单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2024-11-20	Identifying a CD8T cell signature in the tumor microenvironment to forecast gastric cancer outcomes from sequencing data 2024-Oct-31, Journal of gastrointestinal oncology IF:2.0Q3 DOI:10.21037/jgo-24-603 PMID:39554559	研究论文	研究通过分析肿瘤微环境中CD8T细胞相关基因，预测胃癌患者的预后	首次利用CD8T细胞相关基因构建胃癌预后预测模型	研究仅基于TCGA数据库的数据，样本量有限	探索肿瘤微环境中CD8T细胞相关基因在胃癌预后预测中的作用	胃癌患者的肿瘤微环境及CD8T细胞相关基因	数字病理学	胃癌	单细胞mRNA测序	Cox回归模型	基因数据	TCGA数据库中的胃癌患者数据
142	2024-11-20	Altered AP-1, RUNX and EGR chromatin dynamics drive fibrotic lung disease 2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.23.619858 PMID:39554071	研究论文	研究分析了系统性硬化症相关间质性肺病（SSc-ILD）和对照肺组织的单细胞多组学数据，揭示了AP-1、RUNX和EGR转录因子在驱动纤维化基因程序中的作用	开发了HALO算法，验证了AP-1、RUNX和EGR转录因子在控制纤维化基因程序中的活性，并建立了转录因子-调控元件-基因网络	NA	探讨转录因子在纤维化肺病中的调控机制	系统性硬化症相关间质性肺病（SSc-ILD）和对照肺组织中的成纤维细胞和巨噬细胞	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序（snRNA-seq）和单细胞ATAC测序（snATAC-seq）	神经网络工具ChromBPNet	基因组数据	系统性硬化症相关间质性肺病（SSc-ILD）和对照肺组织
143	2024-11-20	Landscape of immune cells in systematic lupus erythematosus patients with Epstein-Barr virus infection: assessed by single-cell sequencing 2024-10-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/kead673 PMID:38078808	研究论文	研究分析了系统性红斑狼疮患者在有无EB病毒感染情况下的免疫细胞和B细胞受体（BCR）谱，并通过单细胞RNA测序识别两者之间的差异	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析了系统性红斑狼疮患者在EB病毒感染前后的免疫细胞和BCR谱，揭示了CD8+增殖T细胞比例和IFN-α/β通路在感染组中的变化	样本量较小，仅包括两名健康对照，可能影响结果的普遍性	分析系统性红斑狼疮患者在EB病毒感染前后的免疫细胞和BCR谱，以更好地理解免疫反应机制	系统性红斑狼疮患者及其在EB病毒感染前后的免疫细胞和BCR谱	数字病理学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	共8名参与者，包括2名SLE-EBV+患者，4名SLE-EBV-患者和2名健康对照，共获得83,478个细胞
144	2024-11-20	Biallelic RXFP2 variants lead to congenital bilateral cryptorchidism and male infertility, supporting a role of RXFP2 in spermatogenesis 2024-10-01, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/deae195 PMID:39222519	研究论文	研究探讨了RXFP2基因的双等位变异如何导致先天性双侧隐睾和男性不育，并支持RXFP2在精子发生中的作用	首次在人类病例中证实RXFP2在精子发生成熟中的作用，并发现双等位变异导致男性不育	目前仅基于一个家庭的研究，需要更多病例验证	探讨RXFP2基因变异对男性生育能力的影响	RXFP2基因及其在精子发生中的作用	NA	男性不育	长读长测序、单细胞RNA测序、环AMP报告基因检测	NA	基因组数据、单细胞RNA测序数据	一个家庭中的两名男性成员
145	2024-11-20	Single-cell RNA sequencing reveals transcriptomic landscape and potential targets for human testicular ageing 2024-10-01, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/deae199 PMID:39241251	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了人类睾丸衰老的转录组图谱和潜在靶点	首次提供了年轻和老年人类睾丸的全面单细胞转录组图谱，并揭示了与睾丸衰老相关的分子机制和潜在治疗靶点	由于收集人类睾丸组织的困难，样本量有限，未来需要进一步的功能和机制研究	探讨人类睾丸衰老的分子基础和潜在治疗靶点	年轻和老年人类睾丸组织中的单细胞转录组	基因组学	男性生殖系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	6个年轻个体和6个老年个体的睾丸组织样本，以及10个年轻捐赠者和10个老年捐赠者的更大样本集
146	2024-11-20	The Inflammatory Characteristics of Symptomatic Glioma Associated With Poor Prognosis and Chemoresistance via Tumor Necrosis Factor Signaling Pathway 2024-Oct, Brain tumor research and treatment DOI:10.14791/btrt.2024.0035 PMID:39542520	研究论文	研究分析了有症状和无症状胶质瘤的分子和免疫微环境差异，发现有症状胶质瘤通过肿瘤坏死因子信号通路增强炎症反应，导致预后不良和化疗耐药	首次揭示了有症状胶质瘤通过肿瘤坏死因子信号通路增强炎症反应，导致预后不良和化疗耐药	研究为回顾性分析，样本量有限，需要进一步的前瞻性研究验证	探讨有症状和无症状胶质瘤的分子和免疫微环境差异及其对预后和化疗耐药的影响	有症状和无症状胶质瘤样本	数字病理学	脑肿瘤	RNA测序 (RNA-seq) 和单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA数据	TCGA和CGGA数据集中的胶质瘤样本
147	2024-11-19	VAPOR: Variational autoencoder with transport operators decouples co-occurring biological processes in development 2024-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.27.620534 PMID:39554007	研究论文	本文介绍了一种名为VAPOR的方法，通过变分自编码器与传输算子来解耦发育过程中同时发生的生物学过程	VAPOR方法能够将基因表达动态分解为多个子空间，每个子空间的动态由常微分方程模型控制，从而揭示不同生物学过程的多方面时间尺度	NA	开发一种新的计算方法来解耦发育过程中同时发生的生物学过程的基因表达动态	发育过程中的人类大脑单细胞RNA测序数据和空间转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	变分自编码器	基因表达数据	发育过程中的人类大脑单细胞RNA测序数据和空间转录组数据
148	2024-11-19	Integrative analyses of bulk and single-cell RNA-seq reveals the correlation between SPP1+ macrophages and resistance to neoadjuvant chemoimmunotherapy in esophageal squamous cell carcinoma 2024-Oct-05, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03848-6 PMID:39367943	研究论文	本研究通过整合bulk和单细胞RNA测序数据，揭示了SPP1+巨噬细胞与食管鳞状细胞癌患者对新辅助化疗免疫治疗抵抗之间的关联	首次通过单细胞RNA测序技术分析了食管鳞状细胞癌患者在接受新辅助化疗免疫治疗后的细胞异质性，并发现了SPP1+巨噬细胞在治疗抵抗中的关键作用	研究样本量较小，且仅基于公开数据集，未来需要更大规模的临床验证	探讨新辅助化疗免疫治疗在食管鳞状细胞癌中的疗效差异及其潜在机制	食管鳞状细胞癌患者在接受新辅助化疗免疫治疗后的细胞异质性及巨噬细胞的作用	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	32例接受手术的食管鳞状细胞癌患者
149	2024-11-19	NitraTh epitope-based neoantigen vaccines for effective tumor immunotherapy 2024-Oct-03, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03830-2 PMID:39358493	研究论文	介绍了一种基于NitraTh表位的肿瘤新抗原疫苗设计方法，该方法不依赖于计算预测CD4 T细胞表位，并在肝癌小鼠模型中显著抑制了肿瘤进展	提出了一种新的NitraTh表位，不依赖于计算预测CD4 T细胞表位，成功设计出能引发强烈新抗原特异性免疫反应的肿瘤新抗原疫苗	NA	开发一种有效的新抗原疫苗设计方法，用于肿瘤免疫治疗	肿瘤新抗原疫苗及其在肝癌小鼠模型中的效果	肿瘤免疫治疗	肝癌	单细胞测序	NA	NA	H22细胞异种移植和患者来源的异种移植（PDX）肝癌小鼠模型
150	2024-11-19	A random survival forest-based pathomics signature classifies immunotherapy prognosis and profiles TIME and genomics in ES-SCLC patients 2024-Oct-03, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03829-9 PMID:39358575	研究论文	本文构建了一个基于随机生存森林的病理组学特征模型，用于分类广泛期小细胞肺癌患者的免疫治疗预后，并探索其与基因组学和肿瘤免疫微环境的关系	首次利用随机生存森林模型结合病理组学特征来预测广泛期小细胞肺癌患者的免疫治疗预后，并揭示了其与基因组学和肿瘤免疫微环境的潜在关联	研究样本量有限，且仅限于南京金陵医院的患者，研究结果的普适性有待进一步验证	探索广泛期小细胞肺癌患者免疫治疗预后的可靠生物标志物	广泛期小细胞肺癌患者	数字病理学	肺癌	下一代测序	随机生存森林	图像	118名接受一线免疫治疗的广泛期小细胞肺癌患者
151	2024-11-18	Biologically informed machine learning modeling of immune cells to reveal physiological and pathological aging process 2024-Oct-24, Immunity & ageing : I & A IF:5.2Q1 DOI:10.1186/s12979-024-00479-4 PMID:39449067	研究论文	研究构建了首个涵盖人类生命周期的免疫细胞转录组图谱，并开发了一种新的生物年龄预测模型PHARE，用于揭示生理和病理衰老过程	首次构建了涵盖人类生命周期的免疫细胞转录组图谱，并开发了新的生物年龄预测模型PHARE	NA	揭示免疫细胞功能随年龄变化的过程，并为不同生命阶段的患者提供精准治疗	免疫细胞在不同年龄段的组成和功能变化	机器学习	冠状动脉疾病	scRNA-seq和bulk RNA-seq	PHARE模型	转录组数据	涵盖从新生儿到超级百岁老人的多个年龄段样本
152	2024-11-17	Integrating Microarray Data and Single-Cell RNA-Seq Reveals Key Gene Involved in Spermatogonia Stem Cell Aging 2024-Oct-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252111653 PMID:39519201	研究论文	本文通过整合微阵列数据和单细胞RNA测序，揭示了精原干细胞衰老过程中的关键基因	本文创新性地整合了微阵列数据和单细胞RNA测序，识别出精原干细胞特异性转录因子和枢纽基因，并提出了复杂的网络调控机制	由于样本量有限且缺乏精确的衰老指标，研究结果的普适性和准确性可能受到限制	揭示精原干细胞衰老过程中的关键基因及其调控机制，为解决男性不育问题提供新思路	精原干细胞及其衰老过程中的基因表达变化	基因组学	男性不育	微阵列分析、单细胞RNA测序、ATAC-seq、DNase-seq	NA	基因表达数据	三个不同精原干细胞的人类样本
153	2024-11-17	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Monocyte-Derived Interstitial Macrophages with a Pro-Fibrotic Phenotype in Bleomycin-Induced Pulmonary Fibrosis 2024-Oct-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252111669 PMID:39519222	研究论文	通过单细胞RNA测序研究了博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型中由单核细胞衍生的间质巨噬细胞的细胞异质性和发育轨迹	首次揭示了由单核细胞衍生的间质巨噬细胞在博来霉素诱导的肺纤维化中的促纤维化表型及其与成纤维细胞的相互作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨间质巨噬细胞在特发性肺纤维化发病机制中的作用	博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型中的间质巨噬细胞	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	博来霉素处理的小鼠肺组织
154	2024-11-17	Scm6A: A Fast and Low-cost Method for Quantifying m6A Modifications at the Single-cell Level 2024-Oct-15, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae039 PMID:39436235	研究论文	本文介绍了一种基于机器学习的单细胞m6A定量方法Scm6A，并通过实验验证了其高效性和可靠性	Scm6A是一种新颖的单细胞m6A定量方法，结合了m6A转录调控因子的表达水平和顺式序列特征，具有显著的预测效率和可靠性	NA	开发一种高效、低成本的单细胞m6A定量方法	单细胞m6A修饰的定量	机器学习	NA	m6A-seq	机器学习模型	RNA序列	外周血单核细胞(PBMCs)、CD4+和CD8+ T细胞、肺癌组织、COVID-19患者血液样本
155	2024-11-17	Dual targeting macrophages and microglia is a therapeutic vulnerability in models of PTEN-deficient glioblastoma 2024-Oct-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI178628 PMID:39352749	研究论文	研究探讨了在PTEN缺陷型胶质母细胞瘤中，通过双重靶向巨噬细胞和微胶质细胞来实现治疗效果的可能性	首次提出通过抑制LOX和CLOCK-OLFML3轴来双重靶向巨噬细胞和微胶质细胞，结合抗PD1疗法，实现超过60%的动物模型中肿瘤完全消退	NA	探索在PTEN缺陷型胶质母细胞瘤中，通过靶向巨噬细胞和微胶质细胞来增强治疗效果的策略	PTEN缺陷型胶质母细胞瘤中的巨噬细胞和微胶质细胞	数字病理学	脑癌	单细胞转录组学、多重顺序免疫荧光	NA	转录组数据	NA
156	2024-11-17	Endothelial YAP/TAZ activation promotes atherosclerosis in a mouse model of Hutchinson-Gilford progeria syndrome 2024-Oct-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI173448 PMID:39352768	研究论文	研究了Hutchinson-Gilford早衰综合征（HGPS）小鼠模型中内皮细胞YAP/TAZ激活促进动脉粥样硬化的机制	首次揭示了内皮细胞YAP/TAZ信号通路在HGPS血管疾病中的关键作用，并提出了针对YAP/TAZ的治疗策略	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类HGPS患者中验证	探讨HGPS血管病理的机制	HGPS小鼠模型的主动脉内皮细胞	数字病理	心血管疾病	单细胞RNA测序、原子力显微镜、超声波评估	NA	基因表达数据	HGPS小鼠和野生型对照小鼠
157	2024-11-15	Method of moments framework for differential expression analysis of single-cell RNA sequencing data 2024-Oct-31, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.09.044 PMID:39454576	研究论文	本文介绍了一种用于单细胞RNA测序数据差异表达分析的方法Memento	Memento能够稳健且高效地进行差异分析，包括均值表达、变异性和基因相关性，并可扩展到数百万个细胞和数千个样本	NA	开发一种能够区分生物和技术来源的细胞间变异性的工具，并评估细胞组间定量比较的统计显著性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括70,000个气管上皮细胞、160,000个CRISPR-Cas9扰动的T细胞、120万个外周血单核细胞和5000万个细胞的CELLxGENE Discover语料库
158	2024-11-15	The Medaka approach to evolutionary social neuroscience 2024-Oct-30, Neuroscience research IF:2.4Q3 DOI:10.1016/j.neures.2024.10.005 PMID:39481546	综述	本文综述了利用青鳉鱼（Adrianichthyidae科，包括日本青鳉Oryzias latipes）进行进化社会神经科学研究的潜力和未来方向	介绍了单细胞转录组技术与'适应性电路普查'结合的创新工具，用于连接比较生物学方法和神经科学方法	NA	探讨利用青鳉鱼进行进化社会神经科学研究，揭示神经科学的基本原理和多样化的交配策略机制	青鳉鱼的社会认知能力和择偶行为，特别是视觉线索下的择偶偏好	神经科学	NA	单细胞转录组技术	NA	基因组信息	NA
159	2024-11-15	Single Cell Isolation from Human Diabetic Fibrovascular Membranes for Single-Cell RNA Sequencing 2024-Oct-20, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5096 PMID:39512888	研究论文	本文介绍了一种从增生性糖尿病视网膜病变患者手术切除的纤维血管膜中制备单细胞悬液的胶原酶I消化协议，并进行了单细胞RNA测序分析	本文提供了一种新的胶原酶I消化协议，用于从纤维血管膜中制备单细胞悬液，并进行了详细的单细胞RNA测序分析	该协议可能对某些细胞类型造成损伤，尤其是在消化纤维化组织时	研究在生理和病理条件下单细胞水平的基因表达变化	增生性糖尿病视网膜病变患者的纤维血管膜	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	从增生性糖尿病视网膜病变患者中提取的纤维血管膜样本
160	2024-11-15	The Expression of MAFB Gene in Circulating Monocytes Is Related to Chronic Inflammatory Status in T2DM Patients 2024-Oct, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-024-02012-7 PMID:38602607	研究论文	研究探讨了MAFB基因在T2DM患者循环单核细胞中的表达与慢性炎症状态的关系	首次发现MAFB基因在T2DM患者循环单核细胞中的表达与慢性炎症状态相关，并具有一定的预测价值	研究仅基于bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，未涉及其他类型的实验验证	探讨T2DM患者循环免疫细胞中的炎症标志物，预测胰岛素抵抗和T2DM的发生	T2DM患者的循环单核细胞和外周血单核细胞	NA	糖尿病	bulk RNA-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	T2DM患者的外周血单核细胞样本