单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-02-11	Cystic fibrosis-related diabetes is associated with reduced islet protein expression of GLP-1 receptor and perturbation of cell-specific transcriptional programs 2024-10-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-76722-1 PMID:39463434	研究论文	本文研究了囊性纤维化相关糖尿病（CFRD）中胰岛GLP-1受体蛋白表达的减少及其对胰岛素分泌的影响	通过空间转录组学技术揭示了CFRD患者胰岛中α和β细胞基因的差异表达，并发现GLP-1受体蛋白水平的降低可能是胰岛素分泌受损的原因	研究样本量未明确说明，且仅针对CFRD患者，未涉及其他类型的糖尿病	探讨CFRD中胰岛GLP-1及其信号成分的表达变化，以改善CFRD的治疗方法	CFRD患者的胰腺组织	生物医学	囊性纤维化相关糖尿病	免疫组织化学、空间转录组学	NA	组织样本、基因表达数据	未明确说明
102	2025-02-11	Sympathetic neuropeptide Y protects from obesity by sustaining thermogenic fat 2024-Oct, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07863-6 PMID:39198648	研究论文	本文揭示了交感神经元中的神经肽Y（NPY）如何通过维持产热脂肪来防止肥胖的机制	发现了NPY在交感神经元中通过维持血管周围细胞来保护肥胖的新机制，并揭示了NPY在能量消耗中的作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究NPY在交感神经元中防止肥胖的机制	小鼠的棕色脂肪组织（BAT）和白色脂肪组织（WAT）	生物医学	肥胖	单细胞RNA测序、成像技术	小鼠模型	基因表达数据、成像数据	小鼠脂肪组织样本
103	2025-02-09	Cell and transcriptomic diversity of infrapatellar fat pad during knee osteoarthritis 2024-Oct-15, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2024-225928 PMID:39375009	研究论文	本研究采用多组学方法，识别了膝骨关节炎（KOA）患者髌下脂肪垫（IFP）中的主要细胞类型及其转录组特征，并探讨了IFP在KOA、性别和肥胖状态下的差异	首次提供了人类IFP的细胞和转录组多样性的全面图谱，并确定了IFP成纤维细胞作为与KOA疾病、性别或肥胖相关的转录组和代谢差异的关键细胞	样本量相对较小，仅包括21个IFP样本（6个健康对照和15个KOA捐赠者）	探讨膝骨关节炎（KOA）患者髌下脂肪垫（IFP）的细胞和转录组多样性及其在KOA、性别和肥胖状态下的差异	膝骨关节炎（KOA）患者和健康对照者的髌下脂肪垫（IFP）	数字病理学	膝骨关节炎	单核RNA测序、空间转录组学、生物信息学分析、代谢组学	NA	RNA测序数据、空间转录组数据、代谢组数据	21个IFP样本（6个健康对照和15个KOA捐赠者），共82,924个细胞核
104	2025-02-09	Inducible pluripotent stem cells to study human mast cell trajectories 2024-Oct, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2024.07.003 PMID:39038754	研究论文	本文开发了一种从诱导多能干细胞（iPSC）分化人类肥大细胞（MC）的体外模型，用于研究人类MC的分化轨迹	利用iPSC技术生成人类MC前体和成熟MC群体，为研究MC生物学和分化轨迹的转录调控提供了新的模型系统	研究中使用的细胞模型系统可能无法完全模拟体内MC的分化和功能	研究人类肥大细胞的分化轨迹和亚型	人类肥大细胞及其前体细胞	细胞生物学	炎症性疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	iPSC分化模型	细胞数据	547个单细胞（来自MCFC培养第4周的细胞）
105	2025-02-08	NME4 suppresses NFκB2-CCL5 axis, restricting CD8+ T cell tumour infiltration in oesophageal squamous cell carcinoma 2024-10, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13838 PMID:39016535	研究论文	本文研究了NME4在食管鳞状细胞癌（ESCC）中的免疫学意义，揭示了NME4通过调控NFκB2-CCL5轴阻止CD8+ T细胞浸润肿瘤微环境的机制	首次在肿瘤微环境中描述了NME4的免疫学作用，并揭示了其通过NFκB2-CCL5轴调控CD8+ T细胞浸润的分子机制	NME4在ESCC患者中的临床病理和预后重要性有限，且研究主要基于小鼠模型，人类数据较少	探讨NME4在食管鳞状细胞癌中的免疫学作用及其分子机制	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者和小鼠模型	肿瘤免疫学	食管鳞状细胞癌	多重免疫组化、定量蛋白质组学、蛋白质微阵列筛选、单细胞RNA测序	小鼠同源肿瘤模型	蛋白质组数据、RNA测序数据	ESCC患者和小鼠模型
