单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-11-15	Integration of single-cell and bulk RNA sequencing revealed immune heterogeneity and its association with disease activity in rheumatoid arthritis patients 2024-Oct, Immunologic research IF:3.3Q3 DOI:10.1007/s12026-024-09513-5 PMID:39009881	研究论文	本文通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了类风湿性关节炎患者免疫异质性及其与疾病活动的关系	本文首次整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了特定免疫细胞群体与临床特征之间的关联，为评估局部免疫激活提供了快速准确的方法	NA	研究类风湿性关节炎患者免疫环境的整体特征及其与临床特征的关联	类风湿性关节炎患者的单核细胞、外周血和滑液中的免疫细胞	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞转录组测序、T细胞受体测序、批量RNA测序	NA	RNA测序数据	两个大型队列的批量RNA测序数据以及类风湿性关节炎患者的外周血和滑液中的单核细胞
82	2024-11-15	The Expression of MAFB Gene in Circulating Monocytes Is Related to Chronic Inflammatory Status in T2DM Patients 2024-Oct, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-024-02012-7 PMID:38602607	研究论文	研究探讨了MAFB基因在T2DM患者循环单核细胞中的表达与慢性炎症状态的关系	首次发现MAFB基因在T2DM患者循环单核细胞中的表达与慢性炎症状态相关，并具有一定的预测价值	研究仅基于bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，未涉及其他类型的实验验证	探讨T2DM患者循环免疫细胞中的炎症标志物，预测胰岛素抵抗和T2DM的发生	T2DM患者的循环单核细胞和外周血单核细胞	NA	糖尿病	bulk RNA-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	T2DM患者的外周血单核细胞样本
83	2024-11-15	T cell receptor clonotype in tumor microenvironment contributes to intratumoral signaling network in patients with colorectal cancer 2024-Oct, Immunologic research IF:3.3Q3 DOI:10.1007/s12026-024-09478-5 PMID:39112913	研究论文	研究使用单细胞RNA测序分析结直肠癌中的基因表达和免疫细胞组成	揭示了结直肠癌中T细胞受体克隆型的扩展与免疫激活之间的关系	样本量较小，仅分析了30对结直肠癌和匹配的正常组织	探讨结直肠癌中基因表达和免疫细胞组成的差异	结直肠癌和匹配的正常组织中的单细胞基因表达和T细胞受体序列	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	30对结直肠癌和匹配的正常组织
84	2024-11-15	Single-cell RNA-sequencing reveals a profound immune cell response in human cytomegalovirus-infected humanized mice 2024-Oct, Virologica Sinica IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.virs.2024.08.006 PMID:39153545	研究论文	研究了人类巨细胞病毒感染人源化小鼠后，单细胞RNA测序揭示的免疫细胞反应	利用单细胞RNA测序技术，首次在单细胞水平上研究了人类巨细胞病毒感染人源化小鼠后，外周血单核细胞的基因表达变化	研究仅限于人源化小鼠模型，可能无法完全反映人类感染的真实情况	探讨人类巨细胞病毒感染人源化小鼠后，宿主免疫反应的基因表达变化	人类巨细胞病毒感染的人源化小鼠及其外周血单核细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	人类巨细胞病毒感染的人源化小鼠的外周血单核细胞
85	2024-11-15	Mcadet: A feature selection method for fine-resolution single-cell RNA-seq data based on multiple correspondence analysis and community detection 2024-Oct, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012560 PMID:39466833	研究论文	提出了一种名为Mcadet的新特征选择方法，用于高分辨率单细胞RNA测序数据	Mcadet结合了多重对应分析、基于图的社区检测和一种新的统计测试方法，显著提高了在高分辨率单细胞RNA测序数据和少数细胞类型数据中选择高变异基因的性能	高变异基因选择对不同下游分析的影响需要进一步研究	解决现有特征选择方法在高分辨率单细胞RNA测序数据中的局限性	高分辨率单细胞RNA测序数据和少数细胞类型数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
