单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 668 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2024-11-20 |
The Inflammatory Characteristics of Symptomatic Glioma Associated With Poor Prognosis and Chemoresistance via Tumor Necrosis Factor Signaling Pathway
2024-Oct, Brain tumor research and treatment
DOI:10.14791/btrt.2024.0035
PMID:39542520
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研究论文 | 研究分析了有症状和无症状胶质瘤的分子和免疫微环境差异，发现有症状胶质瘤通过肿瘤坏死因子信号通路增强炎症反应，导致预后不良和化疗耐药 | 首次揭示了有症状胶质瘤通过肿瘤坏死因子信号通路增强炎症反应，导致预后不良和化疗耐药 | 研究为回顾性分析，样本量有限，需要进一步的前瞻性研究验证 | 探讨有症状和无症状胶质瘤的分子和免疫微环境差异及其对预后和化疗耐药的影响 | 有症状和无症状胶质瘤样本 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | RNA测序 (RNA-seq) 和单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA数据 | TCGA和CGGA数据集中的胶质瘤样本 |
| 62 | 2024-11-19 |
DNA methylation memory of pancreatic acinar-ductal metaplasia transition state altering Kras-downstream PI3K and Rho GTPase signaling in the absence of Kras mutation
2024-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.26.620414
PMID:39553977
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研究论文 | 研究胰腺腺泡-导管化生过渡状态的DNA甲基化记忆，探讨在缺乏Kras突变的情况下，Kras下游PI3K和Rho GTPase信号通路的改变 | 首次揭示了在缺乏致癌基因突变的情况下，胰腺腺泡-导管化生过渡状态的DNA甲基化记忆，并发现这种记忆与癌症细胞的可塑性相关 | 研究主要集中在体外实验和小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证 | 探讨胰腺腺泡-导管化生过渡状态的DNA甲基化记忆及其在癌症发生中的作用 | 胰腺腺泡-导管化生过渡状态的细胞及其DNA甲基化模式 | 数字病理学 | 胰腺癌 | DNA甲基化测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及小鼠模型和体外培养的胰腺细胞 |
| 63 | 2024-11-19 |
VAPOR: Variational autoencoder with transport operators decouples co-occurring biological processes in development
2024-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.27.620534
PMID:39554007
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研究论文 | 本文介绍了一种名为VAPOR的方法，通过变分自编码器与传输算子来解耦发育过程中同时发生的生物学过程 | VAPOR方法能够将基因表达动态分解为多个子空间，每个子空间的动态由常微分方程模型控制，从而揭示不同生物学过程的多方面时间尺度 | NA | 开发一种新的计算方法来解耦发育过程中同时发生的生物学过程的基因表达动态 | 发育过程中的人类大脑单细胞RNA测序数据和空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器 | 基因表达数据 | 发育过程中的人类大脑单细胞RNA测序数据和空间转录组数据 |
| 64 | 2024-11-19 |
Single-Cell Proteomic and Transcriptomic Characterization of Drug-Resistant Prostate Cancer Cells Reveals Molecular Signatures Associated with Morphological Changes
2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.23.619905
PMID:39553982
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研究论文 | 研究探讨了耐药性前列腺癌细胞的蛋白质组和转录组特征，揭示了与形态变化相关的分子特征 | 采用单细胞蛋白质组学（SCP）结合优化的数据独立采集（DIA）方法，能够在单细胞水平上进行蛋白质的定量分析，并识别出与细胞大小变化相关的蛋白质亚群 | NA | 研究耐药性前列腺癌细胞的蛋白质组和转录组特征，揭示其分子机制 | 耐药性前列腺癌细胞及其蛋白质组和转录组特征 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞蛋白质组学（SCP），数据独立采集（DIA），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 蛋白质组数据，转录组数据 | 每天处理60个样本，平均每个细胞识别和定量超过1,300种蛋白质 |
| 65 | 2024-11-19 |
Active immunologic participation and metabolic shutdown of kidney structural cells during kidney transplant rejection
2024-Oct-24, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons
IF:8.9Q1
DOI:10.1016/j.ajt.2024.10.015
PMID:39461479
