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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-10-06 |
Single-Cell Antigen Receptor Sequencing in Pigs with Influenza
2024-Oct-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.13.617920
PMID:39464079
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研究论文 | 本研究开发了适用于猪的单细胞抗原受体测序方法,用于分析流感感染后猪肺部的T细胞和B细胞受体谱系 | 首次在猪中实现了单细胞RNA测序与配对的T细胞受体α/β链和B细胞受体重链/轻链的联合分析 | 研究样本数量有限,且仅针对流感病毒感染模型 | 研究自然杀伤T细胞是否改变肺部T细胞和B细胞受体谱系选择 | 猪肺部T细胞和B细胞 | 单细胞测序 | 流感 | 单细胞RNA测序,VDJ测序 | NA | 单细胞RNA测序数据,抗原受体序列数据 | 冷冻保存的猪肺细胞,流式分选的T细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,VDJ测序 | 10x Chromium | 10x Genomics VDJ测序方案 |
| 62 | 2025-10-06 |
Integrated immuno-transcriptomic analysis of ovarian cancer identifies a four-chemokine-dominated subtype with antitumor immune-active phenotype and favorable prognosis
2024-Oct, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-024-02803-7
PMID:39095528
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研究论文 | 通过整合免疫转录组分析识别卵巢癌中由四种趋化因子主导的免疫活性亚型 | 首次在卵巢癌中发现由CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13四种趋化因子主导的免疫活性亚型,并揭示其与良好预后的关联 | 研究基于回顾性数据,需要前瞻性研究验证;样本来源多样可能存在批次效应 | 探索卵巢癌中Th-1免疫反应与临床预后的关系,识别免疫活性亚型 | 卵巢癌患者肿瘤样本 | 生物信息学 | 卵巢癌 | 转录组测序,单细胞RNA测序,免疫组织化学 | 免疫特征分类模型 | 基因表达数据,单细胞转录组数据,病理图像数据 | 2850个卵巢癌样本(来自19个数据集),39个单细胞测序样本,39个免疫组化验证样本 | NA | 单细胞RNA测序,转录组分析,免疫组织化学 | NA | NA |
| 63 | 2025-10-06 |
Characteristics of blood-brain barrier heterogeneity between brain regions revealed by profiling vascular and perivascular cells
2024-Oct, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01743-y
PMID:39210068
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学揭示不同脑区血脑屏障异质性的分子特征 | 首次系统比较具有天然渗漏血管的脑区与正常脑区的血脑屏障分子差异,发现内皮细胞与周细胞相互作用的区域特异性 | 研究仅针对小鼠模型,未在人类样本中验证 | 探究不同脑区血脑屏障功能异质性的形成机制 | 小鼠正中隆起和大脑皮层区域的血管内皮细胞和周细胞 | 空间转录组学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 电子显微镜, 组织透明化技术 | NA | 单细胞转录组数据, 空间基因表达数据, 显微图像 | 小鼠脑组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 64 | 2025-10-06 |
Attenuated kidney oxidative metabolism in young adults with type 1 diabetes
2024-Oct-22, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI183984
PMID:39436695
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研究论文 | 本研究探讨1型糖尿病年轻成人患者肾脏氧化代谢减弱与糖尿病肾病发展的关系 | 首次在年轻1型糖尿病患者中结合多种先进技术评估肾脏氧化代谢,并通过单细胞RNA测序和空间代谢组学揭示肾小管细胞亚型分布与代谢功能障碍的关联 | 样本量相对较小(T1D组30人,对照组20人),研究结果需要在更大人群中验证 | 研究1型糖尿病患者胰岛素敏感性降低与肾脏氧化代谢改变对糖尿病肾病发展的影响 | 年轻1型糖尿病成人患者(n=30)和健康对照者(n=20) | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序, 空间代谢组学, 11C-乙酸盐PET, MRI, 高胰岛素-正常血糖钳夹技术, 肾脏活检 | Slingshot算法, 伪时间轨迹分析 | 基因表达数据, 代谢物数据, 影像数据, 临床数据 | 50人(30例1型糖尿病患者,20例健康对照) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间代谢组学 | NA | NA |
| 65 | 2025-10-06 |
Identification of kidney cell types in scRNA-seq and snRNA-seq data using machine learning algorithms
2024-Oct-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38567
PMID:39403515
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研究论文 | 本研究评估五种机器学习算法在肾脏单细胞和单核RNA测序数据中自动注释细胞类型的性能 | 首次系统比较五种监督分类方法在肾脏scRNA-seq和snRNA-seq数据中的细胞类型注释性能,并评估跨平台数据的泛化能力 | 活检样本数量有限,且scRNA-seq训练模型在snRNA-seq数据上表现较差 | 开发自动化的细胞类型注释方法以减少对领域专家知识和人工标注的依赖 | 肾脏细胞 | 机器学习 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | 支持向量机, 随机森林, 多层感知机, k近邻, 极端梯度提升 | 基因表达数据 | 79个肾脏活检样本中的62,120个细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 66 | 2025-10-06 |
Integrated analysis of bulk and single-cell RNA-seq data reveals cell differentiation-related subtypes and a scoring system in bladder cancer
2024-Oct, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70111
PMID:39400959
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研究论文 | 通过整合分析批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,揭示了膀胱癌中与细胞分化相关的分子亚型并开发了CDR评分系统 | 首次探索膀胱癌中细胞分化相关基因的分子亚型及其预后意义,开发了基于9个基因的CDR评分系统 | 研究基于GEO数据库,样本来源有限,需要进一步临床验证 | 探索膀胱癌中细胞分化相关基因的分子亚型及其临床预后意义 | 膀胱癌患者样本数据 | 生物信息学 | 膀胱癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, WGCNA, Lasso回归, Cox回归 | NA | 基因表达数据 | 两个GEO单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 67 | 2025-10-06 |
Glutaminase inhibition in combination with azacytidine in myelodysplastic syndromes: a phase 1b/2 clinical trial and correlative analyses
2024-Oct, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-024-00811-3
PMID:39300320
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临床研究论文 | 评估telaglenastat(CB-839)联合阿扎胞苷在晚期骨髓增生异常综合征患者中的安全性和疗效 | 首次将选择性谷氨酰胺酶抑制剂与去甲基化药物联合应用于MDS治疗,并通过单细胞RNA测序验证疗效机制 | 单臂开放标签研究设计,样本量有限(共30名参与者) | 开发骨髓增生异常综合征的代谢和表观遗传联合治疗方法 | 晚期骨髓增生异常综合征患者 | 临床医学 | 骨髓增生异常综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据,单细胞RNA测序数据 | 30名参与者(6名剂量递增研究,24名剂量扩展研究) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 68 | 2025-10-06 |
Mechanism exploration and model construction for small cell transformation in EGFR-mutant lung adenocarcinomas
2024-10-02, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-024-01981-3
PMID:39353908
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研究论文 | 探索EGFR突变肺腺癌小细胞转化的分子机制并构建预测模型 | 首次系统比较转化前后肿瘤的转录组特征,发现表观遗传改变驱动转化过程,并构建了高准确度的4标志物预测模型 | 样本量相对有限,需要更大规模验证 | 阐明EGFR突变肺腺癌小细胞转化的分子机制并开发预测方法 | 肺腺癌患者样本(包括未转化、转化前和转化后)以及原发性小细胞肺癌样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 转录组分析,多重免疫荧光 | 预测模型 | 转录组数据,免疫组织化学数据 | 训练队列和测试队列(具体数量未明确说明) | NA | bulk RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 69 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Interaction between CCL19+ Inflammatory Keratinocytes and CCR7+ Dendritic Cells and B Cells in Pemphigus
2024-Oct, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2024.03.016
PMID:38537931
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 70 | 2024-09-07 |
Bridging gaps: a neural network approach for cross-species scRNA-seq analysis in COVID-19
2024-Oct, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105324
PMID:39236555
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 71 | 2025-10-06 |
Cytokine-induced reprogramming of human macrophages toward Alzheimer's disease-relevant molecular and cellular phenotypes in vitro
