单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-03-20	The SWI/SNF chromatin remodelling complex regulates pancreatic endocrine cell expansion and differentiation in mice in vivo 2024-Oct, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06211-7 PMID:38958700	研究论文	本研究探讨了SWI/SNF染色质重塑复合体在小鼠胰腺内分泌细胞扩展和分化中的调控作用	揭示了BRG1和BRM ATPase亚基在内分泌细胞发育中的关键作用，并通过单细胞RNA-seq技术分析了基因表达的变化	研究主要基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	研究SWI/SNF染色质重塑复合体在内分泌细胞发育中的作用	小鼠的胰腺内分泌细胞	分子生物学	糖尿病	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	胚胎15.5天的小鼠内分泌细胞
82	2025-03-19	Association between biological ageing and periodontitis: Evidence from a cross-sectional survey and multi-omics Mendelian randomization analysis 2024-10, Journal of clinical periodontology IF:5.8Q1 DOI:10.1111/jcpe.14040 PMID:38956929	研究论文	本文通过横断面调查和多组学孟德尔随机化分析，探讨了生物老化与牙周炎之间的关系及其潜在因果关系	结合横断面数据、孟德尔随机化（MR）和多组学整合分析，首次揭示了生物老化与牙周炎之间的因果关系及其潜在分子机制	研究主要基于观察性数据，因果关系的确立仍需进一步实验验证	探讨生物老化与牙周炎之间的关系及其潜在因果关系	3189名NHANES数据参与者及大规模meta-牙周炎GWAS数据集	生物医学	牙周炎	多组学整合分析、孟德尔随机化（MR）、单细胞测序	多变量回归分析、两步MR中介分析	基因组数据、横断面调查数据	3189名NHANES数据参与者
83	2025-03-16	SDePER: a hybrid machine learning and regression method for cell-type deconvolution of spatial barcoding-based transcriptomic data 2024-Oct-14, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03416-2 PMID:39402626	研究论文	本文提出了一种混合机器学习和回归方法SDePER，用于基于空间条形码的转录组数据的细胞类型去卷积	SDePER方法解决了ST数据和scRNA-seq数据之间的平台效应，确保它们之间的线性关系，同时处理捕获点间细胞类型的稀疏性和空间相关性	未明确提及具体局限性	提高基于空间条形码的转录组数据的细胞类型去卷积精度和鲁棒性	基于空间条形码的转录组数据和参考单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	混合机器学习和回归方法	转录组数据	模拟数据和四个真实数据集
84	2025-03-01	Single-cell RNA sequencing data identify a conserved population of metallothionein-expressing macrophages that may be ubiquitous in vital human organs 2024-Oct, Clinical and translational discovery DOI:10.1002/ctd2.348 PMID:40018369	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
85	2025-03-13	Characterization of HPV6/11-reactive T-cell subsets in papillomas of patients with juvenile-onset recurrent respiratory papillomatosis and identification of HPV11 E7-specific candidate TCR clonotypes 2024-Oct-22, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00677-24 PMID:39258910	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和RNA微阵列技术，分析了青少年复发性呼吸道乳头状瘤病（JORRP）患者乳头状瘤中HPV6/11反应性T细胞亚群的特征，并鉴定了HPV11 E7特异性候选TCR克隆型	首次在JORRP乳头状瘤组织中鉴定出HPV11 E7特异性候选TCR克隆型，并揭示了IFN-γ+ CD8+记忆T细胞在抗HPV6/11 T细胞免疫中的重要性	研究样本量有限，且未进行体内实验验证候选TCR克隆型的治疗效果	研究JORRP患者乳头状瘤中HPV6/11反应性T细胞亚群的特征，并探索其在免疫治疗中的应用	青少年复发性呼吸道乳头状瘤病（JORRP）患者的乳头状瘤组织	免疫学	青少年复发性呼吸道乳头状瘤病（JORRP）	单细胞RNA测序，RNA微阵列	NA	RNA测序数据，微阵列数据	未明确说明样本数量，但涉及JORRP患者的乳头状瘤组织
86	2025-03-12	VCAM-1 mediates proximal tubule-immune cell cross talk in failed tubule recovery during AKI-to-CKD transition 2024-Oct-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00076.2024 PMID:39116349	研究论文	本研究探讨了在急性肾损伤（AKI）向慢性肾病（CKD）转变过程中，血管细胞粘附蛋白-1（VCAM-1）在近端肾小管细胞中的表达及其在修复失败状态中的作用	首次揭示了VCAM-1在AKI向CKD转变过程中通过NF-κB信号通路介导近端肾小管与免疫细胞间的相互作用，促进修复失败状态	研究主要基于动物模型和体外细胞实验，尚未在人体中进行验证	探讨VCAM-1在AKI向CKD转变过程中的作用机制	近端肾小管细胞和免疫细胞	肾脏病学	肾脏疾病	单细胞转录组分析、RNA测序、蛋白质分析	NA	RNA测序数据、蛋白质数据	AKI和CKD患者的单细胞转录组数据、小鼠模型的肾脏RNA和蛋白质数据
87	2025-03-09	Comprehensive multi-omics integration uncovers mitochondrial gene signatures for prognosis and personalized therapy in lung adenocarcinoma 2024-Oct-21, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05754-y PMID:39434164	研究论文	本研究通过整合多组学数据，揭示了线粒体相关基因在肺腺癌（LUAD）中的预后意义，并开发了个性化治疗策略	首次通过整合转录组和单细胞RNA测序数据，结合机器学习算法，开发了基于线粒体相关基因的人工智能预后签名（AIDPS）模型，并验证了其在多个独立数据集中的预后准确性	研究依赖于公开数据库中的数据，可能存在数据偏差或样本量不足的问题	阐明线粒体相关基因在肺腺癌中的预后意义，并开发个性化治疗策略	肺腺癌（LUAD）患者	数字病理学	肺癌	转录组测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习算法、AIDPS模型	转录组数据、单细胞RNA测序数据、临床数据	来自公开数据库的肺腺癌患者数据
88	2025-03-09	The effects of age and dysfunction on meibomian gland population dynamics 2024-Oct, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2024.08.005 PMID:39122180	研究论文	本研究利用单细胞和空间转录组学技术，探究了与年龄相关的腺体萎缩和Awat2基因敲除小鼠中腺体功能异常的细胞组成、分化和基因表达变化	首次使用单细胞和空间转录组学技术揭示了腺体功能异常的分子机制，包括脂质生成基因的分层表达和免疫细胞浸润的增加	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本，可能限制了结果的普适性	探究年龄和功能障碍对睑板腺细胞组成、分化和基因表达的影响	野生型小鼠和Awat2基因敲除小鼠的睑板腺	生物医学	干眼病	单细胞转录组学、空间转录组学	小鼠模型	基因表达数据	年轻（6个月）和老年（22个月）野生型C57Bl/6小鼠，年轻（3个月）和老年（13个月）Awat2 KO小鼠
89	2025-03-05	Therapeutic single-cell landscape: methotrexate exacerbates interstitial lung disease by compromising the stemness of alveolar epithelial cells under systemic inflammation 2024-Oct, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105339 PMID:39303666	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，探讨了甲氨蝶呤（MTX）和TNF抑制剂对类风湿性关节炎相关间质性肺病（RA-ILD）的影响	揭示了MTX通过促进免疫细胞浸润、Th17激活和纤维化加剧肺炎症，而TNF抑制剂则改善这些特征并抑制ILD进展	研究主要基于SKG小鼠模型，人类数据仅来自一个RA-ILD队列，样本量有限	探讨MTX和TNF抑制剂对RA-ILD的影响	SKG小鼠模型和人类RA-ILD患者	数字病理学	间质性肺病	单细胞转录组学	SKG小鼠模型	转录组数据	SKG小鼠模型和人类RA-ILD队列
90	2025-03-03	YY1 knockout in pro-B cells impairs lineage commitment, enabling unusual hematopoietic lineage plasticity 2024-Oct-16, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.351734.124 PMID:39362773	研究论文	本文研究了YY1在B细胞发育中的作用，特别是其在pro-B细胞阶段敲除后对B细胞谱系承诺的影响	发现YY1敲除的pro-B细胞在体外和体内均能生成T细胞谱系，并表现出异常的造血谱系可塑性	研究中未详细探讨YY1在其他细胞谱系中的具体调控机制	探讨YY1在B细胞发育中的功能及其对谱系承诺的影响	pro-B细胞	细胞生物学	NA	RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-seq, scATAC-seq	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
