单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-11-09	Multi-omics revealed that ELAVL3 regulates MYCN in neuroblastoma via immunogenic cell death: Risk stratification and experimental research 2024-Oct-31, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.137045 PMID:39486730	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了ELAVL3通过免疫原性细胞死亡调节神经母细胞瘤中的MYCN，并进行了风险分层和实验研究	首次报道了免疫原性细胞死亡相关指数（ICDR-Index），并发现ELAVL3在神经母细胞瘤中的关键作用	研究主要基于批量转录组数据和单细胞RNA测序数据，未涉及临床试验	研究神经母细胞瘤的风险分层和免疫原性细胞死亡机制	神经母细胞瘤患者及其免疫治疗反应	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	机器学习	转录组数据	1244个神经母细胞瘤样本和16个单细胞RNA测序数据集
102	2024-11-09	Tcf21 as a Founder Transcription Factor in Specifying Foxd1 Cells to the Juxtaglomerular Cell Lineage 2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.25.586641 PMID:38585851	研究论文	研究Tcf21在Foxd1+细胞向肾小球旁细胞分化中的作用	揭示了Tcf21在早期肾脏发育中对Foxd1+细胞分化为肾小球旁细胞的关键作用	研究主要集中在小鼠模型上，未涉及人类或其他物种	探讨Tcf21在Foxd1+细胞向肾小球旁细胞分化中的作用及其在肾脏发育中的重要性	Foxd1+基质前体细胞和Tcf21转录因子	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）	NA	单细胞数据	2,054个细胞
103	2024-11-09	Learning antibody sequence constraints from allelic inclusion 2024-Oct-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.22.619760 PMID:39484623	研究论文	本文研究了从等位基因包含现象中学习抗体序列约束的方法	利用大规模单细胞测序数据，发现数千个幼稚B细胞中的轻链等位基因包含现象，并训练机器学习模型识别这些异常序列，结果模型与未训练的抗体特性（如多反应性、表面表达和亲和力成熟中的突变使用）相关性更高	NA	研究抗体序列约束	抗体和B细胞受体（BCR）的序列约束	机器学习	NA	单细胞测序	机器学习模型	序列数据	数千个幼稚B细胞
104	2024-11-09	Estimating and correcting index hopping misassignments in single-cell RNA-seq data 2024-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.21.619353 PMID:39484535	研究论文	本文研究了单细胞RNA测序数据中索引跳跃引起的读取分配错误，并提出了一种计算方法来估计和纠正这种错误	开发了一种简单的方法来估计和纠正单细胞RNA测序数据中的索引跳跃率，通过量化不同细胞类型中错误分配的基因	该方法仅适用于具有不同表达谱的细胞的条形码、多重单细胞RNA测序库	研究单细胞RNA测序数据中索引跳跃的影响，并提出纠正方法	小鼠皮肤细胞的单细胞RNA测序数据	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	1152个细胞
105	2024-11-09	FlyRNAi.org 2025 update-expanded resources for new technologies and species 2024-Oct-22, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae917 PMID:39435987	研究论文	本文介绍了FlyRNAi.org数据库2025年的更新，扩展了支持新技术和物种的资源	扩展了数据库以包括新的数据中心资源，支持单细胞转录组学的挖掘和分析，并将CRISPR试剂和基因中心生物信息学方法应用于Drosophila和其他节肢动物病媒	NA	推进生物学和生物医学理解的'omics研究设计、分析和挖掘	Drosophila和其他节肢动物的功能基因组学研究	生物信息学	NA	单细胞转录组学、CRISPR	NA	基因组数据	NA
