单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-05-31	Single-cell transcriptomics identifies aberrant glomerular angiogenic signalling in the early stages of WT1 kidney disease 2024-10, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6339 PMID:39177649	研究论文	通过单细胞转录组学和配体-受体分析，研究WT1肾病早期阶段肾小球细胞间通讯异常	揭示了WT1肾病早期阶段肾小球血管生成信号异常的新机制，并发现肾上腺髓质素作为一种促血管生成因子在早期损伤中的上调	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究WT1肾病早期阶段肾小球细胞间通讯异常的分子机制	WT1基因突变小鼠模型和人类WT1肾小球病变活检样本	单细胞转录组学	肾病	scRNA-seq, 配体-受体分析	NA	单细胞RNA测序数据	WT1基因突变小鼠模型和人类活检样本
42	2025-05-31	Single-nucleus and spatial transcriptomics of paediatric ovary: Molecular insights into the dysregulated signalling pathways underlying premature ovarian insufficiency in classic galactosemia 2024-Oct, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70043 PMID:39440457	research paper	通过单核RNA测序和空间转录组学技术，研究经典半乳糖血症（CG）患儿卵巢组织中基因表达和信号通路的动态变化，以揭示早发性卵巢功能不全（POI）的分子机制	首次创建了CG患儿卵巢组织的单核转录组图谱和空间景观，揭示了内质网应激、氧化应激及DNA损伤反应相关基因的激活，以及PTEN/PI3K/AKT信号通路的失调	研究样本量较小，且仅针对青春期前女孩的卵巢组织，可能无法完全代表所有CG患者的卵巢病理变化	探究经典半乳糖血症患儿卵巢功能早衰的分子机制	青春期前经典半乳糖血症患儿的卵巢组织	digital pathology	classic galactosemia	single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq), spatial transcriptomics	NA	RNA-seq data, spatial transcriptomics data	卵巢组织活检样本（具体数量未明确说明）
43	2025-05-28	Exponential family measurement error models for single-cell CRISPR screens 2024-Oct-01, Biostatistics (Oxford, England) DOI:10.1093/biostatistics/kxae010 PMID:38649751	研究论文	本文介绍了一种名为GLM-EIV的新方法，用于分析单细胞CRISPR筛选数据，解决了现有方法中的偏差和方差问题	提出了GLM-EIV方法，将经典的误差变量模型扩展到指数族分布的响应和噪声预测变量，并开发了跨数百个处理器部署的计算基础设施	未明确提及具体限制，但暗示了现有方法中存在难以选择的调谐参数问题	解决单细胞CRISPR筛选数据分析中的统计挑战	单细胞CRISPR筛选数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, CRISPR	GLM-EIV	基因表达数据	两个大规模单细胞CRISPR筛选数据集
44	2025-05-24	SPI1+CD68+ macrophages as a biomarker for gastric cancer metastasis: a rationale for combined antiangiogenic and immunotherapy strategies 2024-Oct-24, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009983 PMID:39455096	研究论文	本研究探讨了SPI1+CD68+肿瘤相关巨噬细胞在胃癌转移中的作用及其作为生物标志物的潜力	首次揭示了SPI1+CD68+巨噬细胞亚群在胃癌中的特异性作用机制及其与抗血管生成和免疫治疗联合策略的相关性	研究主要基于实验室模型和小鼠腹膜转移模型，临床样本验证仍需进一步扩大	评估SPI1+CD68+肿瘤相关巨噬细胞在胃癌中的作用及其临床意义	胃癌组织和相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	胃癌	免疫组化、免疫荧光、流式细胞术、单细胞转录组分析、染色质免疫沉淀	小鼠腹膜转移模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确说明具体样本数量，包含体外实验、动物模型和临床组织样本
45	2025-05-23	Distinct tumor architectures and microenvironments for the initiation of breast cancer metastasis in the brain 2024-Oct-14, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.08.015 PMID:39270646	research paper	该研究探讨了乳腺癌脑转移的早期阶段，重点关注三阴性乳腺癌（TNBC）和HER2阳性乳腺癌（HER2BC）在脑部定植的不同肿瘤结构和微环境	揭示了TNBC和HER2BC在脑部定植时形成的不同肿瘤结构和微环境，以及它们如何引发不同的阿尔茨海默病相关小胶质细胞（DAM）反应和GAS6受体AXL的参与	研究主要基于小鼠模型和人类组织样本，可能无法完全反映人类疾病的复杂性	理解乳腺癌脑转移的早期阶段和不同亚型乳腺癌在脑部定植的机制	三阴性乳腺癌（TNBC）和HER2阳性乳腺癌（HER2BC）	肿瘤学	乳腺癌	单细胞转录组学	小鼠模型	组织样本和转录组数据	未明确提及具体样本数量，但包括小鼠模型和人类组织样本