106	2025-02-08	FANCD2 as a ferroptosis-related target for recurrent implantation failure by integrated bioinformatics and Mendelian randomization analysis 2024-Oct, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70119 PMID:39400935	研究论文	本研究通过整合生物信息学分析和孟德尔随机化方法，探讨了铁死亡相关基因在复发性着床失败（RIF）中的表达及其意义	首次将铁死亡相关基因与RIF联系起来，并通过机器学习模型和单细胞RNA测序揭示了MUC1、GJA1和FANCD2作为潜在诊断标志物的重要性	研究结果需要进一步的实验验证，且样本量可能限制了结果的普遍性	探讨铁死亡相关基因在复发性着床失败中的作用及其潜在治疗策略	复发性着床失败患者和健康个体的基因表达数据	生物信息学	生殖系统疾病	生物信息学分析、孟德尔随机化、单细胞RNA测序	机器学习模型	基因表达数据	NA
107	2025-02-07	Single-cell omics and machine learning integration to develop a polyamine metabolism-based risk score model in breast cancer patients 2024-Oct-23, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-06001-z PMID:39441216	研究论文	本研究结合单细胞组学和机器学习，开发了一种基于多胺代谢的乳腺癌风险评分模型	首次将单细胞组学与机器学习结合，开发基于多胺代谢的乳腺癌风险评分模型，揭示了肿瘤微环境的异质性	未提及样本的具体数量，可能影响模型的泛化能力	开发一种基于多胺代谢的乳腺癌风险评分模型，以个性化预后评估	乳腺癌患者	机器学习	乳腺癌	bulk RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	SuperPC模型	RNA测序数据	NA
108	2025-02-07	A prospective diagnostic model for breast cancer utilizing machine learning to examine the molecular immune infiltrate in HSPB6 2024-Oct-23, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05995-w PMID:39441229	研究论文	本研究利用机器学习技术分析乳腺癌中的分子免疫浸润，特别是HSPB6基因，以开发一种前瞻性诊断模型	通过机器学习模型识别乳腺癌诊断的关键基因，并揭示HSPB6在细胞迁移、增殖和凋亡中的作用	研究主要基于体外细胞实验，需要进一步在体内模型中验证	深入了解乳腺癌的分子机制，并识别与疾病相关的关键基因	乳腺癌相关数据集和MCF7细胞	机器学习	乳腺癌	差异基因表达分析、基因集富集分析（GSEA）、加权共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序	机器学习模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	乳腺癌相关数据集和MCF7细胞
109	2025-02-06	Overcoming barriers to single-cell RNA sequencing adoption in low- and middle-income countries 2024-Oct, European journal of human genetics : EJHG IF:3.7Q2 DOI:10.1038/s41431-024-01564-4 PMID:38565638	评论	本文讨论了在低收入和中等收入国家（LMICs）中采用单细胞RNA测序技术的障碍及其克服方法	强调了在基因组和单细胞转录组研究中实现祖先包容性的重要性，并提出了在LMICs中建立、扩展和采用单细胞测序研究的合作努力	未具体提及研究的局限性	探讨如何在低收入和中等收入国家中克服单细胞RNA测序技术的采用障碍	低收入和中等收入国家的研究人员和捐赠者	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
110	2025-02-05	Novel insights into the heterogeneity of FOXP3 + Treg cells in drug-induced allergic reactions through single-cell transcriptomics 2024-10, Immunologic research IF:3.3Q3 DOI:10.1007/s12026-024-09509-1 PMID:39073709	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了FOXP3+调节性T细胞（Treg）在药物诱导的过敏反应中的异质性及其关键免疫调节作用	首次揭示了FOXP3+ Treg细胞在药物诱导过敏反应中的转录组异质性，并发现FOXP3过表达可减轻过敏反应	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探究FOXP3+ Treg细胞在药物诱导过敏反应中的异质性及其免疫调节作用	FOXP3+ Treg细胞	免疫学	过敏反应	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、CRISPR/Cas9基因编辑	小鼠模型	转录组数据	NA
111	2025-02-05	Integration of single-cell and bulk RNA sequencing revealed immune heterogeneity and its association with disease activity in rheumatoid arthritis patients 2024-10, Immunologic research IF:3.3Q3 DOI:10.1007/s12026-024-09513-5 PMID:39009881	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序技术，揭示了类风湿性关节炎患者免疫异质性及其与疾病活动性的关联	首次整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了类风湿性关节炎患者中特定免疫细胞群与临床特征之间的关联	研究主要基于外周血和滑液样本，可能无法全面反映所有类风湿性关节炎患者的免疫状态	探究类风湿性关节炎患者的免疫环境及其与临床特征的关系	类风湿性关节炎患者的外周血单核细胞和滑液样本	生物信息学	类风湿性关节炎	单细胞转录组测序, T细胞受体测序, 批量RNA测序	NA	RNA测序数据	两个大型队列的批量RNA测序数据及类风湿性关节炎患者的外周血和滑液样本
112	2025-02-05	T cell receptor clonotype in tumor microenvironment contributes to intratumoral signaling network in patients with colorectal cancer 2024-10, Immunologic research IF:3.3Q3 DOI:10.1007/s12026-024-09478-5 PMID:39112913	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了结直肠癌（CRC）中的基因表达和免疫特征，揭示了肿瘤微环境中T细胞受体克隆型的动态变化及其与免疫激活的关联	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析结直肠癌中T细胞受体克隆型的动态变化及其与免疫细胞信号网络的相互作用	样本量较小（30对CRC和正常组织），可能限制了结果的普适性	研究结直肠癌中基因表达和免疫特征，特别是T细胞受体克隆型在肿瘤微环境中的作用	结直肠癌患者及其匹配的正常组织	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞基因表达数据和T细胞受体序列数据	30对结直肠癌和正常组织样本
113	2024-11-20	Long non-coding RNA H19X as a regulator of mononuclear cell adhesion to the endothelium in systemic sclerosis 2024-10-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae034 PMID:38305495	研究论文	研究H19X长非编码RNA在系统性硬化症血管病变中作为内皮细胞粘附分子表达调节因子的功能	首次揭示了H19X长非编码RNA在系统性硬化症血管病变中作为内皮细胞粘附分子表达的调节因子	研究主要集中在体外实验，缺乏体内实验验证	探讨H19X长非编码RNA在系统性硬化症血管病变中的功能	H19X长非编码RNA、内皮细胞、系统性硬化症患者皮肤活检	数字病理学	系统性硬化症	单细胞RNA测序、实时定量PCR、蛋白质印迹、ELISA	NA	RNA	系统性硬化症患者和健康对照者的内皮细胞
114	2025-02-02	Single-cell sequencing has revealed a more complex array of thymic epithelial cells 2024-10, Immunology letters IF:3.3Q3 DOI:10.1016/j.imlet.2024.106904 PMID:39117004	综述	本文综述了单细胞测序在揭示胸腺上皮细胞分类中的最新见解，包括正常和肿瘤胸腺中的细胞类型	利用单细胞测序技术揭示了胸腺上皮细胞的更复杂分类，特别是在正常和肿瘤胸腺中的细胞类型	NA	探讨单细胞测序在胸腺上皮细胞分类中的应用	胸腺上皮细胞	单细胞测序	NA	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
115	2025-02-01	Spatial resolution of the head and neck cancer tumor microenvironment to identify tumor and stromal features associated with therapy response 2024-10, Immunology and cell biology IF:3.2Q3 DOI:10.1111/imcb.12811 PMID:39048134	研究论文	本研究通过空间转录组学和蛋白质组学技术，解析头颈癌肿瘤微环境中的特征，以识别与治疗反应相关的肿瘤和基质特征	首次结合NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler和Akoya PhenoCycler-Fusion技术，对头颈癌肿瘤微环境进行高精度空间转录组和蛋白质组分析，揭示了与免疫治疗反应相关的生物标志物	样本量较小，仅包含12名患者的25个肿瘤核心，可能限制结果的普适性	识别头颈癌肿瘤微环境中与免疫治疗反应相关的生物标志物	头颈癌患者的肿瘤微环境	数字病理学	头颈癌	NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler, Akoya PhenoCycler-Fusion	NA	转录组数据, 蛋白质组数据	12名患者的25个肿瘤核心
116	2025-01-30	The evolution of ovarian somatic cells characterized by transcriptome and chromatin accessibility across rodents, monkeys, and humans 2024-Oct, Life medicine DOI:10.1093/lifemedi/lnae028 PMID:39872443	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组和染色质可及性分析，揭示了人类、猴子、小鼠、大鼠和兔子卵巢在进化过程中的保守性和差异性	首次通过单细胞转录组和染色质可及性联合分析，揭示了卵巢细胞在进化过程中的分子机制变化，并发现了跨物种的共同调控架构	研究主要依赖于非人类模型生物，可能无法完全反映人类卵巢的复杂性	研究卵巢细胞在进化过程中的分子机制变化，以理解人类卵巢生理和疾病	人类、猴子、小鼠、大鼠和兔子的卵巢细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据	人类、猴子、小鼠、大鼠和兔子的卵巢细胞样本
117	2024-10-28	Metabolic Reprogramming Induced by Aging Modifies the Tumor Microenvironment 2024-10-17, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13201721 PMID:39451239	研究论文	研究了衰老引起的代谢重编程如何影响肿瘤微环境（TME）以促进肿瘤发生	利用MMPC方法分析了衰老相关癌症类型的代谢可塑性事件，揭示了衰老相关代谢重编程对肿瘤微环境的影响	NA	探讨衰老与代谢重编程之间的相互作用如何影响肿瘤微环境	衰老相关癌症类型的代谢可塑性事件	生物信息学	癌症	RNA测序	MMPC（Modeling Metabolic Plasticity by Pathway Pairwise Comparison）	RNA-seq数据	17种衰老相关癌症类型的批量RNA-seq数据和单细胞RNA-seq数据
118	2024-10-28	Podoplanin Expression in Early-Stage Colorectal Cancer-Associated Fibroblasts and Its Utility as a Diagnostic Marker for Colorectal Lesions 2024-10-11, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13201682 PMID:39451200	研究论文	研究了早期结直肠癌相关成纤维细胞中Podoplanin的表达及其作为诊断标志物的潜力	首次详细研究了早期结直肠癌中Podoplanin阳性成纤维细胞的来源和功能	研究仅限于免疫组化和单细胞RNA测序，未涉及临床验证	探讨Podoplanin在早期结直肠癌相关成纤维细胞中的表达及其作为诊断标志物的潜力	早期结直肠癌、腺瘤、神经内分泌肿瘤及其正常邻近组织和非肿瘤性结直肠病变	数字病理学	结直肠癌	免疫组化、单细胞RNA测序	NA	组织样本	涉及多种类型的结直肠病变样本
119	2025-01-25	NBAtlas: A harmonized single-cell transcriptomic reference atlas of human neuroblastoma tumors 2024-10-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114804 PMID:39368085	研究论文	本文介绍了一个名为NBAtlas的协调单细胞转录组参考图谱，该图谱整合了七个单细胞或单核数据集，涵盖了61名患者的362,991个细胞，用于解析神经母细胞瘤的转录景观	通过整合多个单细胞转录组数据集，创建了一个覆盖广泛样本的协调细胞图谱，揭示了神经母细胞瘤的转录组特征与临床结果之间的关联，并展示了其在数据驱动细胞类型注释中的实用性	尽管整合了多个数据集，但样本量仍然相对较小，可能限制了某些结论的普适性	解析神经母细胞瘤的转录景观，揭示其与临床结果的关联，并展示该图谱在细胞类型注释中的应用	神经母细胞瘤患者样本	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	61名患者的362,991个细胞
120	2025-01-25	PD-L1 restrains PD-1+Nrp1lo Treg cells to suppress inflammation-driven colorectal tumorigenesis 2024-10-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114819 PMID:39368087	研究论文	本文研究了PD-L1在调节T细胞功能中的作用，特别是在结直肠癌的炎症驱动肿瘤发生中的作用	揭示了PD-L1通过抑制PD-1+Nrp1lo Treg细胞和IL-6中性粒细胞来维持CTL激活，从而控制炎症驱动的结直肠肿瘤发生的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨PD-L1在结直肠癌炎症驱动肿瘤发生中的调节作用	小鼠模型中的T细胞、PD-1+Nrp1lo Treg细胞和IL-6中性粒细胞	免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA