单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-01-13	Upregulation of multiple key molecules is correlated with poor prognosis and immune infiltrates in hepatocellular carcinoma by bulk and single-cell RNA-seq 2024-Nov-12, Aging DOI:10.18632/aging.206151 PMID:39537209	研究论文	本研究通过bulk和单细胞RNA-seq分析，揭示了与肝细胞癌（HCC）预后不良和免疫浸润相关的多个关键分子的上调	结合bulk和单细胞RNA-seq数据，构建了一个基于关键基因的HCC预后预测模型，并揭示了这些基因在免疫细胞中的高表达	由于肝癌的高度异质性，预测患者预后仍然具有挑战性	构建一个预测HCC预后的模型	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	LASSO回归模型	RNA表达数据和临床数据	TCGA提供的RNA表达和临床数据
202	2025-01-12	Deciphering progressive lesion areas in breast cancer spatial transcriptomics via TGR-NMF 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae707 PMID:39780487	研究论文	本研究通过开发三图正则化非负矩阵分解（TGR-NMF）方法，旨在解析乳腺癌空间转录组学中与疾病进展相关的空间区域	提出了TGR-NMF方法，通过整合基因表达邻域拓扑和空间位置邻域拓扑，构建了可解释的低维空间转录组数据表示，并揭示了乳腺癌进展的病变区域	NA	解析乳腺癌空间转录组学中与疾病进展相关的空间区域	乳腺癌组织	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	TGR-NMF	基因表达数据	NA
203	2025-01-12	Targeting squalene epoxidase restores anti-PD-1 efficacy in metabolic dysfunction-associated steatohepatitis-induced hepatocellular carcinoma 2024-Nov-11, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-331117 PMID:38744443	研究论文	本研究探讨了角鲨烯环氧化酶（SQLE）在代谢功能障碍相关脂肪性肝炎诱导的肝细胞癌（MASH-HCC）中的作用，特别是其在调节肿瘤免疫微环境中的角色	首次揭示了SQLE通过影响CD8+ T细胞功能和增加免疫抑制性髓源性抑制细胞（MDSCs）来抑制抗肿瘤反应，并证明靶向SQLE可以恢复抗PD-1治疗在MASH-HCC模型中的疗效	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探讨SQLE在MASH-HCC中的免疫调节作用及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞特异性SQLE转基因和敲除小鼠，以及MASH-HCC模型	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，流式细胞术	小鼠模型	基因表达数据，细胞表型数据	未明确提及具体样本数量
204	2025-01-07	The network structural entropy for single-cell RNA sequencing data during skin aging 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae698 PMID:39757115	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析皮肤老化过程中的基因网络，引入网络结构熵来量化老化过程中基因网络的复杂性	引入网络结构熵来量化老化过程中基因网络的复杂性，并发现老化细胞中的整体网络结构熵增加	未提及具体局限性	理解老化过程中细胞功能变化的分子机制	单细胞RNA测序数据中的基因网络	生物信息学	老年疾病	单细胞RNA测序	随机游走模型	基因表达数据	超过15,000个细胞
205	2025-01-07	Single-cell RNA sequencing reveals the changes of the pulmonary immune environment in rat after Siegesbeckia orientalis L. treatment 2024-Nov, Journal of pharmaceutical analysis IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.jpha.2024.101035 PMID:39759974	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了东方泽兰治疗后大鼠肺部免疫环境的变化	使用单细胞RNA测序技术详细分析东方泽兰治疗对大鼠肺部免疫环境的影响	NA	研究东方泽兰治疗对大鼠肺部免疫环境的影响	大鼠肺部免疫环境	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
