单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2024-12-29	A single-cell RNA-seq dataset describing macrophages in NSCLC tumor and peritumor tissues 2024-Oct-01, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-03885-x PMID:39353975	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，生成了非小细胞肺癌（NSCLC）肿瘤及肿瘤周围组织中巨噬细胞的转录组数据集	首次提供了NSCLC肿瘤及肿瘤周围组织中巨噬细胞的全面转录组数据，揭示了其在肿瘤微环境中的特征差异和相关性	未明确提及样本量及具体技术细节，可能限制数据的广泛应用	研究NSCLC肿瘤微环境中巨噬细胞的特性，以理解NSCLC的进展并识别关键临床治疗靶点	非小细胞肺癌（NSCLC）肿瘤及肿瘤周围组织中的巨噬细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
142	2024-12-28	CD74+ fibroblasts proliferate upon mechanical stretching to promote angiogenesis in keloids 2024-Oct-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202401302R PMID:39400419	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，揭示了CD74+成纤维细胞在机械拉伸诱导的瘢痕疙瘩进展中的关键作用	首次识别出CD74+成纤维细胞作为机械拉伸诱导瘢痕疙瘩进展的关键细胞群，并阐明了其通过PIEZO1介导的钙内流及下游ERK和AKT信号通路促进血管生成和增殖的机制	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，缺乏在体实验验证	探究机械拉伸诱导瘢痕疙瘩进展的细胞机制	瘢痕疙瘩组织中的CD74+成纤维细胞	细胞生物学	瘢痕疙瘩	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
143	2024-12-28	Identification of a seven-gene prognostic model for renal cell carcinoma associated with CD8+T lymphocyte cell 2024-Oct-04, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000039938 PMID:39465721	研究论文	本研究通过分析肾细胞癌（RCC）中CD8+ T淋巴细胞相关的基因特征，构建了一个七基因预后模型	首次构建了一个与CD8+ T淋巴细胞相关的七基因预后模型，用于肾细胞癌患者的风险分层	研究数据主要来源于The Cancer Genome Atlas，可能缺乏多样性和广泛性	构建一个与CD8+ T淋巴细胞相关的肾细胞癌预后模型	肾细胞癌患者	生物信息学	肾细胞癌	加权基因共表达网络分析、基因本体富集分析、京都基因与基因组百科全书信号通路分析、单细胞测序	LASSO回归、单变量和多变量Cox回归	基因表达数据	来自The Cancer Genome Atlas的肾细胞癌患者数据
144	2024-12-25	Single-cell RNA Sequencing Identifies a Novel Subtype of Microglia with High Cd74 Expression that Facilitates White Matter Inflammation During Chronic Cerebral Hypoperfusion 2024-Oct, Neurochemical research IF:3.7Q2 DOI:10.1007/s11064-024-04206-9 PMID:39012534	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术识别出一种新型的小胶质细胞亚型，该亚型具有高Cd74表达，并促进慢性脑低灌注期间的脑白质炎症	本研究首次通过单细胞RNA测序技术发现了一种新型的小胶质细胞亚型（CIAM），并揭示了Cd74在其中的核心作用	本研究的局限性在于仅使用了大鼠模型，尚未在人类中验证这些发现	研究微胶质细胞在血管性痴呆中的新型亚型及其在神经炎症中的作用	微胶质细胞及其在慢性脑低灌注模型中的变化	数字病理学	老年病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了慢性脑低灌注大鼠模型，并通过磁激活细胞分选技术分离微胶质细胞
145	2024-12-24	A scalable approach to topic modelling in single-cell data by approximate pseudobulk projection 2024-Oct, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202402713 PMID:39107066	研究论文	本文提出了一种可扩展的方法ASAP，用于单细胞数据中的主题建模，通过近似伪批量投影来减少计算资源需求	ASAP方法比现有方法更准确，且计算时间大幅减少，内存消耗更低	NA	开发一种适用于单细胞RNA-seq数据分析的可扩展主题建模方法	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	主题模型	基因表达数据	大量单细胞
