单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-18	Vispro improves imaging analysis for Visium spatial transcriptomics 2024-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.07.617088 PMID:39416029	研究论文	开发了Vispro工具，用于提升Visium空间转录组学图像分析质量	首个端到端全自动图像处理工具，集成四个关键模块处理基准标记和组织区域	NA	解决空间转录组学图像中基准标记和背景区域干扰的问题	10x Visium空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	图像	NA
2	2025-09-13	Cross-species single-cell RNA sequencing reveals divergent phenotypes and activation states of adaptive immunity in human carotid and experimental murine atherosclerosis 2024-11-25, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae154 PMID:39041203	研究论文	通过跨物种单细胞RNA测序比较人类颈动脉和实验性小鼠动脉粥样硬化的免疫细胞组成和激活状态	首次整合人类和小鼠scRNA-seq数据，揭示物种间免疫细胞表型和激活状态的显著差异，并质疑标准小鼠模型的转化价值	研究主要基于人类颈动脉样本，可能不直接适用于其他血管床的动脉粥样硬化	比较人类和小鼠动脉粥样硬化中适应性免疫的细胞组成和功能状态	人类颈动脉粥样硬化斑块和小鼠动脉粥样硬化血管组织	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, 免疫组化, 多色流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据	43例接受颈动脉内膜切除术的患者验证队列
3	2025-09-13	Regulation of Ptbp1-controlled alternative splicing of pyruvate kinase muscle by liver kinase B1 governs vascular smooth muscle cell plasticity in vivo 2024-11-25, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae187 PMID:39189621	研究论文	本研究揭示了Lkb1通过调控Ptbp1依赖的PKM选择性剪接抑制血管平滑肌细胞可塑性，维持其收缩表型	首次发现Lkb1-Ptbp1-PKM轴在调控VSMC可塑性和命运决定中的关键作用，并证明PKM2激活剂可逆转病理表型	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限；分子机制细节仍需进一步探索	探究调控血管平滑肌细胞可塑性的关键分子机制及其在血管疾病中的作用	血管平滑肌细胞（VSMC）和小鼠模型	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、谱系追踪、基因敲除模型	NA	基因表达数据、影像数据	Lkb1flox/flox;Myh11-Cre/ERT2转基因小鼠模型及人类主动脉瘤组织样本
4	2025-09-13	A deep neural network to de-noise single-cell RNA sequencing data 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.20.624552 PMID:39605470	研究论文	提出一种名为ZiPo的深度神经网络，用于去除单细胞RNA测序数据中的噪声	引入可调节的零膨胀分布捕获dropout，采用尺度不变损失项使权重稀疏化，提高模型生物可解释性	NA	解决scRNA-seq数据中的测量dropout问题，提高数据质量	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	深度自编码器神经网络	基因表达数据	三个数据集（具体数量未说明）
5	2025-09-13	FOXP Genes Regulate Purkinje Cell Diversity in Cerebellar Development and Evolution 2024-Nov-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.07.622485 PMID:39574602	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了FOXP基因在小脑发育中调控浦肯野细胞多样性的关键作用	首次鉴定出11种胚胎小鼠小脑浦肯野细胞亚型，并开发新型无监督方法进行三维空间映射，发现FOXP基因缺失会破坏细胞多样性	研究主要基于小鼠模型，人类和小鸡数据的比较分析相对有限	探究小脑浦肯野细胞异质性及其分子调控机制	小鼠、人类和小鸡的小脑浦肯野细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序，无监督三维映射方法	NA	基因表达数据，空间分布数据	胚胎小鼠小脑细胞（具体数量未明确说明），跨物种比较（人、小鼠、小鸡）
6	2025-09-13	Olfr2-positive macrophages originate from monocytes proliferate in situ and present a pro-inflammatory foamy-like phenotype 2024-11-05, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae153 PMID:39229899	研究论文	本研究探讨了表达嗅觉受体2（Olfr2）的血管巨噬细胞在动脉粥样硬化中的功能表型和起源	首次揭示Olfr2+巨噬细胞来源于单核细胞，具有原位增殖能力和促炎泡沫样表型，并证实其与人类动脉粥样硬化斑块的相关性	研究主要基于Apoe-/-小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展	解析Olfr2+血管巨噬细胞在动脉粥样硬化中的生物学特性和来源	Apoe-/-小鼠的主动脉巨噬细胞和单核细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术、RNA-seq、过继转移实验、流式细胞术	NA	基因表达数据、细胞表型数据	Apoe-/-小鼠模型，Western饮食喂养12周，涉及CD45.1和CD45.2标记的移植实验
7	2025-09-12	NAD + activates renal metabolism and protects from chronic kidney disease in a model of Alport syndrome 2024-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.26.580911 PMID:38464264	研究论文	本研究通过Alport综合征小鼠模型，揭示了NAD+补充通过激活肾脏代谢和恢复近端肾小管脂肪酸氧化来延缓慢性肾病进展的机制	首次在Alport模型中应用单核RNA测序和空间转录组学技术，并首次报道该模型中转录水平的性别差异	研究基于小鼠模型，人类临床应用效果仍需进一步验证	探究NAD+补充保护慢性肾病的分子机制和主要作用细胞类型	Alport综合征小鼠模型（两性）	肾脏病学	慢性肾病	RNA测序（bulk和单核）、空间转录组学、正交成像技术、生化检测	NA	转录组数据、图像数据、生化数据	Alport综合征小鼠模型（未明确具体数量，包含两性个体）
8	2025-09-07	Single-cell analyses reveal that monocyte gene expression profiles influence HIV-1 reservoir size in acutely treated cohorts 2024-Nov-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.12.623270 PMID:39605411	研究论文	通过单细胞RNA测序分析发现单核细胞基因表达谱影响急性治疗队列中HIV-1病毒库的大小	首次通过无偏倚高通量单细胞测序揭示单核细胞基因表达与HIV-1病毒库大小的负相关关系，并发现IL1B通过NF-κB通路具有天然潜伏逆转活性	样本量相对有限（初始队列14人，验证队列38人），且主要聚焦急性感染期开始ART治疗的人群	研究宿主基因表达差异是否调节抑制性ART治疗期间HIV-1病毒库的大小	HIV-1感染个体（急性感染期开始ART治疗且病毒抑制有效但总HIV-1 DNA量不同的参与者）	生物信息学	艾滋病	scRNA-seq, IPDA	NA	单细胞RNA测序数据	初始队列14人，验证队列38人
9	2025-09-07	Liquid Biopsy for Proliferative Diabetic Retinopathy: Single-Cell Transcriptomics of Human Vitreous Reveals Inflammatory T-Cell Signature 2024 Nov-Dec, Ophthalmology science IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.xops.2024.100539 PMID:39220810	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示增殖性糖尿病视网膜病变患者玻璃体中T细胞的炎症特征	首次对疾病状态下人类玻璃体进行单细胞转录组表征，发现PDR玻璃体主要由T细胞组成且中性粒细胞基本缺失	样本量较小（5名患者6只眼睛），属于病例系列研究	识别PDR中可靶向的细胞类型及信号通路，探索玻璃体液活检的可行性	增殖性糖尿病视网膜病变患者的玻璃体和外周血细胞	数字病理学	糖尿病视网膜病变	scRNA-seq（单细胞RNA测序），Chromium 10x平台	NA	单细胞转录组数据	5名成年患者（6只眼睛）的玻璃体细胞和外周血单核细胞
10	2025-09-06	Shear stress is uncoupled from atheroprotective KLK10 in atherosclerotic plaques 2024-Nov, Atherosclerosis IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.atherosclerosis.2024.118622 PMID:39413592	研究论文	本研究通过比较健康与动脉粥样硬化条件下内皮细胞对生理剪切力的转录组响应，揭示动脉粥样斑块中保护性因子KLK10与剪切力信号解耦的机制	首次发现动脉粥样硬化病变中生理剪切力与保护性因子KLK10的表达解耦，并鉴定出疾病状态下内皮细胞亚群的炎症和凋亡特征	研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证；单细胞测序样本量有限	探究动脉粥样硬化动脉对生理剪切力保护性效应的响应机制	小鼠动脉内皮细胞（健康C57BL/6、轻度病变Apoe-/-正常饮食、重度病变Apoe-/-高脂饮食模型）	心血管生物学	心血管疾病	3D光片成像、计算流体动力学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、成像数据	三组小鼠模型（具体数量未明确说明）
11	2025-09-01	Role of Dual Specificity Phosphatase 1 (DUSP1) in influencing inflammatory pathways in macrophages modulated by Borrelia burgdorferi lipoproteins 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.20.624562 PMID:39605372	研究论文	本研究探讨了双特异性磷酸酶1（DUSP1）在伯氏疏螺旋体脂蛋白调控巨噬细胞炎症通路中的作用	应用单细胞RNA测序和无偏蛋白质组学方法，首次揭示DUSP1在早期宿主响应中的上调及其对NLRP3炎症信号和线粒体变化的双向调控作用	研究基于小鼠骨髓来源巨噬细胞模型，结果向人体或自然宿主的直接推广需进一步验证	解析宿主细胞对伯氏疏螺旋体脂蛋白的响应机制，并探索DUSP1作为治疗靶点的潜力	小鼠骨髓来源巨噬细胞（BMDMs）	免疫学与感染性疾病	莱姆病	scRNA-Seq, 蛋白质组学分析	NA	转录组数据, 蛋白质组数据	用不同浓度脂蛋白处理的小鼠BMDMs样本
12	2025-09-01	Integration of Imaging-based and Sequencing-based Spatial Omics Mapping on the Same Tissue Section via DBiTplus 2024-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.07.622523 PMID:39605581	研究论文	提出DBiTplus方法，整合基于测序和成像的空间组学技术，在同一组织切片上实现转录组和蛋白质组的空间映射	开发了结合空间转录组测序和高通量蛋白质成像的统一工作流程，首次实现同一组织切片的单细胞分辨率多模态空间组学分析	NA	开发整合多模态空间组学技术的方法，以促进对异质性细胞过程的理解	小鼠胚胎、正常人淋巴结、人类淋巴瘤FFPE组织	空间组学	淋巴瘤	空间转录组测序、CODEX蛋白质成像、微流控DNA寡核苷酸递送	NA	空间转录组数据、蛋白质成像数据	多种组织类型（包括小鼠胚胎、人淋巴结和淋巴瘤组织）
13	2025-08-29	Contributions of T Cell Signaling for Wound Healing 2024-11-14, Journal of burn care & research : official publication of the American Burn Association IF:1.5Q3 DOI:10.1093/jbcr/irae151 PMID:39110034	研究论文	本研究利用scRNA-seq和免疫荧光成像技术，揭示了T细胞在伤口愈合炎症阶段的不同亚群及其信号贡献	首次发现并验证了伤口愈合过程中存在耗竭T细胞，并解析了不同T细胞亚群的特异性信号功能	耗竭T细胞的分子机制和对伤口愈合的具体贡献仍需未来深入研究	探究T细胞在伤口愈合过程中的信号传导机制	伤口愈合过程中的T细胞亚群（活化T细胞、细胞毒性T细胞、耗竭T细胞、调节性T细胞）	免疫学	伤口愈合障碍	scRNA-seq, 免疫荧光成像	NA	单细胞RNA测序数据, 图像数据	NA
14	2025-08-29	The unveiled mosaic of intra-tumor heterogeneity in ovarian cancer through spatial transcriptomic technologies: A systematic review 2024-11, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1016/j.trsl.2024.08.001 PMID:39111726	系统综述	本文系统综述了空间转录组技术在揭示卵巢癌肿瘤内异质性及其微环境组成方面的应用与发现	聚焦空间转录组技术揭示卵巢癌中基因表达的空间分布模式及其对治疗反应和预后的影响	NA	总结空间转录组技术如何增进对卵巢癌肿瘤异质性和微环境的理解	卵巢癌肿瘤组织及其微环境中的细胞类型、状态和相互作用	数字病理	卵巢癌	空间转录组学，单细胞RNA测序	NA	转录组数据，空间分布数据	NA
15	2025-08-11	Thrombopoietin mimetic reduces mouse lung inflammation and fibrosis after radiation by attenuating activated endothelial phenotypes 2024-Nov-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.181330 PMID:39513364	研究论文	研究血小板生成素模拟物（TPOm）在小鼠放射诱导的肺损伤（RILI）中的保护作用及机制	首次发现TPOm通过抑制内皮细胞活化减轻RILI，并改善肺血管结构和功能	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探索TPOm在预防和治疗放射诱导的肺损伤中的效果及机制	小鼠模型和原代肺微血管内皮细胞	放射生物学	肺癌	单细胞RNA测序	小鼠全胸照射（WTI）模型	基因表达数据和组织学数据	未明确说明小鼠数量，但涉及多个时间点的分析
16	2025-08-11	Targeting immune-fibroblast cell communication in heart failure 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08008-5 PMID:39443792	研究论文	本研究探讨了人类心脏疾病中免疫-成纤维细胞通讯的分子机制，并提出了针对心脏纤维化的新治疗策略	首次揭示了人类心脏疾病中免疫-成纤维细胞通讯的分子机制，并验证了靶向IL-1β信号通路治疗心脏纤维化的潜力	研究样本量有限（45例），且需要进一步验证治疗策略的长期效果和安全性	探索心脏纤维化的分子机制并开发针对性治疗策略	健康供体、急性梗死和慢性心力衰竭的人类心脏组织	心血管疾病	心血管疾病	单细胞多组学基因表达分析、表位定位、染色质可及性分析、空间转录组学	NA	基因表达数据、表位数据、染色质可及性数据	45例人类心脏组织（包括健康供体、急性梗死和慢性心力衰竭病例）
17	2025-08-11	[Identification of prognostic genes in prostate cancer by single-cell sequencing combined with Mendelian randomization] 2024-Nov, Zhonghua nan ke xue = National journal of andrology PMID:40783865	研究论文	通过单细胞测序结合孟德尔随机化方法识别前列腺癌预后相关基因	结合单细胞测序和孟德尔随机化方法识别前列腺癌预后关键基因	样本量较小（仅4例PCa单细胞测序数据），需进一步验证	鉴定参与前列腺癌发展和预后的关键基因	前列腺癌患者（来自GSE156632、TCGA和GEO数据库）	生物信息学	前列腺癌	单细胞测序、孟德尔随机化、COX回归分析	NA	单细胞测序数据、SNP数据、基因表达数据	4例PCa单细胞数据（GSE156632）+ TCGA/GEO临床数据
18	2025-08-10	Substrate Stiffness Dictates Unique Doxorubicin-induced Senescence-associated Secretory Phenotypes and Transcriptomic Signatures in Human Pulmonary Fibroblasts 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.18.623471 PMID:39605579	研究论文	研究机械张力如何通过细胞培养基质硬度影响人类原发性肺成纤维细胞的衰老标志物和分泌表型	揭示了机械力如何塑造细胞衰老及其分泌表型，特别是在肺纤维化等年龄相关疾病中	研究主要基于体外实验，可能无法完全模拟体内复杂的机械环境	探讨物理刺激对细胞衰老和衰老相关分泌表型(SASP)的影响	人类原发性肺成纤维细胞(IMR-90)	细胞生物学	肺纤维化	质谱分析、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、蛋白质组数据	人类原发性肺成纤维细胞(IMR-90)在不同硬度基质上培养
19	2025-08-09	Advancing toward a unified eosinophil signature from transcriptional profiling 2024-Nov-27, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae188 PMID:39213186	review	本文总结了小鼠和人类嗜酸性粒细胞在血液和组织中的转录分析研究，讨论了各种方法的优势和潜在缺陷	提出了建立嗜酸性粒细胞转录特征的最小基因集，以及人类疾病活动期与缓解期或发育阶段的比较研究	嗜酸性粒细胞细胞脆弱性和高质量RNA分离困难限制了转录分析的研究	提高嗜酸性粒细胞相关疾病的诊断精确度和治疗选择	小鼠和人类的嗜酸性粒细胞	转录组学	嗜酸性粒细胞相关疾病	单细胞RNA测序、批量RNA测序、微阵列	NA	转录组数据	NA
20	2025-08-08	WEST is an ensemble method for spatial transcriptomics analysis 2024-Nov-18, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100886 PMID:39515332	研究论文	提出了一种名为WEST的加权集成方法，用于提高空间转录组学数据分析的性能和鲁棒性	WEST方法利用集成技术改进了空间转录组学数据分析的准确性和灵活性，相比现有方法有显著提升	NA	改进空间转录组学数据分析的性能和鲁棒性	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	集成方法	空间转录组学数据	合成数据集和真实数据集