单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 582 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2024-12-18 |
Targeting Precision in Cancer Immunotherapy: Naturally-Occurring Antigen-Specific TCR Discovery with Single-Cell Sequencing
2024-Nov-30, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16234020
PMID:39682207
|
研究论文 | 本文介绍了一种利用单细胞RNA测序技术发现自然发生的抗原特异性TCR的方法，用于癌症免疫治疗中的TCR-T细胞疗法 | 本文提出了一种全面分析自然发生的抗原特异性TCR的方法，能够识别超过100种抗原特异性TCR克隆型，显著提高了抗原特异性T细胞的比例 | NA | 开发一种全面发现和分析自然发生的抗原特异性TCR的方法，用于TCR-T细胞疗法的开发 | 抗原特异性TCR和TCR-T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络（ERGO-II） | RNA | 外周血中的CD8 T淋巴细胞 |
| 202 | 2024-12-18 |
SIGRN: Inferring Gene Regulatory Network with Soft Introspective Variational Autoencoders
2024-Nov-27, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms252312741
PMID:39684451
|
研究论文 | 本文提出了一种名为SIGRN的软内省对抗基因调控网络无监督推断模型，通过引入对抗机制改进变分自编码器模型，以提高基因调控网络推断的准确性 | 提出了SIGRN模型，通过引入对抗机制改进变分自编码器，避免了生成低质量数据的问题，并采用“软”内省对抗模式减少额外神经网络和参数的训练 | 未提及具体局限性 | 提高基因调控网络推断的准确性 | 基因调控网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 变分自编码器 (VAE) | 基因数据 | 未提及具体样本数量 |
| 203 | 2024-12-18 |
Machine Learning Integration with Single-Cell Transcriptome Sequencing Datasets Reveals the Impact of Tumor-Associated Neutrophils on the Immune Microenvironment and Immunotherapy Outcomes in Gastric Cancer
2024-Nov-26, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms252312715
PMID:39684426
|
研究论文 | 本研究通过整合机器学习与单细胞转录组测序数据，揭示了肿瘤相关中性粒细胞在胃癌免疫微环境和免疫治疗结果中的影响 | 首次通过大规模单细胞RNA测序数据分析，识别出与免疫检查点抑制剂治疗反应相关的肿瘤相关中性粒细胞亚群，并构建了预测患者生存的风险评分模型 | 研究仅限于胃癌、结直肠癌和肺癌的数据，结果的普适性有待进一步验证 | 探讨肿瘤相关中性粒细胞在胃癌免疫微环境和免疫治疗结果中的作用 | 胃癌、结直肠癌和肺癌中的肿瘤相关中性粒细胞及其对免疫检查点抑制剂的反应 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | 风险评分模型 | 转录组数据 | 超过600,000个细胞 |
| 204 | 2024-12-18 |
Decoding Chemotherapy Resistance of Undifferentiated Pleomorphic Sarcoma at the Single Cell Resolution: A Case Report
2024-Nov-26, Journal of clinical medicine
IF:3.0Q1
DOI:10.3390/jcm13237176
PMID:39685635
|
病例报告 | 本研究描述了一例对化疗产生抗性的未分化多形性肉瘤（UPS）的单细胞转录组特征 | 首次描述了对两线化疗产生抗性的UPS的单细胞转录组，展示了肿瘤细胞和肿瘤微环境（TME）亚群中的基因表达，这些可能是个性化癌症治疗的潜在标志物 | 本研究仅基于单一病例，样本量较小，可能无法代表所有UPS病例 | 研究对化疗产生抗性的UPS的细胞组成和转录组特征 | 未分化多形性肉瘤（UPS）的肿瘤细胞和肿瘤微环境（TME） | 数字病理学 | 软组织肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 1例58岁女性患者的UPS样本 |
| 205 | 2024-12-18 |
Flow Cytometry Analyses of Meningioma Immune Cell Composition Using a Short, Optimized Digestion Protocol
2024-Nov-25, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16233942
PMID:39682129
|
研究论文 | 本研究优化了一种快速消化脑膜瘤组织以生成单细胞悬液的协议，并通过流式细胞术分析了浸润的免疫细胞组成 | 提出了一个优化的短时间消化协议，能够快速生成可行的单细胞悬液，并揭示了脑膜瘤中浸润的抗原呈递细胞和淋巴细胞 | 研究仅基于两个患者样本，样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 优化脑膜瘤组织的消化协议，并研究浸润的免疫细胞组成，以探索新的非手术治疗选择 | 脑膜瘤组织中的浸润免疫细胞 | NA | 脑膜瘤 | 流式细胞术 | NA | 细胞 | 两个患者样本 |