2024-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.24.619910
PMID:39554174
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研究论文 | 本研究通过细胞因子混合物诱导人THP-1巨噬细胞重编程,模拟阿尔茨海默病相关的分子和细胞表型 | 开发了一种通过细胞因子混合物(IL4/CSF1/IL34/TGFβ)实现人巨噬细胞向AD相关表型重编程的新方法 | 研究仅限于体外THP-1巨噬细胞模型,未在原发性人类细胞或体内模型中验证 | 探索细胞因子诱导人巨噬细胞重编程为阿尔茨海默病相关表型的能力 | 人THP-1巨噬细胞系 | 细胞生物学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,转录组分析,功能测定 | NA | 基因表达数据,功能测定数据 | THP-1巨噬细胞培养物 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 72 | 2025-10-06 |
Human Anti-Glycan Reactivity is Driven by the Selection of B cells Utilizing Private Antibody Gene Rearrangements that are Affinity Maturated in Germinal Centers
2024-Oct-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.15.618486
PMID:39464096
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研究论文 | 本研究通过BCR受体克隆表达和单细胞转录组学分析人类对GlcNAc表位的B细胞应答机制 | 首次揭示抗糖抗体通过使用私有抗体基因重排并在生发中心进行亲和力成熟的独特选择机制 | 研究主要关注GlcNAc表位,对其他糖类抗原的普适性需要进一步验证 | 解析人类抗糖抗体应答的免疫系统发育机制 | 人类B细胞及其抗体基因重排 | 免疫学 | NA | BCR受体克隆表达, 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据, 抗体序列数据 | 人类队列研究 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 73 | 2025-10-06 |
Tumor editing suppresses innate and adaptive antitumor immunity and is reversed by inhibiting DNA methylation
2024-Oct, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-01932-8
PMID:39169233
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了乳腺癌肿瘤编辑如何抑制先天和适应性抗肿瘤免疫,并证明DNA甲基化抑制剂可逆转这一过程 | 首次在全基因组范围内无偏倚地识别早期肿瘤发生过程中的基因编辑,并发现DNA甲基化抑制剂可逆转免疫基因抑制 | 研究主要基于基因工程小鼠模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 探究肿瘤编辑对免疫监视的逃避机制及DNA甲基化抑制剂的治疗潜力 | 乳腺癌基因工程小鼠模型、乳腺肿瘤和黑色素瘤植入模型 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 基因工程小鼠模型和植入肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 74 | 2025-10-06 |
Transcriptomic analysis of mouse TRAMP cell lines and tumors provide insights into shared pathways and therapeutic targets
2024-Oct, Cell insight
DOI:10.1016/j.cellin.2024.100184
PMID:39175940
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研究论文 | 通过比较TRAMP前列腺癌小鼠模型及其衍生细胞系的基因表达谱,揭示与肿瘤侵袭性相关的共享通路和潜在治疗靶点 | 首次系统比较TRAMP模型不同侵袭阶段(从原代细胞到TC2R骨转移模型)的转录组特征,并验证其与人类前列腺癌数据的相关性 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探索前列腺癌进展的分子机制并识别潜在治疗靶点 | TRAMP转基因小鼠模型、TRAMP-C2细胞系、TC2-Ras细胞系及肿瘤组织 | 转录组学 | 前列腺癌 | RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多种TRAMP模型细胞系和肿瘤样本,包含人类数据集验证 | NA | RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 75 | 2025-10-06 |
Endothelial KLF11 is a novel protector against diabetic atherosclerosis
2024-10-26, Cardiovascular diabetology
IF:8.5Q1
DOI:10.1186/s12933-024-02473-y
PMID:39462409
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研究论文 | 本研究揭示了内皮细胞KLF11在糖尿病动脉粥样硬化中的保护作用机制 | 首次发现内皮KLF11通过抑制内皮-间质转化和炎症反应来保护糖尿病动脉粥样硬化 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 探究KLF11在糖尿病动脉粥样硬化中的保护机制 | 内皮细胞特异性KLF11转基因和敲除小鼠模型 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,功能获得和缺失实验 | NA | 基因表达数据 | 基因工程小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 76 | 2025-10-06 |
