单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
621	2024-09-21	Imaging macular carotenoids and their related proteins in the human retina with confocal resonance Raman and fluorescence microscopy 2024-Oct, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2024.110043 PMID:39151780	研究论文	研究使用共聚焦共振拉曼和荧光显微镜成像人视网膜黄斑中的类胡萝卜素及其相关蛋白	首次使用共聚焦共振拉曼显微镜结合荧光模式，研究了人黄斑中十二种已知的类胡萝卜素相关蛋白的分布	研究仅限于黄斑区域，未涉及视网膜其他部分	探讨类胡萝卜素及其相关蛋白在人视网膜黄斑中的分布和作用	人视网膜黄斑中的类胡萝卜素及其相关蛋白	NA	NA	共聚焦共振拉曼显微镜、荧光显微镜、Western blot分析、单细胞RNA测序	NA	图像、蛋白质表达数据、基因表达数据	NA
622	2024-09-20	Hsp90aa1/JUN/Ccl2 regulatory axis mediates migration and differentiation of NSPCs, promoting the onset and progression of early post-ischemic stroke epilepsy 2024-Oct-01, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2024.106635 PMID:39128813	研究论文	研究揭示了Hsp90aa1/JUN/Ccl2轴在调节神经干细胞/祖细胞迁移和分化中的作用，促进缺血性卒中后早期癫痫的发生和发展	首次揭示了Hsp90aa1/JUN/Ccl2轴在神经干细胞/祖细胞迁移和分化中的关键作用，并探讨了其在缺血性卒中后早期癫痫发生和发展中的潜在影响	研究主要集中在体外和体内实验验证，缺乏更大规模和多样化的样本验证	探讨缺血性卒中后早期癫痫的发病机制	神经干细胞/祖细胞及其相关基因Hsp90aa1、JUN和Ccl2	神经科学	癫痫	单细胞转录组测序和生物信息学分析	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
623	2024-09-19	A novel study on CXXC5: unraveling its regulatory mechanisms in hematopoietic stem cell biology through proteomics and gene editing 2024-Oct, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-024-01540-8 PMID:39150611	研究论文	本研究探讨了CXXC5在造血干细胞自我更新和分化中的调控机制	通过单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9基因编辑和蛋白质组学分析，揭示了CXXC5在造血干细胞生物学中的重要作用	NA	研究CXXC5在造血干细胞自我更新和分化中的调控机制	造血干细胞	NA	NA	单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9、蛋白质组学分析	NA	RNA、蛋白质	从骨髓样本中分离的造血干细胞
624	2024-09-19	The interaction of innate immune and adaptive immune system 2024-Oct, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.714 PMID:39286776	综述	本文详细剖析了先天免疫系统和适应性免疫系统的组成和功能，强调了它们在生理和病理环境中的协同作用	揭示了先天免疫和适应性免疫之间更复杂的相互作用，并提供了新的见解	NA	增强对先天免疫和适应性免疫复杂相互作用的理解，并提供新的视角	先天免疫系统和适应性免疫系统的相互作用	免疫学	NA	单细胞测序技术	NA	NA	NA
625	2024-09-16	Spatial transcriptomics in health and disease 2024-Oct, Nature reviews. Nephrology DOI:10.1038/s41581-024-00841-1 PMID:38719971	综述	本文综述了空间转录组技术在健康和疾病中的应用及其当前和新兴的方法	空间转录组技术能够以单细胞或接近单细胞的分辨率映射转录本，加速了多个领域的发现，包括肾脏学	空间转录组技术在整合其他组学方法（如蛋白质组学和空间表观遗传学）方面仍面临挑战	探讨空间转录组技术在理解器官的细胞和空间组织中的应用	空间转录组技术在临床前模型和人类样本中的应用	NA	NA	空间转录组技术	NA	转录组数据	NA
626	2024-09-15	Spatial transcriptomic revealed intratumor heterogeneity and cancer stem cell enrichment in colorectal cancer metastasis 2024-Oct-10, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217181 PMID:39159882	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析了结直肠癌原发和转移组织的转录组，揭示了肿瘤内异质性和癌症干细胞在转移组织中的富集	首次利用空间转录组学技术揭示了结直肠癌转移组织中的癌症干细胞富集现象，并鉴定了FOXD1作为新的转移性癌症干细胞标志物	NA	探索结直肠癌转移的机制，为临床和基础研究提供重要信息	结直肠癌原发和转移组织	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学	NA	转录组数据	两个结直肠癌原发组织及其匹配的肝转移组织
627	2024-09-15	Identification of gene and protein signatures associated with long-term effects of COVID-19 on the immune system after patient recovery by analyzing single-cell multi-omics data using a machine learning approach 2024-Oct-03, Vaccine IF:4.5Q2 DOI:10.1016/j.vaccine.2024.126253 PMID:39182316	研究论文	本文通过分析单细胞多组学数据，使用机器学习方法识别与COVID-19长期免疫效应相关的基因和蛋白质特征	首次结合单细胞多组学数据和多种机器学习算法，系统分析了COVID-19康复患者免疫系统的长期变化	研究样本量较小，且仅限于COVID-19康复患者和健康对照组，未来需扩大样本量和研究范围	探究COVID-19康复患者免疫系统的长期变化及其分子机制	COVID-19康复患者和健康对照组的免疫细胞亚型及其多组学特征	机器学习	COVID-19	单细胞多组学分析	LASSO、MCFS、RF、CATBoost、XGBoost、决策树、k-近邻	单细胞RNA测序、表面蛋白、转录组	COVID-19康复患者和健康对照组，具体数量未明确提及
628	2024-09-15	Biomarker discovery in hepatocellular carcinoma (HCC) for personalized treatment and enhanced prognosis 2024-Oct, Cytokine & growth factor reviews IF:9.3Q1 DOI:10.1016/j.cytogfr.2024.08.006 PMID:39191624	研究论文	本文探讨了肝细胞癌（HCC）中生物标志物的发现及其在个性化治疗和预后改善中的应用	本文介绍了下一代测序（NGS）、质谱分析和液体活检等先进技术在HCC分子景观研究中的应用，并强调了免疫标志物如PD-L1表达和肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）在指导免疫治疗中的作用	本文指出生物标志物验证、标准化、临床实践整合和成本相关障碍等挑战	本文旨在通过发现生物标志物来解决HCC诊断和治疗中的挑战，以实现早期检测、精确诊断和个性化治疗	本文主要研究肝细胞癌（HCC）及其相关生物标志物	数字病理学	肝癌	下一代测序（NGS）、质谱分析、液体活检	NA	NA	NA
629	2024-09-14	S100A9-TLR4 axis aggravates dry eye through the blockage of autophagy 2024-Oct, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2024.110052 PMID:39151778	研究论文	研究探讨了S100A9上调如何通过阻断自噬加剧干眼症的发病机制，并评估了S100A9作为干眼症治疗靶点的潜力	首次揭示了S100A9-TLR4-自噬阻断途径在干眼症发病机制中的作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨S100A9在干眼症发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力	干眼症及其相关生物标志物	NA	干眼症	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA	小鼠干眼症模型
630	2024-09-14	Single-cell transcriptome landscape of the kidney reveals potential innate immune regulation mechanisms in hybrid yellow catfish after Aeromonas hydrophila infection 2024-Oct, Fish & shellfish immunology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.fsi.2024.109866 PMID:39214264	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了感染嗜水气单胞菌后杂交黄颡鱼肾脏的转录组图谱，揭示了潜在的先天免疫调节机制	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了杂交黄颡鱼肾脏在感染嗜水气单胞菌后的细胞组成和免疫调节机制	研究仅限于杂交黄颡鱼肾脏的单细胞RNA测序分析，未涉及其他器官或物种	探讨杂交黄颡鱼肾脏在感染嗜水气单胞菌后的先天免疫调节机制	杂交黄颡鱼肾脏细胞及其在感染嗜水气单胞菌后的免疫反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	杂交黄颡鱼肾脏样本
631	2024-09-13	STPDA: Leveraging spatial-temporal patterns for downstream analysis in spatial transcriptomic data 2024-Oct, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108127 PMID:38870559	研究论文	本文介绍了一种名为STPDA的计算框架，用于空间转录组数据中的时空模式分析	STPDA通过整合时空模式，提供了一种新的空间转录组数据分析方法，超越了现有的最先进方法	NA	开发一种新的计算框架，以更深入地理解空间转录组数据中的基因表达模式	空间转录组数据中的时空基因表达模式	数字病理学	NA	NA	LSTM	空间转录组数据	NA
632	2024-09-13	Single-cell transcriptome sequencing revealed the metabolic changes and microenvironment changes of cardiomyocytes induced by diabetes 2024-Oct, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108136 PMID:38924959	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了糖尿病诱导的心肌细胞代谢变化和微环境变化	首次通过单细胞转录组测序揭示了糖尿病对心肌细胞异质性和细胞间通讯的影响	研究仅基于小鼠模型，结果的临床相关性有待进一步验证	分析糖尿病对心肌细胞异质性和细胞间通讯的影响	糖尿病诱导的心肌细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	控制组和链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠心脏样本
633	2024-09-13	Single cell RNA-sequencing identifies the effect of Normothermic ex vivo liver perfusion on liver-resident T cells 2024-Oct, Transplant immunology IF:1.6Q3 DOI:10.1016/j.trim.2024.102104 PMID:39128812	研究论文	研究了常温体外肝脏灌注（NEVLP）对肝脏驻留记忆T细胞（TRM）的影响，并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了基因表达谱	首次创建了大鼠肝脏在NEVLP过程中肝脏TRM T细胞的图谱，并展示了NEVLP对肝脏TRM T细胞在单细胞基因表达水平上的影响	NA	研究NEVLP对肝脏驻留免疫细胞表型的影响，特别是肝脏驻留记忆T细胞（TRM）	大鼠肝脏在NEVLP过程中的肝脏驻留记忆T细胞（TRM）	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	大鼠肝脏样本，包括常温体外肝脏灌注（NEVLP）组和对照组
634	2024-09-11	Potential applications of dual haptoglobin expression in the reclassification and treatment of hepatocellular carcinoma 2024-Oct, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1016/j.trsl.2024.05.008 PMID:38815898	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序，探讨了肝细胞癌中双触珠蛋白表达的潜在应用，特别是在肿瘤重新分类和治疗中的作用	本研究首次提出了基于HP基因表达的Th1反应重新分类基因集，并建立了四种基于HP和C3表达的预测模型，用于肝细胞癌患者的辅助治疗	研究主要基于基因表达数据，未涉及临床试验验证	探讨肝细胞癌中双触珠蛋白表达的潜在应用，特别是在肿瘤重新分类和治疗中的作用	肝细胞癌恶性细胞和T细胞中的HP基因表达及其与C3的相互作用	数字病理学	肝癌	RNA测序	NA	基因表达数据	NA
635	2024-09-11	6-Phosphogluconate dehydrogenase promotes glycolysis and fatty acid synthesis by inhibiting the AMPK pathway in lung adenocarcinoma cells 2024-Oct-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217177 PMID:39179096	研究论文	研究探讨了6-磷酸葡萄糖酸脱氢酶（PGD）在肺腺癌（LUAD）细胞中的作用及其机制	首次揭示了IQGAP1是PGD的新型相互作用蛋白，并阐明了PGD通过竞争性结合IQGAP1的IQ域来降低p-AMPK水平，从而促进糖酵解和脂肪酸合成的机制	NA	探讨PGD在肺腺癌中的功能及其分子机制	肺腺癌细胞	数字病理学	肺癌	单细胞测序、免疫沉淀-质谱（IP-MS）	NA	组织微阵列数据	NA
636	2024-09-11	XgCPred: Cell type classification using XGBoost-CNN integration and exploiting gene expression imaging in single-cell RNAseq data 2024-Oct, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109066 PMID:39180857	研究论文	本文介绍了一种名为XgCPred的新方法，结合XGBoost和卷积神经网络（CNN）进行单细胞RNA测序数据的细胞类型分类	XgCPred通过结合XGBoost和CNN，利用基因表达图像的层次结构，提高了细胞类型分类的准确性	NA	开发一种高效且准确的细胞类型分类方法，以应对单细胞RNA测序数据中的复杂性和多样性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	XGBoost和CNN	基因表达图像	多个单细胞RNA测序数据集，每个数据集具有不同的细胞数量、基因表达多样性和细胞异质性
637	2024-09-11	Up-regulated DSG2 promotes tumor growth and reduces immune infiltration in cervical cancer 2024-Oct, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2024.155554 PMID:39226803	研究论文	本文探讨了DSG2在宫颈癌中的功能机制及其对肿瘤生长和免疫浸润的影响	首次全面探索DSG2在宫颈癌中的功能机制，发现其上调与不良预后和免疫细胞浸润减少相关	实验主要在体外进行，缺乏体内实验验证	探究DSG2在宫颈癌中的功能机制及其对肿瘤生长和免疫浸润的影响	DSG2在宫颈癌中的表达、预后、基因突变及潜在信号通路	NA	宫颈癌	qRT-PCR, 蛋白质印迹, scRNA-seq	NA	基因表达数据, 蛋白质数据	收集的宫颈癌样本
638	2024-09-10	Recessive variants in MYO1C as a potential novel cause of proteinuric kidney disease 2024-Oct, Pediatric nephrology (Berlin, Germany) DOI:10.1007/s00467-024-06426-1 PMID:38904753	研究论文	本文通过结合同源性映射和外显子测序，在1649名患有肾病综合征的儿科患者中，识别出MYO1C基因中的隐性错义变异，可能是肾病综合征的新致病原因	本文首次识别出MYO1C基因中的隐性错义变异可能是肾病综合征的新致病原因	研究样本仅限于1649名儿科患者，可能存在样本量不足的问题	揭示肾病综合征的新单基因致病原因	MYO1C基因中的隐性错义变异	NA	肾病	外显子测序	NA	RNA测序数据	1649名患有肾病综合征的儿科患者
639	2024-09-09	DC-derived CXCL10 promotes CTL activation to suppress ovarian cancer 2024-Oct, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1016/j.trsl.2024.05.013 PMID:38823437	研究论文	研究树突状细胞（DCs）及其CXCL10标记基因在卵巢癌微环境中激活细胞毒性T淋巴细胞（CTLs）的作用及其对疾病进展的影响	揭示了DCs衍生的CXCL10在抑制卵巢癌生长和转移中的关键作用，为卵巢癌治疗提供了潜在的治疗靶点	NA	探讨DCs及其CXCL10标记基因在卵巢癌微环境中激活CTLs的作用及其对疾病进展的影响	树突状细胞（DCs）、细胞毒性T淋巴细胞（CTLs）、卵巢癌	NA	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫浸润分析	NA	基因数据	NA
640	2024-09-09	Single-cell RNA sequencing reveals the MIF/ACKR3 receptor-ligand interaction between neutrophils and nucleus pulposus cells in intervertebral disc degeneration 2024-Oct, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1016/j.trsl.2024.05.011 PMID:38823438	研究论文	研究揭示了在椎间盘退变过程中，中性粒细胞与髓核细胞之间的MIF/ACKR3受体-配体相互作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了中性粒细胞与髓核细胞之间的MIF/ACKR3轴在椎间盘退变中的作用	研究主要集中在体外和体内实验，缺乏长期临床随访数据	揭示椎间盘退变过程中微环境中中性粒细胞的异质性和功能	中性粒细胞和髓核细胞	数字病理学	脊柱疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	71520个单细胞，来自5个对照和9个退变椎间盘样本