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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveal individual and synergistic effects of Trisomy 21 and GATA1s on hematopoiesis
2024-Oct-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.24.595827
PMID:38826323
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研究论文 | 通过单细胞转录组学分析21三体综合征和GATA1s对造血过程的个体和协同效应 | 首次使用同源人类诱导多能干细胞模型分离21三体综合征和GATA1s的个体发育影响 | 研究基于体外干细胞模型,可能无法完全反映体内造血微环境 | 解析21三体综合征和GATA1s对造血过程的独立和协同作用机制 | 人类诱导多能干细胞衍生的造血祖细胞 | 单细胞生物学 | 唐氏综合征相关血液疾病 | 单细胞RNA测序 | 轨迹推断分析 | 单细胞转录组数据 | 同源人类诱导多能干细胞系(差异仅在于21号染色体和GATA1状态) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 62 | 2025-10-06 |
A versatile tissue-rolling technique for spatial-omics analyses of the entire murine gastrointestinal tract
2024-10, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01001-2
PMID:38906985
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研究论文 | 开发一种组织卷曲技术用于小鼠整个胃肠道的空间组学分析 | 提出简单易行的组织包埋技术,可在单张玻片上分析从口腔到直肠的完整胃肠道 | 需要具备小鼠手术技能和标准组织学方法的研究人员操作 | 开发最大化组织分析面积的空间组学技术 | 小鼠胃肠道组织 | 空间组学 | NA | 组织染色、免疫组织化学、原位杂交、多重抗体染色、空间转录组学 | NA | 图像、基因表达数据、蛋白质表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium空间转录组学 |
| 63 | 2025-10-06 |
High-throughput single-cell transcriptomics of bacteria using combinatorial barcoding
2024-10, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01007-w
PMID:38886529
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研究论文 | 开发了一种名为microSPLiT的高通量细菌单细胞转录组测序方法 | 通过四轮组合条形码标记,无需专用设备即可在单次实验中分析数十万革兰氏阴性和阳性细菌的转录状态 | 需要基础分子生物学技术经验、细菌样本处理能力和DNA文库制备知识;数据分析需要计算资源、Unix命令行熟悉度及Python或R基础 | 开发适用于细菌的高通量单细胞转录组测序技术 | 革兰氏阴性和阳性细菌 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序,组合条形码标记 | NA | 转录组数据 | 单次实验最多100万个细菌细胞和96个样本 | NA | 单细胞RNA-seq | microSPLiT | 微生物分裂池连接转录组学技术,采用96孔板进行四轮组合条形码标记 |
| 64 | 2025-10-06 |
All-optical voltage imaging-guided postsynaptic single-cell transcriptome profiling with Voltage-Seq
2024-10, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01005-y
PMID:38834919
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研究论文 | 开发了一种结合全光学电压成像和单细胞转录组测序的新方法Voltage-Seq,用于靶向特定突触后反应类型的神经元分析 | 首次将基因编码电压指示器Voltron与单细胞RNA测序结合,实现基于特定突触后反应类型的神经元靶向采集和转录组分析 | 需要6周完成工作流程,包括4-5周的病毒传感器表达时间,且需要操作者具备微操作技能和分子生物学、生物信息学经验 | 开发高通量方法研究突触后神经元的连接特性和转录组特征 | 小鼠急性脑切片中的突触后神经元 | 神经科学 | NA | 全光学电压成像,单细胞RNA测序 | 分类器 | 图像,基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 65 | 2025-10-06 |
ProBac-seq, a bacterial single-cell RNA sequencing methodology using droplet microfluidics and large oligonucleotide probe sets
2024-10, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01002-1
PMID:38769144
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研究论文 | 介绍ProBac-seq细菌单细胞RNA测序方法,利用液滴微流控和大规模寡核苷酸探针组解决细菌单细胞转录组分析的技术难题 | 开发了专门针对细菌的mRNA特异性探针方法,克服了细菌mRNA缺乏polyA尾、转录本不稳定和细胞形态不兼容等传统单细胞RNA测序技术的关键限制 | 协议完成时间较长(约7天),且需要针对不同生物体设计特异性探针组 | 建立适用于细菌的单细胞RNA测序方法 | 细菌细胞 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序、液滴微流控、原位杂交 | NA | 基因表达数据 | 数千个细菌细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基于液滴微流控的单细胞封装技术 |
