共病的分子机制，探索星状神经节阻滞的治疗效果 | 冠心病和认知障碍的分子机制及治疗干预 | 生物医学研究 | 冠心病, 认知障碍 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 激光多普勒血流仪, 脑电图, 行为学测试 | 动物模型 | 基因表达数据, 行为学数据, 生理信号数据 | 大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 211 | 2025-10-07 |
Deconvolution of spatial transcriptomics data via graph contrastive learning and partial least square regression
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf052
PMID:39924717
|
研究论文 | 提出一种基于图对比学习和偏最小二乘回归的空间转录组数据反卷积方法CLPLS | 首次将图对比学习与偏最小二乘回归结合用于空间转录组反卷积，并能整合单细胞多组学数据探索空间表观基因组异质性 | NA | 开发空间转录组数据反卷积方法以解析组织内细胞空间架构 | 空间转录组数据和单细胞多组学数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组测序，单细胞多组学测序 | 图对比学习，偏最小二乘回归 | 基因表达数据，染色质可及性数据 | 模拟数据集和来自不同平台的真实数据集 | NA | 空间转录组学，单细胞多组学 | NA | NA |
| 212 | 2025-10-07 |
Leveraging Single-Cell RNA-Seq to Generate Robust Microglia Aging Clocks
2024-Nov-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.05.616811
PMID:39554035
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据开发稳健的小胶质细胞衰老时钟 | 首次在单细胞水平开发小胶质细胞衰老时钟，并证明其可应用于常规批量RNA-seq数据 | NA | 建立能够准确反映大脑衰老过程的生物标志物 | 小胶质细胞 | 生物信息学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 无监督频率特征化方法 | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 213 | 2025-10-07 |
ITGA5+ synovial fibroblasts orchestrate proinflammatory niche formation by remodelling the local immune microenvironment in rheumatoid arthritis
2024-Nov-01, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/ard-2024-225778
PMID:39486872
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学鉴定了一种新型ITGA5+滑膜成纤维细胞亚群，并揭示了其在类风湿关节炎炎症微环境形成中的作用机制 | 首次鉴定出CD45-CD31-PDPN+ITGA5+滑膜成纤维细胞新亚群，发现其通过分泌TGF-β1诱导naïve CD4+ T细胞分化为CXCL13hiPD-1hi外周辅助T细胞，从而重塑促炎微环境 | 研究样本量相对有限，需要更大规模队列验证；动物模型结果向人类临床转化的有效性需进一步确认 | 研究滑膜成纤维细胞的表型异质性及其在类风湿关节炎炎症反应中的作用 | 骨关节炎、持续缓解期和活动期类风湿关节炎患者的滑膜组织和细胞 | 数字病理学 | 类风湿关节炎 | 单细胞转录组测序,空间转录组学,免疫组织化学,多重免疫荧光,流式细胞术,细胞共培养,过继转移,RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据,空间基因表达数据,流式细胞数据,免疫荧光图像 | 包含PEAC和R4RA两个队列的患者样本，具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 214 | 2025-10-07 |
The MRAP2 accessory protein directly interacts with melanocortin-3 receptor to enhance signaling
2024-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.06.622243
PMID:39574659
|
研究论文 | 本研究证实MRAP2辅助蛋白通过与MC3R直接相互作用增强其信号传导功能 | 首次使用单分子下拉技术确认MC3R与MRAP2的相互作用，揭示了它们形成1:1异源二聚体的分子机制 | 研究主要在HEK293细胞系中进行，需要在更接近生理条件的模型中验证 | 阐明MRAP2对MC3R信号传导的调控机制及其在能量稳态中的作用 | 黑皮质素3受体(MC3R)及其辅助蛋白MRAP2 | 分子生物学 | 肥胖症 | 单分子下拉(SiMPull)、荧光光漂白分析、单核RNA测序、空间转录组学、结构同源建模、丙氨酸突变筛选 | NA | 分子相互作用数据、基因表达数据、信号传导数据 | HEK293细胞系、人类下丘脑神经元 | NA | 单核RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 215 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA transcriptomics in mice reveals embryonic origin of fibrosis due to maternal obesity
2024-Nov, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105421
PMID:39476533
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示母体肥胖通过抑制AMPK信号通路增强胚胎纤维化进程的机制 | 首次在胚胎期发现母体肥胖诱导的纤维化细胞群增加，并证实AMPK信号通路在其中的关键调控作用 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证 | 探究母体肥胖导致子代组织纤维化的胚胎起源和分子机制 | C57BL/6J小鼠胚胎体细胞组织（E9.5、E11.5、E13.5时期） | 单细胞组学 | 纤维化疾病 | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 对照组和母体肥胖组小鼠胚胎组织（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 216 | 2025-02-07 |
STCGAN: a novel cycle-consistent generative adversarial network for spatial transcriptomics cellular deconvolution
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae670
PMID:39715685
|
研究论文 | 本文提出了一种名为STCGAN的新型循环一致性生成对抗网络，用于空间转录组学中的细胞去卷积 | STCGAN首次采用循环一致性生成对抗网络（CGAN）在空间转录组数据上进行预训练，确保从ST数据到潜在空间的映射及其反向映射的一致性，从而捕捉复杂的空间基因表达模式并学习鲁棒的潜在表示 | 尽管STCGAN在模拟和真实数据集上表现出色，但其在更广泛的组织类型和更复杂的组织架构中的适用性仍需进一步验证 | 提高空间转录组数据中细胞类型去卷积的准确性，以更精确地描绘组织架构 | 空间转录组数据（ST数据）和单细胞RNA测序数据（scRNA-seq数据） | 数字病理学 | NA | 空间转录组技术 | CGAN（循环一致性生成对抗网络） | 空间转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 五个模拟和真实数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 217 | 2025-02-05 |
Correction to: STCGAN: a novel cycle-consistent generative adversarial network for spatial transcriptomics cellular deconvolution
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf064
PMID:39902583
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 218 | 2024-11-15 |
Correction: Study on the mechanism of heterogeneous tumor-associated macrophages in three subtypes of breast cancer through the integration of single-cell RNA sequencing and in vitro experiments
2024-Nov-08, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-024-10053-2
PMID:39514125
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 219 | 2025-10-07 |
ScRNA-seq and bulk RNA-seq identified NUPR1 as novel biomarkers related to CD4 + T cells infiltration for abdominal aortic aneurysm
2024-Nov-07, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-024-10050-5
PMID:39508893
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和bulk RNA-seq分析识别了与腹主动脉瘤CD4+T细胞浸润相关的生物标志物 | 首次发现NUPR1作为CD4+T细胞浸润相关的新型生物标志物，并验证其在血管平滑肌细胞中的表达和功能 | 研究主要基于GEO数据库数据，需要进一步临床验证 | 识别与腹主动脉瘤CD4+T细胞浸润相关的分子标志物 | 腹主动脉瘤患者样本和血管平滑肌细胞 | 生物信息学 | 腹主动脉瘤 | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, qPCR, 免疫组化, 免疫荧光 | 加权基因共表达网络分析, CIBERSORT | RNA-seq数据, 基因表达数据 | GEO数据库中的腹主动脉瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 220 | 2025-10-07 |
Ly6E on tumor cells impairs anti-tumor T-cell responses: a novel mechanism of tumor-induced immune exclusion
2024-Nov-02, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03851-x
PMID:39487896
|
研究论文 | 本研究揭示了肿瘤细胞表面Ly6E通过促进M2巨噬细胞积累导致CD8+ T细胞排斥的新机制 | 首次发现Ly6E通过调控M2巨噬细胞介导肿瘤免疫排斥的新机制 | 主要基于小鼠模型研究，人类临床验证仍需进一步开展 | 探究Ly6E在肿瘤微环境中调控免疫反应的分子机制 | 人类乳腺癌组织、肿瘤细胞系、小鼠肿瘤模型 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 流式细胞术、bulk RNA测序、单细胞RNA测序 | 基因敲除和过表达小鼠模型 | 基因表达数据、细胞表型数据 | 人类乳腺癌组织、多种肿瘤细胞系、小鼠肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |