单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-22	Melatonin treatment increases skin microbiota-derived propionic acid to alleviate atopic dermatitis 2024-Nov-22, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.11.019 PMID:39579877	研究论文	研究探讨了褪黑素通过调节皮肤微生物群及其衍生的丙酸来缓解特应性皮炎的机制	首次揭示了褪黑素通过调节皮肤微生物群/丙酸/GPR43/FABP5轴来缓解特应性皮炎的新机制	研究主要在动物模型和细胞实验中进行，尚未在人体中验证	探讨褪黑素治疗如何通过改变皮肤微生物群组成来缓解特应性皮炎	特应性皮炎小鼠模型和HaCaT细胞	NA	特应性皮炎	16S-rRNA测序、转录组测序、单细胞测序、定量RT-PCR、Western blotting、Cell Counting Kit-8检测	NA	微生物群数据、脂肪酸数据、基因表达数据	特应性皮炎小鼠和HaCaT细胞
2	2024-12-22	Apocrine Gland Damage and the Release of Specific Keratins in Early Stage Indicate the Crucial Involvement of Apocrine Glands in Hidradenitis Suppurativa 2024-Nov-14, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.09.021 PMID:39547394	研究论文	本研究通过免疫组织化学和单细胞测序技术，探讨了顶泌汗腺在化脓性汗腺炎发病机制中的潜在作用	首次提供了顶泌汗腺在化脓性汗腺炎早期病变中受损并释放特定角蛋白的证据	样本量较小，且仅限于早期病变皮肤的研究	探讨顶泌汗腺在化脓性汗腺炎发病机制中的作用	化脓性汗腺炎患者的非病变皮肤和早期病变皮肤以及健康对照组的皮肤	NA	化脓性汗腺炎	免疫组织化学、单细胞测序	NA	组织样本	化脓性汗腺炎患者12例，健康对照组8例，血清样本20例
3	2024-12-21	GAADE: identification spatially variable genes based on adaptive graph attention network 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae669 PMID:39701602	研究论文	本文提出了一种基于自适应图注意力网络的GAADE方法，用于识别空间变异基因	GAADE通过堆叠编码器/解码器层并集成自注意力机制，能够自适应地学习空间域结构，从而更准确地识别空间变异基因	本文未提及具体的技术局限性	旨在改进现有空间转录组数据分析方法，更准确地识别与特定细胞类型相关的空间变异基因	空间转录组数据中的空间变异基因	生物信息学	NA	空间转录组测序技术	图注意力网络	空间转录组数据	涉及四个不同物种、区域和组织的空间转录组数据集
4	2024-12-21	Expression of novel androgen receptors in three GnRH neuron subtypes in the cichlid brain 2024-11, Journal of neuroendocrinology IF:3.3Q2 DOI:10.1111/jne.13429 PMID:38986626	研究论文	本文研究了慈鲷脑中三种GnRH神经元亚型中新型雄激素受体的表达	首次使用免疫组化、原位杂交链反应（HCR）和空间转录组学技术，详细研究了慈鲷GnRH神经元中ar1和ar2基因的表达，发现了GnRH1神经元的基因型差异	由于技术限制，之前对慈鲷GnRH神经元中ar基因表达的研究结果不一致	探讨雄激素信号对GnRH神经元可塑性和生殖可塑性的调控机制	慈鲷脑中的GnRH1、GnRH2和GnRH3神经元	NA	NA	免疫组化、原位杂交链反应（HCR）、空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
5	2024-12-20	Neuroepithelial cell transforming 1 as a key regulator in non-small cell lung cancer: unveiling causal links and therapeutic potentials 2024-Nov-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-587 PMID:39697721	研究论文	本研究探讨了神经上皮细胞转化1（NET1）在非小细胞肺癌（NSCLC）进展中的关键调控作用，并通过生物信息学分析和实验室实验揭示了其因果关系和治疗潜力	本研究首次通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化算法揭示了NET1在NSCLC中的因果关系，并验证了其在细胞增殖和铁死亡抑制中的作用	本研究主要基于实验室实验和生物信息学分析，未来需要进一步的临床试验验证其治疗潜力	揭示NET1在非小细胞肺癌中的分子机制及其治疗潜力	NET1在非小细胞肺癌中的作用及其对细胞增殖和铁死亡的影响	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化（MR）算法、实时荧光定量PCR（qRT-PCR）、细胞活力测定、丙二醛（MDA）检测、分子对接分析	NA	基因表达数据	非恶性肺组织和肿瘤组织的单细胞RNA测序数据，以及实验室实验中的细胞样本
6	2024-12-20	Identification of the CD8+ T-cell exhaustion signature of hepatocellular carcinoma for the prediction of prognosis and immune microenvironment by integrated analysis of bulk- and single-cell RNA sequencing data 2024-Nov-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-650 PMID:39697729	研究论文	本研究通过整合bulk和单细胞RNA测序数据，构建了肝细胞癌的CD8+ T细胞耗竭特征，用于预测患者的预后和免疫微环境	首次通过整合bulk和单细胞RNA测序数据，构建了CD8+ T细胞耗竭特征，为评估肝细胞癌患者的预后和免疫微环境提供了新方法	研究结果需要在更多独立数据集和临床试验中进一步验证	构建基于CD8+ T细胞耗竭特征的模型，用于预测肝细胞癌患者的预后和免疫微环境	肝细胞癌患者的CD8+ T细胞耗竭特征	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和高通量RNA测序（RNA-seq）	Cox回归分析模型	RNA测序数据	来自TCGA、GEO和ICGC数据库的肝细胞癌患者RNA-seq数据，以及来自GSE149614的10× scRNA数据
7	2024-12-20	Multi-omics decipher the immune microenvironment and unveil therapeutic strategies for postoperative ovarian cancer patients 2024-Nov-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-656 PMID:39697734	研究论文	本研究通过多组学数据分析，揭示了卵巢癌术后患者的免疫微环境特征，并提出了新的治疗策略	本研究首次利用12种程序性细胞死亡模式构建了新的分类和预后模型，并建立了基于8基因签名的程序性细胞死亡指数（PCDI），用于预测卵巢癌术后患者的预后和药物敏感性	本研究的样本量相对较小，且依赖于公开数据库的数据，可能存在数据偏倚	探讨程序性细胞死亡模式在卵巢癌术后患者预后和药物敏感性预测中的应用	卵巢癌术后患者的免疫微环境和治疗反应	数字病理学	卵巢癌	转录组学、基因组学、单细胞转录组学	机器学习算法	基因表达数据、临床信息	使用了来自TCGA和GEO数据库的多个数据集，包括批量转录组、基因组和临床信息，以及单细胞转录组数据
8	2024-12-20	Elucidating the molecular and immune interplay between head and neck squamous cell carcinoma and diffuse large B-cell lymphoma through bioinformatics and machine learning 2024-Nov-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-1064 PMID:39697749	研究论文	本研究通过生物信息学和机器学习方法，探讨了头颈部鳞状细胞癌与弥漫性大B细胞淋巴瘤之间的分子和免疫相互作用	本研究首次通过生物信息学和机器学习方法，识别出头颈部鳞状细胞癌和弥漫性大B细胞淋巴瘤之间的共享生物标志物和潜在治疗靶点	本研究主要基于现有数据库的数据进行分析，未来需要进一步的实验验证	阐明头颈部鳞状细胞癌与弥漫性大B细胞淋巴瘤之间的分子和免疫相互作用	头颈部鳞状细胞癌和弥漫性大B细胞淋巴瘤	生物信息学	头颈部鳞状细胞癌	机器学习	NA	基因表达数据	2040个差异表达基因和1983个模块相关基因
9	2024-12-20	Integrative multi-omics and machine learning approach reveals tumor microenvironment-associated prognostic biomarkers in ovarian cancer 2024-Nov-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-539 PMID:39697754	研究论文	本研究利用多组学整合和机器学习方法，揭示了卵巢癌肿瘤微环境相关的预后生物标志物	首次系统性地解码了卵巢癌肿瘤微环境相关的基因特征，并开发了包含免疫细胞标志物的预后模型，展示了其在个性化治疗中的潜力	NA	揭示卵巢癌肿瘤微环境相关的预后生物标志物，为个性化治疗提供依据	卵巢癌肿瘤微环境及其相关的预后生物标志物	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO回归	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus（GSE184880）和The Cancer Genome Atlas（TCGA）的卵巢癌和正常组织样本
10	2024-12-20	Depletion of intrinsic renal macrophages with moderate-to-high expression of CD163, MRC1, PTH2R, PDE4D, and CUBN in regulating podocyte injury in diabetic nephropathy: a single-cell RNA sequencing analysis 2024-Nov-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3 DOI:10.21037/tau-24-569 PMID:39698573	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了糖尿病肾病中肾巨噬细胞的极化及其对足细胞损伤的影响	首次揭示了在糖尿病肾病中，表达CD163、MRC1、PTH2R、PDE4D和CUBN的肾巨噬细胞亚群的耗竭与足细胞损伤的关系	研究仅基于单核RNA测序数据，未进行体内实验验证	探讨糖尿病肾病中肾巨噬细胞的极化及其对足细胞损伤的影响	糖尿病肾病患者的肾巨噬细胞及其与足细胞的相互作用	NA	糖尿病肾病	单核RNA测序	NA	基因表达数据	糖尿病肾病和对照组的肾脏样本
11	2024-12-20	Transcriptome and Temporal Transcriptome Analyses in Single Cells 2024-Nov-29, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252312845 PMID:39684556	综述	本文综述了单细胞转录组分析技术的发展，特别是结合RNA代谢标记的单细胞RNA测序技术，探讨了其在生物学过程中的应用	本文介绍了RNA代谢标记与单细胞RNA测序技术的结合，能够对单个细胞中的时间转录组进行分析，提供了对RNA动力学和细胞命运决定等动态生物过程的新见解	NA	探讨单细胞转录组分析技术的发展及其在生物医学研究中的应用	单细胞转录组和时间转录组	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
12	2024-12-20	scDCA: deciphering the dominant cell communication assembly of downstream functional events from single-cell RNA-seq data 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae663 PMID:39694816	研究论文	提出了一种基于深度学习的方法scDCA，用于从单细胞RNA-seq数据中解析对特定功能事件有重要影响的细胞通信组合	首次提出了一种基于多视图图卷积网络和注意力机制的深度学习方法，用于量化细胞类型对特定功能过程的贡献	目前仅在肾细胞癌样本中进行了验证，未来需要在更多疾病和样本中进行验证	开发一种新的计算方法，用于解析细胞通信对特定功能事件的影响，以促进癌症治疗	单细胞RNA-seq数据中的细胞通信及其对下游功能事件的影响	机器学习	肾细胞癌	单细胞RNA-seq	多视图图卷积网络	基因表达数据	肾细胞癌样本
13	2024-12-20	Unlocking the Complexity: Exploration of Acute Lymphoblastic Leukemia at the Single Cell Level 2024-Nov, Molecular diagnosis & therapy IF:4.1Q1 DOI:10.1007/s40291-024-00739-5 PMID:39190087	综述	本文综述了单细胞测序技术在急性淋巴细胞白血病（ALL）研究中的应用及其优势和局限性	本文介绍了单细胞测序技术在ALL研究中的最新进展，特别是多组学技术和空间维度的引入，为揭示ALL的分子复杂性提供了新的视角	本文主要讨论了现有技术的优势和局限性，但未提出具体的改进方法	探讨单细胞测序技术在急性淋巴细胞白血病研究中的应用	急性淋巴细胞白血病（ALL）的分子复杂性、异质性及其与微环境的相互作用	数字病理学	血液肿瘤	单细胞测序	NA	DNA、RNA、表观遗传修饰、细胞内和细胞表面蛋白	数千个细胞
14	2024-12-19	A composite scaling network of EfficientNet for improving spatial domain identification performance 2024-11-25, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07286-z PMID:39587274	研究论文	本研究提出了一种基于EfficientNet复合缩放网络的EfNST方法，用于提高空间转录组学中空间域识别的性能	EfNST方法利用EfficientNet学习多尺度图像特征，相比其他算法在多个数据集上表现出更高的精度和更强的数据扩展性和操作效率	NA	提高空间转录组学中空间域识别的精确性	空间转录组学中的图像数据和基因表达数据	计算机视觉	NA	EfficientNet	EfficientNet	图像	六个数据集来自三个测序平台
15	2024-12-19	Single-Cell Analysis: A Method for In-Depth Phenotyping of Cells Involved in Asthma 2024-Nov-25, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252312633 PMID:39684345	研究论文	本文探讨了单细胞分析技术在哮喘相关细胞表型研究中的应用	利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）深入研究哮喘的病理机制，并发现了多种新的免疫细胞亚型和集群	仍存在一些局限性，需要在未来研究中进一步完善	深入了解哮喘的病理机制及其相关免疫细胞的功能	哮喘相关的免疫细胞，包括树突状细胞、嗜酸性粒细胞、固有淋巴细胞、淋巴细胞、肥大细胞和中性粒细胞	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
16	2024-12-19	A novel computational model ITHCS for enhanced prognostic risk stratification in ESCC by correcting for intratumor heterogeneity 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae631 PMID:39690882	研究论文	本文开发了一种名为ITHCS的计算模型，通过校正肿瘤内异质性来提高食管鳞状细胞癌（ESCC）的预后风险分层准确性	本文的创新点在于结合多区域bulk和单细胞RNA测序数据，识别出在不同肿瘤区域表达模式一致但在患者间差异显著的基因，并利用多种机器学习算法进行特征选择和模型构建，显著提高了预后模型的准确性和泛化能力	NA	提高食管鳞状细胞癌（ESCC）预后风险分层的准确性	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者的预后风险	数字病理学	食管癌	RNA测序	机器学习算法	基因表达数据	NA
17	2024-12-19	Matrisomics: Beyond the extracellular matrix for unveiling tumor microenvironment 2024-Nov, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2024.189178 PMID:39241895	研究论文	本文探讨了肿瘤微环境中基质组（matrisome）的多样性模式，并分析了其在癌症进展中的作用	本文整合了多种组学方法（如表观基因组学、基因组学、转录组学和蛋白质组学）以及新兴的测序技术（如单细胞RNA测序和空间转录组学），揭示了基质组基因在不同癌症类型中的表达模式	本文尚未完全阐明基质组基因的具体机制及其在临床应用中的作用	揭示基质组在肿瘤微环境中的作用及其在癌症治疗中的临床意义	基质组基因在不同癌症类型中的表达模式及其在癌症进展中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
18	2024-12-18	Targeting Precision in Cancer Immunotherapy: Naturally-Occurring Antigen-Specific TCR Discovery with Single-Cell Sequencing 2024-Nov-30, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16234020 PMID:39682207	研究论文	本文介绍了一种利用单细胞RNA测序技术发现自然发生的抗原特异性TCR的方法，用于癌症免疫治疗中的TCR-T细胞疗法	本文提出了一种全面分析自然发生的抗原特异性TCR的方法，能够识别超过100种抗原特异性TCR克隆型，显著提高了抗原特异性T细胞的比例	NA	开发一种全面发现和分析自然发生的抗原特异性TCR的方法，用于TCR-T细胞疗法的开发	抗原特异性TCR和TCR-T细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	神经网络（ERGO-II）	RNA	外周血中的CD8 T淋巴细胞
19	2024-12-18	SIGRN: Inferring Gene Regulatory Network with Soft Introspective Variational Autoencoders 2024-Nov-27, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252312741 PMID:39684451	研究论文	本文提出了一种名为SIGRN的软内省对抗基因调控网络无监督推断模型，通过引入对抗机制改进变分自编码器模型，以提高基因调控网络推断的准确性	提出了SIGRN模型，通过引入对抗机制改进变分自编码器，避免了生成低质量数据的问题，并采用“软”内省对抗模式减少额外神经网络和参数的训练	未提及具体局限性	提高基因调控网络推断的准确性	基因调控网络	机器学习	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	变分自编码器 (VAE)	基因数据	未提及具体样本数量
20	2024-12-18	Machine Learning Integration with Single-Cell Transcriptome Sequencing Datasets Reveals the Impact of Tumor-Associated Neutrophils on the Immune Microenvironment and Immunotherapy Outcomes in Gastric Cancer 2024-Nov-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252312715 PMID:39684426	研究论文	本研究通过整合机器学习与单细胞转录组测序数据，揭示了肿瘤相关中性粒细胞在胃癌免疫微环境和免疫治疗结果中的影响	首次通过大规模单细胞RNA测序数据分析，识别出与免疫检查点抑制剂治疗反应相关的肿瘤相关中性粒细胞亚群，并构建了预测患者生存的风险评分模型	研究仅限于胃癌、结直肠癌和肺癌的数据，结果的普适性有待进一步验证	探讨肿瘤相关中性粒细胞在胃癌免疫微环境和免疫治疗结果中的作用	胃癌、结直肠癌和肺癌中的肿瘤相关中性粒细胞及其对免疫检查点抑制剂的反应	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	风险评分模型	转录组数据	超过600,000个细胞