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研究论文 | 研究了肾移植排斥反应中肾脏结构细胞的免疫参与和代谢关闭 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了肾脏结构细胞在排斥反应中的主动免疫参与和代谢关闭现象 | 研究样本量较小，仅包括14名受者的18个肾移植活检样本 | 探讨肾移植排斥反应中肾脏结构细胞的免疫反应和代谢变化 | 肾移植受者的肾脏结构细胞和免疫细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 14名受者的18个肾移植活检样本 |
| 66 | 2024-11-19 |
Integrative analyses of bulk and single-cell RNA-seq reveals the correlation between SPP1+ macrophages and resistance to neoadjuvant chemoimmunotherapy in esophageal squamous cell carcinoma
2024-Oct-05, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03848-6
PMID:39367943
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研究论文 | 本研究通过整合bulk和单细胞RNA测序数据，揭示了SPP1+巨噬细胞与食管鳞状细胞癌患者对新辅助化疗免疫治疗抵抗之间的关联 | 首次通过单细胞RNA测序技术分析了食管鳞状细胞癌患者在接受新辅助化疗免疫治疗后的细胞异质性，并发现了SPP1+巨噬细胞在治疗抵抗中的关键作用 | 研究样本量较小，且仅基于公开数据集，未来需要更大规模的临床验证 | 探讨新辅助化疗免疫治疗在食管鳞状细胞癌中的疗效差异及其潜在机制 | 食管鳞状细胞癌患者在接受新辅助化疗免疫治疗后的细胞异质性及巨噬细胞的作用 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 32例接受手术的食管鳞状细胞癌患者 |
| 67 | 2024-11-19 |
NitraTh epitope-based neoantigen vaccines for effective tumor immunotherapy
2024-Oct-03, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03830-2
PMID:39358493
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研究论文 | 介绍了一种基于NitraTh表位的肿瘤新抗原疫苗设计方法，该方法不依赖于计算预测CD4 T细胞表位，并在肝癌小鼠模型中显著抑制了肿瘤进展 | 提出了一种新的NitraTh表位，不依赖于计算预测CD4 T细胞表位，成功设计出能引发强烈新抗原特异性免疫反应的肿瘤新抗原疫苗 | NA | 开发一种有效的新抗原疫苗设计方法，用于肿瘤免疫治疗 | 肿瘤新抗原疫苗及其在肝癌小鼠模型中的效果 | 肿瘤免疫治疗 | 肝癌 | 单细胞测序 | NA | NA | H22细胞异种移植和患者来源的异种移植（PDX）肝癌小鼠模型 |
| 68 | 2024-11-19 |
A random survival forest-based pathomics signature classifies immunotherapy prognosis and profiles TIME and genomics in ES-SCLC patients
2024-Oct-03, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03829-9
PMID:39358575
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研究论文 | 本文构建了一个基于随机生存森林的病理组学特征模型，用于分类广泛期小细胞肺癌患者的免疫治疗预后，并探索其与基因组学和肿瘤免疫微环境的关系 | 首次利用随机生存森林模型结合病理组学特征来预测广泛期小细胞肺癌患者的免疫治疗预后，并揭示了其与基因组学和肿瘤免疫微环境的潜在关联 | 研究样本量有限，且仅限于南京金陵医院的患者，研究结果的普适性有待进一步验证 | 探索广泛期小细胞肺癌患者免疫治疗预后的可靠生物标志物 | 广泛期小细胞肺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 下一代测序 | 随机生存森林 | 图像 | 118名接受一线免疫治疗的广泛期小细胞肺癌患者 |
| 69 | 2024-11-18 |
Biologically informed machine learning modeling of immune cells to reveal physiological and pathological aging process
2024-Oct-24, Immunity & ageing : I & A
IF:5.2Q1
DOI:10.1186/s12979-024-00479-4
PMID:39449067
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研究论文 | 研究构建了首个涵盖人类生命周期的免疫细胞转录组图谱，并开发了一种新的生物年龄预测模型PHARE，用于揭示生理和病理衰老过程 | 首次构建了涵盖人类生命周期的免疫细胞转录组图谱，并开发了新的生物年龄预测模型PHARE | NA | 揭示免疫细胞功能随年龄变化的过程，并为不同生命阶段的患者提供精准治疗 | 免疫细胞在不同年龄段的组成和功能变化 | 机器学习 | 冠状动脉疾病 | scRNA-seq和bulk RNA-seq | PHARE模型 | 转录组数据 | 涵盖从新生儿到超级百岁老人的多个年龄段样本 |
| 70 | 2024-11-17 |
Integrating Microarray Data and Single-Cell RNA-Seq Reveals Key Gene Involved in Spermatogonia Stem Cell Aging
2024-Oct-30, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms252111653
PMID:39519201
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研究论文 | 本文通过整合微阵列数据和单细胞RNA测序，揭示了精原干细胞衰老过程中的关键基因 | 本文创新性地整合了微阵列数据和单细胞RNA测序，识别出精原干细胞特异性转录因子和枢纽基因，并提出了复杂的网络调控机制 | 由于样本量有限且缺乏精确的衰老指标，研究结果的普适性和准确性可能受到限制 | 揭示精原干细胞衰老过程中的关键基因及其调控机制，为解决男性不育问题提供新思路 | 精原干细胞及其衰老过程中的基因表达变化 | 基因组学 | 男性不育 | 微阵列分析、单细胞RNA测序、ATAC-seq、DNase-seq | NA | 基因表达数据 | 三个不同精原干细胞的人类样本 |
| 71 | 2024-11-17 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Monocyte-Derived Interstitial Macrophages with a Pro-Fibrotic Phenotype in Bleomycin-Induced Pulmonary Fibrosis
2024-Oct-30, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms252111669
PMID:39519222
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究了博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型中由单核细胞衍生的间质巨噬细胞的细胞异质性和发育轨迹 | 首次揭示了由单核细胞衍生的间质巨噬细胞在博来霉素诱导的肺纤维化中的促纤维化表型及其与成纤维细胞的相互作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨间质巨噬细胞在特发性肺纤维化发病机制中的作用 | 博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型中的间质巨噬细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 博来霉素处理的小鼠肺组织 |
| 72 | 2024-11-17 |
Scm6A: A Fast and Low-cost Method for Quantifying m6A Modifications at the Single-cell Level
2024-Oct-15, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae039
PMID:39436235
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研究论文 | 本文介绍了一种基于机器学习的单细胞m6A定量方法Scm6A，并通过实验验证了其高效性和可靠性 | Scm6A是一种新颖的单细胞m6A定量方法，结合了m6A转录调控因子的表达水平和顺式序列特征，具有显著的预测效率和可靠性 | NA | 开发一种高效、低成本的单细胞m6A定量方法 | 单细胞m6A修饰的定量 | 机器学习 | NA | m6A-seq | 机器学习模型 | RNA序列 | 外周血单核细胞(PBMCs)、CD4+和CD8+ T细胞、肺癌组织、COVID-19患者血液样本 |
| 73 | 2024-11-17 |
Dual targeting macrophages and microglia is a therapeutic vulnerability in models of PTEN-deficient glioblastoma
2024-Oct-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI178628
PMID:39352749
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研究论文 | 研究探讨了在PTEN缺陷型胶质母细胞瘤中，通过双重靶向巨噬细胞和微胶质细胞来实现治疗效果的可能性 | 首次提出通过抑制LOX和CLOCK-OLFML3轴来双重靶向巨噬细胞和微胶质细胞，结合抗PD1疗法，实现超过60%的动物模型中肿瘤完全消退 | NA | 探索在PTEN缺陷型胶质母细胞瘤中，通过靶向巨噬细胞和微胶质细胞来增强治疗效果的策略 | PTEN缺陷型胶质母细胞瘤中的巨噬细胞和微胶质细胞 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞转录组学、多重顺序免疫荧光 | NA | 转录组数据 | NA |
| 74 | 2024-11-17 |
Endothelial YAP/TAZ activation promotes atherosclerosis in a mouse model of Hutchinson-Gilford progeria syndrome
2024-Oct-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI173448
PMID:39352768
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研究论文 | 研究了Hutchinson-Gilford早衰综合征（HGPS）小鼠模型中内皮细胞YAP/TAZ激活促进动脉粥样硬化的机制 | 首次揭示了内皮细胞YAP/TAZ信号通路在HGPS血管疾病中的关键作用，并提出了针对YAP/TAZ的治疗策略 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类HGPS患者中验证 | 探讨HGPS血管病理的机制 | HGPS小鼠模型的主动脉内皮细胞 | 数字病理 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、原子力显微镜、超声波评估 | NA | 基因表达数据 | HGPS小鼠和野生型对照小鼠 |
| 75 | 2024-11-15 |
Identifying Reproducible Transcription Regulator Coexpression Patterns with Single Cell Transcriptomics
2024-Oct-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.15.580581
PMID:38559016
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研究论文 | 本研究利用大量单细胞RNA测序数据，识别与人类和小鼠转录调控因子表达最协调的基因伙伴 | 通过构建单细胞共表达网络，研究了转录调控因子共表达模式在不同生物背景下的可重复性 | 研究主要关注跨细胞类型的共表达模式的可重复性，未深入探讨特定背景信号的保留 | 理解转录调控因子共表达模式在广泛生物背景下的稳定性 | 人类和小鼠的转录调控因子及其基因伙伴的共表达模式 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 120个人类和103个小鼠单细胞RNA测序数据集，超过2800万细胞 |
