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当前共找到 579 篇文献,本页显示第 1 - 20 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1 2026-09-18
Single-Cell View of Tumor Microenvironment Gradients in Pleural Mesothelioma
2024-Nov-01, Cancer discovery IF:29.7Q1
研究论文 该研究利用高通量单细胞RNA测序技术构建了胸膜间皮瘤肿瘤微环境的全面细胞图谱,识别了54个表达程序,并揭示了与疾病预后相关的癌细胞内在程序、胎儿样内皮细胞群体以及NKG2A:HLA-E相互作用作为潜在治疗靶点 首次呈现胸膜间皮瘤肿瘤微环境的单细胞RNA测序图谱;从头鉴定54个表达程序;发现与不良预后相关的四个癌细胞内在程序;发现新型胎儿样内皮细胞群体;揭示NKG2A:HLA-E相互作用作为胸膜间皮瘤特别是上皮样病例的重要新治疗轴 摘要中未明确提及研究局限性 利用单细胞RNA测序技术深入理解胸膜间皮瘤肿瘤微环境,识别与疾病预后相关的表达程序、细胞群体及潜在治疗靶点,以改善免疫治疗响应 胸膜间皮瘤患者的肿瘤微环境样本 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序 NA 图像, 文本 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
2 2026-09-13
Mutual information for detecting multi-class biomarkers when integrating multiple bulk or single-cell transcriptomic studies
2024-11-28, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 该文章提出了一个名为MICA的统计框架,用于在整合多个批量或单细胞转录组研究时检测多类生物标志物 从信息论角度提出互信息一致性分析框架,能够检测在多个组学研究间具有一致多类表达模式的生物标志物,适用于多类设计场景 摘要中未明确提及研究的局限性 开发一种统计框架,用于整合多个组学研究并检测具有一致多类模式的生物标志物 小鼠代谢相关转录组研究的四种组织,雌激素处理表达谱的三种来源,以及三阴性乳腺癌肿瘤进展的单细胞RNA测序数据 机器学习 三阴性乳腺癌 批量RNA-seq,单细胞RNA-seq NA 转录组数据 NA NA 批量RNA-seq,单细胞RNA-seq NA NA
3 2026-09-13
Collapsible tree: interactive web app to present collapsible hierarchies
2024-11-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 本文介绍了一个名为Collapsible Tree的JavaScript框架和交互式网络应用,用于以可折叠的层次结构联合展示数值,例如在单细胞转录组学中展示细胞状态和基因表达 提出了一个交互式、可扩展、可折叠的层次结构可视化框架,能够在单个层次图中展示细胞状态和基因表达,克服了UMAP或t-SNE图无法捕捉层次结构的限制 未提及 解决直观数据可视化中呈现层次树结构并支持交互功能的需求,特别是在单细胞转录组学中展示基因表达与发育轨迹或细胞谱系结构 单细胞转录组学数据中的细胞状态、基因表达、发育轨迹和细胞谱系结构 机器学习 NA 单细胞RNA测序 NA 图像 NA NA NA NA NA
4 2026-09-13
Differential expression and co-expression reveal cell types relevant to genetic disorder phenotypes
2024-11-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 该研究整合非疾病样本的单细胞RNA测序数据、已知遗传病基因和表型信息,预测了482种疾病表型中受致病突变影响的具体细胞类型 结合差异表达和共表达机制,系统性地将遗传病表型与细胞类型关联,并发现共表达分析能捕获更多文献已知关联(42% vs 13%),同时揭示潜在新关联 未在摘要中明确说明 预测罕见遗传病表型所涉及的特定细胞类型,推动细胞感知诊断和靶向治疗的发展 482种疾病表型、已知遗传病基因、非疾病样本的单细胞RNA测序数据 机器学习 罕见遗传病 单细胞RNA测序 NA 文本、图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
5 2026-09-13
GEEES: inferring cell-specific gene-enhancer interactions from multi-modal single-cell data
2024-11-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 本文提出了GEEES方法,利用多模态单细胞转录组和染色质可及性数据在单细胞水平推断基因-增强子相互作用 首次在单细胞水平推断基因-增强子关联,而非分组细胞水平,并考虑了细胞间的调控异质性;将基因-增强子距离纳入分析显著提高了所有方法的性能 性能提升幅度有限;现有实验基准数据集之间一致性有限,需要新的高通量实验来验证从单细胞数据推断的基因-增强子相互作用 从多模态单细胞数据中推断单细胞水平的基因-增强子相互作用 多模态单细胞转录组和染色质可及性数据 机器学习 NA 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq 多元回归 文本, 图像 NA NA 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq NA NA
6 2026-09-13
A signal-diffusion-based unsupervised contrastive representation learning for spatial transcriptomics analysis
2024-11-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出一种基于信号扩散的无监督对比学习方法SDUCL,整合图像特征、空间关系和基因表达信息,用于空间转录组数据的低维表示学习 设计了信号扩散微环境发现算法,通过模拟生物信号扩散过程有效捕获和整合细胞微环境中的交互信息,并通过最大化细胞/位点局部表示与微环境表示之间的互信息来学习更具判别性的表示 未在摘要中明确说明 有效整合基因表达、空间信息和图像数据,学习具有判别性的低维表示,以解析组织异质性和分析生物学功能 来自多个物种的空间转录组数据集,涵盖正常组织和肿瘤组织 数字病理学 肿瘤 空间转录组学 对比学习 图像, 文本 未在摘要中明确说明 NA 空间转录组学 NA NA
7 2026-09-10
Temporal Genomic Analysis of Homogeneous Tumor Models Reveals Key Regulators of Immune Evasion in Melanoma
2024-11-20, Cancer discovery IF:29.7Q1
研究论文 本研究通过时间基因组分析同质肿瘤模型,揭示了黑色素瘤免疫逃逸的关键调控因子Mif 利用低肿瘤内异质性的同质肿瘤模型,结合单细胞RNA测序和体内CRISPR敲除筛选,首次发现Mif是免疫逃逸的关键调控因子 研究主要基于小鼠模型,且未深入探讨Mif调控免疫逃逸的具体分子机制 探究低肿瘤内异质性肿瘤中免疫逃逸的机制,并识别影响肿瘤侵袭性的关键免疫因素 小鼠黑色素瘤同质肿瘤模型中的单细胞克隆(被排斥与未被排斥的克隆) 数字病理学 黑色素瘤 单细胞RNA测序、体内CRISPR敲除筛选 NA 基因表达数据、免疫表型数据 小鼠肿瘤样本及黑色素瘤患者数据 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序
8 2026-09-10
YAP1 Inhibition Induces Phenotype Switching of Cancer-Associated Fibroblasts to Tumor Suppressive in Prostate Cancer
2024-11-15, Cancer research IF:12.5Q1
研究论文 本研究揭示了YAP1调控前列腺癌相关成纤维细胞表型转换的机制,并证明靶向YAP1可增强免疫检查点阻断疗法的疗效 首次发现YAP1通过抑制NF-κB p65核转位调控CAF表型转换,并证明选择性耗竭ECM-CAF中的YAP1可增强抗PD-1治疗效果 未提及 揭示调控CAF可塑性的机制,寻找策略使CAF从促肿瘤表型转换为抗肿瘤表型,以增强前列腺癌免疫治疗效果 前列腺癌相关成纤维细胞(CAF) 数字病理学 前列腺癌 单细胞RNA测序、RNA-seq、流式细胞术、类器官模型 NA 基因表达数据、图像、文本 四个前列腺癌单细胞RNA测序数据集 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
9 2026-09-10
A Dual-Payload Antibody-Drug Conjugate Targeting CD276/B7-H3 Elicits Cytotoxicity and Immune Activation in Triple-Negative Breast Cancer
2024-11-15, Cancer research IF:12.5Q1
研究论文 开发了一种针对CD276/B7-H3的双载荷抗体-药物偶联物,在三阴性乳腺癌中引发细胞毒性和免疫激活 构建了一种同时携带传统细胞毒性载荷和免疫调节Toll样受体7/8激动剂的双载荷ADC(DualADC),实现化疗和免疫治疗的联合作用 摘要中未提及局限性 开发一种双载荷抗体-药物偶联物作为三阴性乳腺癌的化学免疫治疗策略 三阴性乳腺癌细胞和动物模型 数字病理学 三阴性乳腺癌 单细胞RNA测序、多因子细胞因子分析、组织学分析 抗体-药物偶联物 图像、单细胞表达数据 动物研究(未提供具体数量) NA 单细胞RNA测序 NA NA
10 2026-09-09
PTEN Loss Shapes Macrophage Dynamics in High-Grade Serous Ovarian Carcinoma
2024-11-15, Cancer research IF:12.5Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序发现PTEN缺失的高级别浆液性卵巢癌中HMOX1高表达巨噬细胞的动态变化及其促肿瘤作用,并探索了靶向治疗策略 首次识别出PTEN缺失卵巢癌中特有的HMOX1hi巨噬细胞亚群,揭示其来源于腹膜巨噬细胞并由肿瘤细胞IL33驱动,为治疗提供新靶点 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限,且未深入探讨HMOX1hi巨噬细胞在其他肿瘤类型中的作用 探究PTEN缺失导致PI3K通路异常激活如何改变高级别浆液性卵巢癌的免疫微环境,并寻找潜在治疗靶点 小鼠模型中的Pten-null卵巢肿瘤、腹膜巨噬细胞以及人类HGSC肿瘤样本 数字病理学 卵巢癌 单细胞RNA测序、流式细胞术、RNA测序 NA 基因表达数据 小鼠模型和人类HGSC肿瘤样本 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'测序
11 2026-09-06
Cross-tissue organization of myeloid cells in scleroderma and related fibrotic diseases
2024-Nov-01, Current opinion in rheumatology IF:5.2Q1
综述 本文通过单细胞RNA测序数据分析,提出跨组织统一髓系细胞命名法,并揭示DC3和SPP1巨噬细胞在不同纤维化疾病中的器官特异性富集模式 提出基于细胞类型定义基因特征的统一髓系细胞命名法,以解决scRNA-Seq研究在树突状细胞、单核细胞和巨噬细胞命名上的不一致性;发现DC3亚群在纤维化皮肤、肺和肝脏中富集,而SPP1巨噬细胞在肺、心和肾纤维化中富集 主要基于公开数据集的分析,缺乏实验验证;跨组织比较受限于不同研究的批次效应和样本异质性 建立跨组织的髓系细胞统一命名法,并阐明其在硬皮病及相关纤维化疾病中的富集模式 硬皮病及相关纤维化疾病(包括特发性肺纤维化、COVID-19肺纤维化、骨髓纤维化、肝、肾和心脏纤维化)中的髓系细胞 生物信息学 硬皮病, 纤维化疾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 多个公开scRNA-Seq数据集,涵盖多种组织(皮肤、肺、肝、肾、心脏等) NA 单细胞RNA测序 NA NA
12 2026-09-05
Integration of Imaging-based and Sequencing-based Spatial Omics Mapping on the Same Tissue Section via DBiTplus
2024-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 介绍DBiTplus,一种在同一组织切片上整合基于成像和基于测序的空间组学方法,实现单细胞分辨率的细胞分型和全基因组通路分析 将空间转录组学与高多重蛋白成像(CODEX)结合在同一组织切片上,通过RNaseH保留组织完整性,并开发计算流程整合两种模态数据 未提供明确局限性信息,可能需在文中探讨的技术挑战或样本适用性限制 开发一种整合多模态空间组学方法,以同时实现单细胞分辨率的转录组和蛋白组分析,促进细胞异质性理解 小鼠胚胎、正常人类淋巴结、人类淋巴瘤FFPE组织 空间组学 淋巴瘤 空间转录组测序, CODEX蛋白成像, 微流控空间条形码 NA 图像, 测序数据 小鼠胚胎、正常人类淋巴结、人类淋巴瘤FFPE组织(具体数量未提供) NA 空间转录组学, 空间蛋白组学 NA DBiTplus结合DBiT-seq和CODEX技术
13 2026-09-05
SOX10 mediates glioblastoma cell-state plasticity
2024-11, EMBO reports IF:6.5Q1
研究论文 本研究分析SOX10介导的胶质母细胞瘤细胞状态可塑性,并基于此设计联合治疗策略 首次证明SOX10低表达驱动胶质母细胞瘤向神经干细胞样侵袭性状态转变,并识别出可靶向的静止期神经干细胞群体,据此提出基于单细胞表型可塑性分析的联合治疗策略 研究主要基于动物模型和细胞系,需进一步验证在人类患者中的适用性 阐明SOX10在胶质母细胞瘤细胞状态可塑性中的作用,并利用该机制设计新型治疗策略 胶质母细胞瘤细胞系、小鼠模型及SOX10敲低肿瘤 基因组学、转录组学 胶质母细胞瘤 单细胞转录组测序 NA 单细胞转录组数据 动物模型和细胞系样本 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
14 2026-09-04
Basic Fibroblast Growth Factor Supports the Function of Limbal Niche Cells via the Wnt/β-Catenin Pathway
2024-11, Journal of ocular pharmacology and therapeutics : the official journal of the Association for Ocular Pharmacology and Therapeutics IF:1.9Q3
研究论文 本文研究了碱性成纤维细胞生长因子(bFGF)通过Wnt/β-catenin通路对角膜缘微环境细胞(LNC)功能的支持作用及其机制 首次利用单细胞RNA测序分析FGFR亚型及Wnt/β-catenin通路在LNC培养中的作用,并构建三维共培养模型验证bFGF通过该通路促进LNC干性 未提及 探究bFGF对LNC功能的影响及其分子机制 角膜缘微环境细胞(LNC)和成熟角膜上皮细胞(MCEC) 分子生物学 眼表疾病 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 未提及具体样本数量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
15 2026-09-03
Inhibition of SUMOylation Induces Adaptive Antitumor Immunity against Pancreatic Cancer through Multiple Effects on the Tumor Microenvironment
2024-11-04, Molecular cancer therapeutics IF:5.3Q1
研究论文 本研究探讨了抑制SUMO化修饰通过多种机制影响肿瘤微环境,诱导针对胰腺癌的适应性抗肿瘤免疫。 首次在临床相关原位胰腺癌小鼠模型中揭示SUMO化抑制TAK-981的抗肿瘤作用依赖于T细胞,并通过单细胞转录组分析阐明其对肿瘤微环境中多种细胞类型及相互作用的影响。 未提及具体局限性。 研究SUMO化抑制对胰腺导管腺癌肿瘤微环境的影响及其诱导适应性抗肿瘤免疫的机制。 胰腺导管腺癌原位小鼠模型及其肿瘤微环境中的多种细胞类型。 数字病理学 胰腺癌 单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光、免疫组化、Western blot、qPCR 不适用 单细胞转录组数据 多个原位胰腺癌小鼠模型样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
16 2026-09-02
NF-κB-activated oncogene inhibition strategy for cancer gene therapy
2024-11, Cancer gene therapy IF:4.8Q1
研究论文 本研究开发了一种名为HOPE的新型癌症基因治疗策略,利用NF-κB特异性启动子激活CRISPR-Cas13a系统,靶向抑制多种致癌基因的表达,并在体外和体内实验中验证了其抗肿瘤效果。 与传统抑制NF-κB活性的方法不同,本研究创新性地利用NF-κB特异性启动子驱动外源效应基因CRISPR-Cas13a在癌细胞中表达,精准靶向并降解TERT、PLK1、KRAS和MYC等致癌基因的mRNA,实现对癌细胞的毒性作用而不影响正常细胞。 研究主要在细胞系和小鼠皮下移植模型中验证效果,缺乏对原位肿瘤和临床样本的评估,且未深入探讨长期治疗效果和潜在耐药性。 开发一种基于NF-κB启动子的CRISPR-Cas13a基因治疗策略,用于选择性杀伤癌细胞并激活免疫系统,以提供更安全有效的癌症治疗方法。 多种培养细胞系、结直肠癌皮下移植小鼠模型以及scRNA-seq分析中的癌细胞和免疫细胞。 基因治疗 结直肠癌 CRISPR-Cas13a基因编辑、AAV载体递送、scRNA-seq CRISPR-Cas13a系统 基因表达数据、单细胞转录组数据 未明确,涉及多种培养细胞系和小鼠皮下移植模型 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 未明确
17 2026-08-31
Biallelic Loss-of-Function Variants in UBAP1L and Nonsyndromic Retinal Dystrophies
2024-11-01, JAMA ophthalmology IF:7.8Q1
研究论文 本研究描述6名携带UBAP1L基因双等位基因致病性变体的非综合征性视网膜营养不良患者,并提供了临床和分子特征。 首次将UBAP1L确定为非综合征性视网膜营养不良的新型候选致病基因,并通过小鼠模型和微小基因检测提供了功能证据。 小鼠模型在15个月时未表现出视网膜退化,可能无法完全反映人类疾病表型。 提供携带UBAP1L双等位基因致病性变体的IRD患者的临床和分子特征。 6名来自不同家族的IRD患者。 遗传学, 基因组学, 分子生物学 视网膜营养不良, 视网膜色素变性 外显子组测序, 基因组测序, 单细胞RNA测序, 微小基因测定, 基因敲除小鼠 敲除小鼠模型 基因组数据, 单细胞转录组数据, 临床影像数据 6名患者 NA 单细胞RNA测序 NA NA
18 2026-08-28
A Single-Cell Analysis of the NK-Cell Landscape Reveals That Dietary Restriction Boosts NK-Cell Antitumor Immunity via Eomesodermin
2024-11-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示,饮食限制通过激活转录因子Eomesodermin增强NK细胞的抗肿瘤免疫,抑制黑色素瘤肺转移 首次发现饮食限制通过优化mTORC1信号促进Eomes表达,从而恢复功能性的CD27+CD11b+ NK细胞亚群,增强NK细胞的肿瘤免疫监视和活化 未提及 探究饮食限制是否以及如何通过调节NK细胞增强抗肿瘤免疫 NK细胞(特别是CD27+CD11b+亚群)以及黑色素瘤细胞 免疫学 黑色素瘤 单细胞RNA测序 未提及 单细胞转录组数据 未提及 未提及 单细胞RNA测序 未提及 未提及
19 2026-08-26
Regulation of disease-associated microglia in the optic nerve by lipoxin B4 and ocular hypertension
2024-11-20, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序等技术,发现脂氧素B4能调控视神经中的疾病相关小胶质细胞,并在眼高压诱导的神经病变中发挥神经保护作用 首次发现脂氧素B4可调控视神经中的小胶质细胞,并抑制疾病相关小胶质细胞标志物CD74的表达,为神经保护机制提供了新见解 研究主要基于小鼠模型,且未深入探讨LXB4调控小胶质细胞的具体分子机制 探究脂氧素B4在视网膜和视神经中是否调控其他细胞类型(特别是小胶质细胞),并阐明其在眼高压诱导神经病变中的神经保护机制 小鼠视网膜和视神经中的小胶质细胞、星形胶质细胞和视网膜神经节细胞 神经科学 青光眼 单细胞RNA测序、批量RNA测序、qPCR、免疫组化、MorphOMICs和伪时间轨迹分析 NA 基因表达数据、图像数据 未提供具体样本数量 10x Genomics 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'测序
20 2026-08-23
Single-cell and spatial transcriptomics identify COL6A3 as a prognostic biomarker in undifferentiated pleomorphic sarcoma
2024-11-15, Molecular cancer IF:27.7Q1
研究论文 通过单细胞和空间转录组学分析,确定COL6A3作为未分化多形性肉瘤的预后生物标志物 首次结合单细胞和空间转录组学方法,在未分化多形性肉瘤及其亚型中识别出COL6A3作为预后生物标志物,并优于现有肉瘤预后基因面板 样本量相对较小,仅包含5个活检标本和1个切除标本,可能限制结果的广泛适用性 通过单细胞和空间转录组学表征未分化多形性肉瘤及其相关肿瘤,并寻找预后生物标志物 未分化多形性肉瘤(包括非典型纤维黄瘤和皮肤多形性肉瘤)的活检和切除标本 数字病理学 软组织肉瘤 单细胞转录组学、空间转录组学 NA 转录组数据 5个活检标本和1个切除标本 NA 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA NA
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