单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-01-25	Persistent bone marrow hemozoin accumulation confers a survival advantage against bacterial infection via cell-intrinsic Myd88 signaling 2024-10-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114850 PMID:39392758	研究论文	本文探讨了疟疾中血色素（Hz）在骨髓中的持续沉积如何通过细胞内在的MyD88信号通路增强对细菌感染的生存优势	揭示了血色素通过细胞内在的MyD88依赖途径，增加粒细胞-巨噬细胞祖细胞中转录因子的染色质可及性，从而增强单核细胞的杀菌能力	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证	研究疟疾中血色素沉积对免疫反应和细菌感染抵抗力的影响	小鼠骨髓中的血色素沉积及其对免疫细胞的影响	免疫学	疟疾	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	疟疾恢复后的小鼠单核细胞
122	2025-01-25	Notch signaling regulates macrophage-mediated inflammation in metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease 2024-10-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.08.016 PMID:39317200	研究论文	本文探讨了Notch信号在代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD/MASH）中调控巨噬细胞介导的炎症的作用	揭示了Notch-RBPJ信号通路在单核细胞向巨噬细胞转变中的关键作用，并发现Rbpj缺陷可抑制炎症性巨噬细胞和单核细胞衍生的Kupffer细胞分化，同时促进保护性Ly6C单核细胞的出现	MASLD/MASH中巨噬细胞分化和功能的机制仍大多未知	研究Notch信号在代谢功能障碍相关脂肪性肝病中调控巨噬细胞介导炎症的机制	肝脏巨噬细胞群体，包括常驻Kupffer细胞（KCs）和单核细胞衍生的巨噬细胞	生物医学	代谢功能障碍相关脂肪性肝病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和命运映射	NA	RNA测序数据	NA
123	2025-01-25	CD4+ T cells reactive to a hybrid peptide from insulin-chromogranin A adopt a distinct effector fate and are pathogenic in autoimmune diabetes 2024-10-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.07.024 PMID:39214091	研究论文	本文研究了在非肥胖糖尿病（NOD）小鼠中，CD4+ T细胞对胰岛素衍生表位的反应动态和致病性，揭示了胰岛抗原特异性T细胞的多样性和XCR1树突状细胞在其激活中的作用	首次揭示了InsC-ChgA特异性CD4 T细胞在糖尿病中的独特致病性，并展示了抗InsC-ChgA:IAg7抗体预防自发性糖尿病的潜力	研究仅限于NOD小鼠模型，未在人类中进行验证	探讨CD4+ T细胞对胰岛素衍生表位的反应在自身免疫性糖尿病中的作用	非肥胖糖尿病（NOD）小鼠的CD4+ T细胞	免疫学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NOD小鼠的胰腺CD4+ T细胞
124	2025-01-24	Comparative analysis of rhesus macaque and human placental organoids highlights evolutionary differences in placentation 2024-Oct-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.11.617873 PMID:39416122	研究论文	本研究通过比较恒河猴和人类胎盘类器官，揭示了胎盘在进化过程中的差异	开发了恒河猴胎盘类器官模型，并首次进行了恒河猴与人类胎盘类器官的单细胞RNA测序比较分析	研究主要关注恒河猴和人类，未涉及其他灵长类动物，可能限制了进化差异的全面理解	探索恒河猴与人类胎盘在基因表达和细胞分化轨迹上的异同	恒河猴和人类的胎盘类器官	生物医学	NA	单细胞RNA测序	类器官模型	RNA测序数据	恒河猴和人类胎盘类器官样本
125	2025-01-24	Unveiling contact-mediated cellular crosstalk 2024-Oct, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2024.05.010 PMID:38906738	综述	本文探讨了细胞间相互作用在复杂生物功能中的作用及其在疾病状态中的影响，并介绍了单细胞测序、空间转录组学等新技术在理解细胞间通讯中的应用	结合单细胞测序、空间转录组学和生物工程技术，提供了对细胞间通讯影响的深入理解，并开发了计算方法来解析细胞接触如何调控细胞反应	NA	探索细胞间相互作用在生物过程中的调控机制及其在疾病中的作用	细胞间相互作用及其对基因表达和细胞反应的影响	生物信息学	NA	单细胞测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
126	2025-01-22	An Integrative Approach to Precision Pre-implantation Genetic Diagnosis by Investigating Single-cell Sequencing, Polygenic Risk Assessment, Artificial Intelligence-guided Embryo Selection and Genome Editing in Embryos with COL4A1 c.1537G>A Mutation 2024 Oct-Dec, Journal of human reproductive sciences DOI:10.4103/jhrs.jhrs_145_24 PMID:39831092	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
127	2025-01-22	Association between premature vascular smooth muscle cells senescence and vascular inflammation in Takayasu's arteritis 2024-Oct-21, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2024-225630 PMID:38816066	研究论文	本研究探讨了Takayasu动脉炎（TAK）中血管平滑肌细胞（VSMCs）早衰与血管炎症之间的关联	首次揭示了IL-6通过非经典线粒体定位的磷酸化STAT3（Tyr705）防止MFN2蛋白降解，从而促进VSMCs早衰的机制	研究主要基于体外和离体实验，需要进一步在体内模型中验证	研究TAK中VSMCs早衰是否参与血管炎症及其机制	Takayasu动脉炎患者的血管手术样本	NA	心血管疾病	组织学检查、bulk RNA-Seq、单细胞RNA-seq	NA	RNA序列数据	TAK患者的血管手术样本
128	2025-01-22	Single-cell transcriptomics reveal potent extrafollicular B cell response linked with granzyme K+ CD8 T cell activation in lupus kidney 2024-Oct-17, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2024-225876 PMID:39419536	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了狼疮性肾炎患者肾脏中B细胞和T细胞的适应性免疫景观，特别是与GZMK+ CD8 T细胞激活相关的B细胞反应	首次在单细胞水平上揭示了狼疮性肾炎患者肾脏中B细胞和T细胞的适应性免疫景观，特别是发现了与GZMK+ CD8 T细胞激活相关的B细胞反应	研究样本量有限，且仅针对活动性狼疮性肾炎患者，未涉及其他类型的肾炎或疾病阶段	探索活动性狼疮性肾炎患者肾脏中B细胞和T细胞的适应性免疫景观	活动性狼疮性肾炎患者的肾脏和配对的外周血样本	数字病理学	狼疮性肾炎	单细胞RNA测序、B细胞受体（BCR）测序、T细胞受体（TCR）测序、流式细胞术、转座酶可及性测序、多重免疫组化	NA	单细胞转录组数据、BCR/TCR序列数据	活动性狼疮性肾炎患者的肾脏和配对的外周血样本，以及匹配的对照组的外周血样本
129	2025-01-22	Continuous cell type diversification throughout the embryonic and postnatal mouse visual cortex development 2024-Oct-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.02.616246 PMID:39829740	研究论文	本文通过单细胞转录组学和表观基因组学技术，构建了小鼠视觉皮层发育过程中的细胞类型图谱，揭示了细胞类型在不同发育阶段的连续多样化过程	提供了迄今为止最详细的动态分子图谱，直接关联到个体细胞类型和特定发育事件，揭示了视觉皮层发育过程中细胞类型身份连续精细化的分子逻辑	研究主要集中在小鼠模型，可能不完全适用于人类或其他物种	研究小鼠视觉皮层发育过程中细胞类型的多样化和分子机制	小鼠视觉皮层的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核多组学（Multiome）	NA	单细胞转录组数据，染色质可及性数据	568,674个高质量单细胞转录组和194,545个高质量单核多组学数据
130	2025-01-20	Single-cell RNA-sequencing reveals a profound immune cell response in human cytomegalovirus-infected humanized mice 2024-Oct, Virologica Sinica IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.virs.2024.08.006 PMID:39153545	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了人巨细胞病毒（HCMV）感染的人源化小鼠中免疫细胞的深刻反应	利用单细胞RNA测序技术，首次在单细胞水平上研究了HCMV感染的人源化小鼠中PBMCs的基因表达变化	研究依赖于人源化小鼠模型，可能无法完全模拟人类体内的复杂环境	研究HCMV感染与宿主免疫反应之间的相互作用	人源化小鼠中的PBMCs	生物信息学	病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
131	2025-01-19	Over Activation of IL-6/STAT3 Signaling Pathway in Juvenile Dermatomyositis 2024-Oct, Rheumatology and therapy IF:2.9Q2 DOI:10.1007/s40744-024-00699-6 PMID:39073510	研究论文	本研究探讨了IL-6/JAK/STAT3信号通路在青少年皮肌炎（JDM）中的异常激活及其在肌肉损伤中的作用	首次通过单细胞RNA测序和免疫组化技术揭示了JDM患者中IL-6/JAK/STAT3信号通路的异常激活，并发现IL-6通过触发钙超载和活性氧（ROS）产生参与肌肉损伤的发病机制	样本量较小，仅包括72名新诊断的JDM患者和两名患者的肌肉活检样本	阐明IL-6激活JAK/STAT3信号通路的机制及其在JDM发病中的作用	青少年皮肌炎（JDM）患者	生物医学	皮肌炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化、逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）	NA	血清样本、肌肉活检样本	72名新诊断的JDM患者和两名患者的肌肉活检样本
132	2025-01-18	Tumor editing suppresses innate and adaptive antitumor immunity and is reversed by inhibiting DNA methylation 2024-Oct, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01932-8 PMID:39169233	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了乳腺癌基因工程小鼠模型中的基因编辑现象，揭示了肿瘤如何通过编辑基因表达来逃避免疫监视，并探讨了抑制DNA甲基化如何逆转这一过程	首次在全基因组范围内研究了早期肿瘤发生过程中的基因编辑现象，并发现抑制DNA甲基化可以逆转肿瘤对免疫基因的抑制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类肿瘤中进行验证	探讨肿瘤如何通过基因编辑逃避免疫监视，并寻找逆转这一过程的方法	乳腺癌基因工程小鼠模型中的肿瘤细胞	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序	基因工程小鼠模型（GEMM）	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及乳腺癌和黑色素瘤的植入肿瘤
133	2025-01-16	Circulating Adenoid Cystic Carcinoma associated MYB transcripts enable rapid and sensitive detection of metastatic disease in blood liquid biopsies 2024-Oct-17, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.10.15.24315549 PMID:39484279	研究论文	本文开发了一种基于qPCR的检测方法，通过监测血液中MYB转录本的水平来检测腺样囊性癌（ACC）的转移	利用肿瘤特异性MYB表达作为生物标志物，开发了一种敏感、经济且微创的诊断测试，用于早期检测ACC的转移	样本量较小，尤其是转移性ACC组仅有5例样本，可能影响结果的普遍性	开发一种通过血液液体活检检测腺样囊性癌转移的方法	腺样囊性癌（ACC）患者	数字病理学	头颈部癌症	定量聚合酶链反应（qPCR），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	血液样本	共49例样本，包括23例无ACC病史或证据的样本，15例过去有ACC病史且无疾病证据超过三年的样本，6例局部ACC样本，5例转移性ACC样本
134	2025-01-15	Mechanisms of HIF1A-mediated immune evasion in gastric cancer and the impact on therapy resistance 2024-10-10, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-024-09917-x PMID:39384651	研究论文	本研究探讨了胃癌中静止癌细胞（QCCs）通过HIF1A介导的免疫逃逸机制及其对治疗抵抗的影响	揭示了QCCs通过HIF1A介导的糖酵解相关基因上调来抵抗T细胞介导的免疫反应的分子机制，并展示了HIF1A沉默在增强免疫治疗效果方面的潜力	研究主要依赖于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人类临床试验中验证这些发现	探索胃癌中QCCs的免疫抑制机制及其对免疫治疗抵抗的影响，以改进治疗策略	胃癌中的静止癌细胞（QCCs）及其与免疫细胞的相互作用	癌症研究	胃癌	基因编辑技术、转录组测序、单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据、细胞实验数据	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠模型和体外细胞实验
135	2025-01-15	Single-cell transcriptomics in thyroid eye disease 2024 Oct-Dec, Taiwan journal of ophthalmology IF:1.0Q4 DOI:10.4103/tjo.TJO-D-23-00096 PMID:39803402	综述	本文综述了单细胞转录组学在甲状腺眼病（TED）研究中的应用，总结了近年来的突破和新兴机会	利用高通量单细胞RNA测序技术，在单细胞分辨率上揭示了TED的细胞类型多样性和分子机制，提供了关于新型生物标志物和治疗靶点的前所未有的见解	目前仍有10%-20%的TED患者在治疗停药后复发，20%-30%的患者对主流治疗无反应，原因尚不明确	探讨单细胞和单核转录组数据在表征甲状腺眼病（TED）这一复杂疾病状态中的应用，以改善患者生活质量并促进疾病终点的逆转	甲状腺眼病（TED）患者	数字病理学	甲状腺眼病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
136	2025-01-14	Spatial multiomics atlas reveals smooth muscle phenotypic transformation and metabolic reprogramming in diabetic macroangiopathy 2024-10-12, Cardiovascular diabetology IF:8.5Q1 DOI:10.1186/s12933-024-02458-x PMID:39395983	研究论文	本研究通过单细胞转录组、空间转录组和空间代谢组测序，构建了糖尿病大血管病变的空间多组学图谱，揭示了平滑肌细胞表型转化和代谢重编程的特征	首次构建了糖尿病大血管病变的空间基因-代谢图谱，揭示了血管钙化特征、平滑肌细胞表型转化趋势及其转录驱动网络	研究样本量较小，仅包括11名糖尿病截肢患者的前胫动脉样本	探索糖尿病大血管病变中平滑肌细胞表型转化和代谢重编程的分子机制	糖尿病大血管病变患者的前胫动脉样本	数字病理学	糖尿病大血管病变	单细胞转录组测序、空间转录组测序、空间代谢组测序	NA	转录组数据、代谢组数据	11名糖尿病截肢患者的前胫动脉样本
137	2025-01-12	Single-cell transcriptional atlas of human breast cancers and model systems 2024-Oct, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70044 PMID:39417215	研究论文	本研究整合了单细胞RNA测序数据，创建了一个包含117个样本和506,719个细胞的人类乳腺癌及其模型系统的转录图谱	通过单细胞分辨率研究乳腺癌亚型的遗传变异，深入理解癌症进展，并探索基于亚型比例的治疗药物效果	研究主要依赖于模型系统，可能无法完全反映人类乳腺癌的复杂性	提高对乳腺癌细胞多样性的理解，以识别有效治疗方法	乳腺癌患者肿瘤、匹配的淋巴结转移、乳腺缩小术样本、乳腺癌患者来源的异种移植模型（PDXs）、PDX来源的类器官（PDXOs）和细胞系	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	117个样本，总计506,719个细胞
138	2025-01-06	Engineered T cell therapy for central nervous system injury 2024-Oct, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07906-y PMID:39232158	研究论文	本文探讨了工程化T细胞疗法在中枢神经系统损伤中的应用，通过单细胞RNA测序技术揭示了小鼠和人类脊髓损伤相关T细胞的克隆扩增及其抗原特异性	利用mRNA基础的T细胞受体重构技术生成工程化瞬时自身免疫T细胞，展示了其在CNS损伤模型中的显著神经保护效果	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和效果尚需进一步验证	开发针对中枢神经系统损伤的免疫介导细胞疗法	小鼠和人类的脊髓损伤相关T细胞	生物医学工程	中枢神经系统损伤	单细胞RNA测序，mRNA基础的T细胞受体重构	NA	RNA序列数据	未明确提及具体样本数量，涉及小鼠和人类样本
139	2025-01-03	Tcf21 as a Founder Transcription Factor in Specifying Foxd1 Cells to the Juxtaglomerular Cell Lineage 2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.25.586641 PMID:38585851	研究论文	本文探讨了Tcf21在Foxd1+基质祖细胞向肾小球旁细胞（JG细胞）分化中的关键作用	首次揭示了Tcf21在早期肾脏发育中对Foxd1+细胞向JG细胞分化的关键作用，并通过单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序分析了Tcf21的表达动态	Tcf21在已确立的肾素表达细胞中的作用未被充分探讨	研究Tcf21在Foxd1+祖细胞向JG细胞分化中的作用	Foxd1+基质祖细胞和肾小球旁细胞（JG细胞）	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞染色质可及性测序（scATAC-seq）	NA	单细胞基因表达数据，染色质可及性数据	2,054个GFP+细胞（基质谱系）
140	2024-12-30	The prognostic value and immunological role of calcium/calmodulin dependent protein kinase kinase 2 (CAMKK2) in pan-cancer study 2024-Oct-11, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000040072 PMID:39465821	研究论文	本文通过整合多组学和临床数据，全面评估了钙/钙调蛋白依赖性蛋白激酶激酶2（CAMKK2）在泛癌研究中的预后价值和免疫学作用	首次在泛癌研究中全面评估CAMKK2的分子景观，并发现其在不同癌症类型中的异常表达与生存结果相关	研究结果基于特定癌症队列，可能无法推广到所有癌症类型	评估CAMKK2在泛癌研究中的预后价值和免疫学作用	多种癌症类型中的CAMKK2基因	癌症研究	泛癌	多组学分析、单细胞转录组分析	NA	多组学数据、临床数据	多个癌症队列（如IMvigor210、GSE176307、GSE78220等）