| 76 | 2024-11-15 |
Method of moments framework for differential expression analysis of single-cell RNA sequencing data
2024-Oct-31, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.09.044
PMID:39454576
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研究论文 | 本文介绍了一种用于单细胞RNA测序数据差异表达分析的方法Memento | Memento能够稳健且高效地进行差异分析，包括均值表达、变异性和基因相关性，并可扩展到数百万个细胞和数千个样本 | NA | 开发一种能够区分生物和技术来源的细胞间变异性的工具，并评估细胞组间定量比较的统计显著性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括70,000个气管上皮细胞、160,000个CRISPR-Cas9扰动的T细胞、120万个外周血单核细胞和5000万个细胞的CELLxGENE Discover语料库 |
| 77 | 2024-11-15 |
The Medaka approach to evolutionary social neuroscience
2024-Oct-30, Neuroscience research
IF:2.4Q3
DOI:10.1016/j.neures.2024.10.005
PMID:39481546
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综述 | 本文综述了利用青鳉鱼（Adrianichthyidae科，包括日本青鳉Oryzias latipes）进行进化社会神经科学研究的潜力和未来方向 | 介绍了单细胞转录组技术与'适应性电路普查'结合的创新工具，用于连接比较生物学方法和神经科学方法 | NA | 探讨利用青鳉鱼进行进化社会神经科学研究，揭示神经科学的基本原理和多样化的交配策略机制 | 青鳉鱼的社会认知能力和择偶行为，特别是视觉线索下的择偶偏好 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组技术 | NA | 基因组信息 | NA |
| 78 | 2024-11-15 |
Single Cell Isolation from Human Diabetic Fibrovascular Membranes for Single-Cell RNA Sequencing
2024-Oct-20, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.5096
PMID:39512888
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研究论文 | 本文介绍了一种从增生性糖尿病视网膜病变患者手术切除的纤维血管膜中制备单细胞悬液的胶原酶I消化协议，并进行了单细胞RNA测序分析 | 本文提供了一种新的胶原酶I消化协议，用于从纤维血管膜中制备单细胞悬液，并进行了详细的单细胞RNA测序分析 | 该协议可能对某些细胞类型造成损伤，尤其是在消化纤维化组织时 | 研究在生理和病理条件下单细胞水平的基因表达变化 | 增生性糖尿病视网膜病变患者的纤维血管膜 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 从增生性糖尿病视网膜病变患者中提取的纤维血管膜样本 |
| 79 | 2024-11-15 |
Single-cell RNA sequencing reveals the diversity of the immunological landscape response to genital herpes
2024-Oct-18, Virologica Sinica
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.virs.2024.10.003
PMID:39426602
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了生殖器疱疹患者免疫景观的多样性 | 首次通过单细胞RNA测序技术分析了生殖器疱疹患者外周血免疫细胞的基因表达变化 | 研究仅限于外周血免疫细胞，未涉及其他组织或器官的免疫反应 | 探究HSV-2感染和复发机制 | 生殖器疱疹患者和健康个体的外周血免疫细胞 | 数字病理学 | 生殖器疱疹 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 生殖器疱疹患者和健康个体的外周血免疫细胞样本 |
| 80 | 2024-11-15 |
Novel insights into the heterogeneity of FOXP3 + Treg cells in drug-induced allergic reactions through single-cell transcriptomics
2024-Oct, Immunologic research
IF:3.3Q3
DOI:10.1007/s12026-024-09509-1
PMID:39073709
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了FOXP3+调节性T细胞在药物诱导的过敏反应中的异质性及其在调节免疫反应中的关键作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了FOXP3+调节性T细胞在药物诱导的过敏反应中的转录组异质性，并发现FOXP3的过表达可以减轻过敏反应 | 研究主要基于小鼠模型，结果的临床应用需要进一步验证 | 探讨FOXP3+调节性T细胞在药物诱导的过敏反应中的异质性及其免疫调节作用 | FOXP3+调节性T细胞及其在药物诱导的过敏反应中的作用 | 免疫学 | 过敏反应 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、CRISPR/Cas9基因编辑技术 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型中的FOXP3+调节性T细胞 |