146	2024-12-21	Does the brain make prolactin? 2024-10, Journal of neuroendocrinology IF:3.3Q2 DOI:10.1111/jne.13432 PMID:39041379	综述	本文综述了关于脑内是否产生催乳素的研究证据	本文通过分析不同抗体和高度敏感的扩增技术检测到的催乳素免疫反应性，提出了对脑内催乳素产生可能性的质疑	证据不一致且变异性大，高度敏感的检测技术可能导致假阳性结果，且现代原位杂交和单细胞RNA测序未能提供支持证据	评估脑内催乳素产生的证据	催乳素及其受体在脑内的表达和功能	NA	NA	原位杂交、单细胞RNA测序	NA	mRNA	NA
147	2024-12-21	Laminin Beta 2 Is Localized at the Sites of Blood-Brain Barrier and Its Disruption Is Associated With Increased Vascular Permeability, Histochemical, and Transcriptomic Study 2024-10, The journal of histochemistry and cytochemistry : official journal of the Histochemistry Society DOI:10.1369/00221554241281896 PMID:39340425	研究论文	本文研究了层粘连蛋白β2在血脑屏障中的定位及其破坏与血管通透性增加的关系	首次通过组织化学和转录组学研究，揭示了层粘连蛋白β2在血脑屏障中的定位及其在不同病理条件下的表达变化	研究主要集中在高级别胶质瘤中的血管生成，未涵盖其他类型的脑部疾病	探讨层粘连蛋白β2在血脑屏障中的作用及其在脑部病理中的变化	层粘连蛋白β2及其在血脑屏障中的定位和表达	数字病理学	脑部疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及正常脑组织和高级别胶质瘤的微血管样本
148	2024-12-20	Mechanisms of Berberine in anti-pancreatic ductal adenocarcinoma revealed by integrated multi-omics profiling 2024-10-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-74943-y PMID:39358545	研究论文	本研究通过整合药理学数据库与bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，揭示了小檗碱在抗胰腺导管腺癌中的潜在机制	首次通过多组学分析揭示了小檗碱在胰腺导管腺癌中的潜在抗肿瘤机制，并识别了关键的药物靶点和免疫调节作用	研究主要基于体外数据和计算分析，缺乏体内实验验证	揭示小檗碱在抗胰腺导管腺癌中的潜在机制	小檗碱在胰腺导管腺癌中的作用机制及潜在靶点	NA	胰腺癌	RNA-seq, scRNA-seq	PPI网络	基因表达数据	NA
149	2024-12-20	Intestinal Tuft Cells Are Enriched With Protocadherins 2024-10, The journal of histochemistry and cytochemistry : official journal of the Histochemistry Society DOI:10.1369/00221554241287267 PMID:39360911	研究论文	研究揭示了肠绒毛细胞中富含原钙粘蛋白（protocadherins），并探讨了其在细胞微绒毛组织中的作用	首次发现原钙粘蛋白在肠绒毛细胞中的富集，并证明了其在小鼠和人类肠绒毛细胞中的关键作用	研究主要集中在小鼠和人类的小肠和结肠样本，未涵盖其他器官或物种	探讨肠绒毛细胞的结构和功能，特别是微绒毛组织的调控机制	肠绒毛细胞及其中的原钙粘蛋白	NA	NA	免疫染色和单细胞RNA测序	NA	组织样本和RNA序列	小鼠和人类的肠组织样本
150	2024-12-19	Catalytic activity of Setd2 is essential for embryonic development in mice: establishment of a mouse model harboring patient-derived Setd2 mutation 2024-Oct, Frontiers of medicine IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11684-024-1095-1 PMID:39115793	研究论文	本文研究了Setd2的催化活性对小鼠胚胎发育的重要性，并建立了一个携带患者来源Setd2突变的小鼠模型	首次建立了携带患者来源催化失活Setd2突变的小鼠模型，揭示了Setd2催化活性对小鼠胚胎发育的必要性	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类疾病的具体机制	探讨Setd2催化活性在小鼠胚胎发育中的作用	Setd2基因及其催化活性在小鼠胚胎发育中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	Setd2和Setd2-CD小鼠模型