91	2025-03-01	Multiplexed, image-based pooled screens in primary cells and tissues with PerturbView 2024-Oct-07, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02391-0 PMID:39375449	研究论文	本文介绍了PerturbView技术，一种能够在多种系统中进行高多重表型读出的光学池筛选技术	PerturbView通过体外转录扩增条形码，使得在包括原代细胞和组织在内的多种系统中进行高多重表型读出的筛选成为可能	NA	开发并验证一种新的光学池筛选技术，以扩展其在多种细胞和组织模型中的应用	诱导多能干细胞衍生的神经元、原代免疫细胞和动物模型的肿瘤组织切片	数字病理学	NA	光学池筛选（OPS）、体外转录、原位测序	NA	图像、转录组数据	包括诱导多能干细胞衍生的神经元、原代免疫细胞和动物模型的肿瘤组织切片
92	2025-02-28	HIV persists in late coronary atheroma and is associated with increased local inflammation and disease progression 2024-Oct-18, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5125826/v1 PMID:39483879	研究论文	本研究通过DNA/RNA检测、空间转录组学和高分辨率质谱分析，对HIV感染者与非感染者的冠状动脉和主动脉进行了全面评估，揭示了HIV感染者晚期动脉粥样硬化斑块中更高的炎症水平与HIV拷贝数的相关性	首次在HIV感染者的晚期动脉粥样硬化斑块中发现HIV持续存在，并揭示了其与局部炎症增加和疾病进展的关联	研究样本来自已故患者，可能无法完全反映活体情况	探讨HIV感染者中动脉粥样硬化进展的免疫机制	HIV感染者和非感染者的冠状动脉和主动脉	NA	心血管疾病	DNA/RNA检测, 空间转录组学, 高分辨率质谱分析	NA	生物样本数据	已故HIV感染者和非感染者的冠状动脉和主动脉样本
93	2025-02-23	Genetic inference and single cell expression analysis of potential targets in heart failure and breast cancer 2024-Oct-26, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-06010-y PMID:39460820	研究论文	本研究通过结合遗传推断和单细胞表达分析，探索心力衰竭和乳腺癌的潜在遗传靶点，并利用孟德尔随机化方法评估这些靶点的因果关系	结合遗传推断和单细胞表达分析，揭示心力衰竭和乳腺癌的潜在遗传靶点，并通过实验验证ITM2B基因在乳腺癌中的作用	研究主要依赖于GWAS数据和单细胞RNA测序技术，可能存在样本选择偏差和技术局限性	探索心力衰竭和乳腺癌的潜在遗传靶点，并评估这些靶点的因果关系	心力衰竭和乳腺癌的遗传变异及其表达模式	基因组学	心力衰竭, 乳腺癌	GWAS, 单细胞RNA测序, 免疫荧光	NA	基因组数据, 单细胞RNA测序数据	NA
94	2025-02-21	Microfluidic Chip-Based Automatic System for Sequencing Patient-Derived Organoids at the Single-Cell Level 2024-10-22, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c05111 PMID:39399894	研究论文	本研究介绍了一种基于微流控芯片的自动系统MASSO，用于在单细胞水平上对患者来源的类器官进行测序	MASSO系统通过在单一微流控芯片上执行所有必要步骤，避免了珍贵PDO的损失，并确保了单PDO细胞的全基因组扩增的高质量，自动化操作过程消除了人为错误，提高了数据重复性	NA	解决现有单细胞测序技术在处理临床组织样本来源的PDO时效率低下的问题	患者来源的类器官（PDOs）	数字病理学	肺癌	全基因组测序	NA	基因组数据	NA
95	2025-02-21	DEPICT-seq: Single-Cell Transcriptomic Analysis of Rare Cell Subsets Isolated via Nucleic Acid Cytometry 2024-10-15, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c03075 PMID:39287475	研究论文	本文介绍了一种名为DEPICT-seq的高通量液滴核酸细胞计数方法，用于分离和分析基于核酸标记的稀有细胞亚群	DEPICT-seq方法结合了批量细胞固定、双乳液数字PCR细胞分选和单细胞分辨率下的全长转录组分析，能够针对感兴趣的核酸标记进行细胞分选和转录组分析	NA	开发一种能够深入分析稀有细胞亚群的方法，以理解组织生理学和病理学	稀有细胞亚群，特别是T细胞受体（TCR）工程化的T细胞	单细胞转录组学	NA	双乳液数字PCR、单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA
96	2025-02-18	CBX1 is involved in hepatocellular carcinoma progression and resistance to sorafenib and lenvatinib via IGF-1R/AKT/SNAIL signaling pathway 2024-Oct, Hepatology international IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12072-024-10696-0 PMID:38769286	研究论文	本研究探讨了CBX1在肝细胞癌（HCC）进展及对索拉非尼和乐伐替尼耐药中的作用及其机制	首次揭示了CBX1通过IGF-1R/AKT/SNAIL信号通路促进HCC进展和增加TKI耐药性的机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探究CBX1在HCC中的作用及其对TKI耐药性的影响	肝细胞癌（HCC）细胞及小鼠模型	癌症研究	肝细胞癌	RT-PCR, Western Blotting, 免疫组化分析, 单细胞RNA测序, CCK-8, 集落形成, Transwell侵袭, 划痕实验, 异种移植实验	NA	基因表达数据, 蛋白质表达数据	多种癌症样本及HCC组织样本
97	2025-02-13	Spatial transcriptomic revealed intratumor heterogeneity and cancer stem cell enrichment in colorectal cancer metastasis 2024-Oct-10, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217181 PMID:39159882	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，揭示了结直肠癌（CRC）原发和转移组织中的肿瘤内异质性，并发现转移组织中癌症干细胞（CSCs）的富集	首次应用空间转录组学技术全面分析CRC原发和转移组织的转录组，发现FOXD1作为新的转移性CSCs标志物，并揭示了转移过程中的去分化-分化过程	研究样本量较小，仅包括两对原发和转移组织，可能限制结果的普适性	探索结直肠癌转移的机制，特别是肿瘤内异质性和癌症干细胞的作用	结直肠癌原发组织和匹配的肝转移组织	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学（ST）	NA	转录组数据	两对原发和转移组织
98	2025-02-13	Inferring pattern-driving intercellular flows from single-cell and spatial transcriptomics 2024-Oct, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02380-w PMID:39187683	研究论文	本文提出了一种名为FlowSig的方法，通过图形因果建模和条件独立性，从单细胞RNA测序（scRNA-seq）或空间转录组学（ST）数据中推断出由通信驱动的细胞间流动	FlowSig方法首次结合图形因果建模和条件独立性，从scRNA-seq或ST数据中推断出由通信驱动的细胞间流动，填补了现有方法论的空白	NA	开发一种能够从scRNA-seq或ST数据中推断出由通信驱动的细胞间流动的方法	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）数据	生物信息学	COVID-19	scRNA-seq, 空间转录组学	图形因果建模	基因表达数据	新生成的实验性皮质器官样数据和数学建模生成的合成数据
99	2025-02-12	Influence of Vitamin D Receptor Signalling and Vitamin D on Colonic Epithelial Cell Fate Decisions in Ulcerative Colitis 2024-Oct-15, Journal of Crohn's & colitis DOI:10.1093/ecco-jcc/jjae074 PMID:38747639	研究论文	本文研究了维生素D受体信号和维生素D对溃疡性结肠炎中结肠上皮细胞命运决定的影响	揭示了维生素D-VDR信号轴在支持结肠上皮细胞分化中的重要作用，并提出了其作为治疗溃疡性结肠炎的新靶点	研究主要基于体外实验和患者样本，未进行大规模临床试验验证	探讨维生素D和维生素D受体信号在溃疡性结肠炎中的作用机制	溃疡性结肠炎患者和健康个体的结肠活检样本	NA	溃疡性结肠炎	免疫组织化学、RNA表达阵列、单细胞RNA测序、CRISPR/Cas9基因敲除	NA	RNA测序数据、免疫组织化学数据	溃疡性结肠炎患者和健康个体的结肠活检样本
100	2025-02-11	Integrated analysis reveals prognostic correlation and immune characteristics of a tumor-associated macrophage-based risk signature in triple-negative breast cancer 2024-Oct-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-1037 PMID:39525038	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据识别了三阴性乳腺癌中的肿瘤相关巨噬细胞簇，构建了与预后相关的风险特征，并验证了其与免疫特征的关系	首次基于单细胞RNA测序数据识别了三阴性乳腺癌中的肿瘤相关巨噬细胞簇，并构建了一个8基因风险特征，验证了其作为独立预后因素的价值	研究主要基于单细胞RNA测序数据，样本量和数据来源可能限制了结果的普适性	探索三阴性乳腺癌中肿瘤相关巨噬细胞的特性，构建与预后相关的风险特征，并验证其与免疫特征的关系	三阴性乳腺癌患者	数字病理学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），逆转录聚合酶链反应（RT-PCR），蛋白质印迹（Western blot），免疫组织化学	LASSO回归	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量