单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-01-22	Continuous cell type diversification throughout the embryonic and postnatal mouse visual cortex development 2024-Oct-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.02.616246 PMID:39829740	研究论文	本文通过单细胞转录组学和表观基因组学技术，构建了小鼠视觉皮层发育过程中的细胞类型图谱，揭示了细胞类型在不同发育阶段的连续多样化过程	提供了迄今为止最详细的动态分子图谱，直接关联到个体细胞类型和特定发育事件，揭示了视觉皮层发育过程中细胞类型身份连续精细化的分子逻辑	研究主要集中在小鼠模型，可能不完全适用于人类或其他物种	研究小鼠视觉皮层发育过程中细胞类型的多样化和分子机制	小鼠视觉皮层的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核多组学（Multiome）	NA	单细胞转录组数据，染色质可及性数据	568,674个高质量单细胞转录组和194,545个高质量单核多组学数据
162	2025-01-20	Single-cell RNA-sequencing reveals a profound immune cell response in human cytomegalovirus-infected humanized mice 2024-Oct, Virologica Sinica IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.virs.2024.08.006 PMID:39153545	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了人巨细胞病毒（HCMV）感染的人源化小鼠中免疫细胞的深刻反应	利用单细胞RNA测序技术，首次在单细胞水平上研究了HCMV感染的人源化小鼠中PBMCs的基因表达变化	研究依赖于人源化小鼠模型，可能无法完全模拟人类体内的复杂环境	研究HCMV感染与宿主免疫反应之间的相互作用	人源化小鼠中的PBMCs	生物信息学	病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
163	2025-01-19	Over Activation of IL-6/STAT3 Signaling Pathway in Juvenile Dermatomyositis 2024-Oct, Rheumatology and therapy IF:2.9Q2 DOI:10.1007/s40744-024-00699-6 PMID:39073510	研究论文	本研究探讨了IL-6/JAK/STAT3信号通路在青少年皮肌炎（JDM）中的异常激活及其在肌肉损伤中的作用	首次通过单细胞RNA测序和免疫组化技术揭示了JDM患者中IL-6/JAK/STAT3信号通路的异常激活，并发现IL-6通过触发钙超载和活性氧（ROS）产生参与肌肉损伤的发病机制	样本量较小，仅包括72名新诊断的JDM患者和两名患者的肌肉活检样本	阐明IL-6激活JAK/STAT3信号通路的机制及其在JDM发病中的作用	青少年皮肌炎（JDM）患者	生物医学	皮肌炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化、逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）	NA	血清样本、肌肉活检样本	72名新诊断的JDM患者和两名患者的肌肉活检样本
164	2025-01-16	Circulating Adenoid Cystic Carcinoma associated MYB transcripts enable rapid and sensitive detection of metastatic disease in blood liquid biopsies 2024-Oct-17, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.10.15.24315549 PMID:39484279	研究论文	本文开发了一种基于qPCR的检测方法，通过监测血液中MYB转录本的水平来检测腺样囊性癌（ACC）的转移	利用肿瘤特异性MYB表达作为生物标志物，开发了一种敏感、经济且微创的诊断测试，用于早期检测ACC的转移	样本量较小，尤其是转移性ACC组仅有5例样本，可能影响结果的普遍性	开发一种通过血液液体活检检测腺样囊性癌转移的方法	腺样囊性癌（ACC）患者	数字病理学	头颈部癌症	定量聚合酶链反应（qPCR），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	血液样本	共49例样本，包括23例无ACC病史或证据的样本，15例过去有ACC病史且无疾病证据超过三年的样本，6例局部ACC样本，5例转移性ACC样本
165	2025-01-15	Mechanisms of HIF1A-mediated immune evasion in gastric cancer and the impact on therapy resistance 2024-10-10, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-024-09917-x PMID:39384651	研究论文	本研究探讨了胃癌中静止癌细胞（QCCs）通过HIF1A介导的免疫逃逸机制及其对治疗抵抗的影响	揭示了QCCs通过HIF1A介导的糖酵解相关基因上调来抵抗T细胞介导的免疫反应的分子机制，并展示了HIF1A沉默在增强免疫治疗效果方面的潜力	研究主要依赖于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人类临床试验中验证这些发现	探索胃癌中QCCs的免疫抑制机制及其对免疫治疗抵抗的影响，以改进治疗策略	胃癌中的静止癌细胞（QCCs）及其与免疫细胞的相互作用	癌症研究	胃癌	基因编辑技术、转录组测序、单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据、细胞实验数据	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠模型和体外细胞实验
166	2025-01-15	Single-cell transcriptomics in thyroid eye disease 2024 Oct-Dec, Taiwan journal of ophthalmology IF:1.0Q4 DOI:10.4103/tjo.TJO-D-23-00096 PMID:39803402	综述	本文综述了单细胞转录组学在甲状腺眼病（TED）研究中的应用，总结了近年来的突破和新兴机会	利用高通量单细胞RNA测序技术，在单细胞分辨率上揭示了TED的细胞类型多样性和分子机制，提供了关于新型生物标志物和治疗靶点的前所未有的见解	目前仍有10%-20%的TED患者在治疗停药后复发，20%-30%的患者对主流治疗无反应，原因尚不明确	探讨单细胞和单核转录组数据在表征甲状腺眼病（TED）这一复杂疾病状态中的应用，以改善患者生活质量并促进疾病终点的逆转	甲状腺眼病（TED）患者	数字病理学	甲状腺眼病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
167	2025-01-14	Spatial multiomics atlas reveals smooth muscle phenotypic transformation and metabolic reprogramming in diabetic macroangiopathy 2024-10-12, Cardiovascular diabetology IF:8.5Q1 DOI:10.1186/s12933-024-02458-x PMID:39395983	研究论文	本研究通过单细胞转录组、空间转录组和空间代谢组测序，构建了糖尿病大血管病变的空间多组学图谱，揭示了平滑肌细胞表型转化和代谢重编程的特征	首次构建了糖尿病大血管病变的空间基因-代谢图谱，揭示了血管钙化特征、平滑肌细胞表型转化趋势及其转录驱动网络	研究样本量较小，仅包括11名糖尿病截肢患者的前胫动脉样本	探索糖尿病大血管病变中平滑肌细胞表型转化和代谢重编程的分子机制	糖尿病大血管病变患者的前胫动脉样本	数字病理学	糖尿病大血管病变	单细胞转录组测序、空间转录组测序、空间代谢组测序	NA	转录组数据、代谢组数据	11名糖尿病截肢患者的前胫动脉样本
168	2025-01-12	Single-cell transcriptional atlas of human breast cancers and model systems 2024-Oct, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70044 PMID:39417215	研究论文	本研究整合了单细胞RNA测序数据，创建了一个包含117个样本和506,719个细胞的人类乳腺癌及其模型系统的转录图谱	通过单细胞分辨率研究乳腺癌亚型的遗传变异，深入理解癌症进展，并探索基于亚型比例的治疗药物效果	研究主要依赖于模型系统，可能无法完全反映人类乳腺癌的复杂性	提高对乳腺癌细胞多样性的理解，以识别有效治疗方法	乳腺癌患者肿瘤、匹配的淋巴结转移、乳腺缩小术样本、乳腺癌患者来源的异种移植模型（PDXs）、PDX来源的类器官（PDXOs）和细胞系	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	117个样本，总计506,719个细胞
169	2025-01-06	Engineered T cell therapy for central nervous system injury 2024-Oct, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07906-y PMID:39232158	研究论文	本文探讨了工程化T细胞疗法在中枢神经系统损伤中的应用，通过单细胞RNA测序技术揭示了小鼠和人类脊髓损伤相关T细胞的克隆扩增及其抗原特异性	利用mRNA基础的T细胞受体重构技术生成工程化瞬时自身免疫T细胞，展示了其在CNS损伤模型中的显著神经保护效果	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和效果尚需进一步验证	开发针对中枢神经系统损伤的免疫介导细胞疗法	小鼠和人类的脊髓损伤相关T细胞	生物医学工程	中枢神经系统损伤	单细胞RNA测序，mRNA基础的T细胞受体重构	NA	RNA序列数据	未明确提及具体样本数量，涉及小鼠和人类样本
170	2025-01-03	Tcf21 as a Founder Transcription Factor in Specifying Foxd1 Cells to the Juxtaglomerular Cell Lineage 2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.25.586641 PMID:38585851	研究论文	本文探讨了Tcf21在Foxd1+基质祖细胞向肾小球旁细胞（JG细胞）分化中的关键作用	首次揭示了Tcf21在早期肾脏发育中对Foxd1+细胞向JG细胞分化的关键作用，并通过单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序分析了Tcf21的表达动态	Tcf21在已确立的肾素表达细胞中的作用未被充分探讨	研究Tcf21在Foxd1+祖细胞向JG细胞分化中的作用	Foxd1+基质祖细胞和肾小球旁细胞（JG细胞）	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞染色质可及性测序（scATAC-seq）	NA	单细胞基因表达数据，染色质可及性数据	2,054个GFP+细胞（基质谱系）
171	2024-12-30	The prognostic value and immunological role of calcium/calmodulin dependent protein kinase kinase 2 (CAMKK2) in pan-cancer study 2024-Oct-11, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000040072 PMID:39465821	研究论文	本文通过整合多组学和临床数据，全面评估了钙/钙调蛋白依赖性蛋白激酶激酶2（CAMKK2）在泛癌研究中的预后价值和免疫学作用	首次在泛癌研究中全面评估CAMKK2的分子景观，并发现其在不同癌症类型中的异常表达与生存结果相关	研究结果基于特定癌症队列，可能无法推广到所有癌症类型	评估CAMKK2在泛癌研究中的预后价值和免疫学作用	多种癌症类型中的CAMKK2基因	癌症研究	泛癌	多组学分析、单细胞转录组分析	NA	多组学数据、临床数据	多个癌症队列（如IMvigor210、GSE176307、GSE78220等）
172	2024-12-29	A single-cell RNA-seq dataset describing macrophages in NSCLC tumor and peritumor tissues 2024-Oct-01, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-03885-x PMID:39353975	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，生成了非小细胞肺癌（NSCLC）肿瘤及肿瘤周围组织中巨噬细胞的转录组数据集	首次提供了NSCLC肿瘤及肿瘤周围组织中巨噬细胞的全面转录组数据，揭示了其在肿瘤微环境中的特征差异和相关性	未明确提及样本量及具体技术细节，可能限制数据的广泛应用	研究NSCLC肿瘤微环境中巨噬细胞的特性，以理解NSCLC的进展并识别关键临床治疗靶点	非小细胞肺癌（NSCLC）肿瘤及肿瘤周围组织中的巨噬细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
173	2024-12-28	CD74+ fibroblasts proliferate upon mechanical stretching to promote angiogenesis in keloids 2024-Oct-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202401302R PMID:39400419	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，揭示了CD74+成纤维细胞在机械拉伸诱导的瘢痕疙瘩进展中的关键作用	首次识别出CD74+成纤维细胞作为机械拉伸诱导瘢痕疙瘩进展的关键细胞群，并阐明了其通过PIEZO1介导的钙内流及下游ERK和AKT信号通路促进血管生成和增殖的机制	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，缺乏在体实验验证	探究机械拉伸诱导瘢痕疙瘩进展的细胞机制	瘢痕疙瘩组织中的CD74+成纤维细胞	细胞生物学	瘢痕疙瘩	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
174	2024-12-28	Identification of a seven-gene prognostic model for renal cell carcinoma associated with CD8+T lymphocyte cell 2024-Oct-04, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000039938 PMID:39465721	研究论文	本研究通过分析肾细胞癌（RCC）中CD8+ T淋巴细胞相关的基因特征，构建了一个七基因预后模型	首次构建了一个与CD8+ T淋巴细胞相关的七基因预后模型，用于肾细胞癌患者的风险分层	研究数据主要来源于The Cancer Genome Atlas，可能缺乏多样性和广泛性	构建一个与CD8+ T淋巴细胞相关的肾细胞癌预后模型	肾细胞癌患者	生物信息学	肾细胞癌	加权基因共表达网络分析、基因本体富集分析、京都基因与基因组百科全书信号通路分析、单细胞测序	LASSO回归、单变量和多变量Cox回归	基因表达数据	来自The Cancer Genome Atlas的肾细胞癌患者数据
175	2024-12-25	Single-cell RNA Sequencing Identifies a Novel Subtype of Microglia with High Cd74 Expression that Facilitates White Matter Inflammation During Chronic Cerebral Hypoperfusion 2024-Oct, Neurochemical research IF:3.7Q2 DOI:10.1007/s11064-024-04206-9 PMID:39012534	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术识别出一种新型的小胶质细胞亚型，该亚型具有高Cd74表达，并促进慢性脑低灌注期间的脑白质炎症	本研究首次通过单细胞RNA测序技术发现了一种新型的小胶质细胞亚型（CIAM），并揭示了Cd74在其中的核心作用	本研究的局限性在于仅使用了大鼠模型，尚未在人类中验证这些发现	研究微胶质细胞在血管性痴呆中的新型亚型及其在神经炎症中的作用	微胶质细胞及其在慢性脑低灌注模型中的变化	数字病理学	老年病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了慢性脑低灌注大鼠模型，并通过磁激活细胞分选技术分离微胶质细胞
176	2024-12-24	A scalable approach to topic modelling in single-cell data by approximate pseudobulk projection 2024-Oct, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202402713 PMID:39107066	研究论文	本文提出了一种可扩展的方法ASAP，用于单细胞数据中的主题建模，通过近似伪批量投影来减少计算资源需求	ASAP方法比现有方法更准确，且计算时间大幅减少，内存消耗更低	NA	开发一种适用于单细胞RNA-seq数据分析的可扩展主题建模方法	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	主题模型	基因表达数据	大量单细胞
177	2024-12-21	Does the brain make prolactin? 2024-10, Journal of neuroendocrinology IF:3.3Q2 DOI:10.1111/jne.13432 PMID:39041379	综述	本文综述了关于脑内是否产生催乳素的研究证据	本文通过分析不同抗体和高度敏感的扩增技术检测到的催乳素免疫反应性，提出了对脑内催乳素产生可能性的质疑	证据不一致且变异性大，高度敏感的检测技术可能导致假阳性结果，且现代原位杂交和单细胞RNA测序未能提供支持证据	评估脑内催乳素产生的证据	催乳素及其受体在脑内的表达和功能	NA	NA	原位杂交、单细胞RNA测序	NA	mRNA	NA
178	2024-12-21	Laminin Beta 2 Is Localized at the Sites of Blood-Brain Barrier and Its Disruption Is Associated With Increased Vascular Permeability, Histochemical, and Transcriptomic Study 2024-10, The journal of histochemistry and cytochemistry : official journal of the Histochemistry Society DOI:10.1369/00221554241281896 PMID:39340425	研究论文	本文研究了层粘连蛋白β2在血脑屏障中的定位及其破坏与血管通透性增加的关系	首次通过组织化学和转录组学研究，揭示了层粘连蛋白β2在血脑屏障中的定位及其在不同病理条件下的表达变化	研究主要集中在高级别胶质瘤中的血管生成，未涵盖其他类型的脑部疾病	探讨层粘连蛋白β2在血脑屏障中的作用及其在脑部病理中的变化	层粘连蛋白β2及其在血脑屏障中的定位和表达	数字病理学	脑部疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及正常脑组织和高级别胶质瘤的微血管样本
179	2024-12-20	Mechanisms of Berberine in anti-pancreatic ductal adenocarcinoma revealed by integrated multi-omics profiling 2024-10-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-74943-y PMID:39358545	研究论文	本研究通过整合药理学数据库与bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，揭示了小檗碱在抗胰腺导管腺癌中的潜在机制	首次通过多组学分析揭示了小檗碱在胰腺导管腺癌中的潜在抗肿瘤机制，并识别了关键的药物靶点和免疫调节作用	研究主要基于体外数据和计算分析，缺乏体内实验验证	揭示小檗碱在抗胰腺导管腺癌中的潜在机制	小檗碱在胰腺导管腺癌中的作用机制及潜在靶点	NA	胰腺癌	RNA-seq, scRNA-seq	PPI网络	基因表达数据	NA
180	2024-12-20	Intestinal Tuft Cells Are Enriched With Protocadherins 2024-10, The journal of histochemistry and cytochemistry : official journal of the Histochemistry Society DOI:10.1369/00221554241287267 PMID:39360911	研究论文	研究揭示了肠绒毛细胞中富含原钙粘蛋白（protocadherins），并探讨了其在细胞微绒毛组织中的作用	首次发现原钙粘蛋白在肠绒毛细胞中的富集，并证明了其在小鼠和人类肠绒毛细胞中的关键作用	研究主要集中在小鼠和人类的小肠和结肠样本，未涵盖其他器官或物种	探讨肠绒毛细胞的结构和功能，特别是微绒毛组织的调控机制	肠绒毛细胞及其中的原钙粘蛋白	NA	NA	免疫染色和单细胞RNA测序	NA	组织样本和RNA序列	小鼠和人类的肠组织样本