单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-11-23	The spatial impact of a Western diet in enriching Galectin-1-regulated Rho, ECM, and SASP signaling in a novel MASH-HCC mouse model 2024-Oct-14, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00660-3 PMID:39402682	研究论文	研究西方饮食对Galectin-1调控的Rho、ECM和SASP信号在新型MASH-HCC小鼠模型中的空间影响	开发了一种新型MASH-HCC小鼠模型，并使用空间转录组学和多重免疫组化技术研究了西方饮食对Galectin-1信号的影响	NA	探讨西方饮食对Galectin-1信号在MASH向HCC进展中的影响	MASH-HCC小鼠模型中的Galectin-1信号	NA	肝细胞癌	空间转录组学、多重免疫组化	NA	转录组数据、免疫组化数据	小鼠样本
42	2024-11-23	Transcriptomic mapping of the 5-HT receptor landscape 2024-Oct-11, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2024.101048 PMID:39569210	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和多重荧光原位杂交技术，对成年小鼠大脑中的5-HT受体进行了全面的转录组分析	首次在单细胞水平上揭示了5-HT受体的多样性分布和共转录现象	NA	研究5-HT受体在小鼠大脑中的转录模式和空间分布	5-HT受体及其在小鼠大脑中的表达	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重荧光原位杂交（MERFISH）	NA	转录组数据	约400万细胞（scRNA-seq）和约1000万细胞（MERFISH）
43	2024-11-22	Sensory neuroimmune signaling in the pathogenesis of Stevens-Johnson syndrome and toxic epidermal necrolysis 2024-Oct-29, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.10.015 PMID:39481654	研究论文	研究探讨了神经免疫信号在Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症发病机制中的作用	揭示了神经元元素在调节CD8+ T细胞介导的炎症反应中的作用，并提出了新的潜在转化靶点	NA	研究神经免疫调节在Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症中的潜在作用	健康对照组和Stevens-Johnson综合征/中毒性表皮坏死松解症患者的CD8+ T细胞	NA	皮肤疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术、ELISA、LEGENDplex分析、免疫荧光染色、钙成像、Smart-seq	NA	RNA、蛋白质、组织	健康对照组和Stevens-Johnson综合征/中毒性表皮坏死松解症患者的CD8+ T细胞样本
44	2024-11-22	Recovering single-cell expression profiles from spatial transcriptomics with scResolve 2024-Oct-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100864 PMID:39326411	研究论文	本文介绍了一种名为scResolve的方法，用于从空间转录组学测量中恢复单细胞表达谱	scResolve能够准确恢复单细胞在其位置上的表达谱，这是细胞类型反卷积无法实现的	NA	开发一种方法以从空间转录组学数据中恢复单细胞表达谱	人类乳腺癌数据和人类肺部疾病数据	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	人类乳腺癌和肺部疾病数据
45	2024-11-22	Generation, expansion, gene delivery, and single-cell profiling in rhesus macaque plasma B cells 2024-Oct-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100878 PMID:39406231	研究论文	本文开发了在食蟹猴血浆B细胞中进行细胞生成、扩增、基因递送和单细胞分析的方法	首次在非人灵长类（食蟹猴）B细胞中实现了高效的细胞扩增、分化和基因递送，并发现了与人类细胞不同的免疫检查点分子和主要组织相容性复合物分子的上调	NA	开发用于治疗目的的工程化B细胞在免疫健全的大型动物模型中的评估方法	食蟹猴血浆B细胞	NA	NA	单细胞测序、流式细胞术、腺相关病毒（AAV）递送	NA	转录组数据	NA
46	2024-11-22	Characterization of the single cell landscape in normal and osteoarthritic equine joints 2024-Oct-20, Annals of translational medicine DOI:10.21037/atm-24-40 PMID:39507442	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了正常和骨关节炎马关节滑液中的细胞组成，揭示了骨关节炎免疫病理发生中的关键细胞类型和相互作用	首次在马关节滑液和滑膜中进行了单细胞RNA测序，识别了多种免疫细胞亚群及其在骨关节炎中的变化，为未来研究提供了马特异性细胞类型基因签名	样本量较小，仅包括三只正常马和三只骨关节炎马的关节滑液，以及一只正常马和一只骨关节炎马的滑膜	通过分析骨关节炎关节中的转录组反应，加深对骨关节炎免疫病理发生的理解，促进靶向疗法的开发	正常和骨关节炎马的关节滑液和滑膜中的免疫细胞	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	28,639个细胞来自正常和骨关节炎马的关节滑液，17,690个细胞来自一只正常马和一只骨关节炎马的滑膜
47	2024-11-22	Single-cell heterogeneity in ribosome content and the consequences for the growth laws 2024-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.19.590370 PMID:38895328	研究论文	研究了单细胞水平上核糖体含量与生长规律的关系	首次在单细胞水平上研究了核糖体含量与生长规律的关系，发现单细胞核糖体水平并不精确匹配群体生长速率或营养可用性	研究仅限于两种微生物，结果可能不适用于所有物种	探讨单细胞核糖体含量与生长规律的关系	单细胞酵母和细菌的核糖体含量	NA	NA	单细胞RNA测序	高斯过程模型	转录组数据	数千个单细胞样本，来自多种条件、重复和物种
48	2024-11-22	High-throughput single-cell transcriptomics of bacteria using combinatorial barcoding 2024-Oct, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01007-w PMID:38886529	研究论文	介绍了一种名为microSPLiT的高通量单细胞RNA测序方法，用于细菌的转录状态分析	microSPLiT方法通过四轮组合条形码技术，能够在单次实验中对数十万种革兰氏阴性和阳性细菌进行转录组分析，无需特殊设备	该方法需要基本的分子生物学技术经验，且数据分析需要计算资源和编程知识	开发一种高通量单细胞RNA测序方法，用于细菌的转录状态分析	革兰氏阴性和阳性细菌的转录组	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	最多100万个细菌细胞和96个样本
49	2024-11-21	Sex-Based Differences in Thyroid Plasma B Cell Infiltration: Implications for Autoimmune Disease Susceptibility 2024-Oct-30, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/endocr/bqae148 PMID:39487734	研究论文	研究探讨了甲状腺中浆细胞浸润的性别差异及其对自身免疫疾病易感性的影响	首次研究了女性甲状腺中浆细胞的浸润情况，并揭示了CXCL13-CXCR5信号轴在浆细胞招募和组织中的关键作用	研究仅限于女性甲状腺，未涉及男性甲状腺的对比分析	探讨甲状腺中浆细胞浸润的性别差异及其对自身免疫疾病易感性的影响	女性甲状腺中的浆细胞浸润情况	免疫学	自身免疫疾病	RNA测序	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
50	2024-11-21	New insight into the development of synpolydactyly caused by expansion of HOXD13 polyalanine based on weighted gene co-expression network analysis 2024-10-29, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-024-01974-9 PMID:39472920	研究论文	本研究通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）探讨了HOXD13多聚丙氨酸扩展引起的并指多指畸形（SPD）的分子机制	首次通过WGCNA分析揭示了HOXD13多聚丙氨酸扩展对免疫反应、破骨细胞分化和DNA复制的调控作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探讨HOXD13多聚丙氨酸扩展引起的并指多指畸形的分子机制	HOXD13多聚丙氨酸扩展小鼠模型的肢芽细胞	NA	先天性畸形	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	NA	单细胞RNA测序数据	HOXD13+7A杂合子并指多指畸形小鼠模型的肢芽细胞
51	2024-11-21	PD-L1 restrains PD-1+Nrp1lo Treg cells to suppress inflammation-driven colorectal tumorigenesis 2024-Oct-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114819 PMID:39368087	研究论文	研究报告了PD-L1在抑制炎症驱动的结直肠癌中的作用，通过单细胞RNA测序分析揭示了PD-L1抑制PD-1Nrp1调节性T细胞和IL-6中性粒细胞的机制	首次揭示了PD-L1在结直肠癌中通过抑制PD-1Nrp1调节性T细胞和IL-6中性粒细胞来抑制炎症驱动的肿瘤发生	研究仅在老鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探讨PD-L1在结直肠癌中的免疫调节作用	PD-L1、PD-1Nrp1调节性T细胞、IL-6中性粒细胞	免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	老鼠模型
52	2024-11-21	Synergic activity of FGFR2 and MEK inhibitors in the treatment of FGFR2-amplified cancers of unknown primary 2024-Oct-02, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.07.011 PMID:39033323	研究论文	研究探讨了FGFR2和MEK抑制剂在治疗FGFR2扩增的未知原发癌中的协同作用	首次在未知原发癌模型中验证了FGFR2和MEK抑制剂的协同治疗效果	研究仅限于两个CUP细胞系和相应的患者来源的异种移植模型	探索FGFR2和MEK抑制剂在治疗FGFR2扩增的未知原发癌中的潜在疗效	未知原发癌的细胞系和患者来源的异种移植模型	癌症研究	未知原发癌	荧光原位杂交分析	NA	基因表达数据	两个CUP细胞系和相应的患者来源的异种移植模型
53	2024-11-21	Stiff Hydrogel Encapsulation Retains Mesenchymal Stem Cell Stemness for Regenerative Medicine 2024-Oct-02, Matter IF:17.3Q1 DOI:10.1016/j.matt.2024.05.041 PMID:39553898	研究论文	研究通过微流控技术制备薄壳海藻酸盐水凝胶微胶囊，探讨其对间充质干细胞（MSC）增殖和干性的影响	首次通过调整海藻酸分子量控制水凝胶壳的机械性能，发现较硬的水凝胶壳能促进MSC的增殖和干性维持	未详细探讨不同机械性能水凝胶对MSC亚群的具体影响机制	探讨水凝胶封装对MSC在再生医学中应用的潜力	间充质干细胞（MSC）和水凝胶封装技术	再生医学	NA	微流控技术、单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	未具体说明样本数量
54	2024-11-21	Non-genetic differences underlie variability in proliferation among esophageal epithelial clones 2024-Oct, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012360 PMID:39466790	研究论文	研究了食管上皮细胞克隆在体外培养中的增殖变异性，发现非遗传因素在不同克隆的增殖能力中起重要作用	通过成像和细胞条形码技术追踪克隆，结合单细胞RNA测序，揭示了与高增殖克隆相关的细胞状态和基因通路	研究仅限于体外模型，未涉及体内环境的影响	探讨食管上皮细胞克隆在体外培养中的增殖变异性和相关细胞状态	食管上皮细胞（EPC2-hTERT）的克隆增殖行为	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	数学模型	图像数据和基因表达数据	涉及约10%的指数增长克隆和其余的非增殖克隆
55	2024-11-20	Identifying a CD8T cell signature in the tumor microenvironment to forecast gastric cancer outcomes from sequencing data 2024-Oct-31, Journal of gastrointestinal oncology IF:2.0Q3 DOI:10.21037/jgo-24-603 PMID:39554559	研究论文	研究通过分析肿瘤微环境中CD8T细胞相关基因，预测胃癌患者的预后	首次利用CD8T细胞相关基因构建胃癌预后预测模型	研究仅基于TCGA数据库的数据，样本量有限	探索肿瘤微环境中CD8T细胞相关基因在胃癌预后预测中的作用	胃癌患者的肿瘤微环境及CD8T细胞相关基因	数字病理学	胃癌	单细胞mRNA测序	Cox回归模型	基因数据	TCGA数据库中的胃癌患者数据
56	2024-11-20	Altered AP-1, RUNX and EGR chromatin dynamics drive fibrotic lung disease 2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.23.619858 PMID:39554071	研究论文	研究分析了系统性硬化症相关间质性肺病（SSc-ILD）和对照肺组织的单细胞多组学数据，揭示了AP-1、RUNX和EGR转录因子在驱动纤维化基因程序中的作用	开发了HALO算法，验证了AP-1、RUNX和EGR转录因子在控制纤维化基因程序中的活性，并建立了转录因子-调控元件-基因网络	NA	探讨转录因子在纤维化肺病中的调控机制	系统性硬化症相关间质性肺病（SSc-ILD）和对照肺组织中的成纤维细胞和巨噬细胞	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序（snRNA-seq）和单细胞ATAC测序（snATAC-seq）	神经网络工具ChromBPNet	基因组数据	系统性硬化症相关间质性肺病（SSc-ILD）和对照肺组织
57	2024-11-20	Landscape of immune cells in systematic lupus erythematosus patients with Epstein-Barr virus infection: assessed by single-cell sequencing 2024-10-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/kead673 PMID:38078808	研究论文	研究分析了系统性红斑狼疮患者在有无EB病毒感染情况下的免疫细胞和B细胞受体（BCR）谱，并通过单细胞RNA测序识别两者之间的差异	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析了系统性红斑狼疮患者在EB病毒感染前后的免疫细胞和BCR谱，揭示了CD8+增殖T细胞比例和IFN-α/β通路在感染组中的变化	样本量较小，仅包括两名健康对照，可能影响结果的普遍性	分析系统性红斑狼疮患者在EB病毒感染前后的免疫细胞和BCR谱，以更好地理解免疫反应机制	系统性红斑狼疮患者及其在EB病毒感染前后的免疫细胞和BCR谱	数字病理学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	共8名参与者，包括2名SLE-EBV+患者，4名SLE-EBV-患者和2名健康对照，共获得83,478个细胞
58	2024-11-20	Long non-coding RNA H19X as a regulator of mononuclear cell adhesion to the endothelium in systemic sclerosis 2024-10-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae034 PMID:38305495	研究论文	研究H19X长非编码RNA在系统性硬化症血管病变中作为内皮细胞粘附分子表达调节因子的功能	首次揭示了H19X长非编码RNA在系统性硬化症血管病变中作为内皮细胞粘附分子表达的调节因子	研究主要集中在体外实验，缺乏体内实验验证	探讨H19X长非编码RNA在系统性硬化症血管病变中的功能	H19X长非编码RNA、内皮细胞、系统性硬化症患者皮肤活检	数字病理学	系统性硬化症	单细胞RNA测序、实时定量PCR、蛋白质印迹、ELISA	NA	RNA	系统性硬化症患者和健康对照者的内皮细胞
59	2024-11-20	Biallelic RXFP2 variants lead to congenital bilateral cryptorchidism and male infertility, supporting a role of RXFP2 in spermatogenesis 2024-10-01, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/deae195 PMID:39222519	研究论文	研究探讨了RXFP2基因的双等位变异如何导致先天性双侧隐睾和男性不育，并支持RXFP2在精子发生中的作用	首次在人类病例中证实RXFP2在精子发生成熟中的作用，并发现双等位变异导致男性不育	目前仅基于一个家庭的研究，需要更多病例验证	探讨RXFP2基因变异对男性生育能力的影响	RXFP2基因及其在精子发生中的作用	NA	男性不育	长读长测序、单细胞RNA测序、环AMP报告基因检测	NA	基因组数据、单细胞RNA测序数据	一个家庭中的两名男性成员
60	2024-11-20	Single-cell RNA sequencing reveals transcriptomic landscape and potential targets for human testicular ageing 2024-10-01, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/deae199 PMID:39241251	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了人类睾丸衰老的转录组图谱和潜在靶点	首次提供了年轻和老年人类睾丸的全面单细胞转录组图谱，并揭示了与睾丸衰老相关的分子机制和潜在治疗靶点	由于收集人类睾丸组织的困难，样本量有限，未来需要进一步的功能和机制研究	探讨人类睾丸衰老的分子基础和潜在治疗靶点	年轻和老年人类睾丸组织中的单细胞转录组	基因组学	男性生殖系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	6个年轻个体和6个老年个体的睾丸组织样本，以及10个年轻捐赠者和10个老年捐赠者的更大样本集