151	2024-12-18	Attenuated kidney oxidative metabolism in young adults with type 1 diabetes 2024-Oct-22, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI183984 PMID:39436695	研究论文	研究探讨了1型糖尿病年轻患者肾脏氧化代谢的变化及其与糖尿病肾病发展的关系	首次通过多模态技术（包括PET、MRI、单细胞RNA测序和空间代谢组学）全面评估1型糖尿病患者肾脏氧化代谢的变化，并使用Slingshot算法分析了近端小管细胞的伪时间轨迹	样本量较小，且仅限于年轻成人群体，研究结果的普适性可能有限	探讨1型糖尿病患者肾脏氧化代谢的变化及其与糖尿病肾病发展的关系	1型糖尿病年轻患者和健康对照组的肾脏氧化代谢	NA	糖尿病	PET、MRI、单细胞RNA测序、空间代谢组学	Slingshot算法	图像、基因表达数据、代谢物数据	30名1型糖尿病患者和20名健康对照者
152	2024-12-18	iMIRACLE: an Iterative Multi-View Graph Neural Network to Model Intercellular Gene Regulation from Spatial Transcriptomic Data 2024-Oct, Proceedings of the ... ACM International Conference on Information & Knowledge Management. ACM International Conference on Information and Knowledge Management DOI:10.1145/3627673.3679574 PMID:39679382	研究论文	本文提出了一种名为iMiracle的迭代多视图图神经网络，用于从空间转录组数据中建模细胞间的基因调控	iMiracle整合了细胞间和细胞内网络，采用迭代学习克服空间转录组数据的稀疏性，并推断细胞特异性的配体-基因调控评分	NA	填补从空间转录组数据中连接细胞间通信与基因调控的空白，提供细胞间调控的生物学见解	细胞间的基因调控	机器学习	NA	图神经网络	图神经网络	空间转录组数据	九个模拟数据集和八个真实数据集
153	2024-12-17	Advancements in Single-Cell RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics for Central Nervous System Disease 2024-Oct-10, Cellular and molecular neurobiology IF:3.6Q2 DOI:10.1007/s10571-024-01499-w PMID:39387975	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）在中枢神经系统（CNS）疾病研究中的应用	通过scRNA-seq和ST技术，揭示了CNS疾病的细胞异质性和功能特异性，发现了新的细胞类型或亚型，提出了新的病理生理机制，并发现了潜在的治疗靶点和生物标志物	NA	探讨单细胞RNA测序和空间转录组学在中枢神经系统疾病研究中的应用	中枢神经系统疾病，包括慢性神经退行性疾病和急性中枢神经系统损伤等	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	NA	转录组数据	NA
154	2024-12-16	Single-cell RNA-seq Reveals the Inhibitory Effect of Methamphetamine on Liver Immunity with the Involvement of Dopamine Receptor D1 2024-Oct-15, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae060 PMID:39196711	研究论文	研究通过单细胞RNA测序探讨甲基苯丙胺对肝脏免疫细胞的影响及多巴胺受体D1的参与	首次通过单细胞RNA测序揭示了甲基苯丙胺对肝脏免疫细胞的抑制作用，并发现多巴胺受体D1在其中的调节作用	研究仅限于慢性甲基苯丙胺暴露模型，未探讨急性暴露的影响	探讨甲基苯丙胺对肝脏免疫细胞的影响及多巴胺受体D1的参与	肝脏免疫细胞及多巴胺受体D1	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及多种肝脏免疫细胞类型
155	2024-12-14	Characterization of cell states in biliary tract cancers identifies mechanisms of therapeutic resistance in a phase II trial of DKN-01/nivolumab 2024-Oct-08, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.10.08.24315092 PMID:39417106	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析胆道癌患者的治疗前和治疗中的活检样本，构建了恶性细胞和免疫细胞的详细分子分类，并揭示了治疗抵抗的机制	首次系统分类了胆道癌中的功能性注释细胞状态，并发现了神经样和内皮样状态在胆道癌中的存在，这些状态在其他癌症中与治疗抵抗相关	研究仅限于单一的临床试验，样本量较小，且未观察到客观反应	揭示胆道癌治疗抵抗的机制，并为下一代临床试验提供新的见解	胆道癌患者的治疗前和治疗中的活检样本	数字病理学	胆道癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	治疗前和治疗中的活检样本
156	2024-12-12	Mapping epidermal and dermal cellular senescence in human skin aging 2024-Oct-06, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14358 PMID:39370688	研究论文	研究利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探讨了人类皮肤老化过程中表皮和真皮细胞衰老的分子机制	首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学构建了皮肤细胞衰老图谱，并提出了SenSkin™基因集，揭示了光老化和自然老化中细胞衰老的差异	研究主要集中在皮肤细胞的衰老机制，未深入探讨其他组织或器官的细胞衰老情况	探讨人类皮肤老化过程中表皮和真皮细胞衰老的分子机制及其对皮肤功能的影响	表皮和真皮中的衰老细胞，特别是黑色素细胞和网状真皮成纤维细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	基因表达数据	未明确具体样本数量
157	2024-12-11	IgG autoantibodies in bullous pemphigoid directly induce a pathogenic MyD88-dependent pro-inflammatory response in keratinocytes 2024-Oct-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.07.616103 PMID:39569141	研究论文	研究探讨了天疱疮（BP）中的IgG自身抗体如何直接诱导角质形成细胞中的病理性MyD88依赖性促炎反应	首次揭示了BP-IgG自身抗体依赖的角质形成细胞反应在天疱疮病理中的作用，并证明了MyD88在BP-IgG诱导的炎症反应中的关键作用	研究主要集中在体外实验和小鼠模型上，尚未完全阐明这些发现在人类中的直接应用	探讨天疱疮中IgG自身抗体对角质形成细胞的直接影响及其在疾病病理中的作用	天疱疮患者的IgG自身抗体、角质形成细胞、MyD88信号通路	NA	天疱疮	多重免疫分析、bulk RNA测序、空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	RNA	包括天疱疮患者和对照组的IgG处理过的原代角质形成细胞，以及患病和对照皮肤样本
158	2024-12-10	Analysis of the heterogeneity and complexity of murine extraorbital lacrimal gland via single-cell RNA sequencing 2024-Oct, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2024.06.005 PMID:38945476	研究论文	通过单细胞RNA测序分析小鼠眶外泪腺的细胞异质性和复杂性	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析了小鼠眶外泪腺的细胞多样性，并构建了细胞异质性的图谱	研究仅限于C57BL/6J小鼠的眶外泪腺，未涉及其他物种或组织	研究小鼠眶外泪腺的细胞类型和异质性，以了解其对维持眼表健康的作用	小鼠眶外泪腺的细胞类型和异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	43,850个高质量细胞
159	2024-12-08	Pharmacological and toxicological characteristics of baicalin in preventing spontaneous abortion and recurrent pregnancy loss: A multi-level critical review 2024-Oct-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38633 PMID:39640688	综述	本文综述了黄芩苷在预防自然流产和反复妊娠丢失中的药理学和毒理学特性	提出了基于病理动力学的多模态立体测序研究，结合单细胞RNA测序、空间转录组学和单细胞多模态组学，深入探讨黄芩苷的保胎机制	从临床角度阐述了使用黄芩苷的局限性	探讨黄芩苷在母胎界面上的代谢、毒理学和药理学效应，以及其在预防自然流产和反复妊娠丢失中的作用机制	黄芩苷及其代谢产物黄芩素在母胎界面上的生物效应	NA	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学、单细胞多模态组学	NA	NA	NA
160	2024-12-08	scACT: Accurate Cross-modality Translation via Cycle-consistent Training from Unpaired Single-cell Data 2024-Oct, Proceedings of the ... ACM International Conference on Information & Knowledge Management. ACM International Conference on Information and Knowledge Management DOI:10.1145/3627673.3679576 PMID:39628660	研究论文	本文介绍了一种名为scACT的深度生成模型，用于从未配对的单细胞数据中提取跨模态生物学见解	scACT通过对抗训练对齐未配对的多模态数据，利用循环一致训练实现无先验知识的跨模态翻译，并通过模拟扰动探索可解释的调控相互联系	NA	解决现有跨模态翻译方法依赖于稀缺的高质量共测数据的问题	单细胞数据中的跨模态翻译	机器学习	NA	深度生成模型	对抗训练和循环一致训练	单细胞数据	多种单细胞数据集