86	2024-11-15	Tumour evolution and microenvironment interactions in 2D and 3D space 2024-Oct, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08087-4 PMID:39478210	研究论文	研究肿瘤细胞与非肿瘤细胞在2D和3D空间中的相互作用	通过Visium空间转录组学和单核RNA测序结合CODEX技术，定义了肿瘤微区域和空间亚克隆，并重建了3D肿瘤结构	样本量相对较小，且仅涵盖6种癌症类型	研究肿瘤细胞与微环境在2D和3D空间中的相互作用	131个肿瘤切片，48个单核RNA测序样本和22个CODEX样本	数字病理学	NA	Visium空间转录组学，单核RNA测序，CODEX	深度学习算法	转录组数据，图像数据	131个肿瘤切片，48个单核RNA测序样本，22个CODEX样本
87	2024-11-14	Adding Highly Variable Genes to Spatially Variable Genes Can Improve Cell Type Clustering Performance in Spatial Transcriptomics Data 2024-Oct-25, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5315913/v1 PMID:39502778	研究论文	研究探讨了在空间转录组数据中，将高变异基因与空间变异基因结合是否能提高细胞类型聚类性能	首次研究了将高变异基因与空间变异基因结合对细胞类型聚类性能的影响	仅在50个真实空间转录组数据集上进行了测试，可能需要更多数据集验证	探讨在空间转录组数据中，结合高变异基因与空间变异基因对细胞类型聚类性能的影响	空间转录组数据中的高变异基因和空间变异基因	基因组学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	50个真实空间转录组数据集
88	2024-11-14	Single-cell sequencing technology to characterize stem T-cell subpopulations in acute T-lymphoblastic leukemia and the role of stem T-cells in the disease process 2024-Oct-17, Aging DOI:10.18632/aging.206123 PMID:39422621	研究论文	研究使用单细胞测序技术分析急性T淋巴母细胞白血病中的干细胞T细胞亚群及其在疾病过程中的作用	首次通过单细胞测序技术详细分析了急性T淋巴母细胞白血病中的干细胞T细胞亚群及其在疾病发展中的作用	研究依赖于公共数据库的数据，可能存在数据质量和样本多样性的限制	探讨急性T淋巴母细胞白血病中干细胞T细胞亚群的特征及其在疾病过程中的作用	急性T淋巴母细胞白血病中的干细胞T细胞亚群	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞数据	来自公共数据库的单细胞测序数据
89	2024-11-14	Antibody-Fab and -Fc features promote Mycobacterium tuberculosis restriction 2024-Oct-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.07.617070 PMID:39416184	研究论文	研究了抗体Fab和Fc特征在限制结核分枝杆菌中的作用	通过Fc交换优化了保护性脂阿拉伯甘露聚糖特异性单克隆抗体，并揭示了Fc效应功能在限制中的关键作用	NA	探讨抗体在控制结核分枝杆菌中的机制	结核分枝杆菌、单克隆抗体、Fc变体	NA	结核病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
90	2024-11-13	The multifaceted role of mitochondria in cardiac function: insights and approaches 2024-Oct-29, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-01899-x PMID:39472951	综述	本文综述了线粒体在心脏功能中的多方面作用及其在心血管疾病中的重要性	讨论了线粒体异质性和亚群在维持心脏功能和疾病相关重塑中的作用，并强调了线粒体与核的逆向通讯	未提供具体的研究数据或实验结果	探讨线粒体在心脏功能中的作用及其在心血管疾病中的潜在治疗策略	线粒体及其在心脏功能和疾病中的作用	心血管疾病	心血管疾病	全基因组关联研究 (GWAS)	NA	NA	NA
91	2024-11-12	Single-cell transcriptomics reveal diverging pathobiology and opportunities for precision targeting in scleroderma-associated versus idiopathic pulmonary arterial hypertension 2024-Oct-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.25.620225 PMID:39484590	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了硬皮病相关肺动脉高压与特发性肺动脉高压在病理生物学上的差异，并探讨了精准靶向治疗的机会	首次通过单细胞RNA测序技术比较了硬皮病相关肺动脉高压与特发性肺动脉高压的基因表达差异，揭示了潜在的治疗靶点	研究样本量较小，需要进一步的临床验证	探讨硬皮病相关肺动脉高压与特发性肺动脉高压的分子机制差异，寻找新的治疗靶点	硬皮病相关肺动脉高压和特发性肺动脉高压患者的肺组织样本	数字病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	12个肺组织样本，包括4个硬皮病相关肺动脉高压、4个特发性肺动脉高压和4个失败供体样本
92	2024-11-12	Spatiotemporal lineage tracing reveals the dynamic spatial architecture of tumor growth and metastasis 2024-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.21.619529 PMID:39484491	研究论文	本文通过整合高分辨率空间转录组学和进化谱系追踪技术，研究了肺腺癌小鼠模型中肿瘤扩展、可塑性和转移与微环境重塑的共进化关系	本文创新性地整合了高分辨率空间转录组学和进化谱系追踪技术，揭示了肿瘤扩展、可塑性和转移与微环境重塑的动态关系	NA	研究肿瘤进展过程中癌细胞与微环境之间的动态相互作用	肺腺癌小鼠模型中的肿瘤扩展、可塑性和转移	数字病理学	肺癌	高分辨率空间转录组学	NA	空间数据	小鼠模型
93	2024-11-12	HIV persists in late coronary atheroma and is associated with increased local inflammation and disease progression 2024-Oct-18, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5125826/v1 PMID:39483879	研究论文	本研究探讨了HIV感染者冠状动脉粥样硬化斑块中HIV的存在及其与局部炎症和疾病进展的关系	首次揭示了HIV感染者冠状动脉粥样硬化斑块中HIV的高拷贝数与显著炎症的相关性，并发现了CD163巨噬细胞表达的变化	研究样本量较小，且仅限于已故HIV感染者和对照组，需要进一步在大规模临床队列中验证	探讨HIV感染者冠状动脉粥样硬化的免疫机制及其与炎症的关系	已故HIV感染者和对照组的冠状动脉和主动脉	心血管疾病	心血管疾病	DNA/RNA测序、空间转录组学、高分辨率质谱分析	NA	基因表达数据	已故HIV感染者和对照组的冠状动脉和主动脉样本
94	2024-11-12	Gene expression landscape of cutaneous squamous cell carcinoma progression 2024-Oct-17, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae249 PMID:38867481	研究论文	本文通过元分析公开的RNA-Seq样本，定义了从正常皮肤到皮肤鳞状细胞癌（cSCC）不同阶段的转录组景观	本文通过整合多个研究的数据，定义了cSCC进展过程中不同阶段的差异表达基因（DEGs），并使用单细胞RNA-Seq数据验证了这些基因的表达情况	由于样本量较小和分析协议的多样性，研究结果的可转移性可能有限	定义皮肤鳞状细胞癌进展过程中不同阶段的转录组景观	正常皮肤、光化性角化病、原位鳞状细胞癌、角化棘皮瘤和皮肤鳞状细胞癌的RNA-Seq样本	数字病理学	皮肤鳞状细胞癌	RNA测序	NA	RNA-Seq数据	共分析了73个正常皮肤样本、46个光化性角化病样本、16个原位鳞状细胞癌样本、13个角化棘皮瘤样本和147个皮肤鳞状细胞癌样本
95	2024-11-12	COL10A1 expression distinguishes a subset of cancer-associated fibroblasts present in the stroma of high-risk basal cell carcinoma 2024-Oct-17, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae258 PMID:38916477	研究论文	研究探讨了基底细胞癌（BCC）不同亚型间基质中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的特征，特别是COL10A1的表达	首次发现COL10A1作为高风险BCC的标志物，特别是在硬化/浸润性和基底鳞状亚型中	研究样本量有限，且仅限于特定亚型的BCC	研究BCC不同亚型基质中CAFs的特征，以寻找新的治疗靶点和预后生物标志物	基底细胞癌的不同亚型及其基质中的癌症相关成纤维细胞	数字病理学	皮肤癌	RNA测序（RNA-Seq）、激光捕获显微切割（LCM）、免疫组织化学（IHC）、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	15个BCC样本（来自5种不同纯亚型，每种3个样本），6个健康皮肤样本，93个不同BCC样本和13个健康皮肤样本