206	2025-01-06	Highly neurogenic glia from human and mouse myenteric ganglia generate functional neurons following culture and transplantation into the gut 2024-Nov-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114919 PMID:39471175	研究论文	本文描述了从人和小鼠的肌间神经节中分离出高度神经源性的胶质细胞，这些细胞在培养和移植到肠道后能够生成功能性神经元	提出了新的分离方法，能够从肌间神经节中富集高度神经源性的肠神经干细胞，相比传统方法生成更高纯度的神经元	NA	研究肠神经干细胞疗法在神经肠道疾病中的应用潜力	人和小鼠的肌间神经节中的肠胶质细胞	神经科学	神经肠道疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	人和小鼠的肌间神经节样本
207	2025-01-06	Online-adjusted evolutionary biclustering algorithm to identify significant modules in gene expression data 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae681 PMID:39749664	研究论文	本文提出了一种新的基于进化的双聚类算法OAEVOB，用于高效处理大规模基因表达数据	OAEVOB算法引入了在线调整功能，通过更新突变概率和交叉参数来有效识别显著基因群组	现有算法未解决对不同基因表达数据源的泛化问题	开发一种可靠的创新方法，用于深入分析生物数据并确保基于准确信息做出决策	基因表达数据	机器学习	癌症	DNA微阵列、RNA测序、单细胞RNA测序	进化算法	基因表达数据	六个来自不同测序数据源的基因表达数据集
208	2025-01-06	BACT: nonparametric Bayesian cell typing for single-cell spatial transcriptomics data 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae689 PMID:39751646	研究论文	本文提出了一种非参数贝叶斯模型BACT，用于单细胞空间转录组数据的细胞类型分析	BACT模型无需预先指定细胞类型数量，能够自动从数据中学习细胞类型数量，并利用非参数Potts先验引入邻近细胞的空间依赖性	NA	解决现有细胞空间聚类方法需要预先指定细胞类型数量的问题	单细胞空间转录组数据	生物信息学	NA	单细胞空间转录组技术	非参数贝叶斯模型	基因表达数据和空间坐标数据	三个单细胞空间转录组数据集
209	2025-01-06	scRNA-seq profiling of human granulocytes reveals expansion of developmentally flexible neutrophil precursors with mixed neutrophil and eosinophil properties in asthma 2024-Nov-04, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae120 PMID:38814679	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了人类粒细胞在哮喘炎症中的发育灵活性，揭示了未成熟的中性粒细胞在严重哮喘炎症中的扩张及其表达中性粒细胞和嗜酸性粒细胞标记物的现象	首次在人类粒细胞中证实了造血灵活性，并揭示了哮喘炎症中未成熟中性粒细胞向嗜酸性粒细胞表型分化的机制	研究主要集中于哮喘患者，未涉及其他疾病状态下的粒细胞行为	探讨人类粒细胞在哮喘炎症中的发育灵活性及其在嗜酸性粒细胞发育和过敏性疾病中的重要性	人类骨髓和循环中的中性粒细胞和嗜酸性粒细胞	生物信息学	哮喘	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	未明确提及样本数量，但涉及人类骨髓和循环中的中性粒细胞和嗜酸性粒细胞
210	2024-12-31	Differential Response to Cisplatin between Co-cultured Cells and Pure Cultured Cells Based on Single-cell RNA Sequencing of Three-dimensional-cultured Breast Cancer Cells 2024-Nov-29, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/j.fbl2912406 PMID:39735986	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了三维培养的乳腺癌细胞在共培养和纯培养条件下对顺铂的不同反应	首次使用单细胞RNA测序技术分析三维共培养的乳腺癌细胞对顺铂的反应，揭示了共培养模型与纯培养模型在药物反应上的差异	研究仅针对MCF-7细胞，未涉及其他类型的乳腺癌细胞，且实验时间较短，可能无法完全反映长期药物反应	开发一种实验方法，用于直接共培养三维乳腺癌细胞，并研究其对顺铂的反应	MCF-7细胞、人乳腺成纤维细胞和人脐静脉内皮细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	三维细胞共培养模型	RNA测序数据	四组细胞培养：未处理的MCF-7细胞组、MCF-7细胞加顺铂组、未处理的共培养组、共培养加顺铂组
211	2024-12-25	CPARI: a novel approach combining cell partitioning with absolute and relative imputation to address dropout in single-cell RNA-seq data 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae668 PMID:39715686	研究论文	本文提出了一种名为CPARI的新方法，结合细胞分区与绝对和相对插值技术来解决单细胞RNA测序数据中的dropout问题	CPARI通过结合细胞分区与绝对和相对插值方法，能够有效区分真实的生物零值和dropout零值，并提高插值的准确性	NA	解决单细胞RNA测序数据中的dropout问题	单细胞RNA测序数据中的dropout零值	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	自编码器	基因表达数据	模拟和真实单细胞RNA测序数据集
212	2024-12-25	Temporal genomic analysis of homogeneous tumor models reveals key regulators of immune evasion in melanoma 2024-Nov-20, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-1422 PMID:39715301	研究论文	本文分析了低肿瘤内异质性（ITH）的鼠源肿瘤模型中免疫逃逸的机制，并识别出Mif作为关键的免疫逃逸调控因子	首次在低ITH的肿瘤模型中系统分析了免疫逃逸机制，并通过CRISPR敲除筛选识别出Mif作为关键调控因子	研究主要基于鼠源肿瘤模型，结果在人类肿瘤中的适用性需要进一步验证	揭示低ITH肿瘤模型中免疫逃逸的关键调控因子	鼠源低ITH肿瘤模型及黑色素瘤患者数据	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序，CRISPR敲除	NA	基因表达数据	鼠源肿瘤模型中的单细胞克隆及黑色素瘤患者数据
213	2024-12-25	Reprogramming macrophages to treat liver diseases 2024-Nov-12, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001160 PMID:39716928	综述	本文综述了通过重编程巨噬细胞治疗肝脏疾病的潜在靶点和纳米级治疗策略	本文结合最新的单细胞和空间转录组学研究，揭示了巨噬细胞在肝脏疾病中的异质性和多方面作用，并探讨了针对巨噬细胞的靶向治疗策略	本文主要为综述性文章，未提供具体的实验数据或临床试验结果	探讨通过重编程巨噬细胞治疗肝脏疾病的潜在靶点和治疗策略	肝脏疾病中的巨噬细胞及其在炎症、损伤和纤维化中的作用	NA	肝脏疾病	单细胞和空间转录组学	NA	转录组数据	NA
214	2024-12-25	Unlocking the Complexity: Exploration of Acute Lymphoblastic Leukemia at the Single Cell Level 2024-11, Molecular diagnosis & therapy IF:4.1Q1 DOI:10.1007/s40291-024-00739-5 PMID:39190087	综述	本文综述了单细胞测序技术在急性淋巴细胞白血病（ALL）研究中的应用，探讨了其在揭示ALL分子复杂性、异质性及其与微环境相互作用方面的优势和局限性	本文介绍了单细胞测序技术的最新进展，从分析数百个细胞发展到同时分析数千个细胞，使得研究肿瘤异质性成为可能	本文主要讨论了单细胞测序技术在ALL研究中的局限性，包括技术复杂性和数据分析的挑战	探讨单细胞测序技术在急性淋巴细胞白血病（ALL）研究中的应用	急性淋巴细胞白血病（ALL）的分子复杂性、异质性及其与微环境的相互作用	数字病理学	血液肿瘤	单细胞测序	NA	DNA、RNA、表观遗传修饰、细胞内和细胞表面蛋白	数千个细胞
215	2024-12-24	stHGC: a self-supervised graph representation learning for spatial domain recognition with hybrid graph and spatial regularization 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae666 PMID:39710435	研究论文	提出了一种名为stHGC的自监督图表示学习框架，用于空间域识别，结合了混合图和空间正则化	创新点在于提出了stHGC框架，通过混合邻居图和自监督图表示学习方法，有效整合了空间位置和基因表达信息，并引入了空间正则化约束以保留空间邻居的结构信息	未提及具体的局限性	旨在解决空间转录组学中有效整合空间位置和基因表达信息的挑战，以准确识别空间域	研究对象是空间转录组数据中的空间域识别	空间转录组学	NA	自监督图表示学习	图注意力机制	空间转录组数据	未提及具体的样本数量
216	2024-12-23	scRGCL: a cell type annotation method for single-cell RNA-seq data using residual graph convolutional neural network with contrastive learning 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae662 PMID:39708840	研究论文	提出了一种基于残差图卷积神经网络和对比学习的单细胞RNA测序数据细胞类型注释方法scRGCL	scRGCL通过残差图卷积神经网络提取复杂的高阶特征，利用对比学习学习有意义的细胞间差异特征，并通过权重冻结避免过拟合	现有的深度学习方法未能充分利用细胞间的差异特征，缺乏灵活性以整合高阶特征，且低维基因特征可能导致神经网络过拟合	开发一种新的深度学习模型，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型注释	单细胞RNA测序数据的细胞类型注释	机器学习	NA	单细胞RNA测序	残差图卷积神经网络	基因表达数据	8个单细胞基准数据集，包括7个人类数据集和1个小鼠数据集
217	2024-12-21	GAADE: identification spatially variable genes based on adaptive graph attention network 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae669 PMID:39701602	研究论文	本文提出了一种基于自适应图注意力网络的GAADE方法，用于识别空间变异基因	GAADE通过堆叠编码器/解码器层并集成自注意力机制，能够自适应地学习空间域结构，从而更准确地识别空间变异基因	本文未提及具体的技术局限性	旨在改进现有空间转录组数据分析方法，更准确地识别与特定细胞类型相关的空间变异基因	空间转录组数据中的空间变异基因	生物信息学	NA	空间转录组测序技术	图注意力网络	空间转录组数据	涉及四个不同物种、区域和组织的空间转录组数据集
218	2024-12-21	Expression of novel androgen receptors in three GnRH neuron subtypes in the cichlid brain 2024-11, Journal of neuroendocrinology IF:3.3Q2 DOI:10.1111/jne.13429 PMID:38986626	研究论文	本文研究了慈鲷脑中三种GnRH神经元亚型中新型雄激素受体的表达	首次使用免疫组化、原位杂交链反应（HCR）和空间转录组学技术，详细研究了慈鲷GnRH神经元中ar1和ar2基因的表达，发现了GnRH1神经元的基因型差异	由于技术限制，之前对慈鲷GnRH神经元中ar基因表达的研究结果不一致	探讨雄激素信号对GnRH神经元可塑性和生殖可塑性的调控机制	慈鲷脑中的GnRH1、GnRH2和GnRH3神经元	NA	NA	免疫组化、原位杂交链反应（HCR）、空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
219	2024-12-20	Neuroepithelial cell transforming 1 as a key regulator in non-small cell lung cancer: unveiling causal links and therapeutic potentials 2024-Nov-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-587 PMID:39697721	研究论文	本研究探讨了神经上皮细胞转化1（NET1）在非小细胞肺癌（NSCLC）进展中的关键调控作用，并通过生物信息学分析和实验室实验揭示了其因果关系和治疗潜力	本研究首次通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化算法揭示了NET1在NSCLC中的因果关系，并验证了其在细胞增殖和铁死亡抑制中的作用	本研究主要基于实验室实验和生物信息学分析，未来需要进一步的临床试验验证其治疗潜力	揭示NET1在非小细胞肺癌中的分子机制及其治疗潜力	NET1在非小细胞肺癌中的作用及其对细胞增殖和铁死亡的影响	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化（MR）算法、实时荧光定量PCR（qRT-PCR）、细胞活力测定、丙二醛（MDA）检测、分子对接分析	NA	基因表达数据	非恶性肺组织和肿瘤组织的单细胞RNA测序数据，以及实验室实验中的细胞样本
220	2024-12-20	Identification of the CD8+ T-cell exhaustion signature of hepatocellular carcinoma for the prediction of prognosis and immune microenvironment by integrated analysis of bulk- and single-cell RNA sequencing data 2024-Nov-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-650 PMID:39697729	研究论文	本研究通过整合bulk和单细胞RNA测序数据，构建了肝细胞癌的CD8+ T细胞耗竭特征，用于预测患者的预后和免疫微环境	首次通过整合bulk和单细胞RNA测序数据，构建了CD8+ T细胞耗竭特征，为评估肝细胞癌患者的预后和免疫微环境提供了新方法	研究结果需要在更多独立数据集和临床试验中进一步验证	构建基于CD8+ T细胞耗竭特征的模型，用于预测肝细胞癌患者的预后和免疫微环境	肝细胞癌患者的CD8+ T细胞耗竭特征	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和高通量RNA测序（RNA-seq）	Cox回归分析模型	RNA测序数据	来自TCGA、GEO和ICGC数据库的肝细胞癌患者RNA-seq数据，以及来自GSE149614的10× scRNA数据