单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-02-13	Inferring pattern-driving intercellular flows from single-cell and spatial transcriptomics 2024-Oct, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02380-w PMID:39187683	研究论文	本文提出了一种名为FlowSig的方法，通过图形因果建模和条件独立性，从单细胞RNA测序（scRNA-seq）或空间转录组学（ST）数据中推断出由通信驱动的细胞间流动	FlowSig方法首次结合图形因果建模和条件独立性，从scRNA-seq或ST数据中推断出由通信驱动的细胞间流动，填补了现有方法论的空白	NA	开发一种能够从scRNA-seq或ST数据中推断出由通信驱动的细胞间流动的方法	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）数据	生物信息学	COVID-19	scRNA-seq, 空间转录组学	图形因果建模	基因表达数据	新生成的实验性皮质器官样数据和数学建模生成的合成数据
42	2025-02-12	Influence of Vitamin D Receptor Signalling and Vitamin D on Colonic Epithelial Cell Fate Decisions in Ulcerative Colitis 2024-Oct-15, Journal of Crohn's & colitis DOI:10.1093/ecco-jcc/jjae074 PMID:38747639	研究论文	本文研究了维生素D受体信号和维生素D对溃疡性结肠炎中结肠上皮细胞命运决定的影响	揭示了维生素D-VDR信号轴在支持结肠上皮细胞分化中的重要作用，并提出了其作为治疗溃疡性结肠炎的新靶点	研究主要基于体外实验和患者样本，未进行大规模临床试验验证	探讨维生素D和维生素D受体信号在溃疡性结肠炎中的作用机制	溃疡性结肠炎患者和健康个体的结肠活检样本	NA	溃疡性结肠炎	免疫组织化学、RNA表达阵列、单细胞RNA测序、CRISPR/Cas9基因敲除	NA	RNA测序数据、免疫组织化学数据	溃疡性结肠炎患者和健康个体的结肠活检样本
43	2025-02-11	Integrated analysis reveals prognostic correlation and immune characteristics of a tumor-associated macrophage-based risk signature in triple-negative breast cancer 2024-Oct-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-1037 PMID:39525038	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据识别了三阴性乳腺癌中的肿瘤相关巨噬细胞簇，构建了与预后相关的风险特征，并验证了其与免疫特征的关系	首次基于单细胞RNA测序数据识别了三阴性乳腺癌中的肿瘤相关巨噬细胞簇，并构建了一个8基因风险特征，验证了其作为独立预后因素的价值	研究主要基于单细胞RNA测序数据，样本量和数据来源可能限制了结果的普适性	探索三阴性乳腺癌中肿瘤相关巨噬细胞的特性，构建与预后相关的风险特征，并验证其与免疫特征的关系	三阴性乳腺癌患者	数字病理学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），逆转录聚合酶链反应（RT-PCR），蛋白质印迹（Western blot），免疫组织化学	LASSO回归	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
44	2025-02-11	Cystic fibrosis-related diabetes is associated with reduced islet protein expression of GLP-1 receptor and perturbation of cell-specific transcriptional programs 2024-10-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-76722-1 PMID:39463434	研究论文	本文研究了囊性纤维化相关糖尿病（CFRD）中胰岛GLP-1受体蛋白表达的减少及其对胰岛素分泌的影响	通过空间转录组学技术揭示了CFRD患者胰岛中α和β细胞基因的差异表达，并发现GLP-1受体蛋白水平的降低可能是胰岛素分泌受损的原因	研究样本量未明确说明，且仅针对CFRD患者，未涉及其他类型的糖尿病	探讨CFRD中胰岛GLP-1及其信号成分的表达变化，以改善CFRD的治疗方法	CFRD患者的胰腺组织	生物医学	囊性纤维化相关糖尿病	免疫组织化学、空间转录组学	NA	组织样本、基因表达数据	未明确说明
45	2025-02-11	Sympathetic neuropeptide Y protects from obesity by sustaining thermogenic fat 2024-Oct, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07863-6 PMID:39198648	研究论文	本文揭示了交感神经元中的神经肽Y（NPY）如何通过维持产热脂肪来防止肥胖的机制	发现了NPY在交感神经元中通过维持血管周围细胞来保护肥胖的新机制，并揭示了NPY在能量消耗中的作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究NPY在交感神经元中防止肥胖的机制	小鼠的棕色脂肪组织（BAT）和白色脂肪组织（WAT）	生物医学	肥胖	单细胞RNA测序、成像技术	小鼠模型	基因表达数据、成像数据	小鼠脂肪组织样本
46	2025-02-09	Cell and transcriptomic diversity of infrapatellar fat pad during knee osteoarthritis 2024-Oct-15, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2024-225928 PMID:39375009	研究论文	本研究采用多组学方法，识别了膝骨关节炎（KOA）患者髌下脂肪垫（IFP）中的主要细胞类型及其转录组特征，并探讨了IFP在KOA、性别和肥胖状态下的差异	首次提供了人类IFP的细胞和转录组多样性的全面图谱，并确定了IFP成纤维细胞作为与KOA疾病、性别或肥胖相关的转录组和代谢差异的关键细胞	样本量相对较小，仅包括21个IFP样本（6个健康对照和15个KOA捐赠者）	探讨膝骨关节炎（KOA）患者髌下脂肪垫（IFP）的细胞和转录组多样性及其在KOA、性别和肥胖状态下的差异	膝骨关节炎（KOA）患者和健康对照者的髌下脂肪垫（IFP）	数字病理学	膝骨关节炎	单核RNA测序、空间转录组学、生物信息学分析、代谢组学	NA	RNA测序数据、空间转录组数据、代谢组数据	21个IFP样本（6个健康对照和15个KOA捐赠者），共82,924个细胞核
47	2025-02-09	Inducible pluripotent stem cells to study human mast cell trajectories 2024-Oct, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2024.07.003 PMID:39038754	研究论文	本文开发了一种从诱导多能干细胞（iPSC）分化人类肥大细胞（MC）的体外模型，用于研究人类MC的分化轨迹	利用iPSC技术生成人类MC前体和成熟MC群体，为研究MC生物学和分化轨迹的转录调控提供了新的模型系统	研究中使用的细胞模型系统可能无法完全模拟体内MC的分化和功能	研究人类肥大细胞的分化轨迹和亚型	人类肥大细胞及其前体细胞	细胞生物学	炎症性疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	iPSC分化模型	细胞数据	547个单细胞（来自MCFC培养第4周的细胞）
48	2025-02-08	NME4 suppresses NFκB2-CCL5 axis, restricting CD8+ T cell tumour infiltration in oesophageal squamous cell carcinoma 2024-10, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13838 PMID:39016535	研究论文	本文研究了NME4在食管鳞状细胞癌（ESCC）中的免疫学意义，揭示了NME4通过调控NFκB2-CCL5轴阻止CD8+ T细胞浸润肿瘤微环境的机制	首次在肿瘤微环境中描述了NME4的免疫学作用，并揭示了其通过NFκB2-CCL5轴调控CD8+ T细胞浸润的分子机制	NME4在ESCC患者中的临床病理和预后重要性有限，且研究主要基于小鼠模型，人类数据较少	探讨NME4在食管鳞状细胞癌中的免疫学作用及其分子机制	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者和小鼠模型	肿瘤免疫学	食管鳞状细胞癌	多重免疫组化、定量蛋白质组学、蛋白质微阵列筛选、单细胞RNA测序	小鼠同源肿瘤模型	蛋白质组数据、RNA测序数据	ESCC患者和小鼠模型
49	2025-02-08	FANCD2 as a ferroptosis-related target for recurrent implantation failure by integrated bioinformatics and Mendelian randomization analysis 2024-Oct, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70119 PMID:39400935	研究论文	本研究通过整合生物信息学分析和孟德尔随机化方法，探讨了铁死亡相关基因在复发性着床失败（RIF）中的表达及其意义	首次将铁死亡相关基因与RIF联系起来，并通过机器学习模型和单细胞RNA测序揭示了MUC1、GJA1和FANCD2作为潜在诊断标志物的重要性	研究结果需要进一步的实验验证，且样本量可能限制了结果的普遍性	探讨铁死亡相关基因在复发性着床失败中的作用及其潜在治疗策略	复发性着床失败患者和健康个体的基因表达数据	生物信息学	生殖系统疾病	生物信息学分析、孟德尔随机化、单细胞RNA测序	机器学习模型	基因表达数据	NA
50	2025-02-07	Single-cell omics and machine learning integration to develop a polyamine metabolism-based risk score model in breast cancer patients 2024-Oct-23, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-06001-z PMID:39441216	研究论文	本研究结合单细胞组学和机器学习，开发了一种基于多胺代谢的乳腺癌风险评分模型	首次将单细胞组学与机器学习结合，开发基于多胺代谢的乳腺癌风险评分模型，揭示了肿瘤微环境的异质性	未提及样本的具体数量，可能影响模型的泛化能力	开发一种基于多胺代谢的乳腺癌风险评分模型，以个性化预后评估	乳腺癌患者	机器学习	乳腺癌	bulk RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	SuperPC模型	RNA测序数据	NA
51	2025-02-07	A prospective diagnostic model for breast cancer utilizing machine learning to examine the molecular immune infiltrate in HSPB6 2024-Oct-23, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05995-w PMID:39441229	研究论文	本研究利用机器学习技术分析乳腺癌中的分子免疫浸润，特别是HSPB6基因，以开发一种前瞻性诊断模型	通过机器学习模型识别乳腺癌诊断的关键基因，并揭示HSPB6在细胞迁移、增殖和凋亡中的作用	研究主要基于体外细胞实验，需要进一步在体内模型中验证	深入了解乳腺癌的分子机制，并识别与疾病相关的关键基因	乳腺癌相关数据集和MCF7细胞	机器学习	乳腺癌	差异基因表达分析、基因集富集分析（GSEA）、加权共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序	机器学习模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	乳腺癌相关数据集和MCF7细胞
52	2025-02-06	Single-cell transcriptomic profiling of human pancreatic islets reveals genes responsive to glucose exposure over 24 h 2024-Oct, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06214-4 PMID:38967666	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探索了高糖条件下人类胰岛细胞在24小时内的基因表达变化，揭示了与2型糖尿病相关的候选效应基因	首次在单细胞分辨率下全面描述了人类胰岛细胞对葡萄糖暴露的24小时转录组响应，并结合遗传关联研究数据鉴定了与2型糖尿病相关的候选效应基因	研究仅基于两名供体的胰岛细胞，样本量较小，可能限制了结果的普适性	探索高糖条件下人类胰岛细胞的基因表达变化及其与2型糖尿病的关系	人类胰岛细胞（包括α、β、γ、δ、导管和腺泡细胞）	单细胞转录组学	2型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），CRISPR干扰	离散时间和连续时间模型	单细胞转录组数据	两名供体的胰岛细胞
53	2025-02-06	Overcoming barriers to single-cell RNA sequencing adoption in low- and middle-income countries 2024-Oct, European journal of human genetics : EJHG IF:3.7Q2 DOI:10.1038/s41431-024-01564-4 PMID:38565638	评论	本文讨论了在低收入和中等收入国家（LMICs）中采用单细胞RNA测序技术的障碍及其克服方法	强调了在基因组和单细胞转录组研究中实现祖先包容性的重要性，并提出了在LMICs中建立、扩展和采用单细胞测序研究的合作努力	未具体提及研究的局限性	探讨如何在低收入和中等收入国家中克服单细胞RNA测序技术的采用障碍	低收入和中等收入国家的研究人员和捐赠者	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
54	2025-02-05	Novel insights into the heterogeneity of FOXP3 + Treg cells in drug-induced allergic reactions through single-cell transcriptomics 2024-10, Immunologic research IF:3.3Q3 DOI:10.1007/s12026-024-09509-1 PMID:39073709	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了FOXP3+调节性T细胞（Treg）在药物诱导的过敏反应中的异质性及其关键免疫调节作用	首次揭示了FOXP3+ Treg细胞在药物诱导过敏反应中的转录组异质性，并发现FOXP3过表达可减轻过敏反应	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探究FOXP3+ Treg细胞在药物诱导过敏反应中的异质性及其免疫调节作用	FOXP3+ Treg细胞	免疫学	过敏反应	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、CRISPR/Cas9基因编辑	小鼠模型	转录组数据	NA
55	2025-02-05	Integration of single-cell and bulk RNA sequencing revealed immune heterogeneity and its association with disease activity in rheumatoid arthritis patients 2024-10, Immunologic research IF:3.3Q3 DOI:10.1007/s12026-024-09513-5 PMID:39009881	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序技术，揭示了类风湿性关节炎患者免疫异质性及其与疾病活动性的关联	首次整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了类风湿性关节炎患者中特定免疫细胞群与临床特征之间的关联	研究主要基于外周血和滑液样本，可能无法全面反映所有类风湿性关节炎患者的免疫状态	探究类风湿性关节炎患者的免疫环境及其与临床特征的关系	类风湿性关节炎患者的外周血单核细胞和滑液样本	生物信息学	类风湿性关节炎	单细胞转录组测序, T细胞受体测序, 批量RNA测序	NA	RNA测序数据	两个大型队列的批量RNA测序数据及类风湿性关节炎患者的外周血和滑液样本
56	2025-02-05	T cell receptor clonotype in tumor microenvironment contributes to intratumoral signaling network in patients with colorectal cancer 2024-10, Immunologic research IF:3.3Q3 DOI:10.1007/s12026-024-09478-5 PMID:39112913	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了结直肠癌（CRC）中的基因表达和免疫特征，揭示了肿瘤微环境中T细胞受体克隆型的动态变化及其与免疫激活的关联	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析结直肠癌中T细胞受体克隆型的动态变化及其与免疫细胞信号网络的相互作用	样本量较小（30对CRC和正常组织），可能限制了结果的普适性	研究结直肠癌中基因表达和免疫特征，特别是T细胞受体克隆型在肿瘤微环境中的作用	结直肠癌患者及其匹配的正常组织	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞基因表达数据和T细胞受体序列数据	30对结直肠癌和正常组织样本
57	2024-11-20	Long non-coding RNA H19X as a regulator of mononuclear cell adhesion to the endothelium in systemic sclerosis 2024-10-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae034 PMID:38305495	研究论文	研究H19X长非编码RNA在系统性硬化症血管病变中作为内皮细胞粘附分子表达调节因子的功能	首次揭示了H19X长非编码RNA在系统性硬化症血管病变中作为内皮细胞粘附分子表达的调节因子	研究主要集中在体外实验，缺乏体内实验验证	探讨H19X长非编码RNA在系统性硬化症血管病变中的功能	H19X长非编码RNA、内皮细胞、系统性硬化症患者皮肤活检	数字病理学	系统性硬化症	单细胞RNA测序、实时定量PCR、蛋白质印迹、ELISA	NA	RNA	系统性硬化症患者和健康对照者的内皮细胞
58	2025-02-02	Single-cell sequencing has revealed a more complex array of thymic epithelial cells 2024-10, Immunology letters IF:3.3Q3 DOI:10.1016/j.imlet.2024.106904 PMID:39117004	综述	本文综述了单细胞测序在揭示胸腺上皮细胞分类中的最新见解，包括正常和肿瘤胸腺中的细胞类型	利用单细胞测序技术揭示了胸腺上皮细胞的更复杂分类，特别是在正常和肿瘤胸腺中的细胞类型	NA	探讨单细胞测序在胸腺上皮细胞分类中的应用	胸腺上皮细胞	单细胞测序	NA	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
59	2025-02-01	Spatial resolution of the head and neck cancer tumor microenvironment to identify tumor and stromal features associated with therapy response 2024-10, Immunology and cell biology IF:3.2Q3 DOI:10.1111/imcb.12811 PMID:39048134	研究论文	本研究通过空间转录组学和蛋白质组学技术，解析头颈癌肿瘤微环境中的特征，以识别与治疗反应相关的肿瘤和基质特征	首次结合NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler和Akoya PhenoCycler-Fusion技术，对头颈癌肿瘤微环境进行高精度空间转录组和蛋白质组分析，揭示了与免疫治疗反应相关的生物标志物	样本量较小，仅包含12名患者的25个肿瘤核心，可能限制结果的普适性	识别头颈癌肿瘤微环境中与免疫治疗反应相关的生物标志物	头颈癌患者的肿瘤微环境	数字病理学	头颈癌	NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler, Akoya PhenoCycler-Fusion	NA	转录组数据, 蛋白质组数据	12名患者的25个肿瘤核心
60	2025-01-30	The evolution of ovarian somatic cells characterized by transcriptome and chromatin accessibility across rodents, monkeys, and humans 2024-Oct, Life medicine DOI:10.1093/lifemedi/lnae028 PMID:39872443	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组和染色质可及性分析，揭示了人类、猴子、小鼠、大鼠和兔子卵巢在进化过程中的保守性和差异性	首次通过单细胞转录组和染色质可及性联合分析，揭示了卵巢细胞在进化过程中的分子机制变化，并发现了跨物种的共同调控架构	研究主要依赖于非人类模型生物，可能无法完全反映人类卵巢的复杂性	研究卵巢细胞在进化过程中的分子机制变化，以理解人类卵巢生理和疾病	人类、猴子、小鼠、大鼠和兔子的卵巢细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据	人类、猴子、小鼠、大鼠和兔子的卵巢细胞样本