单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2024-11-04	Theoretical framework for the difference of two negative binomial distributions and its application in comparative analysis of sequencing data 2024-Oct-29, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278843.123 PMID:39406498	研究论文	本文推导了两个负二项分布差异的理论框架，并将其应用于单细胞RNA测序数据中差异表达基因的检测	提出了一个新的计算方法DEGage，用于检测单细胞RNA测序数据中的差异表达基因，并展示了其在模拟和真实数据集上的优越性能	NA	推导两个负二项分布差异的理论结果，并开发新的计算方法用于差异表达基因的检测	单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	生物信息学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及17种细胞类型的前列腺癌单细胞RNA测序数据集以及小鼠神经元单细胞RNA测序数据集
142	2024-11-04	Dynamic dysregulation of retrotransposons in neurodegenerative diseases at the single-cell level 2024-Oct-29, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279363.124 PMID:39424325	研究论文	研究了神经退行性疾病中单细胞水平上逆转录转座子的动态失调	首次系统地研究了神经退行性疾病背景下单细胞水平上逆转录转座子的动态变化	NA	探讨逆转录转座子在神经退行性疾病中的细胞异质性及其在疾病中的作用	逆转录转座子在神经元、星形胶质细胞、少突胶质细胞和少突胶质前体细胞中的表达	基因组学	神经退行性疾病	单细胞转录组测序	机器学习算法	基因表达数据	12个单细胞转录组数据集，涵盖阿尔茨海默病、帕金森病和多发性硬化症
143	2024-11-04	Inhibitory Fcγ receptor deletion enhances CD8 T cell stemness increasing anti-PD-1 therapy responsiveness against glioblastoma 2024-Oct-26, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009449 PMID:39461881	研究论文	研究通过删除抑制性Fcγ受体增强CD8 T细胞的干细胞特性，从而提高抗PD-1疗法对胶质母细胞瘤的响应	首次探讨了通过删除FcγRIIB受体来增强CD8 T细胞的干细胞特性，从而提高抗PD-1疗法对胶质母细胞瘤的响应	研究仅在鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探讨通过调节CD8 T细胞的干细胞特性来提高免疫检查点阻断疗法对胶质母细胞瘤的疗效	CD8 T细胞、FcγRIIB受体、胶质母细胞瘤	免疫学	脑肿瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞	使用Fcgr2b-/-小鼠和GL261胶质母细胞瘤模型进行研究
144	2024-11-04	Single-nucleus transcriptional and chromatin accessibility analyses of maturing mouse Achilles tendon uncover the molecular landscape of tendon stem/progenitor cells 2024-Oct-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.24.619991 PMID:39484401	研究论文	研究通过单核转录组和染色质可及性分析，揭示了成熟小鼠跟腱中肌腱干细胞/祖细胞的分子特征	首次鉴定出CD55和CD248作为肌腱干细胞/祖细胞的新型表面抗原标记物	NA	探讨肌腱干细胞/祖细胞在不同生长阶段的特征及其在肌腱修复中的作用	小鼠跟腱细胞中的肌腱干细胞/祖细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、单核ATAC测序	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	2周龄和6周龄小鼠的跟腱细胞
145	2024-11-04	Computational Identification of Migrating T cells in Spatial Transcriptomics Data 2024-Oct-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.23.619870 PMID:39484480	研究论文	本文开发了一种名为ReMiTT的计算方法，利用空间转录组数据追踪肿瘤组织中T细胞的迁移模式	提出了ReMiTT方法，用于识别和分析T细胞在肿瘤微环境中的迁移路径，并发现了与迁移相关的关键基因和通路	NA	研究T细胞在肿瘤微环境中的迁移及其对肿瘤免疫逃逸的影响	T细胞在卵巢肿瘤样本中的迁移模式	数字病理学	卵巢癌	空间转录组学	NA	转录组数据	卵巢肿瘤样本