106	2024-11-09	Circulating Adenoid Cystic Carcinoma associated MYB transcripts enable rapid and sensitive detection of metastatic disease in blood liquid biopsies 2024-Oct-17, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.10.15.24315549 PMID:39484279	研究论文	开发了一种基于qPCR的检测方法，通过监测血液中MYB转录本的表达来快速敏感地检测腺样囊性癌的转移	首次提出通过血液液体活检中的MYB转录本检测来早期诊断腺样囊性癌的转移	研究样本量较小，需要进一步验证和扩大样本量以提高检测方法的普适性和准确性	开发一种新的诊断方法，用于早期检测腺样囊性癌的转移	血液样本中的MYB转录本表达	数字病理学	头颈部癌症	qPCR	NA	RNA	共收集了49份血液样本，包括23份无ACC历史或证据的样本，15份有ACC历史但无疾病证据的样本，6份局部ACC样本和5份转移性ACC样本
107	2024-11-09	Single-cell transcriptomic profiling of human pancreatic islets reveals genes responsive to glucose exposure over 24 h 2024-Oct, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06214-4 PMID:38967666	研究论文	研究探讨了体外高糖条件下人胰腺胰岛基因表达在24小时内的变化	首次在单细胞分辨率下深入研究了人胰腺胰岛对葡萄糖暴露的24小时转录组响应	研究仅限于体外实验，未涉及体内环境	探讨高糖条件下人胰腺胰岛基因表达的变化及其与2型糖尿病的关系	人胰腺胰岛中的六种细胞类型：alpha、beta、gamma、delta、导管和腺泡细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	来自两个供体的人胰腺胰岛样本
108	2024-11-09	The SWI/SNF chromatin remodelling complex regulates pancreatic endocrine cell expansion and differentiation in mice in vivo 2024-Oct, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06211-7 PMID:38958700	研究论文	研究SWI/SNF染色质重塑复合物在胰腺内分泌细胞扩展和分化中的作用	揭示了SWI/SNF复合物在胰腺内分泌细胞发育和扩展中的关键作用	实验主要在小鼠模型中进行，结果的临床转化需进一步验证	研究SWI/SNF复合物对胰腺内分泌细胞发育的影响	胰腺内分泌细胞及其前体细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括Brg1Δendo;Brm+/-和DKOΔendo小鼠模型，以及胚胎发育中的细胞
109	2024-11-09	Heterotypic macrophages/microglia differentially contribute to retinal ischaemia and neovascularisation 2024-Oct, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06215-3 PMID:38977459	研究论文	研究了异型巨噬细胞/小胶质细胞在视网膜缺血和新生血管形成中的不同作用	揭示了异型巨噬细胞/小胶质细胞在视网膜缺血和新生血管形成中的不同作用，为针对特定细胞的治疗方法提供了新的基础	NA	阐明巨噬细胞/小胶质细胞在增生性缺血性视网膜病变发病机制中的不同作用	巨噬细胞和小胶质细胞在糖尿病视网膜病变中的作用	数字病理学	糖尿病视网膜病变	免疫染色、定量实时RT-PCR、流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	图像	NA
110	2024-11-09	Defining heritability, plasticity, and transition dynamics of cellular phenotypes in somatic evolution 2024-Oct, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01920-6 PMID:39317739	研究论文	本文介绍了一种名为PATH的框架，用于量化细胞状态的可遗传性和可塑性，并从单细胞谱系追踪数据中推断细胞状态的转变和增殖动态	PATH框架通过量化细胞状态的可遗传性和可塑性，取代了传统的定性概念，为研究体细胞进化提供了新的方法	NA	研究细胞状态的可遗传性和可塑性，并推断细胞状态的转变和增殖动态	胰腺癌、胶质母细胞瘤和B细胞急性淋巴细胞白血病中的细胞状态	数字病理学	癌症	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
111	2024-11-08	Case report: Single-cell RNA sequencing of PBMCs highlights monocyte gene expression alterations in a type A HBV-ACLF patient 2024-Oct-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38344 PMID:39502220	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了HBV-ACLF患者外周血单核细胞的基因表达变化	首次通过单细胞RNA测序揭示了HBV-ACLF患者外周血单核细胞的基因表达变化及其M1/M2极化状态的动态变化	单细胞RNA测序技术耗时且难以在日常临床实践中应用	探究HBV-ACLF患者外周血单核细胞的基因表达变化及其在疾病发展中的作用	HBV-ACLF患者的外周血单核细胞	数字病理学	肝病	单细胞RNA测序	NA	RNA	64名患者（包括15名正常对照、10名肝硬化患者、10名慢性乙型肝炎感染者、10名慢性肝功能障碍患者和20名HBV-ACLF患者）
112	2024-11-08	Arabidopsis uses a molecular grounding mechanism and a biophysical circuit breaker to limit floral abscission signaling 2024-Oct-29, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2405806121 PMID:39453742	研究论文	研究了拟南芥中控制花器官脱落的分子机制和生物物理断路器	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了拟南芥花器官脱落的核心基因表达程序，并发现了MKP1基因作为该途径的负调控因子	NA	探讨拟南芥花器官脱落的分子机制和生物物理控制	拟南芥花器官脱落过程中的基因表达和信号传导	植物生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	拟南芥花器官脱落区的单细胞样本
113	2024-11-08	Genetic inference and single cell expression analysis of potential targets in heart failure and breast cancer 2024-Oct-26, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-06010-y PMID:39460820	研究论文	本研究通过结合遗传推断和单细胞表达分析，探索心力衰竭和乳腺癌中的潜在遗传靶点，并使用孟德尔随机化方法评估这些靶点的因果关系	本研究首次将遗传推断与单细胞表达分析相结合，揭示心力衰竭和乳腺癌中的潜在遗传靶点，并验证其因果效应	本研究主要依赖于基因组关联研究和单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证	探索心力衰竭和乳腺癌中的潜在遗传靶点，并评估其因果关系	心力衰竭和乳腺癌中的遗传变异及其在不同细胞类型中的表达模式	基因组学	心血管疾病和乳腺癌	基因组关联研究（GWAS）和单细胞RNA测序	NA	基因组数据和单细胞RNA表达数据	涉及心力衰竭和乳腺癌的多个遗传变异及其在心脏和乳腺细胞中的表达模式
114	2024-11-08	Single-cell omics and machine learning integration to develop a polyamine metabolism-based risk score model in breast cancer patients 2024-Oct-23, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-06001-z PMID:39441216	研究论文	本文通过整合单细胞组学和机器学习技术，开发了一种基于多胺代谢途径的乳腺癌风险评分模型	本文创新性地结合了单细胞RNA测序和机器学习算法，开发了一种新的乳腺癌风险评分模型，并验证了其在预测患者预后中的高准确性	NA	开发一种基于多胺代谢途径的乳腺癌风险评分模型，以提高乳腺癌患者的预后预测准确性	乳腺癌患者及其肿瘤微环境中的多胺代谢相关基因	机器学习	乳腺癌	单细胞RNA测序	SuperPC模型	基因表达数据	286个与多胺途径相关的差异表达基因
115	2024-11-08	A prospective diagnostic model for breast cancer utilizing machine learning to examine the molecular immune infiltrate in HSPB6 2024-Oct-23, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05995-w PMID:39441229	研究论文	研究利用机器学习模型分析HSPB6中的分子免疫浸润，开发用于乳腺癌诊断的前瞻性模型	首次开发了基于HSPB6的机器学习模型用于乳腺癌诊断，并揭示了Tregs和M2巨噬细胞在肿瘤免疫环境中的重要作用	研究主要基于体外细胞实验和生物信息学分析，缺乏临床验证	深入理解乳腺癌进展的分子机制，并开发新的诊断标记物	乳腺癌相关的基因表达和免疫细胞浸润	机器学习	乳腺癌	基因集富集分析（GSEA）、加权共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序	机器学习模型	基因表达数据	涉及多个乳腺癌相关基因和免疫细胞类型
116	2024-11-08	Modeling Glioma Intratumoral Heterogeneity with Primary Human Neural Stem and Progenitor Cells 2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.20.619254 PMID:39484434	研究论文	本文开发了一种使用人类胎儿脑组织中纯化的神经干细胞和祖细胞（NSPCs）模拟胶质瘤起始的模型	首次使用人类神经干细胞和祖细胞构建胶质瘤异质性模型，并通过单细胞RNA测序分析细胞起源对肿瘤细胞亚型的影响	研究仅限于小鼠模型，未在人类中验证	探究细胞起源如何影响胶质瘤的异质性	神经干细胞和祖细胞（NSPCs）以及胶质瘤	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	使用从人类胎儿脑组织中纯化的神经干细胞和祖细胞，并在免疫缺陷小鼠中进行移植和分析
117	2024-11-08	YY1 knockout in pro-B cells impairs lineage commitment, enabling unusual hematopoietic lineage plasticity 2024-Oct-16, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.351734.124 PMID:39362773	研究论文	研究YY1在B细胞发育中的作用，发现YY1敲除导致B细胞系分化受阻，并表现出异常的造血系可塑性	首次揭示YY1在B细胞系分化中的关键作用，并发现YY1敲除后B细胞表现出异常的造血系可塑性	NA	探讨YY1在B细胞发育中的作用及其对细胞系分化的影响	YY1敲除的B细胞	NA	NA	RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-seq, scATAC-seq	NA	RNA, 染色质	YY1敲除的B细胞，OP9-DL4饲养系统培养的细胞，Rag1小鼠体内注射的细胞
118	2024-11-08	Single-cell spatiotemporal analysis reveals alveolar dendritic cell-T cell immunity hubs defending against pulmonary infection 2024-Oct-16, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-024-00733-5 PMID:39414763	研究论文	本文通过高分辨率技术免疫制图，结合空间和单细胞RNA测序，研究了SARS-CoV-2感染的叙利亚仓鼠模型中肺部感染过程中免疫细胞的时空协调机制	首次揭示了肺泡树突状细胞-T细胞免疫枢纽在SARS-CoV-2感染中的快速扩展和病毒清除机制	研究主要基于叙利亚仓鼠模型和hACE2小鼠模型，尚未在人类中直接验证	揭示肺部感染过程中免疫细胞的时空协调机制	肺泡树突状细胞、T细胞、巨噬细胞等免疫细胞	数字病理学	肺部感染	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	142,965个细胞，45个肺叶，25只仓鼠，5个时间点
119	2024-11-08	Single-cell spatiotemporal analysis of the lungs reveals Slamf9+ macrophages involved in viral clearance and inflammation resolution 2024-Oct-16, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-024-00734-4 PMID:39414783	研究论文	研究了SARS-CoV-2感染后肺部免疫稳态的恢复过程，发现Slamf9+巨噬细胞在病毒清除和炎症消退中的作用	首次揭示了Slamf9+巨噬细胞在SARS-CoV-2感染后肺部组织修复和炎症消退中的关键作用	研究主要基于叙利亚仓鼠模型和hACE2小鼠模型，尚未在人类中进行直接验证	探究肺部在SARS-CoV-2感染后免疫稳态的恢复机制	SARS-CoV-2感染后的肺部免疫反应和组织修复过程	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA-seq数据	叙利亚仓鼠模型和hACE2小鼠模型，以及公开的人类尸检单细胞RNA-seq数据
120	2024-11-08	An aberrant immune-epithelial progenitor niche drives viral lung sequelae 2024-Oct, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07926-8 PMID:39232171	研究论文	研究了呼吸道病毒感染后的长期生理后果，特别是COVID-19后的后遗症，并建立了一个小鼠模型来识别驱动肺纤维化的异常免疫-上皮祖细胞生态位	通过空间转录组学和成像技术，揭示了肺驻留CD8 T细胞-巨噬细胞相互作用在急性病毒性肺炎后阻碍肺泡再生和驱动纤维化后遗症中的核心作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现	探讨呼吸道病毒感染后的长期生理后果，特别是COVID-19后的后遗症，并寻找治疗策略	呼吸道病毒感染后的肺部纤维化和肺泡再生	数字病理学	肺部疾病	空间转录组学和成像技术	NA	转录组数据和图像	三个呼吸道PASC患者队列和小鼠模型