| 66 | 2025-10-06 |
Biologically informed machine learning modeling of immune cells to reveal physiological and pathological aging process
2024-Oct-24, Immunity & ageing : I & A
IF:5.2Q1
DOI:10.1186/s12979-024-00479-4
PMID:39449067
|
研究论文 | 本研究构建了涵盖人类生命周期的免疫细胞转录组图谱,开发了新型生物年龄预测模型PHARE,揭示了免疫细胞在生理和病理衰老过程中的变化 | 构建了首个涵盖从新生儿到超百岁老人的人类生命周期免疫细胞转录组图谱,开发了适用于单细胞和批量RNA-seq数据的生物年龄预测模型PHARE | NA | 研究衰老如何塑造免疫细胞功能,为不同生命阶段患者的精准治疗提供依据 | 人类免疫细胞,涵盖从新生儿到超百岁老人的不同年龄群体,以及COVID-19、川崎病和冠状动脉疾病患者 | 机器学习 | 衰老相关疾病 | RNA-seq, scRNA-seq | 机器学习模型 | 转录组数据 | 涵盖从新生儿到超百岁老人的人类生命周期样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 67 | 2025-10-06 |
Single-Cell Antigen Receptor Sequencing in Pigs with Influenza
2024-Oct-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.13.617920
PMID:39464079
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研究论文 | 本研究开发了适用于猪的单细胞抗原受体测序方法,用于分析流感感染后猪肺部的T细胞和B细胞受体谱系 | 首次在猪中实现了单细胞RNA测序与配对的T细胞受体α/β链和B细胞受体重链/轻链的联合分析 | 研究样本数量有限,且仅针对流感病毒感染模型 | 研究自然杀伤T细胞是否改变肺部T细胞和B细胞受体谱系选择 | 猪肺部T细胞和B细胞 | 单细胞测序 | 流感 | 单细胞RNA测序,VDJ测序 | NA | 单细胞RNA测序数据,抗原受体序列数据 | 冷冻保存的猪肺细胞,流式分选的T细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,VDJ测序 | 10x Chromium | 10x Genomics VDJ测序方案 |
| 68 | 2025-10-06 |
Integrated immuno-transcriptomic analysis of ovarian cancer identifies a four-chemokine-dominated subtype with antitumor immune-active phenotype and favorable prognosis
2024-Oct, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-024-02803-7
PMID:39095528
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研究论文 | 通过整合免疫转录组分析识别卵巢癌中由四种趋化因子主导的免疫活性亚型 | 首次在卵巢癌中发现由CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13四种趋化因子主导的免疫活性亚型,并揭示其与良好预后的关联 | 研究基于回顾性数据,需要前瞻性研究验证;样本来源多样可能存在批次效应 | 探索卵巢癌中Th-1免疫反应与临床预后的关系,识别免疫活性亚型 | 卵巢癌患者肿瘤样本 | 生物信息学 | 卵巢癌 | 转录组测序,单细胞RNA测序,免疫组织化学 | 免疫特征分类模型 | 基因表达数据,单细胞转录组数据,病理图像数据 | 2850个卵巢癌样本(来自19个数据集),39个单细胞测序样本,39个免疫组化验证样本 | NA | 单细胞RNA测序,转录组分析,免疫组织化学 | NA | NA |
| 69 | 2025-10-06 |
Characteristics of blood-brain barrier heterogeneity between brain regions revealed by profiling vascular and perivascular cells
2024-Oct, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01743-y
PMID:39210068
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学揭示不同脑区血脑屏障异质性的分子特征 | 首次系统比较具有天然渗漏血管的脑区与正常脑区的血脑屏障分子差异,发现内皮细胞与周细胞相互作用的区域特异性 | 研究仅针对小鼠模型,未在人类样本中验证 | 探究不同脑区血脑屏障功能异质性的形成机制 | 小鼠正中隆起和大脑皮层区域的血管内皮细胞和周细胞 | 空间转录组学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 电子显微镜, 组织透明化技术 | NA | 单细胞转录组数据, 空间基因表达数据, 显微图像 | 小鼠脑组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 70 | 2025-10-06 |
Attenuated kidney oxidative metabolism in young adults with type 1 diabetes
2024-Oct-22, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI183984
PMID:39436695
