单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 668 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2024-11-02 |
Integrating machine learning and single-cell transcriptomic analysis to identify potential biomarkers and analyze immune features of ischemic stroke
2024-10-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-77495-3
PMID:39478056
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研究论文 | 本研究利用机器学习和单细胞转录组测序分析，揭示缺血性中风的新型生物标志物及其免疫特征 | 通过整合机器学习和单细胞转录组测序分析，揭示了缺血性中风的新型生物标志物和免疫特征 | NA | 揭示缺血性中风的生物标志物和免疫特征，为治疗策略提供新见解 | 缺血性中风的生物标志物和免疫特征 | 机器学习 | 中风 | 单细胞转录组测序（scRNA-seq） | 机器学习算法 | 基因表达数据 | NA |
| 162 | 2024-11-02 |
The G protein-coupled receptor ADGRG6 maintains mouse growth plate homeostasis through IHH signaling
2024-Oct-29, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/jbmr/zjae144
PMID:39236220
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研究论文 | 研究ADGRG6/GPR126在维持小鼠生长板稳态中的作用及其通过IHH信号通路的机制 | 揭示了ADGRG6在维持小鼠生长板稳态中的关键作用，特别是通过调节PTHrP/IHH信号通路来影响软骨细胞的增殖和肥大分化 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证其相关性 | 探讨ADGRG6在维持小鼠生长板稳态中的作用及其分子机制 | 小鼠生长板中的软骨细胞和骨软骨前体细胞 | NA | NA | 分子遗传学和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 使用甲醛固定石蜡包埋的组织样本进行研究 |
| 163 | 2024-11-02 |
Application and new findings of scRNA-seq and ST-seq in prostate cancer
2024-Oct-29, Cell regeneration (London, England)
DOI:10.1186/s13619-024-00206-w
PMID:39470950
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综述 | 本文综述了scRNA-seq和ST-seq技术在前列腺癌研究中的应用和新发现 | 介绍了scRNA-seq和ST-seq技术在揭示前列腺癌及其微环境异质性和功能变化方面的突破 | NA | 探讨前列腺癌发病机制和疾病进展，为诊断和治疗提供参考 | 前列腺癌及其微环境 | 数字病理学 | 前列腺癌 | scRNA-seq, ST-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 164 | 2024-11-02 |
Integrative spatial and genomic analysis of tumor heterogeneity with Tumoroscope
2024-Oct-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53374-3
PMID:39472583
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研究论文 | 本文提出了Tumoroscope，一种概率模型，通过整合病理图像、全外显子测序和空间转录组数据，以接近单细胞分辨率准确推断癌症克隆及其定位 | Tumoroscope是首个能够直接基于体细胞点突变在肿瘤组织中映射克隆的技术，并明确解决了空间转录组学点中克隆比例的去卷积问题 | NA | 研究肿瘤的空间和基因组异质性对癌症进展、治疗和生存的影响 | 前列腺癌和乳腺癌数据集中的肿瘤克隆及其空间模式 | 数字病理 | 前列腺癌 | 全外显子测序 | 概率模型 | 图像、基因组数据、转录组数据 | 前列腺癌和乳腺癌数据集 |
| 165 | 2024-11-02 |
A method for in silico exploration of potential glioblastoma multiforme attractors using single-cell RNA sequencing
2024-10-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-74985-2
PMID:39472601
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研究论文 | 本文提出了一种利用单细胞RNA测序数据寻找潜在癌症吸引子的方法，并在胶质母细胞瘤数据集中进行了测试 | 本文创新性地使用癌症吸引子概念解释胶质母细胞瘤的异质性，并通过构建基因调控网络和参数估计框架来探索潜在的吸引子 | 本文的方法主要在胶质母细胞瘤数据集中进行了测试，其通用性在其他类型癌症中的表现尚未充分验证 | 研究胶质母细胞瘤的潜在吸引子，并探索其在癌症动力学模拟和治疗靶点研究中的应用 | 胶质母细胞瘤的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 基因调控网络 | 基因表达数据 | NA |