46	2025-05-17	Integrated transcriptomics of human blood vessels defines a spatially controlled niche for early mesenchymal progenitor cells 2024-10-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.06.015 PMID:39025061	研究论文	通过空间和单细胞转录组学，研究人类血管壁中外膜间充质祖细胞的表型、潜力和微解剖分布	首次详细研究了人类血管外膜干细胞生态位，并发现CD201高表达的原始细胞在间充质祖细胞层级中的关键作用	研究主要关注血管外膜中的间充质祖细胞，可能未涵盖其他潜在的重要细胞类型或机制	解析人类血管壁中祖细胞的分布和功能，为细胞治疗提供理论基础	人类血管壁中的间充质祖细胞	单细胞转录组学	NA	空间转录组学、单细胞转录组学	NA	转录组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及人类和小鼠的血管组织
47	2025-05-17	A spatiotemporal molecular atlas of mouse spinal cord injury identifies a distinct astrocyte subpopulation and therapeutic potential of IGFBP2 2024-10-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.06.016 PMID:39029468	research paper	该研究通过解析小鼠脊髓损伤后的时空分子图谱，发现了一类表达Igfbp2的星形胶质细胞亚群，并探讨了IGFBP2的治疗潜力	识别了一类新的星形胶质细胞亚群Astro-GMii，并揭示了IGFBP2在促进神经元修复和功能恢复中的新作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	解析脊髓损伤后的分子和细胞变化，探索潜在的治疗靶点	小鼠脊髓损伤模型	分子生物学	脊髓损伤	单细胞RNA测序、空间数据分析	NA	基因表达数据、空间数据	NA
48	2025-05-17	Desmosome mutations impact the tumor microenvironment to promote melanoma proliferation 2024-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.19.558457 PMID:37786690	research paper	研究发现人类癌症中桥粒基因频繁发生遗传变异，尤其在皮肤黑色素瘤中突变率超过70%，并探讨了这些突变如何通过影响肿瘤微环境促进黑色素瘤增殖	首次揭示了桥粒基因突变在黑色素瘤中的高频率发生及其通过微环境调控促进肿瘤增殖的新机制	研究主要关注原发性黑色素瘤，未深入探讨转移性黑色素瘤中桥粒突变的影响	探究桥粒基因突变在肿瘤微环境中的作用及其对黑色素瘤增殖的影响	人类黑色素瘤样本及角质形成细胞	肿瘤生物学	黑色素瘤	空间转录组学、蛋白质免疫荧光技术、共培养实验	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量，但涉及原发性黑色素瘤活检样本及体外共培养体系
49	2025-05-16	DNA methylation memory of pancreatic acinar-ductal metaplasia transition state altering Kras-downstream PI3K and Rho GTPase signaling in the absence of Kras mutation 2024-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.26.620414 PMID:39553977	research paper	研究胰腺腺泡-导管化生（ADM）过渡状态下DNA甲基化记忆对Kras下游PI3K和Rho GTPase信号通路的影响	揭示了在没有致癌基因突变的情况下，ADM过渡状态细胞如何通过DNA甲基化记忆影响Kras下游信号通路	研究主要关注ADM过渡状态，未涉及其他可能的致癌机制	探讨ADM过渡状态下DNA甲基化记忆对胰腺癌发生的影响	胰腺腺泡-导管化生（ADM）过渡状态细胞	癌症研究	胰腺导管腺癌（PDAC）	DNA甲基化分析、单细胞空间转录组学	NA	基因表达数据、DNA甲基化数据	人类胰腺上皮内瘤变（PanIN）样本及ADM细胞
50	2025-05-16	The small inhibitor WM-1119 effectively targets KAT6A-rearranged AML, but not KMT2A-rearranged AML, despite shared KAT6 genetic dependency 2024-10-08, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-024-01610-0 PMID:39380002	研究论文	研究评估了KAT6A抑制剂WM-1119在KAT6A和KMT2A重排AML中的治疗效果及其机制	首次评估了KAT6A抑制剂WM-1119在KAT6A和KMT2A重排AML中的差异效果，并提出了针对KMT2Ar AML的新治疗策略	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未进行临床试验	评估KAT6A靶向治疗策略对KAT6A和KMT2A重排AML的治疗潜力	KAT6A和KMT2A重排AML细胞系、小鼠模型及原代患者AML细胞	血液肿瘤学	急性髓系白血病(AML)	流式细胞术、集落形成实验、shRNA敲低、CRISPR敲除、bulk和单细胞RNA-seq、ChIP-seq	小鼠KAT6A遗传模型和KMT2A::MLLT3 AML模型	分子生物学数据、转录组数据	人类AML细胞系和原代患者AML细胞
51	2025-05-14	Early transcriptional similarities between two distinct neural lineages during ascidian embryogenesis 2024-10, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.06.005 PMID:38878991	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了两种不同神经谱系在胚胎发育过程中的早期转录相似性	首次在基因组水平上揭示了两种不同发育来源的神经祖细胞的转录动态	转录因子结合位点富集分析显示两种神经谱系间共享的转录调控证据有限	探究不同神经谱系在逐步谱系限制过程中转录状态的相似程度	海鞘胚胎中两种不同神经谱系的前体细胞及其姐妹细胞谱系	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	PCA分析、层次聚类	单细胞转录组数据	覆盖从16细胞期到神经板期五个连续细胞周期的高时间分辨率样本
52	2025-05-14	Single-cell RNA sequencing reveals the gene expression profile and cellular communication in human fetal heart development 2024-10, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.06.004 PMID:38876166	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示人类胎儿心脏发育过程中的基因表达谱和细胞间通讯	首次利用单细胞RNA测序技术全面描绘了人类胎儿心脏在不同妊娠周数（GW8、GW10、GW11、GW17）的基因表达景观，并识别了11种主要细胞类型及其差异表达基因和信号通路	研究仅覆盖了妊娠8至17周的心脏发育阶段，未涵盖更早期或更晚期的发育过程	解析人类胎儿心脏发育过程中的细胞分化和基因调控机制	人类胎儿心脏组织	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	四个时间点（GW8、GW10、GW11、GW17）的人类胎儿心脏样本
53	2025-05-13	Understanding the development of enzalutamide resistance based on a functional single-cell approach 2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.20.619319 PMID:39484437	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究前列腺癌细胞对恩杂鲁胺耐药性的发展机制	发现低表达或不表达雄激素受体（AR）的细胞亚群具有显著的转录反应，并证实其在体内外对恩杂鲁胺的耐药性	研究仅基于LNCaP细胞系，未涵盖其他前列腺癌细胞系或临床样本	探索前列腺癌细胞对恩杂鲁胺耐药性的发展机制及潜在治疗策略	LNCaP前列腺癌细胞系	癌症研究	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	LNCaP细胞系中的AR+和AR-细胞亚群
54	2025-05-11	MCAM is a prognostic biomarker in patients with liver cirrhosis and HCC 2024-Oct-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000532 PMID:39992088	研究论文	本研究探讨了黑色素瘤细胞粘附分子（MCAM）在慢性肝病、肝硬化和肝细胞癌（HCC）患者中的表达，并评估了可溶性MCAM（sMCAM）作为预后血液生物标志物的潜力	首次提出sMCAM作为肝硬化和HCC的预后血液生物标志物，并证明其诊断性能与现有标志物相当	样本量相对较小，尤其是健康对照组仅有8例	评估sMCAM作为肝硬化和HCC预后血液生物标志物的潜力	慢性肝病、肝硬化和HCC患者	生物标志物研究	肝硬化和肝细胞癌（HCC）	单细胞RNA测序和免疫组织化学分析	NA	转录组数据和血浆样本	健康对照组8例，慢性肝病患者66例，肝硬化患者236例，HCC患者72例
55	2025-05-03	Small Molecule Hydrogels Loading Small Molecule Drugs from Chinese Medicine for the Enhanced Treatment of Traumatic Brain Injury 2024-10-22, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.4c09097 PMID:39383335	研究论文	该研究开发了一种负载中药小分子药物的小分子水凝胶（GBR-gel），用于增强创伤性脑损伤（TBI）的治疗效果	GBR-gel无需额外药物负载或无活性成分，在生理条件下即可自组装，具有制备简便、成本效益高和生物相容性高等优势	研究未提及GBR-gel在长期使用中的潜在副作用或大规模生产的可行性	开发一种新型小分子水凝胶药物递送系统，用于创伤性脑损伤的及时干预	创伤性脑损伤（TBI）	生物医学工程	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序	NA	实验数据	未明确说明样本数量
56	2025-04-27	Arabidopsis uses a molecular grounding mechanism and a biophysical circuit breaker to limit floral abscission signaling 2024-Oct-29, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2405806121 PMID:39453742	研究论文	本文研究了拟南芥中花器官脱落的分子机制，揭示了HAESA和HAESA LIKE-2受体样蛋白激酶在调控脱落过程中的核心作用	利用单细胞RNA测序技术鉴定了脱落核心基因表达程序，发现MKP1作为该通路的负调控因子，并揭示了IDA肽家族基因在脱落区细胞中的表达模式形成生物物理断路器机制	研究仅针对拟南芥花器官脱落机制，可能不适用于其他植物或器官脱落过程	探究植物器官脱落的分子调控机制	拟南芥花器官(萼片、花瓣和雄蕊)的脱落过程	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
57	2025-04-26	Scm6A: A Fast and Low-cost Method for Quantifying m6A Modifications at the Single-cell Level 2024-Oct-15, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae039 PMID:39436235	research paper	介绍了一种基于机器学习的单细胞m6A定量方法Scm6A，用于快速、低成本地检测单细胞水平的m6A修饰	Scm6A结合m6A转录调控因子表达水平和顺式序列特征，提供了高效可靠的预测，并在多种细胞类型和疾病样本中验证了其可靠性	NA	开发一种快速、低成本且可靠的单细胞m6A定量方法，以解决现有方法在检测细胞间m6A特异性方面的挑战	外周血单个核细胞（PBMCs）中的CD4+和CD8+ T细胞、肺癌组织和COVID-19患者血液样本	machine learning	lung cancer, COVID-19	scRNA-seq, m6A-seq, MACS	machine learning-based approach	RNA sequencing data	外周血单个核细胞（PBMCs）、肺癌组织和COVID-19患者血液样本
58	2025-04-25	Transcriptional profiles of murine oligodendrocyte precursor cells across the lifespan 2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.27.620502 PMID:39554158	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，探究了小鼠少突胶质前体细胞（OPCs）在整个生命周期中的转录组变化	创建了一种新型转基因小鼠系，用于高分辨率解析OPCs从静止到增殖和分化的关键转变过程中的转录变化	研究仅针对小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究衰老如何影响少突胶质前体细胞（OPCs）的转录组特征及其功能	小鼠少突胶质前体细胞（OPCs）	生物医学	神经系统疾病	单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	RNA-seq数据	30至720天龄的小鼠OPCs
59	2025-04-24	Glutathione accelerates the cell cycle and cellular reprogramming in plant regeneration 2024-Oct-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.28.569014 PMID:38168452	research paper	该研究探讨了谷胱甘肽（GSH）在植物细胞周期和细胞重编程中的作用	发现GSH在细胞重编程过程中通过缩短G1期加速细胞分裂，并提出了一个GSH释放促进细胞周期退出和重编程的模型	研究主要基于拟南芥根部细胞，可能不适用于其他植物组织或物种	研究细胞重编程过程中的细胞周期动态	拟南芥根部细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序（single-cell RNA-seq）和活体成像	NA	RNA-seq数据和图像数据	拟南芥根部细胞（具体数量未提及）
60	2025-04-24	Retinoic acid induces human gastruloids with posterior embryo-like structures 2024-10, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-024-01487-8 PMID:39164488	research paper	研究展示了视黄酸（RA）和Matrigel如何诱导人类类原肠胚形成具有后部胚胎样结构的模型	首次利用视黄酸和Matrigel诱导人类类原肠胚形成后部胚胎样结构，包括神经管、分节体节及多种细胞类型	未提及具体样本量或实验重复次数，可能影响结果的可重复性	解码早期人类胚胎发生过程	人类类原肠胚	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	RA-gastruloids	基因表达数据	未明确说明