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研究论文 | 本研究探讨1型糖尿病年轻成人患者肾脏氧化代谢减弱与糖尿病肾病发展的关系 | 首次在年轻1型糖尿病患者中结合多种先进技术评估肾脏氧化代谢,并通过单细胞RNA测序和空间代谢组学揭示肾小管细胞亚型分布与代谢功能障碍的关联 | 样本量相对较小(T1D组30人,对照组20人),研究结果需要在更大人群中验证 | 研究1型糖尿病患者胰岛素敏感性降低与肾脏氧化代谢改变对糖尿病肾病发展的影响 | 年轻1型糖尿病成人患者(n=30)和健康对照者(n=20) | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序, 空间代谢组学, 11C-乙酸盐PET, MRI, 高胰岛素-正常血糖钳夹技术, 肾脏活检 | Slingshot算法, 伪时间轨迹分析 | 基因表达数据, 代谢物数据, 影像数据, 临床数据 | 50人(30例1型糖尿病患者,20例健康对照) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间代谢组学 | NA | NA |
| 71 | 2025-10-06 |
Integrated analysis of bulk and single-cell RNA-seq data reveals cell differentiation-related subtypes and a scoring system in bladder cancer
2024-Oct, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70111
PMID:39400959
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研究论文 | 通过整合分析批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,揭示了膀胱癌中与细胞分化相关的分子亚型并开发了CDR评分系统 | 首次探索膀胱癌中细胞分化相关基因的分子亚型及其预后意义,开发了基于9个基因的CDR评分系统 | 研究基于GEO数据库,样本来源有限,需要进一步临床验证 | 探索膀胱癌中细胞分化相关基因的分子亚型及其临床预后意义 | 膀胱癌患者样本数据 | 生物信息学 | 膀胱癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, WGCNA, Lasso回归, Cox回归 | NA | 基因表达数据 | 两个GEO单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 72 | 2025-10-06 |
Glutaminase inhibition in combination with azacytidine in myelodysplastic syndromes: a phase 1b/2 clinical trial and correlative analyses
2024-Oct, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-024-00811-3
PMID:39300320
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临床研究论文 | 评估telaglenastat(CB-839)联合阿扎胞苷在晚期骨髓增生异常综合征患者中的安全性和疗效 | 首次将选择性谷氨酰胺酶抑制剂与去甲基化药物联合应用于MDS治疗,并通过单细胞RNA测序验证疗效机制 | 单臂开放标签研究设计,样本量有限(共30名参与者) | 开发骨髓增生异常综合征的代谢和表观遗传联合治疗方法 | 晚期骨髓增生异常综合征患者 | 临床医学 | 骨髓增生异常综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据,单细胞RNA测序数据 | 30名参与者(6名剂量递增研究,24名剂量扩展研究) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 73 | 2025-10-06 |
Mechanism exploration and model construction for small cell transformation in EGFR-mutant lung adenocarcinomas
2024-10-02, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-024-01981-3
PMID:39353908
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研究论文 | 探索EGFR突变肺腺癌小细胞转化的分子机制并构建预测模型 | 首次系统比较转化前后肿瘤的转录组特征,发现表观遗传改变驱动转化过程,并构建了高准确度的4标志物预测模型 | 样本量相对有限,需要更大规模验证 | 阐明EGFR突变肺腺癌小细胞转化的分子机制并开发预测方法 | 肺腺癌患者样本(包括未转化、转化前和转化后)以及原发性小细胞肺癌样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 转录组分析,多重免疫荧光 | 预测模型 | 转录组数据,免疫组织化学数据 | 训练队列和测试队列(具体数量未明确说明) | NA | bulk RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 74 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Interaction between CCL19+ Inflammatory Keratinocytes and CCR7+ Dendritic Cells and B Cells in Pemphigus
2024-Oct, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2024.03.016
PMID:38537931
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 75 | 2024-09-07 |
Bridging gaps: a neural network approach for cross-species scRNA-seq analysis in COVID-19
2024-Oct, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105324
PMID:39236555
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 76 | 2025-10-06 |
Cytokine-induced reprogramming of human macrophages toward Alzheimer's disease-relevant molecular and cellular phenotypes in vitro