| 206 | 2024-12-18 |
OVsignGenes: A Gene Expression-Based Neural Network Model Estimated Molecular Subtype of High-Grade Serous Ovarian Carcinoma
2024-Nov-25, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16233951
PMID:39682139
|
研究论文 | 本文开发了一种基于基因表达数据的神经网络模型OVsignGenes，用于预测高级别浆液性卵巢癌的分子亚型 | 本文首次提出了一个基于深度神经网络的模型OVsignGenes，能够抵抗平台效应，并在测试数据集上表现出高准确性 | 本文仅基于已有的基因表达数据进行分析，未涉及其他类型的数据或实验验证 | 开发一种能够准确预测高级别浆液性卵巢癌分子亚型的模型，以支持个性化医疗和靶向治疗的发展 | 高级别浆液性卵巢癌的分子亚型 | 数字病理学 | 卵巢癌 | RNA-seq | 神经网络 | 基因表达数据 | 535个样本，包括60个单细胞样本 |
| 207 | 2024-12-18 |
scPAS: single-cell phenotype-associated subpopulation identifier
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae655
PMID:39681325
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scPAS的新型生物信息学工具，用于整合批量数据以识别单细胞数据中与表型相关的细胞亚群 | scPAS通过网络正则化的稀疏回归模型量化单细胞数据中每个细胞与表型之间的关联，并通过排列检验估计这些关联的显著性，从而识别与表型相关的细胞亚群 | NA | 开发一种新的工具来识别单细胞数据中与疾病表型相关的细胞亚群 | 单细胞数据中的细胞亚群与疾病表型的关联 | 生物信息学 | 乳腺癌、卵巢癌、动脉粥样硬化 | 单细胞测序分析 | 稀疏回归模型 | 单细胞数据、空间转录组数据 | 模拟数据和来自乳腺癌、卵巢癌、动脉粥样硬化的各种单细胞数据集，以及来自多种癌症的空间转录组数据 |
| 208 | 2024-12-18 |
Integrated single-cell and bulk RNA sequencing analyses identify an immunotherapy nonresponse-related fibroblast signature in gastric cancer
2024-Nov-01, Anti-cancer drugs
IF:1.8Q3
DOI:10.1097/CAD.0000000000001651
PMID:39110142
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别出与胃癌免疫治疗无反应相关的成纤维细胞特征 | 首次构建了与胃癌免疫治疗无反应相关的成纤维细胞基因特征，并验证了其在预测免疫治疗反应中的独立显著风险因素作用 | 研究依赖于公开数据库的数据，可能存在样本选择偏倚和数据异质性 | 揭示胃癌免疫治疗无反应的潜在因素，并构建预测免疫治疗反应的成纤维细胞相关基因特征 | 胃癌患者的成纤维细胞及其与免疫治疗反应的关系 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和RNA测序（RNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 使用了来自Gene Expression Omnibus数据库和The Cancer Genome Atlas的胃癌免疫治疗数据 |
| 209 | 2024-12-18 |
Targeting immune-fibroblast cell communication in heart failure
2024-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08008-5
PMID:39443792
|
研究论文 | 本文研究了免疫细胞与成纤维细胞在心力衰竭中的通信机制，并探讨了靶向治疗的可能性 | 首次揭示了免疫细胞与成纤维细胞在人类心脏疾病中的分子通信机制，并展示了通过靶向炎症信号通路来减少心肌纤维化和改善心脏功能的潜力 | 研究主要基于体外和体内模型，尚未在临床试验中验证其治疗效果 | 探讨免疫细胞与成纤维细胞在心力衰竭中的通信机制，并寻找靶向治疗的新方法 | 健康捐赠者、急性心肌梗死和慢性心力衰竭患者的心脏组织 | 心血管疾病 | 心力衰竭 | 多组学单细胞基因表达、表位定位和染色质可及性分析 | NA | 基因表达数据 | 45个健康捐赠者、急性心肌梗死和慢性心力衰竭患者的心脏组织 |
| 210 | 2024-12-17 |
Inferring single-cell resolution spatial gene expression via fusing spot-based spatial transcriptomics, location, and histology using GCN
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae630
PMID:39656774
|
研究论文 | 提出了一种基于Vision Transformer和图卷积网络的多模态信息融合方法scstGCN，用于推断单细胞分辨率的空间基因表达 | scstGCN通过融合组织学图像、基于spot的空间转录组数据和空间位置信息，实现了单细胞水平的空间基因表达超分辨率推断 | NA | 提高空间转录组技术的分辨率，以更准确地推断基因表达水平 | 不同组织类型的空间转录组数据，包括疾病和健康样本 | 数字病理学 | NA | 空间转录组技术 | 图卷积网络（GCN） | 图像和文本 | 多种组织的ST数据集 |
| 211 | 2024-12-17 |
Cell-specific priors rescue differential gene expression in spatial spot-based technologies
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae621
PMID:39679437
|
研究论文 | 本文探讨了空间转录组学技术中差异基因表达分析的算法性能，并提出了一种基于细胞类型特异性先验知识的基因选择方案 | 提出了基于细胞类型特异性先验知识的基因选择方案，显著提高了差异基因的恢复率和可靠性 | 本文主要基于模拟数据进行研究，实际应用中的效果需要进一步验证 | 评估现有算法在空间转录组数据中识别差异基因的性能，并提出改进方案 | 空间转录组数据中的差异基因表达 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 模拟数据 |
| 212 | 2024-10-09 |
Correction to: Single-cell RNA sequencing reveals the important role of Dcaf17 in spermatogenesis of golden hamsters
2024-Nov-11, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioae144
PMID:39376075
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 213 | 2024-12-16 |
Impact of Mitophagy-Related Genes on the Diagnosis and Development of Esophageal Squamous Cell Carcinoma via Single-Cell RNA-seq Analysis and Machine Learning Algorithms
2024-Nov-28, Journal of microbiology and biotechnology
IF:2.5Q3
DOI:10.4014/jmb.2407.07052
PMID:39344350
|
研究论文 | 研究探讨了自噬相关基因在食管鳞状细胞癌诊断和预后中的作用，通过单细胞RNA测序和机器学习算法构建预测模型 | 首次通过单细胞RNA测序和机器学习算法构建了基于自噬相关基因的食管鳞状细胞癌预测模型，并验证了PYCARD基因在其中的关键作用 | 研究主要基于基因数据和机器学习模型，未涉及临床试验验证 | 探讨自噬相关基因在食管鳞状细胞癌诊断和预后中的作用，提供新的治疗策略 | 食管鳞状细胞癌及其自噬相关基因 | 机器学习 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 基因数据 | 169个自噬相关基因 |
| 214 | 2024-12-16 |
Unraveling the Heterogeneity of Tumor Immune Microenvironment in Hepatocellular Carcinoma by SingleCell RNA Sequencing and its Implications for Prognosis and Therapeutic Response
2024-Nov-28, The Turkish journal of gastroenterology : the official journal of Turkish Society of Gastroenterology
DOI:10.5152/tjg.2024.24118
PMID:39641225
|
综述 | 本文综述了通过单细胞RNA测序技术揭示肝细胞癌肿瘤免疫微环境异质性及其对预后和治疗反应的影响 | 利用单细胞RNA测序技术深入研究肝细胞癌肿瘤免疫微环境的异质性，并探讨其在预后和治疗反应中的作用 | 对肿瘤免疫微环境异质性在肝细胞癌发展、预后和治疗反应中的具体作用理解有限 | 揭示肝细胞癌肿瘤免疫微环境的异质性，并评估其对预后和治疗反应的影响 | 肝细胞癌的肿瘤免疫微环境异质性 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 215 | 2024-12-16 |
Single-cell analysis defines LGALS1+ fibroblasts that promote proliferation and migration of intrahepatic cholangiocarcinoma
2024-Nov-25, Journal of molecular cell biology
IF:5.3Q2
DOI:10.1093/jmcb/mjae023
PMID:38862197
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了14名未经治疗的肝内胆管癌患者的肿瘤和邻近正常组织，揭示了肿瘤内异质性，并发现LGALS1+成纤维细胞在促进肝内胆管癌恶性表型中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了LGALS1+成纤维细胞在肝内胆管癌中的特异性作用，并提出了通过阻断LGALS1作为潜在治疗策略的可能性 | 研究仅在体外和体内模型中验证了LGALS1的沉默效应，尚未进行临床试验验证其治疗效果 | 探讨肝内胆管癌肿瘤内异质性及其潜在治疗策略 | 肝内胆管癌患者的肿瘤和邻近正常组织中的单细胞 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 14名未经治疗的肝内胆管癌患者 |
| 216 | 2024-12-14 |
Single-cell transcriptomics: a new frontier in plant biotechnology research
2024-Nov-25, Plant cell reports
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s00299-024-03383-9
PMID:39585480
|
综述 | 本文综述了单细胞转录组技术在植物生物技术研究中的最新进展及其对植物发育理解的深远影响 | 单细胞转录组技术提供了前所未有的细胞分辨率，揭示了复杂的细胞过程和发育途径 | 单细胞转录组技术在植物研究中面临样本准备、细胞分离、数据复杂性和计算分析等挑战 | 探讨单细胞转录组技术在植物生物技术中的应用及其未来发展前景 | 植物细胞的基因表达、发育过程和环境响应 | 植物生物技术 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 217 | 2024-12-14 |
Expression of Anoikis-Related Genes and Potential Biomarkers in Colon Cancer Based on RNA-seq and scRNA-seq
2024-Nov, Applied biochemistry and biotechnology
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s12010-024-04957-9
PMID:38727936
|
研究论文 | 本研究整合了结肠癌样本的转录组和单细胞RNA测序数据，评估了患者分层、预后以及不同细胞类型中与失巢凋亡相关基因的表达，并构建了结肠癌风险模型 | 首次通过整合转录组和单细胞RNA测序数据，评估了结肠癌患者分层、预后以及不同细胞类型中与失巢凋亡相关基因的表达，并构建了结肠癌风险模型 | 研究仅基于现有数据集，未进行体外或体内实验验证 | 通过整合转录组和单细胞RNA测序数据，评估结肠癌患者分层、预后以及不同细胞类型中与失巢凋亡相关基因的表达，并构建结肠癌风险模型 | 结肠癌样本的转录组和单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 结肠癌 | RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据，单细胞转录组数据 | 结肠癌样本 |
| 218 | 2024-12-13 |
Mutual information for detecting multi-class biomarkers when integrating multiple bulk or single-cell transcriptomic studies
2024-Nov-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae696
PMID:39563471
|
研究论文 | 本文提出了一种基于互信息的统计框架MICA，用于在整合多个bulk或单细胞转录组学研究时检测多类生物标志物 | 本文的创新点在于提出了一种新的统计框架MICA，通过互信息从信息论的角度检测具有一致多类表达模式的生物标志物，适用于多类设计的研究 | 本文的局限性在于主要集中在转录组学数据上，未涵盖其他类型的组学数据 | 本文的研究目的是开发一种新的方法，用于在整合多个转录组学研究时检测多类生物标志物 | 本文的研究对象是多类设计的转录组学研究中的生物标志物 | 生物信息学 | 乳腺癌 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 包括小鼠代谢相关转录组研究的四个组织和三种雌激素治疗表达谱的数据 |
| 219 | 2024-12-12 |
Role of Dual Specificity Phosphatase 1 (DUSP1) in influencing inflammatory pathways in macrophages modulated by Borrelia burgdorferi lipoproteins
2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.20.624562
PMID:39605372
|
研究论文 | 本文研究了双特异性磷酸酶1（DUSP1）在调节伯氏疏螺旋体脂蛋白诱导的小鼠骨髓来源巨噬细胞（BMDMs）炎症通路中的作用 | 本文首次通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析，揭示了DUSP1在伯氏疏螺旋体脂蛋白诱导的BMDMs中的调控作用，并发现DUSP1在早期阶段上调，且通过抑制NLRP3介导的促炎信号和促进干扰素刺激基因的表达来调节炎症反应 | 本文主要集中在小鼠模型上，未来研究需要在其他物种或人体样本中验证这些发现 | 探讨DUSP1在伯氏疏螺旋体脂蛋白诱导的巨噬细胞炎症反应中的作用，并评估其作为治疗靶点的潜力 | 小鼠骨髓来源巨噬细胞（BMDMs）和伯氏疏螺旋体脂蛋白 | NA | 莱姆病 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、蛋白质组学分析 | NA | RNA、蛋白质 | 多种浓度伯氏疏螺旋体脂蛋白处理的小鼠骨髓来源巨噬细胞（BMDMs） |
| 220 | 2024-12-12 |
A deep neural network to de-noise single-cell RNA sequencing data
2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.20.624552
PMID:39605470
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为ZiPo的深度人工神经网络，用于单细胞RNA测序数据的去噪和库大小预测 | ZiPo引入了可调节的零膨胀分布来捕捉测量丢失问题，并创新性地引入了一个尺度不变的损失项，使模型权重稀疏，从而更具生物学解释性 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中的测量丢失问题 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度人工神经网络 | RNA测序数据 | 三个数据集 |