146	2024-11-04	Understanding disease-associated metabolic changes in human colon epithelial cells using i ColonEpithelium metabolic reconstruction 2024-Oct-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.22.619644 PMID:39484551	研究论文	本研究构建了首个特定于人类结肠上皮细胞的基因组规模代谢模型iColonEpithelium，并利用该模型识别与炎症性肠病相关的代谢特征	首次构建了特定于人类结肠上皮细胞的基因组规模代谢模型iColonEpithelium，并整合了单细胞RNA测序数据以预测代谢特征	NA	揭示人类结肠上皮细胞中的详细代谢活动，并识别与炎症性肠病相关的代谢特征	人类结肠上皮细胞及其在炎症性肠病中的代谢变化	代谢组学	炎症性肠病	基因组规模代谢模型	代谢网络模型	单细胞RNA测序数据	NA
147	2024-11-04	SPI1+CD68+ macrophages as a biomarker for gastric cancer metastasis: a rationale for combined antiangiogenic and immunotherapy strategies 2024-Oct-24, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009983 PMID:39455096	研究论文	本研究探讨了SPI1+CD68+肿瘤相关巨噬细胞在胃癌转移中的作用及其作为生物标志物的潜力	首次揭示了SPI1+CD68+肿瘤相关巨噬细胞在胃癌中的高表达与转移性病变的关系，并探讨了其在免疫治疗和抗血管生成治疗中的潜在作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步的人体临床试验验证	评估SPI1+CD68+肿瘤相关巨噬细胞在胃癌中的作用及其作为生物标志物的潜力	胃癌组织中的SPI1+CD68+肿瘤相关巨噬细胞及其在肿瘤进展和治疗中的作用	NA	胃癌	免疫组织化学、免疫荧光、流式细胞术、单细胞转录组分析、多重荧光免疫组织化学、染色质免疫沉淀	NA	组织	NA
148	2024-11-04	Development of a humanized mouse model with functional human materno-fetal interface immunity 2024-Oct-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.176527 PMID:39435662	研究论文	开发了一种具有功能性人类母胎界面免疫的人源化小鼠模型	通过busulfan预处理，成功构建了怀孕的人类免疫系统（HIS）小鼠模型，该模型在母胎界面重构了多谱系的人类免疫子集	NA	研究人类母胎界面免疫的功能和特征	人类母胎界面免疫	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
149	2024-11-04	Understanding the development of enzalutamide resistance based on a functional single-cell approach 2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.20.619319 PMID:39484437	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术探讨了前列腺癌细胞对恩杂鲁胺的耐药机制	首次揭示了低或无雄激素受体表达的亚群在恩杂鲁胺耐药中的作用，并发现NAD+合成抑制剂可能成为治疗耐药前列腺癌的新策略	研究仅限于体外和异种移植模型，尚未在临床环境中验证	探讨前列腺癌细胞对恩杂鲁胺的耐药机制及潜在治疗策略	前列腺癌细胞系LNCaP及其对恩杂鲁胺的反应	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	LNCaP细胞系中的单细胞样本
150	2024-11-04	A Reproducibility Focused Meta-Analysis Method for Single-Cell Transcriptomic Case-Control Studies Uncovers Robust Differentially Expressed Genes 2024-Oct-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.15.618577 PMID:39463993	meta-analysis	本文系统研究了阿尔茨海默病（AD）、帕金森病（PD）和COVID-19的单细胞转录组学研究中差异表达基因（DEGs）的可重复性	开发了一种基于相对差异表达排名跨数据集可重复性的非参数元分析方法SumRank，显著提高了预测能力	本文未提及具体局限性	研究不同疾病中单细胞转录组学研究中差异表达基因的可重复性，并开发新的元分析方法	阿尔茨海默病（AD）、帕金森病（PD）和COVID-19的单细胞转录组学数据	单细胞转录组学	神经退行性疾病	scRNA-seq	NA	基因表达数据	多个已发表的研究数据集
151	2024-11-04	High-dimensional profiling of immune responses to kidney transplant reveals heterogeneous T helper 1 and B cell effectors associated with rejection 2024-Oct-16, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons IF:8.9Q1 DOI:10.1016/j.ajt.2024.10.009 PMID:39419342	研究论文	研究通过高维免疫表型分析揭示了肾移植后不同类型排斥反应中T辅助细胞和B细胞的异质性	首次在单细胞分辨率下详细描述了肾移植后不同类型排斥反应中免疫亚群的多样性	研究样本量较小，且仅限于肾移植患者	探讨肾移植后排斥反应的免疫机制，并支持开发更特异的免疫抑制疗法	肾移植患者的CD4 T细胞和B细胞	免疫学	肾移植排斥反应	单细胞RNA测序、T/B细胞受体测序、血浆细胞因子分析	NA	单细胞RNA数据、血浆细胞因子数据	76名肾移植患者
152	2024-11-04	The Human Milk-derived Peptide Drives Rapid Regulation of Macrophage Inflammation Responses in the Neonatal Intestine 2024-Oct-15, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101420 PMID:39414025	研究论文	研究探讨了人乳来源的肽在新生儿肠道中对巨噬细胞炎症反应的快速调节作用	首次发现人乳外泌体中的β-酪蛋白衍生肽CASB135-150能够快速调节巨噬细胞的炎症反应，并保护肠道免受坏死性小肠结肠炎（NEC）的损伤	NA	探索人乳中的肽在新生儿肠道健康和先天免疫稳态调节中的作用	人乳外泌体中的肽CASB135-150及其对巨噬细胞炎症反应的影响	NA	新生儿疾病	免疫荧光分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析、共免疫沉淀（co-IP）	NA	RNA	涉及大鼠坏死性小肠结肠炎（NEC）模型和骨髓来源的巨噬细胞（BMDMs）
153	2024-11-04	Contrasting the development of larval and adult body plans during the evolution of biphasic lifecycles in sea urchins 2024-Oct-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.203015 PMID:39465623	研究论文	研究了海胆在双相生命周期中幼体和成体体型的发育过程	使用单细胞RNA测序分析了加速的非摄食型幼体发育模式，并发现了与摄食型幼体相比的细胞类型特化变化	NA	探讨双相生命周期中幼体和成体发育的调控机制	海胆Heliocidaris erythrogramma的发育过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	从胚胎到变态前一天的海胆Heliocidaris erythrogramma幼体样本
154	2024-11-04	A Part-to-Whole Circular Cell Explorer 2024-Oct-14, ArXiv PMID:39483344	研究论文	设计了一种交互式可视化分析系统，用于解决现有空间转录组学方法中的感知问题，并增加了过滤、钻取和聚类分析功能	提出了一种新的交互式可视化分析系统，解决了现有方法中的感知问题，并增加了多种分析功能	NA	帮助研究人员深入理解组织内复杂生物过程的分子机制	空间转录组学中的细胞测量数据，如基因表达和细胞类型	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
155	2024-11-02	Single-cell analysis of tumor microenvironment and cell adhesion reveals that interleukin-1 beta promotes cancer cell proliferation in breast cancer 2024-Oct, Animal models and experimental medicine IF:3.8Q2 DOI:10.1002/ame2.12445 PMID:38860503	研究论文	研究探讨了三阴性乳腺癌中肿瘤微环境和细胞粘附的作用，发现白细胞介素-1β促进癌细胞增殖	首次揭示了浆细胞在三阴性乳腺癌中的作用，并识别出IL1B作为新的预后标志物	研究样本量较小，且仅限于三阴性乳腺癌	探讨三阴性乳腺癌中肿瘤微环境和细胞粘附的作用	三阴性乳腺癌样本中的单细胞RNA测序数据	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	26个乳腺癌样本，包括5个HER2阳性、12个ER阳性/PR阳性和9个三阴性乳腺癌样本
156	2024-11-04	scCaT: An explainable capsulating architecture for sepsis diagnosis transferring from single-cell RNA sequencing 2024-Oct, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012083 PMID:39432561	研究论文	本文介绍了一种名为scCaT的深度学习框架，用于脓毒症诊断，结合了胶囊架构和Transformer模型，利用单细胞RNA测序数据进行建模，并将其迁移到批量RNA数据上	scCaT框架通过胶囊架构将基因按生物功能分组，提供了基因表达编码的可解释性，并利用Transformer作为解码器进行脓毒症患者和对照组的分类	NA	开发一种可解释的深度学习模型，用于脓毒症诊断，并将其从单细胞RNA测序数据迁移到批量RNA数据	脓毒症患者和对照组的分类	机器学习	脓毒症	单细胞RNA测序	Transformer	RNA测序数据	单细胞测试集和七个批量RNA队列
157	2024-11-02	A multiplex single-cell RNA-Seq pharmacotranscriptomics pipeline for drug discovery 2024-Oct-31, Nature chemical biology IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41589-024-01761-8 PMID:39482470	研究论文	本文介绍了一种用于药物发现的多重单细胞RNA测序药理转录组学管道	该管道结合了药物筛选与96重单细胞RNA测序，能够通过抗体-寡核苷酸偶联物进行活细胞条形码标记，实现高通量药理转录组学分析	NA	研究癌症中药物反应的基因调控动态	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）细胞在45种药物处理后的转录组异质性	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及45种药物处理后的高级别浆液性卵巢癌细胞
158	2024-11-02	Spatial transcriptomics of meningeal inflammation reveals inflammatory gene signatures in adjacent brain parenchyma 2024-Oct-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.88414 PMID:39475792	研究论文	研究通过磁共振成像（MRI）引导的空间转录组学分析，揭示了在小鼠自身免疫性脑膜炎模型中，脑膜炎症区域及其邻近脑实质的转录特征	首次在脑膜炎症模型中进行了详细的空间转录组学分析，并揭示了炎症信号通路在脑膜炎症区域及其邻近脑实质中的差异激活	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证结果	探讨脑膜炎症与脑灰质病理之间的机制联系	小鼠自身免疫性脑膜炎模型中的脑膜炎症区域及其邻近脑实质	数字病理学	多发性硬化症	空间转录组学	NA	转录组数据	小鼠模型
159	2024-11-02	Single-cell transcriptomics of rectal organoids from individuals with perianal fistulizing Crohn's disease reveals patient-specific signatures 2024-10-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-75947-4 PMID:39477985	研究论文	研究分析了来自患有肛周瘘管克罗恩病患者的直肠类器官的单细胞转录组，揭示了患者特异性的基因表达特征	首次在单细胞水平上分析了来自不同患者的直肠类器官，揭示了与疾病、性别和祖先相关的基因表达特征	研究主要集中在直肠类器官的基因表达分析，未涉及炎症信号的详细研究	探讨肛周瘘管克罗恩病患者直肠类器官的病理决定因素	来自不同患者的直肠类器官和黏膜细胞	数字病理学	克罗恩病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	77,044个直肠类器官细胞（13名患者，8名CD患者，5名对照）和141,367个黏膜上皮细胞（29名患者，18名CD患者，11名对照）
160	2024-11-02	Detecting significant expression patterns in single-cell and spatial transcriptomics with a flexible computational approach 2024-10-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-75314-3 PMID:39478009	研究论文	提出了一种名为SPIRAL的算法，用于检测单细胞和空间转录组数据中的显著表达模式	SPIRAL算法基于高斯统计，能够检测所有统计上显著的生物过程，并具有灵活性，可以构建基于统计显著性和一致性差异表达的基因和细胞子集	NA	开发一种新的计算方法，用于检测单细胞和空间转录组数据中的显著表达模式	单细胞、空间和批量RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA测序	高斯统计	基因表达数据	NA