Atp13a5 Marker Reveals Pericyte Specification in the Mouse Central Nervous System
2024-Oct-23, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.0727-24.2024
PMID:39261008
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学鉴定出小鼠中枢神经系统周细胞的特异性标记物Atp13a5,并建立了相应的基因工具模型 | 首次发现Atp13a5作为中枢神经系统周细胞的特异性标记物,并成功构建了兼具tdTomato报告基因和Cre重组酶的基因敲入模型 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类或其他物种中验证 | 探索中枢神经系统周细胞的功能特性和分子标记 | 小鼠中枢神经系统周细胞 | 单细胞生物学 | 神经系统疾病 | 单细胞转录组测序,基因敲入技术 | 基因敲入小鼠模型 | 单细胞转录组数据,成像数据 | 小鼠胚胎发育阶段(从E15开始)及成年小鼠组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 77 | 2025-10-06 |
CXCL9, CXCL10, and CCL19 synergistically recruit T lymphocytes to skin in lichen planus
2024-Oct-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.179899
PMID:39190494
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现扁平苔藓中角质形成细胞和成纤维细胞特异性分泌CXCL9、CXCL10和CCL19细胞因子,并证实这些因子能协同增强CD8+ T细胞向皮肤的招募 | 首次揭示CCL19与CXCL9/CXCL10在T细胞招募中的协同作用机制,并发现CCL19可作为扁平苔藿治疗新靶点 | 样本量较小(仅7名患者),需更大规模研究验证发现 | 探究扁平苔藓的分子发病机制并寻找潜在治疗靶点 | 扁平苔藓患者的配对血液和皮肤样本(病变和非病变组织) | 单细胞转录组学 | 扁平苔藓 | 单细胞RNA测序,体外迁移实验 | NA | 单细胞RNA测序数据,流式细胞术数据 | 7名扁平苔藓患者的配对血液和皮肤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 78 | 2025-10-06 |
LMD: Cluster-Independent Multiscale Marker Identification in Single-cell RNA-seq Data
2024-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.12.566780
PMID:38014159
|
研究论文 | 提出了一种名为LMD的新工具,用于在单细胞RNA测序数据中识别局部化基因标记 | 通过构建细胞-细胞亲和图并在细胞图上扩散基因表达值,基于扩散动力学为每个基因评分,实现多分辨率和细粒度的细胞多样性表征 | NA | 开发一种不依赖聚类的多尺度标记识别方法,用于单细胞RNA测序数据分析 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图扩散算法 | 基因表达数据 | 9个单细胞RNA测序数据集,包括小鼠骨髓和毛囊真皮凝聚物数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 79 | 2025-10-06 |
The spatial impact of a Western diet in enriching Galectin-1-regulated Rho, ECM, and SASP signaling in a novel MASH-HCC mouse model
2024-Oct-14, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-024-00660-3
PMID:39402682
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研究论文 | 本研究通过新型MASH-HCC小鼠模型探讨西方饮食如何通过Galectin-1信号通路影响肿瘤微环境 | 开发了新型MASH-HCC小鼠模型,首次揭示西方饮食通过空间特异性方式调控Galectin-1介导的Rho信号、ECM重塑和SASP通路 | 研究基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 阐明西方饮食通过Galectin-1信号通路促进MASH向HCC发展的机制 | MASH-HCC小鼠模型和人类MASH-HCC组织 | 空间转录组学 | 肝细胞癌 | 空间转录组学,多重免疫组织化学 | 小鼠疾病模型 | 空间转录组数据,免疫组织化学图像 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 空间转录组学,多重免疫组织化学 | NA | NA |
| 80 | 2025-10-06 |
Colorectal cancer-associated bacteria are broadly distributed in global microbiomes and drivers of precancerous change
2024-10-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-70702-1
PMID:39384807
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研究论文 | 通过宏基因组分析发现结直肠癌相关细菌在全球微生物组中广泛分布并驱动癌前病变 | 采用参考基因组无关的基因水平聚类方法,首次将约23-40%的肠道细菌与结直肠癌或健康状态关联,并验证了先前未知细菌在癌前病变中的作用 | 研究主要基于已发表的宏基因组数据,需要进一步实验验证具体机制 | 定义全球人群中与结直肠癌和健康相关的肠道细菌规模和成员 | 全球微生物组调查中的肠道细菌 | 微生物组学 | 结直肠癌 | 超深度鸟枪法宏基因组测序,单细胞RNA测序,类器官共培养 | NA | 宏基因组测序数据,单细胞RNA测序数据 | 来自全球微生物组调查的已发表数据 | NA | 宏基因组测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |