单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-04-24	Astrocyte-induced Cdk5 expedites breast cancer brain metastasis by suppressing MHC-I expression to evade immune recognition 2024-10, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-024-01509-5 PMID:39304713	研究论文	本研究揭示了星形胶质细胞通过诱导乳腺癌脑转移中神经元特异性激酶Cdk5的过表达，抑制MHC-I的表达，从而帮助肿瘤逃避免疫识别	首次揭示了星形胶质细胞通过Cdk5-Irf2bp1-Stat1-importin α-Nlrc5通路抑制MHC-I表达，促进乳腺癌脑转移的免疫逃逸机制	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证	探究乳腺癌脑转移的免疫逃逸机制及潜在治疗靶点	乳腺癌脑转移模型小鼠	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序	小鼠移植瘤模型	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量
62	2025-04-13	Changes in conjunctival mononuclear phagocytes and suppressive activity of regulatory macrophages in desiccation induced dry eye 2024-Oct, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2024.09.003 PMID:39306240	research paper	研究干燥性干眼症对结膜免疫细胞数量和转录谱的影响，特别关注单核吞噬细胞	使用单细胞RNA测序和scATAC-seq技术分析干燥应激下结膜免疫细胞的基因表达和染色质可及性变化，发现单核吞噬细胞在干燥应激下的显著变化及其调控机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	评估干眼症对结膜免疫细胞的影响	C57BL/6小鼠的结膜免疫细胞	免疫学	干眼症	单细胞RNA测序(scRNA-seq), scATAC-seq	NA	基因表达数据, 染色质可及性数据	非应激和干燥应激的C57BL/6小鼠
63	2025-04-13	Accurate and Flexible Single Cell to Spatial Transcriptome Mapping with Celloc 2024-Oct, Small science IF:11.1Q1 DOI:10.1002/smsc.202400139 PMID:40212250	研究论文	介绍了一种名为Celloc的新方法，用于准确灵活地将单细胞RNA测序数据与低分辨率空间转录组数据映射	Celloc结合了图注意力自编码器和全面的损失函数，实现了灵活的单细胞到点的映射，能够解析每个点内的细胞组成或为scRNA-seq数据中的每个细胞分配空间位置	NA	弥补空间转录组数据分辨率不足和单细胞RNA测序数据缺乏空间信息的缺陷	单细胞RNA测序数据和低分辨率空间转录组数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 空间转录组	图注意力自编码器	基因表达数据	模拟ST数据和真实数据集
64	2025-04-10	Single-Cell Proteomic and Transcriptomic Characterization of Drug-Resistant Prostate Cancer Cells Reveals Molecular Signatures Associated with Morphological Changes 2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.23.619905 PMID:39553982	研究论文	本研究通过单细胞蛋白质组学和转录组学技术，揭示了耐药前列腺癌细胞中与形态变化相关的分子特征	采用优化的高通量DIA方法进行单细胞蛋白质组分析，平均每个细胞鉴定和定量超过1,300种蛋白质，并结合scRNA-seq数据发现了一致性改变的基因	样本量相对较小（每天60个样本），且仅针对PC3细胞系进行研究	探究耐药前列腺癌细胞的蛋白质组特征及其与形态变化的关联	耐药前列腺癌细胞（DRCs）和亲本PC3细胞	单细胞组学	前列腺癌	单细胞蛋白质组学（SCP）、数据非依赖采集（DIA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	蛋白质组数据、转录组数据	每天60个样本（具体总数未明确说明）
65	2025-04-10	Investigating the mechanisms of inflammation and immune alterations in Parkinson's disease using spatial transcriptomics techniques 2024-10-15, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2024.111076 PMID:39306046	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探究帕金森病中炎症和免疫改变的机制	首次在MPTP诱导的帕金森病小鼠模型中应用空间转录组学技术，揭示了中脑黑质区域的病理变化与铁死亡之间的关联	研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证	探究帕金森病中炎症和免疫改变的分子机制	MPTP诱导的帕金森病小鼠模型	空间转录组学	帕金森病	空间转录组测序	MPTP诱导的小鼠模型	转录组数据	未明确说明样本数量
66	2025-04-09	Integrative Multiomics in the Lung Reveals a Protective Role of Asporin in Pulmonary Arterial Hypertension 2024-Oct-15, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.069864 PMID:39167456	研究论文	通过整合多组学方法在肺部研究中发现asporin在肺动脉高压中的保护作用	利用最大的多中心PAH肺生物库，结合多种组学数据，发现asporin作为新的保护性靶点	获取人类PAH肺样本较为困难	揭示肺动脉高压(PAH)的病理生物学机制	肺动脉高压(PAH)患者和对照组的肺组织	生物医学研究	肺动脉高压	转录组分析、全基因组关联研究、贝叶斯调控网络、单细胞转录组学、药物转录组学	NA	转录组数据、临床病理数据	96例PAH患者和52例对照组的肺组织样本
67	2025-04-06	Perivascular NOTCH3+ Stem Cells Drive Meningioma Tumorigenesis and Resistance to Radiotherapy 2024-Oct-04, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-1459 PMID:38742767	研究论文	研究发现NOTCH3+干细胞在脑膜瘤的发生和放疗抵抗中起关键作用，并提出了一种新的治疗策略	首次报道了血管周围NOTCH3+干细胞在脑膜瘤发生和放疗抵抗中的作用，并发现了一种通过稳定NOTCH3负调控区域的抗体来抑制肿瘤生长和增强放疗敏感性的治疗方法	研究主要基于小鼠模型和异种移植实验，临床转化效果需进一步验证	探究脑膜瘤发生和放疗抵抗的细胞类型及信号机制，并寻找有效的系统性治疗方法	人类、狗和小鼠的脑膜瘤组织	肿瘤学	脑膜瘤	单细胞转录组学、谱系追踪、成像技术	基因工程小鼠模型和异种移植模型	基因表达数据、影像数据	涉及人类、狗和小鼠的脑膜瘤样本，具体数量未明确说明
68	2025-04-05	Inflammation-induced epigenetic imprinting regulates intestinal stem cells 2024-Oct-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.08.006 PMID:39232559	research paper	该研究探讨了炎症如何通过表观遗传印记影响肠道干细胞（ISCs）的代谢和再生能力	揭示了炎症通过琥珀酸积累重编程ISCs表观基因组，从而影响其分化和再生能力的机制	研究主要基于GI GVHD模型，可能不适用于其他炎症条件	探究炎症对肠道干细胞适应性和再生能力的长效影响	Lgr5标记的肠道干细胞	表观遗传学	胃肠道移植物抗宿主病	单细胞转录组学、类器官培养、代谢组学、表观基因组学	NA	转录组数据、代谢数据、表观遗传数据	未明确说明样本数量
69	2025-04-04	Multidimensional profiling of human T cells reveals high CD38 expression, marking recent thymic emigrants and age-related naive T cell remodeling 2024-10-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.08.019 PMID:39321807	研究论文	通过单细胞RNA-seq/ATAC-seq数据分析，识别了人类最近胸腺迁出细胞（RTE）的表面标记物CD38，并研究了其在年龄相关T细胞重塑中的作用	首次通过CD38蛋白表达明确识别CD8和CD4 RTE，并揭示了年龄相关的转录重编程和细胞因子产生的变化	研究样本量相对有限（158人），且未涉及不同疾病状态下的RTE变化	探索人类最近胸腺迁出细胞（RTE）的精确定义及其在免疫衰老中的作用	人类T细胞，特别是CD8和CD4 RTE	免疫学	NA	单细胞RNA-seq/ATAC-seq，光谱流式细胞术	NA	单细胞转录组数据，表观遗传数据	158名个体
70	2025-04-04	Enhancing Endogenous Hyaluronic Acid in Osteoarthritic Joints with an Anti-Inflammatory Supramolecular Nanofiber Hydrogel Delivering HAS2 Lentivirus 2024-10, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) DOI:10.1002/smll.202400542 PMID:38593309	研究论文	开发了一种超分子纳米纤维水凝胶HAS2@DexP-Gel，用于增强骨关节炎关节内源性透明质酸的产生并抑制滑膜炎症	使用地塞米松磷酸钠作为载体递送编码透明质酸合成酶2的慢病毒，通过调节滑膜细胞亚群比例和滑膜成纤维细胞与巨噬细胞之间的相互作用优化滑膜组织微环境	研究仅在动物模型中进行，尚未进行人体临床试验	开发一种新型水凝胶治疗策略，用于骨关节炎的治疗	骨关节炎小鼠模型	生物医学工程	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
71	2025-04-03	Dynamic dysregulation of retrotransposons in neurodegenerative diseases at the single-cell level 2024-Oct-29, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279363.124 PMID:39424325	研究论文	该研究通过单细胞转录组分析，探讨了逆转录转座子在神经退行性疾病中的动态失调	首次在单细胞水平系统研究神经退行性疾病中逆转录转座子的动态调控，并构建了首个相关单细胞图谱scARE	仅分析了三种神经退行性疾病（阿尔茨海默病、帕金森病和多发性硬化症），样本覆盖范围有限	探究逆转录转座子在神经退行性疾病中的调控机制和作用	神经元、星形胶质细胞、少突胶质细胞及其前体细胞中的逆转录转座子	生物信息学	神经退行性疾病（阿尔茨海默病、帕金森病、多发性硬化症）	单细胞转录组测序	机器学习算法	单细胞RNA测序数据	12个单细胞转录组数据集（覆盖三种疾病）
72	2025-04-03	Employing single-cell RNA sequencing coupled with an array of bioinformatics approaches to ascertain the shared genetic characteristics between osteoporosis and obesity 2024-Oct-16, Bone & joint research IF:4.7Q1 DOI:10.1302/2046-3758.1310.BJR-2023-0366.R1 PMID:39412449	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和生物信息学方法，探索骨质疏松症和肥胖症之间的共享遗传特征	首次通过单细胞RNA测序结合WGCNA和机器学习方法，鉴定出TLR2作为骨质疏松症和肥胖症的共同关键基因	研究结果需要进一步的实验验证和临床样本验证	识别骨质疏松症和肥胖症的共享遗传标记和分子机制，以开发同时针对这两种疾病的治疗方法	骨质疏松症和肥胖症的基因表达数据	生物信息学	骨质疏松症和肥胖症	单细胞RNA测序, WGCNA, KEGG通路分析, 蛋白质-蛋白质相互作用分析, 机器学习, ELISA, 蛋白质印迹, 细胞染色	机器学习	基因表达数据	来自GEO数据库的多个数据集
73	2025-04-03	Spatial transcriptomics in health and disease 2024-Oct, Nature reviews. Nephrology DOI:10.1038/s41581-024-00841-1 PMID:38719971	综述	本文综述了空间转录组技术在健康和疾病研究中的应用及其进展	整合空间转录组技术与其他组学方法，如蛋白质组学和空间表观遗传学，以生成全面的分子图谱	领域仍存在一些挑战，如技术分辨率和数据整合的复杂性	探讨空间转录组技术在理解器官细胞和空间组织中的作用	临床前模型和人类样本	数字病理学	NA	空间转录组技术	NA	转录组数据	NA
74	2025-04-03	High-throughput single-cell transcriptomics of bacteria using combinatorial barcoding 2024-Oct, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01007-w PMID:38886529	研究论文	介绍了一种名为microSPLiT的高通量单细胞RNA测序方法，用于细菌转录组学研究	通过四轮组合条形码技术，无需专用设备即可在单次实验中分析数十万革兰氏阴性和阳性细菌的转录状态	需要基本的分子生物学技术经验、细菌样本处理能力以及为下一代测序准备DNA文库的能力	开发一种高通量单细胞转录组测序方法用于细菌研究	革兰氏阴性和阳性细菌	基因组学	NA	单细胞RNA测序，组合条形码技术	NA	转录组数据	单次实验可分析多达100万个细菌细胞和96个样本
75	2025-04-03	Recessive variants in MYO1C as a potential novel cause of proteinuric kidney disease 2024-Oct, Pediatric nephrology (Berlin, Germany) DOI:10.1007/s00467-024-06426-1 PMID:38904753	research paper	该研究通过外显子测序和纯合性定位，发现MYO1C基因的隐性变异可能是儿童肾病综合征的新病因	首次发现MYO1C基因的隐性变异与肾病综合征的关联，并通过结构建模揭示了变异对蛋白质功能的影响	研究样本量较小，仅在两例无关儿童中观察到MYO1C变异	探索肾病综合征的新单基因病因	1649名儿科肾病综合征患者	遗传学	肾病综合征	外显子测序，纯合性定位，单细胞RNA测序，结构建模	NA	基因序列数据，RNA测序数据	1649名患者，其中2名携带MYO1C变异
76	2025-04-03	Defining heritability, plasticity, and transition dynamics of cellular phenotypes in somatic evolution 2024-Oct, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01920-6 PMID:39317739	研究论文	本文介绍了一种名为PATH的框架，用于量化细胞状态的可遗传性与可塑性，并从单细胞谱系追踪数据推断细胞状态转换和增殖动态	提出了PATH框架，首次将细胞状态的可遗传性与可塑性从定性概念转化为定量测量	研究仅基于小鼠模型和特定癌症类型的数据，可能不适用于所有细胞类型或疾病	研究细胞状态的可遗传性、可塑性及其在体细胞进化中的转换动态	胰腺癌小鼠模型、原发性胶质母细胞瘤和B细胞急性淋巴细胞白血病中的细胞状态	单细胞测序	胰腺癌、胶质母细胞瘤、B细胞急性淋巴细胞白血病	单细胞谱系追踪、单细胞全基因组测序	PATH框架	单细胞测序数据	NA
77	2025-04-03	Single cell transcriptomics reveals dysregulated immnue homeostasis in different stages in HPV-induced cutaneous squamous cell carcinoma 2024-Oct, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.15178 PMID:39385326	research paper	通过单细胞转录组学探索HPV诱导的皮肤鳞状细胞癌(cSCC)不同阶段的免疫稳态失调	首次在HPV诱导的cSCC中应用单细胞RNA测序(scRNA-seq)，研究感染与肿瘤之间的相关性，并首次从感染的不同阶段研究肿瘤发展	样本量较小，仅基于一名罕见快速进展的HPV诱导cSCC患者	探索免疫稳态失调对皮肤鳞状细胞癌(cSCC)发生发展的影响，以及细胞组成及其变化在HPV诱导cSCC病理过程中的作用	HPV诱导的皮肤鳞状细胞癌(cSCC)患者	digital pathology	skin cancer	scRNA-seq, immunofluorescence	NA	single-cell RNA sequencing data	11,379个细胞，来自一名患者四种不同皮肤状态的样本
78	2025-03-28	B-cell depletion limits HTLV-1-infected T-cell expansion and ameliorate HTLV-1-associated myelopathy 2024-Oct, Annals of clinical and translational neurology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/acn3.52190 PMID:39186315	研究论文	本研究探讨了B细胞耗竭对HTLV-1相关脊髓病（HAM）的治疗效果及其机制	首次提出并验证了B细胞耗竭作为HAM治疗的新策略，并揭示了B细胞在HTLV-1感染免疫中的作用	样本量较小（14例患者），且未设置安慰剂对照组	探索HAM的新治疗方法和发病机制	HTLV-1感染的T细胞和B细胞，以及HAM患者	传染病学	HTLV-1相关脊髓病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），体外细胞培养，临床试验	NA	基因表达数据，临床数据	14例HAM患者
79	2025-03-26	Integrative spatial and genomic analysis of tumor heterogeneity with Tumoroscope 2024-Oct-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53374-3 PMID:39472583	研究论文	提出了一种名为Tumoroscope的概率模型，通过整合病理图像、全外显子组测序和空间转录组数据，准确推断癌症克隆及其在接近单细胞分辨率下的定位	首个能够通过整合多模态数据在接近单细胞分辨率下推断癌症克隆及其空间定位的概率模型，并明确解决了空间转录组点中克隆比例的反卷积问题	未提及具体样本量限制或模型验证的广泛性	研究肿瘤的空间和基因组异质性及其对癌症进展、治疗和生存的影响	前列腺癌和乳腺癌数据集中的肿瘤组织	数字病理学	前列腺癌, 乳腺癌	全外显子组测序, 空间转录组学	概率模型	病理图像, 基因组数据, 空间转录组数据	一个参考前列腺癌数据集和一个新生成的乳腺癌数据集
80	2025-03-26	An aberrant immune-epithelial progenitor niche drives viral lung sequelae 2024-Oct, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07926-8 PMID:39232171	研究论文	研究揭示了呼吸道病毒感染后长期生理后果的细胞和分子机制，特别是COVID-19后的PASC	发现了一个独特的免疫-上皮祖细胞生态位，该生态位在呼吸道PASC的纤维增生中起关键作用，并提出了针对IFNγ、TNF或IL-1β的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，人类患者样本的验证仍需进一步研究	揭示PASC的细胞和分子机制，并探索潜在的治疗策略	呼吸道PASC患者和小鼠模型	免疫学	COVID-19后遗症	空间转录组学和成像技术	小鼠模型	基因表达数据和图像数据	三个患者队列和小鼠模型