| 166 | 2024-11-02 |
Alteration of the metabolite interconversion enzyme in sperm and Sertoli cell of non-obstructive azoospermia: a microarray data and in-silico analysis
2024-10-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-77875-9
PMID:39472682
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研究论文 | 研究非阻塞性无精子症患者精子和小管细胞中代谢物相互转化酶的基因表达模式 | 使用微阵列和生物信息学技术分析了2912个编码代谢物相互转化酶的基因，并预测了这些蛋白质的功能和分子相互作用，识别出关键的枢纽基因 | NA | 探讨非阻塞性无精子症患者睾丸细胞中代谢物相互转化酶的基因表达模式，以理解其分子机制 | 非阻塞性无精子症患者的精子和小管细胞 | NA | NA | 微阵列分析，生物信息学 | NA | 基因表达数据 | 2912个基因，3个非阻塞性无精子症患者的小管细胞样本 |
| 167 | 2024-11-02 |
HTS and scRNA-seq revealed that the location and RSS quality of the mammalian TRBV and TRBJ genes impact biased rearrangement
2024-Oct-29, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10887-x
PMID:39472808
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研究论文 | 研究探讨了哺乳动物TRBV和TRBJ基因的位置和RSS质量对偏倚重排的影响 | 首次通过单细胞RNA测序和高通量测序揭示了TRBV和TRBJ基因的位置和RSS质量对V(D)J重排频率的影响 | 尚未完全阐明具体的调控机制和效率 | 研究V(D)J重排的机制和效率 | 哺乳动物TRBV和TRBJ基因的位置和RSS质量 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和高通量测序 (HTS) | NA | RNA序列 | 包括灵长类（人类和猕猴）、啮齿类（BALB/c、C57BL/6和昆明小鼠）、偶蹄类（水牛）和翼手类（Rhinolophus affinis）等多个物种 |
| 168 | 2024-11-02 |
A tumorigenicity evaluation platform for cell therapies based on brain organoids
2024-Oct-29, Translational neurodegeneration
IF:10.8Q1
DOI:10.1186/s40035-024-00446-5
PMID:39472972
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于脑类器官的细胞治疗致瘤性评估平台 | 提出了使用脑类器官和胶质母细胞瘤样类器官模型来评估细胞治疗产品的致瘤性风险，相较于传统动物模型具有更高的检测敏感性 | NA | 评估脑类器官在细胞治疗致瘤性评估中的应用潜力 | 人多能干细胞（hPSCs）和从中衍生的中脑多巴胺（mDA）细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了来自人胚胎干细胞的中脑多巴胺细胞、hPSCs、混合细胞以及未成熟的中脑多巴胺细胞，并将其注射到脑类器官和NOD SCID小鼠中进行评估 |
| 169 | 2024-11-02 |
Cystic fibrosis-related diabetes is associated with reduced islet protein expression of GLP-1 receptor and perturbation of cell-specific transcriptional programs
2024-10-28, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-76722-1
PMID:39463434
|
研究论文 | 研究囊性纤维化相关糖尿病中GLP-1受体表达减少及其对细胞特异性转录程序的影响 | 首次揭示了囊性纤维化相关糖尿病中GLP-1受体蛋白表达减少，并发现α和β细胞特异性通路的失调 | 研究仅基于免疫组化和空间转录组学数据，缺乏功能验证实验 | 探讨囊性纤维化相关糖尿病中胰腺病理机制，寻找改善治疗方法 | 囊性纤维化相关糖尿病患者的胰腺组织 | NA | 囊性纤维化 | 免疫组化、空间转录组学 | NA | 组织 | 囊性纤维化相关糖尿病患者与非囊性纤维化/非糖尿病患者的胰腺组织 |
| 170 | 2024-11-02 |
Human Anti-Glycan Reactivity is Driven by the Selection of B cells Utilizing Private Antibody Gene Rearrangements that are Affinity Maturated in Germinal Centers
2024-Oct-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.15.618486
PMID:39464096
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研究论文 | 研究分析了人类抗糖抗体的B细胞受体库，揭示了抗糖反应的驱动机制 | 首次结合BCR受体克隆与表达以及单细胞转录组学分析，探讨了抗N-乙酰-D-氨基葡萄糖(GlcNAc)抗体的B细胞库及其免疫进化 | NA | 探讨人类抗糖抗体反应的驱动机制及其在早期儿童时期的亲和力成熟过程 | 抗N-乙酰-D-氨基葡萄糖(GlcNAc)抗体的B细胞库 | 免疫学 | NA | BCR受体克隆与表达、单细胞转录组学 | NA | 转录组 | 人类队列中的B细胞 |
| 171 | 2024-11-02 |
Characterization of Cancer Stem Cells in Laryngeal Squamous Cell Carcinoma by Single-cell RNA Sequencing
2024-Oct-15, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae056
PMID:39107908
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术，全面表征喉鳞状细胞癌中的癌症干细胞 | 首次在单细胞水平上全面表征喉鳞状细胞癌中的癌症干细胞特性 | 研究样本仅限于三名患者，可能影响结果的普适性 | 识别喉鳞状细胞癌中的癌症干细胞及其分子机制 | 喉鳞状细胞癌中的癌症干细胞 | 数字病理学 | 喉癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 三名喉鳞状细胞癌患者的匹配原发肿瘤组织、癌旁组织和局部淋巴结 |
| 172 | 2024-11-02 |
ADAMTS7 Promotes Smooth Muscle Foam Cell Expansion in Atherosclerosis
2024-Oct-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.26.582156
PMID:38463994
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研究论文 | 研究探讨了ADAMTS7在动脉粥样硬化中促进平滑肌泡沫细胞扩张的机制 | 首次揭示了ADAMTS7在平滑肌细胞和内皮细胞中表达，并通过增加PU.1和CD36表达促进氧化低密度脂蛋白摄取，从而促进泡沫细胞形成和动脉粥样硬化 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨ADAMTS7在动脉粥样硬化中的细胞特异性机制 | ADAMTS7在平滑肌细胞和内皮细胞中的表达及其对动脉粥样硬化的影响 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 173 | 2024-11-02 |
Unraveling the role of low-density lipoprotein-related genes in lung adenocarcinoma: Insights into tumor microenvironment and clinical prognosis
2024-Oct, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24230
PMID:38488684
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研究论文 | 研究探讨了低密度脂蛋白相关基因在肺腺癌中的作用及其对肿瘤微环境和临床预后的影响 | 首次系统地研究了低密度脂蛋白相关基因在肺腺癌中的作用，并开发了一种新的低密度脂蛋白相关签名用于预后评估 | 研究主要基于单细胞转录组数据，可能无法全面反映所有相关基因的表达情况 | 揭示低密度脂蛋白相关基因在肺腺癌中的功能及其对肿瘤微环境和临床预后的影响 | 低密度脂蛋白相关基因在肺腺癌中的表达模式及其与肿瘤微环境和临床预后的关系 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组学 | 机器学习 | 转录组数据 | NA |
| 174 | 2024-10-30 |
ncPlantDB: a plant ncRNA database with potential ncPEP information and cell type-specific interaction
2024-Oct-29, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae1017
PMID:39470718
|
研究论文 | 介绍了一个名为ncPlantDB的综合数据库，整合了43种植物的ncRNA和ncPEP数据，并提供了细胞类型特异性交互信息 | ncPlantDB是首个全面整合植物ncRNA和ncPEP数据的数据库，提供了细胞特异性交互网络和可视化工具 | NA | 填补现有植物ncRNA数据库在ncPEP信息和细胞类型特异性交互方面的不足 | 植物ncRNA及其编码的ncPEP | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序和Ribo-seq分析 | NA | ncRNA和ncPEP数据 | 43种植物，包含353140个ncRNA和3799个ncPEP |
| 175 | 2024-10-30 |
scLTdb: a comprehensive single-cell lineage tracing database
2024-Oct-29, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae913
PMID:39470724
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为scLTdb的综合单细胞谱系追踪数据库 | 首次提供了一个全面的单细胞谱系追踪数据库，包含109个经过手动筛选和标准流程分析的数据集 | NA | 开发一个综合的单细胞谱系追踪数据库，以促进对细胞命运决定和谱系承诺的理解 | 单细胞谱系追踪数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞数据 | 109个数据集 |
| 176 | 2024-10-30 |
LnCeCell 2.0: an updated resource for lncRNA-associated ceRNA networks and web tools based on single-cell and spatial transcriptomics sequencing data
2024-Oct-29, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae947
PMID:39470723
|
研究论文 | 本文介绍了LnCeCell 2.0，一个基于单细胞和空间转录组测序数据的lncRNA相关ceRNA网络和网络工具的更新资源 | LnCeCell 2.0数据库在数据量和功能上进行了显著扩展和改进，包括增加了257个单细胞RNA测序和stRNA-seq数据集，836,581个细胞特异性和空间点特异的ceRNA相互作用和功能网络，以及15,489个实验支持的lncRNA生物标志物 | NA | 开发和更新一个资源，用于研究基于单细胞和空间转录组测序数据的lncRNA相关ceRNA网络 | lncRNA相关ceRNA网络及其在疾病病理、诊断和治疗中的作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序和空间转录组测序(stRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 257个单细胞RNA测序和stRNA-seq数据集，涉及86种疾病/表型和80种人类正常组织，以及20,326名癌症患者的临床信息 |
| 177 | 2024-10-30 |
IRescue: uncertainty-aware quantification of transposable elements expression at single cell level
2024-Oct-28, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae793
PMID:39271103
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为IRescue的软件，用于在单细胞水平上量化转座元件的表达 | IRescue软件结合了独特的UMI去重算法和期望最大化过程，有效纠正测序错误并重新分配多重映射读数的计数 | NA | 研究转座元件在不同组织中的细胞多样性及其在疾病进展中的潜在作用 | 转座元件在单细胞水平上的表达 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 包括来自人类结直肠癌、脑部、皮肤老化和SARS-CoV-2感染及恢复期间的PBMCs的单细胞和细胞核RNA-seq数据 |
| 178 | 2024-10-30 |
Non-glycanated ΔDCN isoform in muscle invasive bladder cancer mediates cancer stemness and gemcitabine resistance
2024-Oct-28, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-024-00998-8
PMID:39466536
|
研究论文 | 研究了非糖基化ΔDCN异构体在肌肉浸润性膀胱癌中的作用及其对癌症干细胞和吉西他滨耐药性的影响 | 首次揭示了非糖基化ΔDCN异构体在膀胱癌干细胞中的存在及其对癌症干细胞特性和吉西他滨化疗耐药性的影响 | 研究主要基于体外和体内实验，缺乏临床试验数据支持 | 探讨DCN在肌肉浸润性膀胱癌中的调控作用及其对膀胱癌干细胞的影响机制 | 膀胱癌干细胞和肌肉浸润性膀胱癌 | 数字病理学 | 膀胱癌 | scRNA-seq、流式细胞术、CCK8和Sphere形成实验 | NA | 基因表达数据、临床病理特征和生存数据 | 来自TCGA和GEO的数据，包括临床组织样本和膀胱癌细胞系 |
| 179 | 2024-10-30 |
scSwinTNet: A Cell Type Annotation Method for Large-Scale Single-Cell RNA-Seq Data Based on Shifted Window Attention
2024-Oct-28, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2024.3487174
PMID:39466872
|
研究论文 | 提出了一种基于移位窗口注意力机制的单细胞RNA测序数据细胞类型注释方法scSwinTNet | 首次使用预训练的移位窗口注意力模型对单细胞RNA测序数据进行细胞类型注释，无需先验知识且无需手动注释 | NA | 提高单细胞RNA测序数据细胞类型注释的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 移位窗口注意力模型 | 基因数据 | 399,760个来自人和小鼠组织的细胞 |
| 180 | 2024-10-30 |
Impact of potential biomarkers, SNRPE, COX7C, and RPS27, on idiopathic Parkinson's disease
2024-Oct-28, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-024-01591-x
PMID:39467967
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研究论文 | 研究探讨了SNRPE、COX7C和RPS27基因在特发性帕金森病中的潜在生物标志物作用 | 首次通过生物信息学方法分析了全血样本中的差异表达基因和通路，并构建了蛋白质-蛋白质相互作用网络，识别出可能影响特发性帕金森病的枢纽基因 | 研究仅基于全血样本，未涉及其他组织或细胞类型 | 识别适用于特发性帕金森病的关键基因和分子机制 | 特发性帕金森病患者全血样本中的差异表达基因和通路 | NA | 帕金森病 | 基因表达分析、基因本体论分析、京都基因与基因组百科全书通路分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络构建、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、甲基化数据、微小RNA表达数据 | 特发性帕金森病患者全血样本 |