2024-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.24.619910
PMID:39554174
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研究论文 | 本研究通过细胞因子混合物诱导人THP-1巨噬细胞重编程,模拟阿尔茨海默病相关的分子和细胞表型 | 开发了一种通过细胞因子混合物(IL4/CSF1/IL34/TGFβ)实现人巨噬细胞向AD相关表型重编程的新方法 | 研究仅限于体外THP-1巨噬细胞模型,未在原发性人类细胞或体内模型中验证 | 探索细胞因子诱导人巨噬细胞重编程为阿尔茨海默病相关表型的能力 | 人THP-1巨噬细胞系 | 细胞生物学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,转录组分析,功能测定 | NA | 基因表达数据,功能测定数据 | THP-1巨噬细胞培养物 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 77 | 2025-10-06 |
Human Anti-Glycan Reactivity is Driven by the Selection of B cells Utilizing Private Antibody Gene Rearrangements that are Affinity Maturated in Germinal Centers
2024-Oct-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.15.618486
PMID:39464096
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研究论文 | 本研究通过BCR受体克隆表达和单细胞转录组学分析人类对GlcNAc表位的B细胞应答机制 | 首次揭示抗糖抗体通过使用私有抗体基因重排并在生发中心进行亲和力成熟的独特选择机制 | 研究主要关注GlcNAc表位,对其他糖类抗原的普适性需要进一步验证 | 解析人类抗糖抗体应答的免疫系统发育机制 | 人类B细胞及其抗体基因重排 | 免疫学 | NA | BCR受体克隆表达, 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据, 抗体序列数据 | 人类队列研究 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 78 | 2025-10-06 |
Tumor editing suppresses innate and adaptive antitumor immunity and is reversed by inhibiting DNA methylation
2024-Oct, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-01932-8
PMID:39169233
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了乳腺癌肿瘤编辑如何抑制先天和适应性抗肿瘤免疫,并证明DNA甲基化抑制剂可逆转这一过程 | 首次在全基因组范围内无偏倚地识别早期肿瘤发生过程中的基因编辑,并发现DNA甲基化抑制剂可逆转免疫基因抑制 | 研究主要基于基因工程小鼠模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 探究肿瘤编辑对免疫监视的逃避机制及DNA甲基化抑制剂的治疗潜力 | 乳腺癌基因工程小鼠模型、乳腺肿瘤和黑色素瘤植入模型 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 基因工程小鼠模型和植入肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 79 | 2025-10-06 |
Transcriptomic analysis of mouse TRAMP cell lines and tumors provide insights into shared pathways and therapeutic targets
2024-Oct, Cell insight
DOI:10.1016/j.cellin.2024.100184
PMID:39175940
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研究论文 | 通过比较TRAMP前列腺癌小鼠模型及其衍生细胞系的基因表达谱,揭示与肿瘤侵袭性相关的共享通路和潜在治疗靶点 | 首次系统比较TRAMP模型不同侵袭阶段(从原代细胞到TC2R骨转移模型)的转录组特征,并验证其与人类前列腺癌数据的相关性 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探索前列腺癌进展的分子机制并识别潜在治疗靶点 | TRAMP转基因小鼠模型、TRAMP-C2细胞系、TC2-Ras细胞系及肿瘤组织 | 转录组学 | 前列腺癌 | RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多种TRAMP模型细胞系和肿瘤样本,包含人类数据集验证 | NA | RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 80 | 2025-10-06 |
Endothelial KLF11 is a novel protector against diabetic atherosclerosis
2024-10-26, Cardiovascular diabetology
IF:8.5Q1
DOI:10.1186/s12933-024-02473-y
PMID:39462409
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研究论文 | 本研究揭示了内皮细胞KLF11在糖尿病动脉粥样硬化中的保护作用机制 | 首次发现内皮KLF11通过抑制内皮-间质转化和炎症反应来保护糖尿病动脉粥样硬化 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 探究KLF11在糖尿病动脉粥样硬化中的保护机制 | 内皮细胞特异性KLF11转基因和敲除小鼠模型 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,功能获得和缺失实验 | NA | 基因表达数据 | 基因工程小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |