单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-02-06	Overcoming barriers to single-cell RNA sequencing adoption in low- and middle-income countries 2024-Oct, European journal of human genetics : EJHG IF:3.7Q2 DOI:10.1038/s41431-024-01564-4 PMID:38565638	评论	本文讨论了在低收入和中等收入国家（LMICs）中采用单细胞RNA测序技术的障碍及其克服方法	强调了在基因组和单细胞转录组研究中实现祖先包容性的重要性，并提出了在LMICs中建立、扩展和采用单细胞测序研究的合作努力	未具体提及研究的局限性	探讨如何在低收入和中等收入国家中克服单细胞RNA测序技术的采用障碍	低收入和中等收入国家的研究人员和捐赠者	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
142	2025-02-05	Novel insights into the heterogeneity of FOXP3 + Treg cells in drug-induced allergic reactions through single-cell transcriptomics 2024-10, Immunologic research IF:3.3Q3 DOI:10.1007/s12026-024-09509-1 PMID:39073709	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了FOXP3+调节性T细胞（Treg）在药物诱导的过敏反应中的异质性及其关键免疫调节作用	首次揭示了FOXP3+ Treg细胞在药物诱导过敏反应中的转录组异质性，并发现FOXP3过表达可减轻过敏反应	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探究FOXP3+ Treg细胞在药物诱导过敏反应中的异质性及其免疫调节作用	FOXP3+ Treg细胞	免疫学	过敏反应	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、CRISPR/Cas9基因编辑	小鼠模型	转录组数据	NA
143	2025-02-05	Integration of single-cell and bulk RNA sequencing revealed immune heterogeneity and its association with disease activity in rheumatoid arthritis patients 2024-10, Immunologic research IF:3.3Q3 DOI:10.1007/s12026-024-09513-5 PMID:39009881	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序技术，揭示了类风湿性关节炎患者免疫异质性及其与疾病活动性的关联	首次整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了类风湿性关节炎患者中特定免疫细胞群与临床特征之间的关联	研究主要基于外周血和滑液样本，可能无法全面反映所有类风湿性关节炎患者的免疫状态	探究类风湿性关节炎患者的免疫环境及其与临床特征的关系	类风湿性关节炎患者的外周血单核细胞和滑液样本	生物信息学	类风湿性关节炎	单细胞转录组测序, T细胞受体测序, 批量RNA测序	NA	RNA测序数据	两个大型队列的批量RNA测序数据及类风湿性关节炎患者的外周血和滑液样本
144	2025-02-05	T cell receptor clonotype in tumor microenvironment contributes to intratumoral signaling network in patients with colorectal cancer 2024-10, Immunologic research IF:3.3Q3 DOI:10.1007/s12026-024-09478-5 PMID:39112913	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了结直肠癌（CRC）中的基因表达和免疫特征，揭示了肿瘤微环境中T细胞受体克隆型的动态变化及其与免疫激活的关联	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析结直肠癌中T细胞受体克隆型的动态变化及其与免疫细胞信号网络的相互作用	样本量较小（30对CRC和正常组织），可能限制了结果的普适性	研究结直肠癌中基因表达和免疫特征，特别是T细胞受体克隆型在肿瘤微环境中的作用	结直肠癌患者及其匹配的正常组织	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞基因表达数据和T细胞受体序列数据	30对结直肠癌和正常组织样本
145	2024-11-20	Long non-coding RNA H19X as a regulator of mononuclear cell adhesion to the endothelium in systemic sclerosis 2024-10-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae034 PMID:38305495	研究论文	研究H19X长非编码RNA在系统性硬化症血管病变中作为内皮细胞粘附分子表达调节因子的功能	首次揭示了H19X长非编码RNA在系统性硬化症血管病变中作为内皮细胞粘附分子表达的调节因子	研究主要集中在体外实验，缺乏体内实验验证	探讨H19X长非编码RNA在系统性硬化症血管病变中的功能	H19X长非编码RNA、内皮细胞、系统性硬化症患者皮肤活检	数字病理学	系统性硬化症	单细胞RNA测序、实时定量PCR、蛋白质印迹、ELISA	NA	RNA	系统性硬化症患者和健康对照者的内皮细胞
146	2025-02-02	Single-cell sequencing has revealed a more complex array of thymic epithelial cells 2024-10, Immunology letters IF:3.3Q3 DOI:10.1016/j.imlet.2024.106904 PMID:39117004	综述	本文综述了单细胞测序在揭示胸腺上皮细胞分类中的最新见解，包括正常和肿瘤胸腺中的细胞类型	利用单细胞测序技术揭示了胸腺上皮细胞的更复杂分类，特别是在正常和肿瘤胸腺中的细胞类型	NA	探讨单细胞测序在胸腺上皮细胞分类中的应用	胸腺上皮细胞	单细胞测序	NA	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
147	2025-02-01	Spatial resolution of the head and neck cancer tumor microenvironment to identify tumor and stromal features associated with therapy response 2024-10, Immunology and cell biology IF:3.2Q3 DOI:10.1111/imcb.12811 PMID:39048134	研究论文	本研究通过空间转录组学和蛋白质组学技术，解析头颈癌肿瘤微环境中的特征，以识别与治疗反应相关的肿瘤和基质特征	首次结合NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler和Akoya PhenoCycler-Fusion技术，对头颈癌肿瘤微环境进行高精度空间转录组和蛋白质组分析，揭示了与免疫治疗反应相关的生物标志物	样本量较小，仅包含12名患者的25个肿瘤核心，可能限制结果的普适性	识别头颈癌肿瘤微环境中与免疫治疗反应相关的生物标志物	头颈癌患者的肿瘤微环境	数字病理学	头颈癌	NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler, Akoya PhenoCycler-Fusion	NA	转录组数据, 蛋白质组数据	12名患者的25个肿瘤核心
148	2025-01-30	The evolution of ovarian somatic cells characterized by transcriptome and chromatin accessibility across rodents, monkeys, and humans 2024-Oct, Life medicine DOI:10.1093/lifemedi/lnae028 PMID:39872443	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组和染色质可及性分析，揭示了人类、猴子、小鼠、大鼠和兔子卵巢在进化过程中的保守性和差异性	首次通过单细胞转录组和染色质可及性联合分析，揭示了卵巢细胞在进化过程中的分子机制变化，并发现了跨物种的共同调控架构	研究主要依赖于非人类模型生物，可能无法完全反映人类卵巢的复杂性	研究卵巢细胞在进化过程中的分子机制变化，以理解人类卵巢生理和疾病	人类、猴子、小鼠、大鼠和兔子的卵巢细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据	人类、猴子、小鼠、大鼠和兔子的卵巢细胞样本
149	2024-10-28	Metabolic Reprogramming Induced by Aging Modifies the Tumor Microenvironment 2024-10-17, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13201721 PMID:39451239	研究论文	研究了衰老引起的代谢重编程如何影响肿瘤微环境（TME）以促进肿瘤发生	利用MMPC方法分析了衰老相关癌症类型的代谢可塑性事件，揭示了衰老相关代谢重编程对肿瘤微环境的影响	NA	探讨衰老与代谢重编程之间的相互作用如何影响肿瘤微环境	衰老相关癌症类型的代谢可塑性事件	生物信息学	癌症	RNA测序	MMPC（Modeling Metabolic Plasticity by Pathway Pairwise Comparison）	RNA-seq数据	17种衰老相关癌症类型的批量RNA-seq数据和单细胞RNA-seq数据
150	2024-10-28	Podoplanin Expression in Early-Stage Colorectal Cancer-Associated Fibroblasts and Its Utility as a Diagnostic Marker for Colorectal Lesions 2024-10-11, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13201682 PMID:39451200	研究论文	研究了早期结直肠癌相关成纤维细胞中Podoplanin的表达及其作为诊断标志物的潜力	首次详细研究了早期结直肠癌中Podoplanin阳性成纤维细胞的来源和功能	研究仅限于免疫组化和单细胞RNA测序，未涉及临床验证	探讨Podoplanin在早期结直肠癌相关成纤维细胞中的表达及其作为诊断标志物的潜力	早期结直肠癌、腺瘤、神经内分泌肿瘤及其正常邻近组织和非肿瘤性结直肠病变	数字病理学	结直肠癌	免疫组化、单细胞RNA测序	NA	组织样本	涉及多种类型的结直肠病变样本
151	2025-01-25	NBAtlas: A harmonized single-cell transcriptomic reference atlas of human neuroblastoma tumors 2024-10-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114804 PMID:39368085	研究论文	本文介绍了一个名为NBAtlas的协调单细胞转录组参考图谱，该图谱整合了七个单细胞或单核数据集，涵盖了61名患者的362,991个细胞，用于解析神经母细胞瘤的转录景观	通过整合多个单细胞转录组数据集，创建了一个覆盖广泛样本的协调细胞图谱，揭示了神经母细胞瘤的转录组特征与临床结果之间的关联，并展示了其在数据驱动细胞类型注释中的实用性	尽管整合了多个数据集，但样本量仍然相对较小，可能限制了某些结论的普适性	解析神经母细胞瘤的转录景观，揭示其与临床结果的关联，并展示该图谱在细胞类型注释中的应用	神经母细胞瘤患者样本	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	61名患者的362,991个细胞
152	2025-01-25	PD-L1 restrains PD-1+Nrp1lo Treg cells to suppress inflammation-driven colorectal tumorigenesis 2024-10-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114819 PMID:39368087	研究论文	本文研究了PD-L1在调节T细胞功能中的作用，特别是在结直肠癌的炎症驱动肿瘤发生中的作用	揭示了PD-L1通过抑制PD-1+Nrp1lo Treg细胞和IL-6中性粒细胞来维持CTL激活，从而控制炎症驱动的结直肠肿瘤发生的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨PD-L1在结直肠癌炎症驱动肿瘤发生中的调节作用	小鼠模型中的T细胞、PD-1+Nrp1lo Treg细胞和IL-6中性粒细胞	免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
153	2025-01-25	Persistent bone marrow hemozoin accumulation confers a survival advantage against bacterial infection via cell-intrinsic Myd88 signaling 2024-10-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114850 PMID:39392758	研究论文	本文探讨了疟疾中血色素（Hz）在骨髓中的持续沉积如何通过细胞内在的MyD88信号通路增强对细菌感染的生存优势	揭示了血色素通过细胞内在的MyD88依赖途径，增加粒细胞-巨噬细胞祖细胞中转录因子的染色质可及性，从而增强单核细胞的杀菌能力	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证	研究疟疾中血色素沉积对免疫反应和细菌感染抵抗力的影响	小鼠骨髓中的血色素沉积及其对免疫细胞的影响	免疫学	疟疾	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	疟疾恢复后的小鼠单核细胞
154	2025-01-25	Notch signaling regulates macrophage-mediated inflammation in metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease 2024-10-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.08.016 PMID:39317200	研究论文	本文探讨了Notch信号在代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD/MASH）中调控巨噬细胞介导的炎症的作用	揭示了Notch-RBPJ信号通路在单核细胞向巨噬细胞转变中的关键作用，并发现Rbpj缺陷可抑制炎症性巨噬细胞和单核细胞衍生的Kupffer细胞分化，同时促进保护性Ly6C单核细胞的出现	MASLD/MASH中巨噬细胞分化和功能的机制仍大多未知	研究Notch信号在代谢功能障碍相关脂肪性肝病中调控巨噬细胞介导炎症的机制	肝脏巨噬细胞群体，包括常驻Kupffer细胞（KCs）和单核细胞衍生的巨噬细胞	生物医学	代谢功能障碍相关脂肪性肝病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和命运映射	NA	RNA测序数据	NA
155	2025-01-25	CD4+ T cells reactive to a hybrid peptide from insulin-chromogranin A adopt a distinct effector fate and are pathogenic in autoimmune diabetes 2024-10-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.07.024 PMID:39214091	研究论文	本文研究了在非肥胖糖尿病（NOD）小鼠中，CD4+ T细胞对胰岛素衍生表位的反应动态和致病性，揭示了胰岛抗原特异性T细胞的多样性和XCR1树突状细胞在其激活中的作用	首次揭示了InsC-ChgA特异性CD4 T细胞在糖尿病中的独特致病性，并展示了抗InsC-ChgA:IAg7抗体预防自发性糖尿病的潜力	研究仅限于NOD小鼠模型，未在人类中进行验证	探讨CD4+ T细胞对胰岛素衍生表位的反应在自身免疫性糖尿病中的作用	非肥胖糖尿病（NOD）小鼠的CD4+ T细胞	免疫学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NOD小鼠的胰腺CD4+ T细胞
156	2025-01-24	Comparative analysis of rhesus macaque and human placental organoids highlights evolutionary differences in placentation 2024-Oct-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.11.617873 PMID:39416122	研究论文	本研究通过比较恒河猴和人类胎盘类器官，揭示了胎盘在进化过程中的差异	开发了恒河猴胎盘类器官模型，并首次进行了恒河猴与人类胎盘类器官的单细胞RNA测序比较分析	研究主要关注恒河猴和人类，未涉及其他灵长类动物，可能限制了进化差异的全面理解	探索恒河猴与人类胎盘在基因表达和细胞分化轨迹上的异同	恒河猴和人类的胎盘类器官	生物医学	NA	单细胞RNA测序	类器官模型	RNA测序数据	恒河猴和人类胎盘类器官样本
157	2025-01-24	Unveiling contact-mediated cellular crosstalk 2024-Oct, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2024.05.010 PMID:38906738	综述	本文探讨了细胞间相互作用在复杂生物功能中的作用及其在疾病状态中的影响，并介绍了单细胞测序、空间转录组学等新技术在理解细胞间通讯中的应用	结合单细胞测序、空间转录组学和生物工程技术，提供了对细胞间通讯影响的深入理解，并开发了计算方法来解析细胞接触如何调控细胞反应	NA	探索细胞间相互作用在生物过程中的调控机制及其在疾病中的作用	细胞间相互作用及其对基因表达和细胞反应的影响	生物信息学	NA	单细胞测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
158	2025-01-22	An Integrative Approach to Precision Pre-implantation Genetic Diagnosis by Investigating Single-cell Sequencing, Polygenic Risk Assessment, Artificial Intelligence-guided Embryo Selection and Genome Editing in Embryos with COL4A1 c.1537G>A Mutation 2024 Oct-Dec, Journal of human reproductive sciences DOI:10.4103/jhrs.jhrs_145_24 PMID:39831092	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
159	2025-01-22	Association between premature vascular smooth muscle cells senescence and vascular inflammation in Takayasu's arteritis 2024-Oct-21, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2024-225630 PMID:38816066	研究论文	本研究探讨了Takayasu动脉炎（TAK）中血管平滑肌细胞（VSMCs）早衰与血管炎症之间的关联	首次揭示了IL-6通过非经典线粒体定位的磷酸化STAT3（Tyr705）防止MFN2蛋白降解，从而促进VSMCs早衰的机制	研究主要基于体外和离体实验，需要进一步在体内模型中验证	研究TAK中VSMCs早衰是否参与血管炎症及其机制	Takayasu动脉炎患者的血管手术样本	NA	心血管疾病	组织学检查、bulk RNA-Seq、单细胞RNA-seq	NA	RNA序列数据	TAK患者的血管手术样本
160	2025-01-22	Single-cell transcriptomics reveal potent extrafollicular B cell response linked with granzyme K+ CD8 T cell activation in lupus kidney 2024-Oct-17, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2024-225876 PMID:39419536	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了狼疮性肾炎患者肾脏中B细胞和T细胞的适应性免疫景观，特别是与GZMK+ CD8 T细胞激活相关的B细胞反应	首次在单细胞水平上揭示了狼疮性肾炎患者肾脏中B细胞和T细胞的适应性免疫景观，特别是发现了与GZMK+ CD8 T细胞激活相关的B细胞反应	研究样本量有限，且仅针对活动性狼疮性肾炎患者，未涉及其他类型的肾炎或疾病阶段	探索活动性狼疮性肾炎患者肾脏中B细胞和T细胞的适应性免疫景观	活动性狼疮性肾炎患者的肾脏和配对的外周血样本	数字病理学	狼疮性肾炎	单细胞RNA测序、B细胞受体（BCR）测序、T细胞受体（TCR）测序、流式细胞术、转座酶可及性测序、多重免疫组化	NA	单细胞转录组数据、BCR/TCR序列数据	活动性狼疮性肾炎患者的肾脏和配对的外周血样本，以及匹配的对照组的外周血样本