96	2024-11-12	Exploring Cellular Heterogeneity: Single-Cell and Spatial Transcriptomics of Alzheimer Disease Brains and iPSC-Derived Microglia 2024-Oct-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5045715/v1 PMID:39483903	研究论文	本文通过整合单细胞和空间转录组学数据，研究了阿尔茨海默病大脑和诱导多能干细胞衍生的微胶质细胞的细胞异质性	本文首次整合了单细胞和空间转录组学数据，揭示了微胶质细胞在阿尔茨海默病中的多样性和空间分布特征	本文未详细讨论微胶质细胞异质性对阿尔茨海默病进展的具体影响	揭示微胶质细胞在阿尔茨海默病中的转录状态多样性和空间分布特征	阿尔茨海默病大脑和诱导多能干细胞衍生的微胶质细胞	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学和空间转录组学	NA	转录组数据	多个队列和脑区的微胶质细胞样本
97	2024-11-11	Inhibition of PNCK inflames tumor microenvironment and sensitizes head and neck squamous cell carcinoma to immune checkpoint inhibitors 2024-Oct-12, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009893 PMID:39395840	研究论文	研究探讨了PNCK在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的作用及其与免疫检查点抑制剂的关系	首次揭示了PNCK在调节肿瘤微环境（TME）和增强免疫检查点抑制剂敏感性中的关键作用	研究主要基于体外和体内实验，需要进一步的临床验证	探讨PNCK在HNSCC中的作用及其对免疫治疗的影响	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）及其肿瘤微环境	癌症研究	头颈部鳞状细胞癌	测序技术、单细胞转录组学、蛋白质组学	NA	基因表达数据、蛋白质数据	包括体外细胞实验、体内动物模型和公共数据库数据
98	2024-11-11	Single-Cell RNA Profiling of Ocular Adnexal Sebaceous Carcinoma Reveals a Complex Tumor Microenvironment and Identifies New Biomarkers 2024-Oct-10, American journal of ophthalmology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.ajo.2024.10.001 PMID:39393421	研究论文	本文首次对眼附属器皮脂腺癌进行了单细胞分辨率的转录组分析，揭示了复杂的肿瘤微环境并鉴定了新的生物标志物	首次对眼附属器皮脂腺癌进行单细胞分辨率的转录组分析，揭示了肿瘤微环境的复杂性和新的生物标志物	研究样本量较小，仅包括六个患者样本	揭示眼附属器皮脂腺癌的肿瘤组成和转录组特征，发现潜在的免疫疗法、靶向疗法和生物标志物	眼附属器皮脂腺癌的肿瘤微环境和生物标志物	数字病理学	眼附属器皮脂腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	六个患者样本，包括三个原发肿瘤、两个伴有Pagetoid扩散的肿瘤和一个正常睑板样本
99	2024-11-10	Copper drives remodeling of metabolic state and progression of clear cell renal cell carcinoma 2024-Oct-31, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-0187 PMID:39476412	研究论文	研究揭示了铜在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的积累及其对代谢状态和肿瘤进展的影响	首次系统性地探讨了铜在ccRCC中的作用，揭示了铜通过促进CuCOX生物合成来增强肿瘤生长，并提出了新的治疗靶点	NA	探讨铜在透明细胞肾细胞癌中的作用及其对肿瘤代谢和进展的影响	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）	NA	肾癌	代谢组学、脂质组学、同位素标记葡萄糖和谷氨酰胺通量分析、转录组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	转录组数据、代谢数据	肿瘤样本、细胞系、异种移植模型、PDX模型
100	2024-11-09	Single-cell transcriptomics reveal individual and synergistic effects of Trisomy 21 and GATA1s on hematopoiesis 2024-Oct-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.24.595827 PMID:38826323	研究论文	研究使用单细胞转录组测序分析唐氏综合症和GATA1s对造血作用的个体和协同效应	首次使用同基因人诱导多能干细胞研究唐氏综合症和GATA1s对造血祖细胞的个体和协同效应	研究仅限于同基因人诱导多能干细胞，未涉及临床样本	探讨唐氏综合症和GATA1s对造血作用的个体和协同效应	造血祖细胞	数字病理学	唐氏综合症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	同基因人诱导多能干细胞的造血祖细胞